Introduction à la Bioinformatique
Pr Hakmaoui Abdelmalek
2024
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Qu’est ce que la bioinformatique?
• Approche in silico de la biologie
• Branche théorique complémentaire aux approches classiques
de la Biologie
• Science interdisciplinaire
• Application : la médecine, la pharmacologie, l’agriculture …
• Discipline qui évolue en fonction des nouveaux problèmes
posés par la biologie.
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Qu’est ce que la bioinformatique?
• Le terme bioinformatique peut décrire toutes les applications informatiques résultant de ces
recherches dans le but de résoudre un problème scientifique posé par la biologie.
• Cela va de l'analyse du génome à la modélisation de l'évolution d'une population animale
dans un environnement donné, en passant par la modélisation moléculaire, l'analyse
d'image, le séquençage du génome, la reconstruction d'arbres phylogénétiques (phylogénie),
etc.
- Interprétation de l’information génétique (séquences) et structurale (repliement 3D)
- La synthèse des données disponibles (à l’aide de modèles et de théories)
- Enoncer des hypothèses généralisatrices (p.e: comment les protéines se replient ou
comment les espèces évoluent)
- Formuler des prédictions (p.e : localiser ou prédire la fonction d’un gène)
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Qu’est ce que la bioinformatique?
• Trois principales activités
Acquisition & organisation des données
Conception de logiciels
Analyses des résultats des logiciels
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Pourquoi la bioinformatique?
• Une masse de données génomiques publiques : banques nucléiques,
protéiques, génome …
• Bioinformatique incontournables pour exploiter ces volumes de données publiques
Information manipulée
ADN (Génome)
Séquences de nucléotides
Séquence de gènes
Banques de données
ARN (Transcriptome)
Séquence
Structure
Protéines (Protéome)
Séquence
Structure
Réseaux d’intéraction
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Pourquoi la bioinformatique?
Le vocabulaire reflète les niveaux de modélisation
Le biologiste : « molécule d’ADN », « nucléotides »
Le bioinformaticien: « séquence génomique », « bases »
L’algorithmicien: « chaine de caractère », « lettres »
Décoder le texte de l’ADN: une manne de problèmes mathématiques, statistiques,
algorithmiques, combinatoires…
Qu’est ce que la bioinformatique?
De l’ADN à la fonction cellulaire
Séquence d’ADN
(suite de gènes) Code pour
Séquences d’AA
Se replie en
Protéines
Structure 3D
La fonction des détermine
Responsable de protéines
L’activité
cellulaire
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Défis
Décoder l’information contenue dans les séquences d’ADN, i.e.
Trouver les gènes
Prédire la séquence d’AA produite par un gène
Identifier les régions régulatrices du génome
Étudier l’évolution des génomes …
Génomique structurale:
Prédire les structures 2D et 3D des protéines et des ARN
structurels…
Génomique fonctionnelle
Étudier la régulation des gènes
Étudier le niveau d’expression des gènes (microarrays)
Déterminer les réseaux d’interaction entre les protéines…
