Bonsoir madame dans cette video Je vais vous présenter le

travail de recherche que j’ai effectué sur les organismes

vivants peuplant les sols, ainsi que leurs rôles et interactions
au sein de cet écosystème complexe
Qu est ce une
1. La biologie de sol joue un rôle essentiel dans la compréhension de
l’écologie de notre planète car elle nous aide à comprendre pourquoi
certaines zones ont une meilleure fertilité que d’autres et ce dont
nous avons besoin pour les gérer correctement afin qu’elles restent
productives au fil du temps sans se dégrader a cause excès des
pratiques agricoles ou de la pollution industriell causée par les
activités à proximité.
Elle se concentre sur les caractéristiques physiques et chimique du sol. Elle
examine également les organismes vivants présents dans le sol, ainsi que les
interactions entre ces organismes, comment ils affectent l’environnement
contribuant au cycle des nutriments dans les écosystèmes grâce à leur rôle
dans les processus de décomposition de la matière organique en composés
plus simples qui peuvent ensuite être utilisés par les plantes pour la nutrition
ou la production d’énergie
Le sol, qui est une ressource non-renouvelable,
Donc la compréhension de la structure physique et chimique du sol est
essentielle pour étudier et comprendre la biologie du sol. Afin de pouvoir
étudier les changements dans les populations microbiennes au fil du temps
en raison de facteurs environnementaux tels que les change-ments
climatiques ou les pratiques d’utilisation des terres comme les systèmes de
travail du sol qui perturbent les processus naturels qui se produisent dans les
sols.
Le sol :
Le sol est composé d'un assemblage de grains solides formant un squelette
poreux. Une partie du volume des vides est occupée par l'air, l'autre peut
être occupée par l'eau. Deux para-mètres essentiels sont à définir : la densi-
té du sol et sa teneur en eau. Soient
Le sol est un milieu triphasique qui se compose de :
Grains solides formant le squelette du sol
La phase liquide composée de l'eau interstitielle. Si l'eau occupe tous les
vides, on dit que le sol est saturé
La phase gazeuse composée de l'air et éventuellement de l'eau évaporée.
Il existe en pratique deux catégories limites du sol, à savoir :
SOL PULVERULENT :
Il regroupe le sable, le gravier, les cailloux et les mélanges de ces maté-
riaux tels que le sable graveleux. Il est caractérisé par une grande perméa-
bilité et l'absence d'une adhérence entre ses grains. Enfin, les particules
d’un tel sol sont visibles à l’oeil nu. Ce sol est aussi appelé gra-nulaire, car il
est constitué des grains relativement gros (plus de 80 m de dimension).
SOL PUREMENT COHERENT : il regroupe les sols fins saturés tels que
l'argile,
Paramètre physique du sol

2. Seulement 5 % de ce qui est produit par les plantes vertes est

consommé par les animaux, mais les 95 % sont consommés par des
micro-organismes. Un gramme de sol fertile peut contenir jusqu'à un
milliard de bactéries.
Il existe de nombreux types de bactéries, et la plupart d'entre elles n'ont
même pas encore été découvertes ! La plupart de ces bactéries
sont aérobies, ce qui signifie qu'elles ont besoin d'oxygène de
l'atmosphère du sol. Cependant, d'autres bactéries doivent vivre sans
oxygène,. La croissance de ces bactéries est limitée par
la nourriture disponible dans le sol.

Les champignons du sol sont également de grands composants du sol qui

sont de différentes tailles, formes et couleurs. Les champignons ont des
racines souterraines (mycélium) qui absorbent les nutriments et l'eau
jusqu'à ce qu'ils soient prêts à fleurir sous forme de champignon. Ils tolèrent
l'acidité, ce qui les rend très importants pour décomposer les matériaux
dans les forêts très acides, ce que les microbes ne peuvent pas faire, ils
peuvent également décomposer la lignine, qui est le tissu ligneux pour
la décomposition des plantes.
3. La rhizosphère est la zone du sol entourant les racines des plantes.
C'est un environnement riche en microorganismes tels que les
bactéries et les champignons, qui interagissent avec les racines. Ces
microorganismes ont des effets bénéfiques sur la croissance des
plantes : ils four-nissent des nutriments et améliorent l'absorption des
nutriments. Plus précisément, les microorganismes associés aux
plantes mobilisent des éléments nutritifs du sol, minéralisent la
 matière organique contribuant aux cycles biogéochimiques, étendent
la zone de prospection des racines, protègent contre les agents
pathogènes, augmentent la résistance aux stress, et améliorent la
nutrition minérale et hydrique des plantes
4. Matière organique du sol
Le terme "matières organiques du sol" désigne l'ensemble des constituants
organiques, morts ou vivants, d'origine végétale, animale ou microbienne,
présents dans le sol. Ces matières or-ganiques représentent généralement
de 1 à 10% de la masse des sols.
Elles peuvent être re-groupées en trois groupes : les champignons, les phy-
topathogènes, et les mutualistes et symbiotiques.

Les Matières Organiques Vivantes (MOV), animale, végétale, fongique et

microbienne, englobent la totalité de la biomasse en activité (racines, vers
de terres, micropore du sol…)

Les débris d’origine végétale (résidus végétaux, exsudats), animale (déjec-

tions, cadavres), fongique et microbienne (cadavres, exsudats) appelés
«Matières Organiques fraîches ».

Composés organiques stabilisés (« MO stable »), les matières humiques ou

humus,

I. La bioremédiation Consiste à :- Favoriser le développement des

populations de micro-organismes dégradeurs/détoxifiants présents
dans le sol, en apportant des nutriments (azote, phosphore) et des
conditions environnementales optimales (oxygène, humidité, pH).
Optimiser les processus microbiens de biodégradation des
polluants dans la matrice solide du sol.
Ainsi, différentes techniques de bioremédiation adaptées permettent
d'éliminer une grande variété de polluants organiques et minéraux qui
contaminent les sols.
Les micro-organismes du sol jouent le rôle d'ingénieurs de cette dépollution
écologique.
Les champignons sont la biomasse dominante dans les sols et jouent un rôle clé dans le
cycle du carbone et de l'azote,

Dans les sols, il existe une diversité d’espèces de bactéries extrêmement forte de l’ordre d’1
million d’espèces par gramme de sol. Elles peuvent être classées de plusieurs manières : sur
la base de leurs caractéristiques (morphologie, métabolisme, ressources nutritives…), sur la
base de leur génome ou par grandes catégories de fonctions. . Elles réalisent un très grand
nombre de fonctions impliquées par exemple dans la minéralisation des matières
organiques, le cycle de l’azote (Figure 1), la disponibilité du phosphore ou encore la
dégradation de molécules phytosanitaires. Par ailleurs, elles peuvent être impliquées dans
la régulation de la croissance racinaire (bactéries PGPR).
Les bactéries sont très abondantes dans les sols : 1 milliard d’individus par gramme de sol
en moyenne (2,5 t/ha en équivalent carbone !). Ce sont des organismes procaryotes* parmi
les plus petits vivant dans les sols avec une longueur de 1 à 2 mm dans des conditions
aérobies (en présence d’oxygène) ou anaérobies ("sans" oxygène).
Les bactéries du sol consomment des molécules organiques en sécrétant des enzymes dans
l’espace extracellulaire permettant de les hydrolyser (découper) en molécules simples
absorbables au travers de leur paroi et de leur membrane plasmique. L’acquisition de ces
ressources permet à la bactérie de croître jusqu’à une taille suffisante pour se diviser,
division qui produit alors deux bactéries identiques. En général, les bactéries ont une
croissance rapide. Mais cette vitesse de croissance est vite ralentie en fonction des
conditions de milieu (facteurs limitants) : disponibilité en ressources nutritives, humidité
du sol...

II. Le sol abrite une grande diversité d'enzymes produites par les microorganismes
présents dans la rhizosphère et les différentes couches du sol.
L'activité enzymatique dans le sol est essentielle pour la
décomposition des résidus végétaux,
la libération de nutriments tels que l'azote, le phosphore et le potassium,
et la transformation des composés organiques en formes utilisables par les plantes.
Ces enzymes sont responsables de la dégradation et de la transformation des matières
organiques, des nutriments et des composés chimiques présents dans le sol.
Les principales classes d'enzymes trouvées dans le sol comprennent les enzymes
cellulolytiques, protéolytiques, amylolytiques, lipolytiques, nitrifiantes et phosphatases.
L’acti-vité enzymatique dans le sol peut varier en fonction de facteurs tels que la température,
l'humidité, le pH du sol, la disponibilité des substrats et la composition de la communauté
microbienne ([1]).
Une activité enzymatique élevée est généralement associée à un sol sain et fertile, favorisant
ainsi la croissance et le développement des plantes.
 Processus de minéralisation-immobilisation-renouvellement des éléments nu-tritifs dans le
sol :
Les racines des plantes et les microorganismes du sol produisent des enzymes hydrolytiques
spécifiques qui décomposent les composés organiques en ions nutritifs.. Ce processus de mi-
néralisation-immobilisation-renouvellement s'applique à des éléments nutritifs tels que le
carbone, l'azote, le phosphore et le soufre
Lorsque les résidus organiques, la matière organique du sol et les cellules microbiennes se
décomposent, il y a une fragmentation physique et une solubi-lisation des composés orga-
niques. Ensuite, ces composés subissent une dépolymérisation par des enzymes extracellu-
laires d'origine microbienne. Les monomères résultants, tels que les peptides solubles, su-
bissent une dégradation enzymatique supplémentaire dans l'eau inters-titielle du sol, un
processus appelé minéralisation.
Lors de la minéralisation, l'ammonium (NH4+) est libéré dans l'eau interstitielle du sol. Cet
ammonium peut être absorbé par les plantes, immobilisé dans des cellules microbiennes ou
subir des transformations microbiennes appelées oxydation de l'ammoniaque et nitrification
(OA&N), qui produisent du nitrate (NO3-). De la même manière, le nitrate devient disponible

pour être absorbé par les plantes et les microorganismes.Les microorganismes utilisent le
NH4+ et le NO3- pour la synthèse des protéines et d'autres fonctions métaboliques. Lorsque
les cellules microbiennes arrivent en fin de vie, elles libèrent le NH4+ et le NO3- qu'elles con-
tiennent. Ce processus de lyse des cellules microbiennes permet le renouvellement des élé-
ments nutritifs dans le sol.
Cycle d’Azote
Le cycle de l'azote du sol est essentiel pour la disponibilité de l'azote pour les plantes. Les
cultures agricoles peuvent obtenir de l'azote grâce aux relations symbiotiques avec des bac-
téries fixatrices d'azote, comme les bactéries du genre Rhizobium. Ces bactéries possèdent
l'enzyme nitrogénase, qui transforme le N2 atmosphérique en ammoniac (NH3), un précur-
seur de la synthèse des protéines chez les plantes. L'ammoniac est ensuite converti en NH4+
et peut être utilisé pour produire de la glutamine ou se transformer en uréides avant d'être
transféré dans d'autres parties de la plante.
La teneur en azote du sol Les sols contiennent 2 à 10 t/ha d’azote, essentiellement sous
forme organique située dans la couche labourée comprise entre 0 et 25/30 cm de profon-
deur.
L’azote minéral est essentiellement présent sous deux formes : l’ion ammonium (NH4 +),
l’ion nitrate (NO3-). L’azote minéral présent dans le sol ne représente généralement que
quelques dizaines de kg par hectare.
L’azote total regroupe toutes les formes d’azote minéral et organique présentes dans un
échantillon de sol, excepté l’azote gazeux. Il ne fournit aucun renseignement sur l’azote mi-
né-ral disponible pour le végétal. Il s’interprète essentiellement au travers du rapport C/N.
Sur les bulletins d’analyses, le dosage de l’azote total s’effectue par une méthode normalisée
: la méthode Kjeldahl (NTK) qui cependant ne dose pas les formes oxydées (N-Nox ). Donc
NTK = azote organique + NH4
Cycle de carbone
Le carbone organique des sols provient principalement des apports végétaux vers le sol. La
fragmentation des débris végétaux par le macrofaune du sol et leur décomposition par les
micro-organismes permettent la formation de la matière organique des sols, présente sous
différentes formes chimiques. Cette matière organique joue un rôle fondamental dans le
fonc-tionnement des sols en contrôlant la fertilité, en influençant la structure du sol et en fil-
trant les eaux de pluie. De plus, les sols sont le réservoir continental de carbone le plus im -
portant, et de petites variations de la quantité de carbone organique dans les sols peuvent
avoir un impact significatif sur la concentration de CO2 atmosphérique. Les sols jouent donc
un rôle clé dans le cycle du carbone à différentes échelles de temps. Le carbone est égale-
ment présent dans le sol sous forme inorganique, notamment sous forme de carbonates. Les
interactions entre les sols et l'atmosphère à travers les carbonates peuvent également in-
fluencer les flux de carbone.
La méthode classique pour déterminer la quantité de Carbonne consiste à analyser l'échan-
tillon de sol débarrassé de ses éléments grossiers par combustion sèche, puis à quantifier le
CO2 libéré lors de cette combustion. Avant l'analyse, l'échantillon doit être décarbonaté s'il
contient des carbonates minéraux. Les stocks de carbone organique dans une colonne de sol
peuvent être estimés en utilisant cette mesure pour chaque horizon de sol, en prenant en
compte la concentration en carbone organique, la densité apparente et l'épaisseur de
chaque horizon. Les estimations sont extrapolées à l'ensemble de l'aire occupée par l'unité
de sol cor-respondante en utilisant des bases de données des sols,
 Le rapport C/N C’est un indicateur de l’activité biologique des sols .Il renseigne sur :

Le degré d’évolution de la matière organique,

L’activité biologique,
Le potentiel de fourniture d’azote par le sol (minéralisation).
Classement des sols en fonction de leur rapport C/N