CHAPITRE IV Assimilation de l'azote

Université de La Manouba

Institut Supérieur de Biotechnologie de Sidi Thabet

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Cours de Physiologie végétale

Biotech Pharma L2

Dr : Monia Ezzine

Année universitaire 2023/2024

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Assimilation de l'azote

Introduction
I- DISPONIBILITE EN AZOTE POUR LES PLANTES
I- 1/ L’azote du sol
I- 1-1- Azote minéral
I- 1-2- Nature de l’azote minéral utilisé
I- 2/ Le cycle de l’azote : 5 processus Majeurs
 La fixation de l’azote (1)
 Ammonification (2)
 Nitrification (3): 1ère étape: Nitritation et 2ème étape: Nitratation
 Assimilation (4)
 Dénitrification (5)

II- ASSIMILATION DE L’AZOTE MINERAL CHEZ LES VEGETAUX

II.1. Absorption de l’azote minéral chez les végétaux
II.2. Répartition du nitrate dans la plante
II.3. Assimilation des nitrates et réduction en ammonium
II.3.1. Assimilation par la Nitrate Réductase et Nitrite Réductase
II.3.2. Assimilation de l’azote ammoniacal
• Assimilation primaire
• Assimilation secondaire
• Assimilation du NH4+

III- SYNTHESE DES AUTRES ACIDES AMINES DANS LA PLANTE :

 LES TRANSAMINATIONS

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Introduction
* L’azote est indispensable pour les végétaux:

L’azote représente environ 2% de la matière sèche des végétaux : Il entre dans la

composition des protéines, acides nucléiques, coenzymes, phytohormones, métabolites
secondaires.

L’azote représente l’élément minéral le plus abondant (quantitativement) dans les plantes. La
disponibilité en azote un des facteurs les plus limitant dans la croissance des végétaux

*L’atmosphère terrestre contient 80 % d’azote.

• L’azote atmosphérique est essentiellement sous forme libre (N2). Néanmoins l’air ambiant
contient également de l’ammoniac (NH3) d’origine industrielle et des vapeurs nitreuses et
nitriques, produites par temps d’orage.

*Dans le sol, les composés azotés sont d’origine biologique : c’est l’azote protidique, qui pourra subir
les divers processus d’humification, ammonification, nitrification et dénitrification

- Les différentes formes d’azote.

L’azote minéral peut être libre (N2) ou combiné sous forme de nitrates (NO3-), de
nitrites (NO2-), ou de sels d’ammonium (NH4+).

L’azote organique se rencontre sous forme combinée dans les protéines (azote
protidique).

 L’apport en azote peut venir de plusieurs sources :

- Géochimique (10 % de l’azote atmosphérique)
Les éclairs génèrent du diazote et de l’Oxygène radical qui, ensemble, donnent de l’oxyde
nitreux (NO), puis du nitrite (NO2), par réaction avec l’ozone.
- Industrielle (30 %) :
L’engrais peut être synthétisé par le procédé Haber-Bosh : N2 + 3H2  2NH3 à 500°C et
300atm. Le dihydrogène est produit à partir de gaz naturel (CH4). Le processus nécessite de
l'énergie et libère du gaz carbonique.
- Biologique (60 %)
Elle est due aux cyanobactéries/proteobactéries pouvant transformer l'azote atmosphérique
en ammoniac. Plusieurs de ces microorganismes vivent à la surface des racines des plantes ou
même les tissus de certains végétaux. L'ammoniac est rapidement transformé en nitrates par
les bactéries du sol : N2 + 8H+ + 8e- +16 ATP  2NH3 + H2
Cette réaction utilise 16 ATP et se fait par la nitrogénase, un complexe enzymatique en deux
parties Dinitrogénase (prot I) et Dinitrogénase réductase (prot II). Seuls les procaryotes sont
capables de synthétiser la nitrogénase.

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Cycle de l’azote

I- Disponibilité en azote pour les plantes : le Cycle de l'azote

1/ L’azote du sol

Dans une bonne terre végétale, la teneur en azote est de 1g/kg de terre. Seulement 1 à 2 % est sous
forme minérale, le reste est sous forme organique humus principalement.

1-1- Azote minéral

Il résulte de la dégradation de la matière organique par ammonisation puis nitrification (voir cycle
azote).

La nitrification exige : l’O2, mais aussi le CO2 pour la croissance des bactéries

Température élevée : optimum : T° 37°C, humidité suffisante, PH optimum: 8.5

Sensible aux inhibiteurs, surtout les herbicides.

1-2- Nature de l’azote minéral utilisé :

La majorité des plantes cultivées préfèrent les nitrates mais d’autres l’ammonium.

Le nitrate (NO3-) est facilement absorbé par les plantes et est directement disponible. Il est mobile dans
le sol et atteint rapidement la racine des plantes. L'apport d'azote sous forme d'ammonitrate constitue
ainsi une source d'azote directement assimilable (50% de l'azote apporté est sous forme nitrique).
L'ammonium (NH4+) n'est absorbé directement par la culture qu'en faible quantité (sauf le riz qui peut
absorber la totalité de ses besoins sous forme ammoniacale). Chargé positivement, le cation
ammonium se fixe sur les minéraux du sol et est moins mobile que l'ion nitrate (NO 3-). Les racines
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doivent donc être proches de l'ammonium pour l'absorber. La majeure partie de l'ammonium est
transformée en nitrate par les bactéries du sol. Ce processus de nitrification dépend de la température
et peut prendre une à plusieurs semaines.
2/ Le cycle de l’azote

Le caractère limitant de l’azote entraine une nécessité à le recycler. Le passage de l’état organique à
minéral et inversement est connu sous le nom de cycle de l’azote :

• 5 processus Majeurs :

• [Link]–conversion du N2 en NH3

• [Link] (ammonification) –Conversion de la matière organique en NH3

• [Link] –conversion du NH4+ en NO2- et NO3-

• [Link]– NO3- en NH3 en CHON= Norganique

• 5.Dénitrification–Nitrate (NO3) réduit en azote gazeux (N2) (Voir Figure 1).

 La fixation de l’azote (1)

• transformation de l’azote atmosphérique (N2) en azote utilisable par les plantes et

les animaux (NH4+ et NH3).

• Fait par les bactéries fixatrices d’azote : N2 + 8H+ + 8e-  2 NH3 + H2

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Dénitrification Fixation de l'azote

Bactéries : Pseudomonas, Bactéries (Clostridium, Azotobacter),

cyanobactéries,.. cyanobactéries, symbiotes
(Rhizobium,…)

Nitratation

Bactéries Nitrobacter
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3
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Nitrification Ammonification

CHIMIOLITHOTROPHES Bactéries et champignons

Figure 1 : Le Cycle de l'azote

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Le passage de l’état organique à minéral et inversement est connu sous le nom de cycle de l’azote

Le cas des plantes hôtes pour des bactéries fixatrices d’N2 :Symbiose Rhyzobium/légumineuse

Les légumineuses forment des NODULES racinaires pour héberger les rhizobium, des bactéries
capables de fixer l’N inorganique grâce à l’enzyme NITROGÉNASE.

NODULES racinaires : La nitrogénase :

N2 + 8 H + 8 e- + 16 ATP  2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi

 Ammonification (2)

Transformation de l’azote organique en azote minéral

Décomposition de la M.O et libération d’ammonium et rejet de l’excédant d’azote ingéré sous forme
de NH3 ou d’urée (rapidement dégradée en NH3).

L’Azote organique du sol provient majoritairement de la décomposition des animaux et des végétaux.
Cet azote organique peut être transformé par les bactéries et les champignons en ammonium par un
mécanisme appelé AMMONIFICATION.

Remarque: Une partie du NH4+ provient de l’action de bactéries fixatrices de l’azote atmosphérique
Une autre partie provient aussi des rejets industriels et de l’activité des volcans. Si l’ammonification
est rapide, NH4+ a tendance à se vaporiser sous la forme NH3 : acidification du sol. En règle générale,
l’ammonium est transformé en nitrate.

 Nitrification (3 ):

1ère étape: Nitritation

Oxydation de l’ammonium en nitrite par les bactéries des genres Nitrococcus et Nitrosomonas

Bactéries nitreuses NH4+ + 3/2 O2  NO2- + H2O + 2H+

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2ème étape: Nitratation

Oxydation du nitrite en nitrate bactéries genre Nitrobacter

Bactéries nitriques : NO2- + ½ O2NO3-

Nitrification est ralentie par un pH acide, condition anaérobique et température inférieure à 5°C et sup
à 40°C NH4+.

 L'assimilation (4) se fait par la consommation du nitrate ou d’ammonium :

La majorité des plantes cultivées préfèrent les nitrates (même s’il est plus couteux de point de
vue énergétique : ATP) mais d’autres peuvent utiliser l’ammonium :

Le nitrate : Il est assimilé par les végétaux et quelques micro-organismes

L'ammonium : L’Assimilation de (NH4+) est un Processus biologique par lequel l’ammonium est
assimilé par la plante pour former sa matière organique. L'ammonium est la forme préférentiellement
assimilée par les micro-organismes (bactéries et champignons) et non les plantes.

 Dénitrification (5):

Transformation du nitrate en gaz azoté (N2, NO, N2O, NO2). Le NO3- est réduit en gaz par les
bactéries dénitrifiantes. La majeure partie sous la forme N2 :

La dénitrification est favorisée lorsque la disponibilité en O2 est limitée, que la concentration en

nitrate est élevée, que l’humidité relative du sol est élevée, qu’une source carbonée est disponible et
que la température est élevée.

Conclusion : Le cycle de l'azote,

Le Plus grand réservoir d'azote = N2 est l'atmosphère 78%. Inutilisable directement par la plupart des
végétaux : Le cycle de l'azote est un processus naturel au cours duquel l'azote de l'atmosphère est
incorporé dans la matière organique des végétaux et des animaux, puis retourne dans
l'atmosphère. L'azote ne peut pas se recycler à 100%. Il y a toujours des pertes.

II. Assimilation de l’azote minéral chez les végétaux :

II.1 – Absorption de l’azote minéral chez les végétaux

Au niveau des racines, l’absorption se fait avec transport vers les vaisseaux conducteurs via
symplasme ou apoplasme. Pour faire rentrer l’azote dans la cellule, on a un système de co-transport
contregradient NO3-/H+ qui demande un apport de H+ en milieu externe, lequel se fait par un canal
hydrolysant l’ATP. Ce NO3- aura alors plusieurs devenirs (sortie, stockage en vacuole, réduction en
NO2- puis entrée dans le plaste).

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La plante est capable à la fois de pomper la moindre particule d’azote dans un sol : elle possède des
transporteurs de faible affinité et des transporteurs de forte affinité. Ainsi, le transporteur NRT1 a été
mis en évidence. Sa forte affinité, a été identifiée d’abord chez les champignons, possédant la même
structure (fig. 2).

Figure 2 : Assimilation de l’azote chez les plantes : absorption racinaire du nitrate, stockage
vacuolaire et réduction en nitrite et ammonium, synthèse des acides aminés et exportation. Sur la
membrane plasmique qui entoure la cellule, sont localisés une pompe à protons (H+/ATPase) et un
transporteur de nitrate (symport). GOGAT = Glutamate synthase ; GS = Glutamine synthase.

Système de co-transport contregradient NO3-/H+ qui demande un apport de H+ en milieu

externe, lequel se fait par un canal hydrolysant l’ATP.

Quant à l’ammonium, lui est transporté par des systèmes AMT. Ces systèmes, uniport ou symport,
utilisent la force protomotrice et donc acidifient le milieu. Puiser directement du NH4+ demande
moins d’énergie à la plante que de puiser du NO3- puisque ce dernier sera de toute façon transformé
en NH4+. Cela évite donc l’acidification du milieu extérieur la nutrition mixte NO3-/NH4+ est
optimale.

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II.2. Répartition du nitrate dans la plante

L’assimilation du nitrate au niveau des feuilles se fait en condition d’excès en azote. Par contre,
lorsqu’il y a carence, il sera principalement assimilé au niveau des racines. Le nitrate sera ensuite
stocké dans la vacuole, et quand la plante en aura besoin elle le transformera en NO2- et en NH4+.
Les enzymes qui permettent l’assimilation dépendent de la concentration en azote extérieur mais aussi
du type de plante.

Le transport de l’azote des racines vers les feuilles nécessitent l’intervention de différents
transporteurs. Il est absorbé plutôt le matin, d’où une carence en fin d’après-midi.

II.3. Assimilation des nitrates et réduction en ammonium:

On a des systèmes d’assimilation du nitrate au niveau du cortex. S’il est en grande quantité il va être
stocké dans la vacuole. Si la plante a assez d’énergie, elle va transformer le nitrate en nitrite en NH4+.

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II.3.1. Assimilation par la Nitrate Réductase et Nitrite Réductase

La nitrate réductase, NR, transforme le nitrate en nitrite. C’est une enzyme soluble et cytosolique
ASSIMILIATRICE.

Tout d’abord, le nitrate est déstocké de la vacuole. Les deux électrons réduisent le NO3- en NO2- :
réaction cytosolique et exergonique donc le transfert des électrons est spontané.

Le NO2- sera ensuite transféré dans le plaste (racine) ou dans le chloroplaste (feuilles)., on aura entrée
dans le plaste ou la nitrite réductase (NiR) va réduire NO2- en NH3 en utilisant 6 Ferrédoxine
réduites.

Cette enzyme se trouve dans les plastes. NO2- + 6e- + 6H+  NH3 + H2O

Ensuite NH3 est protoné pour former du NH4+ : NH3 + OH- + 2H+  NH4+ + H2O

Remarque: La réduction du NO2- en NH4+ est donc très couteuse en énergie mais l’accumulation de
nitrites est mauvais pour la plante, il faut donc une régulation très forte de la NR pour ne pas
accumuler le NO2- si la cellule ne dispose pas d’assez de pouvoir réducteur. Ainsi, l’activité de la NiR
sera supérieure à celle de la NR.

II.3.2. ASSIMILATION DE L’AZOTE AMMONIACAL

Une fois le nitrate transformé en ammonium (NH 4+), il doit être assimilé. Il est à noter que le nitrate
n’est pas la seule source d’ammonium. On a une assimilation primaire et une assimilation secondaire.

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On distingue deux types d’assimilation :

 Assimilation primaire : correspond à toutes les formes d’azotes venant de l’extérieur

 Transport et réduction des NO3-

 Transport NH4+

 Fixation de l’azote atmosphérique

 Assimilation secondaire : recyclage de l’azote interne

 Catabolisme protéique

 Asparagine, Arginine, uréides

 Mobilisation de l’azote (stockage)

Assimilation du NH4+

Dans les plantes le NH4 + n’est pratiquement jamais transporté dans les sèves car il est toxique.
Après son assimilation il est transformé en glutamate directement sur son lieu de formation
par La GS et la GOGAT

 GS : glutamine synthétase

 GOGAT : glutamate synthase : glutamate oxoglutarate amino transférase

La GS utilise le glutamate préexistant et fixe le NH4+ avec de l’ATP pour former de la

glutamine.

La GOGAT transfère le groupement amine sur l’oxoglutarate pour donner du glutamate. Le

premier glutamate utilisé est alors régénéré. On a donc formation de 2 glutamates. La GOGAT
nécessite du pouvoir réducteur provenant de la ferredoxine ou du NADPH.

On a deux formes de GS GS1 et GS2

Dans les racines, l’ammonium est pris en charge par la GS1 cytosolique très présente dans les
cellules racinaire ou la GS2 dans les plastes, surtout dans les feuilles. La GOGAT à NADPH
se trouve dans les plastes.

Dans les feuilles, GOGAT et GS2 sont dans les chloroplastes, et GS1 est dans cytosol.

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On a 4 acides aminés essentiels à l’assimilation de NH4+, ils dérivent des acides α-cétoniques
du cycle de Krebs :

-l’α-cétoglutarate donne le glutamate et la glutamine.

-l’oxaloacétate donne l’aspartate et l’asparagine.

Les deux premiers acides aminés synthétisés sont la glutamine et le glutamate. Ensuite ils
sont, rarement, utilisés tel quel. Sinon, ils sont transformés en aspartate (à partir du
glutamate). L’asparagine va être assimilé la nuit, parce qu’elle assez inerte (pas de
modification du métabolisme général).

La quantité de glutamate reste constante, par contre l’α-cétoglutarate oscille selon les cycles
jour/nuit.

III- SYNTHESE DES AUTRES ACIDES AMINES DANS LA PLANTES :

LES TRANSAMINATIONS

A partir du glutamate on obtient du NH2 et grâce aux transaminations on peut obtenir les
autres acides aminés.

Glutamate /AOA / Glyoxylate / Pyruvate …

α’cétoglutarate/ aspartate / glycine / alanine …

On a suivit la formation de glutamate. On sait qu’on peut former de l’aspartate en

transaminant du glutamate sur de l’oxaloacétate. Cette réaction est catalysée par l’aspartate
amino-transférase (AAT).

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(On a une autre transamination évoquée précédemment : celle du glyoxylate pour former de la
glycine dans les peroxysomes.)

On peut avoir une amidation de l’aspartate par la glutamine pour donner du glutamate et de
l’asparagine. Réaction catalysée par l’asparagine synthétase (coûte l’hydrolyse d’un ATP en
AMP). A la fin de la journée on a formé plein de glutamine. On va lui retirer un N pour former
de l’asparagine, forme de réserve.

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CHAPITRE IV Assimilation de l'azote

Résumé des processus impliqués dans l’assimilation de l’azote minéral dans la feuille.

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