Les acides aminés:

Les acides aminés possèdent plusieurs fonctions:

Ils sont les briques de construction des protéines:
20 acides aminés en tout permettent la production d’un nombre très élevé de protéines avec les
fonctions les plus différentes:

- Composantes structurels (peau, muscles)

- Enzyme
- Hormones (glucagon, insuline)
- Transporteurs (hémoglobine)
- Défense (immunoglobuline)
Stockage de matériel (ferritine)

La dégradation des acides aminés peut fournir aussi de l’énergie, mais ils ne sont pas stockés à
différence des sucres et des acides gras.
Les acides aminés sont utilisés pour la synthèse de molécules telles que hormones,
neurotransmetteurs etc. (ex. thyroxine, sérotonine).
Il y a 9 acides aminés qui ne peuvent pas être synthétisés par le mammifères.

Les plantes et les bactéries sont capable de synthétiser tous

leurs acides aminés.
Les mammifères seulement une partie.

- Essentiels: à obtenir par l’alimentation.

- Non essentiels: qui peuvent être synthétisés.

Les AA: éléments de construction de protéines

La base de la diversité des protéines à partir de 20 acides aminés
Capacité de polymérisation
Caractéristique acido-basique
Variété des chaînes latérales
Chiralité des molécules

Les AA:
Unités monomériques des protéines, des métabolites énergétiques et des nutriments essentiels
Masse moyenne d'un acide aminé est d'environ 110 Da
Les acides aminés sont des molécules amphotères (c.-à.d. qu’elles peuvent agir comme des
acides ou des bases)
 Seuls les AA de la série L sont
retrouvés dans les protéines

La structure générale des a-AA

Classification des AA selon la polarité de leur chaine
Acides aminés non polaires ou hydrophobes
Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, Pro

Acides aminés neutres (non chargés) mais polaires

Ser, Thr, Cys, Asn, Gln, Tyr

Acides aminés acides (chargés (-) à pH > 3)

Asp, Glu
Acides aminés basiques (chargés (+) à pH physiol.)
Lys, Arg, His
Propriétés physico-chimique des AA:
1) Propriétés physiques
A- Solubilité
Les Aa sont solubles dans l’eau.
Les plus solubles sont les plus petit (glycocolle) ou ceux qui portent des radicaux mouillables
comme NH2, COOH ou OH (sérine),
Les acides aminés à long chaine carbonée sont peu solubles dans l’eau.
Faiblement solubles dans l’alcool.
La solubilité dans les solvants apolaires dépend de la chaine latérale.
En présence de deux phases liquides (éthanol/eau), les aminoacides se répartissent dans les
deux phases avec des coefficients de partage spécifique : cette propriété est utilisée pour les
classer .

B- Stéréochimie des acides α aminés (Notation D, L)

Les acides aminés comprennent tous, 1 ou 2 carbones asymétriques: ce sont des molécules
chirales, à l’exception de la glycine.
L’atome de carbone asymétriques appelé centre de la chiralité est lié à quatre substituant
différents donc substitué asymétriquement.

Il existe 2 stéréo-isomères de configuration différentes :D-acide aminé et L-acide aminé

Ils sont appelées “énantiomères” (non superposables; images l’un de l’autre dans un miroir)
Les configurations absolues de toutes les molécules dérivées du carbone sont rapportées au D-
glycéraldéhyde [isomère (+)] et L-glycéraldéhyde [isomère (-)].

En règle générale les acides aminés présents dans les protéines naturelles appartiennent à la
série L.
Mais on peut trouver des acides aminés de configuration D dans certains produits naturels
(antibiotiques peptidiques…)
Cas d'acides aminés ayant un deuxième centre chiral. :2n structures isomériques (n = nombre de
centres chiraux)
Cela correspondent à 2 paires d’énantiomères
Des isomères qui diffèrent par un seul des centres asymétriques sont des diastéroisomères

Le carbone 3 (β) de la thréonine et de l'isoleucine est aussi un centre chiral

Leur énantiomère (L) existe sous deux formes épimères.
On affecte le préfixe "allo" à l'épimère que l'on ne trouve pas dans les protéines :

C- Pouvoir rotatoire des Aa

Les énantiomères possèdent une activité optique:
C’est la propriété de dévier la lumière polarisée;
Placés dans le faisceau dune lumière polarisée plane, ils provoquent la rotation du plan de
polarisation.
- Si la rotation s’effectue dans le sens des aiguilles d’une montre, on dit que la molécule
est dextrogyre (+)
- Si la rotation s’effectue dans le sens inverse des aiguilles d’une montre, on dit que la
molécule est lévogyre (-)

D- Propriétés ioniques
Les aminoacides possèdent deux groupements ionisables à PH convenable, 1 fonction acide
-COOH et 1 fonction basique -NH2.
Ils prennent la forme dipolaire ou ion mixte, ce sont des molécules amphotéres. Ils peuvent agir
comme des acides et comme des bases.

La forme dipolaire peut,

- En milieu acide, accepter un proton (H+) sur le groupement (COO-);
- En milieu alcalin perdre un proton (H+) du groupement (NH3+).
En allant du PH très acide à PH très alcalin, l’évolution des charges peut être schématiser comme
suit:
Les zwitterions:
Les composés qui possèdent une charge positive sur un atome et une charge négative sur l'autre
sont appelés zwitterions
La charge des acides aminés varie en fonction du pH

Le point isoélectrique (pHi)

Tous les acides aminés possèdent un point isoélectrique ou PI,
PI = pH pour lequel l’Aa en solution tamponnée a une charge nette nulle (somme des charges
intramoléculaires est nulle).
L’Aa apparait à ce PH comme étant neutre (alors qu’il a au moins deux charges intra moléculaires
réalisant un zwittérion).

Le zwittérion possède autant de charges positives que de charges négatives, par

Le groupement carboxylique chargé négativement
Le groupement aminé, chargé positivement
Les groupements ionisables de leurs chaines latérales.
PI= PKa (groupement carboxyl) + PKb (groupement amine)
2

pK = pH de demie-dissociation = 50% du groupement est dissocié.

Ainsi une courbe de titration, peut être tracée et interprétée en fonction de la variation du PH pour
les acides aminés

Propriété générales des AA:

Les zwitterions en milieu acide

Suite à l ’ajout d ’un acide plus fort que l ’acide carboxylique (HCl)
- Le groupement -COO- acquière un proton
- Charge globale de l ’acide aminé positive

Les zwitterion en milieu basique

Suite à l ’ajout d ’une base plus forte que NH comme NaOH

3

- Le groupement -NH3+ donne son proton

- Charge globale de l ’acide aminé négative

Les zwitterions
Le pH auquel l ’acide aminé possède une charge nette neutre (forme zwitterionique) est son point
isoélectrique (pI)
Chaque acide aminé possède un pI différent
Acides aminés basiques: pI élevés (ex: lysine 9.47)
Acides aminés acides: pI bas (ex: acide aspartique 2.98)

La forme ionique des AA

Les aa sont des acides polytrophiques faibles
Tous les acides aminés comprennent au moins deux atomes d’hydrogène dissociable
Le degré de dissociation des groupes ionisables (aminés et carboxyliques) dépend du pH du
milieu
Le comportement acido-basique des acides aminés est fonction du pH, à
- pH acide, les deux groupements sont protonnés et la molécule possède une charge
positive
- pH neutre, le groupement carboxylique est le premier qui se dissocie (COO-) la molécule
possède une charge neutre
- pH basique le groupement amine se dissocie et la molécule a une charge nette négative

- Ionisation des chaînes latérales

- Groupes dissociables
- Asp et Glu ont une fonction carboxylique supplémentaire
- Lys a une fonction amine aliphatique supplémentaire
- His contient un groupement imidazole qui peut libérer un proton
- Arg a un groupement guanidine qui peut libérer un proton

Propriété acido basique:

Equation d’HH:

- pK de chaque étape d'ionisation correspond au point médian de la partie

correspondante de la courbe de titration; Par exemple, pour la glycine, à pH 2.35, les
concentration de la forme cationique +H NCH COOH et de la forme ion dipolaire
3 2
+H NCH COO- sont égales
3 2

Le pH auquel une molécule ne présente aucune charge électrique nette est appelé son point
isoélectrique (pI)

où K et K sont les constantes de dissociation des deux ionisations impliquant la forme

i j
neutre de l'acide aminé.
Courbe de titrage pour AA monoaminé et monocarboxylique:
l’alanine

Récapitulatif:
Le point isoélectrique (pHi) est le pH où un Aa se trouve dans sa forme neutre .
A ce pH, l’Aa existe presque exclusivement sous la forme dipolaire.
A un pH supérieur au point isoélectrique, les acides aminés forment des anions; au dessous de ce
pH critique, ils fixent des protons et existent à l’état de cations.
Le pHi pour les acides aminés neutres va de pH 4,8 à 6,3.
Pour les acides aminés basiques, le pHi s’étende de 7,8 à 10,8
Pour les acides aminés acides, le pHi va de 2,7 à 3,2.

La lysine:
pHi = (pK2 + pK3)/2 = 9,7

pK1 = 2,2; pK2 = 9; pK3 = 10,5.

E-Propriétés spectrales :Coloration et absorption de la lumiere

Propriétés physico chimiques de AA:

Propriétés chimiques :
A- Propriétés de la fonction carboxylique

- Estérification par un alcool : en présence d’un acide fort

Réaction utilisée pour séparer les aminoacides en phase gazeuse (et même en phase
liquide) en produisant des dérivés esters butyliques.
- Formation d’amide (liaison peptidique): synthèse peptidique (lier le carboxyle d'un aminoacide
avec l'amine du suivant).

- Réaction de décarboxylation : synthèse d’amine (ex :histamine)

Par voie chimique ou enzymatique
La réaction de départ d’une molécule de CO2, catalysée par une décarboxylase à coenzyme
phosphate de pyridoxal (PLP), produit des amines, molécules importantes par leur propriétés
biologiques

Exemple:
- Sérine: donne éthanolamine (précurseur de la choline)
- Histidine donne l’histamine (vasodilatateur intervenant dans les réactions d'allergie ou
d'inflammation)
Acide glutamique : donne 4-aminobutanoique ou "GABA" (neurotransmetteur).

L’Histidine participe à la synthèse de l’histamine (médiateur de la réaction allergique), produit de

sa décarboxylation par l’histidine décarboxylase, à coenzyme phosphate de pyridoxal

L’aspartate participe à la synthèse de la β-alanine (l’un des composants du coenzyme A), produit
de sa décarboxylation par l’aspartate décarboxylase, à coenzyme phosphate de pyridoxal

Le glutamate participe à la synthèse de l’acide γ-aminobutyrique ou GABA (médiateurs des

synapses GABA-ergiques), produit de sa décarboxylation par le glutamate décarboxylase, à
coenzyme phosphate de pyridoxal. L’acide γ-aminobutyrique intervient dans le fonctionnement de
la cellule nerveuse, probablement au niveau de la transmission de l’influx nerveux
- Réaction de décarboxylation

B- Propriétés générales liées au groupe NH2

- Formation d’imine « base de Schiff » : réaction avec un aldéhyde :Addition de

carbonyle

Sauf la proline qui contient une fonction amine secondaire.

- N-Acylation
Avec des composés tels que les anhydrides d’acides ou des chlorures d’acide, les acides aminés
forment des dérivés N-acylés

- Action du 1-fluoro 2,4- dinitrobenzéne

Le FDNB réagit facilement avec les fonctions aminés pour former un dérivé N-2,4- dinitrophénylé.
Ce composé jaune est facile à identifier par chromatographie et doser par spectrophotométrie à
360 nm.
Cette réaction a permis à Frederik SANGER (1953) d'établir la première structure primaire d'une
protéine : l'insuline.
Réaction de Sanger

- Action du phénylisothiocyanate ou carbamylation

La carbamylation avec le phénylisothiocyanate (PTC), à un pH basique de 9, donne un dérivé
phénylthiohydantoine-aminoacide (PTH-aminoacide) qui absorbe dans l’UV et facilement
séparable par chromatographie.

- Carbamylation:
La réaction avec l‘Aa terminal d'une protéine (n Aa) libère un PTH-aminoacide et une protéine
amputée de son Aa N-terminal ( (n-1 Aa) aminoacides:
En répétant le processus, on peut déterminer la structure primaire de la protéine (dégradation
récurrente d’Edman).
 - Dansylation

- Désamination,
Réaction au cours de laquelle, l’acide aminé perd son groupement sous forme de NH3.

- Réaction avec la ninhydrine : désamination oxydative

Réaction 1: l’acide aminé est oxydé en acide α-iminé, les 2 atomes d’hydrogène étant pris en
charge par un coenzyme d’oxydoréduction (FAD)
Les aminoacides oxydases peuvent réagir directement avec l’oxygène, donnant naissance au
peroxyde d’hydrogène (H2O2) tout en régénérant le coenzyme sous sa forme oxydée. La catalase
élimine le peroxyde d’hydrogène formé dans cette réaction.
Réaction 2: l’acide α-iminé, instable, est hydrolysé en acide α-cétonique, avec libération
d’ammoniac

Dans la plupart des tissus, on constate que l’acide glutamique est le seul des acides aminés
naturels qui soit directement désaminé par un enzyme spécifique, le glutamate déshydrogénase
Le glutamate déshydrogénase participe, avec les aminotransférases, à l’élimination de l’azote
aminé des acides aminés.
- Transamination:
La transamination, catalysée par une aminotransférase (transaminase), à coenzyme phosphate de
pyridoxal, est une réaction de transfert réversible du groupement aminé entre un acide aminé et
un acide α-cétonique: l’acide aminé donneur du groupement aminé est transformé en acide α-
cétonique, l’acide α-cétonique accepteur du groupement aminé est transformé en acide aminé.
L’acide α-cétonique accepteur est presque toujours l’α-cétoglutarate, qui est transformé en
glutamate

L’aspartate aminotransférase, catalyse le transfert du groupe amine de l’aspartate à l’α-

cétoglutarate et l’alanine aminotransférase catalyse le transfert du groupe amine de l’alanine à l’α-
cétoglutarate.

- La formation de chelate (complexe avec des ions métalliques)

C’est le principe du dosage du biuret où les peptides réagissent avec le cuivre pour donner une
coloration dosable à 540 nm.

- La formation de la liaison peptidique (-CO-NH-)

constituant le squelette de la structure primaire des protéines, elle s'effectue entre le COOH α
d'un aminoacide et le NH2 α d'un autre aminoacide
Ainsi, l'enchaînement de 4 à 10 acides aminés de poids moléculaire inférieur à 100 détermine un
oligopeptide.
Un enchaînement de moins de 100 acides aminés et de poids moléculaire inférieur à 10 000 défini
un polypeptide.
Un enchaînement de plus de 100 acides aminés et de poids moléculaire supérieur à 10 000
constitue une protéine.

- Réaction a la ninhydrine:
Le chauffage à 130°C des acides aminés en présence de ninhydrine conduit à la condensation de
deux molécules de ninhydrine reliées par un atome d’azote venant de l’acide aminé. C’est le
pourpre de Ruhemann.

(++ connue et utilisée) donne un produit

violet pour les amines primaires
jaune pour les amines secondaires.

- Réaction avec un ose: de maillard

lorsque l’acide aminé qui subit la réaction appartient à l’hémoglobine, on obtient une
hémoglobine glyquée
Ceci est très important dans le dosage de la glycémie du diabète.
Quand le glucose reste dans le sang, il va se fixer à une amine de la lysine hémoglobine
glyquée.
Cette fixation dépend de la concentration du glucose dans le sang, donc de la glycémie (qui est
importante chez les diabétiques).
Normalement, seulement 4 à 5% de l’hémoglobine est glyquée. Chez un
diabétique ce taux peut monter jusqu’à 10%.
La lenteur du phénomène peut renseigner sur la glycémie du patient des 6 à 8 semaines
précédentes (du fait de la durée de demi-vie moyenne d’une hématie ≈ 60j).

C- Récations dues au radical

La réactivité du radical conditionne in vivo les modifications post-traductionnelles des protéines.
Selon la nature du radical, une protéine peut par exemple s'associer à des motifs glucidiques
pour former des glycoprotéines.
Elles peuvent également être phosphorylées sur les résidus de Serine (Ser), Thréonine (Thr),
Tyrosine (Tyr).
Cette phosphorylation est très importante car c'est un des phénoménes réversibles de régulation
de certaines protéines.
- groupement hydroxylé : estérification par acide phosphorique (phosphosérine, thréonine ou
tyrosine).
- noyau aromatique : réaction de substitution. Par exemple les dérivés iodés de la tyrosine dans
les hormones thyroïdiennes.
- groupement thiol : réaction d’oxydation permettant la formation de pont disulfure :
2 R–SH → R–S~S–R (cf. cystine).

Role métabolique des aminoacides:

Ces 20 acides aminés protéinogènes peuvent suivre deux voies différentes : le catabolisme
énergétique ou l'anabolisme :
Le catabolisme énergétique extrait le groupement NH et aboutit à l'obtention de CO , H 0 et ATP.
3 2 2
L'anabolisme peut mener à la synthèse protéique, à la synthèse de divers acides aminés non
essentiels, à la synthèse de dérivés azotés non protéiques

Le glycocol:
Le glycocol ou glycine, petit acide aminé de poids moléculaire=74 et sans isomère peut avoir
deux origines : exogène (les protéines alimentaires) et endogène : décarboxylation de la sérine.
Il entre dans la constitution de protéines fibreuses comme le collagène ou plus particulièrement
l'élastine à hauteur de 30%.
On le trouve également dans des molécules azotées comme le glutathion et la créatine.

L’alanine:
Cet acide aminé non essentiel provient majoritairement des protéines alimentaires. Il est
généralement directement transaminé en pyruvate (provenant du glucose par le glycoloyse) grâce
à l'ALAT mais si nécessaire, cette transamination est réversible.
Tout comme le glycocolle, il entre dans la constitution du collagène et de l'élastine (à 15%).

L’aspartate et l’asparagine:
Tout deux ont une origine exogène.
Cependant, par une réaction de formation du groupement amide ou de désamination (cf ante),
l'aspartate peut se transformer en asparagine et réciproquemment.
L'aspartate est directement transaminé (comme précédemment, par l'ASAT) en oxaloacétate (4
Carbones, celui-ci peut aussi provenir du glucose).

Glutamate et glutamine:
Schéma quasi identique qu'au précédent : la glutamine, amide du glutamate peut être désaminée
en glutamate et le glutamate peut être transformé en glutamine mais il est directement transaminé
(par l'ALAT) en α-cétoglutarate

Thréonine et serine:
Ces deux aminoacides sont d'origine exogène alimentaire généralement (bien que la sérine peut
provenir de la glycine ou du glucose).
La thréonine peut être décarboxylée irréversiblement en sérine.
Tout deux possédant un OH alcoolique, ils sont capables de fixer un phosphate PO3H2.

Les AA soufrés:
Méthionine et cystéine ont une origine exogène alimentaire.
Cependant, la méthionine (5 Carbones ) peut être décarboxylée en homocystéine (4 Carbones).
Celle-ci peut elle-même être décarboxylée en cystéine (3 Carbones).
La cystéine est alors sous forme réduite cys-SH. Elle est alors devant deux devenirs possibles :
Soit elle est décarboxylée en taurine (2 Carbones), radical : CH2-SO3H (groupement acide
sulfoïque), acide aminé non essentiel et non protéinogène.
Soit elle est condensée avec une autre cystéine réduite et forme la cystine (6 Carbones), en forme
oxydée Cys-S-S-cys.
Les AA cycliques:
Phénylalanine et tyrosine sont d'origine exogène alimentaire.
La Phénilalanine (Phe) est cependant directement hydroxylée par la Phe-hydroxylase en tyrosine.
Celle-ci pouvant à son tour être hydroxylée en L-DOPA par la Tyr-hydroxylase.
Médicalement, une des utilisations de la L-Di-OH-phényl-alanine ( L-dihydroxyphenylalanine ) se
trouve dans le traitement des maladies neurovégétatives.
La tyrosine comporte un OH phénolique polaire permettant la fixation d'un groupement
phosphate (PO3H2).

Les AA non-protéinogènes:
La β-alanine : La β-alanine, acide aminé de formule H2N-C*H -CH -COOH provient de la
2 2
décarboxylation de l'aspartate et entre dans la structure du CoA

Le γ-amino-butyrate (GABA): Il est issu de la décarboxylation du glutamate (5 carbones) et

s'illustre en tant que neuromédiateur inhibiteur.

Il a pour formule : H N-CH -CH -CH (gama)-COOH

2 2 2 2

La taurine : Cette petite molécule à deux carbones est le résultat de la décarboxylation et

oxydation de la cystéine et elle contient donc une fonction acide sulfonique.
Nécessaire à la digestion des lipides, elle solubilise les acides biliaires.
Sa formule est : H2N-CH2-CH2-SO3H

l'Homocystéine (Hcy) à 4 Carbones issue de la décarboxylation de la méthionine;

l'Ornithine (Orn) provenant de l'arginine, l'ornithine étant elle-même à l'origine de la Citrulline (Cit).

La Citruline (Cit)

Ornthine et Citrulline se retrouvent dans le cycle de l'urée.

Serotonine:
La sérotonine, agent neurohormonal présent dans le cerveau, l’intestin et les plaquettes, prend
naissance à partir du tryptophane selon le schéma réactionnel
La sérotonine est une substance vasoconstrictrice et hypertensive

Dopamine, Adrénaline (Epinéphrine) et Noradrénaline (Norépinéphrine

Les protéines :

Les protéines sont une classe de molécules biologiques « de première importance » (du grec
proteios).
Les protéines sont des macromolécules de type polymère.
Dans une cellule procaryote, le nombre de protéines différentes varie entre 1500 et 2000.
Dans les cellules eucaryotes, cette quantité passe à 12-15000.
Chacune des protéines présentes dans les cellules a une structure qui est déterminée
génétiquement et de ce fait, possède une taille prédéfinie (altérée parfois après traduction).
Elles ont des rôles très variés au sein d’une cellule et au sein d’un organisme.
Les protéines sont synthétisées et dégradées en permanence dans les cellules.

Les structures des protéines

Quatre niveaux de structure:

•Structure primaire :
Elle est définie par la connaissance de la nature des aminoacides qui constituent la protéine et
par l'ordre de leur enchaînement (séquence).

• Structure secondaire:
Elle est définie par la forme géométrique de la chaîne d'acides aminés: soit en
feuilles plissées (configuration b), soit en hélices a pour un grand nombre d'entre elles. La
structure en hélice est assurée par des liaisons hydrogènes entre les atomes d'hydrogène d'un
groupe NH d'une liaison peptidique, et l'atome d'oxygène d'un groupe C=O d'une autre liaison
peptidique.

• Structure tertiaire
Elle est définie par le plissement, l'enroulement et les autres processus d'agrégation des
polypeptides. Par exemple, pour les protéines ayant une structure secondaire en hélice, l'axe de
l'hélice n'est pas rectiligne. Les pliures, ou l'enroulement de l'hélice sur elle-même constitue la
structure tertiaire.

• Structure quaternaire :
Souvent, des protéines sont formées de plusieurs chaînes d'acides aminés. C'est le cas de
l'hémoglobine qui contient quatre chaînes protéiques, ou de l'insuline qui en comporte deux liées
entre elles par des ponts disulfure (S-S).L'association de ces chaînes qui chacune possède une
structure primaire, secondaire et tertiaire, constitue la structure quaternaire de ces protéines.

INTRODUCTION
Elles jouent le rôle de transporteurs :
- transporteurs de sucres, acides aminés…
- transporteurs de lipides entre organes (albumine, apolipoprotéines)

Elles interviennent dans l’immunité :

- anticorps (immunoglobulines…)
- protéines du système du complément
- protéines de la cicatrisation (fibrine…)
- protéines du CMH (Complexe Majeur d’Histocompatibilité)

Elles ont des rôles structuraux :

- cytosquelette (tubuline, actine…).
 - contraction musculaire (myosine…)
- forme des vacuoles (clathrine…)
- organisation de l’ADN (histones)

Peptides et protéines : une différence de taille

Tous deux sont des polymères d’acides aminés.
Aujourd’hui, on considère l’insuline comme la plus petite des protéines (5734 Da).
oligopeptides < polypeptides < protéines
Exemples de peptides d’interets:
- Enképhalines
Neuropeptides endogènes découverts par Hughes et Kosterlitz en 1975 (également produits dans
les cellules cardiaques).
Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu

Ils agissent sur les mêmes récepteurs que les opiacés (morphine et dérivés).

Agit sur le rein en provoquant la rétention d’eau (vasoconstricteur).

- Le glutathion :
g-glutamyl-cystéinyl-glycine
Il existe sous la forme réduite et oxydée ce qui lui permet de jouer un rôle dans certaines
réactions d’oxydoréduction .

- Ocytocine et la vasopressine :
Hormones de structure très voisine, fabriquée par la post-hypophyse.
L’ocytocine stimule la contraction du muscle utérin alors que la vasopressine augmente la
pression sanguine et a une action antidiurétique.
-L’hormone adrénocorticotrope ou ACTH :
Hormone de l’anté-hypophyse qui stimule la synthèse et la sécrétion des hormones
stéroïdes par la cortico-surrénale.

- L’insuline:
Hormone hypoglycémiante sécrétée par les cellules b des îlots de langerhans. La structure de
l’insuline a été la première structure polypeptidique connue grâce aux travaux de Sanger.
L’insuline comporte 2 chaînes : la chaîne A de 21 a.a et la chaîne B de 30 a.a. Il y a 3 ponts
disulfures : 2 interchaines (A7/B7 et A20/B19) et un intrachaîne ( A6/A11).
- La pénicilline :
Peptide ayant une activité antibiotique

Séquencage:
Il existe des coupures enzymatiques et des coupures chimiques qui vont soit couper l'extrémité
N-terminale soit l'extrémité C-terminale, soit couper à l’intérieur de la chaîne après un acide
aminé particulier.

Les coupures enzymatiques:

Dans un premier temps, on définit des aminopeptidases qui permettent l'identification de
l'extrémité N-terminale ainsi que des carboxypeptidases qui permettent l'identification de
l'extrémité C-terminale.
d'enzymes, être utilisées pour permettre l'identification de la chaîne peptidique à savoir :
- La trypsine : coupe après les acides aminés basiques (lysine et arginine).
- La chymotrypsine : coupe après les acides aminés aromatiques (phénylalanine, tyrosine et
tryptophane).

Les coupures chimiques:

-L’hydrolyse acide (HCl 6N) permet la rupture de toutes les liaisons peptidiques et la destruction
du tryptophane.
- l’hydrolyse basique (NaOH = soude à 6M) permet la rupture de toutes les liaisons peptidiques.
- Le dinitrofluorobenzène (DNFB ou réactif de Sanger), le chlorure de Dabsyl ou de Dansyl
ainsi que la méthode d'Edman (PITC) permettent l'identification de l'extrémité N-terminale.
- Le mercaptoéthanol, le DTT, KCN, l'urée coupent les ponts disulfures.
- Le bromure de cyanogène coupe du côté carboxylique des résidus méthionine.

Structure des protéines:

Une séquence linéaire d’acides aminés, formant une chaîne polypeptidique, constitue la structure
primaire de la protéine. Cette structure qui ressemble à un chapelet de « perles » d’acides aminés,
est le squelette de la molécule de protéine. Ce squelette se tord et se repli sur lui-même pour
donner des niveaux d’organisation moléculaires plus complexes (structures secondaire, tertiaire et
quaternaire).

Sructure primaire (ou séquence de la protéine) :

Correspond à l'ordre d'enchaînement des acides aminés. La séquence est donnée en partant de
l'acide aminé Nterminal (extrémité NH2) vers le Cterminal (extrémité COOH) qui correspond
au sens de la synthèse des protéines.

Chaque acide aminé est lié au suivant par un lien peptidique, qui se forme quand le groupement
carboxylique d'un premier acide aminé réagit avec le groupement aminé d'un second, avec
élimination d'eau. Quand les acides aminés sont incorporés dans une chaîne (qu'on appelle
chaîne polypeptidique), on les appelle des résidus. La chaîne polypeptidique n'est pas branchée;
elle forme un unique filament étiré. Par convention, on désigne le premier acide aminé de la
chaîne comme étant celui dont le groupement aminé reste libre; on dit qu'il est en 5' ou encore
qu'il constitue l' extremité N-terminale ou le N-terminus. On désigne comme étant le dernier
résidu de la chaîne celui dont le groupement carboxylique reste libre; on le dit en 3', ou à
l'extrémité C-terminale.

Chaque lien peptidique est donc rigide, mais de part et d'autre les liens peuvent effectuer une
rotation. L'angle de rotation d'un plan amide par rapport au carbone alpha en 5' est noté angle ψ;
l'angle entre le plan amide précédent et ce même carbone alpha est noté angle φ.
Structure tridimensionnelle des protéines:
(Structure secondaire)

Les protéines n'existent pas sous forme de chaînes linéaires d'acides aminés : elles se tordent et
se replient sur elles-mêmes. C'est leur structure secondaire. La structure secondaire la plus
courante est celle de l’hélice alpha (a).

Dans l'hélice alpha, la chaîne primaire s'enroule sur ellemême puis est stabilisée par des liaisons
hydrogène entre les groupes NH et CO, à tous les quatre acides aminés environ

Le feuillet plissé bêta (b) est une autre structure secondaire, où les chaînes polypeptidiques
primaires ne s'enroulent pas mais se lient côte à côte au moyen de liaisons hydrogène et forment
une sorte d'échelle pliante. Dans ce type de structure secondaire, les liaisons hydrogène peuvent
unir différentes parties d'une même chaîne qui s'est repliée sur elle-même en accordéon ou
encore différentes chaînes polypeptidiques. Dans les hélices alpha, les liaisons hydrogène
unissent toujours différentes parties d'une même chaîne. Une chaîne polypeptidique
peutprésenter les deux types de structure secondaire.

I) Structure secondaire
A) Le groupement peptidique:
Linus Pauling et Robert Corey (1930 - 1940) ont déterminé par rayons X les structures de
plusieurs acides aminés et de dipeptides.
Ces études ont montré que le groupement peptidique possède une structure plane rigide, due à
des interactions en résonance, qui confèrent à la liaison peptidique un caractère partiel - environ
40% - de double liaison

Caractéristique de la liaison peptidique:

Caractère de double liaison partielle
légèrement plus courte (1,33 contre 1,5 Å) qu’une liaison C-N simple
- liaison polaire
- les 6 atomes - C, N de la liaison peptidique, Cα des deux acides aminés, H porté par l’azote et
O sont dans un même plan
- configuration trans (sauf 10 % des liaisons impliquant Pro)
- rotation cis-trans extrêmement lente (existence de Pro cis-trans isomérase)
- liberté de rotation autour de chaque liaison N-Cα et Cα-C

Une chaîne polypeptidique peut donc être considérée comme une séquence de
plans, correspondants chacun à une liaison peptidique, et unis les uns aux autres par des Cα

La conformation du squelette d'une protéine est déterminé par les valeurs des angles de rotation
autour de la liaison Cα-N (phi, Φ) et de la liaison Cα-C (psi, Ψ). Par convention, la valeur des
angles et est égale à 180° dans sa conformation plane en pleine extension (étirée)
Structure secondaire: conformation locale de son squelette - en hélices, feuillets plissés, et
coudes
La chaîne polypeptidique adopte plusieurs types de structures régulières, mais il n'en existe qu'un
petit nombre qu'on retrouve souvent (on pourrait dire que ce sont des modèles éprouvés par la
nature).
Certaines structures répétitives se retrouvent dans les protéines. Cette organisation spatiales
d'une séquence d'acides aminés forme une structure secondaire : hélice alpha ou feuillet bêta.
Les hélices alpha sont des hélices dont la structure est constituée par la chaîne principale (c'est à
dire les successions - NH - C alpha - CO - NH - etc.) Les chaînes latérales sont situées vers
l'extérieur de cette hélice, qui est maintenue par des liaisons hydrogène entre les CO et les NH
appartenant à des résidus éloignés d'un tour d'hélice. (pas : 0.54 nm, 3.6 résidus par tour)

L’helice alpha:
Hélice à pas droit
Elle compte 3,6 résidus par tour. de spire
- Pas = 5,4 Å
Incrément = p/n = 1,5 Å
Liaison H entre CO et NH du
4éme résidu ( distance optimale de 2,8 Å)

Elle est stabilisée dans sa forme hélicale par des ponts hydrogènes établis entre l'hydrogène d'un
groupement aminé -NH et l'oxygène d'un groupement carboxylique -C=O et situé quatre résidus
plus loin.
-Chaînes latérales tournées vers extérieur et vers arrière
Dipôle
Coeur très compact
Pas de Gly, ni de Pro

Stabilisation par
- Liaisons hydrogène
- force van der Waals
- Chaîne latérale (Ala, Glu, Leu, Met)

L’exemple d’hélice alpha :

la kératine alpha:
La kératine alpha est une protéine de structure dans le cheveu qui est très riche en hélices alpha.
C’est tout d’abord une hélice alpha (hélice droite) qui va s’associer à une autre hélice alpha droite
grâce à des ponts disulfures formant une super hélice gauche. Plusieurs super hélices gauches
donneront un protofilament, plusieurs protofilaments donneront une microfibrilles, plusieurs
microfibrilles donneront une macrofibrilles et plusieurs macrofibrilles donneront un cheveu (et
plusieurs cheveux donneront une belle chevelure soyeux.

Autres hélices polypeptidiques:

Les autres hélices sont désignées par le symbole nm ou n indique le nombre de résidus par tour
et m est le nombre d'atomes dans la boucle fermée par une liaison hydrogène:

-le ruban 2,27 n'a jamais été observé

-l'hélice 310 se trouve occasionnellement en courts segments ou coudes
-l'hélice α 3,613
-l'hélice π 4,416 est rarement
observée dans des protéines
Le feuillet plissé Beta :
Le feuillet plissé béta :
les 2 chaînes sont disposées parallèlement l'une à l'autre et orientées en sens inverse (Nt->Ct/Ct-
>Nt). Cette disposition est dîte antiparallèle. Les Chaînes sont reliées entre elles par des liaisons
hydrogènes entre les CO et les NH de deux liaisons peptidiques superposées

Le feuillet bêta
Il se forme des liaisons hydrogène entre certains AA de la chaîne disposés
parallèlement les uns par rapport aux autres, ou d’une façon antiparallèle.
(membrane plissée).
Les feuillets bêta sont des structures où la chaîne polypeptidique revient parallèlement ou
antiparallèlement à elle même.
Là encore, ce sont les liaisons hydrogène entre les résidus qui sont reponsables de la formation et
du maintien de ces structures.
Structure en feuillet plissé, constitué de:

- chaînes polypeptidiques étirées (“brins ß”)

- disposées parallèlement ou “antiparallèlement” avec Phi (Φ) = -139°, Psi (Ψ) = + 135°
- liées à leurs voisines par ponts hydrogène
- projetant les chaînes latérales alternativement au-dessus et en dessous du plan du feuillet
- distance entre deux résidus de 7Å
- parfois, empilement de feuillets (soie)

Exemples:

1. Protéine fibreuse : fibroïne de la soie

- Feuillet ß antiparallèle
- Alternance de résidus Ala ou Ser et Gly (Gly-Ser-Gly-Ala-Gly-Ala)
 - Inextensible (résistant) dans une direction
- Souple dans l'autre direction
-
2. Protéines globulaires : contiennent souvent des feuillets ß

Exemples :
- concanavaline A (protéine appelée "lectine" du haricot sabre)
- immunoglobulines
- carboxypeptidase A. La triosephosphate isomérase contient un feuillet β de huit segments
formant un structure cylindrique appelée tonneau β

Le feuillet beta:
La chaîne polypeptidique du feuillet b est presque totalement étirée. La distance axiale entre les
A.A. adjacents est de 3,5 A . Le feuillet est stabilisé par des liaisons hydrogènes entre le CO et NH
de chaînes polypeptidiques différentes. Les brins adjacents d’un feuillet plissé peuvent être de
même sens ou de sens opposés (feuillets antiparallèles). La fibroïne de la soie est constituée
presque entièrement de feuillets antiparallèles. Des unités structurales comprenant de 2 à 5
feuillets parallèles ou antiparallèles sont très répandues.
La concavaline A a un feuillet Beta antiparallèle à 6 segments.

Structure tertiaire:
La structure tertiaire concerne l’arrangement dans l’espace de ces structures secondaires c’est à
dire la position dans l’espace de chaque atome.
La structure tertiaire est l'arrangement global de la chaîne polypeptidique dans l'espace : C'est
l'arrangement des structures secondaires et des résidus qui les relient ou n'entrent pas dans
une structure secondaire précise. On peut avoir des structures globulaires, fibreuses...
Elle résulte des relations entre les A.A éloignés dans la structure linéaire. En effet des a.a très
éloignés les uns des autres dans la séquence peuvent se trouver très proches en raison des
repliements et former des régions indispensables au fonctionnement de la protéine comme le site
actif.
Les chaînes latérales polaires sont groupées en surface. Les radicaux hydrophobes sont rejetés
vers l’intérieur de la protéine. Ces radicaux sont unis par des liaisons hydrophobes (interactions
de type de van der waals).
Correspond aux repliements de la chaîne protéique. Ces repliements étant liés à l'existence de
résidus encombrants ou chargés. La structure de la molécule s'organise alors selon les trois
directions de l'espace.
Cette structure est stabilisée par :
- Des liaisons hydrogènes entre les résidus d'acides aminés (exemple : ser ---lys).
- Des liaisons ioniques (exemple : glu ---lys).
- Des liaisons hydrophobes (ou Van der Waals) entre les résidus apolaires.
- Des ponts disulfures entre les résidus de cystéine (n'existent pas dans le cas de la myoglobine).

De plus pour ce type de structure (structure globulaire), les résidus d'acides aminés apolaires se
situent préférentiellement au centre de la structure où ils peuvent s'associer par liaisons
hydrophobes. Tandis que les résidus polaires ou ioniques se situent à la périphérie où ils peuvent
s'associer entre eux par liaison hydrogène ou ionique,ou encore avec l'eau par liaison hydrogène.

Structure quaternaire:
La structure quaternaire est une association de structures tertiaires : certaines protéines existent
sous forme de complexes comportant alors plusieurs sous-unités (exemple ATPase-
synthétase).
Correpond à l'association de plusieurs sous unités protéiques (les monomères) pour former une
protèine dite oligomérique.

Les sous unités peuvent être liées entre elles par :

- Des liaisons hydrogènes entre les résidus d'acides aminés de deux sous unités(exemple : ser
--- lys).
- Des liaisons ioniques de deux sous unités(exemple : glu ---lys).
- Des liaisons hydrophobes (ou Van der Waals) entre les résidus apolaires de deux sous unités.
- Des ponts disulfures entre les résidus de cystéine de deux sous unités(n'existent pas dans le
cas de l'hémoglobine).

Structure tertiaire et quaternaire:

Un grand nombre de protéines se complexifient jusqu'à la structure tertiaire, une structure très
spécifique formée à partir de la structure secondaire). Dans une structure tertiaire,
des régions hélicoïdales ou plissées de la chaîne polypeptidique se replient les unes sur les autres
et forment une molécule en forme de boule, ou molécule globulaire.
La structure tertiaire est maintenue par des liaisons (covalentes, hydrogène ...) entre des acides
aminés souvent très éloignés sur la chaîne primaire
La structure quaternaire correspond à l’association spécifique de plusieurs chaînes peptidiques
en une unité d’ordre supérieur seule capable d’assurer complètement les fonctions biologiques.
L'hémoglobine possède ce niveau d'organisation structurale dans lequel deux chaînes a sont
associées à deux chaînes b.

Structure quaternaire:
Dans le cas d'une protéine formée de plusieurs chaînes polypeptidiques, la structure quaternaire
désigne l'organisation de ces différentes chaînes en dimères tétramères etc...
Ces structures perdurent grâce aux liaisons hydrogène, aux interactions électrostatiques et
ioniques, aux liaisons de Van der Waals entre les résidus, ainsi que parfois grâce à des liaisons
covalentes avec les ponts disulfure qui relient deux cystéines proches spatialement mais pouvant
être éloignées dans la structure primaire ou appartenant à des chaînes polypeptidiques différentes
(cas des immunoglobulines par exemple).

Le Collagène :
Le transport:
L’hémoglobine transporte l'oxygène dans le sang;
Les lipoprotéines transportent les lipides et le cholestérol. Le sang contient d'autres protéines de
transport pour le fer, les hormones stéroïdes et d'autres substances.

La régulation du pH:
Un grand nombre de protéines plasmatiques, notamment l'albumine, peuvent servir d'acide ou de
base dans un système tampon. Elles empêchent les variations excessives du pH sanguin en
captant ou en libérant des protons H+.

La régulation du métabolisme:
Les hormones polypeptidiques et les hormones protéiques contribuent à régler l'activité
métabolique, la croissance et le développement. Ainsi, l'hormone de croissance est une hormone
anabolique nécessaire pour une croissance optimale.
L’insuline aide à régler le taux de glucose sanguin.

La Défense de l’organisme:
Les anticorps sont des protéines très spécialisées qui reconnaissent et inactivent les bactéries,
les toxines et certains virus. Ils participent à la réponse immunitaire, qui contribue à protéger
l'organisme contre les substances étrangères et les microorganismes.
Les protéines du complément, en circulation dans le sang, améliorent l'activité du système
immunitaire et stimulent la réaction inflammatoire, un mécanisme de résistance non spécifique de
l’organisme

La classification des protéines:

Les structures des protéines
Quatre niveaux de structure:
- Structure primaire
- Structure secondaire
- Structure tertiaire
- Structure quaternaire
La protéine adopte sa structure secondaire
lorsque des AA voisins dans la chaine (structure
primaire) forment entre eux des liaisons
hydrogènes.

La structure tertiaire, a 3 dimensions, de la

protéine résulte de l’interaction entre les
différents AA en différents points de la structure
secondaire en spirale.

Lorsque deux ou plusieurs chaines de structures

tertiaires s’associent pour former une molécule
de grande taille, la p^roteine a une structure
quaternaire.

Les interactions protéiques:

- Liaisons hydrophobes: Les AA hydrophobes ont plus d'affinité entre eux, (interactions de Van der
Waals).
- Liaisons ioniques: Les radicaux qui s'ionisent positivement forment des liaisons ioniques avec
ceux qui s'ionisent négativement.
- Liaisons hydrogènes: des liaisons « intra-moléculaires » entre C=O et N-H peptidiques.
- Les ponts disulfure: liaison covalente entre 2 Cys par l'atome de soufre.

Structure primaire et variabilité des protéines

La structure primaire des protéines est représentée par la séquence d’acides aminés) qui se lient
de manière à former une chaîne polypeptidique.
Structure secondaire:

Le feuillet b:
La chaîne polypeptidique du feuillet b est presque totalement étirée. La distance axiale entre les
[Link] est de 3,5 A .
Le feuillet est stabilisé par des liaisons hydrogènes entre le CO et NH de chaînes polypeptidiques
différentes. Les brins adjacents d’un feuillet plissé peuvent être de même sens ou de sens
opposés (feuillets antiparallèles). La fibroïne de la soie est constituée presque entièrement de
feuillets antiparallèles. Des unités structurales comprenant de 2 à 5 feuillets parallèles ou
antiparallèles sont très répandues.

L’hélice du collagène :
Elle est responsable de la forte résistance élastique du collagène, principal constituant de la peau,
des os et des tendons
Helice de tropocollagène (type 1)

L’hélice du collagène:
On a tout d'abord une hélice gauche de 1050 acides aminés formée par la répétition de 3 acides
aminés par tour de spire qui sont la glycine, la proline et le troisième est variable. Leur structure
secondaire est plus étirée que celle des hélices alpha mais moins que celle des feuillets plissés
bêta.
On peut noter que c'est le seul cas ou la proline ne cause pas de problème...
Il n'y a pas de l i a i s o n s h y d ro g è n e s
intrachaînes mais chaque hélice gauche
sera associée à deux autres hélices
gauches par des liaisons hydrogènes interchaînes (entre le CO d'une glycine et le NH d'une
glycine d'une autre hélice) formant ainsi le tropocollagène.
Le tropocollagène est donc une triple hélice qui sera en fait une hélice droite.
Plusieurs molécules de tropocollagène peuvent s'associer par des liaisons covalentes sur leurs
lysines formant ainsi une fibrille de collagène.

Structure quaternaire :
L’hémoglobine:
La molécule d'hémoglobine est un exemple utile pour la démonstration des structures protéiques
sous forme de sous-unités. Cette protéine fixatrice d'oxygène présente un poids moléculaire de
68 Kd en solution neutre. Quatres chaînes polypéptidiques sous forme de deux paires de chaînes
alpha et béta constitue constitue la structure alpha2-béta2 de l'hémoglobine. Le pliage de type
globine comporte 8 ségments alpha-hélicoïdaux désignés par les lettres A à H en commençant
par l'extrémité N-terminale. Contrairement à la myoglobine, les chaînes d'hémoglobine présentent
des résidus de surface apolaires et hydrophobes qui permettent l'association des chaînes entre
elles.

Composition:
L’hémoglobine est contenue dans les globules rouges . Le taux normal d’hémoglobine est
compris entre 13 et 18 g/100ml chez l’homme, et entre12 et 16 g/100ml chez la femme.
C’est une longue protéine composée d’acides aminés et enroulée autour d’un noyau qu’on
appelle l’hème. Ce noyau renferme un atome de fer, lequel a la particularité de fixer l’oxygène.
C’est finalement grâce au fer que les échanges d’oxygène peuvent s’effectuer entre le sang et les
tissus, l’hémoglobine étant là pour assurer la stabilité de la structure. Inlassablement, à chaque
contraction cardiaque, l’hémoglobine va fixer de l’oxygène que lui fournit les poumons et le
délivrer au niveau des tissus en prenant en charge du gaz carbonique à la place, qui sera éliminé
au niveau des poumons.
Mais les globules rouges ne vivent que 120 jours. Ils sont alors détruits par la rate et le foie.
L’hémoglobine est alors transformée en un produit qui va constituer les pigments biliaires
contenus dans la bile . Cette bile sera éliminée dans les intestins et aidera à l’absorption
intestinale de certaines graisses.
Lorsque l’hémoglobine n’est pas détruite de façon normale ou dans les organes chargés de la
détruire, elle va passer dans le sang et provoquer une jaunisse. C’est pour cela que les anémies
hémolytiques provoquent une jaunisse.

Hémoglobines de l'adulte
L'hémoglobine A1 (ou Hb A1) correspond à 98 % du total de l'hémoglobine de l'adulte. Elle est
constituée de 2 chaînes alpha et de 2 chaînes bêta.
L'hémoglobine Hb A2 correspond à 2 % du total de l'hémoglobine de l'adulte. Elle est constituée
de 2 chaînes alpha et de 2 chaînes delta. C'est l'électrophorèse qui permet de différencier ces
deux types d’hémoglobine.

Hémoglobine fœtale :
on nomme ainsi l'hémoglobine dans chaque globule rouge du fœtus et juste après la naissance.
Elle est composée de 2 chaînes alpha et de 2 chaînes gamma. L'hémoglobine du fœtus présente
une particularité : il s'agit de sa grande affinité pour l'oxygène, plus forte que celle de
l'hémoglobine de l'adulte. En effet, l'oxygène du fœtus est aspiré préférentiellement par
l'hémoglobine fœtale aux dépens du sang de la mère à travers le placenta. D'autre part,
l'hémoglobine fœtale présente une autre particularité : sa résistance à la dénaturation (altération
de sa structure) alcaline (milieu contraire de l'acidité). Ce test permet de déceler la présence de
globules rouges fœtaux (du fœtus) dans le sang de la mère. Ce test s'effectue chez les femmes
enceintes de groupe Rh négatif dont le fœtus est potentiellement Rh positif (Rh du père). Cette
méthode est utilisée quand il existe un risque d'incompatibilité fœto-maternelle (accouchement,
avortement, amniocentèse).

L'hémoglobine glycosylée :
c'est une variété d'hémoglobine sur laquelle s'est fixée une molécule de glucose. L'hémoglobine
glycosylée (HbA1c) représente normalement moins de 5 % de l'hémoglobine de l'organisme. Sa
concentration est dépendante de la glycémie (taux de glucose dans le sang). Son dosage permet
de surveiller efficacement un traitement au long cours chez un diabétique.

Role de l’hémoglobine:
Mécanismes de régulation du transport de l’O2

1) Effet Bohr
L’ a f f i n i t é d e l ’ H b p o u r l ’ O 2 d i m i n u e
proportionnellement à
la baisse du pH c’est-à-dire à l’augmentation de la
concentration en H+

Une hémoglobinopathie,
Maladie relative à l'hémoglobine, de nature héréditaire, comprend les thalassémies c’est-à-dire
les défauts de synthèse de l'hémoglobine et les hémoglobinoses c'est-à-dire les maladies
liées au défaut de structure de la molécule d’hémoglobine.

Thalassémies
Les thalassémies sont le résultat d'une diminution ou de l'absence totale de fabrication d'une des
chaînes à base de protéines entrant dans la composition de l'hémoglobine qui sert à transporter
l'oxygène dans les globules rouges. L'une de ces anomalies concerne la chaîne bêta dont la
forme majeure est appelée l'anémie de Cooley. Cette anémie est susceptible d'engendrer une
anémie hémolytique grave. Les hémoglobinopathie sont au nombre d'environ 300. Elles sont
désignées par la lettre ou par le nom de la ville où se trouve une personne chez laquelle la
maladie a été découverte.

Hémoglobines
Les hémoglobinoses sont le résultat, le plus souvent, de mutation génétique ponctuelle. Leur
diversité et leur grand nombre s'explique par le grand nombre de mutations. Une des mutations
les plus fréquentes est celle qui entraîne l'apparition de drépanocytose c'est-à-dire
l'hémoglobinose S. La majorité des mutations n'entraîne pas de symptômes c'est-à-dire que les
patients ne savent pas qu'ils présentent une hémoglobinopathie. À l'inverse d'autres mutations
génétiques chromosomiques sont responsables de maladies plus graves telles que des
hémolyses pathologiques comme la drépanocytose ou l'hémoglobinose S ou C. Ces différentes
modifications de l'hémoglobine entraînent des fonctionnements soit par excès soit par défaut de
fixation d'oxygène et de transport de l’oxygène.

hématie falciforme
L'anémie falciforme est une forme d'anémie provoquée par une altération de la forme des
hématies (globules rouges), qui prennent une allure de faucille. Celle-ci est due à la présence
d'une forme anormale de l'hémoglobine, la protéine responsable du transport de l’oxygène.

Roles physiologiques
La structure tridimensionnelle de la protéine lui confère ses propriétés distinctes et dicte sa
fonction biologique.
Habituellement, on classe les protéines en deux catégories suivant leur forme générale : protéines
fibreuses et protéines globulaires.
Protéines fibreuses:
Les protéines fibreuses sont appelées protéines structurales car elles constituent le principal
matériau de construction chez les Vertébrés. Elles sont linéaires, insolubles dans l'eau et d'une
grande stabilité (support mécanique aux tissus et résistance à la traction).
Les principales protéines fibreuses sont le collagène, la kératine, le fibrinogène et les protéines
musculaires.

Le collagène:
Le collagène se trouve dans les os, la peau, les tendons et les cartilages. Sa triple hélice formée
de trois chaînes polypeptidiques, d'environ mille acides aminés chacune, lui donne l'apparence
d'un gros câble (fig. 5). Lorsque des fibrilles de collagène sont dégradées par chauffage intense,
leurs chaînes se raccourcissent pour former la gélatine.

La kératine:
La kératine, présente dans les couches supérieures de l'épiderme, dans les cheveux, les ongles,
les écailles, les sabots et les plumes, s'enroule en une torsade régulière appelée «hélice alpha».
Chargée de protéger l'organisme contre l'environnement extérieur, la kératine est totalement
insoluble dans l'eau. Ses nombreuses liaisons disulfures en font une protéine extrêmement stable,
capable de résister à l'action des enzymes protéolytiques.

Le fibrogène:
Le fibrinogène est une protéine plasmatique sanguine responsable de la coagulation du sang.
Grâce à l'action de la thrombine, le fibrinogène est converti en molécules de fibrine, une protéine
insoluble, qui s'agglutine pour former un caillot protecteur contre les hémorragies

Protéines globulaires:
Contrairement aux protéines fibreuses, les protéines globulaires sont sphériques et hautement
solubles. Elles jouent un rôle important dans le métabolisme. Les albumines, les globulines, la
caséine et les hormones protéiques sont des protéines globulaires. Les albumines et les
globulines sont abondantes dans les cellules animales, le sérum sanguin, le lait et les oeufs.

Anticorps:
Les anticorps, ou immunoglobulines, sont des protéines sécrétées par les cellules de l’immunité,
les lymphocytes. Lorsque les lymphocytes reconnaissent un agent infectieux ou tout autre
antigène étranger à l’organisme, il vont fabriquer des anticorps. Parfois ils peuvent se tromper et
développer des anticorps contre ses propres antigènes : c’est une maladie auto-immune

Les différents anticorps :

Il en existe cinq types, qui sont toutes des immunoglobulines, c’est à dire des protéines
constituées de 4 chaînes d’acides aminés . Chaque immunoglobuline possède deux chaînes
lourdes et deux chaînes légères. C’est la structure des chaînes lourdes qui caractérise le type
d’immunoglobulines. On les dose au cours de l’immunoélectrophorèse.

- Les IGA : elles sont fabriquées par les muqueuses (vagin, bouche, rectum, oeil, voies
respiratoires, etc.). Leur dosage est de 2 g par litre de sang. Elles ont une action immédiate sur les
microbes.

- Les IgE : ces anticorps ont une action contre les parasites. On les retrouve également dans le
mécanisme de l’allergie. Elles sont dosées à 450 nanogrammes par litre de sang.

- Les IgM : ce sont les anticorps fabriqués par les lymphocytes lors du premier contact avec un
antigène. Leur quantité est de 1g par litre de sang.

- Les IgG : ce sont les anticorps qui interviennent lors du deuxième contact avec l’antigène car ils
sont fabriqués par les cellules mémoire de l’organisme. Ce sont eux qui sont en plus grande
quantité (12 g par litre de sang).

-Les IgD : ces anticorps joueraient un rôle dans l’adaptation des lymphocytes face à l’antigène.
Leur quantité est de 0,2 g par litre de sang.

L’hemoglobine:
Structure de l’hémoglobine:
La structure primaire de la globine fait référence à la séquence d'acides aminés des différents
types de chaînes. La numérotation à partir de l'extrémité N-terminale identifie la position des
acides aminés individuels. L'identité et la position de ces acides aminés ne peuvent pas être
modifiées sans provoquer une altération importante de la fonction moléculaire.

Structure secondaire de la globine:

La structure secondaire de tous les types de chaînes de globine comprend neuf sections non
hélicoïdales reliées par huit sections hélicoïdales.
Les sections hélicoïdales sont identifiées par les lettres A-H tandis que les sections non
hélicoïdales sont identifiées par une paire de lettres correspondant aux hélices adjacentes, par ex.
NA (extrémité N-terminale au début de l'hélice A), AB (joint l'hélice A à l'hélice B) etc.

Structure tertiaire de la globine:

Le repliement tertiaire de chaque chaîne de globine forme une sphère approximative.
Les liaisons intramoléculaires qui donnent naissance aux parties hélicoïdales de la structure
confèrent une rigidité de structure considérable, provoquant un repliement de la chaîne dans les
parties non hélicoïdales.
Le repliement tertiaire donne lieu à au moins 3 caractéristiques fonctionnellement importantes de
la molécule d’hémoglobine:

1- Les chaînes latérales polaires ou chargées ont tendance à être dirigées vers surface extérieure
de la sous-unité et, inversement, non polaire les structures ont tendance à être dirigées
vers l'intérieur. L'effet de ceci est de
rendre la surface de la molécule hydrophile et l'intérieur
hydrophobe.

2- Une fente ouverte à la surface de la sous-unité connue sous le nom de poche d'hème est
créée. Cette fente hydrophobe protège l'ion ferreux de l'oxydation.
3- Les acides aminés, qui forment les liaisons inter-sous-unités responsables du maintien de la
structure quaternaire, et donc de la fonction, de la molécule d'hémoglobine sont amenés
dans la bonne orientation pour permettre la formation de ces liaisons.

Structure quaternaire de l’hémoglobine:

La structure quaternaire de l'hémoglobine a quatre sous-unités disposées de manière
tétraédrique.
En adulte hémoglobine- (HbA), il existe différents contacts zones:

- α1β1 et α2 β 2 qui confirme la stabilité de la molécule.

- α1 β2 et α2 β1 qui confirme la solubilité de la molécule.
- α1 α2 et β1 β2 qui sont des liaisons faibles pour permettre l'oxygénation et la désoxygénation.

Fonctions de l’hémoglobine:
- apport d'oxygène aux tissus
- Réaction de l'Hb et de l’oxygène
- Oxygénation et non oxydation
- Une Hb peut se lier à quatre molécules d’O2
- Moins de 0,01 sec requis pour l’oxygénation
- la chaîne b se rapproche lorsqu'elle est oxygénée
- Lorsque le 2,3-DPG oxygéné est expulsé
- b les chaînes sont séparées lorsque l'O2 est déchargé, ce qui permet l'entrée de 2,3-DPG
résultant en une affinité plus faible de l’O2

Fonction de l’hémoglobine normale:

Lorsqu'il est complètement saturé, chaque gramme d'hémoglobine se lie à 1,34 ml d'oxygène.
Le degré de saturation est lié à la tension d'oxygène (pO2), qui varie normalement de 100 mm Hg
dans le sang artériel à environ 35 mm Hg dans les veines.
La relation entre la tension en oxygène et la saturation en oxygène de l'hémoglobine est décrite
par la courbe de dissociation de l'oxygène de l'hémoglobine.
Les caractéristiques de cette courbe sont en partie liées aux propriétés de l'hémoglobine elle-
même et en partie à l'environnement dans l'érythrocyte, y compris le pH, la température, la force
ionique et la concentration de composés phosphorylés, en particulier le 2,3-diphosphoglycérate
(2,3-DPG ).

L'affinité de l'hémoglobine pour l'oxygène est généralement exprimée en termes de presion

d'oxygène à laquelle une saturation de 50% se produit.
Lorsqu'elle est mesurée dans les érythrocytes entiers, cette valeur est en moyenne de 27,1 mm
Hg chez les hommes normaux non fumeurs et de 27,5 mm Hg chez les femelles normales non
fumeuses.
Lorsque l'affinité pour l'oxygène est augmentée, la courbe de dissociation est décalée vers la
gauche et la valeur est réduite.
À l'inverse, avec une affinité pour l'oxygène diminuée, la courbe est décalée vers la droite.

Courbe de dissociation HB-oxygène:

La position normale de la courbe dépend de:
- Concentration de 2,3-DPG
- Concentration en ions H + (pH)
- CO2 dans les globules rouges
- Structure de l’Hb

Décalage à droite (distribution d'oxygène facile)

- Élevé 2,3-DPG
- Haut H +
- CO2 élevé
- HbS

Left shift (give up oxygen less readily)

- 2,3-DPG
- HbF

Effet Bohr:
Le changement d'affinité de l'oxygène avec le pH est connu comme l'effet Bohr.
L'affinité de l'hémoglobine pour l'oxygène est réduite à mesure que l'acidité augmente.
Comme les tissus sont relativement riches en dioxyde de carbone, le pH est plus bas que dans le
sang artériel; par conséquent, l'effet Bohr facilite le transfert d'oxygène.
L'effet Bohr est une manifestation de l'équilibre acido-basique de l'hémoglobine.

Le 2,3 DPG
Ce composé est synthétisé à partir d'intermédiaires glycolytiques au moyen d'une voie connue
sous le nom de shunt Rapoport-Luebering.
Dans l'érythrocyte, le 2-3-DPG constitue le composé phosphorylé prédominant, représentant
environ les deux tiers du phosphore des globules rouges.
La proportion de la voie 1,3-DPG semble être en grande partie liée aux niveaux cellulaires d'ADP
et d'ATP; lorsque l'ATP diminue et que l'ADP augmente, une plus grande proportion de 1,3-DPG
est convertie par l'étape de production d'ATP.
Ce mécanisme sert à assurer un approvisionnement en ATP pour répondre aux besoins
cellulaires.
À l'état désoxygéné, l'hémoglobine A peut se lier à la 2,3-DPG dans un rapport molaire de 1: 1,
une réaction conduisant à une affinité pour l'oxygène réduite et à une amélioration de l'apport
d'oxygène aux tissus.
À l'état désoxygéné, l'hémoglobine A peut se lier à la 2,3-DPG dans un rapport molaire de 1: 1,
une réaction conduisant à une affinité pour l'oxygène réduite et à une amélioration de l'apport
d'oxygène aux tissus.
Les changements dans les niveaux de 2,3-DPG jouent un rôle important dans l'adaptation à
l'hypoxie. Dans un certain nombre de situations associées à une hypoxémie, les niveaux de 2,3-
DPG dans les globules rouges augmentent, l'affinité pour l'oxygène est réduite et l'apport
d'oxygène aux tissus est facilité.
De telles situations comprennent une exposition brutale à une altitude élevée, une anoxie due à
une maladie pulmonaire ou cardiaque, une perte de sang et une anémie.
L'augmentation du 2,3-DPG joue également un rôle dans l'adaptation à l'exercice. Cependant, le
composé n'est pas essentiel à la vie; un individu qui manquait des enzymes nécessaires à la
synthèse du 2,3-DPG allait parfaitement bien sauf pour une polyglobulie légère

Le dioxyde de carbone CO2:

Le transport du dioxyde de carbone par les globules rouges, contrairement à celui de l'oxygène,
ne se produit pas par liaison directe à l'hème.
Dans les solutions aqueuses, le dioxyde de carbone subit une paire de réactions:
CO + H O H CO
2 2 2 3

2. H CO H+ + HCO
2 3 3

le dioxyde de carbone diffuse librement dans le globule rouge où la présence de l'enzyme

anhydrase carbonique facilite la réaction 1.
Le H + libéré dans la réaction 2 est accepté par l'hémoglobine désoxygénée, un processus facilité
par l'effet Bohr.
Le bicarbonate formé dans cette séquence de réactions diffuse librement à travers la membrane
des globules rouges et une partie est échangée avec le plasma Cl-, un phénomène appelé le
«déplacement du chlorure».
le bicarbonate est transporté dans le plasma vers les poumons où la ventilation maintient le
pCO2 bas, entraînant une inversion des réactions ci-dessus et une excrétion de CO2 dans l'air
expiré.
Environ 70% du dioxyde de carbone tissulaire est traité de cette manière. Sur les 30% restants,
5% sont transportés en solution simple et 25% sont liés aux groupes amino N-terminaux de
l'hémoglobine désoxygénée, formant la carbaminohémoglobine.

Methamyoglobine:
fin de lier l'oxygène de manière réversible, le fer dans le fragment hème de l'hémoglobine doit être
maintenu à l'état réduit (ferreux) malgré l'exposition à une variété d'agents oxydants endogènes et
exogènes.
Le globule rouge entretient plusieurs voies métaboliques pour empêcher l'action de ces agents
oxydants et pour réduire l'hémoglobine de fer si elle s'oxyde. Dans certaines circonstances, ces
mécanismes échouent et l'hémoglobine devient non fonctionnelle.
Parfois, une anémie hémolytique survient également. Ces anomalies sont particulièrement
susceptibles de se produire
1)si le globule rouge est exposé à certains médicaments oxydants ou toxines
2) si les mécanismes de protection intrinsèque de la cellule sont défectueux ou s'il y a des
anomalies génétiques du molécule d'hémoglobine affectant la stabilité de la globine ou la
crevasse de l'hème.
 LES GLUCIDES
• Ils contiennent du carbone, de l’hydrogène
et de l’oxygène. Ces deux derniers atomes sont
présents dans le même rapport 2 :1 que dans l’eau,
c’est pourquoi les glucides sont parfois appelés
hydrates de carbone.
• Ce sont des molécules organiques caractérisées par
la présence de chaînons carbonés porteurs de
groupements hydroxyles, et de fonctions aldéhydes
ou cétoniques.
• leurs nombreux groupements hydroxyles
établissent des liaisons hydrogène avec les
molécules d’eau.
• Le groupement aldéhyde ou cétone leur
confère un caractère réducteur.
• La place du glucose
• - principal carburant des tissus;
• - seul carburant du foetus;
• - rôle fondamental car tous les glucides
alimentaires sont absorbés sous forme de
glucose ou convertis en glucose dans le foie;
• - tous les glucides sont synthétisés à partir
du glucose dans l’organisme.
• rôle énergétique:
 l’oxydation des glucides est l’une des voies essentielles de
production d’énergie dans les cellules non
photosynthétiques: glycolyse
 stockage sous forme de glycogène (foie, muscles)
• rôle structural
– matrice extracellulaire
– base à la synthèse d’autres molécules (lipides, acides
aminés)
• rôle de marqueur
– glycoprotéines et glycolipides membranaires (ex : groupes
sanguins)
• Rôle métabolique
• Ils sont transformés en d’autres molécules
d’intérêt biologique, glucidiques ou non.
• Rôle fonctionnel
• Liés à des protéines ou à des lipides
membranaires, des glucides sont impliqués
dans les processus de communication
cellulaire.
•
• En fonction de leur volume et de leur
solubilité, les glucides sont classés en
monosaccharides ou oses (1 sucre), en
disaccharides ou osides (2 sucres), et en
polysaccharides ou polyosides (nombreux
sucres).
 Classification
• les monosaccharides (ou oses simples), formés d’une seule unité (e.g. le
glucose);
• les disaccharides (ou diosides), formés de 2 unités (e.g. le saccharose);
• les oligosaccharides (ou oligosides):
• le plus souvent sont liés de façon covalente à des molécules non
glucidiques (glycoconjugués): glycoprotéines (la fraction protéique est
prédominante) et glycolipides.
• les polysaccharides (ou polyosides): linéaires (e.g. la cellulose) ou ramifiés
(e.g. le glycogène).
• les protéoglycanes: longues chaînes polysaccharidiques
(glycosaminoglycanes), sont liées, sauf exception, de façon covalente à des
protéines (la fraction glucidique est prédominante).
• les peptidoglycanes: à longues chaînes polysaccharidiques, liées entre elle
par de courts peptides.
 Les monosaccharides
• Les monosaccharides, ou sucres simples, sont
formés d’une seule chaîne (linéaire ou
cyclique) contenant 3 à 6 atomes de carbones.
Leur formule générale est (CH2O)n, n étant le
nombre d’atomes de carbone. Les oses les
plus abondants portent 5 ou 6 atomes de
carbone, on les appelle des pentoses (n = 5,
ex. le ribose et le désoxyribose) ou des
hexoses (n = 6, ex. le glucose, le fructose et le
galactose).
 Les pentoses

l’on retrouve dans la composition des acides nucléiques.

 Les hexoses
• Ils présentent dans leur molécule une fonction
carbonyle qui peut être un groupement
aldéhyde (hexoaldose, ex. le glucose et le
galactose) ou une cétone (hexocétose, ex. le
fructose).
O
CH2 OH
O O
C C C C O
H H H
H C OH HO C H H C OH HO C H
HO C H HO C H HO C H
H C OH
H C OH H C OH HO C H
H C OH
H C OH H C OH H C OH
CH2 OH CH2 OH CH2 OH CH2 OH
Glucoza Manoza Galactoza Fructoza
Ce sont des isomères du glucose : ils ont la même formule moléculaire que le glucose
mais leurs atomes sont agencés différemment, ce qui leur confère des propriétés
différentes
 Le glucose
• De formule brute C6H12O6, le glucose existe sous différentes formes. On peut le
représenter sous une forme linéaire (en représentation de Fischer) ou sous une
forme cyclique (en représentation de Haworth).

Le glucose naturel est un mélange de la forme aldéhyde et des deux

formes cycliques a-glucose et b-glucose
 Les disaccharides
• Un disaccharide est formé par la combinaison
de 2 monosaccharides au cours d’une réaction
de synthèse. Les deux molécules sont liées par
une liaison osidique ou liaison glycosidique
résultant de l’union de deux groupements
hydroxyles avec perte d’une molécule d’eau.
Les plus importants, sont le saccharose, le
maltose et le lactose.
 Le saccharose

le saccharose est abondant dans la racine de betterave et la tige de canne à sucre

 Le maltose
• C’est un disaccharide peu abondant à l’état
libre. Il existe dans le malt où il résulte de
l’hydrolyse enzymatique de l’amidon.
 Le lactose
• Soluble dans l’eau, le lactose se trouve dans
les laits des Mammifères (4 à 5 % dans le lait
de vache et 5 à 7 % dans le lait de la femme)

CH2 OH CH2 OH
HO O H O H
H H
OH H O OH H
H H OH
H OH H OH

Lactoza
Le lactose est constitué par l’union d’une molécule de b-galactose en position 1 et
d’une molécule de b-glucose en position 4.
 Les polysaccharides
• Ce sont les produits de polymérisation du glucose qui
sont représentés par l’amidon, le glycogène et la
cellulose
L’amidon
• L’amidon est la principale réserve glucidique des
végétaux et l’aliment glucidique le plus important
pour l’homme. Il peut présenter jusqu'à 30 ou 60 %
du poids sec d’un tissu végétal. Il est abondant dans
les graines et les tubercules mais aussi largement
répandu dans certaines cellules végétales.
 Structure de l’amidon
• L’hydrolyse enzymatique de l’amidon par une
amylase conduit à la formation du maltose :
l’amidon est donc un polymère d’alfa - glucose
en liaisons 1 - 4
 Hydrolyse enzymatique de l’amidon
• Les alfa - amylases appelées endoamylases scindent les
liaisons 1 - 4 à l’intérieur des chaînes non ramifiées ; ces
enzymes se rencontrent chez les microorganismes, les
végétaux et les animaux (amylases salivaires et
pancréatiques).
• Les alfa (1-6) - glucosidases appelées enzymes débranchantes
ou déramifiantes provoquent l’hydrolyse des liaisons 1 - 6.
Elles sont présentes dans les tissus animaux (muqueuse
intestinale) et végétaux.
• Enfin la maltase scinde la molécule de maltose en deux
molécules de glucose.
 Le glycogène
• C’est le correspondant animal de l’amidon. Il
représente la principale forme de réserve glucidique
des animaux. Abondant chez les Vertébrés (muscles
et foie), le glycogène se rencontre également chez
certaines bactéries, des algues et les levures.
• La structure chimique du glycogène est analogue à
celle de l’amylopectine, mais sa masse moléculaire
est généralement plus élevée.
 La cellulose
• C’est un constituant uniquement végétal qui ne représente
pas une substance de réserve mais un matériel structural
ayant un rôle de soutien. La cellulose, associée à des
substances variées, organiques (cires, lignine ...) ou minérales
(carbonate de calcium, silice) entre pour une part importante
dans la composition des membranes végétales, véritables
parois squelettiques rigides.
• La cellulose, substance blanche et fibreuse est insoluble dans
les solvants usuels y compris l’eau, bien qu’elle soit
hydrophile. Elle fixe de façon non spécifique de nombreux
colorants (rouge Congo, bleu de toluidine ...).
 Structure de la cellulose
• La cellulose est un polyglucose formé par un
enchaînement de b-glucose par des liaisons 1 -
4. C’est une chaîne droite résultant de l’union
de 1500 à 10000 résidus de b - glucose selon
l’origine
 Glycosaminoglycanes
• Ce sont des polyosides hétérogènes qui
résultent de la polycondensation d’osamines
et d’acides glucuroniques.
 L’acide hyaluronique
• C’est le plus simple des glycosaminoglycanes. Il est constitué de motifs
disaccharidiques répétés n fois :
• [Acide β D glucuronique + N-acétyl D glucosamine]n

Les liaisons sont :

— β 1-3 dans le motif
— β 1-4 entre les motifs
 L’acide hyaluronique
• Il est hydrolysé par une enzyme de
dépolymérisation, la hyaluronidase qui agit
entre les chaînons, sur les liaisons β 1-4. Cette
enzyme se retrouve dans les bactéries, le
venin de serpent, le sperme où elle facilite la
pénétration du spermatozoïde dans l’ovule
lors de la fécondation en hydrolysant
l’enveloppe de l’ovule.
 L’héparine
• C’est un anticoagulant physiologique qui est présent dans de
nombreux tissus (foie, poumon,reins, coeur).
Elle est constituée de la polycondensation de :
• [Acide α D glucuronique + D Glucosamine N-Sulfate]n
• Les liaisons sont α 1-4 dans le motif et entre les motifs.
• Les sulfates sont indispensables à l’activité biologique, ils sont
fixés sur l’azote et l’alcool primaire en 6 de la glucosamine
mais certaines héparines peuvent en contenir beaucoup plus.
 Les glycoprotéines
• Ce sont des hétéroprotéines qui résultent de l’union d’une fraction glucidique (de type
oligoside) et protéique par des liaisons covalentes. Elles sont très répandues dans la nature et
ont des fonctions biologiques très variées. Elles renferment plus de 5 % de glucides.
• La fraction glucidique
• On trouve 4 groupes de glucides :
• Oses : D mannose D galactose
• 6-désoxyhexoses : L fucose (6 désoxy L galactose)
• Glucosamine et galactosamine souvent acétylées
• Acide N-acétylneuraminique (NANA) souvent terminal qui
donne leur caractère acide auxglycoprotéines.
• Enchaînement glucidique souvent ramifié, caractéristique
(glycosyl-transférases spécifiques).
 Liaison des fractions glucidiques et
protéiques
• La liaison se fait entre le groupement réducteur terminal de la fraction
glucidique et un acide aminé de la protéine au niveau :
• d’une fonction alcool d’un acide aminé alcool (sérine, thréonine) = liaison
O-Glycosidique
• d’une fonction amide de la glutamine ou de l’asparagine : liaison N-
glycosidique la liaison se fait sur un motif spécifique, dans un
environnement approprié de la protéine
 Rôle biologique des fractions glucidiques

• Elles permettent la reconnaissance spécifique par

d’autres protéines comme les lectines.
• Elles interviennent dans l’interaction cellule-cellule :
contact, transfert d’information,…
• Elles influencent le repliement des protéines.
• Elles protègent les protéines contre les protéases.
• La spécificité des groupes sanguins dépend de la
fraction glucidique des glycoprotéines des globules
rouges.
 Les principales glycoprotéines
• Les hormones hypophysaires : LH(Hormone
luténeisante) et FSH(Hormone folliculostimulante) .
• Les glycoprotéines du plasma : Orosomucoïdes,
haptoglobine.
• Les glycoprotéines du blanc d’oeuf : ovalbumine.
• Les glycoprotéines végétales ou lectines, sont des
réactifs utilisés pour leurs propriétés d’agglutination
des globules rouges, leurs propriétés mitogènes, etc.
• Le système des groupes sanguins ABO est un système de reconnaissance
des globules rouges étrangers à l'organisme grâce à la présence de
structures antigéniques à la surface de ces cellules.
• Les antigènes ABO sont constitués de glycanes liés à des protéines
(glycoprotéines) ou à des lipides membranaires (glycolipides). Dans les
glycoprotéines la liaison est de type O-glycosidique.
• Sur le dissaccharide central : galactosyl ß 1-3 N-acétyl-galactosamine sont
liés des N-acétyl-glucosamines et des galactoses plus quelques fucoses.
• L'une des antennes est terminée par une N-acétyl-glucosamine chez les
sujets du groupe A et par un galactose chez les sujets du groupe B. Il n'y a
pas d'ose à cette place chez les sujets du groupe O.
• Une autre antenne est terminée par un fucose chez les sujets du groupe
Lewis a (Lea) et par deux fucoses chez les sujets du groupe Lewis b (Leb).
 Les lipides
• Les lipides représentent environ 20 % du poids du corps.
• Ils sont une réserve énergétique mobilisable : 1g lipides → 9
Kcal
• Ils ont un rôle de précurseurs : stéroïdes, vitamines,
prostaglandines.
• Deux acides gras polyinsaturés sont des facteurs nutritionnels
essentiels car ils ne sont pas synthétisés par l’organisme et
doivent lui être apportés par l’alimentation. Ce sont des
acides gras indispensables : acide linoléique et acide
linolénique.
• Les membranes ont une structure lipidique.
• Les plaques d’athérome constituées de dépôt lipidique
entraînent le durcissement des artères (athérosclérose).
• Lipides :
rôle énergétique
β-oxydation
stockage sous forme de triglycérides (tissus adipeux)

rôle structural
rôle de barrière dans les membranes cellulaires (membrane
plasmique, membranes mitochondriales…)
ex: phospholipides, cholestérol
rôle de protection/isolation pour les neurones (gaine de myéline)

rôle détergent
acides biliaires

- rôle informationnel
hormones stéroïdes (testostérone, progestérone, cortisol)
eicosanoïdes (médiateurs locaux dérivés d’acides gras)
PAF = facteur d’agrégation plaquettaire
 Les acides gras
• Ils sont monoacides, linéaires, à nombre pair
de carbone, soit saturés, soit insaturés
Les acides gras saturés [CH3 -(CH2)n - COOH 4C Acide butyrique
16C Acide palmitique
18C Acide stéarique
24C Acide lignocérique

Acide palmitique CH3 - (CH2)14 - COOH

Les acides gras monoinsaturés

L’acide oléique
 Les acides gras polyinsaturés
• Acide linoléique
• Acide arachidonique

Acide α linolénique
 Propriétés des acides gras
• L’acide butyrique à 4C est soluble dans l’eau,
puis la solubilité des acides gras bais
se progressivement et ils sont insolubles à partir
de 10C.
 Propriétés chimiques
• L’oxydation enzymatique intracellulaire de l’acide
arachidonique par la cyclooxygénase (cyclisation + oxydation)
conduit aux prostaglandines qui sont des médiateurs très
actifs, très rapidement dégradés.

Action biologique des prostaglandines. Elles interviennent :

• — dans la contraction des muscles lisses (intestin, utérus,
vaisseaux) ;
• — dans la régulation des métabolismes ;
• — dans l’agrégation plaquettaire. L’inhibition de la
cyclooxygénase des plaquettes par l’aspirine est utile en
thérapeutique (antiagrégant plaquettaire).
 Classification des lipides
• Les lipides simples : Glycérides et Stérides
• Les lipides complexes : Glycérophospholipides
et Sphingolipides
 Les glycérides
Ce sont des esters d’Acides Gras et de Glycérol
 Les glycérides
• Ce sont les lipides naturels les plus nombreux,
présents dans le tissu adipeux (graisses de
réserve) et dans de nombreuses huiles
végétales. Ils représentent une réserve
énergétique importante chez l’homme.
• Ils sont solubles dans l’acétone ce qui les
différencie des phospholipides (ils sont très
apolaires).
 Les glycérides
Ce sont les lipides naturels les plus nombreux, présents dans le tissu
adipeux (graisses de réserve)
et dans de nombreuses huiles végétales. Ils représentent une réserve
énergétique importantechez l’homme
Dans le tissu adipeux, l’hydrolyse est complète car
elle fait intervenir la lipase hormonosensible,
puis une monoglycéride lipase pour donner : Glycérol + 3 AG
 Les stérides

Le stéride est formé par estérification d’un AG sur la fonction

alcool en 3 du cholestérol.
• Le cholestérol est apporté dans l’alimentation et synthétisé par
le foie ; il est transporté dans le sang dans les lipoprotéines.
 Les stérides
• C’est un constituant des membranes (rôle
dans la fluidité).
• Le cholestérol sert dans l’organisme à la
synthèse de 3 groupes de molécules :
• — Les hormones stéroïdes (cortisol,
testostérone…)
• — La vitamine D3
• — Les acides biliaires
La vitamine D3 ou Cholécalciférol
 Cholécalciférol
• Elle est synthétisée à partir d’un précurseur le 7-
déhydrocholestérol, présent dans la peau, qui se transforme
en vitamine D3 (qui est une prohormone), sous l’effet des UV.
• Elle est métabolisée dans le foie où une 25-hydroxylase la
transforme en 25-OH-vitamine D3 puis cette dernière est
hydroxylée dans le rein par une 1-hydroxylase pour donner la
1,25-dihydroxyvitamine
• D3 ou calcitriol qui est une hormone. Le calcitriol est
responsable de toutesles propriétés de la vitamine D3.
• La vitamine D3 est une vitamine liposoluble qui prévient le
rachitisme en favorisant la fixation du calcium sur l’os.
 Glycerophospholipides
• L’acide phosphatidique

Acide phosphatidique = Glycérol + 2 Acides Gras + H3PO4

 Les glycérophospholipides
• Ils sont constitués d’acide phosphatidique +
alcool
 Les glycérophospholipides
• Phosphatidylsérines = Acides Phosphatidiques
+ Sérine
• Phosphatidyléthanolamines = Acides
Phosphatidiques + Ethanolamine
• Phosphatidylcholines = Acides
Phosphatidiques + Choline
• Phosphatidylinositols = Acides
Phosphatidiques + Inositol
 Définition du métabolisme
 Ensemble des réactions biochimiques d’un organisme.

 Rôle : gérer les ressources énergétiques

 2 voies métaboliques: cataboliques et anaboliques

 Réactions cataboliques:
 essentiellement oxydatives, libèrent de l’énergie
 Molécules complexes  Molécules simples + Énergie

 Réactions anaboliques:
 Réductrices, consomment de l’énergie
 Molécules simples + Énergie  Molécules complexes
 VUE D'ENSEMBLE DU MÉTABOLISME Protéines
INTERMÉDIAIRE Glucides
Voies Lipides
anaboliques Acides nucléiques, etc..

Digestion Absorption Autres

Molécules Molécules Voies P
amphiboliqques processus
alimentaires plus simple
endergoniques
2H

Voies
cataboliques
O2

CO2 +
H2O+ATP
 Métabolisme des glucides
Alimentation

1- Absorption Glucose Glycogène

cellulaire du glucose Glucoses
3 CO2
phosphate

Glycolyse
2- Glycogénégénèse Voie oxydative
Ribose
Trioses directe
3- Glycogénolyse phosphates
Acylglycérol
phosphate

Pyruvate Lactate
4- Glycolyse i nés CO2
am
es
5- Oxydation du Ac
id Acétyl-CoA Acides gras

pyruvate Protéine
A cid
es a m
Cycle
i nés
6- Cycle de l ’acide de l ’acide
citrique

citrique 2 CO2

7- Gluconéogénèse
8- Voie oxydative
direct du glucose
 Alimentation

Glucose Glycogène
Glucoses
phosphate 3 CO2

Voie oxydative
Trioses directe Ribose
phosphates phosphate
Acylglycérol
Pyruvate Lactate
CO2
Acétyl-CoA Acides gras

Protéine
Cycle
de l ’acide
citrique

2 CO2
 Organismes aérobies
1 Glucose
NAD+
NADH +
H+
Molécules organiques

• Utilisation d’oxygène NADH + H+

comme accepteur final NAD+

d’électrons.
6CO2 + 6H2O

+ 36 ou 38 ATP
 Glycolyse et oxydation du pyruvate
A: La glycolyse.
a)Signification biologique de la voie métabolique
de la glycolyse.
b)La séquence des réactions de la glycolyse.
c)Cycle du 2,3-bisphosphoglycérate.
B: L'oxydation du pyruvate.
a)La séquence des réactions.
b) Les aspects cliniques du métabolisme du
pyruvate.
C: Bilan énergétique de l'oxydation du
glucose.
4
 Organismes anaérobies
1 Glucose
NAD+

NADH + H+
• Utilisation de
molécules organiques NADH + H+
Molécules organiques

comme accepteur final

NAD+
d’électrons.
Fermentation Fermentation
Lactique alcoolique

Acide Lactique Éthanol

• Grâce à la glycolyse, le glucose est source d’énergie et
précurseur de molécules d’intérêt biologique.
• Le glucose est fourni par digestion des oses
alimentaires: amidon, glycogène, lactose et saccharose. Le
glucose-6-phosphate, le fructose-6-phosphate et le
glycéraldéhyde-3-phosphate proviennent de l’interconversion
d’autres hexoses alimentaires (fructose et galactose). En
dehors de ces apports exogènes, c’est la gluconéogenèse qui
assurera l’apport en glucose indispensable.
• La glycolyse, en effet, est une voie amphibolique: elle
participe au catabolisme et à l’anabolisme.
 Localisation

• - les globules rouges et le cerveau (tissus dits gluco-

dépendants) n’utilisent que le glucose (le cerveau
utilise aussi les corps cétoniques quand le glucose
vient à manquer);
• - les muscles el le myocarde utilisent indifféremment
le glucose (surtout en période post-prandiale) et
d’autres substrats (acides gras);
• - le foie et le tissu adipeux utilisent peu le glucose
(seulement en période post-prandiale).
 Les étapes de la glycolyse
• Le glucose traverse les membranes plasmiques grâce à des protéines
transporteurs – le glucose perméases. Les hexokinases / glucokinases sont
les enzymes qui activent le glucose cytoplasmique en glucose-6-
phosphate. L’ATP est le coenzyme donneur d’énergie et de phosphate.
Comme toutes les enzymes à ATP les hexokinases / glucokinases ont le
magnésium comme cofacteur. La réaction consomme une molécule d’ATP
par molécule de glucose, est irréversible et limitante (étape de régulation
de la glycolyse).
• Glucokinase: - hépatique et pancréatique;
• - spécifique du glucose;
• - à faible affinité: en ne phosphorylant qu’une partie
du glucose qui entre dans l’hépatocyte; la glucokinase maintient un état
d’équilibre du glucose entre les compartiments extra- et intra-cellulaires.
• Hexokinase: - ubiquiste (en particulier musculaire);
• - non spécifique du glucose (autres substrats: fructose
et mannose);
• - à forte affinité: en phosphorylant la totalité du
glucose qui entre dans la cellule; l’hexokinase maintient un fort gradient
de glucose entre les compartiments extra- et intra-cellulaires, favorisant
l’entrée du glucose dans la cellule;
- rôle régulateur (enzyme allostérique).
 LA GLYCOLYSE
Glucose Sang

GLUT
Glucose Cytoplasme
Hexokinase (HK) / Glucokinase (GK)
Glucose-6-P
Glucose-6-P-isomérase (G6P)
Fructose-6-P
P-fructo-kinase (PFK)
Fructose-1,6-biP
2 ATP
Pyruvate-kinase (PK) 2 NADH, H+
Pyruvate
 LA GLYCOLYSE
• La glycolyse est la dégradation du glucose en pyruvate.
• Cette transformation anaérobiose a un faible
rendement énergétique puisqu'elle ne produit que 2
molécules d'ATP par molécule de glucose. Mais l'oxydation
complète aérobiose du pyruvate en CO2 et H2O fournira
elle 38 molécules d'ATP par molécule de glucose.
• Remarque : Ce bilan énergétique est théorique, car les
intermédiaires formés au cours de la glycolyse peuvent
servir de précurseurs à la synthèse d'autres molécules
telles que ribose, désoxyribose, acide glucuronique, acide
ascorbique, glycérol-3-phosphate ou acides aminés.
• La glycolyse a lieu dans toutes les cellules, en continu.
 La glycolyse peut être divisée en deux phases :
- au cours de la première, le glucose (C6) est transformé en
2 molécules en C3 avec consommation de 2 molécules d'ATP;
- au cours de la deuxième, ces deux molécules en C3 sont
transformées en pyruvate avec productions de 4 molécules
d'ATP.
Le bilan de la glycolyse peut s'écrire :
Glucose + 2 Pi + 2 ADP + 2 NAD+ ---> 2 Pyruvate + 2 ATP
+ 2 H2O + 2 NADH,H+
Le pyruvate (CH3-CO-COOH) formé est le substrat :
- en anaérobiose, de la fermentation alcoolique ou
lactique;
- en aérobiose, de la réaction de décarboxylation
oxydative en acétyl-coenzyme A, [Link] (substrat à son
tour de voies anaboliques comme par exemple la synthèse des
acides gras, ou composé dans le cycle de l'acide citrique).
 Réaction 1
Glucose Glucose-6-Phosphate
 Réaction 2
Glucose-6-phosphate Fructose-6-phosphate
 Réaction 3
Fructose-6-Phosphate Fructose-1,6-bisphosphate
 Réaction 4
Fructose-1,6-bisphosphate 2 trioses phosphate
 Réaction 5
Dihydroxyacétone-phosphate Glycéraldéhyde-3-phosphate
 Réaction 6
Glycéraldéhyde-3-phosphate 1,3-bisphosphoglycérate

Mécanisme réactionnel couplant : 1 oxydoréduction + 1 transfert de phosphate

Coenzyme : NAD+
Une molécule de NADH + H+ est produite par triose.
 Réaction 7
1,3-Bisphosphoglycérate 3-Phosphoglycérate
 Réaction 8
3-phosphoglycerate 2-phosphoglycerate
 Réaction 9
2-phosphoglycerate Phosphoenolpyruvate
 Réaction 10
Phosphoenolpyruvate Pyruvate
 Glucose
1 ATP
Mg2+ Hexokinase; Glucokinase
ADP H H
H C O OH H CH C O P
2+ ADP
H C OH O Mg , C C O
2 ATP
HO C H HO C H 3 HO C H
H C OH Phospho- H C OH Phospho- H C OH
hexose- fructo-
H C OH isomérase H C OH H C OH
kinase
CH2 O P CH2 O P CH2 O P
Glucose-6-phosphate Fructose-6-phosphate Fructose-1,6-bisphosphate
(G-6-P) (F-6-P) (F-1,6-BP)
Aldolase 4

H O
H C O P 5 C H
O C O Triose- H C OH
HO C H phosphate H C O P
C O- isomérase
H C OH H H
H C H Dihydroxyacétone phosphate Glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P)
(DHAP)
H Pi
Lactate + NAD+
NAD Glycéraldéhyde-
6 3-phosphate
anaérobiose
Lactate NADH + H+ deshydrogénase
NADH + H+
déshydrogénase
O O
-
C O C O P
aérobiose Cycle
C O tricarboxylique H C OH
H de Krebs
C H H C O P
H H
Pyruvate 1,3-Bisphosphoglycérate
(1,3-BPG)
Pyruvate- ATP ADP
kinase 10 Mg2+ Mg2+, 7 Phospho-glycérate-
(PK) ADP kinase (PGK)
ATP
O O O
-
H2O -
C O C O C O-
9 8
C O P H C O P H C OH
Enolase Phospho-
H C H C OH glycérate- H C O P
Mg2+
mutase (PGM)
H H H
Phosphoénolpyruvate 2-Phosphoglycérate 3-Phosphoglycérate
(PEP) (2PG) (3PG)
 Bilan de l ’oxydation du glucose en
CO2 et H2O
• Glycolyse 8 ATP
• Oxydation du pyruvate : 6 ATP
– 2 NAD réduit.
• Oxydation de l ’acétyl-CoA : 24 ATP
– ( 3* 2 NAD réd + 1* 2 FAD réd. + 2 ATP)
• Bilan net : 38 ATP
• Glycolyse anaérobique : 2 ATP
 Destinées du pyruvate
• Le pyruvate est le substrat:
• • en anaérobiose, de la fermentation lactique ou
alcoolique;
• • en aérobiose, de la réaction de décarboxylation
oxydative en acétyl-coenzyme A, qui:
• - ou bien est le substrat de voie anaboliques (par
exemple la synthèse des acides grasse, stérols),
• - ou bien entre dans le cycle de l’acide citrique pour y
être complètement oxydé.
 LA GLYCOLYSE AÉROBIE
• L’ensemble des réactions biochimiques qui vont permettre le
passage de glucose-6-phosphate en pyruvate. En aérobiose, le
pyruvate peut être complètement oxydé en CO2, ce qui crée
beaucoup d’ATP.
• L’acide pyruvique était oxydé par les cellules en aérobiose en
passant par le cycle tricarboxylique. Deux des carbones de
l’acide pyruvique sont incorporés dans la molécule d’acide
citrique, qui pourra suivre alors la voie de dégradation décrite
au cycle de Krebs; à lieu dans la matrice mitochondriale;
• Pyruvate + CoA + NAD+ → Acétyl-CoA + NADH,H+ + CO2
 LA GLYCOLYSE ANAÉROBIE

• Dans le cytoplasme, l’acide pyruvique peut conduire à l’acide lactique –

phénomène prédominant dans la contraction musculaire en hypoxie ou
dans la fermentation lactique. Chez les micro-organismes, il conduit à
l’alcool éthylique (fermentation alcoolique de la levure de bière).
• Le passage à l’acide lactique s’effectue sous l’influence de la lactate-
déshydrogénase (LDH), utilisant les hydrogènes du NADH+H+ formé dans
l’oxydation du glycéraldéhyde-3-phosphate. La LDH des mammifères est
constituée de deux types de sous-unités, H et M, formant les tétramères
isoenzymatiques spécifiques des différents sites tissulaires: M4, M3H1,
M2H2, M1H3, H4. Les sous-unités H prédominent dans les sites à
métabolisme essentiellement aérobie, tel le muscle cardiaque (H = heart);
les sous-unités M (M = muscle) prédominent dans des sites tissulaires
pouvant opérer en anaérobie (le muscles squelettiques, mais aussi le foie).
• L’accumulation de lactate provoque la fatigue et la
raideur musculaire, ainsi qu’une augmentation de la
lactacidémie. Sous l’action de l’isoenzyme hépatique
de la LDH (isoenzyme lent M4), le lactate capté par
cet organe pourra être reconverti en pyruvate alors
que le muscle squelettique effectue mal le retour
lactate → pyruvate. Le muscle cardiaque peut
également reconvertir le lactate; comme d’autre part
il catabolise plus énergiquement les acides gras que
le glucose pour ses besoins énergétiques, il n’est pas
soumis aux crampes musculaires provoquées par le
lactate.
 LA GLUCONÉOGENÈSE
(LA NÉOGLUCOGENÈSE)
• La gluconéogenèse est la voie métabolique
par laquelle des précurseurs d’origines
diverses (non glucidiques) peuvent être
convertis en glucose (ou dans des autres
molécules glucidiques) pour répondre aux
besoins métaboliques spécifiques des tissus,
et, en particulier, en périodes post-absorptives
et lors du jeûne.
 Localisation
La gluconéogenèse est activement effectuée par
le foie (90%) et, dans une moindre mesure,
par le rein (cortex, 10%). La gluconéogenèse
hépatique fournit environ 50g de glucose par
jour, soit le tiers de la consommation tissulaire
quotidienne. Le foie récupère dans la
circulation splanchnique les molécules
précurseurs el les transforme en glucose,
ultérieurement redistribué dans l’organisme
pour y être entièrement oxydé en CO2 et H2O.
• La gluconéogenèse utilise en sens inverse les
réactions de la glycolyse, sauf les 3 réactions
qui sont irréversibles: la 1ère, catalysée par la
glucokinase, la 3ème, catalysée par la
phosphofructokinase et la 10ème, catalysée par
le pyruvate kinase, qu’elle doit contourner par
des réactions spécifiques irréversibles.
 Glucose

Fructose-1,6-bisphosphate

Dihydroxyacétone Glycéraldéhide-
phosphate 3-phosphate

Propionyl-CoA

Metilmalonyl-
Glycérol-3-phosphate Phosphoénolpyruvate CoA

Glycérol Oxaloacétate Succinyl-CoA

Alanine Pyruvate D'autres acides

aminés
Lactate
 LA NÉOGLUCOGENÈSE
Glucose Sang

GLUT 2
Glucose Cytoplasme
Glucose-6-Phosphatase (G-6-P) Lactate Alanine
Glucose-6-P
Glycérol-3-P Pyruvate

Mitochondrie
Malate Pyruvate
Oxaloacétate
Malate
• La déficience en glucose-6-phosphatase s’appelle la maladie de von
Gierke. La déficience est héréditaire, autosomale récessive.
• Le déficit en glucose-6-phosphatase provoque l’accumulation de glucose-
6-phosphate, ce qui active le glycogène synthase et inhibe la
phosphorylase. L’enzyme est surtout exprimé dans le foie et le tube
contourné proximal du rein. Son absence va provoquer l’accumulation de
glycogène dans ces sites tissulaires. Le foie devient énorme et dégénère.
Les patients souffrent d’hypoglycémie en période post-absorptive, car la
stimulation par le glucagon de la glycogénolyse et de la gluconéogenèse
est inopérante. Cette maladie illustre bien l’importance de la régulation
coordonnée de la glycogénolyse et de la gluconéogenèse pour l’entretien
de la glycémie dans les périodes post-absorptives.
•
• le diabète, s’exprimant par une hyperglycémie chroniquement
entretenue par déficit des effets de l’insuline; cette maladie est
génératrice de complications métaboliques et de lésions tissulaires
diverses;
• les accidents hypoglycémiques sont dus à un déficit relatif de la
gluconéogenèse et de la glycogénolyse par rapport à la consommation
métabolique excessive du glucose sous l’influence des effecteurs
hypoglycémiants tels que l’insuline. L’hypoglycémie, lorsqu’elle s’installe
rapidement, provoque des altérations graves de fonctionnement du
système nerveux central. L’hypoglycémie sévère ou des accidents
répétitifs vont
• entraîner des lésions dégénératives définitives du système nerveaux. Un
coma hypoglycémique peut être mortel.
• La mesure de la glycémie est donc essentielle en biologie clinique. Le taux
du glucose sanguin renseigne en effet sur la coordination entre la
glycolyse, la gluconéogenèse et le métabolisme du glycogène.
 LA GLYCOGÉNOLYSE
Glucose Sang
GLUT
Cytoplasme
Glucose
Glucose-6-Phosphatase (G-6-P)

Glucose-6-P
Glucose-1-P

Glycogène Phosphorylase

Glycogène
 LA GLYCOGÉNOGENÈSE
Glucose Sang

GLUT
Glucose Cytoplasme
Hexokinase (HK) / Glucokinase (GK)
Glucose-6-P
Glucose-1-P

UDP-Glucose
Glycogène synthase (GS)

Glycogène
 VOIES MÉTABOLIQUES DU GLUCOSE
Glycogene
glycogenogénèses glycogenolyse

Glucose-1-phosphate

Ribose-5-phosphate
Glucose et NADPH

gluconeogéenèse glycolyse
Voie du
Glucose-6-phosphate Pentose Phosphate

gluconeogenèse glycolyse

Pyruvate
Lactate Acetyl CoA
14
 Le cycle de Krebs

Le cycle de Krebs, ou cycle de l'acide citrique, est la voie oxydative la plus

importante.
Cette voie du métabolisme énergétique est commune aux catabolismes
glucidique, lipidique et protidique (protéique) ; ces trois voies de dégradation
convergent vers un métabolite important : l'acétyl coenzyme A, composé à 2
carbones.

Le cycle de Krebs est la voie d'oxydation de l'acétyl CoA, il fonctionne chez

tous les êtres vivants en aérobiose.
 LE CYCLE DE KREBS

• Le cycle de Krebs, également appelé cycle des acides

tricarboxyliques ou cycle de l’acide citrique, est une voie de
dégradation oxydative commune aux procaryotes et aux
Eucaryotes. Il se déroule dans la matrice mitochondriale des
cellules eucaryotes et dans le cytoplasme des Eubactéries. Il
constitue un carrefour métabolique vers lequel convergent la
plupart des voies métaboliques, et duquel partent de
nombreuses voies anaboliques. On le qualifie, pour cette
raison, de voie amphibolique.
• Les voies de biosynthèse qui utilisent les
intermédiaires du cycle de Krebs sont
notamment :
• la néoglucogenèse ;
• la voie de biosynthèse des lipides, dont les
acides gras et le cholestérol ;
• les voies de biosynthèse de certains acides
aminés, tels que le glutamate ou l’aspartate ;
• la voie de biosynthèse des porphyrines
• Le cycle de Krebs est la voie d'oxydation de l'acétyl CoA, il fonctionne chez
tous les êtres vivants en aérobiose.
• Il assure l’oxydation du groupement acétyl, activé en acétyl-CoA, en deux
molécules de CO2, avec réduction des coenzymes NAD et FAD L’énergie
libre ainsi libérée permet la synthèse d’ATP lors de la ré-oxydation des
coenzymes dans la chaîne respiratoire. Bien que ne participant pas au
cycle, l’oxygène est donc indispensable afin de régénérer les coenzymes
nécessaires à son déroulement. Une seule réaction produit directement
un nucléoside triphosphate, le GTP.
• L’acétyl-CoA provient des voies cataboliques, soit de façon directe pour le
catabolisme des acides gras et celui des corps cétoniques, soit
indirectement pour celui du glucose, dont l’oxydation via la glycolyse
aboutit au pyruvate. Ce dernier est alors transformé en acétyl-CoA dans la
mitochondrie, avant de rejoindre le cycle.
•
Pyruvate + CoA + NAD+ ⇒ acetyl CoA + CO2 + NADH CYCLE de
KREBS
• L’acétyl-CoA entre dans le
cycle en se liant à
l’oxaloacétate pour former
du citrate.
• Il y a 3 oxydations qui
réduisent le NAD+ en
NADH + H+ (x2).
• Il y a 1 oxydation qui réduit
le FAD en FADH2 (x2).
• Il y a création de 2 ATP.
 CYCLE de KREBS
Conclusion

Le cycle de Krebs est une façon de dégrader les molécules d'acétate en

produisant de l'énergie lors de la régénération des transporteurs.
Ce n'est pas son seul rôle, car les composés intermédiaires (α—cétoglutarate,
fumarate, succinate, etc.) sont au départ de la synthèse de nombreux
métabolites.
Tous les enzymes catalysant cette voie sont mitochondriaux, elle se déroule
donc dans toutes les cellules pourvues de mitochondries.
Plus de 90% de l'énergie produite dans la cellule provient du cycle de l'acide
citrique en relation avec la chaîne respiratoire.
Le cycle de Krebs est dit amphibolique, parce qu'il participe à la fois au
catabolisme et à l'anabolisme. Des intermédiaires du cycle sont le point d'arrivée
de certains catabolismes (acides gras, acide aminés glucoformateurs), le point de
départ de certains anabolismes (acides aminés, nucléotides puriques et
pyrimidiques).
Généralités sur les enzymes
Activité enzymatique
 Généralités sur les enzymes

➢ Une enzyme est un catalyseur biologique qui

augmente la vitesse d’une réaction en diminuant son
énergie libre d’activation, sans être elle-même
affectée.
➢ Une enzyme agit comme catalyseur en se liant au
substrat et facilite sa réaction en stabilisant son état de
transition vers un produit spécifique:
Substrat(s) + enzyme → Produit(s)
 Structure des enzymes
➢ Enzymes formés de deux parties:
Une partie protéique appelée apoenzyme thermolabile.
Une partie non protéique appelée coenzyme thermostable.
Les coenzymes sont groupés en 3 classes:
• Coenzymes tétrapyroliques : intervient dans les transferts d’électrons:
NAD/FAD/NADP
• Coenzymes métalliques: Zn, Mn, Co, Mg
• Coenzymes dérivés de vitamines hydrosolubles: B1, B12, B2…
 Spécificité des réactions enzymatiques

Une des caractéristiques fondamentales des enzymes est leur spécificité comparativement
aux catalyseurs chimiques.
D’où la notion du site actif d’une enzyme
On peut considérer que le site actif comporte deux sites voisins:
➢ Un site de fixation du substrat ou de reconnaissance :
Spécificité de substrat
➢ Un site responsable de la réalisation de la réaction chimique ou le site catalytique:
Spécificité de réaction
Le site actif d’une enzyme

consiste en au moins deux parties fonctionnelles

- voisines sur la chaîne polypeptidique
- rapprochées par la structure tertiaire

Le site de reconnaissance du substrat est constitué d’acides aminés

ils déterminent l’orientation du substrat
ils déterminent la spécificité de l’enzyme

Le site catalytique est constitué d’acides aminés

qui sont impliqués dans la rupture ou la formation de liens
qui sont localisés dans le fond de la cavité
qui sont réactifs
ex: His, Lys, Cys, Ser, Asp, Glu
Deux grands types de mécanismes catalytiques :

La catalyse acide-base :
~ du transfert d'un proton.
~ provient du couple imidazole / imidazolium de la chaîne latérale de
l'histidine (pKa=6) qui au pH physiologique entre 6 et 7 constitue un groupe
donneur / accepteur de proton.
His

H
N

La catalyse par covalence :

~ une partie du substrat est immobilisés par liaison covalente à l’enzyme pour
ensuite être transférée au second substrat.
 La chymotrypsine
Site actif

Asp102 His57

O
C H Ser195
N (1)
O
N
H O
(2)
H
H
R1 N C R2 Polypeptide
R1 N
substrat
H O

Les protéases à sérine sont des enzymes qui utilisent les deux types de catalyse :
l'histidine 57 sert de catalyseur acide-base
la sérine 195 sert de catalyseur par covalence avec un carbone de la liaison
peptidique qui va ensuite être clivée
 Phe ou Tyr ou Trp
R R
l l
N-H Lys ou Arg N-H Gly
Trp
O=C NH3+ - Asp
O=C Leu
l l
N-H N-H
l l
R R
La spécificité
Dans le cas de la trypsine,
Site de reconnaissance en forme de longue poche
Site actif avec Asp confère une charge négative au fond de la poche
Acides aminés à longue chaîne chargée positivement (Lys ou Arg) s’y
adaptent parfaitement

Dans le cas de la chymotrypsine,

L’Asp est remplacé par un groupement hydrophobe,
Confère à la pochette une forme plus circulaire,
Elle peut alors englober un résidu aromatique
 Les molécules indispensables

Les cofacteurs
Ce sont des atomes qui interviennent dans la réaction enzymatique,

Leur valence (charge électronique) change au cours de la réaction

Ils sont spécifiques d’une activité enzymatique

Superoxide dismutase Cu/Zn cytoplasme

Mn mitochrondrie
Fe bactéries

Catalase Fe

Hexokinase Mg

Pyruvate kinase K
 Les cofacteurs

Au cours de la glycolyse

La pyruvate kinase
(Mg2+, K+)
COOH
l
CH2=C-OPO3 CH3-CO-COOH

Phosphoenol pyruvate pyruvate

ADP+Pi ATP

La réaction enzymatique nécessite aussi que le complexe enzyme-

substrat échange de l’énergie libre avec le milieu environnant.
 Les molécules indispensables

Les coenzymes
Fonctions d’accepteurs et de transporteurs de radicaux libérés au cours
de la catalyse.

Ils fixent et transportent:

-des hydrogènes et des électrons dans les réactions d’oxydo-réduction
-des radicaux différents de l’hydrogène dans les autres réactions

-La catalyse va comporter trois étapes

-1) prise en charge du radical depuis A
-2) transfert sur du radical à B
-3) libération du coenzyme

A B
B R
R
R
Co Co
Co
 Les coenzymes indispensables

Abréviation dénomination groupe transporté

TPP Thiamine pyrophosphate aldéhyde

Acide lipoïque Lipoate acéthyl/succinyl
FAD/FMN Flaviniques élect/proton

NAD/NADP Nicotiniques élect/proton

CoA Quinoniques acyle

Co B12 atome d ’H

Cytochrome Metalloporphyrine électrons

 Les coenzymes indispensables
140 000Da [Link]
4 sous unités

NADH,H+ NAD+

CH3-CO-COOH Lactate CH3-CHOH-COOH

Pyruvate Zn2+ Lactate
déshydrogénase

NADH,H+ NAD+
 CLASSIFICATION DES ENZYMES
Selon les réactions catalysées, les enzymes peuvent être classées dans
six grandes catégories:
1. Oxydoréductases- qui catalysent des transferts d'électrons et de
protons d’un donneur à un accepteur
2. Transférases- qui catalysent les transferts de groupements
3. Hydrolases- qui catalysent des réactions d'hydrolyse (coupure des
liens C-C, C-O, C-N et autres par de l’eau)
4. Lyases- qui catalysent l'addition de groupes à des liens
doubles ou l'inverse
5. Isomérases- qui catalysent le transfert de groupes dans une même molécule
pour produire des formes isomères
(ex. conversion d'un acide aminé L en acide aminé D)
6. Ligases- qui forment des liens C-C, C-S, C-O et C-N lors de
réactions de condensation couplées à l'utilisation d'ATP
 Nomenclature
Chaque enzyme est assignée un code à quatre chiffres par la Commission des
Enzymes (EC) de l’union International de Biochimie de Biochimie Moléculaire:
• Nom de l’enzyme (EC W.X.Y.Z)
• EC- système numérique de la commission des enzymes
• W- indique la réaction catalysée (1-6)
• X- indique le groupement donneur: celui du substrat sur lequel l’enzyme agit.
• Y- indique l’accepteur: la molécule qui recevra protons ou les éléctrons.
coenzyme
• Z- indique la nature de substrat
• Ex : la lactate-NAD-oxydoréductase ( ou lactate déshydrogénase ) : EC1.1.1.27 :
elle effectue une oxydoréduction sur une fonction alcool de l'acide lactique et
c'est le NAD qui sera l'accepteur de H
 Cinétique enzymatique

• L’étude cinétique d’une réaction enzymatique consiste en l’étude de la

vitesse de la réaction et de l’influence de divers paramètres susceptibles
de la modifiée.

• La vitesse d’une réaction enzymatique est la quantité de substrat

transformé( ou de produit apparu) par unité de temps.

• Le phénomène fondamental de l’action enzymatique est que pour agir

l’enzyme doit se combiner au substrat est transformé en produit et
l’enzyme retrouve sa structure primitive:

S+E ES P+ E
 Mode d'action des enzymes

Dans la cellule, les réactions chimiques se font souvent à la chaîne. Le produit d'une première
réaction devient le substrat d'une autre réaction dont le produit devient le substrat de la
prochaine réaction et ainsi de suite jusqu'à l'obtention d'un produit final. De telles chaînes de
réactions sont appelées voies métaboliques.
 La cinétique en fonction de la concentration d'enzyme

[P]
[E3]>[E2]>[E1]
[E3]
[E2]
[E1]

Plus il y a d'enzyme plus la réaction est rapide.

Par contre cella ne change pas l'équilibre
 Cinétique d'une enzyme au cours du temps
K1 K2 K3
E+S ES EP E+P
K-1 K-2 K-3

Apparition du substrat au cours du temps

[P]

La vitesse peut être mesurée

avec l'apparition du produit.
Vitesse initiale
d P 
v=
dt

t
Phase
Phase Effet équilibre
préstationnaire du produit
stationnaire

[ES] [S]>>[E] [EP] [ES] [EP]

L'enzyme La vitesse Le produit qui s'accumule La concentration du

se charge est constante. ralentie la réaction produit reste constante
(loi d'action de masse)

En enzymologie classique, on s'intéresse à la phase stationnaire (linéaire) en mesurant la vitesse initiale.

Il y a un maximum d'enzyme liée avec le substrat. D’où la vitesse maximale
 La cinétique enzymatique

Définition
C ’est l ’ensemble des paramètres qui définissent une réaction
enzymatique

– vitesse initiale
– vitesse maximum
– constante de MICHAELIS
 A. Influence de la durée: vitesse de réaction enzymatique en fonction du
temps

• La réaction enzymatique peut être divisé en deux phases:

• Phase stationnaire correspond à la période initiale de la réaction au cours de la

quelle la vitesse(Vo) est constante et indépendante de la concentration su
substrat; nous nous trouvons face à une cinétique d’ordre zéro.
Ceci implique que Vo est proportionnelle à la [E]

• Une phase d’équilibre: au cours de cette période, l’évolution de [S] est

exponentielle décroissante et celle de P exponentiellement croissante.
 Les phases de la réaction 2

[P]
E
mmol/L S P equilibre
ES -> EP = EP -> ES
Effet du produit

La vitesse initiale est définie:

Au cours de la phase stationnaire
par la concentration maximale du
Stationnaire complexe [ES]
Vitesse initiale par le début de l’apparition du produit
Cela se traduit par un rapport:
[ES]
[EP] [Et]
Préstationnaire qui est maximum
[S]>>>[P]
t en min
[ES]
 Effet de la concentration d ’enzyme
sur la vitesse initiale

[P] E
mmol/L S P

E3

E1<E2<E3
E2 V = dP/dt

E1

t en min

Plus la concentration en enzyme est grande et plus la vitesse initiale est grande
 Cinétique (phase stationnaire)
en fonction de la concentration du substrat

Vmax

Plus il y a de substrat, plus l'enzyme est rapide.

C'est la loi d'action de masse.

V Néanmoins, c'est augmentation n'est pas

infini(comme tout processus biologique), et
l'enzyme finie par saturé à la vitesse Vmax.
(réaction d'ordre 0)

Attention, pour les mesure on atteint Vmax de

[S] façon asymptotique. En réalité, il est difficile de
mesuré Vmax car il faut beaucoup de substrat
pour vraiment atteindre Vmax (en théorie [S]=∞)
A faible concentration la vitesse est linéaire
en fonction de la concentration de substrat.
C'est un réaction d'ordre 1

courbe cinétique (V en fonction de [S]) classique des enzyme Michaelienne.

C'est une hyperbole
 B. Influence de la [S] sur la vitesse de RX enzymatique

[Link]èle de Michaelis et Mentin

La RX enzymatique peut s’écrire schématiquement:

K1 K2
E + S ES E +P
K-1
 Effet de la concentration en substrat
sur la vitesse initiale

Vmax
Vitesse initiale Vo

Plus la concentration en substrat [S]

plus la vitesse initiale (Vo)

Vmax / 2 Vmax est la vitesse initiale de la réaction

lorsque la [S] tend vers l’infini

Km

Concentration en S
On définit alors la constante de Michaelis
(Km) comme la concentration en substrat
pour laquelle V = ½ Vmax
➢ La connaissance de la Km d’une enzyme est importante car une enzyme à Km élevée ne
pourra agir avec efficacité dans la cellule que si le substrat s’y trouve à concentration
élevée.
 Equation de la vitesse
K1 K2
E+S ES EP
K-1

[v]
Vmax

Michaelis- Menten
Vmax/2
V = Vm __[S]___
Km + [S]

lorsque V = V max/2 > Km = S

Km [s]
 Diagramme de Lineweaver et Burk
A partir de l ’équation de Michaelis en inverse 1/V = f(1/S)
V = Vm __[S]__
Km + [S]
1 = 1 x Km + [S] = Km 1 + 1
V Vmax [S] Vmax [S] Vmax

1/V

Pente = Km / Vmax

Lorsque [V]=0 Lorsque [S]=0

alors 1/[S] = - 1/Km alors 1/V = 1/Vmax

1/[S]
 Inhibition compétitive
[E] [S] = Km
E+S ES E+P [ES]
+I

[E] [I] = Ki
La proportion d’enzyme
EI mobilisée par l’inhibiteur [EI]
n’est pas disponible pour le substrat et modifie donc le Km
Un inhibiteur compétitif
[Et] = [E] + [ES] + [EI] La fixation se fait au même site que celui
du substrat
V = Vmax [ES] La fixation de l’inhibiteur empêche celle du
[Et] substrat
modifie donc l’affinité de l’enzyme pour le
V = Vmax [S] . substrat soit le Km.
Km (1+ [ I ] ) + [S]
Ki Si le site actif est bloqué par un inhibiteur
compétitif, l'enzyme ne peut plus
fonctionner

On peut déplacer l’équilibre par un excès

de subsrat
 Cinétique enzymatique
[v] Vmax [I] = 0

[I] = 1

[I] = 2
V0 = Vm/2

V0 = Vmax ______[S]_______.
Km (1+ [ I ] ) + [S]
Ki

[S]
Km mmol/L
• La Vmax reste inchangée car elle représente une situation où la totalité de
l’enzyme est impliquée dans le complexe [ES] donc indépendante de [ I ].

• En contrepartie, pour que la Vm/2 soit atteinte, la [S] doit être d’autant plus
importante que celle de l’inhibiteur l’est aussi et donc le facteur Km est affecté d’un
coefficient qui dépend de la concentration de l’inhibiteur et de l’inverse de la constante
Ki c’est à dire l’affinité de l’enzyme pour l’inhibiteur
 Inhibition compétitive
(représentation en double inverse)

La Vmax reste inchangée

La constante Km doit être plus grande
en fonction de la [I]
Le rapport -1/Km sera donc d’autant plus
petit que la concentration de l’inhibiteur
sera grande

1
V [ I2]
[ I1]

[ I0]

Lorsque [S]=0, 1/V = 1/Vmax

En absence d’inhibiteur
1
[S]
Lorsque [V]=0, 1/[S] = - 1/Km*
• Un inhibiteur compétitif ressemble au substrat et
entre en compétition avec lui pour s'introduire dans le
site actif. Si le site actif est bloqué par un inhibiteur
compétitif, l'enzyme ne peut plus fonctionner.
L'inhibiteur compétitif a souvent une action réversible.
Il peut se retirer du site actif si sa concentration
devient faible dans le milieu. Beaucoup de poisons sont
des inhibiteurs compétitifs d'enzymes essentielles à la
survie.
 Inhibiteur non compétitif
• Un inhibiteur non compétitif
• se positionne en un site différent de celui du substrat
• ne limite pas l’accessibilité du substrat sur le site actif
(ES, EI, ESI)
• donc pas de compétition entre S et I
• ce qui ne modifie pas le Km.

• néanmoins après fixation de l’inhibiteur NC, l’enzyme est

incapable de catalyser la réaction
 inhibiteur non compétitif
• Un inhibiteur non compétitif se lie à l'enzyme (en un point autre que le site actif)
ce qui provoque la déformation du site actif. Le site actif déformé ne peut plus se
lier au substrat, l'enzyme est inhibée. Leur liaison à l'enzyme peut être réversible
ou irréversible. Plusieurs inhibiteurs non compétitifs réversibles sont des produits
normaux du métabolisme.
 Inhibition non compétitive

• L’inhibiteur non compétitif peut se lier à l’enzyme libre (E) ou au

complexe enzyme-substrat (ES) avec la même affinité
• complexe EI et complexe ESI inactifs

• L’équation de la vitesse reste donc inchangée et ne dépend que du

complexe ES puisque les complexes EI et ESI sont inactifs.

• Mais la [Etotal] doit tenir compte de la mobilisation d’une partie l’enzyme

par l’inhibiteur
 V
Cinétique enzymatique
Vm

[I0]

Vm
[I1]
Vm
[I2]

Km [S]

• On observe que la vitesse maximum change puisque la quantité d’enzyme disponible

pour assurer la réaction diminue en fonction de la concentration de l’inhibiteur

• La moitié de cette vitesse maximum est atteinte pour des concentrations de substrat
toujours égales (Km = S) puisque l’inhibiteur n’affecte pas l’affinité de l’enzyme avec le
substrat.
 Inhibition non compétitive

[ I2 ]
1/V
[ I1 ]

[ I0 ]

Lorsque [S]=0
1/V = 1/Vmax
1/[S]
Lorsque [V]=0
1/[S] = - 1/Km

• Les calculs conduisent à une équation de Michaelis dans laquelle la vitesse

maximum est affectée en présence de l’inhibiteur NC.
• Si elle diminue en fonction de [INC] alors son inverse doit augmenter
• La constante Km, au contraire reste la même que dans le cas général.
- La représentation de Lineweaver et Burk donne :

1/vo = (Km/vmax) 1/[S] + 1/vmax

• 3. Facteurs affectant l’activité enzymatique

La double spécificité enzymatique est intimement liée à la structure tridimensionnelle de

l’enzyme.
Toute modification de cette structure est susceptible d’avoir une répercussion sur l’activité
enzymatique.
• modifications de la structure primaire
• modification liées à l’environnement

A. Effet de la température

B. Effet du pH

C. Effecteurs chimiques: activateur et inhibiteurs

 1. EFFET DE LA TEMPERATURE
➢ L'agitation thermique facilite le franchissement de la barrière d'énergie
d'activation. D'où, lorsque la température augmente, la vitesse de réaction augmente.
Mais lorsque la température est trop élevée, l'enzyme se dénature.
➢ La température optimale est souvent 37°C. Elle est supérieure pour les bactéries
thermophiles.
• 2. Effet du pH
Les enzymes sont très sensibles aux variations du pH et fonctionnent bien sur une
gamme limitée du pH.
Le pH peut agir sur plusieurs facteurs
• - l'ionisation des résidus de l’enzyme et du substrat et/ou du produit
• - la structure tertiaire des protéines et donc la stabilité de l'enzyme
• - la liaison du substrat à l'enzyme
• - l'activité catalytique de l'enzyme
 VI. Conditions à respecter pour la détermination d’une activité enzymatique

➢ En règle générale, quand on désire effectuer la détermination quantitative d’une

enzyme, on ne peut « doser » cette enzyme, mais on réalise la détermination de
son activité en dosant les produits de la réaction enzymatique(ou en suivant la
disparition de substrat).
➢ Les activités enzymatiques sont exprimés:

• L’unité internationale UI est la quantité d’enzyme qui transforme une micromole

de substrat en une minute au conditions optimales de température et de pH.
• Le Katal (SI) est la quantité d’enzyme transformant 1 mole de substrat par seconde.
• L’activité spécifique d’une enzyme est l’activité catalytique par unité de masse de
protéine (I.U./mg d’enzyme solide).
• L’activité moléculaire représente le nombre de molécules de substrat transformées
par molécule d’enzyme.
• L’activité spécifique d’une enzyme définit:
• U /mg de protéine

• ~ l’activité totale en fonction de la quantité totale de protéine

• ~ permet de définir l’état de pureté d’une enzyme au cours de sa
• purification
 Applications diagnostics.
• Enzymes plasmatiques ou sériques.
– Enzymes fonctionnelle.
• Pseudocholinestérase
• Enzymes de la coagulation
– Enzymes non fonctionnelles.
• Exocrines
• Intracellulaires vraies.
 Enzymes non fonctionnelles
Exocrines
• Lipase pancréatique
• Amylase pancréatique
• Trypsine.
• Phosphatase alcaline (ALP) (foie, intestin,
os)
• Phosphatase acide (prostate)
 Intracellulaires vraies.
• Localisation intracellulaire
• Perméabilité des membranes
• Solubilité de l ’enzyme
• Vitesse de circulation du liquide.
• Vitesse de destruction ou d ’excrétion
 Intracellulaires vraies.
• Aspartate aminotransférase : AST (foie-muscle)
• Alanine aminotransférase : ALT (foie)
• Lactico-déshydrogénase : LDH (Foie, muscle, cœur,
cerveau, rein)
• Gamma-glutamyl-transférase : GGT(foie)
• Créatine phosphokinase : CK (muscle)
• Céruloplasmine : Cuivre
• Glutathione péroxydase : GSH-Px(sélenium)
 CONCLUSION
➢ La proportionnalité entre la vitesse initiale de la réaction enzymatique et la
concentration en enzyme est très importante, car elle permet le dosage une
enzyme dans un milieu biologique quelconque. En pratique, on utilise les
conditions expérimentales pour lesquelles l’enzyme présente l’activité catalytique
la plus courte(conditions optimales de T° et de pH) et surtout une concentration
initiale en substrat très élevée par rapport à la concentration enzymatique
présumée.

➢ La détermination des substrats par voie enzymatique a donné un grande pousse

en matière de sensibilité et de spécificité, mais aussi une facilité d’usage et
automatisation des tests.

➢ La technologie des enzymes immobilisées a donné un champs prometteur en

matière thérapeutique:
• correction des déficits enzymatiques,
• détoxification par enzymes microsomales.
DEFINITION DE L’UNITE D’ACTIVITE
ENZYMATIQUE
• L’unité officielle le katal
~ Quantité d’enzyme qui catalyse la transformation d’1mole de
substrat par seconde
• Le plus souvent :
• L’unité internationale UI ~ Quantité d’enzyme qui catalyse
la transformation d’1µmole de substrat en 1minute

• L’activité spécifique d’une enzyme définit: U /mg de protéine

~ l’activité totale en fonction de la quantité totale de protéine
~ permet de définir l’état de pureté d’une enzyme au cours de sa
purification
Classification des enzymes
• Oxydoréductases
• Transféranses
• Hydrolases
• Lyases
• Isomérases
• Ligases
Coenzymes

• Site actif de plusieurs Enz (apoenzymes) ne peut être fonctionnel que si

substance particulière, cofacteur vient s'y fixer. Il peut être :
 Ion métallique (cuivre, zinc, manganèse, etc…)
ou
 Molécule organique : coenzyme.
• Apoenzyme seule ou cofacteur seul  pas propriétés catalytiques. Il faut que
les 2 soient associés pour que Ez fonctionne.

• Spécificité réaction dépend pas des coenz., mais uniquement de l’apoenzy.

• Complexe actif : (Holo)enzyme = apoenzyme + coenzyme
• Coenzyme : classés selon structure ou surtout en fction de la réaction à laquelle
ils participent (oxydoréduction, transferts groupements).
 Vitamines
• Une (ou un) enzyme est un catalyseur d’une réaction chimique
et n’est fonctionnelle qu’en présence de coenzymes
• les holoenzymes : constituées uniquement d’acides aminés
• les hétéroenzymes : constituées d’une partie protéique
(apoenzyme) associée à une partie non protéique
(cofacteur). Quand le cofacteur est étroitement lié à la
molécule d’enzyme il est nommé groupement prosthétique
• Un apoenzyme est une enzyme dépourvu de son coenzyme.
• L’holoenzyme correspond au complexe enzyme – coenzyme
Les cofacteurs
• - ions métalliques (Mg2+, Ca2+…)
• petites molécules organiques non
protéiques (coenzymes CoE) qui
dérivent généralement d’une vitamine.
Classifications
Classification physico-chimique
Vitamines liposolubles :
• A
• D
• E
• K
Vitamines hydrosolubles
• Groupe B
• C
• (Autres coenzymes :) Coenzyme Q, Acide lipoïque,
Carnitine
La vitamine B1 ou thiamine
• Cycle thiazole (avec un ammonium quaternaire)
• Cycle Pyrimidine (avec 2 ammoniums tertiaire)
• Pont méthylène
• Hydroxyéthyl
vitamine B1
Source :
• Flore digestive
• Abats
• Levure de bière
• Céréales (péricarpe
Rôle métabolique TPP:
• Décarboxylation oxydative = rôle dans le fonctionnement du
• système nerveux
• Décarboxylation non oxydative des a. alpha cétonique ;
Synthèse d’aldéhyde (acétaldéhyde par ex)
• Réaction de transcétolisation (étape clé de la voie des pentoses
phosphate qui permet notamment la production de NADP réduit
NADPH2) = interconversion des monosaccharides
vitamine B1
• Carence :
• Encephalopathie de Gayet-Wernicke
(EGW)
• Bériberi (BB)
Les vitamines hydrosolubles :Transport d’électons
La vitamine B2 ou riboflavine
Structure et nomenclature :
• Noyau - Flavine
• Ribitol
• 1 site de phosphorylation

Source :
• Foie
• Champignons
• Céréales
• Levure de bierre
• Flore digestive
vitamine B2
Métabolisme :
• Stocké à l’intérieur de la cellule grâce à
une phosphorylation
Rôle métabolique :
• Oxydation des bases puriques
• Désamination oxydative des AA
• Rôle dans la béta oxydation
• Régulation par les h. thyroïdienne

• Le manque en riboflavine est à l’origine

d’un syndrome général de carence non
mortel ( signes cutanés,
glossite,photophobie)
Nucléotides à flavine FMN et FAD:
 Dérivent de Vit B2 ou riboflavine.
 Coenzymes des déshydrogénases;
 FMN  nucléotide (pas ribose mais ribitol : penta-alcool)
O
CH2 CHOH CHOH CHOH CH2O P
CH 3 N H3C N N O
NH

NH FMN
N N O
CH 3 H3C N

CH 2 H2N O

H OH
N
N
H OH

N N
H OH

H2C O P -P H2C
O
H H

H H
OH OH

Flavine-adénine dinucléotide
 Molécule Abréviation
Nicotinamide Adéninine Dinucléotide réduit NADH
Nicotinamide Adéninine Dinucléotide Phosphate réduit NADPH
Flavine Mononucléotide réduit FMNH2
Flavine Adéninine Dinucléotide réduit FADH2
 La vitamine B3 ou PP -
NICOTINAMIDE
Source :
O
Fabriqué en majeur partie dans notre corps
COOH C
Alimentation = céréales, poisson, abats NH2
N N
Acidul nicotinic Amida acidului nicotinic
(niacina) (niacinamida)
Métabolisme :
• Stocké essentiellement dans le foie
Rôle métabolique :
• participe à la dégradation des glucides et lipides pour fournir de
l'énergie.
• Oxydation de l’éthanol
• intervient dans un mécanisme de réparation de l'ADN qui aurait été
endommagé par des rayonnements, des médicaments,...
Carence :
• Pellagre
Les vitamines hydrosolubles-Transfert
de groupements monocarboné
• La vitamine B6 ou pyridoxal

Cycle pyridine
Nucléotides à nicotinamide NAD et NADP

• Dérivent de vitamine B3 ou PP
Coenzymes des déshydrogénases.
Rôle particulier : transferts réversibles d’H.
NADP.H fournira l’H nécessaire à toute
biosynthèse.
NAD.H cèdera son H, le + souvent aux Ez
de Ch. Respiratoire
NADH et NADPH n’ont pas le même rôle métabolique tout en ayant les
mêmes propriétés redox.
Ezs cataboliques utilisent le NAD+/NADH  pour
production d’ATP
Ezs anaboliques utilisent le NADPH/NADP+  pour
biosynthèses
La vitamine B5 ou pantothénate
Structure et nomenclature :
• Acide pantoïque
• Béta alanine
Source :
• Partout
• Céréales
• Levure de bière
• Flore digestive

Métabolisme :
• Permet la synthèse du CoA (réaction qui consomme beaucoup
d’énergie = 4 ATP)
Rôle métabolique :
• Transport de substrat tel que les AG par l’intermediaire d’une
thiokinase
• Role dans la décarboxylation oxydative
Carence :
• rare
vitamine B6
• Source: Germe de blé, Abats, Levure de bierre, Bactérie
saprophyte, Légumes…
• Rôle métabolique
• Interconversion d’AA (réaction de transamination) = agit sur
l’assimilation des protéines de l’alimentation
• • Synthèse des amines biogènes (histamine, sérotonine, GABA…) =
• rôle dans la protection du tissu nerveux (decarboxylation)
• • Formation des anticorps
vitamine B6
• Carence :
• Baisse des défenses immunitaire
• Lésion cutané et des muqueuses

• Réaction de transamination
 TGO : Transaminase glutamo oxaloacetate
• Ac glutamique + oxaloacetate → ac α cetoglutarique + aspartate
• Transfert d’un groupement aminé de l’acide glutamique à l’aspartate.
• Enzyme aussi appelée aspartate amino transferase = ASAT.

 TGP : Transaminase glutamo pyruvate

• Ac glutamique + pyruvate → ac α cetoglutarique + alanine
• Enzyme aussi appelée Alanine amino transferase = ALAT
3 Types de liaisons : éléctrostatiques, base de schiff, coordinence.
La liaison de coordinence permet de positioner le pyridoxal phosphate
correctement par rapport à l’enzyme
Arrivée du substrat sur le site
catalytique
 Le phosphate de pyridoxal (PAL) dans la réaction de transamination
Apoenzyme COOH
Lys R-CH R-C-COOH

N NH2
N N
P R-CH
O COOH P O P O
CH CH CH
CH2 CH2 CH2
OH OH OH
CH3 Apoenzyme + CH3
H CH3 H
H
N + H 2O H NH
N
Liaison imine : PAL-apoenzyme
R-C-COOH

NH2
Ac a-cétonique N Protonation
R-C-COOH
P O P O
CH2 CH2
O
CH2 CH2
OH OH

CH3
hydrolyse CH3
H H
HN+ HN+
Phosphate de pyridoxamine
La vitamine B9 ou folate ou [Link]
Structure et nomenclature :
• Noyau ptérine
• PABA (acide paraamino benzoïque)
• 1glutamate avec une liaison amide sur le PABA
vitamine B9
Source :
• Légume
• Fruit
• Tomate
• Abats
• OEufs (…)
Rôle métabolique :
• Métabolisme des AA
• Synthèse de la méthionine
• Synthèse des bases nucléotidiques
Métabolisme :
• Apporté dans l’alimentation sous forme de polyglutamate et se
• transformera en Acide Folique grace à une conjugase enterocytaire
• L’a. folique sera réduit en formes actives , le dihydro folate et le
tetrahydrofolate par la déhydofolateréductase
• Coopération avec le cycle de la vitamine B12 dans sa fonction cytoplasmique de
synthèse de la méthionine
•Les folates sont des composés thermolabiles; apportés
pratiquement exclusivement par les végétaux.
•Leur absorption se fait au niveau du jéjunum proximal
sous forme de monoglutamyl;
•Les besoins quotidiens sont de 50 à 100 micg/J
•Les réserves sont surtout hépatiques, mais elles sont
très faibles. Dans le foie l’acide folique est sous forme de
conjugués pentaglutamyl.
 ROLES

• L’acide folique est un donneur de méthyle; il participe à

la synthèse de la méthionine à partir de l’homocystéine;
• il intervient dans le catabolisme de certains acides aminés
à l’instar de la sérine et l’histidine;
• intervient dans la synthèse des bases puriques et
pyrimidiques
La forme active du folate
est le tétrahydrofolate
(H4 folate)

La majeur partie de
H4 folate est formée au
niveau des cellules
intestinales grâce à la
folate réductase. Cette
dernière est inhibée
par le méthotrexate.
La sérine est
la source
principale du
groupement
méthyle du
H4f
 ROLES

• L’acide folique est un donneur de méthyle; il participe à

la synthèse de la méthionine à partir de l’homocystéine;
• il intervient dans le catabolisme de certains acides aminés
à l’instar de la sérine et l’histidine;
• intervient dans la synthèse des bases puriques et
pyrimidiques
 Méthotrexate

Rôle de l’acide folique dans la synthèse des bases

nucléotidiques comme donneur de méthyle
Rôles de la vitamine B6, B12 et B9 dans le métabolisme de
l’homocystéine
 Carences en folates

• Une carence en
apport provoque une
anémie
mégaloblastique

• Hyperhomocystéinémie

• Non fermeture du tube

neuronal ou spina bifida,
et de troubles
neurologiques graves
Dans quels cas il faut Augmenter les apports?

•Sujets agés plus de 75 ans

•Alccolisme chronique
•Femmes enceintes
•Allaitement maternel
•Apport insuffisant
•Malabsorption digestive
•En hémodialyse
La vitamine B12 ou cobalamine
Structure et nomenclature :
• Tetrapyrole
• DMB (dimethyl benzimidazole)-ligand alpha
• 1 atome de cobalt
• 1 site fonctionnel ou ligand Béta
• Source :
• Seulement d’origine animale
• Egalement par quelques
• bactéries en contact
• avec le règne animal
vitamine B12
Rôle métabolique :
• Rôle dans le Cycle de krebs
• Réaction de trans méthylation (influence de type
nutrigénomique)
• hématopoïèse (maturation des GR)
• Synthèse de la méthionine
• Integrité du SN
• Rôle dans la réplication
Métabolisme :
• C’est la plus grosse vitamine
• C’est la plus présente à l’état de trace du fait d’un stockage
hépatique très important (environ 2ans) Besoin quotidien le plus
faible (2.4microgramme par jour)
vitamine B12
Carence :
• Anémie de Biermer (anémie
mégaloblastique)
• Trouble neurologique
La vitamine C ou a. ascorbique
• Structure et nomenclature :
Un groupement ènediol

Source :
• Agrume
• Légume(chou)
• Tomate
• Kiwi
• épinard
vitamine C
• Rôle métabolique :
• Antioxydant
• Antifatigue (renforce le tonus et augmente la synthèse d’h. surrénalienne )
• agit sur la construction cellulaire (rôle de Coenz sur la proline hydroxylase)

• carence : Scorbut
Les vitamines liposolubles
La vitamine A ou rétinol
• Structure et nomenclature :
• Cycle béta ionone
• Une chaine latérale isoprénique
• 20 carbones
• groupements méthyl –CH3
• 1 fonction alcool primaire pour le rétinol
Source :
• provitamine A = carottes, abricots, épinards, tomates,...
• vitamine A = origine animale : le foie de boeuf, les produits
laitiers, le beurre,...
• Origine:
•Animale = rétinol
• Végétale = provitamine
vitamine A
Métabolisme :
• Foie = principal lieu de stockage (cellule de Ito)
Rôle métabolique :
• Croissance
• renouvellement cellulaire.
• cicatrisation et préventions des affections dermatologiques.
• Vision (rétinal+++).

Les carences ou hypovitaminose :

Héméralopie
Xérophtalmie
lésions cutanées
vitamine A
• Héméralopie : trouble de la vision nocturne CH2OH
• Xérophtalmie : opacification de la cornée
• Problème de croissance osseuse
• Altération de l’émail des dents Retinol (Vitamina A)

• Faible résistance aux maladies O

C
• Problème digestifs : alteration des cellules H
épitheliales
• Excès ou hypervitaminose toxique+++ Retinal
O
• Tissu : C
• Prévention des affections dermatologiques OH

• Développement des tissus épithéliaux (int, respi,

cornée…) Acidul retinoic

• Favorise la cicatrisation
• Croissance : rôle des gènes HOX, IGF, BMP…
• Anticancéreux : bloque le développement des
radicaux libres
• Antivieillissement : bloque le développement
des radicaux libres
• Anti-infectieux
La vitamine D ou cholécalciférol
• Structure et nomenclature :
• Noyau stérol
• Chaîne acylée ramifiée à 8C

Source :
• D2 (ergocalciférol) = origine végétale.
• D3 (cholécalciférol) =origine endogène et
exogène(animal huile
de foie…)
calciférol (anti rachitique)
Métabolisme :
• Stockage = tissu adipeux et muscle.
Rôle métabolique :
• Facilite l’absorption du Ca2+
• Homéostasie phospho calcique (augmente la calcémie)
• permet la synthèse des protéines de structure du tissu
osseux -Formation osseuse (minéralisation, synthèse
des protéines de structure, exemple l’ostéocalcine
• Rôle dans la différentiation du tissu osseux
• Regulation de la reponse immunitaire
• Carence :
• Rachitisme (enfant)
• Ostéoporose (adulte)
• Rachitisme vitamino résistant (…)
 La vitamine E ou tocophérol
Structure et nomenclature :
• Un hétérocycle (cycle chromane)- cyclo hexenyl + pont oxidique
• Une chaîne latérale terpénique CH3 CH3 CH3 CH3
HO CH2-CH2-CH2-CH-CH2-CH2-CH2-CH-CH2-CH2-CH2-CH-CH3

H3C O CH3
CH3
Source :
• huiles végétales
Métabolisme :
• Transport sous forme de micelles.
Rôle métabolique :
• Anti-oxydant lipophile
• Ralentit le vieillissement
• Fonction de transport des électrons dans la chaîne respiratoire
•Anti-cancereux : En association avec la Vitamine C, la Vitamine E intervient comme un facteur important
retardant l'apparition de certains cancers.
•Prévention des maladies cardio-vasculaire ; En diminuant le mauvais cholestérol, la Vitamine E favorise la
circulation sanguine et par là même diminue les risques de maladies Cardio-Vasculaires.
Carence :
• Rare dans les pays développés
/
La vitamine K
Structure et nomenclature :
• Hétérocycle ( noyau naphtoquinone)
• cyclohexenyl + cycle quinone
• Chaine isoprenique (terpènique satureé

Source (2 sources) :
• Bactéries (flore intestinal saprophyte)
• Alimentation = légumes verts, les fruits,...
Métabolisme :
• Absorption sous forme lipidique avec un stockage hépatique
• Non esterifiables
Rôle métabolique :
• Assure la coagulation
• Permet la fixation du Ca2+ sur l’ostéocalcine
Carence :
Risque d’hémorragies
Anomalis osseuses
Les autres coenzymes
Le coenzyme Q

Rôle dans la chaîne respiratoire (transporteurs d’électrons

L’acide lipoïque

Cofacteur de la Pyruvate déshydrogénase

La carnitine

Transport des acyl-coa au niveau de la mitochondrie

Pyridoxal-phosphate (VitB6): Rôle / catabolisme d’aa.
Biotine (VitH): transfert carboxyle (fixe CO2 lors acétyl-CoA malonyl-
CoA)
TPP (thiamine-pyrophosphate ;VitB1) : transport d’acétaldehyde
actif
(décarboxylation d’ac. pyruvique).
O
H O
C C
HN NH
P OH2C OH
HC CH

H2C CH H2 H2
N CH 3 C C
S
C C COOH
H2 H2
Pyridoxal-phosphate
Biotine

CH 2 CH 3
N
N

HC
CH 2 CH 2OH
H3C N NH 2 S

Thiamine
Coenzyme A (CoA):
 Agent transfert [Link]étique et autres ac. carboxyliques
 Synthétisé à partir d'ac. pantothénique (Vit. B5).
 Rôle dans transport des groupements acyles.
 Fonction thiol se condense à 1gpt carboxylique des S à
activer ( formation d’1 liaison "riche en " : acyl thio
ester)
Coenzyme Q (Ubiquinone, n’est plus considéré ĉ Vit, car
synthétisé/organisme) Représente 1 système redox inséré / ch. Resp. (coeur
Porc n=10; levure n=6)
NB : Chez plantes, plastoquinone (isolée des chloroplastes) exerce fonction
idem.
Ac. lipoïque:
 Transfert d’H
 Intervient au cours de la décarboxylation oxydative.

O O

H3C CH 3 H3CO CH 3
H H
H H2 H H2
C C C C
H3C C C H3CO C C
H2 H2
O CH 3 n O CH 3 n

Plastoquinone (n=6-10) Ubiquinone (n=6-10)

O
H2 H2 H2
C C C C
H2C CH C C
H2 OH
H2
S S

Acide lipoique
 Biochimie

Chapitre 1: Les acides aminés (aminoacides)

Définition : les acides aminés sont des molécules qui présentent une fonction acide carboxylique (COOH) et une fonction
amine primaire (NH2, portées par un même atome de carbone alpha (ou C-2 étant l’atome de carbone carboxylique) : ce
sont des acides α-aminés. Ils diffèrent par la nature de la chaine latérale (ou radical R= radical).

Le Cα des acides aminés est un carbone asymétrique (il porte 4 substituants différents). Sauf celui de la glycine (R=H). la
Majorité des acides aminés naturels sont de la s’erie L. Seuls les aminoacides L sont des constituants des protéines.
Ces petites molécules quaternaires composées de C,H,O,N existent sous plus de 300 formes différentes dans la nature.
Seulement 20 d’entre eux rentrent dans la constitution d’unités mononumériques des peptides et des protéines de
l’organisme humain. Ce sont des acides aminés protéogènes.

Acide aminé Symbole à trois lettres Symbole à lettre

Alanine Ala A
Arginine Arg R
Asparagine Asn N
Acide aspartique Asp D
Cystéine Cys C
Glutamine Gln Q
Acide Glutamique Glu E
Glycine Gly G
Histidine His H
Isoleucine Ile I
Leucine Leu L
Lysine Lys K
Methionine Met M
Phenylalanine Phe F
Proline Pro P
Serine Ser S
Thréonine Thr T
Tryptophane Trp W
Tyrosine Tyr Y
Valine Val V

Classification des acides aminés selon la polarité de la chaine latérale :

- Acides aminés non polaires : Gly, Ala, Val, Leu, Ile Met, Phe, Trp, Pro
- Acides aminés neutres (non chargés) mais polaires : Ser, Thr, Cys, Asn, Gln, Tyr
- Acides aminés chargés (-) :Asp, Glu
- Acides aminés chargés (+) : Lys, Arg, His
Les acides aminés essentiels : valine, leucine, isoleucine, phénilalanine, tryptophane, methionine, thréonine, histidine
(essentielle pour les nourissons), lysine, arginine (semi-essentielle).
Les acides aminés non-essentiels : glycine, alanine, proline, serine, cystéine, tyrosine, asparagine, glutamine, acide
asparagique, acide glutamique.
Propriétés physico-chimiques :
- Les acides aminés sont des molécules solubles dans l’eau donc dans les liquides physiologiques par leurs diverses
propriétés ;
- Les composés qui possèdent une charge positive sur un atome et une charge négative sur l’autre sont appelés
zwitterions ;
- La charge des acides aminés varie en fonction du pH
Les zwitterions en milieu acide :
➔ Suit à l’ajout d’un acide plus fort que l’acide carboxylique (HCl)
- Le groupement -COOH- acquière un proton et la charge globale de l’acide aminé est positive
Les zwitterions en milieu basique :
- Suit en ajout d’une base plus forte que le NH3 comme NaOH, le groupement NH3+ donne son proton et la charge
de l’acide aminé est négative.
Le pH au quel l’acide aminé possède une charge nette neutre (forme zwitterionique) est son point isoélectrique. (pI).

Chaque acide aminé possède un pI différent :

- Acides aminés basiques : pI élevés (ex : lysine 9,47)
- Acides aminés acides : pI bas (ex : acide aspartique 2,98)

Propriétés acido-basiques :
Equation de Henderson-Hasselbach
[A−]
𝑝𝐻 = pK + log⁡(
[HA]

pK de chaque étape d’ionisation correspond au point médian de la partie correspondante de la courbe de titration.
La zone de pH ou la courbe de titration est relativement plate est appelée zone tampon (tampon= mélange d’acide faible –
base conjuguée capable de stabiliser le pH).
Le pH auquel une molécule ne présente aucune charge électrique nette est appelé son point isoélectrique (pI).
pI=1/2(pKi+pKj)
Action du 1-fluoro 2,4-dinitrobenzéne :

Le FDNB réagit facilement avec les fonctions aminées pour former un dérivé de N-2,4-dinitrophénylé.

• Ce composé jaune est facile à identifier par chromatographie et doser par spectrophotométrie à 360 nm.
• Cette réaction a permis à Frederik SANGER (1953) d’établir la première structure primaire d’une protéine :
l’insuline
• Réaction de Sanger (voir image page 15)
Dansylation :
L’action du chlorure de dansyle donne un DNS aminoacide stable et fluorescent.

Les protéines
Définition :
Les protéines sont des polymères linéaires d’acide aminés unis par une liaison amide, dite liaison peptidique, établie
entre le groupement α-carboxyle de l’un et le groupement α-aminé suivant.
Sont les macromolécules douées avec des propriétés les plus variées des systèmes vivants où elles exercent des
fonctions cruciales dans pratiquement tous les processus biologiques.
Ont un rôle très varié au sein d’une cellule et au sein d’un organisme. Les protéines sont synthétisées et dégradées
en permanence dans les cellules. Toutes les protéines de toutes les espèces, du virus à l’homme, sont construites à partir de
20 acides aminés. Chez l’homme : renouvellement métabolique est intense.
Classification :
On classe les protéines, selon leur composition en :
- Holoprotéines, dont la molécule n’est composée que d’acides aminés ;
- Hétéroprotéines, dont la molécule comporte en plus une partie non
On classe encore, selon leur forme globale en :
- Protéines globulaires ;
- Protéines fibreuses ;

Le séquençage des protéines :

Réaction d’Edman (réaction récurrente jusqu’à 50 acides aminés). Ensuite chaque phényl thiohydantoine est
analysé puis identifié par chromatographie, car chacun d’entre eux possède son propre pic.
Elle nécessite d’au moins deux types de clivages protéolytiques différents, suivis de la purification des fragments.

La coupure enzymatique. Réaction d’hydrolyse spécifiques de liaisons peptidiques :

Il existe aussi deux types d’enzymes : les endoprotéases et exoprotéases. Les exoprotéases coupent les acides
aminés terminaux, tandis que les endoprotéases coupent à l’intérieur des chaines polypeptidiques.
On peut diviser les exoprotéases en deux sortes de sous enzymes : les carboxypeptidases qui du côté carboxy terminal
(COO-) de l’acide aminé et les aminopeptidases qui coupent du côté amino terminal (NH2) de l’acide aminé.

La structure :
- La structure primaire : la séquence en acide aminés. L’enchaînement des acides aminés se fait de l’extrémité N
terminale vers C terminale.
- La structure secondaire : L’organisation de la chaîne structurale en motifs structuraux. Se plie sur elle-même et
forme les groupes NH et CO parie en hélice alpha et aussi plissé bêta avec liaisons OH.
L’hélice du collagène : forte résistance élastique du collagène. 1050 acides aminés formés par la répétition de 3 acides
aminés : glycine, proline et le troisième est variable.
- La structure tertiaire : position dans l’espace de l’ensemble des atomes de la protéine (il y a une seule chaine
polypeptidique)
- La structure quaternaire : plusieurs chaînes polypeptidiques associées entre elles par des liaisons non covalentes.
Méthémoglobine :
Fer ferrique (Fe3+) et non ferreux (Fe2+) comme il se doit. Elle ne peut plus transporter de l’oxygène. Le fer de
l’hémoglobine est protégé par la structure de la crevasse de l’hème et par la méthémoglobine réductase. Le système de
protection peut être dépassé lorsque :
- Intoxication par des oxydants
- Déficit en enzyme
- Mutation de His F8 en tyrosine

Chapitre2 : Les enzymes

Une enzyme est un catalyseur biologique qui augmente la vitesse d’une réaction en diminuant son énergie libre
d’activation, sans être elle-même affectée. Elle agit comme catalyseur en se liant au substrat et facilite sa réaction en
stabilisant son état de transition vers un produit spécifique :
Substrat(s)+enzyme -> Produit(s)

La notion de site actif d’une enzyme :

On peut considérer que le site actif comporte deux sites voisins :
- Un site de fixation du substrat ou de reconnaissance : Spécificité de substrat
- Un site responsable de la réalisation de la réaction chimique ou le site catalytique : Spécificité de réaction
Selon les réactions catalysées, les enzymes peuvent être classées dans six grandes catégories :
1. Oxydoréductase : qui catalysent des transferts d’électrons et protons d’un donneur à un accepteur.
2. Transférase : qui catalysent les transferts de groupements
3. Hydrolase : qui catalyse la réaction d’hydrolyse
4. Lyases : qui catalyse l’addition de groupes à des liens doubles ou l’inverse
 5. Isomérase : qui catalysent le transfert des groupes dans une même molécule pour produire une forme isomère (ex :
conversion d’un acide aminé L en acide aminé D)
6. Ligases : qui forment les liens C-C, C-S, C-O et C-N lors des réactions de condensation couplées à l’utilisation
d’ATP.

La cinétique enzymatique :
C’est l’ensemble des paramètres qui définissent une réaction enzymatique :
- Vitesse initiale
- Vitesse maximale
- Constante de MICHAELIS

La Km ou constante de Michaelis-Menten se définit comme la concentration de substrat nécessaire pour obtenir la

moitié de la vitesse maximale de réaction. Elle a les dimensions d’une concentration et est indépendante de la
concentration en enzyme.
Inhibition compétitive :
La fixation de l’inhibiteur empêche celle du substrat,
modifie donc l’affinité de l’enzyme pour le substrat soit le Km.
Si le site actif est bloqué par un inhibiteur compétitif,
l’enzyme ne peut plus fonctionner.

Inhibiteur non compétitif :

• Se positionne en un site différent de celui du substrat
• Ne limite pas l’accessibilité du substrat sur le site actif
(ES, EI, ESI)
• Donc pas de compétition entre S et I
• Ce qui ne modifie pas le Km
Les calculs conduisent à une équation de Michaelis dans laquelle
la vitesse maximum est affectée en présence de l’inhibiteur NC.

Effet de la température :
L’agitation thermique facilite le franchissement de la barrière d’énergie d’activation. D’où, lorsque la température
augmente, la vitesse de réaction augmente. Mais lorsque la température est trop élevée, l’enzyme se dénature. La
température optimale est souvent 37°C. Elle est supérieure pour les bactéries thermophiles.

Effet du Ph :
Les enzymes sont très sensibles aux variations du pH et fonctionnent bien sur une gamme limitée du pH.
Le pH peut agir de plusieurs facteurs :
• L’ionisation des résidus de l’enzyme et du substrat et/ou du produit
• La structure tertiaire des protéines et donc la stabilité de l’enzyme
• La liaison du substrat à l’enzyme
• L’activité catalytique de l’enzyme

Les activités enzymatiques sont exprimées : L’unité internationale UI est la quantité d’enzymes qui transforment une
micromole de substrat en une minute en conditions optimales de température et de pH.

Les isoenzymes
Il s’agit d’enzymes ayant une activité catalytique donnée, qui existent sous des formes moléculaires multiples.
Lactate déshydrogénase LDH est un tétramère pouvant exister sous différentes formes, issues de l’association de deux types
de chaîne protéiques : la chaîne H et la chaîne M.
• La LDH du muscle est dite M4
• La LDH du cœur est dite H4
 • Cependant, dans chacun de ces deux organes, on peut trouver les formes intermédiaires de la LDH, en quantité
moindres (M3H, M2H2, MH3)

Les enzymes allostériques :

Possèdent en plus de leur site actif un site dit allostérique. Une substance appelée effecteur peut se fixer sur ce site.
Un effecteur inhibiteur a pour effet de bloquer une enzyme dans sa forme inactive. En se liant sur ce site allogène, l’effecteur
inhibiteur modifie la forme de l’enzyme qui devient inactive. Tant que l’inhibiteur est lié au site allostérique, l’enzyme garde
sa forme inactive. Si l’inhibiteur se sépare du site allostérique, l’enzyme reprend sa forme active.

Chapitre 3 : Métabolisme des Glucides

Définition :
Les glucides (ou sucres) sont les biomolécules les plus abondantes sur Terre. Ce sont des molécules organiques dont les
carbones sont porteurs :
- De fonctions alcools
- De fonctions aldéhyde ou cétonique
- Et parfois d’une fonction acide ou aminée
Ils sont, en général très hydrophiles : les nombreux groupements hydroxyles établissent des liaisons hydrogène avec les
molécules d’eau. Le groupement aldéhyde ou cétone leur confère un caractère réducteur.

Classification :
- Les monosaccharides (ou oses simples), formé d’une seule unité
- Les disaccharides (ou diosides), formés de deux unités
- Les oligosaccharides (ou oligosides) :
- Le plus souvent sont liés de façon covalente à des molécules non glucidiques : glycoprotéines et glycolipides.
- Les polysaccharides (ou polyosides) : longue chaine polysaccharidique, son liées, sauf exception, de façon
covalente à des protéines
- Les peptidoglycanes : à la longue chaîne polysaccharidique,
liées entre elles par des courts peptides

La Glycolyse
Définition :
Ensemble des voies métaboliques énergétiques permettant la
phosphorylation de l’ADP en ATP ou l’augmentation énergétique,
grâce à l’oxydation des glucides.
C’est la voie la plus importante du métabolisme des glucide,
celle par où passe le plus grand « trafic » de carbone. Cette voie est une
source d’énergie libre essentielle pour les organismes unicellulaires et
pluricellulaires.

Les étapes de la glycolyse :

De glucose à Pyruvate

La glycolyse aérobie
Def : L’ensemble des réactions biochimiques qui vont permettre le passage de glucose-6-phosphate en pyruvate. En
aérobiose, le pyruvate peut être complètement oxydé en CO2, ce qui crée beaucoup d’ATP.

Les sources d’énergie en aérobiose :

Est le pyruvate, qui est complètement oxydé en CO2 et H2O via l’acétylcoenzyme A ;
La réaction de décarboxylation du pyruvate a lieu avec un fort rendement énergétique. (38 molules d’ATP par molécule de
glucose)
L’oxydation complète du pyruvate requière non seulement de l’oxygène mais aussi de l’arsenal mitochondrial

La glycolyse anaérobie
Dans le cytoplasme, l’acide pyruvique peut conduire à l’acide lactique- phénomène dans la contraction musculaire en
hypoxie ou dans la fermentation lactique, Chez les micro-organismes, il conduit à l’alcool éthylique (fermentation
alcoolique de la levure de bière).

La source d’énergie en anaérobiose :

La réaction a un faible rendement énergétique (2 molécules d’ATP par molécule de glucose) et elle s’arrête au pyruvate.
La capacité de la glycolyse à produire de l’ATP en absence d’oxygène fait du glucose le seul substrat énergétique à pouvoir
être utilisé en anaérobie :
- Les muscles peuvent travailler à haut régime même quand l’approvisionnement en oxygène devient insuffisant
- Les globules rouges, dépourvues de mitochondries, tirent de la seule glycolyse toute l’énergie dont ils ont besoin.

Le Cycle de Krebs

Le cycle de Krebs, également appelé cycle des acides

tricarboxyliques ou cycle de l’acide citrique, est une voie de
dégradation oxydative commune aux procaryotes et aux
Eucaryotes. Dans la matrice mitochondriale des cellules
eucaryotes et dans cytoplasme des eucaryotes.

Le cycle de Krebs est la voie d’oxydation de l’acétyl

CoA, il fonctionne chez tous les êtres vivants en aérobiose.

Chapitre 4 : Métabolisme des lipides

Définition :
Ce sont des molécules organiques insolubles dans l’eau (lipos) et solubles dans les solvants organiques apolaires ou faible
polaire comme benzène, chloroforme, éther…
Ils sont caractérisés par la présence dans la molécule d’au moins un acide gras ou chaîne grasse.

Classification :
On peut classer les lipides selon la nature de l’agencement de leurs acide(s) gras et alcool(s) constitutifs. On distingue :
o Les acides gras (AG) : monoacides, linéaires, à nombre pair de carbone, soit saturés, soit insaturés. La
Classification des acides gras se fait sur le nombre d’atomes de carbone et sur le nombre de doubles liaisons.
o Les acides gras saturés :
- Acide butyrique (C4)
- Acide palmitique (C16)
- Acide stéarique (C18)
- Acide lignocérique (C24)
▪ Les acides palmitiques et stéarique sont les acides gras saturés les plus répandues
o Les acides gras monoinsaturés
Dans les acides gras insaturés, la position de la première double liaison peut s’exprimer : soit en partant du carboxyle, soit
en partant du méthyle.
- L’acide palmitoléique (C16 : 1 omega 9)
- L’acide oléique (C18 : 1 omega 9)
▪ C’est un acide gras très abondant dans les graisses végétales et animales. L’acide gras
insaturé le plus répandu.
o Les acides gras polyinsaturés :
- Acides linoléique (C18 : 2 omega 6)
- L’acide linoléique est un acide gras indispensable, il doit être présent dans notre alimentation et il est
irremplaçable, essentiel. Il est le précurseur de plusieurs hormones.
- Acide arachidonique (C20 : 4 omega 6)
- Acide linolénique (C18 : 3 omega 3)
o Les lipides simples : les glycérides et les stérides
o Les lipides complexes : les glycérophospholipides et les sphingolipides

Le Catabolisme des triglycérides

Définition :
L’évènement initial dans l’utilisation des graisses comme
source d’énergie est l’hydrolyse des triglycérides par les
lipases ; cet évènement est appelé lipolyse.

Localisation :
Intestinal, sanguine, hépatique et adipocytaire.

Les lipoprotéines
Les lipoprotéines sont des particules formées de lipides et de protéines dont la fonction est de permettre la circulation des
lipides dans le sang.
Les particules lipoprotéiques sont classées par densité croissante en :

Les hyperliporotéinémies (hyperlipidémies) primaires= lipidose primaire

Chapitre 5 : Métabolisme des acides aminés et des protéines

Les protéines alimentaires sont une source vitale d’aminoacides. Les protéines sont catabolisées par des enzymes
protéolytiques, appelés protéases ou peptidases. Ces enzymes ont une spécificité plus ou moins grands vis-à-vis de la
position de la liaison peptidique dans la chaîne et/ou de la nature des acides aminés engagés dans cette liaison. Les
endopeptidases hydrolysent les liaisons peptidiques à l’intérieur de la chaîne polypeptidique, loin des extrémités. Leur
spécificité de substrat est étroite et dépend de la présence d’amino-acides caractéristiques. Les exopeptidases hydrolysent
les liaisons peptidiques en bout de la chaine.

La transamination :

La transamination, catalysée par une aminotransférase, à coenzyme phosphate de pyridoxal, est une réaction de
transfert réversible du groupement aminé entre un acide aminé et un acide α-cétonique : l’acide aminé donneur du
groupement aminé est transféré en acide α-cétonique, l’acide α-cétonique accepteur du groupement aminé est transformé en
acide aminé. L’acide α-cétonique accepteur est presque toujours l’α-cétoglutarate, qui est transformé en glutamine.

Cette réaction est suivie par la désamination

oxydative du glutamate.
Tous les acides aminés sauf la lysine sont
transaminables. Chaque acide aminé dispose
d’une aminotransférase spécifique. Toutes les
aminotransférases sont régulées par le
cortisol, qui induit leur synthèse dans les
cellules qui catabolisent des protéines.
 L’uréogenèse (le cycle de l’ornithine)

L’azote, dont la forme minérale simple de

NH4+ est toxique, est éliminé de l’organisme sous
forme d’urée ou sous forme de NH4+. Chez la plupart
des vertébrés terrestres, l’excès de NH4+ est converti
en urée, puis excrété. De tels organismes sont appelés
urotéliques. L’urée est synthétisée par le cycle de
l’urée.
Le transport de l’ammoniac au foie se fait par
2 mécanismes : le cycle glutamate-glutamine et le
cycle glucose-alanine.

Définition de l’uréogenèse :
Voie métabolique des hépatocytes synthétisant l’urée
à partir de la glutamine du plasma et des ions bicarbonate.
C’est l’ensemble des réactions enzymatiques catalysés par les
enzymes qui fixent l’azote sous forme de l’urée. La voie est
exclusivement hépatocytaire (foie)car les hépatocytes sont les
seules cellules à exprimer le gène d’ornithine
transcarboxylase, enzyme de l’uréogenèse.
Les 2 atomes d’azotes qui entrent dans le cycle, le
premier apporté par le NH3 et le second par l’aspartate, sont
éliminés sous forme d’urée.
Le NH3 a une double origine :
- Intestinale : azote apporté par la glutamine
- Hépatique : libéré par la trans/désamination
des acides aminés et de l’alanine et libéré par
la désamination non oxydative de certains
acides aminés.
Localisation :
Chez les mammifères et l’Homme, l’urée est synthétisée dans
le foie. La formation du NH4+par le glutamate déshydrogénase,
son incorporation dans le carbamyl phosphate et la synthèse
subséquente de la citrulline s’effectuent dans la matrice
mitochondriale.

Encart biomédical :
Le carboxyle phosphate synthétase est absent dans l’hyperammoniémie (type1) qui conduit à une alternation
métabolique dans le syndrome de déshydratation avec vomissements et perte de conscience.
L’absence de l’argininosuccinase est à l’origine de d’une maladie rare mais très grave, l’acidurie argininosuccinique,
avec hépatomégalie, ataxie et arriération mentale, conduisant rapidement à la mort.
La synthèse de l’urée dans le foie est la principale voie d’élimination du NH4+. Un blocage de la synthèse du carbamyl
phosphate ou de l’une des autres étapes du cycle de l’urée a des conséquences dramatiques parce qu’il n’y a pas une autre
voie pour la synthèse de l’urée. Tous les déficits du cycle de l’urée conduisent à un taux élevé de NH 4+ dans le sang.
 Chapitre 6 : Les acides nucléiques

ADN
Structure primaire ADN :
Contient : Désoxyribose, acide phosphorique et 4 bases azotées :
Adénine, guanine -> Base purique
Cytosine, thymine -> Base pyrimidique
Les 4 désoxyribonucléiques sont : dAMP, dGMP, dCMP, dTMP
Structure secondaire et tertiaire :
ADN forme B- James Watson et Francis Crick
Chaines sont complémentaires l’une à l’autre et antiparallèles
Deux chaines polynucléotidiques hélicoïdales droits enroulés autour d’un même axe pour faire une double hélice
Les liaisons possibles sont : A=T(2 liens H) et G=C (3 liens H)
C avec G et A avec T => explications du nombre égale

ARN
Caractérisé par 4 types de bases : adénine – guanine – cytosine – uracile et une seule chine de nucléotide
Structure primaire
Formé d’un seul brin des 4 types de ribonucléotide AMP – GMP – CMP – UMP sont uni par des liaisons phosphodiesters.
Structure secondaire
Les appariements par liaisons hydrogènent entre les bases mais n’ont pas la régularité géométrique de l’ADN
Structure tertiaire
Conformation pseudo-hélicoïdale
 1.1. LES ACIDES AMINÉS (AMINOACIDES)
Définition
Les acides aminés (aa) sont des molécules qui possèdent une fonction acide
carboxylique (COOH) et une fonction amine primaire (NH2, portées par un même
atome de carbone, l'atome de carbone a (ou C-2, le C-1 étant l'atome de carbone
carboxylique): ce sont des acides a-aminés. Ils diffèrent par la nature de la chaîne
latérale (ou radical R = radical).
La structure générale théorique (elle n'existe pas en réalité):

Classification des acides aminés selon la polarité de la chaîne

Latérale :
Acides aminés non polaires ou hydrophobes : Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe,
Trp, Pro
Acides aminés neutres (non chargés) mais polaires : Ser, Thr, Cys, Asn, Gln,
Tyr
Acides aminés acides chargés (-) : Asp, Glu
Acides aminés basiques chargés (+) : Lys, Arg, His
Les acides aminés essentiels: valine, leucine, isoleucine, phénylalanine,
4yptophane, methionine, thréonine, histidine (essentielle pour les nournssons), lysine,
arginine(semi-essentielle).
Les acides aminés non-essentiels: glycine, alanine, proline, serine, cystéine,
lyrosine, asparagine, glutamine, acide asparagique, acide glutamique.
Les zwitterions.

Le pH au quel l'acide aminé possède une charge nette neutre (forme

zwitterionique) est son point isoélectrique (pI).
Chaque acide aminé possède un pI différent:
acides aminés basiques: pI élevés (ex: lysine 9.47)
acides aminés acides: pI bas (ex: acide aspartique 2.98)
Equation de henderson hasselbalch

Courbe de titration de la glycine : La zone de pH, où la courbe de titration est relativement

plate est appelée zone
tampon (tampon = mélange d'acide faible - base conjuguée capable de stabiliser le pH).
Le pH auquel une molécule ne présente aucune charge électrique nette est
appelé son point isoélectrique (p/).

1) Action du 1-fluoro 2,4-dinitrobenzéne

Le FDNB réagit facilement avec les fonctions aminés pour former un dérive N-
2,4-dinitrophénylé.
Ce composé jaune est facile à identifier par chromatographie et doser
par spectrophotométrie à 360 nm.
Cette réaction a permis à Frederik SANGER (1953) d'établir la
première structure primaire d'une protéine : l'insuline.
Réaction de Sanger

h)
Dansylation
L'action du chlorure de dansyle(1-diméthyl-amino-naphtalène-5-sulfonyle)
donne un DNS aminoacide stable et fluorescent
---------------------------------------------------------
1.2. LES PROTEINES
Définition
Les protéines sont des polymères linéaires d'acides aminés unis par une liaison
amide, dite liaison peptidique, établie entre le groupement a-carboxyle de l'un et le
groupement a-aminé du suivant.
Sont les macromolécules douées avec des propriétés les plus variées des
systèmes vivants où elles exercent des fonctions cruciales dans pratiquement tous les
processus biologiques.
Les protéines sont une classe de molécules biologiques «de première
importance» (du grec proteios). Les protéines sont des macromolécules de type
polymère. Dans une cellule procaryote, le nombre de protéines différentes varie entre
1500 et 2000. Dans les cellules eucaryotes, cette quantité passe à 12-15000. Chacune
des protéines présentes dans les cellules a une structure qui est déterminée
génétiquement et de ce fait, possède une taille prédéfinie (altérée parfois après
traduction).
Elles ont des rôles très variés au sein d'une cellule et au sein d'un
organisme. Les protéines sont synthétisées et dégradées en permanence dans les
cellules.
Toutes les protéines de toutes les espèces, du virus à l'homme, sont
construites à partir de 20 acides aminés. Chez l'homme, leur renouvellement
métabolique est intense (400 grammes par jour chez un homme de 70 kg).

Classification :
On classe les protéines, selon leur composition en:
holoprotéines, dont la molécule n'est composée que d'acides aminés;
hétéroprotéines, dont la molécule comporte en plus une partie non
protéique (appelée groupement prosthétique): ions métalliques, glucides, lipides, acides
nucléiques.
On les classe encore, selon leur forme globale en:
protéines globulaires;
protéines fibreuses;

Le séquençage des protéines :

Le séquençage des protéines doit toujours commencer par l'action d'agents
réducteurs ( mercaptoéthanol ou DTT) suivi de l'action des agents bloquant les résidus
SH libres (cyanoéthylation ou S-carboxylation) ou de l'action de l'acide performique
(0-HCOOH) qui oxyde les SH libre en résidus SO}.
Ces mesures permettent de linéariser la ou les chaînes polypeptidiques en
coupant les ponts inter ou intra-chaîne, ainsi on peut isoler s'il le faut chaque chaîne par
électrophorèse et les séquencer séparément. Par la suite on travaillera donc sur des
chaînes peptidiques ne possédant qu'une extrémité N terminale et qu'une extrémité C
terminale.
gnom
Les peptides ainsi linéarisés sont ensuite coupé en plus petits peptides afin de
suivre le séquençage de façon plus simple. La chaîne polypeptidique peut être coupée
de deux façons:
La réaction d'Edman: (réaction récurrente jusqu'à 50 acides aminés). Ensuite
chaque phényl thiohydantoine est analysé puis identifié par chromatographie, car
chacun d'entre eux possède son propre pic.
Elle nécessite d'au moins deux types de clivages protéolytiques différents,
suivis de la purification des fragments.
Le bromure de cyanogen (CNBr) hydrolyse spécifiquement les liaisons
peptidiques après les résidus méthionine.

La coupure enzymatique :Réactions d'hydrolyse spécifiques de liaisons

peptidiques:
Il existe aussi deux types d'enzymes (qu'elles soient naturelles ou synthétiques):
les endoprotéases et les exoprotéases. Les exoprotéases coupent les acides aminés
terminaux, tandis que les endoprotéases coupent à l'intérieure des chaînes
polypeptidiques. Ensuite on peut encore diviser les exoprotéases en deux sortes de sous
enzymes: les carboxypeptidases qui coupent du côté carboxy terminal (COO-) de
l'acide aminé et les aminopeptidases qui coupent du côté amino terminal (NH2) de
l'acide aminé.

La structure
La chaîne polypeptidique doit s'organiser pour être fonctionnelle, elle doit se
replier (Folding : Repliement). Il existe quatre niveaux de repliement:
La structure primaire: la séquence en acides aminés. L'enchaînement des
acides aminés se fait de l'extrémité N terminale vers l'extrémité C terminale:
- la structure secondaire: l'organisation de la chaîne principale en motifs
structuraux;
la structure tertiaire: position dans l'espace de l'ensemble des atomes de la
protéine (il y a une seule chaîne polypeptidique);
la structure quaternaire: il y a plusieurs chaînes polypeptidiques associées
entre elles par des liaisons non covalentes.
Les structures secondaire, tertiare et quatemare represente la structure
tridimensionnelle des protéines.
2028
La structure primaire :
Est représentée par la séquence d'acides amines qui se lient de manière à former
une chaîne polypeptidique.
La structure secondaire :
Correspond à un arrangement régulier des acides aminés selon un axe. Les
protéines n'existent pas sous forme de chaînes linéaires d'acides aminés: elles se tordent
et se replient sur elles-mêmes.
La structure secondaire la plus courante est celle de l'hélice alpha (a) (Figure
1.3a). Dans l'hélice alpha, la chaîne primaire s'enroule sur elle même puis elle est
stabilisée par des liaisons hydrogène entre les groupes NH et CO, à tous les quatre
acides aminés environ.
Les chaînes latérales sont situées vers l'extérieur de cette hélice, qui est
maintenue par des liaisons hydrogène entre les CO et les NEl appartenant à des résidus
éloignés d'un tour d'hélice (pas: 0.54nm. 3.6 résidus par tour). Coeur très compact pas
de Gly, ni de Pro chaîne latérale (Ala, Glu, Leu, Met).

La kératine alpha :
Elle est une protéine de structure dans le cheveu qui est très riche en hélices
alpha. C'est tout d'abord une hélice alpha (hélice droite) qui va s'associer à une autre
hélice alpha droite grâce à des ponts disulfures formant une super hélice gauche.
Plusieurs super hélices gauches donneront un protofilament, plusieurs protofilaments
donneront une microfibrilles, plusieurs microfibrilles donneront une macrofibrilles et
plusieurs macrofibrilles donneront un cheveu (et plusieurs cheveux donneront une belle
chevelure soyeus).
Le feuillet plissé bêta (B) : est une autre structure secondaire, où les chaînes
polypeptidiques primaires ne s'enroulent pas mais se lient côte à côte au moyen de
liaisons hydrogène et forment une sorte d'échelle pliante.
Dans ce type de structure secondaire, les liaisons hydrogène peuvent unir
différentes parties d'une même chaîne qui s'est repliée sur elle-même en accordéon ou
encore différentes chaînes polypeptidiques. Dans les hélices alpha, les liaisons
hydrogène unissent toujours différentes parties d'une même chaîne.
Une chaîne polypeptidique peut présenter les deux types de structure
secondaire. Structure en feuillet plissé, constitué de chaînes polypeptidiques étirées
('brins B'), disposées parallèlement ou
"antiparallèlement", liées à leurs voisines par
ponts hydrogène, projetant les chaînes latérales alternativement au-dessus et en dessous
du plan du feuillet, distance entre deux résidus de 7A.

L'hélice du collagène :
Elle est responsable de la forte résistance élastique du collagène, principal
constituant de la peau, des os et des tendons. On a tout d'abord une hélice gauche de 1050
acides aminés formée par la répétition de 3 acides aminés par tour de spire qui
sont la glycine, la proline et le troisième est variable. Leur structure secondaire est plus
étirée que celle des hélices alpha mais moins que celle des feuillets plissés bêta. On peut
noter que c'est le seul cas ou la proline ne cause pas de problème. Il n'y a pas de
liaisons hydrogènes intrachaînes mais chaque hélice gauche sera associée à deux autres
hélices gauches par des liaisons hydrogènes interchaînes (entre le CO d'une glycine et
le NH d'une glycine d'une autre hélice) formant ainsi le tropocollagène.
Le tropocollagène est donc une triple hélice qui sera en fait une hélice droite.
Plusieurs molécules de tropocollagène peuvent s'associer par des liaisons covalentes sur
leurs lysines formant ainsi une fibrille de collagène.
Trois molécules identiques (a 1)2 a 3 s'associent en triple hélice d'une longueur
d'environ 300 nm et d'un diamètre de 1,5 m. En réalité, chacune des chaînes est
formée d'une structure en hélice à pas à gauche et avec 3 acides aminés par tour (contre
3,6 pour les hélices a). Si on regarde une hélice en coupe, la glycine occupe la partie
centrale entre les trois chaînes. Le maintient des 3 chaînes de collagènes se fait par des
liaisons hydrogènes perpendiculaires à l'axe des fibres. Une mutation au niveau de la
glycine va empêcher cet assemblage : c'est l'ostéogenèse imparfaite. Lorsque l'on
dénature du collagène, on obtient de la gélatine plus soluble que le collagène. Les 3
chaînes sont stabilisées par les hydroxyprolines. La proline hydroxylase qui nécessite de
la vitamine C permet la formation de ces hydroxyprolines. Plusieurs molécules de
collagènes forment des fibres avec un décalage de ¼ de leur longueur ce qui donne une
striation de 68 mm. Les fibres sont reliées par des liaisons non covalentes entre 5
fibrilles de collagènes. Des liaisons croisées se forment à partir de lysine d'une chaîne et
d'hydroxylysine d'une autre chaîne. Ces liaisons croisées s'échangent latéralement. Le
résidu de lysine doit être oxydé en aldéhyde par la lysine oxydase avant de réagir avec
les hydroxylysines.
La structure tertiaire :
Dans la chaîne peptidique, des portions d'environ dix résidus adoptent une
configuration donnée : hélice alpha ou feuillet bêta. Il en résulte qu'une protéine est
constituée par une succession de parties en hélices ou en feuillets, séparées par des
fragments en pelotes statistiques. La chaîne est donc repliée maintes fois. Les
changements de direction dans la chaîne sont assurés par les coudes.
Certaines protéines, comme la myoglobine, sont constituées essentiellement
d'hélices; d'autres protéines sont constituées essentiellement de feuillets, c'est le cas
des anticorps; d'autres enfin sont des assemblages de parties en hélices et en feuillets.
En général 60 à 70% des protéines ont une stricte organisation spatiale, le reste de la
molécule est sous forme de pelote statistique.

Structure quaternaire :
Un certain nombre de protéines possèdent un niveau supérieur d'organisation
elles sont assemblées en plusieurs sous-unités semblables ou différentes. Ces protéines,
dans le cas où elles ont une fonction enzymatique, ont un rôle capital dans la régulation
du métabolisme. Ce sont les enzymes allostériques.

Hémoglobine :
Elle est présente dans les hématies. Il existe plusieurs différentes.
L'hémoglobine adulte est composée de deux chaînes présentes en double : a 2B
2. Ces chaînes sont unies par des liaisons non covalentes. Cette structure quaternaire
entraîne des propriétés différentes. Chacune des chaînes ressemble à la myoglobine. Il y
a un site de fixation par chaîne soit 4 au total par molécule. La structure est tétraédrique.
Les structures sont éloignées les unes des autres. On retrouve des acides aminés polaires
en surfaces ou dans la crevasse centrale. La cavité centrale est tapissée d'acides aminés
polaires et est remplie d'eau. C'est la zone de fixation du 2,3-bisphosphoglycérate. Il
existe des anomalies structurales (plus de 300) qui touchent différentes zones : HbS
(sikle) : c'est une mutation de l'acide glutamique en valine. L'hémoglobine réduite se
polymérise et déforme les hématies en forme de faucille entraînant une hyperhémolyse:
C'est la drépanocytose.

Fonction :
La fonction est le transport d'oxygène. C'est une protéine allostérique qui
change de conformation avec la fixation du ligand. La p5O est d'environ 26 mmHg. En
fait, l'hémoglobine a une plus faible affinité pour l'oxygène que la myoglobine. Dans
les poumons, la pO2 est d'environ 100 mmHg donc l'hémoglobine se sature
complètement. Dans les tissus, l'hémoglobine libère un peu d'O2, la myoglobine fixe
l'O2 plus facilement que l'hémoglobine. La structure quaternaire explique le mode
coopératif. La fixation d'oxygène entraîne une déformation de la poche de l'hème, attire
E7 d'où la déformation. Cette déformation se transmet au voisinage au niveau des
contacts souples. Le 2,3-bisphosphoglycérate en se fixant dans la cavité centrale va aller
à l'encontre de ce mouvement. Il
diminue donc l'affinité pour l'oxygène.
L'hémoglobine fixe de l'oxygène et du 2,3-bisphosphoglycérate. Il a un caractère acide
qui interagit avec deux histidines et une lysine de la cavité centrale. La forme du
23BPG est complémentaire de la cavité de l'hémoglobine réduite et la stabilise d'où la
diminution de l'affinité.
L'hémoglobine sans 2,3BPG a une affinité qui ressemble à celle de la
myoglobine d'où la preuve de son rôle d'effecteur allostérique, mais cette fonction est
modifiée par de nombreux effecteurs allostériques.
Methémoglobine :
Le fer est ferrique (Fe3+) et non ferreux (Fe2+) comme il se doit. Elle ne peut
plus transporter d'oxygène. En fait le fer de l'hémoglobine est protégé par la structure
de la crevasse de l'hème et par la methémoglobine réductase. Le système de protection
peut-être dépassé lorsque :
Intoxication par des oxydants.
Déficit cette en enzyme.
Mutation de His F8 en tyrosine.
L'effet Bohr : assure un apport d' O2 supplémentaire à des muscles en
activité intense. De tels muscles s' acidifient et abaissent le pH du sang de 7,4 à 7,2. Par
conséquent, 1'Hb libère environ 10% d' O2 de plus qu'à pH 7,4.

LES ENZYMES
Une enzyme est un catalyseur biologique qui augmente la vitesse d'une réaction
en diminuant son énergie libre d'activation, sans être elle-même affectée. Elle agit
comme catalyseur en se liant au substrat et facilite sa réaction en stabilisant son état de
transition vers un produit spécifique:
Substrat(s) + enzyme › Produit(s)
Enzymes formés de deux parties:
Une partie protéique appelée apoenzy me thermolabil et une partie non protéique
appelée coenzyme thermostable.
Les coenzymes sont groupés en 3 classes:
Coenzymes tétrapyroliques : intervient dans les transferts d'électrons:
NAD/FAD/NADP
Coenzymes métalliques: Zn, Mn, Co, Mg
Coenzymes dérivés de vitamines hydrosolubles: B1, B12, B2.
La notion du site actif d'une enzyme
On peut considérer que le site actif comporte deux sites voisins:
Un site de fixation du substrat ou de reconnaissance :Spécificité de substrat
Un site responsable de la réalisation de la réaction chimique ou le site
catalytique: Spécificité de réaction
Deux grands types de mécanismes catalytiques :
La catalyse acide-base : du transfert d'un proton,
provient du couple imidazole / imidazolium de la chaîne latérale de l'histidine
(pKa-6) qui au pH physiologique entre 6 et 7 constitue un groupe donneur / accepteur
de proton
La catalyse par covalence : une partie du substrat est immobilisés par liaison
covalente à l'enzyme pour ensuite être transférée au second substrat.
Selon les réactions catalysées, les enzymes peuvent être classées dans
six grandes catégories:
1. Oxydoréductases- qui catalysent des transferts d'électrons et protons d'un
donneur à un accepteur
2. Transférases-qui catalysent les transferts de groupements
3. Hydrolases- qui catalysent des réactions d'hydrolyse (coupure des liens C-C,
C-0, C-N et autres par de l'eau)
4. Lyases-qui catalysent l'addition de groupes à des liens doubles ou l'inverse
5. Isomérases- qui catalysent le transfert de groupes dans une même molécule
pour produire des formes isomères (ex, conversion d'un acide aminé L en acide aminé
D).
6. Ligases- qui forment des liens C-C, C-S, C-O et C-N lors de réactions de
condensation couplées à l'utilisation d'ATP.

La cinétique enzymatique :
C'est l'ensemble des paramètres qui définissent une réaction enzymatique
vitesse initiale
vitesse maximum
constante de MICHAELIS.

Equation de michaelis menten :

Diagramme de lineweaver et burk :

Inhibition compétitive :
La fixation de l'inhibiteur empêche celle du substrat, modifie donc l'affinité de
l'enzyme pour le substrat soit le Km.
Si le site actif est bloqué par un inhibiteur compétitif, l'enzyme ne peut plus
Fonctionner.

La Vmax reste inchangée. La constante Km doit être plus grande en fonction

de la I
Le rapport-1/Km sera donc d'autant plus petit que la concentration de
l'inhibiteur sera grande.

Inhibition non compétitive :

Un inhibiteur non compétitif :
se positionne en un site différent de celui du substrat
ne limite pas l'accessibilité du substrat sur le site actif (ES, EI, ESI)
donc pas de compétition entre S et I
ce qui ne modifie pas le Km.
Les calculs conduisent à une équation de Michaelis dans laquelle la vitesse
maximum est affectée en présence de l'inhibiteur NC.
Effet de la température :
L'agitation thermique facilite le franchissement de la barrière d'énergie
d'activation. D'où, lorsque la température augmente, la vitesse de réaction
augmente. Mais lorsque la température est trop élevée, l'enzyme se dénature. La
température optimale est souvent 37°C. Elle est supérieure pour les bactéries
thermophiles.
Effet du pH ;
Les enzymes sont très sensibles aux variations du pH et fonctionnent bien sur
une gamme limitée du pH.
Le pH peut agir sur plusieurs facteurs
l'ionisation des résidus de l'enzyme et du substrat et/ou du produit
la structure tertiaire des protéines et donc la stabilité de l'enzyme
la liaison du substrat à l'enzyme
l'activité catalytique de l'enzyme
Les activités enzymatiques sont exprimés:
L'unité intemationale UI est la quantité d'enzyme qui transforme une
micromole de substrat en une minute au conditions optimales de température et de pH.
Le Katal (SI) est la quantité d'enzyme transformant 1 mole de substrat par
seconde.
L'activité spécifique d'une enzyme est l'activité catalytique par unité de
masse de protéine (I.U./mg d'enzyme solide).
L'activité moléculaire représente le nombre de molécules de substrat
transformées par molécule d'enzyme.
L'activité spécifique d'une enzyme définit: U /mg de protéine
Les izoenzymes :
Il s'agit d'enzymes ayant une activité catalytique donnée, qui existent sous des
formes moléculaires multiples.
Lactate déshydrogénase LDH est un tétramère pouvant exister sous différentes
formes, issues de l'association de deux types de chaînes protéiques : la chaîne H et la
chaîne M.

Les enzymes allostériques :

Certaines enzymes dites allostériques (de allos, autre et stereos, site ou espace)
possèdent, en plus de leur site actif, un site appelé site allostérique. Une substance
appelée effecteur (on dit aussi modulateur ou regulator en anglais) peut se fixer sur ce
site. Une enzyme allostérique peut généralement avoir deux formes différentes. Une
forme active et une forme inactive. L'effecteur, en se fixant sur son site allostérique, a
pour effet de bloquer l'enzyme dans sa forme active ou dans sa forme inactive (ça
dépend de l'enzyme). On parle alors d'effecteur inhibiteur et d'effecteur activateur.
Un effecteur inhibiteur a pour effet de bloquer une enzyme dans sa forme
inactive. En se liant au site allostérique, l'effecteur inhibiteur modifie la forme de
l'enzyme qui devient alors inactive. Tant que l'inhibiteur est lié au site allostérique,
l'enzyme garde sa forme inactive. Elle ne fonctionne plus. Si l'inhibiteur se sépare du
site allostérique, l'enzyme reprend sa forme active.
Dans les chaînes métaboliques, le produit final obtenu en bout de chaîne peut
être un effecteur inhibiteur d'une enzyme allostérique du début de la chaîne. Plus la
quantité du produit final augmente, plus la réaction qui le produit ralentit. C'est ce
plus la cause responsable de cet effet diminue).
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MÉTABOLISME DES GLUCIDES
Définition :
Les glucides (ou sucres) sont les biomolécules les plus abondantes sur la Terre.
Ce sont des molécules organiques dont les carbones sont porteurs:
- de fonctions alcools (alcool secondaire, alcool primaire);
- d'une fonction aldéhyde ou cétonique (fonction carbonylique);
- et parfois d'une fonction acide ou aminée.
Au total, il s'agit d'aldéhyde ou de cétone polyhydroxylées car un carbone est
porteur soit d'un aldéhyde soit d'une cétone, tous les autres étant porteurs de fonctions
alcools.
Ils sont, en général, très hydrophiles: leurs nombreux groupements hydroxyles
établissent des liaisons hydrogène avec les molécules d'eau.
Le groupement aldéhyde ou cétone leur confère un caractère réducteur.

Classification :
On distingue:
les monosaccharides (ou oses simples), formés d'une seule unité (e.g. le
glucose);
les disaccharides (ou diosides), formés de 2 unités (e.g. le saccharose);
les oligosaccharides (ou oligosides):
le plus souvent sont liés de façon covalente à des molécules non glucidiques
(glycoconjugués): glycoprotéines (la fraction protéique
est prédominante) et glycolipides.
les polysaccharides (ou polyosides): linéaires (.g. la cellulose) ou ramifiés
(e.g. le glycogène).
les protéoglycanes:longues chaînes polysaccharidiques (glycosamino-
glycanes), sont liées, sauf exception, de façon covalente à des protéines (la fraction
glucidique est prédominante).
les peptidoglycanes: à longues chaines polysaccharidiques, liées entre elle
par de courts peptides.

LA GLYCOLYSE
Définition :
Ensemble de voies métaboliques énergétiques permettant la phosphorylation de
l'ADP en ATP ou l'augmentation des réserves énergétiques, grâce à l'oxydation des
glucides.
C'est la voie la plus importante du métabolisme des glucides, celle par où passe
le plus grand « trafic» de carbone. Cette voie est une source d'énergie libre essentielle
pour les organismes unicellulaires et pluricellulaires. La glycolyse est, en effet.
commune à l'ensemble des règnes vivants.
Grâce à la glycolyse, le glucose est source d'énergie et précurseur de molécules
d'intérêt biologique.
Les étapes de la glycolyse : sont schématisées dans la Figure 3.1.
Le glucose traverse les membranes plasmiques grâce à des protéines
transporteurs - le glucose perméases. Les hexokinases / glucokinases sont les enzymes
qui activent le glucose cytoplasmique en glucose-6-phosphate. L'ATP est le coenzyme
donneur d'énergie et de phosphate. Comme toutes les enzymes à ATP les hexokinases/
glucokinases ont le magnésium comme cofacteur. La réaction consomme une molécule
d'ATP par molécule de glucose, est irréversible et limitante (étape de régulation de la
glycolyse).
Glucokinase: - hépatique et pancréatique;
- spécifique du glucose;
- à faible affinité: en ne phosphorylant qu'une partie du glucose qui entre dans l'hépatocyte;
la glucokinase maintient un état d'équilibre du glucose entre les compartiments extra- et
intra-cellulaires.
Hexokinase: - ubiquiste (en particulier musculaire);
- non spécifique du glucose (autres substrats: fructose
et mannose); elsigzod
- à forte affinité: en phosphorylant la totalité du glucose
qui entre dans la cellule; l'hexokinase maintient un fort gradient de glucose entre les
compartiments extra- et intra-cellulaires, favorisant l'entrée du glucose dans la cellule;
- rôle régulateur (enzyme allostérique).
Destinees du pyruvate : Le pyruvate est le substrat:
• en anaérobiose, de la fermentation lactique ou alcoolique;
en aérobiose, de la réaction de décarboxylation oxydative en acétyl-
coenzyme A, qui:
- ou bien est le substrat de voie anaboliques (par exemple la synthèse des
acides grasse, stérols),
- ou bien entre dans le cycle de l'acide citrique pour y être complètement
oxydé.

LA GLYCOLYSE AÉROBIE ;
Définition. L'ensemble des réactions biochimiques qui vont permettre le
passage de glucose-6-phosphate en pyruvate. En aérobiose, le pyruvate peut être
complètement oxydé en CO2, ce qui crée beaucoup d'ATP.
La source d'énergie en aérobiose:
Est le pyruvate, qui est complètement oxydé en CO2 et H2O via l'acétyl-
coenzyme A;
La réaction de décarboxylation oxydative du pyruvate a lieu avec un fort
rendement énergétique (38 molécules d'ATP par molécule de glucose).
L'oxydation complète du pyruvate requiert non seulement de l'oxygène mais
aussi l'arsenal mitochondrial: pyruvate déshydrogénase, enzymes du cycle de l'acide
citrique, chaîne respiratoire et oxydations phosphorylantes.

LA GLYCOLYSE ANAÉROBIE :
Dans le cytoplasme, l'acide pyruvique peut conduire à l'acide lactique
phénomène prédominant dans la contraction musculaire en hypoxie ou dans lafermentation
lactique. Chez les micro-organismes, il conduit à l'alcool éthylique
(fermentation alcoolique de la levure de bière). I
Le passage à l'acide lactique s'effectue sous l'influence de la lactate-
déshydrogénase(LDHD),utilisant les hydrogènes du NADH+H* formé dans
l'oxydation du glycéraldéhyde-3-phosphate. La LDH des mammifères est constituée
de deux types de sous-unités, H et M, formant les tétramères isoenzymatiques
spécifiques des différents sites tissulaires: Ma, M3H1, MaH2, MiH3, H4. Les sous-unités
H prédominent dans les sites à métabolisme essentiellement aérobie, tel le muscle
cardiaque (H = heart); les sous-unités M (M = muscle) prédominent dans des sites
tissulaires pouvant opérer en anaérobie (le muscles squelettiques, mais aussi le foie).
La formation d'acide lactique peut devenir importante dans le muscle
squelettique soumis à un travail intense et fonctionnant de ce fait en anoxie relative.
L'accumulation de lactate provoque la fatigue et la raideur musculaire, ainsi qu'une
augmentation de la lactacidémie. Sous l'action de l'isoenzyme hépatique de la LDH
(isoenzyme lent M4), le lactate capté par cet organe pourra être reconverti en pyruvate
alors que le muscle squelettique effectue mal le retour lactate -› pyruvate. Le muscle
cardiaque peut également reconvertir le lactate; comme d'autre part il catabolise plus
énergiquement les acides gras que le glucose pour ses besoins énergétiques, il n'est pas
soumis aux crampes musculaires provoquées par le lactate.
La source d'énergie en anaérobiose:
La réaction a un faible rendement energétique (2 molécules d'ATP par
molécule de glucose) et elle s'arrête au pyruvate.
La capacité de la glycolyse à produire de l'ATP en l'absence d'oxygène fait
du glucose le seul substrat énergétique à pouvoir être utilisé en anaérobiose:
les muscles peuvent travailler à haut régime meme quand
l'approvisionnement en oxygène devient insuffisant;
- les globules rouges, dépourvus de mitochondries, tirent de la seule glycolyse
toute l'énergie dont ils ont besoin,

LE CYCLE DE KREBS :
Le cycle de Krebs, également appelé cycle des acides tricarboxyliques ou cycle de l'acide
citrique, est une voie de dégradation oxydative commune aux procaryotes et aux
Eucaryotes. Il se déroule dans la matrice mitochondriale des cellules eucaryotes et dans le
cytoplasme des Eubactéries. Il constitue un carrefour métabolique vers lequel convergent
la plupart des voies métaboliques, et duquel partent de nombreuses voies anaboliques. On
le qualifie, pour cette raison, de voie amphibolique.
Les voies de biosynthèse qui utilisent les intermédiaires du cycle de Krebs sont
notamment:
l'aspartate
la néoglucogenèse;
la voie de biosynthèse des lipides, dont les acides gras et le cholestérol ;
les voies de biosynthèse de certains acides aminés, tels que le glutamate ou
hrarnat
la voie de biosynthèse des porphyrines.
Le cycle de Krebs est la voie d'oxydation de l'acétyl CoA, il fonctionne chez
tous les êtres vivants en aérobiose.
Il assure l'oxydation du groupement acétyl, activé en acétyl-CoA, en deux
molécules de CO2, avec réduction des coenzymes NAD et FAD L'énergie libre ainsi
libérée permet la synthèse d'ATP lors de la ré-oxydation des coenzymes dans la chaîne
respiratoire. Bien que ne participant pas au cycle, l'oxygène est donc indispensable afin
de régénérer les coenzymes nécessaires à son déroulement. Une seule réaction produit
directement un nucléoside triphosphate, le GTP.
L'acéty1-CoA provient des voies cataboliques, soit de façon directe pour le
catabolisme des acides gras et celui des corps cétoniques, soit indirectement pour celui
du glucose, dont l'oxydation via la glycolyse aboutit au pyruvate. Ce dernier est alors
transformé en acétyl-CoA dans la mitochondrie, avant de rejoindre le cycle.

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MÉTABOLISME DES LIPIDES

Définition :
Ce sont des molécules organique insolubles dans l'eau (lipos) et solubles dans
les solvants organiques polaires ou faible polaire comme benzène, chloroforme,
éther,.
Ils sont caractérisés par la présence dans la molécule d'au moins un acide gras
ou chaîne grasse.
Classe de molécules biologiques hydrophobes, comprenant les acides gras et
leurs esters. Sont rattachés aux lipides, en raison de leur insolubilité dans l'eau, le
cholésterol, les stéroïdes, la vitamine D.

Classification :
On peut classer les lipides selon la nature et l'agencement de leurs acide(s) gras
et alcool(s) constitutifs. On distingue:
Les acides gras (AG). Ils sont monoacides, linéaires, à nombre pair de
carbone, soit saturés, soit insaturés. La classification des acides gras se fonde sur le
nombre d'atomes de carbone (n compris entre 4 et 36) et sur le nombre de doubles
liaisons (les acides gras saturés et les acides gras insaturés).
Les acides gras saturés:
-Acide butyrique (C4)
-Acide palmitique (C16); l'acide palmitique est le principal produit de la
synthèse des lipides dans nos cellules.
-Acide stéarique (C18); les acides palmitique et stéarique sont les acides gras
saturés les plus répandus.
-Acide lignocérique (C24)
Les acides gras monoinsaturés:
Dans les acides gras insaturés, la position de la première double liaison peut
s'exprimer:
-soit en partant du carboxyle (1ª carbone); le symbole est A
-soit en partant du méthyle (dernier carbone); le symbole est w (oméga).
En médicine clinique et en biologie, la désignation des acides gras insaturés la plus
courante est celle qui fait appel au symbole oméga (®).
-L'acide palmitoléique (C16: 109):
L'acide palmitoléique possède 16C, une double liaison en oméga 9 (0s), ce qui
s'écrit C16: 109
CH3-(CH2)s-CH=CH-(CH2)-COOH
-L'acide oléique (C18: 1009):
L'acide oléique possède 18C, une double liaison en oméga 9 (0s), ce qui s'écrit
C18: 109
CH3-(CH2)-CH=CH-(CH2)-COOH
C'est un acide gras très abondant dans les graisses végétales et animales. Il est
l'acide gras insaturé le plus répandu.
Les acides gras polyinsaturés:
-Acide linoléique (C18: 206):
C'est un acide gras en C18 avec 2 doubles liaisons (06,9).
L'acide linoléique est un acide gras indispensable (besoins quotidiens: 3-4 g).
CH3-(CH2)4-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
Parce qu'il doit être présent dans notre alimentation et qu'il est irremplaçable
dans ses fonctions on le qualifie d'acide gras indispensable et essentiel.
Dans l'organisme, il conduit par voie enzymatique à l'acide arachidonique.
L'acide linoléique est essentiel à la formation de la barrière imperméable de la
peau (épiderme). Il est aussi le précurseur de plusieurs hormones (eicosanoides).
-Acide arachidonique (C2o: 4 006):
Il possède 4 doubles liaisons en 0069,12,15. En l'absence de l'acide linoléique dans
l'alimentation, l'acide arachidonique devient indispensable. Il est le précurseur direct
des hormones eicosanoides: c'est donc un acide gras essentiel.
-Acide linolénique (C18: 3 03):
Il possède 3 doubles liaisons en 03,6,9.

Le catabolisme des triglycérides

Définition :
L'événement initial dans l'utilisation des graisses comme source d'énergie est
l'hydrolyse des triacylglycérols par les lipases; cet événement est appelé lipolyse.
Localisation :
Le catabolisme des triglycérides dans l'organisme doit être envisagé à différents
niveaux: intestinal, sanguin, hépatique et adipocytaire.
Dans la lumière intestinale, l'hydrolyse des triglycérides alimentaires par la
lipase pancréatique produit des acides gras, des 2-monoacylglycérol et un peu de
glycérol. (Figure 4.2.) j1
Le glycérol est un intermédiaire des voies de la glycolyse et de la
gluconéogenèse. Le glycérol peut donc être converti en pyruvate ou en glucose dans le
foie qui possède les enzymes appropriés. Le processus inverse peut se produire par
réduction du dihydroxyacétone phosphate en glycérol 3-phosphate. L'hydrolyse du
glycérol 3-phosphate donne alors le glycérol. Ainsi, le glycérol et les intermédiaires de
la glycolyse sont aisément interconvertibles.

LES LIPOPROTÉINES
Les lipides, triglycérides, phospholipides, cholestérol et esters de cholestérol
sont hydrophobes. Or le sang est un milieu aqueux. Aussi sont-ils transportés comme
constituants des lipoprotéines.
Les lipoprotéines sont des particules formées de lipides et de protéines
(apolipoprotéines) dont la fonction est de permettre la circulation des lipides dans le
sang. Ainsi, le cholestérol et les triacylglycérols sont transportés dans les fluides
corporels sous la forme de particules lipoprotéiques. Chaque particule est constituée
d'un core de lipides hydrophobes entouré d'une couche de lipides plus polaires et de
protéines.
Les constituants protéiques de ces agrégats macromoléculaires
(apolipoprotéines) ont deux rôles: ils solubilisent les lipides hydrophobes et ils
contiennent des signaux d'adressage cellulaire.
Les principales apolipoprotéines sont. apoA-l, apoA-II, apoB48, apoBioo, apoC-
I, apoC-Il, apoC-IlI, apoD et apoE.
aDrO
classification, Les particules : lipoprotéiques sont classées par densité croissante,
en:
chylomicrons (CM), résidus de chylomicrons, lipoprotéines de très faible densité
(VLDL = Very Low Density Lipoprotein), lipoprotéines de densité intermédiaire (IDL),
lipoprotéines de faible densité (LDL = Low Density Lipoprotein) et lipoprotéines de
haute densité (HDL = Low Density Lipoprotein).
Les hyperlipoprotéinémies (hyperlipidémies) primaires = lipidoses primaires
La classification de ces syndromes n'a pas été aisée puisque successivement on
a distingué ces maladies selon le nom de l'auteur de la description bioclinique la plus
nette (maladie d'Ahrens, de Bürger-Grutz), ou la présence d'un signe clinique
évocateur, le xanthome (d'où leur nom de xanthomatoses).

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MÉTABOLISME DES ACIDES AMINÉS ET DES

PROTÉINES
o Pour le maintien de l'équilibre protéique de l'organisme, dont la biosynthèse de
protéines nouvelles est l'un des aspects, l'homme utilise une vingtaine d'aminoacides.
Pratiquement, l'organisme humain ne sait synthétiser qu'une dizaine d'entre eux. Un
certain nombre d'aminoacides sont donc pour lui indispensables. L'homme se les
procure par l'intermédiaire des protéines d'origine végétale, microbienne ou animale
qui les contiennent. La dégradation de ces protéines est à la base de la digestion, suivie
de l'absorption intestinale des aminoacides obtenus, de leur passage dans la circulation,
puis de leur utilisation métabolique au niveau cellulaire.
Les protéines alimentaires sont une source vitale d'aminoacides.
Les protéines sont catabolisée en acides aminés par des enzymes protéolytiques,
appelés protéases ou peptidases. Ces enzymes ont une spécificité plus ou moins grande
vis-à-vis de la position de la liaison peptidique dans la chaîne et/ou de la nature des
acides aminés engagés dans cette liaison. Les endopeptidases hydrolysent les liaisons
peptidiques à lintérieur de la chaîne polypeptidique, loin des extrémités. Leur
spécificité de substrat est étroite et dépend de la présence d'amino-acides
caractéristiques. Les exopeptidases (aminopeptidase et carboxypeptidases) hydrolysent
les liaisons peptidiques en bout de la chaîne. (Figure 5.1.)
Les carboxypeptidases sont des exopeptidases pancréatiques qui hydrolysent la
liaison peptidique voisine d'un carboxyle terminal libre. Il s'ensuit que la dégradation
d'une chaîne peptidique à partir
de son extrémité carboxylique par les
carboxypeptidases est limitée et que le nombre de molécules d'aminoacides libérées
dépend de la position de certains radicaux dans la chaîne.
2 Les aminopeptidases hydrolysent la liaison peptidique voisine d'un groupement
NH2 terminal libre.

Hydrolyse proteolytique.
La transamination :
La transamination, catalysée par une aminotransférase (transaminase),
À coenzyme phosphate de pyridoxal, est une réaction de transfert réversible du
groupement aminé entre un acide aminé et un acide a-cétonique: l'acide aminé donneur
du groupement aminé est transformé en acide a-cétonique, l'acide a-cétonique accepteur du
groupement aminé est transformé en acide aminé. L'acide a-cétonique
accepteur est presque toujours l'a-cétoglutarate, qui est transformé en glutamate.

Examples reaction de transmination :

L'uréogenèse (le cycle de l'ornithine)

Une partie du NH4 formé lors de la dégradation des aminoacides est
consommée dans la biosynthèse des composés azotés. L'azote, dont la forme minérale
simple de NH4* est toxique (en particulier pour le système nerveux central), est éliminé
de l'organisme sous forme d'urée (voie majeure de l'uréogenèse hépatique, les 4/5
de l'azote excrété) ou sous forme de NH4* (voie mineure de l'ammoniogenèse rénale, le
1/5).
200%
Chez la plupart des vertébrés terrestres, l'excès de NHA* est converti en urée,
puis excrété. De tels organismes sont appelés uréotéliques. L'urée est synthétisée par le
cycle de l'urée.
Le transport de l'ammoniac au foie se fait par 2 mécanismes: le cycle
glutamate-glutamine et le cycle glucose-alanine (utilisé par le muscle).

Définition de l'uréogenèse:
Voie métabolique des hépatocytes synthétisant l'urée à partir de la glutamine du
plasma et des ions bicarbonate.
L'uréogenèse est l'ensemble des réactions enzymatiques catalysées par les
enzymes qui fixent l'azote sous forme d'urée. La voie est exclusivement hépatocytaire
(foie) car les hépatocytes sont les seules cellules à exprimer le gène d'ornithine
transcarbamoylase, enzyme de l'uréogenèse.
Les 2 atomes d'azote qui entrent dans le cycle, le premier apporté par le NH3 et
le second par l'aspartate, sont éliminés sous forme d'urée.
L'aspartate est issu de la double transamination des acides aminés et de
l'alanine (en provenance de l'intestin et des muscles).
Le NH3 a une double origine:
- intestinale: azote apporté par la glutamine
- hépatique: libéré par la trans/désamination des acides aminés et de l'alanine et
libéré par la désamination non oxydative de certains acides aminés.
L'alanine et la glutamine sont formes atoxiques de transport de l'ammoniaque
toxique.
Le carbone de l'urée provient des bicarbonates - HCO3 (dérivé par hydratation
du CO2).
L'urée est sécrétée dans le sang pour être excrétée par les reins dans l'urine.
L'uréogenèse utilise la malate déshydrogénase cytoplasmique dans le sens de
l'oxydation du malate en oxaloacétate, réaction commune à l'uréogenèse, à la
néoglucogenèse et à la sortie du malate hors des mitochondries.
La néoglucogenèse est le plus souvent activ en même temps que l'uréogenèse
car les deux voies participent au catabolisme des acides aminés et sont induites par le
cortisol.
Localisation:
Chez les mammifères et l'homme, l'urée est synthétisée dans le foie. La
formation du NHa par le glutamate déshydrogénase, son incorporation dans le
carbamyl phosphate et la synthèse subséquente de la citrulline s'effectuent dans la
matrice mitochondriale. Les trois réactions suivantes du cycle de l'urée, qui conduisent
à la formation de l'urée, ont lieu dans le cytosol.

Etapes ureogenese :
Encart biomédical :
La carbamy1 phosphate synthétase est absent dans l'hyperammoniémie (type I)
qui conduit à une altération métabolique dans un syndrome de déshydratation avec
vomissements et perte de conscience.
L'absence de l'argininosuccinase est à l'origine d'une maladie rare mais très
conduisant rapidement à la mort.
grave, l'acidurie argininosuccinique, avec hépatomégalie, ataxie et arriération mentale,
La synthèse de l'urée dans le foie est la principale voie d'élimination du NHL
Un blocage de la synthèse du carbamy| phosphate ou de l'une des autres étapes du cycle
de l'urée a des conséquences dramatiques parce qu'il n'y a pas d'autres voies pour la
NHa* dans le sang (hyperammoniémie).

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LES ACIDES NUCLEIOUES

Structure primaire ADN :

Contient : Désoxyribose, acide phosphorique et 4 bases azotées :
Adénine, guanine -› Base purique
Cytosine, thymine -› base pyrimidique
Les 4 désoxyribonucléique sont : dAMP, dGMP, dCMP, dTMP
Unis par des liaisons 3'-›5°
Phosphodiester.

Structure secondaire et Structure tertiaire :

la DNA forme B -James Watson et Francis Crick 1953 (prix nobel 1962)
Les chaines sont complémentaires l'une à l'autre et antiparallèles
Le modèle est constitué de deux chaînes polynucléotidiques hélicoidales
droites enroulées autour d'un même axe pour faire une double hélice.
oito Les deux chaînes sont anti-parallèles, c'est-à-dire que leurs ponts
phosphodiesters s'orientent en sens inverse les uns par rapport aux autres (3'-5'et
5°-3°).
Les deux chaînes sont complémentaires, les bases de chaque brin se
superposent à l'intérieur de la double hélice, leurs plans étant parallèles entre eux et
perpendiculaires aux grands axes de l'hélice, tandis que les plans des cycles de
désoxyribose sont parallèles à l'hélice.
o Les bases d'un brin s'apparient dans un même plan aux bases de l'autre de
manière à former entre elles des liaisons H à courte distance (0,28 à 0,30 nm).
Les liaisons possibles sont : A = T (2 liens H) et G = C (3 liens H).
Ceci explique pourquoi la proportion de purines (G + A) est égale à celle
des pyrimidines (C + T) et qu'il y a autant de A que de T et de G que de C.
Les bases se superposent à une distance de 0,34 m de centre à centre.
Comme il y a en moyenne 10 bases par tour complet de la double hélice (dans le
cas de la structure B de l'ADN. c'est-à-dire l'ADN en solution), la périodicité est
de 3,4 nm.
Structure primaire :
Formé d'un seul brin les 4 types de ribonucléotides AMP-GMP-CMP-UMP
sont uni par des liaisons sont uni par des liaisons phosphodiesters
Structure secondaire ;
Les appariements par liaisons hydrogène entre les bases mais n'ont pas la
régularité géométrique du DNA
Structure tertiaire :
Conformation pseudo-hélicoïdale
RNA ribosomique :
De 2 sous unité de tailles différentes. Les ribosomes se regroupe en unité
fonctionnelle = polysomes.
Les 2 sous unités.