Biométrie et Biostatistique

Le cours de Biométrie et Biostatistique porte sur la classification et l’analyse des êtres vivants, en mettant en avant les outils de systématique, phylogénie et
nomenclature scientifique.

Il explore les chapitres :

• Classification et systématique.

• Notions de phylogénie et cladisme.

Résumé réalisé par : AMZERT Malek Maissa.

Définitions : • Les taxons : Groupes hiérarchiques basés sur des caractères

communs. Traditionnellement, 7 niveaux hiérarchiques : règne,
Classification : Classement hiérarchique des êtres vivants en taxons
embranchement, classe, ordre, famille, genre, espèce.
pour organiser la diversité biologique.
• Rangs intermédiaires : Enrichissent les classifications.
Systématique ou taxonomie : Science dédiée à décrire, nommer,
identifier, inventorier, classer et établir les liens évolutifs entre les taxons • Arbres phylogénétiques : Représentations arborescentes des
(Phylogénie). relations évolutives (lien de parenté).

Objectifs de la systématique : Description et Nomenclature :

• Décrire et inventorier les nouvelles espèces et taxons. 1. Code de nomenclature :

• Attribuer des noms acceptés scientifiquement. • Etablis pour normaliser la dénomination des taxons, éviter les
ambiguïtés dues à des descriptions multiples d’une même espèce, et
• Identifier les caractères distinctifs. garantir une cohérence dans l’usage scientifique.
• Classer les taxons dans une hiérarchie biologique. • Plusieurs codes existent, adaptés aux différents groupes
• Identifier les relations de parenté entre les taxons. d’organismes (par exemple, pour les animaux, les plantes, ou les
bactéries).
Apports de la systématique :
• Ils imposent des règles sur la forme des descriptions, la
• Inventorier et préserver la biodiversité avant extinction. désignation des types et la publication des noms.

• Comprendre l’histoire évolutive et les mécanismes de l’évolution. 2. Les types :

Objets d’étude de la systématique : Un type est un spécimen de référence qui sert à valider et fixer le nom
d’un taxon. Les principaux types incluent :
• Holotype : Spécimen unique désigné par l’auteur dans la • Inclusion de sous-genres, écrit entre parenthèses après le genre.
description originale, servant de référence principale pour le taxon. Exemple : Turrilites (Turrilites) costatus.

• Paratypes : Spécimens additionnels mentionnés dans la • Sous-espèces ajoutées après le nom de l’espèce. Exemple :
description originale pour compléter les informations fournies par Panthera tigris sumatrae (pour le tigre de Sumatra).
l’holotype.
• Abréviations : "aff." (affinité avec une autre espèce), "sp."
• Allotype : Paratype choisi pour représenter le sexe opposé à (espèce indéterminée), "nov." (nouveau taxon), ou "cf." (identification
celui de l’holotype (dans le cas des espèces sexuées). incertaine).

• Syntypes : Ensemble de spécimens utilisés dans la description 5. Principe d’antériorité :

originale, à une époque où l’holotype n’était pas obligatoire.
• Ce principe garantit que le nom le plus ancien utilisé pour
• Lectotype : Spécimen désigné ultérieurement parmi les syntypes désigner un taxon est celui qui doit être retenu. Les noms ultérieurs
pour servir de référence en l’absence d’un holotype initial. deviennent des synonymes.

• Néotype : Spécimen désigné pour remplacer l’holotype perdu • Les synonymes désignent plusieurs noms attribués à un même
ou détruit. taxon, tandis que les homonymes concernent des noms identiques
attribués à des taxons différents (l’antériorité tranche en faveur du
Localité type : Le lieu où les spécimens de référence (holotype ou
premier nom publié).
autres) ont été collectés. Ce lieu est souvent mentionné dans la
description pour documenter le contexte géographique et 6. Précisions et annotations :
écologique.
Certains termes précisent la validité ou l’incertitude autour d’un nom :
3. Règles d’écriture des noms :
• Nomen nudum : Nom "nu", non encore validé par le code de
Les noms scientifiques suivent un format standardisé : nomenclature. Non écrit en italique.

• Ils incluent le genre (majuscule, italique) et l’espèce (minuscule, • Nomen oblitum : Nom "oublié", non utilisé pendant 50 ans après sa
italique). Exemple : Tissotia tissoti. publication initiale.

• Le nom de l’auteur et l’année de publication suivent le nom de • Nomen dubium : Nom "douteux", attribué à un taxon mal défini ou
l’espèce. Exemple : Tissotia tissoti (Bayle, 1880). incertain.

• Si le nom de genre est modifié après la publication, l’auteur

original est placé entre parenthèses.
Notions de phylogénie et cladisme
4. Variantes possibles :
Introduction à la phylogénie :

• La reconstitution des phylogénies repose sur :

 o L'irréversibilité de la vie. b. Homologie :

o La succession temporelle des fossiles, qui offrent des informations Un caractère est homologue lorsqu'il est hérité d’un ancêtre commun.
précieuses pour retracer les lignées. On note deux niveaux d’homologie :

• Les tentatives basées uniquement sur les fossiles ont réussi pour • Primaire : Hypothèse d’héritage.
certains groupes mais échouent souvent en raison de lacunes dans les
• Secondaire : Homologie démontrée par études
enregistrements fossiles.
phylogénétiques.
Le cladisme :
c. Homoplasie :
• Une méthode proposée par Willi Hennig en 1950 pour pallier les
Apparition indépendante d'un caractère dans des groupes non
limites des fossiles discontinus.
apparentés :
• Défini comme une approche systématique phylétique, il
• Convergence : Ressemblances dues à des pressions
hiérarchise les relations de parenté selon les ressemblances
morphologiques entre organismes actuels et fossiles. environnementales similaires.

• Réversion : Retour à un caractère ancestral.

Principes du cladisme : Éléments des cladogrammes :

1. Parenté phylogénétique : 1. Groupes :

• Monophylétique : Inclut tous les descendants d’un ancêtre

Le degré de parenté est basé sur la proximité de l'ancêtre commun :
commun.
• Ancêtre proche → Taxons fortement apparentés.
• Paraphylétique : Exclut certains descendants.
• Ancêtre éloigné → Taxons peu apparentés.
• Polyphylétique : N'inclut pas l'ancêtre commun.
2. Caractères et homologie :
2. Structure des cladogrammes :
a. Caractères :
• Nœud : Ancêtre commun hypothétique.
Un caractère est un attribut observable d’un organisme (ex. couleur
des yeux). Les caractères sont classés par état : • Branche : Relation évolutive entre taxons.

• États primitifs (plésiomorphes) : Présents chez l'ancêtre et • Racine : Origine évolutive des taxons étudiés.
inchangés. Reconstruction phylogénétique :
• États dérivés (apomorphes) : Innovations évolutives. 1. Polarisation des caractères :
Identification des états primitifs et dérivés via trois méthodes :

• Groupe externe : Comparaison avec un taxon hors du groupe

étudié.

• Ontogénétique : Basé sur le développement embryologique (loi

de biogenèse).

• Paléontologique : Basé sur l’ancienneté dans les archives fossiles.

2. Matrice de caractères :

• Tableau regroupant les états de caractères pour chaque taxon

étudié.

3. Construction de l'arbre :

• Basée sur le principe de parcimonie (moins d'étapes évolutives

possibles).

• Limitations :

o L'évolution peut être rapide et non parcimonieuse.

o Les rythmes d'évolution varient.