Entérobactéries

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 Plan
I - INTRODUCTION
II - TAXONOMIE-CLASSIFICATION
III - CARACTERES BACTERIOLOGIQUES:
IV - EPIDEMIOLOGIE
V - PHYSIOPATHOLOGIE
VI - CLINIQUE
VII - DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
VIII - PRINCIPALES ENTEROBACTERIES
IX - TRAITEMENT / PROPHYLAXIE
X - CONCLUSION

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 Objectifs du cours
• Connaitre les caractères bactériologiques d’une entérobactérie
(caractères communs)
• Connaitre l’habitat des entérobactéries et la pathogénie des
infections liées à ces germes
• Connaitre les différentes étapes du diagnostic bactériologique
d’une infection à entérobactérie

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 I. Introduction
• Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif entériques qui
constituent l'une des plus importantes familles de bactéries;
• Groupe hétérogène de genres et d’espèces bactériennes rassemblés en
raison de leurs caractères biologiques communs..
• Localisées dans le tube digestif des animaux et de l'homme mais aussi sur
des plantes , elles sont indicatrices de la contamination fécale des sols et
des eaux.
• Dans ce groupe de bactéries entériques figurent des bactéries pathogènes
strictes comme Salmonella, Shigella et Yersinia, et d'autres considérées
comme opportunistes ou pathogènes occasionnels comme Proteus,
Klebsiella, Enterobacter.
• Ces bactéries sont retrouvées dans la plupart des prélèvements
• Emergence de résistance de certaines souches
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 II. Taxonomie-Classification
• La famille des entérobactéries compte plus de 30 genres et + de 130
espèces.
• Seules certaines espèces ont un intérêt médical

Escherichiae Klebsiellae Proteae Yersiniae

escherichia salmonella shigella citrobacter Klebsiella Enterobacter serratia Proteus Providencia morganella yersinia

coli Thypi dysenterie Freundii Oxytoca Cloacae marcesens Vulgaris Rettgeri morganii Enterolitica
pestis
Parathypi Sonnei koseri pneumoniae Aerogenes Mirabilis Stuartii
A et C
Flexneri penneri Alcalificiens
mineurs
boydii

TRIBU - GENRE - ESPECES -

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 III. Caractères Bactériologiques
1. Caractères morphologiques :

- Bacilles Gram- aux extrémités arrondies

- Mobiles (ciliature péritriche)
ou immobiles (Klebsiella).
- Non sporulés.
- Peuvent être capsulés ( Klebsiella).
- La plupart des espèces pathogènes pour l'homme possèdent
des fimbriae ou pili communs qui sont des facteurs d'adhésion.

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 III. Caractères Bactériologiques
2. Caractères culturaux:

- Poussent sur milieu ordinaire (bouillon ou gélose) en 24h à

37°C.
- En milieu liquide, les colonies d’entérobactéries occasionnent
un trouble uniforme du bouillon.
- Les colonies sont bombées, lisses, luisantes (Ø > 1 mm)
- 3 types de colonies :
• Colonies S (smooth) : arrondies, lisses, humides, blanches voir
translucides.
• Colonies R (rugeux) : ( bactéries vieillies ou anormales): rugueuses,
sèches à contours irréguliers et mates.
• Colonies M (muqueuses) : grosses colonies ±
confluentes (klebsiella).

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 III. Caractères Bactériologiques
3. Caractères biochimiques:
Communs:
- Aéro-anaérobies, ( pousse en présence et absence d’O2)
- Fermentent le glucose
- Oxydase -
- Nitrate réductase + ( réduction de nitrate en nitrite)
- Catalase + (Sauf shigella)

Caratères de différenciation:
- Le matériel enzymatique( TDA, UREASE, TRYPTOPHANASE,
ADH,LDC, ODC)
- La fermentation des sucres ( lactose, saccharose , autres )

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 III. Caractères Bactériologiques
4. Caractères antigéniques:
- Présentent 3 types d’antigènes O ( paroi), H (flagelle), et K
( capsule)

- Permettent de classer en sérotypes les souches de même

espèce ou genre

- Grand intérêt épidémiologique

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 III. Caractères Bactériologiques
Antigènes O Ag de paroi • composition LPS ( endotoxine bactérienne)
toujours • Thermostables
présents • Agglutination granulaire lente difficilement
dissociable ( corps bactériens agglutinés)

Antigènes H Ag
flagellaires • Thermolabiles
si mobilité • Agglutination floconneuse facilement dissociable
par agitation ( agglutination par les flagelles)

Antigènes K Ag de surface • Ag de capsule si souche capsulée, de nature

polysaccharidique ( virulence )
• Ag d’adhérence ou adhésines protéiques(Pili)
• Agglutination granulaire stable lente.
• Antigène O inaccessible

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 III. Caractères Bactériologiques
5. Facteurs de virulence:
Reconnaissance de l’hôte - fixation aux tissus ou aux cellules:
Facteurs d’adhésion bactériens aux épithéliums (facteurs K des E.Coli sur les pilis et les
fimbriaes).

Invasion et destruction tissulaire

Enzymes détruisant les cellules et les tissus

Exotoxines
Toxines ayant un mode d’action spécifique( enterotoxines, cytotx, neurotx)

Destruction et désorganisation du système immunitaire:

Endotoxines =>choc endotoxinique: LPS des BGN

Presence de capsule:
protection contre la phagocytose par les macrophages, EX: klebsielle

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 IV. Epidémiologie
► Habitat
Les entérobactéries : tests de contamination fécale
- Ce sont des hôtes constants du tube digestif de l'homme et de
l'animal.
- De leur présence va dépendre la qualité sanitaire d'une eau ou
d'un produit alimentaire. Une eau n'est potable, un aliment
n'est consommable que s'ils sont exempts de
contamination fécale
- Présents également sur les plantes et dans le sol

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 IV. Epidémiologie
► Transmission
- Directe: Manuportée…
- Indirecte: Eau, aliments souillés, Cathéter, sondes, Vecteurs
( puces « Yersinia »)
- Porteurs sains:( ex: salmonelles mineurs)
► Réceptivité: Totale
- Sujets prédisposés: personnes âgées, ID, NN( méningites à
E.coli)
- Il existe une immunité acquise aux entérobactéries ( vaccin à
renouveler /3 ans pour salmonelle)

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 IV. Epidémiologie
► Facteurs favorisants:
Extrinsèques :
▪ -Mauvaise Hygiène: Péril fécal ( mains, eau, aliments)
▪ -Mauvaises conditions d’ élevage des animaux( poulets/ salmonelles
mineurs)
Intrinsèques :
o - Déséquilibre de la flore normale/ ATB
o - Défaillance immunitaire: infection nosocomiale (Cathéter, sondes,
chirurgie…)
► Aspects épidémiologiques
Endémique: shigella
Épidémique: salmonelles mineurs

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 V. Physiopathologie
► Contamination :
Ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par des déjections de malades ou
de porteurs sains
► Types de pathogènes :
• Pathogènes spécifiques:
Responsables des diarrhées cholériformes ou dysentériques
• Pathogènes opportunistes
Dus à un déséquilibre de la flore
Ou une défaillance du système immunitaire
► Mécanisme : Soit par
- Invasion et altération de la muqueuse intestinale
- Sécrétion de toxine

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 VI. Clinique
1.Pathologies liées aux pathogènes spécifiques :
• Syndrome dysentérique :
Diarrhée glairosanglante, douleurs abdominales, fièvre
• Syndrome cholériforme
Diarrhée, aqueuse, liquidienne sans fièvre

2.Pathologies liées aux pathogènes opportunistes :

- Infections urinaires
- Infections neurologiques (méningite)
- Infection osteoarticulaire
- Infection nosocomiales
…….

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 VII. Diagnostic bactériologique

1. Prélèvements :
- Selon le site infecté
- Différents types de prélèvements: Urines, sang, LCR,
épanchements, Pus…
- Le prélèvement doit être de bonne qualité , ce qui conditionne
l’exactitude du diagnostic:
- Les conditions de transport et de conservation sont variables
selon le prélèvement
ex: yersinia ( triple emballage pour la protection du
manipulateur, prélèvement)

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 VII. Diagnostic Bactériologique
2. Ensemencement
Premier pas, pour éviter la contamination du prélèvement
►Choix des milieux de culture:
- Selon le type de prélèvement ( SS pour coproculture, sang / chocolat pour
LCR)
- Selon les habitudes de chaque labo: existence de gde panoplies de milieux de culture
► Types de milieux:
sur gélose ou bouillon
Ordinaires : CLED, BCP, chocolat, sang
Sélectifs :
Critères biochimiques ( lactose pour BCP,)
Présence d’inhibiteurs: sels biliaires, vert brillant ( Mac conkey)
ATB ( CIN pour yersinia)

D’enrichissement: CC

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 VII. Diagnostic bactériologique
3. Aspect macroscopique :
- Hématique
- Purulent
- Trouble
- Salivaire (crachat)
4. Examen microscopique
- Examen direct entre lame et lamelle : mobilité caractéristique
- Coloration : Gram

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 VII. Diagnostic bactériologique
5. Identification :
► Caractères culturaux :
- Aspect des colonies (taille, forme, aspect …)
- Présence d’un pigment (serratia)
- Odeur caractéristique (proteus)
Gram à partir des colonies : bacilles Gram-

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 VII. Diagnostic bactériologique
► Tests biochimiques :
- Permettent de différencier entre différentes espèces d’entérobactéries selon le
principe d’élimination
- Détection de la fermentation de différents sucres : glucose, lactose,
saccharose, mannitol
- Détection de certaines enzymes : oxydase, catalase, urease, beta
galactosidase, décarboxylases (LDC, ODC, ADH)
- Nous allons étudier les principaux caractères biochimiques
- Tests d’orientation
- Etude des métabolismes glucidique et protidique
- Puis comment identifier une entérobactérie (galeries)

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VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

1. Tests d’orientation :
Test de l’oxydase
• But : mettre en évidence la cytochrome oxydase: enzyme qui permet le
transfert d’électrons vers une molécule d’oxygène
• Principe: N diméthyl paraphénylène diamine ( incolore)

produit (violet.)
• Technique:
✔ en milieu liquide
✔ sur papier buvard
✔ sur disque

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 VI I. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

Test de la catalase
• But : mettre en évidence la catalase :enzyme qui détruit le peroxyde
d’hydrogène( H2 O2) et libère l’oxygène gazeux qui se traduit par
l’apparition de bulle.

• Toutes les Entérobactéries sont catalase +

(sauf Shigella dysenteriae type 1)

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 VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
Mode respiratoire
⚫L’ensemencement est effectué sur une gélose viande foie préalablement
régénérée au bain-marie bouillant pendant 20 minutes et lorsque la
température est redescendu à 40- 45°C.

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 VI I. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

Mode respiratoire
Cet ensemencement est effectué à l’aide d’une pipette pasteur de bas en haut,
en spirale, le tube étant maintenu verticalement, il est ensuite refroidis.

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 VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

Après 24 h à 37°c, la lecture consiste à étudier le niveau du tube ou une

croissance bactérienne est visible.
Toutes les entérobactéries sont aéro-anaérobies facultatif

A .culture sur toute la hauteur : aéro-

anaérobie facultatif (AAF)
B .culture seulement en haut : aérobie stricte
(AS)
C .culture limitée entre 0,5 et 1,5 cm du haut :
micro-aérophile
D .culture seulement 1 cm au-dessous du haut :
anaérobie stricte (AnS)

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 VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
2. Etude du métabolisme glucidique :
Le Milieu de Kligler-Hajna: révèle la présence de 4 caractères

- Utilisation du glucose: Virage du culot au jaune (Toutes les entérobactéries)

- Utilisation du lactose : Virage de la pente au jaune (Ex: E.coli)
- Production d’H2S : la réduction du thiosulfate en présence de citrate ferrique donne
un précipité noir (ex: salmonellat yphi)
- Production de gaz: m.e.e de bulles ou soulèvement de la gélose

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 VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

2. Etude du métabolisme glucidique :

Milieu Mannitol Mobilité
But : permet la lecture de 3 caractères :
- Utilisation du mannitol (virage au jaune)
-Mise en évidence de la mobilité ( milieu trouble)
-Présence de nitrate réductase (verser à la surface de la gélose 3 gouttes du
réactif de Griess 1et 2.)

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 VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

Etude de la dégradation du lactose : recherche de la Bêta-

galactosidase ( test ONPG )

- Il explore la présence d’une enzyme utile au métabolisme du lactose (la beta-

galactosidase) qui dégrade le lactose en galactose et glucose, et ceci pour
distinguer les bactéries lactoses – de celles qui sont lactose+ .
- On remplace donc le lactose par l’ONPG qui est une molécule dont la structure est
proche de celle du lactose et qui est elle aussi hydrolysée par la B-galactosidase
selon la réaction : ONP
ONPG beta galactosidase galactose +

Exemple : entérobactéries ONPG négative: Proteus, shigella

ONPG positive: E.coli, Enterobacter

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 VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

2. Etude du métabolisme glucidique :

Recherche de métabolites formés à partir de l’acide pyruvique : réaction
de VP
-A partir du milieu Clark-Lubs contenant de l’acide pyruvique, la
formation d’acétoïne ( réaction de Voges-Proskauer VP) est
étudiée par l’addition d’alpha-naphtol et de soude .
-Si le milieu est coloré en rouge 🡺 VP+
Exemple: Klebsiella, Enterobacter, Serratia sont VP+

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 VII. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

3. Etude du métabolisme protéique :

Recherche de décarboxylases ( ADH, LDC, ODC) :
- Trois décarboxylases sont fréquemment recherchées: La lysine décarboxylase
(LDC); L’ornithine décarboxylase (ODC), et l’arginine décarboxylase
(ADH).
- Le test individuel peut être effectué sur le milieu de Taylor contenant l’acide
aminé étudié, du glucose et un indicateur coloré le bromocrésol pourpre
(BCP)

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 VII. Diagnostic bactériologique
3. Etude du métabolisme protéique :
Recherche de décarboxylases ( ADH, LDC, ODC) :

La réaction s’effectue en 2 temps:

Dans un premier temps les bactéries en anaérobiose*,
fermentent le glucose et donc les milieux s’acidifient (virage
du violet au jaune de l’indicateur de pH).

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 VII. Diagnostic bactériologique
3. Etude du métabolisme protéique :
Recherche de TDA: tryptophane désaminase
- Se fait sur milieu urée tryptophane,
- On met en évidence la tryptophane désaminase (TDA) par
rajout du fer ferrique.

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 VII. Diagnostic bactériologique
3. Etude du métabolisme protéique :
Recherche de tryptophanase : production d’Indole
- La production d’indole par hydrolyse du tryptophane peut être recherché
dans le milieu urée tryptophane ou en eau peptonée dépourvue d’indole.
- L’indole produit donne une coloration rouge en présence du réactif de Kovax
ou de James ( E coli: indole +)

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 VII. Diagnostic bactériologique
3. Etude du métabolisme protéique :
Production de H2S :
- Cette recherche est réalisée sur milieu de Kligler-Hajna ou fait partie des tests
des galeries.
- La dégradation des acides aminés soufrés conduit à la formation de
groupements SH ou H 2 S qui se combinent avec le citrate de fer
ammoniacal du milieu pour former du sulfure de fer noir.
Exemple :Salmonella Typhimurium est H 2 S positif,

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 VII. Diagnostic bactériologique
4. Autres tests :
Recherche d’une uréase :
- Se fait sur milieu urée tryptophane qui contient l’urée, le tryptophane et le
rouge de phénol comme indicateur de pH;
- L’urée sous l’action d’une uréase bactérienne va être transformée en
carbonate d’ammonium alcalin entrainant une coloration rouge du milieu.

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 VII. Diagnostic bactériologique
4. Autres tests :
Utilisation du citrate comme unique source de carbone :
- Mise en évidence de l’utilisation du citrate comme seule source
de carbone et d’énergie.
- Une utilisation de citrate se traduit par culture sur gelose et
virage de l’indicateur de ph du vert au bleu

Citrate - Citrate +

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 VII. Diagnostic bactériologique
5. Identification biochimique d’une entérobactérie :
Les différents caractères étudiés sont rassemblés en différentes
galeries
● La Galerie classique:
- Les milieux sont coulés dans des tubes
- L’ensemencement se fait par piqure , soit par striation,
● La Galerie API 20E:
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de réaliser
23 tests biochimiques.

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 L’API 20E:

Préparation de l’inoculum

1 seule colonie

Suspension d’opacité 0,5 sur l’échelle de Mac Farland

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 Les 10 premiers tests

Tests
négatifs

Tests
positifs

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 Les 10 derniers tests
Tests
négatifs

Tests
positifs

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 E. klebsiella enteroba Serratia salmonel shigella proteus providen morganel citrobact
Caractères
C
ol
biochimiques
cter la cia la er

lactose + + + + V V - - - +
VP - + + +- - - - - - -
TDA - - - - - - + + + -
H2S - - - - +/- - +/- - - +/-
GAZ + + - + V +
mobilité + - + + + - + + + +
Urée - + - - - + + - -
indole + -/+ - - - +/- +/- + + +/-
citrate - + + + +/- - V + - +
colistine s s s R s s R R R s
LDC + +/- + +/- - - - -
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 VII. Diagnostic bactériologique

► Sérotypage :
L’identification biochimique doit être complétée pour certains genres:
Salmonella , Shigella , E.coli par le Sérotypage
Agglutination:
But :
Différencier les souches de microorganismes en fonction de leur
composition antigénique (sérotypes ou sérovars) .
Principe:
Les antigènes solubles sont libérés au préalable par chauffage à 100° C
pendant 15 min ( spécialement chez salmonella et shigella pour démasquer
l’Ag O situé sous la capsule) qu’ on met en contact avec les anticorps
spécifiques.

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VII. Diagnostic bactériologique

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 VII.DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

► Recherche de toxines :
- Techniques immunoenzymatiques:
- Techniques immunochromatographiques:
- Biologie moléculaire: ( EHEC): PCR

► Identification par biologie moléculaire

Peu utilisée en pratique

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 VII. Diagnostic bactériologique

6. Diagnostic indirect : Sérodiagnostic

• but:
Détecter la production d’anticorps par l’organisme
• Principe :
- La Recherche d'anticorps s’effectue par ELISA ou par
immunofluorescence
- 2 sérologies à 15 jours d’intervalles
- Augmentation des anticorps 4x le premier titre
= Séroconversion
= diagnostic indirect +

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 VII. Diagnostic bactériologique

6. Antibiogramme :
But:
- Détermination de la sensibilité d’une souche à un antibiotique
donné
- Surveillance épidémiologique
- Aide à l’identification ( Serratia)
Principe:
Permet de mesurer la capacité d’un ATB à inhiber la croissance
bactérienne.

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 VII. Diagnostic bactériologique

6. Antibiogramme :
2 méthodes :
► Antibiogramme standard: Méthode de diffusion en milieu
solide
- Le plus utilisé dans les laboratoires de diagnostic.
- Lecture des diamètres des zones d’inhibitions ( en fonctions des D critiques
figurant dans des tableaux d’interprétation fournis par les fabricants des
disque/ CA-SFM )

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 Antibiogramme en milieu solide

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 VII. Diagnostic bactériologique

6. Antibiogramme :
2 méthodes :
► Techniques en milieu liquide:
Permettent d’étudier les antibiotiques à l’aide de deux
concentrations critiques (c, C) et ainsi de catégoriser les
bactéries en S, I ou R vis-à-vis des divers ATB examinées.

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6. Antibiogramme :

► Le E.test :
- Permet de déterminer la CMI grâce à l'utilisation de bandelettes imprégnées
d'un gradient exponentiel continu de l'antibiotique à tester. Ce gradient
couvre une zone qui, en fonction des molécules, va de 0,016 à 256 mg/L ou
de 0,002 à 32 mg/L.
- Le E test associe les caractéristiques des méthodes de diffusion et de dilution
en milieu solide.

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 Méthode E.test

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6. Antibiogramme :
• Grande résistance naturelle à certaines familles
d'antibiotiques hydrophobes

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6. Antibiogramme :
• Nombreux antibiotiques actifs
•ß-LACTAMINES
Aminopenicillines( ampicilline, amoxicilline…), Carboxypenicillines(
(ticarcilline), Ureidopenicillines( piperacilline), Inhibiteurs de beta
lactamases( augmentin..), Carbapenemes( imipeneme),
Cephalosporines:
1er G ( cefalotine, cefazoline…), 2 em G ( cefuroxime), 3em ( cefotaxime,
ceftriaxone), Monobactam ( aztreonam)
• AMINOGLYCOSIDES(Gentamicine, Tobramycine, Nétilmicine,
Amikacine,…)
• TETRACYCLINES (Tétracycline, Doxycycline,Minocycline)
• PHENICOLES(Chloramphénicol, Thiamphénicol)
• QUINOLONES ( ac nalidixique, ciprofloxacine,)
• SULFAMIDES : Sulfaméthoxazole
• AUTRES : Triméthoprime, Co-trimoxazole, Nitrofurane, Fosfomy
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Principales entérobactéries
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 Escherichia coli
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 Taxonomie

E. coli = bactérie isolée en 1885 est le genre d’entérobactérie le

plus souvent responsable d’infections humaines

- Famille d’enterobactériacae
- Genre : Escherichia
- Espèce : Escherichia coli

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 Facteurs de pathogenicité
- Une capsule qui s'oppose à la phagocytose.
- Des protéines de la membrane externe et le LPS
- Des systèmes de captation du fer - les sidérophores - fournissant aux
bactéries le fer indispensable à leur multiplication
- Des adhésines : conférant la propriété de se fixer aux cellules épithéliales.
L'adhérence constitue une étape essentielle de la pathogenèse des infections
dues aux bactéries entériques.
- Des toxines
l'endotoxine, commune aux entérobactéries,
les entérotoxines ST (thermostables) et LT (thermolabiles).
les cytotoxines SLT1 et SLT2 (Shiga-like toxin). Ce sont des
toxines qui
altèrent l'intégrité des anthérocytes.

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 Habitat- pouvoir pathogène
- Hôte normal du tube digestif
- E.coli est responsable de :
- Infections de l’arbre urinaire
- Infections abdominales
- Bactériémies
- Choc endotoxinique (fièvre, collapsus et hémorragies)
- Méningites et bactériémies du nouveau-né et du
nourrisson
- Syndromes diarrhéiques (dus aux pathovars d’E.coli)

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 Pathovars d’E.coli
E.coli ETEC EPEC EHEC EIEC

diarrhée Aigue Aigue/ hémorragique Sd

(choléra-like) chronique dysentérique

cible Enfants Enfants < 1an Toxi-infection Adulte,

voyageurs enfants

mécanisme attachement adhérence Pas invasif envahissement

toxines Entérotoxines non Verotoxines S dysenteriques

diagnostic agglutination serodiagnostic PCR Keratite cobaye

SEROTYPAGE PCR 63
2024-2025
 Diagnostic bactériologique
• A partir de prélèvements divers, urines, selles, sang, LCR, pus, liquide
d'ascite, on recherche le colibacille par des techniques bactériologiques :
- Examen microscopique : présence de bacilles à Gram-
- Culture : milieux ordinaires ou lactosés
- Un sérotypage n'est pratiqué couramment que pour les souches-
entéropathogènes (EPEC) et pour les sérotypes O157 (EHEC)
- La mise en évidence des entérotoxines n'est pas facile.
- La recherche de l'antigène K1 dans le sérum, le LCR ou les urines par
agglutination de particules de latex sensibilisées permet un diagnostic
rapide en particulier chez le nourrisson ou le nouveau-né infectés
-

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 Sensibilité aux antibiotiques
- Escherichia coli est généralement sensible aux antibiotiques.
- Parmi les bêtalactamines, sont actives les pénicillines du groupe
A (aminopénicillines), les carboxypénicillines, les
ureidopenicillines, les céphalosporines, les carbapénems et
les monobactams.
- Les aminosides et les polypeptides sont également actifs de
même que les quinolones de première génération, les
fluoroquinolones et le cotrimoxazole.
- Cette sensibilité peut être modifiée par la production d'enzymes
hydrolysant les bêtalactamines (pénicillinase,
céphalosporinase) ou les aminosides ou par une mutation
affectant les porines
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 Salmonella
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 Nomenclature et taxonomie
► Classification de Kaufman (ancienne)
- Chaque serotype est considéré comme une espèce
- Des noms latins sont donnés : Salmonella typhi, Salmonella
typhimurium ….
- Présence dans le genre de sous-genres numérotés de I à IV :
• Sous-genre I : Samonella de l’homme et des animaux à sang
chaud
• Autres sous-genres : Salmonella des animaux à sang froid

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 Nomenclature et taxonomie
► Nomenclature récente

2 espèces du genre Salmonella :

• Salmonella enterica subdivisée en six sous-espèces : enterica

(I), salamae (II), arizonae (IIIa), diarizonae (IIIb), houtenae
(IV) et indica (VI).

• Salmonella bongori (rare)

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 Nomenclature et taxonomie
• Toutes les espèces du genre Salmonella peuvent infecter les
humains.
• La sous-espèce enterica de Salmonella enterica comprend
2 610 sérotypes différents, les plus connus étant Typhi,
Paratyphi, Enteritidis, Typhimurium et Choleraesuis(1).
• Les sérotypes sont caractérisés par trois antigènes de surface :
l’antigène flagellaire « H », l’antigène oligosaccharidique
« O » et l’antigène polysaccharidique « Vi » (découvert dans
les sérotypes Typhi et Paratyphi)(4).

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 Habitat
• L’habitat commun de la sous-espèce enterica (I) sont
les animaux à sang chaud

• tandis que l’habitat commun des sous-espèces II,

IIIa, IIIb, IV et VI sont les animaux à sang froid et
l’environnement

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 Pouvoir pathogène
Salmonella enterica peut causer quatre manifestations cliniques
différentes :
La gastro-entérite ou « intoxication alimentaire » : caractérisée
par des nausées soudaines, des vomissements, crampes
abdominales et diarrhée (serotype typhimurium)
La bactériémie
La fièvre entérique également connue sous le nom « fièvre
typhoïde », causée par les sérotypes Typhi et Paratyphi. La
fièvre entérique est caractérisée par une fièvre, maux de tête,
une bradycardie, une éruption cutanée, des douleurs
abdominales, diarrhée ou constipation
L’état de portage asymptomatique
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 Diagnostic bactériologique
Diagnostic direct
► Prélèvement :
- Cas des fièvres typhoïdes :
- Hémoculture : positive chez 75 % des malades à la 1ere
semaine (3 hemoc à 1 ou 2 jours d’intervalle)
- Coprocultures (selles) : souvent négatives à la 1ere semaine
mais restent longtemps positives
La règle : il faut faire hémoculture + coproculture pour avoir
un diagnostic dans 90% des cas
- Cas des toxi-infections alimentaires :
- Coproculture
- Produits alimentaires
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► Culture
• Milieu selectif :
- Nécessaire pour les prélèvements polymicrobiens coproculture)
- On utilise des milieux riches en sels biliaires : SS (Milieu
Salmonelle Shigelle) ou milieu Hektoen
• Milieu liquide d’enrichissement :
- Nécessaire car le nombre de Salmonelle est faible dans les
prélèvements (selles, aliments)
- On utilise des milieux à base de selenite ou de tetrathionate

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 Milieu SS
Milieu Hektoen

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 Diagnostic bactériologique
Diagnostic direct
► Identification :
- Aspect des colonies sur milieux sélectifs : colonies lactose –
avec un centre noir (H2S +)
- Coloration de Gram
- Identification biochimique : galerie classique, galerie API
- Identification antigénique :
- Par test d’agglutination sur lame à l'aide d'immuns sérums.
- Sur des colonies isolées, on recherche d'abord l'antigène O de
groupe puis à l'aide du tableau de Kauffmann White, on étudie
les spécificités H

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• Le sérodiagnostic d'une fièvre typhoïde ou sérodiagnostic de
Félix
- Consiste à rechercher les anticorps du malade en présence de
suspensions antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C.
- Les anticorps anti O apparaissent les premiers mais
disparaissent plus vite, les anticorps anti H persistent plus
longtemps. L'analyse des résultats permet de suspecter
l'agent causal et de fixer la date de l'infection.

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Cinétique des anticorps O et H au cours de la
typhoïde

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 Sensibilité aux antibiotiques
- Les Salmonelles sont généralement sensibles aux antibiotiques
actifs contre les bacilles à Gram négatif. Certaines résistances
sont possibles et impliquent la pratique d'un antibiogramme.
- Les fièvres typhoïdes sont actuellement traitées par une
céphalosporine de troisième génération et en particulier par la
ceftriaxone (traitement de référence)
Les fluoroquinolones sont également utilisées chez l'adulte.
- Les gastro-entérites relèvent d'un traitement symptomatique
(régime et réhydratation). Une antibiothérapie
(sulfaméthoxazole-triméthoprime, fluoroquinolones) n'est utile
que dans les cas graves.

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 Prophylaxie
- Hygiène de l’eau et des aliments
- Surveillance épidémiologique
- Vaccination des personnes à risque : pélerins, voyages en pays
d’endémie, militaires … : 2 types de vaccin
• Un vaccin injectable, constitué d'un extrait du polyoside
capsulaire Vi purifié de Salmonella Typhi (Typhim Vi ).
- 1 seule injection.
- Protection pour une durée de trois à cinq ans ( elle se
limite à la fièvre typhoïde à l'exclusion des paratyphoïdes
et des autres salmonelloses.
• Des vaccins vivants administrés par voie orale
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 Shigella
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 Introduction-Taxonomie
• Les Shigella sont des entérobactéries à faible pouvoir
métabolique, toujours immobiles. Elles sont génotypiquement
très voisines des Escherichiae.
• Les caractères biochimiques et antigéniques permettent de
distinguer 4 espèces ou groupes antigéniques dans le genre :
- Sh dysenreriae
- Sh flexneri
- Sh boydii
- Sh sonnei

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 Habitat- Epidémiologie- Pouvoir
pathogène
► - Les shigelles sont des bactéries strictement humaines.
- Elles ne font pas partie de la flore intestinale normale ; on ne
les trouve que chez les malades et les convalescents
► Elles sont responsables de l'historique "dysenterie bacillaire"
(Shigella dysenteriae) .
Actuellement, elles sont la cause, chez l'adulte, de colites
infectieuses et chez l'enfant, de gastro-entérites sévères avec
diarrhée mucopurulente et sanglante, fièvre et déshydratation.
Ces infections surviennent par petites épidémies familiales ou
"de cantine".

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 Physiopathologie
• Les Shigelle envahissent la muqueuse intestinale (pouvoir
invasif)

• pénètrent dans les entérocytes et les détruisent par action d'une

toxine.

• Il s'en suit une importante réaction inflammatoire de la

muqueuse qui explique la symptomatologie clinique

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 Diagnostic bactériologique
• Prélèvement : coproculture à la phase aigue de la maladie
• Culture :
- Milieu sélectif (SS ou Hektoen)
- Incubation pendant 24 h à 37°C
• Identification :
- Colonie lactose -, H2S –
- Etat frais : bactéries immobiles
- Identification biochimique :
Caractères des entérobactéries, galeries muettes
• Agglutination à l’aide de sérums spécifiques

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 Sensibilité aux antibiotiques
• Shigella reste sensible aux antibiotiques actifs sur les
entérobactéries. Mais des souches multi résistantes sont
apparues

• Le traitement repose sur : Trimetoprime-sulfamethoxazole,

une fluoroquinolone ou une betalactamine

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 Prophylaxie

• Hygiène de l’eau et des aliments

• Etude épidémiologique des souches
• Absence de vaccin à ce jour

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