Introduction au monde
du vivant
Qu'est-ce qui fait qu'un organisme est vivant ?
Un organisme est considéré comme vivant lorsqu'il possède
un ensemble de caractéristiques spécifiques
➢ Organisation cellulaire : Tous les organismes vivants sont composés de cellules
➢ Métabolisme : Les êtres vivants effectuent des réactions biochimiques qui leur
permettent de transformer l'énergie
➢ Croissance et développement : Les organismes vivants croissent (en taille ou en
nombre de cellules)
➢ Réaction aux stimuli : Les êtres vivants réagissent à leur environnement, que ce
soit à la lumière, à la température, aux produits chimiques
➢ Reproduction : Pour être considéré comme vivant, un organisme doit avoir la
capacité de se reproduire, soit de manière sexuée, soit asexuée
➢ évolution : Les êtres vivants évoluent avec le temps grâce à des mutations et
des processus de sélection naturelle
➢ Maintien de l'homéostasie : Les organismes vivants régulent leurs processus
internes pour maintenir des conditions stables et compatibles avec la vie,
comme la température ou le pH.
Microbiologie?
Microbiologie: est une sous-discipline de la biologie
basée sur l'étude des micro-organismes et des relations
avec leur environnement. (du grec : mikros= petit ;
bios = vie).
Historique
L’histoire de la microbiologie, en effet, peut être découpée en
trois phases clés
Première phase : 17ème et 18ème siècles
Antony Van Leeuwenhoek : L'homme clé de cette période
• Drapier hollandais et scientifique autodidacte.
• Il a perfectionné les premiers microscopes optiques, atteignant une capacité de
grossissement impressionnante (jusqu'à 300 fois).
• Il est le premier à observer les micro-organismes, qu’il appelait "animalcules", dans
des échantillons d’eau de pluie, de salive, ou de matières organiques en
décomposition.
• Ses observations ont posé les bases de la microbiologie en montrant l’existence d’un
monde microscopique invisible à l’œil nu.
Historique
La remise en cause de la notion de la génération spontanée
Deuxième phase : 19ème siècle
Louis Pasteur et Robert Koch : Les pionniers de la microbiologie moderne
Cette phase marque le passage à une microbiologie expérimentale et appliquée, avec des découvertes
majeures.
Historique
La troisième phase -20ème siècle:
- Il y a longtemps:
microbiologie = étude des microbes
- Actuellement:
microbiologie = étude de tous les micro-organismes (les algues, les
protozoaires, les champignons et les bactéries),
la microbiologie se spécialisa dans trois domaines principaux : la physiologie, la
biochimie et la génétique. (naissance de génie génétique et biotechnologie).
Habitat des micro-organismes
Les bactéries sont présentes dans la plupart des habitats sur la terre :
· L’eau (100 bactéries /ml d’eau de boisson)
· Le sol
· L’alimentation
· L’air
· Le Corps Humain
Taxonomie bactérienne
Définitions
• Taxonomie: –Taxis (ordre) nomos(loi) = Lois de la classification
–Science de la délimitation des groupes, consiste en la
classification, la nomenclature et l'identification des organismes
• Identification: assimiler une bactérie à une espèce déterminée en fonction
des caractères communs
• Classification: attribution d’une identité à une bactérie après études
taxonomiques et selon des règles appelées nomenclature
• Phylogénie: science de l’évolution génétique dans le
Principaux niveaux de classification
L'unité de la classification : l'espèce
pour les organismes sexués
L'espèce est considérée comme le niveau de base (ou unité fondamentale) de la
classification biologique Les membres d'une même espèce peuvent se reproduire
entre eux et engendrer une descendance viable et fertile.
Limite : Ce critère ne s'applique pas aux organismes asexués (comme les
bactéries)
Microorganismes
Elle regroupe des individus qui partagent des caractéristiques communes et possèdent
haut degré de similitude phénotypique associé à une importante se distinguent des
autres groupes.
Principaux niveaux de classification
A l’intérieur de l’espèce, il peut exister des variants qui se différencient de
l’espèce-type par des caractères mineures n’entrant pas dans la définition de
l’espèce:
1. Biochimique : Biovar
Un biovar est une variante qui diffère par ses caractéristiques biochimiques ou
physiologiques.
•Exemple : Certaines souches d’Escherichia coli peuvent fermenter certains sucres
(comme le lactose), tandis que d’autres ne le peuvent pas.
Principaux niveaux de classification
2. Antigénique : Sérovar ou Sérotype
Un sérovar (ou sérotype) est une variante qui diffère par la composition de ses
antigènes de surface, tels que les antigènes de la capsule, des flagelles ou de la paroi.
•Exemple : Salmonella enterica possède de nombreux sérotypes, comme Typhi
(responsable de la fièvre typhoïde) et Enteritidis (responsable de gastro-entérites).
3. Pathologique : Pathovar
Un pathovar est une variante définie par sa capacité à infecter un type spécifique
d’hôte ou à provoquer une pathologie particulière.
Principaux niveaux de classification
4. Enzymatique : Zymovar
Un zymovar se distingue par son profil enzymatique, c'est-à-dire les enzymes qu'il
produit ou les substrats qu'il peut dégrader.
•Exemple : Des souches bactériennes peuvent être différenciées par les enzymes
qu'elles produisent pour dégrader des sucres ou des protéines.
5. Sensibilité à un bactériophage : Lysovar
Un lysovar est une variante définie par sa sensibilité ou sa résistance à un
bactériophage spécifique (virus qui infecte les bactéries).
•Exemple : Les souches de Staphylococcus aureus peuvent être classées selon les
bactériophages capables de les lyser.
Principaux niveaux de classification
6. Sensibilité aux antibiotiques : Antibiotype
Un antibiotype est une variante définie par son profil de
sensibilité ou de résistance aux antibiotiques.
•Exemple : Certaines souches de Mycobacterium tuberculosis
peuvent être résistantes à l'isoniazide ou à la rifampicine,
définissant leur antibiotype.
Principaux niveaux de classification
Clones, souches, colonies:
1. Clone :
Un clone est l’ensemble des bactéries issues de la division d’une seule cellule bactérienne
initiale. Cela signifie que toutes les bactéries d’un clone sont génétiquement identiques (en
l’absence de mutations).
2. Souche :
Une souche correspond à une population de bactéries provenant d’un même clone. Une souche
peut être considérée comme une unité de base pour classifier des bactéries au sein d’une même
espèce.
3. Colonie :
Une colonie est un amas visible de micro-organismes formée par la multiplication d’une seule
cellule (ou d’un groupe de cellules), généralement sur un milieu de culture solide comme une
gélose.
Principaux niveaux de classification
Clones, souches, colonies:
La nomenclature
L’ensemble des règles universelles qui régissent l’attribution d’un nom à chaque
taxon distinct
Nomenclature binomiale:
espèce est désignée par le nom des deux derniers taxons: Genre et Espèce
–S'écrit en italique(ou souligné)
–Genre avec Majuscule
–Espèce avec minuscule
–Exemple:
Méthodes de classification
•Classification phénotypique
–Regroupant les bactéries suivant la similitude de leurs
caractères phénotypiques
–Les plus accessibles et les plus utilisés
•Classification génotypique
Méthodes de classification
Classification phénotypique
• Critères morphologiques :
–Forme et groupement des bactéries, présence de flagelle, nature de la paroi, type de
mobilité, présence endospore
• Tests biochimiques:
–Critères physiologiques (type métabolique, source d’énergie, de carbone, d’azote,
substrat utilisé, capacité à produire certaines molécules, produits de fermentation, métabolites
secondaires…)
–Critères de pathogénicité
–Critères antigéniques
• Analyses structurales de molécules : Chimiotaxonomie
–Analyse chimique des constituants cellulaires
Formes des bactéries
La forme des bactéries est un critère de classement
- Forme sphérique ou ovoïdes = coques ou cocci
- Forme allongée droite ou cylindrique = Bacilles
- Forme spiralée = Spirilles (rigides ou relachées)
- Forme incurvée (en virgule) = Vibrions 28
Formes des bactéries
- Forme sphérique ou ovoïdes = coques ou cocci
29
Formes des bactéries
E. coli Bacille de Koch
- Forme allongée droite ou cylindrique = Bacilles
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Formes des bactéries
- Forme allongée droite ou cylindrique = Bacilles
- coccobacilles
- corynéformes
- « vrais » bacilles
- filamenteux
- fusiformes
- ramifiés
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Formes des bactéries
- Forme incurvée (en virgule) = Vibrions
Vibrio cholerae
- Forme spiralée = Spirilles (rigides ou relachées)
Spiroplasma melliferum
32
Arrangement
des Bactéries coques
33
Méthodes de classification
Classification génotypique
La classification génotypique repose sur l'analyse des informations génétiques (ADN/ARN)
des bactéries.
–Etude du génome complet:
• Composition en bases de l’ADN: % guanine + cytosine (>70% même espèce)
• Hybridation ADN/ADN total
• Mesure de la température de fusion (Tm) de l’ADN
• Polymorphisme de restriction de l’ADN total
• Séquençage du génome complet
–Etude d’une portion du génome
• Polymorphisme d’une portion d’ADN total
• Séquençage des ARN ribosomiques ou séquençage des gènes codant les ARNr
Structure bactérienne
Connaissance de la structure permet de comprendre:
–Physiologie bactérienne
–Génétique bactérienne
–Pouvoir pathogène
–Possibilités diagnostiques, thérapeu
Structure bactérienne
Définitions
–Bactérie: Organisme unicellulairede petite taille (micromètre) de structure
relativement simple, de formes différentes, doués d’un pouvoir de multiplication
autonome et qui présente des caractéristiques propres (Procaryotes).
–Un procaryote (du latin pro, «avant» et du grec caryon, «noyau») est un être
vivantunicellulaire ne comportant pas de noyau.
Structure bactérienne
Structure bactérienne
Une bactérie est un micro-organisme unicellulaire "procaryote", de morphologie différente et qui
se reproduit par scissiparité. Certaines bactéries sont pathogènes pour l’Homme, d’autres sont
bénéfiques.
Structure bactérienne
La paroi cellulaire
toutes les bactéries possèdent une paroi cellulaire à l’exception des mycoplasmes,
c’est un véritable exosquelette formé d'un polymère : le peptidoglycane, encore
appelé mucopeptide, muréine ou encore muco complexe.
Enveloppe rigide. Elle est responsable de la forme des cellules. Elle protège des
variations de pression osmotique. Elle est absente chez les Mycoplasma. Elle est
formée d’un polymère ( le peptidoglycane)
Structure bactérienne La paroi cellulaire
Le peptidoglycane: Polymère complexe
Une épine dorsale faite d’une
alternance de NAG et ANAM.
Ensemble de chaînes latérales
pepdtidiques identiques; composé de :
L-alanine;
D-glycine;
L-lysine;
D-alanine
attachées à ANAM
Ensemble de ponts interpeptidiques
identiques.
Structure bactérienne
Il existe deux types de paroi :
La paroi cellulaire
Les parois épaisses et denses
Elles sont riche en peptidoglycane. Cette substance à structure lamellaire est faite de chaînes
glucidiques reliées entre elles par des peptides ; lui sont associés des acides téchoïques.
L’unité structurale du peptidoglycane: Glucosaminopeptide
Glycane
N-acetylglucosamine (G) L'acide N-acetylmuramique (M)
Liaison
Liaison β(1-4)
β(1-4)
1 4
Liaison
45 peptidique
Glucosaminopeptide Structure en réseau du peptidoglycane
Structure bactérienne La paroi cellulaire
Structure de la paroi des bactéries Gram +
Aspect en microscopie électronique
Structure bactérienne
La paroi cellulaire
Les parois fines
Elles ont une structure plus complexe constituée d'une fine couche de
mucopeptide (à structure plus lâche que celui des parois épaisses) recouverte
à l'extérieur d'une membrane externe. Cette paroi est séparée de la membrane
cytoplasmique par un espace périplasmique.
Structure bactérienne La paroi cellulaire
Gram -
Structure bactérienne La paroi cellulaire
Structure bactérienne
Coloration GRAM
(Christian GRAM en1884)
Les différences de structure et de
constitution chimique des parois Gram
(+) et Gram (-) sont à la base de cette
coloration
Escherichia coli Staphylocoque
(Gram -) (Gram +)
Structure bactérienne
La membrane plasmique
Elle est située sous la paroi, à son contact. L’adhésion n’est pas toujours parfaite délimite l’espace
péri-plasmique. En milieu hypertonique, le cytoplasme se rétracte, ce qui décolle la membrane
cytoplasmique de la paroi : c’est le phénomène de plasmolyse
Structure obligatoire d’une bactérie
• Membrane cytoplasmique:
–Identique à celle des Eucaryotes: deux feuillets de phospholipides truffés
de protéines
–Absence de stérols tels que le cholestérol
–Surfaces internes et externes hydrophiles
–Intérieur hydrophobe
Structure bactérienne
La membrane plasmique
C'est une membrane tri lamellaire en microscopie électronique formée de
phospholipides.
Les fonctions membrane cytoplasmique sont nombreuses :
- Elle est à l'interface entre cytoplasme et structures externes. Elle forme une barrière
osmotique ;
- elle contient des systèmes de transport, Certaines protéines, les perméases, qui assurent la
pénétration sélective de certaines substances (sucres, acides aminés, ions minéraux) ;
- elle contient D'autres protéines sont des enzymes respiratoires ou impliquées dans la
production d'énergie (ATPase). La membrane cytoplasmique joue donc le même rôle que les
mitochondries dans les cellules eucaryotes ;
Structure bactérienne
le mésosome
Structure formée par invagination de la
membrane cytoplasmique. Le mésosome
est en étroite liaison avec le matériel
nucléaire.
On pense qu’il joue un rôle dans sa
division.
On pense également que le mésosome
joue un rôle dans la synthèse de la paroi
Structure bactérienne
le mésosome
La cellule se divise par scissiparité. La séparation commence par une invagination de la membrane
cytoplasmique, souvent au niveau d’un mésosome. La cloison ainsi formée entre les deux cellules filles
est appelée le septum. Lorsque le septum se clive, les cellules se séparent.
Structure bactérienne
Le cytoplasme
- Hydrogel à pH compris entre 7 et 7.2, comprenant :
• Des ARN et ribosomes, Chromosome
• Des substances de réserves
• Chromatophores
• Vacuoles à gaz
• Quelques organites spécialisés
Structure bactérienne
Ribosomes
Petites granulations sphériques, 20 à 30 nm de diamètre, 66%
d'ARN ribosomal et 33% de protéines
• Nombreux : ~ 15 000 / bactérie
• Constitution :
constituées de protéines + ARN
comportent 2 sous unités (50S et 30S)
• Siège de la synthèse protéique :
Cibles d’actions de certains antibiotiques :
Aminosides, tetracyclines, chloramphenicol
Structure bactérienne
Le matériel nucléaire : Chromosome
ADN Chromosomique
❑ Support de l'information génétique.
❑ Généralement : Chromosome unique, circulaire,
longueur 1 mm.
❑ Filament hélicoïdal d'acide désoxyribonucléique
(ADN) bicaténaire (double hélice).
Rôle:
• Informations génétiques nécessaires à la vie et à la
pathogénicité
• Site d’action d’antibiotiques
Structure bactérienne
Les éléments facultatifs de la cellules bactérienne sont :
1. Chromatophore
2. Vacuole à gaz
3. Capsule
4. Flagelle
5. Pili
6. Spore
7. Plasmide
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Structure bactérienne
1- Chromatophores
- Existent chez les bactéries photosynthétiques,
(Jouent le rôle des chloroplastes (photosynthèse))
- Contiennent des pigments appelés
bactériochlorophylle
2- Vacuoles à gaz
- Vésicules remplies de gaz
présentes chez les bactéries
photosynthétiques
- Permettent aux bactéries de flotter
à la surface de l’eau 63
Structure bactérienne
3- La capsule
- Structure extérieure non constante.
- Elle entoure la bactérie
- Contient des polysaccharides et des protéines.
Rôle :
Défense des bactéries contre :
-la dessiccation,
-Les prédateurs,
-Et les bactériophages (incapables de se fixer sur une bactérie avec capsule).
Pouvoir infectieux (facteur de virulence)
-Elle empêche la phagocytose des bactéries dans l'organisme,
Structure bactérienne
4- Les cils et flagelles
- Les flagelles ou cils sont des structures rigides, ondulées qui naissent de
la membrane cytoplasmique.
- Ils permettent la mobilité des bactéries .
- Ils sont constitués d'une protéine appelée flagelline.
65
Structure bactérienne
Plusieurs dispositions sont possibles :
un seul flagelle polaire = ciliature monotriche,
une touffe de flagelles polaires = ciliature lophotriche,
un flagelle à chaque pôle = ciliature amphitriche,
des flagelles entourant la bactérie = ciliature péritriche.
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Structure bactérienne
(Vibrio) (Bacillus)
(Pseudomonas) (Escherichia coli)
Structure bactérienne
Rôle des cils et flagelles
1- Mobilité
Les cils et les flagelles confèrent une certaine mobilité aux bactéries qui peuvent se
déplacer dans les milieux liquides ou à la surface des géloses.
2- Chimiotactisme
Certaines bactéries capables de se mouvoir, sont attirées par les nutriments (sucres,
acides aminés) et repoussées par des substances toxiques ou nuisibles.
3- propriétés antigéniques
Les flagelles confèrent à la bactérie de nouvelles propriétés antigéniques
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Structure bactérienne
5- Spore
- Dans les conditions défavorables, certaines bactéries (bacilles Gram + :
Bacillus et Clostridium) adopte la sporulation : formation de spores.
- Dans les conditions favorables, elles retournent à l'état de bactéries
végétatives, c'est la germination.
- La spore contient, sous forme condensée, le génome et une partie du
cytoplasme déshydraté autour d’une enveloppe très résistante.
- Les spores constituent une forme de résistance des bactéries et sont la cause
de certaines contaminations d'origine tellurique (tétanos, charbon).
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La sporulation c’ est La transformation de la forme végétative en
spore :
Temps: 6 à 8 heures à 37°C pour Bacillus subtilis.
Conditions: déclenchée par des modifications de l’environnement tel épuisement
en matières
Etapes: déshydratation progressive du cytoplasme, par l'apparition de composés
(dipicolinate de calcium), une densification des structures nucléaires et enfin la
synthèse d'une paroi sporale épaisse et imperméable, donc hautement résistante
(chaleur).
Structure bactérienne
6- Les pili
Les pili (poils) sont des formations qu'on ne peut observer qu'au microscope
électronique.
• Pili communs ou fimbriae sont courts et cassants.
• Pili de conjugaison langs.
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Structure bactérienne
Pili de conjugaison
Pili communs : fimbriae
- longs
- Nombreux, courts
- 1 à 4 par cellule bactérienne
- Adhésion (facteur de virulence)
- Rôle dans l’échange des plasmides
- Récepteurs de phage (virus)
entre deux bactéries
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