Groupe 4
Groupe 4
CHAP 4: PATHOLOGIES
NOTRE EQUIPE
KASHOGOLO WERAGI DIEUDONNE
JOSEPH MEYERS
NANCY BIBISHE
NOTRE EQUIPE
KAKULE NKINYIMANVAKE SAMUEL
KAKESA RICHARD
MUHINDO
INTRODUCTION
Les acides nucléiques représentent l’une
des classes de macromolécules de la
cellule (avec les glucides, les lipides et
les protéines). Ils fournissent les
informations nécessaires au
développement de la vie. Ils sont
responsables de la transmission du
patrimoine génétique de génération à
génération et contrôlent la
fabrication des protéines nécessaires à
la vie. Il existe deux classes d’acides
nucléiques : l’Acide DésoxyriboNucléique
(ADN) et l’Acide RiboNucléique
(ARN).
L’ADN constitue le matériel génétique
pour la majorité des organismes (à part
certains virus dont l’ARN est le support
de l’information génétique). Avant la
reproduction, l’ADN se dédouble par le
mécanisme de la réplication. Les ARN
sont des copies complémentaires d’un
des deux brins de l’ADN et sont
synthétisés lors de la transcription.
L’ARN sert d’intermédiaire pour la
circulation de l’information génétique de
l’ADN aux protéines. L’expression de
l’ADN en polypeptides, ou traduction,
nécessite plusieurs types
d’ARN
4
3 Chapitre 1
LES ACIDES NUCLEIQUES
2
1
4
COMPOSITION DES AN
1
RESUME SUR L’ADN
4
1
RESUME SUR L’ARN
4
1
3
1
4
3 Chapitre 2
PROPRIETE PHYSICO-CHIMIQUE
2
1
4
1
4
1
4
1
CH3 o
CH3 o
HH HH 4
HH HH
OH
o o H
o o H P
o P o
o
o
o
OH
CH3 o
CH3 o
H H H H
HH HH
o o H
o P o o o H
o
o P
o o
CHAPITRE 2:
METHODE D’ANALISE
DES ACIDES NUCLEIQUES
1. LE SEQUENCAGE
Le séquençage d’un ADN, c’est-à-dire la
détermination de la succession des
nucléotides le composant, est aujourd’hui une
technique de routine pour les laboratoires de
biologie. Cette technique utilise les
connaissances qui ont été acquises depuis une
trentaine d’années sur les mécanismes de la
réplication de l’ADN. Ces techniques de
séquençage utilisent des ADN polymérases
capables de synthétiser un brin
complémentaire d’ADN, à partir d’un brin
matrice
Ces réactions se font par ajout de
désoxyribonucléotides (dNTP :
désoxyNucléotide TriPhosphate). On utilise,
pour le séquençage, des nucléotides
légèrement différents : les
didésoxyribonucléotides (ddNTP) qui diffèrent
des dNTP par l’absence d’un groupement OH
au C3
En effet, lorsqu’une ADN polymérase utilise
un ddNTP au lieu d’un dNTP, elle n’est plus
capable de rajouter le moindre nucléotide à sa
suite : la synthèse du brin d’ADN s’arrête
Ces réactions se font par ajout de
désoxyribonucléotides (dNTP :
désoxyNucléotide TriPhosphate). On utilise,
pour le séquençage, des nucléotides
légèrement différents : les
didésoxyribonucléotides (ddNTP) qui diffèrent
des dNTP par l’absence d’un groupement OH
au C3
En effet, lorsqu’une ADN polymérase utilise
un ddNTP au lieu d’un dNTP, elle n’est plus
capable de rajouter le moindre nucléotide à sa
suite : la synthèse du brin d’ADN s’arrête
Cette méthode est utilisée classiquement pour effectuer un petit
séquençage ponctuel. Pour le séquençage d’un génome entier, on
utilise plutôt le séquençage nouvelle génération. Le principe de
cette méthode consiste à initier la polymérisation de l’ADN à l'aide
d'un petit oligonucléotide (amorce) complémentaire à une partie
du fragment d’ADN à séquencer. L’élongation de l’amorce est
réalisée par le fragment de Klenow (une ADN polymérase I
dépourvue d’activité exonucléase 5’→3’) et maintenue par des
ADN polymérases thermostables, celles qui sont utilisées pour la
PCR. Les quatre désoxyribonucléotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
sont ajoutés, ainsi qu’une faible concentration de l'un des quatre
didésoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP)5
Ces didésoxyribonucléotides agissent comme des « poisons »
terminateurs de chaîne : une fois incorporés dans le nouveau brin
synthétisé, ils empêchent la poursuite de l’élongation car ils ne
possèdent pas d'extrémité 3'-OH (seulement un hydrogène à la
place du groupement hydroxyle). Cette terminaison se fait
spécifiquement au niveau des nucléotides correspondant au
didésoxyribonucléotide incorporé dans la réaction. Pour le
séquençage complet d'un même fragment d'ADN, on répète cette
réaction quatre fois en parallèle, avec les quatre
didésoxyribonucléotides différents.
Par exemple, dans la réaction où on a ajouté du ddGTP, la synthèse
s'arrête au niveau des G. Le mélange réactionnel contenant, à la
fois du dGTP et un peu de ddGTP, la terminaison se fait de manière
statistique suivant que l'ADN polymérase utilise l'un ou l'autre de
ces nucléotides. Il en résulte un mélange de fragments d’ADN de
tailles croissantes, qui se terminent tous au niveau d'un des G dans
la séquence. Ces fragments sont ensuite séparés par
électrophorèse sur un gel de polyacrylamide6, ce qui permet ainsi
de repérer la position des G dans la séquence. La détection des
fragments ainsi synthétisés se fait en incorporant un traceur dans
l'ADN synthétisé. Initialement ce traceur était radioactif ;
aujourd'hui, on utilise des traceurs fluorescents, attachés soit à
l'oligonucléotide, soit au didésoxyribonucléotide
Cette méthode est basée sur une dégradation chimique de l'ADN et
utilise les réactivités différentes des quatre bases A, T, G et C, pour
réaliser des coupures sélectives. En reconstituant l'ordre des
coupures, on peut remonter à la séquence des nucléotides de
l'ADN correspondant. On peut décomposer ce séquençage
chimique en six étapes successives :
ABCDE
CINQ
Coupure et
Modifications
ISOLEMENT
SEPARATION d'ADN chimiques
analyse
des brins
MARQUAGE
spécifiques.
étapes
Après ces réactions,
Celui-ci
Lesest
•Les extrémités
Les deux ADN séparé
l'ADN
brins
des simple-brin
deux est clivé au
de
au moyen
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soumis
à séquencer
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sont marquées
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radioactif ( 32P). des
spécifiques
dénaturation
avec une
réaction pipéridine.
Cette polyacrylamide.
s'effectue
différents
thermique, Le de
types
puis
en général au moyen Analyse. Pour chaque
fragment
base.
purifiés pard'ADN est
électrophorèse.
d'ATP radioactif deune les produits
etfragment,
découpé dudes geldifférentes
Ces différentes
nouvelle
polynucléotide kinase.
et
récupéré par
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diffusion.
effectuées de sorte
par électrophorèse en
qu'en conditions
moyenne chaque
molécule dénaturantes
d'ADN neet
porte queanalysészéropour
ou une
reconstituer la
modification.
séquence de l'ADN.
A B C D E
Coupure et
ISOLEMENT d'ADN SEPARATION des brins Modifications chimiques analyse
MARQUAGE
spécifiques.
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•Les extrémités des Celui-ci est séparé Les deux brins de l'ADN est clivé au
Les ADN simple-brin
deux brins d'ADN à au moyen d'une chaque fragment niveau de la
sont soumis à des modification par
séquencer sont électrophorèse sur d'ADN sont séparés réactions chimiques
marquées par un un gel de réaction avec une
par dénaturation spécifiques des pipéridine.
traceur radioactif polyacrylamide. Le thermique, puis différents types de Analyse. Pour chaque
(32P). Cette réaction fragment d'ADN est base. électrophorèse.
s'effectue en général purifiés par une fragment, les produits
découpé du gel et nouvelle Ces différentes des différentes
au moyen réactions sont
d'ATP radioactif et de récupéré par électrophorèse. réactions sont séparés
diffusion. effectuées de sorte par électrophorèse en
polynucléotide kinase. qu'en moyenne chaque conditions
molécule d'ADN ne dénaturantes et
porte que zéro ou une analysés pour
modification. reconstituer la
séquence de l'ADN.
2. TECHNIQUE HYBRIDATION
MOLECULAIRE
L'hybridation moléculaire est une technique
permettant de mettre en évidence une séquence
d'acide nucléique au sein d'une cellule, d'un tissu
ou d'un environnement particulier, par exemple
pour localiser un locus sur un chromosome. Elle
est basée sur le principe de complémentarité des
bases nucléiques, plus particulièrement entre les
brins d'ADN ou l'ARN complémentaires.
Des
Tout
avec
de
Préparation l'ADN/ARN
des sondes
HYBRIDATION
DETECTION
LesAprès
ANALYSE
sondes
Enfin,
sondes
d'abord,
les
mélangées
l'hybridation,
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sont
les résultats de
l'ADN
avec
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complémentaires
oul'échantillon
l'ARN
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étapes
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étudier, généralement
endétectées,
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les souvent
séquences
laboratoire. Cesdes en
par utilisant
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sondes vontdes spécifiques
méthodes
nucléotidiques,
d'ADN/ARN les
d'extraction
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sondes vont(s'apparier)
présentes
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les séquences
l'échantillon,
spécifiquement ou cibles
par
avec
radioactifs.
présentes
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la séquence dans Cela identifier
pour
cible.
permet
l'échantillon. de visualiser et
des mutations
d'analyser
génétiques les ou étudier
séquences
l'expression d'intérêt.
génique.
A B C D E
Extraction de l'ADN/ARN Préparation des sondes HYBRIDATION DETECTION ANALYSE
Des sondes Les sondes sont Après l'hybridation, Enfin, les résultats de
Tout d'abord, l'ADN complémentaires à la mélangées avec les sondes appariées l'hybridation
ou l'ARN cible est séquence d'ADN/ARN l'échantillon d'ADN/ARN avec leur séquence moléculaire sont
extrait des cellules à cible sont préparées extrait. Grâce à la cible peuvent être analysés pour étudier
étudier, généralement en laboratoire. Ces complémentarité des détectées, souvent en les séquences
par des méthodes sondes vont bases nucléotidiques, les utilisant des d'ADN/ARN spécifique
d'extraction s'hybrider (s'apparier) sondes vont s'hybrider marqueurs présentes dans
spécifiques. spécifiquement avec avec les séquences cibles fluorescents ou l'échantillon, par
la séquence cible. présentes dans radioactifs. Cela exemple pour identifie
l'échantillon. permet de visualiser et des mutations
d'analyser les génétiques ou étudier
séquences d'intérêt. l'expression génique.
Une fois l’hybridation realisée, les étapes
suivantes suivent:
Visualisation
Interpretation
Les échantillons sont généralement soumis à une
technique de visualisation pour identifier les sondes
Une fois les données analysées, les
qui se sont hybridées avec leurs séquences cibles.
chercheurs interprètent les résultats pour
Cela peut se faire en utilisant des marqueurs
tirer des conclusions sur la présence,
fluorescents, radioactifs ou d'autres méthodes de
l'absence, ou la quantité des séquences
détection.
d'ADN/ARN d'intérêt dans les échantillons
Imagerie étudiés. Par exemple, cela peut permettre
d'identifier des mutations génétiques, des
Les échantillons sont visualisés à l'aide d'un appareil variations d'expression génique ou des
d'imagerie approprié, comme un scanner de fluorescence infections virales.
ou une caméra dédiée à la détection des radio-isotopes.
Cela permet de capturer et d'enregistrer les signaux émis
par les sondes hybrides.
Validation
Pour confirmer les résultats obtenus par
Analyse des données hybridation moléculaire, il est souvent
Les images obtenues sont ensuite analysées à l'aide de logiciels nécessaire de réaliser des expériences
spécialisés qui permettent de quantifier l'intensité des signaux complémentaires, telles que des PCR pour
de fluorescence ou de radioactivité associés aux sondes amplifier spécifiquement les séquences cibles,
hybrides. Ces données sont souvent comparées à des témoins ou des analyses fonctionnelles pour vérifier
pour identifier les différences entre les échantillons l'impact des variations identifiées.
L'interprétation des résultats de l'hybridation moléculaire repose sur l'analyse des signaux générés par
l'interaction entre les sondes et les séquences cibles. Voici quelques étapes clés pour interpréter ces
résultats :
01 03
Correspondance des signaux : Les signaux Comparaison des échantillons : Les résultats des
détectés doivent être comparés aux échantillons testés peuvent être comparés entre
contrôles et aux standards pour s'assurer eux pour identifier des variations dans la présence
de la spécificité de l'hybridation. Les ou l'abondance des séquences d'ADN/ARN
signaux provenant des interactions étudiées. Par exemple, des différences
spécifiques entre sondes et séquences significatives entre les échantillons peuvent
cibles doivent être distingués des signaux indiquer des mutations, des expressions géniques
non spécifiques différentes ou des variations génétiques.
02
Intensité des signaux : L'intensité des
04
4. Validation des résultats : Il est important de
signaux peut indiquer la présence et la valider les résultats obtenus par hybridation
quantité des séquences cibles dans moléculaire en utilisant des techniques
l'échantillon. Une intensité de signal plus complémentaires. Par exemple, des expériences
élevée peut suggérer une plus grande de PCR peuvent être effectuées pour confirmer la
abondance de la séquence cible, tandis présence de certaines séquences, ou des tests
qu'une faible intensité peut indiquer une fonctionnels peuvent être réalisés pour vérifier
moindre présence. l'impact des variations identifiées.
les résultats de l'hybridation moléculaire doivent être interprétés à la lumière des connaissances
biologiques existantes. Les chercheurs doivent évaluer l'impact des variations observées sur les
processus biologiques en cours, comme l'expression génique, la régulation cellulaire ou les interactions
3&4. Nothern and Southern Blot
Le Southern Blot (appelé aussi "transfert de type Southern") est une
technique proposée par Edward M. Southern en 1975. C'est un outil très
efficace pour l'analyse de la structure d'un gène. Son but est de rechercher
des fragments d'ADN sur une électrophorèse en les hybridant avec une
sonde complémentaire.
On peut par exemple employer cette méthode pour comparer l'ADN avec
d'autres échantillons d'ADN et ainsi retrouver des délétions ou des
remaniements dans lesquels un gène serait impliqué. On peut aussi s'en
servir pour comparer différents gènes intra-espèces ou inter-espèces. On
peut comparer des collections d'ADN issues de différents organismes pour
étudier la conservation d'un tel ou tel gène.
La même technique mais appliquée au ARN est appelée transfert de type
Nothern. Elle est à la base de la plupart des informations sur l'expression
des gènes, sur les fonctions d'ARN aujourd'hui connues.
Mode opératoire
Tout d'abord, pour réaliser un Southern blot, il faut avoir coupé préalablement les
fragments d'ADN avec des enzymes de restriction et fait migrer l'ADN dans du gel
d'agarose par la technique d'Electrophorèse. Par la suite on applique sur le gel un filtre de
nitrocellulose ou une membrane de nylon et on fait circuler un tampon du gel vers la
membrane. Ainsi les fragments d'ADN sont transférés et fixés par UV ou chauffage sur la
membrane et on obtient une "réplique" du gel sur le filtre de nitrocellulose ou la
membrane en nylon. La prochaine étape consiste à mettre en contact la réplique avec une
sonde d'ADN simple brin ou d'ARN connus, marqués radioactivement, un ADNc cloné ou
une courte oligonucléotide connue. Cette sonde simple brin connue va s'hybrider sur les
molécules correspondantes à la séquence complémentaire présentes sur le filtre. Les
fragments de la sonde non hybridée sont éliminés par la suite par un lavage avec des
solutions salines de différentes forces ioniques. Une autoradiographie de la membrane va
révéler des bandes d'ADN hybridés avec la sonde. On peut y voir le nombre et la taille des
fragments d'ADN qui possèdent une séquence complémentaire à celle de la sonde.
(Watson, 1992) Cette autoradiographie est aussi appelée "carte de restriction" d'un ADN
car on peut ainsi déterminer la position des sites de restriction au sein de cet ADN.
(Maftah, 1996)
La technique du Northern blot suit le même mode opératoire mais vue que les séquences
d'ARN sont petites, la digestion préalable n'est pas nécessaire. On obtient aussi une
autoradiographie.
• ETAPES
4. Le gel d'électrophorèse est ensuite trempé dans une
1. L'ADN est digéré par les enzymes de solution alcaline (contenant habituellement de l'hydroxyde de
restriction. Les fragments d'ADN sont sodium ou plus communément "soude") afin de permettre
ensuite placés dans les puits d'un gel la dénaturation de l'ADN bicaténaire (séparation de l'ADN
d'électrophorèse (gel d'agarose à double-brin en simple-brin). (Le BET s'intercalant entre les
faible concentration → 0,6 à 0,8 %). deux brins d'ADN, cette étape a aussi pour effet de séparer le
BET de la molécule d'ADN)
"Polymerase Chain Reaction (PCR)" par le Cold Spring Harbor Laboratory : https://www.cshl.edu/what-is-pcr/-
"PCR (Polymerase Chain Reaction)" par Thermo Fisher Scientific :
https://www.thermofisher.com/fr/fr/home/life-science/pcr/pcr-education/pcr-basics/what-is-pcr.html3.
"Molecular Hybridization Techniques" par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20811/- "Introduction to Molecular Hybridization" par la Khan
Academy : https://www.khanacademy.org/science/biology/gene-regulation/molecular-genetics-
tutorial/v/introduction-to-molecular-hybridization
REFERENCES
- Association Française contre les Myopathies (AFM) : https://www.afm-telethon.fr/myopathie-de-duchenne-
Muscular Dystrophy Association (MDA) : https://www.mda.org/disease/duchenne-muscular-dystrophy
- - National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NINDS) : https://www.ninds.nih.gov/Disorders/All-
Disorders/Duchenne-Muscular-Dystrophy-Information Page2.
- Thalassémie :- Thalassemia International Federation : https://thalassaemia.org.cy/ - Centers for Disease
Control and Prevention (CDC)
- https://www.cdc.gov/ncbddd/thalassemia/index.html- World Health Organization (WHO)
- https://www.who.int/health-topics/thalassaemia
- Drépanocytose :- National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI) - Sickle Cell Disease :
https://www.nhlbi.nih.gov/health-topics/sickle-cell-disease- Sickle Cell Disease Association of America :
https://www.sicklecelldisease.org/- Centers for Disease Control and Prevention (CDC) - Sickle Cell Disease :
https://www.cdc.gov/ncbddd/sicklecell/index.html4
- *Ataxie Télangiectasie :- Ataxia-Telangiectasia Children's Project : https://atcp.org/- National Institute of
Neurological Disorders and Stroke (NINDS)
- . Xeroderma Pigmentosum :- XP Family Support Group : https://www.xpss.org/- National Organization for
Rare Disorders (NORD) - Xeroderma Pigmentosum : https://rarediseases.org/rare-diseases/xeroderma-
pigmentosum/- Clinical and Genetic Aspects of Xeroderma Pigmentosum :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2084401/