R1.
02 Biochimie structurale BUT1 GB parcours BMB
2023/2024 J. Hérault
TD STRUCTURE DES PROTIDES
Corrigé
1- On considère les acides aminés suivants : Gly, Glu, Arg
Pour chaque acide aminé, écrire les espèces qui prédominent dans chacun des domaines délimités par les
pKa.
Calculer le pHi de chaque acide aminé.
Gly :
Le zwittérion est entouré en rouge.
Glu :
Le zwittérion est entouré en rouge.
1
Arg :
Le zwittérion est entouré en rouge.
2
2- On considère l’oligopeptide suivant : Val-Tyr-Cys
2.1- Écrire la formule semi-développée du peptide à pH = 1.
A pH =1, toutes les fonctions ionisables sont sous forme acide.
2.2- En utilisant l’échelle de pH, établir la charge du peptide dans chacun des domaines délimités par les
pKa.
A+ A+ A- A2- A3-
pKa1 = 1,96 pKa2= 8,18 pKa3 = 9,62 pKa4 = 10,10
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2.3- Calculer son pHi.
Le zwittérion se trouve entre le pKa1 et le pKa2
pHi = (1,96 + 8,18) / 2 = 5,07
3- Un mélange d’acides aminés contenant Ala, Lys et Asp sont séparés par électrophorèse sur papier à pH=1.
Après révélation à la ninhydrine, des spots apparaissent comme indiqués sur les figures 1 et 2.
+ - + -
Ligne de dépôt Ligne de dépôt
Figure 1 Figure 2
3.1- En utilisant l’échelle de pH, établir la charge de ces acides aminés dans chacun des domaines délimités
par les pKa.
Ala :
A+ A+ A-
pKa1 = 2,34 pKa2 = 9,87
4
Lys :
A2+ A+ A+ A-
pKa1 = 2,18 pKa2 = 8,95 pKa3 = 10,53
Asp :
A+ A+ A- A2-
pKa1 = 2,09 pKa2 = 3,87 pKa3 = 9,82
3.2- Laquelle des figures 1 et 2 correspond à l’électrophorèse à pH 1? Justifier votre réponse.
A pH =1, les trois acides aminés sont chargés positivement avec pKa 1 de Asp (2,09) inférieur au pKa1 de Lys
(2,18) lui même inférieur au pKa1 de Ala (2,34). Ces trois acides aminés vont donc se déplacer vers la borne
négative (cathode).
L’électrophorèse à pH = 1 correspond donc à la figure 2.
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3.3- Quel électrophorégramme obtiendrait-on à pH 7 ? Compléter la figure 3.
Pour répondre à cette question, il faut pour chaque acide aminé repérer le zwittérion et calculer le pHi
Ala : pHi = (2,34 + 9,87) / 2 = 6,10
A pH = 7, Ala sera légèrement chargé négativement, il se déplacera légèrement vers la borne positive (anode)
Lys pHi = (8,95 + 10,53) / 2 = 9,74
A pH = 7, Lys sera chargé positivement, il se déplacera vers la borne négative (cathode)
Asp : pHi = (2,09 + 3,87) / 2 = 2,98
A pH = 7, Asp sera chargé négativement, il se déplacera vers la borne positive (anode)
Résultat de l’électrophorèse à pH = 7 :
Ala
Asp Lys
+ -
Ligne de dépôt
Figure 3
Pour ces trois exercices, aidez-vous des annexes 1, 2 et 3.
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4- Quelques exemples de questions de cours
a- Donner le nom des 2 acides aminés hydroxylés
Sérine et Thréonine
b- Définir une holoprotéine
Une holoprotéine est constituée uniquement d’acides aminés avec une masse moléculaire supérieure à
6000 Da (ou 8000 Da)
c- Citer 2 classes d’hétéroprotéines
2 parmi les 6 : Chromoprotéines, Métalloprotéines, Phosphoprotéines,
Nucléoprotéines, Lipoprotéines, Glycoprotéines
d- Comment appelle-t-on la liaison qui unit 2 acides aminés dans un dipeptide?
Liaison peptidique
e- Citer une structure régulière retrouvée dans la structure secondaire
Hélice α ou Feuillet β plissé (parallèle ou antiparallèle)
f- Dans la structure tertiaire, quels sont les 5 acides aminés impliqués dans les liaisons ioniques?
- Acides aminés basiques : Arg, Lys et His
- Acides aminés acides : Asp, Glu
g- Citer les 3 paramètres qui influent sur la solubilité des protéines
- Nature de la protéine (Fibreuses ou globulaires)
- pH : Solubilité minimale au pHi
- Concentration en sels (force ionique)
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Annexe 1: Constantes caractéristiques des acides aminés
Acide aminé Abréviation Abréviation pKa du COOH pKa du NH3+ pKa de la chaîne
3 lettres 1 lettre latérale
Glycine Gly G 2,35 9,78 -
Alanine Ala A 2,34 9,87 -
Valine Val V 2,32 9,62 -
Leucine Leu L 2,36 9,60 -
Isoleucine Ile I 2,36 9,68 -
Serine Ser S 2,21 9,15 -
Thréonine Thr T 2,63 10,40 -
Cystéine Cys C 1,96 10,28 8,18
Méthionine Met M 2,28 9,21 -
Phénylalanine Phe F 2,58 9,24 -
Tyrosine Tyr Y 2,60 9,10 10,10
Tryptophane Trp W 2,38 9,39 -
Arginine Arg R 2,09 9,04 12,48
Histidine His H 1,77 9,17 6,10
Lysine Lys K 2,18 8,95 10,53
Acide aspartique Asp D 2,09 9,82 3,87
Asparagine Asn N 2,02 8,80 -
Acide glutamique Glu E 2,19 9,60 4,28
Glutamine Gln Q 2,17 9,13 -
Proline Pro P 2,00 10,60 -
Annexe 2 : Les acides aminés possédant une chaîne latérale ionisable
Acide aminé Groupe Dissociation de la chaîne latérale
Asp
Carboxyle
Glu
His Imidazole
Cys
Thiol
Tyr
Phénol
Lys
Amine
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Arg Guanidyle
Annexe 3 : Structure développée des 20 acides aminés
