BACTERIOLOGIE MEDICALE

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
 SOMMAIRE
1. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES (ECBU) (6H)
2. EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES SELLES (COPROCULTURE)
(6H)
3. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES SECRETIONS
GENITALES (4H): PU, PCV
4. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DU LCR (4H)
5. HEMOCULTURE (4H)
6. ANTIBIOGRAMME (4H)
 1. EXAMEN
CYTOBACTERIOLOGIQUE DES
URINES – ECBU -
FSSH-2023
INTRODUCTION
•Les maladies infectieuses, sont le
résultat du développement d’agent
pathogènes microscopiques au sein
d’un tissu ou d’un organe qui sont
d’origine bactérienne, virale ou
mycosique, qui cause des maladies
infectieuses.
•Parmi ces infections on distingue
l’infection urinaire qui représente la
deuxième pathologie infectieuse
après celle des voies respiratoires
(Perry et al., 2004).
•L'infection urinaire est un terme
général qui comprend la colonisation
microbienne asymptomatique de
l’urine, et l’infection symptomatique
avec l’inflammation des structures de
l’arbre urinaire ( Kouta, 2009) .
•L’ECBU est l’examen clé pour
diagnostiquer l’infection urinaire,
adapter la thérapeutique et suivre
son efficacité (Courcol et al., 2005), cela
en isolant les microorganismes
responsables et on déterminant la
sensibilité ou la résistance de ces
germes identifiés aux antibiotiques.
• Pour cela on s’intéresse à examiner les
urines suspectés ayant une infection
urinaire.
OBJECTIF DE L’ANALYSE
• - Isoler
et identifier des bactéries
potentiellement responsables des IU.
- Etudier le profil de résistance aux ATB
des bactéries identifiées
•L’ECBU est donc un examen
microbiologique qui permet à la fois
de diagnostiquer une infection
urinaire en identifiant le germe
responsable, d'évaluer l'importance
de l'inflammation et d’aider à choisir
le meilleur traitement.
•Il est l’examen le plus demandé en
pratique médicale et son
interprétation est relativement facile,
en théorie.

•Un manque de rigueur dans les

étapes de sa réalisation peut
néanmoins conduire à des résultats
de qualité assez moyenne, et par
conséquent, peu fiables.
 1. Pourquoi prescrire un ECBU ?
• Le prescripteur (médecin, sage femme, …)
prescrit au malade un ECBU à réaliser dans un
laboratoire. Cet examen lui permettra de
donner au malade le meilleur traitement en cas
d’infection urinaire.
Infection urinaire chez la femme
•Les symptômes d’une Iuchez la
femme sont entre autres:
❖ des douleurs lors des mictions,
❖des brûlures,
❖du sang dans les urines,
❖une fréquente envie d’uriner,
❖des frissons et de la fièvre.
Infection urinaire chez l’homme
•Les infections sont moins fréquentes,
elles se traduisent par les mêmes
symptômes chez la femme et parfois
accompagnées de douleurs
testiculaires et d’un écoulement au
niveau de l’urètre.
APPAREIL URINAIRE
INFECTION
•A partir d’un échantillon d’urine, cet
examen prévoit de réaliser :
-Une cytologie
-Une bactériologie
•Au-delà d’une suspicion d’infection
urinaire, le médecin peut y recourir pour
tout problème urinaire : cystite,
pyélonéphrite, prostatite chez l’homme.

•L’examen est systématique chez la

femme enceinte, au cours d’examens
préopératoires urologiques ou
gynécologiques ou lors de contrôles
post-thérapeutiques.
2. Prélèvement de l’échantillon de l’urine
•On receuille les premières urines du
matin (le milieu du jet)
•Ou bien les urines ayant séjournées
au moins 6h dans la vessie.
• pour avoir un concentré de bactéries
d’une part et éviter les contaminants
• saprophytes de l’urètre d’autre part.
 La qualité du recueil

• La qualité du recueil des urines est

primordiale, elle conditionne la
qualité des résultats de l’examen.
•Une asepsie rigoureuse doit donc être
de rigueur. Le plus souvent, ce recueil
se fait au laboratoire ou à la maison.
•
PRELEVEMENT DE L’ECHANTILLON D’URINE
URINE SEJOURNEES PENDANT AU MOINS 6H DANS LA
VESSIE

PRELEVER LE MILIEU DU JET, 20 – 30ML DANS UN POT STERIL

FINIR LA MICTION EN DEHORS DU POT

FERMER HERMETIQUEMENT LE POT ET ACHEMINER AU LABO

ECHANTILLON D’URINE
3. Aspect macroscopique de l’urine
•L’urine normale a une couleur claire,
d’aspect jaune citron;
• tandis que l’urine infectée est
souvent trouble, d’odeur
nauséabonde et de couleur plus
foncée.
4. Examen microscopique de l’urine:
la cytologie
•Au cours de l’examen, on dénombre
les différents éléments cellulaires (GB,
GR, CE, CYLINDRES) contenus dans un
volume donné de l’urine étudiée.

•Le nombre de chacun d’entre eux est

rapporté au ml.
•A l’état normal, l’urine est très pauvre
en éléments cellulaires : les hématies
dépassent rarement le nombre de 1000
et les leucocytes le nombre de 10 000.
5. Les leucocytes
• En cas d’infection urinaire, les leucocytes sont
très souvent rencontrés en grand nombre,
car la multiplication bactérienne
s’accompagne d’une levée des défenses
immunitaires. La leucocyturie est alors élevée
(> 10 000 leucocytes/ml). On parle également
de pyurie élevée, ce qui correspond à la
présence de pus, elle-même correspondante
à des leucocytes altérés dans les urines.
•ce n’est pas parce que la leucocyturie
Attention
est faiblement positive, voire
négative, qu’il n’y a pas d’infection :
certaines personnes (nouveau-nés,
femmes enceintes, personnes
immunodéprimées...) peuvent avoir
des défenses immunitaires affaiblies.

•Leur nombre normal est inférieur à

103 /ml d’urine
6. Les hématies
•En situation normale, les hématies
sont rarement supérieurs à 10 000/ml
d’urine.
Attention
• En cas de troubles anormaux, une forte
hématurie peut même être repéré à l’œil
nu.
• Les traumatismes, les calculs, les cystites
hématuriques, la tuberculose, les tumeurs
de l’appareil urinaire, les troubles de la
coagulation ( traitements anticoagulants)
peuvent en être à l’origine.
7. Les cristaux

•Les cristaux ne sont pas pathologiques

lorsqu’ils sont constitués de substances
présentes habituellement dans l’urine,
comme l’acide oxalique, l’acide urique
ou les sels de calcium.
L’acide urique

•L’acide urique est issu de

la dégradation des purines présentes
dans de nombreux aliments (aliments
riches en protides, alcool, bière,
boissons sucrées…). Il est ensuite
éliminé par les reins, dans les urines.
Acide urique
Les oxalates
•l'augmentation des oxalates dans
l'urine est attribuée à une
consommation excessive de produits
contenant de l'acide oxalique et ses
composés (oseille, épinard, tomate,
betterave, asperge, agrume, etc.).
La présence d'oxalate de calcium dans
l'urine des adultes et l'enfant, peuvent être
causés par les raisons suivantes:
• Douleur dans le rein, la vessie ou l'uretère;
• Colique dans l'abdomen;
• Augmentation de l'envie d'uriner;
• Impuretés de sel d'acide oxalique dans l'urine;
• Diminution du volume d'urine;
• Coloration de l'urine de couleur brune;
• Fatigue et irritabilité du patient.
Cristaux d’oxalate de calcium
8. Les cylindres
•Les cylindres urinaires sont constitués
par une agglutination de protéines
différentes dont l’origine peut
permettre la suspicion d’une
pathologie.
•En situation normale, cylindres hyalins
< 8 /µL
Les différents cylindres
• Les cylindres hématiques (qui contiennent
des globules rouges) indiquent une
probable atteinte des glomérules.
•Les cylindres leucocytaires (qui
contiennent des globules blancs)
traduisent une maladie infectieuse.

•Les cylindres hyalins (qui ont la

transparence du verre) ne permettent
pas d’affiner un diagnostic, même si
ils sont assez fréquemment le signe
d’une inflammation des reins.
Les cylindres
• Les cylindres granuleux s’observent dans toutes les
pathologies rénales, tandis que les cylindres cireux
en soulignent le stade avancé.
• Chez un patient présentant une insuffisance
rénale aiguë, la présence de cylindres
granuleux (et présence de cellules épithéliales
des tubules rénaux) permet de faire le
diagnostic de nécrose tubulaire aiguë.

• En situation normal en cylindres granuleux < 1 /µL

Les cylindres
9. Les cellules épithéliales
• La présence de ces cellules est sans signification car
elle correspond à une perte tout à fait normale des
cellules superficielles du tissu des voies urinaires
basses.

• En revanche, la présence de plus de 3 cellules/µL

d’urine suggère une possible affection tubulaire.

• En situation normale, cellules épithéliales

urothéliales (voies hautes) < 3 /µL
Les cellules: hématies, PN, cellules épithéliales
10. Les bactéries
• L’examen bactériologique permet de
confirmer ou non le diagnostic d’infection
urinaire et de mettre en évidence l’éventuelle
souche bactérienne qui en est responsable.

• Lors d’une infection urinaire, les bactéries se

multiplient dans l’urine (on estime qu’elles se
divisent chacune une fois toutes les 45
minutes). En 3 à 4 heures, on peut facilement
atteindre 10 000 bactéries/ml.
Attention
• Il est bon de savoir que cette quantité de
10 000 bactéries/ml ne peut jamais être
atteinte par une bactérie qui contamine
l’urine au moment du recueil, tant que
celle-ci est bien conditionnée (au frais et
non à température ambiante par
exemple).
Tableau le diagnostic de la
leucocyturie, la bactériurie et les
symptômes.
 Interprétation
• - A l’état physiologique : ≤ 103 leucocytes/ml et
≤103 hématies/ml
• - En cas d’infection urinaire, en général : ≥ 104
leucocytes/ml (± hématurie ≥ 104 hématies/ml)
• - La présence de cellules vaginales traduit une
contamination de l’urine : leur présence doit
faire interpréter avec prudence la leucocyturie
et/ou l’hématurie qui peuvent aussi être
d’origine génitale
Leucocyturie Bactériurie Symptômes Conclusion
Pas de signes
Bactéries < IU
d’infection
1000/ml
Leucocytaires > Signes d’infection IU; ATB
10 000/ml Pas de signes
Bactéries > , IU
d’infection
1000/ml Signes d’infection IU; ATB
Bactéries < Pas de signes d’IU Pas IU
1000/ml Signes d’infection IU
Leucocyturie < Pas de signes
Pas IU
10 000/ml Bactéries > d’infection
1000/ml Signes
IU; ATB
d’infection
Tableau: Urine recueillie par le biais d'une
sonde urinaire
Bactériurie Symptômes Conclusion
Pas de signes
Bactéries < Pas IU
d’infection
1000/ml
Signes d’infection IU; ATB
Pas de signes
Bactéries > IU, possible
d’infection
1000/ml
Signes d’infection IU probable; ATB
 11. Les bactéries usuelles
• L’infection urinaire est généralement causée par
des entérobactéries (des bactéries du tube digestif),
et notamment par Escherichia coli.
• Klebsiella et Proteus mirabilis sont
également fréquemment retrouvées tout
comme Enterobacter, Serratia et
Citrobacter dans le milieu hospitalier.
• On retrouve également Staphylococcus
saprophyticus, une bactérie à Gram
positif qui est probablement le deuxième
agent d’infection urinaire chez la
femme. Corynebacterium
urealyticum est une bactérie plus rarement
rencontrée mais elle reste responsable de bon
nombre d’infections urinaires nosocomiales du
sujet âgé.
•On retrouve par ailleurs d’autres agents
que les bactéries comme
les levures (principalement des
champignons du genre Candida) même
si elles affectent surtout les personnes
présentant des facteurs de risques tels
que le port d’une sonde urinaire, le
diabète, l’immuno-dépression, ... Leur
présence est attestée par un examen
mycologique des urines.
12. Les bandelettes urinaires
•L’analyse de l’urine par
bandelettes est une des analyses les
plus fréquentes. Elle permet de mettre
en évidence les infections
urogénitales, mais aussi divers
troubles métaboliques, hépatiques et
rénaux.
•Le test se compose d’une bandelette
présentant des zones réactives
permettant de rechercher dans l’urine
la présence de différents éléments tels
que les nitrites, les protéines, le
glucose, les corps cétoniques,
l’urobilinogène, la bilirubine mais
aussi d’estimer la densité ou le pH.
 Interprétation d'une bandelette réactive urinaire
LEUCOCYTES 10 leucocytes / µl INFECTIONS
INFECTIONS À
NITRITES 0,3 mg/L ENTÉROBACTÉRIES
PH 5,0 CALCULS RÉNAUX
60 mg/L DYSFONCTIONNEMENT
PROTÉINES RÉNAL
(albumine)
GLUCOSE 0,4 g/L DIABÈTE
CORPS
0,05 g/L DIABÈTE
CÉTONIQUES
MALADIES DU FOIE ET DES
UROBILINOGÈNE 4 mg/L VOIES BILIAIRES
MALADIES DU FOIE ET DES
BILIRUBINE 84 mg/L VOIES BILIAIRES
Bandelettes réactives
• Attention, l’interprétation des réactions
chimiques peut entraîner des « faux
positifs », du fait de la consommation de
certains médicaments, un apport
alimentaire important en nitrites ou très
coloré (betterave rouge), de grandes
quantités de vitamine C ou de traces
d’antiseptiques.
L’usage des antibiotiques contre les
infections urinaires
L’usage des antibiotiques contre les
infections urinaires

• Les antibiotiques sont généralement utilisés

comme traitement de première choix pour
combattre les infections urinaires. Les plus
couramment utilisés sont ceux qui
appartiennent à l’un des groupes suivants :
 Quinolones
• ils s’utilisent dans le traitement des infections
urinaires basses. En général, ils s’administrent
d’abord par voie intraveineuse et ensuite par
voie orale. Ils présentent effectivement une
bonne absorption digestive. Chez les femmes
enceintes, ils peuvent être prescrits après le
premier trimestre de grossesse
Aminoglycosides :
• il s’agit d’antibiotiques bactéricides
spécialement employés lorsque la cause de
l’infection est le bacille gram négatif. On utilise
ces médicaments sur de courtes périodes car
ils possèdent des effets toxiques.
 Triméthoprime/sulfaméthoxazole
(TMX/SMX)
• :ils ne s’utilisent que si la bactérie
responsable de l’infection a été identifiée et
jugée sensible au médicament. Dans le cas
contraire, on ne conseille pas d’y avoir
recours
 Fosfomycine trométamol
• ils sont efficaces contre les bactéries
gram positives et gram négatives. Sous
forme de dose unique, il s’agit de l’un
des groupes d’antibiotiques les plus
utilisés et efficaces.
Céphalosporines
• l’utilisation des céphalosporines de
première génération n’est pas
recommandée. Uniquement les
céphalosporines de deuxième génération
pour les infections légères et celles de
troisième génération pour les infections
plus sévères.
13. Antibiogramme

•L’antibiogramme permet au médecin de

choisir le meilleur traitement
antibiotique individualisé contre la
souche bactérienne responsable de
l’infection.
• L’antibiogramme est une technique de
laboratoire qui vise à tester la sensibilité
d’une souche bactérienne vis-à-vis de
plusieurs antibiotiques.

• On place la culture de bactéries en présence

des différents antibiotiques et on observe les
conséquences sur le développement et la
survie de cette dernière. Il existe ensuite trois
interprétions différentes :
SENSIBILITE

•La bactérie est sensible à l’antibiotique :

il suffit d’une faible concentration de
l’antibiotique en question pour tuer les
bactéries et la dose nécessaire est
administrable chez l’homme.
RESISTANCE
• La bactérie est résistante à l’antibiotique : la
dose nécessaire pour tuer les bactéries est
beaucoup trop élevée pour être supportée chez
l’homme sans effets secondaires majeurs. Un tel
antibiotique ne peut donc être utilisé pour
traiter l’infection.
INTERMEDIAIRE
• La bactérie est intermédiaire à l’antibiotique :
la dose nécessaire pour tuer les bactéries est
tantôt administrable chez l’homme, tantôt
dangereuse. Il faut donc considérer que la
bactérie est résistante in vivo, c'est-à-dire dans
l’organisme.
RESULTATS ANTIBIOGRAMME
FIN