Université Marien NGOUABI

Département des Licences

Faculté des Sciences et Techniques

BIOCHIMIE DES MACROMOLECULES

Niveau : Licence 1 CHIMIE

Dr Aimé Christian KAYATH
chriskayath@[Link]
Année académique: 2017-2018
1
Avant de lire ce document…
La biochimie est l'étude des réactions chimiques qui se déroulent au sein des êtres vivants, et notamment dans
les cellules. La complexité des processus chimiques biologiques est contrôlée à travers la signalisation cellulaire
et les transferts d'énergie au cours du métabolisme. Depuis un demi-siècle, la biochimie est parvenue à rendre
compte d'un nombre considérable de processus biologiques, au point que pratiquement tous les domaines de la
biologie, depuis la botanique jusqu'à la médecine, sont aujourd'hui engagés dans la recherche biochimique, voire
biotechnologique. L'objectif principal de la biochimie de nos jours est de comprendre, en intégrant les données
obtenues au niveau moléculaire, comment les biomolécules et leurs interactions génèrent les structures et les
processus biologiques observés dans les cellules, ouvrant la voie à la compréhension des organismes dans leur
ensemble.

Titulaire d’un Doctorat (PhD) du collège de doctorat en Biochimie, Biologie Moléculaire et Cellulaire -
Bioinformatique et Modélisation (BBMC-BM) de l’Université de Liège, Dr Aimé Christian KAYATH est
aussi détenteur d’une maîtrise en Biologie Cellulaire et Moléculaire de l’Université Marien NGOUABI,
d’un D.E.S Interuniversitaire en Biotechnologie de l’Université de Liège. Il est professeur permanent à
l’Université Marien Ngouabi et coordonateur du cours de Biochimie.
«NOUS SOMMES L’ADDITION DE L’ANABOLISME ET DU CATABOLISME.»

Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi 2

 La Biochimie des macromolécules
• Partie 1: Protéines: Acides aminés

• Partie 2: Acides nucléiques: ADN et ARN

• Partie 3: Glucides: Oses

• Partie 4: Les Lipides: Acides Gras

3
Partie 1

LES PROTEINES
Niveau : Licence 1 parcours Chimie

Dr Aimé Christian KAYATH

Faculté des Sciences et Techniques,
Université Marien Ngouabi
chriskayath@[Link]
Partie 1 Au sommaire de ce cours

1. Les macromolécules chez l’humain

2. Les acides aminés, caractéristiques, Stéréoisomérie des acides aminés, classification, les
acides aminés protéinogènes et non protéinogènes,
3. Ionisation des acides aminés
4. Liaison peptidique: formation, caractéristiques de la liaison peptidique, classification
5. Les protéines: Structure des protéines et caractéristiques des protéines, protéomique
6. Purification des protéines
7. Détermination de la structure tertiaire ou tridimensionnelle d’une protéine
8. Interaction protéine-protéine
9. Le repliement des protéines
10. Modifications post-traductionnelles
11. Les protéines, molécules aux diverses fonctions
12. Détermination de la structure primaire d'une protéine
13. Séquençage protéique par la Biologie Moléculaire
14. La spectrométrie de masse (MS)

Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi 5

 Les acides aminés et les peptides

• De nommer les 22 acides aminés protéinogènes et de

OBJECTIFS dessiner leurs structures, de les classer,
L’étude de ce chapitre vous
permettra: • De reconnaitre quelques acides aminés non
protéinogènes, de connaitre la structure la plus proche
des acides les plus cités,
• D’écrire les symboles à trois lettres et à une lettre de
chacun des acides aminés courants,
• De donner la liste des groupements ionisables des
acides aminés courants,
• De décrire la contribution de chaque type de groupe
des acides aminés courants à leurs propriétés
chimiques.

Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi 6

1. Les macromolécules chez l’humain
Composition biochimique du Corps humain

7
 2. Les acides aminés
Les acides aminés α-L sont des molécules biologiques qui
possèdent deux fonctions différentes, l'une acide (-COOH)
et l'autre amine (-NH2).
Fonction amine
N-Terminale

Rôle: Les acides α-aminés jouent un rôle fondamental α

en biochimie comme constituants élémentaires des
protéines : ils polymérisent en formant des liaisons
peptidiques qui aboutissent à de longues chaînes
macromoléculaires appelées peptides

Fonction acide
Radical, carboxylique
portion variable C-Terminale

 On connaît environ 500 acides aminés  22 acides aminés protéinogènes

différents, définis simplement comme — 23 si l'on considère que la N-
des acides carboxyliques portant formylméthionine
également une fonction amine,
 2. Les acides aminés
Stéréoisomérie des acides aminés

les acides aminés existent sous la forme de deux énantiomères, traditionnellement appelés D et L, selon que le
groupe (–CO) se trouve respectivement à droite (D) ou à gauche (L) dans la projection de Fischer

Les acides aminés α-L représentent la quasi-totalité des acides aminés qui se trouvent dans les
protéines mammaliennes. Certaines bactéries utilisent les acides aminés α-D pour le
désassemblage des Bifilms (D-Met, D-leu, D-Tyr) et la formation d’antibiotiques (α-L et α-D)

9
 2. Les acides aminés
Les acides aminés protéinogènes sont les unités de base de construction des protéines

la pyrrolysine ne se rencontre que chez certaines archées méthanogènes,

 a sélénocystéine est présente également chez les eucaryotes 10
 2. Les acides aminés
Classification des 22 acides aminés protéinongènes

Acides aminés Code à 3 lettres Code à 1 lettre Poids (en g/mol)

alanine Ala A 89,1

arginine Arg R 174,2
asparagine Asn N 132,1
aspartate Asp D 133,1
cystéine Cys C 121,2
glutamate Glu E 147,1
Poids moléculaire moyen
glutamine Gln Q 146,2 110 g/moles = 110 Da
glycine Gly G 75,1
histidine His H 155,2
isoleucine Ile I 131,2
leucine Leu L 131,2
Soit une protéine de 70 AA
lysine Lys K 146,2 Le PM= 70 x 110= 7700 Da
méthionine Met M 149,2
phénylalanine Phe F 165,2
proline Pro P 115,1
sérine Ser S 105,1
thréonine Thr T 119,1
tryptophane Trp W 204,2
tyrosine Tyr Y 181,2
valine Val V 117,1
sélénocystéine Sel U 168,05
pyrrolysine Pyl O 255,313
 Acides aminés: ce que je dois retenir…
22 Acides aminés protéinogènes classés en Fonction de la polarité,
Métabolisme et fonctions non protéinogènes
de la charge et de l’hydrophobicité

G : (R=-H) 8 AA essentiels : W, K, M,
P: Anneau pyrrolidone (acide iminé) E: précurseur du γ-aminobutyrate,
F, T, V, L et I, un neurotransmetteur
2 AA sémiessentiel: H et R
C: Formation des ponts disulfure
inter et intra chaîne W: précurseur de la sérotonine, un autre
neurotransmetteur

Hydrophobe F: précurseur de divers phénylpropanoïdes, et de

A, L, I, F, V, M, W, Y et P Acides tyrosine
aminés
Y: précurseur des catécholamines telles que
Polaire et Chargé la dopamine, l'adrénaline et la noradrénaline
D, E (négativement)
K, R (positivement) G: précurseur de l'hème, et plus généralement
H: faiblement chargé à pH des porphyrines
neutre
R: précurseur du monoxyde d'azote, un
neurotransmetteur
Polaire et non-chargés: N, Q, S et T
M: S-adénosylméthionine qui, avec
l'ornithine (non protéinogène), est un précurseur
Acide: D et E R: stimule la circulation sanguine, de polyamines
fortifie le système immunitaire et
influe de façon positive sur
Basique: K, R et H la libido masculine D,G et Q: précurseurs des nucléotides
12
 Acides aminés non protéinogènes
Un acide aminé non protéinogène est un acide aminé qui ne peut pas être incorporé dans les protéines
lors de la traduction de l'ARN messager par les ribosomes

La phosphorylation de la sérine, la thréonine et

la tyrosine en O-phosphosérine, O-phosphothréonine et O-
phosphotyrosine est un mécanisme courant de régulation de
l'activité physiologique des protéines et des enzymes.
O-Phospho-L-thréonine

O-Phospho-L-tyrosine
L'acétylation de la lysine en N-ε-acétyllysine intervient sur
les histones pour en moduler la liaison à l'ADN dans
les nucléosomes, ce qui a d'importantes implications
en épigénétique, c'est-à-dire dans la modulation de
l'expression génétique.

6 L
N -Acétyl- -lysine
 Acides aminés non protéinogènes
Un grand nombre d'acides aminés assurent des fonctions métaboliques et physiologiques variées. Ils peuvent ainsi
intervenir comme:

 Intermédiaires du
métabolisme ornithine citrulline

L-homosérine, L-homocystéine

 Neurotransmeteurs

DOPA 5-Hydroxy-L-tryptophane

 Hormones  Toxines

Acide djenkolique
Thyroxine Triiodothyronine Acide iboténique
 3. Ionisation des acides aminés
pH et charges des acides aminés
Rappel: Selon Brönsted, un acide est celui qui libère un H+ et une base est celle qui reçoit un H+ .
A- + H+ AH Un effet tampon est maximal quand la
concentration d'accepteur et de donneur
pH= pKa/b + log ( [accepteur]/[donneur] ) sont similaires, pH = pKa ou pKb.

Deux groupes ionisables: le groupe -NH2 et le groupe - Ils ont donc un caractère amphotère car ils peuvent
COOH, ionisables en -NH3+ et -COO-, être à la fois donneur ou accepteur d'électrons
On appelle zwitterion ("ion hybride »,
en français) une molécule qui porte à la
fois une charge positive et négative

On utilise généralement le pKa

plutôt que le Ka pour déterminer
la force d’un acide.
Plus l’acide est fort plus le pKa a
est petit.

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Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
 Ionisation des acides aminés: cas pratique

 Exemples d’application: Ioniser les peptides suivants,

pH: 2 pH: 7 pH: 12

A-E-R A-E-R A-E-R
V-P-E V-P-E V-P-E
K-L-D K-L-D K-L-D
16
 Dosage des protéines Absorption UV Classification des
des acides aminés peptides
Tous les acides aminés présentent une absorption Les peptides sont classés selon le nombre
importante aux longueurs d’onde inférieures à 230 nm.
d'unités d'acides aminés dans une chaîne:
Les acides aminés aromatiques absorbent à 270-280 nm

TRP 278-280 nm

TYR 275 nm à pH acide et 280 nm à pH > 10, PHE).  dipeptide (2 résidus acides aminés),
La cystine absorbe vers 260 nm.
Applications au dosage. Filtres solaires anti UV.
 tripeptide (3 résidus acides aminés),
 oligopeptide (entre 12 et 20 résidus),
La loi de Beer Lambert permet donc leur dosage en UV  polypeptides (> 20 résidus).
 Protéines (assemblages d’un ou
plusieurs polypeptides ayant subi des
modifications post-traductionnelles et
un repliement protéinique).

A = ε.l.c et A = log ( Io / I )
 4. Liaison peptidique

Caractéristiques de la liaison peptidique  Le squelette peptidique possède deux degrés de rotation : -

stabilité de la liaison peptidique et d’autres propriétés du une rotation autour de la liaison N-Cα, l’angle Φ (phi) et une
polypeptide sont dues à la résonance, la délocalisation rotation autour de la liaison Cα – CO, Ψ (psi).
d’électrons de plusieurs atomes. Conséquence: Le motif
peptidique est relativement polaire, augmentation de la
polarité de la liaison peptidique: moment dipolaire

2. La liaison peptidique peut exister sous deux configurations :

cis et trans. Cependant, dans la forme cis, les chaînes latérales
et les atomes de carbone alpha de résidus adjacents se gênent
mutuellement et, du fait de cet encombrement stérique, le
rapport cis/trans est de l'ordre 1:1000. Une exception notable
de cette règle est la proline, pour laquelle la forme atypique
du groupe latéral rend la configuration cis plus accessible
 Les 6 atomes du motif peptidique sont coplanaires : plan
3.L'oxygène du CO et l'hydrogène de NH sont en position amide de la structure peptidique
trans l'un par rapport à l'autre. La conformation trans
est la plus favorisée de point de vue énergétique, donc
elle est plus faible énergétiquement que la conformation  Les liaisons C-N et Cα - N présentent des distances bien
cis. fixes : C-N : 0,133 nm et Cα - N : 0,145 nm

4. Les liaisons chimiques sont covalentes, rotation possible

autour de chacune de ces liaisons

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 Les protéines
• D'expliquer la Biosynthèse des protéines
OBJECTIFS • D’expliquer et d’illustrer la structure primaire, secondaire,
L’étude de ce chapitre vous tertiaire et quaternaire
permettra: • D’identifier les principaux types connus de structures
secondaires et d’expliquer les motifs de structure
supersecondaire
• De décrire la nature et la force relative des forces qui stabilisent
chaque ordre de structure protéique
• De décrire l’information résumée dans le diagramme de
Ramachandran
• De connaitre les domaines des protéines et leurs rôles
• De définir le repliement des protéines solubles et
membranaires, connaitre le rôle physiologique des chaperons
• De connaitre les techniques de purification des prot2ines
• De décrire les techniques d’électrophorèse
• De savoir comment déterminer la séquence d’une protéine,

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 5.1 Biosynthèse des protéines
ADN
La protéomique désigne la science qui étudie les
protéomes, c'est-à-dire l'ensemble des protéines d'une
cellule, d'un organite, d'un tissu, d'un organe ou d'un
organisme à un moment donné et sous des conditions
données.

Mécanismes de repliement
Modifications post-traductionnelles
 5.3 Structure des protéines

(1) Structure primaire: ordre des acides aminés le long

de la chaîne polypeptidique.

(2) Structure secondaire: repliement local des acides

aminés en hélices, en feuillets, ou en d'autres formes
similaires.

(3) Structure tertiaire: agencement stable dans l'espace

de ces hélices et feuillets.

(4) Les domaines: motifs spécifiques jouant un rôle

biologique

(5) Structure quaternaire: agencement des sous-unités

entre elles, quand la protéine est constituée de plusieurs
sous-unités indépendantes (comme l'est par exemple
l'hémoglobine).

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Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
 4. Liaison peptidique
La liaison peptidique a lieu entre le COOH d'un acide aminé et le NH2 de l'acide aminé à sa droite. Le Radical R
ne participe pas à la liaison peptidique

Exemple: Gly-Gly

NH2-CH-COOH + NH2-CH-COOH
H H

NH2-CH-CO NH-CH-COOH + H20

H H
A pH 2, la forme dominante est
NH+3-CH-CONH-CH-COOH
H H
A pH 7, la forme dominante est
NH+3-CH-CO NH-CH-COO-
H H

La liaison peptidique n’est pas chargée, quel que soit le pH physiologique considéré
22
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 5.4. Structure primaire
Enchaînement covalent des résidus d'acides aminés par des liaisons peptidiques. le côté N-terminal (NH2)
et C-terminal (COOH)

M A T
L D N E Q F S V Y P I G K R W T

N-terminal H2O C-terminal

H H O R2 H H O R4 H H O R6 HH O
H–N–C–C – N–C–C– N– C–C – N–C–C– N–C–C – N–C–C O-H H-N-C-C-O-H
R1 H HO R3 H HO R5 H HO R7

Chaine
latérale Liaison Formation d’une liaison
peptidique par condensation et
peptidique élimination de la molécule d’eau

Exemple : l'α-lactalbumine humaine

 MRFFVPLFLVGILFPAILAKQFTKCELSQLLKDIDGYGGIALPELICTMFHTSGYDTQAIVENNESTEYGLFQ
ISNKLWCKSSQVPQSRNICDISCDKFLDDDITDDIMCAKKILDIKGIDYWLAHKALCTEKLEQWLCEKL

 Met-Arg-Phe-Phe-Val-Phe-Leu-Phe…
23
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 5.5. Structure secondaire
L'existence de structures secondaires vient du fait que les
repliements énergétiquement favorables de la chaîne
peptidique sont limités et que seules certaines
conformations sont possibles.

La structure secondaire est stabilisée

par les liaisons hydrogène

De plus certaines conformations se trouvent nettement favorisées car stabilisées par des liaisons hydrogènes
entre les groupements amide (-NH) et carbonyle (-CO) du squelette peptidique.

Il existe des méthodes expérimentales pour déterminer la structure secondaire :

 La Résonance Magnétique Nucléaire (RMN)
 Le dichroïsme circulaire
 La spectroscopie infrarouge

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 5.6 Angles dièdres et structure secondaire

On peut déterminer la conformation du squelette d'un acide aminé à partir

de deux angles dièdres, φ et ψ.
Les liaisons peptidiques sont en
jaune et R1 et R2 indiquent les
chaînes latérales de deux acides
aminés consécutifs.

Le squelette peptidique possède

deux degrés de rotation : - une
rotation autour de la liaison

 N-Cα, l’angle Φ (phi) et une

rotation autour de la liaison
 C – Cα, Ψ (psi).

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 5.7. Importance des angles dièdres
Les angles jouent un rôle important dans la représentation du diagramme de Ramachandran. Ce
diagramme montre des principales zones énergétiquement favorables en fonction des angles dièdres (φ ,ψ):
la région des hélices α et celle des feuillets β. La troisième région, plus petite, correspond à une
conformation en hélice gauche (φ>0).

Exception : la Glycine et la Proline.

La glycine ne possède pas de chaîne
latérale (R=H) et, de ce fait, est
beaucoup moins contrainte sur le
plan de l'encombrement stérique.
Elle peut donc adopter des valeurs (φ
,ψ) beaucoup plus diversifiées, en
dehors des régions normalement
privilégiées. À l'inverse, la proline
est plus contrainte: elle contient un
cycle pyrrole qui empêche la
rotation correspondant à l'angle φ.

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 5.8. Différentes sortes de Structure secondaire
les hélices, les feuillets, les coudes, les tours, les boucles.
a-Les Hélices
Type d’hélices Caractéristiques Tour de l’hélice Les angles dièdres (φ
et ψ)
Hélice α Hélice droite très fréquent, à liaisons -3,6 résidus et mesure -57° et -47°
hydrogènes entre le groupement carbonyle -CO 0.54 nm
d'un résidu i et le groupement amide -NH d'un
résidu i+4.

Hélice 310 Hélice droite peu fréquent, à liaison hydrogène 3 résidus et mesure 0.60 -49.0° et -26.0°
entre le groupement -CO d'un résidu i et le nm
groupement -NH d'un résidu i+3
droite

Hélice π Hélice droite à liaison hydrogène entre le 4 résidus et mesure 0.50 -57.1° et -69.7°
groupement CO d'un résidu i et le groupement nm
NH d'un résidu i+5
-droite
Hélice de type II Hélice gauche formées par des poly-glycines ou 3 résidus et mesure 0.93 -79.0° et +145.0°
des poly-prolines nm

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b-LES FEUILLETS
Type de feuillet Caractéristiques Pas du feuillet Les angles dièdres
(φ et ψ)
Feuillet β anti-parallèle Les groupements -NH et -CO Un brin β moyen dans un Les angles dièdres φ et ψ des
d'un résidu i d'un brin A feuillet anti-parallèle liaisons peptidiques sont en
forment des liaisons mesure 0.68 nm moyenne de -139.0° et +135.0°
hydrogènes avec les
groupements -CO et -NH
d'un résidu j d'un brin B

Feuillet β parallèle Les groupements -NH et -CO Un brin β moyen dans un Les angles dièdres φ et ψ des
d'un résidu i d'un brin A feuillet parallèle mesure liaisons peptidiques sont en
forment des liaisons 0.64 nm moyenne de -119.0° et +113.0°
hydrogènes avec les
groupements -CO d'un
résidu et -NH d'un résidu j+2
appartenant à un brin B

c- Les coudes, les tours et les boucles

Types de coudes Caractéristiques Les angles dièdres
Coudes de type I, II et III il y a formation d'une liaison hydrogène entre le Un coude de type III correspond à un tour
groupe -CO d'un résidu i et les groupements -NH d'hélice 310.
d'un résidu i+3
Coude γ il y a formation d'une liaison hydrogène entre le Les angles φ et ψ du résidu i+1 sont de
groupe -CO d'un résidu i et les groupements -NH +80.0° et -65.0°, respectivement
d'un résidu i+2
 5.9. Structure tertiaire
La structure tertiaire d'une protéine correspond au repliement de la chaîne polypeptidique dans
l'espace. On parle plus couramment de structure tridimensionnelle. La structure
tridimensionnelle d'une protéine est intimement liée à sa fonction: lorsque cette structure est
cassée par l'emploi d'agents dénaturants ou chaotropiques, la protéine perd sa fonction: elle
est dénaturée.

Représentation de la structure tertiaire de l‘interleukine 8 (IL8)

29
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
 5.9.1. Structure tertiaire est stabilisée par différentes liaisons

B. Les interactions
électrostatiques
liaisons ioniques les interactions hydrophobes, ces
A. Les interactions liaisons sont responsables du repliement de
électrostatiques la chaîne et de la formation de la structure
Les liaisons hydrogènes tertiaire des protéines et contribuent à la
formation de l'hélice α dans l'eau

interactions avec le
solvant et
Les interactions Les interactions de l'environnement
covalentes (ponts van der Waals (ions, lipides...)
disulfures entre cystéines)

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 STABILITE DES PROTEINES:
Rappel
Interactions protéine-ligand

 Liaison covalente
 Liaison ionique
 Interactions ion-dipôle et dipôle-dipôle
 Pont hydrogène
 Complexe de transfert de charge
 Interaction hydrophobe
 Interaction de type van der Waals
 Interactions protéine-ligand
Liaison covalente
• La formation d’une liaison covalente représente une
stabilisation entre 40 à 110 kcal/mol
 Interactions protéine-ligand
Interaction ionique Interactions ion-dipôle et dipôle-dipôle
Interactions électrostatiques qui impliquent
Interaction électrostatique des charges partielles – ~ 1 kcal/mol de
– ~ 5 kcal/mol de stabilisation stabilisation
 Interactions protéine-ligand
Liaisons (ponts) hydrogènes
• interaction dipôle-dipôle
– donneurs / accepteurs : N, O, F
– stabilisation d’environ 3-10 kcal/mol
 Interactions protéine-ligand
Complexes de transfert de charge
• Interaction dipôle-dipôle
• Impliquent les électrons p, souvent des groupements
aromatiques (Phe, Tyr, Trp, His) – stabilisation : < 3
kcal/mol
 Interactions protéine-ligand
Interactions hydrophobes

• stabilisation passablement due à la désolvatation (augmentation

d’entropie) – stabilisation : ~ 0.5 kcal/mol
 Interactions protéine-ligand
Interactions van der Waals

• force entre deux dipôles permanents (force de Keesom)

• force entre un dipôle permanent et un dipôle induit
correspondant (force de Debye)
• force entre deux dipôles instantanément induits (force de
dispersion de London)
– formation de dipôles temporaires, dus au mouvement
des électrons dans le nuage électronique des atomes
– stabilisation : ~ 0.5 kcal/mol (par interaction)
 Interactions protéine-ligand
Interactions van der Waals
Profil de la force d’interaction
 5.9.2 Quelques exemples de Protéines

Insuline
Hémoglobine

Glucagon

Amylase
 6-Purification des protéines
La purification d’une protéine consiste en sa séparation des autres constituants de la
cellule (intra et extra cellulaire), ni plus ni moins

Planification d’une purification de protéines

[Link]édiction.
Réaliser une étude in silico: recherche de séquence bioinformatique sur NCBI et paramètres
physicochimiques (pH, pI, solubilité…) Expasy tool…

2- Choix de la source de matériel,

Le matériel de départ est généralement constitué de tissus biologiques ou de cultures cellulaires
(eucaryote ou procaryote) ou une source recombinante (voir biotechnologie des protéines)

3- Choix d’une technique d’extraction. Elles sont nombreuses, et présentent toutes des avantages
et des inconvénients.

4- Séparation et enrichissement. Les techniques de séparation utilisent différents aspects

physico-chimiques des protéines, telles que leur charge (chromatographie d'échange d'ions), leur
masse (filtration sur gel, gradients de densité) et leur solubilité (précipitation différentielle au
sulfate d'ammonium)…

41
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
 6.1. La dénaturation inactive les protéines
La dénaturation est une désorganisation de la structure spatiale sans rupture des liaisons peptidiques, car seules les
liaisons secondaires sont concernées
Conséquences de la dénaturation
 Perte de l'activité biologique
 Changement des propriétés optiques
 Perte de la solubilité car précipitation

Les agents dénaturants

Les agents dénaturants physiques
 Température : Toute augmentation de la
température provoque une rupture des liaisons
hydrogène.
 Modification de pH : Elle entraîne une
modification des charges portées par les
groupements ionisés, d'où une rupture de ces
liaisons.
Les agents dénaturants chimiques
 L'urée et le SDS (détergent) : Rupture des liaisons faibles, le SDS ajoute en outre une charge négative à
chaque résidu.
 Le β-mercaptoéthanol, le DTT et l'acide performique : Rupture des ponts disulfures.

42
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 6.2 Les différentes techniques de purification

La chromatographie est une technique séparative analytique et/ou préparative. Elle consiste à faire
migrer les constituants à séparer sur une phase stationnaire immobile à l'aide d'une phase mobile
liquide ou gazeuse de nature différente

Paramètre Technique
Taille Chromatographie sur tamis moléculaire ou
Filtration sur gel
Solubilité Précipitation séquentielle au sulfate
d'ammonium (NH4SO4)
Charge Chromatographie d'échange d'ions (cation ou
anion)
Densité Centrifugation sur gradient; ultracentrifugation

Hydrophobicité Chromatographie en phase inverse

Marqueur ajouté Chromatographie d'affinité
La purification d’une protéine peut se faire en plusieurs étapes, chaque étape visant à
éliminer telle ou telle classe de contaminant. Plusieurs techniques peuvent être associées

43
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
 6.3. Electrophorèses des protéines
Comment se rendre compte si la protéine est bien présente dans l’échantillons ou pas?
L'électrophorèse en gel de polyacrylamide contenant du
laurylsulfate de sodium ou SDS-PAGE (sigle anglophone de
sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis) est
une technique de biochimie qui permet de séparer des
KDa MW
150
100
-
protéines selon leur poids moléculaire 75
50
25
Une électrophorèse bidimensionnelle est un type d'électrophorèse
utilisée pour analyser des protéines.
15
+
La séparation se fait en fonction du point isoélectrique et de la
masse moléculaire.

44
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
7. Détermination de la structure tertiaire ou tridimensionnelle d’une protéine

Méthodes physique
Différentes méthodes expérimentales permettent de découvrir la structure tertiaire des
protéines.

 La cristallographie par rayon X

 La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire
 La cryomicroscopie
 La Modélisation moléculaire (programme informatique)

L’Hémoglobine
La papaïne

45
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
 9. Le repliement des protéines
Le repliement des protéines représente l’état natif d’une protéine. Une protéine repliée est un compromis thermodynamique (ΔH, ΔS et
ΔG) . Il dépend des facteurs ci-dessous

 La conformation d’une protéine est thermodynamiquement favorable

 Le repliement des protéines est modulaire (se fait par étapes ordonnées)
 La protéine disulfure isomérase joue un rôle dans la formation des liaisons inter et intra-peptidique
 La proline-cis-trans-isomérase permet d’isomériser la configuration trans en cis et vice versa
 Le repliement des protéines est un processus dynamique (elles peuvent se replier et se déplier des centaines de fois)
 Les protéines auxiliaire facilitent le repliement des protéines: les chaperons moléculaires

Les protéines chaperons (chaperonnes)

Une protéine chaperon est une protéine dont la fonction est d'assister d'autres protéines dans leur
maturation, leur transport, en leur assurant un repliement tridimensionnel adéquat. Beaucoup de
protéines chaperons sont des protéines de choc thermique (Heat shock proteins: Hsp), c'est-à-dire des
protéines exprimées en réponse à des variations de température, ou d'autres types de stress cellulaire.

On les trouve chez les Procaryotes, dans le cytosol des eucaryotes et dans la
Mitochondrie
11. Les protéines, molécules aux diverses fonctions
Les protéines assurent plusieurs fonctions au sein des cellules et de l'organisme, qui
sont à l'essence même de la vie. En voici une liste non exhaustive avec quelques
exemples :
 Catalyse des réactions biologiques : enzymes (exemple: digestion enzymatique des
aliments dans le tube digestion).
 Structure et soutien : tubuline, élastine, collagène, kératine (cytosquelette et matrice
extracellulaire)
 Transport et stockage : hémoglobine, ferritine.
 Signalisation et régulation : hormones peptidiques, cytokines.
 Réception et transduction des signaux : récepteurs biologiques.
 Mouvement et motricité : système actine / myosine.
 Identité et défense contre les agressions biologiques : anticorps.
 Protection contre le stress environnemental : les chaperonnes.
 Détoxification : cytochrome P450, peroxydases, superoxyde dismutase.
 Biotechnologie: enzyme utilisée en fermenteur dans l’industrie

47
DÉTERMINATION DE LA STRUCTURE PRIMAIRE
D'UNE PROTÉINE

• Méthodes chimiques (Spectrométrie de

masse, Méthode d’Edman)
• Méthodes enzymatiques
• Méthodes par Biologie Moléculaire

Dr Aimé Christian Kayath. Cours de

Biochimie Structurale, Université Marien 48
Ngouabi
 Analyse enzymatique
 Les carboxypeptidases détachent les acides aminés terminaux les uns après les autres. On connaît
actuellement 4 carboxypeptidases : A, B, C et Y.
 La carboxypeptidase A hydrolyse la liaison peptidique du côté C-terminal de tous les acides aminés à
l'exception de : Pro, Arg et Lys. Elle est aussi, bloquée quand la proline précède l'acide aminé C-terminal.
 La carboxypeptidase B hydrolyse la liaison peptidique du côté C-terminal de l'arginine et la lysine
uniquement. Elle est bloquée quand l'acide aminé suivant est la proline.
 Les carboxypeptidases C et Y hydrolysent la liaison peptidique du côté C-terminal de tous les acides
aminés.

Fragmentation de la chaîne polypeptidique.

 Le polypeptide est coupé en peptides de quelques acides aminés par des enzymes spécifiques. Les
fragments peptidiques sont ensuite analysés par les méthodes mentionnés avant.

 la protéase de Staphylococcol (C) Asp et Glu

 Trypsine (C) : Lys, Arg (sauf si Pro à droite)
 Chymotrypsine (C) : Phe, Trp, Tyr (sauf si PRO à droite)
 Thermolysine (N) : Leu, Ile, Val (sauf si PRO à gauche)
 Pepsine (N) : Phe, Trp, Tyr (sauf si PRO à gauche)
 Clostripaïne Arginine (ARG, R)

49
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
Partie 2
Les Acides nucléiques
Niveau : Licence 1 parcours Chimie

Dr Aimé Christian KAYATH

Faculté des Sciences et Techniques,
Université Marien NGOUABI
Année académique: 2016-2017
chriskayath@[Link]

50
 Les Acides nucléiques

Au sommaire de ce cours

1. Les acides nucléiques (ADN et ARN)

2. Notion d’ADN
3. Rôle de l’ADN
4. Bases azotées: éléments essentiels de l’information génétique
5. Nucléosides et Nucléotides
6. Les Coenzymes ou Cofacteurs, éléments du métabolisme
7. Structure et Biophysique de l’ADN
8. Utilisation de l’ADN et applications: cible potentielle pour la Biotechnologie

Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi 51

 1. Les acides nucléiques (ADN et ARN)
ADN
• Chromosome des procaryotes
• Noyau des eucaryotes (Végétaux et Animaux)
• Mitochondries
• Chloroplastes (végétaux)
L’ADN est-il le même dans nos cellules ?
ARN
• Le noyau (nucléoplasme)
ARNm
• Le cytoplasme ARNt
• Ribosome ARNr
• Matrice de la mitochondrie ARNss
• Dans le chloroplaste
52
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale, Université Marien Ngouabi
 1. Les Acides nucléiques
ARN: Acide Ribonucléique ADN: Acide Désoxyribonucléique

5’ 5’
3’

3’ 3’ 5’
Monocaténaire Bicatenaire

Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biotechnologie, Université Internationale de Brazzaville

53
 2. Notion ADN
Structure de l’ADN
La structure standard de l'ADN est
une double-hélice droite,
composée de deux brins
complémentaires. Chaque brin
d'ADN est constitué d'un
enchaînement de nucléotides, eux-
mêmes composés de bases azotées,
d'oses (désoxyribose) et de groupes
phosphate. On trouve quatre
nucléotides différents dans l'ADN,
notés A, G, C et T, du nom des
bases correspondantes.

Un gène est une séquence d'acide

désoxyribonucléique qui spécifie la
synthèse d'un acide ribonucléique
(ARN) fonctionnel puis d'une chaîne
de polypeptides (protéine)

Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biotechnologie, Université Internationale de Brazzaville

54
 2. Rôle de l’ADN
Transmission génétique

L’ADN: Molécule responsable de la transmission des caractères

Attention: L’ADN n'est pas le seul responsable de la transmission des caractères

Transmission biologique

 Transmission des caractères par les bactéries: le Microbiota

 Transmission des caractères par les cellules souches
 Transmission des caractères par l’epigenetique

Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biotechnologie, Université Internationale de Brazzaville

55
 2. Notion d’ADN
Structure de l’ADN
 Nucléotide:
ADN = polymère de désoxyribonucléotides
Les paires de bases (A T et GC) sont reliées par  une base (à l’intérieur) en C1’
des liaisons hydrogène  un pentose (désoxyribose)
 un groupe phosphate –C5’
5’ 3’

3’ 5’

Nucléotides rattachés entre-eux par le phosphate entre

le C5’ et le C3’ du ribose un groupe phosphate lié au
D’où l’orientation de la molécule d’ADN désoxyribose (sucre) en C5’
5’ 3 et 3’ 5’
lui-même lié à une base azotée en C1’
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biotechnologie, Université Internationale de Brazzaville
56
3. Bases azotées: éléments essentiels de l’information génétique

Adénine Guanine
Purine

Pyrimidine Cytosine Thymine Uracile

 4. Nucléosides et Nucléotides
La liaison d'une base nucléique à l'atome de carbone 1’ d'une molécule de ribose ou
de désoxyribose donne un nucléoside (Base +Sucre), plus précisément un ribonucléoside (avec du ribose) ou
un désoxyribonucléoside (avec du désoxyribose) ; la liaison d'un groupe phosphate à l'atome de carbone 5’
d'un nucléoside donne un nucléotide, plus précisément un ribonucléotide ou un désoxyribonucléotide.

Nucléotide= (Base+Sucre+AcP)= Elément fondamental pour l’information génétique

58
 4. Nucléoside et Nucléotides

Adénosine Cytidine Guanosine Uridine

monophosphate monophosphate monophosphate monophosphate

En haut sont représentés les ribonucléotides à guanine, cytosine, adénine et uracile constituant l'ARN, et en bas les
désoxyribonucléotides à guanine, cytosine, adénosine et thymine constituant l'ADN.

Thymidine
Désoxyadénosine Désoxycytidine Désoxyguanosine
monophosphate
monophosphate monophosphate monophosphate

Les bases nucléiques sont synthétisées dans les cellules sous forme de nucléotides, et plus
particulièrement de ribonucléotides, c'est-à-dire liées à un résidu de ribose-5-phosphate. 59
5. Les Coenzymes ou Cofacteurs, éléments du métabolisme

Les coenzymes sont des molécules organiques, cofacteurs de

certaines protéines enzymatiques avec lesquelles ils forment
souvent un complexe stable.

Les coenzymes sont en général impliqués directement dans

la catalyse, par exemple au travers de réactions de transfert
d'électron, de proton, de groupements fonctionnels ou encore sont
impliqués dans le transport du substrat entre sites actifs.
 5. Les Coenzymes ou Cofacteurs, éléments du métabolisme
Les bases nucléiques — et particulièrement l'adénine — interviennent, sous forme de nucléosides et de nucléotides, dans de
nombreux processus métaboliques indépendants de leur rôle de support de l'information génétique

 Sous la forme d'adénosine triphosphate (ATP) et

de guanosine triphosphate, elles interviennent ainsi dans
des processus aussi variés que la phosphorylation au
niveau du substrat, la phosphorylation oxydative dans le
cadre de la respiration cellulaire,
la photophosphorylation dans le cadre de la photosynthèse,
ou encore dans la transduction de
signal (comme précurseur de l'AMP cyclique)

Adénosine triphosphate (ATP)

Guanosine triphosphate (GTP)

Adénosine triphosphate (ATP/ADP/AMP

Cytidine triphosphate CTP/CDP/CMP)
Guanosine triphosphate GTP/GDP/GMP
AMP cyclique(AMPc)
Thymidine triphosphate TTP/TDP/TMP
Uridine triphosphate UTP/UDP/UMP 61
 5. Les Coenzymes ou Cofacteurs, éléments du métabolisme
 sous la forme de dérivés de l'adénosine ou de l'adénosine monophosphate (AMP), elles interviennent dans un grand nombre
de réactions catalysées par des enzymes en tant que coenzymes, par exemple comme constituants de la coenzyme A,
du NAD+/NADH, du NADP+/NADPH, de la FAD/FADH2, ou encore de la S-adénosylméthionine (SAM).

S-Adénosyl-L-méthionine (SAM)
Coenzyme A (CoA)

Nicotinamide adénine Nicotinamide adénine dinucléotide Flavine adénine dinucléotide (FAD)

dinucléotide (NAD+) phosphate (NADP+)
 6. Structure et Biophysique de l’ADN
Liaisons hydrogène

AT

GC

La stabilité d'une double hélice

d'ADN dépend essentiellement du
nombre de liaisons hydrogène à
briser pour en séparer les deux
brins. 63
 6. Structure et Biophysique de l’ADN
Il existe de nombreux conformères possibles de la double hélice d'ADN. Les formes
classiques sont appelées ADN A, ADN B et ADN Z

Paramètre ADN A ADN B ADN Z ADN C

Sens de
droite droite gauche L’ADN quadruplex
l'hélice

L'ADN A s'observe dans les

L'ADN B est la forme la L'ADN Z est plus contraint que les
échantillons d'ADN plus
plus courante de la formes A et B de l'ADN et s'observe
faiblement hydraté, à force
double hélice dans les préférentiellement dans les régions
ionique plus élevée, en présence
conditions riches en paires guanine–
d'éthanol ainsi qu'avec les
physiologiques des cytosine lors de la transcription de
hybrides bicaténaires d'ADN et
cellules vivantes l'ADN en ARN
d'ARN 64
 7. Utilisation de l’ADN et applications: cible potentielle pour la Biotechnologie

Détection des maladies

 Détection de gènes mutés responsables de cancers
 Diagnostic des maladies génétiques (drépanocytose, …)
 Suivi des thérapies anticancéreuses (translocation chromosomique)
 Détection d'infection virale (Virus du SIDA, hépatite A, B et C) ou
bactérienne

Identification d’individus

 Profilage génétique en criminalistique

 Identification parentale ou test de paternité
 Etude concernant l'évolution des espèces

Amélioration de la productivité, qualité, résistance aux maladies et pesticides

65
LES GLUCIDES
Dr Aimé Christian KAYATH

Faculté des Sciences et Techniques,

Université Marien Ngouabi
chriskayath@[Link]
 AU SOMMAIRE DE CE COURS…
II-Les oligosides
(oligosaccharides)
1 –Diversité des enchainements
3 –Notion de sucres réducteurs
I -Les oses: (Monosaccharides) : 4 –Digestion et absorption des
1-Appellation des oses glucides
2-Dissymétrie moléculaire-pouvoir
rotatoire
3-Projection et série de Fischer
4-Confifuration relative des oses
5-Isomerie des oses
6-Filiation des oses
7-Structure cyclique des oses
8-Mutarotation
IV-Polysaccharides
9-Configuration spatiale des oses
A-les homopolysaccharides:
10-Propriété des oses
1-Polysaccharides de réserve
11-Oses d'intérêt biologique
2-Polysaccharides de structure
B-les héteropolysaccharides:
C-Exemples de polysaccharides
V-Hétérosides
67
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 •
LES GLUCIDES
De définir les glucides, de décrire et les classer
OBJECTIFS • De savoir reconnaître un ose d'après sa formule développée ou semi-
développée
L’étude de ce chapitre vous
permettra: • D’expliquer la signification des termes: monosaccharides, disaccharides,
oligosaccharides et polysaccharides, de les nommer, les classer et donner
leur rôle biologique
• D’expliquer la filiation des oses, d’expliquer la stéréoisomerie des
glucides
• De comprendre le mécanisme de la cyclisation; savoir prédire la forme
cyclisée la plus probable d'un ose; savoir utiliser les conventions de
représentation des oses cyclisés.
• D’expliquer les différentes façons de représenter les structures et des
autres monosaccharides et de décrire les divers types d’isoméries des
sucres ainsi que les structures cycliques de type pyranose et furanose
• De décrire la formation des glycoside s, des disaccharides et
polysaccharides importants
• De connaitre les propriétés des oses, d’expliquer le phénomène de
mutarotation
• Connaître la structure primaire des polysaccharides, leur arrangement
tridimensionnel et les propriétés physicochimiques qui en découlent.
• De connaître de la diversité et des propriétés des polysaccharides de
réserve et de structure ainsi que de leurs implications dans les cellules
vivantes et dans les procédures industrielles.
• D’expliquer l’intérêt biotechnologique des glucides

68
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 Les Glucides
Introduction
 Ce sont les molécules les plus abondantes à la surface du globe.
 La majeure partie des glucides de la planète est produite par la photosynthèse.

 Les glucides peuvent être oxydés pour produire de l'énergie dans les processus
métaboliques.
 Chez les animaux et les plantes, des polymères glucidiques (glycogène, amidon)
servent de réservoir énergétique.

 D’autres polymères (cellulose, chitine...) sont aussi trouvés dans les parois
cellulaires (rôle de protection)
 Des dérivés de glucides se retrouvent dans un grand nombre de molécules
biologiques comme les acides nucléiques, ADN et ARN.

 Les sucres sont utilisés dans l’industrie alimentaire et les biotechnologies

 Les sucres interviennent dans les interactions entre les cellules d’un même
organisme

 Les sucres sont utilisées par des microorganismes pour infecter les organismes
hôtes
69
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
Classification des Glucides
Aldoses

X=2 (diholoside)
X=3 (Triholoside)
X=4 (tétraholoside)
Etc

70
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 I. Les oses
1 -Plan de base des oses
Les oses, monosaccharides ou encore sucres simples, possèdent un squelette carboné
linéaire, comportant 3 à 6 C (quelque fois 7, voire 8 carbones).

Aldéhyde

Cétone

* Carbone
*
asymétrique

On distingue deux familles d'oses, définies par les deux fonctions du carbonyle. Un aldéhyde
caractérise un aldose et une cétone caractérise un cétose.

71
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 1. Appellation des oses

Les oses peuvent être classés de deux manières:

 par le nombre de carbones de leur squelette

3: trioses,
4: tétroses,
5: pentoses,
6: hexoses etc...

 par la nature de la fonction du carbonyle (aldéhyde = aldoses, cétone = cétoses).

Les deux classifications peuvent être combinées:

* Aldotétrose (aldose à 4 carbones)
* Cétopentose (cétose à 5 carbones)

72
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 2. Dissymétrie moléculaire-pouvoir rotatoire
Chiralité:
C’est un centre de chiralité=
aucun élément de symétrie.
La molécule est dite chirale
(non superposable à sa propre
image dans un miroir).
Elle présente une activité
optique: une solution de
glycéraldéhyde fait "tourner"
Le carbone 2 est lié à quatre le plan de polarisation de
substituants différents: C'est un lumière qui la traverse.
carbone asymétrique (C*)
Toute molécule chirale possède
la particularité d’être
optiquement active ou douée
de pouvoir rotatoire
Le pouvoir rotatoire spécifique
loi de Biot : α = *α + l C

* α + est le pouvoir rotatoire spécifique de la substance étudiée, l est la longueur de la cuve polarimétrique et C la
concentration de la solution étudiée.

* Lorsque la rotation est vers la droite le composé est dit dextrogyre et son pouvoir rotatoire est positif
* Lorsque la rotation est vers la gauche le composé est dit levogyre et son pouvoir rotatoire est négatif

Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi 73

 3. Projection et série de FISCHER
Glycéraldéhyde Aldotriose (molécule chirale) C2
est asymétrique

L’appartenance à la série * * les formes D et L sont appelées

D ou L pour un ose à énantiomères. Ils ont les
n C est déterminé par mêmes propriétés chimiques
Miroir mais le pouvoir rotatoire est
la configuration du Cn-1.
différent.
D-glycéraldéhyde L-glycéraldéhyde
Les deux molécules ont des activités optiques
contraires (énantiomère), déviant le plan de
polarisation de la lumière d'une même valeur
d'angle, mais dans les deux directions
opposées * *
Aldotetrose, les carbones C2
* * et C3 sont asymétriques -> 2
* Le nombre de stéréoisomères : n = centres de chiralité
2x (x= nombre de carbone
asymétrique
D-Erythrose L-Erythrose

La grande majorité des oses naturels appartient à la série D de Fischer, mais des oses de série L
existent également.
74
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 4. Configuration relative des oses
La configuration relative d'une molécule décrit globalement les configurations absolues des C*. Elle
permet d'attribuer un nom commun à la molécule.

Deux carbones asymétriques adjacents Il existe un nom commun pour chaque

ayant la même configuration absolue, combinaison de configurations.
R ou S, forment un couple érythro, Ex : le ribose est un aldopentose dont les trois
tandis qu'ils forment un couple thréo si carbones asymétriques ont la même
leurs configurations absolues sont configuration absolue: ils sont érythro deux à
opposées. deux.

75
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 5. Isomérie des oses
Epimérie: Enantiomérie: Diastéréoisomèrie:
Deux épimères sont deux Deux isomères différant par la La différence porte sur un
isomères ne différant que par la configuration absolue de tous nombre de C* compris entre 1
configuration absolue d'un seul leurs carbones asymétriques et leur nombre total x de C*
C*. sont images l'un de l'autre
dans un miroir sont appelés
Le D-glucose et le énantiomères.
D-galactose sont épimères
au niveau du carbone 4

Le D-glucoseet le D-gulose sont

Diastéréoisomères car ils diffèrent
par les configurations de 2 sur 4 de
leurs C*

76
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 6. Filiation des oses
Synthèse cyanhydrique de Kiliani
-Ficher (sucre à n C, on obtient un
Sucre à n+1C)
L'addition d'acide cyanhydrique
sur un aldose (ici le D-érythrose)
crée deux cyanhydrines
épimères. Les éléments ajoutés
sont signalés en rouge.

l'imine formée par

hydrogénation du nitrile
initial s'hydrolyse
spontanément en aldéhyde
(aldose dont la chaîne
carbonée est plus longue
d'une unité) et ammoniac.

La synthèse de Kiliani-Fischer n'est pas possible avec les cétoses, car elle introduit une
ramification dans la chaîne carbonée. 77
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
Dégradation de WÖHL-ZEMPLEN (sucre à n C  Sucre à n-1C)

78
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 79
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 7. Structure cyclique des oses
Les oses ne sont pas des structures rigides et rectilignes. La structure linéaire ne permet pas d’expliquer les
propriétés des oses.
Selon Tollens
C’est une représentation cyclique plane. La fonction carbonyle sous forme hydratée engage un des OH dans
un pont oxidique intramoléculaire avec un OH alchoolique (hémiacétalisation), créant un nouveau C*. Ce
nouveau cas de stéréoisomérie s’appelle anomérie. Les carbones de la fonction carbonyle engagés dans des
cycles sont appelés anomériques. (anomérie α ou β)

80
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
7.2. Selon Haworth (Cyclisation des aldoses)

β-D-Glcp

81
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
+ Formation de furanose (C1-C4)

β-D-Glcf

82
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 Selon Haworth (Cyclisation des cétoses)
+ Formation de pyranoses (C2-C6)

83
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
Formation de furanose (C2-C5)

Dr Aimé Christian Kayath Cours de

Biochimie Structurale. Université Marien 84
Ngouabi
 7.3 Règle général
Règle 2 :Règle d’Hudson
Règle 1 : L’anomère α d’un D ose est celui qui possède le
Passage de la Représentation de Ficscher (RF) à la pouvoir rotatoire le plus élevé. Ceci correspond à la
Représentation de Haworth (RH) position «trans» de l’OH en C1 pour les alodoses et
Les groupes OH qui se trouvent à droite dans la RF C2 pour les cétoses par rapport au CH2OH porté par
sont en dessous du plan horizontal formé par le le Cn-1. L’anomère β correspond à la position «cis »
cycle dans la RH. Les groupes qui se trouvent à
gauche dans la RF sont au dessus du plan du cycle
dans la RH.

Règle 3 :
Quand on cyclise un ose, si l’OH entrant dans le
pont oxidique est situé à droite, le CH2OH
terminal sera au-dessus du plan du cycle. S’il En conclusion, l’anomère α a son groupement
est à gauche, le CH2OH sera en dessous du OH anomérique orienté vers le bas dans la
plan. Cette règle est valable quelque soit le OH série D et vers le Haut dans la série L et
entrant dans le cycle. inversement pour l’anomère β.

85
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 8. Mutarotation (cas du D-Glucose)
Le glucose (glucopyranose ou glucofuranose) peut se présenter sous 2 formes avec des pouvoirs rotatoires
différents : α-D-Glc, β-D-Glc. La modification du pouvoir rotatoire s’appelle la mutarotation.
Ces transformations entre cycles pyrane et furane et entre l’anomère α et β se font dans des conditions de
douce acidité.

Dr Aimé Christian Kayath Cours de

Biochimie Structurale. Université Marien 86
Ngouabi
 9. Conformation spatiale des oses
la structure plane impliquerait des tensions considérables . Elle est incompatible avec les données
cristallographiques du cycle pyrane.

a –Formes chaise et bateau. Conformères

L’étude cristallographique a montré que le cycle pyrane n’est pas plan. Il peut adopter 2 principales positions dans
l’espace :

* La forme chaise est

la plus stable

*La forme bateau est moins

stable car elle implique des
encombrements stériques
importants.

Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université 87

Marien Ngouabi
 10. Propriété des oses
Les propriétés physiques et chimiques des oses reposent sur trois Bases structurales qui
sont :
la polarité du carbonyle (L'oxygène est plus électronégatif que le
carbone), l'acidité de l'hydrogène porté par le carbone α (carbone
immédiatement adjacent au carbonyle) et la polarité des alcools.

Propriétés physiques : Solubilité , cristallisation, séparation

 Les oses sont solubles dans l’eau car présentent plusieurs groupes OH
 Les oses n’absorbent pas en ultraviolet mais dans l’infra rouge
 Les oses peuvent être séparés par la chromatographie de partage sur
couche mince
 Chaque ose a un pouvoir rotatoire qui permet de l’identifier
 Les solutions aqueuses concentrées sont visqueuses, c’est des sirop
(cristallisation difficile)
• La cristallisation est facilité par ajout d’alcool (méthanol ou éthanol)
où les oses sont peu solubles.

Migration
• Les oses sont solubles dans le méthanol mais insolubles dans l’éther
aussi
Ose X Ose Y Témoin

88
Dr Aimé Christian Kayath Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 10.1. Propriétés chimiques des oses
Propriétés dues à la fonction carbonyle
Réduction des oses : obtention d’alditols (ositols)
Les aldoses et les cétoses sont irréversiblement réduits en alditols par addition d'hydrure. Agents alcalins :
Borohydrures alcalins (NaBH4, LiBH4) (Par exemple le D-glucose donne le D-glucitol (D-sorbitol) et le D-mannose
donne le D-mannitol, etc...)
-Formation d'alditol à partir d'un aldose
La réaction implique exclusivement la forme ouverte de l'aldose

Le Sorbitol est principalement utilisé comme édulcorant de masse

pour remplacer le saccharose. C’est un Laxatif
89
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
-Formation d'alditols épimères à partir d'un cétose
La réduction du D-fructose par NaBH4 donne un mélange équimoléculaire
de D-glucitol et de D-mannitol, alditols épimères en C2.

Isomères du D-Sorbitol: dulcitol, mannitol et iditol.

90
Dr Aimé Christian Kayath. Cours de Biochimie Structurale. Université Marien Ngouabi
 10.1. Propriétés chimiques des oses

Oxydation des oses-Oxydation douce

Les aldoses contiennent le groupe aldéhyde oxydable et répondent donc aux
tests standard d'oxydation douce. Ils réduisent les oxydes métalliques à chaud en
milieu alcalin et s'oxydent en acides aldoniques.

Les oxydants forts oxydent les

aldoses en acides aldariques

le glucose donne l'acide glucarique

(ou glucarate, également nommé
acide saccharique), le galactose
l'acide galactarique (ou galactarate),
etc...

Dr Aimé Christian Kayath Cours de

Biochimie Structurale. Université Marien 91
Ngouabi
 Elle est utilisée dans l'alimentation
–Oxydation par les sels de métaux lourds comme additif alimentaire

Le pouvoir réducteur des aldoses Réaction d'oxydation des aldoses par la liqueur de Fehling : à chaud en milieu
alcalin, l'oxyde cuivrique (bleu) est réduit en oxyde cuivreux (rouge brique) insoluble, tandis que l'aldose s'oxyde en
acide aldonique.

Exp: Action de la liqueur de fehling avec les sels cuivriques (à chaud en présence d’un ose réducteur)

92
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–Oxydation forte = oxydation nitrique :
L'oxydation forte d'un aldose conduit à l'attaque simultanée de l'alcool primaire terminal
et de l'aldéhyde. On obtient un di-acidecarboxylique appelé acide aldarique

La même réaction d’oxydation

provoque la coupure oxydative du
squelette carboné des cétoses

93
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 Réaction d’addition et de substitution

–Réaction avec les alcools et les phénols (addition) : formation d’oside

Action du méthanol sur le glucose

D-Glucose α-ou β-Methyl-O-D-glucopyranoside

Un O-glycoside n'a pas de pouvoir réducteur(il ne réduit pas les oxydes métalliques)
Il n'est pas capable de mutarotation

Formation de O-Hétéroside

–Action de l’acide cyanhydrique (addition) : (cf synthèse de kiliani Fischer)

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 Action des amines (substitution)
Les aldoses et les cétoses se condensent avec les amines primaires pour donner des imines cycliques.

Les imines cycliques ou

glycosylamines N-substituées, ou
encore N-glycosides. Comme les O-
glycosides, les N-glycosides
entrent dans la composition de
nombreuses molécules
biologiques, dont les plus connues
sont les nucléosides et les
D-Glucose α-ou β-N-D-glucopyranoside nucléotides, constitutifs des acides
nucléiques (Cf. cours AN).

Action des thyols (substitution)

D-Glucose α-ou β-S-D-glucopyranoside

95
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 11. Oses d'intérêt biologique
Trioses Tétrose
Les formes les plus importantes des sont des dérivés Le seul tétrose d’intérêt est le D-érythose. Son ester-4-
phosphorylés dérivés du catabolisme du phosphate est l’un des intermédiaire de la photosynthèse
fructose 1-6 diphosphate et de dégradation de l’acide phospho-gluconique

CHO CH2O P
CHO

CH2O P CH2OH
Dihydroxyacétone-phosphate CH2O P
Glyceraldehyde-phosphate (G3P)
(DHAP) Erythrose-4-phosphate
 Glycolyse C'est avant tout un intermédiaire de la voie des
 Phase non-oxydative métabolite de la glycolyse, pentoses phosphates et du
de la voie des pentoses mais il joue également un cycle de Calvin. Il est aussi un
phosphates. rôle dans le cycle de Calvin précurseur dans la biosynthèse
et dans la biosynthèse de des acides aminés
certains lipides de aromatiques: tyrosine,
Leishmania mexicana phénylalanine et tryptophane.

96
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 Pentoses

Précurseur du D-Glucose et du D-
Dans le bois et polyholosides
L’un des rares sucres de la série Mannose, non métabolisé par
des matrices extracellulaire
L, on le trouve dans tous les l ’homme, il est directement
sucres éliminé par les urines

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Le D-Ribose et le 2-desoxy-D-ribose entrent dans la composition de l’ADN et de
l’ARN, respectivement.

98
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 Hexoses
Les hexoses importants, isomères de la série D, sont le glucose, deux de ses épimères
le galactose et le mannose ainsi qu'un cétose, le fructose et des dérivés aminés.

D-Glucose D-Fructose D-Galactose

Molécule carburant du Abondant dans le miel, les Entre dans la
monde vivant. Abondant fruits. C’est le sucre présent composition du lactose
dans le miel, les fruits. Il est dans le sperme. Il est du lait des
sous forme de réserve dans présent dans Saccharose mammifères
l’amidon et le glycogène

Peu abondant à l’état libre si

ce n’est dans l’écorce d’orange,
il entre dans la constitution de
polymères tels les mannanes
ou encore les glycoprotéines

99
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 les osamines
Ce sont des oses dans lesquels une fonction alcool a été substituée par une amine. Les plus importantes
sont des hexosamines, dérivés du glucose ou du galactose par substitution sur le C2. On les trouve
essentiellement dans : -sous forme polymérisée, par exemple dans la chitine (squelette des arthropodes) -
dans la confection de la muréine (paroi des bactéries) -dans les glycoprotéines.

100
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 II. Les oligosides ou oligosaccharides, formation et nommenclature
Les oligosaccharides sont des enchaînements covalents de 2 à quelques dizaines d'unités
monosaccharidiques, liées entre elles par la Liaison O-glycosidique

1 2

α-D-Glucopyranose β-D-fructofuranose Saccharose

α-D-Glcp β-D-Fruf α-D-glucopyranosyl-(12)-β-D-fructofuranoside

Dans le lactose, la liaison O-glycosidique unit le carbone Dans le saccharose, la liaison glycosidique unit le
anomérique C1 d'un D-galactopyranose au carbone C4 carbone anomérique C1 d'un D-glucopyranose au
d'un D-glucopyranose. carbone anomérique C2 d'un D-fructofuranose

H,OH
H2O H

β-D-Galactopyranose D-Glucopyaranose lactose

α-D-Galp D-Glcp β-D-Galactopyranosyl-(1->4)-D-glucopyranose

101
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 1. Diversité d'enchaînements
Si le groupement hydroxylehémi-acétalinitial est en configuration α: la liaison osidique est α.
Si le groupement hydroxylehémi-acétalinitial est en configuration β: la liaison osidique est β.

Il existe (au moins) 20 manières différentes de lier deux aldohexoses A et B en un disaccharide :

A peut-être lié par son carbone anomérique α ou β à chacune des 4 fonctions alcool de B (vice
versa pour B)
A et B peuvent être liés par leurs carbones anomériques selon 4 combinaisons de configurations
: α-α, α-β, β-β, et β-α.

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 2. Notion de Sucres réducteurs
On dit qu'un diholoside est non réducteur si le C'est un diholoside réducteur car sa
carbone 1 portant le OH hémiacétalique est fonction hémiacétalique est libre
engagé dans une liaison (la fonction
hémiacétalique n'est pas libre). Autrement dit,
la liaison finale est du type "oside"

Saccharose
Maltose
Le Tréhalose Retrouvé chez les champignons,
algues, bactéries, hémolymphe des insectes; c’est
un sucre non réducteur

Lactose
Tréhalose

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 3. Digestion et absorption des Glucides
Saccharose Amidon Glycogène Lactose
Enzymes
pancréatiques
α-Amylases et salivaires

Digestion
Maltose Maltotriose Oligosaccharides Dextrines
Saccharase 25% G5 à G9 (5%) G5 à G9 (30%)
40%

Enzyme
Maltase α-Glucosidase Amylo 1-6 intestinales
Glucosidase Lactase

Absorption
Fructose Galactose
Glucose

Transport passif
Transport actif

104
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 III. Polysaccharides
les homopolysaccharides: polymères d’un même ose

Les glucanes sont des polymères de D-glucose.

Les galactanes sont des polymères de D-galactose et les xylanes des polymères de D-xylose.
Certains noms sont moins évocateurs : les chitosanes sont des polymères de D-glucosamine.
Les homopolysaccharides peuvent être linéaires(amylose, cellulose, chitine) ou
ramifiés(amylopectine, glycogène)
Nom Structure Monomère Liaison Type
Amylose Linéaire D-Glcp α14 Glucane
Cellulose Linéaire D-Glcp α14 Glucane
Chitine Linéaire D-GlcN(Ac)p α14 Chitosane
Amylopectine Ramifiée D-Glcp α14 Glucane
β16
Glycogène Ramifiée D-Glcp α14 Glucane
β16

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 1. Polysaccharides de réserve

Il s'agit essentiellement des glucosanes (amidon et glycogène) et d'un fructosane (inuline).

les homopolysaccharides: polymères d’un même ose

Amidon
L'amidon est un polymère insoluble dans l'eau froide.

Les végétaux accumulent les glucides photosynthétisés sous forme d’amidon.

Deux fractions homogènes peuvent en être extraites :

-l'amylose qui représente 20% de l'amidon est soluble dans l'eau tiède et cristallise
par refroidissement.

-l'amylopectine qui représente 80% de l'amidon donne à chaud un empois

visqueux (gel).

L'amylose et l'amylopectine possèdent une seule extrémité réductrice et n'ont pas

la propriété des sucres réducteurs.

L'hydrolyse de l'amidon coupe le polymère en chaînes assez courtes : les dextrines qui sont réductrices.
-l'action d'un acide minéral à chaud libère du D-glucose
-l'action d'un enzyme (maltase) aboutit àl a libération de maltose.

106
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 L'amylose
L'amylose est un enchaînement linéaire répétitif de 1000 à 4000 monomères de D-glucose sans
branchement, liés par une liaison glycosidique (α1->4).

L’amylose a une structure

hélicoïdale par rotation
autour de la liaison
glycosidique (α14)

 L'α-amylase rompt les liaisons osidiques à l'intérieur de la chaîne d'amylose ;

 La β-amylase hydrolyse les liaisons osidiques à partir des extrémités.
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 L'amylopectine
L'amylopectine se distingue par un nombre de glucose supérieur mais surtout par une structure ramifiée.
Sur la chaîne principale (α1->4) des points de branchement, se répétant environ tous les 20 à30 résidus, sont formés
par une liaison (α1->6) où le carbone anomérique appartient à la ramification.

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 Glycogène
Le glycogène est un polyglucoseque les animaux mettent en réserve dans le cytosol des
hépatocytes et dans les muscles.

Sa structure est pareille à celle de l'amylopectine avec les différences suivantes :

-Le nombre de résidus est plus important que l’amylopectine (60000 résidus)
-les branchements ont lieu tous les 8 à12 résidus et même de 3 à5 au centre de la molécule
-la longueur moyenne des chaînes ramifiées est plus courte
Cette structure est donc plus compacte et plus "buissonante" que celle de l'amylopectine.

L'inuline
De la famille des fructosanes, c'est un composé de réserve, polymère de β-D-
fructofuranose de 30 à100 unités liés par des liaisons (β2->1)que l'on trouve chez certains
végétaux. C'est le seul composé de configuration β connu.

Les dextranes
Réserves des bactéries et levures, ce sont des polymères d'α-D-glucose liés par des liaisons
(α1->6), avec d'occasionnels branchements sur les C3 ou C4.
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 e-Degradation enzymatique de l’amidon et du glycogène

Dégradation enzymatique de l'amidon

Les α-amylases sont des (α1->4) endoglycosidases (bleue) qui agissent sur des
polymères de glucose d'au moins trois résidus. Les α-amylases sont des (α1->4)
exoglycosidases (rouge) libèrent des maltoses des extrémités non réductrices

Dégradation du glycogène
* Le glycogène alimentaire est dégradé comme l'amylopectine.
* Dans le foie et le muscle, une glycogène-phosphorylase activée le glucagon dans le foie, ou
l’adrénaline dans le muscle, dégrade séquentielleement le glycogène en libérant un résidu α-
glucose1phosphate.
Les Enzymes débranchantes sont des (α1->6) endoglycosidases (vert)

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 2. Polysaccharides de structure
Cellulose :
C’est les polysaccharides
constitutifs de la paroi végétale.

la cellulose est étroitement associée à

d'autres polysaccharides de structure :
les hémicelluloses et les pectines.

les liaisons glucosidiques sont de type

β(1->4), ce qui limite significativement
les possibilités de rotation des résidus
consécutifs .

111
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 IV-Héterosides
On regroupe sous ce nom des molécules résultant de l'association covalente de glucides
avec d'autres types de molécules et on les désigne très souvent sous le terme de
glycoconjugués:

-Les Glycolipides: polyosides liés à des lipides (CF cours sur les lipides)

-les protéoglycannes (PG) : polyosides très longs (les glycosaminoglycannes ou GAG)

associés à une protéine en restant très majoritaires (> 90%)

-les glycoprotéines (GP) : protéines portant des chaînes glucidiques courtes (1 à20%) (CF
cours sur les protéines)

-les peptidoglycannes: polyosides reliés par de nombreux petits peptides

-les protéines glyquées: produits de la fixation chimique d'une unité de glucose.

L'hyperglycémie du diabète insulinique favorise la fixation de cet ose sur les protéines
plasmatiques (marqueur du diabète).

112
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 1. Les glycoprotéines
Les osides sont fixés sur les protéines par deux types de liaisons formées par condensation :

-la liaison N-osidique qui s'établit en général entre le dérivé N-acétylglucosamine et la fonction amide de
l'asparagine (acide aminé)

-la liaison O-osidique est plus diverse. Elle s'établit par le dérivé N-acétylgalactosamine et la fonction alcool
de la sérine ou de la thréonine.

113
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 2. Les peptidoglycannes

Les peptidoglycanes (mureine) forment la paroi des bactéries qui leur donne leur forme et les
protège.

GlcNAc Β14 MurNAc

114
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LES LIPIDES
Dr Aimé Christian KAYATH
Faculté des Sciences et Techniques,
Université Marien Ngouabi
chriskayath@[Link]

115
 Au sommaire ce chapitre
1. Définition des lipides
2. Classification des lipides
3. Les acides gras
4. Propriétés physicochimique des acides gras
5. Rôle des acides gras
6. Les triglycérides
7. Les lipides membranaires
8. Modèle de la mosaïque fluide de la membrane
9. Les phospholipides ou Glycerophospholipides
10. Les sphingolipides
11. Les glycolipides
12. Organisation des phospholipides en milieu aqueux
13. Les Stérols et les Stéroïdes
14. Les sels biliaires

116
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi
 LES LIPIDES
OBJECTIFS • De définir ce que sont les lipides simples ou complexes et d’identifier les classes
de chaque groupe
L’étude de ce • De préciser la structure des acides gras saturés et insaturés et d’expliquer
comment la longueur de la chaine et son degré d’insaturation influencent la
chapitre vous température de fusion, en donnant des exemples et en expliquant la nomenclature
• De comprendre la différence entre doubles liaisons entre atomes de carbone, de
permettra: type cis ou trans
• De décrire les eicosanoïdes et d’identifier les différentes classes en précisant leurs
fonctions
• De décrire la structure générale des Triglycérides et préciser leur fonction
• De décrire la structure générale des phospholipides et des glycosphingolipides et
de préciser les fonctions des différentes classes
• De comprendre l’importance du Cholestérol comme précurseur de nombreux
stéroïdes d’importance biologique
• De reconnaitre le noyau cyclique commun à tous les stéroïdes et d’expliquer les
différences entre les formes chaises et bateaux
• De comprendre comment les antioxydants protègent les lipides de la peroxydation
• De comprendre que de nombreuses molécules lipidiques sont amphiphiles avec
des groupes hydrophobes et hydrophiles dans leur structure, et d’expliquer
comment cela influence leur comportement en milieu aqueux, en permettant à
certaines classes dont les phospholipides, les sphingolipides et le cholestérol, de
former la structure de base des membranes biologiques
• D’expliquer la Biotechnologie des lipides, de donner les exemples

117
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi
 1. Définition des lipides

 Les lipides forment un groupe homogène de composés comprenant: les graisses,

les huiles, les stéroïdes, les cires et certaines substances qui leur sont apparentés.

 Ils sont insolubles dans l’eau et solubles dans les solvants organiques tels que
l’ether et le chloroforme

 Les lipides sont d’importants réservoir du régime alimentaire (vitamines

liposolubles et acides gras essentiels)

 Ils sont stockés dans les tissus adipeux

 Des combinaisons lipides et protéines (lipoprotéines) servent à transporter les

lipides dans le sang

118
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 2. Classification des lipides
Les lipides sont classés en lipides simples et Les Acides gras: Esters d’AG et du Glycerol
complexes

1. Les lipides simples Les cires: Esters d’AG et d’alcools monohydriques

de poids moléculaires plus élevés

Les phospholipides: les lipides contenant en

plus d’un acide gras et d’un alcool, un résidu
Les Lipides d’acide phosphorique, ils possèdent des bases
azotées
2. Les lipides complexes
Les sphingolipides: Les sphingomyélines, les
glycolipides (glycosphingolipides): Lipides formés
d’un acide, de la sphingosine et d’un sucre
Autres lipides complexes: Sulpholipide,
Aminolipide et Lipoprotéines
3. Les précurseurs des lipides et les lipides dérivés: ceux qui comprennent les acides
gras, le glycerol, les stéroïdes, des alcools autres que le glycérol et les stérols, les
aldéhydes gras et les corps cétoniques, les hydrocarbures, les vitamines liposolubles
et les hormones

Parce qu’ils ne sont pas chargés, les acylglycérols (glycérides), le cholestérol et les
Esters du cholesterol sont appelés lipides neutres
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi 119
 3. Les acides gras
Les Acides Gras (AG) sont des acides carboxyliques aliphatiques
 Les acides peuvent exister sous  La biosynthèse des acides gras
forme d’esther dans les graisses et  La chaine linéaire peut être est catalysée essentiellement par
les huiles naturelles ou sous forme saturée (absence de double l'acide gras synthase et repose
libre dans le plasma liaison) ou insaturée (présence sur des condensations de Claisen
d’une ou de plusieurs doubles successives d'unités malonyl-CoA
 Les AG sont présents en abondance liaisons) ou méthylmalonyl-CoA sur une
chez les eucaryotes et les bactéries amorce d'acétyl-CoA.
mais pas chez les archées, ce qui
distingue ces dernières des
bactéries parmi les procaryotes

Un acide gras polyinsaturé

(Acide linoléique, C18:2,ω6)
Un acide gras saturé
(Acide palmitique, C16)

Un acide gras insaturé

(Acide oléique, C18:1,ω9)

120
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 3.1. Les acides gras saturés
H3C — [CH2]n — COOH
Nom d'usage Structure C:D Source
Acide caprylique CH3(–CH2)6–COOH 8:0 Noix de coco, lait maternel, l'huile de palme…

l'huile de coco et l'huile de palmiste, ainsi que

Acide caprique CH3(–CH2)8–COOH 10:0 dans le lait de divers mammifères

Acide laurique CH3(–CH2)10–COOH 12:0 Noix de palme, Maïs, arachide

Acide myristique CH3(–CH2)12–COOH 14:0 Noix de palme, Maïs, Arachide

Acide palmitique CH3(–CH2)14–COOH 16:0

Animales et végétales (Noix de palme, Maïs,
arachide, Riz, courges, avocat …)
Acide stéarique CH3(–CH2)16–COOH 18:0

Acide arachidique CH3(–CH2)18–COOH 20:0 Arachide, Riz, poissons…

Acide béhénique CH3(–CH2)20–COOH 22:0 Arachide, Riz…

Acide lignocérique CH3(–CH2)22–COOH 24:0 Arachide

Chez l'humain, les acides gras saturés sont globalement hypercholestérolémiants, mais l'effet de
chaque acide gras doit être individualisé
121
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi
 3.2. Les acides gras insaturés
Les acides gras insaturés
(renferment une ou H3C — (CH2)n — HC=CH— (CH2)p — COOH,
plusieurs doubles liaisons) où n et p sont des nombres entiers positifs
Les AG mono-insaturés ou nuls.
Monoéthanoïdes, monoénoïques;
contiennent une double liaison

Les AG poly-insaturés
Polyéthanoïdes, Polyénoïques Prostaglandine (PG)
AG contiennent deux liaisons ou davantage
Insaturés
Les prostanoïdes Prostacycline (PGI)

Thromboxanes (TX)
Les leucotriènes (LT)
Les eicosanoïdes
Dérivent des AG polyénoïques
Les Lipoxines (LX)
de type eicosa (20 atomes de
carbone Rôles physiologiques: action locale
- contraction des muscles lisses( intestin, Rôles physiopathologiques
utérus, vaisseaux,) - inflammation, fièvre
- régulation des métabolismes (aspirine)
- agrégation plaquettaire
122
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi
 3.3. Configuration Cis ou Trans des acides gras insaturés

La priorité des groupements est définie selon la nomenclature Cahn-Ingold-Prelog.

Une molécule est dite « trans » si les groupements prioritaires se trouvent de part et
d'autre de la double liaison carbone-carbone. On définit alors une molécule « cis »
par la présence des groupements prioritaires du même côté de la double liaison
carbone-carbone

Z = cis Exemple: l'« acide arachidonique » avec ces 4 insaturations se

E = trans nommera « acide 5Z,8Z,11Z,14Z-éicosatétraènoique » ou « acide
cis,cis,cis,cis-5,8,11,14-éicosatétraènoique

123
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi
La plupart des acides gras insaturés naturels ont des doubles liaisons cis

cis

cis

cis cis

120°C

Isomérie géométrique d’acide

Isomérie géométrique d’acides Oléique et arachidonique C20:4 ω-6
Élaïdique C18:1,ω-9 Adopte une forme en « U»
trans

trans

La consommation des acides gras trans nuit à la santé: risque de maladie cardio vasculaire et diabète
124
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi
 Nomenclatures
Acide gras Cx:y ω-z où :
Cx indique le nombre d'atomes de carbone ;
y indique le nombre d'insaturations ;
ω-z indique la position de la première insaturation en partant du côté opposé au groupe acide

Acide stéaridonique

Acide eicosapentaénoïque 20:5 ω-3 (oméga-3) possède 20 atomes de carbone et 5 insaturations (20:5). La première
insaturation est sur le carbone 17 (20 - 3 = 17). Les autres insaturations vont de -3 en -3, c’est-à-dire qu'elles se
situent sur les carbone 14, 11, 8 et 5.

L’ Acide arachidonique (oméga-6) est appelé « acide C20:4 ω-6 ». La première insaturation se situe sur le
carbone C14 (20-6=14) et les trois autres sur les carbones C11 (14-3=11), C8 (11-3=8) et C5 (8-3=5). L'acide
arachidonique est donc un acide gras de la famille des ω-6.

Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de

125
Biochimie, Université Marien Ngouabi
 3.4. Acides gras insaturés mono insaturés et polyinsaturés

Nomenclature
Source Nom usuel Nom systématique
physiologique
Acide gras mono-insaturés (acides monoénoïque), une double liaison
Dans presque toutes les
acide palmitoléique Cis-9-hexadécénoïque C16:1 ω-7
graisses, huile de palme…
Dans le huiles d’olives, de
acide oléique Cis-9-Octadécénoïque C18:1 ω-9
palme, d’arachide
Trans-9-Octadécénoïque
Chez les ruminants acide élaïdique C22:1 ω-9

Acide gras poly-insaturés

Maïs, arachide, graine de Tout-cis-9,12-
acide linoléique C18:2 ω-6
coton, Soja et autres plantes Octadécadiénoïque
Tout-cis-9,12-15-
Huile de palme, poissons,… acide α-linolénique C18:3 ω-3
Octadécatriénoïque
Quelques végétaux, acides gras Tout-cis-6,9,12-
acide γ-linolénique C18:3 ω-6
mineurs Otadécatriénoïque
Dans les graisses animales,
constituant important des Tout-cis-5,8, 11, 14-
acide arachidonique C20:4 ω-6
phospholipides chez les Eicosatetraénoïque
animaux

126
Dr Aimé Christian KAYATH, Cours de Biochimie, Université Marien Ngouabi
 3.5. Les Eicosanoïdes
Prostaglandine (PGE): sont présents dans presque
tous les tissus de mammifères; elles agissent comme
des hormones locales et ont des activités
physiologiques et pharmaceutiques importantes

Prostaglandine Rôle physiologique

Vasoconstriction (augmentation de la pression artérielle),
Thromboxane alpha-2 (TxA2) agrégation plaquettaire, déclenche coagulation. Antagoniste des
prostacyclines.

Vasodilatation (diminution de la pression artérielle), inhibition de

Prostacycline (Pg I2) l'agrégation plaquettaire. Antagoniste des thromboxanes.

Vasodilatation, inhibition de l'agrégation plaquettaire, migration

Prostaglandine D2 (PGD2) et prolifération lymphocytaire
Produite au niveau du rein, de la rate et du cœur. Vasodilatation,
inhibition de l'agrégation plaquettaire, migration et prolifération
Prostaglandine E2 (PGE2) lymphocytaire. Favorise la contraction de l'utérus, inhibe la 5-
lipo-oxygénase et diminue la synthèse de leucotriènes. À
l'origine de la fièvre.

Produite au niveau du rein, de la rate et du cœur.

Prostaglandine F2 (PGF2) Vasoconstricteur, bronchoconstricteur et induit la contraction
des muscles lisses (notamment l'utérus)

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 4. Propriétés physicochimique des acides gras
Les propriétés physicochimiques et physiologique s des AG dépendent de la longueur de la
chaine et du degré d’insaturation
Acide gras point fusion (°C)
 Solubilité :
diminue lorsque la chaîne s'allonge
Acide gras point C4 butyrique -8
fusion (°C)
C18 : 0 stéarique +70 C6 caproïque -3
C8 +17
C18 : 1 oléique +13.4 C10 +31
C12 laurique +44
 Point de fusion C18 : 2 linoléique -9
- augmente avec le nombre
C14 myristique +54
d’atomes de carbone C18 : 3 linolénique - 17
- diminue quand le nombre de C16 palmitique +63
doubles liaisons augmente C20 : 0 arachidique +75.4
C18 stéarique +70
C20 : 4 arachidonique - 49.5
C20 arachidique +75

C22 +80
C24 lignocérique +84

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 5. Rôle des acides gras
• Rôle métabolique : les acides gras sont une source d'énergie importante pour l'organisme. Ils sont stockés
sous forme de triglycérides dans les tissus adipeux. Lors d'un effort, l'organisme va puiser dans ces stocks et
dégrader les acides gras afin de produire de l'énergie sous forme d'ATP.

• Rôle structural : les acides gras servent à la synthèse d'autres lipides, notamment les phospholipides qui
forment les membranes autour des cellules et des organites. La composition en acides gras de ces
phospholipides donne aux membranes des propriétés physiques (élasticité, viscosité) particulières.

• Rôle de messager : les acides gras sont les précurseurs de plusieurs messagers intra- et extracellulaires. Par
exemple, l'acide arachidonique est le précurseur des eicosanoïdes, hormones intervenant dans l'inflammation,
la coagulation sanguine, etc.

• Autres rôles : les acides gras sont stockés sous forme de triglycérides dans les bosses du chameau et de
dromadaire. Leur dégradation amène à la formation de l'eau. De cette manière, les acides gras constituent
une réserve d'eau pour ces animaux.

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 6. Les Triglycérides (Triacylglycérols)
Les triglycérides (également appelés
triacylglycérols ou triacylglycérides ou TAG)
sont des glycérides dans lesquels les trois
groupements hydroxyle du glycérol sont
estérifiés par des acides gras. Ils sont le
constituant principal de l'huile végétale et des
graisses animales.

CH2 - OH R1 - C - OH CH2 - O - C – R1
+ O O
CH - OH R2 - C - OH CH - O - C – R2 + 3H2O
O O
CH2 - OH R3 - C - OH CH2 - O - C – R3
O O
glycérol Mélange d’Acide gras Triester d’Acide Gras (Triglycérides)

C’est une réserve d'énergie très importante. Les triglycérides sont hydrolysables, les acides gras
peuvent donc être libérés. De plus, les triglycérides sont une réserve d'énergie anhydre, donc il n'y a
pas de surpoids pour l'organisme.

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 6. Les Triglycérides (Triacylglycérols)

Exemple d’un TGA avec un AG saturé et

insaturé. Acide palmitique, Aicide oleique,
Un triglycéride, le tripalmitoylglycérol
Acide α-linolenique.

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 7. Les lipides membranaires
Les phospholipides sont les principaux constituants des lipides membrannaires

Formule Formule Modèle Icône

générale compact

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 8. Model de la mosaïque fluide de la membrane
Mosaïque? car la composition de la membrane est Fluide? car les phospholipides et les protéines membranaires
très hétérogène à la fois dans l'espace et le temps. peuvent se mouvoir dans le plan de la membrane
Cette structure donne aux cellules animales une fluidité moyenne, plus 1. Les phospholipides forment
stable et moins perméable spontanément des bicouches
2. Les membranes cellulaires sont
asymétriques : les deux feuillets d'une
bicouche lipidique d'une membrane ont une
composition différente en phospholipides

Composants Composition
Bicouche de Phospholipides
phospholipide
Protéines Transporteurs
transmembranai
Canaux
res
Récepteurs
Réseau x Spectrines
protéiques
Clathrines
internes

Marqueurs de Glycoprotéines
surface
Glycolipides

Jonathan SINGER et Garth NICOLSON (1972)

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 9. Les phospholipides ou Glycerophospholipides
Un phospholipide est un lipide amphiphile, c'est-à-dire constitué d'une « tête » polaire (hydrophile) et de deux
« queues » aliphatiques (hydrophobes). La plupart des phospholipides sont les phosphoglycérides, dont la tête
s'organise autour d'un résidu glycérol-3-phosphate estérifié par une molécule polaire, et les deux queues sont
les chaînes aliphatiques de deux acide gras.

Acide phosphatidique = Glycérol + 2 Acides Gras + H3PO4

C’est l’élément de base des R1 – CO – O –1CH2

glycérophospholipides.

R2 – CO – O –2CH
O-
3CH2– O – P – O-
 Les deux acides gras ont une longue chaîne (≥ 14C), O
 l’acide gras en position 2 est souvent insaturé.
 L’acidité de la molécule provient des 2 H mobiles libres de l’acide phosphorique.
 Au pH sanguin (7,35 - 7,45) les 2 fonctions acides sont ionisées.
 L’acide phosphatidique est un second messager intracellulaire.

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 9.1. Nature de l’alcool
Nature de l’alcool

Les différentes classes de

glycérophospholipides
Le lipide se forme par fixation d’un alcool
Myoinositol
sur l’acide phosphatidique.

Phosphatidylsérines = Acides Phosphatidiques + Sérine

Phosphatidyléthanolamines = Acides Phosphatidiques + Ethanolamine
Phosphatidylcholines = Acides Phosphatidiques + Choline
Phosphatidylinositols = Acides Phosphatidiques + Inositol

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 Phosphatidyléthanolamines et Phosphatidylsérines
R1 – CO – O –1CH2 R1 – CO – O –1CH2 Au pH du sang (7,35 - 7,45) les
molécules sont ionisées.
R2 – CO – O –2CH R2 – CO – O –2CH
O- O-
3 CH2– O – P – O – CH2 – CH2 – NH3+ 3 CH2– O – P – O – CH2 – CH – NH3+
O O COO-
Phosphatidyl-Etanolamine Phosphatidyl-Serine Elle joue un rôle
dans l’apoptose
(ou mort cellulaire
programmée)

Phosphatidylcholines ou Lécithines

R1 – CO – O –1CH2

R2 – CO – O –2CH
O- CH3 Les trois sont trouveés dans
3CH2– O – P – O – CH2 – CH2 – N+ CH3 les membranes céllulaires
O CH3
Exemple: R1= Acide palmitique; R2: Acide Oléique
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 Les Phosphatidylinositols

Structure de l’inositol R1 – CO – O –1CH2

L’inositol est un hexaalcool cyclique qui a 9
isomères possibles. Le myoinositol est le plus
fréquent dans les lipides. C’est un R2 – CO – O –2CH
mésoinositol inactif sur la lumière polarisée O-
.
L’inositol 1, 4, 5 triphosphate ou IP3 est 3CH2– O – P – O
un second messager O
Hydrolyse des phospholipides par les phospholipases
A1
Il existe 4 phospholipases
spécifiques A1, A2, C et D R1 – CO – O –1CH2 R1= AG saturé;
R2: AG insaturé
R2 – CO – O –2CH
O- CH3
A2 3 CH2– O – P – O – CH2 – CH2 – N+ CH3
O CH3
C D

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 10. Les sphingolipides
Structure générique d'un sphingolipide. Le
groupe R peut être :
- un atome d'hydrogène pour un céramide,
- la phosphocholine pour une
sphingomyéline,
- un ose pour un glycosphingolipide.

sphingosine ·

Sphingolipides sphingomyéline
Le Céramide est un
Ils jouent un rôle second messager
intracellulaire. Ils jouent
important dans la céramide
un rôle dans la
transmission du différenciation cellulaire,
signal, et la lactosylcéramide l'apoptose et la
reconnaissance des prolifération cellulaire et
la mort cellulaire
cellules programmée
Glycosphingolipides (glycolipides)

cérébroside (galactocérébroside ·
glucocérébroside) · ganglioside
(GM1 · GM2 · GD2) · globoside
(globotriaosylcéramide)

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 10. Les sphingolipides
Les Sphingomyélines

C’est le Sphingolipide des cellules animales

Sphingosine + AG + Phosphorylcholine L’acide gras le plus fréquent est l’acide lignocérique
(C24:O).Au pH du sang, la molécule est ionisée.
On les trouve dans le tissu nerveux (gaines de
myéline) et dans les membranes.
La déficience en sphingomyélinase entraîne leur
accumulation dans le cerveau, la rate et le foie.

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 11. Les Glycolipides
 Cérébrogalactosides ou Galactosylcéramides
Ils sont constitués de : Sphingosine + AG + β-D Galactose

Le galactose est uni à l’alcool primaire de la

sphingosine par une liaison β osidique
Les glycolipides (glycosphingolipides) sont
importants dans les tissus nerveux et dans la
membrane cellulaire

 Les Cérébroglucides ou Glucosylcéramides

Ils sont constitués de :
Sphingosine + AG + βD Glucose, liaison est β osidique.

 Les Gangliosides ou Oligosylcéramides: Ils sont constitués de :

Sphingosine + AG + chaîne de plusieurs oses et dérivés d’oses (= oligoside)
Ils sont abondants dans les ganglions d’où leur nom.
Ces oligosides sont présents sur la face externe de la membrane plasmique. Ils sont spécifiques, donc reconnus par
des protéines (toxines bactériennes, lectines).
Exemple : antigènes des groupes sanguins.

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 13. Les Stérols et les Stéroïdes

Stérols et stéroïdes cholestérol · œstrogène ·

androgène · glucocorticoïde ·
minéralocorticoïde ·
sécostéroïde · vitamine D
(ergostérol · ergocalciférol ·
cholécalciférol) ·
dihydrotachystérol · acide
fusidique · lanostérol ·
aldostérol · acide biliaire ·
phytostérol · β-sitostérol ·
campestérol · stigmastérol ·
brassicastérol

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 13. Les Stérols et les stéroïdes
Les stéroïdes constituent un groupe de lipides dérivant de triterpénoïdes (lipides à 30 atomes de
carbones), majoritairement le squalène. Ils se caractérisent par un noyau stérane hydrophobe
partiellement ou totalement hydrogéné.
H
A B H
H H 13
H 10
D
10 B
9 C
B 8 14 A
A 5

3
5 H Forme « chaise »
H
H H
2
ou
ou 13
17
Forme « bateau »
H
H
9
H C D 1
1 14
10 10
8 A B
A H H Le forme « chaise» est la
3
B 3 5 conformation la plus stable
5 que la forme « bateau », les
H cycles peuvent être en position
H cis ou trans

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 13.2. Précurseur du Cholestérol

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 13.4. Rôle du cholestérol
 C'est un composant majeur des membranes cellulaires animales qui contribue à leur stabilité et au
maintien de leurs structures en s'intercalant entre les phospholipides (formant la bicouche de la
membrane).

 Il rigidifie la membrane car il empêche sa gélification en évitant la cristallisation des acides gras, et
diminue la perméabilité membranaire aux molécules hydrosolubles.

 Il a un rôle de « tampon thermique » : à 37°C, il limite le mouvement des phospholipides, donc la fluidité
membranaire diminue ; à des températures plus basses, il empêche l'entassement des phospholipides.

 Dans la membrane, il permet la formation de radeaux lipidiques, zone essentielle à l'ancrage de protéines
fonctionnelles.

 Dans les neurones, il permet la synthèse des neurotransmetteurs par exocytose et donc la propagation de
l'influx nerveux.

 Le métabolisme du cholestérol est également précurseur de nombreuses molécules :

 les hormones stéroïdes : cortisol, cortisone, et aldostérone,
 les hormones stéroïdes sexuelles : progestérone, œstrogènes et testostérone,
 les vitamines D

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 14. Les sels biliaires
Les acides biliaires (également connu sous le nom de sels biliaires) sont formés par des dérivés du
cholestérol et par des stéroïdes acides secrétés par le foie et se trouvant principalement dans la bile de
mammifères.

 Ils sont tensioactifs.

 Ils émulsifient les lipides en favorisant la digestion enzymatique par les lipases pancréatique et
l'absorption des lipides. La majeure partie d'entre eux est réabsorbée au niveau de l'intestin et retourne
au foie pour être de nouveau excrétée.
 Ils ont un rôle antiseptique vis-à-vis de certains germes.
 Ils absorbent dans l'U.V.
 Ils sont des produits de réaction entre un acide biliaire

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 WEBOGRAPHIE
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Tomasz Kalwarczyk, Marcin Tabaka and Robert Holyst*, 2012

[Link]

BIBLIOGRAPHIE

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