1.1.

LES ACIDES AMINÉS (AMINOACIDES)

Définition
Les acides aminés (aa) sont des molécules qui possèdent une fonction acide
carboxylique (COOH) et une fonction amine primaire (NH2, portées par un même
atome de carbone, l'atome de carbone a (ou C-2, le C-1 étant l'atome de carbone
carboxylique): ce sont des acides a-aminés. Ils diffèrent par la nature de la chaîne
latérale (ou radical R = radical).
La structure générale théorique (elle n'existe pas en réalité):

Classification des acides aminés selon la polarité de la chaîne

Latérale :
Acides aminés non polaires ou hydrophobes : Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe,
Trp, Pro
Acides aminés neutres (non chargés) mais polaires : Ser, Thr, Cys, Asn, Gln,
Tyr
Acides aminés acides chargés (-) : Asp, Glu
Acides aminés basiques chargés (+) : Lys, Arg, His
Les acides aminés essentiels: valine, leucine, isoleucine, phénylalanine,
4yptophane, methionine, thréonine, histidine (essentielle pour les nournssons), lysine,
arginine(semi-essentielle).
Les acides aminés non-essentiels: glycine, alanine, proline, serine, cystéine,
lyrosine, asparagine, glutamine, acide asparagique, acide glutamique.
Les zwitterions.

Le pH au quel l'acide aminé possède une charge nette neutre (forme

zwitterionique) est son point isoélectrique (pI).
Chaque acide aminé possède un pI différent:
acides aminés basiques: pI élevés (ex: lysine 9.47)
acides aminés acides: pI bas (ex: acide aspartique 2.98)
Equation de henderson hasselbalch

Courbe de titration de la glycine : La zone de pH, où la courbe de titration est relativement

plate est appelée zone
tampon (tampon = mélange d'acide faible - base conjuguée capable de stabiliser le pH).
Le pH auquel une molécule ne présente aucune charge électrique nette est
appelé son point isoélectrique (p/).

1) Action du 1-fluoro 2,4-dinitrobenzéne

Le FDNB réagit facilement avec les fonctions aminés pour former un dérive N-
2,4-dinitrophénylé.
Ce composé jaune est facile à identifier par chromatographie et doser
par spectrophotométrie à 360 nm.
Cette réaction a permis à Frederik SANGER (1953) d'établir la
première structure primaire d'une protéine : l'insuline.
Réaction de Sanger

h)
Dansylation
L'action du chlorure de dansyle(1-diméthyl-amino-naphtalène-5-sulfonyle)
donne un DNS aminoacide stable et fluorescent
---------------------------------------------------------
1.2. LES PROTEINES
Définition
Les protéines sont des polymères linéaires d'acides aminés unis par une liaison
amide, dite liaison peptidique, établie entre le groupement a-carboxyle de l'un et le
groupement a-aminé du suivant.
Sont les macromolécules douées avec des propriétés les plus variées des
systèmes vivants où elles exercent des fonctions cruciales dans pratiquement tous les
processus biologiques.
Les protéines sont une classe de molécules biologiques «de première
importance» (du grec proteios). Les protéines sont des macromolécules de type
polymère. Dans une cellule procaryote, le nombre de protéines différentes varie entre
1500 et 2000. Dans les cellules eucaryotes, cette quantité passe à 12-15000. Chacune
des protéines présentes dans les cellules a une structure qui est déterminée
génétiquement et de ce fait, possède une taille prédéfinie (altérée parfois après
traduction).
Elles ont des rôles très variés au sein d'une cellule et au sein d'un
organisme. Les protéines sont synthétisées et dégradées en permanence dans les
cellules.
Toutes les protéines de toutes les espèces, du virus à l'homme, sont
construites à partir de 20 acides aminés. Chez l'homme, leur renouvellement
métabolique est intense (400 grammes par jour chez un homme de 70 kg).

Classification :
On classe les protéines, selon leur composition en:
holoprotéines, dont la molécule n'est composée que d'acides aminés;
hétéroprotéines, dont la molécule comporte en plus une partie non
protéique (appelée groupement prosthétique): ions métalliques, glucides, lipides, acides
nucléiques.
On les classe encore, selon leur forme globale en:
protéines globulaires;
protéines fibreuses;

Le séquençage des protéines :

Le séquençage des protéines doit toujours commencer par l'action d'agents
réducteurs ( mercaptoéthanol ou DTT) suivi de l'action des agents bloquant les résidus
SH libres (cyanoéthylation ou S-carboxylation) ou de l'action de l'acide performique
(0-HCOOH) qui oxyde les SH libre en résidus SO}.
Ces mesures permettent de linéariser la ou les chaînes polypeptidiques en
coupant les ponts inter ou intra-chaîne, ainsi on peut isoler s'il le faut chaque chaîne par
électrophorèse et les séquencer séparément. Par la suite on travaillera donc sur des
chaînes peptidiques ne possédant qu'une extrémité N terminale et qu'une extrémité C
terminale.
gnom
Les peptides ainsi linéarisés sont ensuite coupé en plus petits peptides afin de
suivre le séquençage de façon plus simple. La chaîne polypeptidique peut être coupée
de deux façons:
La réaction d'Edman: (réaction récurrente jusqu'à 50 acides aminés). Ensuite
chaque phényl thiohydantoine est analysé puis identifié par chromatographie, car
chacun d'entre eux possède son propre pic.
Elle nécessite d'au moins deux types de clivages protéolytiques différents,
suivis de la purification des fragments.
Le bromure de cyanogen (CNBr) hydrolyse spécifiquement les liaisons
peptidiques après les résidus méthionine.

La coupure enzymatique :Réactions d'hydrolyse spécifiques de liaisons

peptidiques:
Il existe aussi deux types d'enzymes (qu'elles soient naturelles ou synthétiques):
les endoprotéases et les exoprotéases. Les exoprotéases coupent les acides aminés
terminaux, tandis que les endoprotéases coupent à l'intérieure des chaînes
polypeptidiques. Ensuite on peut encore diviser les exoprotéases en deux sortes de sous
enzymes: les carboxypeptidases qui coupent du côté carboxy terminal (COO-) de
l'acide aminé et les aminopeptidases qui coupent du côté amino terminal (NH2) de
l'acide aminé.

La structure
La chaîne polypeptidique doit s'organiser pour être fonctionnelle, elle doit se
replier (Folding : Repliement). Il existe quatre niveaux de repliement:
La structure primaire: la séquence en acides aminés. L'enchaînement des
acides aminés se fait de l'extrémité N terminale vers l'extrémité C terminale:
- la structure secondaire: l'organisation de la chaîne principale en motifs
structuraux;
la structure tertiaire: position dans l'espace de l'ensemble des atomes de la
protéine (il y a une seule chaîne polypeptidique);
la structure quaternaire: il y a plusieurs chaînes polypeptidiques associées
entre elles par des liaisons non covalentes.
Les structures secondaire, tertiare et quatemare represente la structure
tridimensionnelle des protéines.
2028
La structure primaire :
Est représentée par la séquence d'acides amines qui se lient de manière à former
une chaîne polypeptidique.
La structure secondaire :
Correspond à un arrangement régulier des acides aminés selon un axe. Les
protéines n'existent pas sous forme de chaînes linéaires d'acides aminés: elles se tordent
et se replient sur elles-mêmes.
La structure secondaire la plus courante est celle de l'hélice alpha (a) (Figure
1.3a). Dans l'hélice alpha, la chaîne primaire s'enroule sur elle même puis elle est
stabilisée par des liaisons hydrogène entre les groupes NH et CO, à tous les quatre
acides aminés environ.
Les chaînes latérales sont situées vers l'extérieur de cette hélice, qui est
maintenue par des liaisons hydrogène entre les CO et les NEl appartenant à des résidus
éloignés d'un tour d'hélice (pas: 0.54nm. 3.6 résidus par tour). Coeur très compact pas
de Gly, ni de Pro chaîne latérale (Ala, Glu, Leu, Met).

La kératine alpha :
Elle est une protéine de structure dans le cheveu qui est très riche en hélices
alpha. C'est tout d'abord une hélice alpha (hélice droite) qui va s'associer à une autre
hélice alpha droite grâce à des ponts disulfures formant une super hélice gauche.
Plusieurs super hélices gauches donneront un protofilament, plusieurs protofilaments
donneront une microfibrilles, plusieurs microfibrilles donneront une macrofibrilles et
plusieurs macrofibrilles donneront un cheveu (et plusieurs cheveux donneront une belle
chevelure soyeus).
Le feuillet plissé bêta (B) : est une autre structure secondaire, où les chaînes
polypeptidiques primaires ne s'enroulent pas mais se lient côte à côte au moyen de
liaisons hydrogène et forment une sorte d'échelle pliante.
Dans ce type de structure secondaire, les liaisons hydrogène peuvent unir
différentes parties d'une même chaîne qui s'est repliée sur elle-même en accordéon ou
encore différentes chaînes polypeptidiques. Dans les hélices alpha, les liaisons
hydrogène unissent toujours différentes parties d'une même chaîne.
Une chaîne polypeptidique peut présenter les deux types de structure
secondaire. Structure en feuillet plissé, constitué de chaînes polypeptidiques étirées
('brins B'), disposées parallèlement ou
"antiparallèlement", liées à leurs voisines par
ponts hydrogène, projetant les chaînes latérales alternativement au-dessus et en dessous
du plan du feuillet, distance entre deux résidus de 7A.

L'hélice du collagène :
Elle est responsable de la forte résistance élastique du collagène, principal
constituant de la peau, des os et des tendons. On a tout d'abord une hélice gauche de 1050
acides aminés formée par la répétition de 3 acides aminés par tour de spire qui
sont la glycine, la proline et le troisième est variable. Leur structure secondaire est plus
étirée que celle des hélices alpha mais moins que celle des feuillets plissés bêta. On peut
noter que c'est le seul cas ou la proline ne cause pas de problème. Il n'y a pas de
liaisons hydrogènes intrachaînes mais chaque hélice gauche sera associée à deux autres
hélices gauches par des liaisons hydrogènes interchaînes (entre le CO d'une glycine et
le NH d'une glycine d'une autre hélice) formant ainsi le tropocollagène.
Le tropocollagène est donc une triple hélice qui sera en fait une hélice droite.
Plusieurs molécules de tropocollagène peuvent s'associer par des liaisons covalentes sur
leurs lysines formant ainsi une fibrille de collagène.
Trois molécules identiques (a 1)2 a 3 s'associent en triple hélice d'une longueur
d'environ 300 nm et d'un diamètre de 1,5 m. En réalité, chacune des chaînes est
formée d'une structure en hélice à pas à gauche et avec 3 acides aminés par tour (contre
3,6 pour les hélices a). Si on regarde une hélice en coupe, la glycine occupe la partie
centrale entre les trois chaînes. Le maintient des 3 chaînes de collagènes se fait par des
liaisons hydrogènes perpendiculaires à l'axe des fibres. Une mutation au niveau de la
glycine va empêcher cet assemblage : c'est l'ostéogenèse imparfaite. Lorsque l'on
dénature du collagène, on obtient de la gélatine plus soluble que le collagène. Les 3
chaînes sont stabilisées par les hydroxyprolines. La proline hydroxylase qui nécessite de
la vitamine C permet la formation de ces hydroxyprolines. Plusieurs molécules de
collagènes forment des fibres avec un décalage de ¼ de leur longueur ce qui donne une
striation de 68 mm. Les fibres sont reliées par des liaisons non covalentes entre 5
fibrilles de collagènes. Des liaisons croisées se forment à partir de lysine d'une chaîne et
d'hydroxylysine d'une autre chaîne. Ces liaisons croisées s'échangent latéralement. Le
résidu de lysine doit être oxydé en aldéhyde par la lysine oxydase avant de réagir avec
les hydroxylysines.
La structure tertiaire :
Dans la chaîne peptidique, des portions d'environ dix résidus adoptent une
configuration donnée : hélice alpha ou feuillet bêta. Il en résulte qu'une protéine est
constituée par une succession de parties en hélices ou en feuillets, séparées par des
fragments en pelotes statistiques. La chaîne est donc repliée maintes fois. Les
changements de direction dans la chaîne sont assurés par les coudes.
Certaines protéines, comme la myoglobine, sont constituées essentiellement
d'hélices; d'autres protéines sont constituées essentiellement de feuillets, c'est le cas
des anticorps; d'autres enfin sont des assemblages de parties en hélices et en feuillets.
En général 60 à 70% des protéines ont une stricte organisation spatiale, le reste de la
molécule est sous forme de pelote statistique.

Structure quaternaire :
Un certain nombre de protéines possèdent un niveau supérieur d'organisation
elles sont assemblées en plusieurs sous-unités semblables ou différentes. Ces protéines,
dans le cas où elles ont une fonction enzymatique, ont un rôle capital dans la régulation
du métabolisme. Ce sont les enzymes allostériques.

Hémoglobine :
Elle est présente dans les hématies. Il existe plusieurs différentes.
L'hémoglobine adulte est composée de deux chaînes présentes en double : a 2B
2. Ces chaînes sont unies par des liaisons non covalentes. Cette structure quaternaire
entraîne des propriétés différentes. Chacune des chaînes ressemble à la myoglobine. Il y
a un site de fixation par chaîne soit 4 au total par molécule. La structure est tétraédrique.
Les structures sont éloignées les unes des autres. On retrouve des acides aminés polaires
en surfaces ou dans la crevasse centrale. La cavité centrale est tapissée d'acides aminés
polaires et est remplie d'eau. C'est la zone de fixation du 2,3-bisphosphoglycérate. Il
existe des anomalies structurales (plus de 300) qui touchent différentes zones : HbS
(sikle) : c'est une mutation de l'acide glutamique en valine. L'hémoglobine réduite se
polymérise et déforme les hématies en forme de faucille entraînant une hyperhémolyse:
C'est la drépanocytose.

Fonction :
La fonction est le transport d'oxygène. C'est une protéine allostérique qui
change de conformation avec la fixation du ligand. La p5O est d'environ 26 mmHg. En
fait, l'hémoglobine a une plus faible affinité pour l'oxygène que la myoglobine. Dans
les poumons, la pO2 est d'environ 100 mmHg donc l'hémoglobine se sature
complètement. Dans les tissus, l'hémoglobine libère un peu d'O2, la myoglobine fixe
l'O2 plus facilement que l'hémoglobine. La structure quaternaire explique le mode
coopératif. La fixation d'oxygène entraîne une déformation de la poche de l'hème, attire
E7 d'où la déformation. Cette déformation se transmet au voisinage au niveau des
contacts souples. Le 2,3-bisphosphoglycérate en se fixant dans la cavité centrale va aller
à l'encontre de ce mouvement. Il
diminue donc l'affinité pour l'oxygène.
L'hémoglobine fixe de l'oxygène et du 2,3-bisphosphoglycérate. Il a un caractère acide
qui interagit avec deux histidines et une lysine de la cavité centrale. La forme du
23BPG est complémentaire de la cavité de l'hémoglobine réduite et la stabilise d'où la
diminution de l'affinité.
L'hémoglobine sans 2,3BPG a une affinité qui ressemble à celle de la
myoglobine d'où la preuve de son rôle d'effecteur allostérique, mais cette fonction est
modifiée par de nombreux effecteurs allostériques.
Methémoglobine :
Le fer est ferrique (Fe3+) et non ferreux (Fe2+) comme il se doit. Elle ne peut
plus transporter d'oxygène. En fait le fer de l'hémoglobine est protégé par la structure
de la crevasse de l'hème et par la methémoglobine réductase. Le système de protection
peut-être dépassé lorsque :
Intoxication par des oxydants.
Déficit cette en enzyme.
Mutation de His F8 en tyrosine.
L'effet Bohr : assure un apport d' O2 supplémentaire à des muscles en
activité intense. De tels muscles s' acidifient et abaissent le pH du sang de 7,4 à 7,2. Par
conséquent, 1'Hb libère environ 10% d' O2 de plus qu'à pH 7,4.

LES ENZYMES
Une enzyme est un catalyseur biologique qui augmente la vitesse d'une réaction
en diminuant son énergie libre d'activation, sans être elle-même affectée. Elle agit
comme catalyseur en se liant au substrat et facilite sa réaction en stabilisant son état de
transition vers un produit spécifique:
Substrat(s) + enzyme › Produit(s)
Enzymes formés de deux parties:
Une partie protéique appelée apoenzy me thermolabil et une partie non protéique
appelée coenzyme thermostable.
Les coenzymes sont groupés en 3 classes:
Coenzymes tétrapyroliques : intervient dans les transferts d'électrons:
NAD/FAD/NADP
Coenzymes métalliques: Zn, Mn, Co, Mg
Coenzymes dérivés de vitamines hydrosolubles: B1, B12, B2.
La notion du site actif d'une enzyme
On peut considérer que le site actif comporte deux sites voisins:
Un site de fixation du substrat ou de reconnaissance :Spécificité de substrat
Un site responsable de la réalisation de la réaction chimique ou le site
catalytique: Spécificité de réaction
Deux grands types de mécanismes catalytiques :
La catalyse acide-base : du transfert d'un proton,
provient du couple imidazole / imidazolium de la chaîne latérale de l'histidine
(pKa-6) qui au pH physiologique entre 6 et 7 constitue un groupe donneur / accepteur
de proton
La catalyse par covalence : une partie du substrat est immobilisés par liaison
covalente à l'enzyme pour ensuite être transférée au second substrat.
Selon les réactions catalysées, les enzymes peuvent être classées dans
six grandes catégories:
1. Oxydoréductases- qui catalysent des transferts d'électrons et protons d'un
donneur à un accepteur
2. Transférases-qui catalysent les transferts de groupements
3. Hydrolases- qui catalysent des réactions d'hydrolyse (coupure des liens C-C,
C-0, C-N et autres par de l'eau)
4. Lyases-qui catalysent l'addition de groupes à des liens doubles ou l'inverse
5. Isomérases- qui catalysent le transfert de groupes dans une même molécule
pour produire des formes isomères (ex, conversion d'un acide aminé L en acide aminé
D).
6. Ligases- qui forment des liens C-C, C-S, C-O et C-N lors de réactions de
condensation couplées à l'utilisation d'ATP.

La cinétique enzymatique :
C'est l'ensemble des paramètres qui définissent une réaction enzymatique
vitesse initiale
vitesse maximum
constante de MICHAELIS.

Equation de michaelis menten :

Diagramme de lineweaver et burk :

Inhibition compétitive :
La fixation de l'inhibiteur empêche celle du substrat, modifie donc l'affinité de
l'enzyme pour le substrat soit le Km.
Si le site actif est bloqué par un inhibiteur compétitif, l'enzyme ne peut plus
Fonctionner.

La Vmax reste inchangée. La constante Km doit être plus grande en fonction

de la I
Le rapport-1/Km sera donc d'autant plus petit que la concentration de
l'inhibiteur sera grande.

Inhibition non compétitive :

Un inhibiteur non compétitif :
se positionne en un site différent de celui du substrat
ne limite pas l'accessibilité du substrat sur le site actif (ES, EI, ESI)
donc pas de compétition entre S et I
ce qui ne modifie pas le Km.
Les calculs conduisent à une équation de Michaelis dans laquelle la vitesse
maximum est affectée en présence de l'inhibiteur NC.
Effet de la température :
L'agitation thermique facilite le franchissement de la barrière d'énergie
d'activation. D'où, lorsque la température augmente, la vitesse de réaction
augmente. Mais lorsque la température est trop élevée, l'enzyme se dénature. La
température optimale est souvent 37°C. Elle est supérieure pour les bactéries
thermophiles.
Effet du pH ;
Les enzymes sont très sensibles aux variations du pH et fonctionnent bien sur
une gamme limitée du pH.
Le pH peut agir sur plusieurs facteurs
l'ionisation des résidus de l'enzyme et du substrat et/ou du produit
la structure tertiaire des protéines et donc la stabilité de l'enzyme
la liaison du substrat à l'enzyme
l'activité catalytique de l'enzyme
Les activités enzymatiques sont exprimés:
L'unité intemationale UI est la quantité d'enzyme qui transforme une
micromole de substrat en une minute au conditions optimales de température et de pH.
Le Katal (SI) est la quantité d'enzyme transformant 1 mole de substrat par
seconde.
L'activité spécifique d'une enzyme est l'activité catalytique par unité de
masse de protéine (I.U./mg d'enzyme solide).
L'activité moléculaire représente le nombre de molécules de substrat
transformées par molécule d'enzyme.
L'activité spécifique d'une enzyme définit: U /mg de protéine
Les izoenzymes :
Il s'agit d'enzymes ayant une activité catalytique donnée, qui existent sous des
formes moléculaires multiples.
Lactate déshydrogénase LDH est un tétramère pouvant exister sous différentes
formes, issues de l'association de deux types de chaînes protéiques : la chaîne H et la
chaîne M.

Les enzymes allostériques :

Certaines enzymes dites allostériques (de allos, autre et stereos, site ou espace)
possèdent, en plus de leur site actif, un site appelé site allostérique. Une substance
appelée effecteur (on dit aussi modulateur ou regulator en anglais) peut se fixer sur ce
site. Une enzyme allostérique peut généralement avoir deux formes différentes. Une
forme active et une forme inactive. L'effecteur, en se fixant sur son site allostérique, a
pour effet de bloquer l'enzyme dans sa forme active ou dans sa forme inactive (ça
dépend de l'enzyme). On parle alors d'effecteur inhibiteur et d'effecteur activateur.
Un effecteur inhibiteur a pour effet de bloquer une enzyme dans sa forme
inactive. En se liant au site allostérique, l'effecteur inhibiteur modifie la forme de
l'enzyme qui devient alors inactive. Tant que l'inhibiteur est lié au site allostérique,
l'enzyme garde sa forme inactive. Elle ne fonctionne plus. Si l'inhibiteur se sépare du
site allostérique, l'enzyme reprend sa forme active.
Dans les chaînes métaboliques, le produit final obtenu en bout de chaîne peut
être un effecteur inhibiteur d'une enzyme allostérique du début de la chaîne. Plus la
quantité du produit final augmente, plus la réaction qui le produit ralentit. C'est ce
plus la cause responsable de cet effet diminue).
-----------------------------------------------------------
MÉTABOLISME DES GLUCIDES
Définition :
Les glucides (ou sucres) sont les biomolécules les plus abondantes sur la Terre.
Ce sont des molécules organiques dont les carbones sont porteurs:
- de fonctions alcools (alcool secondaire, alcool primaire);
- d'une fonction aldéhyde ou cétonique (fonction carbonylique);
- et parfois d'une fonction acide ou aminée.
Au total, il s'agit d'aldéhyde ou de cétone polyhydroxylées car un carbone est
porteur soit d'un aldéhyde soit d'une cétone, tous les autres étant porteurs de fonctions
alcools.
Ils sont, en général, très hydrophiles: leurs nombreux groupements hydroxyles
établissent des liaisons hydrogène avec les molécules d'eau.
Le groupement aldéhyde ou cétone leur confère un caractère réducteur.

Classification :
On distingue:
les monosaccharides (ou oses simples), formés d'une seule unité (e.g. le
glucose);
les disaccharides (ou diosides), formés de 2 unités (e.g. le saccharose);
les oligosaccharides (ou oligosides):
le plus souvent sont liés de façon covalente à des molécules non glucidiques
(glycoconjugués): glycoprotéines (la fraction protéique
est prédominante) et glycolipides.
les polysaccharides (ou polyosides): linéaires (.g. la cellulose) ou ramifiés
(e.g. le glycogène).
les protéoglycanes:longues chaînes polysaccharidiques (glycosamino-
glycanes), sont liées, sauf exception, de façon covalente à des protéines (la fraction
glucidique est prédominante).
les peptidoglycanes: à longues chaines polysaccharidiques, liées entre elle
par de courts peptides.

LA GLYCOLYSE
Définition :
Ensemble de voies métaboliques énergétiques permettant la phosphorylation de
l'ADP en ATP ou l'augmentation des réserves énergétiques, grâce à l'oxydation des
glucides.
C'est la voie la plus importante du métabolisme des glucides, celle par où passe
le plus grand « trafic» de carbone. Cette voie est une source d'énergie libre essentielle
pour les organismes unicellulaires et pluricellulaires. La glycolyse est, en effet.
commune à l'ensemble des règnes vivants.
Grâce à la glycolyse, le glucose est source d'énergie et précurseur de molécules
d'intérêt biologique.
Les étapes de la glycolyse : sont schématisées dans la Figure 3.1.
Le glucose traverse les membranes plasmiques grâce à des protéines
transporteurs - le glucose perméases. Les hexokinases / glucokinases sont les enzymes
qui activent le glucose cytoplasmique en glucose-6-phosphate. L'ATP est le coenzyme
donneur d'énergie et de phosphate. Comme toutes les enzymes à ATP les hexokinases/
glucokinases ont le magnésium comme cofacteur. La réaction consomme une molécule
d'ATP par molécule de glucose, est irréversible et limitante (étape de régulation de la
glycolyse).
Glucokinase: - hépatique et pancréatique;
- spécifique du glucose;
- à faible affinité: en ne phosphorylant qu'une partie du glucose qui entre dans l'hépatocyte;
la glucokinase maintient un état d'équilibre du glucose entre les compartiments extra- et
intra-cellulaires.
Hexokinase: - ubiquiste (en particulier musculaire);
- non spécifique du glucose (autres substrats: fructose
et mannose); elsigzod
- à forte affinité: en phosphorylant la totalité du glucose
qui entre dans la cellule; l'hexokinase maintient un fort gradient de glucose entre les
compartiments extra- et intra-cellulaires, favorisant l'entrée du glucose dans la cellule;
- rôle régulateur (enzyme allostérique).
Destinees du pyruvate : Le pyruvate est le substrat:
• en anaérobiose, de la fermentation lactique ou alcoolique;
en aérobiose, de la réaction de décarboxylation oxydative en acétyl-
coenzyme A, qui:
- ou bien est le substrat de voie anaboliques (par exemple la synthèse des
acides grasse, stérols),
- ou bien entre dans le cycle de l'acide citrique pour y être complètement
oxydé.

LA GLYCOLYSE AÉROBIE ;
Définition. L'ensemble des réactions biochimiques qui vont permettre le
passage de glucose-6-phosphate en pyruvate. En aérobiose, le pyruvate peut être
complètement oxydé en CO2, ce qui crée beaucoup d'ATP.
La source d'énergie en aérobiose:
Est le pyruvate, qui est complètement oxydé en CO2 et H2O via l'acétyl-
coenzyme A;
La réaction de décarboxylation oxydative du pyruvate a lieu avec un fort
rendement énergétique (38 molécules d'ATP par molécule de glucose).
L'oxydation complète du pyruvate requiert non seulement de l'oxygène mais
aussi l'arsenal mitochondrial: pyruvate déshydrogénase, enzymes du cycle de l'acide
citrique, chaîne respiratoire et oxydations phosphorylantes.

LA GLYCOLYSE ANAÉROBIE :
Dans le cytoplasme, l'acide pyruvique peut conduire à l'acide lactique
phénomène prédominant dans la contraction musculaire en hypoxie ou dans lafermentation
lactique. Chez les micro-organismes, il conduit à l'alcool éthylique
(fermentation alcoolique de la levure de bière). I
Le passage à l'acide lactique s'effectue sous l'influence de la lactate-
déshydrogénase(LDHD),utilisant les hydrogènes du NADH+H* formé dans
l'oxydation du glycéraldéhyde-3-phosphate. La LDH des mammifères est constituée
de deux types de sous-unités, H et M, formant les tétramères isoenzymatiques
spécifiques des différents sites tissulaires: Ma, M3H1, MaH2, MiH3, H4. Les sous-unités
H prédominent dans les sites à métabolisme essentiellement aérobie, tel le muscle
cardiaque (H = heart); les sous-unités M (M = muscle) prédominent dans des sites
tissulaires pouvant opérer en anaérobie (le muscles squelettiques, mais aussi le foie).
La formation d'acide lactique peut devenir importante dans le muscle
squelettique soumis à un travail intense et fonctionnant de ce fait en anoxie relative.
L'accumulation de lactate provoque la fatigue et la raideur musculaire, ainsi qu'une
augmentation de la lactacidémie. Sous l'action de l'isoenzyme hépatique de la LDH
(isoenzyme lent M4), le lactate capté par cet organe pourra être reconverti en pyruvate
alors que le muscle squelettique effectue mal le retour lactate -› pyruvate. Le muscle
cardiaque peut également reconvertir le lactate; comme d'autre part il catabolise plus
énergiquement les acides gras que le glucose pour ses besoins énergétiques, il n'est pas
soumis aux crampes musculaires provoquées par le lactate.
La source d'énergie en anaérobiose:
La réaction a un faible rendement energétique (2 molécules d'ATP par
molécule de glucose) et elle s'arrête au pyruvate.
La capacité de la glycolyse à produire de l'ATP en l'absence d'oxygène fait
du glucose le seul substrat énergétique à pouvoir être utilisé en anaérobiose:
les muscles peuvent travailler à haut régime meme quand
l'approvisionnement en oxygène devient insuffisant;
- les globules rouges, dépourvus de mitochondries, tirent de la seule glycolyse
toute l'énergie dont ils ont besoin,

LE CYCLE DE KREBS :
Le cycle de Krebs, également appelé cycle des acides tricarboxyliques ou cycle de l'acide
citrique, est une voie de dégradation oxydative commune aux procaryotes et aux
Eucaryotes. Il se déroule dans la matrice mitochondriale des cellules eucaryotes et dans le
cytoplasme des Eubactéries. Il constitue un carrefour métabolique vers lequel convergent
la plupart des voies métaboliques, et duquel partent de nombreuses voies anaboliques. On
le qualifie, pour cette raison, de voie amphibolique.
Les voies de biosynthèse qui utilisent les intermédiaires du cycle de Krebs sont
notamment:
l'aspartate
la néoglucogenèse;
la voie de biosynthèse des lipides, dont les acides gras et le cholestérol ;
les voies de biosynthèse de certains acides aminés, tels que le glutamate ou
hrarnat
la voie de biosynthèse des porphyrines.
Le cycle de Krebs est la voie d'oxydation de l'acétyl CoA, il fonctionne chez
tous les êtres vivants en aérobiose.
Il assure l'oxydation du groupement acétyl, activé en acétyl-CoA, en deux
molécules de CO2, avec réduction des coenzymes NAD et FAD L'énergie libre ainsi
libérée permet la synthèse d'ATP lors de la ré-oxydation des coenzymes dans la chaîne
respiratoire. Bien que ne participant pas au cycle, l'oxygène est donc indispensable afin
de régénérer les coenzymes nécessaires à son déroulement. Une seule réaction produit
directement un nucléoside triphosphate, le GTP.
L'acéty1-CoA provient des voies cataboliques, soit de façon directe pour le
catabolisme des acides gras et celui des corps cétoniques, soit indirectement pour celui
du glucose, dont l'oxydation via la glycolyse aboutit au pyruvate. Ce dernier est alors
transformé en acétyl-CoA dans la mitochondrie, avant de rejoindre le cycle.

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MÉTABOLISME DES LIPIDES

Définition :
Ce sont des molécules organique insolubles dans l'eau (lipos) et solubles dans
les solvants organiques polaires ou faible polaire comme benzène, chloroforme,
éther,.
Ils sont caractérisés par la présence dans la molécule d'au moins un acide gras
ou chaîne grasse.
Classe de molécules biologiques hydrophobes, comprenant les acides gras et
leurs esters. Sont rattachés aux lipides, en raison de leur insolubilité dans l'eau, le
cholésterol, les stéroïdes, la vitamine D.

Classification :
On peut classer les lipides selon la nature et l'agencement de leurs acide(s) gras
et alcool(s) constitutifs. On distingue:
Les acides gras (AG). Ils sont monoacides, linéaires, à nombre pair de
carbone, soit saturés, soit insaturés. La classification des acides gras se fonde sur le
nombre d'atomes de carbone (n compris entre 4 et 36) et sur le nombre de doubles
liaisons (les acides gras saturés et les acides gras insaturés).
Les acides gras saturés:
-Acide butyrique (C4)
-Acide palmitique (C16); l'acide palmitique est le principal produit de la
synthèse des lipides dans nos cellules.
-Acide stéarique (C18); les acides palmitique et stéarique sont les acides gras
saturés les plus répandus.
-Acide lignocérique (C24)
Les acides gras monoinsaturés:
Dans les acides gras insaturés, la position de la première double liaison peut
s'exprimer:
-soit en partant du carboxyle (1ª carbone); le symbole est A
-soit en partant du méthyle (dernier carbone); le symbole est w (oméga).
En médicine clinique et en biologie, la désignation des acides gras insaturés la plus
courante est celle qui fait appel au symbole oméga (®).
-L'acide palmitoléique (C16: 109):
L'acide palmitoléique possède 16C, une double liaison en oméga 9 (0s), ce qui
s'écrit C16: 109
CH3-(CH2)s-CH=CH-(CH2)-COOH
-L'acide oléique (C18: 1009):
L'acide oléique possède 18C, une double liaison en oméga 9 (0s), ce qui s'écrit
C18: 109
CH3-(CH2)-CH=CH-(CH2)-COOH
C'est un acide gras très abondant dans les graisses végétales et animales. Il est
l'acide gras insaturé le plus répandu.
Les acides gras polyinsaturés:
-Acide linoléique (C18: 206):
C'est un acide gras en C18 avec 2 doubles liaisons (06,9).
L'acide linoléique est un acide gras indispensable (besoins quotidiens: 3-4 g).
CH3-(CH2)4-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
Parce qu'il doit être présent dans notre alimentation et qu'il est irremplaçable
dans ses fonctions on le qualifie d'acide gras indispensable et essentiel.
Dans l'organisme, il conduit par voie enzymatique à l'acide arachidonique.
L'acide linoléique est essentiel à la formation de la barrière imperméable de la
peau (épiderme). Il est aussi le précurseur de plusieurs hormones (eicosanoides).
-Acide arachidonique (C2o: 4 006):
Il possède 4 doubles liaisons en 0069,12,15. En l'absence de l'acide linoléique dans
l'alimentation, l'acide arachidonique devient indispensable. Il est le précurseur direct
des hormones eicosanoides: c'est donc un acide gras essentiel.
-Acide linolénique (C18: 3 03):
Il possède 3 doubles liaisons en 03,6,9.

Le catabolisme des triglycérides

Définition :
L'événement initial dans l'utilisation des graisses comme source d'énergie est
l'hydrolyse des triacylglycérols par les lipases; cet événement est appelé lipolyse.
Localisation :
Le catabolisme des triglycérides dans l'organisme doit être envisagé à différents
niveaux: intestinal, sanguin, hépatique et adipocytaire.
Dans la lumière intestinale, l'hydrolyse des triglycérides alimentaires par la
lipase pancréatique produit des acides gras, des 2-monoacylglycérol et un peu de
glycérol. (Figure 4.2.) j1
Le glycérol est un intermédiaire des voies de la glycolyse et de la
gluconéogenèse. Le glycérol peut donc être converti en pyruvate ou en glucose dans le
foie qui possède les enzymes appropriés. Le processus inverse peut se produire par
réduction du dihydroxyacétone phosphate en glycérol 3-phosphate. L'hydrolyse du
glycérol 3-phosphate donne alors le glycérol. Ainsi, le glycérol et les intermédiaires de
la glycolyse sont aisément interconvertibles.

LES LIPOPROTÉINES
Les lipides, triglycérides, phospholipides, cholestérol et esters de cholestérol
sont hydrophobes. Or le sang est un milieu aqueux. Aussi sont-ils transportés comme
constituants des lipoprotéines.
Les lipoprotéines sont des particules formées de lipides et de protéines
(apolipoprotéines) dont la fonction est de permettre la circulation des lipides dans le
sang. Ainsi, le cholestérol et les triacylglycérols sont transportés dans les fluides
corporels sous la forme de particules lipoprotéiques. Chaque particule est constituée
d'un core de lipides hydrophobes entouré d'une couche de lipides plus polaires et de
protéines.
Les constituants protéiques de ces agrégats macromoléculaires
(apolipoprotéines) ont deux rôles: ils solubilisent les lipides hydrophobes et ils
contiennent des signaux d'adressage cellulaire.
Les principales apolipoprotéines sont. apoA-l, apoA-II, apoB48, apoBioo, apoC-
I, apoC-Il, apoC-IlI, apoD et apoE.
aDrO
classification, Les particules : lipoprotéiques sont classées par densité croissante,
en:
chylomicrons (CM), résidus de chylomicrons, lipoprotéines de très faible densité
(VLDL = Very Low Density Lipoprotein), lipoprotéines de densité intermédiaire (IDL),
lipoprotéines de faible densité (LDL = Low Density Lipoprotein) et lipoprotéines de
haute densité (HDL = Low Density Lipoprotein).
Les hyperlipoprotéinémies (hyperlipidémies) primaires = lipidoses primaires
La classification de ces syndromes n'a pas été aisée puisque successivement on
a distingué ces maladies selon le nom de l'auteur de la description bioclinique la plus
nette (maladie d'Ahrens, de Bürger-Grutz), ou la présence d'un signe clinique
évocateur, le xanthome (d'où leur nom de xanthomatoses).

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MÉTABOLISME DES ACIDES AMINÉS ET DES

PROTÉINES
o Pour le maintien de l'équilibre protéique de l'organisme, dont la biosynthèse de
protéines nouvelles est l'un des aspects, l'homme utilise une vingtaine d'aminoacides.
Pratiquement, l'organisme humain ne sait synthétiser qu'une dizaine d'entre eux. Un
certain nombre d'aminoacides sont donc pour lui indispensables. L'homme se les
procure par l'intermédiaire des protéines d'origine végétale, microbienne ou animale
qui les contiennent. La dégradation de ces protéines est à la base de la digestion, suivie
de l'absorption intestinale des aminoacides obtenus, de leur passage dans la circulation,
puis de leur utilisation métabolique au niveau cellulaire.
Les protéines alimentaires sont une source vitale d'aminoacides.
Les protéines sont catabolisée en acides aminés par des enzymes protéolytiques,
appelés protéases ou peptidases. Ces enzymes ont une spécificité plus ou moins grande
vis-à-vis de la position de la liaison peptidique dans la chaîne et/ou de la nature des
acides aminés engagés dans cette liaison. Les endopeptidases hydrolysent les liaisons
peptidiques à lintérieur de la chaîne polypeptidique, loin des extrémités. Leur
spécificité de substrat est étroite et dépend de la présence d'amino-acides
caractéristiques. Les exopeptidases (aminopeptidase et carboxypeptidases) hydrolysent
les liaisons peptidiques en bout de la chaîne. (Figure 5.1.)
Les carboxypeptidases sont des exopeptidases pancréatiques qui hydrolysent la
liaison peptidique voisine d'un carboxyle terminal libre. Il s'ensuit que la dégradation
d'une chaîne peptidique à partir
de son extrémité carboxylique par les
carboxypeptidases est limitée et que le nombre de molécules d'aminoacides libérées
dépend de la position de certains radicaux dans la chaîne.
2 Les aminopeptidases hydrolysent la liaison peptidique voisine d'un groupement
NH2 terminal libre.

Hydrolyse proteolytique.
La transamination :
La transamination, catalysée par une aminotransférase (transaminase),
À coenzyme phosphate de pyridoxal, est une réaction de transfert réversible du
groupement aminé entre un acide aminé et un acide a-cétonique: l'acide aminé donneur
du groupement aminé est transformé en acide a-cétonique, l'acide a-cétonique accepteur du
groupement aminé est transformé en acide aminé. L'acide a-cétonique
accepteur est presque toujours l'a-cétoglutarate, qui est transformé en glutamate.

Examples reaction de transmination :

L'uréogenèse (le cycle de l'ornithine)

Une partie du NH4 formé lors de la dégradation des aminoacides est
consommée dans la biosynthèse des composés azotés. L'azote, dont la forme minérale
simple de NH4* est toxique (en particulier pour le système nerveux central), est éliminé
de l'organisme sous forme d'urée (voie majeure de l'uréogenèse hépatique, les 4/5
de l'azote excrété) ou sous forme de NH4* (voie mineure de l'ammoniogenèse rénale, le
1/5).
200%
Chez la plupart des vertébrés terrestres, l'excès de NHA* est converti en urée,
puis excrété. De tels organismes sont appelés uréotéliques. L'urée est synthétisée par le
cycle de l'urée.
Le transport de l'ammoniac au foie se fait par 2 mécanismes: le cycle
glutamate-glutamine et le cycle glucose-alanine (utilisé par le muscle).

Définition de l'uréogenèse:
Voie métabolique des hépatocytes synthétisant l'urée à partir de la glutamine du
plasma et des ions bicarbonate.
L'uréogenèse est l'ensemble des réactions enzymatiques catalysées par les
enzymes qui fixent l'azote sous forme d'urée. La voie est exclusivement hépatocytaire
(foie) car les hépatocytes sont les seules cellules à exprimer le gène d'ornithine
transcarbamoylase, enzyme de l'uréogenèse.
Les 2 atomes d'azote qui entrent dans le cycle, le premier apporté par le NH3 et
le second par l'aspartate, sont éliminés sous forme d'urée.
L'aspartate est issu de la double transamination des acides aminés et de
l'alanine (en provenance de l'intestin et des muscles).
Le NH3 a une double origine:
- intestinale: azote apporté par la glutamine
- hépatique: libéré par la trans/désamination des acides aminés et de l'alanine et
libéré par la désamination non oxydative de certains acides aminés.
L'alanine et la glutamine sont formes atoxiques de transport de l'ammoniaque
toxique.
Le carbone de l'urée provient des bicarbonates - HCO3 (dérivé par hydratation
du CO2).
L'urée est sécrétée dans le sang pour être excrétée par les reins dans l'urine.
L'uréogenèse utilise la malate déshydrogénase cytoplasmique dans le sens de
l'oxydation du malate en oxaloacétate, réaction commune à l'uréogenèse, à la
néoglucogenèse et à la sortie du malate hors des mitochondries.
La néoglucogenèse est le plus souvent activ en même temps que l'uréogenèse
car les deux voies participent au catabolisme des acides aminés et sont induites par le
cortisol.
Localisation:
Chez les mammifères et l'homme, l'urée est synthétisée dans le foie. La
formation du NHa par le glutamate déshydrogénase, son incorporation dans le
carbamyl phosphate et la synthèse subséquente de la citrulline s'effectuent dans la
matrice mitochondriale. Les trois réactions suivantes du cycle de l'urée, qui conduisent
à la formation de l'urée, ont lieu dans le cytosol.

Etapes ureogenese :
Encart biomédical :
La carbamy1 phosphate synthétase est absent dans l'hyperammoniémie (type I)
qui conduit à une altération métabolique dans un syndrome de déshydratation avec
vomissements et perte de conscience.
L'absence de l'argininosuccinase est à l'origine d'une maladie rare mais très
conduisant rapidement à la mort.
grave, l'acidurie argininosuccinique, avec hépatomégalie, ataxie et arriération mentale,
La synthèse de l'urée dans le foie est la principale voie d'élimination du NHL
Un blocage de la synthèse du carbamy| phosphate ou de l'une des autres étapes du cycle
de l'urée a des conséquences dramatiques parce qu'il n'y a pas d'autres voies pour la
NHa* dans le sang (hyperammoniémie).

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LES ACIDES NUCLEIOUES

Structure primaire ADN :

Contient : Désoxyribose, acide phosphorique et 4 bases azotées :
Adénine, guanine -› Base purique
Cytosine, thymine -› base pyrimidique
Les 4 désoxyribonucléique sont : dAMP, dGMP, dCMP, dTMP
Unis par des liaisons 3'-›5°
Phosphodiester.

Structure secondaire et Structure tertiaire :

la DNA forme B -James Watson et Francis Crick 1953 (prix nobel 1962)
Les chaines sont complémentaires l'une à l'autre et antiparallèles
Le modèle est constitué de deux chaînes polynucléotidiques hélicoidales
droites enroulées autour d'un même axe pour faire une double hélice.
oito Les deux chaînes sont anti-parallèles, c'est-à-dire que leurs ponts
phosphodiesters s'orientent en sens inverse les uns par rapport aux autres (3'-5'et
5°-3°).
Les deux chaînes sont complémentaires, les bases de chaque brin se
superposent à l'intérieur de la double hélice, leurs plans étant parallèles entre eux et
perpendiculaires aux grands axes de l'hélice, tandis que les plans des cycles de
désoxyribose sont parallèles à l'hélice.
o Les bases d'un brin s'apparient dans un même plan aux bases de l'autre de
manière à former entre elles des liaisons H à courte distance (0,28 à 0,30 nm).
Les liaisons possibles sont : A = T (2 liens H) et G = C (3 liens H).
Ceci explique pourquoi la proportion de purines (G + A) est égale à celle
des pyrimidines (C + T) et qu'il y a autant de A que de T et de G que de C.
Les bases se superposent à une distance de 0,34 m de centre à centre.
Comme il y a en moyenne 10 bases par tour complet de la double hélice (dans le
cas de la structure B de l'ADN. c'est-à-dire l'ADN en solution), la périodicité est
de 3,4 nm.
Structure primaire :
Formé d'un seul brin les 4 types de ribonucléotides AMP-GMP-CMP-UMP
sont uni par des liaisons sont uni par des liaisons phosphodiesters
Structure secondaire ;
Les appariements par liaisons hydrogène entre les bases mais n'ont pas la
régularité géométrique du DNA
Structure tertiaire :
Conformation pseudo-hélicoïdale
RNA ribosomique :
De 2 sous unité de tailles différentes. Les ribosomes se regroupe en unité
fonctionnelle = polysomes.
Les 2 sous unités.