REPUBLIQUE DU BENIN

********
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA
RECHERCHE SCIENTIFIQUE
********
UNIVERSITE D’ABOMEY CALAVI (UAC)
********
ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY CALAVI

********

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

********

Option : Analyses Biomédicales (ABM)

RAPPORT DE FIN DE STAGE DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU DIPLOME
DE LICENCE PROFESSIONNELLE

Thème

EVALUATION DE L’ÉVOLUTION DE LA RÉSISTANCE DES

BACILLES GRAM NÉGATIFS ISOLES À TOXI-LABO DANS LE
PREMIER SEMESTRE DE 2023 ET 2024

Realisé et soutenu par :

DJINADOU Rydwan-lahi Kewuyemi
Sous la supervision de :

Tuteur de stage : Superviseur :

Professeur Idrissou ABDOULAYE Dr DOUGNON T. Victorien
Pharmacien Biologiste et Directeur de Maitre de conférence en Microbiologie
Toxi-Labo Enseignant chercheur de l’EPAC/UAC
Responsable de l’URMAPHA

Année Académique : 2023-2024

16ème Promotion
 EVALUATION DE L’EVOLUTION DE LA RESISTANCE DES BACILLES GRAM NEGATIFS ISOLES A TOXI-
LABO DANS LE PREMIER SEMESTRE DE 2023 ET 2024
REPUBLIQUE DU BENIN

***************

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA

RECHERCHE SCIENTIFIQUE

***************

UNIVERSITE D’ABOMEY CALAVI (UAC)

***************

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY CALAVI

**************

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

**************

DIRECTEUR

Professeur Titulaire ALITONOU Guy Alain

DIRECTEUR ADJOINT

(Chargé des affaires académiques)

Professeur Vincent PRODJINONTO

CHEF DEPARTEMENT

Docteur (MC) LOKOSSOU Gatien

16ème Promotion

DJINADOU Rydwan-lahi kewuyemi 2

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LISTE DES ENSEIGNANTS DU DEPARTEMENT DE GENIE DE
BIOLOGIE HUMAINE

Noms et Prénoms Matières Enseignées

ABLEY Sylvestre Déontologie Médicale, Sémiologie

AGBANGLA Clément Génétique Moléculaire

AGBANGBA Emile Biostatistique

AKPOVI D. Casimir Biologie Cellulaire, Physiologie Humaine,

Biochimie

AMETONOU François Technique d’Expression

ANAGO Eugénie Biochimie, Biologie Moléculaire

ANAGONOU Sylvere Education Physique et Sportive

BANKOLE Honoré Microbiologie Médicale, Bactériologie Appliquée

DEGBEY Cyriaque Hygiène Hospitalière

TCHOBO Fidèle Chimie Générale, Chimie Organique

DOUGNON T. V Microbiologie, Méthodologie de la Recherche,

Techniques Instrumentales

FANOU Jean-Louis Physique

HOUNGA Bernard Mathématiques et applications

KOUDANDE Marlene Cytologie Humaine

KOUKPOSSI Albert Anglais technique

LOKOSSOU Gatien Immunologie générale ; Immuno-pathologie

GBOSSA Mahoutondji Hans Anatomie Générale

MAGNIDET Grégoire Transfusion sanguine

MEDEHOUEHOU Thierry Pharmacologie, Toxicologie

MONOTE Edmond Informatique

SABI TAKOU Daniel Initiation à l’analyse numérique

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SEGBO Julien Biologie Moléculaire

SENOU Maximin Histologie Générale, Histologie Appliquée

TOHOYESSOU Zoé Soins Infirmiers

TOKPONON Filemon Entomologie Médicale

TOPANOU Adolphe Hématologie, Hémostase

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DEDICACE

Je dédie ce modeste travail, fruit de mes études,

A mes très chers et adorables parents DJINADOU Kamarou-Dine et
GNAMBODE Monique Limata qui m’ont toujours fort encouragé et aider dans
la recherche du savoir durant tout mon parcours avec beaucoup de tendresse. A
tous mes frères et sœurs pour leurs encouragements perpétuels et leur soutien
moral,

Ainsi que toute l’équipe du laboratoire (Toxi-labo) pour leurs précieux conseils
qui m’ont permis de très vite m’adapter à ce nouveau milieu qui m’a accueilli
bras ouverts

DJINADOU Rydwan-lahi kewuyemi 5

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REMERCIEMENT
Je tiens à remercier Premièrement le bon Dieu Ya Allah, le tout-puissant de
m’avoir donné la volonté et la santé pour réaliser ce modeste travail.

Le Professeur Idrissou Abdoulaye Directeur du laboratoire TOXI-LABO,

pour son suivie, son accompagnement et je le remercie particulièrement de
m’avoir facilité l’accès à son laboratoire.
Mon Superviseur Docteur Victorien DOUGNON, Professeur Titulaire
(microbiologiste) des Universités du CAMES Enseignant - Chercheur EPAC\
UAC, pour avoir accepté d’encadrer mon travail, pour sa rigueur
scientifique, son assistance et son soutien indéfectible.
Ma tutrice de stage Madame FAGNON Esméralda Biologiste médicale à
TOXI-LABO‚ pour sa disponibilité à conduire ce travail et son attention.
Le Chef de Département Dr LOKOSSOU Gatien, qui par ses efforts et sa
rigueur œuvre pour le bon déroulement des activités du département.
Madame OUASSA HOUETO Monrènike Biologiste médicale et Chef
service de TOXI-LABO‚ qui a été d’une présence indispensable et
incontournable lors du déroulement des stages. Merci à vous pour votre
rigueur, votre attention, votre patience, ainsi que toutes les valeurs que vous
nous aviez inculqué.
Monsieur Raoul AWASSI Biologiste médicale à TOXI-LABO pour la
sympathie et les multiples enseignements dont vous avez fait preuve dans le
déroulement de ce travail. Soyez bénis.

Au Doyen ADJIBADE Saliou, Monsieur DAN Rodrigue, Madame

Widadath KOUFEIDJI SANNY- MOUFTAOU, Monsieur Wasiou

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AMOUSSA, Monsieur Aymaric IBIDOUN, Monsieur Gafarou SALAMI

‚ tous Biologistes Médicaux au TOXI-LABO‚ pour leur accueil, leur bonne
ambiance de travail, leur rigueur, leur patience et leurs différentes
suggestions. Merci à vous d’avoir été attentifs à nos préoccupations.
Toute l’équipe de l’[Link], cette unité de recherche qui nous a
soutenu et nous a apporté un plus dans notre formation. La rigueur, les
suggestions‚ les conseils et apports de chaque membre consulté fut un grand
complément et ont permis de parfaire ce travail.
Mes compagnons de stage BACHABI Amirath. Kelly, KINVI Célestin, AYI
Hillary, TCHODO Prudence et SOSSOU Joiamène pour leur
accompagnement et pour tous les moments partagés.
Mes amis avec qui nous avions formé une « famille » tout au long de cette
formation, merci à vous de m’avoir intégré parmi vous. Que Dieu vous
accompagne dans chacune de vos directions respectives.

Tous ceux qui n’ont pas été cités, mais qui ne peuvent être oubliés

Merci.... !!

HOMMAGES
Au Président de Jury,

DJINADOU Rydwan-lahi kewuyemi 7

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En acceptant de présider notre Jury de soutenance de mémoire, vous

nous faites un grand honneur. Cher Président de Jury, par vos observations,
nous espérons améliorer ce travail. Nous vous prions de croire en l’expression
de notre profond respect et de nos vives gratitudes.

Aux Membres de Jury,

Nous sommes très heureux de vous avoir dans notre jury.
Vos critiques sont indispensables à l’amélioration de ce travail.
Hommages respectueux

LISTES DESDES
LISTES SIGLES
SIGLESET
ET ABREVIATIONS
ABREVATIONS

BLSE : Bêta-lactamase à spectre étendu ou élargi

DJINADOU Rydwan-lahi kewuyemi 8

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LISTES DESLISTE
TABLEAUX
DES TABLEAUX

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LISTES DES LISTE

FIGURES
DES FIGURES

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SOMMAIRE SOMMAIRE

INTRODUCTION …………………………………………………….

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CHAPITRE1 : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE …………….
I- CLARIFICATION CONCEPTUELLE ………………………...
I-1 CARACTÉRISTIQUES BACTÉRIENNES……………
I-2 STRUCTURE BACTÉRIENNE …………………………
II- LES PRINCIPAUX BACILLES GRAM NEGATIFS…………
II-1 LES ENTEROBACTERIES
II-2 BACILLES GRAM NÉGATIFS NON FERMENTAIRES
III- LES PRINCIPAUX FAMILLES D’ANTIOBIQUE
IV- RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACILES GRAM
NEGATIFS
V- LES DIFFERENTS FACTEURS QUI FAVORISENT L’EMERGENCE
DE LA RESISTANCE DES BACTERIES DANS LE MONDE

CHAPITRE 2 : MATERIEL ET METHODES

I- CADRE D’ETUDE
II- TYPE ET PERIODE D’ETUDE
III- METHOLOGIE

CHAPITRE 3 : RESULATS ET COMMENTAIRE

I- RESULTAT
II- DISCUSSION
CONCLUSION
PERSPECTIVE
REFERENCE

RESUME RESUME

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ABSTRACT ABSTRACT

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INTRODUCTION
INTRODUCTION

Le développement et l’utilisation des antibiotiques depuis 70 ans ont permis un

recul majeur en termes de mortalité et de morbidité associées aux maladies
infectieuses bactériennes à travers le monde. Cependant bien que ces molécules
aient sauvé des millions de patients, leur utilisation est à l’origine d’une forte

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antibiorésistance concernant de plus en plus d’espèces et un nombre

d’antibiotiques croissant (Ouedraogo, n.d.).

Malgré l’abondance de phénotypes de résistance aux antibiotiques

observés au sein des bactéries, seul un nombre limité de mécanismes par
lesquels ces résistances sont acquises ont été décrits. Ainsi, les gènes codant
pour les déterminants des résistances aux antibactériens sont localisés, soit sur le
chromosome bactérien, soit sur des éléments génétiques mobiles tels que des
plasmides ou des transposons, pour être transmis verticalement et
horizontalement. La facilité avec laquelle les populations bactériennes
s’adaptent à un environnement hostile, associée à leur grande capacité
d’échange de matériel génétique, souligne le caractère inévitable du phénomène
biologique des résistances aux antibiotiques, auquel nous faisons face
aujourd’hui et qui sera probablement un problème récurrent de santé publique
pour les décennies à venir(Harbottle et al., 2006).

C’est dans l’optique de fournir des informations sur l’état de la situation

actuel que la présente étude s’est intéressée à ce thème. Elle vise à évaluer la
prévalence des bacilles Gram Négatifs Multirésistants isoles a Toxi-labo entre le
premier semestre de l’année 2023 et celui de l’année 2024. Il s’agit plus
spécifiquement de :

- Identifier la prévalence des Bacilles Gram Négatifs Multirésistants de

Janvier à Juin 2023 et de janvier à juin 2024

- Comparer à l’aide des données collectées la prévalence de ces bacilles

Gram Négatifs Multirésistants entre les premiers semestres des années
2023 et 2024 à Toxi-labo

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Le présent document‚ en dehors de l’introduction et de la conclusion‚ porte une

synthèse bibliographique sur les bactéries multirésistantes ainsi que les
antibiotiques ‚ le matériel et les méthodes. Enfin‚ suivra les résultats obtenus
appuyés du commentaire.

CHAPITRE1 : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

I-1- CARACTERISATION BACTERIENNE

I-1-1 Définition

Les bactéries sont des êtres unicellulaires, à structure très simple, dépourvus de
noyau et d'organites, au matériel génétique diffus, généralement sans
chlorophylle et se reproduisant par scissiparité (Larousse, 2023). Elles ont été
découvertes à la fin du 17ème siècle par Anthoni Van Leeuwenhoek, naturaliste

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hollandais, qui inventa la microscopie, ce sont des organismes procaryotes qui

ne possèdent pas de noyau, mais un ADN chromosomique circulaire situé dans
le cytoplasme, de nombreuses bactéries contiennent une autre structure d’ADN
extra-chromosomique, appelée plasmide, elles sont entourées d’une paroi
complexe et possèdent souvent des flagelles.(Bouskraoui et al., 2011)

I-1-2 Classification bactérienne

La classification bactérienne peut se faire selon plusieurs critères :

Morphologie microscopique : Généralement, ils sont en formes de Cocci

(coques), bacilles (bâtonnets), diplocoques (groupés en deux), en
chaînette, en amas etc…. (Figure 1)

Figure1 : Morphologie bactérienne (Bouskraoui et al., 2011)

Morphologie macroscopique : taille- couleur des colonies sur culture ;

La coloration de Gram : Gram positif ou Gram négatif (Figure 2)

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Figure2 : Coloration de Gram (REINO, n.d.)

Température de croissance :

Les bactéries peuvent pousser dans des conditions de températures allant des
points de congélation à quasiment l’ébullition de l’eau.

- Les psychrophiles se développent mieux à des températures comprises

entre 0 et 15 °C, tandis que les psychotropes se développent entre 4 °C et
25 °C ;
- Les mésophiles se développent mieux à des températures modérées
comprises entre 20 °C et environ 45 °C. Les agents pathogènes sont
généralement des mésophiles ;
- Les thermophiles et les hyperthémophiles sont adaptés à la vie à des
températures supérieures à 50 °C.(Beye et al., 2023)

Types de respirations : Les bactéries peuvent être classées de différentes

manières. Une méthode se base sur leur besoin en oxygène, pour vivre et
se multiplier selon

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- Bactérie aérobie stricte : Elle a besoin d'oxygène pour vivre et se

développer ;
- Bactérie anaérobie stricte : La présence d'oxygène est létale pour
la bactérie ;
- Bactéries aérobie facultative : bactéries qui, normalement, ne se
développent pas en présence d'oxygène, mais qui, dans certaines
conditions, sont capables de vivre dans un milieu oxygéné ;
- Bactéries Micro-aérophiles : Bactérie pour laquelle l'oxygène est
indispensable mais qui ne se développe que dans des milieux dont
la pression partielle d'oxygène est nettement inférieure à celle de
l'air ;
- Bactéries aérobie-anaérobies facultatives : celles qui peuvent
vivre et se multiplier avec ou sans oxygène.
Mobilité : Certaines bactéries sont mobiles et peuvent se déplacer grâce à
un ou plusieurs flagelles, d’autres bactéries peuvent se déplacer par
glissement et comme d’autres peuvent être immobiles (Figure 3) :
- Les flagelles des bactéries sont de longs appendices protéiques
flexibles.
- Leur nombre et leur position peuvent différer selon les espèces de
bactéries, la flagellation ou ciliature polaire monotriche, ciliature
lophotriche, ciliature péritriche, ciliature amphitriche ;

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Figure3 : Mobilité bactérienne (Bouskraoui et al., 2011)

Présence de spores ;
Besoins nutritionnels : nécessitée de substances particulières.

I-2- STRUCTURE BACTERIENNE

De l’ordre du micromètre, les bactéries mesurent entre 0,5 et 10-15 μm,
généralement, elles comportent les éléments suivants constituant sa structure :

Pili : structures semblables à des cheveux qui aident la bactérie à se fixer

à des surfaces et à d’autres bactéries ;
Plasmides : matériel génétique (molécules d’ADN) ;
Ribosomes : structures qui fabriquent des protéines ;
Paroi cellulaire : structure rigide qui entoure la cellule et protège la
membrane plasmique ;
Cytoplasme : matière vivante semblable à un gel dans laquelle les
ribosomes et le matériel génétique sont contenus ;

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Membrane plasmique : fine couche de phospholipides et de protéines

qui régule le mouvement des nutriments dans et hors de la cellule ;
Capsule : troisième couche qui aide à prévenir le dessèchement de la
bactérie ou à empêcher qu’elle soit engloutie par des microorganismes
plus gros (présente uniquement dans certains types de bactéries) ;
Nucléoïde : amas de matériel génétique (ADN) ;
Flagelle : prolongement cellulaire qui aide les bactéries à se déplacer et à
percevoir leur environnement.

Figure4 : Structure générale d’une bactérie(Tayeb, n.d.)

II. LES PRINCIPAUX BACILLES GRAM NEGATIFS

II-1 Entérobactéries
En milieu hospitalier, environ 40 à 50% des bactéries isolées appartiennent à la
famille des Enterobacteriaceae. Cette famille est constituée de genres bactériens
qui sont rassemblés en raison des caractères bactériologiques communs: aéro-
anaérobies facultatifs, mobiles grâce à une ciliature polaire, ou immobiles, non
sporulés, poussant rapidement sur des milieux ordinaires, ne possédant pas

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d'oxydase, réduisant les nitrates en nitrites, utilisant le glucose par métabolisme

fermentatif avec ou sans production de gaz (Maamar et al., 2019).

II-1-1 Escherichia coli

E. coli est l’espèce type du groupe des entérobactéries. Elle est appelée
communément «colibacille». C’est l’espèce bactérienne qui a été la plus étudiée
par les fondamentalistes, pour des travaux de physiologie et de génétique.

a) Habitat

Les E. coli sont des hôtes normaux de l’intestin: ils représentent près de 80% de
la flore intestinale aérobie de l’adulte. On peut les trouver également au niveau
de diverses muqueuses chez l’homme et chez les animaux. La présence des E.
coli dans l’environnement ou dans les aliments atteste d’une contamination
fécale.

Les souches d'E. Coli responsables d’entérites sont transmises par ingestion
d’eau ou d’aliment contaminé par les selles de malades ou de porteurs. Les
infections urinaires, néonatales et aussi nosocomiales, trouvent surtout leur
origine dans la flore endogène du tube digestif ou tractus génital, mais peuvent
également être transmises d’un sujet à l’autre à partir du matériel
contaminé(Maghzaoui et al., 2019).

b) Caractères bactériologiques

Caractères morphologiques et culturaux

Bacille de taille comprise entre 1 et 1,5 µm de largeur et 2 à 6 µm de longueur

et souvent mobile. E .coli donne des colonies non pigmentées de 2 à 3 mm, de
type "S" smooth: lisses et brillantes, ou de type "R" rough: présentant une

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surface sèche et rugueuse. Certaines colonies sont particulièrement mucoïdes et

correspondent à la présence d’une capsule liée aux lipopolysaccharides de la
membrane externe(Fares and Djeddai, 2018).

Caractères biochimiques
Sur milieux lactosés, les colonies sont généralement lactose (+). Sur gélose au
sang elles peuvent être hémolytiques. Les principaux caractères positifs sont:
indole (sauf exceptions), ONPG (sauf exceptions), mannitol. Les caractères
suivants sont positifs de façon moins constante: mobilité, LDC, ODC, sorbitol,
production de gaz lors de l’attaque du glucose. Sont toujours négatifs: inositol,
urée, TDA, VP, gélatinase, citrate de Simmons(Kherneg and Remma, 2017).

Caractères antigéniques
Les différents sérotypes d’E. Coli contiennent plusieurs catégories
d’antigènes :

 Antigènes somatiques O: ils sont de nature lipopolysaccharidique; il existe

environ 160 antigènes O différents;
 Antigènes capsulaires K: ils sont de nature polysaccharidique; environ 70
antigènes d’enveloppe différents ont été reconnus;
 Antigènes flagellaires H: ils sont de nature protéique; on en connaît 52
types, ils ne sont présents que chez les souches mobiles
c) Pouvoir pathogène
E. coli cause principalement des infections du tractus digestif, la plus connue
étant la diarrhée du voyageur, en raison de la contamination de l'eau ou des
aliments par la flore fécale des malades ou des porteurs.
Il est également le germe préférentiel des infections urinaires. En milieu
hospitalier, ces infections sont souvent dues à l'utilisation des sondes
urinaires.

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E. coli est aussi à l'origine d'infections pulmonaires chez les personnes

gravement malades, ces patients étant souvent colonisés au niveau des voies
respiratoires supérieures. La présence de tubes endotrachéaux et la
diminution du réflexe de toux facilitent la progression des germes et
l'émergence de pneumonies surtout nosocomiales.
E. coli peut coloniser le vagin et générer des méningites néonatales suite au
passage du nouveau-né à travers la voie génitale maternelle colonisée ou
suite à l'infection du liquide amniotique consécutive à une rupture prolongée
des membrane(Aida et al., n.d.).
II-1-2 Salmonella
Les salmonelles sont des bactéries pathogènes, à transmission oro-fécale
a) Habitat
Les Salmonella sont très largement répandues dans la nature et leur réservoir
s'étend à tout le règne animal, en particulier les volailles. Elles sont présentes
dans le tube digestif des malades et des porteurs sains, chez l'homme et chez
les animaux, qui contaminent le milieu extérieur par leur excréta(Maghzaoui
et al., 2019)
b) Caractères bactériologiques
Caractères morphologiques et culturaux
Bacilles de taille comprise entre 2 et 3 µm de large et 0,4 à 0,6 µm de
long, habituellement mobiles grâce à une ciliature péritriche (S.
gallinarium est toujours immobile). Les colonies sont lisses, à bords
réguliers mesurant 2 à 3 mm de diamètre; sur milieu Salmonella-Shigella
(SS), les colonies apparaissent incolores à centre(Ziad and Roumeissa,
n.d.)
Caractères biochimiques
Les principaux caractères positifs sont: H2S, gaz (glucose), LDC, ODC,
citrate de Simmons. Les caractères qui sont toujours négatifs sont: lactose,

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ONPG, uréase, TDA, gélatinase, VP, ADH, indole, saccharose. Il est

important de noter quelques exceptions à ces caractères fondamentaux: S.
paratyphi A ne produit pas H2S et elle est LDC (-); S. typhi ne produit pas
de gaz (glucose) et produit peu ou pas d’H2S(Fares and Djeddai, 2018).

Caractères antigéniques
Les bactéries du genre Salmonella peuvent être différenciées entre elles
grâce à des épreuves sérologiques basées principalement sur trois
antigènes qui sont l'antigène O, l'antigène H et l’antigène Vi qui est
l'antigène de surface .Pouvoir pathogène Les infections à Salmonella
peuvent revêtir trois aspects:
 Formes septicémiques: ce sont les fièvres typhoïdes et para typhoïdes qui
sont des maladies à déclaration obligatoire. Elles sont dues aux
salmonelles majeures: S. typhi et S. paratyphi A, B et rarement C, qui ne
se rencontrent que chez l'homme, qui en est le seul réservoir.
 Formes digestives: il s’agit des toxi-infections alimentaires et des gastro-
entérites dues aux salmonelles ubiquistes, dont les hôtes naturels sont les
animaux, qui peuvent contaminer l'homme.
 Formes extra-digestives: elles sont plus rares: infections urinaires,
méningites, infections pulmonaires…(Fares and Djeddai, 2018)

II-1-3 Klebsiella-Enterobacter-Serratia

Le groupe Klebsiella-Enterobacter-Serratia (K.E.S) rassemble plusieurs espèces

bactériennes longtemps considérées comme commensales et actuellement
responsables d’un grand nombre de complications infectieuses en milieu
hospitalier. Les bactéries de ce groupe partagent en commun les caractères
suivants:

 La réaction de Voges-Prauskauer est généralement positive;

DJINADOU Rydwan-lahi kewuyemi 25

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 Ce sont des bactéries pathogènes opportunistes peu virulentes, elles se

rencontrent peu en pratique extrahospitalière. Ces bactéries sont
responsables d'infection nosocomiale (IN) chez des malades débilités:
cirrhotiques, diabétiques, brûlés, cancéreux, malades de réanimation;

 Ces bactéries sont souvent multirésistantes aux antibiotiques. La

fréquence avec laquelle on les rencontre est d'autant plus grande que la
pression de sélection par des antibiotiques à large spectre est forte.

II-1-4 Klebsiella

Six espèces de Klebsiella sont usuellement reconnues: 4 espèces ont un pouvoir

pathogène pour l'homme (K. pneumoniae, K. oxytoca, K. ozaenae et. K.
rhinoscleromatis); 2 espèces sont trouvées dans l'environnement et sont rarement
pathogènes (K. terrigena et K. planticola).

a) Habitat et épidémiologie

K. pneumoniae et K. oxytoca sont les espèces les plus souvent rencontrées.

Elles sont fréquemment isolées des eaux, du sol et des végétaux. Elles sont
présentes dans la flore fécale de l'homme et sont souvent commensales de la
peau, des muqueuses et des voies respiratoires. Les malades s'infectent soit avec
leurs propres souches, soit avec des souches responsables de petites épidémies
hospitalières. Elles sont alors manuportées de malade à malade(Fares and
Djeddai, 2018).

c) Caractères bactériologiques

Caractères morphologiques et culturaux

DJINADOU Rydwan-lahi kewuyemi 26

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Bacilles immobiles, encapsulés, de 1 à 2 µm de long sur 0,5 µm de large. Sur

milieux classiques d'isolement pour entérobactéries, les Klebsiella donnent de
grosses colonies généralement lactose (+), rondes, de 3 à 4 mm de diamètre,
bombées, muqueuses, translucides. Cet aspect muqueux, en relation avec la
présence habituelle d'une capsule plus ou moins volumineuse de nature
polysacharidique explique l'aspect gluant et bombé des colonies(Fares and
Djeddai, 2018).

Caractères biochimiques
Ces bactéries fermentent le glucose par la voie du butane-2,3-diol (VP +) avec
production de gaz. Elles ne possèdent ni ODC ni ADH, ni TDA, ni lipases et ne
produisent pas d'H2S

II-1-5 Serratia
Neuf espèces sont reconnues: S. marcescens, S. liquefaciens, S. plymuthica, S.
rubidaea, S. odorifera, S. ficaria, S. grimesii, S. proteomaculans et S.
entomphila.

a) Habitat et épidémiologie
Les Serratia sont des bactéries de l'environnement présentes sur le sol et sur les
plantes. Les Serratia sont les entérobactéries les plus résistantes aux agents
physiques et chimiques. Elles peuvent survivre des mois dans l'eau distillée et se
multiplier dans des solutions antiseptiques. Elles se multiplient bien à + 4 °C.
Les infections hospitalières peuvent être en relation avec des antiseptiques ou
des flacons contaminés, mais la transmission manuportée semble être plus
fréquente

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Caractères morphologiques et culturaux

Bacille mobile, de taille 0,9 à 2 µm de longueur et 0,5 à 0,8 μm de largeur.
Serratia donne parfois des colonies pigmentées en rouge (prodigiosine)
Caractères biochimiques
Serratia est une entérobactérie catalase +, oxydase-, fermente le glucose avec
production faible de gaz, possède une nitrate réductase, VP+, LDC+, ODC+,
Citrate+, Urée-, H2S-, ONPG+. Les Serratia possèdent à l'exception de S.
fonticola, une gélatinase, une Dnase et une lipase. S. marcescens et S.
liquefaciens sont très proches. Elles se différencient par la fermentation de
l'arabinose, du D-xylose, du melibiose, et du raffinose : S. marcescens ne
fermente pas ces sucres, par contre fermente l'adonitol contrairement à S.
liquefaciens. S. liquefaciens ne produit jamais de pigment(“Serratia marcescens
(Edition 2018).pdf,” n.d.).
Pouvoir pathogène du groupe K. E. S
Les bactéries K.E.S seraient responsables de près de 10 à 30 % des IN. Leur
pathogénicité s'exprime habituellement chez des malades affaiblis. Elles peuvent
donner lieu à divers types d’infections: infections broncho-pulmonaires,
infections urinaires, infections localisées, septicémies.

II-1-6 Proteus-Providencia
Les Proteus constituent un groupe de bactéries génétiquement très hétérogènes.
Sur la base d'études génétiques, on divise actuellement l'ancien genre Proteus en
trois genres distincts: le genre Proteus proprement dit, le genre Morganelia et le
genre Providencia. Chacun de ces genres est subdivisé en espèces. Parmi celles
d'intérêt médical, on peut citer: Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, Morganella
morganii (ancien Proteus morganii), Providencia rettgeri, Providencia stuartii.

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a) Habitat et épidémiologie
Les bactéries de ce groupe sont ubiquitaires et elles existent aussi sur la peau et
les muqueuses. Bien qu'en petits nombres, elles sont des commensaux du tube
digestif de l'homme et des animaux.(Fares and Djeddai, 2018)

b) Caractères bactériologiques

Caractères morphologiques et culturaux

Bacilles mobiles, de taille 0,3 à 1,0 µm de large sur 0,6 à 6,0 µm de long. A
l'isolement sur gélose ordinaire, les colonies sont: rondes, lisses, à bords
réguliers, de 2 à 3 mm de diamètre. En bouillon, les cultures se développent en
donnant souvent un voile en surface. En milieu gélosé, P. mirabilis et P. vulgaris
peuvent envahir la surface du milieu en formant des ondes concentriques. Cet
essaimage, est dû à la grande mobilité de la bactérie(Fares and Djeddai, 2018).

Caractères biochimiques
Les différentes espèces sont identifiées selon des clés rappelées dans le tableau
ci-dessous :

Proteus Providencia Morganella

mirabilis vulgaris penneri alcalifaciens stuartii rettgeri morganii
Uréase + + + - v + +
(variable)
Indole - + - + + + +
H 2S + + v - - - -
ODC + - - - - - +
Gélatinase + + v - - - -
Adonitol - - - v - + -
Inositol - - - - + + -

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Tableau1 : Principaux caractères distinctifs des Proteus(“Proteus mirabilis

(Edition 2021).pdf,” n.d.)

c) Pouvoir pathogène
Les Proteus sont responsables de nombreuses infection nosocomiale IN comme
les infections urinaires et les infections respiratoires, en particulier chez l'hôte
immunodéprimé. Des méningites à Proteus ont été décrites chez le nourrisson.
Ces bactéries ont la capacité d'acquérir facilement de nombreux caractères de
résistance aux antibiotiques et aux antiseptiques, expliquant qu'elles soient
souvent sélectionnées dans le tube digestif des malades soumis à une
antibiothérapie(Fares and Djeddai, 2018).

II-1-7 Citrobacter
On reconnaît actuellement sept espèces appartenant au genre Citrobacter: C.
freundii, C. koseri, C. farmeri, C. youngae, C. braakii, C. werkmanii, C.
sedlkaki. Seules les deux premières espèces sont retrouvées relativement
fréquemment en pratique clinique(Fares and Djeddai, 2018).

a) Habitat et épidémiologie
Les Citrobacter sont des bactéries commensales du tube digestif de l'homme et
des animaux, mais aussi saprophytes de l'environnement (sol, eaux, eaux usées,
aliments). Les nouveau-nés et les patients immunodéprimés, âgés ou présentant
un terrain débilité sont davantage à risque de contracter l’infection. Chez

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l’ensemble des patients, les infections à Citrobacter comportent un risque de

mortalité de 33 à 48 %(Bouakkaz and Benhadda, 2020).

b) Caractères bactériologiques
Caractères morphologiques et culturaux
Bacilles droits, isolés ou groupés en paire, mobiles par ciliature péritriche, non
capsulés, sauf l'espèce C. freundii. Citrobacter donne sur gélose nutritive des
colonies généralement lisses, légèrement convexes, translucides ou opaques, à
contour régulier et leur diamètre est de 2 à 4 mm, les colonies peuvent avoir un
aspect rugueux ou muqueux(Doran, 1999).
Caractères biochimiques Les principaux caractères biochimiques des
Proteus sont les suivants: ONPG (+), mannitol (+), H2S (+), citrate (+),
LDC (-), TDA (-), ADH (-), VP (-)
Caractères antigéniques Le genre peut être divisé en 43 sérogroupes O
selon l’antigène O du lipopolysaccharide, il faut noter qu’il existe des
communautés antigéniques O entre [Link] et les Salmonelles.

c) Pouvoir pathogène
Les Citrobacter sont essentiellement responsables d'IN, surtout chez les patients
présentant une immunodépression, pneumopathies, surinfections de plaies
chirurgicales, bactériémies essentiellement associées à des infections sur
cathéter. À côté de ce type de pathologies, les bactéries du genre Citrobacter,
surtout C. koseri, sont associées de façon significative à des abcès et des
méningites néonatales.

III- LES ANTIBIOTIQUES

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III.1 Généralité sur les antibiotiques

Le terme d’antibiotique vient du grec « bios » qui signifie la vie et « anti » qui
signifie contre. Le rôle d’un antibiotique vient de son nom : c’est donc
littéralement « agir contre la vie ». Un antibiotique est donc une substance
naturelle, semi-synthétique ou synthétique qui détruit ou bloque la croissance
des bactéries.(Veyssiere, n.d.)

Dans le langage médical, un antibiotique est « une substance chimique

organique d’origine naturelle ou synthétique, inhibant ou tuant les bactéries
pathogènes à faible concentration et possédant une toxicité sélective ». Par
toxicité sélective, on entend que celle-ci est spécifique des bactéries et que la
molécule antibiotique n'affecte pas l'hôte infecté, au moins aux doses utilisées
pour le traitement. Plus généralement, un antibiotique est une substance
antibactérienne. L’antibiotique est différent de l’antiseptique, ce dernier ayant
pour but de détruire un maximum de microbes (bactéries, virus, champignons),
de manière non spécifique, à concentration élevée et ne s’utilise qu’en usage
externe. Les antibiotiques ne sont pas actifs sur les virus. Un antimicrobien qui
agit contre les virus est dit antiviral.

L’antibiothérapie peut être prophylactique, curative, probabiliste ou

documentée. L’antibioprophylaxie ou antibiothérapie préventive vise à prévenir
une infection précise, dans des circonstances définies. On peut faire une
antibioprophylaxie par exemple, pour la prévention des infections post-
opératoires, ou suite à une intervention ou un acte chez le dentiste. Elle s’adresse
à des personnes, à priori non infectées, mais qui ont une forte probabilité de
l’être.

L’antibiothérapie probabiliste vise à prévenir une infection non

caractérisée sur le plan microbiologique, mais est effectuée du fait d’un
diagnostic clinique, ou en attente d’un résultat bactériologique.

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L’antibiothérapie documentée quant à elle repose sur des référentiels et

des stratégies thérapeutiques associant une bactérie à sa pathologie, ou est mise
en place lorsque l’infection est caractérisée sur le plan bactériologique (bactérie
et antibiogramme associés).(Veyssiere, n.d.)

III.2 Les principales familles d’antibiotique

On distingue cinq classes principales d’antibiotiques pour certaines divisées en

sous-classes:

Les bêta-lactamines comprenant les pénicillines des groupes G/V, M, A,

les carboxypénicillines, les uréidopénicillines et les amidinopénicillines,
les carbapénèmes, un monobactam et les céphalosporines
Les aminosides
Les macrolides et apparentés
Les quinolones et fluoroquinolones
Les cyclines

En dehors de ces cinq classes on retrouve aussi () les glycopeptides ou

lipoglycopeptides (vancomycine, teicoplanine, dalbavancine), la fosfomycine,
un lipopeptide (daptomycine), les polymyxines, les phénicols, l’acide fusidique,
les oxazolidinones, les quinoléines, la mupirocine, les sulfamides et
triméthoprine, les produits nitrés et les antituberculeux.(Fares and Djeddai,
2018)

Le spectre d’activité antibactérien regroupe l’ensemble des bactéries sur

lesquelles l’antibiotique est habituellement actif. Leurs indications sont liées au
spectre d’activité et aux caractéristiques pharmacocinétiques et
pharmacodynamiques. Ces paramètres pharmacocinétiques et
pharmacodynamiques conditionnent leur mode d’emploi et leur fréquence

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d’utilisation. Par exemple Il existe pour certaines infections des traitements

monodoses.

Le choix de l’antibiotique à utiliser repose sur plusieurs critères :

- La ou les bactéries dont le spectre d’activité a été documenté ou suspecté

- Le foyer infectieux avec la nécessité d’obtenir une concentration efficace
à ce niveau, la connaissance des propriétés pharmacocinétiques de
chaque antibiotique est indispensable et notamment la diffusion
tissulaire. Certains antibiotiques se concentrent dans les urines et sont
particulièrement intéressants en cas d’infection urinaire. Cela
conditionne leur voie d’utilisation. Par exemple, les aminosides ne sont
pas absorbés au niveau de l’intestin et ne peuvent pas être pris par voie.
Il existe également des collyres, des solutions auriculaires ou nasales et
des pommades contenant des antibiotiques. Ces formes locales sont
parfois suffisantes pour combattre des certaines infections.

Enfin leurs contre-indications et leurs effets indésirables tels que réaction

allergique, diarrhée, photosensibilisation, tendinite, toxicité rénale caractérisent
aussi certaines familles d’antibiotiques. A noter que l’apparition d’un effet
indésirable grave limite l’utilisation ultérieure des médicaments appartenant à la
même famille.(Veyssiere, n.d.)

III-2-1 Les bêta-lactamines

Dans cette famille on retrouve des sous-familles elles-mêmes subdivisées pour
certaines en sous-groupe. Toutes les molécules de cette famille possèdent un
noyau bêta-lactame qui est la partie efficace de la molécule. Des variations au
niveau de la chaîne latérale naturelle ou greffée permettent de modifier les
propriétés de la molécule antibiotique.

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Le groupe principal et le plus ancien est celui des pénicillines qui

comprend le groupe des pénicillines G et V et les formes retard (benzathine
benzylpénicilline), les pénicillines du groupe A (amoxicilline), celles du groupe
M (cloxacilline, oxacilline), les carboxypénicillines (ticarcilline), les
uréidopénicillines (pipéracilline), les aminidopénicillines (pivmécillinam), la
témocilline (dérivé de la ticarcilline).
Le second sous-groupe principal derrière les pénicillines, est celui des
céphalosporines avec les céphalosporines de 1ère génération ou C1G
(céfalexine, céfalotine, céfazoline…), les céphalosporines de 2ème génération
ou C2G (céfuroximes, céfoxitine…), les céphalosporines de 3ème génération ou
C3G divisées en forme orale (céfixime, cefpodoxime, céfotiam) et forme
injectable (céfépime, céfotaxime, ceftazidime, ceftriaxone). Des nouvelles
céphalosporines anti-SARM rentrent dans ce groupe, il s’agit de ceftaroline et
ceftobiprole.
Dans les bêta-lactamines on a ensuite les carbapénèmes avec l’ertapénem,
l’imipénem et le méropénem ainsi qu’un monobactam, l’aztréonam. Certains
inhibiteurs de bêta-lactamases (acide clavulanique, sulbactam, tazobactam)
possèdent également un noyau bêta-lactame. Ces inhibiteurs sont toujours
utilisés en association. L’avibactam est également un inhibiteur des bêta-
lactamases mais ne possède pas de noyau bêta lactame comme les précédents.
(Veyssiere, n.d.)

III-2-2 Les aminosides

Dans cette famille, on distingue des sous-groupes en fonction de la substitution
sur l’aminocyclitol (génine). L’amikacine et la tobramycine (dérivés de la
kanamycine), ainsi que la gentamicine et ses dérivés (nétilmicine) appartiennent
au sous-groupe des désoxystreptamines substitués en 4,6. La néomycine
appartient au sous-groupe des désoxystreptamines substitués en 4,5. La

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streptomycine est un dérivé non substitué de la streptamine(Eyquem et al.,

2000).

III-2-3 Les macrolides et apparentés

On va distinguer les macrolides vrais ou macrolides à 14 chaînons ou C14
(clarithromycine, érythromycine qui est le chef de file, roxithromycine,
diritromycine), les macrolides particuliers avec les azalides à 15 chaînons
(azithromycine) et les kétolides à 15 chaînons également (télithromycine dont la
commercialisation a cessé récemment) ainsi que les macrolides à 16 chaînons
(spiramycine et ses dérivés : josamycine, midécamycine).

Dans la catégorie des apparentés, on retrouve des molécules de structures

chimiques différentes, mais dont l’activité anti-bactérienne est proche, que sont
les lincosamides (clindamycine, lincomycine) et les synergistines (dalfopristine,
quinupristine et pristinamycine étant la seule disponible actuellement).
(Veyssiere, n.d.)

III-2-4 Les quinolones et fluoroquinolones

Dans cette famille, plusieurs sous divisions sont acceptées, ici nous les
subdiviserons en quinolones urinaires avec les quinolones de 1ère génération
(acide pipémidique, fluméquine) déremboursées en 2018 et dont l’arrêt de
commercialisation date du début d’année 2019 et fluoroquinolones (énoxacine,
loméfloxacine, norfloxacine qui est à visée urinaire), les fluoroquinolones à
visée systémique (ciprofloxacine, ofloxacine, péfloxacine qui a été supprimé) et
enfin les fluoroquinolones dites antipneumococciques qui vont agir
essentiellement sur le pneumocoque (lévofloxacine, moxifloxacine).

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Cette famille d’antibiotique est à utiliser avec précaution car elle présente
de nombreuses résistances et sera donc à éviter en première intention(Veyssiere,
n.d.).

III-2-5 Les cyclines

Elles sont appelées ainsi à cause de leurs quatre cycles accolés. Dans cette
famille on retrouve la doxycycline, lymécycline, minocycline et tigécycline
(disponible seulement à l’hôpital).(Veyssiere, n.d.)

III.3 Mécanisme d’action des Antibiotique

Les antibiotiques agissent sur les bactéries de diverses manières par l’inhibition
spécifique d’une étape précise de leur fonction Certains empêchent la formation
de leurs enveloppes protectrices (membrane et paroi). D’autres substances
agissent en bloquant certaines réactions chimiques indispensables à leur
métabolisme. Enfin, certains antibiotiques empêchent la traduction de leur
information génétique (leurs gènes) en protéines.(Okeke et al., 2005)

III-3-1 Antibiotiques inhibant la synthèse de la paroi bactérienne :

(β-lactamines, glycopeptides, fosfomycine)

III-3-1-1 Les β-lactamines :

Les β-lactamines bloquent la synthèse de la paroi par inhibition de la

transpeptidase via une liaison avec une protéine de liaison à la pénicilline (PLP);
ce qui entraine une inhibition de la synthèse du peptidoglycane. Au cours de la
croissance bactérienne, il n’y aura pas de synthèse d’une véritable paroi. Ainsi la
bactérie se déformera jusqu’à sa lyse et sa mort. Ces molécules représentent une
grande famille d’antibiotiques bactéricides comprenant 4 sous familles, les

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pénames (pénicilline), les céphèmes (céphalosporine), les monobactames

(aztréonam) et les pénèmes (carbapénème)(Sadikalay, 2018).

III-3-1-1-1 Les pénames (pénicilline) :

Les pénicillines sont formées du cycle β-lactame associé à un cycle thiazolidine

et sont les premiers antibiotiques qui ont été synthétisés de manière
industrielle(Kong et al., 2010). Elles sont divisées en plusieurs molécules :

- Les pénicillines naturelles, comme les pénicillines G et V

(respectivement benzylpénicilline et phénoxypénicilline), qui sont
utilisées pour traiter les infections à bactéries Gram+ aérobies et sont
sensibles aux pénicillinases.
- Les pénicillines résistantes aux pénicillinases, aussi appelées pénicillines
M comme la méthicilline, l’oxacilline et la cloxacilline, qui sont surtout
utilisées pour traiter des infections impliquant des souches de
staphylocoques produisant des pénicillinases.
- Les aminopénicillines, comme l’ampicilline et l’amoxicilline. Leur
groupement amine les rend plus hydrophiles, ce qui facilite leur prise en
charge par les porines présentes chez les Gram-. Elles sont utilisées
contre les bactéries à Gram+ aérobies, les coques à Gram- et certaines
entérobactéries comme E. coli et P. mirabillis par exemple. Elles sont
sensibles aux pénicillinases, et de ce fait, utilisées en combinaison avec
un inhibiteur de β-lactamases, par exemple amoxicilline + acide
clavulanique. Les pénicillines à large spectre (ou carboxypénicillines)
comme la ticarcilline, la carbénicilline, dont les groupements en chaine
latérale les rendent plus perméantes encore que les aminopénicillines
pour les bactéries à Gram- et plus résistantes aux pénicillinases. Elles
sont utilisables contre Pseudomonas aeruginosa, Proteus et Enterobacter.

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- Les uréidopénicillines, comme la pipéracilline administrable par voie

intraveineuse et intramusculaire, sont également des pénicillines
antipyocyaniques et sensibles aux pénicillinases. Par conséquent, la
pipéracilline peut être associée au Tazobactam(Boutal, 2017).

III-3-1-1-2 Les céphèmes (céphalosporine) :

Chez les céphalosporines, le cycle thiazolidine est remplacé par un cycle

dihydrothiazine qui possède un carbone supplémentaire. Elles ont été
découvertes par Giuseppe Brotzu en 1940 à partir d’un champignon,
Cephalosporium acremonium. Actuellement, il existe quatre générations de
céphalosporines classées selon leur date de mise sur le marché et leur spectre
d’activité.

- Les céphalosporines de première génération (C1G : céfalotine,

céfazoline), avec un spectre d’action comparable aux pénicillines M, sont
actives contre les cocci à Gram+ et certains bacilles à Gram -, mais elles
restent toutefois sensibles aux pénicillinases.
- Les céphalosporines de deuxième génération (C2G : céfamandole,
céfuroxime et céfoxitine), sont plus résistantes aux β-lactamases. Elles
possèdent un spectre d’action plus large (vers les Gram-) et une meilleure
diffusion tissulaire que les C1G. Elles sont notamment utilisables dans
des infections respiratoires, urinaires et ostéo articulaires. Les
céphalosporines de troisième génération (C3G : céfotaxime, ceftazidime
et ceftriaxone) ont un spectre d’action moindre pour les Gram+ mais plus
élargi pour les Gram- (Palandino, n.d.) telles que les entérobactéries et
Pseudomonas aeruginosa. Elles sont utilisables à plus faible
concentration et sont plus résistantes aux céphalosporinases que les C1G
et C2G. Elles sont principalement employées dans le traitement

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d’infections nosocomiales. Elles offrent une bonne pénétration tissulaire

et traversent la barrière hémato-encéphalique. Malheureusement ces
molécules sont hydrolysées par les céphalosporinases (à spectre étendu).
- Les céphalosporines de quatrième génération (C4G : céfépime et
cefpirome), résistent mieux à l’hydrolyse des céphalosporinases que les
C3G. De plus elles ont une meilleure affinité pour les protéines liants la
pénicilline (PLP)(Boutal, 2017).

β-lactamases ce qui permet d’élargir le spectre antibactérien ou de restaurer

une activité sur certaines espèces devenues résistantes. Les trois cités le plus
souvent sont l’acide clavulanique, le tazobactam et le sulbactam. Ces
molécules sont des substrats suicides des β lactamases auxquelles ils se lient
de façon irréversible, protégeant ainsi les β- lactamines de l’inactivation
enzymatique.(Drawz and Robert, n.d.)

III-3-1-1-3 Les monobactames (aztréonam) : Représentés par l’aztréonam,

qui a une activité sur les bacilles à Gram négatif comparable à celles des
céphalosporines de 3ème génération, mais elle est inactive sur les bactéries à
Gram+ et les anaérobies(Bryskier, 1999)

III-3-1-1-4 Les pénèmes (carbapénème) :

Les carbapénèmes sont les β-lactamines les plus récemment développées
avec le spectre d’activité le plus large : Gram- et Gram+. De plus, ils sont
résistants à la plus part des β-lactamases, y compris les β-lactamases à
spectre élargi, et sont donc des candidats de choix pour traiter des infections
impliquant des organismes résistants. Ce sont des antibiotiques dits de
“dernier recours”. L’imipénème est, de toutes les β-lactamines, celle avec le
spectre le plus large. Leur usage est principalement limité au milieu

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hospitalier pour traiter les infections nosocomiales, mais l’incidence des

entérobactéries produisant des BLSE tant à l’hôpital que dans la population
pourrait entrainer une augmentation de leur utilisation(Pitout et al., 2005)

III-3-1-2 Les glycopeptides:

Sont des molécules complexes qui se fixent au niveau des extrémités
peptidyl-D-Ala D-Ala des précurseurs lipopeptidiques du peptidoglycane
lors de leur transport à travers la membrane cytoplasmique et inhibent ainsi
les étapes de transglycosylation et transpeptidation. Ces molécules ont un
effet bactéricide principalement sur les bactéries Gram + car elles ne
traversent pas la paroi des bactéries Gram-)(Sadikalay, 2018)

III-3-1-3 La fosfomycine :
Est un antibiotique bactéricide à large spectre (Gram + et Gram-) qui agit en
inhibant la synthèse de la paroi bactérienne par action sur la pyruvyl
transférase. Il est utilisé en association avec le trométamol qui améliore son
adsorption digestive, essentiellement en monodose comme traitement de
première intention de la cystite non compliquée(Guyomard Rabenirina,
2016).

III-3-2 Antibiotiques avec une action sur la membrane cytoplasmique :

Les antibiotiques de cette catégorie s’insèrent au niveau des phospholipides
de la membrane externe des bactéries ; ce qui a pour effet de perturber la
perméabilité membranaire (augmentation anormale), et de permettre la
diffusion de substances hydrosolubles hors de la bactérie, ce qui entraîne sa
destruction.
La colistine est un antibiotique bactéricide qui agit, essentiellement, sur les
bactéries aérobies à Gram négatif. Cet antibiotique est, généralement, utilisé

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en milieu hospitalier. De par son effet polycathionique, cet antibiotique (à la

fois hydrophile et lipophile) désorganise les groupes phosphates des
lipopolysaccharides de la membrane des bactéries. Cette interaction entraine
une augmentation de la perméabilité de la membrane ; conduisant à la fuite
du contenu intracellulaire.
La daptomycine est un lipopeptide cyclique polyanionique, appartient à une
nouvelle classe d’antibiotique uniquement active sur les bactéries Gram+.
En présence d'ions calcium, l’antibiotique se lie à la membrane bactérienne
des cellules en phase de croissance, et en phase stationnaire, entraînant,
ainsi, une dépolarisation et aboutissant à une inhibition rapide de la synthèse
protéique de l’ADN et de l’ARN aboutissant à la mort des
bactéries(Sadikalay, 2018)

III-3-2 Antibiotiques inhibant la synthèse protéique : (tétracyclines,

macrolides, aminosides, phénicolés)

III-3-2-1 Les tétracyclines :

Les tétracyclines sont des antibiotiques bactériostatiques dont le spectre
d’activité s’étend à des bactéries Gram + et Gram-. Les tétracyclines vont
atteindre leur cible après un passage de la membrane externe des Gram - par
des porines puis un transport actif au travers de la membrane cytoplasmique
via des transporteurs. Cette molécule interfère avec la sous unité ribosomale
30S en perturbant l’attachement de l’ARN). Les tétracyclines ont été
découvertes dans les années 1940, mais ont perdu beaucoup de leurs
indications devant la diffusion de gènes de résistance (Guyomard
Rabenirina, 2016)

III-3-2-2 Les macrolides:

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Les macrolides sont des molécules naturelles produites par Streptomyces

spp. ou obtenues par hémi-synthèse. La première molécule isolée en 1950 a
été appelée pikromycine à cause de son gout amer (du grec pikro signifiant
amer). Ils sont constitués d’un noyau lactonique et sont classés en fonction
de la taille de ce cycle sur lequel est fixé un sucre aminé et/ou un sucre
neutre. Un des plus connus est l’érythromycine. Ils sont surtout efficaces
contre les bactéries aérobies à Gram+. Du fait de l’imperméabilité partielle
de la membrane externe des bactéries à Gram - à ces composés
hydrophobes, leur concentration dans le cytoplasme est 100 fois plus faible
que chez les Gram+(Mao and Putterman, 1968). Leur spectre d’action
ressemble à celui de la pénicilline, c’est pour ça sont utilisés comme
alternative aux β lactamines chez les bactéries Gram positif.

III-3-2-3 Les aminosides :

Les aminosides sont des antibiotiques bactéricides. En se liant de façon
irréversible aux sous unités 30S et 50S du ribosome, ils occasionnent une
accumulation d’erreurs dans les protéines synthétisées ; entrainant la
désorganisation et l’altération de la paroi bactérienne. La streptomycine est
le premier antibiotique découvert au sein de cette classe qui a été introduite
en thérapie en 1944(Sadikalay, 2018).

III-3-2-4 Les phénicolés :

Les phénicolés se fixent à la sous-unité 50S des ribosomes bactériens. Ils
inhibent la synthèse des protéines (transpeptidation) en empêchant la liaison
du complexe amino-acyl ARNt à son site de fixation. A l’exemple du
chloramphénicol, ce sont des antibiotiques bactériostatiques à large spectre,
mais leur utilisation reste limitée à cause de leur toxicité médullaire.
L’antibiotique se lie spécifiquement aux résidus A2451 et A2452 de l’ARNr

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23S de la sous unité 50S du ribosome bactérien, et empêche la formation de

la liaison peptidique(Sadikalay, 2018).

III-3-3 Antibiotique inhibant la synthèse des acides nucléiques :(quinolones

et rifampicine)
III-3-3-1 Les quinolones :
Ces molécules sont une des trois principales familles d’antibiotiques
utilisées en thérapeutique humaine et vétérinaire. Ce sont des antibactériens
de synthèse dérivés de l’acide nalidixique, chef de file des quinolones
classiques, longtemps indiquées dans le traitement des infections
urinaires(Honoré et al., 2006)

III-3-3-2 La rifampicine :
Elle appartient à la famille des ansamycines qui sont des molécules
lipophiles traversant facilement les membranes. Elles sont composées de
deux cycles aromatiques reliés par une chaîne aliphatique.
C’est une molécule à large spectre qui inhibe la transcription au niveau de
son initiation par blocage de l’ARN polymérase ADN dépendante.
Elle est un antibiotique bactéricide avec un effet post-antibiotique du fait de
sa liaison irréversible à sa cible(Boutal, 2017).

III-3-4 Antibiotiques qui inhibent une voie métabolique (L’inhibition de la

synthèse des folates) :(sulfamides, triméthoprime)
Les bactéries ont besoin de produire de l’acide folique (par voie
métabolique) qui est un cofacteur de la synthèse des bases puriques et
pyrimidiques, et est donc indispensable pour la production du matériel
génétique. Les antibiotiques agissent par inhibition compétitive de la
dihydroptéroate synthétase (DHPS) en se substituant à l’acide para

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aminobenzoïque (PABA) par analogie structurale ; ce qui empêche la

synthèse d’acide folique nécessaire à la croissance de certaines bactéries.
Les sulfamides sont des antibiotiques synthétiques bactériostatiques, avec un
spectre d’action large. Le triméthoprime est un anti-infectieux
bactériostatique et est un inhibiteur compétitif de la dihydrofolate réductase
qui catalyse la réduction de l’acide dihydrofolique en acide
tétrahydrofolique. Il est utilisé en association avec le sulfaméthoxazole, un
sulfamide. Cette combinaison, également connue sous le nom de
Triméthoprime+sulfaméthoxazole, est utilisée pour son effet bactéricide
(Sadikalay, 2018).

VI- RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACILES GRAM

NEGATIFS

IV-1 Mécanismes de résistance

La résistance aux antibiotiques peut résulter de plusieurs mécanismes :
production d’une enzyme modifiant ou détruisant l’antibiotique, modification de
la cible de l’antibiotique, imperméabilisation de la membrane de la bactérie…
Tous ces mécanismes peuvent être isolés ou associés et c’est dans ce dernier cas
de figure qu’ils vont être difficiles à contourner.

IV-1-1 Modification de la cible

IV-1-1-1 Modification qualitative

Cette modification qualitative peut se faire par mutation de la cible de
l'antibiotique, en effet les antibiotiques se fixent sur une cible précise dans la
cellule : paroi, ribosome... Une modification consécutive à une mutation ou par
des protéines empêchant l’accès au site de fixation suffit souvent à empêcher la

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liaison. C'est l'un des mécanismes de résistance à la streptomycine, qui fût l'un
des premiers antibiotiques utilisé pour traiter la tuberculose devenu obsolète
aujourd’hui.

En ce qui concerne la modification de la cible, les bactéries peuvent aussi

sécréter une enzyme spécifique qui effectue une modification chimique
covalente de la cible, par exemple par une méthylation qui inhibera la fixation
de l'antibiotique. Ce type de mécanisme est rencontré dans la résistance aux
macrolides, où une méthylase confère une résistance en modifiant l'ARN
ribosomique au niveau du site de liaison de l'antibiotique.

Un dernier cas de figure peut aussi se présenter et relève de la résistance innée,

c’est l’absence de paroi chez les bactéries du genre Mycoplasma qui est
responsable de leur résistance naturelle aux β-lactamines car ces antibiotiques
agissent sur la paroi au niveau des PLPs.

IV-1-1-2 Modification quantitative

Cette modification se traduit par la surexpression de la cible de l'antibiotique. En
produisant davantage de la macromolécule ciblée, la bactérie arrive à maintenir
suffisamment d'activité biologique pour se développer, malgré la présence de
l'antibiotique qui est alors dépassé et l’augmentation des concentrations ne
peuvent contrer ce phénomène.

Inactivation de l’antibiotique De nombreuses souches résistantes fabriquent une

enzyme qui modifie ou qui clive la molécule d'antibiotique, la rendant inactive.
C'est le mécanisme principal de résistance aux β-lactamines (famille de la
pénicilline et des céphalosporines) qui implique les enzymes de la famille des β-
lactamases. Les scientifiques ont ainsi tenté de contourner ce phénomène en
synthétisant des inhibiteurs de bêta-lactamases qu’ils ont associés aux
pénicillines ou céphalosporines (pour l’avibactam) déjà existantes par exemple

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l’association amoxicilline-acide clavulanique. Ce mécanisme d’inactivation est

le plus fréquent.

IV-1-2 Inactivation de l’antibiotique

De nombreuses souches résistantes fabriquent une enzyme qui modifie ou qui

clive la molécule d'antibiotique, la rendant inactive. C'est le mécanisme
principal de résistance aux β-lactamines (famille de la pénicilline et des
céphalosporines) qui implique les enzymes de la famille des β-lactamases. Les
scientifiques ont ainsi tenté de contourner ce phénomène en synthétisant des
inhibiteurs de bêta-lactamases qu’ils ont associés aux pénicillines ou
céphalosporines (pour l’avibactam) déjà existantes par exemple l’association
amoxicilline-acide clavulanique. Ce mécanisme d’inactivation est le plus
fréquent.

IV-1-3 Diminution de la quantité d’antibiotique

Dans ce cas l’antibiotique n’est pas modifié mais il ne peut plus atteindre sa
cible en quantité suffisante.

IV-1-3-1 L'efflux des antibiotiques

Les bactéries sont capables d'éliminer les antibiotiques par pompage actif hors
de la cellule, qui efflue les composés toxiques au dehors. C'est l'un des
mécanismes de résistance de Pseudomonas aeruginosa, pathogène opportuniste
responsable de nombreuses infections nosocomiales.

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IV-1-3-2 La réduction de la perméabilité membranaire

La bactérie empêche la pénétration de l’antibiotique dans la cellule dans laquelle

celui-ci doit entrer pour atteindre sa cible. La « porte d’entrée » est représentée
par des pores sont normalement constitués de protéines qui forment des canaux
et que l'on appelle des porines. Les bactéries résistantes réduisent leur nombre
de porines et déstabilisent ainsi ces canaux.

Figure 5 : Mécanismes d’action de la résistance aux antibiotiques (Bruno and

Evelyne, n.d.)

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V- LES DIFFERENTS FACTEURS QUI FAVORISENT L’EMERGENCE

DE LA RESISTANCE DES BACTERIES DANS LE MONDE

Bien que l’apparition de la résistance à un antibiotique soit un phénomène

biologique naturel, un bon nombre de facteurs liés au sous-développement
contribuent non seulement à amplifier le processus mais aussi à la diffusion de
cette résistance. Ces facteurs peuvent être liés à des déficiences dans le système
médical (personnels, infrastructures), à l’usage inapproprié des antibiotiques,
aux conditions socio-économiques, à l’antibiothérapie dans la filière animale.
Nous verrons ci-dessous, quelques un de ces points

V-1 Les conditions socio-économiques défavorables

Le facteur le plus important favorisant l’émergence de la résistance dans les
pays en développements PED est la pauvreté. En effet, les conditions
économiques défavorables associent la malnutrition, l’inaccessibilité à l’eau
potable et aux bonnes conditions d’hygiène ce qui augmente chez ces
populations le risque d'acquérir des infections et le risque de transmission des
bactéries résistantes. Par ailleurs, la pauvreté ne permet pas à une majorité de
cette population d’avoir accès à des traitements antibiotiques de qualité. Une
étude Ougandaise a montré que la pauvreté était responsable des arrêts
prématurés de traitements chez certains patients ou au partage d'une dose unique
de traitement par une famille entière(Ouedraogo, n.d.).

V-2 Le manque de ressources humaines qualifiées

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En Afrique de l’Ouest comme dans la plupart des pays à ressources limitées, les
services de santé ne possèdent pas suffisamment de personnels formés dans le
domaine de l’infectiologie, de la microbiologie ou de l’épidémiologie capables
de poser un diagnostic et de proposer un traitement antibiotique adapté aux
infections bactériennes. De ce fait, de nombreux patients sont traités avec des
antibiothérapies inadéquates et parfois avec des doses sous optimales. Dans ce
contexte, ces traitements empiriques ont bien trop souvent peu ou pas d’effet sur
l’infection bactérienne mais peuvent contribuer à la sélection de mutants
résistants aux antibiotiques utilisés(Fares and Djeddai, 2018).

V-3 Le manque d’infrastructure pour le diagnostic étiologique et

l’évaluation de la résistance aux antibiotiques

La prescription des antibiotiques exige une bonne approche diagnostique

incluant l'établissement d'un diagnostic étiologique soit par l’isolement et
l’identification de l’agent infectieux, soit par des tests de sérologie permettant
d’établir le contact avec le pathogène(Okeke et al., 1999). Dans les pays à
ressources faibles, ces options diagnostiques sont limitées car, en général, il
existe très peu de structures de santé qui disposent de laboratoires appropriés. Et
dans les cas où il en existe, ils sont classiquement peu équipés et ne permettent
que de faire des examens de base comme la microscopie. Dans ces conditions, la
plupart des traitements sont présomptifs et basés sur les données de la littérature
issues de pays développés qui ne partagent pas forcément la même écologie
microbienne et peuvent donc être mal adaptés(Ouedraogo, n.d.)

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V-4 L’absence de réseaux nationaux et régionaux de surveillance de la

résistance

A cause du manque de ressources humaines qualifiées et de l’absence de

capacité de diagnostic microbiologique de routine, il n’existe pas de système de
surveillance de la résistance dans la plupart des pays à ressources limitées
comme ceux d’Afrique de l’Ouest. Pourtant, cette surveillance pourrait
contribuer à générer des données fondamentales et à évaluer l’ampleur de la
résistance. L’absence de ces données essentielles empêche donc la mise en place
de stratégies adaptées et la révision régulière des protocoles thérapeutiques. Elle
entraine également la multiplication des prescriptions antibiotiques non
adaptées par des prescripteurs très souvent peu qualifiés(Ouedraogo, n.d.).

V-5 L’usage inapproprié et la filière non sécurisée des antibiotiques

L’usage abusif des antibiotiques ou leur utilisation inadéquate est

principalement responsable de l’émergence de la résistance aux antibiotiques.
Dans les PED, l’endémicité des maladies infectieuses, le nombre croissant de
personnes présentant des déficits immunitaires plus marqués et l’utilisation
accrue des procédures invasives augmentent la consommation des antibiotiques

Il est clair que dans ces pays, de nombreux facteurs concourent parfois à 86 une
utilisation non rationnelle de ces antibiotiques(Okeke et al., 2005).

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V-6 L’antibiothérapie dans la filière animale

L'utilisation d'antibiotiques dans la filière animale à but thérapeutique,

prophylactique ou comme additifs alimentaires contribue largement à
l’émergence de la résistance aux antibiotiques aussi bien chez les animaux que
chez l'homme. Des études épidémiologiques ont montré que l’alimentation
d'origine animale est la source de la majorité des infections par Campylobacter,
Yersinia, Escherichia coli, des salmonelles non-typhiques et bien d’autres
pathogènes. Ces études, tout comme d’autres, ont aussi prouvé que l’utilisation
des antibiotiques dans la filière animale constituait une pression de sélection et
favoriserait la transmission de mutants résistants à l’homme soit par contact
direct, soit par l’alimentation(Aarestrup et al., 2001).

CHAPITRE 2 : MATERIEL ET METHODES

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I- CADRE D’ETUDE

I-1 Cadre Institutionnel

L’Ecole Polytechnique d’Abomey- Calavi (EPAC), ex Collège Polytechnique
Universitaire (CPU) a été créé en février 1977. C’est un établissement
universitaire public à caractère scientifique. Elle est basée dans la formation
professionnelle et la promotion de la recherche scientifique et technologique.
Elle est constituée de deux secteurs que sont : le secteur industriel et le secteur
biologique. Elle dispose également de plusieurs laboratoires et aussi des unités
d’applications qui offrent des prestations de services au public et qui constituent
des plateaux de renforcement d’aptitudes pratiques. Nous avions reçu notre
formation dans le secteur biologique plus précisément dans le département de
Génie de Biologie Humaine(GBH).

Nous avions été formés pendant trois années pour obtenir le statut de Technicien
de Laboratoire d’Analyses Bio Médicales.

I-2 Cadre technique et cadre de manipulation

I-2-1 Historique et situation géographique

Le laboratoire « TOXI-LABO » est un laboratoire privé d’analyses biomédicales

de Cotonou. Il a été fondé vers 1989 par Feu Docteur ADEBO Falilou Docteur
en Pharmacie et en Toxicologie. Il est actuellement dirigé par le Général
Professeur ABDOULAYE Idrissou. Il est le Directeur. Il est situé dans le
septième arrondissement de Cotonou au quartier Maro militaire, rue 204. Le
laboratoire est situé à l’angle droit de la rue faisant face à la rue de Benin Royal
Hôtel juste au niveau de l’entreprise BÂTIMAT.

I-2-2 Présentation du laboratoire

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Le bâtiment s’étant du rez-de-chaussée à l’étage. Le rez-de-chaussée abrite un

hall servant de salle d’attente et de salle d’accueil. Il s’y trouve la caisse où sont
effectués l’enregistrement des clients et les examens qu’ils désirent effectuer.
Après avoir soldé, le client patiente le temps qu’il soit reçu pour le prélèvement.
Les prélèvements sont effectués dans deux salles distinctes : une salle pour le
prélèvement sanguin et une autre plus fermée pour les prélèvements spéciaux
(prélèvement vaginal et urétral, prélèvement de sperme…).
Une grande salle à plusieurs dimensions sert de laboratoire de routine. Elle
abrite la Section de Sérologie, la Section de Parasitologie, la Section
d’Hématologie/Hémostase et la Section d’Endocrinologie. Elle est constituée
également d’une palliasse de rédaction et d’un secrétariat où sont saisis et
imprimés les résultats. Dans le même couloir sont situées les Sections de
Biochimie et de Bactériologie abritées dans deux différentes salles. Le
laboratoire est doté aussi de deux magasins de stockage d’équipements et de
consommables, de deux toilettes interne et externe, d’une salle de séjour. Dans
ce bâtiment à l’étage et au rez-de-chaussée sont installés les bureaux
administratifs, le bureau du Directeur et la salle des caméras.
Le Laboratoire TOXI-LABO est ouvert tous les jours de sept (07) heures à dix-
huit (18) heures et ceci du lundi au vendredi. Les samedis et pendant certains les
jours fériés il est ouvert de sept (07) heures à seize (16) heures. Le personnel est
composé de huit biologistes médicaux, d’un comptable, d’un secrétaire de
comptable, d’un agent d’entretien, de deux gardiens et d’un blanchisseur. Deux
équipes de quatre biologistes médicaux travaillent à la réalisation des analyses.
Une équipe commence de sept (07) heures à quinze (15) heures puis est relayée
par la deuxième équipe qui est là de onze (11) heures à dix-huit (18) heures.
Le laboratoire dispose d’un stérilisateur, d’un autoclave, de plusieurs
réfrigérateurs, d’une étuve bactériologie, de microscopes, de plusieurs
ordinateurs PC. Il dispose aussi de plusieurs grands automates de sérologie, de
biochimie, d’endocrinologie, d’hématologie, d’hémostase et d’électrophorèse
(COBAS C311, VIDAS, Sysmex NX-550i….). On distingue aussi l’automate de
bactériologie (VITEK Biomerieux).

I-2-3 Les différentes sections présentes à TOXI-LABO

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Section d’hématologie/hémostase
Section de parasitologie
Section de sérologie
Section de biochimie
Section d’Immunologie et Vidas
Section de Bactériologie

I-2-4 Déroulement des stages

Notre stage au laboratoire d’analyses biomédicales TOXI-LABO, a débuté du
03 Juin 2024 et a pris fin le 03 Septembre 2024. Les six (06) premières semaines
étaient consacrées aux prélèvements et aux activités de paillasse dont au moins
quelques jours d’observation. Les six (06) dernières semaines ont été consacrées
aux travaux allant dans le cadre de la rédaction et de l’étude. Les activités
quotidiennes démarrent à sept (07) heures. Avant toutes choses‚ le nettoyage
était effectué dans les salles de prélèvement et sur les paillasses des différentes
sections. Ensuite, place aux différents prélèvements qui s’effectuent sur chaque
client selon les examens demandés. Les échantillons sont au fur et à mesure
transférer au laboratoire pour l’exécution des analyses. Les cahiers de paillasse
sont remplis suivant les analyses et les informations des fiches de prélèvements.
Par la suite nous étions admis à effectuer certaines analyses.

II- Matériel
II-1 Matériel Biologique
L’échantillonnage qui constitue la présente étude, prend en compte :
Uniquement les échantillons venant du laboratoire TOXI-LABO
Les clients ayant respectés les conditions de prélèvement de chaque type
d’échantillon
Etude cytobactériologique des urines (ECBU)
Spermoculture (SP+CULT)
Etude cytobactériologique du prélèvement urétral (PU)
Etude cytobactériologique du prélèvement de (PUS)

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II-2 Matériel de manipulation
Les équipements et consommables utilisés sont résumés dans le tableau 2. Quant
aux milieux de cultures et réactifs utilisés, ils sont recensés respectivement dans
les tableaux 2 et 3.

Consommables Equipements
- Ensemenceur - Réfrigérateur
- Boite de pétri - Etuve
- Eau de javel - Bec Bünsen
- Gaz - Microscope optique
- Lames et Lamelles - Vitek 2 Compact
- Tubes à hémolyse - Cellule de Malassez
- Seringue stérile à usage unique - Compteur manuel
+ aiguille 21G - Portoir
- Eau physiologie
- Tubes Eppendof stériles
- Papier pH ou pH-mètre
- Papier essuie
- Jarre CO2

Tableau 2 : Consommables et équipements

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Milieux de cultures Réactifs et colorants
- Gélose Eosine Bleu de Méthylène - Coloration de Gram
(EMB) Violet de Gentiane, Lugol, Alcool 70°,
- Gélose au sang frais Fuchsine
- Gélose de Chapman - Eau oxygénée
- Gélose chocolat +VCN - Eosine 5%
- Gélose Müller Hinton - Eau
- Gélose CLED - GIEMSA
- Diluant et tablette d’identification
pour le Vitek

Tableau 3: Milieux de culture et réactifs utilisés

II-3 Méthode d’étude

II-3-1 Type d’étude

Il s’agit d’une étude rétrospective effectuée sur le premier semestre des années
2023 et 2024. En ce qui concerne les critères d’inclusion, l’étude n’a pris en
compte que les patients ayant réalisé : ECBU, SP+CULT, PU et PUS.

II-3-2 Période et lieu d’étude

Cette étude est réalisée dans un laboratoire d’analyses biomédicales privée «
TOXI-LABO » au cours de la période allant du 10 juin au 10 septembre 2024.

II-3-3 Prélèvement

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Le prélèvement est la phase primordiale de tout examen biologique car il permet
d'obtenir l'échantillon à analyser. Presque 90% des erreurs au laboratoire
d'analyse biomédicale s'effectuent lors du prélèvement. Il est indispensable de
respecter certaines conditions obligatoires avant de réaliser les examens
bactériologiques qui concernent notre étude.

Prélèvement urétral :

Les conditions de prélèvement étaient les suivantes:

- Le patient doit respecter une rétention urinaire d’au moins 3h en absence

d’écoulement sinon 1h en présence d’écoulement,
- Il est assis ou en position semi-allongée lors du prélèvement,
- S’abstenir de la prise de substance antibiotique durant une période d’au
moins 10jours ,
- Le prélèvement est réalisé avec un écouvillon stérile ayant un diamètre
compris entre 1 et 2cm.

Prélèvement de PUS :

Les conditions de prélèvement étaient les suivantes :

- Le prélèvement doit être réalisé avant toute antibiothérapie probable,

- Avant le prélèvement le patient doit éviter de désinfecter ou d’utiliser une
solution antiseptique au niveau de plaie pour ne pas éliminer les probables
bactéries responsable de sa suppuration avant le prélèvement du PUS,
- Le prélèvement est réalisé avec un écouvillon stérile.

Prélèvement d’échantillon de sperme :

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Les conditions de prélèvement étaient les suivantes :

- Une abstinence de trois jours devrait être strictement respectée,

- Le prélèvement est fait au laboratoire par masturbation sans savon, ou
parfois par coït interrompu avec les règles d’hygiènes mises en vigueur ;
Le recueil du sperme s’effectue dans un pot stérile en plastique fermé.

Prélèvement d’échantillon d’ECBU :

Les conditions de prélèvement étaient les suivantes :

- L’échantillon doit provenir des premières urines du matin,

- Le patient doit désinfecter son appareil génital avant la collecte des urines,
- La femme doit effectuer sa toilette intime avant la collecte,
- Les nouveaux nés quant à eux, l’on leur monte une poche d’urine après
avoir réalisé la désinfection de leur appareil génital
- Doit s’assurer d’annuler le premier jet et recueillir le milieu du jet dans un
flacon stérile.

II-3-4 Milieux de cultures

Les milieux de cultures sont préparés à l’avance selon les besoins d’utilisation.
La préparation était effectuée selon des règles données.

II-3-5 Traitement des données

Les données sont traitées avec Microsoft Excel, le logiciel JAMOVI et le logitiel
SPSS.

II-3-6 Manipulation

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A l’examen macroscopique sur l’echantillon

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