UNIVERSITÉ HASSAN I - SETTAT

Institut Supérieur des Sciences de la Santé

Mémoire pour l’obtention de

La licence Professionnelle

Spécialité : Technologue de laboratoire biomédical

Présenté et soutenu par

AJMI Bothayna et ISMAILI Imane

Le 06 juillet 2021

Hygiène, Sécurité et Contrôle de qualité dans un Laboratoire de

Biologie Moléculaire
Etat des lieux

Projet de fin d’étude présenté et soutenu à Settat le 06 juillet 2021, devant le jury composé de

Pr. AMAHDAR Loubna Université Hassan I, ISSS, Settat, Maroc Président du jury et Examinateur

Pr. EL KEBBAJ Riad Université Hassan I, ISSS, Settat, Maroc Examinateur

Pr. YOULYOUZ Ibtissam Université Hassan I, ISSS, Settat, Maroc Encadrant Interne

1
Dédicace
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Dédicace

Nous dédions notre travail :

A nos chers parents

Avec tous nos sentiments de respect, d’amour, de gratitude et de reconnaissance pour

tous les sacrifices déployés pour nous élever dignement et assurer notre éducation dans les
meilleures conditions.

A nos frères et sœurs

Qui n’ont pas cessé de nous conseiller, encourager et soutenir tout au long de nos études.

A nos respectueux professeurs

En témoignage de notre reconnaissance pour tous les efforts fournis afin de nous assurer
une bonne formation.

A tous nos amis(es)

Pour tous les bons moments passés ensemble.

A tout le personnel du Laboratoire Pasteur Settat

Pour leur précieux aide, leur confiance en nous et les conseils qu’ils n’ont cessé pas de
nous prodiguer tout au long de la période de stage.

3
Remerciements
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Remerciements

Ce travail est le fruit d’un échange permanent avec l’équipe qui travaille au sein du
centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat. Il nous est agréable tout d’abord
d’exprimer notre reconnaissance auprès de ces personnes dont l’intervention au cours de ce
projet a favorisé son bon déroulement.

Ainsi, nous adressons nos vifs remerciements à Mr HATIM Bachir, le directeur du

laboratoire, pour nous avoir accordé l’opportunité d’effectuer notre stage au sein de son
établissement, et mis à notre disposition tous les outils disponibles pour acquérir une vraie
expérience professionnelle.

Nous exprimons également notre profonde gratitude envers notre encadrante Mme
YOULYOUZ Ibtissam pour ses directives, ses précisions, son aide et son assistance. Nous
restons infiniment sensibles à l’honneur qu’elle nous a accordé en acceptant de superviser et de
présider ce travail.

Nous tenons à remercier spécialement Mlle AOUBID Sanaa, qui nous a accompagnées
tout au long de la période de stage et qui a veillé à nous transmettre le savoir nécessaire pour la
maitrise de la technique. Nous la remercions, aussi, à elle et à Mr EL IDLI Nabil d’avoir tous
deux eu la patience de répondre à nos innombrables questions. Nos sincères remerciements vont
aussi à Mr. HATIM Jalil et à toutes les personnes qui nous ont accompagnées tout au long de
notre stage. Ces personnes qui se sont toujours montrées serviables et ont eu l’amabilité de nous
communiquer leurs savoirs et leurs expériences.

Ainsi nous exprimons notre reconnaissance envers tout le corps professoral et

administratif de l’ISSS pour son soutien qui nous est d’un appui considérable.

Enfin, nous tenons à remercier toutes les personnes qui ont contribué de près ou de loin
à la réalisation de ce travail.

5
Résumé
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résumé

La réalisation de la RT-PCR en temps réel dans un laboratoire de biologie moléculaire

implique de nombreuses étapes ainsi qu’un grand nombre de personnes d’où la complexité du
système. L’Hygiène, la Sécurité et le Contrôle de Qualité forment le tronc du laboratoire, qui
se ramifie en plusieurs rameaux pouvant conditionner son bon fonctionnement.

D’où la nécessité d’une connaissance lucide aussi bien des points forts que des points
faibles du système. Dans notre étude, nous avons commencé par la réalisation d’un état des
lieux d’hygiène, sécurité et contrôle de qualité, au niveau du centre de dépistage COVID-19 du
Laboratoire Pasteur Settat. Ceci grâce à des entretiens libres et d’autres dirigés, qui nous ont
aidées aussi à effectuer, par la suite, une étude de conformité des pratiques entreprises au niveau
du centre, aux normes nationales et internationales. Une analyse des résultats obtenus, nous a
aidées à déceler le système de gestion du laboratoire, à savoir ses qualités, à détecter les lacunes
qui existent, et finalement proposer des solutions pour les combler.

Mots clés : Laboratoire de biologie moléculaire, Hygiène, Qualité, Sécurité, Covid-

19, RT-PCR en temps réel.

7
Abstract
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Abstract

Performing real time RT-PCR in a molecular biology laboratory involves many steps as
well as a large number of people hence the complexity of the system. Hygiene, Safety and
Quality Control form the trunk of the laboratory, which branches out into several branches that
could condition its proper functioning.

Hence the need for lucid knowledge of both the strengths and weaknesses of the system.
In our study, we started by carrying out a description of Hygiene, Safety, and Quality Control
processes at the COVID-19 screening center of « Laboratoire Pasteur Settat ». This thanks to
free and other guided interviews, which also helped us to carry out, subsequently, a study of the
conformity of the practices undertaken in the center, to national and international standards. An
analysis of the results obtained helped us to understand more profoundly the laboratory
management system and its qualities, to detect the gaps that exist, and finally propose solutions
to fill them.

Key words: Molecular biology laboratory, Hygiene, Quality, Security, COVID-19,

Real time RT-PCR.

9
‫ملخص‬
‫‪AJMI Bothayna & ISMAILI Imane‬‬ ‫ملخص‬

‫يتضمن إجراء فحص "‪ "RT-PCR en temps réel‬داخل مختبر البيولوجيا الجزيئية العديد من الخطوات باإلضافة إلى‬
‫عدد كبير من األشخاص ومن تم يبدو أن النظام معقد‪ .‬تشكل النظافة‪ ،‬السالمة ومراقبة الجودة جذع المختبر‪ ،‬الذي يتفرع إلى عدة فروع‬
‫يمكن أن تؤثر على العمل بشكل صحيح‪.‬‬

‫ومن هنا تأتي الحاجة إلى معرفة واضحة لنقاط قوة ونقاط ضعف النظام‪ .‬في دراستنا‪ ،‬بدأنا بإجراء وصف لعمليات النظافة‬
‫والسالمة ومراقبة الجودة في مركز فحص "كوفيد ‪ "19‬التابع لـمختبر باستور سطات‪ .‬هذا بفضل مقابالت حرة وأخرى موجهة‪ ،‬والتي‬
‫ساعدتنا أيضًا في إجراء دراسة الحقة لمدى توافق الممارسات التي يتم إجراؤها في المركز مع المعايير الوطنية والدولية‪ .‬ساعدنا تحليل‬
‫النتائج التي تم الحصول عليها على فهم نظام إدارة المختبر وخصائصه بشكل أعمق‪ ،‬واكتشاف الثغرات الموجودة‪ ،‬وأخيرا اقتراح حلول‬
‫لسدها‪.‬‬

‫الكلمات الرئيسية‪ :‬مختبر البيولوجيا الجزيئية‪ ،‬النظافة‪ ،‬الجودة‪ ،‬األمن‪ ،‬كوفيد ‪ ،19‬فحص "‪."RT-PCR en temps réel‬‬

‫‪11‬‬
Table des matières
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Table des matières

Dédicace ............................................................................................................................................ 2
Remerciements....................................................................................................................................... 4
Résumé ............................................................................................................................................ 6
Abstract ............................................................................................................................................ 8
‫ملخص‬ .......................................................................................................................................... 10
Table des matières ............................................................................................................................... 12
Liste des figures ................................................................................................................................... 15
Liste des tableaux ................................................................................................................................ 18
Liste des abréviations .......................................................................................................................... 20
Introduction Générale ......................................................................................................................... 24
Etude Bibliographique ........................................................................................................................ 27
Chapitre 1 : Hygiène et sécurité dans un laboratoire de biologie moléculaire ...................................... 28
I. Généralités ........................................................................................................................ 28
1. Architecture du laboratoire ............................................................................................... 28
2. Définition de l’hygiène et de la sécurité ........................................................................... 32
3. Hygiène des mains ............................................................................................................ 33
4. Tenue de travail ................................................................................................................ 34
5. Risques encourus dans un laboratoire de biologie moléculaire ........................................ 35
6. Les niveaux de sécurité biologique des laboratoires de biologie moléculaire .................. 39
7. Utilisation des postes de sécurité microbiologique ........................................................... 40
8. Ménage dans le laboratoire ............................................................................................... 41
9. Gestion des déchets ........................................................................................................... 42
10. Transport des matières infectieuses .................................................................................. 43
[Link] particulier : COVID-19............................................................................................... 43
1. Présentation de SARS cov 2 ............................................................................................. 43
2. Recommandations pour les laboratoires qui manipulent SARS-CoV-2 ........................... 45
Chapitre 2 : Contrôle de la qualité dans un laboratoire de biologie moléculaire .................................. 46
I. Introduction à la qualité au laboratoire de biologie moléculaire ............................................. 46
[Link]ôle de qualité dans un laboratoire de biologie moléculaire ........................................... 47
1. RT-PCR en temps réel ...................................................................................................... 48
2. Contrôle de l’intégrité de l’acide nucléique ...................................................................... 50
3. Contrôle de la contamination des échantillons ................................................................. 50
4. Contrôle positif et négatif ................................................................................................. 51
5. Gestion des équipements .................................................................................................. 51
6. Gestion des stocks et commandes de consommables ....................................................... 54
7. Personnel........................................................................................................................... 57
8. Traçabilité ......................................................................................................................... 57
9. Documents ........................................................................................................................ 57
[Link]ôle de la qualité dans un laboratoire de biologie moléculaire (covid-19)...................... 58
1. Eléments du contrôle de la qualité - tests moléculaires du sars-cov-2 .............................. 58
2. Evaluation externe de la qualité (EEQ) ............................................................................ 62
Matériels et méthodes ......................................................................................................................... 63
1. Diagnostic des tâches ........................................................................................................ 64
2. Entretien avec le personnel du laboratoire ........................................................................ 64
Résultats et Discussion ........................................................................................................................ 65
Résultats du diagnostic des tâches ......................................................................................................... 66
I. Réception des patients ....................................................................................................... 66
1. Description de l’espace ..................................................................................................... 66
2. Durée de travail ................................................................................................................. 67
3. Procédure de travail dans la réception .............................................................................. 67
II.Réalisation du prélèvement ............................................................................................... 67
1. Structure de la salle de prélèvement ................................................................................. 67
2. Le matériel utilisé ............................................................................................................. 68
3. Procédure de réalisation du prélèvement .......................................................................... 68

13
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Table des matières

III.Réalisation de la RT-PCR en temps réel............................................................................ 69

1. SAS ................................................................................................................................... 69
2. Salle d’extraction .............................................................................................................. 70
3. Salle de préparation du Mix .............................................................................................. 74
4. Salle d’amplification ......................................................................................................... 76
5. Interprétation des résultats ................................................................................................ 78
6. Procédure d’envoi des résultats positifs à l’INH .............................................................. 78
Résultats de l’entrevue normalisée ........................................................................................................ 78
I. WHO 2019 nCov Lab Assessment Tool .............................................................................. 78
[Link] d’évaluation de la conformité aux normes marocaines ............................................... 93
Discussion des activités entreprises au sein du centre........................................................................... 95
I. L’organisation spatiale et le flux de travail .......................................................................... 95
[Link] des consommables et réactifs utilisés et l’interprétation des résultats ................... 96
La conformité aux normes internationales ............................................................................................ 98
La conformité aux normes marocaines.................................................................................................. 99
Nos propositions pour résoudre les problèmes détectés ...................................................................... 100
I. Document unique : Evaluation documentée des risques des tests SARS-Cov-2 .................... 100
[Link]édure de biosécurité relative à la manipulation et à la gestion des échantillons testés pour le
SARS-Cov-2 ............................................................................................................................ 102
[Link]ème de prévision précise des besoins en consommables et réactifs ............................. 103
[Link]édure de décontamination en cas de déversement de matière biologique ..................... 105
[Link]édure de biosécurité relative à l'urgence incendie ....................................................... 107
[Link]édure pour enregistrer les plaintes............................................................................ 109
[Link]édure pour la maintenance de « QuantGene 9600 BIOER » ...................................... 109
Conclusion générale .......................................................................................................................... 113
Références Bibliographiques ............................................................................................................ 115
Webographie ...................................................................................................................................... 121
Annexes............................................................................................................................................... 123

14
Liste des figures
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Liste des figures

Figure 1: Exemples de signes de restriction d’accès aux salles d’analyses.......................................... 28

Figure 2: Un système électronique de lecture de badge ....................................................................... 28
Figure 3: Phases de travail dans un laboratoire de biologie moléculaire ............................................. 29
Figure 4: Flux de travail unidirectionnel dans un laboratoire de biologie moléculaire ........................ 30
Figure 5: Plan illustrant l’agencement modèle d’un laboratoire de biologie moléculaire .................... 31
Figure 6: Technique standardisée de friction des mains ...................................................................... 33
Figure 7: Symboles de danger des produits chimiques ........................................................................ 36
Figure 8: Pictogrammes de signalisation.............................................................................................. 37
Figure 9: Grille de criticité du risque ................................................................................................... 38
Figure 10: Schéma des 3 types de PSM ............................................................................................... 41
Figure 11 : Génome de SARS-CoV-2 .................................................................................................. 43
Figure 12: Les voies de transmission du SARS-CoV 2 ....................................................................... 44
Figure 13: Composants du système de gestion de la qualité ................................................................ 47
Figure 14: Principe de SYBR Green et de la sonde TaqMan ............................................................... 48
Figure 15: Principe des sondes FRET .................................................................................................. 49
Figure 16: Courbe de la RT-PCR en temps réel ................................................................................... 49
Figure 17: Salle de réception du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat ......... 66
Figure 18: Fiche rappelant les mesures de prévention ......................................................................... 66
Figure 19: Salle d’accueil du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat .............. 66
Figure 20: Aspect de la salle de prélèvement du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire
Pasteur Settat ......................................................................................................................................... 67
Figure 21: Tubes de prélèvement et écouvillons/gants/SHA/solution de refroidissement ................... 68
Figure 22: Position du patient lors de la réalisation du prélèvement nasopharyngé au sein du centre de
dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat.............................................................................. 69
Figure 23: Entrée du SAS..................................................................................................................... 69
Figure 24: Porte manteaux .................................................................................................................. 69
Figure 25: Les EPI ; surblouses, charlotte jetable, gants ...................................................................... 70
Figure 26: Masques KN95, plum Eyewash 0.9% Sodium Chlorure, trousse de secours ..................... 70
Figure 27: Les combinaisons jetables, masques KN95 ........................................................................ 70
Figure 28: Entrée de la salle d’extraction ............................................................................................. 70
Figure 29: Organisation de la salle d’extraction du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire
Pasteur Settat ......................................................................................................................................... 71
Figure 30: Organisation du réfrigérateur et congélateur de la salle d’extraction ................................. 71
Figure 31: Agitateur ............................................................................................................................. 72
Figure 32: Organisation du PSM de type II de la salle d’extraction .................................................... 72
Figure 33: Extracteur et onduleur/ embouts de l’extracteur ................................................................. 72
Figure 34: Principe de l’extraction ....................................................................................................... 74
Figure 35: Entrée de la salle du Mix .................................................................................................... 74
Figure 36: Organisation de la salle de préparation du MIX du centre de dépistage COVID-19 du
Laboratoire Pasteur Settat ..................................................................................................................... 75
Figure 37: Hotte (Poubelle, portoir noir, portoir de barrette jaune, pipettes : 20-200 µL /5-50 µL /100-
1000 µL /15 µL) .................................................................................................................................... 75
Figure 38: Mini centrifugeuse .............................................................................................................. 75
Figure 39: Entrée de la salle d’amplification ....................................................................................... 76
Figure 40: Organisation de la salle d’amplification du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire
Pasteur Settat ......................................................................................................................................... 76
Figure 41: Minicentrifigeuse/ Amplificateur/ Ordinateur/ Onduleur ................................................... 77
Figure 42 : Triple emballage (Catégorie B) ......................................................................................... 78
Figure 43: Nombre de tests demandés par jour du 29 janvier au 31 mai au centre de dépistage
COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat.............................................................................................. 82
Figure 44: Somme de nombre de patient par jour du 29 janvier au 31 mai 2021 ................................ 92
Figure 45: Synthèse des résultats de l’évaluation du laboratoire Pasteur selon « WHO 2019 ............. 92
Figure 46 : L’organisation de l’espace actuel de réalisation le RT-PCR dans le centre de dépistage
COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat.............................................................................................. 96
Figure 47 : L’organisation de l’espace proposée pour assurer un flux unidirectionnel........................ 96
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Liste des figures

Figure 48: Une partie de la liste des kits de dépistage de COVID-19 approuvés par la FDA ............. 97
Figure 49:Arbre à problèmes illustrant les causes de résultats invalides ............................................. 97
Figure 50: logigramme de l’analyse de la valeur ajoutée d’une opération ........................................... 98
Figure 51: Feuille Excel 1 du système de prévision et gestion des stocks : Base de données ........... 104
Figure 52: Feuille Excel 2 du système de prévision et gestion des stocks : Mouvements ................. 105
Figure 53: Feuille Excel 3 du système de prévision et gestion des stocks: Situation......................... 105
Liste des tableaux
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Liste des tableaux

Tableau 1: Infrastructures minimales pour un laboratoire de biologie moléculaire............................. 31

Tableau 2: Choix du masque en fonction des circonstances ................................................................ 35
Tableau 3: Les sources des différents dommages physiques ............................................................... 37
Tableau 4: Les niveaux de sécurité biologique des laboratoires de biologie moléculaire ................... 39
Tableau 5: Tri des déchets générés dans un laboratoire de biologie moléculaire ................................ 42
Tableau 6: Conditionnement des déchets générés dans un laboratoire de biologie moléculaire ......... 42
Tableau 7: Gestion des prélèvements naso/oropharyngés LRAM ....................................................... 60
Tableau 8: Calcul des volumes nécessaires pour préparer le « master mix » ...................................... 76
Tableau 9: Résultats de l’évaluation de l’organisation et du management .......................................... 79
Tableau 10: Résultats de l’évaluation des documents .......................................................................... 79
Tableau 11: Résultats de l’évaluation de la collecte, manipulation et transport des échantillons ........ 80
Tableau 12: Résultats de l’évaluation de la gestion des données et des informations ......................... 81
Tableau 13: Résultats de l’évaluation de la gestion des consommables et réactifs ............................. 82
Tableau 14: Les différences majeures entre les 3 kits avec l’ancien kit GeneFinder (42, 43, 44, 46) . 83
Tableau 15: Résultats de l’évaluation de management d’équipement ................................................. 83
Tableau 16: Résultats de l’évaluation des aménagements ................................................................... 85
Tableau 17: Résultats de l’évaluation de Ressources humaines .......................................................... 86
Tableau 18: Résultats de l’évaluation du management du risque biologique ...................................... 87
Tableau 19: Résultats du contrôle du PSM II du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire
Pasteur Settat par le L2mi ..................................................................................................................... 89
Tableau 20: Résultats de l’évaluation des fonctions de santé publique ............................................... 89
Tableau 21: Résultats de l’évaluation de la capacité à réaliser le test COVID .................................... 90
Tableau 22: Résultats de la Grille de conformité de l’activité au sein du laboratoire Pasteur Settat
‘centre COVID’ aux conditions fixées par le ministère de la santé du Maroc ...................................... 93
Tableau 23: Evaluation des risques encourus au centre de dépistage COVID du Laboratoire Pasteur
Settat .................................................................................................................................................... 100
Tableau 24 : Les divers types d’extincteurs et leur usage .................................................................. 108
Tableau 25: Les problèmes, les causes et les conduites à tenir lors l’utilisation de l’amplificateur
QuantGene 9600 BIOER ..................................................................................................................... 110

19
Liste des abréviations
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Liste des abréviations

ADN : acide désoxyribonucléique

AES : Accident d’Exposition au Sang
AFNOR : Association Française de Normalisation
APR : Appareil de Protection Respiratoire
BPF : Bonnes Pratiques de Fabrication
BSL: Biosafety Level
°C: degré Celsius
CAS : Chemical Abstracts Service
cDNA : complementary DNA
CE : Conformité Européenne
CEI : Commission Electrotechnique Internationale
CI : Confidence Interval
CLSI : Clinical & Laboratory Standards Institute
CN : Contrôle Négatif
CO2 : Dioxyde de carbone
COVID-19 : CoronaVirus Disease 2019
CP : Contrôle Positif
CQ : Contrôle de Qualité
CQI = CIQ : Controle Interne de Qualité
CRISPR/Cas 9: clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR-
associated protein 9
Ct : threshold Cycle
DASRI : Déchet d’Activités de Soins à Risque Infectieux
DLU : Date Limité d’Utilisation
dNTP : DésoxyriboNucléoside TriPhosphate
EEQ : Evaluation Externe de la Qualité
ELISA: Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay
EN : European Norms
ESB : Enceinte de Sécurité Biologique
FDA : Food and Drug Administration
EPI : Équipement de Protection Individuelle
FFP : Filtering Face Pieces
H₂SO₄ : acide sulfurique
HBSS : Hanks' Balanced Salt Solution

21
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Liste des abréviations

HCl: acide chlorhydrique

HEPA: High Efficiency Particulate Air
IC: Internal Control
INH: Institut National d’Hygiène
ISO: International Organization for Standardization
IVD : In Vitro Diagnostics
L2mi : Laboratoire Marocain de Métrologie Industrielle
LRAM : Laboratoire de Recherche et d’Analyses Médicales de la Gendarmerie Royale
MEM : Milieu Essentiel Minimum
MERS-COV : Middle East Respiratory Syndrome COronaVirus
MgCl2 : ChLorure de MaGnésium
MTV : Milieu de Transport Viral
NaOCl : Hypochlorite de Sodium
NF : Norme Française
NM : Norme Marocaine
OEC : Organismes d'Evaluation de la Conformité
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
ORF: Open Reading Frame
ORL: OtoRhinoLaryngée
PBS: Phosphate-Buffered Saline
pH: Potential of Hydrogen
PHA: Produit HydroAlcoolique
PK: Protéinase K
POS : Procédure Opératoire Standardisée
PSM : Poste de Sécurité Microbiologique
PV : Procès-Verbal
RdRp : Rna Dependant Rna Polymerase
Rn: normalized Reporter signal
RNA: Ribonucleic acid
RT-PCR: Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction
SARS-COV-2: Severe Acute Respiratory Syndrome COronaVirus 2
SEMAC: SErvice MArocain d’ACcréditation
SHA: Solution HydroAlcoolique
SIL : Système d’Information du Laboratoire

22
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Liste des abréviations

UPS : Uninterruptible Power Supply

UV: Ultraviolet
WHO: World Health Organization

23
Introduction Générale
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Introduction Générale

La biologie moléculaire a commencé par deux découvertes majeures : Oswald Avery a

montré en 1944 que les gènes sont constitués d’ADN, et Francis Crick & James Watson ont
proposé en 1953 le modèle de la double hélice d’ADN à partir des données de diffraction des
rayons X. Après ces dates, de grandes découvertes en biologie moléculaire se sont succédées et
ont permis d’explorer le vivant. Toutes ces avancées ont été à l’origine d’innovations
technologiques y compris le clonage des gènes, le séquençage de l’ADN, le RNA silencing, la
technologie CRISPR/Cas9, la PCR, etc.(1)

Depuis l'invention de la technique d'amplification par PCR en 1983, la biologie

moléculaire s'est implantée rapidement dans les laboratoires de microbiologie clinique. De
nombreux articles démontrent son importance dans le domaine du diagnostic, du pronostic, de
l'évaluation thérapeutique et de l'épidémiologie.(2)

Récemment, dès la déclaration de la pandémie de la COVID-19 et avec la progression

rapide du nombre de personnes atteintes, la sonnette d’alarme a été tirée de par le monde entier.
Cette situation a brutalement chamboulé la vie de tout le monde, après la déclaration de l’OMS
que la maladie était passée à l’échelle de pandémie le 11 Mars 2020, en le posant au monde
dans une situation sanitaire inédite qui a entrainé une pression sans précédent sur les services
de santé publique. Les laboratoires de biologie moléculaire se sont retrouvés en première ligne
face à cette crise. Dès lors, le gold standard de dépistage de la COVID-19 recommandé par
l’OMS est la RT-PCR en temps réel.(3)

Dans cette étude, nos objectifs sont centrés sur la réalisation d’un état des lieux
d’hygiène, sécurité et contrôle de qualité au sein du centre de dépistage COVID-19 du
Laboratoire Pasteur Settat afin de comparer l’existant aux normes nationales et internationales.
Ce travail permet d’avoir une meilleure visibilité des points forts et des éléments qui nécessitent
des rectifications. Il permet aussi d’alimenter le schéma de développement du laboratoire et
garantit son adaptation au contexte local. Pour parvenir à la réalisation de cet état des lieux,
nous avons commencé par le choix des données utiles à partir de questions clés structurées sous
formes de grilles d’évaluation. Nous avons procédé par la suite à l’exploitation des résultats
obtenus en les comparant aux exigences nationales et internationales, et nous avons fini par la
proposition de mesures correctives pour les défaillances que nous avons pu détecter.

25
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Introduction Générale

Donc ce travail est présenté en quatre parties, commencé par une étude bibliographique
concernant les normes et recommandations en matière d’organisation, d’hygiène, de sécurité et
de contrôle de qualité dans un laboratoire de biologie moléculaire. Ensuite, nous avons présenté
les méthodes adoptées pour la réalisation de la présente étude. Puis les résultats sont exposés
en deux parties ; premièrement les résultats de l’observation et des entretiens exploratoires et
deuxièmement les résultats, sous forme de tableaux, des deux grilles d’évaluation du centre de
dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat. Finalement, les remèdes proposés sont
étayés dans la dernière partie de la discussion.

26
Etude Bibliographique
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Etude Bibliographique

Chapitre 1 : Hygiène et sécurité dans un laboratoire de biologie moléculaire

I. Généralités
1. Architecture du laboratoire
Les analyses réalisées dans un laboratoire de biologie moléculaire sont très sensibles à
la contamination, un certain nombre de précautions doivent être adoptées lors de la conception
de ce type de laboratoire. (4)
1.1 Accès
Tenant compte du fait que le laboratoire est un endroit potentiellement dangereux
contenant un équipement délicat et des données confidentielles sur les patients, les personnes
non autorisées ne doivent pas pouvoir y entrer. Pour cela, il faut mettre en place des signes de
restriction d’accès aux salles d’analyses au laboratoire (Figure 1), et doter les portes de serrures.
Parmi les systèmes de serrures qui peuvent être utilisés dans le laboratoire, on trouve :(5)
❖ Une serrure sur la porte d'entrée du côté extérieur
❖ Un système de lecture de badge à l'extérieur de la porte d'entrée (Figure 2)
❖ Un système de lecture d'empreinte digitale à l'extérieur de la porte d'entrée
Ces trois systèmes se composent d’une simple poignée à l’intérieur.

Figure 1: Exemples de signes de restriction d’accès aux salles d’analyses

Figure 2: Un système électronique de lecture de badge

28
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Etude Bibliographique

1.2 Voies de circulation

Lors de la conception du laboratoire, il faut prendre en considération les phases de
travail (Figure 3) et s’assurer, après la réalisation du prélèvement, que les patients, les
échantillons n’empruntent pas les mêmes voies de circulation :(6)
❖ Si possible, installer la réception et les salles de prélèvement à l’entrée du laboratoire
pour économiser du temps et de l’énergie
❖ Si possible, la zone de préparation des échantillons doit être séparée mais située à
proximité des zones d’analyses
❖ Si possible, les chemins de circulation du matériel propre et sale de laboratoire ne
doivent jamais se croiser

Figure 3: Phases de travail dans un laboratoire de biologie moléculaire

1.3 Organisation spatiale d’un laboratoire de biologie moléculaire
Il faut avoir au moins deux pièces de telle sorte que l’amplification ne soit pas réalisée
dans la même pièce où sont réalisées la préparation des extraits d’acide nucléique et la
préparation des mix. En général, 3 secteurs doivent être clairement identifiés : préparation des
échantillons et des matrices ADN ou ARN, préparation du mix PCR, analyse des produits PCR.
Les manipulations doivent s'effectuer selon le principe de la "marche en avant" ; le personnel
doit effectuer les taches commençant dans la zone propre, puis la zone de pré-amplification
et terminant dans la zone de post-amplification. (7)

29
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Salle de préparation des réactifs

salle de préparation du master-mix de la PCR et
d'aliquotage

Salle de préparation des échantillons

a) traitement de l'échantillon
b) isolement des acides nucléiques
c) ajout de l'échantillon à l'aliquote du mélange-maitre

Salle d'amplification et de visualisation des produits

amplifiés
a) thermocyclage
b) confirmation : Visualisation (PCR en temps réel)

Figure 4: Flux de travail unidirectionnel dans un laboratoire de biologie moléculaire

(8)
Dans la zone propre qui est la salle de préparation des réactifs, a lieu le stockage des
réactifs de PCR, la reconstitution du « master mix » et son aliquotage dans les microtubes de
PCR. Pour éviter les contaminations croisées et les congélations et décongélations répétées, les
solutions mères de réactifs doivent être aliquotées. Cette opération dépend du nombre
d’échantillons qu’a le laboratoire à amplifier de façon quotidienne. Cette zone doit contenir une
hotte chimique si pièce indépendante ou hotte à flux laminaire si située à l’intérieur de la zone
pré-amplification. La salle doit aussi disposer d’un assortiment de pipettes réglables qui sont
dédiées à cette salle et assorties d’embouts à filtre barrière contre les aérosols, de blouses de
laboratoire et de gants à usage unique, préférable sans talc.
Dans la zone pré-amplification, a lieu l’extraction d’ADN ou ARN. Les échantillons
et les contrôles sont ajoutés dans les tubes contenant le « master mix » dans cette salle. Cette
pièce doit être dotée d’un PSM II.
Dans la zone post-amplification qui est la pièce dite « sale » du circuit de biologie
moléculaire, se fait l’amplification, la détection et le recueil des résultats. Cette salle doit
contenir un thermocycleur généralement équipé d’un ordinateur pour l’analyse des résultats.
Des gants et des blouses de laboratoire doivent être systématiquement utilisés puis retirés avant
de quitter cette salle afin de maitriser la contamination des autres salles par des amplicons.
Aucun produit amplifié ne doit sortir de cette zone. Les réactifs de PCR et l’ARN ou l’ADN

30
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extrait ne doivent pas être manipulés dans cette salle en raison du risque de contamination
élevé.(4,7)

Figure 5: Plan illustrant l’agencement modèle d’un laboratoire de biologie moléculaire

(9)
Recommandations d’utilisation du matériel de PCR
❖ Utiliser seulement du matériel de laboratoire à usage unique
❖ Éviter de passer au-dessus des autres tubes du portoir lors de l’ajout de l’ADN ou ARN
extrait au « master mix »
❖ Jeter immédiatement les embouts des pipettes et les bouchons de protection utilisés dans
un conteneur approprié
❖ Eviter de toucher les parois des tubes avec l'embout lors de l'utilisation de pipettes
répétitives afin de minimiser les risques de contamination d'un tube à l'autre
❖ Effectuer l'écoulement du réactif contre la paroi du tube pour éviter les éclaboussures
❖ Appliquer fermement les bouchons de protection sur le haut des microtubes de PCR
❖ Ne jamais réutiliser les cartes de protection ou les bouchons (7)
Tableau 1: Infrastructures minimales pour un laboratoire de biologie moléculaire
Equipements Consommables EPI
PSM de classe II Embouts à filtre Gants jetables***
Hotte chimique* Tubes de microcentrifugeuses** Blouses chirurgicales
Appareil de PCR en temps réel Plaques de PCR Masques N95
Microcentrifugeuses de tubes Réactifs de PCR Ecran facial****
Microcentrifugeuses à plaques Kit d’extraction Surblouses jetables
Micropipettes Alcool Charlotte
Vortex Désinfectant Surchaussures
Congélateur -20 et -80°C Tubes de transport d’échantillons -
Réfrigérateurs Papier absorbant -
*zone de travail avec lumière UV/**sans DNase/RNase/***sans poussière/ ****ou lunettes
de protection (4)
31
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1.4 Conception et aménagement des installations

Le directeur du laboratoire et le responsable de la sécurité doivent considérer les besoins
spécifiques des équipements lors de l’aménagement du laboratoire.(6) Les points qu’ils doivent
étudier sont :(10)
L’élimination des déchets liquide : doit être conforme aux exigences locales et
nationales relatives à l’évacuation des liquides afin d’éviter une contamination du système du
tout à l’égout par des agents infectieux ou des produits chimiques toxiques.(6)
L’espace et les installations du laboratoire : doivent être bien dimensionnés et bien
adaptés à la manipulation et au stockage en toute sécurité des matières dangereuses. Le
laboratoire doit être suffisamment spacieux et un lavabo réservé au lavage des mains doit être
prévu.(10)
La ventilation du laboratoire (y compris les systèmes de chauffage/refroidissement) :
doit assurer une circulation d’air qui ne nuit pas à la sécurité du travail en évitant les flux d’air
turbulents.(10)
L’approvisionnement en électricité : il faut envisager la stabilisation du courant pour
le matériel sensible, prévoir un système de secours ou un générateur d'urgence en cas de coupure
d’électricité au laboratoire. (6)
L’étanchéité : les murs, les sols et les meubles du laboratoire doivent être lisses, faciles
à nettoyer, imperméables aux liquides et résistants aux produits chimiques et aux désinfectants
utilisés au laboratoire.(10)
Les systèmes de sécurité : doivent couvrir les risques d’incendie et les accidents
d’origine électrique et prévoir les services et équipements d’intervention en cas
d’urgence/d’incident, en fonction de l’évaluation des risques.(10)
L’accès pour la réception et la maintenance des équipements : il faut s’assurer qu’il
n’y a pas d’obstacle tel qu’une porte ou la taille de l’ascenseur. (6)
Les Installations pour manger et boire doivent être prévues.(10)
2. Définition de l’hygiène et de la sécurité
L’hygiène est un ensemble de principes et de pratiques ayant pour but de préserver et
améliorer la santé. L’application des règles d’hygiène a une place essentielle dans la prévention
des maladies transmissibles en collectivité pour lutter contre les sources de contamination et
réduire les voies de transmission. Les mesures d’hygiène portent sur l’hygiène des locaux, des
équipements et l’hygiène individuelle. (11)

32
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La sécurité est un état où les dangers et les conditions pouvant provoquer des dommages
d'ordre physique, psychologique ou matériel sont contrôlés de manière à préserver la santé et le
bien-être des individus et de la communauté. (12)
3. Hygiène des mains
L’hygiène des mains est la base de la prévention de la transmission croisée d’agents
infectieux, permettant de protéger le professionnel de santé et son environnement de travail. On
distingue trois types d’hygiène des mains dans le cadre des laboratoires :(13)
Le lavage simple des mains qui a uniquement un effet détergent mécanique, élimine la
majeure partie de la flore transitoire, se réalise avec un savon liquide ou une solution lavante et
dure 15 secondes pour le savonnage et 15 secondes pour le rinçage.
Le lavage hygiénique ou antiseptique des mains permet de rajouter une efficacité
antiseptique à l’effet détergent du lavage pour éliminer la flore transitoire véhiculée sur les
mains et une partie de la flore résidente, il se réalise avec une solution moussante antiseptique
et dure 30 à 60 secondes pour le savonnage et 30 secondes pour le rinçage.
La désinfection des mains se fait à l’aide de PHA présentés en gels ou en solutions,
qui permettent de réaliser une désinfection hygiénique des mains par friction (Figure 6). Un
lavage préalable n’est requis que si les mains sont souillées. Cette technique est à privilégier
car elle est plus efficace que le lavage hygiénique.

<

Figure 6: Technique standardisée de friction des mains

33
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4. Tenue de travail
La tenue de travail est l’ensemble des pièces vestimentaires nécessaires à l’exercice
professionnel, et sert pour la protection individuelle. Elle est associée à l’aspect physique
général ; cheveux propres, attachés si besoin (cheveux longs) et absence de bijoux aux mains
et aux poignets. La tenue est revêtue au début du travail, quittée pour les pauses, la prise des
repas et à la fin de la journée de travail.(7)
Blouses et gants
❖ Des gants doivent être portés en permanence
❖ Ils doivent absolument être changés lors du passage d'une zone à une autre zone
❖ Ils doivent être changés au moindre doute de souillure par de l'ADN ou de l’ARN
❖ Le choix du matériau (latex, vinyle, nitrile) et du type de gants (manchettes longues ou
non) est fonction du type d’analyse réalisée (stérile, non stérile), du risque infectieux, et
du risque chimique si besoin (Annexe 1)
❖ Le port d'une blouse (ou surblouse) est obligatoire pour la réalisation du test
d'amplification
❖ Il est nécessaire d'utiliser 2 blouses différentes, une pour la zone pré-amplification et
une pour la zone post-amplification
❖ En aucun cas une blouse déjà utilisée en zone post-amplification ne doit retourner en
zone pré-amplification. Pour la zone "propre", il est nécessaire d'utiliser une 3ème blouse
Masques et lunettes
Les lunettes de protection protègent contre les risques de projection sur la conjonctive.
Il n’y a pas de normes spécifiques pour ces lunettes. Il est souhaitable de les choisir légères,
largement « couvrantes » et faciles à nettoyer et décontaminer. Les lunettes de vue n’assurent
pas une protection au même degré que des lunettes de protection proprement dites. (13)
L’utilisation de masque de protection réduit le risque d’infection respiratoire viral chez
les professionnels de la santé de 80% (14). D’où l’importance de son port au sein du laboratoire
lors de la manipulation d’échantillons suspectés d’être contaminés par un virus respiratoire tel
que SARS-CoV-2.
La différence entre le masque médical et l’APR est :
❖ Pour les masques médicaux : Il existe deux types ; les masques de soins et les masques
chirurgicaux. Ce sont des dispositifs de classe I, ils n’offrent pas de protection suffisante
contre les agents infectieux transmissibles par voie aérienne aux personnels qui les
portent.

34
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❖ Pour les APR : Ce sont des dispositifs qui offrent une efficacité contre les agents
infectieux transmissibles par voie aérienne et par les gouttelettes. Ils sont classés selon
leur efficacité en 3 classes : FFP1, FFP2, FFP3. La protection apportée dépend de son
bon ajustement au visage pour prévenir les fuites et de la classe du dispositif.(13)
Tableau 2: Choix du masque en fonction des circonstances

Autres EPI : Protection complète de la chevelure (charlotte, calot couvrant), surchaussures...

5. Risques encourus dans un laboratoire de biologie moléculaire

5.1 Risque chimique

Les risques associés à un produit chimique donné dépendent de sa nature, de ses propriétés
physico-chimiques, des moyens de protection mis en œuvre et de la durée d'exposition.(15)
Evaluation du risque chimique
L'étiquette du flacon des produits chimiques regroupe les informations suivantes :
❖ Le nom du produit et son n° CAS
❖ Les symboles de danger
❖ Les phrases de risque R et les phrases de prudence S
NB : L'étiquette est une source importante d'informations concernant la sécurité. Il est donc
important en cas de reconditionnement dans un nouveau flacon (aliquote par exemple), de
reporter sur celui-ci les informations suivantes ; nom, date, concentration et conditions de
stockage.(15)

35
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Figure 7: Symboles de danger des produits chimiques

Sécurité chimique
Elle passe par le respect des bonnes pratiques de laboratoire :(15)
❖ Choisir le produit le moins dangereux et limiter les transvasements
❖ S’assurer que l'affichage des règles de sécurité et des procédures d'urgence est bien
à jour et connu des manipulateurs
❖ Travailler dans un local convenablement ventilé
❖ Ne pas fumer, boire, manger, se maquiller dans les lieux où l'on manipule
❖ Ne jamais pipeter un liquide à la bouche
❖ Ne jamais porter ses mains ou tout autre objet (stylo par exemple) à la bouche
❖ Ne pas vouloir identifier un produit par son odeur
❖ Ne pas tenter de faire des mélanges inconnus qui peuvent être incompatibles, surtout
lors de la collecte des déchets
❖ Travailler avec des appareillages et des moyens de protection en bon état
❖ Stocker les produits dans des réfrigérateurs/congélateurs sécurisés
❖ Entreposer les produits chimiques dans des locaux aménagés à cet effet
❖ Collecter les déchets des produits chimiques par catégorie et entreposer les dans des
locaux adaptés avant d'être enlevés par une entreprise agréée

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5.2 Risque physique

Evaluation du risque physique
Les risques sont évalués par rapport aux dommages qu'ils peuvent causer aux personnes.
Tableau 3: Les sources des différents dommages physiques
(15)
Dommage Source
Asphyxie Manipulation de produits chimiques dans un
local mal ventilé
Incendie
Électrocution Incendie d'origine électrique
Appareillage ou installation électrique mal
entretenus
Brûlures Incendie
Electricité
Rayonnements UV
Produits chimiques
Basses températures
Altérations génétiques/cancer Rayonnements UV
Lésions divers (plaies, hémorragies, Chute
contusions, fractures, etc.) Chute d'objets
Explosion
Coupures et piqûres Couteau
Embouts des pipettes

Il existe des pictogrammes de signalisation qui permettent d'identifier les causes

potentielles du risque physique. (Figure 8)

Figure 8: Pictogrammes de signalisation

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Prévention du risque physique

La variété des risques physiques étant importante, voici une liste non exhaustive de
recommandations :
❖ Apprendre à reconnaître les différents pictogrammes et respecter les consignes
❖ Respecter les règles de stockage
❖ Ne pas entreposer inutilement des matières inflammables (ex : carton)
❖ Ne pas pénétrer aux zones à risque sans recevoir une formation (ex : radioactivité)
❖ Utiliser les moyens de protection spécifiques (lunettes et casque de protection, gants
pour les hautes et basses températures, etc.)
❖ Respecter les consignes d'utilisation des appareillages
❖ Ne pas démonter des appareillages en panne (faire appel à société de maintenance et
réparation)
❖ Ne pas transporter manuellement des objets trop lourds ou encombrants
5.3 Risque biologique
Plusieurs agents biologiques peuvent être à l’origine d’infections lors du travail en
laboratoire d’analyses médicales, si le personnel ne s’en protège pas. Afin de mettre en place
les mesures de prévention qui conviennent, il faut savoir à quel microorganisme on a affaire
(Annexe 2). (16)
Evaluation du risque biologique
La méthodologie d’évaluation du risque biologique comporte plusieurs étapes
successives: (16)
❖ Identifier les phases de travail (ex : phase analytique, post analytique…)
❖ Identifier le nombre de personnes concernées
❖ Identifier et répertorier les dangers
❖ Déterminer les dommages que ces situations pourraient entraîner
❖ Evaluer la gravité de ces dommages et la fréquence d’exposition aux situations
dangereuses. Cela permet de définir la criticité. (Figure 9)

Figure 9: Grille de criticité du risque

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Echelle de gravité :
1. Faible : Accident ou maladie sans arrêt de travail
2. Moyen : Accident ou maladie avec arrêt de travail
3. Grave : Accident ou maladie avec incapacité permanente partielle
4. Très grave : Accident ou maladie mortel

Echelle de fréquence d’exposition :

1. Faible : Exposition de l’ordre d’une fois par an
2. Moyen : Exposition de l’ordre d’une fois par mois
3. Fréquent : Exposition de l’ordre d’une fois par semaine
4. Très fréquent : Exposition de l’ordre de plusieurs fois par jour

Echelle de criticité :
Vert : Priorité 3 : Situation peu critique mais à surveiller
Orange : Priorité 2 : Situation à améliorer
Rouge : Priorité 1 : Situation à améliorer de toute urgence
Prévention du risque biologique
Afin de réduire l’exposition aux risques, il faut mettre en place les moyens de prévention
déterminés par l’étude (ex : hotte aspirante), appliquer les mesures de protection collectives en
priorité sur les protections individuelles et établir un plan d’actions s’il y a des améliorations à
apporter. Sur le plan humain, pour avoir conscience du risque biologique encouru, le personnel
doit avoir les formations et certificats requis. Coté protection, les EPI doivent être
obligatoirement utilisés afin de limiter les risques de transmission d’agents infectieux. Et pour
les déchets contaminés, ils doivent être jetés dans des poubelles adaptées.(15,16)
6. Les niveaux de sécurité biologique des laboratoires de biologie moléculaire
Tableau 4: Les niveaux de sécurité biologique des laboratoires de biologie moléculaire
(17)
Niveau de sécurité Niveau de sécurité biologique 3 Niveau de sécurité biologique 4
biologique 2
Basique Confinement Confinement maximum

Orientations en matière d’EPI

❖ Port de gants pour la ❖ Port de casques au laboratoire
manipulation de matériel ❖ Les vêtements de protection doivent uniquement être portés dans les
locaux du laboratoire

39
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biologique infectieux ou ❖ Port d’une double paire de gants lors de la manipulation du matériel
d’équipements contaminés infectieux, des équipements potentiellement contaminés et au contact
❖ Une protection faciale doit des surfaces de travail
être fournie lors de travaux ❖ Port de protection respiratoire par tout le personnel du laboratoire
sur du matériel infectieux lorsque les aérosols ne sont pas contenus en toute sécurité dans un
en dehors du PSM PSM
❖ Utilisation de PSM ❖ Une protection faciale doit être fournie lors de travaux sur du matériel
lorsqu’il existe un risque infectieux en dehors du PSM
de formation
d’aérosols/éclaboussures
infectieux

7. Utilisation des postes de sécurité microbiologique

Les « postes de sécurité microbiologique » sont des appareils équipés de filtre HEPA et
conçus pour offrir une protection à la fois du personnel et du produit contre des matériaux
biologiquement dangereux. Ils sont divisés en 3 classes selon leur fabrication, schéma de flux
d’air, et système d’extraction.(18)
8.1 Poste de Sécurité Microbiologique de Classe I
Les PSM de classe I sont des enceintes ventilées, partiellement ouvertes sur le devant.
L’air du laboratoire est aspiré à travers l’ouverture et traverse le volume de travail. Il est ensuite
extrait après filtration à haute efficacité. L’écoulement d’air entrant s’oppose à la sortie des
polluants, mais la protection des produits manipulés n’est pas assurée. (19)
8.2 Poste de Sécurité Microbiologique de Classe II
Les PSM de classe II sont également des enceintes partiellement ouvertes sur le devant.
Leur particularité réside dans la ventilation de leur volume de travail par un écoulement
unidirectionnel descendant. Dénommé improprement laminaire d’air filtré. Grâce à la
dépression régnant dans le volume de travail, l’air du laboratoire est aspiré et passe par
l’ouverture du PSM, puis est repris par des orifices placés en partie avant du plan de travail.
Cette aspiration est destinée à empêcher la sortie des polluants vers l’opérateur. L’ouverture
d’air descendant qui balaye le volume de travail est aspiré au travers des extrémités du plan de
travail dans le cas d’un plan de travail plein ou au travers de l’ensemble du plan de travail
lorsque ce dernier est perforé. La totalité du débit aspiré est transporté en partie supérieure du
PSM ou il est séparé en 2 flux ; l’un est extrait du PSM après filtration à très haute efficacité et
l’autre est réintroduit dans le volume de travail après filtration à très haute efficacité. (19)

8.3 Poste de Sécurité Microbiologique de Classe III

Le PSM de Classe III offre un niveau de sécurité absolu, qui ne peut être atteint avec les
postes de sécurité microbiologique de Classe I ou de Classe II. Tous les postes de Classe III
sont habituellement construits avec du métal soudé conçu pour éviter toute fuite de gaz. Les

40
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manipulations sont effectuées à travers un port pour gants à l’avant du poste. Lors d’opération
courante, une pression négative relative à l’environnement ambiant est maintenue dans le poste.
Cela offre une protection supplémentaire dans le cas où le confinement physique serait
compromis. Sur tous les postes de Classe III, un approvisionnement en air ayant subi une
filtration HEPA offre une protection du produit et évite toutes contaminations croisées des
échantillons. L’air évacué est habituellement filtré via un filtre HEPA.(18)

Figure 10: Schéma des 3 types de PSM

8. Ménage dans le laboratoire
A chaque fois qu’on manipule, il faut penser à vider les poubelles, ranger le matériel,
nettoyer les paillasses après les manipulations et un tour de ménage peut être organisé
régulièrement (une fois par mois par exemple).(15) Afin de limiter la contamination des
surfaces par les acides nucléiques, il est conseillé de nettoyer régulièrement les surfaces et
l'équipement utilisé avec une solution d'eau de javel à 3°, de la soude à 0.1 N ou de l'acide
chlorhydrique à 0.1 N, et pour limiter l'effet corrosif de ces produits, ce nettoyage sera suivi
d'un rinçage à l'eau. Il est possible de préserver les surfaces utilisées en recouvrant celles-ci de
papier (ex : papier aluminium) lors de chaque manipulation, le papier étant jeté sitôt la
manipulation terminée. (7)

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9. Gestion des déchets

10.1 Tri
Le tri permet de protéger et d’améliorer la sécurité du personnel et contrôler l’incidence
économique de l’élimination des déchets en réduisant la proportion des déchets à traiter.
Tableau 5: Tri des déchets générés dans un laboratoire de biologie moléculaire
Déchets ménagers et assimilables Déchets de soins
Sacs noirs Sacs rouges ou jaune
- Surchaussures et charlottes à usage unique - Gants et matériel à usage unique utilisés
- Emballages divers et du matériel stérile - Prélèvements biologiques
- Masques - Seringues
- Papiers/verre - Tubes divers
- Restes de nourriture - Verre souillé
- Sacs et bouteilles en plastiques vides - Plaque d’extraction
- Sac du chariot de ménage/ Sac de poubelle - Embouts des pipettes utilisées

10.2 Conditionnement
Tableau 6: Conditionnement des déchets générés dans un laboratoire de biologie moléculaire
Type de déchet Couleur du conteneur Caractéristique des récipients
Déchets hautement Rouge ou jaune marqué Sacs en plastique ou conteneurs
infectieux « Hautement infectieux » résistants, étanches et autoclavables
et portant le symbole de risque
biologique.
Déchets infectieux Rouge ou jaune marqué Idem aux déchets hautement
« Infectieux » infectieux
Déchets piquants Rouge ou jaune marqué Conteneur résistant à la perforation,
coupants « Hautement infectieux, étanche aux liquides résiduels et
déchets piquants et/ou portant le symbole de risque
coupants » biologique
Produits chimiques et Marron Sacs en plastique ou conteneurs
pharmaceutiques portant la mention « Toxique »

Déchets ménagers et Noir Sacs en plastique

assimilables

10.3 Stockage
Il existe deux phases de stockage ; stockage intermédiaire au sein des salles d’accueil et
des salles techniques et stockage central dans des locaux désignés au sein de l’établissement.
Ces locaux doivent être d’une capacité de stockage adaptée aux quantités des déchets produits
et de la fréquence de leur évacuation. Le temps de séjour des déchets ne doit pas dépasser 24
heures selon la température ambiante. En plus, les déchets cytotoxiques et les déchets
pharmaceutiques et chimiques doivent être entreposés séparément des autres déchets.

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10.4 Traitement et élimination

L’objectif principal du traitement des déchets à risque est de réduire la quantité des
germes pathogènes dans ces déchets. Le traitement peut se faire sur-site (In situ) à l’aide de
l’autoclave ou hors-site lorsqu’il existe des unités régionales centralisées.
10. Transport des matières infectieuses
Pour maîtriser et réduire le risque de contamination des personnes et des
environnements par lesquels transitent les matériels contenant des agents biologiques, divers
groupes internationaux ont élaboré des recommandations décrivant la manière dont les matières
infectieuses doivent être emballées, marquées, étiquetées et documentées.(20) Le système le
plus recommandé est le système de triple emballage, qui est composé d’un récipient primaire
étanche (tube, flacon ampoule scellées, à paroi épaisse), d’un emballage secondaire étanche
(étui résistant en métal ou en plastique épais) et d’un emballage tertiaire (étui solide avec une
fermeture bien fixée : bois, métal, carton, plastique…) (16) Afin d’optimiser le triple emballage,
les techniciens peuvent ajouter une substance absorbante entre chaque emballage qui doit être
en quantité suffisante pour absorber tout le contenu de l’échantillon en cas de rupture et une
substance de calage (type mousse polystyrène, papier bulle) pour limiter les chocs. (16)
II. Cas particulier : COVID-19
1. Présentation de SARS cov 2
Le virus responsable de la pandémie de COVID-19 qui s’est déclarée fin 2019 à Wuhan
(province de Hubei en Chine) appartient à la famille des Coronaviridae. Les coronavirus sont
des virus enveloppés dont le génome est composé d’un ARN simple brin à polarité positive
(Figure 11). Sept souches connues causent des maladies chez l’homme. Les virus du genre
Betacoronavirus tels que le SARS-CoV et le MERS-CoV, tout comme SARS-CoV-2, sont
responsables de zoonoses et sont tous soupçonnés de provenir de la chauve-souris et d’avoir
franchi la barrière d’espèce, au travers d’hôtes intermédiaires, pour infecter l’homme.(21)

Figure 11 : Génome de SARS-CoV-2

(22)
L’infection peut être symptomatique ou asymptomatique. Les symptômes courants
observés chez les patients infectés au SARS-CoV-2 comprennent la fièvre, la toux et la
dyspnée. Des symptômes gastro-intestinaux, des dysfonctionnements chimiosensoriels, tels

43
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que l'anosmie ; trouble de l'odorat qui se traduit par une perte totale de l'odorat, temporaire ou
permanente et la dysgueusie ; altération du goût, sont également souvent rapportés. L'infection
peut causer une maladie bénigne, légère ou sévère avec un syndrome respiratoire aigu pouvant
conduire au décès du patient.
Pour les coronavirus humains en général, les cellules épithéliales du tractus respiratoire
et gastro-intestinal sont les principales cellules cibles. En raison de ces caractéristiques,
l'excrétion virale se fait via ces systèmes.
La transmission du SARS-CoV-2 de personne à personne se produit par un contact
étroit, exposant les muqueuses à des gouttelettes et à des aérosols infectieux produits par une
personne infectée. La transmission fécale-orale du SARS-CoV-2 et par un contact indirect avec
des surfaces ou fomites sont aussi des voies de transmission du virus.(23) Certaines données
scientifiques et provenant d’épidémies de COVID-19 dans des milieux fermés indiquent que le
SARS-CoV-2 peut également être transmis par les aérosols.

Figure 12: Les voies de transmission du SARS-CoV 2

(24)
En règle générale, la stabilité d’un virus dans l'environnement dépend de plusieurs
facteurs, comme la température ambiante, l'hygrométrie de l'air, le type de surface…Des études
en laboratoire suggèrent que la persistance du SARS-CoV-2 pourrait être similaire à celle du
SARS-CoV de 2003 et que la survie du SARS cov-2 dure au moins 3h dans les aérosols en
milieu fermé. (25) Une étude scientifique sur la persistance des coronavirus sur les surfaces
inertes a montré que les virus peuvent rester infectieux pendant plus de 5 jours sur des surfaces
à température ambiante. Une étude récente a constaté la persistance d’une activité pendant au
moins 4 jours pour le SARS-CoV2 sur une surface plastique ou inox à température
ambiante.(26)
Bien qu'il n'y ait encore que peu de données sur l'efficacité des désinfectants sur le
SARS-CoV-2, le consensus est que ce virus soit sensible aux désinfectants standards utilisés en

44
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laboratoire contre d’autres virus enveloppés(27), comme par exemple l’eau de Javel avec au
moins 0.1% de NaOCl, ce qui correspond à une dilution d’eau de Javel commerciale de 1:50 à
1:25 en fonction de la teneur en NaOCl initiale avec un temps de contact de 5 minutes avec les
surfaces est nécessaire ou l’éthanol à 70% avec un temps de contact d’au moins 10 minutes.
Les dernières données de Chin et al. montrent que le SARS-CoV-2 est inactivé en 5 minutes
par la chaleur à 70°C, l'éthanol 70°, le chloroxyphénol 0.05% ou la chlorhexidine 0.05%. Par
contre, il est résistant aux pH compris entre 3 et 10 et stable à 4°C pendant au moins 14
jours.(26)
À la suite d’un avis d’experts des états membres de l’Union Européenne et dans l’état
actuel des connaissances sur le SARS-CoV-2, le virus a été inclus dans la classe de risque 3
de la liste des agents biologiques de la directive 2000/54/CE(28) (protection des travailleurs
contre les risques liés à l'exposition à des agents biologiques au travail).
2. Recommandations pour les laboratoires qui manipulent SARS-CoV-2
[Link] de protection
Toutes les manipulations en phase ouverte d’échantillons cliniques de cas suspects ou
confirmés en vue d’effectuer la RT PCR, doivent se dérouler dans un laboratoire de niveau de
confinement 2 et appliquer en plus des mesures génériques des mesures supplémentaires qui
sont :(29)
❖ Limiter la présence de personnel non concerné lors de la manipulation d’échantillons
potentiellement contaminés
❖ Porter des gants de protection tout au long de la préparation de l’échantillon au test de
détection. Ces gants doivent répondre au minimum à la norme EN 420
❖ Spécifier l’équipement ainsi que les vêtements de protection au laboratoire
❖ Porter une protection faciale (lunettes de protection) et respiratoire en cas d’exposition
aux aérosols et projections
❖ Décontaminer les surfaces de travail et les mains après manipulations
❖ Utiliser du matériel jetable plutôt que réutilisable
❖ Mettre en place un "Spill kit" à l'extérieur près de l'entrée du laboratoire de diagnostic
❖ Quitter la pièce au plus vite en cas d'incident avec formation d'aérosols, comme un
renversement accidentel, surtout si des masques de type FFP2 ne sont pas portés. La
pièce doit rester fermée durant au moins 30 minutes afin de permettre aux aérosols de
se déposer, avant de pouvoir rentrer avec les équipements de protection adéquats pour
nettoyer et libérer la pièce selon la procédure en vigueur

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[Link]écautions de manipulation prises par le technicien

❖ Réaliser toutes les manipulations avec précaution afin d'éviter la contamination des
échantillons, des réactifs ainsi que celle des surfaces et du matériel
❖ Laver soigneusement au savon et à l'eau, et consulter immédiatement un médecin, en
cas de contact avec la peau
❖ Éviter l'inhalation de vapeurs, l'ingestion et le contact de tout réactif avec la peau et les
muqueuses
❖ Diluer avant de sécher si des réactifs se renversent sur des surfaces de travail
❖ Tous les échantillons doivent être manipulés comme s'ils étaient infectieux
[Link] des déchets
Les déchets générés avant l'inactivation virale sont déposés dans un mini collecteur
DASRI pour déchets perforants sous PSM de type 2. En fonction de l'organisation du
laboratoire, ils sont : (26)
❖ Soit remplis avec de l'eau de Javel 0,5% ou tout autre désinfectant actif contre le
SARSCoV-2, fermés hermétiquement puis éliminés dans un fût plastique rigide pour
DASRI. Les fûts rigides sont à privilégier pour être décontaminés extérieurement avant
leur sortie de l'espace dédié
❖ Soit éliminés dans un fût plastique rigide pour DASRI pour être autoclavés (exemple,
20 min à 121°C) avant leur sortie de l'espace dédié
Les autres déchets (gants, papiers, essuie tout de nettoyage...) sont gérés de la même
façon que les autres déchets DASRI du laboratoire. Après leur sortie de l'espace dédié, les
DASRI rejoignent le circuit standard des déchets pour leur stockage avant collecte, puis leur
prise en charge pour destruction finale.
Chapitre 2 : Contrôle de la qualité dans un laboratoire de biologie moléculaire
I. Introduction à la qualité au laboratoire de biologie moléculaire
La qualité au laboratoire de biologie moléculaire peut être définie comme la justesse et
la fiabilité des résultats d’analyses qui doivent être aussi précis que possible. En plus, tous les
aspects des activités de laboratoire doivent être fiables et le rendu des résultats doit être correct
pour être utilisé à des fins cliniques ou de santé publique car si des résultats inexacts sont rendus,
les conséquences peuvent être très graves ; complications du traitement, prescription de
traitement inapproprié et retard dans l’établissement d’un diagnostic correct. (6) Ces
conséquences entraînent une augmentation en coût, en temps, en ressources humaines et
n’apportent aucun bénéfice au patient. Donc le défi est de réduire autant que possible le niveau
d’inexactitude, en tenant compte des limites des systèmes d’analyse à travers la réalisation du

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contrôle de qualité qui est selon ISO 9000 « l’évaluation de la conformité par observation et
jugement accompagné si nécessaire de mesures, d’essais ou de calibrage ».(30) Cependant,
pour mieux contrôler la qualité il faut tracer un système de gestion de cette dernière.
Un système de gestion de la qualité est défini selon l’ISO et le CLSI comme les «
actions coordonnées dirigeant et contrôlant les activités d’une organisation vis-à-vis de la
qualité ». Dans un système de gestion de la qualité, tous les aspects de l’activité du laboratoire
(Figure 13) incluant l’organisation de la structure, les méthodes, et les procédures doivent être
étudiés, afin d’assurer la qualité. (6)

Figure 13 : Composants du système de gestion de la qualité

Deux notions intéressantes à savoir et distinguer sont l’accréditation et la certification.
L’accréditation est une attestation délivrée par une tierce partie à un organisme d’évaluation de
la conformité. Elle constitue une reconnaissance formelle de la compétence de ce dernier pour
réaliser des activités spécifiques d’évaluation de la conformité. La certification est, quant à elle,
une attestation délivrée par une tierce partie relative à des produits, des processus, des systèmes
ou des personnes.(31)

II. Contrôle de qualité dans un laboratoire de biologie moléculaire

Avant de contrôler la qualité des tests réalisés au sein d’un laboratoire de biologie
moléculaire, il faut savoir le déroulement de ces tests et déduire les points qui peuvent être
sources de non-conformité et compromettre l’obtention de résultats fiables et surs.

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1. RT-PCR en temps réel

Une étape importante du processus de la RT-PCR en temps réel est l’extraction de
l’ARN viral de l’échantillon biologique. Les échantillons de patients sont mélangés à un tampon
de lyse pour libérer le matériel génétique. L’ARN est ensuite séparé de l’ADN et des autres
protéines de l’échantillon avec des réactifs d’extraction spécifiques.
La RT-PCR en temps réel est une combinaison de la « Reverse Transcriptase
Polymerase Chain Reaction » et la « PCR en temps réel ». Dans la « reverse transcriptase
PCR », un brin d’ARN est inversement transcrit en cDNA à l’aide de la transcriptase inverse
puis ce cDNA est amplifié par PCR. La transcription inverse et l’amplification peuvent se faire
dans le même tube, on parle dans ce cas de « one-step PCR », comme elles peuvent être
réalisées dans 2 tubes séparés, on parle ainsi de « two-step PCR ». Cela dépend des propriétés
de la transcriptase inverse. Quant à la PCR en temps réel, elle est utilisé pour la détection des
amplicons, produits PCR, au fur et à mesure que la réaction progresse dans le temps
différemment de la détection « endpoint » des amplicons en PCR conventionnelle.(9)
La procédure de la RT-PCR en temps réel suit le principe général de la PCR
conventionnelle, passant par 3 étapes ; dénaturation, hybridation puis élongation, sauf qu’elle
est précédée de la transcription inverse. Deux approches peuvent être utilisées pour la détection
des « amplifia » ; soit l’utilisation d’une molécule fluorescente intercalante comme la SYBR
Green (Figure 14), qui émet un signal de fluorescence une fois excitée par de la lumière, si et
seulement si elle est liée aux brins de la molécule d’ADN, soit l’utilisation de sondes
oligonucléotidiques marquées par des molécules fluorescentes, par exemple les sondes TaqMan
(Figure 14), des sondes FRET (Figure 15)

Figure 14: Principe de SYBR Green et de la sonde TaqMan

(32)

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Figure 15: Principe des sondes FRET

(33)
On distingue 3 types de molécules fluorescentes selon leur fonction :
❖ « Reporter/Donor dye » : c’est son signal qui est surveillé pendant l’amplification, par
exemple : FAM, JOE, SYBR GREEN, CY5.
❖ « Quencher/Acceptor dye » : responsable de la désactivation initial du signal du
« reporter dye », comme : TAMRA, DABCYL, BHQ.
❖ « Reference Passive dye » : il est commun à toutes les réactions, n’interagit pas avec
les composants du test et est utilisé pour normaliser le signal généré d’un puit à un autre,
par exemple : ROX, FLUORESCEIN.

Figure 16: Courbe de la RT-PCR en temps réel

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Terminologie de l’analyse des résultats de la RT-PCR en temps réel

❖ L’axe des abscisses : nombre de cycle de PCR.
❖ L’axe des ordonnées : intensité du signal de fluorescence.
❖ Le seuil « threshold » : il s’agit de la valeur numérique assignée pour chaque « run »
afin de calculer la valeur ct pour chaque échantillon. Le seuil est généralement fixé dans
la partie exponentielle de la courbe PCR.
❖ La ligne de base « Baseline » : les cycles initiaux de PCR durant lesquels il y a un petit
changement du signal de fluorescence (généralement 3 à 15 cycles).
❖ Le cycle seuil « Ct Threshold cycle » : c’est le numéro du cycle correspondant au point
d’intersection de la courbe et du « threshold ».
❖ Rn (normalized reporter signal) : c’est l’intensité de fluorescence émise par le
« reporter dye » divisée par la fluorescence émise par le « passive référence dye ». Rn+
est la valeur Rn d’une réaction contenant tous les composants, y compris l’échantillon
et Rn- est la valeur Rn d’une réaction qui ne contient aucun échantillon.
❖ ΔRn (delta Rn, dRn) : est déterminé par la formule suivante : (Rn+) - (Rn-), et ça
représente l’ampleur du signal de fluorescence généré au cours de la PCR à chaque
instant.
Les tests de diagnostic moléculaires sont en général des tests semi quantitatifs. La
détection d’acide nucléique dépend de deux variables ; l’obtention d’échantillons appropriés et
un processus analytique efficace et opportun.
2. Contrôle de l’intégrité de l’acide nucléique
Les échantillons doivent être recueillis uniquement avec un équipement à usage unique
validé. Lors du transport et stockage, il faut prendre en considération le fait que l’ARN est plus
fragile que l’ADN ; par conséquent les conditions de température correcte doivent être
maintenues pendant le stockage et le transport de l’échantillon pour minimiser la dégradation
de l’acide nucléique. En plus, des instructions détaillées doivent être données au personnel dans
les centres de prélèvement, telles que les protocoles de manipulation de l’échantillon et la durée
pendant laquelle l’échantillon peut être conservé avant qu’il ne soit analysé.(30,34,35)
3. Contrôle de la contamination des échantillons
La contamination entre échantillons et produits de PCR (amplicons) antérieurs est une
source potentielle de résultats de PCR non valides. Un circuit unidirectionnel devrait être
respecté pour réduire les risques de contamination (Cf. Figure 4).

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4. Contrôle positif et négatif

Les laboratoires pratiquant la biologie moléculaire doivent analyser des contrôles de
qualité positif et négatif en routine pour s’assurer de la performance de leurs méthodes. Les
contrôles concernent tout le processus y compris l’extraction. Les contrôles positifs sont
analysés pour vérifier que la méthode est capable d’amplifier l’acide nucléique provenant de
l’organisme étudié. Les contrôles négatifs doivent être analysés pour vérifier qu’aucun acide
nucléique contaminant n’a été introduit dans le mix ou dans les échantillons pendant les
manipulations.(34,36)
Si des défaillances du contrôle positif sont observées, tous les échantillons associés à ce
contrôle doivent être considérés comme non valides et les échantillons négatifs comme
potentiellement faux négatifs. Si les contrôles négatifs de la PCR fournissent des produits
d’amplification, tous les échantillons associés à ces contrôles défaillants doivent aussi être
considérés comme non valides et les échantillons positifs comme potentiellement faux positifs.
La source de contamination doit être identifiée et corrigée.
5. Gestion des équipements
5.1 Sélection de l’équipement
Sélectionner les meilleurs instruments pour le laboratoire est une part très importante de
la gestion de l’équipement. Certains critères de sélection à considérer sont listés ci-dessous :(6)
❖ Pourquoi et comment sera utilisé l’équipement ?
❖ Quelles sont les caractéristiques de fonctionnement/spécification techniques de
l’instrument ?
❖ Est-il suffisamment précis et reproductible pour répondre aux besoins des tests à
réaliser ?
❖ Quelles sont les conditions d’installation, l’espace requis ?
❖ Le coût de l’équipement entre t- il dans le budget du laboratoire ?
❖ Les réactifs sont-ils facilement disponibles ?
❖ Sera-t-il facile à utiliser /à faire fonctionner par le personnel ?
❖ Les instructions seront-elles disponibles dans la langue utilisée au laboratoire ?
❖ Y a-t-il un revendeur dans le pays qui peut assurer le contrat de maintenance ?
❖ L’équipement dispose-t-il d’une garantie ?
❖ Y a-t-il des précautions de sécurité à prendre ?

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5.2 Acquisition de l’équipement

Le fabricant doit fournir toutes les informations nécessaires à propos du fonctionnement
et de la maintenance de l’équipement. Avant d’acheter, demander si: (6)
❖ L’information à propos de l’installation électrique et du logiciel informatique est
fournie, si une liste des pièces détachées et un manuel d’utilisation sont fournis
❖ L’installation et la formation (frais de voyage compris) par le fabricant sont
comprises dans le prix d’achat
❖ La garantie inclut une période d’essai pour vérifier que l’automate fonctionne
comme prévu
❖ La maintenance peut être inclue dans le contrat et si oui, peut-elle être faite de façon
régulière
5.3 Installation de l’équipement
Avant d’installer l’équipement, vérifier que les conditions physiques requises
(électricité, espace, portes, ventilation et eau) sont disponibles.
Autres points à considérer : (6)
❖ Les responsabilités du vendeur concernant l’installation doivent être mises par écrit
avant que l’installation ne commence.
❖ Une check-list des spécifications techniques doit être développée, afin que le bon
fonctionnement de l’équipement puisse être rapidement vérifié dès que celui-ci est
installé.
Quand cela est possible il est préférable que l’installation soit faite par le fabricant. Les
conditions de garanties en seront sensiblement améliorées et cela assurera que l’installation a
été faite correctement et rapidement. Si l’équipement est installé par le laboratoire :
❖ Contrôler que les colis contiennent bien toutes les pièces
❖ Faire une copie du logiciel utilisé par le système d’opération
❖ Ne pas permettre l’utilisation de l’équipement avant qu’il ne soit complètement installé,
que son fonctionnement ait été vérifié et que le personnel ait été formé.
5.4 Fiabilité des équipements
La qualité des équipements détermine la qualité du résultat final. D’où l’importance de
la fiabilité et justesse de ces équipements. Les sources d'erreurs peuvent provenir du
manipulateur (mauvaise utilisation de l'équipement) ; ou de l'équipement lui-même (déréglage).
Il est donc essentiel d'utiliser correctement le matériel (en se référant aux consignes du
fabriquant par exemple), de former les utilisateurs et d'entretenir régulièrement l'équipement
(nettoyage, étalonnage).(15)

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Quelques recommandations :
❖ Mettre des notices explicatives (consignes d'utilisation) à disposition des utilisateurs
pour chaque équipement
❖ Rédiger des protocoles qui seront utilisé par tous (homogénéisation des
expérimentations)
❖ Effectuer à intervalles réguliers des tests pour s’assurer de la justesse des équipements
(à définir en fonction de l'équipement et de sa fréquence d'utilisation) par exemple :
prélever des volumes à l'aide d'une micropipette
❖ Faire contrôler les équipements une fois par an par une société spécialisée qui se
chargera de les recalibrer.
5.5 Soin au matériel et maintenance des équipements
Sachant que le matériel de laboratoire coûte cher, il faut en prendre soin et en cas de
dysfonctionnement, il faut le signaler pour le réparer ou le changer au plus vite possible.
Les micropipettes automatiques
De nombreuses expérimentations dépendent de la justesse du pipetage. Un soin tout particulier
doit donc leur être apporté.
Quelques conseils d'utilisation :
❖ Éviter de poser les pipettes automatiques à plat
❖ Éviter les chocs (cause de dérèglement)
❖ Ranger les pipettes sur leur portoir entre chaque utilisation
❖ Pour ne pas endommager le mécanisme interne de la micropipette, ne jamais forcer
le réglage du volume au-delà des limites spécifiées par le fabriquant
❖ Vérifier qu’un cône est mis au bout de la pipette avant de pipeter, cela permet
d’éviter de tremper l'embout porte cône dans le liquide à pipeter
❖ Prérincer le cône avant le pipetage
❖ Ne pas appuyer le bout du cône sur le fond du tube lors du prélèvement
❖ Ne pas utiliser les pipettes pour prélever des acides forts (HCl, H2SO4 etc.) car les
vapeurs endommagent le piston (corrosion). Utiliser plutôt des pipettes jetables.
❖ Nettoyer les pipettes régulièrement (extérieur et intérieur de l'embout porte-cône),
changer les joints quand cela est nécessaire, recalibrer les une fois par an.
❖ Respectez les techniques de pipetage (Annexe 3) en fonction de la nature du liquide

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Le thermocycleur
Lors de la programmation, il faut entrer une température de 10°C et non de 4°C en fin
de programme, cela permet d'augmenter la durée de vie de la machine. Il faut les faire contrôler
une fois par an par une société de maintenance.
La centrifugeuse
La partie la plus fragile d'une centrifugeuse est l'axe du rotor. Pour ne pas le fausser, il
faut impérativement équilibrer le rotor, c'est-à-dire répartir les tubes de façon homogène de part
et d'autre de l'axe central (en partant du principe que tous les tubes ont le même poids, sinon les
peser et les associer deux à deux de même poids de part et d'autre de l'axe de rotation).
Certaines centrifugeuses (de marque Eppendorf par exemple) possèdent un couvercle
qui s'ajuste directement sur le rotor : il ne faut pas oublier de le mettre avant de démarrer la
centrifugation. Il faut également penser à laisser le couvercle des centrifugeuses ouvert quand
elles sont éteintes pour éviter la condensation et l'apparition de moisissures (surtout les
centrifugeuses réfrigérées).
Les centrifugeuses répondant à la définition de « machines » au titre des directives
98/37/CE et 2006/42/CE et doivent donc faire l’objet de contrôles périodiques. (16)
Les réfrigérateurs et congélateurs
❖ Il faut vérifier que les réfrigérateurs et congélateurs sont bien refermés
❖ Il ne faut pas stocker inutilement
❖ Il faut étiqueter de façon lisible ce qu’on met dans les réfrigérateurs et congélateurs
(nom, date, contenu, etc.)
6. Gestion des stocks et commandes de consommables
La gestion de l’approvisionnement, la gestion des achats et des stocks est une
composante critique et essentielle du système de gestion de la qualité. L’efficacité et la
rentabilité des activités de laboratoire nécessitent la disponibilité ininterrompue des réactifs,
des consommables et des services.(37)
La bonne gestion des stocks permet d’atteindre deux objectifs : minimiser les coûts pour
l’organisation et éviter la rupture de stock, il faut donc :
❖ Etablir une liste précise de tous les produits et consommables dont on a besoin.
❖ S’assurer que tous ces consommables sont disponibles en stock.
❖ Ne pas attendre que le stock soit épuisé avant de commander, d'autant plus que les
délais de livraison peuvent être parfois importants.(15)

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6.1 L’analyse des besoins

Les informations nécessaires pour analyser les besoins sont :(37)
❖ Le nombre de colis ou le nombre d’unités dans lesquelles les articles sont livrés
❖ Le niveau d’importance de l’article dans les activités du laboratoire
❖ La consommation mensuelle approximative (quantification)
❖ Une description complète de chaque article utilisé
❖ Le temps requis pour recevoir la commande
❖ L’espace et les conditions de stockage
6.2 La réception
La procédure de réception de tout article commandé par le gestionnaire de stock consiste à :(38)
1. Réunir la commission de réception
2. Réunir les documents : Bordereau de Livraison, bon de commande
3. Vérifier la conformité de la livraison par rapport à la commande
4. Procéder à un contrôle quantitatif
5. Procéder à un contrôle qualitatif (lot, date de péremption, conservation…)
6. Enregistrer la date et la quantité reçue sur la fiche de stock pour chaque produit
7. Établir et faire signer le PV de réception par les membres de la commission
En cas d’anomalie constatée à la livraison/réception dans les laboratoires :
1. Indiquer de façon la plus précise possible le problème que vous avez constaté sur le bon
de livraison
2. Transmettre une copie de ce bon de livraison au fournisseur
3. Lancer le processus de traitement des litiges
6.3 Le stockage
Le stockage des réactifs et des consommables constitue un enjeu majeur de la gestion
des stocks. Les bonnes pratiques sont : (38)
❖ Tenir le lieu de stockage propre, rangé et fermé à clef, pour protéger le stock
❖ S’assurer que le lieu de stockage est bien ventilé et protégé de la lumière directe
❖ Faire attention aux conditions de température ou de sécurité
Terminologie des conditions de stockage
❖ Conserver à l'état congelé : conservation à -20°C.
❖ Conserver entre 2°C et 8°C : conservation des produits très sensibles à la chaleur.
❖ Conserver au froid : conservation à une température comprise entre 8°C et 15°C.
❖ Conserver à la température du local (température ambiante) : conservation à une
température comprise entre 15°C et 25°C.

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6.4 Les outils de gestion de stock

Les outils standards utilisés pour la gestion des stocks comprennent : (38)
La fiche de stock : il s’agit d’une fiche utilisée pour chaque type de produit pour
enregistrer les mouvements de stock dudit produit. Les informations minimales devant être
portées sur les fiches de stock des réactifs et consommables sont ; le nom du produit/sa
description, le numéro de lot, la date de péremption, le stock disponible/le solde du stock de
départ, les quantités reçues, les quantités utilisées/délivrées, les pertes/ajustements, le solde de
clôture, la référence de la transaction.
Le bon de commande : il s’agit d’une liste des besoins exprimés par les différents
services précisant les références de chaque produit et les quantités demandées. Il doit être
approuvé par le chef de service.
Le bordereau de livraison (livraison dans les différents services) : c’est un document
qui accompagne la livraison des produits. Il est généralement établi en double exemplaire.
Le formulaire de réception (PV de réception, bordereau de réception…) : c’est un
document dans lequel l’équipe de réception des produits consigne tous les constats faits sur les
produits réceptionnés. Il doit être daté et signé par les membres de la commission de réception.
Une copie doit être archivée.
Le formulaire d'élimination/destruction des produits périmés : il s’agit d’un
document qui liste les produits à détruire, la structure concernée, et portant la signature du
gestionnaire de stock.
Le formulaire d'inventaire physique : il s’agit d’une fiche d’inventaire physique qui
fait ressortir la liste des produits en stock, leur quantité, leur numéro de lot ainsi que leur date
de péremption.
L’avoir et la décharge : il s’agit de documents qui permettent de tracer les transferts
de stock entre laboratoires.
Le cahier des produits hors usage : c’est un outil qui permet de lister les produits
constatés périmés, cassés ou avariés lors des différentes opérations de la gestion du stock. Les
produits listés dans ce document doivent être retirés du stock.
6.5 Le contrôle du stock
L’inventaire physique est l'opération consistant à compter manuellement le nombre des
produits de chaque type d’intrants présents dans le magasin à un moment donné. Deux types
d'inventaires physiques sont réalisés : (38)

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L'inventaire physique complet : Tous les produits sont comptés en même temps. Il est
recommandé de procéder à un inventaire physique complet au moins une fois par trimestre.
L'inventaire physique tournant ou aléatoire : Le gestionnaire de stock procède au
comptage de produits choisis et vérifie que le résultat concorde avec les fiches de stocks en les
comptant à tour de rôle ou régulièrement tout au long de l'année.
7. Personnel
Pour la bonne marche du laboratoire, il est nécessaire de nommer une personne qui en sera
responsable et qui veillera à son bon fonctionnement (la gestion des stocks, les commandes de
consommables, l'entretien des équipements etc.). Le responsable est en charge de l'organisation
et de la gestion du laboratoire. Il définit les règles de fonctionnement et de gestion financière et
établit les règles d'hygiène et sécurité et les fait respecter. Il doit également mettre en place une
démarche qualité (rédaction de procédures, métrologie etc.) et assurer la formation des
nouveaux arrivants. Pour que cette tâche ne soit pas trop lourde, il peut être pratique de définir
une liste de personnes clairement identifiées se partageant ces responsabilités.(15)
8. Traçabilité
Le manipulateur doit assurer la traçabilité des données qu'il produit. Cela va de
l'échantillonnage sur le terrain jusqu'à l'obtention des données moléculaires, en passant par tous
les produits qu'il utilisera. L'un des principaux outils de traçabilité de l'expérimentateur est le
cahier de laboratoire. Il doit y consigner toutes les manipulations réalisées, avec la date, les
conditions expérimentales ainsi que les résultats obtenus. Les expérimentations qui ne marchent
pas doivent être également inscrites dans le cahier de laboratoire, ainsi que les paramètres qui
seront modifiés par la suite. Le cahier de laboratoire sert à archiver les résultats, ce qui permet
de rapidement les retrouver. De la même manière, toutes les modifications apportées à un
protocole expérimental doivent être écrites en prenant bien soin de conserver le protocole
d'origine. (15)
9. Documents
9.1 Manuel qualité
Le manuel qualité est un document qui décrit le système de gestion de la qualité d’une
organisation (ISO 15189). Il a pour but de communiquer clairement l’information, de servir de
cadre pour répondre aux exigences du système qualité et de transmettre l’engagement de la
direction vis-à-vis du système qualité. Ce manuel constituant un guide important, toutes les
personnes du laboratoire doivent être formées à son utilisation et à sa mise en application. Il
doit énoncer des lignes de conduite pour chacun des douze points essentiels du système qualité.
(39)

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NB :
❖ Il n’y a qu’une version officielle du manuel
❖ Il n’est jamais terminé et constamment amélioré
❖ Il doit être lu et compris et accepté par tout le monde
❖ Il doit être écrit clairement et être facilement compréhensible
❖ Il doit être daté et signé par la direction
9.2 Procédures Opératoires Standardisées (POS)
Les procédures opératoires standardisées sont aussi des documents et contiennent des
instructions écrites, étape par étape, que le personnel du laboratoire devrait suivre
méticuleusement lorsqu’il réalise une analyse. Ces POS écrites assurent : (39)
❖ La cohérence : réaliser les analyses exactement de la même façon par tout le personnel.
❖ L’exactitude : le suivi de procédures écrites aide le personnel du laboratoire à produire
des résultats plus exacts car aucune étape ne sera oubliée.
Une bonne POS devrait posséder les caractéristiques suivantes :
❖ Être détaillée, claire et concise
❖ Être revue et approuvée par la direction du laboratoire
❖ Être mise à jour régulièrement
III. Contrôle de la qualité dans un laboratoire de biologie moléculaire (covid-19)
Le CQ s’agit d’un processus de surveillance interne systématique de la performance des
postes de travail dans les laboratoires testant le COVID-19, y compris la vérification des
instruments et la vérification des nouveaux lots de kits. Le CQ valide la compétence des
laboratoires en évaluant la qualité des échantillons, en surveillant les procédures d’analyse,
les kits et les instruments par rapport aux critères établis. Il inclut également la revue des
résultats de PCR. Le CQ est donc un processus en plusieurs étapes avec certains points de la
vérification tout au long du processus d’analyse : étapes pré-analytiques, analytiques et post-
analytiques.(9)
1. Eléments du contrôle de la qualité - tests moléculaires du sars-cov-2
Lieu de travail : le test moléculaire du SARS-CoV-2 doit être effectué dans un espace
de travail sécurisé et dédié et le laboratoire doit être organisé de sorte à permettre un flux de
travail efficace.
Compétence du personnel : le personnel doit avoir des connaissances et des
compétences techniques adaptées au travail de laboratoire, il doit recevoir une formation sur les
pratiques techniques et sécuritaires pertinentes pour le test moléculaire pour le SARS-CoV-2 et
participer régulièrement à l’évaluation des compétences.

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POS : le laboratoire doit disposer de POS pour les tests moléculaires du COVID-19, ces
POS doivent se conformer aux recommandations de l’OMS en vigueur ou aux lignes directrices
nationales.
Registre des laboratoires : tous les tests effectués doivent être enregistrés dans le
registre du laboratoire sous un format standardisé, il faut utiliser un format de registre approuvé
dans le réseau de laboratoires de test de COVID-19 du pays, ce registre doit se trouver à tout
moment dans la zone de travail du laboratoire et doit être conservé dans un lieu sûr et les
résultats des tests doivent être inscrits directement dans le registre ou le système électronique.
Collecte des données : le laboratoire doit collecter et analyser les données
mensuellement, les données doivent être collectées selon des indicateurs clés de performance :
taux de rejet des échantillons, nombre d’échantillons testés par catégorie d’échantillon, nombre
de résultats positifs, négatifs et invalides, délai d’exécution, nombre d’échecs des résultats de
CQI et les performances du programme EEQ/test aptitude (score de réussite/échec).
Equipement : tous les équipements du laboratoire doivent être maintenus dans des
conditions de travail sécurisées et conformément aux recommandations du fabricant, les
enregistrements du laboratoire doivent indiquer le fournisseur, la date d’achat, le numéro de
série et le coût de chaque équipement, les manuels des instruments doivent être conservés à
proximité de l’équipement, le personnel doit être formé à l’utilisation et à la maintenance des
instruments PCR et les enregistrements d’entretien doivent être conservés au laboratoire.
Réactifs : Il est conseillé d’acheter les kits de diagnostic conformément à la liste
d’utilisation d’urgence de l’OMS et/ou ayant obtenu une autorisation d’utilisation d’urgence
auprès des autorités nationales. Privilégier les kits de diagnostic ayant des caractéristiques de
performance élevées et sélectionner les fournisseurs qui ont des distributeurs locaux ou un
réseau d’approvisionnement dans le pays. La reconstitution des réactifs doit se faire sous la
hotte PCR ou une ESB selon la notice du produit et doivent être amenés à la température
appropriée avant d’être utilisés (utiliser des blocs réfrigérants ou de la glace), en plus il ne faut
pas substituer ou mélanger des réactifs provenant de différents lots de kits ou d’autres
fabricants, il faut essayer de minimiser le cycle de gel-dégel. Il ne faut pas utiliser de réactifs
périmés.
Biosécurité : le traitement des échantillons primaires (avant l’inactivation) doit avoir
lieu dans une ESB validée, les tests non propagatrices (séquençage et test d’amplification
d’acide nucléique) doivent être effectués dans une installation utilisant des procédures
équivalentes au niveau de sécurité biologique 2 (BSL-2), chaque laboratoire doit réaliser une

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évaluation des risques pour les tests qu’il envisage d’effectuer, par la suite sur la base des
résultats obtenus, déterminer les mesures de contrôle de sécurité à mettre en place.
Prélèvement : tous les échantillons prélevés sur des patients suspects de COVID-19
doivent être considérés comme potentiellement infectieux ; d’où l’accent sur la biosécurité lors
de la manipulation et de la collecte des échantillons, il faut utiliser un EPI approprié, les
échantillons des voies respiratoires supérieures et inférieures sont recommandés pour le test
COVID-19, les expectorations sont prélevées uniquement chez les patients ayant une toux
productive, mais l’induction des expectorations n’est pas recommandé, il faut utiliser des
écouvillons floqués en dacron ou en polyester pour le prélèvement d’échantillons. Les
écouvillons à l’alginate de calcium et les écouvillons en coton avec tige en bois ne sont pas
recommandés, il faut aussi étiqueter les tubes de prélèvement avec les informations du patient,
la date et l’heure du prélèvement.
Tableau 7: Gestion des prélèvements naso/oropharyngés LRAM
(40)
Spécimen Conservation Condition de prélèvement
Type Support et Température Durée
volume
4°C ≤ 5 jours : 4°C Les écouvillons nasopharyngés et
Ecouvillonnage Ecouvillons floqués > 5 jours : - oropharyngés doivent être placés dans
nasopharyngé et avec milieu de 70°C le même tube afin d’augmenter la
oropharyngé transport charge virale.

Traitement des échantillons : l’extraction de l’ARN doit être effectuée dans une ESB
de niveau 2 ou une installation équivalente, l’échantillon doit être complètement décongelé
avant d’être utilisé et les expectorations purulentes ou caillées doivent être traitées avec du
dithiothréitol avant de faire des aliquotes. Utiliser toujours des nouveaux embouts de pipette
avec barrière anti-aérosols pour chaque échantillon.
Transport : les laboratoires qui ne sont pas en mesure de satisfaire aux exigences
relatives à la biosécurité doivent envisager de référer les échantillons à des laboratoires de
référence, tous les échantillons doivent être conservés entre 2-8°C pendant 48 heures au
maximum après leur prélèvement, pour la manipulation ou l’expédition après 48 heures, une
conservation à -70°C est recommandée, il faut utiliser le milieu de transport viral (MTV) si un
délai est inévitable, le milieu essentiel minimum (MEM), la solution saline tamponnée au
phosphate (PBS) stérile ou la solution saline à 0,9 % peuvent être des alternatives au MTV pour
les tests SARS-CoV-2. Les échantillons doivent être transportés sous la référence UN3373,
“Substance biologique de catégorie B”, en utilisant un triple emballage. Pour la livraison le
lendemain, le conditionnement doit être effectué avec un bloc réfrigérant (température 2-8°C).

60
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Etude Bibliographique

Manipulation au laboratoire : Les échantillons doivent être traités efficacement pour

garantir une communication rapide et exacte des résultats. Les informations relatives aux
échantillons soumis doivent être enregistrées dans le registre du laboratoire ou dans le système
d’information du laboratoire (SIL) avant que les tests ne soient effectués. Les échantillons
doivent être évalués selon des critères d’acceptation et de rejet tels que les fuites, le volume
inadéquat de l’échantillon et l’intégrité de l’échantillon, et consigner si les échantillons sont
rejetés.
Validation ou vérification de la méthode/ procédure : la vérification de lot à lot doit
être effectuée pour un lot ou stock de kits de test nouvellement reçu. Il doit être testé à l’aide
d’échantillons bien caractérisés pour vérifier les performances par rapport au lot existant en
utilisation.
Test : les tests doivent être effectués conformément aux POS du laboratoire et les
échantillons restants doivent être stockés en série à - 70°C pour être re-testés par le programme
EEQ.
Interprétation : l’interprétation des résultats des tests doit suivre l’algorithme de
dépistage du pays ou les orientations disponibles. Les résultats discordants doivent être résolus
par la répétition des analyses sur un échantillon nouvellement prélevé et, si possible, par un
séquençage, tout résultat inattendu et l’échantillon en question doivent être envoyé aux
laboratoires de référence pour confirmation.
Rapports : les résultats des tests doivent être revus de manière indépendante par un
superviseur de laboratoire pour confirmer leur exactitude avant d’être communiqués.
En plus des mesures de CQ indiquées au-dessus, un CQ interne (CQI) doit être effectué
en routine, conformément aux recommandations des fabricants pour un test moléculaire
particulier pour s’assurer que la qualité du processus d’extraction et d’amplification de la PCR.
Les CQ qui sont couramment utilisés pour le test de la PCR comprennent :
Contrôle positif d’extraction : utilisé pour démontrer la réussite de la récupération de
l’ARN et l’intégrité du réactif d’extraction. Les contrôles d’extraction doivent être extraits et
traités à chaque série d’extraction d’échantillon. Il contient par exemple de cellules humaines
non infectieuses (A549).
Contrôle d’amplification négatif (CAN)
Contrôle d’amplification positif : Il s’agit de l’ARN du SRAS-CoV-2 transcrit in vitro,
soit sous la forme d’un fragment de gêne, ou du génome entier, qui indique la limite de détection
et la robustesse du test. Parmi les causes de l’échec du CQ, on peut citer la contamination ou
dégradation de l’échantillon, ou l’utilisation de réactifs périmés.(9)

61
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Etude Bibliographique

2. Evaluation externe de la qualité (EEQ)

L’EEQ est un processus qui permet aux laboratoires de dépistage COVID-19 d’évaluer
leurs performances par la comparaison de leurs résultats avec ceux des autres laboratoires du
réseau (les laboratoires d’analyses et de référence) par le biais de test de panel et de re-tester
des échantillons. L’EEQ comprend également l’évaluation sur site des performances du
laboratoire, qui s’ensuit par l’application des actions correctives nécessaires. Une ou plusieurs
des trois méthodes d’EEQ peuvent être appliquées aux laboratoires de test moléculaire de
COVID-19 : (9)
Tests d’aptitude (panel d’essais d’aptitude) : Un fournisseur externe de test d’aptitude
envoie un lot (ou panel) d’échantillons positifs et négatifs similaires à des échantillons cliniques
de SARS-CoV-2 afin qu’ils soient testés dans différents laboratoires et les résultats de tous les
laboratoires sont analysés, comparés et communiqués aux laboratoires participants. Tous les
laboratoires effectuant des tests de COVID-19 doivent participer à des tests d’aptitude au moins
une fois tous les trois mois (trimestriellement).
Re-tester : Les échantillons qui ont été testés dans un laboratoire sont re-testés dans un
autre laboratoire, ce qui permet une comparaison inter-laboratoires. En l’absence de tests
d’aptitude, les laboratoires nationaux de dépistage COVID-19 doivent envoyer
systématiquement cinq échantillons positifs et dix échantillons négatifs sélectionnés aux
laboratoires de référence de l’OMS pour être re-testés. De même, les laboratoires sous-
nationaux de test de COVID-19 doivent les envoyer au laboratoire national de référence
COVID-19.
Évaluation sur site : L’évaluation sur site doit être réalisée par des experts
expérimentés en la matière qui observeront et évalueront le système de gestion de la qualité des
laboratoires réalisant les tests de COVID-19. L’évaluation sur site inclut : la gestion des
patients, le respect de la biosécurité, les procédures de CQ, la compétence du personnel, les
procédures de collecte d’échantillons, les guides de test standardisées, la documentation et la
conservation des enregistrements. Elle doit être effectuée au moins une fois par an, mais de
préférence tous les trois à six mois. Cependant, une visite de supervision immédiate peut être
organisée si elle est jugée nécessaire. Une évaluation périodique sur site pourrait ne pas être
faisable pendant la pandémie à COVID-19. Néanmoins, l’évaluation sur site doit être effectuée
lors de la sélection des laboratoires pour les tests de COVID-19 en utiliser l’outil d’évaluation
de l’OMS ou une liste de vérification personnalisée par pays.

62
Matériels et méthodes
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Matériels et Méthodes

Cette étude a été menée au sein du laboratoire Pasteur Settat, plus précisément le centre
de dépistage COVID-19, durant les 2 mois Mai et Juin de l’année 2021. Elle présente le
processus d'évaluation du centre de dépistage de la COVID par la méthode RT-PCR en temps
réel dans son intégralité depuis l'identification des points forts et des brèches jusqu'à la mise en
place d'actions correctives et préventives adaptées en fonction des résultats obtenus. Notre étude
a été réalisée suivant plusieurs étapes.
1. Diagnostic des tâches
Des observations de terrain ont été menées sur les différents postes de travail pour
observer et analyser les tâches effectuées par les techniciens de laboratoire. Nous avons conduit
des entretiens exploratoires, qui restent des entretiens informels qui nous ont permis d’établir
une description étayée des différentes procédures suivies au sein du laboratoire et aussi de
préparer pour une entrevue normalisée plus approfondie qui a constitué la deuxième partie de
notre étude.
2. Entretien avec le personnel du laboratoire
Les entretiens destinés au personnel étaient basés dans un premier temps sur le « WHO
2019 ncov lab assessment tool » qui est un questionnaire établi par l’OMS et fourni en format
Excel incluant des calculs automatiques de scores des différents aspects traités. Le fichier
comprend 19 feuilles Excel. Pour ne pas compromettre l’interprétation des résultats, le fichier
est protégé. De notre part, pour que l’évaluation soit objective, nous avons taché à sélectionner
les réponses des interviewés qui décrivent le mieux la situation actuelle du laboratoire.
L’intéressant dans cet outil c’est qu’il met à la disposition de son utilisateur un bilan dans la
feuille Excel intitulée « summary » pour visualiser l’indicateur moyen pour les capacités de
base du laboratoire et l’indicateur pour la capacité de réalisation du test de SARS-Cov-2. Nous
avons eu recours à ce questionnaire afin de comparer les pratiques au sein du laboratoire Pasteur
Settat, plus précisément le centre de dépistage COVID-19 aux normes internationales.
Dans un second temps, nous avons réalisé un autre entretien directif basé sur une grille
que nous avons réalisé et intitulé « grille de conformité de l’activité au sein du laboratoire
Pasteur Settat ‘centre de dépistage COVID-19’ aux conditions fixées par le ministère de la santé
du Maroc » basé sur le cahier des charges dans sa deuxième version imposé aux laboratoires
souhaitant intégrer le réseau COVID, dans le but de confronter les activités du laboratoire aux
conditions exigées par le ministère de la santé.
Enfin, pour combler les lacunes détectées grâce aux méthodes citées au-dessus et dans
le cadre de contrôle de qualité, nous proposé des mesures correctives faisant appel à plusieurs
outils adaptés aux points examinés.

64
.

Résultats et Discussion
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Résultats du diagnostic des tâches

I. Réception des patients
1. Description de l’espace
La salle de réception (Figure17) est spacieuse composée de 10 chaises éloignée chacune
de l’autre par un mètre de distance minimum. Au niveau de cette salle est affichée une feuille
rappelant les mesures de prévention (distanciation, port de masque) (Figure 18) qui doivent être
entretenues par les patients. Cette salle est à proximité de la salle d’accueil (Figure 19) qui à
son tour comporte 2 ordinateurs, 2 chaises et 2 imprimantes, en plus d’une armoire de
classement des papiers en relation avec les activités du laboratoire et une caisse.

Figure 17: Salle de réception du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat

Figure 18: Fiche rappelant les mesures de prévention

Figure 19: Salle d’accueil du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat

66
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

2. Durée de travail
Le travail dans la réception commence à 9h et finit à 18h ; de 9h à 12h a lieu la réception
de patients souhaitant réaliser le test de dépistage Covid-19, et de 12h à 18h se passe la réception
des personnes souhaitant interroger par rapport aux documents nécessaires pour réaliser le test,
le rendez-vous du prélèvement et aussi le délai de rendu des résultats.
3. Procédure de travail dans la réception
1. Interroger le patient sur la raison de réalisation du test (stage, étude, voyage, travail,
suspicion d’infection…) Si voyage, quand et où ? Car la date de péremption des résultats
du test pour les aéroports est de 72h et pour certains 48h, le compte des heures
commence dès la création du dossier au laboratoire. Si suspicion de contamination,
demander au patient de préciser les raisons de suspicion et le cas échéant, les symptômes
qu’il a.
2. Créer le dossier du patient à l’aide du logiciel OSIRIS, saisir les données du patient à
partir de sa carte d’identité national si marocain, si le patient est d’une autre nationalité,
saisir ses données à partir de son passeport.
3. Demander au patient de payer 600 Dhs ou au minimum la moitié du prix et payer le
reste lors de la réception du résultat.
4. Imprimer la fiche du patient et le reçu de payement.
5. Donner au patient le reçu à l’aide duquel il peut récupérer le résultat du test dans la date
qui lui est fixée (normalement obtention du résultat le même jour à 18h).
II. Réalisation du prélèvement
1. Structure de la salle de prélèvement
Le prélèvement réalisé dans la salle de prélèvement, est un écouvillonnage
nasopharyngé. Il est réalisé par l’infirmier, le technologue de laboratoire ou le médecin. La salle
de prélèvement est séparée de la salle d’accueil.

Figure 20: Aspect de la salle de prélèvement du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire

Pasteur Settat

67
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

1. Fauteuil de prélèvement
2. Conteneur de déchets : réservé aux gants utilisés et tiges d’écouvillons
3. Conteneur de déchets : réservé aux emballages
4. Chariot où l’on dépose le matériel nécessaire pour la réalisation du prélèvement
5. Désinfectant et gants
6. Tubes de conservation d’échantillon et les écouvillons
7. Stylo
8. Sur blouses dans le tiroir du chariot
9. Glacière, contenant des paquets de solution de refroidissement, où sont stockés les
échantillons
10. Rideau de séparation.
2. Le matériel utilisé

Figure 21: Tubes de prélèvement et écouvillons/gants/SHA/solution de refroidissement

Les sacs de poubelle utilisés sont des sacs rouges marqués « biohazard ». Les tubes de
conservation d’échantillons et les écouvillons « Transport and Preservation Medium » utilisés
sont des produits de la société Biocomma qui a conçu une solution qui permet d'inactiver tout
échantillon de virus. C'est aussi un produit qui protège l'ARN de la dégradation. Ses principaux
composants sont : HBSS, sels de glycérine et de guanidine.(41) Ce sont aussi des produits
marqués IVD. Les gants utilisés sont des gants d’examen médical en latex, légèrement poudré,
non stérile et ambidextre. Pour le désinfectant, il s’agit d’un bactéricide et virucide. Quant à la
solution de refroidissement, elle est réutilisable et les surblouses sont jetables.
3. Procédure de réalisation du prélèvement
1. Installer du patient sur le fauteuil de prélèvement
2. Expliquer l’acte au patient et veiller à le rassurer
3. Porter la surblouse
4. Porter les gants
5. Ouvrir l’emballage du tube de conservation et de l’écouvillon (ouvrir l’emballage de
l’écouvillon du côté de la tige)
6. Jeter l’emballage dans le conteneur qui lui correspond

68
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

7. Réaliser le prélèvement nasopharyngé : à travers les 2 narines dans le cas de suspicion

d’infection sinon prélèvement d’une seule narine ;
• Demander au patient de basculer légèrement sa tête en arrière
• Introduire l’écouvillon à travers le nez d’une façon perpendiculaire

Figure 22: Position du patient lors de la réalisation du prélèvement nasopharyngé au sein du

centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat
8. Mettre l’écouvillon dans le tube
9. Casser la partie supérieure de la tige de l’écouvillon
10. Jeter la tige dans le conteneur qui lui correspond
11. Bien visser le couvercle du tube
12. Etiqueter le tube : Noter le nom et prénom du patient sur l’étiquette du tube
13. Déposer le tube dans la glacière
14. Noter sur la fiche du patient (prélevé par …), pour assurer la traçabilité
15. Saisir les données du patient dans le site e-Labs : saisie primaire
16. Noter le nom de la personne ayant fait ce saisi dans la place qui lui est réservé dans la
fiche du patient
III. Réalisation de la RT-PCR en temps réel
1. SAS

Figure 24: Entrée du SAS Figure 23: Porte manteaux

69
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Figure 26: Masques KN95, plum Figure 25: Les EPI ; surblouses,
Eyewash 0.9% Sodium Chlorure, trousse charlotte jetable, gants
de secours

Figure 27: Les combinaisons jetables, masques KN95

2. Salle d’extraction
Avant de procéder au traitement des échantillons au niveau de la salle d’extraction, se
laver les mains au savon et eau, récupérer la glacière et les fiches des patients de la salle de
prélèvement puis porter au niveau du SAS les EPI suivants : Surblouse, masque Nk95,
charlotte, 2 paires de gants.

Figure 28: Entrée de la salle d’extraction

70
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Figure 29: Organisation de la salle d’extraction du centre de dépistage COVID-19 du

Laboratoire Pasteur Settat
[Link]ériels et équipements de la salle d’extraction

Figure 30: Organisation du réfrigérateur et congélateur de la salle d’extraction

71
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Figure 31: Agitateur

Figure 32: Organisation du PSM de type II de la salle d’extraction

Figure 33: Extracteur et onduleur/ embouts de l’extracteur

72
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

[Link]édure de réalisation de l’extraction

1. Allumer le PSM classe II
2. Désinfecter le plan du PSM (désinfectant placé sous le PSM et papier absorbant)
3. Jeter le papier utilisé pour la désinfection dans la poubelle jaune (qui se situe en
dessous du lavabo)
4. Allumer l’extracteur et lancer le « Selftest »
5. Prendre du réfrigérateur le portoir contenant les tubes des patients du jour
précédant
6. Jeter les tubes dans la poubelle (bleue) qui se situe au-dessus de la paillasse
7. Déposer dans le même portoir les tubes présents dans la glacière
8. Numéroter les tubes à l’aide d’un stylo indélébile de 1 à N (N : n° du dernier
tube)
9. Faire sortir du réfrigérateur le nombre de plaques nécessaires selon le nombre
d’échantillons à analyser (chaque plaque peut supporter 16 échantillons maximum)
10. Faire sortir le tube de PK du réfrigérateur et le déposer dans le portoir noir sous
le PSM
11. Déposer les plaques sur l’agitateur pour homogénéiser les billes présentes dans
la colonne de la 6e et 12e position de la plaque sans ouvrir l’emballage
12. Noter sur chaque fiche le numéro noté dans le tube qui lui correspond
13. Désinfecter les tubes à l’aide de javel dilué au 1/10
14. Jeter le papier utilisé pour la désinfection dans la poubelle jaune
15. Placer le portoir des tubes sous le PSM
16. Vortex des tubes
17. Prendre la plaque de l’agitateur
18. S’assurer que les billes sont homogènes dans tous les puits de la 6e et 12e colonne
de la plaque
19. Si ce n’est pas le cas, remettre sur l’agitateur ou effectuer des mouvements
horizontaux manuelles de la plaque sinon homogénéiser les billes sous le PSM à
l’aide d’une pipette
20. On travaille maintenant sous le PSM : considérant qu’on a affaire à 16
échantillons
21. Déposer 10µL de PK dans les puits de la 1ère et 7ème colonne de la plaque
22. Rajouter 300µL de l’échantillon tout en changeant l’embout de pipette d’un
échantillon à l’autre

73
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

23. Ouvrir l’extracteur

24. Déposer la plaque dedans
25. Mettre les embouts dans leur place tout en s’assurant qu’ils sont bien placés
26. Fermer l’extracteur
27. Lancer l’extraction qui dure : 35min

Figure 34: Principe de l’extraction

28. Assurer la traçabilité de cette étape « l’extraction d’ARN » (Annexe 4)
29. Mettre le portoir contenant les tubes dans l’étage qui lui est réservé dans le
réfrigérateur
30. Désinfecter les surfaces des paillasses et le plan du PSM
31. Lancer l’UV dans le PSM
32. Jeter la 1e paire de gants dans la poubelle qui se situe en dessous du lavabo.
Remarque :
❖ Lors de l’utilisation des micropipettes, il faut utiliser le cône correspondant aux volumes
prélevés
❖ Ne pas utiliser la micropipette si le volume qu’on souhaite prélever est proche de sa
valeur minimale ou maximale
3. Salle de préparation du Mix

Inbox entre la salle

d’amplification et la salle
de préparation de Mix

Figure 35: Entrée de la salle du Mix

74
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Figure 36: Organisation de la salle de préparation du MIX du centre de dépistage COVID-19

du Laboratoire Pasteur Settat
[Link]ériels et équipements de la salle de préparation de MIX

Figure 37: Hotte (Poubelle, Figure 38: Mini centrifugeuse

portoir noir, portoir de barrette
jaune, pipettes : 20-200 µL /5-50
µL /100-1000 µL /15 µL)
[Link]édure de préparation du MIX :
1. Allumer la hotte
2. Désinfecter la surface de la hotte
3. Faire sortir les réactifs du réfrigérateur (-20 °C)
COVID-19 Plus Reaction Mixture : Tris HCL, MgCl 2 et dNTPs
COVID-19 Plus Probe Mixture : Pairs d’amorce et sonde pour l’amplification
et détection de la cible.
4. Faire le calcul des volumes nécessaires

75
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Tableau 8: Calcul des volumes nécessaires pour préparer le « master mix »

Calcul Volumes pour une Volumes pour N réactions
Composant réaction (µL)
COVID-19 Plus Reaction Mixture 10 10*(N+3)
COVID-19 Plus Probe Mixture 5 5*(N+3)
Total (COVID-19 Plus Master 15 15*(N+3)
Mixture)
On rajoute 3 dans le calcul pour le control positif, le control négatif et pour le doute.
5. Après décongélation des réactifs, on les place dans la mini centrifugeuse (4000
Tours/5s)
6. On prépare le master mix dans un tube Eppendorf et l’homogénéiser par simple
agitation manuelle et à l’aide de la pipette
7. Déposer 15µL du master mix dans chacun des puits de la barrette
8. Eteindre la hotte
9. Lancer l’UV sous la hotte (8min40sc)
10. Désinfecter les paillasses
11. Prendre les barrettes dans le portoir jaune vers la salle d’amplification et les déposer
sous la hotte.
4. Salle d’amplification

Figure 39: Entrée de la salle d’amplification

2

1
2

Figure 40: Organisation de la salle d’amplification du centre de dépistage COVID-19

du Laboratoire Pasteur Settat
1 : Climatiseur 2 : Inbox entre la salle d’extraction et la salle d’amplification

76
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

4.1 Matériels et équipements de la salle d’extraction

Figure 41: Minicentrifigeuse/ Amplificateur/ Ordinateur/ Onduleur

4.2 Procédure de l’amplification
1. Allumer le climatiseur
2. Allumer l’ordinateur
3. Allumer l’amplificateur
4. Préparer le « Set up » de la plaque sue le logiciel « LineGene9600 »
5. Une fois l’extraction finie, faire sortir la plaque de l’extracteur
6. Couvrir la plaque à l’aide du film d’étanchéité en aluminium
7. Lancer l’UV dans l’extracteur avant de l’éteindre
8. Déposer la plaque dans l’Inbox
9. Revenir vers la salle d’amplification
10. Faire sortir les CN et CP du congélateur
11. Centrifuger les contrôles après décongélation à une vitesse de 4000 tours/5s
12. Déposer 5µl de CN dans l’un des mini-tubes de la barrette contenant le Master Mix
13. Déposer 5µL de chaque échantillon extrait dans les mini-tubes en changeant l’embout
en passant d’un échantillon à un autre
14. Rajouter 5µL de CP dans l’un des mini-tubes en changeant la pipette
15. Placer dans la minicentrifugeuse le rotor adapté à la centrifugation des barrettes
16. Centrifuger les barrettes à une vitesse de 4000 tours/5s
17. Cliquer sur open/close rack
18. Introduire les barrettes dans le bloc de l’amplificateur
19. Cliquer sur RUN (durée 2h11min)
20. Désinfecter les paillasses, lancer UV dans la hotte (9min55s)
NB :
Au niveau de toutes les salles décrites, sont affichées les procédures nécessaires (Annexe 7)

77
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

5. Interprétation des résultats

1. S’assurer du bon déroulement de l’amplification (Ct des gènes du CP< 22 et Ct du IC<
35)
2. Interpréter les résultats en se basant sur le tableau (Annexe 7)
3. Remplir la fiche de traçabilité de la salle d’amplification (Annexe 5)
4. Eteindre la hotte, l’ordinateur, l’amplificateur et le climatiseur
5. Saisir les résultats dans le site e-Labs et dans le logiciel Osiris
6. Saisir les résultats dans la liste Word « résultats PCR »
6. Procédure d’envoi des résultats positifs à l’INH
Conformément aux recommandations de ministère de la santé dans le circulaire N° 072
le centre dépistage COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat transmet à l’INH les résultats
positifs.
1. Placer les échantillons positifs dans un triple emballage, le conditionnement
recommandé : catégorie B (Norme UN 3373)(42)
2. Remplir la fiche de transmission d’échantillons positifs (Annexe 12)

Figure 42 : Triple emballage (Catégorie B)

(43)
Résultats de l’entrevue normalisée
I. WHO 2019 nCov Lab Assessment Tool
Les résultats de l’évaluation du centre de dépistage COVID-19 du laboratoire Pasteur
Settat, basée sur le « WHO 2019 nCov Lab Assessment Tool », sont présentés ci-après sous
forme de tableaux. Chaque tableau présente les résultats concernant une rubrique particulière.
Les réponses possibles sont: 1 Oui ; 2 Partiellement ; 3 Non ; 4 Non appliqué. La colonne
commentaire de chaque tableau présente des informations supplémentaires en relation avec
chaque question en particulier. Au final, un score en pourcentage est obtenu pour chacun des
volets évalués.

78
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Tableau 9: Résultats de l’évaluation de l’organisation et du management

Question 1 ;2 ;3;4 Commentaire
Horaires de travail de routine
Quels sont les jours et heures de travail de routine ? - 7j/semaine et 8h/j
Quels sont les jours et heures d'ouverture du service 4 -
d'urgence ?
Communication externe
Le laboratoire est-il équipé d'un téléphone ? 1 -
Le laboratoire est-il équipé d'un fax ? 1 -
Le laboratoire est-il équipé d'un ordinateur avec accès 1 -
internet ?
Communication interne et structure
Existe-t-il une structure organisationnelle définissant la 1 -
hiérarchie des autorités et des responsabilités pour le personnel
clé du laboratoire ?
Budget
Le budget des salaires du personnel est-il adapté aux besoins ? 1 -
Y a-t-il un budget adéquat alloué pour l'achat de 1 -
consommables et de réactifs ?
Y a-t-il un budget adéquat alloué pour l'achat/la maintenance 1 -
de l'équipement ?
Y a-t-il un budget adéquat alloué pour la surveillance et/ou les 4 -
activités de santé globales ?
Licence/ Supervision/ Accréditation
Le laboratoire a-t-il fait l'objet d'un audit ou d'une évaluation 1 Des visites
par un tiers au cours des deux dernières années ? organisées par
l’INH*
Le laboratoire a-t-il reçu une certification ou une accréditation 3 -
ISO par un organisme national ou international ?

*visite inopinée vers la fin du mois d’avril 2021

Tableau 10: Résultats de l’évaluation des documents
Question 1;2;3;4 commentaire
Contrôle de documents
Existe-t-il un système pour organiser la gestion des documents 1 Le système
et des dossiers du laboratoire ? s’appelle OSIRIS
Le laboratoire dispose-t-il d'un système d'archivage ? 1 -
Les documents archivés sont-ils récupérables ? 1 -
Procédures de qualité
Existe-t-il un manuel qualité décrivant le système qualité du 3 -
laboratoire ?
Les procédures de manipulation et de test des échantillons 1 Cf. Annexe 7
(extraction d'ARN, RT-PCR, sérologie, etc.) sont-elles
facilement accessibles au personnel ?
Les versions actuelles des normes publiées et d'autres 3 -
documents similaires utilisés dans le laboratoire sont-elles
disponibles (par exemple, normes, lignes directrices...) ?

79
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Existe-t-il une procédure pour le stockage des échantillons 1 -

primaires une fois analysés ?
Existe-t-il des procédures de validation, et de vérification des 1 -
méthodes et des équipements et sont-elles pertinentes ?
Des procédures sont-elles en place pour enregistrer les 3 -
incidents ou les plaintes ?
Procédures de Biosécurité
Une évaluation des risques liés aux procédures entreprises dans 3 -
le laboratoire a-t-elle été réalisée et documentée ?
Des procédures écrites de biosécurité sont-elles disponibles ? 2 -
Si oui ou partiel, les sujets suivants sont-ils abordés :
-Lavage des mains 1 -
-Equipements de protection individuelle (EPI) 1 Cf. Annexe 7
-Désinfection des matériaux contaminés 1 -
-Stérilisation 1 -
-Lavage de verrerie et de matériel 4 Tout le matériel
utilisé est jetable.
-Traitement des déchets 1 Cf. Annexe 7
-Nettoyage de laboratoire 1 Cf. Annexe 7
-Stockage et élimination d’échantillon de danger 1 Cf. Annexe 7
-Déversement 3 -
-Accident lié au laboratoire 3 -
-Urgence incendie 3 -

Tableau 11: Résultats de l’évaluation de la collecte, manipulation et transport des échantillons

Question 1;2;3;4 Commentaire
Collecte de spécimens
Les procédures de collecte sont-elles documentées et 1 -
disponibles pour le personnel concerné ?
Est-ce que ceux-ci incluent des détails d'identification du 1 -
patient minimum ?
Un formulaire de demande de test est-il disponible pour les 1 Oui, mais pas
patients ? utilisé
(analphabétisme)
Les spécimens sont-ils enregistrés dans un livre, une feuille de 1 OSIRIS/doc
calcul ou un autre système comparable ? Word/fiches de
paillasse
(Annexe 8)
Les aliquotes d'échantillons sont-elles traçables à l'échantillon 1 -
primaire d'origine (numéro d'identification, etc.)
Manipulation des échantillons
Le laboratoire rencontre-t-il des problèmes avec les 1 -
échantillons provenant de l'extérieur de l'établissement à cause
d’un formulaire de demande ou d'une identification
d'échantillon ou d’un conteneur inadéquat etc. ? (1. Jamais, 2.
Parfois, 3. Régulièrement, 4 Non applicable)
Existe-t-il des critères d'acceptation ou de rejet des échantillons 1 Rejet si pas bien
primaires (y compris une mise en garde potentielle si des conservé, pas bien
etiqueté.et
échantillons non conformes sont acceptés) ?

80
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

acceptation si le
contraire.
Les échantillons primaires sont-ils correctement conservés s'ils 1 Conservation des
ne sont pas examinés immédiatement (réfrigérateur, prélèvements
nasopharyngés à :
congélateur à -20 °C, congélateur à -70 °C ou conservation +4°C : ≤ 05 jours
recommandée) ? -70 °C : > 05 jours
(carboglace)
Référence/ transport des échantillons
Le laboratoire dispose-t-il d'un emballage approprié pour la 1 -
référence des échantillons (triple emballage, ou tout emballage
conforme à la réglementation ou aux recommandations
locales) ?
Un système de transport pour la référence des échantillons 1 -
(bus, ambulance, service postal national, etc.) est-il déjà mis en
place ?
La ou les personne(s) chargées des expéditions sont-elles 1 -
formées au transport de matières infectieuses ?
Si oui ou partiellement : -
Est-elle formée aux réglementations ou recommandations 1 -
locales ou nationales ?
Est-elle formée aux réglementations internationales ? 3 -

Tableau 12: Résultats de l’évaluation de la gestion des données et des informations

Question 1;2;3;4 Commentaire
Résultats des tests et rapports
Toutes les observations/résultats originaux du laboratoire sont- 1 Osiris/ doc
ils enregistrés dans une feuille de travail ou une base de Word
données électronique ?
Tous les résultats sont-ils examinés et autorisés avant leur 1 Par le technologue
publication ? de laboratoire et par
le médecin
biologiste
Lorsque les échantillons doivent être référés à un autre 1 -
laboratoire, existe-t-il une procédure pour définir comment le
rapport est alors émis et par quel laboratoire ?
Y a-t-il une notification immédiate des médecins lorsque les 1 -
résultats sont critiques pour les soins aux patients ?
Y a-t-il une notification immédiate du ministère/réseau de 1 Via e-Labs
surveillance concerné lorsque les résultats sont critiques ? (COVID)
Analyse des données et statistiques
Le laboratoire peut-il fournir des données statistiques de base 1 Tout est archivé
sur ses activités (par exemple, nombre de tests commandés, manuellement et
données qualitatives/quantitatives agrégées, etc.) ? sur pc.
(Figure 43)
Sécurité des données – Confidentialité
L'accès et la modification des données des patients sont-ils 1 -
protégés (pour les systèmes papier et/ou électroniques) ?
Une sauvegarde efficace est-elle en place pour éviter la perte 1 -
des données des résultats des patients en cas de vol ou d'autre
incident pour le(s) système(s) ci-dessus ?

81
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Système de gestion de l’information informatique et de laboratoire (LIMS)

Quels sont les logiciels/applications utilisés dans le - OSIRIS/ QGene
laboratoire ? PCR 9660

Nombre de tests commandés

60
50
40
30
20
10
0
samedi

samedi

samedi

samedi
vendredi

vendredi
jeudi
jeudi
mercredi
mardi

jeudi
mardi

mercredi

mercredi
mardi
mardi
mardi
mercredi
mardi

jeudi
lundi
janvi fevrier mars avril mai
er

Figure 43: Nombre de tests demandés par jour du 29 janvier au 31 mai au centre de dépistage
COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat
Tableau 13: Résultats de l’évaluation de la gestion des consommables et réactifs
Question 1;2;3;4 Commentaire
Approvisionnement
Existe-t-il un personnel responsable de la gestion des 1 Le technologue
consommables et des réactifs (inventaire, commande, etc.) ? de laboratoire
Le laboratoire rencontre-t-il des problèmes avec la livraison des 1 -
réactifs comme des retards, une température inadéquate, une
erreur de référence, etc. (1. Jamais ; 2. Parfois ; 3.
Régulièrement ; 4 Non applicable) ?
Inventaire et Stockage
Existe-t-il un système d'inventaire des consommables et 1 Inventaire physique
réactifs ? par le technologue
de laboratoire
Les consommables et réactifs sont-ils stockés de manière 1 -
appropriée (température, humidité, etc.)
La date d'ouverture est-elle clairement inscrite sur les 1 -
réactifs/kits ?
Utilisation
Les nouveaux réactifs (nouveau produit, nouveau lot, y compris 1 Comparaison du kit
les réactifs faits maison) sont-ils vérifiés par rapport aux Molgen,
EuroImmun et
anciens réactifs ou matériaux de référence avant utilisation ? GeneProof, au kit
GeneFinder avant
leur adoption**
Des réactifs périmés sont-ils utilisés (1. Jamais ; 2. parfois, 3. 1 -
régulièrement ; 4 Non applicable) ?
Des fournitures sont-elles disponibles (1. Jamais ; 2. Parfois ; 3 -
3. Régulièrement ; 4. Non applicable) ?

82
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Les fournitures jetables (p. ex. embouts, pipettes en plastique, 1 -

gants) sont-elles réutilisées (1. Jamais ; 2. Parfois ; 3.
Régulièrement ; 4. Non applicable) ?
Existe-t-il un système de prévision précise des besoins en 3 -
consommables et réactifs ?

** à cause d’une rupture de stocks chez les fournisseurs du kit GeneFinder, il fallait contacter
d’autres fournisseurs et essayer leur kit et finalement choisir le kit le plus adéquat aux activités
du laboratoire. Le 16 juin 2021 : essai du kit MOLgen, le 17 juin : essai du kit EuroImmun, le
19 juin : essai du kit GeneProof.
Tableau 14: Les différences majeures entre les 3 kits avec l’ancien kit GeneFinder (42, 43, 44,
46)

Kit MOLgen EuroImmun GeneProof Gene Finder

Caractéristique
Présence d’un Non Non Non Oui
CN
Présence d’un CI intégré dans le CP Séparé dans un flacon Séparé ajouté avec CI intégré avec le
CI ajouté avec le Master l’échantillon avant Probe mixture
Mix l’extraction
Les colorants FAM: RdRp gene FAM : Gene E, N et FAM : Gene E, N et FAM: Gene RdRp
utilisés ROX/Texas Red: E RdRp RdRp VIC: Gene N
gene HEX : CI HEX : CI Texas Red: Gene E
CY5: gene N Cy5: CI
HEX: IC
Les T°C Temps Cycles T°C Temps Cycles T°C Temps Cycles T°C Temps Cycles
températures 45 10min 1x 45 10min 1x 50 5min 1x 50 20min 1x
d’amplification 95 2min 1x 95 2min 1x 95 2min 1x 95 5min 1x
95 15s 45x 95 15s 45x 95 2s 45x 95 15s 45x
60 30s 58 45s 60 30s 58 1min
37 20s 1x

Tableau 15: Résultats de l’évaluation de management d’équipement

Question 1;2;3;4 Commentaire
Inventaire du matériel
Existe-t-il un inventaire du matériel ? 1 -
Si oui ou partiel, comprend-il :
-Nom de l’équipement ? 1 -
-Nom et coordonnées du fabricant (ou du fournisseur local) ? 1 -
-État (neuf, usagé) ? 1 -
-Activités d'entretien ? 1 -
L'équipement du laboratoire est-il approprié pour effectuer les tests suivants ?
-Extraction d'acides nucléiques 1 -
-Sérologie 4 -
-RT-PCR 1 -
-Autre (Veuillez préciser dans 'commentaires') - -
Maintenance, étalonnage et surveillance des équipements

83
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Le laboratoire dispose-t-il d'une personne dédiée en charge de 1 -

l'équipement (Gestion de la maintenance, etc.) ?
L'équipement est-il maintenu dans un état de fonctionnement sûr 1 -
(y compris la sécurité électrique) ?
Existe-t-il une surveillance et un enregistrement quotidiens des 3 -
températures pour les équipements dépendant de la température ?
Y a-t-il une surveillance et un enregistrement quotidiens du débit 1 Surveillance
d'air dans les enceintes de biosécurité ? automatique
Un programme d'entretien préventif est-il en place ? 1 Maintenance
quotidienne par le
technologue de
laboratoire +
maintenance
périodique par le
fournisseur.
Existe-t-il un protocole et une période définis pour l'étalonnage 1 Une fois par an
des pipettes ? par « AIR
METROLOGIE »
Le personnel est-il dûment formé et autorisé avant la première 1 -
utilisation de l'équipement ?
Liste des équipements fonctionnels et utilisables
Equipement Nombre Est-il Est-il Est-il
enregistré ? maintenu ? certifié ?
Autoclave (propre) 0 - - -
Autoclave (Sale) 0 - - -
PSM de classe II 1 1 1 1
Centrifugeuse simple 0 - - -
Ordinateur pour le travail de 3 1 1 -
laboratoire
Extracteur automatisé d'acide 1 1 1 1
nucléique
Equipement ELISA 0 - - -
(Laveuse/Incubateur/Lecteur)
Collecteur d'extraction 0 - - -
Congélateur -20°C 3 1 1 -
Congélateur -70°C 0 - - -
Microcentrifugeuse 2 1 1 1
Micropipette 20 µL 0 - - -
Micropipette 0,5-10 µL 0 - - -
Micropipette 10- 100 µL 0 - - -
Micropipette 20-200 µL 1 1 1 -
Micropipette 100-1000 µL 2 1 1 1
Pipette multicanaux 0 - - -
Poste de travail PCR 2 1 1 1
Écran en plexiglas 3 1 1 -
Imprimante pour travaux de 2 1 1 -
laboratoire
Réfrigérateur 2 1 1 -
Amplificateur d’ADN avec 4 1 1 1 1
canaux
Pompe à vide 0 - - -

84
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Vortex 1 1 1 1
Distillateur d'eau 0 - - -

Tableau 16: Résultats de l’évaluation des aménagements

Question 1;2;3;4 Commentaire
Infrastructure
Quel est l'état général du bâtiment et de l'infrastructure du laboratoire ? Pour les questions
suivantes, choisissez l'une des réponses suivantes : 1. Bon ; 2. Moyen ; 3. Mauvais ; 4. Non
applicable
-Murs, sols et toitures ? 1 -
-Fenêtres et portes ? 1 -
-Bancs ? 4 Chaises
-Chauffage/climatisation/ventilation ? 1 3 climatiseurs
-Éclairage ? 1 -
-Équipement d'élimination des déchets ? 1 -
Conditions de travail
Le laboratoire est-il confronté à une coupure d'électricité (1. 2 -
Jamais ; 2. Parfois ; 3. Régulièrement ; 4. Non applicable) ?
Le cas échéant, disposez-vous d'un générateur électrique de Onduleur pour
secours ou d'une autre source d'alimentation de secours ? 1 extracteur et
amplificateur
Les équipements clés/sensibles sont-ils protégés par un UPS 1 Onduleur pour
(Uninterruptable Power Supply) ? extracteur et
amplificateur
Le laboratoire fait-il face à des pénuries d'eau (1. Jamais ; 2. 1 -
Parfois ; 3. Régulièrement ; 4. Non applicable) ?
Espace (fournir un plan d'étage ou un croquis des laboratoires si possible)
Quel est le nombre de salles du laboratoire ? - 6
2
Combien est la surface du laboratoire ? (En m ) - -
La taille du laboratoire est-elle adéquate pour toutes les activités 1 -
entreprises ?
L'installation et l'espace de laboratoire sont-ils adéquats pour effectuer les tests en
entreprenant les éléments suivants :
- Extraction d'acides nucléiques 1 -
- Sérologie 4 -
- RT-PCR 1 -
- Autre (veuillez préciser dans 'commentaires') - -
L’espace du laboratoire fournit-il des pièces physiquement séparées pour les différentes
étapes des tests d'amplification des acides nucléiques (si des procédures PCR sont
effectuées) :
- Salle blanche dédiée à la préparation des réactifs (y compris la 1 -
distribution du master mix) ?
- De la place pour l'extraction des acides nucléiques et pour 1 -
l'ajout d'acides nucléiques au master mix avant amplification ?
- Salle confinée dédiée à l'amplification des acides nucléiques et 1 -
à la détection des produits ?

85
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Tableau 17: Résultats de l’évaluation de Ressources humaines

Question 1;2;3;4 Commentaire
Nombre de personnel
Quel est le nombre du personnel suivant :
-Cadres/cadres supérieurs (diplôme de troisième cycle) - 2 : Médecin
biologiste et
assistant médical
-Technologues ou techniciens de laboratoire (réalisant des tests) - 2
-Assistants de laboratoire/aides médicales (ne faisant pas de - 1
tests)
-Personnel de soutien/administratif - 2
-Autres membres du personnel - -
Quel est le nombre total de personnes travaillant dans le - 5
laboratoire ?
L'effectif est-il suffisant pour entreprendre le travail requis ? 1 Pas de charge de
travail
-Existe-t-il un plan au cas de surcharge de travail ? 1 *
-Si oui, le laboratoire est-il déjà en surcharge de travail ? 3 Cf. Figure 44
Diplômes et compétences
Le personnel du laboratoire est-il disponible et compétent pour 1 -
effectuer l’extraction d'acides nucléiques ?
Le personnel du laboratoire est-il disponible et compétent pour 4 -
effectuer la sérologie ?
Le personnel du laboratoire est-il disponible et compétent pour 1 -
effectuer la RT-PCR ?
Autre (veuillez préciser dans 'commentaires') - -
Existe-t-il un type d'évaluation périodique des compétences du 4 -
personnel ?
Un responsable qualité a-t-il été désigné ? 3 -
Un responsable de la biosécurité a-t-il été désigné ? 3 -
Le personnel est-il formé à la gestion de la qualité ? 1 -
Le personnel est-il formé à la biosécurité ? 1 -
Si oui, ou partiel :
-Dans la conduite d'une évaluation des risques 1 -
-En biosécurité lors de l'échantillonnage 1 -
-En biosécurité lors de la manipulation d'échantillons de 1 -
laboratoire
-Dans l'utilisation des désinfectants et des procédures de 1 -
désinfection
-Dans une bonne gestion des déchets (manipulation des déchets 1 -
dangereux et non dangereux)
-Dans le nettoyage biologique des déversements 1 -
Le personnel est-il formé en biologie moléculaire ? 1 -
Si oui, ou partiel :
-Dans l'extraction d'acide nucléique 1 -
-En PCR conventionnelle et électrophorèse sur gel 1 -
-En PCR en temps réel 1 -
-Dans la conception d'amorces 3 -
-Dans l'optimisation et la validation des tests PCR 2 Optimisation : non
Validation : oui

86
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

-Dans l'analyse des données du test 1 -

-En alignement de séquences multiples pour le dépannage des 3 -
performances PCR
-Dans les analyses phylogénétiques 3 -
Le personnel est-il formé à l'optimisation des tests 4 -
sérologiques ?

*Avec l’ouverture des frontières, le 16 juin 2021, le nombre de voyageurs à demander le test
COVID a monté en flèche allant d’une moyenne de 15 patients par jour à une moyenne de 90
patients par jour, il y avait donc un renfort du personnel par d’autres technologues de
laboratoires et d’autres réceptionnistes. Ce qui a permis une meilleure gestion de la situation de
surcharge de travail. En plus, il y avait l’ajout d’un autre fauteuil de prélèvement et la
numérotation des tubes qui se faisait dans la salle d’extraction, se fait dès lors juste après la
réalisation du prélèvement pour gagner le temps.
Tableau 18: Résultats de l’évaluation du management du risque biologique
Question 1;2;3;4 Commentaire
Niveau de biosécurité
Quel est le niveau de biosécurité dans votre laboratoire ?
-BSL 2 1 -
-BSL 3 - -
-Autre - -
Désinfection et management des déchets
Les procédures de désinfection et de décontamination sont-elles 1 -
appliquées ?
Y a-t-il suffisamment de désinfectants disponibles à tout 1 -
moment ?
Les procédures de gestion des déchets sont-elles mises en œuvre 1 -
efficacement ?
Existe-t-il des dispositifs d’élimination séparés et adéquats pour 1 -
les déchets infectieux et les déchets non infectieux ?
Existe-t-il des dispositifs dédiés à l’élimination des déchets des 1 -
solvants utilisés ?
Conditions de sécurité
Y a-t-il dans les salles des lavabos pour le lavage des mains 1 Dans la salle
uniquement ? (Un par unité) d’extraction
seulement
Utilisez-vous des enceintes de biosécurité pour manipuler les 1 PSM II dans la
échantillons produisant des aérosols potentiellement salle
dangereux ? d’extraction
Est-ce que l’enceinte de biosécurité a été vérifiée pour voir si elle 1 Par le Laboratoire
est installée, calibrée et fonctionne correctement ? Marocain de
Métrologie
Industrielle*
Avez-vous des signes de danger biologique indiqué sur les portes 1 Cf. Figures
des salles où sont manipulés des microorganismes ? 23,28

87
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Existe-t-il des serrures d’entrée avec des mesures de sécurité qui 1 -

empêchent le personnel ou visiteurs non concernés d’entrée au
laboratoire ?
Les accidents/incidents et non conformités liées au risque 1 -
biologique sont-ils correctement gérés (c’est à dire signalés,
enregistrés, investigués et conduisent à des actions préventives
ou correctives ?
Où sont lavés les blouses et le linge du laboratoire ? (1. Service 3 -
de blanchisserie extérieur, 2. laboratoire, 3.à domicile)
Y a-t-il des verrous sur les congélateurs où les échantillons 3 -
primaires et les aliquotes sont stockés ?
Utilisation des équipements de protection individuelle (EPI) et comportement de
Biosécurité
Est-ce que les EPI sont disponibles en quantités suffisantes pour 1 -
la charge de travail et le nombre de personnel du laboratoire ?
Est-ce que le personnel du laboratoire utilise une EPI adéquate 1 -
lorsqu’il travaille dans le laboratoire ?
Est-ce que le personnel adhère aux comportements de base en 1 -
matière de biosécurité (EPI non porté en dehors des zones du
laboratoire, interdiction de manger ou boire dans le laboratoire,
pas de chaussures à bout ouvert…) ?
Existe-t-il des EPI dédiés pour chaque zone de PCR (extraction, 1 -
préparation du « master mix » et amplification) ?
Services de santé du personnel
Est-ce que votre personnel a l’accès aux services de santé au 1 -
travail ?
Est-ce que le personnel suit un test régulier de dépistage du 1 -
SARS-CoV-2 en tant que personnel de santé ?

*le 17 mai 2021, le Laboratoire Marocain de Métrologie Industrielle, représenté par son
opérateur, a réalisé un contrôle du PSM II de la salle d’amplification du centre de dépistage
COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat. Ce contrôle vise à vérifier le fonctionnement de
l’équipement tout en démontrant avec des preuves documentées que les exigences fixées par
les normes et/ou par le client sont respectées. L’ensemble des contrôles effectués sont réalisés
selon les recommandations des exigences normatives des normes :
❖ Norme NF EN ISO 14644-1 (février 2016) : « salles propres et environnements
maitrisés apparentés. Partie 1 : Classification de la propreté de l’air ».
❖ Norme NF EN ISO 148644-3 (mars 2006) : « salles propres et environnements
maitrisés apparentés. Partie 3 méthodes d’essai ».
❖ NF EN 12469 (juillet 2000) : « Biotechnologie-Critères de performance pour les postes
de sécurité microbiologique ».
❖ BPF (2015/12bis) : « Bonnes pratiques de fabrications ».
Les vérifications s’effectuent dans l’ordre suivant :

88
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

❖ Vérification de la vitesse de l’air/Calcul du débit d’air

❖ Vérification de la température et de l’humidité relative
❖ Vérification de la classe particulaire de l’air fournit par le PSM
❖ Test d’intégrité des filtres absolus
Une fois le rapport de l’essai est bouclé, il est rendu auprès du directeur du laboratoire puis
communiqué au reste du personnel. Ce rapport inclut en plus des résultats, les méthodes de
mesure et les incertitudes des équipements.
A savoir le L2mi est un laboratoire accrédité NM ISO/CEI 17025.(48)
Tableau 19: Résultats du contrôle du PSM II du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire
Pasteur Settat par le L2mi
Thème Test Jugement
Vérification de la vitesse d’air descendant du PSM Conforme
POSTE DE SECURITE
MIROBIOLOGIQ IUE

Vérification du débit de l’air descendant du PSM Pas de spécification client

Vérification de la vitesse d’air entrant du PSM Conforme
Vérification de débit de l’air entrant du PSM Pas de spécification client
II

Vérification de la température du PSM Pas de spécification client

Vérification de l’humidité relative du PSM Pas de spécification client
Vérification de la classe particulaire du PSM Conforme
Vérification de l’intégrité des filtres Conforme

Tableau 20: Résultats de l’évaluation des fonctions de santé publique

Question 1;2;3;4 Commentaire
Types du laboratoire
-laboratoire nationale de référence de SARS-CoV-2 2 -
-autre 1 -
Surveillance et réponse
Si le laboratoire évalué est non de référence, connait-il les 1 INH/ l’institut
laboratoires nationaux de référence désignés pour les tests Pasteur/LRAM
SARS-CoV-2 ?
Si le laboratoire évalué est un laboratoire national de référence, 4 -
connait-il des laboratoires internationaux de références désignés
par l’OMS ?
Le laboratoire fait-il partie d’un réseau national de surveillance ? 1 Réseau COVID
Si le laboratoire évalué est un laboratoire national de référence, 4 -
fait-il partie d’un réseau international de surveillance ?
Est-ce que le laboratoire a défini des responsabilités dans la 1 L’intégration du
préparation et la réponse nationales aux urgences de santé réseau de
publique comme (mais sans s’y limiter) l’épidémie de COVID- dépistage
19 ? COVID en est
une preuve.
Echantillons
Est-ce que le laboratoire reçoit des échantillons du terrain 4 -
pendant l’investigation sur des évènements de santé publique ou
des enquêtes de santé publique ?

89
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Est-ce que le laboratoire donne des conseils sur les pratiques de 4 -

collecte et de transport des échantillons sur le terrain lors des
enquêtes sur les urgences de santé publique ?
Est-ce que le laboratoire a des arrangements de proximité avec 1 -
des établissements de soins de santé cliniques pour les pratiques
de collecte et de transport des échantillons depuis le terrain
pendant l’enquête sur les urgences de santé publique ?
Est-ce que le laboratoire dispose d’un stock de kits 1 -
d’échantillonnage de laboratoire d’urgence (EPI, matériel de
prélèvement d’échantillons, supports de transport, emballage de
transport d’échantillons) ?
Si le laboratoire évalué n’est pas un laboratoire de référence, est 1 L’envoi des
ce que le laboratoire renvoie des échantillons ou des isolats à un échantillons
laboratoire national de référence à des fins de santé publique (par positifs à
exemple : surveillance de routine, enquête sur les épidémies) ? l’INH
Est-ce que le laboratoire reçoit des échantillons cliniques des 1 -
laboratoires locaux pour la confirmation et autres tests ?
Si le laboratoire évalué est un laboratoire national de référence, 4 -
est ce qu’il renvoie des échantillons ou des isolats à un
laboratoire international de référence à des fins de santé publique
(par exemple : surveillance de routine, enquête sur les
épidémies) ?
Déclaration
Est-ce que le signalement aux autorités de santé publique lié à la 1 -
COVID-19 est établi et mis en œuvre ?
Si oui, existe-t-il un formulaire/ document standardisé pour 1 E-Labs
signaler les maladies ou autres événements à déclaration
obligatoire ?

Tableau 21: Résultats de l’évaluation de la capacité à réaliser le test COVID

Question 1;2;3;4 Commentaire
Est-ce que les procédures spécifiques au COVID-19 sont 1 -
documentées et disponibles pour le personnel concerné ?
Est-ce que les procédures de manipulation des échantillons et du 1 -
test de SARS-Cov-2 (extraction d’ARN, RT-PCR, sérologie…)
sont écrites et facilement accessibles au personnel, le cas
échéant ?
Est-ce que la procédure du test de SARS-CoV-2 a été vérifiée 1 Par l’INH
avant de commencer l’activité de dépistage ?
Est-ce que les versions actuelles des normes publiées et d’autres 1 -
documents similaires utilisés dans le laboratoire pour les tests de
SARS-CoV-2 sont disponibles (par exemple : normes,
directives, manuels d’instruments, notices de kits de test…) ?
Est-ce que des procédures de signalisation des résultats des tests 1 -
SARS-CoV-2 sont mises en place ?
Est-ce qu’une évaluation des risques liés aux procédures des tests 3 -
SARS-Cov-2 en laboratoire a été réalisée et documentée ?

90
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Est-ce que des procédures écrites de biosécurité relatives à la 2 -

manipulation et à la gestion des échantillons testés pour le
SARS-CoV-2 sont disponibles ?
Est-ce que les EPI appropriés pour la manipulation et les tests 1 -
d’échantillons pour le SARS-CoV-2 sont disponibles ?
Est-ce que le personnel est formé à l’exécution des tests SARS- 1 -
CoV-2 ?
Si oui, avec quelle technique et sur quelle plateforme ? - RT-PCR en temps
réel/GenePCR
9660
Est-ce que les compétences du personnel de laboratoire ont été 1 -
évaluées avant de réaliser le test de SARS-CoV-2 ?
Est-ce que l’équipement utilisé pour les tests SARS-CoV-2 est 1 -
correctement entretenu ?
Est-ce qu’un PSM validé est disponible pour effectuer le 1 -
traitement initial des échantillons (avant l’inactivation du
virus) ?
Est-ce que les réactifs nécessaires pour le test SARS-CoV-2 sont 1 -
disponibles ?
Est-ce que les réactifs requis pour le test SARS-CoV-2 sont à 1 -
jour ?
Est-ce que les consommables nécessaires pour les tests SARS- 1 -
CoV-2 sont disponibles ?
Existe-t-il des équipements dédiés pour chaque salle PCR 1 -
(pipettes, embouts de pipettes, microcentrifugeuse, vortex…) ?
Est-ce que les échantillons de contrôles de qualité internes (CQI) 1 -
sont inclus lors de la réalisation de tests SARS-CoV-2 ?
Existe-t-il une procédure d’enregistrement et de communication 1 -
des résultats du CIQ pour des actions correctives s’il ne
fonctionne pas correctement ?
Est-ce que des actions correctives sont mises en œuvre si les 1 -
résultats du CIQ ne sont pas acceptables ?
Est-ce que le laboratoire participe à l’EEQ pour le test SARS- 1 -
CoV-2 ?
Existe-t-il un système pour enregistrer et évaluer les résultats de 1 -
l’EEQ ?
Est-ce que des actions correctives sont mises en œuvre si les 1 -
résultats de l’EEQ ne sont pas acceptables ?
Est-ce que le laboratoire a des arrangements avec le laboratoire 1 -
national de référence SARS-CoV-2 pour l’envoi d’échantillons
pour la confirmation des résultats ou avec un laboratoire de
référence COVID-19 de l’OMS, le cas échéant ?
Est-ce que le personnel est formé au dépannage des résultats de 1 -
PCR du SARS-CoV-2 et à un changement dans les performances
du test ?

91
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Somme de nb de patients/jour du mois de

Janvier au mois de Mai
350
311
300
258
250 223
192 201
200
157
150

100

50
12
0
lundi mardi mercredi jeudi vendredi samedi dimanche

Figure 44: Somme de nombre de patient par jour du 29 janvier au 31 mai 2021
Durant la période s’étalant du 29 janvier au 31 mai 2021, le nombre des patients n’était pas
stable de telle sorte que le nombre maximal de patient était enregistré le jour de lundi et le
nombre minimal était enregistré le dimanche. La moyenne calculée de patient par jour est 15,
donc il n’y avait pas de surcharge de travail tout au long de la période avant le 16 juin 2021.

Capacité technique du personnel 100%

Capacité à réaliser le test COVID 94%
Fonctions de santé publique 100%
Management du risque biologique 89%
Ressources humaines 78%
Aménagements 97%
Management d'équipements 90%
Gestion des consommables et réacifs 70%
Gestion des données et des informations 100%
Collecte, manipulation et transport des échantillons 91%
Documents 45%
Organisation et management 80%
Indicateur moyen des capacités de base du laboratoire 84%

0% 20% 40% 60% 80% 100% 120%

Figure 45: Synthèse des résultats de l’évaluation du laboratoire Pasteur selon « WHO 2019
nCov Lab Assessment Tool »

92
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

II. Grille d’évaluation de la conformité aux normes marocaines

Tableau 22: Résultats de la Grille de conformité de l’activité au sein du laboratoire Pasteur
Settat ‘centre COVID’ aux conditions fixées par le ministère de la santé du Maroc
Question Oui/Non Commentaire
Rubrique prélèvement
Les conditions d’hygiène et de sécurité lors de Oui -
la réalisation du prélèvement nasopharyngé et
les mesures de distanciation sont-elles
respectées ?
Est-ce que le laboratoire partage l’entrée et /ou Non -
la sortie d’un bâtiment avec d’autres usagers ?
Est-ce que le prélèvement est réalisé à domicile Le prélèvement est réalisé dans la
ou sur le lieu de travail au sein des entreprises salle de prélèvement du laboratoire.
Si le patient a des difficultés à se
ou des administrations ? déplacer, le prélèvement se fait dans
la salle de réception en respectant les
règles de sécurité et d'hygiène.
Rubrique résultats
Est-ce que les résultats sont rendus aux Oui -
autorités sanitaires locales (direction régionale
et délégation de la santé) dès la validation et
dans les 24 heures qui suivent les prélèvements
oro/nasopharyngés et/ou sanguins ?
Est-ce que le laboratoire a installé l’application Oui -
informatique e-Labs mise en place par le
Ministère de la Santé avant le démarrage de
l’activité de diagnostic ?

Les personnes testées pour COVID sont-elles Oui -

saisies sur la plateforme informatique
nationale ?
Est-ce que la confidentialité est garantie ? Oui -

A qui sont rendus les résultats ? - Aux personnes qui ont le reçu de
paiement.
Aux autorités nationales.
Rubrique sécurité
Est-ce que la sécurité du personnel travaillant Oui -
au sein du laboratoire et des clients est
garantie ?
Est-ce que le personnel à un accès au service Oui -
médical en cas d’accident de labo ?
Est-ce que les procédures de sécurité écrites Oui -
relatives au nettoyage des équipements, de
gestion des déchets, de stérilisation, de
nettoyage du laboratoire sont disponibles ?
Est-ce que les équipements d’urgence Oui Sauf la couverture anti-feu
suivants : extincteurs valides, station de lavage
oculaire, kit de première urgence et couverture
anti-feu sont disponibles ?
93
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

La signalisation du danger biologique, des Oui -

restrictions d’accès et panneaux
d’avertissement sont-elles affichées ?
Rubrique locaux/équipements
Est-ce que l’infrastructure est convenable ? Oui -
Est-ce que les locaux sont correctement Oui -
agencés et non encombrés ?
Est-ce que le circuit du patient et des Oui -
prélèvements sont identifiés ?
Est-ce qu’il y a le respect du circuit des Oui -
prélèvements reçus au laboratoire avec les
patients non COVID et leurs prélèvements ?
Est-ce que la qualité des bâtiments (état des Oui -
toitures, étanchéité et des murs et sol…) et des
infrastructures (porte, fenêtres, mobilier,
paillasses, aération/ventilation, éclairage,
climatisation/emplacement) est satisfaisante ?
Est-ce que la réception et l'enregistrement des Oui -
échantillons sont effectués dans un endroit
autre que les salles techniques ?
▪ Quel est le nombre de zones dans l’unité de 3 zones
biologie moléculaire ?
▪ Sont-elles séparées ? Oui
Y a-t-il le respect d’un flux unidirectionnel Le transport de la plaque se
strict lors des manipulations dans ces zones ? Partiellement fait à travers l’Inbox.
Citez les composants de chacune des salles ? - Cf. Annexe 7
Y a-t-il un lavabo dans la salle d’extraction ? Oui -
Y a-t-il l’ondulation des équipements Oui -
critiques ?
Est-ce que l’espace des salles techniques est Oui -
suffisant pour permettre de travailler sans
compromettre la qualité ni la sécurité du
personnel ?
Est-ce que l’espace des salles techniques ne Oui -
comporte que les équipements et le matériel
nécessaires à la technique ?
Est-ce que les procédures opératoires sont Oui -
disponibles ?
Est-ce que l’accès aux pièces techniques est Oui -
contrôlé ?

Rubrique qualité
Maintenance, calibration et certification du Oui -
matériel sont-elles utilisées ?
Est-ce que le laboratoire participe à Oui
l’évaluation externe de la qualité ?
Qui organise ces contrôles et supervisions ? Le directeur du laboratoire
L’effectif du personnel dédié et la capacité des Oui -
équipements de diagnostic permet-il de

94
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

répondre à la demande pour un rendu du

résultat dans les 24 heures qui suivent l’heure
du prélèvement ?
Est-ce que le personnel préleveur et technique Oui -
sont qualifiés ?
Rubrique Déchets
Est-ce que le flux de production et gestion des Oui Cf. Annexe 10
déchets est identifié ?
Y a-t-il un autoclave ? Non
Si oui, les déchets émanant de l’activité -
COVID sont-ils décontaminés in-situ par
autoclavage ?
Les déchets collectés sont-ils traités par un Oui La société ATHISA*
sous-traitant agréé pour la gestion des déchets
biologiques ?
Réalisez-vous la traçabilité de la destruction Oui Cf. Annexe 13
des déchets de laboratoire ?
Y a-t-il des conteneurs avec couvercle pour les Oui Les déchets liés au dépistage
déchets infectieux et des conteneurs spéciaux de Covid-19 sont tous traités
pour les déchets piquants-tranchants ? comme des déchets infectieux,
c’est pourquoi ils ne sont pas
séparés dans des conteneurs
jaune/rouge/noir.
*La société ATHISA MAROC a un certificat d’élimination de déchets dangereux
(article 20 du décret n°2-14-85 du rabii I 1436 (20 janvier 2015). Il s’agit d’une unité pour le
traitement des déchets médicaux ou déchets à risque infectieux (catégorie I) et pharmaceutiques
(catégorie II).
Pour discuter les résultats obtenus et présentés ci-dessus, nous allons diviser la
discussion en quatre parties ; discussion des activités entreprise au sein du centre, la conformité
aux normes internationales, la conformité aux normes nationales, nos propositions pour
résoudre les problèmes détectés.
Discussion des activités entreprises au sein du centre
I. L’organisation spatiale et le flux de travail
Afin d’éviter la contamination des réactifs et consommables, des équipements de
laboratoire et de la zone de travail lors des manipulations, pouvant générer des résultats
faussement positifs, il est important qu’une attention particulière soit donnée à la conception et
l’aménagement de l’espace de travail du laboratoire.(4)
Pour assurer le flux unidirectionnel exigé dans un laboratoire de biologie moléculaire,
nous proposons l’organisation suivante :
La salle de préparation du mix reste là où elle est. Faire un switch des 2 salles restantes
de telle sorte que la salle présente salle d’extraction devient une salle d’amplification et la

95
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

présente salle d’amplification devient une salle d’extraction. De cette manière, le personnel aura
la possibilité d’utiliser l’Inbox qui se situe entre la présente salle de préparation de mix et la
présente salle d’amplification, et aussi le flux unidirectionnel sera à 100% respecté.
En outre, selon les recommandations de réalisation de la RT-PCR en temps réel dans les
laboratoires de biologie moléculaire (Cf page 28), l’ajout des échantillons et les contrôles dans
les tubes contenant le « master mix » doit être réalisé dans la salle d’extraction sous une hotte
de sécurité microbiologique de type II et non pas dans la salle d’amplification.

Flux de travail

Figure 46 : L’organisation de l’espace Figure 47 : L’organisation de

actuel de réalisation le RT-PCR dans le l’espace proposée pour assurer un
centre de dépistage COVID-19 du flux unidirectionnel
Laboratoire Pasteur Settat

II. Discussion des consommables et réactifs utilisés et l’interprétation des résultats

Le kit GeneFinder utilisé au niveau du centre de dépistage COVID-19, du 29 janvier au
16 juin, figure dans la liste des réactifs approuvés par la FDA (Figure 47). C’est aussi un produit
certifié ISO 13485, marqué CE-IVD comme tous les autres consommables et kits d’extraction.
Les microtubes de PCR et leurs bouchons sont sans DNase et sans RNase.

96
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Figure 48: Une partie de la liste des kits de dépistage de COVID-19 approuvés par la FDA

(49)

Lors notre étude exploratoire nous avons constaté que la détection du gène E de SARS-
CoV 2 est réalisée par le « ROX » qui est un colorant passif (50), au lieu de « Texas Red ».
Cependant, on peut considérer que cette remarque est tolérable puisque l’interprétation finale
d’un cas positif demande forcément la détection du gène RdRp ou le gène N. (45) ; en plus le
ROX n’existe pas dans le Kit GeneFinder.(44) Nous avons aussi pensé à présenter les 2
problèmes majeurs qui peuvent se présenter lors de l’utilisation du kit GeneFinder sous forme
d’arbre à problèmes, afin de faciliter la détection des cause et assurer la rapidité de
l’intervention.

Figure 49:Arbre à problèmes illustrant les causes de résultats invalides

97
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

La conformité aux normes internationales

D’après la figure 44, le centre COVID du Laboratoire Pasteur Settat est conforme à
100% aux normes internationales coté capacité technique du personnel, contributions aux
fonctions de santé publique et gestion des données et des informations. Pour l’aménagement, le
score obtenu est de 97%, rien à reprocher du côté aménagement sachant que des onduleurs sont
mis à la disposition pour les automates critiques des salles PCR. La capacité à réaliser le test
COVID est de 94% vu l’absence d’une évaluation documentée des risques des tests SARS-
Cov-2, et le manque en matière de procédures écrites de biosécurité relatives à la manipulation
et à la gestion des échantillons testés pour le SARS-Cov-2. Pour la collecte, manipulation et
traitement des échantillons, le score est de 91%. Concernant les formulaires de demande de
test, ils sont disponibles mais ne sont pas utilisés pour gagner du temps, et en se basant sur le
logigramme de l’analyse de la valeur ajoutée d’une opération (figure 48), il parait effectivement
que l’utilisation de ces formulaires n’apporte pas de valeur ajoutée et qu’il est possible de
supprimer cet outil.

Figure 50: logigramme de l’analyse de la valeur ajoutée d’une opération

(51)

Le score obtenu pour le management des équipements est de 90%, il faut juste veiller à
surveiller et enregistrer quotidiennement les températures pour les équipements dépendant de
la température tel que l’amplificateur, et mettre à la disposition des technologues au niveau de
la salle d’extraction de la carboglace pour la conservation de l’ARN extrait si nécessaire.
89% est le score obtenu pour le volet management du risque biologique, qui est un bon
indicateur de la maitrise de ce risque sauf qu’il faut penser à procurer un moyen et espace pour

98
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

le lavage des blouses au sein du laboratoire afin d’éviter la dispersion des agents infectieux en
dehors du laboratoire à l’occasion d’un lavage à domicile ou dans une blanchisserie extérieure.
Le score de l’organisation et management est 80 %, un score intéressant, ce qui lui
manque pour atteindre les 100% c’est une accréditation ISO qui est une reconnaissance
officielle internationale de la qualité du service et qui demande un investissement « temps » de
la part du personnel pour rendre le laboratoire et les activités qui y sont réalisées conformes
aux exigences des normes NM ISO/CEI 17025 ou NM ISO 15187, et préparer par la suite tous
les documents de demande d’accréditation qu’il faut transmettre au SEMAC.
Pour les ressources humaines, le score est de 79%, preuve de la compétence du
personnel en termes de réalisation de l’extraction de l’ARN et de la RT-PCR en temps réel. Il
faut tacher à réaliser des évaluations périodiques des compétences du personnel, et assurer sa
formation en matière de conception d’amorces, d’optimisation des tests PCR, d’alignement des
séquences multiples pour le dépannage des performances PCR et d’analyses phylogénétiques.
En plus, il faut désigner un responsable qualité et un responsable biosécurité.
Le score de la gestion des consommables et réactifs est de 70% à cause de l’absence de
système efficace de prévision précise des besoins en consommables et réactifs.
Le pourcentage le plus faible 45% était attribué au volet documents vu le manque de
certains documents, citons, le manuel de qualité « le développement d’un manuel qualité
représente un gros travail mais c’est un travail gratifiant et utile pour le laboratoire »(39), les
versions actuelles des normes publiées et d'autres documents similaires utilisés dans le
laboratoire (par exemple, normes, lignes directrices...), les procédures pour enregistrer les
incidents et les plaintes, une évaluation des risques liés aux procédures entreprises dans le
laboratoire, les procédures de biosécurité abordant le déversement, l’accident lié au laboratoire
et l’urgence incendie.
La conformité aux normes marocaines
Le centre de dépistage COVID du Laboratoire Pasteur Settat respecte les exigences
fixées par le ministère de la santé dans le cahier des charges dans sa deuxième version, sauf
qu’il n’y a pas de couverture anti-feu, il n’y a pas d’autoclave pour la décontamination in situ
des déchets émanant de l’activité COVID. Aussi il n’y a qu’un respect partiel du flux
unidirectionnel strict lors des manipulations dans les 3 zones étant donné que l’organisation du
laboratoire ne le permet pas.

99
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Nos propositions pour résoudre les problèmes détectés

I. Document unique : Evaluation documentée des risques des tests SARS-Cov-2

Tableau 23: Evaluation des risques encourus au centre de dépistage COVID du Laboratoire
Pasteur Settat
Sources de Risques Niveaux de Commentaire Actions
danger potentiels risque préventives
Contact direct Contamination Priorité 2 Gravité : moyenne Obligation du
avec patient Fréquence : port du masque
suspect d’être moyenne par les patients
COVID positif avant d’accéder
lors de l’accueil au laboratoire.
Port de masque
par les
réceptionnistes.
Respecter les
mesures de
distanciation
sociale.
Echange d’objets Contamination Priorité 2 Gravité : moyenne Eviter de se
entre patient et par fomite Fréquence : frotter les yeux,
réceptionniste moyenne toucher le nez ou
(carte nationale/ la bouche.
passeport/argent) Désinfection des
mains.
Port de gants si
nécessaire.
Manipulation des Electrisation Priorité 1 Gravité : très Ne pas manipuler
automates grave avec des mains
Fréquence : faible mouillées.
Débrancher
l’automate avant
de faire la
maintenance.
L’utilisation Chute des Priorité 2 Gravité : grave Escaliers secs.
fréquente des escaliers Fréquence : faible Port de
escaliers chaussures à
crampons
antiglisse.
Réalisation du Contamination Priorité 3 Gravité : moyenne Port de masque
prélèvement par gouttelettes Fréquence : faible FFP2.

100
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

(toux, Port de
éternuement surblouses.
par le patient) Port de gants.
Vortex des tubes Contamination Priorité 3 Gravité : moyenne Travail sous
par inhalation Fréquence : faible PSM de type II.
d’aérosols S’assurer que les
tubes sont bien
fermés avant
vortex.
Utilisation de
tubes
hermétiquement
clos (à vis) et les
laisser reposer
avant de les
ouvrir après
vortex.
Incendie Brulure Priorité 1 Gravité : très Mise en place
grave d’un extincteur.
Fréquence : faible Aménagement de
l’espace de telle
sorte que
l’évacuation des
personnes soit
facile.
Manipulation de Eclaboussures Priorité 2 Gravité : grave Travail avec les
réactifs des réactifs sur Fréquence : faible réactifs sous
les yeux. hotte.
Irritation des Port de visière de
yeux. protection.
En cas
d’accident,
lavage des yeux à
l’aide de « Plum
Eye Wash 0.9 %
Sodium Chloride »
Utilisation du Blessure Priorité 3 Gravité : faible Mise à la
couteau pour Fréquence : faible disposition du
ouverture de personnel d’une
l’emballage de la trousse de
plaque secours.
Désinfection du
couteau afin de
minimiser les
risques
d’infection en cas
de blessure.
Utilisation de Piqure par les Priorité 2 Gravité : grave Ne pas ouvrir
l’extracteur aiguilles de Fréquence : faible l’extracteur après
automatique l’extracteur le lancement.

101
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Utilisation de Brulure des Priorité 2 Gravité : moyenne Ne pas toucher la

l’amplificateur mains suite au Fréquence : partie métallique
toucher des moyenne de l’instrument.
surfaces
chaudes de
l’amplificateur
Lancement de Irritation de la Priorité 3 Gravité : faible Ne pas manipuler
l’UV sous les peau par les Fréquence : faible sous la hotte
hottes rayons UV (car une fois la après le
porte de la hotte lancement de
est ouverte l’UV l’UV.
s’éteint
automatiquement).
Manipulation des AES Priorité 3 Gravité : moyen Respect des
échantillons Fréquence : faible recommandations
de réalisation du
prélèvement. *
Port de gants lors
de la
manipulation des
prélèvements.

*S’enquérir avant le prélèvement d’éventuels antécédents accidentels ou chirurgicaux de la

sphère ORL pouvant modifier l’anatomie des cavités nasales et sinusales. Introduire
l’écouvillon en suivant horizontalement le plancher de la cavité nasale et ne le dévier en aucun
cas vers le haut.
II. Procédure de biosécurité relative à la manipulation et à la gestion des échantillons
testés pour le SARS-Cov-2
Les phases à risque de contamination des personnels par un prélèvement nasopharyngé
après réalisation du prélèvement sont le transport, la réception et plus particulièrement
l'ouverture des échantillons et toutes les phases de mise en œuvre au laboratoire jusqu'à
l'inactivation virale lors de l'extraction des acides nucléiques (tampon de lyse). Pour ces
phases à risque, et en complément des conditions de sécurité biologique usuellement mises en
œuvre dans le laboratoire, des conditions supplémentaires sont recommandées pour réduire le
risque de contamination en cas d’accident :
❖ Réaliser les prélèvements en portant les EPI nécessaires : gants, masques FFP2,
surblouse
❖ Utiliser l'emballage recommandé pour le transport des échantillons qui est le triple
emballage catégorie B (UN 3373) notice d’instruction P650.

102
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

❖ Contrôler l'intégrité de l'emballage dès son arrivée sur site. En cas de fuite à sa réception,
l'emballage doit être détruit et éliminé en DASRI et l’analyse du prélèvement ne doit
pas être réalisée.
❖ Ouvrir les emballages secondaires contenant les prélèvements inactivés à analyser sous
PSM de type 2 avec port de gants.
❖ Travailler à un poste de travail dédié à l'activité. Son accès est réservé aux seuls
personnels formés, identifiés et habilités. Si besoin, la liste des personnels autorisés est
affichée sur la porte.
❖ Limiter le nombre de personnel dans l'espace de travail.
❖ Port d'EPI : gants à usage unique, masque FFP2, surblouse à usage unique lors de
manipulation à risque (ouverture de prélèvements, manipulations avant inactivation
virale).
❖ Faire le vortexage sous PSM de type 2.
❖ Nettoyer le PSM après usage avec un détergent désinfectant virucide (EN 14476) en
suivant les recommandations du fabricant (respect de la concentration, du temps de
contact et la DLU).
❖ Disposer et afficher une procédure décrivant la conduite à tenir en cas de déversement
de liquides biologiques ou de projections sous le PSM de type 2.
❖ Disposer et afficher une procédure décrivant la conduite à tenir en cas d'accident
d'exposition au sang (Annexe 9) étant donné que les écouvillons nasopharyngés peuvent
contenir du sang en lien avec un prélèvement traumatique.
❖ Prêter une attention particulière à l’hygiène des mains (savon ou SHA) à chaque retrait
de gants et à la fin des manipulations.
❖ Si des prélèvements positifs non inactivés doivent être conservés, ils doivent être
clairement identifiés "COVID-19 +", stockés en double emballage et en toute sécurité
dans un espace dédié, et accessibles aux seuls personnels autorisés.
III. Système de prévision précise des besoins en consommables et réactifs
La prévision de la demande est une des problématiques les plus critiques en gestion des
stocks et notamment concernant les pièces de rechange. En effet, dans ce cas, il est nécessaire
d’estimer avec précision l’occurrence de la demande : (52)
❖ Une sous-estimation conduit à des ruptures de stocks quasi-immédiates (et par suite un
temps important d’indisponibilité du système en panne)
❖ Une surestimation entraine de forts coûts de péremption des réactifs

103
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Le système de prévision que nous avons conçu est un fichier Excel contenant 3 feuilles de
calcul. Dans la 1ère feuille est dressé un tableau précisant le stock critique de chaque
consommable et chaque réactif. Dans la 2ème feuille, l’utilisateur de cet outil est censé insérer
les valeurs des entrées et des sorties d’une façon journalière. Quant à la 3ème feuille, elle présente
le statut de chaque produit ; niveau satisfaisant, approvisionnement nécessaire, ou
approvisionnement urgent.

Figure 51: Feuille Excel 1 du système de prévision et gestion des stocks : Base de données

104
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Figure 52: Feuille Excel 2 du système de prévision et gestion des stocks : Mouvements

Figure 53: Feuille Excel 3 du système de prévision et gestion des stocks: Situation
IV. Procédure de décontamination en cas de déversement de matière biologique
Objet : Cette procédure a pour objet préciser les mesures à appliquer en cas de
déversement ou de contamination d’une surface ou d’un local avec du matériel biologique
infectieux.

105
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Equipement/matériel : Afin de permettre un nettoyage/décontamination efficace lors

d’une utilisation régulière ou lors d’un incident, le laboratoire doit être en permanence équipé
du matériel suivant :
❖ Désinfectant liquide
❖ Papier absorbant
❖ Serpillière à usage unique
❖ Balais à serpillière
❖ Brosse et ramassoire (si possible autoclavable)
❖ Pincette
❖ Sac à autoclave
❖ Poubelle pour déchets tranchants
❖ Lunettes et/ou visières, gants, sur-chaussures jetables
❖ Masque à particule FFP3
❖ Blouse ou combinaison
Principes de base :
❖ Les blouses et survêtements visiblement souillés doivent être remplacés
immédiatement.
❖ Toujours porter deux paires de gants lors d’une décontamination.
❖ Ne jamais manipuler d’objets tranchants avec les mains, même gantées. Utiliser une
pincette ou une brosse et ramassoire.
❖ Tous les déchets produits lors de la décontamination sont à traiter comme des déchets
spéciaux.
❖ Les stocks de produit et le matériel nécessaire à la décontamination doivent être
reconstitués ou remis en état d’utilisation immédiatement après la fin de la procédure.
❖ Tout collaborateur est tenu de signaler chaque incident ou accident (même ceux qui
peuvent sembler sans gravité) à son supérieur hiérarchique et/ou au coordinateur
sécurité de son unité et de le déclarer à l’aide du formulaire annonce événement (Annexe
13)
Déversement de substances infectieuses dans un laboratoire
❖ Retirer les EPI dont la contamination est avérée ou présumée
❖ Aviser tout le personnel se trouvant à proximité qu’un déversement a eu lieu et quitter
la zone
❖ Aviser immédiatement le responsable du laboratoire ainsi que le service de la prévention
et de la sécurité

106
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

❖ Confiner le déversement en fermant la porte

❖ Laisser les aérosols se déposer pendant 30 minutes avant de pénétrer de nouveau dans
la zone
❖ Enfiler une EPI propre
❖ Couvrir le déversement avec du papier absorbant
❖ Humecter abondamment le papier absorbant avec le désinfectant adéquat. Appliquer le
désinfectant en commençant par l’extérieur vers l’intérieur.
❖ Respecter le temps de contact.
❖ Disposer le papier absorbant dans les déchets prévus à cet effet
❖ Nettoyer et désinfecter la zone du déversement. Retirer les gants et se laver les mains
❖ Consigner l’évènement dans le registre approprié(53)
Déversement sous hotte à flux laminaire (PSM II)
Lorsqu’un déversement mineur se produit à l’intérieur d’une PSM, le travailleur n’est
pas considéré comme contaminé, sauf s’il a été éclaboussé ou si les éclaboussures se sont
propagées à l’extérieur du PSM ; cependant, les gants et les manches peuvent être contaminés.
Dans ce cas, la couche externe de l’EPI est considérée comme possiblement contaminée et
devrait être retirée à la PSM.
❖ Retirer les gants et les éliminer à l’intérieur de l’ESB. Si deux paires de gants ont été
portées, se défaire de la paire la plus externe. Si les manches peuvent être contaminées,
le sarrau doit aussi être retiré
❖ Laisser le ventilateur de l’ESB en marche
❖ Laisser les aérosols déposer pendant au moins 30 minutes
❖ Suivre la procédure générale d’un déversement de substances infectieuses dans un
laboratoire
❖ Comme le déversement a lieu dans une ESB, de préférence ne pas utiliser de l’eau de
javel, même diluée, pour éviter les problèmes de corrosion. Si l’utilisation de celle-ci
s’avère nécessaire, il faut rincer l’ESB à plusieurs reprises pour s’assurer qu’il n’y a pas
de traces d’eau de javel résiduelle.
❖ Décontaminer, par stérilisation ou désinfection, les instruments pouvant avoir été
contaminés.(54)
V. Procédure de biosécurité relative à l'urgence incendie
Il est essentiel qu’il y ait une collaboration étroite entre les délégués à la sécurité et les
responsables locaux de la sécurité incendie.
Les causes les plus courantes d’incendie au laboratoire sont les suivantes : (55)

107
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

❖ La surcharge électrique
❖ Le mauvais entretien du circuit électrique
❖ La longueur excessive des rallonges électriques
❖ Les appareils laissés allumés inutilement
❖ Les flammes nues
❖ Des négligences dans la manipulation et l’entreposage des produits inflammables ou
explosifs
❖ Une ventilation mal adaptée ou insuffisante.
Le matériel de lutte anti-incendie doit être placé à proximité des portes des salles et en
divers points stratégiques des couloirs. Ce matériel peut consister en tuyaux souples, seaux (à
eau ou à sable) et extincteurs. Les extincteurs doivent être régulièrement vérifiés et entretenus.
Les divers types d’extincteurs et leur usage sont indiqués dans le tableau 25.
Tableau 24 : Les divers types d’extincteurs et leur usage
(56)

Type A utiliser sur A ne pas utiliser sur

Eau Papier, bois, tissu Feux d’origine électrique,
liquides inflammables,
métaux incandescents
Dioxyde de carbone (CO2) Liquide et gaz Métaux alcalins, papier
inflammables, feux
Gaz extincteurs
d’origine électrique
Poudre Liquide et gaz Instrument et matériel
inflammables, métaux réutilisables car les résidus
alcalins, feux d’origine sont très difficiles à
électrique éliminer
Mousse Liquides inflammables Feux d’origine électrique

Recommandations supplémentaires : (54)

❖ Tout incendie doit être signalé immédiatement à la division de Sécurité et prévention
❖ Il ne faut jamais remettre en place un extincteur qui a été partiellement vidé de son
contenu.
❖ Dans le cas d’un incendie d’origine métallique (avec du sodium ou magnésium par
exemple), il faut absolument éviter d’utiliser de l’eau. En l’absence d’un extincteur
approprié, il est recommandé d’utiliser du sable sec ou un autre matériau non
combustible.

108
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

❖ Il est important de diriger la poudre vers la base du feu et de se tenir le plus éloigné
possible (3 à 4 m pour un extincteur à poudre ou de 1 à 1.5 m pour les extincteurs à
CO2), tout en gardant une porte de sortie dans son dos.

❖ Les extincteurs se vident en une dizaine de secondes, ce qui est suffisant pour éteindre
le feu (en l’absence de résultat après 5 secondes, ou en présence d’un trop gros feu, il
faut évacuer).
VI. Procédure pour enregistrer les plaintes
Objet : Cette procédure a pour objet de décrire la méthodologie pour enregistrer les
plaintes.
Réception de la plainte La personne qui reçoit la plainte permet au plaignant d’en
exposer la nature, fournit les renseignements ou documents requis si nécessaire, dirige la
personne vers le bon interlocuteur et s’assure du bien-fondé de la plainte auprès des personnes
concernées. Un plaignant peut formuler sa plainte verbale ou par écrit.
Enregistrement : Pour toute plainte reçue, la directrice ouvre un dossier en utilisant le
formulaire d’enregistrement et de suivi d’une plainte (Annexe 11) pour recueillir les
renseignements pertinents.(57) Toutes des plaintes et réclamations reçues sont enregistrées dans
le tableau de gestion des anomalies et actions de progrès par la Direction.
Traitement : La directrice, ou la personne qui la remplace, traite toute plainte avec
diligence et en assure le suivi à travers :(57)
❖ La détermination de la cause racine ayant entrainée la plainte rencontrée
❖ La mise en place d’actions curatives et préventives
Archivage : Les plaintes et réclamations sans suite sont archivées dans un classeur et
conservées pendant 3 ans et celles qui ont donné lieu à un traitement sont conservées dans un
classeur pendant 10 ans. (57)
[Link]édure pour la maintenance de « QuantGene 9600 BIOER »
Nettoyage régulier
Afin d'assurer le fonctionnement normal et l'utilisation de test de l'instrument, il est
suggéré de nettoyer régulièrement l'instrument.
❖ Nettoyez les taches à la surface externe de l’instrument avec un chiffon doux et non
pelucheux, si nécessaire, trempé dans de l'alcool, de l'eau distillée et une pâte de
nettoyage.
❖ Evitez de rayer la surface de la baie du module* car les rayures de cette surface altèrent
la précision du contrôle thermique.

109
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

❖ Fermez à temps le tiroir de l’instrument après l'utilisation pour éviter l'accumulation de

poussière.
❖ Nettoyez les trous du module* à l’aide des cotons tiges à l'abri de la poussière et
trempez-les dans une petite quantité d'éthanol anhydre médical à 95 % ou d'eau distillée
si nécessaire.
❖ Nettoyez les éclaboussures au niveau des trous du module* immédiatement afin d’éviter
qu’elles ne sèchent ; pour cela :
o Utilisez des pipettes en plastique jetables contenant de l’eau et 95% d’éthanol
ou une dilution d’eau de javel dans l’eau à 1:100.
o Rincez toujours les puits à l’eau plusieurs fois pour éliminer toutes les traces des
réactifs de nettoyage.
o Eliminez la poussière au niveau des évents de refroidissement à l’aide d’une
brosse à poils doux ou d’un chiffon humide.
o Eliminez la poussière excessive incrustée profondément dans les orifices de
ventilation à l’aide d’un aspirateur.
o Pour éliminer les débris qui adhérent aux évents, utilisez un chiffon doux non
pelucheux et de l’eau tout en évitant de rayer la surface, le cas échéant, utilisez
une solution contenant du savon doux et rincez parfaitement tous les résidus.
Attention
❖ Lors du nettoyage de l'instrument, l'alimentation doit être coupée.
❖ La surface de l'instrument ne doit pas être nettoyée avec des produits de nettoyage
corrosifs comme l’eau de javel concentré, l’ammoniac, le savon fort ou les solutions de
nettoyage abrasives.
❖ L’utilisation d’huile dans les puits n’est pas recommandée : si de l’huile est employée,
vous devez nettoyer les puits très soigneusement et souvent, éliminez l’huile lorsqu’elle
est décolorée ou contient des saletés. Pour la nettoyer, utilisez une solution contenant
95 % d’éthanol. Ne laissez pas l’huile s’accumuler dans le bloc.
❖ Ne chauffez jamais le bloc après avoir ajouté une solution nettoyante, pour ne pas
endommager le bloc, le module* de réaction et la base du thermocycleur.
❖ En cas de doute, veuillez consulter le fabricant ou son agent.
Analyse et dépannage
Tableau 25: Les problèmes, les causes et les conduites à tenir lors l’utilisation de
l’amplificateur QuantGene 9600 BIOER
(58)

110
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

Problème Cause Conduite à tenir

L’interrupteur d’alimentation Le « RUN SWITCH » Appuyez sur « RUN
derrière l'instrument a été mis- devant l’instrument n'est pas SWITCH ».
en « ON », mais l'instrument enfoncé.
ne s’allume pas.
Le menu des paramètres du Les paramètres du système Les utilisateurs n'ont pas
système montre que le sont utilisés pour besoin d'utiliser cette
« PASSWORD » doit être l'étalonnage interne de fonctionnalité.
saisi. l’instrument par le fabricant Pour l’étalonnage, veuillez
et pour y accéder il faut contacter le personnel de
saisir un mot de passe service du fabricant.
spécial.
La vitesse d’augmentation et Les évents sont bloqués. Retirez les obstructions des
de diminution de la évents.
température du module* Le connecteur est desserré. Contactez le fournisseur ou
ralentit ou le contrôle La pièce de réfrigération est le fabricant.
température est inexact. endommagée.
Le ventilateur est
endommagé ou ne
fonctionne pas.
Le capteur de température
est endommagé.
Les modules* ne sont ni La présence d’un défaut Contactez le fournisseur ou
chauffés ni refroidis. interne de l’instrument. le fabricant.
La pièce de réfrigération est
endommagée.
Les courbes de température et Le « RUN program » a été Après l’antivirus, réinstallez
de fluorescence. infecté par un virus et le le logiciel.
Exception : ligne droite processeur de l’ordinateur
était très occupé.
Le « Hot Cover » ne chauffe Le fusible thermique est Contactez le fournisseur ou
pas. endommagé. le fabricant.
Le connecteur est desserré.
L’élément chauffant du
« Hot Cover » est
endommagé.
Le capteur de température
dans le « Hot Cover » est
endommagé.

La valeur de fluorescence de La contamination des trous Dépollution.

chaque trou a augmenté ou le du module*.

111
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Résultats et Discussion

« background » était très Les paramètres du Chaque instrument doit

large sans placer les « Baseline Module » sont correspondre au
microtubes dans les trous du mal utilisés. « BaselineFile ».
module. Après une utilisation à long
terme, l’élément optique est
décalé, veuillez alors
contacter le fabricant pour
recalibrer le
« background ».
L’évaporation du réactif. Problèmes de qualité du Sélectionnez des
tube. consommables appropriés
Le manque d’étanchéité des avec de meilleurs
tubes. performances d’étanchéité.
Le couvercle ou le film du
tube n’est pas
correct, ou pas approprié.
La diaphonie des signaux Il y a objectivement des Il peut être mesuré par la
entre canaux. interférences entre les fonction « Crosstalk
signaux des « Dye » dans Measurement Coefficient »
les différents canaux. dans le logiciel et les
paramètres de calibration
peuvent être enregistrés pour
la correction.
Les valeurs anormales de La forte irradiation externe Eteignez la source de lumière
fluorescence. de lumière. externe.
Le système photovoltaïque Contactez le fournisseur ou
est endommagé. le fabricant.

*module = la partie métallique de l’instrument contenant des trous (des puits).

Attention
❖ Durant la période de garantie, il est interdit aux utilisateurs d’ouvrir la coque de
l’instrument pour une auto-inspection.
❖ S’il y a un défaut dans le tableau ci-dessus qui nécessite que la coque de l’instrument
soit ouverte pour l’inspection, veillez contacter le fournisseur ou le fabricant.

112
Conclusion générale
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Conclusion Générale

Les laboratoires de biologie moléculaire sont des environnements complexes et

dynamiques dont les dirigeants doivent être capables de s’adapter rapidement aux exigences et
contraintes sans cesse croissantes de la santé publique et ainsi repenser leurs priorités pour faire
face à la menace que représente la réapparition de certaines maladies infectieuses ou
l’émergence de pathologies nouvelles comme c’était le cas de la pandémie de la Covid-19.

En effet, l’activité de ces laboratoires peut être la source de nombreux risques

professionnels d’où la nécessité du suivi des réglementations précises tant pour la qualité des
analyses que pour la santé et la sécurité du personnel. L’évaluation de ces risques permet de
prendre des mesures pour les limiter, voire les supprimer, agissant sur les pratiques opératoires
et également sur la conception des postes et des locaux de travail.

Nous avons essayé dans ce projet de mettre en pratique les connaissances acquises
durant nos études universitaires pour réaliser une étude de conformité du centre de dépistage
COVID-19 du Laboratoire Pasteur Settat, aux normes nationales et internationales notamment
en ce qui concerne l’hygiène, la sécurité et le contrôle de qualité et tout autre facteur pouvant
avoir un impact sur ces trois volets.

D’après cette étude, nous avons constaté que le centre de dépistage COVID-19 du
Laboratoire Pasteur Settat est conforme à 86% aux normes internationales, et à 100% aux
exigences du ministère de la santé marocain. Et pourtant, un modèle de système de gestion de
la qualité englobant le système dans son ensemble reste primordial à mettre en place afin
d’assurer un bon fonctionnement durable du laboratoire et d’atteindre le plus haut niveau
d’exactitude et de fiabilité, comme il est essentiel d’exécuter tous les processus et les procédures
proposées de la meilleure façon possible.

114
.

Références Bibliographiques
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Références Bibliographiques

1. Berche P. Histoire de la biologie moléculaire. feuillets de Biologie. 2016;11.

2. Lamoril J, Bogard M, Ameziane N, Deybach J-C, Bouizegarène P. Biologie moléculaire

et microbiologie clinique en 2007. Immuno-analyse & Biologie Spécialisée. févr
2007;22(1):5‑18.

3. Institut national d’excellence en santé et en services sociaux (Québec), Institut national

d’excellence en santé et en services sociaux (Québec), Direction de l’évaluation des
médicaments et des technologies à des fins de remboursement. CODIV-19 et détection
moléculaire du SARS-CoV-2 chez les individus asymptomatiques [Internet]. 2020 [cité 13
juin 2021]. Disponible sur: [Link]

4. Webinaire sur l&#39;installation de base d&#39;un laboratoire de diagnostic

mol&#233;culaire pour la d&#233;tection de COVID-19 [Internet]. [cité 13 juin 2021].
Disponible sur:
[Link]

5. Laboratory Quality Stepwise Implementation tool [Internet]. [cité 25 mai 2021]. Disponible
sur: [Link]
%C3%A0-emp%C3%AAcher-lacc%C3%A8s-du-laboratoire-aux-personnes-non-
autoris%C3%A9es

6. handbook_fr.pdf [Internet]. [cité 22 mai 2021]. Disponible sur:

[Link]

7. Indice de rÈvision [Internet]. [cité 18 mai 2021]. Disponible sur: [Link]

[Link]/professionel/GBEA/[Link]

8. [Link]
[Internet]. [cité 22 juin 2021]. Disponible sur: [Link]
[Link]/site/wp-content/uploads/OPP-ERA-Laboratoire-Mise-en-place-Extrait-
[Link]

9. [Link] [Internet]. [cité 13 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]
[Link]?sequence=5&isAllowed=y

10. [Link] [Internet]. [cité 25 mai 2021]. Disponible sur:

[Link]

11. HSE_AAOURIDA.pdf [Internet]. [cité 13 juin 2021]. Disponible sur: [Link]

[Link]/images/coursenligne/HSE_AAOURIDA.pdf

12. Définition du concept de sécurité [Internet]. INSPQ. [cité 24 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]
collaborateur-oms-pour-la-promotion-de-la-securite-et-la-prevention-des-
traumatismes/definition-du-concept-de-securite

13. Prévention des risques infectieux dans les laboratoires d’analyse de biologie médicale -
2007. :121.

116
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Références Bibliographiques

14. Liang M, Gao L, Cheng C, Zhou Q, Uy JP, Heiner K, et al. Efficacy of face mask in
preventing respiratory virus transmission: A systematic review and meta-analysis. Travel
Med Infect Dis. 2020;36:101751.

15. Gauthier P, Montpellier C-I. Organisation et fonctionnement d’un laboratoire de biologie

moléculaire. :20.

16. Delattre C, Michel J, Gallorini L. Le risque biologique dans les laboratoires d’analyses
médicales. :51.

17. [Link] [Internet]. [cité 13 juin

2021]. Disponible sur: [Link]
/media/projects/ansell/website/pdf/covid/9650-covid-19-and-ppe-guidelines-for-
laboratory-
[Link]?la=fr&rev=64faf3ad1eb9441a83707312bc4d166d&hash=056C029C4C
EA6E3554ABB1E6BD7B9EFE

18. Ac E. Port d’interface série RS 232. :8.

19. Postes de sécurité microbiologique. Postes de sécurité cytotoxique. Choix et utilisation -

Article de revue - INRS [Internet]. [cité 27 mai 2021]. Disponible sur:
[Link]

20. [Link] [Internet]. [cité 13 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]
[Link]?ua=1

21. Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF. The proximal origin of
SARS-CoV-2. Nature Medicine. avr 2020;26(4):450‑2.

22. COVID-19 [feminine [Internet]. [cité 26 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]

23. Callaway E. China coronavirus: labs worldwide scramble to analyse live samples. Nature.
31 janv 2020;578(7793):16‑16.

24. Zhao Y, Cui C, Zhang K, Liu J, Xu J, Nisenbaum E, et al. COVID19: A Systematic

Approach to Early Identification and Healthcare Worker Protection. Front Public Health
[Internet]. 2020 [cité 13 juin 2021];8. Disponible sur:
[Link]

25. Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1 | NEJM
[Internet]. [cité 27 mai 2021]. Disponible sur:
[Link]

26. Appui-des-laboratoires-de-renfort-francais-au-COVID_230420.pdf [Internet]. [cité 20 juin

2021]. Disponible sur: [Link]
content/uploads/2020/04/Appui-des-laboratoires-de-renfort-francais-au-
COVID_230420.pdf

117
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Références Bibliographiques

27. Kampf G, Todt D, Pfaender S, Steinmann E. Persistence of coronaviruses on inanimate

surfaces and their inactivation with biocidal agents. Journal of Hospital Infection. 1 mars
2020;104(3):246‑51.

28. Coronavirus: biological agents directive updated to better protect the health and safety of
workers [Internet]. [cité 27 mai 2021]. Disponible sur:
[Link]
es

29. fcoppens. Lignes directrices de sécurité biologique pour le diagnostic et la recherche

concernant le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) [Internet]. Belgian Biosafety Server.
2020 [cité 18 mai 2021]. Disponible sur: [Link]
2

30. Principes du contrôle - Bivi - Qualite [Internet]. [cité 13 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]

31. Certification et accréditation : quelles différences ? | COFRAC - Comité français

d’accréditation [Internet]. [cité 27 juin 2021]. Disponible sur: [Link]
ce-que-laccreditation/certification-et-accreditation-quelles-differences/

32. Figure 5. Schematic diagrams of SYBR Green I and TaqMan assays during... [Internet].
ResearchGate. [cité 27 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]
assays-during-PCR-procedures-of_fig5_339117210

33. [Link] [Internet]. [cité 27 juin 2021]. Disponible

sur: [Link]

34. [Link] [Internet]. [cité 18 mai

2021]. Disponible sur: [Link]
content/uploads/2020/10/ReportQualityAssuranceCOVID2019-Fr-2020-07-15-
[Link]?x95188

35. Quality control for SARS-CoV-2 testing [Internet]. Medical Laboratory Observer. 2020
[cité 22 mai 2021]. Disponible sur: [Link]
qc/article/21146852/quality-control-for-sarscov2-testing

36. OMS | Système de gestion de la qualité au laboratoire - Outil de formation [Internet]. WHO.
World Health Organization; [cité 18 mai 2021]. Disponible sur:
[Link]

37. 4_b_content_purchasing_inventory_fr.pdf [Internet]. [cité 19 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]
[Link]

38. [Link]
[Internet]. [cité 19 juin 2021]. Disponible sur: [Link]
[Link]/site/wp-content/uploads/OPP-ERA-Approvisionnement-Gestion-Des-
[Link]

118
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Références Bibliographiques

39. LQMS 16-3 18-6 Quality manual_1.pdf [Internet]. [cité 20 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]
6%20Quality%20manual_1.pdf

40. Conditions de prélévement et critères de recevabilité [Internet]. LRAM. [cité 24 juin 2021].
Disponible sur: [Link]
criteres-de-recevabilite/

41. Marketing R. Virus transport and preservation medium: BIOCOMMA [Internet]. Real
Laboratory. 2021 [cité 27 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]
biocomma/

42. Geller C, Varbanov M, Duval R. Human Coronaviruses: Insights into Environmental

Resistance and Its Influence on the Development of New Antiseptic Strategies. Viruses
[Internet]. 12 nov 2012 [cité 23 juin 2021];4(11):3044‑68. Disponible sur:
[Link]

43. ModuleIII_Emballage_FR.pdf [Internet]. [cité 23 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]

44. CEIFMR_45__COVID_19_Plus_RealAmp_Kit_Quick_protocol.pdf [Internet]. [cité 27

juin 2021]. Disponible sur: [Link]
19/genefinder-covid-19-plus-realamp-
sada/CEIFMR_45__COVID_19_Plus_RealAmp_Kit_Quick_protocol.pdf

45. [Link] [Internet]. [cité 23 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]

46. [Link] [Internet]. [cité 27 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]

47. s.r.o VA. GeneProof [Internet]. [cité 27 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]

48. liste des laboratoires d essais analyses etalonnages [Link] [Internet]. [cité 27 juin
2021]. Disponible sur:
[Link]
s%20analyses%20etalonnages%[Link]

49. covid19_diagnosticproducts_list_en.pdf [Internet]. [cité 27 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]

50. signagen. What Is ROX And Why Use It In qPCR? – SignaGen Blog [Internet]. [cité 23
juin 2021]. Disponible sur: [Link]
use-it-in-qpcr/

51. Démarche d’optimisation des processus opérationnels dans l’industrie [Internet]. [cité
20 juin 2021]. Disponible sur: [Link]
qualite/public/publications/qualite_et_management/MQ_M2/2012-
2013/MIM_stages/opatchi/[Link]

119
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Références Bibliographiques

52. Lazrak A. Amélioration des processus de prévision et de gestion des stocks dans le cas
d’une chaîne logistique des pièces de rechange. :185.

53. Guide de sécurité en laboratoire; :50.

54. Manuel_Sante_Securite_en_laboratoire.pdf [Internet]. [cité 21 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]
himique/Manuel_Sante_Securite_en_laboratoire.pdf

55. Weltgesundheitsorganisation, éditeur. Manuel de sécurité biologique en laboratoire. 3. ed.

Genève; 2005. 219 p.

56. Weltgesundheitsorganisation - 2005 - Manuel de sécurité biologique en [Link]

[Internet]. [cité 21 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]

57. [Link] [Internet]. [cité 21 juin 2021].

Disponible sur: [Link]
[Link]

58. [Link] [Internet]. [cité 27 juin 2021]. Disponible sur:

[Link]
eName=865083_MEen.pdf&newFileName=Fiche_technique_-
_Thermocycleur_temps_r%C3%A9el_QuantGene_9600_-_865083_-
_Mode_d%[Link]

59. Conduite à tenir en cas d’accident avec exposition au sang (AES) - Affiche - INRS
[Internet]. [cité 20 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]

60. Formulaire d’annonce d’événement en ligne [Internet]. [cité 21 juin 2021]. Disponible sur:
[Link]
sante-au-travail-et-aux-etudes/annonce-et-procedure-en-cas-devenement/formulaire
[Link]

120
Webographie
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane webographie

[Link]
[Link]
au-travail-et-aux-etudes/annonce-et-procedure-en-cas-devenement/formulaire
[Link]
[Link]
2013/MIM_stages/opatchi/[Link]
[Link]
collaborateur-oms-pour-la-promotion-de-la-securite-et-la-prevention-des-
traumatismes/definition-du-concept-de-securite

122
Annexes
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Annexe 1 : Schémas récapitulatifs des principales caractéristiques des gants latex, vinyle, nitrile

124
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Annexe 2 : Classes de risque des agents biologiques selon la norme AFNOR NF X 42-040

Classe Pour le Le risque pour Traitement et Définition (norme NF X 42-040) et

de manipulateur l’environnement prophylaxie exemples inclus dans la norme ou issus de
risque ou la communauté la littérature
1 Pas de risque Pas de risque Traitement et Micro-organismes non pathogènes, ne
prophylaxie pouvant pas entrainer de maladie chez
inutile l’homme.

2 Risque Risque faible Traitement et Micro-organismes pathogènes par

modéré prophylaxie inoculation, injection, voie cutanée,
efficace ingestion et voie respiratoire.
3 Risque grave Risque modéré Traitement et Micro-organismes pathogènes à haut risque
prophylaxie ne devant être manipulés que par des
existant. personnes spécialement formées et vaccinées
(si le vaccin existe).
4 Risque très Risque Grave Pas de Micro-organismes pathogènes, pouvant
élevé traitement de provoquer une maladie très grave chez
prophylaxie l’homme.
Groupe Peu de risque Risque très grave - Ce groupe contient des micro-organismes
E qui représentent une menace plus importante
pour l’environnement que pour l’Homme.

Annexe 3 : techniques de pipetage en fonction de la nature du liquide

Technique de pipetage direct pour les liquides peu visqueux et non moussants

1) Préparation : Maintenir la pipette automatique verticalement (augmente la justesse du

pipetage), appuyer doucement sur le bouton-poussoir jusqu'à la première butée (position B).
2) Aspiration : Immerger le cône de 1 à 5 mm maximum dans le liquide à prélever
(augmente la justesse du pipetage), relâcher lentement le bouton-poussoir sans à-coup jusqu'à
la position de repos (position A) (cela permet d'éviter une remontée de liquide dans l'embout

125
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

porte cône) et attendre 1 seconde de sorte que la totalité du liquide puisse remonter dans le cône.
Retirer le cône du liquide et vérifier qu'aucune gouttelette ne reste accrochée à l'extérieur de la
pointe, dans le cas contraire appuyer l'extrémité du cône sur la paroi du récipient (augmente la
justesse du pipetage).
3) Distribution : Positionner la pointe du cône contre la paroi du récipient en inclinant
légèrement la pipette automatique de 10 à 45° par rapport à la paroi du tube récepteur. Appuyer
doucement et sans à-coup sur le bouton-poussoir jusqu'à la première butée (position B).
4) Purge : Appuyer ensuite sur le bouton-poussoir jusqu'à la deuxième butée (position C)
pour chasser le liquide résiduel du cône. Retirer la pipette automatique en faisant glisser
l'extrémité du cône le long de la paroi du tube.
5) Repos : Retirer le cône du liquide puis relâcher le bouton-poussoir jusqu'à la position
de repos (position A). Ejecter le cône.
Technique de pipetage inversé pour les liquides visqueux et/ou moussants (glycérol,
triton, tween 20, etc.)

1) Préparation : Maintenir la pipette automatique verticalement (augmente la justesse du

pipetage), appuyer doucement sur le bouton-poussoir jusqu'à la deuxième butée (position C).
2) Aspiration : Immerger le cône de 1 à 5 mm maximum dans le liquide à prélever
(augmente la justesse du pipetage), relâcher lentement le bouton-poussoir sans à-coup jusqu'à
la position de repos (position A) (cela permet d'éviter une remontée de liquide dans l'embout
porte-cône) et attendre 1 seconde de sorte que la totalité du liquide puisse remonter dans le
cône. Retirer le cône du liquide et vérifier qu'aucune gouttelette ne reste accrochée à l'extérieur

126
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

de la pointe, dans le cas contraire appuyer l'extrémité du cône sur la paroi du récipient
(augmente la justesse du pipetage).
3) Distribution : Positionner la pointe du cône contre la paroi du récipient en inclinant
légèrement la pipette automatique de 10 à 45° par rapport à la paroi du tube récepteur. Appuyer
doucement et sans à-coup sur le bouton-poussoir jusqu'à la première butée (position B).
Attendre 1 seconde.
4) Ré-aspiration : Si le cône doit être réutilisé pour une nouvelle aspiration du même
liquide, maintenir le bouton-poussoir dans la même position intermédiaire (position B) et
recommencer à partir de l'étape 2.
5) Purge complète : Si le cône ne doit pas être réutilisé, appuyer le bouton-poussoir jusqu'à
la deuxième butée (position C) au-dessus du récipient pour déchets. Ejecter le cône.
Annexe 4 : Fiche de traçabilité de salle d’extraction

Nom/Prénom/Réf ID Remarque

XXXX XXXXX 1 RAS

… … …

Annexe 5 : Fiche de traçabilité de salle d’amplification

Nom/Prénom Id Gènes Dye Ct Remarque

XXX XXXX 1 RdRp FAM RAS

N VIX
E ROX
IC Cy5
… ... … … … …

Annexe 6 : Liste Word résultat PCR

Nom/Prénom Référence Résultat

XXX XXXX Yyyyyy Négatif, positif ou douteux

… ... …

Annexe 7: Fiches des salles techniques du centre de dépistage COVID-19 du Laboratoire

Pasteur Settat
SAS
Check liste salle SAS
❖ Gants en Nitrile bleu-mauve sans poudre (taille medium + large)

127
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

❖ SHA
❖ Surblouse à manches longues à usage unique
❖ Combinaison jetable
❖ Lunettes de projection
❖ Charlotte jetable
❖ Surchaussure jetable
❖ Masque à visière
❖ Masque chirurgical + Masque FFP2
Remarques :
❖ Tous les matériaux utilisés dans une zone doivent rester dans cette zone et ne doivent
pas être déplacés ou utilisés dans d’autres zones.
❖ Le matériel à usage unique utilisé doit être de bonne qualité pour réduire la
contamination et la dégradation des acides nucléiques.
Ménage au laboratoire
Cette procédure présente la méthodologie du nettoyage et du rangement du laboratoire.
Cette tâche est dévolue à l’agent en charge de l’hygiène et propreté sous la supervision d’un
technicien désigné par le Biologiste. En fin de journée, les techniciens procèdent à un pré
rangement et mise en ordre du laboratoire consistant au fait de :
❖ Remettre tous les réactifs et consommables à leurs places respectives
❖ Vider les poubelles de chaque paillasse
❖ Arrêter les machines non nécessaires
❖ Désinfecter les paillasses (Eau de javel diluée au 1/10)
❖ Enlever les éventuelles toiles d’araignées
❖ Vider les poubelles dans le grand bac de collecte
❖ Dépoussiérer les meubles et passer le liquide de brillance
❖ Nettoyer le lavabo à l’eau de javel + savon liquide
❖ Nettoyer le miroir des portes
❖ Nettoyer le sol
❖ Nettoyer les vitrines, les portes et les fenêtres du laboratoire.

Procédure habillage / déshabillage

Habillage à l’extérieur
1. Réaliser une hygiène des mains avec un produit hydro-alcoolique pendant 30 secondes
2. Porter une surblouse à manches longues à usage unique

128
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3. Porter un masque et vérifier son étanchéité

4. Porter une première paire de gants de protection
5. Porter les lunettes de protection (ou masque à visière)
6. Porter une charlotte jetable
7. Porter la deuxième paire de gants à manchette longue
8. Porter les surchaussures
9. Entrer dans la salle d’extraction.
Déshabillage 1 : à l’intérieur
1. Avant de sortir de la salle d’extraction enlever les surchaussures en les enroulant
2. Retirer les gants en les retournant
3. Réaliser une hygiène des mains
4. Jeter la surblouse (l’enlever par les épaules et la plier vers l’intérieur)
5. Réaliser une hygiène des mains.
Déshabillage 2 : à l’extérieur
1. Retirer les lunettes à partir des branches et les désinfecter avec une lingette imbibée de
détergent-désinfectant virucide
2. Retirer la charlotte de l’avant vers l’arrière
3. Retirer le masque
4. Réaliser une hygiène des mains avec un produit hydro-alcoolique pendant 30 secondes
5. Réaliser une désinfection des surfaces touchées (poignée de porte, tubes, matériel…)
avec une lingette imprégnée de détergent-désinfectant
6. Réaliser une hygiène des mains.

Plum Eye Wash 0.9 % Sodium Chloride

Domaine d’application
Le lave-œil de Plum est une solution stérile de chlorure de sodium pour un premier-soin
oculaire optimal en cas de projection d’impuretés, de poussières, de copeaux de bois, de limaille
de fer ou de produits chimiques comme les huiles et les solvants dans les yeux, sachant que le

129
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

rinçage immédiat permet d’éviter que ces corps étrangers provoquent des lésions oculaires
graves.
En cas de brulure chimique causée par des acides ou des bases, il est recommandé d’utiliser
une solution de rinçage stérile ‘pH Neutral’ contenant un tampon phosphate de 4.9 % qui a un
effet neutralisant. Après avoir utilisé la solution ‘pH Neutral’, il est recommandé de continuer
le rinçage avec le lave-œil Plum qui contient une solution de chlorure de sodium à 0.9 %,
jusqu’à l’arrivée du médecin.
Remarque : il faut contacter un médecin quelle que soit la lésion oculaire.
Consignes de manipulation
❖ Le produit est à usage unique.
❖ Il ne faut pas l’utiliser après la date d’expiration (voir l’étiquette).
❖ L’opercule du flacon doit être intact pour garantir un rinçage sécurisé.
❖ Une fois l’opercule cassé, il existe un risque d’infection en cas de réutilisation.

Comment utiliser le flacon ?

1 2 3 4
1. Prendre le flacon de la station
2. Dévisser l’œillère jusqu’à casser l’opercule
3. Pencher la tête en arrière puis rincer
4. ou Pencher la tête en avant pour éviter de mouiller ses habits
Salle de préparation du mix
Check liste salle de préparation du mix
❖ Cônes de micropipettes à filtre (20µL, 1000µL, 10µL, 200µL) avec filtres stérilisées
sans RNases/DNases sur rack de 96 pointes avec couvercle
❖ Micropipette 100-1000µL réglable (Orilab)
❖ Micropipette 20-200µL réglable (Pipette4u pro)
❖ Micropipette 10µL fixe (Human)
❖ Micropipette 5-50µL réglable
❖ Micropipette 5µL fixe (Accumax)
❖ Support rigide coloris en jaune pour 96 microtubes de 0.2 mL avec couvercle
autoclavable

130
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

❖ COVID-19 Plus Reaction Mixture (GeneFinder COVID-19 Plus Real Amp Kit)
❖ COVID-19 Plus Probe Mixture (GeneFinder COVID-19 Plus Real Amp Kit)
❖ SHA
❖ Pissette en plastique 250 mL (l’eau de javel dilué au 1/10)
❖ Conteneur de déchets rectangulaire 40 litres avec sachets « biohazard »
❖ Collecteur de déchets 1 et 4 litres avec sachets
❖ Gants en Nitrile bleu-mauve sans poudre (taille medium)
❖ Hotte avec plan de travail en verre et lampe UV
❖ Portoir de tubes noir (50 tubes)
❖ Eppendorf 2 mL
❖ Barrettes de 8 tubes 0.2 mL
❖ Papier absorbant
❖ Marqueur
❖ Congélateur
❖ Deux chaises
GeneFinderTM COVID 19 Plus Kit
Le kit GeneFinder est un système de réactifs basé sur la technologie de PCR en temps réel
pour détecter qualitativement le COVID 19 à partir d’ARN extrait d’échantillons respiratoires.
1-Contenu du kit
Réactif Couleur Caractéristiques Quantité Stockage Référence
de
bouchon
COVID-19 Violet 1050 µL/flacon 1 flacon -20°C IFMR-45
Plus Reaction
Mixture
COVID-19 Marron 550 µL/flacon 1 flacon -20°C IFMR-45
Plus Probe
Mixture
COVID-19 Rouge 50 µL/flacon 1 flacon -20°C IFMR-45
Plus Positive
Control
COVID-19 Vert 50 µL/flacon 1 flacon -20°C IFMR-45
Plus Negative
control

2-Description du produit
1) COVID-19 PLUS reaction mixture
Contient des réactifs et des enzymes pour la transcription inverse et l’amplification.
2) COVID-19 PLUS probe mixture

131
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Solution tampon avec des amorces et des sondes spécifiques qui se conjuguent avec
des acides nucléiques du virus SARS-COV 2 et au contrôle interne.
3) COVID-19 PLUS contrôle positif
Le contrôle positif détermine la présence d’erreur/de contamination pendant le test.
Il faut également prendre soin d’éviter la contamination croisée avec d’autres
échantillons lors de l’ajout de contrôle.
4) COVID-19 PLUS Contrôle négatif
Pour confirmer l’absence de contamination, une réaction de contrôle négatif doit
être incluse à chaque analyse car elle indique que les réactifs n’ont pas été
contaminés.
3-Stockage, manipulation et stabilité des réactifs
❖ Le kit GeneFinderTM COVID-19 est expédié à température ambiante
❖ Tous les composants du kit arrivent en solution
❖ Tous les composants du kit doivent être stockés à -20°C à l’arrivée et maintenus stables
jusqu’à la date de péremption indiquée sur l’étiquette.
❖ Le flacon Probe Mixture COVID-19 Plus doit être conservé à -20°C et dans l’obscurité
❖ Ne pas utiliser les composants du kit après la date d’expiration
❖ La congélation et la décongélation répétées peuvent conduire à des résultats invalides
❖ La conservation est +2°C et +8°C ne doit pas excéder une période de 2 heures.
4-Préparation du mélange
❖ Décongeler tous les composants de 15 à 25°C.
❖ Mélanger doucement et centrifuger le contenu à basse vitesse pendant 5 secondes.
a) préparation le master mixture GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp

Composants Volumes pour 1 réaction Volumes pour N

(µL) échantillons de patients
(µL)
COVID-19 Plus Reaction 10µL 10*(N+3)
Mixture
COVID-19 Plus Probe 5µL 5*(N+3)
Mixture
Total (COVID-19 Plus 15µL 15*(N+3)
Master Mixture)

Important : les contrôles (P+N) doivent être traités dans chaque passage pour garantir
des résultats fiables.
Remarques:

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AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

❖ Des résultats inexacts peuvent être obtenus si le kit est conservé à température ambiante
pendant une longue période.
❖ Tous les réactifs utilisés dans une zone doivent reste dans cette zone et ne doivent pas
être déplacés ou utilise dans d’autre zone.
❖ Si le kit est contaminé, il ne faut pas l’utiliser.

Salle d’amplification
Procédure d’utilisation du logiciel « QGene PCR 9660 »
❖ Allumer le PC en cliquant sur le bouton d’allumage de l’unité centrale et de l’écran
❖ Allumer l’instrument en cliquant sur l’interrupteur situé à l’arrière gauche
❖ A travers le bureau, double-cliquer sur PCR Gene 9660 pour ouvrir l’application
❖ L’affichage principal de l’application s’ouvre
❖ Une boite de message qui confirme que vous êtes connectés à l’instrument s’affiche
❖ En bas de l’écran vous trouvez l’icône suivant
❖ Cliquer sur (connect)
❖ L’icône jaune va se changer en vert
❖ L’instrument est prêt à être utilisé
❖ Cliquer une seule fois sur l’icône Gene Finder SARS (Cov 19) et après cliquez deux
fois sur Gene Finder Cov 19
❖ Cliquer dans le champ Experiment Name (Nom de l’expérience), introduire un nom
descriptif et facile à retenir pour l’expérience (Numéro de série + la date « exemple :
série 62 24032021 »
❖ Cliquer sur configuration (Sample)
❖ La fenêtre d’identification des échantillons va s’afficher
❖ Cliquer sur l’icône Batch add, entrer le N° 1 dans la zone (Start sample ID), entrer le
nombre de tests à lancer sur la zone (Sample count), puis cliquer sur Add et après cliquer
sur la zone (Sample ID) qui se trouve en haut de l’écran
❖ Saisir VN, appuyer sur la touche Entrée puis saisir CP et cliquer encore une fois sur la
touche Entrée
❖ Les informations saisies apparaissent dans l’espace de travail
❖ Cliquer sur la configuration (PLATE)
❖ L’écran de configuration de la plaque s’ouvre
❖ Sur l’écran de configuration de la plaque, sélectionner les positions des tests à lancer

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AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

❖ Dans la fenêtre (Detectors) qui se trouve en haut à gauche de l’écran, cocher les gènes
qui correspondent à chaque test (Rdrp, FAM/ N gene, VIC/ E gene, ROX/ IC, Cy5)
❖ Dans le champ (Concentration Unit) sélectionner (copies par ml)
❖ Sélectionner les tests à lancer et les contrôles, puis aller à l’icône (Sample Auto
Arrange), choisir (Vertical) et cliquer sur OK
❖ Dans l’écran Home (Accueil) cliquer sur Open/Close RACK qui se trouve en haut pour
ouvrir le tiroir de l’instrument
❖ Placer les microtubes verticalement dans le Bloc de l’instrument
❖ Appuyer à nouveau sur Open/Close RACK pour refermer le tiroir de l’instrument
❖ Cliquer sur l’icône Run puis cliquer sur Start Run pour démarrer la réaction de PCR de
cette expérience
❖ Un message s’affiche pour enregistrer l’expérience, appuyer sur Oui puis cliquer sur
enregistrer pour accepter le nom du fichier
❖ La fenêtre de confirmation va s’afficher, vérifier Heated lid et Liquid quantity, puis
cliquer sur le bouton OK
❖ Aller à l’écran tactile de l’instrument, cliquer sur l’icône PCR pour ouvrir l’application
PCR Gene 9660.
❖ La fenêtre (User account control) s’ouvre, cliquez sur Yes et puis sur Home qui se trouve
dans le coin supérieur gauche de l’écran de l’instrument
❖ Attendre 2h11min pour l’interprétation des résultats
❖ L’expérience est terminée, un avis sera affiché dans le coin inférieur gauche de l’écran
et de l’instrument. Cliquer sur Close
❖ Cliquer dans le champ Analysis, puis cliquer dans l’onglet Well Table (Tableau de
résultats) et cliquer sur Well
❖ Interpréter les résultats
❖ Cliquer sur l’onglet Open/Close RACK pour ouvrir le tiroir de l’instrument
❖ Les microtubes utilisés sont éjectés automatiquement dans le collecteur de déchets
❖ Appuyer à nouveau sur Open/Close RACK pour refermer le tiroir de l’instrument
❖ Sur l’écran de pc, cliquer sur Home, après cliquer sur le bouton X qui se trouve dans le
coin supérieur droit de l’écran pour quitter l’écran de logiciel
❖ Aller à l’écran tactile de l’instrument et cliquer sur Settings
❖ Dans le menu qui s’ouvre, cliquer sur Système Settings et cliquer sur EXIT pour quitter
❖ Dans le PC cliquer sur Démarrer, puis sur Marche/Arrêt et cliquer sur Arrêter

134
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

❖ Dans l’écran tactile de l’instrument, en bas gauche cliquer sur Démarrer et dans le menu
qui s’ouvre, cliquer sur le bouton Arrêter puis sélectionner Shut Down
❖ Eteindre l’instrument en cliquant sur l’interrupteur
❖ Eteindre l’écran du PC.
Interprétation des résultats

# Ct range Assay Result

RdRp N (VIC) E (ROX) IC (Cy5)
(FAM)
1 ≤40 ≤40 ≤40 ≤35 COVID-19
Positive
2 ≤40 ≤40 U. D ≤35 COVID-19
Positive
3 ≤40 U. D ≤40 ≤35 COVID-19
Positive
4 ≤40 U. D U. D ≤35 COVID-19
Positive
5 U. D ≤40 ≤40 ≤35 COVID-19
Positive
6 U. D ≤40 U. D ≤35 COVID-19
Positive
7 U. D U. D ≤40 ≤35 Beta
coronavirus
8 U. D U. D U. D ≤35 Negative
9 U. D U. D U. D U. D Invalid (re-test)
*UD: Undetermined (or Not applicable (N/A))
Salle d’extraction
Check liste salle d’extraction
❖ Micropipette 100-1000µL réglable (CAPP Brano) + Pointes à filtre avec filtres
stérilisées sans RNAases/DNases, Endotoxine 1000µL (pointes universelle bleue) sur
racks de 96 pointes.
❖ Micropipette 10µL fixe (Human) +Pointes de 10µL avec filtre stérilises sans
RNases/DNases, pyrogènes sur racks de 96 pointes.
❖ Plaque de 96 puits (Maga Bio plus virus DNA/RNA Purification Kit II 32 Tests)
❖ Protéinase K+ les échantillons nasopharyngés
❖ Poste de sécurité avec plan de travail inox
❖ Gants en Nitrile bleu-Mauve sans poudre (Taille Medium)
❖ Extracteur (Bioer) + Onduleur
❖ SHA +Pissette en plastique 250 mL (l’eau de javel dilué 1/10)
❖ Surfanios premium 5L (solution de couleur verte)

135
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

❖ Un couteau + Ciseaux + Marqueur+ stylo bleu

❖ Portoirs des réactifs noirs
❖ Savon liquide + l’eau de javel
❖ Papier hygiènique
❖ Collecteur de déchets 1 et 4 litres avec sachets
❖ Conteneurs à déchets rectangulaire 40 litres avec sachets biohazard
❖ Film adhésif + Plaque / feuille d’aluminium.
❖ Portoir orange en plastique pour tube de prélèvement.
❖ Portoir en plastique pour tube DIAM .18MM 40 postes.
❖ Agitateur+ Vortex
❖ Réfrigérateur /Congélateur.
❖ Un lavabo spécialement affecté au lavage des mains
❖ Un bureau + deux chaises.

GenePure Pro

Nucleic Acid Purification

System NPA-32P
Mise en route simplifiée pour utilisateur

I. ETEINDRE OU ALLUMER

136
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Pour éteindre ou allumer l’instrument, un interrupteur est situé à l’arrière droit de

l’instrument.

Au démarrage, l’appareil effectue une auto-vérification (self check), vérifiez que tous les
éléments de l’inventaire de l’appareil sont déchargés
II. PREPARARTION DE LA PLAQUE
BioFlux (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification KIT II)

Ajoutez 300µL d’échantillon et 10µL de la solution PK (Protéinase K) aux colonnes 1

et 7 de la plaque.
Placez la plaque sur l’instrument, installez les barrettes jetables à 8 embouts sur
l’instrument et exécutez le programme.
III. LANCEMENT DU PROGRAMME
A partir de l’écran principal cliquez sur l’icône Run pour accéder à l’interface de
navigation des fichiers (Programme Paramétré)

Choisissez le programme correspondant dans le menu instrument (Device) et cliquez sur Run.

137
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Le programme choisi s’affiche, cliquez sur Save/Run

Une fois de programme est lancé les températures de lyse et d’élution sont affichées en
haut de l’écran.
L’interface affiche les étapes en cours, y compris le temps d’attente, le temps de mélange,
le temps de liaison et le temps restant.
Sur le côté inférieur droit de l’interface s’affiche le nombre de colonnes en cours.
En cas d’urgence
1. Arrêtez l’expérience cliquez sur STOP
2. Pour suspendre l’expérience cliquez sur PAUSE
NB : En cours de la réaction la porte de l’appareil doit rester fermée.

138
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

A la fin de la réaction, déchargez la plaque et récupérez votre éluant dans les colonnes 5
et 11.
IV. MAINTENANCE JOURNALIERE
Avant de commencer, veillez vérifier que tous les éléments de l’inventaire de l’instrument
sont déchargés
A partir de l’écran principal cliquer sur UV/Lamp pour accéder à l’interface de réglage de
la lampe Ultraviolet.

Après avoir réglé l’heure de la lampe UV, cliquez sur OK pour passer à l’état défini de
l’heure de la lampe UV

Pour revenir à l’interface principale cliquer sur annuler (Close)

Gestion des déchets au laboratoire
Objet
Cette procédure présente les bonnes pratiques de collecte et stockage des différents déchets
produits dans le laboratoire en vue de leur traitement puis élimination dans des conditions qui
respectent la santé humaine et l’environnement.

139
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Il s’agit notamment des déchets biomédicaux (solides, liquides, piquants, coupants et

tranchants) et des déchets ménagers.
Intervenants
La bonne gestion des déchets de laboratoire devra être une priorité pour tout le personnel
afin de préserver leur bien-être ainsi que celui de toute autre personne fréquentant ce milieu.
❖ Les techniciens en fin de journée collectent les déchets de leurs différentes paillasses
et les jettent dans le conteneur approprié.
❖ Le coordinateur technique et le coordinateur de l’accueil et du prélèvement assurent
respectivement le suivi de la gestion des déchets dans la salle technique et la salle
de prélèvement.
❖ Les patients doivent jeter les déchets (emballages plastiques, mouchoirs…) dans les
poubelles au laboratoire et non par terre, et éviter de cracher par terre.
❖ La société ATHISA effectue son passage une fois par mois pour la collecte des
déchets biomédicaux.
Matériel de collecte des déchets
Le matériel pour la récolte et le stockage des déchets comprend :
❖ Les petites poubelles sur chaque paillasse
❖ Les conteneurs de déchets
❖ Les poubelles à l’accueil
Gestion des déchets ménagers
On entend par déchets ménagers, les déchets issus de l’usage des objets du quotidien tels
que : les restes des papiers, le papier absorbant, les flacons des réactifs, les coffrets vides, les
emballages plastiques des différents kits…
Tout au long de la journée de travail, ces déchets sont collectés dans les poubelles (bleus)
sous les différentes paillasses. En fin de journée, les techniciens vident ces poubelles dans les
conteneurs à déchets.
Gestion des déchets biomédicaux
❖ Stocker ces déchets dans les petites poubelles (BLEU) sur chaque paillasse.
❖ Récupérer le contenu de chaque poubelle en fin de journée, sceller hermétiquement
le bout du plastique puis le déposer dans un conteneur (NOIR)
❖ Faire descendre le conteneur, s’il est plein, dans la salle de stockage en attente de
collecte
❖ Bien refermer les conteneurs après usage

140
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

❖ Eviter de laisser les conteneurs remplis sur place. Le coordonnateur technique se

charge de contacter la société ATHISA pour procéder au ramassage. Si besoin, il
doit insister et rappeler ces agents de collecte jusqu’au ramassage effectif.
Préparation dilution d’eau de Javel
❖ Travailler dans un local bien ventilé, ou mieux, à l’extérieur à l’ombre mais à l’abri du
vent.
❖ Porter un équipement de protection individuelle (blouse, masque, écran facial et des
paires de gants)
❖ Préparer les solutions avec de l’eau clair, froide ou à température ambiante, dans des
bacs en plastique uniquement.
❖ Respecter les dilutions recommandées (un produit trop dilué est moins actif, un produit
trop concentré est irritant et corrosif).

Dose d’eau de Dose d’eau

Javel froide
0.25L 1L
0.5L 2L
1L 4L
1.5L 6L
2L 8L

❖ Utiliser un récipient en plastique ou verre propre et sec pour mesurer les doses du
produit.
❖ Remplir le récipient avec le volume d’eau requis puis ajouter le produit (et non
l’inverse), sans éclabousser.
❖ Bien mélanger à l’aide d’un bâton propre réservé à cet usage.
❖ Etiqueter les bacs : indiquer la concentration en chlore.

141
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Annexe 8 : modèle de fiche de paillasse des patients

142
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Annexe 9 : conduite à tenir en cas d’accident d’exposition au sang (59)

143
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Annexe 10 : Modèle du formulaire annonce événement (60)

Votre adresse électronique :

Département :
Événement : incident
Concerne :
Date de l’événement : jj/mm/aaaa
Heure de l’événement :
Lieu de l’événement :
Cause de l’événement : Expliquez brièvement la cause (probable) de l’événement (produit,
agent, objet employé, etc.)
Description de l’événement : Décrivez ici le plus précisément possible l’événement survenu.
Quel est le contexte ? Qui est le contexte ? Qui était présent ? Y a-t-il des personnes touches ?
Y a-t-il d’autres dégâts (matériels, environnementaux, etc.) ?
Mesures prises : Si des mesures ont déjà été prises, quelles sont-elles ?
Information déjà faite à : Secouristes

Annexe 11 : Formulaire d'enregistrement et de suivi d'une plainte proposé

144
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Annexe 12 : Fiche de transmission d’échantillons positifs

145
AJMI Bothayna & ISMAILI Imane Annexes

Annexe 13 : Traçabilité de destruction des déchets

146
 Résumé Abstract
La réalisation de la RT-PCR en temps réel dans un
Performing real time RT-PCR in a molecular biology
laboratoire de biologie moléculaire implique de
laboratory involves many steps as well as a large
nombreuses étapes ainsi qu’un grand nombre de
number of people hence the complexity of the system.
personnes d’où la complexité du système. L’Hygiène,
Hygiene, Safety and Quality Control form the trunk
la Sécurité et le Contrôle de Qualité forme le tronc du
of the laboratory, which branches out into several
laboratoire, qui se ramifie en plusieurs rameaux
branches that could condition its proper functioning.
pouvant conditionner son bon fonctionnement. D’où
Hence the need for lucid knowledge of both the
la nécessité d’une connaissance lucide aussi bien des
strenghts and weaknesses of the system. In our study,
points forts que des points faibles du système. Dans
we started by carrying out a description of Hygiene,
notre étude, nous avons commencé par la réalisation
Safety, and Quality Control processes at the COVID-
d’un état des lieux en hygiène, sécurité et contrôle de
19 screening center of « Laboratoire Pasteur Settat ».
qualité, au niveau du centre de dépistage COVID-19
This thanks to free and other guided interviews,
du Laboratoire Pasteur Settat. Ceci grâce à des
which also helped us to carry out, subsequently, a
entretiens libres et d’autres dirigés, qui nous ont aidé
study of the conformity of the practices undertaken in
aussi à effectuer, par la suite, une étude de conformité
the center, to national and international standards. An
des pratiques entreprises au niveau du centre, aux
analysis of the results obtained helped us to
normes nationales et internationales. Une analyse des
understand more profoundly the laboratory
résultats obtenus, nous a aidés à déceler le système de
management system and its qualities, to detect the
gestion du laboratoire et ses qualités, à détecter les
gaps that exist, and finally propose solutions to fill
lacunes qui existent, et finalement proposer des
them.
solutions pour les combler.
Mots clés : Laboratoire de biologie moléculaire, Key words: Molecular biology laboratory,
Hygiène, Qualité, Sécurité, Covid-19, RT-PCR en Hygiene, Quality, Security, COVID-19, Real time
temps réel. RT-PCR.

Resumen

La realización de RT-PCR en tiempo real en un

laboratorio de biología molecular implica muchos ‫ملخص‬
pasos, y un gran número de personas, de ahí la
complejidad del sistema. Higiene, Seguridad y ‫" داخل مختبر‬RT-PCR en temps réel" ‫يتضمن إجراء فحص‬
control de calidad forman el tronco del laboratorio, ‫البيولوجيا الجزيئية العديد من الخطوات باإلضافة إلى عدد كبير من‬
que se ramifica en varias ramas que podrían ‫ السالمة‬،‫ تشكل النظافة‬.‫األشخاص ومن تم يبدو أن النظام معقدا‬
condicionar su buen funcionamiento. De ahí la ‫ الذي يتفرع إلى عدة فروع يمكن أن‬،‫ومراقبة الجودة جذع المختبر‬
necesidad de un conocimiento lucido tanto de las ‫ ومن هنا تأتي الحاجة إلى معرفة‬.‫تؤثر على العمل بشكل صحيح‬
fortalezas como de las debilidades del sistema. En ‫ بدأنا بإجراء‬،‫ في دراستنا‬.‫واضحة لنقاط قوة ونقاط ضعف النظام‬
nuestro estudio, comenzamos por realizar una
‫وصف لعمليات النظافة والسالمة ومراقبة الجودة في مركز فحص‬
descripción de los procesos de Higiene, Seguridad y
Control de Calidad en el centro de cribado COVID-
‫ هذا بفضل مقابالت حرة‬.‫" التابع لـمختبر باستور سطات‬19 ‫"كوفيد‬
19 del “Laboratoire Pasteur Settat”. Esto gracias a ‫ والتي ساعدتنا أيضًا في إجراء دراسة الحقة لمدى‬،‫وأخرى موجهة‬
entrevistas libres y ortos guiadas, que nos ayudaron a ‫توافق الممارسات التي يتم إجراؤها في المركز مع المعايير الوطنية‬
realizar, además, un estudio de la conformidad de las ‫ ساعدنا تحليل النتائج التي تم الحصول عليها على فهم نظام‬.‫والدولية‬
prácticas realizadas en el centro, a estándares ‫ واكتشاف الثغرات‬،‫إدارة المختبر وخصائصه بشكل أعمق‬
nacionales e internacionales. El análisis de los .‫ وأخيرا اقتراح حلول لسدها‬،‫الموجودة‬
resultados obtenidos nos ayudó a conocer más
profundamente el sistema de gestión del laboratorio y ،‫ الجودة‬،‫ النظافة‬،‫ مختبر البيولوجيا الجزيئية‬:‫الكلمات الرئيسية‬
sus cualidades, a detectar los vacíos que existen y ‫ فحص "تفاعل البوليميراز المتسلسل معكوس‬،19 ‫ كوفيد‬،‫األمن‬
finalmente proponer soluciones para suplirlos.
."‫النسخ في الوقت الفعلي‬
Palabras clave: Laboratorio de biología
molecular, Higiene, Calidad, Seguridad, COVID-19,
RT-PCR en tiempo real.