Tutoriel d’utilisation du logiciel BLAST
BLAST (« Basic Local Alignment Search Tool ») est un logiciel développé par le National Center for
Biotechnology Information qui permet de :
➢ Comparer statistiquement une séquence de nucléotides ou de protéines sélectionnées, à des bases
de données comprenant des milliers de séquences connues.
➢ Déterminer l’identité de cette séquence (« de quelle séquence ma séquence est la plus proche ») :
à quelle espèce elle appartient, et quelle est la fonction de cette séquence.
Sommaire
1. Récupérer les séquences d’intérêt
2. Accéder à BLAST
3. Comparer la séquence à la base de données
4. Comprendre les résultats
5. Ajouter l’espèce dans le tableur numérique
1. Récupérer les séquences d’intérêt
Dans le dossier Excel, le tableur numérique « sequences-adn » contient des séquences ADN inconnues.
Sélectionner une séquence dans la colonne “séquences d’ADN à identifier”, et la copier.
2. Accéder à BLAST
a. Cliquer sur le lien :
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
ou
copier le lien dans votre navigateur internet.
b. Cliquer sur « Nucleotide BLAST »
(encadré rouge sur l’image ci-contre).
Cet outil permet de comparer une séquence
de nucléotides à d’autres séquences de
nucléotides.
3. Comparer la séquence à la base de données
a. Dans le champ « Enter Query Sequence », coller la séquence sélectionnée. Cocher ensuite
« Show results in a new window » et cliquer sur « Algorithm parameters » (voir encadrés
rouges sur l’image ci-dessous).
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Tutoriel d’utilisation du logiciel BLAST
b. Dans le champ « Database »
choisir Nucleotide collection
(nr/nt) encadré rouge sur l’image
ci-contre).
Puis, dans le champ « Max matches in a query range »
(encadré rouge sur l’image ci-contre), rentrer 1. Cela
permettra d’afficher uniquement la meilleure
correspondance de la séquence copiée.
Cliquer ensuite sur le bouton
« BLAST » (encadré rouge sur
l’image ci-contre).
Le serveur va chercher la
meilleure correspondance
de la séquence (cela peut
prendre plusieurs secondes).
4. Comprendre les résultats
La fenêtre de résultats apparaît et donne plusieurs indications :
➢ Le type de séquence « Molecule type ». Dans l’exemple ci-dessous, la molécule est de
type « dna », c’est-à-dire qu’il s’agit d’une séquence nucléotidique.
➢ La longueur de la séquence « query length ». Ici, elle mesure 164 nucléotides.
➢ Le nom de l’espèce qui a le plus de correspondance avec la séquence. Ici il s’agit de
« Siphonosphaera cyathina ».
Type de la séquence
Longueur de la séquence
Nom de l’espèce associée à la séquence
5. Identifier à l’aide d’un moteur de recherche fiable à quel type
d’organisme appartient cette espèce.
Ici c’est un radiolaire. Vous pouvez même l’identifier avec une image
