MOLECULES SIMPLES

• Les molécules biologiques qui contiennent

l’information génétique sont les acides
nucléiques.
• Les acides nucléiques sont composés de
molécules simples comme l’acide
phosphorique (PO4H3), des oses à 5 carbones
(pentoses) et des bases azotées (purines ou
pyrimidines).
1.1 Phosphates
 phosphate
• Le phosphate inorganique est un ion stable
formé à partir de l’acide phosphorique PO4H3.
On l’écrit souvent Pi.
• Des esters de phosphate peuvent se former
entre un phosphate et un groupement
hydroxyle libre (alcool, énol, phénol...).
1.2 Ribose, désoxyribose
• Le ribose est un pentose de la série D, dont tous les
hydroxyles sont orientés à droite (représentation de
Fisher). Dans les acides ribonucléiques (RNA), il est
cyclisé en ribofuranose .
• Le désoxyribose, composant des acides
désoxyribonucléiques (DNA) est dérivé du ribose par
une réduction de la fonction alcool secondaire du
carbone n°2. Le désoxyribose confère à cet acide
nucléique une plus grande stabilité propre à sa
fonction de conservation de l’information génétique.
1.3 Purine, Pyrimidine
• Les bases azotées des acides nucléiques
appartiennent à deux classes de molécules selon
le noyau aromatique qui en constitue le
squelette.
• Le noyau pyrimidine est le plus simple : c’est un
noyau aromatique à six atomes, quatre carbones
et deux azotes .
• Le noyau purine est constitué de deux noyaux
hétérocycliques accolés, un de six atomes et
l’autre de cinq atomes, ayant deux carbones en
commun au milieu.
1.4 Bases puriques
1.5 Bases pyrimidiques
1.6 Nucléosides et nucléotides
• Les sucres (ribose ou désoxyribose) se lient aux bases azotées par des
liaisons impliquant un des azotes de la base (azote n°1 des pyrimidines ou
azote n°9 des purines) et le carbone n°1 de l’ose (carbone réducteur ou
fonction semi-acétalique). Ce sont des liaisons N-osidiques.
• La liaison d’une base azotée avec un des sucres donne un nucléoside. Un
nucléoside est donc formé d’une base et d’un sucre liés par une liaison N-
osidique. Dans un nucléoside, on numérote les atomes de la base par des
chiffres : 1, 2, 3, etc... et pour les distinguer, les carbones du sucre sont
numérotés 1’, 2’, 3’, etc...
• La liaison d’un nucléoside avec un phosphate se fait par une estérification
de la fonction alcool primaire (carbone n°5’) du sucre et une des trois
fonctions acides du phosphate.
• L’ester obtenu est un nucléotide. Un nucléotide est donc formé d’une base
azotée, liée par une liaison osidique avec un sucre, lui-même lié par une
liaison ester avec un phosphate.
1.7 Nomenclature des unités
nucléotidiques
1.8 Adénosine
1.9 Désoxyguanosine
• Un nucléoside est une molécule composée
d’un pentose (β-D-ribose ou 2-désoxy-β-D-
ribose) lié par une liaison N-osidique à une
base azotée.
• Les nucléotides sont des esters phosphoriques
des nucléosides.
1.10 Uridine MonoPhosphate
• Un nucléotide est une molécule composée
d’un nucléoside lié par une liaison ester à un
acide phosphorique.
• Les acides nucléiques sont des
macromolécules résultant de la condensation
de très nombreux nucléotides, liés par des
liaisons phosphodiester.
• L’uridine mono phosphate (UMP) ou acide
uridylique est un exemple de nucléotide.
1.11 Désoxythymidine
MonoPhosphate
• Un nucléotide est une molécule composée d’un
nucléoside lié par une liaison ester à un acide
phosphorique.
• Les acides nucléiques sont des macromolécules
résultant de la condensation de très nombreux
nucléotides, liés par des liaisons phosphodiester.
• Le thymidine monophosphate (dTMP ou TMP) ou
acide thymidylique est un exemple de nucléotide.
La thymine étant toujours liée à un désoxyribose
on néglige souvent de préciser désoxythymidine
monophosphate ou dTMP.
1.12 Adénosine Tri Phosphate
• L’adénosine triphosphate est un nucléotide composé. Sa
structure comporte une base azotée, l’adénine, liée par une
liaison N-osidique au β-D-ribose et trois phosphates.
• L’ATP est un des substrats des RNA-polymérases.
• Le coenzyme ATP/ADP est un coenzyme transporteur
d’énergie universel.
• Les enzymes utilisant un nucléoside triphosphate comme
substrat ou comme coenzyme, nécessitent en même temps
la présence du cation Magnésium comme cofacteur.
• Les autres nucléosides triphosphates sont en fonction du
sucre ou de la base qu’ils contiennent : le GTP , le CTP ,
l’UTP ,le dATP ,le dGTP , le dCTP et le dTTP.
1.13 Désoxycytidine Tri Phosphate
1.14 Liaisons hydrogène
• Une liaison hydrogène est une liaison de faible
énergie entre deux atomes attirés l’un vers
l’autre pour des raisons électrostatiques l’un
étant riche en électrons donc nucléophile et
l’autre n’ayant que les protons de son noyau
donc électrophile.
1.15 Hybridation A - T
• Lorsqu’un acide nucléique est en solution les molécules
forment des liaisons hydrogènes associant les
nucléotides deux par deux, de sorte qu’un nucléotide à
adénine se lie avec un nucléotide à thymine (ou à
uracile dans un RNA) et un nucléotide à guanine avec
un nucléotide à cytosine.
• On désigne cette liaison sous le terme d’hybridation.
• L’hybridation adénine-thymine est moins stable (2
liaisons hydrogène, -21 kJ) que celle entre guanine et
cytosine.
1.16 Hybridation G - C
Les acides nucléiques
2.1 Acide ribonucléique
 RNA et types RNA
• Pour former un acide ribonucléique les nucléotides (GMP, AMP, UMP,
CMP), sont condensés les uns sur les autres avec des liaisons
phosphodiester entre le carbone 3’ d’un premier nucléotide et le
carbone 5’ du nucléotide suivant.
• De sorte que ces liaisons définissent un sens à la molécule : le début étant
le nucléotide dont le phosphate en 5’ ne serait lié à aucun autre
nucléotide et la fin correspond au nucléotide dont la fonction alcool en 3’
n’est pas estérifiée.
• Selon leurs fonctions, on distingue plusieurs espèces d’acides
ribonucléiques :
– rRNA = acide ribonucléique ribosomique, qui participe à la structure des
ribosomes ;
– tRNA = acide ribonucléique de transfert, transporteur des acides aminés
activés pour la traduction ;
– mRNA = acide ribonucléique messager, produit de la transcription d’un gène
qui porte l’information à traduire.
2.2 Les extrémités 5’ et 3’ d’un acide
nucléique
• Le premier nucléotide de la chaîne porte, par une
liaison ester sur le carbone 5’ de son ribose un
phosphate dont les deux autres fonctions acides ne
sont pas estérifiées. C’est l’extrémité 5’-phosphate
terminale de l’acide nucléique, qu’on désigne par
convention comme le début de la séquence ou du
fragment d’acide nucléique.
• Le dernier nucléotide de la chaîne porte une fonction
alcool sur le carbone 3’ de son ribose. Cette fonction
alcool n’est pas pas estérifiée. C’est l’extrémité 3’-OH
terminale de l’acide nucléique, qu’on désigne par
convention comme la fin de la séquence ou du
fragment d’acide nucléique.
2.3 Structure secondaire du RNA
 Caractéristiques RNA
• Le RNA diffère du DNA par plusieurs caractères :il
est plus court (70 à 10 000 nucléotides)
• le squelette de pentoses et de phosphates
contient du ribose à la place du désoxyribose
• parmi les bases azotées l’uracile (U) remplace la
thymine (T)
• Les RNA sont simple brin mais certaines régions
sont appariées sur une courte distance par leurs
bases complémentaires selon un ajustement au
hasard (épingles à cheveux).
2.4 - Acides ribonucléiques
• Il existe de nombreuses molécules d’acides ribonucléiques dans
presque tous les compartiments de la cellule et ayant des fonctions
variées.
• Certains (rRNA) font partie de la structure des ribonucléoprotéines
du ribosome, particule responsable de la synthèse des protéines.
• D’autres sont des coenzymes transporteurs d’acides aminés pour la
synthèse des protéines, ce sont les tRNA.
• Certains, beaucoup plus rares, participent à la structure de
ribonucléoprotéines diverses, responsable de l’excision-épissage
des transcrits, de la sélection des polyribosomes liés pour
l’adressage des protéines ou encore d’autres activités enzymatiques
du métabolisme (ex. : Δ-ALA synthétase).
• Enfin les mRNA sont les produits de la transcription des gènes,
grâce auxquels les ribosomes reçoivent l’information nécessaire à la
synthèse des protéines.
2.5 - Acide désoxyribonucléique
• Les molécules d’acide désoxyribonucléiques sont formées de deux
chaînes dont les nucléotides sont hybridés deux à deux sur toute la
longueur.
• Les deux chaînes sont antiparallèles, c’est à dire que l’extrémité 5’
de l’une est du côté de l’extrémité 3’ de l’autre.
• Pour que tous les nucléotides puissent s’hybrider ; il faut que l’ordre
dans lequel ils sont liés ensemble soit complémentaire de la chaîne
opposée.
• Les bases azotées liées par les liaisons hydrogènes sont tournées
vers l’intérieur, tandis que les riboses et les acides phosphoriques,
hydrophiles sont tournés vers l’extérieur.
• La chaleur peut dissocier les deux chaînes : c’est la fusion du DNA.
Cette fusion est réversible : les deux chaînes peuvent s’hybrider à
nouveau.
2.6 - La double hélice (modèle rubans)
• La structure secondaire du DNA est telle que les deux brins
sont enroulés l’un autour de l’autre. Chacun des deux brins
est orienté (5’→3’) dans le sens opposé à celui de l’autre
brin (3’→5’). On dit qu’ils sont anMparallèles.
• Les bases azotées sont tournées vers l’intérieur de la
double hélice de façon à ce que chacune s’hybride avec une
base de l’autre brin (A avec T, C avec G, etc..). On dit que les
bases successives de chacun des brins sont
complémentaires.
• La double hélice a un « pas » de 3,4 nm c’est à dire qu’il y a
environ 10 paires de nucléotides pour chaque tour d’hélice.
2.7 - La double hélice (travers)
2.8 - La double hélice (axe)
2.9 - Surenroulement
• Lors de la transcription ou de la réplication, l’hélice du DNA est
ouverte par une topoisomérase (hélicase) qui permet aux enzymes
l’accès au brin modèle.
• Le fait de séparer les bases complémentaires et les deux brins de la
double hélice sur plusieurs dizaines de nucléotides se traduit par un
resserrement des tours d’hélice de part et d’autre de la boucle ainsi
ouverte.
• Ce surenroulement nécessite l’intervention d’une topoisomérase
qui va desserrer les tours d’hélice en coupant un brin ou les deux
brins du DNA, puis en les faisant tourner l’un autour de l’autre
jusqu’à revenir à 10 nucléotides par tour d’hélice.
• Des protéines de stabilisation du DNA simple brin viennent se fixer
sur la partie déroulée pour protéger la molécule.
2.10 - Nucléosome
• Le DNA a besoin d’être protégé par des protéines lorsqu’il n’est pas
utilisé comme modèle pour l’expression des gènes ou la réplication.
• Cette protection se fait par enroulement autour de protéines
basiques (cationiques) capables de se lier avec le DNA qui est un
polyanion. Des octamères d’histones sont au centre de particules
qu’on trouve tous les 200 nucléotides et autour desquels le DNA
s’enroule. La structure évoque un « collier de perles ».
• Le DNA ainsi lié aux histones est protégé contre l’action des
enzymes. Une endonucléase peut digérer le DNA entre les
« perles » et détacher des particules de 11 nm de diamètre
appelées nucléosomes.
• Chaque nucléosome est constitué d’un fragment de DNA de 145
paires de nucléotides et de huit molécules d’histones.
2.11 - Fibre de chromatine
• Le DNA qui entoure chaque nucléosome et le relie en
« collier de perles » aux nucléosomes suivants, forme
la trame d’une structure hélicoïdale qui enroule les
colliers de perles sur eux-mêmes. On décrit aussi cette
structure comme un solénoïde.
• Le diamètre de cette hélice est de 30 nm et forme une
grande partie de la chromatine dite « compactée » où
le DNA n’est pas accessible.
• Toutefois, des séquences reconnues spécifiquement
par des protéines de liaison au DNA interrompent de
place en place cette structure compacte.
2.12 - Condensation et hydrolyse des
nucléotides
 Condensation et hydrolyse
• La croissance des brins d’acides nucléiques se fait toujours par
leur extrémité 3’-OH terminale.
• La condensation se fait à partir d’un substrat « activé » : un
des nucléosides triphosphates. La rupture d’une liaison riche
en énergie fournira l’énergie nécessaire à la condensation.
• Le nucléoside monophosphate restant sera estérifié par une
fonction acide de son phosphate sur la fonction alcool libre du
carbone 3’ du ribose qui constitue l’extrémité de l’acide
nucléique.
• Inversement, en ajoutant une molécule d’eau sur cette liaison
ester, on provoquera une réaction d’hydrolyse qui détachera
le dernier nucléotide et libérera le carbone 3’ du nucléotide
précédent.
2.13 - Complémentarité des bases
• L’hybridation des nucléotides complémentaires peut se faire sur
toute la longueur d’un brin d’acide nucléique : par des liaisons
hydrogène, on associe systématiquement les C avec des G et les G
avec des C, les A avec des T et les T avec des A.
• En réunissant tous les nucléotides ainsi associés par des liaisons
phosphodiester on constitue une séquence complémentaire de la
séquence originale. Ces deux séquences sont obligatoirement
orientées dans des sens opposés : on dit qu’elle sont antiparallèles.
• De cette façon, grâce à des enzymes spécifiques, une séquence
d’acide nucléique dite « originale » est capable de diriger la
synthèse d’une séquence d’acide nucléique complémentaire.
• Dans un second temps, cette séquence complémentaire isolée, sera
elle aussi capable de diriger la synthèse de la séquence originale
dont elle est le complément.