ÉNERGIE - SANTÉ
Bioremédiation des sols et des eaux :
application aux pollutions chimique et
nucléaire
Bioremediation of soil and water:
application to chemical and nuclear
pollutions
Alain VAVASSEUR 1
Directeur de recherche à l’Institut de Biologie Environnementale et de
Biotechnologies au CEA de Cadarache
Résumé
La bioremédiation est une branche des biotechnologies En comparaison des méthodes physico-chimiques
qui utilise des mécanismes biologiques naturels utilisées classiquement pour décontaminer les sols,
ou détournés pour traiter des problèmes mais qui conduisent à leur déstructuration et à une
environnementaux. Les agents biologiques utilisés forte diminution de leur fertilité et de leur productivité, la
peuvent être de simples molécules organiques, comme bioremédiation est considérée comme une technique
de l’ADN ou des anticorps, ou bien des organismes respectueuse de l’environnement. Un atout important
vivants ou morts (bactéries, microalgues, champignons, de cette technique est également son coût, bien
algues et plantes supérieures). La phytoremédiation inférieur à celui des techniques traditionnelles de
consiste plus spécifiquement à utiliser des plantes pour décontamination. Par contre, la bioremédiation ne
décontaminer des sols, des eaux ou de l’air pollués. peut être appliquée dans l’urgence, car les durées
Contrairement aux polluants organiques tels que de traitement s’étalent sur plusieurs années ─ voire
les PCB2, TNT3, TCE4, qui peuvent être métabolisés décennies ─ en fonction du degré de pollution. Les
par les micro-organismes du sol ou les racines des recherches actuelles portent donc essentiellement sur
plantes, les radionucléides ─ comme la plupart des l’optimisation de ce temps de traitement.
métaux lourds ─ ne peuvent être dégradés, mais Nous présentons dans cet article différents exemples
leur spéciation peut être modifiée et, par ce fait, leur de bioremédiation in situ des métaux lourds et des
biodisponibilité et leurs effets sur l’environnement. radionucléides, et nous débattons en conclusion les
aspects négatifs et positifs de cette technique.
Ainsi, les stratégies de bioremédiation concernant les
radionucléides vont consister en :
- leur stabilisation/minéralisation afin de diminuer leur
biodisponibilité grâce à un changement de leur état
redox ; Mots-clés
- pour les sols, leur extraction, en utilisant les Décontamination des sols, bioremédiation, phyto-
mécanismes nutritifs des plantes ; extraction, phytostabilisation, rhyzofiltration.
- pour les solutions polluées, leur extraction, en
utilisant les propriétés de « piège à cations » des parois
végétales.
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Abstract
Bioremediation is a branch of biotechnology that uses Compared to physicochemical methods conventionally
natural or diverted biological mechanisms to address used to decontaminate soils but which lead to a sharp
environmental problems. The biological agents can be decline in fertility and productivity, bioremediation is
simple organic molecules, such as DNA or antibodies, considered a friendly environmental technology. An
or live or dead organisms (bacteria, microalgae, fungi, important advantage of this technique is its cost, much
higher algae and plants). Phytoremediation refers more lower than traditional remediation techniques. By cons,
specifically to using plants to decontaminate polluted bioremediation cannot be applied in an emergency,
soil, water, or air. because processing times are spread over several
Unlike organic pollutants such as PCBs1, TNT2, TCE3, years ─ even decades ─ depending on the degree
which can be metabolized by soil microorganisms and of pollution. Therefore current research focuses on
plant roots, radionuclides ─ like most heavy metals ─ optimizing the processing time.
cannot be degraded. Thus, bioremediation strategies We present in this paper several examples of in situ
for radionuclides will consist into: bioremediation of heavy metals and radionuclides, and
- stabilization/mineralization to reduce their we discuss in conclusion the negative and positive
bioavailability through a change in their redox state; aspects of this technique.
- for soil, their extraction using the plant nutrition
mechanisms;
- for polluted solutions, their extraction using the “cation Keywords
traps” properties of plant cell walls. Soil decontamination, bioremediation, phyto-
extraction, phytostabilization, rhyzofiltration.
Dans les relations entre la production d’éner- La rhizofiltration (cf. § 5) utilise l’affinité des
gie nucléaire et la santé, les plantes jouent un racines pour concentrer les microéléments,
rôle essentiel. Leurs affinités avec les radioélé- comme l’uranium.
ments peuvent avoir des répercussions sur la
chaîne alimentaire, mais les plantes ont aussi La phytoextraction (cf. § 3) met en œuvre
d’autres propriétés tout à fait intéressantes. l’accumulation par les plantes des éléments
C’est pourquoi nous avons voulu donner la toxiques, tandis que la phytovolatilisation (cf.
parole à Alain VAVASSEUR pour montrer pour- § 6) permet de disperser les éléments volatils
quoi le CEA est impliqué dans ce domaine. dans l’air par évapotranspiration par les feuilles.
Bioremédiation, phytoextraction, rhyzofiltration,
phytovolatilisation, phytostabilisation : autant
de termes dont il a accepté de nous donner les
définitions, non sans esquisser quelles pour- Bioremédiation des sols et des eaux : appli-
ront être leurs applications actuelles et futures : cation aux pollutions chimique et nucléaire
La phytostabilisation (cf. § 4) vise à mainte-
nir un couvert végétal pour empêcher l’érosion
et la dispersion par le vent, ainsi que le lessi-
vage des sols.
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Avant-propos : la dégradables, on peut se servir des plantes soit
problématique de pour les extraire du sol, quand il s’agit d’atomes
à longues périodes radioactives, soit pour les y
Fukushima fixer en attendant leur décroissance radioactive.
Un congrès s’est tenu à Koriyama, dans la Par rapport aux techniques physico-chimiques,
province de Fukushima, en mars 2012, pour les techniques de remédiation biologique sont
exposer les premiers retours d’expérience de mises en œuvre in situ avec un impact moindre
décontamination et programmer les mesures à sur l’environnement. Elles peuvent ainsi traiter
prendre désormais. de larges espaces faiblement contaminés, elles
diminuent l’érosion par le vent et le ruissellement,
Le césium est le principal radiocontami- elles préservent la fertilité des sols, ainsi que le
nant, mais il pénètre peu dans le sol, donc les paysage. Leur coût est modéré, généralement de
premières mesures agricoles vont être d’araser 10 à 100 fois inférieur aux techniques classiques ;
une couche de terre de 5 à 10 cm, puis de labou- néanmoins celui-ci demanderait à être évalué en
rer profondément pour enfouir la contamination intégrant le coût de l’immobilisation du site qui,
restante, et enfin procéder à un amendement pendant la durée (parfois longue) du traitement
potassique important pour créer une compétition ne peut généralement pas être utilisé (sauf pour
entre le césium et le potassium. des cultures particulières, voire des champs d’ins-
tallations solaires) ; elles sont généralement bien
Si l’on considère que la surface impactée est acceptées par le public en tant que « technologie
de l’ordre de 1 800 km2 et qu’on veut éliminer 5 verte », et peuvent être étalées dans le temps.
cm de sol pour limiter le débit de dose à 6 mSv/an Enfin, le recyclage de la biomasse, en matériaux
(un niveau au-dessus des normes européennes ou combustible, contribue à diminuer le coût de
actuelles), cela conduit à évacuer quelque 100 la réhabilitation des sols et à recréer de l’emploi
millions de m3 de terre contaminée en radiocé- dans les zones où l’agriculture est impactée par
siums 137 et 134, que l’on devra ensuite stoc- la pollution. (Dans le cas d’une combustion, il faut
ker : on voit les limites de cette approche quand il bien sûr prendre soin de traiter les fumées, qui
s’agit de grandes surfaces. concentrent alors la contamination).
D’où la nécessité de rechercher des tech-
niques biologiques compatibles avec le milieu 2. La bioremédiation par les
naturel. bactéries
1. La bioremédiation : Dans le cas de métaux lourds toxiques,
présentation des les phénomènes de biotransformation mis en
jeu incluent : chimisorption renforcée par les
technologies existantes microbes, biosorption, bioaccumulation, biomi-
néralisation. Les bactéries couramment utilisées
En complément de l’approche mécanique et sont : Geobacter metallireducens, Geobacter
physico-chimique, il est possible de faire inter- sulfureducens, Shewanella oneidensis, Desulfo-
venir des êtres vivants, des bactéries ou des tomaculum reducens ou Thermoterrabacterium
plantes : c’est ce qu’on appelle la bioremédiation. ferrireducens.
Certaines bactéries précipitent et fixent l’ura- Les bactéries peuvent être utilisées pour
nium en leur périphérie. C’est le cas de Geobac- adsorber l’uranium soluble dans l’eau à la
ter metallireducens dont la répartition de l’ura- valence VI, mais on peut aussi utiliser des bac-
nium à la valence IV en périphérie de la cellule téries capables de réduire l’uranium (VI) à la
est révélée aux rayons X (Cologgi et al., 2011). valence IV, provoquant une précipitation de
En concentrant le métal ou en le précipitant par l’uranium qui n’est alors plus biodisponible. Ce
réduction chimique, ce qui réduit sa biodisponibi- transfert d’électrons mettant en jeu un autre
lité, les bactéries servent à dépolluer les liquides élément métallique (soufre ou fer, par exemple)
(voir § 2). constitue un phénomène métabolique dont la
bactérie tire de l’énergie.
Comme les atomes radioactifs ne sont pas
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On peut précipiter par des bactéries l’ura- biomasse produite, multipliée par le coefficient
nium, le plutonium, le technétium, le palladium de transfert (rapport entre la concentration du
et d’autres éléments. On voit dans le cytoplasme polluant dans le végétal et celle dans le sol).
de la bactérie Pseudomonas CRB5, des granules
d’uranium associées à des polyphosphates, dont Des plantes dites métallophages extraient de
l’uranium est très affin. Pour une eau contaminée façon remarquable le cadmium ou le zinc, mais
avec de l’uranium à 200 mg/L, la décontamina- elles sont généralement de petite taille et de cycle
tion est quasi terminée au bout d’une centaine lent, et ne conviennent donc pas à une exploita-
d’heures, notamment en conditions aérobies, tion industrielle.
avec des systèmes simples ne requérant pas
d’énergie (McLean et Beveridge, 2001). Dans le cas du projet européen PhyLeS (pilot
phytoremediation for environmental cleanup of
De même, la radiographie montre l’accumu- lead polluted soils), qui consistait à traiter, en
lation de technétium (après réduction) dans la Italie, des terrains d’une ancienne fonderie forte-
paroi de la bactérie Shewanella oneidensis. Avec ment pollués au plomb (300 à 1 200 mg/kg), on a
d’autres bactéries, on obtient des formations appliqué un traitement de chélation à l’EDTA au
pariétales d’uranium complexé par des phospha- moment de la floraison. Le coefficient de phytoex-
tases, ou de palladium réduit à la paroi d’une cel- traction par rapport au tournesol non traité a été
lule sulfato-réductrice (Lloyd et al., 1999). multiplié par 90 en utilisant K2EDTA pour trai-
ter Brassica Juncea cv. 426308 (le simple choix
On arrive même ainsi à former des structures de Brassica Juncea – moutarde indienne – cv.
cristallines d’uranium. 426308 fait gagner un facteur 6, et l’ajout de
K2EDTA à 5 mmol/kg de terre sèche, encore un
Comment utiliser ces propriétés ? facteur 15). Dans ce cas, il faut tout de même
une vingtaine d’années pour effectuer une phyto
On sait de mieux en mieux confiner les bac- remédiation complète.
téries ou les microalgues dans des supports :
soit des mousses, des verres frittés, des porce- Des essais pour dépolluer des sols conta-
laines, de façon à les intégrer dans un procédé minés en uranium ont été menés avec de la
industriel. C’est ainsi, par exemple, qu’en Afrique moutarde indienne (Brassica juncea) et de
du Sud, on extrait de l’or par filtration à partir l’ivraie « ryegrass » (Lolium perenne). Utilisés
d’arsénopyrite. seuls, ils ne dépolluent pas, mais en ajoutant
de l’acide citrique avec la moutarde indienne ou
On peut aussi utiliser les bactéries directe- un mélange acide citrique + bicarbonate avec
ment sur les sites miniers, soit pour récupérer l’ivraie, on atteint des facteurs de transfert de 8
l’uranium à très faible teneur par biolixiviation en et 5 respectivement. Il faut donc rechercher des
utilisant des bactéries oxydantes qui le rendent plantes, comme le lupin, qui exsude par lui-même
soluble à la valence VI, soit pour fixer l’uranium le citrate dans le sol. Pareillement, pour dépolluer
avec des bactéries réductrices. du plutonium, il est possible d’ajouter du nitrate,
meilleur que le citrate, mais l’ajout de DPTA (acide
À Ashtabula (Ohio), pour traiter la nappe diéthylène triamine penta acétique, un décorpo-
phréatique contaminée, des injections d’ester de rant humain) augmente encore les résultats d’un
polylactate ont été faites in situ pour augmenter facteur 30 à 100. Il faut donc ajouter au sol les
l’activité d’une bactérie Geobacter, capable de agents qui rendent biodisponibles pour la plante
réduire l’uranium (VI) en uranium (IV) et ensuite les éléments dont on veut dépolluer le sol.
de l’immobiliser.
En ce qui concerne le césium, qui est le pol-
luant radiologique majoritairement répandu après
3. La phytoextraction un accident nucléaire, comme l’ont montré les
catastrophes de Tchernobyl et de Fukushima, les
Puisque les radionucléides et les métaux ne mesures faites sur les territoires contaminés à la
sont pas dégradables, la rhyzodégradation est suite de l’accident de Tchernobyl ont montré que
exclue, et la phytoextraction des radionucléi- celui-ci ne migrait que lentement dans les sols, et
des et des métaux se limite à accumuler l’élé- que les végétaux le recyclaient, en l’incorporant
ment toxique dans la plante. Le rendement de la par les racines et en le restituant au sol lors de la
dépollution dépend étroitement de la quantité de chute des feuilles.
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Dans l’humus, le césium reste échangeable, la translocation du césium.
tandis que dans l’argile (piège à cations), il est très
fortement fixé, comme analogue du potassium. Le laboratoire collabore également avec les
Le quinoa et la betterave à sucre présentent les équipes japonaises du Pr Tomoko Nakanishi
meilleurs coefficients de transfert pour le césium, (Univ. de Tokyo) qui font de l’imagerie isotopique,
devant l’Atriplex sp. et l’ivraie (Lolium perenne). afin de suivre en temps réel le transfert de césium
La culture doit donc être adaptée en fonction du à partir des racines, en utilisant du potassium
sol pour maximiser le produit (biomasse x coeffi- comme compétiteur : on voit qu’en présence de
cient de transfert). potassium, le transfert de césium est ralenti, alors
que le césium est rapidement absorbé quand il
Dans le cas de Brookhaven (réacteur des n’y a pas de potassium. Le potassium est donc
États-Unis qui a présenté une fuite notamment une contre-mesure efficace en cas de pollution
de strontium et de césium), ont été testées l’ama- par le césium.
ranthe (Amaranthus retroflexus), la moutarde
(Brassica juncea), le haricot (Phaseolus acutifo- La démarche suivie est donc : à partir d’études
lius). L’amaranthe permet d’obtenir les meilleurs génétiques, identifier les marqueurs importants
coefficients de transfert pour le césium, avec une pour le transport de césium, et ensuite rechercher
diminution de moitié en 15 ans, et elle offre une dans la biodiversité si certaines plantes expri-
demi-décroissance du strontium en 6 ans (Fuhr- ment beaucoup ces transporteurs. S’offrent alors
mann et al., 2002) (NB : la période radioactive deux possibilités : soit la safe food, qui consiste
du Sr-90 est de 29 ans, celle du Cs-137 est de à cultiver des plantes sur lesquelles on a réussi
30 ans). à supprimer les transporteurs impliqués dans la
prise de césium, et permettre par exemple de
La biomasse ainsi chargée de contamination faire pousser, sur des sols contaminés, du riz
est ensuite traitée comme un déchet radioactif dont le grain est peu contaminé ; soit la phytore-
incinérable. médiation, dont le but est inverse, c’est-à-dire
augmenter l’absorption de la contamination par
Notre laboratoire travaille en physiologie les plantes.
cellulaire et en biologie moléculaire pour essayer
de comprendre les mécanismes qui interviennent
dans le transfert vers la plante de métaux lourds 4. La phytostabilisation
ou radionucléides comme le cadmium ou le
césium, le cobalt et l’uranium. Dans le cas du Le cas de la Combe du Saut, ancienne mine
césium, nous étudions les transporteurs ─ de d’or fortement polluée à l’arsenic (11 millions
potassium essentiellement ─ qui normalement de tonnes de stériles pollués), représente un
permettent la nutrition de la plante et participent exemple français qui n’est pas dans le domaine
à l’entrée de césium. Cette démarche permet des radionucléides. Le site de cette mine, avec
d’obtenir des critères quantitatifs qui seront uti- un flux d’arsenic de 1 300 kg/an qui s’écoulait
lisés par la suite pour sélectionner et éventuelle- vers la nappe phréatique, et un flux de 300 kg/
ment transformer des plantes optimisées pour la an qui percolait vers la rivière, a été traité à la
phytoremédiation. La démarche commence par grenaille de fer qui retient l’arsenic, puis en plan-
des études de génétique inverse : on sélectionne tant des espèces résistantes à l’arsenic, de façon
des plantes qui sont invalidées pour des gènes à empêcher le ruissellement (programme DifPol-
codant pour des transporteurs potassiques, et on Mine de l’ADEME).
observe si elles assimilent moins le césium.
On en déduit que ces transporteurs inter-
viennent dans le processus, on peut alors sélec-
tionner les plantes qui expriment plus ce trans- 5. La rhyzofiltration
porteur, ou transformer des plantes pour qu’elles
l’expriment plus. Comme modèle pour améliorer Une autre façon d’utiliser les plantes est la
le facteur de décontamination, nous utilisons rhyzofiltration. Les racines des plantes consti-
Arabidopsis thaliana, modèle de biologie molé- tuent de véritables pièges à cations. Dans une
culaire dont le génome est petit et la séquence expérience déjà ancienne, l’eau contaminée
d’ADN connue depuis l’an 2000, en effectuant un avec de l’uranium à 2 MBq/L est filtrée à travers
criblage de gènes impliqués dans l’absorption et des bassins successifs ; le premier bassin retient
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déjà 97,7 % de l’uranium entrant, et il sort du 3e une méthode mixte de remédiation, réalisée
bassin de l’eau épurée à 99,3 % (Timofeeva-Res- après une cartographie très fine : traiter de façon
sovskaia, 1963). physico-chimique les points très chauds, puis
utiliser des techniques de phytoremédiation et de
Une technique de rhyzofiltration mettant en microbiologie, couplées à une valorisation de la
œuvre des radeaux flottants est utilisée dans la biomasse, pour traiter les superficies plus impor-
zone de Tchernobyl, permettant d’atteindre une tantes et moins contaminées.
concentration dans les racines d’un facteur 5 000
à 30 000 à pH 5.
La rhizodégradation utilise l’activité micro-
bienne au niveau racinaire produisant des 8. Une algue verte,
enzymes qui peuvent dégrader chimiquement les
produits toxiques organiques, mais cela ne s’ap-
championne de la
plique évidemment pas aux radioéléments. radiorésistance
Les chercheurs du CEA Grenoble et de l’Ins-
6. La phytovolatilisation titut Laue Langevin ont eu la surprise de décou-
vrir, dans une piscine d’entreposage de combus-
La technique de phytovolatilisation s’applique tible irradié, un eucaryote survivant à des doses
à des éléments non dangereux une fois dilués, extrêmes de rayonnement (50 % de mortalité à 10
comme le sélénium qui est toxique à haute dose kGy), soit 2 000 fois supérieures à la dose létale
mais qui est ajouté comme oligoélément dans pour l’homme. Cette algue verte unicellulaire a
l’alimentation du bétail. Pour les éléments comme été identifiée comme étant du genre Coccomyxa
le sélénium ou le mercure qui deviennent volatils et fut baptisée actinabiotis du fait de son biotope
une fois méthylés, il est possible de transformer (Rivasseau et al., 2013). Cette algue capte les
une plante et lui faire exprimer une méthylase, qui métaux (par exemple : 110mAg avec un facteur
permettra la dispersion de la pollution par volati- de concentration de plus de 100 000), les lantha-
sation. nides et les actinides, ainsi que le carbone-14.
Sur le site du laboratoire d’Argonne près de C’est un organisme photosynthétique, auquel
Chicago (ANL-East), ont été stockés de nom- il n’est pas nécessaire de fournir de substrat
breux déchets nucléaires dont ceux provenant carboné, et qui se développe simplement à partir
de la pile CP-1 construite par Enrico Fermi sous de l’éclairage de la piscine. La comparaison avec
le stade de l’université de Chicago. Ce stockage l’utilisation de résines échangeuses d’ions montre
a occasionné la pollution de la nappe phréatique l’efficacité des algues sur des périodes de l’ordre
par de l’eau tritiée. Des tubages ont été réalisés du mois : 40 g d’algues peuvent extraire 740 MBq
dirigeant les racines de peupliers en 1999, et 2 d’une piscine de 360 m3 en trois semaines. Le
ans après, les peupliers poussent en volatisant développement est en cours avec le CEA pour en
progressivement l’eau tritiée, tout en restant à faire un procédé industriel.
des niveaux de concentration atmosphérique très
en dessous des normes en vigueur.
Conclusion
7. L’avenir : une technologie Les défis à relever pour la bioremédiation sont
mixte les suivants :
- Les durées de traitement doivent être amélio-
rées ;
Le laboratoire s’est positionné sur un pro- - La contamination doit être modérée et non
gramme national en soutien à Fukushima en multiple ;
collaboration avec d’autres laboratoires du CEA, - Chaque cas est spécifique, avec de nombreux
l’IRSN, l’INRA, le CIRAD, Véolia, et Aréva. Ce paramètres (climat, sol…) ;
programme DEMETERRES, financé par la - L’exploitation de la biomasse offre un potentiel
France dans le cadre du Programme d’Investis- intéressant ;
sement d’Avenir, a démarré en novembre 2013 - Une meilleure coordination des recherches est
pour une durée de 5 ans. Il s’agit d’optimiser souhaitée (création de bases de données) ;
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- Il est nécessaire de développer des espaces de il est possible de faire des modifications géné-
démonstration du potentiel de cette technologie. tiques, par des techniques non OGM, afin que
certains gènes ne s’expriment plus, notamment
Dans le cadre nucléaire : ces techniques sont ceux participant au transfert de Cs dans la plante.
peu attractives au niveau commercial en raison Toutefois, il est possible qu’à moyen terme, les
du caractère aléatoire de la demande ; elles opinions évoluent grâce à une meilleure informa-
requièrent donc un développement sur fonds tion sur ce qu’est un OGM, en montrant que les
publics. Il est vrai qu’en France, en l’état actuel plantes destinées à la phytoremédiation peuvent
de la législation et de l’état d’esprit de la société être conçues stériles et n’entrent pas dans la
concernant la transgénèse, il est peu envisa- chaîne alimentaire.
geable d’utiliser des plantes génétiquement
modifiées pour dépolluer des sols. D’ores et déjà,
1. vavavasseur@[Link]
2. PCB : polychlorobiphényles (pyralène)/polychlorinated biphenyls (pyralene).
3. TNT : trinitrotoluène/trinitrotoluene.
4. TCE : trichloréthylène/trichlorethylene.
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