Université Cheikh Anta Diop
Faculté des Sciences et Technique
Dpt Maths-Informatique
Master 1 Bio Informatique
Introduction à la bioinformatique
La Bioinformatique: définition
Biologie in situ Environnement naturel
Biologie in vivo Organisme entier
Biologie ex vivo Niveau cellulaire
Biologie in vitro Niveau moléculaire
Biologie in silico Bioinformatique
La bioinformatique : définition
Bioinformatique = biologie théorique
Ensemble des concepts et techniques nécessaires pour
interpréter:
- l’information génétique (manipulation de séquences)
- l’information structurale (repliement 3D)
C est le décryptage de la bio- information
Le but de la bioinformatique
Bioinformatique = traitement numérique des informations + approche
théorique ➔
- Effectuer la synthèse des données disponibles
- Énoncer des hypothèses généralisatrices
- Formuler des prédictions
Ce que n’est pas la bioinformatique
- Acquisition des données: instrumentation , robotique
- Archivage des données: bases de données
- Consultation des données: interfaces utilisateurs
Domaines de l’informatique traditionnelle utilisés par la génomique
Mais pas impliqués dans la découverte de nouveau concepts en biologie
Ce qu’est la bioinformatique
✓Analyse de l’information biologique
L’information est:
• La séquence (ADN, ARN et Protéine)
• La structure (primaire, secondaire etc.)
• La fonction (fonction moléculaire ex: enzyme; composant cellulaire ex:
protéine membranaire; processus biologique ex: transport d’oxygène)
•Les interactions (protéines, voies métaboliques, réseaux de gènes)
Les axes privilégiés de la bioinformatique
• La formalisation de l'information génétique
• L'analyse des séquences (biomolécules) et de leur
structure (notamment , structure 3D)
• L'interprétation biologique de l'information génétique
• L'intégration des données (établissement de cartes et de
réseaux d'interactions géniques, d'interactions protéiques
...)
• La prédiction fonctionnelle
Les méthodes de la bioinformatique
• Méthode comparative : comparaison des séquences ou
structures inconnues avec les bases de données (séquences et
structures) de gènes et de protéines connues pour établir des
rapprochements (similarités , homologies ou identités).
• Méthode statistique : Des logiciels appliquent des analyses
statistiques aux données (sur la syntaxe des séquences) pour
tenter de dégager et de repérer des règles et des contraintes
présentant un caractère systématique, régulier ou général.
• Approche par modélisation Approche probabiliste. Elle
consiste à étudier les objets (ex. : séquences, structures, motifs,
etc., ...) à travers la construction d'un modèle qui tente d'en
extraire les propriétés communes. La relation entre les objets
d'étude (et/ou leur reconnaissance) est alors exprimée en
référence à ce modèle optimal commun.
La mission du bioinformaticien
•Leur formation première peut être la biologie, les mathématiques ou
l'informatique et ils ont suivi une formation complémentaire dans
"l'autre domaine". Leur fonction est:
• mettre en œuvre les méthodes et en automatiser le traitement
• nourrir la recherche en biologie des résultats de ces analyses
• réduire les problèmes posés par les biologistes en termes accessibles
aux mathématiciens et informaticiens
• participer à l'élaboration de nouvelles méthodes
