COURS DE VIROLOGIE

Filière Laboratoire

Par Célestin NIBOGORA

Objectifs du cours

A la fin du cours, les étudiants doivent être capable de :

 Tracer l’historique de la découverte des virus ;
 Énumérer et expliquer les caractères généraux des virus ;
 Nommer les différentes parties de la structure des virus
 Etablir une classification correcte des virus d’importance médicale ;
 Expliquer l’importance, dans la transmission, de la présence ou l’absence d’une
enveloppe ;
 Expliquer la pathogénicité des virus ;
 Enumérer et expliquer brièvement les caractères pris en compte dans la taxonomie des
virus
 Expliquer les différents niveaux d’interaction entre le virus et l’hôte et illustrer les
conséquences de ces interactions
 Décrire les différentes méthodes d’étude des virus ;
 Enumérer et expliquer brièvement les différentes étapes générales du cycle viral ;
 Enumérer et expliquer les différents types de variation génétique des virus et donner un
exemple de mutation ponctuelle, de recombinaison et de réassortiment ;
 Identifier les agents antiviraux d’usage courant et leurs modes d’action ;
 Pratiquer les techniques d’étude des virus au laboratoire

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METHODES PEDAGOGIQUES

 Cours magistral : présentations + vidéos entrecoupés par des exercices (Quiz)

 Travaux dirigés (2)
 Travaux pratiques au laboratoire de virologie
 Travaux personnels des étudiants

EVALUATION

Evaluation écrite : Session

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Ière PARTIE : VIROLOGIE GENERALE

0. HISORIQUE

0.1. Les virus avant la virologie

Les maladies virales sont connues depuis des millénaires. Déjà sous les babyloniens, on savait
que la rage se transmet par morsure du chien enragé. Une stèle égyptienne nous montre un
pharaon qui boitait, vraisemblablement touché par la poliomyélite.

Figure 0.1: Atteinte par la poliomyélite, stèle égyptienne de +/-1400 avant JC, Musée
Carlsber, Copenhagen
La variole, une maladie entraînant une forte mortalité, a accompagné l’homme depuis longtemps
et on en a retrouvé la trace sur les momies de l’Egypte. Depuis au moins le X ème siècle, on
pratiquait la variolisation en Inde et en Chine. L’inoculation de matériel venant de pustules d’un
malade de la variole à une personne saine entraînait une maladie réduite offrant une protection
lors de contacts ultérieurs. La mortalité de cette pratique s’élevait à 1-2%, alors que la variole
tuait dans un quart des cas. Cette pratique fut introduite en Angleterre par Lady Mary Wortley
Montague vers 1720.

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0.2. Edward Jenner et la vaccination

Au début de l’ère Pastorienne, le nom Virus désignait agent infectieux au sens large, s’appliquant
aux bactéries, aux champignons et aux protozoaires. En 1892, Un botaniste russe, Ivanowski, va
transmettre le virus de la mosaïque du tabac d’une plante malade à une plante saine. Il va
conclure à la responsabilité d’un agent inconnu (toxine), n’appartenant ni au monde des
bactéries, ni aux poisons chimiques.

En 1898, Un Hollandais, Beijerinck, démontre qu’il s’agit bien d’un agent infectieux nouveau
dans le filtrat, capable de reproduire la maladie après inoculation à un plant de tabac sain,
capable aussi de traverser les filtres qui retiennent habituellement les bactéries. Les agents
correspondants sont appelés agents ultrafiltrables ou ultravirus ou virus filtrant.

En 1915, Twort et d’Herelle découvrent des agents ultrafiltrables responsables de la lyse des
bactéries, appelés bactériophages. Par la suite, il fut démontré que de nombreuses autres
maladies animales ou végétales pouvaient être engendrées par des agents infectieux analogues.
Le critère de filtration reconnu comme fondamental pour les distinguer des bactéries ne pouvait
être retenu comme la seule propriété caractéristique. Le terme ultrafiltrable est remplacé par le
terme virus (qui désignait autrefois les agents pathogènes), excluant les autres agents infectieux.

En 1949, Enders montre que les virus pouvaient être cultivés sur des cellules. Les méthodes de
culture en masse permettent de récolter de grandes quantités de virus et de les étudier sous leurs
aspects physiques et chimiques.

A la fin du XVIIIème siècle, Edward Jenner appliqua sur base de ses observations l’inoculation de
“cowpox”, ou variole bovine, afin d’améliorer la pratique de la variolisation et offrir une bonne
protection contre la variole (publication en 1798). Il semble que cette pratique ait déjà été
sporadiquement appliquée à cette époque et certains en attribuent l’origine à un fermier du
Dorset anglais, Benjamin Jesty, qui inocula sa famille avec la « cowpox » vingt ans plus tôt. Le
nom de vaccination dérive du mot « vacca », vache, et fut introduit par Louis Pasteur au siècle
suivant. Pasteur et son disciple, Emile Roux, découvrirent le principe de l’atténuation et
l’appliquèrent au développement d’un vaccin contre la rage. En 1885, ils vaccinèrent le jeune
Alsacien, Joseph Meister, qui avait été mordu par un chien enragé et introduirent ainsi la
vaccination après exposition.

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0.3. Découverte des virus

En 1884, le développement des bougies de Chamberland (sorte de filtre), qui permettent

d’éliminer les bactéries d’une solution, représente le premier pas vers la découverte des virus.
Adolf Mayer (1843- 1942) avait décrit en détail une maladie des plantes de tabac qu’il appelle la
mosaïque du tabac. Il se rend compte que la maladie est infectieuse, car elle peut être transmise
par ce qu’il croit être une bactérie.

La première expérience indiquant l’implication d’un agent ultrafiltrable plus petit que les
bactéries, fut la transmission de la mosaïque du tabac par Dimitri Ivanovski (1864-1920) à partir
de filtrats de plantes en 1892. Cependant Ivanovski maintiendra l’explication bactérienne, sous
forme de spores ou de toxines, sans expliquer de façon correcte l’expérience qu’il avait faite. Ce
n’est que 6 ans plus tard que Martinus Beijerinck (1851-1931) comprendra les conséquences de
cette observation en la répétant. Il parlera de «contagium vivum fluidum».

En 1935, Wendell Stanley parviendra à cristalliser le virus de la mosaïque du tabac

(TMV/VMT), ce qui permettra son analyse chimique et l’année suivante Bawden et Pirie
décriront une structure alliant les protéines et l’acide ribonucléique.

La même année que celle des expériences de M. Beijerinck (1898), Friedrich Loeffler et Paul
Frosch, tous deux élèves de Koch, découvrent que l’agent de la fièvre aphteuse du bétail est
ultrafiltrable. Le premier virus humain, l’agent de la fièvre jaune, sera identifié en 1901 par
Walter Reed, James Carroll et Jesse Lazear. Ce dernier mourra des suites d’une infection par le
même virus.

La première tumeur solide, le sarcome du poulet, due à un virus, sera décrite en 1911 par Peyton
Rous le virus du sarcome de Rous. Les études sur ce virus mèneront bien plus tard, en 1976, à la
découverte des oncogènes par D. Stehelin, H. Varmus, J. Bishop et P. Vogt, d’abord dans ce
virus puis dans des cellules.

En 1915, Frederick Twort découvre des virus infectant les bactéries, qui seront nommés «
bactériophages » par Félix d’Hérelle, qui étudiait Shigella dysenteriae, en 1921. Une première
découverte importante sera celle de Max Schlesinger, qui en 1934 décrit que les bactériophages
sont composés à part égale de protéines et d’acide désoxyribonucléique.

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On visualisera pour la première fois des virus par microscope électronique en 1939 (G. Kausche,
P. Ankuch et H. Ruska) : il s’agira à nouveau du virus de la mosaïque du tabac (TMV/VMT).

Après 1948, les techniques de cultures cellulaires permettront l’isolement et la caractérisation de

nouveaux virus. Ce sera l’œuvre de divers groupes de recherche et ce sera mis en application
pour le virus de la poliomyélite par le groupe de J. Enders.

0.4. Développements en virologie et par la virologie

James Watson et Francis Crick décriront la structure hélicoïdale de l’acide désoxyribonucléique

(ADN) en 1953, en se basant sur des travaux de Maurice Wilkins et surtout de Rosalind Franklin.
Ils recevront le prix Nobel en 1962 pour cette découverte sans R. Franklin, décédée entre temps.
R. Franklin élucidera également la structure hélicoïdale et la liaison entre les capsomères et
l’ARN du virus de la mosaïque du tabac (TMV/VMT) en 1955, et l’année suivante Gierer et
Schramm démontreront l’infectivité de l’ARN du virus de la mosaïque du tabac (TMV/VMT).

Howard Temin et David Baltimore décriront indépendamment l’existence de la transcriptase

inverse qui transcrit l’ARN en ADN en 1970 et recevront pour cette découverte le prix Nobel en
1975.

Une autre avancée importante fut la mise au point de la réaction de la polymérase en chaîne
(PCR) par Kary Mullis en 1985. Elle permet l’amplification de façon spécifique de quantités
infimes d’acides nucléiques. Cette technique a révolutionné le diagnostic viral.

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 Figure :Expérience de Ivanowski

05 Action des agents physiques et chimiques

Agents physiques

 Chaleur

Dans l’ensemble, les virus, lorsqu’ils sont en position intracellulaire, sont bien adaptés à la
température de 37°C, idéale pour le fonctionnement des enzymes de réplication. En position
extracellulaire, ils sont très sensibles à la chaleur (le virus de la rougeole par exemple est inactivé
en 45 minutes à 37°C). De ce fait, quand on souhaite isoler un virus d’un prélèvement
pathologique, il faut adresser ce prélèvement au laboratoire dans une glacière à 4°C. Les virus en
dehors d’un système cellulaire, peuvent être conservés à - 80°C pendant des années, certains
peuvent être lyophilisés.

 La dessication Les virus y sont très sensibles (exception : le virus de la variole, présent dans les
croûtes).

 Les UV Ils provoquent des altérations des acides nucléiques viraux, induisent des mutations et
donc une perte du pouvoir infectieux (inactivation).

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- Agents chimiques

 Les oxydants (comme l’eau de javel) Le VIH y est très sensible. Les Entérovirus à transmission
hydrique sont résistants (exemple virus de la poliomyélite et virus de l’hépatite A (HAV) qui
résistent à la chloration usuelle des eaux).

 Les solvants des lipides L’éther et le désoxycholate de sodium inactivent les virus avec
enveloppe.

IMPORTANT : Les antibiotiques efficaces sur les bactéries sont inactifs sur les virus. Les virus
posent un problème d’abord thérapeutique : beaucoup de molécules qui auraient un effet antiviral
atteignent également les cellules cibles et ont donc un effet cytotoxique

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CHAPITRE 1. GENERALITES SUR LES VIRUS

1.1. Définition et particularités

a) Virus

Un virus est un agent infectieux invisible au microscope optique, dont la structure se résume à un
acide nucléique (ADN ou ARN) entouré d’une coque protéique de protection (capside) avec ou
sans enveloppe ou peplos.

Contrairement aux cellules eucaryotes (cellules humaines, protozoaires et des mycètes), le virus
n’a ni cytoplasme, ni membrane cytoplasmique, ni organites intracytoplasmiques (mitochondrie,
ribosomes, réticulum endoplasmique, appareil de Golgi,…). Pas de membrane nucléaire.

A l’inverse des cellules procaryotes (bactéries), le virus n’a pas de paroi ou de peptidoglycane, ni
cils ou flagelles, ni capsule.

Le virus ne dispose d’aucun système enzymatique, aucune réserve énergétique pouvant assurer
sa survie dans un milieu de culture inerte (bouillon de culture, bactériologique) ou dans
l’environnement. C’est un parasite intracellulaire obligatoire.

Le mot latin « virus » signifie poison. Ce mot latin n’a pas de pluriel ; la même forme est utilisée
au singulier et au pluriel. Les virus sont des agents infectieux potentiellement pathogènes. Ils ne
possèdent pas les éléments qui autoriseraient leur multiplication autonome, comme les acides
aminés, certaines enzymes ou les sources d’énergies (ATP). Les virus ont besoin de la cellule
hôte pour se multiplier. Ils se multiplient obligatoirement en intracellulaire (parasitisme
intracellulaire absolu). Les virus sont différents des bactéries ou des parasites qui sont des
cellules procaryotes ou eucaryotes. "Les virus sont les virus", comme le disait André Lwoff, un
des pères de la virologie moderne. Les virus sont élaborés à partir de l’assemblage de leurs
constituants dans la cellule infectée. Ils existent sous deux états : extracellulaire (virion) et
intracellulaire (virus). À l’intérieur d’une cellule, le virus réalise son programme génétique. Il
détourne le métabolisme de l’hôte vers la synthèse des composants viraux. Des virions complets
peuvent alors être libérés. En dehors de la cellule hôte, le virus existe en tant que particule virale
stable dénommée virion (particule virale). Il possède peu ou pas d’enzymes et ne peut se

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multiplier indépendamment des cellules vivantes. En 1953, Lwoff donne une définition de la
particule virale (virion) qui est maintenant universellement adoptée :

- Le virion ne possède qu’un seul type d’acide nucléique : soit de l’ARN soit de l’ADN,

- Se reproduit à partir de son seul acide nucléique,

- Est incapable de se diviser,

- N’a aucune information génétique concernant les enzymes du métabolisme intermédiaire

producteur d’énergie,

- Sa multiplication implique l’utilisation des structures de la cellule hôte et, spécialement, des
ribosomes. Le virion manifeste donc un parasitisme absolu. Cette définition distingue nettement
les virus des bactéries

Quand Martinus Beijerinck a découvert le Virus de la Mosaïque du Tabac, il pensait qu’il

s’agissait d’un liquide infectieux comme la toxine, d’où le terme “Contagium vivum fluidum”
qu’il a utilisé pour le décrire.

Virion = particule virale complète.

Remarque : le terme virus est aujourd’hui aussi employé dans le monde de l’informatique pour
désigner un logiciel informatique capable d’autoréplication, qui multiplie ses informations
électroniques (par analogie au génome biologique d’un virus) dans un hardware (la cellule hôte)
et qui se propage, après cette atteinte initiale, à la manière d’une infection, aux ordinateurs en
réseau.

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b) Virologie

C’est une étude des virus et des agents assimilés aux virus, leur structure, classification et
évolution, leurs moyens d’infecter et d’exploiter les cellules à des fins de leur reproduction, les
maladies qu’ils causent, les techniques pour les isoler ainsi que leur utilisation dans la recherche
et la thérapie.

1.2. Caractères généraux des virus

Les virus sont des éléments réplicatifs beaucoup plus petits que les bactéries et les plus grands
sont à peine visibles au microscope optique. Leur génome peut être composé soit d’ARN, soit
d’ADN. Les virus sont fortement dépendants du métabolisme cellulaire. Dans la cellule qu’ils
infectent ils répliquent séparément leur génome et leurs composants protéiques ; ceux-ci seront
ensuite assemblés, donnant des milliers de particules en une génération.

Les virus reconnaitront spécifiquement un ou quelques types de cellules et sont à cause de cela
assez spécifiques d’organismes hôtes.

a) Les virus sont très petits

La caractéristique principale des virus, et à laquelle on doit leur découverte, est leur capacité à
traverser des filtres imperméables aux bactéries. Alors que les plus gros virus infectant l’homme,
les Poxviridae, ont une taille entre 250 et 300 nm, les plus petits, Parvoviridae, n’ont que 20nm.

Figure 1.1: Taille et méthodes de visualisation des virus et autres organismes

La taille n’est cependant pas un critère absolu et les Mimivirus décrits en 2003 chez les amibes,
Acantamoeba polyphaga, ont la taille de petites bactéries comme les rickettsies (+/- 1µm).
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Figure 1.2: Comparaison de la taille entre les virus et les bactéries

b) Les virus se répliquent

Une autre caractéristique élémentaire des virus est le fait qu’ils se répliquent. Par exemple,
l’infection par le virus de la mosaïque du tabac peut être propagée indéfiniment de plante à
plante, même si l’inoculum est dilué à chaque passage. Ceci distingue les virus des toxines qui
perdent leur toxicité par dilution.

Figure 1.3 : Infection d’une cellule par un virus et production de nombreuses particules virales

c) Chaque particule virale ne contient qu’un seul type d’acide nucléique

Les virus sont essentiellement constitués d’une molécule portant l’information génétique. Celle-
ci peut être présente sous forme soit d’ADN soit d’ARN dans les particules virales. On séparera

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ainsi les virus en fonction de leur composition ADN ou ARN. Certains virus ont au cours de leur
réplication un intermédiaire de leur génome sous une forme différente : ainsi les rétrovirus qui
sont des virus à ARN seront rétrotranscrits en ADN dans la cellule hôte et c’est de cet ADN «
proviral » que seront formés les nouveaux brins génomiques d’ARN. De façon similaire les
Hepadnavi- ridae, comme le virus de l’hépatite B humain ou certains virus de plantes, sont des
virus à ADN qui passeront par un intermédiaire ARN pour former les nouveaux brins d’ADN.

d) Les virus sont des éléments réplicatifs assemblés à partir de leurs composants

Cette notion est bien illustrée par l’expérience de E. Ellis et M. Delbrück avec le bactériophage
λ.

Une suspension de bactériophages λ est mélangée à des bactéries dans un rapport de 10/1. Durant
l’infection, on observe d’abord une phase au cours de laquelle aucun virus infectieux ne peut être
récupéré de la cellule infectée : en effet, lors de l’infection, le génome a été libéré de la capside
(décapsidation). Il n’y a donc plus de virion complet, infectieux. Cette phase est appelée “phase
d’éclipse”.

Ensuite, le génome viral est transcrit et fournit les protéines codées par le virus. Le génome est
également répliqué pour donner lieu à de nouvelles copies du génome viral. Ces génomes qui ont
été répliqués s’associent avec les protéines structurales du virus (assemblage) pour former de
nouveaux virions infectieux. Au cours de cette phase, appelée phase de maturation, de
nouvelles particules virales infectieuses sont donc assemblées dans la cellule, à partir de leurs
composants.

Ceci contraste avec le cycle de réplication d’une cellule ou d’une bactérie au cours duquel la
cellule fille n’est pas formée, de novo, par un processus d’assemblage de composants de la
cellule mère, mais est formée par scission de celle-ci.

e) Les virus sont strictement dépendants du métabolisme d’une cellule

Le fait que les virus n’aient pas de ribosomes et doivent être assemblés à partir d’éléments épars
les rend dépendants d’un environnement favorable qui est celui d’une cellule. Ces cellules peu-
vent être de différents types, bactéries, algues, plantes, animaux, évident que les virus ne peuvent
pas se répliquer dans un milieu amorphe, comme un bouillon de culture bactériologique

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(parasitisme intracellulaire absolu). Certaines bactéries sont également intracellulaires, mais
contrairement aux virus elles disposent de la plupart des éléments nécessaires à leur métabolisme
et à leur réplication, particulièrement de ribosomes.

f) Les virus sont spécifiques de cellules et d’organismes

Tous les organismes vivants sont susceptibles d’être infectés par des virus, mais ce ne sont pas
les mêmes virus qui infectent les différents organismes. Ainsi les virus des plantes, n’infecteront
généralement pas les animaux, et les virus d’une espèce de plante n’infecteront pas
nécessairement pas d’autres espèces de plantes. Cette barrière d’espèce n’est pas absolue et on
voit que par exemple certains animaux peuvent partager des virus avec les humains et entre eux.
A l’intérieur d’un organisme, les virus seront sélectifs de certains types de cellules. Cette
spécificité est due en grande partie aux récepteurs spécifiques de surface des cellules qui
permettent la fixation et l’entrée des virus. Ainsi les virus du SIDA reconnaissent certaines
cellules du système immunitaire, portant à leur surface la molécule CD4.

1.3. Structure de la particule virale

L’étude de la structure virale a permis de mieux comprendre les virus et leur fonctionnement.
Ainsi, en connaissant la manière dont le virion est construit, on comprend mieux plusieurs étapes
essentielles du cycle viral, comme l’attachement, la pénétration, la décapsidation, ou encore
l’assemblage et la sortie du virus. Outre les fonctions liées à l’attachement, la pénétration ou la
sortie du virus, la capside virale assure sans doute une fonction de protection du virus,
notamment dans le cas de virus transmis sous forme d’aérosols (virus de la grippe) ou de manière
mécanique aux plantes (virus de la mosaïque du tabac). Ces dernières années, on s’est aussi
aperçu que la capside pouvait être une structure dynamique.

La connaissance précise de la structure virale suscite un intérêt majeur dans le cadre de la

recherche de vaccins ou encore dans le domaine des nanotechnologies : quoi de plus fascinant
que la capacité du virus à encapsider de manière spécifique une molécule d’acide nucléique, dans
l’environnement complexe d’une cellule !

Ces questions ont d’ailleurs passionné des chercheurs comme Crick et Watson ou Klug, qui à
l’aide de techniques comme la diffraction des rayons X ou la microscopie électronique, sont

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parvenus à décrypter l’architecture de nombreux virus connus et la manière dont ceux-ci
s’assemblent.

Pour en savoir plus, voir la publication : « Emergence des connaissances sur la structure
des virus ».

D’une manière systématique, le virus est composé :

- Un acide nucléique (ADN ou ARN) formant le génome

-Une capside = manteau de protéines protectrices appelés parfois capsomères

Le génome et la capside forment la nucléocapside

- Il peut avoir ou non une enveloppe (péplos). Ils sont donc soit enveloppés, soit nus.

L’ensemble formé par la capside et l’acide nucléique viral est appelé nucléocapside.

La microscopie électronique a permis la mise en évidence de deux grands types de structures

capsidiales : des particules allongées et des particules sphériques.

Outre la capside et l’acide nucléique viral, certains virus sont entourés d’une enveloppe de nature
lipidique, parfois appelée peplos (manteau) : on parle alors de virus « enveloppés ». Par contre,
en l’absence d’enveloppe, on évoque des virus « nus ».

Figure: Structure d’un virus

13
1.3.1. Génome viral
Porteur de l’information génétique. Il peut être de l’ADN ou de l’ARN, monocaténaire ou
bicaténaire.
Un génome viral est habituellement constitué d’un seul type d’acide nucléique soit l’ADN ou
l’ARN. On distingue des ARN et ADN simple brin ou double brin, des ARN de polarité positive
ou négative, des ARN et ADN linéaire ou circulaire, segmenté ou entier.
Les ARN viraux peuvent être coiffés, associés à une protéine protectrice de manière covalente,
se terminer par une séquence polyadénylée.

Figure 1.4: Structure de la coiffe des ARN

La coiffe est composée d’une 7-méthyl- guanosine (7mG) liée à l’extrémité de l’ARN par un lien
5’-5’ triphosphate.
Le génome viral contient toute l’information génétique du virus. Lors de la reproduction virale, il
sera répliqué et transcrit en éléments structuraux et non structuraux du virus. Le génome viral est
caractérisé par le nombre de pb (kb), un PM (en Daltons) ou leur G+C % (Indice de HARGAFF).
Les génomes viraux sont constitués de gènes structuraux codant pour les structures virales
(capside et enveloppe) et des gènes non structuraux codant pour des éléments enzymatiques et
des gènes régulateurs de la réplication génomique.

14
Figure 1.5 : Génome des rétrovirus
1.3.2. Protéines de la capside

C’est une coque de nature protéique dont les protéines constituantes sont codées par le génome
viral. Elle résulte de l’auto-assemblage de nombreuses copies d’une ou de quelques sous-unités
protéiques ou protomères (capsomères) ; ce sont une ou plusieurs chaînes polypeptidiques codées
par le virus.

Les rôles de la capside sont les suivants :

- Renferme et protège l’acide nucléique

- Permet l’attachement du virus à la cellule hôte dans le cas des virus nus : spécificité de l’hôte et
tropisme cellulaire

-Porte des déterminants antigéniques qui sont importants pour la protection immunitaire et la
classification antigénique des virus (sérotypes).

Pour certains virus (comme les Rétrovirus), la nucléocapside porte le nom de « core ».
L’organisation dans l’espace, des composants de la capside donne :

- Soit une forme à symétrie hélicoïdale

- Soit une forme d’icosaèdre avec une symétrie cubique

-soit des symétries complexes

Les protéines de capside sont capables de polymériser par autoassemblage d’unités protéiques
pour former ces structures complexes que sont les capsides virales. La capside virale assure la
protection du génome viral et facilite le transfert de cette information à la cellule infectée. Elle
donne au virus sa symétrie et intervient également à l’attachement du virus au récepteur

15
cellulaire (virus nus). Suivant les virus, les unités protéiques de cette capside s’organisent en une
capside hélicoïdale à symétrie tubulaire ou en une capside icosaédrique à symétrie cubique.

a) Capside icosaédrique à symétrie cubique : entérovirus, adénovirus, herpès…

L’icosaèdre est un polyèdre régulier ayant trois axes de symétrie, 12 sommets, 20 faces qui sont
des triangles équilatéraux et 30 arêtes. Il constitue une boîte creuse contenant l’acide nucléique.
L’ensemble forme une nucléocapside à symétrie cubique ou icosaédrique.

Chaque sommet de l’icosaèdre est occupé par un penton formant un capsomère ou oligomère à 5
unités structurelles ou sous-unités protéiques. Les faces et les arêtes sont constitués de
capsomères à 6 unités de structures ou héxons.

Les familles de virus à symétrie icosaédrique sont caractérisées par le diamètre de la capside et le
nombre fixe de capsomères. Ainsi, les Adenoviridae ont tous une capside de 70 à 90 nm de
diamètre, formée de 252 capsomères, dont 12 pentons et 240 hexons.

Selon le virus, le nombre de pentons est le même : égal à 12. Seul le nombre d’hexons est
différent. Exemples :

- Les Adénovirus : 252 capsomères (12 pentons, 240 hexons)

- Les Herpesviridae :162 capsomères (12 pentons, 150 hexons)

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Figure 1.7: Forme de symétrie de la capside virale. a, b icosaèdre avec 20 faces
triangulaires identiques.
a : Représentation schématique : symétrie cubique
b Reconstruction d’une capside de Rhinovirus à partir d’une radiographie en 3 D.

b) Capside hélicoïdale (virus à symétrie hélicoïdale)

Dans les capsides tubulaires à symétrie hélicoïdale, les sous-unités ne se regroupent pas en
capsomères, elles s’empilent en colimaçons, maintenant l’acide nucléique enroulé entre 2 tours
de spires.
Les rôles de la capside sont les suivants :
- Renferme et protège l’acide nucléique
- Permet l’attachement du virus à la cellule hôte dans le cas des virus nus : spécificité de l’hôte et
tropisme cellulaire
- Porte des déterminants antigéniques qui sont importants pour la protection immunitaire et la
classification antigénique des virus (sérotypes). Pour certains virus (comme les Rétrovirus), la
nucléocapside porte le nom de « core ».
L’organisation dans l’espace, des composants de la capside donne :
- Soit une forme à symétrie hélicoïdale
- Soit une forme d’icosaèdre avec une symétrie cubique
- Soit des symétries complexes.

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c) Capside à symétrie complexe (Poxvirus, bactériophage)

La capside de certains virus est construite de façon complexe et ne peut être décrite par des
symétries simples. Beaucoup de virus, comme les grands bactériophages et les poxvirus, ont une
symétrie complexe. Les poxvirus sont les virus d’animaux les plus grands (environ 400 x 240 x
200 nm), ils peuvent même se voir au microscope à contraste de phase ou sur des préparations
colorées. D’aspect extérieur ovoïde ou en forme de brique, leur structure interne est
exceptionnellement complexe. L’ADN double brin associé à des protéines se trouve dans le
nucléoïde, une structure centrale en forme de disque biconcave et entourée d’une membrane. Il y
a deux corps elliptiques entre le nucléoïde et le manteau extérieur, qui est lui-même une couche
épaisse couverte d’un réseau de tubules ou de fibres.

Figure : Morphologie du virus de la vaccine, un poxvirus

Certains grands bactériophages sont encore plus élaborés que les poxvirus. Les phages T2, T4 et
T6 (phages T-pairs), qui infectent E. coli, ont une symétrie binaire parce qu’ils ont une tête qui
ressemble à un icosaèdre et une queue qui est héliocoïdale. La tête icosaédrique est allongée par
une ou deux rangées médianes d’hexons et contient l’ADN génomique. Fixée par un collier à la
tête du phage, la queue est faite d’un tube central creux, d’une gaine entourant le tube et d’une
plaque basale complexe. La gaine est faite de 144 copies de la protéine gp18, arrangées en 24
anneaux chacun de 6 copies.

Chez les phages T-pairs, la plaque basale est hexagonale et porte à chaque angle un crochet et
une fibre articulée

18
Figure: le bactériophage T2

Les grands bactériophages, même ceux qui infectent le même hôte, présentent des variations
considérables de structure. Contrairement aux phages T-pairs, de nombreux coliphages (phages
qui infectent E. coli) ont une tête en forme d’icosaèdre régulier.

Figure : le phage T1

Les phages T1, T5 et lambda ont des queues sans gaine ni plaque basale et terminées par des
fibres rudimentaires.

19
Figure 1.9 : Structure du coliphage T4 phage lambda

Les coliphages T3 et T7 ont une queue courte, non contractile et dépourvue de fibres.

1.3.3. Protéine de matrice

Certains virus comme les Retrovirus possèdent des protéines de matrice qui permettent la liaison
entre la nucléocapside et l’enveloppe, via un domaine d’ancrage trans- membranaire. Ces
protéines ne sont généralement pas glycosylées. Par contre, elles contribuent souvent d’une
manière significative à la masse de la particule virale.

Chez les Herpesviridae les protéines situées entre la membrane et la capside sont appelées
‘tégument’.

Figure 1.10 : Protéines de la matrice

20
1.3.4. Enveloppes virales (peplos)

Structure glucidolipidoprotidique provenant d’une membrane cellulaire et contenant des

protéines d’information virale. Elle est composée de : bicouche lipidique cellulaire,
glycoprotéines virales sous forme de spicules. Elle est constitutive de certains virus. Le péplos
est à l’image de la capside, formé de l’assemblage d’unités de structure ou péplomères.

L’enveloppe dérive par bourgeonnement du virus à partir de la cellule hôte :

- Soit à partir de la membrane cytoplasmique : cas du VIH et du virus de la grippe

- Soit à partir de la membrane nucléaire : cas des virus Herpès

-Soit à partir des membranes intracytoplasmiques (RE, Golgi, Vacuoles) : cas de la rubéole

Les lipides présents sur l’enveloppe déterminent chez ces types de virus une certaine sensibilité
aux solvants organiques et en particulier l’éther. Les glucides et les lipides sont des constituants
normaux de l’hôte. Les protéines de l’enveloppe sont codées par des gènes viraux.

Dans de nombreux cas, ces projections sont impliquées dans la fixation du virus à la surface de la
cellule hôte. Comme elles diffèrent d’un virus à l’autre, les projections peuvent servir à identifier
certains virus

L’enveloppe est une structure membranaire souple et les virus enveloppés ont fréquemment une
forme variable ; ils sont dits pléomorphes. Les enveloppes des virus en forme d’obus, tel le virus
de la rage, sont fermement attachées à la nucléocapside sous-jacente

L’enveloppe joue un rôle capital dans l’attachement du virus sur la cellule-cible, par l’entremise
de glycoprotéines membranaires spécifiques de récepteurs cellulaires. Un exemple typique de
glycoprotéine membranaire est l’hémagglutinine du virus Influenza.

Ces protéines constituent généralement des antigènes remarquables, tout en exerçant plusieurs
fonctions : ainsi, l’hémagglutinine sert d’éliciteur (liaison à un récepteur cellulaire) et permet la
fusion membranaire. Les propriétés de liaison aux hydrates de carbone sont exploitées dans le
test d’hémagglutination et d’inhibition de l’hémagglutination.

21
 Figure :virus de la rage

Figure 1.11: Schéma d’un virus de la grippe avec glycoprotéines formant des spicules et les
protéines M2 formant des canaux trans- membranaires.

L‘enveloppe virale est hérissée de glycoprotéines d’origine virale, parfois appelées spicules

L’enveloppe joue un rôle capital:

 Attachement du virus sur la cellule-cible, par l’entremise de glycoprotéines

membranaires spécifiques de récepteurs cellulaires.
 Entrée du virus et libération des virions
 porte des protéines antigéniques

22
L’enveloppe dérive par bourgeonnement du virus à partir de la cellule hôte :
- Soit à partir de la membrane cytoplasmique : cas du VIH et du virus de la grippe
- Soit à partir de la membrane nucléaire : cas des virus Herpès
- Soit à partir des membranes intracytoplasmiques (RE, Golgi, Vacuoles) : cas de la rubéole

Les virus enveloppés sont des virus fragiles puisque l’enveloppe virale présente la fragilité des
membranes cellulaires dont elle dérive. Les virus enveloppés vont avoir leur enveloppe
rapidement dégradée et du même coup perdre leur pouvoir infectieux dans le milieu extérieur et
le tube digestif
Dans le milieu extérieur, les virus enveloppés sont inactivés par la température, même la
température ordinaire, et la dessiccation. Dans le tube digestif, ils sont inactivés par le pH acide
et les enzymes digestives, alors que les virus nus y résistent beaucoup plus longtemps.
Lors de l’infection, les glycoprotéines virales sont incorporées dans les membranes cellulaires
correspondantes. Elles sont responsables, par la suite, de l’amarrage du virus à sa cellule cible et
de la fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire de l’hôte.
Les protéines exposées à la surface externe de l’enveloppe, sont généralement des
glycoprotéines. On trouve à la face interne de l’enveloppe une protéine non glycosylée
stabilisatrice, appelée protéine M ou protéine de matrice.
On distingue deux types de spicules :
- Les grands correspondent à l’hémaglutinine (HA) : permettent la fixation du virus à la cellule
hôte, via un récepteur composé d’acide N-acétylneuraminique (ou acide sialique).
L’HA peut « ponter » plusieurs hématies c’est-à-dire attacher les virions aux membranes des
globules rouges et causer l’hémagglutination, utile au diagnostic de laboratoire
-Les plus trapus forment la neuraminidase (NA) : clivent le récepteur d’acide sialique, de la
cellule hôte.
La neuraminidase est active à 37°C participe à la libération définitive du virion à la fin du
bourgeonnement ; elle rend l’hémagglutination fugace et c’est la raison pour laquelle cette
réaction est pratiquée à 4°C au laboratoire afin d’éliminer l’instabilité liée à l’action de la
neuraminidase
Conséquences de la présence ou l’absence de l’enveloppe virale sur le virus

23
Les virus enveloppés sont des virus fragiles puisque l’enveloppe virale présente la fragilité des
membranes cellulaires dont elle dérive. Les virus enveloppés vont avoir leur enveloppe
rapidement dégradée et du même coup perdre leur pouvoir infectieux dans le milieu extérieur et
le tube digestif Dans le milieu extérieur, les virus enveloppés sont inactivés par la température,
même la température ordinaire, et la dessiccation. Dans le tube digestif, ils sont inactivés par le
pH acide et les enzymes digestives, alors que les virus nus y résistent beaucoup plus longtemps.
Lors de l’infection, les glycoprotéines virales sont incorporées dans les membranes cellulaires
correspondantes. Elles sont responsables, par la suite, de l’amarrage du virus à sa cellule cible et
de la fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire de l’hôte.
Les glycoprotéines membranaires de l’enveloppe virale servent de point d’attaque aux anticorps
neutralisants et sont soumises à une forte pression de sélection de la part du système
immunitaire.
En résumé nous pouvons obtenir 5 structures de base des virus dans la nature :

24
Figure : schéma récapitulatif des structures des virus

1.3.5. Anti-récepteurs

L’enveloppe est le support pour les déterminants de la reconnaissance virus-cellule hôte chez les
virus enveloppés. Ces glycoprotéines (spicules) permettent au virus de reconnaître la cellule-
cible, par l’entremise d’un récepteur cellulaire et sont dès lors parfois appelés anti-récepteurs.

1.3.6. Autres composants

Selon le type de virus, d’autres structures protéiques sont présentes dans le virion Exemples :
 Les ARN polymérases ARN dépendantes
 La transcriptase reverse des rétrovirus ou les protéines de tégument des Herpesvirus
Chez certains virus, des éléments supplémentaires comme les ARNt des rétrovirus jouent un rôle
important dans la rétrotranscription
On ne connaît pas l’importance des ribosomes des Arenavirus ou des protéines membranaires
cellulaires qui sont emportées dans l’enveloppe virale. Les enzymes virales sont localisées en
majorité à l’intérieur de la capside. La plupart sont Impliquées dans la réplication de l’acide
nucléique
Exemple : Le virus influenza, dont le matériel génétique est de l’ARN, porte une enzyme qui
synthétise de l’ARN en utilisant de l’ARN comme matrice ; c’est ce qu’on appelle une ARN
polymérase ARN-dépendante. Bien que les virus n’aient pas de métabolisme véritable et ne se

25
multiplient pas indépendamment des cellules vivantes, ils sont susceptibles de contenir une ou
plusieurs enzymes essentielles au déroulement de leur cycle.
Selon le type de virus, d’autres structures protéiques sont présentes dans le virion
Exemples :
 Les ARN polymérases ARN dépendantes
 La transcriptase reverse des rétrovirus ou les protéines de tégument des Herpesvirus

1.4. Taxonomie des virus

La systématique est l’étude des types et de la diversité des organismes et des relations qui
existent entre ceux-ci. Cette discipline fondamentale brasse à la fois la classification des
organismes ou taxonomie, la nomenclature utilisée pour leur dénomination et les analyses liées à
l’étude de l’évolution des organismes et leur phylogénie. Il est toutefois communément admis
que l’origine des virus est probablement multiple, et qu’en outre, les multiples re- combinaisons
et réassortiments entre génomes viraux impliquent l’existence d’organismes chimériques et de
génomes polyphyléthiques...

1.4.1. Pourquoi utiliser la taxonomie ?

Sur un plan scientifique, il est capital de bien s’entendre sur la dénomination des virus. La
classification des virus est néanmoins originale par rapport à la nomenclature binomiale latine
utilisée habituellement pour les organismes vivants.

Pratiquement, la nécessité de diviser le monde des virus en entités facilement identifiables et

acceptées universellement est la justification pour le développement d’un système de
classification.

Initié en 1966 lors d’un congrès à Moscou, un comité a ainsi été mis en place au sein de la
division virologie de l’Union Internationale des Sociétés de Microbiologie (ICTV, International
Committee for Taxonomy of Viruses). Sa tâche est de proposer un schéma taxonomique pour
tous les virus, aussi bien d’animaux (vertébrés, invertébrés, protozoaires), plantes, algues,
champi- gnons, bactéries…

Il existe donc deux classifications majeures des virus qui ne sont pas en opposition :

- La classification de l'ICTV
26
- La classification de Baltimore

A- La classification de l'ICTV

C’est le Comité International de Taxonomie Virale, créé en 1975. C’est Le système

majoritairement utilisé dans le monde, proposé en 1962 par Lwoff, Horne et Tournier. Il est basé
sur la nature et la structure du génome (type d'acide nucléique, nombre de brins, structure
physique et polarité), puis celle de la capside (symétrie), et enfin l'existence ou non d'une
enveloppe. Les virus sont répartis en :
- Ordres (-virales)
- Familles (-viridae)
- Sous familles (-virinae)
- Genre (-virus)
- Espèces

Les virus sont généralement nommés en fonction :

- Des propriétés biochimiques de la famille de laquelle ils sont issus (Ex : pico-rna-virus qui
signifie virus à ARN de petite taille)
- De la maladie qu'ils engendrent (tels les herpes virus, virus des hépatites)
- De leur morphologie
- Du lieu de découverte / d'isolation ou de la personne ayant fait leur découverte (Ebola virus,
Lassa virus, Virus d’Epstein Barr).
- De leur site d’isolement : Adénovirus

Les bactériovirus sont souvent désignés par un nom de code (phage T4 par exemple)
Les virus infectant les insectes sont souvent nommés à partir du nom de l’hôte
Les virus des plantes sont appelés selon deux critères : le nom de la plante et la description de la
maladie engendrée.
Le classement des virus n'est pas terminé ; beaucoup de familles ne sont pas encore classées. La
classification comprenait sept ordres :
• Caudovirales
• Herpesvirales
• Ligamenvirales
27
• Mononegavirales
• Nidovirales
• Picornovirales
• Tymovirales
Régulièrement, l'ICTV remet à jour cette classification. Dans son 8ème rapport, le CITV a décrit
près de 2000 espèces de virus répartis en 3 ordres, 73 familles, 9 sous-familles, 287 genres.

B- La classification de Baltimore

Alors que les rapports du comité CITV représentent l’autorité officielle, en taxonomie virale, des
nombreux virologues trouvent plus facile d’utiliser un mode de classification alternatif établi par
le lauréat du prix Nobel, David Baltimore.

Le système Baltimore est complémentaire au système CITV mais se base surtout sur le génome
des virus et sur le procédé utilisé pour synthétiser l’ARNm viral.
Le système original de Baltimore reconnaît 6 groupes de virus. Depuis, le système a été étendu à
7 groupes, en partie en considérant la réplication du génome ainsi que la synthèse de l’ARNm.
Ce système permet de simplifier le vaste éventail de cycles viraux en un nombre relativement
petit de types de base. La classification de David Baltimore comprend donc 7 groupes, En
fonction des particularités du génome (le type d'acide nucléiques et sa polarité, et ainsi sa
stratégie d'expression/réplication). Elle permet de rendre directement compte du mécanisme du
cycle viral.

28
La classification de David Baltimore comprend donc 7 groupes, En fonction des particularités du
génome (le type d'acide nucléiques et sa polarité, et ainsi sa stratégie d'expression/réplication). Elle
permet de rendre directement compte du mécanisme du cycle viral.

Classification de Baltimore

Groupe I : ADN bicaténaire circulaire ou linéaire

Le génome doit pénétrer dans le noyau (sauf pour les poxvirus), où il utilisera les polymérases
cellulaires pour effectuer les étapes de réplication et d’expression. Les conséquences sont que le
virus est totalement dépendant de la division cellulaire pour mener à bien son cycle viral. Si la
cellule cible n’est pas en phase S (moment du cycle cellulaire où les ADN polymérases
travaillent pour répliquer le génome de la cellule), le virus est incapable de se répliquer
entièrement, il pourra au mieux produire ses protéines. De ce fait, certains virus du groupe I ont
développé des stratégies pour remédier à ce « problème » : ils forcent la cellule (par l’expression
de diverses protéines inductrices du cycle) à entrer en mitose, pour pouvoir répliquer leur propre
génome (mais la division non contrôlée des cellules peut engendrer une cancérisation).

29
- Groupe II : ADN monocaténaire

Ces virus nécessitent également d’entrer dans le noyau de la cellule hôte pour s’exprimer. Là
encore, ils utilisent la machinerie cellulaire. L’ADN polymérase cellulaire permet au génome
monocaténaire viral de devenir de l’ADN double brin, qui sera ensuite transcrit

Groupe III : ARN bicaténaire

Une transcriptase virale produit de l’ARNm

Groupe IV : ARN monocaténaire à polarité positive

Cet ARN est simplement copié, afin d’obtenir de l’ARNm prêt à l’emploi

Groupe V : ARN monocaténaire à polarité négative

Le génome est antisens : il ne permet pas la traduction des protéines tel quel. Un ARN
complémentaire, cette fois-ci à polarité positive est synthétisé. Celui-ci servira de matrice pour
produire un nouveau génome monocaténaire à polarité négative, en plus d’aboutir à la production
de protéines

Groupe VI : Rétrovirus à ARN simple brin

Utilisation d’une transcriptase inverse pour transformer le génome (ARN) en ADN double brin.
Cet ADN double brin ira s’intégrer dans le génome cellulaire, avant d’être transcrit par le
matériel cellulaire.

Groupe VII : Rétrovirus à ADN double brin

Devient de l’ARN simple brin grâce à une Reverse Transcriptase virale. Cet ARN aboutira à un
ARNm.

30
Tableau : Stratégies de réplication et de synthèse d’ARNm dans les groupes de Baltimore

31
CHAPITRE 2 : CYCLE VIRAL

L’interaction spécifique entre une protéine virale et un récepteur cellulaire permet au virus de
s’attacher à la cellule et d’y introduire son génome. Celui-ci joue deux rôles essentiels dans la
cellule infectée : d’une part, il assure l’expression des protéines virales ; d’autre part, il est
répliqué puis encapsidé pour générer de nouveaux virions infectieux. Ces derniers sont libérés
par la cellule infectée et peuvent alors propager l’infection. Etant donné que la réplication du
génome viral et l’expression des protéines du virus dépendent en bonne partie de la machinerie
cellulaire qui est compartimentalisée, le cycle de réplication des virus dans une cellule varie
fortement selon la nature du virus et de son génome.

Figure 1.13: Représentation schématique du cycle viral

Le cycle d’infection d’une cellule par un virus peut être décomposé en trois grandes étapes :
1. L’attachement, la pénétration, et la décapsidation qui conduisent à l’internalisation du génome
viral dans la cellule cible.
2. L’expression des gènes et la réplication qui vont, respectivement, assurer la synthèse des
protéines codées par le génome viral et permettre la multiplication de ce génome.
3. L’assemblage et la sortie qui vont mener à la production et la libération de particules virales
infectieuses, capables de propager l’infection à d’autres cellules.

32
2.1. Attachement

Le premier stade de l’infection est la rencontre du virus et de la cellule cible (adsorption).

L’attachement du virus à la cellule survient alors, suite à la reconnaissance d’un récepteur qui est
spécifique pour le virus et correspond classiquement à une protéine de surface de la cellule cible.
L’expression de ce récepteur est souvent limitée à certains types de cellules ou de tissus. Le
récepteur est donc généralement un déterminant crucial du tropisme d’un virus.

Côté virus, la reconnaissance du récepteur cellulaire s’exerce par un composant externe du

virion. Dans le cas des virus enveloppés, ce sont des glycoprotéines de l’enveloppe virale qui
assurent la reconnaissance d’un récepteur sur la cellule à infecter. Dans le cas des virus nus, cette
interaction se fait par les protéines de la capside.

“Récepteur viral et interaction virus-récepteur”

- Le récepteur utilisé par les virus pour se fixer sur la cellule hôte est une molécule de surface de
cette cellule. Celle-ci peut-être une protéine membranaire (le plus souvent), un sucre (souvent
attaché lui- même à une protéine), des protéoglycanes, un glycosaminoglycane comme l’hérapan
sulfate...

33
Figure 1.14 : Attachement du VIH à la molécule CD4 servant de récepteur cellulaire et au
corécepteur CCR5.

Ce récepteur n’est pas exprimé par la cellule dans le but de favoriser l’infection par les virus. Il
joue généralement un rôle physiologique important pour la cellule en question : interaction avec
les cellules voisines, capture et transport de composés extracellulaires....

Par exemple, le virus du sida utilise comme récepteur la molécule CD4, exprimée par certains
lymphocytes T et par les macrophages. Cette molécule est essentielle au fonctionnement des
lymphocytes T CD4+, en leur permettant d’interagir avec les molécules du complexe majeur
d’histocompatibilité de classe II exprimées par les cellules présentatrices de l’antigène.

L’interaction entre le virus et le récepteur est spécifique. Chaque espèce de virus a évolué pour
reconnaître un récepteur donné. Il existe néanmoins quelques cas de virus d’espèces différentes
qui utilisent un récepteur commun.

“Corécepteur”: Parfois, l’infection d’une cellule fait intervenir la reconnaissance de plus d’une
molécule cellulaire. On parle alors de récepteur et de corécepteur.

2.2. Pénétration (entrée) et décapsidation

Les étapes de pénétration et de décapsidation aboutissent à la libération du génome viral dans la
cellule cible. Au cours de la pénétration du génome viral dans la cellule, celui-ci est
partiellement ou totalement débarrassé des protéines qui le protégeaient dans le virion : ce
processus de déshabillage est appelé “décapsidation”. Le génome qui aboutit dans le cytoplasme
de la cellule peut être “libre” (en général, cas des virus à ARN+ ou des virus à ADN), ou rester
associé à des nucléoprotéines sous forme de “nucléocapside” (cas des virus à ARN- ou,
transitoirement, des rétrovirus). L’entrée et la décapsidation sont des phénomènes dynamiques,
donc difficiles à étudier et relativement mal connus. Selon la nature du virus, ces étapes varient
sensiblement.

34
Figure 1.15: Schémas de nucléocapsides

a)Virus nus

Les virus nus (non-enveloppés) “injectent” leur génome dans le cytoplasme de la cellule. Cette
étape peut se faire au niveau de la membrane plasmique, suite à l’interaction de la capside avec
le récepteur. Elle peut aussi s’opérer après endocytose. Le génome est alors “injecté” à travers la
paroi de l’endosome. On pense que, dans certains cas, la capside et l’endosome subissent des
altérations qui les rendent perméables au passage du génome viral.

Figure 1.16 : Modalités d’entrée des virus nus (non-enveloppés)

35
b) Virus enveloppés

Les virus enveloppés ont en commun le fait que l’entrée de leur génome dans le cytoplasme de la
cellule hôte fait intervenir une étape de fusion de deux membranes : l’enveloppe virale et une
membrane de la cellule hôte. Cette fusion est assurée par certaines glycoprotéines de l’enveloppe
du virus.

Figure 1.17: Etapes de la fusion de l’enveloppe virale et d’une membrane cellulaire.

1. Interaction entre la glycoprotéine d’enveloppe et le récepteur / co-récepteur.
2. Modification de conformation de la glycoprotéine qui rapproche les 2 membranes
(enveloppe virale et membrane cellulaire).
3. Réarrangement des phospholipides membranaires.
4. Passage du génome dans le cytoplasme de la cellule.

- Pour certains de ces virus, la liaison au récepteur qui est exprimé en surface de la cellule permet
directement la fusion de l’enveloppe virale et de la membrane plasmique cellulaire.

36
Figure 1.18: Modalités d’entrée des virus enveloppés

- Pour les autres virus enveloppés, l’interaction avec le récepteur en surface de la cellule induit
l’endocytose du complexe virus-récepteur. La fusion survient alors entre l’enveloppe virale et la
membrane de l’endosome.

Figure 1.19: Modalités d’entrée des virus enveloppés

c) Cas particulier des virus de plantes

Les plantes se distinguent de la plupart des autres organismes par l’épaisse paroi de leurs
cellules, constituée entre autres de cellulose. Il n’y a pas de phénomène d’endocytose et les
processus de fusion de membranes ne sont pas de mise. Il en résulte que l’entrée des virus de
plantes se pro- duit le plus souvent par effraction : soit par l’intermédiaire d’insectes, de
nématodes ou de protozoaires parasitant les plantes, soit par inoculation mécanique. Certains
virus de plantes sont transmis efficacement par la voie végétative (boutures, tubercules, …) ou
via le pollen et la semence.

Par ailleurs, le mode de propagation des virus de plantes au sein de l’organisme varie également
de manière importante par rapport à celui des virus animaux ou des bactériophages. Les cellules
végétales sont connectées entre elles par les plasmodesmes, pores dont le diamètre (proche de 20
nm) est modulable. Le virus peut donc se propager d’une cellule à une autre sans passer par un
stade de “virion extracellulaire”. Il court-circuite ainsi les étapes de libération et puis d’entrée.

37
2.3. Expression des gènes viraux et réplication

Elle commence après libération de l’acide nucléique virale dans la cellule hôte. A ce stade, le
virus ne se présente pas sous forme d’une particule entière, organisée et infectant : C’est la
PHASE D’ECLIPSE.

Au sein de la cellule, le génome viral joue deux rôles distincts. D’une part, il est utilisé pour
assurer l’expression des protéines virales, nécessaires à la réplication du virus et ensuite à la
formation de nouvelles particules virales. D’autre part, il est multiplié (“réplication”) avant d’être
encapsidé pour former de nouvelles particules virales.

La nature du génome viral détermine en bonne partie la stratégie qui sera suivie par chaque virus
pour exploiter au mieux la machinerie cellulaire, en vue d’assurer l’expression des gènes viraux
et la réplication du génome. Il faut noter que la cellule est un espace compartimenté dans lequel
différentes étapes de la réplication, de l’expression des gènes ou de l’adressage des protéines
peuvent survenir dans des compartiments distincts.

a) Les virus à ADN

Les virus à ADN double brin (Groupe I selon Baltimore) utilisent généralement la machinerie
cellulaire, tant pour leur réplication que pour la transcription de leurs gènes en ARNm et ensuite
pour la maturation de ces ARNm. Leur cycle est donc nucléaire.

Il existe, pour les virus à ADN, une régulation dans le temps de l’expression des gènes. On
distingue, selon les cas, les ARNm immédiats, précoces et tardifs.

- Certains virus, comme les parvovirus, ont un génome monocaténaire (ADN simple brin)
(Groupe II selon Baltimore). Ces virus utilisent néanmoins les ADN polymérases cellulaires pour
leur réplication (qui passe transitoirement par une forme double brin), et l’ARN-polymérase II
cellulaire pour la transcription du génome en ARNm.

- La dépendance de la réplication virale aux enzymes cellulaires nécessite que les cellules soient
elles-mêmes en phase de réplication. Par exemple, les parvovirus infectent préférentiellement,
voire exclusivement, les cellules en mitose.

38
Figure 1.20: Réplication des virus à ADN.

Le génome des virus à ADN (à l’exception de celui des Poxvirus) est répliqué dans le noyau. Il
est généralement répliqué et transcrit par les polymérases cellulaires (en bleu sur le schéma). Le
génome des virus à ADN simple brin (ADN-ss) est converti en ADN double brin (ADN-ds) par la
polymérase cellulaire. La maturation des ARNm et leur traduction sont assurées par la
machinerie cellulaire.

b) Les virus à ARN

Les virus à ARN ont un cycle de réplication cytoplasmique. Aucune enzyme nucléaire de la
cellule ne peut leur être utile pour la réplication ou la transcription étant donné qu’à ce jour,
aucune ARN-polymérase ARN-dépendante capable de retranscrire de longs segments d’ARN n’a
été décelée dans les cellules de mammifères. Les virus à ARN codent donc leur propre
polymérase. La polymérase virale est généralement une enzyme multifonctionnelle qui assure les
fonctions de réplication du génome, de transcription en ARNm et parfois d’addition de coiffe et
de queue de poly A sur les ARNs messagers. En se répliquant dans le cytoplasme des cellules, ils

39
peuvent exploiter la présence des ribosomes cellulaires pour assurer la traduction de leurs
ARNm.

Certains virus à ARN, dont le virus de la grippe (ortho- myxovirus) ou le virus de Borna (famille
des Bornaviridae, apparenté aux Rhabdoviridae), font exception à cette règle en se répliquant
dans le noyau de la cellule. Ces virus exploitent la machinerie d’épissage de la cellule (nucléaire)
pour augmenter leur capacité codante, grâce à l’épissage différentiel.

b1) Les virus à ARN positif (ARN+) (groupe IV selon Baltimore)

On appelle “ARN de polarité positive” ou “ARN+” les ARNs qui ont la même polarité que
l’ARN messager codant pour les protéines. La plupart des virus à ARN+ (si pas tous) ont un
génome qui possède les signaux requis pour être tra- duit directement par les ribosomes de la
cellule hôte.

Chez certains virus, comme les picornavirus ou les flavivirus, la totalité des protéines virales
peuvent être synthé- tisées à partir de l’ARN génomique. Chez ces virus, un seul cadre de lecture
ouvert (ORF pour “Open Reading Frame”) assure la synthèse d’une polyprotéine qui est clivée
par un processus autocatalytique (protéases virales contenues dans la polyprotéine) pour fournir
l’ensemble des protéines virales.

Chez d’autres virus comme les togavirus ou les coronavirus, seule une partie des protéines peut
être produite en utilisant le génome comme ARNm. Parmi ces protéines, on trouve la polymérase
virale. Cette polymérase assurera la synthèse d’un brin complémentaire au génome (antigénome)
puis la synthèse d’ARNm génomiques ou sub-génomiques, ces derniers permettant la traduction
des autres protéines virales (souvent les protéines structurales).

40
Figure 1.21: Réplication des virus à ARN+ (sans ARNm sub-génomique)

Le génome de certains virus à ARN+ code pour une polyprotéine unique qui subit un clivage par
une ou plusieurs protéase(s) virale(s) pour donner l’ensemble des protéines nécessaires au cycle
viral. Dans ce cas, toutes les protéines du virus sont donc traduites à partir de l’ARN
génomique.
La réplication du génome est assurée par une polymérase virale qui recopie l’ARN génomique
(+) en ARN anti-génomique (-) et ensuite recopie cet ARN anti-génomique en ARN génomique.

Le cycle de réplication des virus à ARN+ est cytoplasmique. La réplication et la transcription

sont dues à une polymérase virale. La traduction est assurée par la machinerie cellulaire.

41
Figure 1.22: Réplication des virus à ARN+ (avec ARNm sub-génomique)

Chez certains virus à ARN+, la traduction du génome fournit une partie des protéines virales.
Les ARNm codant pour les autres protéines sont transcrits par la polymérase virale à partir de
l’ARN anti-génomique.
Ces ARNm ne correspondent qu’à une portion du génome et sont donc appelés ARNm sub-
génomiques.
Le cycle de réplication des virus à ARN+ est cytoplasmique.
La réplication et la transcription sont dues à une polymérase virale. La traduction est assurée
par la machinerie cellulaire.

Du fait que le génome des virus ARN+ est généralement reconnu comme ARNm par la
machinerie cellulaire, il est aisé d’obtenir des clones infectieux de ces virus.

b2) Les virus à ARN négatif (ARN-) (Groupe V selon Baltimore)

Les virus à ARN négatif “ARN-” (rhabdovirus, para- myxovirus, orthomyxovirus) ont un
génome dont la polarité est complémentaire à celle des ARNs messagers. Les génomes de ces
virus ne peuvent donc en aucun cas être utilisés directement par les ribosomes cellulaires pour
assurer la traduction.
42
Comme dans le cas des virus à ARN+, la polymérase utilisée par ces virus est codée par le
génome viral. Il s’agit d’une ARN-polymérase ARN-dépendante qui assure les fonctions de
transcription et de réplication du génome.

Pour la transcription, la polymérase codée par le vi- rus forme, à partir du génome à ARN-, des
ARNm sub-génomiques correspondant à chaque “gène”. Ces ARNm sont alors pris en charge
par les ribosomes cellulaires pour être traduits. Pour la réplication, la même polymérase
synthétise un antigénome (copie complémentaire de la totalité du génome) qui sert ensuite de
matrice pour la production de nouveaux génomes à ARN-.

Figure 1.23: Réplication des virus à ARN-

Le génome des virus à ARN- est transcrit en ARNm sub-génomiques par l’ARN-polymérase
virale. Cette même ARN-polymérase assure aussi la réplication du génome viral (ARN- > ARN+
> ARN-). La traduction des ARNm est assurée par les ribosomes cellulaires

b3) Les virus à ARN double brin (ARNds) (Groupe III selon Baltimore)
Certains virus comme les réovirus, les rotavirus, et les birnavirus ont un génome segmenté
constitué d’ARN bicaténaire. Le brin d’ARN- sert de matrice pour la production des différents
ARNs messagers. Comme pour les autres virus à ARN, une polymérase codée par le virus est
responsable de la transcription et de la réplication du génome.

43
c) Les virus utilisant une transcriptase inverse

Les rétrovirus (virus HIV, HTLV...), les Hépadnavirus (virus de l’hépatite B) et les Caulimovirus
(virus de la mosaïque du chou-fleur) ont la particularité de coder pour une transcriptase inverse
(reverse transcriptase/RT) qui, au cours de leur cycle de réplication, convertit un ARN+ viral en
ADN double brin (rétrotranscription).
Dans le cas des rétrovirus, c’est la molécule d’ARN qui est encapsidée pour former le virion et la
rétrotranscription s’effectue au moment où la nucléocapside virale pénètre dans le cytoplasme de
la cellule infectée (groupe VI selon Baltimore).
Dans les deux autres cas (Hepadnavirus et Caulimovirus), la rétrotranscription s’effectue au
moment ou le virus quitte le cytoplasme de la cellule infectée. C’est donc un génome à ADN qui
est encapsidé pour former les virions (groupe VII selon Baltimore).

Figure 1.24: Réplication des rétrovirus

Le génome des rétrovirus est un ARNm transcrit initialement par l’ARN-polymérase II
cellulaire. La transcriptase inverse recopie cet ARN en ADN double-brin qui migre dans le
noyau et est intégré dans le génome de la cellule. L’ARNm viral transcrit par l’ARN-polymérase
II cellulaire peut soit subir un épissage soit rester non-épissé, et est exporté vers le cytoplasme
où il est traduit par les ribosomes cellulaires.

44
2.4. Assemblage et sortie

Après la réplication du génome viral et la synthèse des protéines structurales, les virions sont
assemblés et libérés par la cellule hôte, de manière à pouvoir se propager à d’autres cellules ou
d’autres organismes.

a) Virus non-enveloppés
Il semble que l’assemblage des virus non-enveloppés résulte d’un processus très efficace d’auto-
assemblage associant le génome viral et les protéines de capside. Les virus matures s’accumulent
dans le noyau ou le cytoplasme de la cellule infectée puis sont libérés par lyse cellulaire.

Cette lyse survient suite à la désorganisation structurale et métabolique de la cellule infectée

causée par la production massive des éléments viraux au détriment des protéines cellulaires. Il
n’existe, à l’heure actuelle, aucune démonstration claire de libération des virus nus en absence de
lyse cellulaire. Cependant, ce type d’événement est parfois suspecté.

b) Virus enveloppés

Les virus enveloppés sont libérés des cellules infectées par bourgeonnement. Les glycoprotéines
codées par ces virus sont insérées dans la membrane plasmique cellulaire. Les nucléocapsides
assemblées dans le noyau ou le cytoplasme vont aller interagir avec les régions de membrane
hérissées de glycoprotéines. Cette interaction se fait le plus souvent par l’entremise d’une
protéine de matrice, localisée à la surface interne de la membrane plasmique.

Le bourgeonnement s’initie alors et aboutit à la libération de nucléocapsides entourées d’une

enveloppe correspondant à la membrane plasmique de la cellule productrice, dans laquelle sont
insérées les glycoprotéines virales.

45
Figure 1.25 : Sortie des virus enveloppés

A l’inverse de la libération par lyse cellulaire, la production de virus enveloppés par

bourgeonnement ne s’accompagne pas forcément de la mort de la cellule productrice.

2.5 Conséquences possibles de la multiplication virale pour la cellule infectée

Les virus ne sont pas des organismes autonomes, à l’inverse de la plupart des bactéries ou des
protozoaires. Les virus sont des parasites obligés qui dépendent de la cellule qu’ils infectent pour
la réplication de leur génome et la production de leurs constituants (protéines, enveloppe...). Ils
entretiennent donc une relation particulière avec la cellule dans la mesure où ils en exploitent les
ressources. Ils détournent le fonctionnement de la cellule à leur profit tout en la ménageant pour
que les ressources cellulaires ne s’épuisent pas prématurément.

Par ailleurs, la cellule peut aussi réagir à la présence d’une infection en activant certains
processus de défense antivirale, comme la sécrétion de cytokines, en particulier les interférons,
ou en déclenchant un programme de mort cellulaire programmée (apoptose) bloquant rapidement
la réplication virale.

46
Figure 1.26: Issues de l’infection d’une cellule.

1. Infection abortive : se solde par l’élimination du virus.

2. Infection persistante : la cellule reste en vie mais le virus s’y réplique et peut éventuellement
être transmis.
3. Infection lytique : la cellule est détruite, ce qui libère les particules virales.

Conditions de multiplication des virus

Quatre types d'éléments sont nécessaires :
1. L'information génétique du virus contenue dans son génome,
2. La matière première : de petites molécules tels les acides aminés, acides gras,
nucléotides.
3. L'énergie : c'est l'énergie libérée par hydrolyse de composés tels que l'ATP.
4. Les accélérateurs biologiques : les enzymes.
Le virus n'a pas de réserves de petites molécules et n’a pas non plus de système, même primitif,
qui lui permettrait de puiser ces composants dans le milieu extérieur. Un virus est donc incapable
par lui-même de synthétiser un autre virus.

47
Pour se multiplier, un virus n'a que son génome et doit l’introduire dans un endroit où se trouvent
des sources de matière première, des sources d'énergie, des enzymes : l'intérieur d'une cellule
vivante.

48
CHAPITRE 3 : VARIATIONS GÉNÉTIQUES

Lorsque nous considérons une population de virus, nous avons généralement à faire à un groupe
de virus avec une certaine hétérogénéité. Il s’agit en effet de milliards d’individus qui peuvent
avoir évolué de façon différente. Tous ne seront pas identiques du point de vue génétique, même
à l’intérieur d’un même hôte. Les mécanismes principaux qui entraînent des modifications
génétiques chez les virus sont la mutation, la recombinaison et une variante de celle-ci, le
réassortiment. Par ailleurs, au cours de leur évolution, des virus peuvent perdre certains
éléments génétiques (délétion) ou au contraire en acquérir, par exemple à partir d’une cellule
(insertion). Des phénomènes d’inversion et de répétition de certains fragments génomiques
participent également à l’évolution des virus.

3.1. Mutations
Dans toute chaîne d’acides nucléiques, des erreurs peuvent survenir lors de la transcription,
entraînant un changement de l’information génétique (mutation). Ce phénomène ne survient
donc que chez des virus en réplication.

De façon générale, la survenue de ces mutations est plus fréquente chez les virus à ARN. Les
polymérases auxquelles ils font appel (polymérases ARN dépendantes) n’ont en effet pas de
mécanismes correcteurs (activité exonucléase 3’-5’) à la différence des polymérases ADN-
dépendantes qui doivent assurer la pérennité du code génétique. Ces mutations peuvent être des
transitions (remplacement d’une purine purine par une purine, une pyrimidine par une
pyrimidine) ou des transversions (Purine par une pyrimidine) (moins fréquentes).

Si une mutation est neutre ou même favorable, elle peut persister. Lorsqu’un nucléotide est
substitué par un autre, on parle d’une mutation ponctuelle. Celle-ci peut être silencieuse
lorsqu’elle n’entraîne pas de modifications au niveau de la chaîne d’acides aminés et n’affecte
pas une séquence ou une structure des acides nucléiques importante à la réplication.

Un phénomène particulier est celui observé avec le virus de la grippe chez l’homme
(influenza). Sous la pression immunitaire de la population humaine mondiale, le virus évolue en
accumulant progressivement des mutations, ce qui entraîne un glissement antigénique ou « drift
». Cela lui permettra de retrouver périodiquement une population humaine non immunisée contre

49
le virus mutant présent. C’est la raison pour laquelle les vaccins contre le virus de la grippe
doivent être adaptés chaque année.

Lorsqu’une mutation d’une région codante se traduit par un changement d’acide aminé, celui-ci
peut être délétère, conférer un avantage au virus ou encore ne pas avoir d’incidence. Si la
mutation favorise le virus parce qu’il est mieux adapté aux circonstances extérieures, le mutant
va progressivement prendre le dessus sur le virus d’origine. Les facteurs externes qui entraînent
une sélection peuvent être le système immunitaire, le changement de milieu qu’engendre un
nouvel hôte ou des médicaments antiviraux. Lorsqu’à l’intérieur d’un même hôte se développe
une population variée de différents virus mutants, on parle de « quasi-espèce ».

Pour distinguer les différents mutants, on peut avoir recours au clonage, qui permet de les
individualiser. Si on fait un séquençage nucléotidique global, on obtiendra une séquence
consensus, qui est constituée d’un mélange des différentes séquences dominantes dans la
population virale.

Le phénomène de quasi-espèce permet au virus de s’adapter rapidement à des circonstances

changeantes. C’est ainsi que dans l’infection par le virus du SIDA (HIV/VIH) ou le virus de
l’hépatite C, le virus parviendra à échapper continuellement au système immunitaire et à établir
une infection chronique. L’existence de quasi-espèce dans le cas du VIH entraîne une grande
plasticité du virus, qui échappe rapidement au traitement lorsque celui-ci présente des
défaillances.

Au niveau de la population mondiale, on voit que ces évolutions progressives entraînent des
ensembles de virus qu’on peut différencier du point de vue génétique sous forme de différents
génotypes, éventuellement regroupés en génogroupes.

3.1.1. Mutation de substitution

La mutation de substitution est le remplacement d’un nucléotide par un autre. Ces mutations
peuvent être 1) des transitions, où une purine remplace une purine (A ou G) ou une pyrimidine
une pyrimidine (C ou T/U), ou 2) des trans- versions où l’échange se passe entre purine et
pyrimidine. Ces dernières surviennent moins souvent.

50
3.1.2. Acide aminé

Lorsqu’une mutation se produit dans une partie codante du génome, il n’y a pas toujours un
changement correspondant d’acide aminé. Le code génétique donne des combinaisons de trois
nucléotides (= codon) codant pour un acide aminé (voir tableau). Comme il y a 4 nucléotides
différents, cela offre 64 combinaisons possibles, mais il n’y a que 20 acides aminés naturels.
Pour le même acide aminé il y a donc différents codons possibles (jusqu’à 6). Lors d’un
changement du troisième nucléotide dans un triplet, il y a peu de chances de changement d’acide
aminé, alors que les changements du premier ou deuxième nucléotide entraînent presque toujours
une modification.

3.2. Recombinaison et réassortiment

Des virus semblables peuvent échanger des régions génétiques homologues (et parfois non
homologues) lors de l’infection d’une même cellule. La polymérase passera d’un brin à l’autre
au cours de la réplication. Cela peut être favorisé, par exemple par la présence simultanée de
deux exemplaires du génome comme on l’observe dans le VIH (virus diploïde). Ce phénomène
permet au virus de se modifier rapidement. Le VIH a au cours de son évolution donné lieu à de
nombreux sous-types. Dans les populations humaines où il y a une forte transmission de ce virus,
les infections mixtes avec plusieurs sous-types ne sont pas rares et des formes recombinantes
avec des caractéristiques de deux virus « parents » ont émergé.

Une forme particulière est le réassortiment, qui peut survenir lorsque le génome du virus est
segmenté, comme cela est le cas dans le virus de la grippe, influenza. Le virus influenza A est à
l’origine un virus d’oiseaux aquatiques et dans ces espèces de nombreux types différents de ce
virus sont présents. Dans de rares cas, des infections mixtes peuvent survenir en impliquant par
exemple un virus d’oiseau et un virus humain. Lorsque cela survient, les segments des virus, qui
sont au nombre de huit, peuvent se mélanger et donner lieu à de nombreux variants. Les virus
issus de ces infections mixtes présentent des combinaisons variées de segments provenant des
deux virus d’origine (voir figure) (théoriquement 28 = 256 possibilités de combinaisons). Il est
possible qu’un de ces nouveaux virus soit particulièrement adapté à l’hôte humain et donne lieu à
ce qu’on appelle une pandémie grippale, c.à.d. une expansion rapide du virus dans la population

51
humaine non immune à ce nouveau virus. Des réassortiments avec des conséquences moins
importantes existent également : récemment on a décrit un virus influenza A H1N2
(hémagglutinine 1, neuraminidase 2) qui est un virus réassorti à partir des deux types circulant
d’influenza A, H1N1 et H3N2.

Figure 1.27: Réassortiment génétique des virus

52
CHAPITRE 4 : POUVOIR INFECTIEUX DES VIRUS

4.1. Evolution d’une infection virale

4.1.1. Dispersion de l’infection dans l’organisme

Le virus pénètre dans l’organisme et atteint d’abord des cellules permissives. En général, le virus
se multiplie d’abord localement au niveau du site d’infection initial (site de réplication primaire).

Ensuite, les virus produits peuvent éventuellement se disperser dans l’organisme pour atteindre
différents organes cibles secondaires. Parfois, le virus reste cantonné au site de réplication
primaire (ex : rhinovirus, orthomyxovirus ou les paramyxovirus, rotavirus, etc). Dans ce cas, on
parle d’infection localisée.

Dans d’autres cas, le virus se multiplie au site de réplication primaire et peut ensuite atteindre un
organe cible localisé à distance, par voie générale (sang, lymphe) : Virémie, par voie neuronale
(ex : virus de la rage, poliovirus). Il s’agit d’une infection généralisée.

En bref, on divise les infections virales en viroses localisées et généralisées. Pour les infections
virales localisées, la porte d’entrée et l’organe cible sont confondus, d’où une incubation courte
(ex : grippe). A l’inverse, la période d’incubation relativement longue pour les viroses
généralisées.

53
Tableau 1.3: Modes d’infections virales

Le temps d’incubation de la maladie est le temps séparant la contamination initiale (ou contage)
et l’apparition des premiers signes cliniques. Un exemple d’infection aiguë généralisée à
incubation longue : la poliomyélite où, après contage respiratoire ou digestif et trajet par voie
sanguine l’infection, touche les motoneurones de la corne antérieure de la moelle (polio, en grec,
signifie gris).

4.1.2. Evolution de l’infection virale d’un individu

L’infection d’un individu (à l’instar de l’infection d’une cellule) peut être abortive, persistante,
latente, ou aiguë. L’infection abortive se manifeste par la disparition rapide du virus, liée à une
faible capacité infectieuse.

L’infection aiguë est la plus classique. Elle se manifeste par une réplication et une propagation
rapide du virus. En absence d’une réponse immunitaire appropriée, une telle infection peut
évoluer en infection fulminante, c’est-à-dire une propagation très rapide et non contrôlée de
l’infection, souvent mortelle. En cas de fonctionnement adéquat de la réponse immunitaire, les
infections aiguës sont généralement rapidement contrôlées.
54
Certains virus peuvent provoquer des infections persistantes à savoir qu’ils se répliquent en
continu dans leur hôte malgré la réponse immunitaire. Cependant, le contrôle par la réponse
immunitaire maintient la quantité de virus faiblement évolutive. Un exemple type d’infection
persistante est l’infection par le virus de l’hépatite C.

Le cas de l’infection latente est légèrement différent : après la primo-infection, le virus persiste
dans l’organisme, mais en absence de réplication active (maintien du génome dans certaines
cellules avec peu ou pas de réplication).

4.1.3. Eradication et latence

Certaines infections aigues évoluent non seulement vers la guérison mais, de plus, le virus se
trouve éliminé de l’organisme. C’est le cas d’infections plus ou moins graves initialement
comme la grippe, les oreillons, les infections à poliovirus, la variole, la fièvre jaune. Dans
d’autres cas, au-delà de l’infection initiale asymptomatique ou cliniquement manifeste, malgré la
guérison clinique, s’installe à vie dans l’organisme une infection latente, non seulement
asymptomatique mais sans multiplication virale. Ainsi, après la varicelle de l’enfance, le virus
VZV persiste <dormant> dans les refuges que sont les ganglions nerveux sensitifs, l’infection
pouvant s’y réactiver à l’âge mûr en donnant le zona.

4.1.4. Infections chroniques

Au-delà de l’infection initiale asymptomatique ou cliniquement manifeste, persiste une infection

chronique, plus ou moins symptomatique, mais active, avec risque de transmission à d’autres
sujets : c’est le cas de l’infection à HIV où, après la primo-infection marquée par une
multiplication virale intense, persiste une infection à bas bruit, partiellement contrôlée par le
système immunitaire jusqu’à l’effondrement immunitaire final du SIDA marqué par, à nouveau,
une multiplication finale intense.

4.2. Principales infections par tranche d’âge

a) Principales infections virales du foetus et du nouveau-né :

 Virus de la rubéole : infections in utero,

 Cytomegalovirus : infections in utero et périnatales,

55
  Herpès simplex virus 2 : infections périnatales,
 VZV : infections in utero et périnatales,
 VIH : infections in utero et périnatales,
 VHB : principalement une infection périnatale,
 Entérovirus : infections périnatales.

b) Principales infections virales de l’enfance

 Rougeole causée par un virus à ARN du genre Morbillivirus, famille des

Paramyxoviridae,
 Rubéole causée par un virus à ARN, genre Rubivirus famille des Togaviridae,
 Le mégalérythème épidémique causé par un virus à ADN, genre Parvovirus B19, famille
des Parvoviridae.
 Exanthème subit ou “roséole” dû à un virus à ADN, (HHV6) du genre Cytomégalovirus,
famille des Herpesviridae.
 Varicelle : maladie essentiellement bénigne avec de rares complications chez les enfants
et les n-nés immunodéprimés. Causées par le VZV ou HHV3
 Oreillons : une parotide causée par le virus des oreillons

c) Virus responsables des infections du tractus respiratoire

 Un tropisme presque exclusif pour les cellules ciliées respiratoires

 Virus influenza: grippe
 Virus para-influenza et VRS
 Adénovirus respiratoire et rhinovirus
 Coronavirus
Ces virus provoquent des syndromes respiratoires différenciés en rhumes, laryngites, trachéites,
bronchites, bronchiolites, pneumonies ou grippes. Chaque syndrome respiratoire viral est
caractéristique d’un groupe de virus respiratoire : rhume avec les rhinovirus, laryngites avec les
Parainfluenza virus, bronchiolites avec le VRS, grippe avec les virus influenza. Mais il n’existe
réellement pas de spécificité étiologique.

d) Principales infections virales digestives

56
Elles sont représentées par les hépatites virales et les gastro-entérites virales :
Virus des hépatites A, B et D, C, E (familles différentes)
Virus des gastro-entérites : Rotavirus, Norovirus, Astrovirus, Adénovirus, Coronavirus, Virus de
Norwack

e) Infections virales du SNC

Pan-encéphalite subaiguë sclérosante (PESS) due au virus de la rougeole, un paramyxovirus,

Paralysie spastique tropicale (PST) due au virus humain de la leucémie à lymphocyte T type 1,
Démence associée au SIDA due au VIH type 1 et 2
Maladie de Creutzfeld-Jacob (MCJ) due à des agents transmissibles non conventionnels ou
prions.

57
CHAPITRE 5 : DEFENSE DE L’ORGANISME CONTRE L’INFECTION VIRALE

5.1. Défense contre l’infection virale

1. Introduction

Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires car ils détournent la machinerie
biochimique de leur hôte pour synthétiser des protéines et métaboliser les sucres. Ils diffèrent les
uns des autres dans leurs structures et leurs stratégies de réplication. La structure d’un virus se
résume généralement à un acide nucléique (ADN ou ARN) entouré d’une coque protéique qui
sert de protection ; certains virus étant entourés d’une enveloppe d’autres non.

Au cours de l’infection, les virus se lient à des récepteurs spécifiques de la cellule hôte. Cette
spécificité rend compte d’un tropisme d’un virus pour un hôte particulier ou une cellule
particulière. Après sa pénétration, le virus est déshabillé de ses protéines, l’acide nucléique est
libéré et la transcription commence, suivie de la production de protéines virales. Le génome viral
est répliqué et de nouvelles particules virales sont assemblées et libérées pour infecter les cellules
et tissus voisins.

Les virus ont des pouvoirs infectieux et pathogènes extrêmement variables. La pénétration se fait
habituellement par les surfaces muqueuses ; une piqûre, par un insecte ou une aiguille, permet
l’introduction du virus directement dans le sang. La réplication commence normalement au
niveau des surfaces muqueuses suivie dans certains cas par une virémie qui dissémine le virus
dans l’organisme. La guérison peut résulter de l’élimination complète du virus par l’hôte.
Cependant, certains virus persistent à l’état de latence après la guérison de l’infection aigue, et
peuvent se réactiver pour produire de nouveaux virions infectieux. D’autres virus peuvent
persister sous forme infectieuse malgré la réponse immunitaire.

2. Réponse immunitaire naturelle antivirale.

Les mécanismes de défense naturelle limitent les stades initiaux de l’infection et limitent la
diffusion du virus dans l’organisme. La première défense contre l’invasion virale est l’intégrité
des surfaces corporelles. Si celles-ci sont rompues, des mécanismes de défense naturelle
précoces (non spécifiques) sont mis en jeu : l’interféron, les cellules tueuses naturelles et les
macrophages.
58
2.1 Rôle de l’interféron

L’interféron induit l’inhibition de la réplication virale. Il existe trois types d’interférons (IFN) :

-l’IFN α: d’origine leucocytaire

-IFN β d’origine fibroblastique
-IFN γ (IFN immun).

L’infection d’une cellule par un virus induit la production d’IFN α / β, qui active des mécanismes
de défense antivirale des cellules voisines, leur permettant ainsi de résister à l’infection. Les
interférons activent un ensemble de gènes dont deux sont à l’origine d’une activité antivirale :
une protéine-kinase qui inhibe la phosphorylation d’eIF-2, bloquant ainsi la traduction des
protéines ; et une oligoadénylate synthétase qui active une endonucléase latente (RnaseL)
capable de dégrader l’ARNm viral.
Par ailleurs, l’IFN γ et α/ β augmentent l’efficacité de la réponse immunitaire spécifique en
augmentant l’expression des molécules de classe I et II du CMH et ces deux interférons servent à
activer les macrophages et les cellules NK tout en stimulant leur activité antivirale.

2.2. Rôle des cellules NK

Les cellules NK sont cytotoxiques vis-à-vis des cellules infectées par un virus. On ne sait pas
encore précisément ce que les cellules NK reconnaissent à la surface des cellules infectées par un
virus. Néanmoins, il existe une correlation inverse entre l’expression des molécules de classe I
du CMH et le pouvoir cytotoxique des cellules NK. Il est remarquable que de nombreux virus
diminuent l’expression des molécules de classe I du CMH, ce qui constituerait une stratégie leur
permettant d’échapper à la reconnaissance par les cellules T. l’IFN γ augmente l’activité des
cellules NK. Il concentre et active les cellules au site même de l’infection. Les cellules NK sont
aussi parmi les principaux effecteurs des réactions de cytotoxicité cellulaire dépendant des
anticorps (ADCC).

3. Défense de l’hôte impliquant les lymphocytes T et B.

3.1 Rôle des cellules T

L’absence de cellules T accroît considérablement la susceptibilité aux infections virales. Ainsi,

l’infection cutanée de souris athymique « nude » (qui sont dépourvus de cellules T matures) par
59
le virus Herpes simplex (HSV) se dissémine rapidement, atteint le système nerveux et entraîne la
mort de l’animal. Le transfert de cellules T spécifiques anti-HSV, peu après l’inoculation, suffit à
protéger les souris.

Les cellules T assurent l’immunité antivirale par différents mécanismes :

La surveillance antivirale exercée par les cellules T est hautement sélective et très efficace. Les
cellules T cytotoxiques CD8+, restreintes par les molécules de classe I du CMH, se concentrent
au site de réplication virale et détruisent les cellules infectées. Toutes les cellules de l’organisme
ou presque exprimant des molécules de classe I du CMH, ce mécanisme est déterminant pour
identifier et éliminer les cellules infectées par des virus.

L’essentiel de la réponse anticorps, T-dépendante, nécessite des cellules T CD4 + pour la

commutation de classe. Les cellules T CD4+ aident aussi la différenciation des cellules T
cytotoxiques CD8+ ainsi qu’au recrutement et à l’activation des macrophages au site d’infection.

3.2. Rôle des anticorps et du complément

A l’infection, la réponse immunitaire spécifique se développe. On assiste alors à l’apparition des

cellules T auxiliaires, des cellules T cytotoxiques et des anticorps antiviraux. Les anticorps
opposent une barrière à la diffusion du virus. Leur importance se remarque plus particulièrement
en cas de virémie.

Les anticorps peuvent être produits contre n’importe quelle protéine virale de la cellule infectée
mais les plus importants dans le contrôle de l’infection sont les anticorps dirigés contre les
glycoprotéines exprimées sur l’enveloppe du virion ou sur la membrane plasmique de la cellule
infectée.

Effets antiviraux des anticorps

Cible Agent Mécanisme

Virus libre Anticorps seul Bloque la fixation à la cellule
Bloque l’entrée dans la cellule
Bloque le déshabillage du virus
Anticorps + Complément Disloque l’enveloppe virale
Bloque le récepteur viral
Cellules infectée Anticorps + Complément Lyse des cellules infectées
60
 par un virus Opsonisation des virus ou des cellules
infectées en vue de la phagocytose
Anticorps liés aux cellules Cytotoxicité cellulaire dépendant
infectées par un virus d’anticorps par cellules NK, macrophages
et neutrophiles

4. Stratégies d’évasion des virus

Les virus ont développé différentes stratégies leur permettant d’échapper à la reconnaissance par
les anticorps et les cellules T. La plus efficace est la variation antigénique. Elle implique la
mutation des régions des protéines reconnues par les anticorps et les cellules T. Ce phénomène
s’observe notamment chez le VIH ; le même mécanisme rend compte des changements et de la
dérive antigénique du virus de la grippe. L’immunité humorale ne dure dans ces maladies que
jusqu’à l’apparition de la nouvelle souche, ce qui handicape la production de vaccins efficaces à
long terme. Dans l’infection par VIH, les mutations peuvent concerner les peptides viraux qui se
fixent aux molécules de classe I du CMH vis-à-vis desquelles la réponse initiale des cellules T
est dirigée. Ceci aboutit à un échec de la surveillance exercée par les cellules T et à l’émergence
de nouveaux variants viraux pathogéniques.

61
CHAPITRE 6: METHODES D’ETUDE DES VIRUS

A. Buts du diagnostic
Le diagnostic établi par un laboratoire de virologie tente de répondre à un certain nombre de
questions. En fonction de la question posée et en fonction du virus concerné, le laboratoire
appliquera des techniques différentes.

Deux types d’approche sont possibles :

 Soit la recherche directe du virus ou d’éléments de celui-ci,

 Soit une approche indirecte recherchant les signes de la réaction de l’organisme à la
présence du virus.
En médecine humaine ou vétérinaire, cette dernière approche se résume la plupart du temps à la
recherche d’anticorps.

6.1. Approche indirecte

Chez les animaux ou l’homme, les anticorps signent un contact récent ou ancien avec un
antigène donné. Les anticorps reconnaissent un antigène donné et sont donc spécifiques d’un
virus donné. Cette recherche d’anticorps se fait généralement dans du sérum, d’où le nom de test
sérologique.

On peut détecter une séropositivité, ou la présence d’anticorps. On peut également déceler sur
deux sérums successifs l’apparition d’anticorps ou séroconversion. Les anticorps sont des
immunoglobulines groupées en différentes classes, dont les IgG et les IgM.

Les IgM : présentes lors de la première réponse en phase aiguë et disparaissent en quelques mois.
La présence d’IgM : infection récente. Les IgG apparaissent à peu près au même moment et
persisteront à vie. Au cours de l’évolution de la réponse immunitaire, il y a maturation de ces
IgG qui au début ont une faible avidité pour l’antigène, laquelle augmentera au cours des mois.

a) Détection d’anticorps

Lorsqu’un animal ou un homme entre en contact avec un antigène étranger, il réagit par une
réaction immunologique spécifique. Cette réaction comprend deux volets :

- une réaction humorale: production d’Acs spécifiques qui reconnaissent l’antigène et

62
 - une réaction cellulaire.
Cette réaction survient aussi lors du contact avec un virus par infection ou vaccination. La
production d’anticorps spécifiques peut être détectée avec des techniques relativement simples.
Ces tests sont effectués généralement sur du sérum d’où le nom de tests sérologiques.

Les anticorps sont des protéines, nommées immunoglobulines ou gamma-globulines, divisées en

différentes classes : les immunoglobulines G, M, A, E. Ce sont surtout les IgG (monomères) et
les IgM (pentamères) qui seront recherchées dans le diagnostic des maladies virales.

Figure 1.42: Schéma d’une immunoglobuline G, M et A

On peut détecter une séropositivité, ou la présence d’anticorps. On peut également déceler sur
deux sérums successifs l’apparition d’anticorps ou séroconversion.

63
64
Le test sérologique détectera :
- La présence d’anticorps ou séropositivité : ceci signe le contact avec le virus mais ne
permet pas de dater le moment de l’infection.
- Une augmentation de la concentration d’anticorps entre deux sérums.
- L’apparition d’anticorps entre deux sérums successifs prélevés généralement à un
intervalle de 10 à 21 jours. On parle de séroconversion.
Cette concentration s’exprime en titre ou en unités test utilisé. Une augmentation indique qu’il y
a eu une stimulation du système immunitaire : celle-ci peut être due à une infection récente ou à
une réactivation virale symptomatique ou non.

La présence d’anticorps de la classe M (IgM), qui sont présent pendant les premiers mois après
un contact. La présence d’anticorps IgG de faible avidité : L’avidité des anticorps augmente au
cours des mois succédant à une infection aiguë. Une faible avidité indique donc une infection
récente.

65
Quelques exemples de tests sérologiques :

a) Les tests d’agglutination :

Ces tests font appel à des particules microscopiques (latex, gélatine ou globules rouges)
recouvertes d’un antigène viral avec ses épitopes, qui seront mélangées à une dilution de sérum.

Les anticorps sont capables de lier deux épitopes et établiront donc des ponts entres les particules
qui seront visibles comme une agglutination microscopique ou macroscopique.

Figure 1.43 : Test d’agglutination Apparition d’anticorps après infection et leur détection

Effet « prozone » :

Lorsqu’il y a une très grande quantité d’anticorps, il y a déséquilibre entre la quantité d’anticorps
et d’antigènes et la réaction ne se produit pas. Si on dilue le sérum la réaction devient positive.

66
Figure 1.44 : Effet prozone

Définir le taux d’anticorps par titration :

Il s’agit d’établir une série de dilutions de sérums et d’effectuer la réaction de détection avec
chaque dilution. La plus haute dilution offrant encore une réaction positive donnera le titre.
Lorsque les particules utilisées pour le test d’agglutination sont des globules rouges (avec leurs
propres protéines de surface fortement glycosylées comme antigènes), on parle
d’hémagglutination.

Ce test est souvent utilisé, pour la détection de particules virales se liant aux acides sialiques
(comme le virus de la grippe).

a2) ELISA ou EIA

Ces tests font appel à un conjugué couplant une enzyme à un anticorps de détection. Ces tests
permettent une automatisation complète des tests et de cette façon de tester de nombreux sérums.
L’ELISA permet aussi une évaluation du taux d’anticorps, mais au lieu de faire appel à une
titration, il fait appel à une courbe standard pour comparer les valeurs obtenues. Il existe de
nombreuses variantes du test ELISA, comme les tests de capture et les tests compétitifs. Le
principe peut également être modifié pour la détection d’antigènes.

Principe des tests ELISA

- Des Ag viraux ou synthétiques sont adsorbés sur phase solide, Incuber les sérums à tester
sur cette phase solide pour fixer les anticorps sur les antigènes viraux

67
 - Mise en évidence de cette réaction immunologique entre les anticorps du sérum à tester et
les antigènes viraux par un antiglobuline marqué par une enzyme (Conjugué),
- Révélation par un substrat chromogène de l’enzyme qui se colore
- Mesure de l’intensité colorimétrique par spectrophotomètre.

Interférence du facteur rhumatoïde (FR) dans les ELISA IgM

De nombreux facteurs peuvent intervenir pour créer des résultats faussement positifs. Le plus
important est le facteur rhumatoïde (FR) : il s’agit d’IgM réagissant de façon non spécifique avec
des IgG complexées ou liées à un antigène. Lorsque dans le test ELISA des IgG spécifiques se
sont liées à l’antigène et que ce complexe est reconnu par le facteur rhumatoïde présent dans le
sérum du patient, une réaction de reconnaissance d’IgM se fera lors de l’ajout de conjugué,
donnant faussement l’impression que des IgM spécifiques sont présentes.

Solution à l’interférence des FR

Il y a deux façons d’éviter l’effet du facteur rhumatoïde et en même temps d’empêcher l’effet
d’une forte concentration d’IgG spécifiques :
1. Ajout d’anti-IgG : on dilue le sérum avec un diluant contenant des anticorps anti-IgG
humaines. Ceci complexe les IgG (donc moins d’IgG en solution) et fixe le facteur rhumatoïde.

2. Test de capture : on utilise un ELISA de capture d’IgM : les IgM sont capturées par des
anticorps anti-IgM fixés sur la phase solide. Ensuite on détecte les IgM avec l’antigène viral
concerné conjugué à une enzyme. Seules les IgM spécifiques réagissent.

a3. Western blot

Lorsqu’on confirme un résultat obtenu en sérologie de routine, on utilise parfois un test dit
Western blot (WB), qui est une modification du principe ELISA énoncé plus haut.
(Voir le cours d’Immunologie général et Sérologie, partie « Sérologie » pour les détails sur le
Western blot).
6.2. Recherche directe du virus
A. Microscopie éléctronique
Le microscope électronique est un outil qui permet de visualiser des objets extrêmement petits.
68
Pour cette raison, il a été utilisé abondamment pour caractériser et identifier les virus. Conçu au
cours des années 1930, notamment par Ernst Ruska qui obtiendra un prix Nobel pour cela en
1986.

Figure 49: Microscope électronique

Le microscope électronique à transmission « transmission electron microscope » (TEM) génère

un faisceau d’électrons au départ d’une cathode soumise à un voltage très élevé. Ce faisceau
d’électrons est dirigé sur un échantillon qu’il traverse pour en révéler l’image sur un écran
fluorescent, une plaque photographique ou plus récemment sur une caméra CCD qui peut alors
révéler l’image en temps réel sur un moniteur.
La microscopie électronique permet de :
- Visualiser les virus ;
- Les quantifier ;
- Vérifier la pureté et la qualité d'une préparation virale.

La technique permet d’identifier le virus sur base de sa structure et de sa taille. Son principal
avantage est la rapidité de réalisation. On peut la combiner avantageusement avec les techniques
immunologiques. On parle alors de décoration immunologique (la particule virale est entourée
d’immunoglobulines qui lui donnent un aspect plus dense), d’immunosorbent electron
69
microscopy (ISEM) lorsque l’on adsorbe les particules virales à l’aide d’immunoglobulines, un
peu à la manière d’un ELISA.

Les applications de la ME au diagnostic sont disparues progressivement avec les progrès

d’immunologie et de la biologie moléculaire. Toutefois, elle reste utilisée dans certaines
situations épidémiques particulières. Applications rares pour des petites séries laboratoire de
recherche et études épidémiologiques. D’autres microscopes comme le microscope à balayage «
Scanning Electron Microscope » (SEM) ou le microscope de force atomique « Atomic Force
Microscope » (AFM) permettent aussi de visualiser la structure ou des détails de particules
virales.

Si elle présente un intérêt certain pour la virologie, la microscopie électronique est cependant peu
utilisée en regard de l’investissement requis et de la technicité élevée qu’elle implique.

B. DETECTION DU VIRUS PAR ISOLEMENT

Approche traditionnelle : seule méthode permettant la recherche du virus infectieux, c'est à dire
du virus qui se réplique. 3 systèmes cellulaires peuvent être utilisés :

 Oeuf de poule embryon né de 10 jours

 Animal
 Culture cellulaire (système de choix) +++

Figure 1.50: Animal d’expérience pour la propagation et l’étude des virus

B1) Isolement du virus sur oeuf de poule embryonné (1931).

70
Utilisé uniquement dans les laboratoires de référence de la Grippe pour isolement, entretien des
souches, la production d'antigènes et de vaccin.

La surface de la coquille est d’abord désinfectée à la teinture d’iode, puis percée avec une fine
mèche stérile. Après inoculation, le trou est bouché à la gélatine et l’oeuf est incubé.

Figure 1.52: Sites d’inoculation dans l’œuf embryonné

B2) Isolement du virus chez l'animal après injection intrapéritonéale ou intracérébrale des
prélèvements.

Cette méthode est utilisée uniquement pour le diagnostic des infections à Coxackie A (paralysie
flasque) et les coxackies B (paralysie spastique) : on recherche l'apparition de signes telle la
paralysie spastique ou flasque avant de sacrifier les souriceaux-nouveau-né.

B3) Technique d'isolement viral sur culture cellulaire in vitro

Malgré sa lourdeur et bien que de nombreux groupes viraux ne soient pas cultivables, le
diagnostic virologique par culture virale représente toujours la méthode de référence car elle
met en évidence la présence de particules virales infectieuses.

Principe :

Obtenir des lésions cellulaires, c a d l'apparition d'un effet cytopathogène (ECP). En effet, on sait
que le virus est un parasite intracellulaire strict, il ne se réplique que sur des cellules vivantes. A

71
partir d'une seule copie présente dans un prélèvement, on peut obtenir des millions de copies du
virus après culture.

Types de cellules :

Cellules primaires ou dites de « primo-explantation » sont obtenues à partir d'organes

(reins de singes (ne sont plus utilisées en routine), reins humains ... ) ou de cellules
sanguines.
Cellules diploïdes de fibroblastes embryonnaires humains proviennent d'organes de
fœtus humains (poumon, rein ... ) et conservent la propriété de se multiplier in vitro:
fibroblastes pulmonaires embryonnaires humains : MRC5 (1950).
Cellules en lignées continues sont des cellules hétéroploïdes transformées,
immortalisées, obtenues à partir de tissus cancéreux.
Certaines proviennent de carcinome humain de col utérin (HeLa), du larynx (Hep-2), d'autres
sont d'origine simienne (cellules Vero, MK2 qui dérivent de cellules de rein de singe), canine
(MDCK) ou bovine (MDBK)...

Méthode

Aucun système ne permet l’isolement de tous les virus : les virus ont une spécificité d'hôte, on
utilise en général les 2 ou 3 lignées cellulaires. Le choix des cultures cellulaires dépend du virus
recherché. C'est ainsi que le cytomégalovirus est isolé uniquement sur fibroblastes humains
diploïdes alors que le virus Herpes simplex peut l'être sur de nombreux types cellulaires. Certains
virus ne sont pas cultivables.

Effets Cytopathiques (CPE)

Le chercheur va chercher à détecter, par examen microscopique de cellules en culture, des

indices d’infection virale. Le spectre des effets est assez large et requiert une expérience
conséquente. On peut citer le gonflement ou le rétrécissement des cellules, les regroupements ou
la formation de syncytium pour aller dans certains cas jusqu’à la destruction complète.

72
 Figure : Effet cytopathique
Flèches noires : cellules
normales
Flèches grises : après
infection, des îlots de cellules
commencent à s’arrondir
Flèches blanches : les cellules
se détachent et meurent

Figure 1.53: Effet cytopathique

Certaines détections peuvent être réalisées endéans les premières 24h comme souvent pour le
HSV (Human Herpes Simplex Virus), mais d’autres demandent une période bien plus longue.
Dans certains cas, on va combiner le test à une hémadsorption (HAD) qui permettra
l’identification spécifique de virus qui expriment des hémagglutinines. Une détection directe
d’antigènes viraux par fluorescence peut compléter adéquatement la technologie et raccourcir de
façon importante la durée de la culture.

C. DETECTION DES ANTIGENES DU VIRUS

La détection directe des protéines antigéniques d’origine virale permet dans de nombreux cas de
poser un diagnostic rapide. Dans certains cas, cette détection est rapide et facile, comme par
exemple pour la détection du virus respiratoire syncytial (RSV) dans des sécrétions respiratoires.

Lorsque le virus n’est pas cultivable, cette approche de détection directe est souvent privilégiée.
Ce sera le cas par exemple pour la détection de l’antigène de surface du virus de l’hépatite B
(AgHBs) présent dans le sang ou encore pour les virus qui infectent les plantes. Les techniques
utilisées pour la détection directe d’antigènes sont les mêmes que celles utilisées pour la
73
détection d’anticorps, déjà décrites. On va donc utiliser des techniques d’agglutination, de
précipitation, ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) ou d’immunofluorescence.

D. DETECTION D’ACIDES NUCLEIQUES

L'utilisation des techniques de biologie moléculaire, très sensibles, a permis un essor du

diagnostic virologique. Ainsi, ces techniques permettent de :

 Porter le diagnostic d'infection par des virus difficilement ou non cultivables (parvovirus
B19, HCV),
 Raccourcir le délai de diagnostic de certains virus cultivables (CMV, VZV),
 Détecter une réplication virale active (recherche d'ARN messagers),
 Suivre l'efficacité thérapeutique (mesure de la charge virale),
 Etablir (éventuellement) le pronostic des infections virales (quantification de l'ADN de
l'HBV, de l'ARN du HIV ou de l'HCV …)
 Conclure un diagnostic face à des profils sérologiques d'interprétation douteuse ou à une
phase pré-sérologique de la maladie.
 Comparer les souches virales entre elles afin de réaliser des études épidémiologiques et
d'établir des homologies entre des souches responsables d'infections nosocomiales.

Ces techniques ne permettent pas de rechercher aveuglément une présence virale, comme chez
les bactéries, mais, il est possible de détecter des séquences conservées et communes à un groupe
viral (herpès, entérovirus).

Actuellement, on tente de développer un système d'amplification « multiplex » utilisant

simultanément plusieurs couples d'amorces correspondant à différents virus, ou des systèmes de
puces à ADN pour rechercher, dans un échantillon donné, un large éventail de génomes.

a) Hybridation

Il est possible de détecter l’ADN ou l’ARN viral par hybridation. Le principe à la base de cette
technique est tout simplement celui de la complémentarité des doubles brins ! Si l’on soumet les
acides nucléiques à une température élevée (94°C), les brins se dissocient.

74
Si lors du refroidissement, une sonde complémentaire à un des brins est présente, elle s’appariera
alors au brin cible. Les sondes sont généralement marquées à l’aide de marqueurs radioactifs
facilement identifiable.

Appliquée à la détection de l’ARN, on va parler de « Northern blot », et de « Southern blot »

lorsqu’il s’agit de détection d’ADN. Cette technique est utilisée pour la détection de certains
virus en anatomopathologie. Elle est de moins en moins utilisée dans le domaine du diagnostic
pur mais conserve tout son intérêt pour l’étude du fonctionnement viral au sein de la cellule.

b) Réaction de polymérisation en chaîne (PCR)

La réaction de polymérisation en chaîne (« Polymerase Chain Reaction » ou PCR) permet de

copier une séquence nucléotidique connue en un très grand nombre de fois ce qui en facilite la
détection, à l’aide d’amorces spécifiques et d’un appareil appelé thermocycleur.

A B

Figure 1.54: A) Thermocycleur Abbott m200rt pour PCR en temps réel. B) Appareil
GeneXpert pour PCR en temps réel

Cet appareil est capable de répéter rapidement une série de cycles de chauffe et de
refroidissements. L’excellente connaissance des génomes viraux a facilité ce développement
technologique.

Dans le cas des virus à ARN, on réalisera d’abord une transcription inverse (reverse
transcription) à l’aide d’une enzyme appelée transcriptase inverse (reverse transcriptase), avant la
réalisation de la PCR. On parlera alors d’une RT -PCR.

75
La technique est maintenant largement utilisée en virologie et déclinée en plusieurs versions,
comme la PCR multiplex qui vise l’amplification de plusieurs cibles au sein de la même
réaction ou encore la PCR nichée (nested PCR), qui permet d’augmenter encore la sensibilité de
la réaction en réalisant une PCR suivie d’une deuxième PCR ciblant une portion interne du
premier amplicon produit.

Figure 1.55: Etapes d’un cycle de PCR

76
CHAPITRE 7 : LES AGENTS ANTIVIRAUX

7.1. Caractéristiques des agents antiviraux

Les agents anti-viraux ne visent pas directement les virus eux-mêmes. Une fois fabriqués, les
virus sont par eux-mêmes métaboliquement inertes, et leurs constituants ne peuvent être détruits
sans risque pour les constituants cellulaires de l’hôte. Les antiviraux applicables à l’organisme
sont virostatiques et non virucides.

Pour réussir, un antiviral interfère avec une fonction spécifique au virus, ou interfère avec une
fonction cellulaire (pour que le virus ne puisse pas se répliquer).

Un médicament idéal sera :

- Hydrosoluble
- Stable dans le sang
- Facilement absorbable par les cellules
7. 2. Sites d’action des agents antiviraux

77
7.3. Obstacles de la chimiothérapie à base d’agents antiviraux

L’interférence avec le métabolisme cellulaire normal (risque de cytotoxicité) et la variabilité

génétique des virus (concernant l’infection par le VIH, la transcriptase inverse génère une erreur
par virus et par cycle de réplication). Néanmoins, chaque étape du cycle (pénétration, réplication,
assemblage et libération des virions) est une cible potentielle.

7.4. Exemples d’infections virales et les agents antiviraux correspondants

- VIH-ARV
- Herpes, VZV- acyclovir
- Hépatites B and C- interférons, lamivudine
- Influenzavirus A and B - Oseltamivir, Amantadine
- CMV- Foscarnet
- RSV – Ribavirin
7.5. Mode d’action des agents antiviraux.

L'action des antiviraux repose sur deux grands principes pharmacologiques : soit
l’immunomodulation via l’administration de cytokines humaines recombinantes (IFN-α2a et
IFN- α2b) uniquement utilisées dans la prise en charge des hépatites virales chroniques soit
l’inhibition de la réplication virale en bloquant une ou plusieurs étapes du cycle de réplication
viral.

a. Immunomodulation

Stimulation de l’immunité innée et acquise antivirale via l’administration d’interférons humains

de type I recombinants (IFN-α2A ou IFN-α2b). Le maintien des concentrations élevées d’IFN en
retarde leur élimination, ce qui entraîne un accroissement de leur efficacité.

b. Inhibition liaison virus-cellule cible

Le maraviroc (anti VIH) inhibe l’entrée du VIH dans ses cellules cibles en bloquant le co-
récepteur du VIH, le CCR5.

c. Inhibition de la réplication virale

78
Cette inhibition peut être compétitive (blocage du site actif de l’enzyme virale cible grâce à des
analogues nucléosidiques ou nucléotidiques) ou non compétitive (blocage de l’enzyme virale sur
un site différent de celui de fixation des nucléotides naturels). Les enzymes cibles sont : la
transcriptase inverse des virus VIH-1 & VIH-2 ou l’ADN polymerase (pour les anti-VHB et les
antiherpesviridae).

Par exemple, en bloquant l’ADN polymérase ARN dépendante du VIH (la transcriptase inverse)
par les inhibiteurs nucléosidiques ou non nucléosidiques, il y a alors formation d’un ADN
proviral qui ne peut pas s’intégrer au génome cellulaire. Les nucléosides et nucléotides inhibant
de manière compétitive les ADN ou les ARN polymérases virales doivent subir des étapes de
phosphorylation intracellulaires.

d. Inhibition de l’intégration du génome viral au sein du génome cellulaire

Les inhibiteurs de l’intégrase du VIH (raltégravir, elvitégravir, dolutégravir) sont des inhibiteurs
de l'enzyme qui assure l'intégration de l'ADN d'origine virale (obtenu à partir de l'ARN virale
sous l'effet de la transcriptase inverse) dans l'ADN humain, étape nécessaire à la reproduction du
virus.

e. Inhibition de la maturation des particules virales

Les molécules agissent en fin de cycle de réplication virale selon un mécanisme d’action
commun. Elles se lient de manière compétitive au site actif de la protéase du VIH-1 et
empêchent ainsi le clivage du précurseur polypeptidique gag et pol viraux en protéines de
structure définitive. Les particules virales nouvellement formées sont alors immatures et non
infectieuses.

f. Inhibition de la libération des particules virales

Inhibition de l’enzyme « neuraminidase » des virus de la grippe (zanamivir). Les nouvelles

particules virales ne sont pas libérées par bourgeonnement limitant ainsi la propagation du virus.
Illustration : les différentes étapes de la réplication du Virus de l'Immunodéficience Humaine
(VIH) qui constituent des cibles pour les traitements ARV.

7.6. CLASSES DES ARV

79
Plus de 20+ ARV approuvés par la FDA

NRTI NNRTI PI
Emtricitabine Efavirenz Fosamprenavir
Zidovudine Nevirapine Saquinavir
Didanosine Delavirdine Indinavir
Zalcitabine Ritonavir
Stavudine Nelfinavir
Lamivudine Inhibiteur de fusion Amprenavir
Abacavir Enfurvitide L+R(Kaletra)
Tenofovir atazanavir
Tipranavir
Entry Inhibitors Inhibiteur de l’integrase
Maraviroc Raltegravir

Médicaments anti-VIH

Nom générique Nom Abréviatio

commerci n
al
Abacavir Ziagen® ABC
Didanosine Videx® et ddI
(enteric Videx EC®
Analogues
coated)
de
nucléosid Lamivudine Epivir® 3TC
es Stavudine Zerit® d4T
inhibiteur Zidovudine Retrovir® ZDV (AZT)
s de la
Zidovudine + Combivir ZDV +
transcripta
lami- vudine ® 3TC
se inverse
(NRTI) Zidovudine + Trizivir® ZDV+3TC
lamivu- dine + +ABC
2 abacavir
Abacavir + Kivexa® ABV+3TC
lamivudine

80
 Emtricitabine Emtriva® FTC
Analogue de Tenofovir Viread® TDF
nucléotide disoproxal
(NtRTI) fumarate
2 Tenofovir / TAF
alafenamide*
Inhibiteur Efavirenz Stocrin® EFV
s non- Nevirapine Viramune NVP
nucléosidique ®
s de la
Etravirine Intelence ETV
transcriptase
®
inverse
(NNRTI) Rilpivirine Edurant® RPV
2
Saquinavir Invirase® SQV
Indinavir Crixivan® IDV
Lopinavir/ Kaletra® LPV/r
Inhibiteurs Ritonavir
de la
Fos-amprenavir Telzir® FPV
protéase
(PI) Atazanavir Reyataz® ATV
Tipranavir Aptivus® TPV
4 Darunavir Prezista® DRV
Darunavir + Rezolsta® DRV+COB
Cobicistat I
Inhibiteur de
fusion Enfuvirtide Fuzeon® T20
1
Antagonist
e du CCR-5 Maraviroc Celsentri MVC
1 ®

Inhibiteur de Raltegravir Isentress RAL

l’intégrase ®
3 Elvitegravir EVG
Dolutegravir Tivicay® DTG
Tenofovir + Truvada® TDF + FTC
emtrici-
tabine
Tenovovir + Atripla® TDF+FTC
Combinais Emtricita- bine +EFV
+ Efavirenz
81
 on de Tenofovir + Eviplera® TDF+FTC
produits de Emtricita- bine + +RPV
diérentes Rilpivirine
classes
Tenofovir +
Emtricita- bine + Stribild® TDF+FTC+
Elvitegravir + EVG+COBI
Cobicistat
Abacavir + Triumeq® ABC +
Lamivu- dine + 3TC +
Dolutegravir DTG
Abacavir + Triumeq® ABC+3TC
Lamivu- dine + +DTG
Dolutegravir
“Booster” Ritonavir Norvir® RTV ou /r
pharmacociné Cobicistat Tybost® COBI
tique
* en développement avancé, mise sur le marché future
probable. Ces molécules notées * n’ont pas encore de nom
commercial.
V. EXEMPLES CHOISIS 9
1. Virus du sida

IIème PARTIE:
VIROLOGIE SYSTEMATIQUE [

I. LES RETROVIRIDAE
Exemple : Le Virus du SIDA (VIH)

Le SIDA a été découvert en 1981 en Californie à la suite d’une épidémie rare d’infection
pulmonaire par Pneumocystis carinii (actuellement Pneumocystis jirovecii) chez des hommes
homosexuels qui semblaient en bonne santé auparavant.
En 1983 le virus sera identifié par les français Luc Montagnier et Françoise Barré-Sinoussi, et
nommé LAV (lymphadenopathy associated virus), tandis que le groupe de Robert Gallo
persistera à utiliser le nom HTLV-III. Un accord franco-américain permettra de s’entendre sur le
nom Human Immunodeficiency Virus (HIV ou VIH en français).

82
1.1. Classification et structure

Les virus qui causent le syndrome d’immunodéficience acquise ou SIDA appartiennent à la

famille des Retroviridae, genre Lentivirus. Il existe 2 types de virus de l’immunodéficience
humaine (VIH): VIH-1 et VIH-2. Ils ont globalement 42 % d’identité génétique.

Figure 2.1 : Classification du VIH

Les lentivirus sont des virus enveloppés, possédant 2 molécules d’ARN monocaténaire
identiques (le virus est diploïde) associées à l’enzyme polymérase, transcriptase inverse. L’ADN
double brin est ensuite intégré dans le génome cellulaire, via une seconde enzyme, l’intégrase.
L’ADN viral intégré dans le génome cellulaire porte le nom de “provirus”.

Figure 2.2 : Structure du VIH

83
Le génome des virus VIH-1 et VIH-2 a la structure générale du génome des retrovirus : le
provirus est flanqué par deux zones répétitives, les LTR (long terminal repeat), il possède les
gènes structuraux gag (« group antigen »), pol (« polymerase ») et env (« enveloppe »), ainsi
qu’un certain nombre de gènes codant pour des protéines non-structurales, les plus importantes
étant Tat et Rev.

Figure 2.3 : Génome du VIH

1.2 Diversité génétique

Les virus VIH-1 et VIH-2 ont des origines mèlées à celles des SIV simiens et forment plusieurs
groupes. Cela indique qu’ils sont issus de plusieurs transmissions du singe à l’homme. Le groupe
le plus important du VIH-1, responsable de la pandémie actuelle, est le groupe M.

Figure 2.4 : Arbre phylogénétique du HIV et SIV

84
Cette figure illustre le fait que les virus VIH-1 et VIH-2 ont des origines mèlées à celles des SIV
simiens et forment plu- sieurs groupes. Cela indique qu’ils sont issus de plusieurs transmissions
du singe à l’homme. Le groupe le plus important du VIH-1, responsable de la pandémie actuelle,
est le groupe M. Celui-ci s’est divisé en de multiples sous-types au cours de l’évolution chez
l’homme. Le sous- type dominant aux EU et en Europe est le sous-type B, bien qu’en Belgique
de nombreux sous-types soient présents. Les différents sous-types ont donné naissance à des
formes recombinantes appelées CRF (circulating recombinant forms). Le VIH-2 est issu de deux
transmissions indépen- dantes à partir d’un foyer simien, donnant les groupes A (le plus
commun) et B.

1.3 Cycle viral

Le récepteur principal des VIH est la molécule CD4, présente à la surface de certains
lymphocytes T, de monocytes/macrophages et de cellules dendritiques. Ces virus reconnaissent
également des récepteurs accessoires CCR5 et CXC R4, qui sont des récepteurs de chimiokines.
La liaison avec ces récepteurs va permettre la fusion entre la membrane du virus (l’enveloppe) et
la membrane cellulaire.

85
Figure 2.5 : Cycle viral du VIH

Au début de l’infection, ce seront surtout les virus reconnaissant le CCR5 (virus R5) qui seront
présents. Ils sont capables de reconnaître préférentiellement les macrophages et les cellules
dendritiques, ainsi que certaines populations de lymphocytes comme les lymphocytes mémoires.
Les virus reconnaissant le CXCR4 (virus X4), qui sont essentiellement lymphotropes,
apparaissent plus tard lorsque l’infection évolue vers le SIDA. Ces virus X4 induisent des
syncytia dans certaines lignées cellulaires et furent appelés « syncytium inducing » (SI). Il existe
des virus reconnaissant les deux types de corécepteurs. Ces virus sont appelés R5/X4. Les VIH
ont comme caractéristiques essentielles de détruire les cellules qu’ils infectent, de posséder un
grand nombre de gènes régulateurs et de présenter une très grande variabilité génétique. Ils se
présentent comme quasi-espèce chez les personnes infectées.

1.4 Transmission-Epidémiologie

Les VIH sont transmis par le sang et ses dérivés, par contact sexuel et par passage de la mère à
l’enfant. Le VIH-1 a une diffusion mondiale et le VIH-2 une diffusion surtout restreinte à
l’Afrique de l’Ouest. Dans les pays occidentaux les groupes les plus exposés sont les homo- et

86
bisexuels masculins et les toxicomanes par voie intraveineuse, ainsi que les migrants provenant
d’Afrique sub-saharienne.

Figure 2.6 : Modes de transmission du VIH

Bien que l’incidence du VIH tende aujourd’hui à diminuer, la prévalence de l’infection augmente
car l’espérance de vie des patients infectés a augmenté grâce aux traitements. Les pays en voie
de développement sont de loin les plus touchés.
L’allaitement maternel peut permettre la transmission du VIH. Il semble cependant que celle-ci
serait plus importante lors d’un allaitement mixte (maternel/artificiel) et que l’allaitement mixte
favorise la survenue de diverses autres maladies infectieuses. Il faut recommander un allaitement
maternel intégral pendant les 6 premiers mois de vie, s’il est accompagné d’un traitement
antirétroviral efficace. Le traitement de la mère dans cette période réduit fortement la
transmission.

1.5 Infection humaine

Les VIH sont responsables d’un syndrome qui se caractérise par la disparition lente et inéluctable
des Lymphocytes CD4+, aboutissant au SIDA ou syndrome d’immunodéficience acquise. La
durée d’incubation naturelle moyenne est estimée à 8 ans. Elle est actuellement fort prolongée
grâce au traitement.

87
La primo-infection passe souvent inaperçue. Dans 30 % des cas elle s’accompagne d’un
syndrome clinique s’accompagnant de fièvre ou d’une maladie ressemblant à la mononucléose
infectieuse.
Les anticorps apparaissent de 3 à 12 semaines après l’infection.

Ensuite s’installe un état de portage asymptomatique.

Une variété de symptômes vont survenir après un temps variable et traduire la détérioration
clinique et l’immunodépression (dans le temps, ceci était appelé « AIDS related complex » ou
ARC) :
- diarrhée,
- fièvre,
- amaigrissement,
- lymphadénopathies.
La survenue d’infections opportunistes, du sarcome de Kaposi ou d’autres tumeurs malignes,
indiquant une diminution des défenses immunitaires, signe l’entrée dans le SIDA.
D’autres pathologies, non indicatives du SIDA, peuvent survenir tels des dysplasies cervicales,
des épisodes de zona ou une candidose buccale.

1.5.1 Evolution de l’infection

A peu près 3 semaines après une infection apparaît l’antigène p24 (Ag p24) dans le sang, précédé
de quelques jours de l’ARN viral. Les anticorps sont généralement présents endéans les 6
semaines. Après la phase aigüe il y a une longue phase de latence clinique, accompagnée d’une
persistance de l’ARN viral, dont la concentration (charge virale) descend à un plateau plus faible
qu’en phase aiguë.
La charge virale augmentera à nouveau lorsque l’évolution vers les manifestations cliniques se
fait.
L’antigène, détectable au début, devient indétectable ensuite pour réapparaître vers la fin.

88
Figure 2.7: Evolution de l’infection.
A peu près 3 semaines après une infection apparaît l’antigène p24 (Ag p24) dans le sang,
précédé de quelques jours de l’ARN viral. Les anticorps sont généralement présents endéans les
6 semaines. Après la phase aigüe il y a une longue phase de latence clinique, accompagnée
d’une persistance de l’ARN viral, dont la concentration (charge virale) descend à un plateau
plus faible qu’en phase aiguë, pour augmenter à nouveau lorsque l’évolution vers les
manifestations cli- niques se fait. L’antigène, détectable au début, devient indétectable ensuite
pour réapparaître vers la fin. Les anticorps sont le signe d’infection le plus constant et le plus
facilement décelable, par exemple par ELISA ; ils sont présents à vie. Au cours de l’évolution il
y a une diminution progressive du taux de lymphocytes CD4+.
Les anticorps sont le signe d’infection le plus constant et le plus facilement décelable, par
exemple par ELISA ; ils sont présents à vie. Au cours de l’évolution il y a une diminution
progressive du taux de lymphocytes CD4+.
Sans traitement, les effets physiopathologiques les plus marquants de l’infection par le VIH sont
liés à l’immunodéficience, le stade SIDA entraînant la mort du patient. Depuis la disponibilité de
traitements efficaces, l’espérance de vie prolongée à rendu possible l’observations de
manifestations pathologiques non-liées au SIDA.

1.6 Diagnostic de laboratoire

Chez l’adulte, le diagnostic est sérologique et nécessite un test de dépistage (généralement

ELISA) pour la recherche des anticorps puis un test de confirmation (type Western Blot).
Le test est généralement positif dans les 3 à 6 semaines suivant une contamination et
certainement dans les 3 mois. La détection de l’antigène p24 libre circulant dans le plasma ou le
sérum peut être intéressante en cas de suspicion de primo-infection. Actuellement les tests de

89
dépistage de 4ème génération combinent la recherche d’anticorps et d’antigène p24. Ceci permet
un résultat positif dans les deux à trois semaines.
L’ARN viral plasmatique est le premier marqueur biologique détectable lors d’une primo-
infection, il peut également être utile en cas de suspicion de primo-infection. La détection, par
PCR, d’ADN proviral intégré dans les cellules mononucléées du sang (lymphocytes et
monocytes) est une technique très sensible et spécifique. Une application importante du
dépistage des provirus par PCR est le diagnostic chez l’enfant (Diagnostic précoce). En effet,
celui-ci peut avoir des anticorps maternels jusqu’à 15 mois, compliquant la détection sérologique
de l’infection.

La quantification d’ARN viral (on parle de charge virale) par RT- PCR dans le plasma permet
de suivre les patients sous traitement, et d’évaluer le risque de progression et de transmission. Il
est également possible de rechercher la résistance du VIH aux produits antiviraux ; la technique
la plus utilisée dans ce cadre est le génotypage : par définition de la séquence nucléotidique
codant pour les protéines cibles (transcriptase inverse, protéase, intégrase) on recherche des
mutations entraînant la résistance. Le suivi régulier de la concentration en lymphocytes CD4+
permet d’évaluer l’état du système immunitaire du patient.

Des test rapides, basés sur la recherche d’anticorps dans la salive ou dans une goutte de sang,
peuvent être effectués en quelques minutes. Certains sont disponibles en “auto-test” réalisé par le
patient. Leur sensibilité reste plus faible que les tests ELISA de 4 è génération : leur interprétation
correcte peut nécessiter des tests complémentaires en laboratoire.

Les algorithmes proposés au niveau national pour le dépistage du VIH sont les suivants :

90
91
92
93
1.7 Traitement

Historiquement, la première approche utilisée dans le traitement de l’infection par le virus du

SIDA a été le développement de molécules capables d’interférer avec le fonctionnement de la
transcriptase inverse. L’AZT ou Zidovudine, inhibiteur de la RT, est la première molécule ayant
démontré son efficacité, en allongeant la durée de survie des patients atteints de SIDA. Il s’agit
d’un analogue de nucléoside.

Ensuite d’autres inhibiteurs nucléosidiques de la RT (NRTI) ont été développés, suivis

d’inhibiteurs non nucléosidiques de la RT (NNRTI) et d’inhibiteurs de la protéase (PI). En 2003
un inhibiteur de la fusion des membranes par interférence avec la glycoprotéine
transmembranaire du virus est entré en pratique clinique (T20 ou Fuzeon®). Ce produit n’est
pratiquement plus utilisé car il n’existe que sous forme injectable à administrer deux fois par
jour.

94
Une autre approche actuelle est l’utilisation de produits bloquant le co-récepteur nécessaire à la
fusion des membranes, le CCR5. L’utilisation de ce dernier produit est limitée à l’inhibition des
virus R5.

La dernière approche ayant mené à de nouveaux médicaments, est le blocage de l’intégrase,

enzyme nécessaire à l’intégration de l’ADN proviral dans l’ADN chromosomique de la cellule.

Dans le traitement actuel, on associe d’emblée 3 ou 4 antiviraux (Highly Active AntiRetroviral

Therapy = HAART ; ou combined AntiRetroviral Treatment = cART). La combinaison de départ
inclut toujours deux NRTI (ou NtRTI) associés à un INI, ou associé à RPV (NNRTI) ou DRV
(PI).

Le traitement antirétroviral va permettre l’arrêt de la réplication virale, qui sera matérialisé par
une charge virale indétectable dans les prélèvements sanguins. En conséquence, le système
immunitaire du patient va pouvoir se reconstituer, ce qui se mesurera en clinique par une hausse
progressive du nombre de lymphocytes CD4 circulants.

95
II. LES PICORNAVIRIDAE

1. Introduction

La famille des Picornaviridae ou picornavirus regroupe de nombreux petits virus à ARN (PICO
= petit + RNA + VIRUS). Ce sont parmi les plus petits virus animaux décrits. Leur capside a un
diamètre d’environ 30 nm et n’est pas entourée par une enveloppe. Le picornavirus le mieux
connu est le virus de la poliomyélite ou “virus polio” (PV). Il en existe trois sérotypes, appelés
Mahoney
(type I), Lansing (type II) et Leon (type III).

Outre le virus polio, la famille des Picornaviridae compte de nombreux représentants. Les
récents développements du séquençage à haut débit ont permis d’identifier de nouveaux
membres de cette famille et suggèrent que de très nombreux virus apparentés restent à découvrir.

[Link]

Les picornavirus sont la cause de nombreuses pathologies humaines et vétérinaires. Ils sont
actuellement (2010) classés en 12 genres mais leur classification évolue très rapidement,
notamment suite à la découverte récente de nombreux génomes grâce à la métagénomique
(séquençage à haut débit d’échantillons biologiques). Parmi les picornavirus les mieux connus,
on peut citer les trois virus polio (agent de la poliomyélite), le virus de l’hépatite A (HAV), les
rhinovirus responsables d’affections respiratoires communes, ou encore le virus de la fièvre
aphteuse (FMDV - foot and mouth disease virus) qui peut poser d’énormes problèmes en
médecine vétérinaire.
- Enterovirus
- Parechovirus
- Aphthovirus
- Cardiovirus
- Hépatovirus

3. Structure du virion

3.1 Capside
La capside possède une symétrie icosaédrique comportant des axes de symétrie d’ordre 5, 3 et 2.
96
Elle est composée de 60 copies de 4 protéines : VP1, VP2, VP3 et VP4.

Représentation montrant le relief de la

capside (structures externes plus claires et
régions profondes plus sombres) et faisant
apparaître le canyon.

Figure 2.10 : Représentation tridimensionnelle de la capside du virus polio de type 1.

La protéine VP4 est essentiellement localisée à la surface interne de la capside. Les trois autres
protéines participent plus directement à la structure de la capside. Celle-ci est composée de 12
pentamères. Chaque pentamère est formé par la répétition (5X) d’un assemblage de VP1, VP2,
VP3 et VP4. Les protéines VP1, VP2 et VP3 ont une structure assez similaire. Cependant, leur
répartition dans la capside leur confère des situations très différentes. Les protéines VP1 sont
regroupées autour des axes de symétrie d’ordre 5. Les protéines VP2 et VP3 alternent autour de
l’axe de symétrie d’ordre 3. Pour la plupart des picornavirus, la protéine VP1 contient, d’une
part, une partie importante du site de fixation au récepteur cellulaire et, d’autre part, certains sites
antigéniques majeurs.

Figure 2.11: Structure de la capside

La capside des picornavirus possède une symétrie de type icosaédrique (un icosaèdre est un
polyèdre régulier à 20 faces, caractérisé par la présence d’axes de symétrie d’ordre 5, 3 et 2).
Dans la capside des picornavirus, chacune des 20 faces est subdivisée de sorte à obtenir 60
faces organisées en 12 pentamères. Chacune des 60 faces est formée par 3 protéines : VP1,
VP2, et VP3. Une 4ème protéine, VP4, est localisée à la face interne de la capside. Elle est
également présente à raison de 60 copies par capside.

97
3.2 Le “canyon”

Dans le cas du virus polio et des Rhinovirus, le site de fixation du récepteur se situe dans VP1,
au fond d’une structure en creux (canyon) faisant le tour de l’axe de symétrie 5. De par leur
épaisseur, les anticorps seraient incapables d’atteindre le fond du canyon. Par contre, les
récepteurs du virus polio et des rhinovirus (CD155 et ICAM-1, respectivement), qui sont des
molécules plus étroites, pourraient interagir avec le fond du canyon et permettre ainsi
l’attachement et l’entrée du virus.

3.3 Génome

Le génome des picornavirus est une molécule d’ARN de polarité positive d’environ 8 kb.
L’extrémité 5’ de cette molécule ne possède pas de coiffe. A certaines étapes du cycle viral
(encapsidation et réplication) ainsi que dans le virion, l’extrémité 5’ est associée de façon
covalente à la protéine virale 3B (appelée aussi VPg). L’extrémité 3’ du génome comporte une
queue de polyA qui fait constitutivement partie de ce génome, mais dont la longueur est régulée.
Le génome comporte une région 5’ non-codante de 600 à 1000 nucléotides, un long cadre ouvert
de lecture d’environ 6000 à 7000 nucléotides et une courte région 3’ non-codante. Le génome
viral peut se comporter comme un ARN messager et être traduit directement par les ribosomes
cellulaires grâce à la présence d’un IRES (internal ribosome entry site) dans la région 5’ non-
codante.

4. Cycle de réplication

a. Entrée

La reconnaissance du récepteur est assurée par la capside du virus. Pour certains picornavirus
(virus polio), on pense que l’interaction avec le récepteur enclenche un processus d’endocytose
et que l’injection du génome à travers la membrane cellulaire se produit très précocement lors de
la formation de l’endosome. Pour d’autres (certains rhinovirus), la décapsidation survient
nettement plus tard, induite par la baisse de pH de l’endosome. La décapsidation se produirait
par une série de changements de conformation de la capside. Dans tous les cas, l’ARN viral est
libéré dans le cytoplasme de la cellule.

98
b. Expression des protéines

La région 5’ non-codante du génome des picornavirus comporte une région d’environ 500
nucléotides permettant le recrutement des ribosomes et l’initiation de la traduction au niveau
d’un codon AUG, interne à la molécule d’ARN (il n’est pas le premier codon AUG de l’ARN).
Cette région, appelée IRES (Internal Ribosome Entry Site) formerait une structure secondaire
qui, en association avec des facteurs cellulaires fixés sur cette structure, assurerait une entrée
interne du ribosome au niveau du codon d’initiation de la traduction.

La grande ORF de l’ARN viral est traduite sous forme d’un précurseur polypeptidique
(“polyprotéine”) de plus de 2000 acides aminés. Cette polyprotéine est découpée en ses
différents constituants (11 ou 12 protéines) par différentes protéases virales (2A et 3C pour le
virus polio). Les protéines VP1, VP2, VP3 et VP4 forment la capside du virus.

Figure 2.12 : Génome des poliovirus.

c. Réplication

La réplication des picornavirus se déroule dans des structures membranaires dérivées du

réticulum endoplasmique, de l’appareil de Golgi voire même de vésicules d’autophagie induites
par le virus. La réplication est assurée par l’ARN-polymérase ARN-dépendante 3D, avec l’aide
des autres protéines qui participent au complexe de réplication (2B, 2C, 3A, 3B, 3C + certains
précurseurs comme 3AB ou 3CD). La réplication comporte la synthèse d’un brin d’ARN négatif
à partir de la matrice positive et ensuite la synthèse de nombreux brins d’ARN + à partir de
chaque molécule d’ARN - (rapport ARN+/ARN- = 60 à 100).

d. Assemblage

99
Les molécules d’ARN synthétisées sont alors encapsidées et le virus est libéré par lyse des
cellules infectées.

Figure 2.13: Cycle de réplication des picornavirus

5. Eradication du virus polio

Un des objectifs à court terme de l’OMS est d’éradiquer le virus de la poliomyélite, comme cela
a été fait par le passé pour le virus de la variole. Il existe deux types de vaccins dirigés contre le
virus polio : le vaccin “Salk” constitué d’un mélange des trois sérotypes de virus sauvages
inactivés et le vaccin “Sabin” qui est un vaccin vivant atténué. Ce dernier comporte une souche

100
de chacun des trois sérotypes de virus polio dont la virulence est atténuée par la présence de
mutations ponctuelles dans le génome (notamment au niveau de l’IRES).

Le vaccin “Salk” a l’avantage de la sécurité mais il doit être administré à plusieurs reprises, par
injection. Le vaccin “Sabin” a l’avantage de l’efficacité d’un vaccin vivant (une faible dose
administrée une seule fois par voie orale suffit pour procurer une immunité durable). Néanmoins,
une seule administration ne suffit pas toujours à générer une bonne immunité contre les trois
sérotypes du virus présents dans le vaccin. Un problème important lié à l’utilisation d’un vaccin
vivant atténué (capable de se répliquer chez le sujet vacciné) est le fait que ce virus peut
rapidement “réverter” et donner du virus sauvage qui est excrété par la personne vaccinée. Ceci
peut entraîner une polyomyélite associée au vaccin (Vaccine Associated Paralytic Poliomyelitis
ou VAPP) chez un contact non immun, dans une vaccination sur un million.

III. LES HÉPATITES VIRALES

I. Introduction

Les hépatites virales sont des maladies connues depuis longtemps puisque les écrits grecques
parlaient déjà des épidémies de jaunisse. Au cours des 2 dernières guerres mondiales, la jaunisse
a fait des ravages dans les armées.

En 1960, on a fait l’identification du virus de l’hépatite A ou VHA, à transmission oro-fécale.

En 1963 : découverte du VHB (virus à transmission parentérale)
1989 : identification du virus de l’HC ou VHC
1991 : identification du virus de l’HE ou VHE
Depuis peu, on a identifié de nouveaux virus responsables d’hépatites et en particulier associés
aux formes d’hépatites suivantes :
- Hépatites post-transfusionnelle non A, non B, non C
- Une hépatite fulminante
- Une hépatite associée à une anémie mégaloblastique
Ces nouveaux virus sont : GB-A, GB-B, GB-C/VHG et TTV

Les hépatites sont des lésions inflammatoires du foie dont les causes peuvent être multiples,
infectieuses, médicamenteuses, auto-immunes, etc… Les atteintes hépatiques aigües d'origine
virale sont fréquentes, souvent asymptomatiques, liées soit à une action cytopathique directe du
101
virus causal, soit le plus souvent à la réaction immunitaire dirigée contre les cellules hépatiques
infectées.

Le tableau clinico-biologique, quand il existe, associe un ictère fébrile, prurigineux, une

décoloration des selles, un brunissement des urines et une augmentation plus ou moins
importante des transaminases, témoignant de la cytolyse et du dysfonctionnement hépatique. De
nombreux virus sont capables d'entraîner des lésions hépatiques, en particulier le CMV, l'EBV,
le virus de la fièvre jaune.

Mais 5 virus, les virus des hépatites A, B, C, Delta et E ont véritablement un tropisme
hépatique quasi-exclusif et sont reconnus comme responsables de ce que l'on appelle
communément "hépatites virales". Les hépatites virales, bien que dues à des virus appartenant à
des familles bien différentes, s'individualisent surtout par leur mode de transmission, leur
évolution et la présence ou non d'un vaccin.

Ces derniers ont en commun, outre leur hépato-tropisme, des difficultés, voire une impossibilité
d’isolement en culture, ce qui explique l’apport déterminant de la virologie moléculaire dans leur
étude. Une particularité remarquable des virus B, C et D est leur aptitude à donner une hépatite
chronique, grevée des complications à long terme que sont la cirrhose et le cancer primitif du
foie, alors que les hépatites A et E se limitent à une hépatite aiguë.

Tableau 2.1: Classification des virus des hépatites virales

Virus Famille ou Génome Contaminaion Expressions
genre épidémiologiques
VHA Picornaviridae ARN Entérale, Oro- Epidémique
Heparnavirus fécale (Sporadique)
VHB Hepadnavirus ADN Parentérale, Endémique
sexuelle, mère à
enfant
VHC Flavivirus ARN Parentérale, Endémique
sexuelle
VHD Viroïde ou virus ARN Parentérale, Endémique
défectif ou sexuelle, mère à
satellite enfant, toujours
associé à une

102
 infection à VHB
VHE Hépeviridae ARN Entérale, Oro- Epidémique
fécale
GB-A, Flavivirus ARN Parentérale Endémique
GB-B (Sporadique)
GB-C/VHG
TTV Parvovirus ADN Parentérale Endémique
(Sporadique)

Le diagnostic biologique des hépatites virales

Parmi les signes biologiques les plus marquants, c’est l’augmentation très forte des taux des
transaminases sanguines qui sont des enzymes hépatiques. Cette augmentation peu atteindre des
valeurs de 400 à 1000 fois la normale. Cette augmentation se produit juste avant l’apparition de
l’ictère. Elle signe la cytolyse des hépatocytes et touche plus l’Alanine Amino-Transférase ou
ALT (anciennement nommée SGPT) que Aspartate Amino-Transférase ou ASAT (SGOT).
D’autres tests de cytolyse concernant les taux sériques de fer, vit B12, bilirubine et phosphatase
alcaline informeront sur la rétention biliaire. L’augmentation des IgM et IgG signe
l’inflammation.

L’histologie du foie montre au stade aigue une nécrose des hépatocytes et une réaction
inflammatoire autour des espaces portes. Signes réversibles au décours de la phase aigüe. 2
formes histologiques différentes de l’hépatite chronique :
- Hépatite chronique persistante asymptomatique, la plus fréquente. Inflammation limitée
sans fibrose ni nécrose significative. Pronostic relativement bon
- Hépatite chronique agressive : inflammation envahissante des lobules hépatiques avec
nécrose et une fibrose évolutive : Evolution vers la cirrhose est inévitable. Mauvais
pronostic.

103
Diagnostic : Marqueurs sérologiques des virus des hépatites virales

Hépatite aigue A Ac IgM anti-VHA

Hépatite aigue B Ag HBs,Ac IgM anti-HBc

Hépatite chronique B Ag HBs, (Absenced’Ac IgM anti –HBc)
Hépatite aigue D (co-infection) Ag HBs, Ac IgM anti-HBc, anti-VHD total,
Ac IgM anti-VHD
Hépatite chronique D Ag HBs, Absenced’Ac IgM anti –HBc, Anti-
VHD total, Ac IgM anti-VHD et Ag Delta
Hépatite aigue C Ac anti-VHC (apparition tardive)
Hépatite chronique C Ac VHC (80% des cas)
Hépatite aigue E Ac anti-VHE

1. Le virus de l’hépatite A (VHA ou HAV).

L'HAV appartient à la famille des Picornaviridae et est le seul représentant du genre

Hépatovirus.
Il s'agit d'un virus nu à ARN. Le réservoir de virus est le sujet infecté, malade ou non. Les modes
de transmission sont déterminés par l'exceptionnelle résistance du virus et sa concentration
élevée dans les selles. Le principal mode de transmission est essentiellement fécal-oral.

L'HAV pénètre dans l'organisme par voie digestive, traverse l'estomac du fait de sa résistance au
pH acide, et se multiplie dans les hépatocytes. La période d'incubation est en moyenne de 30
jours (15- 50 jours). L'expression de la maladie est très variable : formes asymptomatiques,
formes bénignes mais aussi formes sévères.
En en pratique médicale courante, le diagnostic d’hépatite A repose sur la détection dans le
sérum d’anticorps spécifiques de classe IgM par technique ELISA.

104
L’évolution de l’hépatite A est favorable car le risque d’hépatite aiguë fulminante est faible et
l’infection chronique inexistante. Cependant la sévérité de l’infection augmente avec l’âge et on
a avancé un risque d'hépatite fulminante de 1 % quand l'infection survient après 40 ans.

La prévention non spécifique repose sur l'hygiène générale personnelle et collective. Le vaccin
inactivé (“tué”) est recommandé aux voyageurs, aux adultes non immunisés et enfants au-dessus
de 1 an voyageant en zone d’endémie, jeunes des internats des établissements et services pour
l’enfance et la jeunesse handicapées, et les personnes exposées à des risques particuliers. La
vaccination des patients atteints d'hépatopathie chronique est souhaitable. Ce vaccin est efficace
et bien toléré. Il n’existe pas de traitement de l’hépatite aiguë autre que symptomatique.

2. LE VIRUS DE L’HÉPATITE B (VHB ou HBV)

Le VHB a étéidentifié en 1963 par BLUMBERG. Il correspond la particulede DANE décrite en

1970. Le VHB fait partie des Hepadnaviridae. Ce sont des virus hépatotropes qui incluent :
- Le virus de la marmotte ou WCB (Wood Chuck Hepatitis Virus)

105
 - Le virus du canard de Pékin ou DHBV (Duck Hepatitis Virus)
- Le virus de l’écureuil brun (Ground Squirrel Hepatitis Virus)
Une relation a été démontrée entre l’infection chronique par le VHB et WHB et
l’hépatocacinome.

Il existe différentes formes cliniques de l'hépatite B :

- Formes inapparentes (les plus fréquentes mais qui peuvent aussi aboutir à l'état de
chronicité) ;
- Hépatite aiguë (atteinte rapide du foie) ;
- Hépatite chronique (la maladie dure plus de 6 mois) ;
- Cirrhose (transformation du foie en un organe dur, et dont le volume augmente) ;
- Cancer du foie (intégration de l’ADN viral dans le génome des hépatocytes).

2.1. Structure du virus

Il est classé parmi les Hepadnaviridæ en raison de son tropisme hépatique et de la nature ADN
de son génome.

Celui-ci est un ADN circulaire, bicaténaire sur les 3/4 de sa circonférence, de petite taille (1,6
millions de Dalton = 3200 paires de base = le plus petit génome viral humain à ADN), associé à
une ADN polymérase ADN-dépendante. La capside ou core qui contient le génome est faite
d’antigène Hbc (c pour capside) et d’antigène HBe ; elle a 27 nm de diamètre, elle est entourée
d’une enveloppe non membranaire formée de lipides cellulaires et de protéines virales appelées
antigène HBs (s pour surface
Il possède le gène S pour l’antigène HBs (subdivisé en préS1, préS2 et S), le gène C pour
l’antigène HBc et pour l’antigène HBe (subdivisé en préC et C), le gène P pour la DNA
polymérase virale et le gène X pour une protéine transactivatrice. Donc 4 gènes au total.

L’antigène HBs est le principal marqueur sérique d’infection. Il est présent dans le cytoplasme
des hépatocytes. L’antigène HBc associé à la capside ou core, présent dans le noyau, n’apparaît
pas libre dans le sérum malgré sa présence dans les particules. C’est l’antigène HBe, le produit
de sécrétion, tronqué, de l’antigène Hbc qui apparaît dans le sérum, sa présence dans le sérum
témoignant d’une infection active.

106
Une caractéristique du génome viral est la présence de la polymérase liée de façon covalente à
l’extrémité 5’ du brin complet de polarité négative. Le génome du VHB est formé de 4 cadres
ouverts de lecture partiellement chevauchants. Ces 4 gènes permettent la synthèse de 7 protéines.
Le gène P qui représente plus de 80% du génome code l’enzyme clé responsable de la réplication
du génome viral, l’ADN polymérase, qui en plus de son activité d’ADN polymérase possède une
activité de transcriptase inverse

2.2 Multiplication

Du fait de l'absence de système cellulaire permettant la culture du virus, la compréhension du

cycle viral est compliquée.
Le cycle viral débute par l'utilisation par le virus d'un récepteur cellulaire qui n'est pas identifié
avec certitude ; il se lie aux différentes protéines d'enveloppe du virus (HBs, pré-S2 et/ou pré-
S1).
Après décapsidation dans le cytoplasme, le génome pénètre dans le noyau de la cellule ; le brin
positif de longueur variable est complété, ce qui donne naissance à un ADN bicaténaire
circulaire sous forme super-enroulée.
La réplication du virus passe par un ARN pré-génomique qui est ensuite transcrit en DNA
génomique par la DNA polymérase virale, douée aussi d’une activité transcriptase inverse.
Le principal site de multiplication de l’HBV est constitué par le foie et ses hépatocytes. L'ADN
viral peut également être trouvé dans différents types cellulaires tels que les cellules de la moelle
osseuse, les cellules mononuclées du sang périphérique (monocytes, lymphocytes B et T) mais
aussi dans le pancréas, les reins, la peau. Toutefois les formes réplicatives sont rarement
retrouvées en dehors des hépatocytes.
Dans l’hépatolyse on invoque le rôle de la réponse immunitaire et en particulier des lymphocytes
T cytotoxiques spécifiques du virus. L’hépatite aiguë et en particulier l’hépatite fulminante
seraient une conséquence de la réponse immune.

2.3 La transmission de l'HBV

Le principal vecteur du virus est le sang. Le mode principal de contamination est donc
parentérale, c’est-à-dire par transfusion de sang, par injection ou piqûre accidentelle avec du
matériel mal stérilisé. Le virus HB est très répandu chez les drogués par voie veineuse partageant

107
leurs seringues, contamination également par acupuncture, rasage, tatouage. Les soins dentaires
ont également été décrits comme source de contamination dans le sens dentiste à patient ou
patient à dentiste.
Avec ce virus résistant et à titre élevé dans le sang, une effraction cutanée ou muqueuse même
minime peut être à l’origine d’une contamination s’il y a mise en contact de cette plaie minime
avec du sang contenant le virus. Une piqûre d’un personnel avec une aiguille ayant servi pour un
malade infecté expose à un risque d’infection du personnel non vacciné d’environ 30 % (c’est un
risque de 3% pour le virus de l’hépatite C et de 0,3% pour l’HIV). La transmission de l'HBV est
étroitement liée au niveau de réplication virale.
Le virus HB peut également se transmettre par voie buccale.

D’autre part le virus est également présent dans de nombreux liquides biologiques : salive,
urines, selles, sécrétions génitales. Le risque de transmission sexuelle (homosexuelle,
hétérosexuelle) est évident. L’infection à HBV fait partie des MST (favorisée par les rapports
sexuels précoces et à nombreux partenaires).

Dans les pays riches, les deux modes croissants de transmission sont la toxicomanie I.V. et la
transmission sexuelle. C'est dans les pays en développement d’Asie et d’Afrique que s’observent
les taux les plus élevés de portage chronique : jusqu’à 20 % de la population a du virus HB dans
le sang. La transmission se fait ici, pour l’essentiel, à la naissance.

La transmission mère-enfant est très importante par sa fréquence et sa gravité à long terme. Les
femmes enceintes porteuses chroniques asymptomatiques de l’antigène HBs peuvent transmettre
le virus à leur enfant. Le risque de transmission est dépendant de la charge virale maternelle d'où
un risque de transmission plus important en cas de présence de l’antigène HBe dans le sérum
(risque de 90 % en cas d’HBe+). Sauf exception, la contamination n’est pas intra-utérine, mais
périnatale et postnatale.
La majorité des enfants infectés sont anictériques, sans signes d’hépatite aiguë et l’hépatite B
fulminante est exceptionnelle. Cependant, ils ont un risque élevé de développer une hépatite
chronique, ce qui est très grave à terme, puisqu’ils auront toute la vie pour faire les complications
tardives redoutables que sont l’hépatite chronique active, la cirrhose et l’hépatocarcinome : pour

108
un nouveau-né infecté ce risque de complications tardives redoutables est de 40 % après 30 ou
40 ans de vie.
Il faut bien retenir que le sang est le vecteur principal mais non exclusif de l'HBV et qu’il existe
des professions à risque : le personnel de laboratoire et le personnel soignant, les services les
plus dangereux étant de loin les centres d’hémodialyse chronique et les laboratoires qui leur sont
attachés. Cette situation s’est transformée depuis la vaccination systématique des sujets exposés
ou entrant dans une profession exposée. Il importe en effet de vacciner avant exposition au risque
tous les étudiants futurs médecins, dentistes, infirmiers, sages-femmes, et techniciens d’analyses
biologiques médicales.

2.4 Histoire naturelle de l'infection et évolution des marqueurs du VHB.

Alors que l’incubation est en moyenne de 3 mois (2 semaines à 6 mois), l’antigène HBs apparaît
dans le sang, un mois en moyenne après le contage, donc avant l’augmentation des transaminases
ALAT et l’ictère.
Il persiste environ deux mois et c’est au cours de la convalescence qu’il disparaît dans les formes
habituelles qui guérissent (9 formes ictériques sur 10), mais il persiste chez les porteurs
chroniques (1 forme ictérique sur 10). On définit le portage chronique par la persistance de
l’antigène HBs au-delà de 6 mois.
L’antigène HBc est masqué par l'anticorps anti-HBc et n’est pas détecté par les tests usuels. Les
anticorps apparaissent après les antigènes.
Ce sont d’abord les anti-HBc. Les IgM HBc signent l’infection aiguë, tandis que les IgG HBc
sont très durables, probablement toute la vie.

Les anti-HBs apparaissent les derniers, durant la convalescence, mais ils persistent des années
voire toute la vie. C’est un signe de guérison. Entre la disparition de l’antigène HBs et
l’apparition des anticorps HBs il peut y avoir une fenêtre où le diagnostic d’infection récente ne
peut être porté que sur la présence des anticorps HBc IgM ou du DNA viral sérique.
Quant à l’antigène HBe, il a une signification pronostique. Il apparaît en phase aiguë. Sa
disparition est de bon pronostic, comme l’apparition des anticorps correspondants. Ainsi chez les
porteurs chroniques, ceux qui ont l’anticorps HBe sont moins contagieux. Le système e/anti-e est
donc un indicateur d’évolutivité et d’infectiosité. Il en va de même du DNA sérique de l’HBV.

109
Le portage chronique qui est une infection chronique apparaît chez 10 % des sujets ayant fait une
hépatite aiguë clinique. Le nombre de porteur chronique varie selon les pays de 20 % à 0,1 % (en
Europe 0,1 %).

Le risque de passage à la chronicité est de 90 % pour le nouveau-né, de 25% pour l’enfant d’âge
préscolaire, de 5% pour l’adulte la dose de virus reçue intervient : avant le dépistage de l’Ag
HBs chez les donneurs de sang, les hépatites aiguës post-transfusionnelles à virus HB étaient les
plus graves et tuaient dans 10 % des cas. Le risque d’hépatite fulminante est actuellement estimé
à environ 0,1%.

110
2.5 Le diagnostic biologique

Le diagnostic au laboratoire repose sur le dépistage des marqueurs sérologiques de l’infection à

VHB, antigènes et anticorps spécifiques au VHB.

Ag HBS Ag HBe Ac IgM Ac AcHBs Diagnostic

HBc HBe

+ - - - - Porteur chronique (Si persistance au-

delà de 6 mois)

+ + - - - Porteur avec forte infectivité

(Multiplication virale)

+ - + - - Hépatite aigue (Symptomatique

ouasymptomatique)

- - - + + Immunisation naturelle : Guérison

- - - - + Immunisation artificielle : Vaccination

111
La présence d’antigène HBs signe l’infection à VHB mais celle-ci ne peut être considérée à coup
sûr comme actuelle que si les IgM HBc sont également présentes. La présence d’antigène HBs
sans IgM HBc évoque soit une hépatite aiguë vue à son tout début, soit un portage chronique.
Une hépatite aiguë B peut être vue juste après la disparition de l’antigène HBs et avant
l’apparition de l’anticorps HBs, c’est à dire dans la fenêtre. On fait alors le diagnostic d’infection
récente à virus HB par la détection des IgM HBc. On notera que les IgM HBc peuvent parfois
réapparaître au décours d'une hépatite chronique lors d'une réactivation virale; en l'absence de
112
données antérieures sérologiques il n'est donc pas toujours possible d'affirmer le caractère aiguë
de l'infection.
Le portage chronique est défini par la détection d’antigène HBs dans le sérum 2 fois à 6 mois
d’intervalle. Il est important d’apprécier l’intensité de la multiplication virale qui est parallèle à
l’évolutivité de la maladie et à la contagiosité du sujet. La présence d’antigène HBe sans
anticorps HBe est (à l’exception près des virus mutants HBe négatifs) signe d’infectiosité
importante. La présence d’anticorps HBe sans antigène HBe est signe d’infection réduite,
contrôlée.

L’ADN viral dans le sérum recherché par hybridation moléculaire ou par amplification
génomique (PCR), est le meilleur marqueur d’infectiosité.

Génotypes

113
Les souches de VHB se répartissent en 10 génotypes (A à J), qui se distinguent les uns des autres
par une différence nucléotidique d’au moins 8% sur la totalité du génome virale et de 4% sur la
région codant l’AgHBs. Au sein des génotypes A à D et F, il existe un nombre varié de sous-
génotypes.
Parmi les 8 principaux génotypes (A-H), les génotypes A et D représentent les génotypes les plus
fréquemment isolés en Europe et en Afrique. Génotypes B et C circulent majoritairement en
Asie, tandis que le génotype E est le génotype majoritaire en Afrique Centrale et en Afrique de
l’Ouest. Génotypes F et H sont quasi exclusivement retrouvés en Amérique Latine et en Alaska.

2.6 Traitement

Dans les formes évolutives par hépatite chronique, quatre molécules ont obtenu une autorisation
de mise sur le marché : interféron alpha, vidarabine, lamivudine ou 3TC et adéfovir. La 3TC a
donné des résultats encourageants, avec peu d'effets secondaires mais l'émergence de mutants
résistants.

IV. LES VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES

[Link]ères généraux

Les virus des fièvres hémorragiques étaient autrefois limités à quelques arbovirus (dengue, fièvre
jaune). Depuis lors, les fièvres hémorragiques ont gagné un regain d’intérêt à la suite de
l’isolement de nouveaux agents viraux : Ebola, Hantaan, Lassa et Marburg. Les fièvres
hémorragiques sont surtout présentes dans les zones tropicales d’Afrique, d’Asie et d’Amérique
excepté la fièvre hémorragique avec syndrome rénal liée au virus Hantaan qui connait une très
grande répartition et intéresse les pays tempérés.

2. LES ARBOVIRUS

Les virus responsables de fièvres hémorragiques appartiennent à différentes familles virales et

sont regroupés sous le vocable d’Arbovirus (Arthropod Bore Virus) ou virus transmis par les
arthropodes.

TOGAVIRUS
Togaviridae Alphavirus Chikungunya
Flaviviridae Flavivirus Fièvre jaune
114
 Dengue
Maladie dela forêt de
Kyasanur (en Inde)
Fièvre hémorragique d’Omsk
(en Russie)
Bunyaviridae Nairovirus Fièvre hémorragique de
Crimée Congo
Phlébovirus Fièvre de la Vallée de Rift
Virus de Hantaan Fièvre hémorragique avec
syndrome rénal
AUTRES VIRUS
Arenaviridae Virus Lassa Fièvre de Lassa
Virus Junin Fièvre hémorragique
d’Argentine
Virus Machupo Fièvre hémorragique de
Bolivie
Filoviridae Virus Ebola Fièvre hémorragique à virus
Ebola
Virus Marburg Fièvre hémorragique à virus
Marburg

3. CLINIQUE DES FIEVRES HEMORRAGIQUES

[Link]

Transmis par les moustiques du genre Aedes, ce virus est présent en Afrique et en Asie. Il
entraine des arthralgies accompagnées de fièvre et d’un rash et parfois de phénomènes
hémorragiques.

2. FIEVRE JAUNE

Transmis à partir du singe par les moustiques du genre Aedes ou Haemagogus, il entraine chez
l’homme une hépatonéphrite à tendance hémorragique. On la rencontre en Afrique (du nord du
Sénégal au sud de la RDC et du Kenya) et en Amérique du sud (Brésil, Colombie, Guyanes,
Vénézuela) ainsi que dans les Caraïbes. La fièvre jaune ne sévit pas en Asie malgré le même
écosystème que le continent africain et américain du sud et central.

Le virus se maintient dans les forêts par un cycle singe-Aedes africanus. Dans les zones
d’émergence que constitue le secteur pré-forestier, où les contacts homme-moustique sont plus

115
fréquentes, le virus circule pendant la saison des pluies. A partir de cette zone, il peut ensuite
gagner les villes.

La vaccination contre la fièvre jaune est la seule actuellement obligatoire pour les personnes se
rendant ou quittant les zones endémiques.

3. DENGUE

Les réservoirs de virus semblent être l’homme et le singe infectés par l’intermédiaire d’un
moustique vecteur. La maladie sévit en Asie du sud-est, en Amérique tropicale, dans les îles u
sud du pacifique, à Cuba et au sud des Etats-Unis. Des phénomènes hémorragiques
n’apparaissent qu’en cas d’infections séquentielles par des sérotypes de virus différents.

4. FIEVRE DE LA VALLEE DE RIFT

Le virus limité à l’Egypte et du sud du Sahara est transmis par des moustiques. Les bovins et les
ovins sont des réservoirs de virus. L’homme est infecté au contact des carcasses d’animaux
morts ou piqure de moustique. La maladie se manifeste par des phénomènes hémorragiques et un
syndrome fébrile parfois associés à une encéphalite ou à une rétinite pouvant conduite à une
cécité. Depuis quelques décennies, de nombreux épizooties et épidémies humains sont apparues
au Kenya et en Ouganda.

5. FIEVRE DE LASSA

La zone d’endémie du virus est constituée du Nigeria, du Libéria et de la Sierra Leone.

L’infection se manifeste par un syndrome pseudo-grippal, des douleurs et thoraciques, une
pharyngite ulcéreuse et une cytolyse hépatique. Elle est spontanément mortelle dans 65% des cas
mais la chimiothérapie précoce par la Ribavirine peut ramener ce taux aux alentours de 5%.

6. EBOLA AND MARBURG

Outre les contaminations de laboratoire liées à la manipulation d’animaux infectés, les infections
humaines sont décrites sur le continent Africain. Après une épidémie de maladie à virus Ebola
qui a emporté des milliers de vies humaines au Guinée Conakry, Liberia et Sierra Leone en 2014,
116
une autre épidémie de maladie à virus déclarée en date du 20 Septembre 2022 est actuellement
(Mois de Novembre 2022) en cours en Ouganda.

117
[Link] CORONAVIRIDAE

1. Introduction

Les Coronaviridae forment une famille regroupant de nombreux virus qui touchent plusieurs
espèces animales. Certains de ces virus peuvent également atteindre l’homme, ou lui être
spécifiques. Les maladies qu’ils provoquent sont variées mais ils atteignent principalement les
systèmes respiratoires et digestifs.

Le nom coronavirus, du latin signifiant « virus à couronne », est dû à l'apparence des virions sous
un microscope électronique, avec une frange de grandes projections bulbeuses qui ressemblent à
la couronne solaire.

Du point de vue de la santé publique, les coronavirus émergeants ont été au cours de ces
dernières années responsables de l’épidémie de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère), du
MERS (Middle East Respiratory Syndrom).

Un nouveau coronavirus (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère ou SRAS-COV-2)

a été identifié en Chine dans la ville de Wuhan, à partir de fin Décembre 2019. Récemment
renommé SARS-CoV-2 (après avoir été initialement identifié comme 2019-nCoV), ce virus est
responsable d’une maladie respiratoire parfois grave chez l’homme, désignée comme COVID-
19. Ces trois coronavirus émergeants (SRAS-COV, MERS-COV et SRAS-COV- 2) ont tous
pour ancêtre des virus isolés chez différentes espèces de chauves-souris. Ils ont
vraisemblablement franchi la barrière inter-espèces en passant d’abord par un mammifère puis à
l’Homme.

Il existe de nombreux types de coronavirus humains, dont certains causent généralement des
maladies bénignes des voies respiratoires supérieures : HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-
HKU1, MERS-COV, SARS-COV, SARS-COV-2

Le COVID-19 est une nouvelle maladie, causée par un nouveau (ou nouveau) coronavirus qui
n'avait pas été antérieurement décrit chez l'homme (Virus émergeant).

118
2. Classification

famille Coronaviridae

Sous-famille Orthocoronavirinae

genres Alphacoronavirus

Betacoronavirus

Gammacoronavirus
Deltacoronavirus

3. Structure

Le coronavirus est une particule sphérique ou pléomorphe enveloppée contenant de l'ARN

simple brin (sens positif) associé à une nucléoprotéine dans une capside composée d'une protéine
matricielle. Les coronavirus possèdent les génomes les plus importants (26,4–31,7 kb) parmi
tous les virus à ARN connus.

Figure: Structure tridimensionnelle d’une particule virale de SRAS-COV-2

Le génome viral contient des caractéristiques distinctives, y compris un fragment N-terminal

unique au sein de la protéine de pointe. Les gènes des principales protéines de structure de tous
les coronavirus se situent dans l'ordre 5′ – 3 ′.

119
Les coronavirus sont de grosses particules à peu près sphériques. Le diamètre moyen des
particules virales est d'environ 125 nm (0,125 μm). Le diamètre de l'enveloppe est de 85 nm et
les pointes ont une longueur de 20 nm. L'enveloppe du virus dans les micrographies
électroniques apparaît comme une paire distincte de coquilles denses aux électrons (coquilles qui
sont relativement opaques au faisceau d'électrons utilisé pour scanner la particule virale).

4. Tropisme

Les Coronavirus ont un tropisme pour :

- L’appareil respiratoire
- L’appareil digestif
- Le système nerveux central

Le degré d’atteinte cellulaire induit par une infection à coronavirus varie selon la souche virale
et la cellule cible, et va de l’absence totale d’effet cytopathique à la lyse cellulaire.

Récepteurs cellulaires identifiés

Souche 229E
- Aminopeptidase N, métalloprotéase présente à la surface des cellules épithéliales
pulmonaires, intestinales, et rénales, des fibroblastes et de certaines cellules du système
nerveux central.
Souche OC43
Plusieurs candidats retenus :
- Récepteurs contenant de l’acide sialique semblables à ceux utilisés par Influenza C
- Molécules HLA de classe I
- Antigènes carcinoembryonnaires

Souches SARS-CoV et SARS-COV-2 :

- ACE2 : angiotensine-converting enzym, molécule exprimée dans de nombreux tissus :
bronches, poumons, cœur, reins, tractus gastro-intestinal

120
5. Pouvoir pathogène
Quatre genres contiennent des virus pathogènes pour les mammifères :
Alphacoronavirus : qui inclut le virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDv), le virus de la
gastro-entérite transmissible (TGEV), le coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine
(SADS-CoV), le coronavirus entérique canin, le coronavirus entérique félin, le virus de la
péritonite infectieuse féline (FIPV) ;
Betacoronavirus : dont le virus respiratoire-respiratoire du SRAS (SARS-CoV), le SARS-CoV-
2 le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), virus de l'hépatite
murine (MHV), coronavirus bovins, virus de l'hémagglutinose porcine coronavirus équin.
Gammacoronavirus : surtout trouvé chez des oiseaux migrateurs, causant notamment des
bronchites ; un Gammacoronavirus a été isolé d'un béluga en captivité,
Deltacoronavirus : connus depuis peu, qui semblent surtout infecter les oiseaux, mais aussi
trouvé chez les porcs.
**Remarques : On nomme parfois un coronavirus selon l'espèce animale où on l'a trouvé.
**LE DERNIER CORONAVIRUS TROUVÉ, PANDÉMIQUE, EN 2020 EST LE SARS-COV-
2.

5.1. Infections respiratoires à coronavirus « classiques »

a) Infections respiratoires hautes
Chez l’homme, la RHINITE est le principal symptôme associé à l’infection naturelle ou
expérimentale par les coronavirus.
2ème agent du RHUME après les Rhinovirus (incidence globale ~15%)
b) Infections respiratoires basses
Bronchiolite, pneumopathie, pneumonie : plus rares, on les rencontre souvent chez les sujets
fragilisés ou immunodéprimés (greffe, chimiothérapie, âges extrêmes de la vie…)
c) Otites moyennes aiguës

6. Détection des coronavirus respiratoires classiques

a. Culture des coronavirus classiques : Méthode difficile
Seules les souches prototypes sont adaptées à des systèmes cellulaires facilement utilisables
229E : WI38, MRC5 (cellules diploïdes) OC43 : HRT 18 (lignée continue). Toutefois, elle est
aussi possible pour le SRAS-COV-2 (Vero cells qui sont des cellules de singe).
121
b. Détection d’Ag intra-cellulaires : Alternative aux méthodes de biologie moléculaire.
c. RT -PCR : système le plus utilisé

PAPILLOMAVIRIDAE
1. Classification et propriétés
Ce sont de petits virus à ADN double brin non-enveloppés. Ils constituent un exemple typique de
famille virale composée de petits virus à ADN pouvant entraîner la formation de tumeurs. Les
Papillomaviridae peuvent, chez l’homme ou l’animal, causer des lésions liées à la prolifération
cellulaire, qui vont de la verrue au cancer.

Actuellement, plus de 100 types de Papillomavirus humains (HPV) ont été identifiés. Ils sont
classés en genres, espèces et types, en fonction de la séquence de leur génome. Les types HPV-
16 et HPV-18: 70% des cancers du col de l’utérus, du vagin ou de l’anus.

Figure : Arbre phylogénétique de la famille des Papillomaviridae.

La famille des Papillomaviridae est subdivisée en une douzaine de genres désignés par une lettre
grecque (α, β, γ, ...). Chaque genre est divisé en espèces. Celles-ci sont désignées par un chiffre.
Enfin, au sein d’une espèce, les virus sont classés en types (HPV-16, HPV-18 etc...). On

122
considère que des virus appartiennent à des types distincts si leurs génomes présentent moins de
90% d’identité au niveau de la séquence nucléotidique.
2. Structure
[Link]
Les Papillomavirus sont des virus non-enveloppés, limités par une capside de symétrie
icosaédrique de 52 à 55 nm de diamètre. Deux protéines interviennent dans la constitution de la
capside: L1 et L2. Cependant, la protéine L1 forme à elle seule l’essentiel de la capside. Dans
cette capside, 360 protéines L1 sont assemblées en 72 pentamères. 12 pentamères sont situés sur
un axe de symétrie 5 tandis que 60 pentamères sont centrés sur un axe de symétrie 6.
L’assemblage de la capside fait donc intervenir différents types d’interactions entre protéines L1
de pentamères
voisins.

Structure de la capside des Papillomavirus.

b. Génome
Le génome des Papillomavirus est une molécule d’ADN double brin circulaire d’environ 8kb qui
code pour 8 à 10 protéines. Une curiosité du génome des Papillomavirus est que tous les gènes
sont exprimés à partir du même brin d’ADN. Grâce à l’utilisation de promoteurs et de signaux de
polyadénylation alternatifs, différents transcrits peuvent être générés. Ceux-ci subissent ensuite
un

123
épissage alternatif avant leur traduction, de sorte que malgré sa petite taille, le génome viral peut
coder jusqu’une dizaine de protéines. Les promoteurs de transcription sont régulés de façon à ce
que les protéines virales soient exprimées en deux phases (précoce et tardive). Les protéines
précoces sont appelées E1, E2... (E pour “early”). Les protéines tardives sont nommées L1 et
L2 (L pour “late”).

Cartes génétiques des Papillomavirus humain HPV-18.

L’utilisation de plusieurs promoteurs de transcription (indiqués par P sur le génome) permet une
régulation transcriptionnelle en fonction du temps (early & late) et en fonction de l’état de
différentiation de la cellule infectée. L’utilisation de signaux de polyadénylation alternatifs et
l’épissage alternatif augmentent la complexité de la régulation de l’expression des gènes. Ainsi,
plus de 20 types d’ARNm matures auraient été identifiés dans le cas du BPV-1.

3. Cycle viral
a. Infection des épithéliums

124
Les Papillomavirus infectent de façon spécifique les cellules des épithéliums stratifiés squameux,
qui sont en différenciation constante. Le récepteur des Papillomavirus n’a pas été formellement
identifié. Les intégrines cellulaires (en particulier les intégrines α6β1 et α6β4) semblent
participer à la reconnaissance des cellules par ces virus. L’entrée du virus semble impliquer une
étape d’endocytose dans des vésicules, préalable à la libération du génome.
Dans l’épiderme, les virus infectent les cellules situées à la base de l’épithélium (cellules
souches).
Une partie de ces cellules se différencie pour fournir des cellules épithéliales kératinisées qui
migrent vers la surface de l’épiderme.

Les étapes du cycle de réplication du virus sont étroitement couplées à la différenciation

cellulaire, de sorte que les protéines de capside (et donc les particules virales infectieuses) ne
sont produites qu’en fin de cycle, par les cellules fortement différenciées, proches de la surface.
Les virus sont alors libérés par ces cellules qui desquament en surface de l’épiderme.

Différenciation de l’épiderme et cycle des Papillomavirus.

La réplication du génome viral et l’expression de certains gènes précoces prennent place dans
une couche profonde de l’épiderme, au niveau de cellules souches capables de se multiplier pour
125
fournir en permanence des nouvelles cellules qui migrent en surface de l’épithélium, puis qui
sont éliminées (desquamation). L’expression des gènes est régulée par la différenciation
progressive de ces cellules, pendant leur migration vers la surface. Les protéines de capside qui
permettent
de former de nouveaux virions sont produites par des cellules fortement différenciées, proches de
la desquamation. Ce processus permet la réplication du génome dans les cellules mitotiques
profondes et le relarguage de particules virales infectieuses en surface.

b. Protéines précoces et transformation cellulaire

La majorité des protéines (6 à 8) sont exprimées de manière précoce. Elles possèdent des
fonctions régulatrices et interagissent avec les facteurs de la cellule hôte (p53 et p105Rb qui sont
des “suppresseurs de tumeurs” qui participent au contrôle négatif du cycle cellulaire.

c. Protéines tardives: formation de la capside

Deux protéines, L1 et L2 sont exprimées de manière tardive et correspondent aux protéines de

capside. L1 est une protéine de 55 kDa et représente 80% des protéines du virion. L2 est une
protéine de 70 kDa moins abondante. Elle participe à la sélectivité de l’encapsidation de l’ADN
viral. Protéines virales interagissant avec p53 et p105Rb. En inhibant l’activité de ces deux
protéines, les virus empêchent le processus d’apoptose et incitent la cellule à passer en phase de
division active.

126
REFERENCES
Huraux J.-M., Nicolas J.-C., Agut H., Peigue-Lafeuille H. (ed) 2003, Traité de Virologie
Médicale, Estem De Boeck Diffu- sion, Paris, France. (UCL-bibliothèque de Médecine).
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Watson JD. The double helix. A personal account of the discovery of the structure of DNA, New
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