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REMERCIEMENTS

Ce travail de thèse s’est déroulé au laboratoire de Spectrométrie et Optique Lasers (LSOL –

EA938) à Brest, de Octobre 2013 à Décembre 2016.

Tout d’abord, je remercie l’ensemble des membres extérieurs du jury de ma soutenance de

thèse qui s’est déroulée le 14 Décembre 2016 à savoir, Laurent BOURDIEU, François AM-
BLARD, Enric GARCIA-CAUREL et Mehdi ALOUINI. Les questions étaient très intéressantes
et ont donné lieu à d’enrichissantes discussions, mais bien trop courtes pour être exhaustives.

Ensuite, je remercie mes encadrants pour leur patience et leur pédagogie. Je me rends compte
aujourd’hui de l’immense quantité de travail que le doctorat impose. Le temps dont on dispose à
la fin de la thèse (rédaction, préparation de soutenance, etc) est bien trop court (mais cela reste
relatif si l’on supprime les nuits de sommeil).
Merci à Yann LE GRAND d’avoir aiguillé mes réflexions autour du développement du micro-
scope polarimétrique de Mueller. Ta rigueur, ton sens du détail et ton regard extérieur ont permis
de remettre en perspective cet instrument et d’enrichir la présentation des bases théoriques du
codage spectral de la polarisation et l’implémentation sur un microscope commercial. Toutes les
discussions que l’on a eues à la fin de la thèse vont permettre, je suis sûr, de multiplier les pistes
de développement de ce microscope multimodal.
Je remercie Sylvain RIVET pour m’avoir introduit les bases théoriques du polarimètre de Muel-
ler par codage spectral lors de la première année de thèse et pour ton aide à la fin de la fin de la
thèse. Tu m’as permis de très vite passer à l’expérience, dont on a pu découvrir de nouvelles
sources d’erreurs systématiques introduites par la swept-source et par le cube séparateur. Pendant
plusieurs semaines, on a pu s’arracher les cheveux sur la façon dont les problèmes pouvaient
être appréhendés. Cependant, ta passion, ta pédagogie et ta vision sur le long terme m’ont appris
la persévérance que demande la recherche, permettant de publier dès ma première année. Les
discussions à la fin de la thèse ont permis également de mettre en évidence que l’implémentation
du polarimètre peut être encore plus généralisée à n’importe quel système optique, ce qui m’a
apporté plus de fierté sur mes travaux.
Je remercie Matthieu DUBREUIL pour avoir pris la relève de Sylvain dès la deuxième année
jusqu’à la fin de la thèse. Ta rigueur scientifique et ta pédagogie m’ont aidé à évaluer rigoureuse-
ment les erreurs systématiques et de déterminer l’ordre de grandeur des erreurs aléatoires. On a
pu également se confronter ensemble à l’implémentation optique, mécanique et électronique
du polarimètre sur le système de scanners. Mais avec de la persévérance, des images et une
publication ont pu être obtenues. Je te remercie également pour m’avoir aidé d’un point de vue
administratif sur les cours que j’ai pu dispenser lors de mes deux premières années de thèse.

Je remercie l’ensemble des membres du LSOL qui permettent de faire rayonner une am-
biance chaleureuse et de créer une synergie intellectuelle. C’est donc un grand plaisir de se lever
chaque jour pour aller travailler dans ces conditions. Je remercie :

— Bernard LE JEUNE, pour ta connaissance encyclopédique de la Science qui élève chaque

jour notre niveau de perception sur nos travaux de recherche. Nos nombreuses discussions
dans des domaines variés (administration, politique, etc) vont certainement me manquer,

–
— Guy LE BRUN, pour ta bonne humeur et tes blagues un peu douteuses (je retiendrais la
dernière avec ce que l’on obtient lorsqu’on perd la chaise . . . ),

— Fabrice PELLEN, pour ton écoute attentive sur des problèmes particuliers, ton humanité
et pour m’avoir permis de me défouler lors des quelques séances de Karaté auxquelles j’ai
pu participer,

— Gaël LE ROUX, pour ta bonne humeur, ta passion sur les expériences scientifiques
pédagogiques et pour avoir été la pierre angulaire au développement mécanique du mi-
croscope polarimétrique de Mueller (je maintiens que la pâte à fixe et le scotch sont des
alternatives plutôt intéressantes pour le développement instrumental),

— Jacqueline LE BARS, secrétaire du laboratoire, qui m’a permis d’alléger le côté adminis-
tratif de mes travaux (commande de matériels, réservation d’avion, d’hôtels, etc).

Je remercie les doctorants du LSOL que j’ai pu rencontrer et avec qui j’ai pu évoluer pendant
trois ans. Vous avez été d’un excellent soutien moral et intellectuel. Je remercie

— David SEVRAIN, pour m’avoir permis de découvrir les tréfonds de la fin de thèse et
m’avoir introduit à l’association DAKODOC (que j’ai présidé pendant un an),

— Vincent BOGARD, pour avoir toujours remis en cause ce que j’affirmais, ce qui m’a aidé
à toujours chercher les meilleurs arguments,

— Christelle ABOU-NADER, avec qui la thèse a débuté et fini la même année, pour les
pauses café, les soirées mémorables et pour m’avoir fait découvrir la culture libanaise,

— Nour ALEM, pour ton soutien moral, surtout à la fin de la thèse. J’espère que je ne t’ai pas
trop fait peur les dernières semaines et que toi aussi tu trouveras un doctorant qui t’aidera
à passer tes nerfs.

Je remercie l’école doctorale SICMA, et plus particulièrement Christian BROSSEAU et

Michelle KERLEROUX, qui permettent de donner vie et d’accompagner de nombreuses thèses
jusqu’à la fin, que ce soit administratif ou humain. Sans eux, beaucoup de doctorants seraient
moins sereins le jour de leurs soutenances.

Je remercie également l’ensemble des étudiants associatifs et la Fédé B (plus particulièrement

les membres du bureau 2015/2016) que j’ai rencontrés. Cela m’a permis de réaliser des ren-
contres enrichissantes et de me donner les clés sur la façon de militer pour une cause. Grâce
à vous, j’espère que le doctorant sera un peu moins vu comme un extraterrestre auprès des
étudiants des formations de Licence et de Master et plus généralement, au sein de l’Université.

–
Je remercie aussi les nombreux doctorants et post-doctorants avec qui j’ai pu discuter et
partager mes incertitudes sur la thèse. On se rend compte que les doctorants ont un langage bien
a eux, mêlé de plaintes, de touches d’espoir, d’explications foireuses des travaux, etc, qu’ils sont
les seuls à comprendre.

Je remercie mes amis brestois (qui se reconnaı̂tront), costamoricains (trop nombreux pour
apparaitre ici) et Rennais (Nicolas David, Thomas CALVEZ). Enfin, je remercie plus parti-
culièrement ma famille qui m’a soutenu jusqu’au bout. Je n’ai pas toujours été facile tous les
jours, surtout les dernières semaines. A la suite de ma soutenance, j’espère à présent que vous
comprenez ce qui m’a fait râler pendant trois ans.

–
Table des matières

Table des matières

Introduction générale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie

de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

1- Formalismes en polarimétrie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.1- Polarisation de la lumière . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.2- Formalisme de Jones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1.3- Formalisme de Stokes-Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

2- Informations relatives à la matrice de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17

2.1- Éléments optiques simples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.1.1- Diatténuateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.1.2- Retardateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.1.3- Dépolariseurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.2- Décompositions des matrices de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.2.1- Décompositions pour les milieux non-dépolarisants . . . . . . . . . . . . 24
2.2.2- Décompositions pour les milieux dépolarisants . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.3- Filtrage du bruit des matrices de Mueller expérimentales . . . . . . . . . . . . . . . . 30

3- Techniques expérimentales en polarimétrie de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

3.1- Principe de base de la polarimétrie de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.2- Génération et analyse des états de polarisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.2.1- Le domaine temporel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.2.2- Le domaine spectral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2.3- Le domaine spatial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
3.3- Développements en imagerie polarimétrique de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . 37
3.3.1- Imagerie plein champ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
3.3.2- Imagerie à balayage laser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

4- Applications de l’imagerie polarimétrique de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

4.1- Détection de cible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
4.2- Imagerie des tissus biologiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

–
Table des matières

4.3- Imagerie multimodale des tissus biologiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

Chapitre II - Polarimètre de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source . . . 55

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56

1- Polarimétrie de Mueller à codage spectral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

1.1- Le codage spectral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
1.1.1- Considérations théoriques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
1.1.2- Détermination de la matrice de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
1.1.3- Choix des épaisseurs des lames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
1.2- Montage expérimental du polarimètre de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
1.2.1- Utilisation d’une swept-source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
1.2.2- Lames de codage et de décodage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
1.2.3- Numérisation des signaux optiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

2- Erreurs systématiques et corrections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72

2.1- Erreurs liées à l’atténuation à haute fréquence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
2.2- Résolution des pics de Fourier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
2.3- Réponse en longueur d’onde du milieu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
2.4- Erreurs sur l’orientation des lames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
2.5- Erreurs sur les épaisseurs des lames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
2.6- Influence du fenêtrage du signal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

3- Configuration en transmission . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
3.1- Procédure de calibration en transmission . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
3.2- Méthode d’auto-calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
3.3- Validation sur des échantillons de référence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90

4- Configuration en réflexion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
4.1- Procédure de calibration en réflexion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
4.2- Prise en compte des éléments optiques en réflexion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
4.2.1- Influence du cube séparateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
4.2.2- Influence de l’optique collectrice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
4.3- Validation sur des échantillons de référence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
4.4- Imagerie sur des échantillons connus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105

Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108

Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

1- Implémentation du polarimètre de Mueller . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114

1.1- Implémentation opto-mécanique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
1.2- Acquisition du signal polarimétrique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119

–
Table des matières

1.3- Procédure d’orientation du PSG et du PSA au sein du microscope . . . . . . . 123

1.4- Caractéristiques polarimétriques du microscope sans balayage . . . . . . . . . . . 125

2- Mise en œuvre du microscope polarimétrique de Mueller à balayage . . . . . . . . . . . . . . 128

2.1- Procédure de calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
2.2- Validation et estimation des incertitudes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131

3- Applications à des milieux spatialement inhomogènes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

3.1- Adhésif de cellophane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
3.2- Coupes de roches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
3.3- Échantillons d’intérêt biomédical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

Conclusions et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147

Annexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

Bibliographie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165

Publications et communications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177

–
Table des matières

-1-
Table des matières

-2-
Introduction générale

Introduction générale

-3-
Introduction générale

Les méthodes d’investigation des milieux basées sur l’analyse des modifications des pa-
ramètres associés à l’onde lumineuse (intensité, fréquence, phase, polarisation et direction) par
un milieu d’étude possèdent de multiples avantages. En effet, elle permet de sonder la matière à
distance, à l’échelle microscopique et de manière non destructive.
La lumière peut être décrite comme une onde électromagnétique, composée d’un champ
électrique E~ et d’un champ magnétique B ~ vibrant en phase dans des plans perpendiculaires
entre eux et à la direction de propagation [1]. Pendant longtemps, on s’est intéressé uniquement
à trois paramètres la décrivant : l’intensité, la fréquence, la phase, sans tenir compte de l’aspect
vectoriel de l’onde optique. Mais, au début du XIX e siècle, Young et Fresnel ont montré qu’un
quatrième paramètre, la polarisation, fournit aussi des informations pertinentes. Cette tardive
prise de conscience s’explique simplement par le fait que l’œil humain n’est sensible qu’aux
variations d’intensité et de longueur d’onde, cependant certaines espèces animales (comme
l’abeille par exemple) se repèrent dans l’espace grâce à la polarisation de la lumière.
L’imagerie polarimétrique permet de révéler des contrastes supplémentaires par rapport l’image-
rie classique basée sur l’absorption du rayonnement lumineux. Cette méthode de caractérisation
s’applique à de multiples domaines de recherche tels que la microélectronique, le diagnostic
biomédical, la détection de cible ou encore l’astrophysique.
Il existe deux familles de polarimètres : les polarimètres de Stokes (qui mesurent les états de
polarisation) et les polarimètres de Mueller (qui mesurent les propriétés polarimétriques du
milieu). Le principe de ces derniers dispositifs consiste à éclairer un milieu par une lumière
codée en polarisation et d’analyser sa modification après interaction avec celui-ci. En comparant
les paramètres en entrée et en sortie du milieu, il est possible de remonter à la signature pola-
rimétrique complète du milieu. Un grand nombre de configurations expérimentales ont vu le
jour depuis quelques années utilisant différentes approches pour coder les états de polarisation.
Il y a trois philosophies :

— temporelle, basée sur le codage séquentiel des états de polarisation,

— spectrale, qui attribue un état de polarisation par longueur d’onde,

— spatiale, qui permet de séparer spatialement les états de polarisation.

L’imagerie à balayage laser consiste à scanner un milieu dans un plan perpendiculaire au

faisceau incident. Les temps de résidence par pixel sont relativement courts, de l’ordre de la µs,
ce qui nécessite d’être capable de coder et de décoder les états de polarisation dans ces délais. On
comprend alors que le codage spectral de la polarisation est la seule approche compatible avec
ce mode d’imagerie, qui grâce à la parallélisation du codage polarimétrique dans le domaine
spectral, permet d’obtenir les données dans des temps très courts.

Avant ce travail de thèse, M. Dubreuil a développé au LSOL un polarimètre de Mueller

basé sur le codage spectral de la polarisation en utilisant une diode superluminescente et un
spectromètre. Ces travaux ont permis de démontrer la rapidité d’acquisition en des temps de
l’ordre de la µs. Les applications de ce dispositif se sont tournées vers la caractérisation de
dynamiques temporelles rapides de cristaux liquides. Lors de ces travaux, le spectromètre utilisé

-4-
Introduction générale

était composé d’un réseau et d’une caméra CCD dont la cadence de répétition, de l’ordre du
kHz, était incompatible avec l’imagerie à balayage laser. Bien qu’il existe des détecteurs CCD
ou CMOS possédant des cadences de répétition plus élevées (≥ 100kHz), notre choix s’est
tourné vers le développement d’un dispositif pouvant facilement s’intégrer dans un microscope
à balayage en configuration de transmission. Cette configuration impose l’emploi d’un détecteur
ayant une surface suffisamment large afin de collecter le faisceau balayé, ce qui n’est a priori
pas possible avec un spectromètre dont la fente d’entrée opère une sélection spatiale importante.
Durant ces trois années de travail de thèse, nous avons alors proposé un nouveau polarimètre
de Mueller en remplaçant la diode superluminescente par une source à balayage en longueur
d’onde à 100 kHz (swept-source) et le spectromètre par une simple un détecteur monocal
(photodiode ou photomultiplicateur). Ce nouveau système a ensuite été implémenté au sein d’un
microscope à balayage commercial de type confocal Olympus qui est utilisé au laboratoire pour
de la microscopie non linéaire. A terme, il est ainsi envisagé de développer un microscope à
balayage multimodal permettant de coupler les informations polarimétriques de Mueller et non
linéaires en temps réel, sur un même dispositif d’imagerie. Ces différentes étapes de ce travail
de thèse qui ont permis la mise en œuvre d’un microscope polarimétrique de Mueller à balayage
ont fait l’objet de 2 publications [2, 3].

Ce manuscrit de thèse est divisé en 3 chapitres.

Le Chapitre I traite les différents formalismes permettant de décrire les modifications de la

polarisation d’une onde electromagnétique après interaction avec des milieux anisotropes et/ou
diffusants. Nous nous intéressons en particulier au formalisme de Stokes-Mueller qui permet
d’appréhender le phénomène de dépolarisation, fréquemment rencontré dans le cas de milieux
complexes. Nous discutons des moyens d’interpréter les matrices de Mueller afin d’extraire les
informations permettant de remonter aux phénomènes physiques engendrés par l’interaction
de l’onde lumineuse avec la matière. Un état de l’art sur la polarimétrie de Mueller est ensuite
dressé. Dans un premier temps, on s’intéresse aux différents principes pour coder/décoder la
polarisation d’une onde optique, à savoir de manière temporelle, spatiale ou spectrale. Puis,
on se focalise sur la présentation de quelques dispositifs d’imagerie de Mueller (imagerie par
balayage et imagerie plein champ). Enfin, on présente quelques applications de l’imagerie de
Mueller, en particulier les applications liées à l’imagerie des tissus biologiques.

Le Chapitre II décrit la mise en œuvre du polarimètre de Mueller à codage spectral utilisant

une swept source à 100 kHz. Le principe du codage spectral est traité en détail. En particu-
lier, on pointe dans cette partie l’ensemble des erreurs systématiques qui entachent la mesure
de la réponse polarimétrique, ainsi que les corrections apportées pour les prendre en compte.
Ce système est alors validé par des mesures sur des échantillons connus (polariseur linéaire,
lame biréfringente) à travers 2 configurations expérimentales, une en transmission et l’autre
en réflexion. L’introduction d’un cube séparateur dans cette dernière configuration a imposé le
développement d’une méthode de calibration particulière qui sera détaillée dans ce chapitre.

Le Chapitre III présente l’implémentation de ce polarimètre de Mueller au sein d’un micro-

scope optique à balayage de type confocal. Dans un premier temps, nous présentons l’intégration
opto-mécanique du polarimètre dans le microscope, puis nous décrivons la stratégie d’acquisition

-5-
Introduction générale

des signaux polarimétriques nécessaires à la construction d’une image de Mueller. Dans un

second temps, nous pointons les difficultés nouvelles engendrées par la mesure polarimétrique
à travers un microscope à balayage et nous proposons des méthodes permettant d’obtenir des
résultats fiables (validation sur des échantillons connus et estimation des erreurs). Enfin, nous
présentons les premières images de Mueller dont l’acquisition se fait en temps réel sur un
microscope à balayage laser. Il s’agit de deux types d’échantillons : coupes de roche constituées
de différents minéraux et coupes histologiques de foie fibrosé. Dans ce dernier cas, une com-
paraison avec des images SHG est effectuée en vue de la microscopie multimodale Mueller/SHG.

-6-
Introduction générale

-7-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

-8-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Chapitre I

Aspects théoriques, expérimentaux et applications

de la polarimétrie de Mueller

-9-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Introduction
La polarisation décrit l’orientation des vibrations de l’onde électromagnétique et plus
précisément celle de son champ électrique E ~ : si sa direction change aléatoirement pendant le
temps de mesure, l’onde est dite non-polarisée, sinon elle est complètement ou partiellement
polarisée. De plus, lorsque la lumière traverse un milieu matériel, sa polarisation peut être
modifiée ; ainsi, en comparant les polarisations d’entrée et de sortie du milieu d’étude, il est
possible de remonter à certaines caractéristiques de celui-ci (orientation et/ou structure). C’est
dans ce cadre qu’intervient la polarimétrie développée depuis les années 1980, dont les premiers
systèmes imageurs ont vu le jour dans les années 1990. Depuis, ce domaine est en évolution
croissante avec de multiples applications allant de la caractérisation de matériaux à celle des
tissus biologiques. Plus particulièrement, ce travail de thèse s’est orienté en vue d’applications
en microscopie optique. En effet, la polarimétrie peut être utilisée pour révéler des contrastes
associés aux propriétés polarimétriques des échantillons en particulier des effets d’anisotropie et
être un complément intéressant à l’imagerie classique basée sur l’absorption du rayonnement
lumineux.

La première partie de ce chapitre est consacrée à la description générale de la polarisation

d’une onde lumineuse. Les formalismes matriciels qui traitent de ces modifications sont en-
suite présentés. Il s’agit des formalismes de Jones qui permet d’étudier des ondes totalement
polarisées et de Stokes-Mueller qui permet, en plus, de considérer des ondes partiellement
polarisées. Ce dernier a donc la capacité d’appréhender le phénomène de dépolarisation sou-
vent rencontré lorsqu’il y a interaction avec un milieu complexe (milieu biologique par exemple).

Dans une seconde partie, on se focalise sur l’interprétation d’une matrice de Mueller grâce à
laquelle on décrit n’importe quel élément optique qui modifie la polarisation d’une onde lumi-
neuse. Cet outil mathématique regroupe l’ensemble des effets polarimétriques mis en jeu tels
que le dichroı̈sme, la biréfringence et la dépolarisation. Pour remonter à une description fidèle
du milieu d’étude, des méthodes de décomposition ont été développées, en particulier pour les
milieux non-dépolarisants et pour les milieux dépolarisants. On discute également des méthodes
de filtrage du bruit qui peuvent être appliquées dans certaines situations expérimentales.

Dans une troisième partie, on présente le principe général de la polarimétrie de Mueller.

Cette technique consiste à coder une lumière en polarisation et à décoder sa modification après
interaction avec un milieu. Nous décrivons les différentes approches qui peuvent être envisagées,
à savoir temporelle, spectrale ou spatiale, ainsi que les technologies associées à chacune d’entre
elles. Il est possible ensuite d’acquérir une image de Mueller représentant la matrice en fonction
des coordonnées spatiales sur le champ imagé d’un échantillon en passant à des modalités
d’imagerie plein champ ou à balayage laser.

Dans une quatrième partie, un état de l’art sur des applications de l’imagerie polarimétrique
de Mueller est dressé. Les problématiques à différentes échelles d’imagerie montrent que l’enjeu
de cette technique est de révéler des contrastes supplémentaires. En particulier, des travaux
récents proposent de coupler l’analyse polarimétrique avec d’autres techniques d’imagerie dans
le cadre de l’imagerie multimodale.

-10-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

1- Formalismes en polarimétrie
1.1- Polarisation de la lumière
La polarisation de la lumière est l’évolution temporelle de la direction du vecteur champ
électrique E~ d’une onde lumineuse qui se propage.
Considérons une onde plane monochromatique progressive dans le vide, de vecteur d’onde ~k et
de pulsation ω. Le champ électrique de cette onde est exprimé dans un repère cartésien Oxyz et
s’écrit, dans le cas d’une onde se propageant suivant l’axe Oz , sous la forme :
   
Ex (z, t) E0x .cos(ω.t − k.z + φx )
~ =  Ey (z, t)  =  E0y .cos(ω.t − k.z + φy ) 
E (I.1)
Ez (z, t) 0

où

— E0x et E0y sont les amplitudes réelles positives des composantes du champ électrique,

— ~k est le vecteur d’onde (tel que |~k| = 2π/λ ), où λ est la longueur d’onde,

— φx et φy sont des phases définies à 2π près.

Dans le plan z = 0, la combinaison des deux composantes du champ Ex et Ey , ainsi que

l’élimination de la variable temporelle, conduit à l’équation

Ex 2 Ey 2 2Ex Ey
2 + 2 − cosφ = sin2 φ avec φ = φy − φx (I.2)
E0x E0y E0x E0y

qui est celle d’une ellipse, dont une représentation dans le plan Oxy est donnée Figure I.1.
Précisons que dans le cas considéré, les grandeurs E0x , E0y et φ sont indépendantes du temps,
ce qui correspond à une onde totalement polarisée. Ainsi, dans le cas le plus général, l’état de
polarisation d’une onde lumineuse totalement polarisée est elliptique. Cet état est complètement
caractérisé par les grandeurs E0x , E0y et φ.

Pour décrire l’ellipse, on introduit les paramètres suivants :

— les dimensions du grand axe et petit axe de l’ellipse a et b respectivement,

— l’azimut α (0 ≤ α ≤ π),

— l’ellipticité ǫ (−π/4 ≤ ǫ ≤ π/4),

— l’angle diagonal ν (0 ≤ ν ≤ π/2),

-11-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.1 – Ellipse de polarisation

Les relations entre ces différentes grandeurs et les amplitudes E0x et E0y sont données par

E0y
tanν =
E0x
2E0x E0y
tan2α = cosφ (I.3)
E0x 2 − E0y 2

2E0x E0y
sin2ǫ = sinφ
E0x 2 + E0y 2

On peut également établir les relations suivantes,

cos2ǫcos2α = cos2ν
cos2ǫsin2α = sin2νcosφ (I.4)
sin2ǫ = sin2νsinφ

Pour des valeurs particulières des amplitudes E0x , E0y et du déphasage φ, l’ellipse peut se
décliner sous des formes particulières conduisant à des états de polarisation spécifiques. Par
exemple dans le cas où φ = 0, les deux composantes du champ électrique sont en phase et
ce dernier oscille dans une direction fixe, on parlera de polarisation linéaire (ou rectiligne). Si
φ ± π/2 et E0x = E0y , il s’agira d’une polarisation circulaire (droite ou gauche suivant le signe
de φ). Quelques états de polarisation particuliers sont représentés Figure I.2.
On dit que l’onde est complètement polarisée si les grandeurs la caractérisant, E0x , E0y et
φ, sont indépendantes du temps. A contrario, si ces grandeurs évoluent de manière aléatoire
(ou de façon complètement non-déterministe) comme la lumière naturelle, on parle d’une onde
non polarisée. Une onde polarisée de manière quelconque (ou partiellement polarisée) peut être
décrite comme une combinaison linéaire d’une onde non polarisée et d’une onde complètement
polarisée.

-12-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.2 – Représentation des différents états de polarisation

Nous introduisons à présent un formalisme matriciel permettant de décrire les états de polarisa-
tion pour des ondes complètement polarisées, ainsi que leur modification après la traversée d’un
milieu.

1.2- Formalisme de Jones

Dans une série d’articles parue entre 1941 et 1947, Jones a introduit un formalisme qui permet
d’appréhender les modifications de la lumière polarisée après interaction avec un milieu [4].
Il proposa d’introduire un vecteur de dimension 2 × 1 à coefficients complexes entièrement
défini à partir des quantités E0x , E0y et φ de la manière suivante :

~ Ex E0x ejφx E0x
J= = = (I.5)
Ey E0y ejφy E0y ejφ

où j est le nombre complexe tel que j 2 = −1. Le plus souvent, ce vecteur est représenté
sous sa forme normalisée

1 E0x
J~ = q (I.6)
2
E0x 2
+ E0y E0y ejφ

On peut aussi écrire ce vecteur en fonction des paramètres α et ǫ de l’ellipse de polarisation

cos(α)cos(ǫ) − jsin(α)sin(ǫ)
J~ = (I.7)
sin(α)cos(ǫ) + jcos(α)sin(ǫ)

Quelques exemples de vecteurs de Jones associés à des états de polarisation particuliers sont
donnés en Annexe 1 de ce manuscrit.

-13-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Grâce à cet outil, on a la possibilité de prédire l’état de polarisation de l’onde en sortie, défini
par le vecteur de Jones J~s connaissant le vecteur de Jones à l’entrée J~e et la matrice de Jones
de l’élément optique (composé d’un ou de plusieurs éléments). Cette matrice de dimension
2 × 2, notée [T ], est composée de quatre coefficients généralement complexes. L’interaction est
modélisée simplement de la façon suivante

J~s = [T ].J~e (I.8)

Des exemples de matrices de Jones d’éléments de référence sont consultables en Annexes 2

et 4.
L’intérêt majeur de ce formalisme est sa capacité à traiter l’interaction d’une onde totalement
polarisée avec un système optique composé de n-éléments en cascade, comme représenté Figure
I.3.

F IGURE I.3 – Propagation de la lumière à travers une succession d’éléments optiques, modificateurs de
la polarisation

Pour cela, il suffit simplement de faire le produit des n-matrices de Jones décrivant chacun
des éléments optiques tel que

J~s = [Tn ]...[T2 ].[T1 ]J~e (I.9)

Cependant, ce formalisme est limité à la description des ondes complètement polarisées ; il

n’est donc pas adapté pour traiter des ondes partiellement polarisées ou non polarisées.

1.3- Formalisme de Stokes-Mueller

En 1852, Stokes a introduit un formalisme mathématique décrivant la polarisation d’une
onde optique à partir de la mesure d’intensités lumineuses [5]. La polarisation de la lumière est
~ de dimension 4×1 à coefficients réels
entièrement représentée sous la forme d’un seul vecteur S
appelé vecteur de Stokes, tel que
   
2 2
S0 < E0x > + < E0y >
   2 2 
~= S1   < E0x > − < E0y > 
S  =  (I.10)
 S2   2 < E0x E0y cos(φ) > 
S3 2 < E0x E0y sin(φ) >

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Le symbole ”<>” désigne la moyenne spatiale et temporelle sur le détecteur. Cette façon de
noter les paramètres de Stokes a été omise volontairement par la suite pour alléger la notation.
Les composantes du vecteur de Stokes pour une onde totalement polarisée vérifient la relation

S02 = S12 + S22 + S32 (I.11)

Les quatre composantes du vecteur de Stokes sont homogènes à des intensités lumineuses et
peuvent être écrites de la manière suivante pour une onde complètement polarisée
   
S0 I0
   
~= S1   Ix − Iy 
S  =  (I.12)
 S2   I+45° − I−45° 
S3 ID − IG
avec,

— I0 , l’intensité totale du faisceau lumineux,

— Ix − Iy , la différence d’intensité pour les polarisations linéaires horizontale et verticale,

— I+45° − I−45° , la différence d’intensité pour les polarisations linéaires à +45° et à −45°,

— ID − IG , la différence d’intensité pour les polarisations circulaires droite et gauche.

On constate que les paramètres de Stokes S0 , S1 , S2 et S3 ont des significations physiques

bien précises. Pour une onde complètement polarisée, le vecteur de Stokes normalisé par S0
peut aussi s’écrire en fonction des paramètres de l’ellipse de polarisation de la façon suivante
     
1 1 1
     
~  S1 /S0   cos2ǫcos2α   cos2ν 
S = S0  = =  (I.13)
 S2 /S0   cos2ǫsin2α   sin2νcosφ 
S3 /S0 sin2ǫ sin2νsinφ

Comme pour la partie précédente, quelques exemples de vecteur de Stokes correspondant à

des états de polarisation particuliers sont aussi donnés en Annexe 1.

Si l’onde est complètement non polarisée, le vecteur de Stokes normalisé par rapport S0
devient
 
1
 
~= 0
S   (I.14)
0
0

Mais si l’onde est partiellement polarisée, on peut décomposer son vecteur de Stokes comme
la somme d’une onde complètement polarisée et d’une onde complètement non polarisée

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

  p   p 
S0 S12 + S22 + S32 S0 − S12 + S22 + S32
     
~= S1   S1   0 
S    = +
   (I.15)
S
 2  S2   0 
S3 S3 0

Dans ce cas, l’équation I.11 devient l’inégalité

S02 ≥ S12 + S22 + S32 (I.16)

Partant des deux cas extrêmes d’état de polarisation (complètement polarisé et non polarisé),
on peut alors définir le degré de polarisation DOP (Degree Of Polarization) d’une onde optique
comme
p
S12 + S22 + S32
DOP = (I.17)
S0
Cette quantité peut varier de 1 pour une onde totalement polarisée à 0 pour une onde non
polarisée.

Mueller a introduit une relation linéaire entre le vecteur de Stokes à l’entrée d’un système
optique, S~e , avec celui de sortie, S~s donnée par [6]

S~s = [M ].S~e (I.18)

où [M ] est la matrice de Mueller de dimension 4×4. Elle est composée de 16 coefficients
réels, notés mij (i,j = 0, ..., 3), tels que
 
m00 m01 m02 m03
 
m m11 m12 m13 
[M ] =  10  (I.19)
m20 m21 m22 m23 
m30 m31 m32 m33

Des exemples de matrices de Mueller d’éléments de référence sont consultables en Annexes

3 et 5.
Comme pour le formalisme de Jones, on peut décrire l’évolution de la polarisation d’une onde
à travers un système optique pouvant être composé d’éléments placés en cascade, comme
représentés Figure I.3. Mathématiquement, cela se traduit simplement par le produit des matrices
associées à chaque élément, disposées séquentiellement dans le sens inverse de propagation de
l’onde lumineuse, tel que

S~s = [Mn ]...[M2 ].[M1 ].S~e (I.20)

Ce formalisme permet d’appréhender de manière complète les propriétés polarimétriques

d’un système optique ; il est donc tout à fait adapté à la caractérisation d’un milieu quelconque.

Remarque : Il existe d’autres types de représentation des états de polarisation et de leur modifi-
cation, tels que la sphère de Poincaré [7] et la matrice de cohérence [8].

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

2- Informations relatives à la matrice de Mueller

2.1- Éléments optiques simples
La polarisation de l’onde lumineuse incidente peut être modifiée suite à l’interaction (en
transmission et/ou en réflexion) avec un élément optique par l’intermédiaire de trois effets
physiques :

— le dichroı̈sme (effet d’amplitude),

— la biréfringence (effet de phase),

— la dépolarisation (effet de moyennage spatial, temporel et/ou spectral).

Les éléments optiques simples permettant de représenter ces effets seront respectivement
des diatténuateurs, des retardateurs et des dépolariseurs.
Cette partie sera consacrée à la description de ces éléments et aux matrices de Mueller associées.

Remarque : Les éléments optiques décrits dans la suite sont supposés homogènes, c’est-à-dire
que leurs deux états propres de polarisation (états transmis sans altération) sont orthogonaux [9].

2.1.1- Diatténuateurs
Un élément diatténuateur (ou dichroı̈que) possède une anisotropie d’absorption, c’est-à-dire
que l’intensité du faisceau émergent dépend de l’état de polarisation de l’onde incidente. La
diatténuation scalaire peut être définie comme

Tmax − Tmin
D= avec0 ≤ D ≤ 1 (I.21)
Tmax + Tmin

où Tmax et Tmin sont respectivement les transmittances en énergie maximum et minimum.
On peut écrire la transmittance énergétique pour une onde non polarisée sous la forme

1
T0 = (Tmax + Tmin ) (I.22)
2
On distingue des valeurs particulières qui permettent de qualifier le diatténuateur qui sont :

— D = 0 si la transmittance en intensité de cet élément ne dépend pas de l’état de polarisa-

tion incident,

— 0 < D < 1 si le diatténuateur est partiel,

— D = 1 s’il correspond à un polariseur parfait.

-17-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Un élément diatténuateur peut polariser l’onde incidente linéairement, circulairement ou

elliptiquement mais le cas le plus général est celui d’un polariseur elliptique partiel. L’atténuation
de chaque composante du champ étant dépendante de la direction de polarisation de l’onde
incidente, on définit le vecteur diatténuation D~ par

 
DH
~ = D
D  (I.23)
45°
DC

où

— DH est la diattenuation linéaire horizontale, avec −1 ≤ DH ≤ 1.

— D45° est la diattenuation linéaire à +45° avec −1 ≤ D45° ≤ 1.

— DC la diattenuation circulaire, avec −1 ≤ DC ≤ 1.

Un élément diatténuateur est dit linéaire s’il ne présente pas de diatténuation circulaire
(DC = 0).
On peut aussi écrire ce vecteur avec les composantes d’azimut αD et d’ellipticité ǫD de l’état
propre correspondant à la transmittance maximale, de la façon suivante

 
cos(2ǫD )cos(2αD )
~ = D cos(2ǫD )sin(2αD )
D (I.24)
sin(2ǫD )

Un élément diatténuateur est donc totalement caractérisé par D ~ et T0 . Lu et Chipman ont

redéfini l’écriture d’un tel élément sous forme matricielle [10], avec
 
mD00 mD01 mD02 mD03 " #
  ~T
m mD11 mD12 mD13  1 D
[MD ] =  D10  = T0 ~ (I.25)
mD20 mD21 mD22 mD23  D [mD ]
mD30 mD31 mD32 mD33

avec [mD ] la matrice réduite 3×3 de diattenuation s’écrivant sous la forme

√ √
[mD ] = 1 − D2 [I3 ] + (1 − bD
1 − D 2 )D bT (I.26)

D̂, le vecteur unité représentant la direction de l’état propre correspondant à la transmittance

maximale appelé couramment ”axe du dichroique” et I3 la matrice identité 3×3. On peut lier les
autres grandeurs, définies précédemment, aux éléments mDij par les relations suivantes

T0 = mD00 (I.27)

-18-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

 
mD01
~ = DD
b= 1 mD02 
D (I.28)
mD00
mR03
q
m2D01 + m2D02 + m2D03
D= (I.29)
mD00
Quelques éléments diatténuateurs représentés en matrices de Jones et de Mueller sont ex-
posés en Annexes 2 et 3.

Remarque : Dans certaines situations, on peut être amené à définir la diatténuation linéaire, à
l’aide de la relation
q
q MD2 01 + MD2 02
2 2
DL = DH + D45 °= (I.30)
MD00
Il est possible de produire du dichroı̈sme en faisant traverser la lumière dans un réseau
de grille absorbant les composantes du champ électrique parallèlement à l’orientation de ces
dernières. C’est par exemple le cas pour des polariseurs linéaires dichroı̈ques. L’inconvénient de
ces systèmes optiques est leur sensibilité en longueur d’onde.
Une simple lame de verre à face parallèle, inclinée à l’angle de Brewster, permet de séparer
un faisceau incident en deux, le faisceau transmis ayant tendance à se polariser de manière
rectiligne.
Enfin, en exploitant la biréfringence linéaire de certains matériaux comme le quartz, il est
possible de produire un faisceau polarisé. Par exemple, un prisme de Glan Taylor est composé de
deux matériaux biréfringents identiques taillés en prisme séparés par une fine couche d’air. On
engendre alors deux faisceaux de polarisations rectilignes orthogonales dont les directions sont
le long des deux axes propres du biréfringent (axe rapide ou lent). A l’interface prisme/air, l’un
des faisceaux sera totalement réfléchi permettant de produire à la sortie de ce système optique
un faisceau polarisé rectilignement de haute qualité.

Un exemple de l’action d’un polariseur linéaire parfait sur une lumière non polarisée est
schématisé Figure I.4.

2.1.2- Retardateurs
Un élément retardateur (ou ”biréfringent” ou ”déphaseur”) modifie la phase du champ
électrique incident sans en altérer l’amplitude. Il peut s’agir par exemple d’un milieu uniaxe qui
possède deux indices de réfraction différents notés n1 et n2 6= n1 . Cela aura pour conséquence
d’engendrer un retard de phase entre les deux états propres associés à ces deux indices.
On caractérise un élément biréfringent d’épaisseur e par sa retardance global (ou déphasage)

2π
R = |φ2 − φ1 | = ∆ne avec 0° ≤ R ≤ 180° (I.31)
λ
où φ2 et φ1 sont les déphasages associés aux états propres orthogonaux du biréfringent,
∆n = |n2 − n1 | est la biréfringence du milieu.

-19-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.4 – Action d’un polariseur linéaire sur une lumière non polarisée

Remarque : Cette relation est valable pour des éléments biréfringents dont l’axe optique est
perpendiculaire à la direction de propagation de l’onde.

Comme pour l’élément dichroı̈que, chaque composante du champ électrique incident se

comportera différemment en traversant le milieu déphaseur suivant la direction de ses axes
propres, d’où l’introduction du vecteur retardance

 
RH
~ = R R
R  (I.32)
45°
RC

où

— RH est la retardance linéaire horizontale, avec −180° ≤ RH ≤ 180°,

— R45° est la retardance linéaire à +45°, avec −180° ≤ R45° ≤ 180°

— RC la retardance circulaire, avec −180° ≤ RC ≤ 180°.

A partir de ces derniers paramètres, la retardance linéaire peut se retrouver avec la relation

q
2 2
RL = RH + R45 ° avec 0° ≤ RL ≤ 180° (I.33)

Un élément retardateur est dit linéaire s’il ne présente pas de retardance circulaire (RC = 0).
~ avec les composantes d’orientation αR et d’ellipticité ǫR de l’état
On peut réécrire le vecteur R
propre possédant l’indice de réfraction le plus faible (axe rapide) de la façon suivante

-20-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

 
cos(2ǫR )cos(2αR )
~ = R cos(2ǫR )sin(2αR )
R (I.34)
sin(2ǫR )

Lu et Chipman ont proposé de réécrire cet élément dans le formalisme de Mueller en passant
par la matrice réduite 3×3 de retardance, notée [mR ],
 
mR00 mR01 mR02 mR03
 
m mR11 mR12 mR13  1 ~0T
[MR ] =  R10 = ~ (I.35)
mR20 mR21 mR22 mR23  0 [mR ]
mR30 mR31 mR32 mR33
3
X
avec [mR ]ij = δij cos(R) + Ri Rj (1 − cos(R)) εijk Rk sin(R) (I.36)
k=1

où ~0 est le vecteur nul, δij est l’opérateur de Kronecker et εijk est l’opérateur de permutation
de Levi-Cività et mRij , avec i, j = 1, 2, 3, sont les éléments de la matrice réduite de retardance.

Remarque : La matrice de Mueller d’un retardateur est une matrice unitaire (déterminant égal à
1) orthogonale, d’où la relation ci-dessous

[MR ]−1 = [MR ] (I.37)

Les éléments mRij sont reliés aux paramètres de la retardance par

T r([MR ])
R = cos−1 ( − 1) (I.38)
2
 
mR23 − mR32
~ = R  mR31 − mR13 
R (I.39)
2sin(R)
mR12 − mR21

Des exemples d’éléments optiques retardateurs représentés en matrices de Jones et de Muel-

ler sont exposés en Annexes 4 et 5.

Certains matériaux naturels présentent de la biréfringence linéaire, tels que les cristaux de
calcite ou de mica, souvent utilisés pour fabriquer des lames de phase. Par exemple, on peut
citer des lames demi-onde lorsque le déphasage est égal à π et des lames quart-d’onde lorsqu’il
est égal à π/2.
Des éléments biréfringents dont le retard peut être induit par application d’un champ électrique
(des cristaux liquides ou les cellules de Pockels) ou d’une contrainte mécanique (modula-
teurs photo-élastique), sont essentiels en polarimétrie pour commuter de manière rapide entre
différents états de polarisation.
Par ailleurs, certains tissus biologiques se comportent comme des biréfringents linéaires, tels
que le collagène fibrillaire de type I, ce qui est illustré par les applications du microscope de
Mueller à balayage décrit dans le chapitre III.

L’action d’un biréfringent linéaire est représentée Figure I.5.

-21-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.5 – Action d’une lame quart d’onde, dont l’axe rapide est orienté à 45°, sur une lumière
polarisée linéairement.

2.1.3- Dépolariseurs
Contrairement aux éléments optiques précédents, un dépolariseur transforme un état to-
talement polarisé en un état partiellement polarisé ; on dit alors que le milieu induit de la
dépolarisation. Ce phénomène apparait dès qu’un moyennage spatial, temporel ou spectral des
propriétés polarimétriques a lieu au niveau de la détection. La dépolarisation engendrée par un
milieu provient essentiellement du phénomène de diffusion de la lumière et dépend fortement
de la géométrie de détection utilisée lors de la mesure.
Un milieu qui dépolarise peut être modélisé, dans le formalisme de Stokes-Mueller, par un
dépolariseur dont la forme la plus générale est la suivante

1 ~0T
[M∆ ] = ~ (I.40)
0 [m∆ ]
avec [m∆ ], la matrice réduite 3×3. Le cas le plus simple est celui d’un dépolariseur total,
où un vecteur de Stokes quelconque est transformé en un autre vecteur de Stokes décrivant une
lumière totalement non polarisée. La matrice de Mueller associée est alors
 
1 0 0 0
 
0 0 0 0
[M∆total ] =   (I.41)
0 0 0 0
0 0 0 0
Si la dépolarisation induite est partielle et que le milieu dépolarise de la même manière tous
les états de polarisation incidents (dépolarisation isotrope), la matrice de Mueller de l’élément
s’écrit sous la forme
 
1 0 0 0
 
iso 0 a 0 0 
[M∆partiel ]=  avec 0 ≤ a ≤ 1 (I.42)
0 0 a 0 
0 0 0 a

-22-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Si la dépolarisation est différente pour chaque type d’état de polarisation incident (dépolarisation
anisotrope), la matrice associée devient
 
1 0 0 0
 
ani 0 a 0 0
[M∆partiel ]=  avec 0 ≤ (|a|, |b|, |c|) ≤ 1 (I.43)
0 0 b 0
0 0 0 c

Pour quantifier ce phénomène, on utilise le facteur de dépolarisation moyen qui correspond

à la moyenne des facteurs principaux de [m∆ ]

|a| + |b| + |c|

∆=1− avec 0 ≤ ∆ ≤ 1 (I.44)
3
On peut distinguer 3 cas de figures :

— ∆ = 0, l’élément n’est pas dépolarisant.

— 0 < ∆ < 1, l’élément est un dépolariseur partiel.

— ∆ = 1, l’élément est un dépolariseur total.

Le phénomène de dépolarisation peut être engendré après interaction de la lumière avec

des éléments naturels ou manufacturés comme le lait, le papier blanc ou le métal [11]. Plus
généralement, tout milieu hétérogène pour l’onde optique va engendrer de la dépolarisation [12].
L’action d’un élément dépolarisant sur une lumière incidente polarisée linéairement est
représentée Figure I.6.

F IGURE I.6 – Action d’un élément dépolarisant, sur une onde incidente polarisée rectilignement.

-23-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

2.2- Décompositions des matrices de Mueller

Une matrice de Mueller composée de 16 éléments indépendants contient toute la réponse
polarimétrique d’un échantillon. A partir de celle-ci, on est capable d’extraire des paramètres don-
nant des informations sur les processus physiques mis en jeu lors de l’interaction lumière/matière.
Lorsque les trois effets polarimétriques cités précédemment sont susceptibles d’intervenir, il est
alors difficile, à première vue, de les séparer et donc d’interpréter physiquement la mesure.
Pour extraire spécifiquement chaque paramètre polarimétrique de la matrice mesurée, un certain
nombre d’outils ont été développés faisant appel à des méthodes de décomposition. Nous verrons
dans cette section que la plupart de ces méthodes demandent une connaissance a priori du milieu
étudié mais débutent toutes par la distinction entre l’absence ou la présence de dépolarisation.
Étant donné que les algorithmes de ces décompositions ont déjà fait l’objet d’études largement
décrites dans la littérature, nous nous focaliserons uniquement sur une description des outils
utilisés durant cette thèse.

2.2.1- Décompositions pour les milieux non-dépolarisants

Dans ce premier cas, on considère que seuls les effets de dichroisme et de biréfringence sont
présents dans le milieu, décrit alors par une matrice de Jones [T ], à laquelle on peut associer
une matrice de Mueller-Jones non-dépolarisante [MJ ]. La relation permettant de passer d’une
matrice de Jones à une matrice Mueller-Jones est donnée par

1
[MJ ] = A · ([T ] ⊗ [T ]∗ ) · [A]−1 avec [A]−1 = [A]† (I.45)
2

où ⊗ est le produit tensoriel, ∗ est l’opérateur conjugué complexe et [A] la matrice suivante
 
1 0 0 1
 
1 0 0 −1
[A] =   (I.46)
0 1 1 0
0 i −i 0

Notons que la réciproque n’est possible que si la matrice de Mueller ne présente pas de
dépolarisation ; en effet, une matrice de Jones est composée de 7 éléments indépendants (4
éléments complexes de la matrice 2 × 2, auxquels on soustrait la phase absolue traduisant la
propagation dans le milieu) et une matrice de Mueller quelconque [M ] en contient 16. Les
conditions pour qu’une matrice de Mueller soit une Mueller-Jones ont fait l’étude de nombreux
travaux [13, 14, 15]. Une condition nécessaire et suffisante a été proposé par Anderson et
Barakat [13], consistant à construire une matrice de passage [F] à partir de [M ] de la façon
suivante

[F ] = [A]−1 · [M ] · [A] (I.47)

On définit une matrice [N ] à partir des coefficients de [F] de dimension 4 × 4, telle que

Nij,kl = Fik,jl avec i, j, k, l = 1, 2 (I.48)

-24-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Cette matrice [N ], hermitienne est présentée en Annexe 6. [N ] est diagonalisable et possède

4 valeurs propres réelles λi (i = 1, 2, 3, 4) associées à 4 matrices [Ni ] telle que

[N ] = λ0 [N0 ] + λ1 [N1 ] + λ2 [N2 ] + λ3 [N3 ] avec |λ0 | ≥ |λ1 | ≥ |λ2 | ≥ |λ3 | (I.49)

~ i orthogonaux
Les matrices [Ni ] sont construites à partir de vecteurs propres colonnes W
entre eux telles que

+
~ iW
[Ni ] = W ~i (I.50)

Pour que [M ] soit une matrice de Mueller-Jones, la relation suivante doit être vérifiée

[N ]2 = T r([N ]) · [N ] (I.51)

Cette dernière équation est satisfaite seulement si et seulement si [N ] possède une valeur
propre non-nulle, les autres étant strictement nulles, c’est-à-dire

λ0 = 2m00 et λ1 = λ2 = λ3 = 0 (I.52)

Parmi les nombreuses méthodes de décomposition d’une matrice de Mueller-Jones, citons la

décomposition polaire introduite par Whitney [16]. Elle démontre que toute matrice de Jones
peut se décomposer en un produit de matrices représentant des éléments simples (retardateur et
diatténuateur). Plus tard, Gil et Bernabeu [17] ont repris cette décomposition polaire pour des
matrices de Mueller non-dépolarisantes (ou matrice de Mueller-Jones), telle que

[MJ ] = [MR ].[MD ] (I.53)

où [MD ] correspond à la matrice de Mueller d’un diatténuateur elliptique partiel et [MR ] à
celle d’un retardateur elliptique. Cette matrice de Mueller-Jones peut être développée en utilisant
les expressions I.25 et I.35 sous la forme
" # " # " #
1 ~0T 1 D~T 1 D~T
[MJ ] = · T0 = T0 (I.54)
~0 [mR ] ~ [mD ]
D ~ [mR ][mD ]
[mR ]D

La détermination de chacune des matrices se fait en deux temps. Tout d’abord, la transmit-
~ s’obtiennent directement de la matrice de Mueller-Jones
tance T0 et le vecteur diatténuation D
via les relations

T0 = MJ00 (I.55)
 
MJ01
~ = 1   MJ 

D  02 
(I.56)
MJ00
MJ03

~ via la relation I.26. Enfin,

Puis, la diatténuation est déterminée par la norme du vecteur D,
par une simple inversion de la matrice I.53, on isole la matrice de retardance

-25-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

[MR ] = [MJ ] · [MD ]−1 (I.57)

~ sont données par les relations I.38 et
La valeur de la retardance et son vecteur associé R
I.39.

Remarque : Il est possible d’inverser l’ordre des matrices du diatténuateur et du retardateur sous
la forme
" #
1 D ~ ′ T [mR ]
[MJ ] = [MD′ ] · [MR′ ] = T0 (I.58)
~ ′ [m′ ][m′ ]
D D R

Étant donné que la matrice d’un retardateur est orthogonale ([MR ] · [MR ]T = 1), par
identification de l’équation I.54 avec I.58, on trouve que

[MR′ ] = [MR ] (I.59)

[MD′ ] = [MR ] · [MD ] · [MR ]T (I.60)

On remarque la matrice du retardateur [MR′ ] reste inchangée, contrairement à la matrice de

~ telle que
diatténuation [MD′ ], déterminée par une autre expression du vecteur diatténuation D,
 
MJ10
~′ = 1   MJ 

D (I.61)
MJ00  20 
MJ30

Selon le choix de l’une ou l’autre des décompositions, les valeurs de D et R restent in-
changée, ainsi que les valeurs de αR et ǫR . Par contre, les valeurs de αD et ǫD changent d’une
décomposition à l’autre. Cependant, on ne peut pas dire quelle est la plus adaptée à la situation
expérimentale réelle sans une connaissance a priori du milieu.

2.2.2- Décompositions pour les milieux dépolarisants

Décomposition de Lu et Chipman

Dans le cas le plus général où un milieu présente simultanément tous les différents effets
polarimétriques, la décomposition la plus connue est celle introduite par Lu et Chipman en
1996 [10]. Elle permet de décomposer une matrice de Mueller [M ] en un produit de trois matrices
de Mueller associées au trois effets explicités précédemment

[M ] = [M∆ ].[MR ].[MD ] (I.62)

où [MD ] la matrice de Mueller d’un diattenuateur (I.25), [MR ] celle d’un retardateur (I.35)
et [M∆ ] celle d’un dépolariseur, qui diffère de celle donnée en I.40, telle que
" #
1 ~0T
[M∆ ] = (I.63)
P~∆ [m∆ ]

-26-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

avec P~∆ est le vecteur polarisance du dépolariseur. Ce terme est introduit afin de satisfaire
au nombre degré de liberté associé à la dépolarisation. En effet, chaque matrice de Mueller est
composée de 16 éléments indépendants. Or le diattenuateur est décrit par 4 paramètres (T0 , D,
αD , ǫD ), le retardateur par 3 paramètres (R, αR , ǫR ) et le dépolariseur par 6 paramètres (∆1 , ∆2 ,
∆3 et les trois axes associés). Donc une description cohérente des 16 paramètres de Mueller ne
peut être satisfaite qu’en rajoutant 3 degrés de liberté au dépolariseur d’où l’introduction de ce
vecteur polarisance.
Le produit des trois matrices donne
" # " # " #
1 ~0T 1 ~0T 1 D~T
[M ] = · · T0 (I.64)
P~∆ [m∆ ] ~0 [mR ] ~ [mD ]
D

et la matrice finale prend la forme

" #
1 D~T
[M ] = T0 (I.65)
P~ [m]

où P~ est le vecteur polarisance de la matrice [M ], D

~ le vecteur diattenuation et [m] la matrice
de Mueller réduite 3 × 3
 
m11 m12 m13
 
[m] = 
 m 21 m 22 m 23

 (I.66)
m31 m32 m33

En partant de l’équation I.64, l’algorithme de décomposition de Lu et Chipman détermine

d’abord MD , puis M∆ et finalement MR .
~ sont directement accessibles à
La transmittance non polarisée et le vecteur de diattenuation D
partir de la matrice [M ] par

T0 = m00 (I.67)
 
m01
 
~ = 1 m02 
D (I.68)
m00  
m03

Par analogie avec la relation I.28, la connaissance de ce vecteur nous donne donc accès à la
valeur de diattenuation D de l’équation I.29, ainsi qu’à sa matrice réduite avec la relation I.26.
On peut donc reconstruire la matrice [MD ] de la relation I.25.

Ensuite, connaissant [MD ], on calcule une matrice [M ′ ], telle que

[M ′ ] = [M ].[MD ]−1 = [M∆ ].[MR ] (I.69)

La matrice [M ′ ] est donc dépourvue de diatténuation mais possède une polarisance non-nulle
et prend la forme suivante

-27-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

" # " # " #

1 ~T
0 1 ~T
0 1 ~T
0
[M ′ ] = = · (I.70)
P~∆ [m′ ] P~∆ [m∆ ] ~0 [mR ]

L’expression du vecteur polarisance P~∆ est donc directement extraite de [M ′ ]

   
m′10 m10
  P~ − [m]D
~ 1  
P~∆ =  m ′  =
 20  2
avec P~ = m20 
  (I.71)
1−D m00
m′30 m30

L’équation I.70 fournie la matrice 3 × 3 définie par le produit de matrice

[m′ ] = [m∆ ] · [mR ] (I.72)

Étant donné que [mR ] est orthogonale, [mR ]−1 = [mR ]T , ce qui permet de former la sous-
matrice

[m′ ] · [m′ ]T = [m∆ ] · [mR ]([m∆ ] · [mR ])T = [m∆ ]2 (I.73)

On nomme ζ1 , ζ2 et ζ3 , les valeurs propres de la sous-matrice [m′ ] · [m′ ]T ; en appliquant le

théorème de Cayley-Hamilton, on forme la relation
h p p p i−1
[m∆ ] = ± [m′ ] · [m′ ]T + ζ1 ζ2 + ζ2 ζ3 + ζ1 ζ3 [I3 ]
hp p p p i (I.74)
× ζ1 + ζ2 + ζ3 [m′ ] · [m′ ]T + ζ1 ζ2 ζ3 [I3 ]

où le signe ± correspond au signe du déterminant de la matrice [m′ ] et [I3 ] est la matrice
identité 3 × 3.
Les relations I.71 et I.74 permettent de déterminer entièrement la matrice de dépolarisation
[M∆ ]. Par une simple inversion de matrice, on remonte directement à la matrice du retardateur

[MR ] = [M∆ ]−1 · [M ′ ] (I.75)

En conclusion, cette méthode de décomposition permet de remonter à l’ensemble des pro-

priétés polarimétriques du milieu d’étude, décrit comme une élément optique complexe, en
faisant la distinction entre les effets de dichroı̈sme, de biréfringence et de dépolarisation.

Pour évaluer la dépolarisation, on a introduit le facteur ∆ défini à l’équation I.44 à partir

de la matrice du dépolariseur [m∆ ]. Cependant, la quantification de ce phénomène peut devenir
complexe, par exemple si le dépolariseur est anisotrope car le degré de polarisation de l’onde
transmise varie avec l’état de polarisation incident. Il nous faut donc une mesure moyenne
du pouvoir dépolarisant d’un tel système optique. Au cours de cette thèse, on utilise plutôt
l’indice de dépolarisation PD qui est directement accessible à partir de la matrice [M ] ”brute”
expérimentale (donc sans passer par l’étape de décomposition de celle-ci), définit de la façon
suivante

-28-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

v
u P
u 3
u m2 − m200
t i,j=0 ij
PD = avec 0 ≤ PD ≤ 1 (I.76)
3m200

On peut distinguer trois situations selon la valeur de PD :

— PD = 0, l’élément est un dépolariseur total.

— 0 ≤ PD ≤ 1, l’élément est un dépolariseur partiel.

— PD = 1, l’élément n’est pas dépolarisant.

Autres méthodes de décomposition

En se penchant plus en détail sur la décomposition de Lu et Chipman, on peut se demander si
l’ordre des termes dans le produit de matrices a une importance : J. Morio et F. Goudail ont
démontré que ce produit ne correspond pas toujours à une situation physiquement réalisable [18].
En effet, l’équation I.62 suppose que la lumière rencontre les trois effets polarimétriques
séquentiellement dans un ordre bien défini. Il a donc été imaginé d’autres types d’arrangement
susceptibles de correspondre aux différents types de situations expérimentales.
Parmi ces méthodes de décomposition, on peut citer par exemple les décompositions de types
”forward” et ”reverse” construisant 6 arrangements en deux familles. La famille F∆D où le
diattenuateur précède le dépolariseur et la famille FD∆ où le diattenuateur suit le dépolariseur,
dont le détail est présenté ci-dessous

[M ] = [M∆1 ] · [MR1 ] · [MD1 ] (I.77)

[M ] = [M∆2 ] · [MD2 ] · [MR2 ] (I.78)
[M ] = [MR3 ] · [M∆3 ] · [MD3 ] (I.79)
[M ] = [MD4 ] · [MR4 ] · [M∆4 ] (I.80)
[M ] = [MR5 ] · [MD5 ] · [M∆5 ] (I.81)
[M ] = [MD6 ] · [M∆6 ] · [MR6 ] (I.82)

Les valeurs de R, D et de ∆ diffèrent d’une famille à l’autre mais sont identiques au sein
de chacune d’entre elle. On se rend donc compte que le choix d’une décomposition va être
crucial dans la description de ce qui se passe réellement au sein du milieu. En particulier, il a été
montré [18] que la famille F∆D donne toujours un triplet de matrices physiques et singulières,
contrairement à la seconde, notamment si le milieu possède une forte diatténuation et une fort
pouvoir dépolarisant. Pour parer à ce problème, R. Ossikovski a introduit une décomposition
appelée ”décomposition inverse” re-précisant les formes du diattenuatteur et du dépolariseur
pour ces décompositions de famille FD∆ [19].
Il est donc recommandé d’utiliser la décomposition qui est le plus fidèle à la situation expérimentale
nécessitant une connaissance ”à priori” de la réponse du milieu.

-29-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Finalement, on peut aussi citer d’autres types de décomposition de la matrice de Mueller

dont certaines ont fait l’objet d’une discussion plus poussée [20] :

— La décomposition symétrique, permet de travailler avec la matrice diagonale d’un dépolariseur

vu à l’équation I.43, à partir d’un produit de cinq matrices [21]. Cette méthode a été va-
lidée expérimentalement [22] et semble prometteuse pour l’étude en réflexion diffuse des
milieux biologiques.

— La décomposition logarithmique, qui considère que les effets polarimétriques n’inter-

viennent pas de manière séquentielle mais simultanément dans l’échantillon [23].

— La décomposition en somme, consistant à décomposer la matrice expérimentale [M ] en

somme de sous- matrices non-dépolarisantes [24]. Grâce aux valeurs propres associées
à [M ], chacunes de ces sous-matrices peut-être décomposées suivant les paramètres de
diatténuation ou de retardance par la décomposition polaire.

2.3- Filtrage du bruit des matrices de Mueller expérimentales

La mesure d’une matrice de Mueller expérimentale est entachée d’erreurs. La conséquence
est une propagation de cette erreur sur les paramètres physiques issus de la décomposition.
Pour filtrer l’information non-physique associée au bruit, une méthode de filtrage proposée par
S.R. Cloude [24] se base sur une décomposition d’une matrice quelconque [M ] en somme de
matrices non-dépolarisantes [Mi ], de la façon suivante

1
[M ] = (λ0 [M0 ] + λ1 [M1 ] + λ2 [M2 ] + λ3 [M3 ]) (I.83)
2
où les coefficients λ0 , λ1 , λ2 et λ3 correspondent aux valeurs propres de la matrice [N ]
de l’équation I.49. Dans le cas de la mesure d’une matrice de Mueller associée à un milieu
non-dépolarisant, le bruit de mesure conduit à des valeurs propres λ1 ≈ 0, λ2 ≈ 0 et λ3 ≈ 0.
De plus, elles peuvent être négatives, ce qui conduit à des résultats non-physiques. En fixant
λ1 = λ2 = λ3 = 0, la matrice de Mueller peut se résumer alors sous la forme d’une matrice de
Mueller-Jones :

λ0
[MJ ] = [M0 ] (I.84)
2
Cette approche permet alors de filtrer une partie du bruit expérimental. Une décomposition
polaire permet ensuite d’extraire les valeurs de diatténuation et de retardance. Cependant, il faut
faire attention à ne pas employer cette méthode pour les milieux dépolarisants car les matrices
[M1 ], [M2 ] et [M3 ] contiennent l’information de dépolarisation.

Pour discriminer le bruit de mesure de l’effet de dépolarisation, on peut citer un algorithme

développé par F. Le Roy-Brehonnet [25], repris dans la thèse de F. Boulvert [26]. Tout d’abord,
on évalue une matrice d’écart-type [S] caractérisant les incertitudes sur les coefficients mij de
la matrice de Mueller expérimentale [M]. Ensuite, on introduit la norme de Frobenius d’une
matrice quelconque [X] de dimension n × n avec l’expression

-30-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

v
u n−1 n−1
uX X p
||X||F = t |Xij |2 = T r([X]† [X]) (I.85)
i=0 j=0

Cette dernière relation nous permet de calculer alors les normes de Frobenius ||S||F et
||∆M ||F où

||∆M ||F = ||M − MJ ||F (I.86)

avec M est la matrice expérimentale et MJ est la matrice de Mueller-Jones obtenue par

l’équation I.84.
En comparant ||S||F et ||∆M ||F , on met en évidence deux situations :

— Si ||∆M ||F ≤ ||S||F : la différence entre M et MJ est uniquement due aux erreurs
expérimentales. Le milieu étudié est donc non-dépolarisant.

— Si ||∆M ||F ≥ ||S||F : soit la mesure est erronée et ne correspond pas à un système
optique physiquement réalisable, soit le milieu est dépolarisant.

-31-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

3- Techniques expérimentales en polarimétrie de Mueller

Au cours des dernières années, un certain nombre de techniques de polarimétrie ont été
mises en œuvre permettant d’engendrer deux principales familles :

— la polarimétrie de Stokes, basée sur la mesure de la polarisation d’une onde,

— la polarimétrie de Mueller, basée sur la signature polarimétrique d’un milieu.

Dans cette partie, on présente le principe de la polarimétrie de Mueller ainsi que les
différents moyens existants pour générer et analyser les états de polarisation. En effet, en
vue du développement expérimental envisagé dans cette thèse, il est important de situer les
choix dans la configuration expérimentale retenue du polarimètre. Enfin, quelques exemples de
systèmes imageurs polarimétriques de Mueller sont présentés.

3.1- Principe de base de la polarimétrie de Mueller

Depuis des années, une multitude de polarimètres de Mueller a vu le jour mais tous sont
basés sur le même principe de base, schématisé Figure I.7.

F IGURE I.7 – Principe de base d’un polarimètre de Mueller (en configuration transmission).

Le polarimètre est dit ”complet” s’il mesure les 16 coefficients de la matrice de Mueller
et incomplet dans le cas contraire. S’il est complet, un générateur d’états de polarisation, noté
PSG (Polarization State Generator), met en forme au moins 4 états de polarisation différents.
Après interaction avec le milieu d’étude, la modification de chacun de ces états va être analysée
à travers au moins 4 configurations différentes d’un analyseur d’états de polarisation, noté PSA
(Polarization State Analyzer). Ainsi, on obtient un système d’équations (16 au minimum) qui
permet de remonter aux 16 coefficients de la matrice. Bien évidemment, on peut produire plus
de 16 états de polarisation ce qui nous amène à surdéterminer le système.

Pour calculer la matrice de Mueller [M ] du milieu d’étude, on définit les matrices associées
au système :

— [W ] est la matrice de modulation, dont les colonnes sont les vecteurs de Stokes des états
de polarisation engendrés par le PSG.

-32-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

— [A] est la matrice d’analyse, dont les lignes sont les vecteurs de Stokes des états de polari-
sation formés par le PSA.

— [B] est la matrice dont les coefficients correspondent aux intensités mesurées par le
détecteur.

La relation entre les différentes matrices définies au dessus est

[B] = [A].[M ].[W ] (I.87)

En inversant le système, on retrouve donc la matrice de Mueller de l’échantillon

[M ] = [A]−1 .[B].[W ]−1 (I.88)

Cette dernière relation suppose que les matrices [W ] et [A] soient inversibles (c’est-à-dire
non-singulières). Il existe un nombre important de combinaisons d’états de polarisation permet-
tant de générer des matrices [W] et [A] inversibles mais elles ne sont pas forcément optimisées
face au bruit expérimental. Pour que les matrices [W ] et [A] soient bien ”conditionnées” (c’est-à-
dire les plus différentes de matrices non-inversibles), des outils sur l’évaluation de la propagation
des erreurs ont été développés dans le cadre de la polarimétrie. On peut citer les plus couramment
utilisés :

— Le nombre de conditionnement C([M ]) [27, 28], appliqué à une matrice [M ] (où C([M ]) ≥
1). Ce nombre vaut 1, pour les matrices singulières et + ∞ pour les matrices idéalement
conditionnées. Ce critère évalue donc la singularité d’une matrice et donne accès à
sa capacité à propager les erreurs. Mais il ne prend pas en compte la redondance des
équations [29].

— Le critère EWV [30] évalue la propagation globale du bruit expérimental à travers le

système. Plus le nombre EWV est petit, plus l’effet du bruit est faible. Contrairement
au précédent critère, celui-ci permet d’appréhender la redondance des équations dans la
détermination des coefficients de Mueller.

Les imperfections inhérentes au PSG et aux PSA sont sources d’erreurs systématiques, dont
il est essentiel d’évaluer l’influence sur la mesure de la matrice de Mueller de l’échantillon ; cela
passe alors par une étape de calibration. Étant donné son importance, cette étape a fait l’objet de
nombreuses études [31, 32, 33, 34], proposant différentes solutions pour calibrer un polarimètre.
Une des solutions consiste à modéliser de façon détaillée chaque élément composant le PSG et
le PSA, ainsi que les sources d’erreurs [35, 36, 37, 38].
Cependant, lorsque la description de ces éléments est trop complexe, une méthode consiste à
considérer le polarimètre comme une ”boite noire” et à déterminer les matrices de génération
[W ] et d’analyse [A] des états de polarisation grâce à des mesures sur des échantillons connus
(polariseur, lame de phase) [39].
Dans le cadre de cette thèse, les éléments composants le PSG et le PSA (polariseurs et lames de

-33-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

phase) étant relativement simples à simuler, une modélisation détaillée sera envisagée.

Nous allons voir maintenant les différentes méthodes utilisées pour la génération et à
l’analyse des états de polarisation.

3.2- Génération et analyse des états de polarisation

Pour mettre en forme la polarisation de l’onde lumineuse, les PSG et PSA sont composés
de polariseurs linéaires, suivis de un ou plusieurs déphaseurs. Ces derniers éléments optiques
possèdent des orientations et/ou des déphasages qui peuvent être fixes ou contrôlées à l’aide de
commandes mécaniques ou électriques.

Dans la section suivante, nous allons distinguer trois domaines permettant d’effectuer une
modulation de la polarisation de la lumière, à savoir :

— le domaine temporel,

— le domaine spectral,

— le domaine spatial.

3.2.1- Le domaine temporel

La méthode séquentielle de génération et d’analyse d’états de polarisation a connu depuis
plusieurs années un développement important et est actuellement la plus répandue. La méthode
consiste à acquérir séquentiellement au moins 16 intensités correspondant à 16 combinaisons
différentes d’états de polarisation en génération et en analyse. La Figure I.8 représente le principe
d’un montage type en polarimétrie de Mueller séquentielle.

F IGURE I.8 – Principe d’un polarimètre de Mueller séquentiel

Pour réaliser un codage séquentiel, des lames de phases tournantes montées sur des moteurs
de rotation pas-à-pas ou continus peuvent être employées [33] [40, 41, 42]. L’avantage de ce
type d’approche est l’utilisation d’éléments optiques homogènes et peu sensibles à l’angle
d’incidence mais reste relativement lent (les fréquences de modulation et d’analyse sont de
l’ordre de quelques Hz).
En utilisant des modulateurs photoélastiques [43, 44, 45, 46], les fréquences de modulation
peuvent atteindre plusieurs dizaines de kHz mais demandent une régulation en température
précise.

-34-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Les modulateurs électro-optiques, comme les cellules de Pockels [47], permettent de contrôler
électriquement le déphasage avec des fréquences de modulation de plusieurs dizaines de MHz.
Cependant, ils possèdent aussi une grande sensibilité à la température, une fenêtre spectrale plus
étroite que les modulateurs photoélastiques et nécessitent des tensions de commande élevées
(jusqu’à plusieurs kV).
Les polarimètres de Mueller les plus répandus utilisent principalement des modulateurs à base
de cristaux liquides [28] [48, 49, 50, 51]. Ces éléments présentent de nombreux avantages tels
que leurs faibles coûts, leurs fréquences de modulation importantes (de quelques dizaines de Hz
à quelques dizaines de kHz) et ils nécessitent de faibles tensions de commande (quelques volts).
Parmi les cellules à cristaux liquides les plus couramment employées, il en existe deux types :

— les cristaux liquides nématiques agissent comme des lames de phase avec une orientation
fixe des lignes neutres mais où le retard de phase linéaire varie en fonction de la tension
de commande. Les temps de réponse sont de l’ordre de plusieurs millisecondes.

— les cristaux liquides ferroélectriques agissent comme des lames de retard avec un retard
fixe mais dont l’orientation des lignes neutres bascule entre deux positions, séparées de
45°. La principale différence avec les cristaux nématiques est un temps de réponse bien
inférieur, de l’ordre de quelques centaines de microsecondes.

Étant donné le temps nécessaire pour coder et décoder l’ensemble des états de polarisation
indispensables à la détermination d’une matrice de Mueller, la limite fondamentale du codage
temporel est la stabilité temporelle du milieu d’étude pendant la durée de mesure.

3.2.2- Le domaine spectral

En 1999, Oka a été le premier à exploiter le domaine spectral en développant un polarimètre
de Stokes (ou encore ”channeled spectropolarimeter”) [52] capable de mesurer les 4 paramètres
de Stokes d’une lumière incidente à partir d’un seul spectre I(λ ). Un des avantages de ce système
est qu’il ne nécessite aucun élément actif (les lames de phase sont fixes pendant la mesure)
contrairement au domaine temporel. Ensuite en 2007, Hagen [53, 54] a proposé l’idée d’un
polarimètre de Mueller complet de type ”snapshot” pour des applications en spectropolarimétrie
(appelé ”Snapshot Mueller Matrix Spectropolarimeter” ou SMMSP). En parallèle, le LSOL
(Brest) a développé la première version expérimentale d’un polarimètre de Mueller ”instantané”
utilisant le codage spectral (appelé ”Snapshot Mueller Matrix Polarimeter” ou SMMP) [55, 56].

Le principe de base consiste à attribuer à chaque longueur d’onde un état de polarisation

particulier grâce à une source large bande et des lames de phase d’ordre élevé. Le PSG et le
PSA sont fixes pendant la mesure et sont constitués de polariseurs linéaires et de lames de phase
dont les épaisseurs et les orientations sont choisies judicieusement pour engendrer un nombre
suffisant d’états de polarisation. Ce polarimètre permet alors l’acquisition de toute l’information
polarimétrique du milieu grâce à l’analyse d’un seul spectre cannelé dont on exploite la compo-
sition ”spectrale”. L’amplitude et la phase des différentes fréquences du spectre sont liées aux
coefficients de Mueller car le spectre cannelé est en effet modulé par la signature polarimétrique
de l’échantillon. La Figure I.9 illustre le principe de la mesure d’une matrice de Mueller avec ce

-35-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

type de polarimètre.

F IGURE I.9 – Schéma de principe d’un polarimètre de Mueller par codage spectral.

Le fait que ces blocs de codage et de décodage soient passifs apporte un avantage majeur
en terme de robustesse et surtout de rapidité d’acquisition, uniquement limitée par le détecteur.
A l’heure actuelle, avec cette approche il est possible d’atteindre des temps d’acquisition pour
mesurer la réponse polarimétrique du milieu de quelques microsecondes.
La limitation fondamentale de cette technique est que la signature polarimétrique du milieu ne
doit pas trop évoluer en longueur d’onde dans la fenêtre d’analyse spectrale considérée.

3.2.3- Le domaine spatial

Il existe plusieurs possibilités pour exploiter le domaine spatial en polarimétrie et plus
spécialement en imagerie polarimétrique. L’idée est de paralléliser au maximum l’information
dans le domaine spatial afin de réduire le temps de mesure. On peut citer par exemple les
polarimètres :

— ”division of amplitude” (DoA ou DoAM) qui utilisent plusieurs détecteurs et des cubes
séparateurs afin de paralléliser la génération et/ou l’analyse des états de polarisation [57,
58]. Cela donne naissance en général à des systèmes dont l’encombrement est important.

— ”division of aperture” (DoAP) qui n’utilisent qu’un seul détecteur associé à un système
imageur permettant d’obtenir de manière parallèle plusieurs images sur le même détecteur
correspondant à des états de polarisation différents [59]. Cette méthode, plus compacte
que la précédente, souffre néanmoins d’une perte de résolution spatiale pour l’imagerie.

— ”division of focal-plane array” (DoF) qui intègrent directement au niveau de la caméra

des microgrilles de polariseurs [60] permettant l’analyse simultanée, via des ”super-
pixels”, d’une partie des propriétés polarimétriques de l’onde incidente [61]. Une perte de
résolution spatiale est également engendrée par ce principe.

Cependant, aucune de ces méthodes ne permet d’obtenir la matrice de Mueller complète d’un
échantillon. Plus récemment, un nouveau principe a été proposé par M.W. Kudenov [62, 63]

-36-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

afin d’utiliser le domaine spatial pour obtenir une image polarimétrique de Mueller. Il s’agit de
générer des interférences à partir de plusieurs faisceaux polarisés que l’on a séparés spatialement
grâce à des réseaux de polarisation (polarization gratings). Ces réseaux permettent en effet
de diffracter dans les ordres +1 et -1 deux ondes polarisées circulairement droite et gauche
respectivement. En recombinant les différents faisceaux ayant des séparations spatiales bien
déterminées, on peut générer des interférences au niveau de l’échantillon, qui sont ensuite
analysées et ré-imagées au niveau d’une caméra. Les franges d’interférence sont de cette
manière modulées par la signature polarimétrique de l’échantillon. Afin de remonter à tous les
coefficients de la matrice de Mueller, il faut générer au moins 16 fréquences spatiales et analyser
leur amplitude et phase dans l’espace de Fourier spatial 2D. Cette méthode est en fait le pendant
spatial de la polarimétrie de Mueller par codage spectral décrite dans le paragraphe précédent.
L’avantage principal de cette technique est qu’elle permet la mesure instantanée (1 seule
acquisition) de l’image de Mueller d’un échantillon. Elle souffre malgré tout d’une perte
intrinsèque de résolution spatiale. En effet, la signature polarimétrique de l’échantillon doit
évoluer lentement par rapport à la période spatiale des franges d’interférences, afin d’éviter un
recouvrement des différents canaux. De plus, le dispositif possède une complexité importante ce
qui le rend difficilement intégrable dans un système d’imagerie microscopique commercial.

3.3- Développements en imagerie polarimétrique de Mueller

Nous venons de présenter les différentes approches pour coder/décoder les états de la polari-
sation (temporelle, spectrale et spatiale). Ces différentes approches peuvent être plus ou moins
adaptées en fonction de l’information recherchée. En effet, il est parfois souhaitable de connaitre
les variations des coefficients de Mueller en fonction du temps, de la longueur d’onde ou des
coordonnées spatiales (imagerie). Par exemple, il y aura une limitation à l’étude de la dynamique
temporelle des coefficients de Mueller si on utilise un codage séquentiel de la polarisation pour
mesurer ces coefficients.
Le but de la thèse est de développer un polarimètre de Mueller pouvant être intégré sur un
microscope à balayage afin de réaliser de l’imagerie multimodale linéaire (Mueller) et non
linéaire (SHG/TPEF). Ainsi, on s’intéressera uniquement aux polarimètres de Mueller imageurs
existants dans la littérature, afin de pointer leur incapacité à être intégrés sur un microscope à
balayage pour réaliser de l’imagerie multimodale en temps réel. Il existe 2 philosophies pour
réaliser de l’imagerie de Mueller :

— l’imagerie plein champ,

— l’imagerie à balayage.

Le codage séquentiel est bien adapté à l’imagerie plein champ. Cela nécessite l’acquisition
séquentielle de plusieurs images afin de reconstruire une image de Mueller. A l’heure actuelle,
les dispositifs les plus rapides permettent de générer une image de Mueller en moins d’une
seconde. L’approche séquentielle peut aussi s’envisager pour de l’imagerie à balayage mais
nécessite la mesure d’images successives rallongeant considérablement le temps de mesure. En
effet, le temps de mesure d’une matrice de Mueller dans cette philosophie est en général bien

-37-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

supérieur au temps de résidence par pixel de l’imagerie à balayage.

Le codage spatial n’est adapté qu’à l’imagerie plein champ car il est basé sur la démodulation
de franges d’interférences qui se forment sur une caméra. Le gros avantage est qu’une seule
mesure est nécessaire pour obtenir une image de Mueller au détriment d’une perte de résolution
spatiale, ce qui l’empêche d’être un bon candidat pour la microscopie.
Le codage spectral, sous une forme qui utilise un spectromètre, n’est pas envisageable pour
de l’imagerie plein champ à cause de l’analyse spectrale. Il est par contre a priori adapté pour
l’imagerie à balayage, sous réserve d’utiliser un spectromètre ayant une cadence d’acquisition
compatible avec la vitesse de balayage des scanners.

Nous allons maintenant présenter quelques configurations de polarimètres de Mueller ima-

geurs et les technologies associées.

3.3.1- Imagerie plein champ

L’imagerie plein champ consiste à former l’image de l’échantillon sur un détecteur pixellisé
(caméra CCD ou CMOS). Ainsi, on obtient les caractéristiques polarimétriques d’un échantillon
en tout point de l’image.

B. Laude-Boulesteix a repris le polarimètre de Mueller à cristaux liquides nématiques

développé par A. De Martino en 2003 [64] pour l’amener en configuration d’imagerie en
2004 [65], illustrée Figure I.10.

F IGURE I.10 – Schéma expérimental du polarimètre imageur à base de cristaux liquides développé par
B. Laude-Boulesteix [65]. SC : source lumineuse. F : filtre interférentiel (500 nm, 550 nm, 600 nm, 650
nm et 700 nm). P : polariseur linéaire. LCs : cristaux liquides à retards variables. Sp : échantillon. A :
polariseur linéaire (analyseur). L : lentille. D : caméra CCD. C : Condenseur. O : objectif de microscope.

Une image pour chaque état de polarisation est acquise et est moyennée 15 fois pour atteindre
un rapport signal sur bruit satisfaisant. Grâce à la rapidité de commutation des cristaux liquides
composant le PSG et le PSA (de l’ordre de 60 ms), une image de Mueller peut être obtenue en
quelques secondes.

Dans le but de réduire les temps de codage des états de polarisation par rapport à des
nématiques, P.G. Ellingsen a proposé un polarimètre de Mueller à cristaux liquides ferro-
électriques en 2010 [66]. Cette technique, permettant de mesurer des matrices de Mueller en 8

-38-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

ms, a été déclinée en configuration d’imagerie en 2011 [67] dont le dispositif expérimental est
présenté Figure I.11.

F IGURE I.11 – Schéma expérimental du polarimètre imageur à base de cristaux ferro-électriques

développé par P.G. Ellingsen [67]. R1, R2, R3, R4 : lames quart-d’onde d’ordre 0, à 465 nm (R1/R4) et à
510 nm (R2/R3). P1 et P2 : polariseurs linéaires. F1, F2, F3 et F4 : cristaux ferro-électriques, à 510 nm
(F1/F4) et à 1020 nm (F2/F3).

Les deux exemples précédents présentent des systèmes imageurs en transmission mais il en
existe également dans la configuration en réflexion comme décrit les travaux de M. Anastasiadou
en 2007 [68], dont le schéma de son dispositif expérimental est présenté Figure I.12.

F IGURE I.12 – Schéma expérimental du polarimètre imageur en réflexion développé par M. Anastasia-
dou [68].

Chaque image est moyennée 7 fois, ce qui donne lieu à la génération d’une image de

-39-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Mueller de définition 256 × 256 en 11 s. Des filtres interférentiels sont placés après le PSA
dans le but de réaliser des images de Mueller à différentes longueurs d’onde, de 500 nm à 700 nm.

En 2013, M. Mujat [69] a aussi décrit le développement d’un microscope polarimétrique

utilisant des cristaux liquides en configuration transmission et réflexion, dont la modélisation
(en Zemax@) et les photos du dispositif sont présentées Figure I.13.

F IGURE I.13 – Modélisation opto-mécanique en Zemax@ et photo du dispositif expérimental proposé

par M. Mujat [69] en configuration de transmission (à gauche) et en réflexion (à droite). Mi (i = [1,5]) :
miroir réfléchissant. Li (i = [1,6]) : lentille. BSPL (Non-Polarized Beam Splitter) : cube séparateur. MOi
(i = [1,2]) : objectif. DAQ (Data Acquisition) : carte d’acquisition. CCD : caméra.

Par une simple commutation d’un miroir plan après l’échantillon, son système est capable de
passer simplement d’une configuration à l’autre. Une image de Mueller nécessite aussi 16 images
d’intensité mais son intérêt vient de sa compacité (30cm × 46cm) et qu’il est complètement
automatisé.

En 2014, O. Arteaga a développé un microscope polarimétrique de Mueller par codage

séquentiel, présenté Figure I.14. Les images d’intensité sont acquises par une caméra CMOS
pendant que deux lames de phases tournantes modulent les états de polarisation continûment,
technique qui s’inspire des travaux de R.M.A. Azzam en 1978 [70]. Pour chaque pixel, le signal
modulé temporellement est analysé dans l’espace de Fourier afin de remonter aux coefficients
de Mueller. Une photo du dispositif, ainsi qu’un schéma détaillé sont présentés Figure I.14.
Ce système permet d’obtenir une image de Mueller en 72 s avec une résolution axiale
d’environ 1 − 2µm en utilisant un objectif 50X. Il a été implémenté ensuite sur un microscope
commercial [71].

-40-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.14 – Montage expérimental et photo du microscope de Mueller, développé par O. Artega [71].

3.3.2- Imagerie à balayage laser

L’imagerie à balayage laser consiste à construire une image point par point par balayage du
faisceau laser sur l’échantillon à des cadences relativement élevées (plusieurs centaines de kHz).

Les premiers polarimètres de Mueller imageurs associés à des miroirs galvanométriques

ont été développés dans le but de proposer des alternatives aux techniques déjà existantes en
ophtalmologie, notamment l’OCT (ou Optical Coherent Tomography). On peut citer les travaux
de J.M. Bueno et P. Artal en 1999 [49] qui ont développé un polarimètre à balayage pour
l’étude de la rétine in vivo utilisant des cristaux liquides à retard variable pour le codage de la
polarisation.
Leurs études se sont poursuivies en 2000 [73] afin de comprendre l’influence de la variation
de la taille de la pupille de l’œil sur la biréfringence.
En 2002, J.M. Bueno a proposé un polarimètre de Mueller imageur à balayage laser en
réflexion [72], dont le principe est présenté Figure I.15. Il s’agit dans un premier temps de
mesurer la matrice de Mueller du milieu à partir de 16 images d’intensité acquises de manière
successive, ce qui peut prendre un temps relativement long. Ensuite, un algorithme permet
de calculer les états de polarisation optimaux en codage et décodage permettant d’obtenir le
meilleur rapport signal à bruit sur l’image [74]. Une image d’intensité optimale peut ainsi être
générée en temps réel avec une connaissance a priori du milieu d’étude.

-41-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.15 – Microscope polarimétrique de Mueller à balayage laser pour des applications en ophtal-
mologie mis en place dans les travaux de J.M. Bueno [72]. (CS) Cube Séparateur

Au cours de sa thèse, D. Lara [75] a proposé en 2005 un polarimètre de Mueller dans une
configuration de microscopie confocale. Afin de diminuer le temps de mesure d’une matrice
de Mueller, il a envisagé de paralléliser l’analyse de la polarisation en utilisant la méthode de
”division of amplitude”. Son système est schématisé Figure I.16.

F IGURE I.16 – Schéma du montage expérimental du polarimètre de Mueller imageur confocal, développé
par D. Lara [75]. ND : densité optique (Neutral density). M1 : miroir. L1, lentille de collimation.
Obj1–Obj3 : objectif. D1–D4, photodetecteurs. Bs1–Bs3 : cube séparateur non-polarisant. PBs4 :
séparateur polarisant. Ph : pinhole. Qwp : lame quart d’onde. P0, P45 : polariseurs linéaire à 0° et à
45°.

Ce dispositif permet la mesure de 16 états de polarisation indépendamment en utilisant un

ensemble de séparateurs et de canaux de détection. Ainsi, le temps de mesure d’une matrice de
Mueller est de l’ordre de 50 ms. La philosophie confocale lui permet d’atteindre une résolution

-42-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

axiale de 30µm. En 2006, les applications de son système se sont tournées vers l’ophtalmo-
logie [76]. Cette configuration souffre d’un encombrement important et d’une mise en œuvre
assez lourde et n’a d’ailleurs pas donné naissance à un système imageur opérationnel.

En 2008, K.M. Twietmeyer [77] a proposé de modifier un polarimètre commercial à balayage

laser (nommé GDx) dans le but d’améliorer la détection de glaucome. Ce système commercial
permet de remonter à la biréfringence linéaire mais pas à la diatténuation ni à la dépolarisation.
Son système amélioré (nommée alors GDx-MM) utilise des cristaux liquides pour coder la
polarisation dont le schéma expérimental est présenté Figure I.17.

F IGURE I.17 – Schéma du montage expérimental du microscope polarimétrique de Mueller, développé

par K.M. Twietmeyer [77]. NPBS : cube séparateur non-polarisant. PBS : cube séparateur polarisant.
APD : photodiode à avalanche. LCR : cristaux liquides.

Ce polarimètre de Mueller imageur complètement automatisé enregistre 72 images de po-

larisation en 4 s avec une résolution latérale de 20µm. L’inconvénient de la technique est
intrinsèquement lié à l’approche séquentielle. En effet, si la durée de la mesure d’une matrice
de Mueller est supérieure au temps de résidence par pixel (plusieurs µs), il n’est pas possible
d’obtenir une image de Mueller en un seul balayage du faisceau laser sur l’échantillon.

-43-
Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

4- Applications de l’imagerie polarimétrique de Mueller

Il existe aujourd’hui un large champ d’applications en polarimétrie de Mueller expliquant
que le nombre de travaux dans ce domaine est de plus en plus important comme en témoigne les
références [78, 79]. Les technologies de plus en plus avancées ont permis à la polarimétrie de
Mueller de bénéficier d’un large choix de combinaisons source/détecteur avec des techniques
pour générer et analyser les états de polarisation rapidement.
Au cours des dernières décennies, de nombreux domaines d’étude se sont tournés vers l’imagerie
polarimétrique de Mueller complète ou incomplète qui fournit des informations supplémentaires
sur un milieu, inaccessibles avec des méthodes plus conventionnelles.

4.1- Détection de cible

Les techniques de polarimétrie de Mueller ont récemment montré qu’il était possible de
différencier une cible particulière du fond où elle se situe grâce à un codage en polarisation
adapté à la nature du milieu éclairé. Cette application impose la mise en place d’un dispositif en
configuration de réflexion diffuse dont le principe expérimental est schématisé Figure I.18.

F IGURE I.18 – Principe de la polarimétrie de Mueller pour des applications de détection de cible en
réflexion diffuse, présenté dans l’article de N. Vannier [80].

En 1999, S. Breugnot et P. Clémenceau [81] proposèrent un polarimètre de Mueller imageur

couplé avec un télescope pour détecter des objets éloignés de plusieurs dizaines de mètres. La
technique pour coder la polarisation, introduite par R.M.A Azzam en 1997 [82], utilise des
lames de phases tournantes. L’étude a permis de montrer que pour différents types de cible (en
métal, en bois ou encore en papier), la matrice de Mueller était principalement diagonale ciblant
un effet prépondérant de dépolarisation. Il est alors pas nécessaire de mesurer 16 intensités pour
déterminer la matrice de Mueller.

Ensuite, d’autres applications ont permis d’étudier la maximisation du contraste entre une
cible et son environnement à partir d’états de polarisation optimaux, comme les travaux menés
par F. Goudail en 2009 [74] et G. Anna en 2011 [83] et 2012 [84]. Cette technique nécessite
néanmoins la détermination au préalable de la l’image de Mueller de la scène, indispensable à la
détermination de ces états de polarisation optimaux.
Enfin, plus récemment, les travaux de N. Vannier en 2015 [80] et en 2016 [85] ont consisté à
mettre en place un polarimètre de Mueller utilisant des cristaux liquides pour coder les états de
polarisation dans le but de révéler la présence de matériaux métalliques ”camouflés” dans un
environnement naturel (feuillage, boue, etc).

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.19 – (en haut) Images de la matrice de Mueller d’une scène composée de morceaux de papier
recouverts d’une peinture, présentés dans le travaux de G. Anna [84]. (en bas) Image optimisée avec des
états de polarisation pour accentuer le contraste.

Cependant, certains paramètres de contraste doivent être redéfinis et demandent des traite-
ments d’image plus approfondis pour tenir compte de différentes conditions expérimentales. En
effet, l’homogénéité de l’éclairage de la scène est un facteur important dans la détermination
du contraste. De plus, le fond dans lequel est plongé le milieu d’intérêt peut présenter des
différences de réflexion suivant sa nature.

4.2- Imagerie des tissus biologiques

Au cours des dernières années, la polarimétrie de Mueller s’est tournée vers l’analyse des
tissus biologiques (peau, foie, oeil, ...), notamment en vue de proposer des outils de diag-
nostic médical [86, 87, 88, 89]. Ces techniques d’imagerie polarimétrique pourraient être
complémentaires à celles déjà utilisées dans le domaine médical.

Les travaux de J.S. Baba en 2002 [90] se sont tournés vers le diagnostic du cancer de la
peau. Ce dispositif a été validé en configuration de réflexion diffuse et a permis de conclure
qualitativement que lors d’une altération ou une dénaturation des tissus biologiques provoquée
par l’apparition d’une pathologie, les paramètres de retardance et de dépolarisation sont les plus
susceptibles d’être modifiés.

En 2004, B. Laude-Boulesteix a proposé un polarimètre en transmission pour étudier la

diatténuation et la retardance à plusieurs longueurs d’onde sur des échantillons de foie fibrosé
marqués au rouge Sirius (colorant qui exalte la biréfringence des fibres de collagène) et d’artères
de rat marqués [65]. Il a été montré que pour ce type d’échantillon, la retardance n’est pas le

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

seul paramètre pertinent que l’on peut avoir (effet classiquement attribué à l’application du
rouge Sirius) mais la diatténuation et la dépolarisation contiennent également une information
intéressante.

En 2007, J. Chung s’est intéressé à la signature polarimétrique à différents stades pré-

cancéreux qui engendrent une altération de l’épithélium [91]. Cette étude sur des coupes de la
cavité buccale de hamsters comportant des dysplasies a permis de mettre en évidence que les
phénomènes de dépolarisation sont plus importants dans les tissus sains que dans les lésions
pré-cancéreuses.
La même année, S. Guyot [92] a observé également la modification des paramètres pola-
rimétriques dans le cadre de l’apparition de mélanomes et de l’irradiation cutanée.

En 2008, le polarimètre développé par K.M. Twietmeyer, décrit Figure I.17, a été utilisé
pour l’amélioration dans la détection de glaucome. Il en a conclu que le développement de cette
pathologie peut être associé à une augmentation de la diatténuation sur la rétine, plus importante
que la retardance.

F IGURE I.20 – Images des paramètres polarimétriques après décomposition du nerf optique, obtenues
avec les travaux de K.M. Twietmeyer [77]. (a) Image en intensité moyenne. (b) Image en retardance
linéaire. (c) Image de l’orientation de la retardance. (d) Image de l’indice de dépolarisation. (e) Image
de la diatténuation linéaire. (f) Image de l’orientation de la diatténuation.

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

En 2010, M.R. Antonelli a mis en évidence la réponse de colons humains présentant des
zones tumorales à l’aide d’un polarimètre de Mueller en réflexion [93]. Un exemple de cette
étude Figure I.21 montre que les matrices de Mueller mesurées sont essentiellement diagonales
témoignant de l’absence de diatténuation et de retardance. Les tissus du colon se comportent donc
comme des dépolariseurs partiels. De plus, il a été montré que les zones tumorales dépolarisent
moins que les zones saines dans les premiers stades de la maladie.

F IGURE I.21 – Images d’intensité et de Mueller d’un échantillon de colon, d’un champ de vue de
5cm × 5cm, obtenues dans les travaux de M.R. Antonelli [93].(a) Image en intensité, prise à 600 nm. (b)
Image d’un autre échantillon, prise à 700 nm. (c) Image de Mueller normalisée de l’échantillon en (a).
(d) Image de Mueller normalisée de l’échantillon en (b). Les échelles sont indiquées sur la droite des
images de Mueller. Les zones tumorales sont entourées en noir.

De 2011 à 2013, A. Pierangelo a proposé un ensemble d’études sur différents types de

cancers (associés au colon [94], à l’utérus [95], etc) comparée à l’analyse de coupes histolo-
giques observées en imagerie par absorption. En réflexion diffuse, il a comparé des échantillons à
différents stades d’avancement de la pathologie et mis en évidence les lésions pré-cancéreuses par
rapport aux régions saines par l’analyse des paramètres de dépolarisation et de retardance [96],
dont un résultat est présenté Figure I.22.

A travers une série d’applications en 2014 et 2015 [97, 98], le dispositif développé par O.
Arteaga, décrit Figure I.14, a permis l’imagerie de différents milieux inhomogènes (biologiques

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.22 – Images d’intensité, de dépolarisation (∆), de retardance (R) et d’orientation de l’axe de
la biréfringence (α) sur une coupe de cancer utérin dans les travaux de A. Pierangelo [95]. Le contour
en noir indique la limite de la biopsie, les zones hachurées en blanc correspondent aux zones saines et
celles en hachures rouges aux zones pathologiques.

et manufacturés) dont un exemple de caractérisation d’aile de papillon est illustré Figure I.23.

Certains travaux en polarimétrie de Mueller explorent la possibilité d’emprunter une voie

endoscopique, composée d’une fibre optique, pour avoir accès aux tissus et organes internes afin
d’envisager de l’imagerie in vivo et in situ.
Quelques équipes ont déjà proposé des solutions avec des études de faisabilité. Le premier
polarimètre de Mueller endoscopique a été développé en 2015 par S. Manhas [99], dont les
travaux ont été poursuivis au cours de la thèse de J. Vizet [100]. Ce polarimètre utilisant des
cristaux liquides comme modulateur d’états de polarisation permet d’obtenir des matrices de
Mueller en 70 ms par point. L’échantillon est placé sur une platine de translation XY et la
réponse est mesurée point par point à l’aide d’une photodiode. Afin de séparer la réponse de la
fibre de celle du milieu, un micro-miroir commutable est utilisé. La mesure se fait alors en deux
temps : lorsque le miroir est en position ON, la réponse de la fibre seule est mesurée. Puis en
position OFF, ce sont les réponses de celle-ci et du milieu qui sont mesurées. Par une simple
inversion de matrice, on arrive alors à isoler la réponse du milieu seul. Cette technique souffre
d’une faible rapidité d’acquisition d’image de Mueller, incompatible avec les demandes en
temps réel pour la routine clinique. De plus, la mesure de la réponse de la fibre et du milieu ne
se fait pas de manière instantanée, ce qui pose problème dans la correction des mouvements lors
de la mesure. Afin de réaliser des mesures qui permettent de compenser la réponse de la fibre

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.23 – Images de Mueller d’une aile de papillon obtenues dans les travaux de O. Arteaga [98].
Les coefficients hors diagonaux ont été multipliés par un facteur indiqué sur l’image afin d’accentuer le
contraste pour ces éléments.

en temps réel, une méthode alternative a consisté à utiliser deux longueurs d’onde différentes ;
une pour la fibre et l’autre pour le milieu, via un dichroı̈que entre la fibre et le milieu [101]. Ce
développement expérimental permet de gagner en temps de mesure car il n’y a plus de système
actif en dehors des blocs de PSG et de PSA, mais reste encore trop lent pour de l’imagerie en
temps réel.
En 2015 et 2016, S. Rivet [102] a poursuivi les travaux de M. Dubreuil concernant la polarimétrie
de Mueller à codage spectral de la polarisation pour développer un système endoscopique. Il
a montré que les informations polarimétriques de la fibre et du milieu sont obtenues sous la
forme d’un seul spectre en une seule acquisition. Les cadences d’acquisition de 70 kHz en un
point permettent d’envisager de l’imagerie à balayage in vivo en quasi-temps réel, avec une
compensation instantanée des effets dus à la fibre.
En 2016, J. Qi a développé un endoscope rigide pour la polarimétrie de Mueller [103], en
imagerie plein champ. Le PSG et le PSA ont été directement placés dans une tête endoscopique
commerciale, et permettent la mesure d’une image polarimétrique de Mueller en 15 s. Ces
applications se sont tournées vers l’évaluation des paramètres de diatténuation, de retardance et
de leurs orientations sur une vessie de porc, comme illustré Figure I.24. Les images présentées
ici possèdent un champ de 7, 8 × 7, 8cm2 .

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.24 – Imagerie sur une vessie de porc, décrit dans les travaux de J. Qi [103], par l’intermédiaire
d’un polarimètre de Mueller fibré. (a) Images en intensité (non-polarisée). (b) Images de Mueller en
retardance. (c) Images de Mueller de l’orientation de la retardance. (d) Image de Mueller en diatténuation.

4.3- Imagerie multimodale des tissus biologiques

Certaines équipes ont commencé à s’intéresser à l’association du contraste polarimétrique
avec des contrastes issus de la microscopie non linéaire (en particulier la SHG). Cependant,
dans ces études, la comparaison des images n’est pas directe car elles sont obtenues à partir de 2
dispositifs différents : un dispositif d’imagerie plein champ pour le Mueller et un dispositif de
microscopie à balayage pour le non-linéaire.

P.G. Ellingsen a effectué en 2011 des études comparatives entre la microscopie pola-
rimétrique de Mueller (avec le même système présenté la même année [67]) et l’imagerie
multiphotonique [104], pour proposer des pistes de diagnostic de pathologies associées au
cartilage articulaire.
En 2012, M. Dubreuil [105] a proposé des pistes sur la discrimination entre le collagène
”pathologique” et le collagène ”naturel” d’échantillons de foie fibrosé. Cette discrimination se
base sur l’exploitation de la dépolarisation ; en effet, il a été montré qu’elle est plus forte autour
des vaisseaux sanguins que dans les autres zones de la matrice extra-cellulaire, comme démontré
Figure I.26.
L’association de ces deux modalités d’imagerie polarimétrie/multiphotonique a également
fait l’objet de travaux par S. Bancelin en 2014 [106]. L’étude a permis également de mettre en

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.25 – Étude comparative entre l’imagerie en SHG et en polarimétrie de Mueller sur une section
transverse d’un échantillon de cartilage de poule, décrite dans les travaux de P.G. Elligsen [104]. (a)
Images en SHG et (b) d’orientation . (c) Images de Mueller codées en retardance et (d) et codées en
indice de dépolarisation.

F IGURE I.26 – Images d’intensité (notées NP) et images de Mueller en fonction des paramètres pola-
rimétriques, de retardance (R) et de dépolarisation (Pd), dans le cadre de l’étude de M. Dubreuil sur la
fibrose hépatique [105]. (a) La série d’image (notée F4) représentent les fibres de collagène. (b) La série
d’image (notée F0) représentent le collagène présent naturellement dans les vaisseaux sanguins.

évidence la biréfringence des fibres de collagène des tissus de l’utérus marqués au rouge Sirius
et de corréler leurs orientations avec celles des fibres déduites des images de SHG, comme
présenté sur la Figure I.27.

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

F IGURE I.27 – Imagerie en polarimétrie de Mueller et en SHG sur des fibres de collagène, décrite dans
l’étude de S. Bancelin [106]. (a) Image en transmission (terme m00 de la matrice de Mueller). (b) Image
de SHG. (c) Image en orientation obtenue de la matrice de Mueller. (d) Image en orientation des fibres,
obtenue en SHG.

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

Conclusion
Lors de ce premier chapitre, nous avons introduit les bases théoriques de la polarisation de
la lumière. L’interaction d’une onde lumineuse avec un milieu peut être décrit simplement grâce
à des outils d’algèbre linéaire comme le formalisme de Jones. Cependant, cette description ne
se limite qu’aux milieux non-dépolarisants, ce qui ne permet pas de traiter des phénomènes de
dépolarisation. Pour cela, le formalisme de Stokes-Mueller a été introduit et permet de contenir
entièrement la signature polarimétrique d’un milieu dans une unique matrice de Mueller 4 × 4
composée de 16 coefficients réels.
Les effets polarimétriques élémentaires ont été décrits et correspondent au dichroı̈sme, à la
biréfringence et la dépolarisation. De façon générale, ces trois effets sont mélangés et il est
alors crucial de pouvoir les séparer. Pour cela, des outils ont été développés pour modéliser un
milieu quelconque en éléments optiques simples basés sur la décomposition de la matrice de
Mueller (polaire, Lu et Chipman) nécessitant une connaissance à priori du milieu. D’autre part,
ces outils sont intéressants pour minimiser la propagation du bruit expérimental mais également
pour décrire le milieu d’étude de la manière la plus réaliste.

Pour déterminer expérimentalement la matrice de Mueller, le polarimètre de Mueller code la

source lumineuse en polarisation et décode ses modifications après interaction un milieu.
Dans le domaine temporel, la polarisation est codée et décodée séquentiellement et nécessite des
éléments actifs (lames de phase tournantes, cristaux liquides ou modulateurs photo-élastiques)
pendant la durée de la mesure. Ainsi, à partir d’au moins 16 mesures d’intensité, une matrice de
Mueller peut-être déterminée en quelques ms. En utilisant le codage spectral, les éléments du
PSG et du PSA sont fixes et la matrice de Mueller est obtenue par l’analyse d’un seul spectre
I(λ ) réduisant le temps d’acquisition à quelques µs.
Couplés avec l’une des deux philosophies d’imagerie (plein champ ou à balayage), il est possible
de développer des polarimètres de Mueller imageurs dont le vaste champ d’application a pu être
apprécié par un état de l’art en dernière partie de ce chapitre.

L’objectif de ces travaux de thèse est d’implémenter un polarimètre de Mueller imageur au

sein d’un système commercial de microscopie à balayage de type confocal. Or, on remarque que
les dispositifs expérimentaux actuels sont essentiellement basés sur le codage séquentiel de la
polarisation et ne permettraient pas de générer une image de Mueller à partir d’un seul balayage
du faisceau laser et donc d’envisager de l’imagerie de Mueller par balayage en temps réel.
C’est pour cela que l’on propose, dans le chapitre suivant, un polarimètre de Mueller inédit
utilisant le codage spectral de la polarisation. Ce dispositif utilisant une source à balayage rapide
en longueur d’onde à 100 kHz (ou swept-source) couplée avec un détecteur monocanal permet
de mesurer toute la matrice de Mueller à partir d’un spectre cannelé (quelques µs), dans des
temps compatibles avec l’imagerie à balayage. De plus, ce système ne nécessite aucun élément
actif et compact permet d’envisager son implémentation au sein d’un microscope à balayage de
type confocal.

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Chapitre I - Aspects théoriques, expérimentaux et applications de la polarimétrie de Mueller

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Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Chapitre II

Polarimètre de Mueller par codage spectral utilisant

une swept-source

-55-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Introduction
Dans le cadre de sa thèse en 2010, M. Dubreuil a développé un polarimètre de Mueller
non-imageur à codage spectral de la polarisation utilisant une diode super-luminescente et un
spectromètre [107]. Ce système inédit, de type ”snapshot”, permet de mesurer toute la réponse
polarimétrique du milieu sous la forme d’un spectre cannelé I(λ ). Cependant, cette configuration
est à priori peu adaptée pour l’imagerie par balayage laser en transmission dû au déplacement
du faisceau laser sur la surface d’entrée du spectromètre.
On propose alors un autre prototype de polarimètre de Mueller en remplaçant la diode super-
luminescente par une source à balayage en longueur d’onde rapide à 100 kHz (ou swept-source)
et le spectromètre par un détecteur monocal dont la surface est compatible avec l’imagerie à
balayage en transmission. Ce nouveau dispositif est proposé en configuration de transmission et
de réflexion en vue d’explorer les difficultés associées à ces deux configurations.

La première partie de ce chapitre est consacrée à la présentation du codage spectral qui

consiste à déterminer la matrice de Mueller à partir d’un spectre cannelé dont on applique un
traitement mathématique spécifique dans l’espace de Fourier. Le développement de ce nouveau
polarimètre de Mueller avec les différents éléments qui le constituent (swept-source, lames de
phase et détecteur) y est décrit.

Dans la seconde partie, nous nous intéressons aux erreurs systématiques associées, entre
autres, au générateur (PSG) et à l’analyseur (PSA) d’états de polarisation qui sont constitués
de lames de phases d’épaisseurs et d’orientations spécifiques. Une procédure de calibration est
détaillée afin de corriger numériquement les erreurs systématiques. Elle consiste à exploiter les
spectres cannelés obtenus à l’aide d’échantillons connus (milieux étalons), préalablement à la
mesure d’une matrice de Mueller d’un milieu inconnu.

La troisième partie présente la validation de la mesure de la matrice de Mueller en transmis-

sion. Le protocole de calibration utilise le vide et un polariseur linéaire comme milieux étalons.
Les erreurs d’ordre aléatoire sont évaluées grâce à des mesures successives répétées, ainsi que
celles d’ordre systématique par comparaison avec les valeurs attendues pour des milieux connus.

La quatrième partie présente la validation de la mesure de la matrice de Mueller en réflexion.

Le protocole de calibration est adapté à la prise en compte d’erreurs systématiques liées aux
éléments du montage expérimental tels que le cube séparateur, indispensable dans cette configu-
ration. Ce protocole est ensuite validé par la mesure sur les mêmes échantillons connus que dans
la configuration précédente.

Dans une cinquième partie, le polarimètre de Mueller à 100 kHz est utilisé pour former
l’image de Mueller par déplacement de cette dernière avec une platine de translation XY, le
faisceau laser étant fixe. Cette étude permet de montrer l’importance de la prise en compte des
erreurs systématiques lors de la formation d’une image de Mueller.

-56-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

1- Polarimétrie de Mueller à codage spectral

1.1- Le codage spectral

1.1.1- Considérations théoriques

On considère une lame de phase d’épaisseur e et de biréfringence ∆n, éclairée par une
source large bande (polychromatique) de longueur d’onde centrale λ0 . L’expression de son
retard est

2π∆n(λ ) e
φ= (II.1)
λ

Le développement de Taylor à l’ordre 1 autour de λ0 de cette expression permet d’obtenir

∂φ
φ = φ ( λ0 ) + (λ − λ0 )
∂λ λ0

ce qui peut se simplifier par

φ = φ0 + 2πf0 λ (II.2)

avec

∂φ
φ0 = φ(λ0 ) − λ0
∂λ λ0

1 ∂φ
f0 =
2π ∂ λ λ0

φ0 correspond à la phase constante associée à l’ordre 0 donnant la position du signal dans la

fenêtre d’analyse et f0 à la fréquence fondamentale associée à l’ordre 1 obtenue pour cette lame
de phase d’épaisseur e. Ces deux paramètres dépendent tous les deux des caractéristiques de la
lame (nature et épaisseur) et de la longueur d’onde centrale λ0 . La fréquence f0 n’est pas une
fréquence temporelle mais la composante spectrale d’un signal périodique en longueur d’onde ;
elle est donc homogène à l’inverse d’un chemin optique.
Avec l’expression II.2, on en déduit qu’à chaque longueur d’onde sera associée un déphasage
propre donc un état de polarisation spécifique. En effet, considérons un système optique éclairé
par une source large bande et composé d’une lame de phase placée entre polariseurs croisés,
dont l’axe rapide est à 45° par rapport à l’orientation de celui d’entrée comme illustré Figure
II.1.
L’intensité I(λ ) mesurée à l’aide d’un spectromètre est périodique dont l’expression est

1
I(λ ) = [1 − cos(φ0 + 2πf0 λ )] (II.3)
4

-57-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.1 – Lame de phase d’épaisseur e placée entre polariseur et analyseur croisés, dont l’axe
rapide fait un angle de 45° avec l’axe du polariseur d’entrée. Ce système est éclairé par une source large
bande dont le signal, après interaction avec le milieu, est analysé à l’aide d’un spectromètre.

F IGURE II.2 – Spectre cannelé normalisé de fréquence f0 , obtenu pour une lame de phase d’épaisseur e
placée entre polariseur et analyseur croisés. 3 états de polarisations ont été représentés pour 3 longueurs
d’onde particulières.

Il s’agit d’un spectre cannelé dont l’intensité lumineuse est fonction de la longueur d’onde,
comme représentée Figure II.2. Dans notre exemple, le choix d’une épaisseur particulière e de
lame permet de générer 6 cannelures dans notre fenêtre d’analyse.
Si on interprète la Figure II.2 en terme d’états de polarisation, on voit que les longueurs
d’onde dont les intensités lumineuses sont nulles correspondent à des états de polarisation inci-
dents au polariseur de sortie, parallèles au polariseur d’entrée. Inversement, lorsque les intensités
sont maximales, ces longueurs d’onde ont des états de polarisation linéaires, perpendiculaires
au polariseur d’entrée. Entre les deux, les intensités lumineuses sont à moitié transmises pour
les états de polarisation circulaires. Cette illustration met en évidence notre capacité à générer
un grand nombre d’états de polarisation simultanément en les codant spectralement par le biais
d’un système complètement passif.
La transformée de Fourier de ce signal I(λ ) se caractérise par un pic à la fréquence f0 comme
illustré Figure II.3 dont la valeur absolue de la transformée de Fourier du spectre I(λ ) est écrite
comme |F {I(λ )}|
Afin de générer et analyser les états de polarisation nécessaires à la mesure d’une matrice de

-58-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.3 – Représentation de la valeur absolue de la transformée de Fourier du signal I(λ ), norma-
lisée par le pic de composante continue.

Mueller, on propose une configuration où le PSG et le PSA sont constitués de plusieurs lames
de phase, d’épaisseurs et d’orientations spécifiques.

1.1.2- Détermination de la matrice de Mueller

La mesure de la réponse polarimétrique complète d’un milieu est effectuée à l’aide d’une
configuration particulière représentée en transmission sur la Figure II.4.
Une source large bande éclaire tout d’abord un bloc de codage constitué d’un polariseur linéaire
orienté à 0° (référence d’orientation du système), suivi de deux lames de phase d’épaisseur e
dont les axes rapides sont orientés à 45° et à 0°. La modification des états de polarisation après
interaction avec le milieu d’étude est analysée par un bloc de décodage composé de deux lames
de phases d’épaisseur 5e dont les axes rapides sont orientés à 0° et à 45° et d’un polariseur
linéaire à 90°. Cette configuration d’épaisseur de lames est donc appelée (e,e,5e,5e).

F IGURE II.4 – Schéma du polarimètre de Mueller à codage spectral, dans la configuration (e,e,5e,5e).

Le formalisme de Mueller nous permet de déterminer simplement le vecteur de Stokes en

sortie d’un tel système, noté S~s , à partir de celui décrivant une lumière incidente S~i de la façon
suivante

-59-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

S~s = [P (90°)] . [R(5φ, 45°)] . [R(5φ, 0°)] . [M ] . [R(φ, 0°)] . [R(φ, 45°)] . [P (0°)] .S~i (II.4)

avec

— [P (θ)], la matrice de Mueller d’un polariseur linéaire orienté d’un angle θ,

— [R(φ, θ)], la matrice d’un biréfringent linéaire de retard φ dont l’axe rapide fait un angle θ
avec l’axe du polariseur d’entrée (axe de référence),

— [M ], la matrice de Mueller du milieu d’étude, composée de 16 coefficients mij (i,j = 0,...,3).

L’intensité lumineuse détectée, qui est le premier paramètre S0 du vecteur de Stokes S~s à la
sortie du système, s’écrit

32I(λ ) = 8m00 + 4m02 − 4m20 − 2m22 + (8m01 − 4m21 )cos(2πf0 λ )

− (4m02 − 2m22 )cos(2 × 2πf0 λ ) + 2m12 cos(3 × 2πf0 λ ) − 4m11 cos(4 × 2πf0 λ )
− (8m10 − 4m12 )cos(5 × 2πf0 λ ) − 4m11 cos(6 × 2πf0 λ ) + 2m12 cos(7 × 2πf0 λ )
− (m22 − m33 )cos(8 × 2πf0 λ ) + 2m21 cos(9 × 2πf0 λ ) + (4m20 + 2m22 )cos(10 × 2πf0 λ )
+ 2m21 cos(11 × 2πf0 λ ) − (m22 + m33 )cos(12 × 2πf0 λ ) − (4m03 − 2m23 )sin(2 × 2πf0 λ )
− 2m13 sin(3 × 2πf0 λ ) + 2m13 sin(7 × 2πf0 λ ) + (m23 + m32 )sin(8 × 2πf0 λ )
− 2m13 sin(9 × 2πf0 λ ) − (4m30 + 2m32 )sin(10 × 2πf0 λ ) − 2m31 sin(11 × 2πf0 λ )
− (m23 − m32 )sin(12 × 2πf0 λ )
(II.5)
Cette expression peut s’écrire aussi sous sa forme simplifiée
" 12
#
X
I(λ ) = Re V0Re + (VnRe − jVnIm ) · ejn(2πf0 λ ) (II.6)
n=1

où VnRe
et VnIm
sont des combinaisons linéaires des mij . L’intensité lumineuse I(λ ) est un
signal périodique composé de plusieurs fréquences, multiples de la fréquence fondamentale f0 .
Dans notre choix de configuration (e,e,5e,5e), on génère 13 fréquences, multiples de f0 , de 0 à
12 f0 .
D’après l’expression de l’intensité lumineuse, on remarque qu’il existe un ensemble de com-
binaisons linéaires entre les coefficients mij et les amplitudes complexes des pics de Fourier
en partie réelle (avec les cosinus) et en partie imaginaire (avec les sinus). Ces relations sont
résumées dans le Tableau II.1 pour le cas idéal où l’on a bien (e,e,5e,5e).

Ces relations peuvent être résumées dans un système d’équation, écrit sous forme matricielle :

V~ = [P ] .X
~ (II.7)

où

-60-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Fréquence V Re (×64) V Im (×64)

0 16m00 + 8m02 − 8m20 − 4m22 0

f0 16m01 − 8m21 0

2f0 −8m02 + 4m22 −8m03 + 4m23

3f0 4m12 −4m13

4f0 −8m11 0

5f0 −16m10 − 8m12 0

6f0 −8m11 0

7f0 4m12 4m13

8f0 −2m22 + 2m33 2m23 + 2m32

9f0 4m21 −4m31

10f0 8m20 + 4m22 −8m30 − 4m32

11f0 4m21 −4m31

12f0 −2m22 − 2m33 −2m23 + 2m32

Tableau II.1 – Relation entre amplitudes complexes des pics de la transformée de Fourier (en parties
réelles et imaginaires) et les coefficients mij , dans la configuration idéale (e,e,5e,5e) avec φ0 = 0.

— V~ est un vecteur colonne constitué de l’amplitude des pics de Fourier en partie réelle et
imaginaire de la forme V~ = [V0Re V1Re V2Re ... V12Re V1Im V2Im ... V12Im ]T .

— X~ est un vecteur constitué des coefficients de la matrice de Mueller de l’échantillon, de la

forme X ~ = [m00 m01 m02 m03 ... m30 m31 m32 m33 ]T .

— [P ] est la matrice de passage de dimension 25 × 16 reliant ces deux vecteurs, détaillée en

Annexe 7.

En pratique, on note T F [I(λ )] la transformée de Fourier du signal I(λ ) à la fréquence nf0

telle que

T F [I(λ )](nf0 ) = I˜nf0 (II.8)

La détermination des composantes des vecteurs V~ Re et V~ Im passe par la lecture des ampli-
tudes complexes dans l’espace de Fourier grâce aux relations suivantes

V~nRe = |I˜nf0 | · cos[Arg(I˜nf0 )] (II.9)

-61-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

V~nIm = |I˜nf0 | · sin[Arg(I˜nf0 )] (II.10)

Ensuite, par une simple mesure des pics de Fourier, on peut remonter aux 16 coefficients de
Mueller à l’aide de la pseudo-inversion de l’équation II.7, telle que

−1
~ = [P ]T · [P ]
X · [P ]T · V~ (II.11)

Ces dernières relations permettent de remonter à la détermination des 16 coefficients de la

matrice de Mueller à la longueur d’onde centrale λ0 , à la condition que [P] soit inversible. Cette
matrice de passage ne dépend que du choix des épaisseurs des lames de phase du PSG et du
PSA.
L’intérêt de cette approche par codage spectral est que tous les éléments d’un tel système sont
passifs et le temps de mesure pour une matrice est uniquement limité par le détecteur.
La transformée de Fourier du signal d’un milieu fera apparaı̂tre des fréquences de modulation
particulières, en fonction de sa nature et de son orientation. La Figure II.5 présente la forme
théorique d’un spectre I(λ ) avec sa transformée de Fourier, pour différents milieux tels que le
vide (absence d’échantillon), un polariseur linéaire orienté à 45° et une lame quart d’onde dont
l’axe rapide est orienté à 45°.

1.1.3- Choix des épaisseurs des lames

Le polarimètre de Mueller développé dans cette thèse emploie une configuration d’épaisseur
de lames du PSG et du PSA notée (e,e,5e,5e). Il faut cependant avoir à l’esprit que la valeur de
l’épaisseur de base e doit être judicieusement choisie. En effet,

— Si l’épaisseur e est trop grande, la valeur de la fréquence de modulation fondamentale f0

augmente également. On veillera à générer des pics dans un domaine de fréquence étroit
afin d’éviter une atténuation des pics à haute fréquence. De plus, les périodes risquent
d’être sous-échantillonnées (non respect du critère de Nyquist).

— Si l’épaisseur e est trop petite, le pic correspondant à la fréquence f0 dans l’espace de

Fourier est altéré par le pic continu (fréquence nulle).

Le choix de la configuration (e,e,5e,5e) n’est pas exclusif et il existe un nombre considérable

de configurations qui permettent de réaliser un polarimètre de Mueller. Le choix de la configu-
ration peut se baser sur le critère EWV (Equally-Weighted-Variance) [30] [29] servant notam-
ment à connaitre la performance du système à propager le bruit expérimental. Les simulations
numériques de la thèse de M. Dubreuil ont permis de mettre en évidence 4 configurations
d’épaisseurs :

— (e,e,5e,5e), faisant intervenir 26 équations, avec des fréquences allant de 0 à 12f0 .

— (e,4e,2e,9e), faisant intervenir 27 équations, avec des fréquences allant de 0 à 16f0 .

-62-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.5 – Spectres théoriques et les transformées de Fourier associées, (a) pour le vide, (b) pour un
polariseur linéaire orienté à 45° et (c) pour une lame quart d’onde dont l’axe rapide est orienté à 45°.

— (2e,e,7e,14e), faisant intervenir 45 équations, avec des fréquences allant de 0 à 24f0 .

— (3e,2e,e,8e), faisant intervenir 28 équations, avec des fréquences allant de 0 à 14f0 .

Un compromis doit être alors fait entre la combinaison d’épaisseur apportant le plus
d’équations, aux fréquences les moins élevées et dont le critère EWV est le plus petit. Le
rapport (e,e,5e,5e) a alors été retenu car il fournit des fréquences relativement basses.

1.2- Montage expérimental du polarimètre de Mueller

Le but de ce travail de thèse est de développer un polarimètre de Mueller utilisant le codage
spectral de la polarisation pour l’insérer dans un microscope à balayage de type confocal
commercial (Olympus) sur lequel ont déjà été implémentés les contrastes multiphotoniques
SHG et TPEF. On est donc amené à mettre en œuvre un unique système d’imagerie à balayage

-63-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

laser multimodal linéaire et non-linaire dont le but serait d’acquérir, avec la même résolution,
des images révélant des contrastes polarimétriques couplées avec celles obtenues en imagerie
multiphotonique.
Nous proposons alors un nouveau genre de polarimètre de Mueller imageur utilisant une swept-
source et un simple photodétecteur mono-canal. Étant donné que les vitesses de balayage des
scanners permettent des temps de résidence par pixel (ou pixel-dwell time) de l’ordre de 10µs,
une swept-source possédant une cadence de balayage en longueur d’onde de 100 kHz est un bon
candidat.
Avant de monter le microscope de Mueller à balayage, une validation du polarimètre avec une
source à balayage en longueur d’onde est nécessaire. Dans ce chapitre, deux configurations
sont étudiées, une en transmission et l’autre en réflexion, dont les schémas des dispositifs
expérimentaux sont représentés Figure II.6.
Nous allons maintenant détailler le rôle de chaque élément composant ce polarimètre, à
savoir la swept-source, le détecteur et les lames de phases composant les blocs de codage et de
décodage.

1.2.1- Utilisation d’une swept-source

La source à balayage laser rapide en longueur d’onde utilisée est une swept source (Axsun
Tech. Inc.@ SSOCT-1060), couramment utilisée pour les techniques de SS-OCT (Swept-Source
Optical Coherent Tomography) [108]. La composition électronique du boitier de la swept-source
est présentée en détail Figure II.7.

Le principe de ce type de source est de balayer un spectre en longueur d’onde par un système
interférentiel Fabry-Perot placé dans la cavité laser. Un premier miroir, qui se translate sur l’axe
optique, modifie l’ordre d’interférence et un second miroir, fixe, permet de laisser passer des
longueurs d’onde particulières. En effet, seules les longueurs d’onde associées à l’ordre k (où k
est un entier), notées λk , sont transmises par le Fabry-Perot et s’écrivent sous la forme

2L
λk = (II.12)
k

où L est est la distance séparant les deux miroirs composant le Fabry-Perot. A noter que le
système en sortie du Fabry-Perot est doté d’un filtre qui permet de s’assurer qu’il n’y a émission
que d’un seul ordre k à chaque balayage du spectre. Si le Fabry-Perot reste suffisamment
longtemps à la même position, les modes de la cavité laser correspondant à la bande spectrale
sélectionnée par le Fabry-Perot vont être ré-amplifiés par le milieu à gain (SOA ou Semiconductor
Optical Amplifier) formant une raie laser intense de 55 pm de large (soit une longueur de
cohérence de 13,5 mm à -6 dB). Ainsi, à chaque nouvelle position du Fabry-Perot, une raie laser
unique à chaque longueur d’onde est observée, comme illustré Figure II.8.
La principale différence de la swept-source comparée à la diode super-luminescente est que
toute la puissance optique est disponible pour chaque longueur d’onde d’un large spectre.

La swept-source utilisée balaye un spectre centré à λ0 = 1060nm sur une largeur de 110nm,
à une cadence de 100 kHz (correspondant à un balayage du spectre aller-retour en 10 µs) [109]
et possède une puissance optique de 14 mW. Le système d’émission laser passe par une fibre

-64-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.6 – Schéma du polarimètre de Mueller utilisant une swept-source a) en configuration de

transmission et b) en configuration de réflexion. e : épaisseur. DAQ (Data Acquisition Board) : Carte
d’acquisition. PSG (Polarization States Generator) : Générateur d’états de polarisation. PSA (Polari-
zation States Analyzer) : Analyseur d’états de polarisation. [M] : matrice de Mueller du milieu. CPU :
Processeur pour le calcul de la matrice de Mueller, à partir des spectres enregistrés par la DAQ. CS :
Cube séparateur. Obj : Objectif 4X/0,16.

optique monomode SMJ-3A3A-1060-6/125-3-2 avec deux connecteurs FC/APC (2 m de lon-

gueur, 1060 nm, de diamètre de cœur 6µm et de gaine 125µm) couplée à une lentille de sortie,
qui nous permet de jouer sur la collimation du faisceau. La taille du faisceau est de 3 mm.
Pour connaitre le début du balayage en longueur d’onde de la swept-source, un signal spécifique
est émis tous les 10 µs, appelé sweep-trigger.

-65-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.7 – Détail du montage de la swept source. SOA (Semiconductor Optical Amplifier) : semi-
conducteur (milieu amplificateur).

F IGURE II.8 – Balayage d’une raie laser en longueur d’onde.

Remarque 1 : L’utilisation d’une diode super-luminescente dans le polarimètre de Mueller

développé par M. Dubreuil permet de générer tous les états de polarisation simultanément, d’où
la dénomination de ”snapshot” pour ce dispositif. En la remplaçant par la swept-source, ces états
sont générés dans le temps à la vitesse de balayage du spectre, perdant le caractère de codage
”simultané”. Ainsi, ce nouveau système est uniquement limité par la vitesse de balayage de la
swept-source.

Remarque 2 : Au cours de ce manuscrit, deux fréquences sont introduites qu’il sera nécessaire
de distinguer :

— la fréquence de modulation des états de polarisation (f0 , 2f0 , ...),

-66-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

— la fréquence optique, notée ν, associée au balayage de la swept-source,

1.2.2- Lames de codage et de décodage

Le premier polarimètre, basé sur le codage spectral, développé au LSOL en 2007 par M.
Dubreuil possède des lames de calcite ou CaCO3 pour le PSG et le PSA. Pour ce nouveau
dispositif utilisant une swept-source, les lames de phase ont été remplacées par du Yttrium
Vanadate ou Y V O4 [110, 111]. Le Tableau II.2 établit un comparatif sur les propriétés physiques
de ces deux matériaux.

CaCO3 YVO4

axe-c = 26, 3 × 10−6 axe-c = 11, 4 × 10−6

Expansion thermique (/°C)
axe-a = 5, 4 × 10−6 axe-a = 4, 4 × 10−6

no = 1, 6424@1060nm no = 1, 9573@1060nm
Indice de réfraction
ne = 1, 4797@1060nm ne = 2, 1652@1060nm

Biréfringence −0, 1627@1060nm 0, 2079@1060nm

Dureté (échelle de Mohs) 3 5

Tableau II.2 – Caractéristiques physiques du CaCO3 (calcite) et du Y V O4 (Yttrium Vanadate).

La biréfringence du Y V O4 est plus élevée (∆n = 0,208 à 1060 nm), ce qui permet d’envisager
des lames de plus faible épaisseur. L’expansion thermique est aussi plus homogène suivant les
deux axes cristallins avec ce matériau et sa dureté est plus importante, ce qui permet d’obtenir
des coupes plus précises.
Les épaisseurs des lames de Y V O4 sont de e = 0,4 mm pour le bloc de codage et 5e = 2,0 mm
pour le bloc de décodage. L’image Figure II.9 illustre bien le potentiel de miniaturisation du
PSG et du PSA ; en effet, les lames ont été placées dans des blocs en aluminium de la taille
d’une pièce de 50 centimes (inférieur à 30 mm) avec une ouverture de 12,7 mm. Cette réduction
des dimensions permet d’envisager de fixer ces blocs au sein de systèmes plus imposants mais
également d’isoler thermiquement les lames.

1.2.3- Numérisation des signaux optiques

Après l’étape d’analyse des états de polarisation, le spectre cannelé est détecté par une
photodiode PIN InGaAS (Femto HCA-S-400M-IN) de bande passante 400 MHz et de diamètre
effectif 300µm. Chaque spectre est directement numérisé sur la DAQ sur 1440 points, permettant
d’avoir 6 périodes entières à la fréquence de modulation f0 . A 12f0 , on mesure 72 périodes, ce
qui permet d’échantillonner le signal à la fréquence la plus élevée par 13 points, ce qui se situe
largement au dessus du critère de Nyquist. La largeur spectrale d’analyse est ∆λ = 81 nm.

-67-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.9 – Image des blocs de codage (C ou PSG) et de décodage (D ou PSA), comparés à la taille
d’une pièce de 50centimes.

La photodiode est connectée à la swept-source via une carte d’acquisition AlazarTech

ATS9350, qui permet de numériser le signal optique sur 12 bits, soit à intervalle de temps régulier
à la cadence de 500 Méga-échantillons par seconde, soit à intervalle de fréquence optique
régulier en utilisant le ”k-clock” (dont le principe sera présenté dans la suite). En effet, comme le
miroir mobile du Fabry-Perot se translate physiquement, chaque longueur d’onde est associée à
un temps. Cependant, du fait de l’hysteresis mécanique du système (accélération et décélération
du miroir mobile), la relation entre fréquence optique et temps n’est plus linéaire. Pour contrer
ce problème, le constructeur a intégré un système d’horloge interne à la swept-source appelé
k-clock, dont le principe repose sur l’interférométrie de Mach-Zehnder (MZI), représenté Figure
II.10. Ce système délivre un signal dont la fréquence instantanée évolue de façon non-linéaire
dans le temps, comme présenté Figure II.11, pour être réutilisée afin d’échantillonner au bon
intervalle de temps. La non-linéarité de la variation en longueur d’onde dans le temps est ainsi
compensée directement.

F IGURE II.10 – Principe du k-clock à l’intérieur du système swept source. La sortie du k-clock est reliée
ensuite à une des voies d’une carte d’acquisition.

Le signal généré par ce type d’horloge externe est très utilisé en imagerie OCT pour
échantillonner le signal de telle sorte que les points soient équidistants en fréquence optique.
Considérons E0 , le champ électrique de la lumière sortant directement de la swept-source, une
partie de ce signal sert de référence et ne subira aucune modification, noté E1 . L’autre partie,
noté E2 , sera envoyée vers un interféromètre de Mach-Zehnder et va parcourir un trajet plus
long. Si on note d la distance supplémentaire parcourue par E2 , cette partie du signal subira un
déphasage de 2π c
dν et les expressions de ces deux champs sont

-68-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.11 – Illustration de l’évolution non-linéaire de la fréquence instantanée, décrit dans l’ar-
ticle [112]. (a) Signal interférométrique du Mach-Zehnder en fonction du temps pour un balayage de
la swept source. (b) Schéma de la variation de la fréquence instantanée au cours du temps de ce signal
interférométrique. Les annulations se font à intervalle de fréquence optique régulier.

E1 (ν) = E0 (ν)
2π
dν
(II.13)
E2 (ν) = E0 (ν)e−i c

où c, est la célérité de la lumière. La combinaison à la sortie de l’interféromètre correspondra

à un signal détecté Sdet équivalent à

π
Sdet = |E1 (ν) + E2 (ν)|2 = I0 (ν) · 4cos2 ( dν) (II.14)
c

L’équation II.13 peut nous permettre alors de ré-échantillonner le signal interférométrique

car on sait que ce signal s’annule, comme représenté Figure II.11(b), pour

c
ν(tk ) = ν0 (t) + k (II.15)
d

où k est un entier.

Pour échantillonner à fréquence optique régulière, il suffit de numériser un échantillon à

chaque annulation du signal interférométrique du Mach-Zehnder, dont la méthode est présentée
Figure II.12. Pour cela, le signal interférométrique est combiné à ce même signal déphasé de
90°. Préalablement, une détection de zéro (zero-crossing Detection) associée à une opération de
type XOR permet de générer un signal rectangulaire qui servira de déclenchement pour chaque
échantillon [112, 113].

F IGURE II.12 – Diagramme des opérations de l’horloge externe, présentée dans l’article [112].

-69-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

La forme du signal k-clock est représentée Figure II.13, ainsi que le déclenchement du
balayage en longueur d’onde (sweep-trigger). La fréquence instantanée de ce signal est variable
de 150 MHz à 350 MHz au cours d’un balayage en longueur d’onde de la swept-source.

F IGURE II.13 – Signaux de k-clock (en rouge) et de sweep-trigger (en noir) de la swept-source.

Pour se rendre compte de l’importance de tenir compte de cette opération d’échantillonnage

à partir du k-clock, nous avons mesuré le spectre cannelé d’un polariseur orienté à 0° sans et
avec cet échantillonnage non-linéaire, dont les résultats sont résumés Figure II.14.

F IGURE II.14 – Signal mesuré pour un polariseur linéaire orienté à 0° et la transformée de Fourier
associée, (a) échantillonné sans et (b) avec le k-clock.

La swept-source et la photodiode sont reliées à la carte d’acquisition via différentes entrées

qui correspondent à :

-70-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

— Un signal du sweep-trigger, connecté au port ”TRIG IN”,

— Un signal de k-clock de la swept-source, connecté au port ”EXT CLOCK”.

— Le signal mesuré avec la photodiode, connecté au port ”CHANNEL A”.

-71-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

2- Erreurs systématiques et corrections

Les erreurs du polarimètre de Mueller sont principalement engendrées par le système
d’émission de la swept-source et par les défauts des lames composant le PSG et le PSA. Nous
allons maintenant évaluer ces erreurs systématiques, ainsi que des solutions pour les prendre en
compte lors de la détermination de la matrice de Mueller du milieu.

Remarque : On note les lames de phase suivant leur ordre dans le polarimètre, dont les orienta-
tions sont données par rapport à celle du polariseur d’entrée du PSG (orienté alors à 0°) comme
indiqué dans la configuration expérimentale Figure II.4, à savoir

— Lame 1 : lame d’épaisseur e, dont l’axe rapide est orientée à 45°.

— Lame 2 : lame d’épaisseur e, dont l’axe rapide est orientée à 0°.

— Lame 3 : lame d’épaisseur 5e, dont l’axe rapide est orientée à 0°.

— Lame 4 : lame d’épaisseur 5e, dont l’axe rapide est orientée à 45°.

2.1- Erreurs liées à l’atténuation à haute fréquence

La swept-source est susceptible d’introduire une erreur due à l’atténuation de l’amplitude des
pics associées aux fréquences de modulation spectrale. Ce phénomène, connu sous le nom de
”drop-off ”, est lié à la longueur de cohérence de la source (13,5 mm), elle-même correspondant
à la largeur spectrale finie de la raie associée à chaque longueur d’onde du balayage (55 pm).
Une compensation de l’atténuation des pics est nécessaire afin de remonter de manière précise
aux coefficients de la matrice de Mueller.
Pour corriger ce problème, l’idée est de déterminer une fonction de correction à partir de la
mesure de l’amplitude des pics de Fourier de milieux connus, c’est-à-dire dont on connait
parfaitement les rapports entre les amplitudes des pics aux différentes fréquences.

D’après le Tableau II.1, en choisissant le vide comme milieu connu par exemple, on peut
avoir accès aux amplitudes des pics aux fréquences 0, 2f0 , 4f0 , 6f0 , 10f0 et 12f0 . Dans le Tableau
II.3, on résume les rapports des amplitudes théoriques à ces fréquences du vide, normalisées par
rapport au pic 4f0 . Le choix de cette fréquence prise comme référence sera justifié dans la partie
suivante traitant des erreurs d’épaisseur des lames.
Pour calculer les autres coefficients aux pics f0 , 3f0 , 5f0 , 7f0 , 8f0 , 9f0 et 11f0 , on réalise
une interpolation par une fonction linéaire à partir des pics du vide. Ensuite, on compare les
rapports entre les amplitudes des pics de Fourier expérimentales et théoriques associées à chaque
pic normalisées par rapport au pic 4f0 , ce qui permet de remonter au ”drop-off ” de la Figure
II.15.
D’après cette Figure II.15, on remarque que les pics ont des amplitudes qui ne sont quasiment
pas atténuées aux hautes fréquences.

-72-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Fréquence Rapport théorique entre l’amplitude du pic

et celui à la fréquence 4f0

0 3
2f0 0.5
6f0 1
10f0 0.5
12f0 0.5

Tableau II.3 – Amplitudes des pics à 0, 2f0 , 6f0 , 10f0 et 12f0 normalisées par celle du pic à 4f0 pour le
signal du vide.

F IGURE II.15 – Drop-off calculé à partir de l’amplitude des pics normalisée par rapport au pic de
fréquence 4f0 sur le signal du vide.

Si on s’intéresse à l’influence de cette correction sur les matrices de Mueller du vide, on voit
que sans cette méthode, malgré une faible atténuation à haute fréquence, la matrice s’éloigne
rapidement de l’identité 4 × 4, comme illustré dans le Tableau II.4. Il est alors nécessaire de la
prendre en compte.

2.2- Résolution des pics de Fourier

Étant donné que la détermination des 16 coefficients de la matrice de Mueller se base sur
la mesure d’amplitudes complexes, il faut s’assurer que le spectre de Fourier du milieu soit
correctement résolu.

Une optimisation d’ordre numérique simple pour améliorer la lecture des pics est de générer
une transformée de Fourier échantillonnée avec plus de points. Pour cela, on ajoute des valeurs
nulles aux extrémités du signal I(ν) directement. Cette méthode, connue sous le nom de ”zero-

-73-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Sans compensation Avec compensation

   
 1, 000 −0, 010 0, 036 −0, 004  1, 000 −0, 010 0, 006 −0, 015
   
−0, 011 0, 956 −0, 009 0, 009  −0, 011 0, 997 −0, 009 0, 009 
   
   
 0, 003 −0, 004 0, 921 0, 015   0, 000 0, 004 0, 997 0, 016 
   
   
−0, 005 0, 002 −0, 014 0, 922 −0, 006 0, 002 −0, 015 0, 997

DL = 0, 038 DL = 0, 019
Pd = 0, 933 Pd = 0, 997
RL = 0, 9° RL = 0, 9°

Tableau II.4 – Matrices de Mueller et valeurs de la diatténutation linéaire (DL ), dépolarisation (Pd ) et
de retardance linéaire (RL ) pour le vide, avec et sans la compensation du ”drop-off”.

padding”, doit forcément être couplée avec un fenêtrage adéquat du signal. En effet, le spectre
numérisé est tronqué de manière abrupte (fenêtre rectangulaire), ce qui représente dans l’espace
de Fourier une convolution par un sinus cardinal. Le zero-padding seul va donc accentuer la
résolution des lobes secondaires du sinus cardinal ce qui peut polluer les pics adjacents, comme
on peut le voir Figure II.16.b. On peut pallier ce problème en utilisant en plus une fenêtre de
type Blackmann-Harris [107, 114], dont l’effet est visible Figure II.16.c.

F IGURE II.16 – Transformée de Fourier directe du signal de la Figure II.14 (polariseur linéaire orienté à
0°) (a) sans optimisation numérique (sans interpolation), (b) avec l’application du ”zero-padding” (signal
interpolé à 5400 points) et (c) avec application du ”zero-padding” et de la fenêtre de Blackman-Harris.

2.3- Réponse en longueur d’onde du milieu

La modélisation de notre polarimètre fait l’hypothèse que les coefficients mij de la matrice
de Mueller sont indépendants de la longueur d’onde dans la bande spectrale d’analyse. Si ce
n’était pas le cas, le milieu participerait également au codage spectral entrainant une erreur sur
la mesure de la matrice de Mueller.
Nous souhaitons donc évaluer la tolérance de notre polarimètre sur l’évolution des coefficients
de la matrice de Mueller dans la fenêtre d’analyse (∆λ = 81nm).
Nous avons réalisé une simulation sur une lame quart d’onde dont l’axe rapide est orienté à 30°,
avec un retard φmilieu qui varie en longueur d’onde s’écrivant tel que

-74-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

π
φmilieu = 2πf0milieu (λ − λ0 ) + (II.16)
2
avec f0milieu , une constante proportionnelle à la fréquence fondamentale f0 associée à la
modulation spectrale de la lame 1 de Y V O4 du PSG. Pour une lame d’épaisseur e = 0, 4mm,
f0 = 79, 4µm−1 à λ0 = 1060nm.
Nous avons simulé la mesure de la matrice de Mueller du milieu chromatique en utilisant
le protocole développé précédemment dans la thèse et qui est basé sur l’achromaticité du
milieu d’étude. Le Tableau II.5 présente les paramètres polarimétriques (diatténuation linéaire,
dépolarisation et retardance linéaire) en fonction de l’évolution du déphasage du milieu par
rapport au déphasage de la lame 1 de Y V O4 du PSG, qui consiste à faire le rapport suivant

∆φmilieu f0milieu
= (II.17)
∆φY V O4 f0

f0milieu /f0 (%) ∆φmilieu (°) DL Pd RL

0% 0 0,000 1,000 90,00°

1% 23 0,002 0,999 89,96°

2% 46 0,005 0,998 89,96°

3% 70 0,007 0,998 89,94°

4% 93 0,009 0,997 89,84°

5% 116 0,012 0,993 89,81°

6% 139 0,014 0,985 89,75°

7% 162 0,016 0,977 89,72°

8% 185 0,018 0,967 89,67°

9% 208 0,020 0,955 89,63°

10% 232 0,022 0,942 89,59°

15% 347 0,028 0,863 89,36°

20% 463 0,030 0,773 89,19°

Tableau II.5 – Simulation de l’influence en longueur d’onde du déphasage induit par une lame quart
d’onde, en fonction de la fréquence instantanée relative et du déphasage absolu sur les paramètres
polarimétriques. DL : Diatténuation linéaire. Pd : dépolarisation. αR : orientation de la retardance.

Lorsque le milieu est achromatique (f0milieu = 0), les paramètres polarimétriques (diatténuation
linéaire, dépolarisation et retardance linéaire) extraits de la matrice de Mueller donnent des

-75-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

valeurs en accord avec les propriétés du milieu (à savoir DL = 0, Pd = 1 et RL = 90°).

En revanche, si la chromaticité du milieu augmente (donc f0 augmente), un biais sur les me-
sures polarimétriques apparait plus particulièrement avec une forte variation sur l’indice de
dépolarisation. Cet effet provient en fait du moyennage des propriétés polarimétriques du milieu
sur la fenêtre spectrale d’analyse.

2.4- Erreurs sur l’orientation des lames

Pour remonter aux 16 mij de la matrice de Mueller, l’équation II.5 a été définie dans le cas
idéal où les lames de Y V O4 sont parfaitement alignées dans la configuration (45°,0°,0°,45°) par
rapport au polariseur d’entrée et le polariseur de sortie est à 90° du polariseur d’entrée. Il est
donc nécessaire d’évaluer la matrice de Mueller lorsque ces éléments optiques du PSG et du
PSA sont soumis à des erreurs sur leur orientation par rapport au polariseur d’entrée. On note
∆θp l’erreur sur l’orientation du polariseur linéaire de sortie et ∆θ1 , ∆θ2 , ∆θ3 et ∆θ4 celles des
4 lames de Y V O4 .

Tout d’abord, on dispose de deux types de support de rotation : un manuel et l’autre motorisé,
dont les incertitudes sur l’orientation sont évaluées respectivement à 0, 5° et 0, 05°. Le Tableau
II.6 présente les résultats de la simulation de telles erreurs sur l’orientation des lames de Y V O4
et du polariseur de sortie sur la matrice de Mueller du vide (équivalente à la matrice identité).
On constate que des erreurs d’alignement de 0, 5° (le cas pour un système de rotation manuel)
engendre des erreurs non-négligeables sur les coefficients de la matrice de Mueller, supérieures
à 0, 050. Par contre, une incertitude sur l’alignement de 0, 05° réduit d’un facteur 10 cette erreur.
Étant donné que la détermination des incertitudes d’alignement est très compliquée à prendre en
compte dans notre modèle, on limite alors ces erreurs par une procédure d’alignement stricte et
en plaçant les lames de Y V O4 et le polariseur de sortie sur des moteurs de rotation, connectés à
un contrôleur (Newport).

Le protocole d’alignement consiste tout d’abord à croiser le polariseur de sortie avec celui
d’entrée, dont l’axe est pris comme référence (noté 0°). On mesure l’intensité lumineuse de la
swept-source qui traverse les deux polariseurs autour de l’extinction puis, par un ajustement
polynomial, on se place au minimum de la parabole, dont un exemple d’alignement est présenté
Figure II.17.

Ensuite, la lame 1 est placée entre les polariseurs croisés. On repère son axe rapide suivant la
même orientation que le polariseur d’entrée et l’interpolation parabolique autour de l’extinction
donne la position finale de la lame. Cette opération est réitérée pour les 3 autres lames et les
lames 1 et 4 sont orientées à 45° de cette position. Les mesures d’intensité des lames entre
polariseur et analyseur croisés, ainsi que l’interpolation par un fit parabolique, sont présentées
Figure II.18.

Cette procédure permet d’orienter les lignes neutres sans faire la distinction entre les axes
rapides notés nr et lents notés nl . Pour lever cette ambiguı̈té, on place les deux premières lames
d’épaisseurs e à la suite, puis on oriente les axes rapides à 45°. On distingue différents cas de
figure résumés sur les schémas Figure II.19 :

-76-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

∆θ1 (°) ∆θ2 (°) ∆θ3 (°) ∆θ4 (°) ∆θp (°) Matrice de Mueller du vide
 
1 0 0 0
 
 0 1 0 0
0 0 0 0 0  
 
 0 0 1 0
0 0 0 1
 
1 0 0 0
 
 0 1 0 0 
0,5 0 0 0 0  
 
0, 017 −0, 017 0, 982 0 
0 0 0 0, 982
 
1 0 0 0
 
0, 002 0, 998 0, 034 0 
0,5 0,5 0,5 0,5 0,5  
 
0, 035 −0, 052 0, 964 0 
0 0 0 0, 965
 
1 0 0 0
 
 0 1 0 0 
0,05 0 0 0 0  
 
 0, 002 −0, 002 0, 998 0 
0 0 0 0, 998
 
1 0 0 0
 
 0 1 0, 003 0 
0,05 0,05 0,05 0,05 0,05  
 
 0, 003 −0, 005 0, 997 0 
0 0 0 0, 997

Tableau II.6 – Matrices de Mueller simulées pour le vide comme milieu, pour différents exemples d’erreurs
d’alignement relatif de chaque lames de phase (∆θ1 , ∆θ2 , ∆θ3 , ∆θ4 ) et du polariseur de sortie (∆θp )
par rapport à l’orientation du polariseur d’entrée.

— si les axes rapides des deux lames sont perpendiculaires entre eux, il n’y a pas de fréquence
de modulation,

— si les axes rapides des deux lames sont parallèles entre eux, la fréquence de modulation
est 2f0 : les axes sont correctement alignés.

Avec l’axe de la première lame comme référence, on fait de même pour la 3, puis pour la 4,

-77-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.17 – Interpolation polynomiale (en trait plein) pour les mesures d’intensité pour le polariseur
et l’analyseur croisés.

F IGURE II.18 – Interpolation polynomiale (en trait plein) pour les mesures d’intensité des lames 1, 2, 3
et 4 (en point) entre polariseur et analyseur croisés.

— si les axes rapides des deux lames sont perpendiculaires entre eux, la fréquence de modu-
lation est 4f0 ,

— si les axes rapides des deux lames sont parallèles entre eux, la fréquence de modulation
est 6f0 : les axes sont correctement alignés.

-78-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.19 – Procédure d’alignement sur la même ligne neutre (ici l’axe rapide en rouge noté nr ) des
lames de phase, à partir de la transformée de Fourier du signal.

-79-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

2.5- Erreurs sur les épaisseurs des lames

D’après l’équation II.2, le déphasage à l’ordre 0 est associé à la position des cannelures dans
la fenêtre d’analyse et, à l’ordre 1 est associé à la fréquence de modulation. Ces deux paramètres
dépendent de l’épaisseur des lames ; ainsi la moindre variation dans le rapport d’épaisseur
(e,e,5e,5e) peut donner des matrices de Mueller non-physiques.
Le constructeur garanti une précision de 0, 5% sur les lames d’épaisseurs e et de 0, 1% sur les
lames d’épaisseur 5e. Pour les lames de Y V O4 , cela correspond à une précision sur l’épaisseur
de 20 µm. On va donc maintenant évaluer l’influence des défauts sur les épaisseurs des lames 2,
3 et 4 en prenant l’épaisseur de la lame 1 comme référence.

Tout d’abord, considérons les erreurs commises sur la phase φ0 à l’ordre 0 de l’équation II.2
pour une fréquence entière dans la fenêtre d’analyse. Cela revient à considérer la configuration
(e,e + ∆e2 ,5e + ∆e3 ,5e + ∆e4 ) et à définir les erreurs de phase φ2 , φ3 et φ4 à l’ordre 0, telles
que

4π∆n∆ei ∂∆n
φi = − 2π ∆ei avec i = 2, 3, 4. (II.18)
λ0 ∂λ λ0

avec les incertitudes sur l’épaisseur des lames 2, 3 et 4 notées ∆ei où i = 2,3,4 en prenant

celle de la lame 1 comme référence. Le terme ∂∆n ∂ λ λ0
correspond à la dispersion chromatique
−1
et vaut −0, 04008µm pour le Y V O4 [115].
Ainsi, on voit que le déphasage φi , spécifique à chaque variation d’épaisseur par rapport à la
lame 1, va perturber la mesure. En effet, en tenant compte des erreurs de phase φi associées
aux erreurs d’épaisseurs ∆ei et en considérant une fenêtre d’analyse spectrale fixe, on réécrit
l’expression du vecteur de Stokes de sortie S~s ,

S~s = [P (90°)] · [R(5φ + φ4 , 45°)] · [R(5φ + φ3 , 0°)] · [M ] · [R(φ + φ2 , 0°)] · [R(φ, 45°)] · [P (0°)]S~i
(II.19)

où φ est définie d’après l’équation II.2. L’intensité lumineuse détectée peut être écrite sous
sa forme simplifiée de la manière suivante
" 12
#
X
I(λ ) = Re V0′ Re + (Vn′ Re − jVn′ Im ) · ejΦn · ejn(2πf0 λ +φf en ) (II.20)
n=1

oùVn′ Re etVn′ Im sont des combinaisons linéaires des mij , mais aussi des φi . Les phases φn
sont des phases supplémentaires qui dépendent des φi . On constate alors un changement dans
l’expression de l’intensité lumineuse, engendrant de nouvelles combinaisons linéaires entre les
coefficients de Mueller et les amplitudes complexes des pics de Fourier, décrites en partie réelle
et imaginaire, dans le Tableau II.7. Comme pour l’équation II.7, on réécrit la matrice de passage,
notée [P erreur ], pour tenir compte de ces erreurs de phase dont l’expression est présentée Annexe
8.

-80-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Fréquence Φn V Re (×64) V Im (×64)

16m00 + 8m02 cos(φ2 ) − 8m03 sin(φ2)

−8m20 cos(φ3 − φ4 ) + 8m30 sin(φ3 − φ4 )
−4m22 cos(φ2 )cos(φ3 − φ4 )
0 0 0
+4m33 sin(φ2 )sin(φ3 − φ4 )
−4m23 sin(φ2 )cos(φ3 − φ4 )
+4m32 cos(φ2 )sin(φ3 − φ4 )

8m01 − 4m21 cos(φ3 − φ4 )

f0 0 0
+4m31 sin(φ3 − φ4 )

−4m02 + 2m22 cos(φ3 − φ4 ) −4m03 − 2m33 sin(φ3 − φ4 )

2f0 φ2
−2m23 sin(φ3 − φ4 ) +2m23 cos(φ3 − φ4 )

3f0 −φ2 + φ4 2m12 −2m13

4f0 φ4 −4m11 0

−8m10 − 4m12 cos(φ2 )

5f0 φ4 0
−4m13 sin(φ2 )

6f0 φ4 −4m11 0

7f0 φ2 + φ4 2m12 2m13

8f0 −φ2 + φ3 + φ4 −m22 + m33 m23 + m32

9f0 φ3 + φ4 2m21 −2m31

4m20 + 2m22 cos(φ2 ) −4m30 − 2m33 cos(φ2 )

10f0 φ3 + φ4
+2m23 cos(φ2 ) −2m32 cos(φ2 )

11f0 φ3 + φ4 2m21 −2m31

12f0 φ2 + φ3 + φ 4 −m22 − m33 −m23 + m32

Tableau II.7 – Relation entre amplitudes complexes des pics de la transformée de Fourier (en parties
réelles et imaginaires) et les coefficients mij , dans la configuration (e, e+∆2 , 5e+∆3 , 5e+∆4 ). Φn sont
des phases dépendantes des phases φi .

Ce Tableau II.7 montre que la relation entre les amplitudes des pics aux différentes fréquences
de modulation et les mij est plus complexe que celle donnée au Tableau II.1 et fait intervenir
les erreurs de phase φ2 , φ3 et φ4 . Afin d’évaluer l’importance de ces nouvelles phases dans

-81-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

notre modèle, le Tableau II.8 présente la matrice de Mueller simulée du vide, en fonction d’un
déphasage supplémentaire de 0,01 rad sur les lames 2, 3 et 4 de Y V O4 .

φ2 (rad) φ4 (rad) Matrice de Mueller du vide

 
1 0 0 0
 
 0 1 0 0
0 0  
 
 0 0 1 0
0 0 0 1
 
1 0 0 0
 
0 1 0 0 
0,01 0  
 
0 0 1 0, 010
0 0 −0, 010 1
 
1 0 0 0, 010
 
0 1 0 0 
0 0,01  
 
0 0 1 0, 010
0 0 −0, 010 1
 
1 0 0 0, 010
 
0 1 0 0 
0,01 0,01  
 
0 0 1 0, 020
0 0 −0, 020 1

Tableau II.8 – Matrices de Mueller théoriques du vide sans et avec déphasage de 0,01 rad des lames 2 et
4 du PSG et du PSA (φ2 et φ4 ).

On se rend compte que les erreurs commises sur les phases ont des effets beaucoup plus
importants sur les coefficients de la matrice de Mueller, puisque qu’un déphasage de 0,01 rad
est engendré par une épaisseur de 8 nm. Cette situation est bien évidemment éloignée de la
réalité, puisque l’application numérique de l’équation II.18 permet de calculer qu’une épaisseur
de 20µm engendre un déphasage de l’ordre 54 rad. Il est donc nécessaire de mesurer les phases
φ2 , φ3 et φ4 , avant de déterminer la matrice de Mueller de l’échantillon.

Maintenant, nous évaluons l’influence des erreurs d’épaisseurs données par le constructeur
sur la fréquence f0 (ordre 1 de l’équation II.2), en corrigeant les phases φi (i = 1,2,3,4). Pour
cela, nous simulons la matrice de Mueller d’un polariseur linéaire orienté à 30° dans le cas
où l’erreur sur l’épaisseur est de 0, 1% pour la lame 2 et de 0, 5% pour la lame 4. Ce milieu
a été choisi plutôt que le vide, car les simulations montrent de trop faibles variations sur les
coefficients de la matrice de Mueller de l’ordre de 10−6 pour illustrer des variations. Les résultats
sont résumés Tableau II.9.

-82-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Erreur relative Erreur relative Matrice de Mueller d’un polariseur linéaire

sur la lame 2 sur la lame 4 orienté à 30°
 
1 0, 500 0, 866 0
 
0, 500 0, 250 0, 433 0
0 0  
 
0, 866 0, 433 0, 750 0
0 0 0 0
 
1 0, 501 0, 867 0, 000
 
0, 501 0, 250 0, 433 0, 000
0, 5% 0  
 
 0, 866 0, 434 0, 752 0, 000 
0, 000 0, 000 0, 000 0, 000
 
1, 000 0, 499 0, 866 0, 001
 
0, 500 0, 250 0, 433 0, 000 
0 0, 1%  
 
 0, 866 0, 433 0, 750 0, 000 
0, 000 0, 000 0, 000 −0, 002
 
1, 000 0, 499 0, 862 0, 000
 
0, 500 0, 249 0, 432 0, 000 
0, 5% 0, 1%  
 
 0, 864 0, 433 0, 751 0, 000 
0, 000 0, 000 0, 000 −0, 002

Tableau II.9 – Matrices de Mueller théoriques d’un polariseur linéaire orienté à 30°, en fonction de
l’erreur d’épaisseur de 0, 5% sur la lame 2 et de 0, 1% sur la lame 4 (d’épaisseurs respectives e2 et e4 ).

Dans le cas extrême où l’erreur sur les épaisseurs apparaissent en même temps pour deux
lames des PSG et PSA, les coefficients de la matrice de Mueller s’écartent de 0, 002 par rapport
aux valeurs théoriques, précision acceptable pour nos mesures.

En résumé, les erreurs dues aux défauts d’épaisseur des lames de Y V O4 nous impose de
prendre en compte des phases supplémentaires dans notre modèle (φ2 , φ3 et φ4 ). Pour remonter
à la matrice de Mueller d’un échantillon, il sera alors essentiel de les extraire au préalable. Cette
étape sera la base d’une procédure de calibration, dont on décrira dans la suite de ce manuscrit
le protocole en détail pour chaque configuration expérimentale du polarimètre.

2.6- Influence du fenêtrage du signal

La mesure du signal I(ν) se fait sur une fenêtre d’analyse spectrale fixe choisie de telle sorte
à observer des périodes entières. Cependant, la position de ce signal est susceptible de changer
au cours du temps ce qui va s’interpréter comme un déphasage global supplémentaire. Il existe

-83-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

plusieurs origines à ce phénomène :

— le signal de la swept-source subit un glissement temporel, phénomène plus connu sous le

nom de ”jitter” (ou ”gigue” en français),

— la dilatation thermique homogène des lames dans le PSG et le PSA, c’est-à-dire que
les erreurs sur les épaisseurs respectent le rapport (e + ∆e(T ) , e + ∆e(T ) , 5(e + ∆e(T ) ),
5(e + ∆e(T ) )), où ∆e(T ) correspond à la variation d’épaisseur causée par la température
(avec ∆e(T ) ≪ e) .

Dans cette situation, le rapport (e,e,5e,5e) étant toujours respecté, les pics dans l’espace de
Fourier seront toujours équidistants. Cependant, cela va influencer le rapport entre les parties
réelles et les parties imaginaires des pics de Fourier. On note alors ce déphasage φf en prenant en
compte la position du signal dans la fenêtre d’analyse.
A partir de l’équation II.2, en tenant compte d’une erreur de phase à l’ordre 0 et en négligeant
celle sur la fréquence à l’ordre 1, l’expression du déphasage total associé à une lame de Y V O4
d’épaisseur e s’écrit finalement sous la forme

φ = φf en + φi + 2πf0 λ (II.21)
Le déphasage total occasionné sur chaque lame de phase dans le PSG et le PSA s’écrit donc

φlame1 = φf en + 2πf0 λ
φlame2 = φf en + φ2 + 2πf0 λ
(II.22)
φlame3 = 5φf en + φ3 + 5 × 2πf0 λ
φlame4 = 5φf en + φ4 + 5 × 2πf0 λ
Pour illustrer l’influence de φf en sur la mesure de la matrice de Mueller, on simule une
valeur de 0,01 rad pour ce paramètre en fixant les φi à 0. La matrice de Mueller du vide devient
donc
 
1, 000 0, 000 −0, 003 0, 050
 
0, 000 0, 998 0, 018 0, 000
 
 
0, 001 0, 000 0, 992 0, 120
 
 
0, 010 0, 000 −0, 120 0, 992
On voit donc que ce déphasage n’est pas négligeable dans la propagation des erreurs sur la
matrice de Mueller. Comme pour les erreurs de phase induites par les défauts d’épaisseurs des
lames, on devra tenir compte de φf en avant la mesure de la matrice de Mueller de l’échantillon.
En résumé, il faut donc imaginer une procédure pour extraire les phases φ2 , φ3 et φ4 indépendamment
de la mesure de la matrice de Mueller du milieu. Cependant, les valeurs des erreurs de phase φ2 ,
φ3 , φ4 et φf en sont fortement influencées par la variation de température, ce qui rend impossible
en pratique la mesure directe de ces phases. Nous discuterons dans la section suivante, le proto-
cole de calibration mis en place pour les extraire à partir de milieux connus en fonction de la
configuration expérimentale, c’est-à-dire en transmission ou en réflexion.

-84-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

3- Configuration en transmission
Le montage expérimental en configuration de transmission du polarimètre de Mueller est
présenté Figure II.20.

F IGURE II.20 – Dispositif expérimental du polarimètre de Mueller utilisant une swept-source, en configu-
ration de transmission.

Pour valider le polarimètre de Mueller, nous travaillons dans la suite de ce chapitre avec 3
milieux de référence, qui sont :

— Le vide,

— Un polariseur linéaire, de taux d’extinction 10 000 :1,

— Une lame demi-onde d’ordre 0, traitée antireflet à 830 nm.

3.1- Procédure de calibration en transmission

La détermination des 4 erreurs de phase φ2 , φ3 , φ4 et φf en a fait l’objet d’une procédure de
calibration développée dans la thèse de M. Dubreuil en 2010 à l’aide de la phase des pics aux 12
fréquences de modulation d’un milieu étalon. Celui qui a d’abord été proposé est le vide, car :

— c’est un ”milieu” parfaitement connu, et sa matrice de Mueller est strictement égale à

l’identité 4 × 4,

-85-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

— les pics dans l’espace de Fourier sont suffisamment espacés et ne sont donc pas ”pollués”
par la largeur des pics voisins,

En tenant compte des erreurs de phase, l’intensité lumineuse à la traversée de ce milieu

étalon, nommé ”étalon 1” s’écrit :

16I étalon1 (λ ) = 4 − cos[φ2 + φ3 − φ4 ] + cos[2(φf en + 2πf0 λ ) + φ2 + φ3 − φ4 ]

− 2cos[4(φf en + 2πf0 λ ) + φ4 ] − 2cos[6(φf en + 2πf0 λ ) + φ4 ]
(II.23)
+ cos[10(φf en + 2πf0 λ ) + φ2 + φ3 + φ4 ]
− cos[12(φf en + 2πf0 λ ) + φ2 + φ3 + φ4 ]

La détermination de φ2 , φ3 et φ4 est reliée à la mesure des arguments de chaque pic et se

met simplement sous la forme matricielle suivante :

   étalon1
2 1 −1 Arg(I˜2f0 )
   
   
4 0 1   Arg(I˜4f0 ) 
   
   
6 0 1  · (φf en , φ2 + φ3 , φ4 ) =  Arg(I˜ )  (II.24)
   6f0 
   
   
10 1 1  Arg(I˜10f0 )
   
12 1 1 ˜
Arg(I12f0 )

Ce système matriciel détermine φf en , φ2 + φ3 et φ4 mais sans pouvoir séparer φ2 et φ3 par

une simple mesure du vide. D’après le Tableau II.7, la mesure de la réponse d’un nouveau milieu
étalon, noté ”étalon 2”, permet de faire apparaı̂tre les pics aux fréquences 3f0 , 7f0 , 8f0 , 9f0 et
11f0 et ainsi séparer les phases φ2 et φ3 . Cette condition est satisfaite avec un simple polariseur
linéaire orienté à 30° par exemple (dont le signal dans l’espace de Fourier fait apparaı̂tre des
amplitudes non-nulles à toutes les fréquences). Une méthode robuste déjà développée au LSOL
est de mesurer alors les arguments des pics de fréquence 3f0 , 7f0 , 8f0 , 9f0 et 11f0 du milieu
”étalon 2”, dont on peut former le vecteur colonne suivant

 étalon2
Arg(I˜3f0 )
 
 
 Arg(I˜7f0 ) 
 
 
V~ mes =  Arg(I˜8f0 ) 

 (II.25)
 
 
 Arg(I˜9f0 ) 
 
Arg(I˜11f0 )

Puis, on créer un vecteur colonne composé des valeurs calculées des arguments aux fréquences
3f0 , 7f0 , 8f0 , 9f0 et 11f0 en utilisant les phases mesurées pour le vide et dont on fait varier φ2 .
A l’aide du Tableau II.7, l’expression de ce vecteur s’écrit alors

-86-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

 
 −φ2 + φétalon1
4 + 3φétalon1
f en 
 
 étalon1 étalon1

 φ2 + φ4 + 7φf en 
 
 
V~ calc =
 −2φ 2 + (φ 2 + φ 3 ) étalon1
+ φ étalon1
4 + 8φ étalon1 
f en  (II.26)
 
 
 −φ2 + (φ2 + φ3 ) étalon1
+ φ étalon1
+ 9φ étalon1 
 4 f en 
 
−φ2 + (φ2 + φ3 )étalon1 + φétalon1
4 + 11φ étalon1
f en

Les erreurs de phases sont spécifiques au système ; les deux vecteurs précédents sont donc
égaux. On réalise alors une minimisation au sens des moindres carrés en faisant varier φ2 qui
sécrit sous la forme
X
χ2 = |Vimes − Vicalc |2 (II.27)
i

Ainsi, plus χ2 est petit, plus on est proche de la valeur réelle de φ2 .

Pour illustrer l’importance de cette étape de calibration de notre dispositif, on mesure la

matrice pour le vide sans prendre en compte l’évaluation des erreurs de phase, c’est-à-dire en
fixant φ2 = φ3 = φ4 = φf en = 0. Expérimentalement, cela consiste à lire directement la valeur
des amplitudes et phases des pics dans l’espace de Fourier sur le milieu, dont le résultat est
donné dans le Tableau II.10.

Avec prise en compte des phases Sans prise en compte des phases
   
 1, 000 0, 010 −0, 007 0, 021  1, 000 −0, 001 −0, 286 0, 539 
   
−0, 011 0, 996 −0, 009 −0, 010 0, 004 −0, 200 −0, 012 −0, 001
   
   
 0, 000 0, 005 0, 996 0, 022  0, 259 −0, 000 −0, 641 0, 527 
   
   
0, 010 −0, 030 −0, 021 0, 997 0, 678 −0, 008 −0, 525 −0, 641

Tableau II.10 – Matrices de Mueller pour le vide, avec et sans prise en compte des phases φ2 , φ3 , φ4 et
φf en .

Ainsi, si on se contente de mesurer uniquement les valeurs des amplitudes et des phases des
pics correspondant au milieu, les résultats obtenus seront trop entachés d’erreurs pour pouvoir
interpréter physiquement la matrice de Mueller.

3.2- Méthode d’auto-calibration

On vient de voir que la quantification des erreurs de phases des lames de Y V O4 composant
les blocs de codage et de décodage est fondamentale et s’obtient grâce à une procédure de
calibration faisant intervenir deux milieux étalons. Cependant, les lames sont sensibles à la
dilatation thermique et les valeurs de calibration sont donc susceptibles de changer au cours

-87-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

de l’expérience. Cela a pour conséquence d’entrainer une translation du signal I(ν) dans la
fenêtre d’analyse. On s’attend alors à une variation essentiellement sur φf en en fonction de la
température. La Figure II.21 représente l’évolution sur 1h30 des phases calculées à partir du
signal du vide.

F IGURE II.21 – Évolution des phases φ2 , φ3 , φ4 et φf en en fonction du temps par rapport à la mesure à t
= 0.

Sur cette mesure, pour une évolution en température de 1°C, la variation de la phase φf en est
plus importante que pour les autres phases, de 0,06 rad contre 0,01 rad. Il est donc essentiel de
trouver des solutions pour prendre en compte l’influence de ce paramètre sur notre polarimètre.
On propose alors une technique pour auto-calibrer notre système en temps réel basée sur la
lecture des phases des pics de Fourier correspondant au spectre généré par le milieu d’étude
lui-même. D’après le Tableau II.7, les pics de fréquence f0 , 4f0 , 5f0 et 6f0 ont toujours une
partie imaginaire nulle et ceux de fréquences 9f0 et 11f0 ont des expressions similaires. En
fonction de φf en , leurs expressions sont les suivantes

Arg(I˜f0 ) = φf en
Arg(I˜4f0 ) = 4φf en + φ4
Arg(I˜5f0 ) = 5φf en + φ4
(II.28)
Arg(I˜6f0 ) = 6φf en + φ4
Arg(I˜9f0 ) = 9φf en + φ3 + φ4
Arg(I˜11f0 ) = 11φf en + φ3 + φ4

L’étude simple de la phase du pic f0 permet de remonter directement à la phase φf en mais il

est possible aussi d’écrire des équations à partir des pics aux autres fréquences de modulation
comme

-88-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Arg(I˜6f0 ) − Arg(I˜4f0 )
φf en =
2
φf en = Arg(I˜5f0 ) − Arg(I˜4f0 )
(II.29)
φf en = Arg(I˜6f0 ) − Arg(I˜5f0 )
Arg(I˜11f0 ) − Arg(I˜9f0 )
φf en =
2

Néanmoins pour le vide, les pics aux fréquences de modulation f0 et 5f0 ont une amplitude
nulle ; on peut donc utiliser l’expression de la phase fenêtre avec les pics 4f0 et 6f0 . La stabilité
en température du polarimètre a alors été évaluée par la mesure des matrices de Mueller pour le
vide toutes les minutes pendant 1 h. On se base sur la procédure de calibration à l’instant t =
0 utilisant la mesure de deux étalons à savoir le vide et un polariseur linéaire. La Figure II.22
représente l’évolution des 16 coefficients de la matrice de Mueller mij .

F IGURE II.22 – Évolution dans le temps des coefficients mij pendant 1 h. (courbe rouge) Avec correction.
(courbe noire) Sans correction.

La dérive en température influe sur les coefficients de la matrice (courbe noire en poin-
tillée) lorsqu’on prend en compte la phase fenêtre calculée à l’instant t = 0. Nous avons alors
calculé la phase fenêtre à chaque mesure à partir des pics 4f0 et 6f0 et utilisé cette dernière
pour le calcul des coefficients de Mueller. Cette méthode est alors efficace ramenant les va-
leurs de coefficients de Mueller mij correspondant à une incertitude de mesure de l’ordre de 0,03.

Cependant, ces pics sont dépendants des valeurs des mij ce qui rend cette procédure délicate
à utiliser étant donné le peu d’équations mis en jeu. Pour des milieux possédant des orienta-
tions particulières, certains pics peuvent être relativement faibles donc bruités rendant difficile
l’extraction de la phase fenêtre. Par exemple, la Figure II.23 présente la mesure de la variation

-89-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

d’amplitude des pics aux fréquences 4f0 , 5f0 , 6f0 , 9f0 et 11f0 en fonction de l’orientation d’une
lame demi-onde à 830 nm.

F IGURE II.23 – Évolution des amplitudes des pics aux fréquences 4f0 (courbe bleu foncé), 5f0 (courbe
verte), 6f0 (courbe rouge), 9f0 (courbe violette) et 11f0 (courbe bleu claire), en fonction des orientations
d’une lame demi-onde à 830 nm.

Si on n’utilisait qu’une seule équation pour toutes les orientations d’un même milieu, il serait
impossible de déterminer φf en de manière fiable. Cependant, pour la lame demi-onde à 830 nm,
on voit que les amplitudes des pics aux fréquences 4f0 et 6f0 évoluent de façon opposée avec
celles ses pics aux fréquences 9f0 et 11f0 .
Il est alors possible de développer un algorithme adaptatif permettant de changer d’équation dès
que la précédente fait intervenir des pics dont les amplitudes sont faibles. On s’assurerait alors
d’avoir une valeur de φf en quelle que soit l’orientation du milieu d’étude.
Une autre solution d’ordre expérimental consisterait aussi à tourner physiquement le milieu
jusqu’à mettre en évidence des amplitudes de pic à des fréquences de modulation plus fortes.

3.3- Validation sur des échantillons de référence

Les erreurs aléatoires associées à la mesure avec le polarimètre proviennent potentiellement
des fluctuations d’intensité de la swept-source et du bruit de numérisation. Pour les évaluer, nous
avons réalisé des mesures successives dans un temps très court.

-90-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Les Tableaux II.11 et II.12 résument les matrices de Mueller moyennes et d’écart-types
obtenues pour 150 mesures, ainsi que les valeurs de diatténuation linéaire (DL ), de retardance
linéaire (RL ) et de dépolarisation (Pd ) issus de la décomposition de Lu et Chipman pour le
vide, un polariseur linéaire et une lame demi-onde à 830 nm, orientés de manière quelconque.
Nous rappelons les paramètres polarimétriques théoriques issus de la décomposition de Lu et
Chipman pour ces échantillons connus :

— DL = 0, Pd = 1 et RL = 0 pour le vide,

— DL = 1, Pd = 1 et RL = ∅ pour le polariseur linéaire,

— DL = 0, Pd = 1 et RL 6= 0 pour la lame demi-onde à 830 nm,

Les valeurs de retardance pour les polariseurs linéaires sont remplacées par le symbole ”∅”,
car la décomposition de Lu et Chipman donne des valeurs non-physiques pour ce paramètre
lorsqu’on mesure la réponse polarimétrique pour des diatténutateurs parfaits.

Vide

 
1, 000 0, 000 0, 002 0, 002
 
 0, 000 0, 993 0, 001 0, 000 
 
 
−0, 001 0, 001 0, 989 −0, 013
 
0, 002 0, 000 0, 012 0, 990

 
0, 000 ±0, 004 ±0, 009 ±0, 009
 
±0, 004 ±0, 005 ±0, 005 ±0, 004
 
 
±0, 007 ±0, 005 ±0, 013 ±0, 008
 
±0, 012 ±0, 005 ±0, 008 ±0, 011

DL = 0, 013 ± 0, 005
Pd = 0, 991 ± 0, 008
RL = 0, 8° ± 0, 2°

Tableau II.11 – Matrices de Mueller expérimentales (moyennes et d’écart-types sur 150 mesures) pour le
vide en transmission, ainsi que les valeurs de la diatténutation linéaire (DL ), dépolarisation (Pd ) et de
retardance linéaire (RL ).

Afin de pouvoir comparer les matrices expérimentales avec celles attendues, nous présentons
dans le Tableau II.13 les matrices de Mueller théoriques pour le polariseur linéaire et la lame

-91-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Polariseur linéaire Lame demi-onde

   
1, 000 0, 517 0, 858 −0, 024 1, 000 0, 000 −0, 001 0, 001
   
−0, 509 −0, 269 −0, 441 0, 000  −0, 001 0, 552 −0, 776 0, 296 
   
   
 0, 841 0, 443 0, 723 −0, 021  0, 001 −0, 774 −0, 336 0, 553 
   
0, 003 0, 005 0, 013 0, 007 −0, 001 −0, 299 −0, 546 −0, 775

   
0, 000 ±0, 008 ±0, 019 ±0, 013 0, 000 ±0, 005 ±0, 006 ±0, 009
   
±0, 008 ±0, 007 ±0, 012 ±0, 010 ±0, 006 ±0, 003 ±0, 007 ±0, 013
   
   
±0, 009 ±0, 011 ±0, 027 ±0, 018 ±0, 007 ±0, 008 ±0, 009 ±0, 011
   
±0, 023 ±0, 010 ±0, 019 ±0, 023 ±0, 009 ±0, 013 ±0, 011 ±0, 012

DL = 1, 002 ± 0, 019 DL = 0, 011 ± 0, 005

Pd = 0, 993 ± 0, 015 Pd = 0, 995 ± 0, 005
RL = ∅ RL = 142, 1° ± 0, 5°
αD = 29, 5° ± 0, 2° αR = 165, 3° ± 0, 1°

Tableau II.12 – Matrices de Mueller expérimentales (moyennes et d’écart-types sur 150 mesures) pour un
polariseur linéaire et une lame demi-onde à 830 nm d’orientation quelconque en transmission, ainsi que
les valeurs de la diatténutation linéaire (DL ), dépolarisation (Pd ) et de retardance linéaire (RL ).

demi-onde à 830 nm, dont les orientations correspondent à celles mesurées expérimentalement,
à savoir 29, 5° (pour le polariseur linéaire) et 165, 3° (pour la lame demi-onde à 830 nm et de
déphasage égal à 142, 1°).

Polariseur linéaire Lame demi-onde

   
1, 000 0, 515 0, 857 0, 000 1, 000 0, 000 0, 000 0, 000
   
−0, 515 −0, 265 −0, 441 0, 000 0, 000 0, 571 −0, 761 0, 308 
   
   
 0, 857 0, 441 0, 735 0, 000  0, 000 −0, 761 −0, 350 0, 547 
   
0, 000 0, 000 0, 000 0, 000 0, 000 −0, 308 −0, 547 −0, 778

Tableau II.13 – Matrices de Mueller théoriques pour un polariseur linéaire orienté à 29, 5° et une lame
demi-onde de retardance linéaire de 142, 1° dont l’axe rapide est orienté à 165, 3°.

Les matrices de Mueller de ces échantillons présentent des coefficients, en théorie nuls, au
maximum égaux à ±0, 024, ce qui nous donne une indication sur l’erreur systématique. La
matrice d’écart-type nous permet d’évaluer l’ordre de grandeur des erreurs aléatoires ici égales

-92-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

à ±0, 027.
Ensuite, les paramètres polarimétriques correspondants montrent une description fiable des
éléments optiques dont les valeurs sont proches de la théorie. L’incertitude de mesure est de
l’ordre du pourcent, inférieure à ±0, 020 pour la diatténuation linéaire et la dépolarisation et
inférieures au degré pour la retardance linéaire et les orientations (de la diatténuation et de la
retardance).

Ensuite, on évalue la précision de notre polarimètre par la mesure de matrices de Mueller

de ces mêmes éléments optiques en fonction de leurs orientations. Pour cela, ils sont placés
sur un moteur de rotation pas-à-pas N ewport piloté avec Labview via un contrôleur N ewport
ESP 300 permettant l’acquisition d’un spectre tous les 10° entre 0° et 180°.
Les mesures sont résumées Figure II.24 pour le polariseur linéaire et Figure II.25 pour la lame
demi-onde à 830 nm. Ces valeurs (traits pointillés) sont moyennées 150 fois à chaque position
et sont ensuite comparées à celles simulées pour ces éléments (traits pleins).

-93-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.24 – Évolution des coefficients mij d’un polariseur linéaire, en fonction de son orientation,
pour la configuration en transmission. Les valeurs pointillées correspondent aux mesures expérimentales,
moyennées 150 fois en chaque position et les traits pleins correspondent aux valeurs théoriques.

F IGURE II.25 – Évolution des coefficients mij d’une lame demi-onde à 830 nm, en fonction de son
orientation, pour la configuration en transmission. Les valeurs pointillées correspondent aux mesures
expérimentales, moyennées 150 fois en chaque position et les traits pleins correspondent aux valeurs
théoriques.

-94-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

De ces courbes, on constate que les matrices de Mueller mesurées décrivent correctement
ces deux échantillons connus. Les erreurs systématiques évoluent en fonction de l’orientation
des éléments dont les valeurs sont inférieures à ±0, 050. Cela est dû au fait qu’à certains angles,
multiples de 45° en particulier, les amplitudes des pics sont plus faibles donc plus fortement
bruitées, comme on a pu le voir à la section 3.2.

Le Tableau II.14 résume les valeurs moyennes et les écart-types associées de ces paramètres
obtenues après décomposition de Lu et Chipman des matrices de Mueller pour chaque orienta-
tion.

Polariseur linéaire Lame demi-onde

DL = 0, 994 ± 0, 002 DL = 0, 018 ± 0, 008

Pd = 0, 997 ± 0, 003 Pd = 1, 002 ± 0, 004

RL = ∅ RL = 141° ± 0, 6°

Tableau II.14 – Valeurs moyennes sur l’orientation de la diatténutation linéaire (DL ), dépolarisation (Pd )
et de retardance linéaire (RL ) d’un polariseur linéaire et d’une lame demi-onde à 830 nm en transmission.
Les moyennes et les écart-types sont réalisés sur l’ensemble des matrices de Mueller mesurées pour
chaque orientation.

Ce tableau permet alors de constater que les valeurs attendues pour ces éléments optiques
correspondent bien à celles attendues en théorie. Les barres d’erreurs sont ici inférieures à
±0, 010 pour la diatténuation linéaire et la dépolarisation et inférieures au degré pour la retar-
dance linéaire.

Ces résultats obtenus ici montrent que notre polarimètre de Mueller a des performances
comparables à celui développé au cours de la thèse de M. Dubreuil. Ainsi, un changement de
configuration (source + détecteur et lames du PSG et du PSA) n’a pas réduit la précision de
l’approche par codage spectral.
Nous allons maintenant présenter le passage du polarimètre de Mueller vers une configuration de
réflexion. On verra que cela nous imposera de développer une nouvelle procédure de calibration
qui doit mesurer les 4 erreurs de phase, indépendamment d’un système optique (ici un cube
séparateur) situé entre les blocs de codage et de décodage, qu’on ne déplace pas entre la phase
de calibration et la phase de mesure.

-95-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

4- Configuration en réflexion
Afin d’envisager des études sur des échantillons épais, le polarimètre a également été
développé en configuration de réflexion. Une photo du dispositif expérimental dans cette
configuration est présentée Figure II.26.

F IGURE II.26 – Dispositif expérimental du polarimètre de Mueller utilisant une swept-source en configu-
ration de réflexion.

Pour les dispositifs en réflexion, il est primordial de placer un élément séparateur sur le trajet
optique du système, tel qu’un cube séparateur ou une lame séparatrice. Ce séparateur laisse
passer la lumière transmise provenant directement de la source pour éclairer le milieu, puis après
réflexion sur ce dernier, 50% de la lumière est réfléchie à 90° du trajet incident vers un détecteur.
Cependant, cet élément est susceptible de posséder une réponse polarimétrique particulière qu’il
faut pouvoir séparer de celle du milieu. Étant donné qu’il n’est pas envisageable de déplacer le
cube séparateur entre la phase de calibration et la phase de mesure, la procédure de calibration
utilisant le vide comme référence ne peut donc plus être utilisée dans cette configuration. Ainsi,
une nouvelle procédure a été développée utilisant simplement deux polariseurs linéaires de
référence, l’un juste après le PSG et l’autre juste avant le PSA. Nous allons voir que cela nous
permet de déterminer les 4 erreurs de phase φ2 , φ3 , φ4 et φf en indépendamment de tout type
d’anisotropie optique placée entre le bloc de codage et de décodage.

Remarque : Nos études sur la validation d’un prototype de polarimètre de Mueller en réflexion
consistent à étudier des échantillons transparents, placés devant un miroir de renvoi. Il faut donc
tenir compte de l’effet miroir (inversion du système de coordonnées cartésiennes) et le double
passage à travers le milieu dans la matrice de Mueller. Cependant, par la suite, il serait tout à fait
intéressant d’étudier les effets polarimétriques sur des échantillons épais et diffusants.

4.1- Procédure de calibration en réflexion

Pour remonter aux erreurs de phase, la calibration de notre polarimètre consiste à utiliser
deux polariseurs linéaires de référence (noté PLR) comme étalons, placés de manière identique à

-96-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

la Figure II.27, dont un est orienté d’un angle α et l’autre d’un angle β, par rapport au polariseur
d’entrée du PSG.

F IGURE II.27 – Schéma du polarimètre de Mueller en configuration de réflexion. CS : Cube Séparateur.

PLR(α) : Polariseur Linéaire de Référence orienté d’un angle α par rapport au polariseur d’entrée du
PSG. PLR(β) : Polariseur Linéaire de Référence orienté d’un angle β par rapport au polariseur d’entrée
du PSG. Obj : Objectif 4X.

Si on simule la réponse polarimétrique en transmission de ces deux polariseurs linéaires,

dont les orientations sont α = β = 0° et α = β = −45°, on observe que :

— les pics d’amplitudes non-nulles sont aux fréquences f0 , 4f0 , 5f0 et 6f0 , pour la première
situation,

— les pics d’amplitudes non-nulles sont aux fréquences f0 , 8f0 , 10f0 et 12f0 , pour la
deuxième situation.

On comprend alors qu’il va être possible de générer une réponse spécifique en fonction
de l’orientation de ces deux polariseurs linéaires de référence. On note (α,β) la combinaison
d’orientation lorsque le premier polariseur est orienté d’un angle α et le second de β. D’après le
Tableau II.7, on peut tout d’abord écrire les arguments des pics pour la combinaison d’orientation
(0°, 0°)

Arg(I˜f0 ) = φf en
Arg(I˜4f0 ) = 4φf en + φ4
(II.30)
Arg(I˜5f0 ) = 5φf en + φ4
Arg(I˜6f0 ) = 6φf en + φ4

et pour celle correspondant à (−45°, −45°) :

-97-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Arg(I˜2f0 ) = 2φf en + φ2
Arg(I˜8f0 ) = 8φf en − φ2 + φ3 + φ4
(II.31)
Arg(I˜10f0 ) = 10φf en + φ3 + φ4
Arg(I˜12f0 ) = 12φf en + φ2 + φ3 + φ4

Ainsi, on peut écrire un certain nombre d’équations faisant intervenir les erreurs de phases des
lames de Y V O4. Pour pouvoir toutes les déterminer, on génère deux équations supplémentaires,
par exemple avec les combinaisons d’orientation (0°, −45°) :

Arg(I˜2f0 ) = 2φf en + φ2
Arg(I˜3f0 ) = 3φf en − φ2 + φ3
(II.32)
Arg(I˜5f0 ) = 5φf en + φ4
Arg(I˜7f0 ) = 7φf en + φ2 + φ4

et pour la combinaison (−45°, 0°) :

Arg(I˜f0 ) = φf en
Arg(I˜9f0 ) = 9φf en + φ3 + φ4
(II.33)
Arg(I˜10f0 ) = 10φf en + φ3 + φ4
Arg(I˜11f0 ) = 11φf en + φ3 + φ4

Finalement, la calibration à partir de 4 combinaisons d’orientation de deux polariseurs

linéaires permet d’avoir accès aux erreurs de phase φ2 , φ3 , φ4 et φf en . La relation sous forme
matricielle entre les phases et les arguments des pics de Fourier aux différentes fréquences est
résumée Annexe 9.
L’intérêt majeur de cette procédure est que les arguments des pics des fréquences générées par
les 4 combinaisons d’orientation des deux polariseurs, représentées dans l’espace de Fourier
sur la Figure II.28, sont indépendantes de la signature polarimétrique du cube séparateur et
plus généralement de la signature polarimétrique d’un milieu quelconque situé entre les deux
polariseurs linéaires de référence.
Cette procédure va donc être intéressante car le polarimètre de Mueller en réflexion possède
des éléments qu’on ne peut pas enlever pendant la mesure, notamment :

— un cube séparateur 50/50,

— une optique collectrice de lumière après interaction avec un milieu (lentille de courte
focale ou objectif de microscope).

Après l’extraction des phases avec cette procédure de calibration, il nous faut néanmoins re-
monter à la signature polarimétrique de l’échantillon indépendamment de ces éléments optiques.

-98-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.28 – Représentation dans l’espace de Fourier des 4 combinaisons d’orientation de deux
polariseurs linéaires de référence (0°, 0°), (−45°, −45°), (−45°, 0°) et (0°, −45°).

4.2- Prise en compte des éléments optiques en réflexion

4.2.1- Influence du cube séparateur
Le passage à la configuration de réflexion impose l’ajout d’un cube séparateur 50/50 dans le
dispositif expérimental. Le modèle retenu est un cube Thorlabs CM1-BS2 non-polarisant dont
la plage spectrale optimale se situe entre 700nm et 1100nm.
Cet élément optique a une signature polarimétrique spécifique dues à un traitement multicouche
entre les 2 prismes constituant le cube, qui ajoute une erreur systématique supplémentaire au
polarimètre. En effet, la mesure des matrices de Mueller (moyennées 150 fois) en transmission
et en réflexion (combinaison de l’effet en transmission à la traversée du cube avec celui en
réflexion au retour du faisceau) du cube séparateur est donnée dans le Tableau II.15, ainsi que
les résultats de la décomposition de Lu et Chipman.
On constate que les paramètres polarimétriques en transmission et en réflexion sont proches
pour les valeurs de diatténuation et de dépolarisation. En revanche, ce cube séparateur présente
une réponse en retardance différente en transmission (égale à 10°) et en réflexion (égale à 42°).
Ce cube séparateur se comporte comme un élément biréfringent. On a représenté Figure II.29,
la transformée de Fourier du signal associé à la présence du cube en réflexion sans échantillon.
On retrouve principalement les pics du vide (2f0 , 4f0 , 6f0 , 10f0 et 12f0 ), avec des pics de plus
faibles amplitudes qui sont rattachés à la réponse polarimétrique du cube séparateur.
Cette réponse en retardance peut être expliquée par la théorie de la Réflexion Totale Interne
Frustrée (FTIR) [116]. En effet, les cubes séparateurs sont basés sur ce principe [117, 118] qui

-99-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

En transmission En réflexion
   
 1, 000 0, 000 −0, 005 −0, 027  1, 000 −0, 007 −0, 014 0, 022 
   
 0, 003 0, 985 −0, 001 0, 141  −0, 016 0, 975 0, 135 −0, 282 
   
   
−0, 007 −0, 007 0, 989 −0, 109 −0, 014 0, 129 0, 689 0, 745 
   
   
−0, 018 0, 145 0, 106 0, 983 0, 001 0, 278 −0, 747 0, 646

DL = 0, 025 ± 0, 008 DL = 0, 045 ± 0, 015

Pd = 0, 996 ± 0, 004 Pd = 1, 014 ± 0, 025
RL = 9, 7° ± 0, 8° RL = 42, 4° ± 1, 5°

Tableau II.15 – Matrices de Mueller du cube séparateur en transmission et en réflexion (moyennées 150
fois) et les paramètres polarimétriques associés de diatténuation linéaire (DL ), de dépolarisation (Pd ) et
de retardance linéaire (RL ).

F IGURE II.29 – Transformée de Fourier du signal du cube séparateur en réflexion sans échantillon.

apparaı̂t lorsqu’une onde évanescente se propage à travers un milieu d’indice n2 séparant deux
milieux de même indice n1 (telle que n1 > n2 ) dans une configuration de réflexion totale, c’est-
à-dire quand l’onde est incidente à l’interface n1 /n2 avec un angle supérieur à l’angle critique
θC = asin(n2 /n1 ). Par example, si on considère deux prismes de verre (n = 1,5) dans le vide (n
= 1) séparé d’une certaine distance, on est capable de génèrer une réflexion et une transmission
de 50/50. Dans ce cas, la diatténuation en transmission et en réflexion sont différentes. En
revanche, la retardance est la même pour la transmission et la réflexion. Si maintenant on ajoute
des traitements multicouches sur les faces, il est possible d’obtenir une diatténuation proche de
0 mais cela a pour conséquence de modifier la retardance en transmission et en réflexion. Les
informations concernant la constitution du cube séparateur T horlabs@ n’étant pas disponibles
sur les couches utilisées (épaisseurs, matériaux diélectriques, indices), il a été impossible de
comparer nos valeurs expérimentales à des simulations de cet élément.

-100-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

La mesure de la matrice du milieu ne peut se faire qu’en présence du cube séparateur et sans
modifier sa position car la réponse de celui-ci change en fonction de son alignement par rapport
au faisceau incident. Il est donc essentiel de déterminer sa signature polarimétrique avec la seule
possibilité de pouvoir déplacer les blocs de PSG et de PSA. La solution retenue pour pouvoir
déterminer de manière fiable la matrice de Mueller d’un milieu inconnu est présentée sur le
schéma II.30.

F IGURE II.30 – Schéma résumant l’étape de mesure de la matrice de Mueller du milieu, en tenant compte
du cube séparateur (noté CS) en transmission puis en réflexion.

Tout d’abord, on mesure simplement la matrice de transmission du cube séparateur notée

trans
[MBS ].Ensuite, on déplace l’ensemble (PSA + détecteur) vers la configuration en réflexion.
La matrice de Mueller à vide mesurée (sans échantillon), notée [Mmes1 ], correspond alors au
ref l
produit entre celles en transmission et en réflexion, notée [MBS ], et peut s’écrire alors :

ref l trans
[Mmes1 ] = [MBS ] · [MBS ] (II.34)

-101-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

ref l
où l’expression de [MBS ] ne prend pas en compte le déphasage de π à la réflexion du cube
séparateur car il varie avec le même déphasage à la réflexion du miroir. On peut alors déterminer
la matrice de Mueller du cube en réflexion simplement par inversion telle que :

ref l trans −1
[MBS ] = [Mmes1 ] · [MBS ] (II.35)

La mesure de la matrice de Mueller [Mmes2 ] avec le milieu, dont la matrice est notée
[MM ilieu ], correspond au produit des trois matrices des éléments rencontrés séquentiellement
(transmission + milieu + réflexion) tel que

ref l trans
[Mmes2 ] = [MBS ] · [MM ilieu ] · [MBS ] (II.36)

La matrice du Mueller du milieu est alors directement obtenue par inversion de la façon
suivante :

trans −1 −1 trans −1
[MM ilieu ] = [[Mmes1 ] · [MBS ] ] · [Mmes2 ] · [MBS ] (II.37)

4.2.2- Influence de l’optique collectrice

La configuration en réflexion nécessite de placer une optique collectrice de la lumière
rétrodiffusée par l’échantillon (lentille ou un objectif de microscope par exemple). Cependant, il
est possible que l’élément optique possède une réponse polarimétrique non-négligeable. Étant
donné notre configuration expérimentale, il n’est pas possible de séparer son effet polarimétrique
de celui du milieu car il est placé avant le PSA. Nous devons donc judicieusement choisir une
optique collectrice du signal après l’échantillon possédant une signature polarimétrique la plus
neutre possible.
Dans le Tableau II.16, nous présentons l’influence de l’optique collectrice sur la matrice de
Mueller du miroir de renvoi, à savoir lorsque l’on place devant l’échantillon une lentille de
courte focale (15 mm) ou un objectif Olympus UPLSAPO 4X/0,16NA.

Avec lentille f’ = 15 mm Avec objectif 4X,16NA

   
 1, 000 0, 009 −0, 025 0, 036   1, 000 0, 015 −0, 006 0, 028 
   
−0, 027 0, 967 −0, 007 0, 004   0, 067 0, 981 −0, 026 0, 019 
   
   
−0, 007 0, 004 0, 935 −0, 056 −0, 004 0, 005 0, 977 −0, 043
   
   
−0, 015 −0, 026 0, 051 0, 943 −0, 027 −0, 009 0, 039 0, 984

Tableau II.16 – Matrices de Mueller du miroir de renvoi en présence d’une lentille de courte focale (15
mm) ou d’un objectif Olympus 4X/0,16NA.

On constate alors qu’avec un objectif de microscope (qui sera utilisé dans le microscope de
Mueller) la mesure n’est a priori pas trop entachée d’erreur. De plus, il permet en plus d’avoir
une résolution latérale théorique de λ/(2N A) ∼ 3, 3µm.

-102-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

4.3- Validation sur des échantillons de référence

Nous avons vérifié cette nouvelle procédure de calibration par la mesure de matrices de
Mueller des mêmes échantillons de référence utilisés en transmission (polariseur linaire et lame
demi-onde à 830 nm) en fonction de leurs orientations. Les résultats, moyennés 150 fois en
chaque position, sont présentés Figure II.31 pour le polariseur linéaire et II.32 pour la lame
demi-onde à 830 nm.

-103-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.31 – Évolution des coefficients mij d’un polariseur linéaire, en fonction de son orientation,
pour la configuration en réflexion. Les valeurs pointillées correspondent aux mesures expérimentales,
moyennées 150 fois en chaque position et les traits pleins correspondent aux valeurs théoriques.

F IGURE II.32 – Évolution des coefficients mij d’une lame demi-onde à 830 nm, en fonction de son
orientation, pour la configuration en réflexion. Les valeurs pointillées correspondent aux mesures
expérimentales, moyennées 150 fois en chaque position et les traits pleins correspondent aux valeurs
théoriques.

-104-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

On constate d’après ces figures que l’erreur systématique est légèrement supérieure à
celle déterminée avec la configuration en transmission, à savoir de l’ordre de ±0, 060 sur les
coefficients de Mueller, mais reste toujours acceptable dans la précision de nos mesures. On
observe ici également une augmentation de l’erreur pour des orientations des axes neutres
multiples de 45° due au même problème d’ordre numérique mentionné pour la configuration en
transmission (amplitudes des pics sont plus faibles, donc plus bruitées).
Le Tableau II.17 résume les valeurs moyennes et les écart-types de ces paramètres obtenues
après la décomposition de Lu et Chipman des matrices de Mueller pour chaque orientation.

Polariseur linéaire Lame demi-onde

DL = 0, 995 ± 0, 002 DL = 0, 026 ± 0, 007

Pd = 0, 997 ± 0, 003 Pd = 0, 992 ± 0, 004

RL = ∅ RL = 77° ± 0, 6°

Tableau II.17 – Valeurs moyennes sur l’orientation de la diatténuation linéaire (DL ), dépolarisation (Pd )
et de retardance linéaire (RL ) d’un polariseur linéaire et d’une lame demi-onde à 830 nm en réflexion.
Les moyennes et les écart-types sont réalisés sur l’ensemble des matrices de Mueller mesurées pour
chaque orientation.

Ces derniers résultats montrent que les barres d’erreur sont identiques à celles trouvées
dans la configuration en transmission, ici égales à ±0, 007 pour la diatténuation linéaire et la
dépolarisation et inférieures au degré pour la retardance linéaire.

A la vue de ces résultats, on peut donc dire que cette nouvelle procédure de calibration
permet de prendre en compte toutes les erreurs systématiques induites par les erreurs de phase
des lames de Y V O4 et également par le cube séparateur en configuration de réflexion.

4.4- Imagerie sur des échantillons connus

On propose d’étudier maintenant des échantillons connus avec des images de Mueller,
comme on peut le voir sur l’image Figure II.33. Il s’agit d’un polariseur linéaire et de deux
couches de ruban adhésif (d’épaisseur d et 2d) apposés directement sur le miroir de renvoi.
L’idée est donc d’acquérir un spectre cannelé point-par-point et de remonter à la représentation
des trois paramètres polarimétriques (diatténuation, dépolarisation et retardance) en 2D.

Les valeurs attendues pour ces échantillons sont :

— le miroir : DL = 0, Pd = 1 et RL = 0°,

— un polariseur linéaire : DL = 1, Pd = 1 et RL = ∅,

-105-
Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.33 – Image des échantillons de référence, à savoir deux couches de ruban adhésif d’épaisseur
d et 2d, un polariseur linéaire CoDiXx et un miroir seul.

— un morceau de ruban adhésif : DL = 0, Pd = 1 et RL 6= 0° [119].

Cet ensemble a été ensuite fixé à une platine de translation XY N ewport connectée au
même contrôleur que celui utilisé pour les supports de rotation motorisés. Un programme
Labview, commandant la carte d’acquisition connectée à la photodiode et le contrôleur, permet
de synchroniser l’acquisition des spectres et le balayage de la platine. En effet, une commande
spécifique a été développée pour déclencher le changement de position de l’échantillon à chaque
fin d’acquisition du spectre cannelé. Les vitesses d’acquisition des images sont relativement
lentes (une dizaine de minutes) et augmentent avec le nombre de moyennage des spectres par
point.
Pour avoir un bon rapport signal-sur-bruit, les signaux ont été moyennés 50 fois en chaque pixel
pour des images de dimension 106 × 106 et avec un pas de translation de 100 µm. Afin d’illus-
trer l’importance de tenir compte de la signature polarimétrique du cube séparateur en dehors
de l’aspect numérique, nous avons représenté les images de Mueller sans et avec la prise en
compte de cet élément, dont le résultat est visible Figure II.34 pour un champ balayé de 1×1cm2 .

Dans un premier temps, lorsqu’on ne prend pas en compte la signature polarimétrique du

cube (images (a), (b) et (c)), les valeurs en diatténuation et en dépolarisation correspondent aux
valeurs attendues. Cependant, les valeurs en retardance sont aberrantes puisque l’on obtient des
retards de l’ordre de 50° pour le vide (au lieu de 0°) et proche de 180° pour le ruban adhésif. Ce
dernier paramètre est donc le plus affecté par la réponse du cube séparateur, ce qui est normal
compte tenu de sa forte valeur de retardance (42°).
En appliquant la formule II.37 pour remonter à la matrice de Mueller du milieu d’étude (images
(d), (e) et (f)), les résultats pour la diatténuation et la dépolarisation sont sensiblement identiques
à la situation précédente (images (d) et (e)). En revanche, les valeurs en retardance correspondent

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Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

F IGURE II.34 – (a,b,c) Sans correction du cube. (d,e,f) Avec correction du cube. (a,d) DL : Diatténuation
linéaire, (b,e) Pd : Dépolarisation, (c,f) RL : Retardance linéaire.

bien ici à celles attendues, à savoir une retardance nulle pour le vide et le polariseur linéaire et
non-nulle pour le ruban adhésif.

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Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

Conclusion
Dans ce chapitre, nous nous sommes intéressés au principe théorique du polarimètre de
Mueller à codage spectral et à sa mise en place expérimentale en se basant sur les études réalisées
dans le cadre de la thèse de M. Dubreuil. L’intérêt majeur de se tourner vers cette approche
de génération et d’analyse des états de polarisation est que toute la réponse polarimétrique du
milieu soit contenue dans un seul spectre cannelé.
Nous avons ensuite présenté un polarimètre de Mueller à haute cadence (100 kHz) qui utilise
une simple photodiode, dans une configuration en transmission puis en réflexion.

L’ensemble des erreurs systématiques introduites par le PSG et le PSA a été décrit. Elles
sont principalement liées au traitement du signal (k-clock, ”drop-off ”, résolution des pics dans
l’espace de Fourier, fenêtrage) et aux défauts des lames de Y V O4 des blocs de codage et de
décodage (alignements et épaisseurs). Ces dernières erreurs nous imposent d’introduire des
phases supplémentaires dans notre modèle qu’il faut corriger avant la mesure. Pour cela, on a
développé des procédures de calibration en tenant compte du type de configuration du dispositif.
En transmission, la procédure consiste simplement à mesurer la signature polarimétrique de
deux milieux de référence pour le vide et un polariseur linéaire.
Pour passer à une configuration en réflexion, cette étape de calibration ne peut plus utiliser le
vide comme référence car l’ajout d’un cube séparateur, inhérent à la configuration, ne peut être
déplacé entre la phase de calibration et la phase de mesure. Une nouvelle procédure de calibra-
tion en 3 étapes a alors été mise en œuvre pour corriger l’ensemble des erreurs systématiques de
la configuration. Pour cela, on mesure les erreurs induites par les lames de Y V O4 en plaçant
simplement 2 polariseurs linéaires placés après le PSG et avant le PSA. Afin de s’affranchir
de la réponse polarimétrique du cube séparateur, 2 matrices doivent être connues au préalable :
la matrice de Mueller du cube séparateur en transmission et la matrice de Mueller mesurée
lorsque l’échantillon est remplacé par un miroir. Cette configuration du polarimètre en réflexion
a été validée par des mesures de la matrice de Mueller sur des milieux connus (vide, polariseur
linéaire et lame de phase).

En comparant le polarimètre déjà développé au LSOL utilisant une diode super-luminescente

et un spectromètre, on remarque que le caractère ”snapshot” du codage spectral a été perdu.
Cependant, il est maintenant possible de simplement passer d’une configuration en transmission
à une en réflexion, et en présence de n’importe quelle anisotropie optique située avant le milieu.
De plus, un détecteur monocal est plus adapté à des modalités d’imagerie à balayage en trans-
mission par rapport au spectromètre, dû au déplacement du faisceau sur la surface du capteur
pendant l’acquisition d’une image.
On envisage donc maintenant d’amener ce dispositif au sein d’un microscope à balayage la-
ser, dont le temps de résidence par pixel (quelques µs) correspondent à la durée de balayage
en longueur de la swept-source. Il sera possible d’acquerir des images en microscopie po-
larimétrique de Mueller en un seul balayage du faisceau laser sur l’échantillon en quelques
secondes seulement.

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Chapitre II - Polarimètrie de Mueller à codage spectral utilisant une swept-source

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

Chapitre III

Implémentation sur un microscope optique à balayage

laser

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

Introduction
Dans le Chapitre II, un nouveau type de polarimètre de Mueller à codage spectral de la
polarisation utilisant une source laser à balayage rapide en longueur d’onde (swept-source à
100 kHz) et pouvant fonctionner aussi bien en transmission qu’en réflexion, a été proposé et
évalué. L’innovation tient à la fois dans le fait que l’information polarimétrique donnant accès à
la matrice de Mueller d’un échantillon est obtenue en seulement 10µs et que le signal optique
est mesuré à l’aide d’une simple photodiode PIN associée à un amplificateur large bande (200
Mhz de bande passante).
Ces deux caractéristiques (rapidité et détection monocanale du signal optique) nous permettent
d’envisager l’implémentation du polarimètre au sein d’un microscope à balayage laser. En effet,
dans un microscope de ce type, appelé de façon générique confocal (bien qu’il existe d’autres
modes de fonctionnement non confocaux, en particulier non-linéaires comme nous le verrons
dans la suite), le signal optique (basiquement la fluorescence) associé à chaque point de l’image,
est détecté par un photorécepteur monocal du type photomultiplicateur (PMT : PhotoMultiplier
Tube) puis intégré pendant typiquement 10µs (pixel-dwell time) avant d’être numérisé pour
former un point de l’image. Dans un microscope confocal moderne, l’image est alors obtenue
point par point en ré-imageant sur la pupille d’entrée de l’objectif du microscope les deux
miroirs dits galvanométriques du dispositif (scanner), qui font tourner le faisceau laser autour de
deux axes orthogonaux. Le volume focal de l’objectif (PSF) balaie ainsi un plan optique dans
l’échantillon, dont l’image est reconstruite informatiquement au fur et à mesure de l’acquisition
du signal de fluorescence. Ce signal est ensuite intégré puis numérisé par un convertisseur A/D,
ceci de façon synchrone avec les signaux de commande des miroirs galvanométriques (rampe
de tension pour le miroir rapide de ligne, tension en marche d’escalier pour le miroir lent de
colonne).

L’intérêt de proposer une modalité d’imagerie polarimétrique de Mueller au sein d’un micro-
scope optique à balayage laser est double.
Tout d’abord, cela permet d’accéder à l’ensemble des contrastes polarimétriques d’un échantillon
(biréfringences, dichroı̈smes et dépolarisations linéaires et circulaires) avec la résolution spatiale
du microscope confocal, limitée par la diffraction, y compris en milieu diffusant.
Ensuite, cela permet d’envisager de coupler au sein du même instrument le mode d’imagerie de
Mueller avec tous les autres modes d’imagerie d’un microscope optique à balayage laser, à savoir
la fluorescence excitée à 1 photon (mode confocal) ou 2 photons et la génération de seconde
harmonique (SHG). L’imagerie SHG est quant à elle particulièrement intéressante du point de
vue du couplage avec l’imagerie de Mueller car il est bien connu que la SHG est extrêmement
sensible à l’ordre et à l’orientation des arrangements moléculaires et supra-moléculaires qui la
génèrent. Le cas type est le collagène fibrillaire de type I qui présente à la fois des réponses
polarimétriques anisotropes linéaire (biréfringence) et non linéaire (SHG). Ce collagène est très
abondant au sein de la matrice extracellulaire de la plupart des tissus animaux (30% environ du
poids sec d’un vertébré). Pouvoir imager le collagène fibrillaire de type I à l’échelle cellulaire,
connaı̂tre l’orientation des fibres et l’amplitude des anisotropies qu’elles produisent, constitue un
puissant outil pour l’étude d’un certain nombre de pathologies impliquant cette protéine (atteinte
et régénération tissulaires, fibrose, cancer...) et le développement de méthodes de diagnostic
biomédical. Un exemple d’application à l’étude de la fibrose du foie est donné à la fin du chapitre.

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

Remarque : Les microscopies de génération de troisième harmonique (THG) et CARS

(Coherent Anti-stokes Raman Scattering) ne sont pas envisagées dans ce travail car elles
nécessitent des sources laser indisponibles au laboratoire.

-113-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

1- Implémentation du polarimètre de Mueller

L’implémentation du polarimètre de Mueller à codage spectral de la polarisation s’est faite
sur le microscope à balayage commercial du laboratoire (image Figure III.1). Il s’agit d’un
module confocal (comportant le scanner, les photorécepteurs, les interfaces électronique et
graphique) de marque Olympus, de conception assez ancienne (modèle Fluoview 300 - FV300),
couplé à un statif droit de la même marque (BX51WI), le tout acquis en 2008 (l’un des derniers
modèles de ce type vendu en France par Olympus) par l’Institut de Physique de Rennes, puis
transféré à l’UBO en 2009. Ce microscope possède des optiques étendues dans l’infrarouge
jusqu’à 900 nm environ (miroirs galvanométriques du scanner, lentilles de scan et de tube, miroirs
dichroı̈ques, objectifs...) pour pouvoir l’utiliser en routine, soit en mode confocal classique dit
1PEF (One-Photon Excitation Fluorescence), auquel cas il est couplé à un laser Nd-YAG doublé
de 15 mW à 473 nm, soit en mode non linéaire 2PEF (Two-Photon Excitation Fluorescence)
et SHG autour de 800 nm de longueur d’onde d’excitation (transmission globale de l’ordre de
60% à 800 nm). Dans ce dernier cas, le microscope est couplé à un laser femtoseconde du type
Titane-Saphir (Ti :Sa modèle COHERENT Mira-Verdi5) accordable de 700 à 980 nm environ,
qui délivre une puissance moyenne d’environ 800 mW au pic (800 nm) sous forme d’impulsions
de durée proche de 150 fs à une cadence de répétition de 76 MHz (Intervalle Spectral Libre de
la cavité de l’oscillateur femtoseconde Ti :Sa).

F IGURE III.1 – Dispositif expérimental pour la microscopie de fluorescence (TPEF) et non-linéaire (SHG)
(à gauche) Au fond, le laser N d : Y V O4 de 5 W, émettant à 532 nm en continu, pompant l’oscillateur
laser femtoseconde Ti-Sa (Coherent Mira900F). (à droite) Module confocal (Olympus FV300) et le
microscope droit (Olympus, BX51WI). PSU : Power Supply Unit (unité de contrôle et d’interfaçage du
microscope avec l’ordinateur). PC : ordinateur sous Windows équipé des cartes d’interfaçage et de
l’interface graphique FV300 Olympus.

-114-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

1.1- Implémentation opto-mécanique

Le montage du polarimètre de Mueller au sein du microscope Olympus FV300-BX51WI a
été fait en configuration de transmission car le signal rétrodiffusé par un échantillon placé sur la
platine du microscope, déjà intrinsèquement faible, subit des pertes importantes à la traversée du
microscope (transmission simple passage du microscope de l’ordre de 7% à 1060 nm). Ce choix
de configuration en transmission se heurte néanmoins au problème de la collection du signal
transmis qui est balayé au cours du processus d’acquisition de l’image. Comme en microscopie
SHG, pour avoir une efficacité de collection du signal transmis constante et optimale au cours du
balayage, il est nécessaire de ré-imager la pupille de sortie de l’optique collimatrice (condenseur)
située après l’échantillon, sur la surface sensible du photorécepteur, qui doit alors être assez
grande pour collecter entièrement cette image. Ainsi, au cours du balayage, le faisceau collecté
pivote autour de deux axes quasiment confondus avec le plan du photorécepteur (images des axes
de rotation des deux miroirs galvanométriques). L’efficacité de détection reste alors constante
si l’aire du photorécepteur est au moins aussi grande que celle de la section du faisceau pour
l’angle d’inclinaison extrême (cet angle est de quelques degrés seulement comme nous le verrons
dans la suite). La photodiode PIN mise en œuvre précédemment, dont la surface sensible est
beaucoup trop petite (diamètre 300µm) a donc du être remplacée par un PMT sensible dans l’IR
autour de 1060 nm.
L’installation du polarimètre de Mueller sur le microscope, réalisée pendant la seconde partie de
ma thèse, a nécessité les aménagements suivants, schématisés en partie Figure III.2 :

F IGURE III.2 – Schéma éclaté du microscope polarimétrique de Mueller (cube séparateur et miroirs de
renvoi et galvanométrique notés M i, où i =[1,7]). CS : Cube séparateur.

– couplage de la swept-source émettant autour de 1060 nm avec le microscope : un miroir plan

escamotable noté M3, orientable, et traité argent (coefficient de réflexion proche de 98% à

-115-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

1060nm) a été installé à l’entrée du module confocal FV300 en lieu et place du miroir di-
chroı̈que permettant à l’origine d’injecter les lasers Nd-YAG et Ti :Sa par 2 voies orthogonales
situées à l’arrière et sur l’un des flancs du module de balayage du microscope. Le dispositif
de codage de la polarisation décrit au Chapitre II (polariseur suivi de 2 lames de Y V O4 de
même épaisseur e orientées à 45° l’une de l’autre), suivi du cube séparateur non polarisant
permettant à terme de travailler en ”réflexion”, est de nouveau placé en sortie de swept-source.
Le faisceau de la swept-source est alors amené à la hauteur de l’entrée du module confocal à
l’origine destinée à injecter le laser Nd-YAG visible pour le mode confocal (entrée qui n’a
pas vocation à fonctionner en parallèle avec le mode de Mueller, contrairement au mode non
linéaire) à l’aide d’un périscope comportant les 2 miroirs plans M1 et M2 traités aluminium
(coefficient de réflexion proche de 95% à 1060nm).

– installation d’un miroir plan M4 traité argent sur la queue d’aronde porte miroirs dichroı̈ques
située juste avant les deux miroirs galvanométriques M5 et M6 du scanner. Le miroir di-
chroı̈que a pour fonction de séparer, avant détection, la lumière de fluorescence descannée
issue de l’échantillon, du résidu de lumière laser rétro-diffusée par l’échantillon. A la sortie
du scanner le faisceau traverse un groupe de lentilles (lentille de scan puis la lentille du tube)
avant d’attaquer le dernier miroir de renvoi noté M7 situé dans la tête du statif BX51WI.

– conception et construction d’un bloc compact de collection de la lumière, comprenant le

dispositif de décodage de la polarisation, placé sous la platine porte-échantillon du microscope.
Le schéma optique du bloc de décodage est présenté sur la Figure III.3. L’image de la Figure
III.4 montre le bloc de collection implémenté sous la platine porte-échantillon.
Ce bloc comprend une première lentille L1 faisant office de condenseur, qui collecte et colli-
mate le faisceau laser (signal) transmis par l’échantillon. La distance focale de cette lentille
(20 mm) et son ouverture numérique (NA = 0,3) ont été choisies en fonction des contraintes
d’encombrement du dispositif (espace limité sous la platine) et de l’ouverture numérique
des objectifs de microscope les plus utilisés dans les expériences (4X/0,1NA et 10X/0,3NA).
Immédiatement à la sortie du condenseur, le faisceau laser parallèle traverse le dispositif
de décodage constitué de 2 lames de Y V O4 de même épaisseur 5e orientées à 45° l’une de
l’autre, suivies d’un analyseur croisé avec le polariseur d’entrée, le tout aligné verticalement
dans un tube. Notons que le faisceau parallèle qui traverse le dispositif de décodage est balayé
pendant l’acquisition de l’image. L’amplitude angulaire de ce balayage est de 4, 6° environ
avec l’objectif 4X (champ image de l’ordre de 3,5 mm environ) et de 1, 85° environ avec
l’objectif 10X (champ image de l’ordre de 1,3 mm). L’inclinaison du faisceau à la traversée
des lames de Y V O4 au cours du balayage va ainsi provoquer une variation de la biréfringence
produite par ces lames. Les effets de cette variation sur les mesures polarimétriques devront
être corrigés a posteriori. Le faisceau transmis par l’analyseur est réfléchi par un miroir
plan traité argent orienté à 45°. Le faisceau horizontal ainsi obtenu traverse finalement une
lentille L2 de distance focale f = 60 mm, de diamètre 1 pouce (2,54 cm), placée à 120 mm
du condenseur, dont la fonction est de ré-imager la pupille de sortie de ce condenseur sur
la photocathode d’un PMT, elle-même positionnée à 120 mm de la lentille L2 (montage
2f-2f, le plus compact possible, voir schéma Figure III.3). On obtient ainsi un grandissement
transversal de 1 (taille du faisceau sur le PMT égale à celle en sortie de L1, soit environ 6,5
mm avec l’objectif 4X) et grandissement angulaire de 1 (angle de balayage du faisceau sur le

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.3 – Schéma optique du dispositif de collection du faisceau transmis à la sortie du microscope
à balayage. La lentille L1 représente la condenseur. La lentille L2 permet de ré-imager la pupille du
condenseur sur le PMT.

F IGURE III.4 – Image du dispositif de collection schématisé Figure III.3. PLR : polariseur linéaire de
référence amovible.

PMT égal à celui en sortie de L1). Le diamètre de la lentille L2 a été choisi assez grand (25
mm utiles) pour que celle-ci, placée à 120 mm du condenseur, collecte entièrement le faisceau

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

parallèle qui la traverse pour tous les points de l’image (4, 6° de rotation du faisceau en sortie
du condenseur avec l’objectif 4X). On obtient ainsi une efficacité de collection quasiment
constante au cours du balayage du microscope (absence de vignettage).

– détection du signal avec un PMT équipé d’une photocathode de grande surface sensible dans
l’infrarouge. Il s’agit d’un PMT à photocathode en Ag-Cs-O de 16 × 18mm2 d’aire effective
(Hamamatsu modèle R5108). Pour des raisons de coût, nous avons opté pour un modèle non
spécifique à l’IR (400-1200nm), non refroidi, dont le rendement quantique est seulement de
0, 04% à 1060 nm. En fait dans la configuration en transmission choisie, le cahier des charges
pour la détection du signal n’est pas d’avoir un PMT ayant un très bon rendement quantique
car le signal de mesure (faisceau laser transmis) est très intense (de l’ordre du mW) et doit
donc être atténué, mais plutôt d’avoir une dynamique (rapport du signal maximum détectable
au signal d’obscurité) suffisante du détecteur. Cette dynamique est relativement faible pour
le PMT R5108 puisque son courant anodique maximum est de 10µA alors que son courant
anodique d’obscurité à la température ambiante est typiquement de 0, 35µA et au maximum
de 1µA (données constructeur). La dynamique de ce PMT est donc d’environ 30 (∼ 10/0, 35)
dans le meilleur des cas, ce qui limite les performances du microscope polarimétrique comme
nous le verrons plus loin dans ce chapitre. Le courant anodique en sortie du PMT (quelques
µA) permet néanmoins d’obtenir, via un amplificateur transimpédance de gain 2.104 A/V
avec bande passante de 200 MHz (modèle FEMTO, HCA-200M-20K-C), une tension de
sortie maximale de 200mV et une tension d’obscurité typique de 7 mV. Ces tensions sont
compatibles avec les caractéristiques de la voie signal (CHANNEL A) de la carte d’acquisition
DAQ Alazar qui admet des tensions de ±4V et les numérise sur 12 bits, soit une résolution
en tension de 1 mV environ, inférieure à la tension d’obscurité. Notons qu’un filtre optique
passe bande (830 nm - 2700 nm, Edmund Optics) de 1 pouce de diamètre (le faisceau a un
diamètre de 6,5 mm à ce niveau) est placé devant le PMT pour éliminer la lumière visible
ambiante et ainsi pouvoir travailler avec la lumière allumée.

Les réglages de la partie opto-mécanique du polarimétrique ont pu se faire indépendamment

de l’acquisition des signaux polarmétriques par la carte DAQ qui nécessite une synchronisation
avec le balayage du microscope pour reconstruire l’image polarimétrique. En effet, il est possible
dans une première étape d’utiliser le microscope lui-même pour imager un objet présentant
un simple contraste d’amplitude, comme par exemple une mire micrométrique. Dans ce cas, il
suffit d’envoyer directement le signal fourni par l’amplificateur FEMTO sur l’une des 2 entrées
signal du microscope, la swept-source fonctionnant en permanence. Les spectres cannelés reçus
successivement par le PMT à la cadence de balayage de la swept-source sont alors intégrés par
l’électronique du microscope à une cadence qui lui est propre (mode d’acquisition Fast, en mode
Medium ou en mode Slow de l’interface graphique Fluoview), donc totalement indépendante
de celle de la swept-source. En fait en mode Slow de Fluoview, le pixel-dwell time, ou temps
d’intégration du signal par point image, est d’environ 8µs, ce qui correspond grosso modo au
temps de balayage de la swept-source (1/100kHz). Dans ces conditions, chaque point image
correspond à peu près à l’intégration d’un spectre cannelé, mais les spectres acquis se décalent
progressivement par rapport à la fenêtre d’intégration au cours du balayage, si bien qu’on
observe des figures de Moiré sur l’image de la mire, comme le montrent les images de la Figure
III.5. Ce mode d’imagerie permet d’aligner précisément le faisceau de la swept-source avec

-118-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

l’ensemble des optiques du microscope.

F IGURE III.5 – Images d’une mire acquises directement par le microscope éclairé par la swept-source
pour deux vitesses de balayage (Fast et Slow). Des lignes obliques d’inclinaisons différentes sont
observables (figures de Moiré).

1.2- Acquisition du signal polarimétrique

Une étape importante de l’implémentation du polarimètre de Mueller au sein du microscope
à balayage Olympus concerne l’acquisition du signal polarimétrique qui doit se faire de façon
synchrone du balayage du microscope si l’on veut pouvoir reconstruire des images de Mueller
et à terme les comparer avec celles fournies par les autres modalités d’imagerie du microscope.
La source du logiciel Fluoview 300 et l’électronique du microscope Olympus n’étant pas
accessibles, il n’est pas possible de synchroniser le scanner sur un signal de déclenchement
issu de la swept-source. En outre, le balayage de la swept-source ne peut pas non plus être
commandé par un signal extérieur ; il fonctionne en continu dès l’allumage du laser. Dans ces
conditions, il faut accepter de faire fonctionner le polarimètre de Mueller indépendamment du
microscope. Néanmoins, pour relier le signal polarimétrique au balayage du microscope afin
de reconstruire des images de Mueller, il est indispensable de pouvoir au moins disposer d’un
signal indiquant à quel instant le microscope commence à balayer. Cet instant est synchrone de
la tension de positionnement (rampe de tension) renvoyée par le miroir galvanométrique rapide
du microscope.
Le signal de trig au format TTL (0-5V) de début (front descendant) et de fin de ligne (front
montant) généré par l’électronique du microscope à partir de la rampe de tension issue du scanner
de ligne, est disponible à l’arrière du PSU (Power Supply Unit) reliée au module confocal FV300.
Le signal de trig et la rampe de tension associée, en mode Slow, sont représentés Figure III.6.
On constate que l’acquisition du signal d’image par le microscope se fait dans une fenêtre
temporelle qui correspond à la partie rectiligne de la rampe de tension renvoyée par le scanner
de ligne, ceci afin d’éviter les non-linéarités dans l’image associées aux phases d’accélération et
de décélération du miroir galvanométrique, le pixel-dwell time étant constant pour une image
donnée. Ce signal de trig peut être envoyé sur l’entrée auxiliaire (AUX IN) de la carte DAQ
Alazar pour signifier au logiciel Alazar de commencer l’enregistrement des spectres cannelés.
L’instant précis où le signal de trig (front trig descendant) est reçu par l’entrée AUX IN de
la carte DAQ n’a évidemment aucune raison de coı̈ncider avec le début d’un spectre cannelé

-119-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.6 – Rampe de tension (en vert) issue du scanner de ligne et signal TTL de trig (en bleu)
correspondant indiquant le début et la fin de l’acquisition du signal de ligne.

sur l’entrée CHANNEL A (ou B) de la DAQ. D’une ligne à l’autre de l’image polarimétrique,
le délai entre ces deux évènements peut donc varier au maximum de la durée d’un balayage
d’un spectre cannelé de la swept-source, correspondant à peu près à un pixel sur l’image (voir
Figure III.5). En l’état actuel de l’expérience (microscope commercial), nous n’avons aucun
moyen de synchroniser plus précisément l’acquisition des spectres cannelés avec le balayage du
microscope. Néanmoins pour des images ayant une définition horizontale suffisante (plusieurs
centaines de points), ce décalage d’un pixel maximum est imperceptible, cette technique étant
d’ailleurs aussi utilisée en OCT [120].
D’autre part, l’absence de synchronisation entre le balayage de la swept-source et la fenêtre tem-
porelle associée au pixel-dwell time du microscope empêche d’avoir une définition horizontale
de l’image égale à sa définition verticale. En mode Slow de Fluoview, le pixel-dwell time est
un peu plus court (∼ 8µs) que le temps de balayage de la swept-source (∼ 10µs environ, les
modes Medium et Fast de Fluoview fournissant des pixel-dwell times respectivement 2 et 4 fois
plus courts). La définition horizontale des images de Mueller sera alors légèrement inférieure
à celle des images issues du microscope en mode Slow (ceci est aussi à l’origine des figures
de Moiré observées précédemment). Par exemple pour la définition 256 × 256 (512 × 512) du
microscope, nous aurons seulement une définition de 204 × 256 (408 × 512) en Mueller, 204 et
408 correspondant aux nombres de spectres cannelés acquis pendant le temps de balayage de
ligne du microscope (délai entre les fronts TTL descendant et montant du signal de trig issu du
scanner de ligne).
Dans ces conditions, on demande au logiciel Alazar d’acquérir en continu des salves de 204 ou
408 spectres cannelés (selon la définition choisie sur Fluoview avant le lancement des scanners)
à partir de l’instant d’arrivée du signal de déclenchement (front TTL descendant) sur la voie
AUX IN de la DAQ. Chacune des salves, correspondant à une ligne de l’image de Mueller, est
alors stockée dans la mémoire de la DAQ (DMA : Direct Memory Acess) puis transférée dans un
même fichier de type binaire (ici au format ”.atb”) sur le disque dur de l’ordinateur au fur et à
mesure du balayage vertical du microscope, et ceci jusqu’à la 256ème ou 512ème ligne de l’image.
Comme chacun des spectres contient 990 points (canaux en longueur d’onde), chacun codé sur
12 bits (1,5 octet), un fichier correspondant à une image de Mueller de 204 × 256 (408 × 512)
points a donc une taille de 204 × 256 × 1440 × 1, 5 (408 × 512 × 1440 × 1, 5) = 112,8 (451,2)
Mo.
Bien entendu, comme au Chapitre II , les signaux de sweept-trigger et de k-clock sont ap-
pliqués respectivement sur les entrées TRIG IN et EXT CLOCK de la DAQ pour échantillonner

-120-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

linéairement en fréquence optique les spectres cannelés. Un schéma de la connectique est donné
Figure III.7.

F IGURE III.7 – Schéma de la connectique permettant à l’interface Alazar d’acquérir les signaux pola-
rimétriques issus du microscope à balayage, en vue de la construction des images de Mueller.

A ce stade, les blocs de codage et de décodage sont introduits de part et d’autre du microscope
sans qu’ils soient orientés dans leur position définitive (croisement des polariseurs). Le chapitre
suivant la méthode mise au point pour orienter ces blocs précisément.
Afin de démontrer le bon fonctionnement de notre méthode de synchronisation pour l’acquisition
des spectres cannelés avec le balayage du microscope, nous avons réalisé des images de la mire
précédente, en attribuant à chaque point de l’image une valeur correspondant à l’aire mesurée
sous chaque spectre cannelé. On peut considérer que cette opération d’intégration des spectres
fournit des valeurs proportionnelles à l’intensité transmise en chaque point de la mire balayée
par le microscope, donc à une image standard d’intensité de cet objet. Parallèlement, nous avons
imagé la même mire en mode confocal (rétrodiffusion détectée par l’un des PMT de Fluoview à
travers un trou confocal). Une série d’images obtenues dans ces conditions pour les 2 définitions
considérées précédemment et 3 zooms différents de Fluoview, sont présentées Figure III.8.

-121-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.8 – Comparaison des images d’intensité d’une mire pour 3 zooms différents obtenus sous
Fluoview (microscope Olympus) et sous Alazar (avec connectique de la Figure III.7). (a) Définition de
256 × 256 pour Fluoview et 204 × 256 pour Alazar ; (b) Définition de 512 × 512 pour Fluoview et
408 × 512 pour Alazar.

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

Les lignes de Moiré observables sur les images obtenues par Fluoview n’apparaissent plus
sur les images fournies par la DAQ Alazar puisque dans ce dernier cas on intègre chaque
spectre dans la bonne fenêtre temporelle. L’absence de synchronisation entre le balayage de la
swept-source et le balayage du microscope se traduit par de très petits décalages d’une ligne à
l’autre au niveau des traits verticaux (graduations) de la mire sur l’image 204 × 256 avec les
zooms 5X et 10X, ce décalage étant imperceptible sur l’image 408 × 512 correspondante.

1.3- Procédure d’orientation du PSG et du PSA au sein du microscope

Contrairement au Chapitre II, il n’est plus possible d’orienter simplement les blocs de codage
et de décodage l’un par rapport à l’autre en commençant par croiser les polariseur et analyseur
en l’absence de tout élément anisotrope entre-eux.
La procédure d’orientation des blocs de codage et de décodage au sein du microscope utilisée
ici, tire partie du fait que le microscope se comporte essentiellement comme un biréfringent
linéaire, en tout cas qu’il présente uniquement deux lignes neutres au sens de la polarisation.
Ces lignes neutres coı̈ncident en fait avec les polarisations p (parallèle au plan d’incidence) et s
(orthogonale au plan d’incidence) associées aux réflexions du faisceau laser sur les 7 miroirs du
dispositif situés entre les blocs de codage et de décodage (miroirs M1 à M7, cf Figure III.2) ainsi
qu’à la traversée du cube séparateur non polarisant mais faiblement biréfringent (cf Chapitre II),
placé à la suite du système de codage.
Les miroirs M1 à M7 sont orientés de telle sorte que les polarisations p et s peuvent seulement
s’échanger d’une réflexion à l’autre, c’est-à-dire qu’une polarisation p pour un miroir peut
devenir une polarisation s pour un autre miroir. La source laser étant polarisée verticalement,
la polarisation est du type p pour les miroirs M1 et M2 du périscope, du type s pour le miroir
d’injection M3 dans le module confocal et le miroir de renvoi M4 vers le scanner, puis du type p
sur le premier miroir galvanométrique M5, et enfin s sur le second miroir galvanométrique M6
et le miroir de renvoi M7 situé dans la tête du statif BX51WI. On peut donc supposer que les
anisotropies (retardance et diatténuation) produites par le scanner sont nulles au point milieu
(centre de l’image, miroirs à 45° de l’axe optique) puisque les miroirs M5 et M6 se compensent
dans ce cas et restent très faibles, tout en variant, lorsque le balayage est activé. Par contre les
miroirs M1 et M2, du même modèle, sont traités aluminium alors que les miroirs M3 et M4,
également identiques, sont traités argent. Il n’y a donc pas une compensation des anisotropies
des miroirs M1 et M2 par les miroirs M3 et M4, même si la polarisation est du type p sur M1
et M2 et s sur M3 et M4. Par ailleurs les caractéristiques du miroir M7, situé dans le statif du
microscope, ne sont pas connues ; il peut s’agir d’un miroir traité aluminium ou argent.
Enfin, même si la retardance et la diatténuation produites à la réflexion sur une couche
d’aluminium ou d’argent sous un angle d’incidence donné peuvent être prédites (retardance
φs − φp = −11, 85° ou −7, 97° et diatténuation Rs − Rp = 0, 0145 ou 0,0364 pour l’argent ou
l’aluminium respectivement, à 1060 nm et sous 45° d’incidence [121]) les miroirs à traitement
métallique sont recouverts d’une fine couche d’oxyde protectrice transparente dont les anisotro-
pies, certainement faibles, ne sont pas connues. Néanmoins comme les valeurs de retardances
produites par les surfaces traitées argent et aluminium sont à la fois faibles et proches (différence
inférieure à 4°), celles-ci se compensent partiellement après réflexion sur les 4 premiers miroirs,
de même que les diatténuations qui sont très faibles. Comme en outre le scanner produit une
anisotropie également très faible, voire nulle au point milieu, et que le cube séparateur en

-123-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

transmission (dont la retardance à été évaluée à environ 10° dans le Chapitre II) et le miroir
M7 sont également très faiblement anisotropes, il y a tout lieu de penser que l’anisotropie de
l’ensemble des optiques situées entre les blocs de codage et décodage, notamment la retardance,
sera faible, sauf si les couches d’oxyde recouvrant les différents miroirs produisent une retar-
dance significative.
Cette condition doit être remplie si l’on veut pouvoir appliquer notre méthode de polarimétrie
qui suppose que la retardance varie d’une valeur très inférieure à 180° sur la bande spectrale
balayée par la swept-source (voir Chapitre II). La retardance du dispositif, mesurée plus loin,
montre que cette condition est effectivement bien remplie.
Nous pouvons dans une première étape montrer que l’ensemble du dispositif situé entre les
blocs de codage et décodage se comporte effectivement comme un élément anisotrope unique,
en réalisant l’expérience suivante : deux polariseurs (polariseur et analyseur) sont montés sur
des platines tournantes motorisées et dans un premier temps positionnés en ligne à la sortie de
la swept-source, leurs axes passants étant croisés par une méthode d’extinction (loi de Malus).
L’analyseur est ensuite déplacé à la sortie du microscope, son orientation étant maintenue
inchangée. Un programme sous Labview permet alors de faire tourner dans le même sens et du
même angle le polariseur et l’analyseur alors que l’intensité transmise est mesurée. La courbe
donnant l’intensité transmise par l’ensemble (polariseur, cube séparateur + microscope + miroirs
de renvoi, analyseur croisé) en fonction de l’angle de rotation, sur 180° tous les 5°, de l’ensemble
polariseur-analyseur est représentée sur le graphe de la Figure III.9.

F IGURE III.9 – Mesures de l’intensité transmise à travers le microscope entre polariseur et analyseur
croisés, en fonction de la rotation de l’ensemble polariseur-analyseur.

Cette courbe présente des minima d’intensité quasi-nuls avec une périodicité égale à π/2.
Dans cette expérience, tout se passe comme si on faisait tourner l’ensemble (cube séparateur +
microscope + miroirs de renvoi) autour de l’axe optique du système, les polariseurs croisés étant
fixes. Dans l’hypothèse où le système se comporte comme un biréfringent et éventuellement
un dichroı̈que, de lignes neutres confondues, on peut montrer que l’intensité transmise entre
polariseurs croisés est proportionnelle à sin2 2θ, où θ est l’angle entre les lignes neutres de
l’anisotropie et les axes passants du couple polariseur-analyseur (cf Annexe 10). La comparaison

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

avec la courbe expérimentale montre que l’on a bien ce type de comportement. Le fait que
les minima ne sont pas totalement nuls peut provenir soit d’un léger désalignement des plans
principaux des miroirs de renvoi qui produirait l’effet d’une succession d’éléments biréfringents
(et éventuellement légèrement dichroı̈ques) dont les lignes neutres ne sont pas tout à fait alignées,
soit d’une dépolarisation (au sens de Mueller) produite par l’ensemble des optiques traversées.
Cette première étape permet d’orienter le polariseur d’entrée, par rapport aux lignes neutres
du microscope. Le bloc de codage, placé à la suite du polariseur d’entrée précédent, est alors
orienté de sorte d’obtenir l’extinction. Le polariseur est alors retiré et le bloc de codage tourné
de 90° par rapport à la situation d’extinction précédente pour que l’axe passant du polariseur du
bloc de codage soit parallèle à celui du polariseur retiré.
Pour orienter le bloc de décodage dans sa position définitive (sous la platine du microscope), de
sorte que l’axe passant du polariseur qu’il contient soit orthogonal à celui du polariseur contenu
dans le bloc de codage (situation choisie pour relier les amplitudes et les phases des fréquences
caractéristiques du spectre cannelé dans l’espace de Fourier aux éléments de la matrice de
Mueller), il est possible de réaliser une seconde expérience qui consiste à observer l’amplitude
d’un pic particulier dans le spectre de Fourier du signal polarimétrique. En effet, si le polariseur
du bloc de codage est aligné avec l’une des lignes neutres d’un biréfringent rectiligne mesuré
(ici le microscope, les miroirs de renvoi et le cube séparateur), le calcul montre que l’amplitude
du pic à la fréquence de modulation 8f0 dans l’espace de Fourier s’annule lorsque l’analyseur du
bloc de décodage (les 2 lames 5e ayant préalablement été orientées par rapport à l’analyseur) est
orthogonal au polariseur du bloc de codage (donc aligné avec l’autre ligne neutre du biréfringent),
comme s’il n’y avait aucun élément anisotrope entre les deux blocs. Une simulation dans le
formalisme matriciel de Mueller en l’absence de dépolarisation (Mueller-Jones) réalisée sous
Mathematica, dont les résultats sont présentés Figure III.10, permet de montrer que seul le pic à
8f0 s’annule tous les 180° dans cette situation, le pic à 12f0 s’annulant également tous les 180°
mais présentant par contre un maximum dans la situation de réglage recherchée.

La sensibilité de cette méthode permet d’orienter manuellement le bloc de décodage à mieux

que 3° par rapport au bloc de codage et aux lignes neutres du microscope. La Figure III.11
présente à gauche le spectre obtenu lorsque le bloc de décodage est bien réglé et à droite le
spectre observé le lorsque le bloc de décodage est tourné de 90° par rapport au bon réglage. Afin
de mieux se rendre compte de la différence entre ces deux situations, les spectres dans l’espace
de Fourier ont été représentés en échelle semi-logarithme.

1.4- Caractéristiques polarimétriques du microscope sans balayage

Nous avons vu précédemment lors de la procédure d’orientation des blocs de codage et de
décodage par rapport au microscope que ce dernier se comportait comme un élément anisotrope
simple présentant 2 lignes neutres. Nous pouvons à présent réaliser une mesure polarimétrique
à vide (absence d’échantillon) dans une situation où le microscope ne balaye pas, c’est-à-dire
lorsque le scanner est dans sa position centrale, ce qui correspond au centre de l’image. Dans
ces conditions, il n’est pas nécessaire de mettre en œuvre la procédure d’acquisition du signal
polarimétrique, essentielle par contre à la réalisation d’une image de Mueller (sychronisation
entre avec le balayage du microscope). On utilise dans ce cas le protocole de mesure ponctuelle
décrit au Chapitre II. Il consiste d’abord à extraire les erreurs de phase liées aux défauts

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.10 – Évolution des amplitudes des pics dans l’espace de Fourier, en fonction de l’orientation
du bloc complet de décodage par rapport à l’orientation du bloc de codage.

F IGURE III.11 – Spectres dans l’espace de Fourier représentés en échelle logarithmique, (à gauche)
lorsque le bloc de décodage est correctement orienté et (à droite) lorsqu’il est orienté à 90° par rapport
au bloc de codage.

d’épaisseur des lames des blocs de codage et de décodage par la procédure de calibration
utilisant 2 polariseurs linéaires de référence placés de part et d’autre du système optique
(cube séparateur + microscope + miroirs de renvoi). Ensuite, après avoir retiré les polariseurs
de référence, une mesure polarimétrique du système est réalisée en l’absence d’échantillon.
Le programme développé en Mathematica au Chapitre II permet alors d’obtenir la matrice
de Mueller de l’ensemble (cube séparateur + microscope + miroirs de renvoi) en l’absence
de balayage. La matrice de Mueller moyenne donnée ci-après est le résultat 10 expériences

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Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

(calibration + mesure) réalisées successivement dans les mêmes conditions :

 
1, 000 −0, 018 −0, 056 0, 024
 
−0, 021 1, 005 0, 074 −0, 006
  (III.1)
−0, 005 −0, 031 0, 446 0, 915 
0, 005 0, 069 −0, 929 0, 441

Ces mesures permettent alors d’extraire, sur la base de la décomposition de Lu et Chipman,

les paramètres polarimétriques moyens de l’ensemble (cube séparateur + microscope + miroirs
de renvoi), ainsi que l’incertitude sur ces paramètres : DL = 0, 064±0, 002, Pd = 1, 019±0, 003,
RL = 64° ± 0, 5° et αL = 1, 13° ± 0, 1°.
Les paramètres obtenus montrent qu’on peut effectivement assimiler l’ensemble (cube séparateur
+ microscope + miroirs de renvoi) à un retardateur linéaire seul (diatténuation et dépolarisation
négligeables).
A ce stade, même si on a vu que la retardance du système doit être faible du fait de
la compensation partielle des anisotropies des différents miroirs qui le constituent, on peut
se demander si la retardance tirée de la mesure (64°) est la valeur absolue du déphasage
du système ou bien sa valeur à kπ près, où k est un entier. On peut lever totalement cette
ambiguı̈té en calculant les matrices de Mueller et la retardance associée sur différentes parties
du spectre cannelé. En effet, si la retardance moyenne absolue du système est forte (par exemple
64° + k ∗ 180°, avec k non-nul), on doit observer une variation significative de la retardance
d’un extremum à l’autre du spectre cannelé (fenêtre spectrale d’analyse de 1000 nm à 1120 nm).
Ainsi, si k = 1 (retardance moyenne de 244°) et que l’on calcule les retardances associées aux
moitiés ”bleue” et ”rouge” du spectre cannelé, la différence obtenue doit être de l’ordre de
244 × 40/1060 ∼ 10°, où 40 nm est la différence de longueur d’onde entre les longueurs d’onde
moyennes des parties ”bleue” et ”rouge” du spectre cannelé et 1060 nm la longueur d’onde
centrale du spectre. Si k = 0, cette différence ne sera plus que de 64 × 40/1060 ∼ 2, 5°, donc
environ 4 fois plus faible. Les paramètres polarimétriques expérimentaux obtenus à partir du
spectre cannelé produit par le microscope à vide sont : RL (bleu) = 58, 9° ; RL (rouge) = 70, 1° ;
RL (bleu) − RL (rouge) = 11, 1° ∼ 10°. Ce résultat montre que la retardance produite par
l’ensemble (cube séparateur+miroirs de revoi+microscope à vide) est non pas égale à 64° mais à
64° + 180° = 244°. Néanmoins, si on rapporte cette valeur à la fenêtre spectrale d’analyse (80
nm), on obtient une variation de retardance de l’ordre de 20°. Or, on a vu au Chapitre II, qu’une
retardance égale à 1% de celle produite par l’une des lames de Y V O4 d’épaisseur e du bloc de
codage n’engendrait aucune erreur significative sur la matrice de Mueller mesurée. Or ces 1%
représentent une variation d’environ 20° de la retardance sur la fenêtre spectrale d’analyse. On
peut donc affirmer que la chromaticité de la retardance du microscope à balayage pourra être
négligée au moment de la détermination de la matrice de Mueller des échantillons étudiés.

-127-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

2- Mise en œuvre du microscope polarimétrique de Mueller à

balayage
Au Chapitre II, nous avons montré que pour remonter à la matrice de Mueller du milieu
d’étude indépendamment des caractéristiques polarimétriques de notre polarimètre et de leurs
variations, il était indispensable de mettre en œuvre une procédure de calibration. Cette procédure
est destinée à prendre en compte les défauts d’épaisseur des lames de Y V O4 des blocs de codage
et de décodage, de la position (phase fenêtre) du signal polarimétrique dans la fenêtre d’analyse
et, pour la configuration en réflexion, de l’élément optique anisotrope supplémentaire constitué
par le cube séparateur.
Une procédure analogue doit être mise en place pour notre microscope avec en outre la nécessité
de prendre en compte les variations des caractéristiques polarimétriques du système avec le
balayage du faisceau laser. En effet, lorsque le microscope balaie, l’angle d’incidence du faisceau
laser varie à la fois sur les miroirs galvanométriques du scanner et à travers le bloc de décodage.
Cette fois il sera donc nécessaire de prendre en compte les variations des caractéristiques du
microscope polarimétrique en chaque point de l’image de Mueller. Toutefois la procédure de
calibration utilisant deux polariseurs linéaires de référence, développée au Chapitre II, pourra
s’appliquer de nouveau ici.

2.1- Procédure de calibration

La procédure de calibration utilisant deux polariseurs linéaires de référence vue au Chapitre
II consiste dans une première étape à placer l’un des polariseurs après le bloc de codage et
l’autre avant le bloc de décodage (voir Figure III.12). Dans ces conditions nous avons vu qu’à
partir de 4 combinaisons d’orientation des deux polariseurs, il était possible d’extraire les erreurs
de phase φ2 , φ3 , φ4 et φf en , indépendamment des anisotropies situées entre ces deux polariseurs.
Cette méthode peut être alors appliquée à notre microscope, qui se trouve dans une situation
analogue à celle du cube séparateur de la configuration en réflexion du Chapitre II (inséré entre
les deux polariseurs de référence), en chaque point du champ balayé. La Figure III.13 présente
les mesures des phases φf en , φ2 , φ3 et φ4 pour les 5 premières lignes d’une image au format
204 × 256.
Logiquement, les phases φf en et φ2 varient peu au cours du balayage et de façon non
périodique (une légère périodicité apparaı̂t néanmoins à l’échelle d’une ligne de l’image sur
φf en ; ceci est probablement du au fait que l’extraction de ce paramètre est couplée à φ3 et φ4 ).
Les variations observées, de nature semble t-il aléatoire, sont de l’ordre de 2% pour φf en et
5% pour φ2 en valeur relative sur l’échelle de temps de l’ordre de 10 ms représentée (durée du
balayage pour 5 lignes). A cette échelle de temps, ces variations ne peuvent être dues qu’à des
fluctuations de la swept-source (intensité pour φf en et φ2 , balayage en longueur d’onde pour
φf en , instabilité de pointé pour φ2 ), et au bruit du PMT mis en œuvre (rapport signal sur fond de
l’ordre de 30 au maximum).
En revanche pour φ3 et φ4 , on observe une variation quasi-périodique à l’échelle de la ligne
de balayage, avec une amplitude de l’ordre de π. Cette variation est produite par le balayage
angulaire du faisceau issu du condenseur du microscope à la traversée des lames de Y V O4
d’épaisseur 5e du bloc de décodage. Lorsque l’angle d’incidence du faisceau laser qui traverse
ces 2 lames varie (angle de balayage de θ ∼ ±4, 6° en sortie de condenseur avec l’objectif 4X),

-128-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.12 – Schéma de principe du microscope de Mueller à balayage équipé des deux polariseurs
de référence, destinés à la calibration des erreurs de phase des blocs de codage et de décodage. PSU :
Power Supply Unit. SS : Swept-Source. DAQ : Data Board Acquisition. PLR : Polariseur Linéaire de
Référence. PMT : Photomultiplicateur. CPU : Central Processing Unit. obj : Objectif. mij (x, y) : image
de Mueller. MG : Miroir Galvanométrique.

le déphasage produit par ces lames est modifié en raison de la variation de l’épaisseur traversée
et dans une moindre mesure de celle de la biréfringence avec l’angle d’incidence. Un calcul
simple, ne tenant compte que de la variation de l’épaisseur traversée (en θ2 /2n2 ), permet de
retrouver une variation du déphasage de l’ordre de π, certes importante, mais à comparer au
déphasage absolu de ces lames qui est de l’ordre de 800π (n = 1,96, ∆n = 0, 208 à 1060 nm et
e = 2 mm).
Dans une deuxième étape, on doit mesurer point par point la réponse polarimétrique du micro-
scope en l’absence d’échantillon. La pseudo image de Mueller du microcope (en fait image
”angulaire” car correspondant à des anisotropies produites dans le plan de Fourier conjugué du
plan image), notée [Muscope ](x, y), est calculée en tenant compte des erreurs de phase φ2 , φ3 , φ4
et φf en déterminées dans l’étape précédente. La Figure III.14 présente les images de la retardance
RL du microscope (anisotropie principale du microscope) et de son orientation αR avec et sans
prise en compte des erreurs de phase point par point. En l’absence de correction des erreurs
de phase, les images de retardance et d’orientation de la retardance sont totalement erronées
(Figure III.14.a). En présence de la correction (Figure III.14.b), la retardance et son orientation
sont en moyenne proches de celles mesurées précédemment au centre de l’image, c’est-à-dire

-129-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.13 – Evolution des phases φf en , φ2 , φ3 et φ4 en fonction du balayage du faisceau de la

swept-source, sur 4 lignes.

65° environ pour la retardance et 1° environ pour son orientation. La Figure III.14.c représente
les mêmes résultats que la Figure III.14.b, après avoir dilaté l’échelle angulaire de retardance et
d’orientation autour des valeurs moyennes. On observe alors que la retardance varient d’environ
30° sur toute l’image et son orientation d’environ 5°. Ces variations sont très certainement
produites par la variation des angles d’incidence du laser sur les miroirs galvanométriques au
cours du balayage. Cet effet sera corrigé dans la suite du protocole de calibration.
Ces images de calibration (de 430 Mo chacune) sont stockées sur le disque dur de l’ordinateur
afin d’extraire les images de Mueller d’échantillons, qui devront être mesurées au cours de
la même série d’expériences. En fait, cette calibration doit être réalisée avant chaque série de
mesures du fait des dérives en température des blocs de codage et de décodage (voir Chapitre
II). Dans le cas du microscope, la salle d’expérience étant climatisée, les données de calibration
restent valables sur plusieurs heures.
Enfin, on mesure point par point la réponse polarimétrique du microscope en présence de
l’échantillon (imagerie proprement dite), notée [Mmes ](x, y). Comme au Chapitre II, on calcule
dans un premier temps l’image de Mueller de l’ensemble (microscope + échantillon) en tenant
compte des erreurs de phase φ2 , φ3 , φ4 et φf en . Ensuite, on extrait l’image polarimétrique de
l’échantillon seul, notée [Méchant ](x, y), à partir du produit de matrices :

[Méchant ](x, y) = [Mmes ](x, y).[Muscope ]−1 (x, y) (III.2)

-130-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.14 – Images de Mueller du microscope optique en transmission, de définition 408 × 512 en
zoom 2, (a) sans prise en compte des erreurs de phases (φ2 = φ3 = φ4 = φf en = 0) et (b) avec prise en
compte des erreurs de phases . (c) Images de (b) avec une échelle réduite. RL : retardance linéaire. αR :
orientation de la retardance.

2.2- Validation et estimation des incertitudes

Afin d’évaluer la pertinence de ce protocole d’imagerie de Mueller et d’estimer les incer-
titudes de mesure sur les paramètres polarimétriques obtenus avec notre microscope, nous
avons choisi de réaliser des mesures sur des échantillons spatialement homogènes et connus, à
savoir un polariseur linéaire et lame biréfringente d’ordre 0, orientés de manière quelconque
dans le plan image du système. Plutôt que de présenter les images de Mueller complètes de
ces échantillons de référence, nous avons préféré montrer à la fois les matrices de Mueller
théoriques et expérimentales (moyennes et d’écart-type) obtenues sur une ligne pour une image

-131-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

de 204 × 256 (Tableaux III.18 et III.19) ainsi que les paramètres polarimétriques correspondants
issus de la décomposition de Lu et Chipman (retardance pour la lame de phase et diatténuation
pour le polariseur linéaire et dépolarisation pour les deux), Figure III.15 et Tableau III.20.

Polariseur linéaire Lame biréfringente

   
1, 000 −0, 669 −0, 732 0, 017 1, 000 0, 014 0, 007 −0, 052
   
−0, 677 0, 452 0, 500 0, 019 −0, 014 0, 339 0, 349 
0, 833
   
   
−0, 732 0, 498 0, 554 0, 022  0, 010 0, 872 −0, 151 −0, 406
−0, 022 0, 014 0, 018 0, 007 0, 014 −0, 289 0, 468 −0, 787

   
0, 000 0, 013 0, 019 0, 015 0, 000 0, 011 0, 023 0, 018
   
0, 007 0, 007 0, 014 0, 012 0, 016 0, 006 0, 019 0, 014
   
   
 0, 018 0, 017 0, 022 0, 019   0, 013 0, 019 0, 022 0, 025 
0, 012 0, 012 0, 019 0, 019 0, 009 0, 016 0, 021 0, 027

Tableau III.18 – Matrices de Mueller expérimentales (moyenne et écart-type sur 5 balayages de la

1ère ligne de l’image, donc 5 × 204 matrices) d’un polariseur linéaire et d’une lame biréfringente. Les
matrices théoriques sont calculées en considérant des composants parfaits, orientés selon des angles
tirés de la décomposition des matrices expérimentales.

Polariseur linéaire Lame biréfringente

   
1, 000 −0, 674 −0, 738 0, 000 1, 000 0, 000 0, 000 0, 000
   
−0, 674 0, 455 0, 498 0, 000 0, 000 0, 341 0, 874 0, 345 
   
   
−0, 738 0, 498 0, 545 0, 000  0, 000 0, 874 −0, 160 −0, 358 
0, 000 0, 000 0, 000 0, 000 0, 000 −0, 345 0, 458 −0, 819

Tableau III.19 – Matrices de Mueller théoriques d’un polariseur linéaire et d’une lame biréfringente. Les
matrices théoriques sont calculées en considérant des composants parfaits, orientés selon des angles
tirés de la décomposition des matrices expérimentales.

Pour le polariseur linéaire, on constate que les coefficients en théorie nuls, sont au maximum
égaux à ±0, 022 dans la matrice expérimentale moyenne, donnant ainsi une indication de l’erreur
systématique. Pour la matrice d’écart-type correspondante, les mêmes coefficients atteignent au
maximum ±0, 019, valeur correspondant à l’erreur aléatoire. Ces deux erreurs étant proches,
on peut penser que le bruit expérimental est ici responsable de la précision de mesure de la
matrice de Mueller. Pour la lame de phase, le même constat peut être fait (ce sont évidemment
d’autres coefficients théoriquement nuls qui sont concernés). En outre les résultats obtenus ici

-132-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

en terme d’incertitude de mesure montrent que notre microscope polarimétrique de Mueller a

des performances comparables au polarimètre non-imageur décrit dans le Chapitre II.
La Figure III.15 présente les paramètres polarimétriques correspondants moyennés point par
point sur 5 balayages de la 1ère ligne de l’image. A chaque point des courbes est attachée
une barre d’erreur correspondant à l’écart-type de la mesure du paramètre sur 5 balayages. La
comparaison de cet écart-type (erreur aléatoire ou bruit de mesure) avec les fluctuations spatiales
du paramètre le long de la ligne (erreur systématique) montre que le bruit de mesure domine
l’incertitude de mesure du système.

F IGURE III.15 – Profils horizontaux sur une ligne (204 points) d’une image de Mueller 204 × 256
d’un polariseur linéaire (a,b,c) et d’une lame de phase (d,e,f). (a) indice de dépolarisation Pd , (b)
diatténuation linéaire DL , (c) orientation de la diatténuation linéaire αL , (d) indice de dépolarisation
Pd , (e) retardance linéaire RL , (f) orientation de la retardance linéaire αR .

Polariseur linéaire Lame biréfringente

Pd = 0, 999 ± 0, 013 Pd = 0, 968 ± 0, 019

DL = 0, 992 ± 0, 019 RL = 145, 6° ± 0, 6°

αD = 113, 8° ± 0, 4° αR = 108, 8° ± 0, 1°

Tableau III.20 – Erreurs associées à chaque paramètre polarimétrique obtenu avec la décomposition,
pour le polariseur (Pd , DL et αD ) et la lame de phase (Pd , RL et αR ).

Pour quantifier cette incertitude de mesure, on présente dans le Tableau III.20 l’écart-type
sur les paramètres polarimétriques pour l’ensemble des points de la ligne de l’image étudiée.
L’incertitude de notre microscope polarimétrique est de l’ordre du pourcent sur les valeurs

-133-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

de la diatténuation et de la dépolarisation et inférieur au degré pour les paramètres angulaires

(retardance et orientations de cette retardance et de la diatténuation). Ainsi dans le cas de la
retardance, qui est d’un intérêt particulier en polarimétrie de Mueller des milieux biologiques (par
exemple des fibres de collagène), notre microscope pourra ainsi révéler des objets biréfringents
produisant des déphasages d’au moins quelques degrés. Ceci est néanmoins satisfaisant si on
considère la complexité et la rapidité du dispositif et le bruit du photo-détecteur. L’un des
challenges futurs pour notre microscope sera clairement d’améliorer sa sensibilité en réduisant
le bruit de mesure afin de révéler les plus faibles contrastes possibles.

-134-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

3- Applications à des milieux spatialement inhomogènes

L’intérêt d’un microscope polarimétrique de Mueller est évidemment de pouvoir révéler
simultanément l’ensemble des anisotropies d’un échantillon avec la résolution spatiale attendue
pour un tel système. Pour ce faire, nous avons choisi d’imager des échantillons présentant à
la fois une structure de complexité croissante et des anisotropies variées (nature et amplitude).
L’objectif de microscope utilisé est le 4X/0,16NA dans les expériences qui suivent.

3.1- Adhésif de cellophane

L’échantillon à base de scotch a été obtenu en déposant 3 morceaux d’adhésif non superposés
et d’orientations différentes sur une lamelle standard de microscope, en laissant au centre une
zone non recouverte (zone isotrope). La Figure III.16 montre les images de Mueller de l’intensité
transmise (coefficient m00 de la matrice de Mueller non normalisée), de la dépolarisation Pd , de
la diatténuation DL et de son orientation αD , de la retardance RL et de son orientation αR . Les
images plein champ (zoom 1X) ont une définition de 204 × 256. Avec l’objectif 4X Olympus,
le champ imagé est de 3, 5 × 3, 5mm2 , donc les points des images sont séparés de 17µm
horizontalement et 14µm verticalement. La définition des images ne permet pas ici d’apprécier
la résolution du microscope (résolution maximale théorique transversale donnée par la formule
d’Abbe pour un objectif dont la pupille est sur-remplie : 1, 22λ/2N A ∼ 4µm) qui est plus petite
que la taille de chaque pixel de l’image (image sous-échantillonnée). Par ailleurs l’épaisseur de
scotch est d’environ 100µm, ce qui est presque deux fois plus grand que la PSF longitudinale du
microscope (en fait profondeur de champ ou extension sur laquelle on bénéficie de la résolution
latérale, car pas de trou confocal ici : 1, 4λ/N A2 ∼ 58µm). Il est donc vain de comparer la
résolution latérale théorique du microscope à sa résolution pratique (ceci sera fait sur un autre
type d’échantillon, plus fin).
Comme attendu, la diatténuation DL produite par le scotch est partout très faible (< 0,1),
son orientation αD est par conséquent très bruitée. En effet, dans la limite où l’amplitude d’un
paramètre anisotrope tend vers 0 (diatténuation ou retardance), il est logique que son orientation
ne puisse plus être définie et donc physiquement mesurée. L’image codée en dépolarisation
fait apparaitre quant à elle un contraste au niveau des bords du ruban adhésif. Cet effet est
probablement du à une sur-épaisseur de résine adhésive produite par la découpe du scotch aux
ciseaux, qui génère une dispersion des anisotropies, alors moyennées de manière certainement
incohérente, dans la largeur du faisceau (PSF transversale). L’image de la retardance est la plus
contrastée, comme prévu pour le scotch qui est fortement biréfringent (∆n ∼ 0, 0077). La valeur
de cette retardance RL est bien la même pour les trois morceaux de scotch identiques imagés,
par contre leur orientation est bien différente comme on l’observe sur l’image de αR . On observe
de nouveau un bruit important sur αR dans la zone centrale non recouverte par le scotch du fait
de l’absence de retardance significative RL produite par la lamelle de verre.

3.2- Coupes de roches

L’un des domaines de prédilection de la microscopie polarimétrique est l’identification des
cristaux constituant les minéraux naturels étudiés en pétrologie (roches). Habituellement ceci
est réalisé à l’aide d’un microscope polarisant opérant en lumière blanche et entre polariseurs
croisés et utilisant des coupes de roches d’épaisseur standard (30µm). L’analyse des couleurs

-135-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.16 – Images d’intensité (coefficient m00 de la matrice de Mueller) et de Mueller de 204 × 256
d’adhésif d’épaisseur unique, avec trois orientations différentes. (DL ) Image de diatténuation linéaire.
(αD ) Image de l’orientation de la diattenuation. (Pd ) Image de dépolarisation. (RL ) Image de retardance
linéaire. (αR ) Image de l’orientation du retard.

(échelle des teintes de Newton) permet de remonter à la différence de marche produite par
chaque monocristal de la roche et connaissant l’épaisseur, à sa biréfringence, qui est de manière
plus ou moins univoque reliée à sa nature (quartz, mica, spath, calcique...) [122]. Une des
contraintes de cette technique est qu’il faut tourner de façon adéquate la lame de roche pour
orienter les lignes neutres de chaque monocristal selon un angle proche de 45° par rapport aux
axes passants des polariseurs. De plus, si d’autres effets s’ajoutent à la biréfringence linéaire,
notamment si les cristaux absorbent à certaines longueurs d’onde du spectre visible (couleur
naturelle des cristaux, dichroı̈sme...), il devient très difficile, voire impossible, de les identifier à
partir de cette méthode. Ces coupes minces de roche sont donc de bons candidats pour tester les
potentialités de notre microscope de Mueller qui mesure indépendamment tous les effets.

-136-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

Les Figures III.17 et III.18 montrent les images de Mueller de l’intensité transmise (coefficient
m00 de la matrice de Mueller non normalisée), de la diatténuation DL et de son orientation
αD , de la dépolarisation Pd , de la retardance RL et de son orientation αR de coupes de 30µm
d’épaisseur de gabbro (composé de pyroxène, plagioclase, amphibole et olivine) et de granite
(composé de quartz, feldspath et mica). Les images ont une définition de 408 × 512 et un zoom
2X est utilisé. Avec l’objectif 4X Olympus, le champ imagé est donc de 1, 75 × 1, 75mm2 , les
pixels sont ainsi séparés de 4, 25µm horizontalement et 3, 5µm verticalement.

-137-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.17 – Images d’intensité (coefficient m00 de la matrice de Mueller) et de Mueller de 408 × 512
de roche de gabbro, en zoom 2. (Pd ) Image de dépolarisation. (DL ) Image de diatténuation linéaire.
(αD ) Image de l’orientation de l’orientation de la diatténuation. (RL ) Image de retardance linéaire. (αR )
Image de l’orientation du retard.

-138-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.18 – Images d’intensité (coefficient m00 de la matrice de Mueller) et de Mueller de 408 × 512
de roche de granite, en zoom 2. (Pd ) Image de dépolarisation. (DL ) Image de diatténuation linéaire.
(αD ) Image de l’orientation de l’orientation de la diatténuation. (RL ) Image de retardance linéaire. (αR )
Image de l’orientation du retard.

L’objectif n’est évidemment pas ici d’analyser les différentes composantes cristallines de
ces échantillons mais plutôt de montrer que notre microscope permet de révéler les anisotropies

-139-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

d’un échantillon qui présente à la fois de la biréfringence et du dichroı̈sme, avec une résolution
spatiale microscopique.
De fait, on constate sur les images des Figures III.17 et III.18, que notre instrument permet
de révéler à la fois les anisotropies linéaires de phase (images de la retardance) et d’ampli-
tude (images de la diatténuation) de ces échantillons de roche. Les images en retardance et
diatténuation circulaires n’étant pas présentées, ces effets n’étant pas significatifs. Des effets
de dépolarisation apparaissent clairement aux interfaces entre les monocristaux. Par ailleurs,
certains cristaux présents dans l’échantillon de granite sont fortement dichroı̈ques. D’après les
données de la littérature, il semble que seul le mica soit linéairement dichroı̈que, alors que le
quartz l’est circulairement. Par ailleurs, on observe que certains cristaux composant le granite et
le gabbro présentent des retardances proches de 180°. Ceci semble compatible avec les valeurs
de biréfringence linéaire des différents cristaux qui composent ces roches, comprises entre
0,005 pour le mica et environ 0,05 pour l’olivine. Pour ce minéral, compte-tenu de l’épaisseur
de la coupe étudiée (30µm), on peut même s’attendre à avoir des retardances de 3 × 180°,
à la longueur d’onde de travail. Une étude exhaustive de ces échantillons nécessiterait donc
d’employer la méthode consistant à calculer la retardance sur deux moitiés du spectre cannelé
pour remonter à la valeur exacte de ce paramètre et coder les images en retardance absolue.
Ces échantillons polycristallins sont aussi l’occasion d’estimer la résolution spatiale de notre
microscope de Mueller. En effet, certains cristaux présentent des bords contigus rectilignes
observables sur nos images de Mueller. Nous avons vu au début de ce chapitre que la résolution
latérale théorique pour l’objectif 4X/0,16NA utilisé est de l’ordre de 4µm (PSF latérale), dans
les conditions idéales où sa pupille d’entrée est sur-remplie (waist du faisceau plus grand que le
diamètre de cette pupille). Par ailleurs, la taille du pixel de nos images est également proche
de 4µm. Pour estimer la résolution pratique de notre microscope, on peut mesurer la largeur
caractéristique d’un front montant ou descendant de contraste à l’interface de deux cristaux
adjacents. Un profil d’intensité de ce type réalisé sur l’image de retardance, recodée en niveaux
de gris à partir de l’image couleur, est rapporté Figure III.19 (repéré par un trait noir sur l’image
du granite).
Ce profil fait apparaı̂tre un front montant de largeur caractéristique (10% à 90% de l’intensité
max) de l’ordre de RT = 9µm (réponse totale associée à un front ou EDGE PSF). Si on tient
compte de la pixelisation de l’image (résolution numérique Rnum = taille pixel ∼ 4µm), on peut
estimer la résolution optique effective Ropt de notre microscope en considérant la convolution
des réponses optique et numérique :
q
Ropt = RT2 − Rnum
2 (III.3)
On obtient ainsi une résolution optique d’environ 8µm, valeur deux fois plus grande que
celle tirée de l’expression théorique pour un objectif 4X/0,16NA sur-rempli. Cette différence
peut s’expliquer par le fait que la pupille de l’objectif, de diamètre 14 mm environ, est sous-
remplie par le faisceau laser gaussien issu de la swept-source, son diamètre caractéristique
(à 1/e2 ) étant de l’ordre de 10 mm à cet endroit. Cette résolution pourrait être améliorée
en élargissant le faisceau laser en amont du microscope, dans la limite de taille des miroirs
galvanométriques du scanner (actuellement le faisceau a un diamètre de 3 mm à ce niveau, les
miroirs galvanométriques ayant une largeur utile de 5 mm environ). On peut aussi envisager
d’utiliser un objectif plus ouvert, comme le 10X/0,3NA mentionné au début de ce chapitre et
dont la pupille est en outre plus petite, à condition que les échantillons étudiés soit au moins

-140-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.19 – Profil en intensité, matérialisé par le trait en noir sur l’image en retardance linéaire de
la Figure III.18.

aussi minces que sa profondeur de champ (1, 4λ /N A2 ∼ 15µm).

3.3- Échantillons d’intérêt biomédical

Le LSOL développe depuis plusieurs années des méthodes optiques de diagnostic biomédical
basées sur la polarimétrie de Mueller [123] et la microscopie non linéaire, notamment la mi-
croscopie SHG [124, 125]. L’équipe a récemment montré [105] que le couplage Mueller-
SHG présentait un intérêt particulier dans le cas des protéines fibreuses, linéairement et non
linéairement anisotropes, comme le collagène fibrillaire de type I qui est la source principale
de SHG dans les tissus animaux [126, 127]. Notons que le collagène de type III, la mysosine
et les microtubules produisent également des signaux SHG, mais d’intensité beaucoup plus
faible que le collagène de type I. Cette protéine structurale, la plus abondante chez les vertébrés
et constituant principal de la matrice extra-cellulaire, assure l’intégrité physique de nombreux
tissus et organes (derme, foie, rein, poumons, tendons, cartilages...), du fait de l’inextensibilité
des fibres qui en sont constituées (contrairement à l’élastine). Elle joue également le rôle de
trame au cours de l’embryogenèse, en permettant le dépôt organisé des cristaux d’hydroxyapatite
à l’origine du squelette osseux du vertébré (ostéogenèse).
Les déséquilibres entre fibrogénèse (production du collagène au sein de la cellule) et fibro-
lyse (dégradation par des enzymes collagénases) du collagène fibrillaire sont la cause ou la
conséquence de pathologies très graves comme l’ostéogénèse imparfaite (maladie des os de
verre), la fibrose et certaines formes de cancers [128].
Dans le cas de la fibrose du foie (et cirrhose aux stades avancés) qui fait partie des thématiques
de recherche du LSOL, la maladie est induite par l’abus d’alcool ou les virus de l’hépatite B et
C. L’équipe a récemment développé une méthode de diagnostic de la fibrose hépatique basée sur
la quantification du collagène de type I par microscopie SHG [129, 130, 131]. Cette méthode

-141-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

établit un score SHG de fibrose tiré de la mesure de l’aire relative occupée par le collagène dans
des coupes histologiques (5 à 10µm d’épaisseur) de foie non marquées en utilisant la fluores-
cence endogène du tissu hépatique excitée à 2 photons pour déterminer l’aire totale occupée
par la coupe sur la lamelle. Un seuillage en intensité des images SHG est réalisé pour éliminer
autant que possible la contribution du collagène présent naturellement au sein de la matrice
extracellulaire, qui produit moins de SHG du fait de sa moindre concentration dans les zones
non affectées par la fibrose. L’un des principaux biais de cette méthode est la SHG produite
par le collagène de type I qui constitue les parois des vaisseaux sanguins qui irriguent le tissu
hépatique. L’équipe a montré que la polarimétrie de Mueller pouvait améliorer la quantification
du collagène par microscopie SHG en séparant le collagène présent dans les capillaires sanguins,
du collagène associé à la fibrose [105].
Les premières images de Mueller de coupes histologiques de foie humain fibrosé (stade META-
VIR F4) et non fibrosé (stade METAVIR F0) [132] colorées au Rouge Sirius (colorant utilisé en
histologie pour révéler la matrice extracellulaire et qui augmente la biréfringence des fibres de
collagène) ont été réalisées avec le polarimètre non imageur développé dans le cadre de la thèse
de M. Dubreuil. Dans ces expériences, les images de Mueller à faibles définition et résolution
spatiale (50µm environ) obtenues en déplaçant l’échantillon placé sur une platine de translation
X-Y micrométrique, font apparaı̂tre une dépolarisation significative au niveau des vaisseaux
sanguins ainsi qu’une plus forte retardance dans les zones affectées par la fibrose, comme
le démontre la comparaison avec les images SHG correspondantes. On peut donc envisager
d’utiliser ces contrastes supplémentaires pour à la fois tenter d’éliminer le biais lié au collagène
du réseau sanguin hépatique dans le score SHG (via la dépolarisation) et produire un score basé
sur la retardance qui augmente dans les zones plus riches en collagène.
L’une des applications les plus immédiates du microscope de Mueller à balayage mis au point
au cours de cette thèse est ainsi de pouvoir imager le collagène fibrillaire simultanément par
microscopie de Mueller et SHG, en utilisant le même instrument. Pour réaliser cette double
modalité d’imagerie en parallèle, il est cependant nécessaire de concevoir un nouveau dispositif
de collection permettant de détecter les signaux transmis aux deux longueurs d’onde (infrarouge
pour le Mueller et visible pour la SHG). Ce développement fait partie des perspectives de ce
travail.
Néanmoins, afin de montrer la faisabilité de cette double modalité d’imagerie, nous présentons
sur la Figure III.20 une série d’images du même échantillon de foie fibrosé réalisées successive-
ment en SHG (longueur d’onde 415 nm, laser Ti :Sa à 830 nm) puis en Mueller (swept-source
autour de 1060 nm) avec l’objectif 4X/0,16NA. Cette coupe histologique d’épaisseur 16µm,
colorée au Rouge Sirius, est tirée d’une pièce opératoire et non d’une biopsie à l’aiguille, pour
remplir le champ de 3, 5×3, 5mm2 de l’objectif 4X. Elle a été diagnostiquée au stade METAVIR
F4, par le Dr. Turlin du CHRU de Rennes Pontchaillou. La définition des images est 512 × 512
pour la SHG et 408 × 512 pour le Mueller. Le passage d’une modalité d’imagerie à l’autre se
fait pour l’instant en démontant le dispositif de collection et de détection de la lumière transmise
propre à chaque modalité. L’image SHG révèle spécifiquement le collagène fibrillaire du foie
(type I et type III dans une moindre mesure), c’est donc une imagerie sur fond noir. Le collagène
est ici très abondant du fait du stade avancé de la fibrose (stade F4, le plus haut).

Si on compare cette image SHG aux images polarimétriques correspondantes, on constate

immédiatement une forte similitude avec l’image codée en retardance. Ceci est cohérent avec
les études précédentes également réalisées sur des tissus colorés au Rouge Sirius [105, 106],

-142-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

F IGURE III.20 – Images d’intensité (coefficient m00 de la matrice de Mueller) et de Mueller de 408 × 512
d’une coupe histologique de fibrose de foie au stade F4, en zoom 2. (SHG) Image en Génération de
Seconde Harmonique. (Pd ) Image de dépolarisation. (DL ) Image de diatténuation linéaire. (αD ) Image
de l’orientation de l’orientation de la diatténuation. (RL ) Image de retardance linéaire. (αR ) Image de
l’orientation du retard.

l’amplitude de la retardance étant clairement corrélée à la concentration locale en collagène

(quantité de collagène dans le volume de la PSF non linéaire). L’image de l’orientation de
cette retardance, et donc de l’orientation locale des axes de biréfringence du collagène, révèle
également des contrastes qui sont spatialement corrélés à la présence de collagène. Ce contraste

-143-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

orientationnel pourra être comparé à celui fourni par l’imagerie SHG résolue en polarisation
qui donne l’orientation de l’axe principal de la susceptibilité non linéaire du collagène [133].
Les champs d’orientation du collagène associés aux anisotropies linéaire et non linéaire de cette
protéine fibreuse pourraient apporter des informations précieuses, notamment dans le domaine
de l’embryogénèse [134] et du diagnostic du cancer (désorganisation des tissus et prolifération
anarchique du collagène). Dans les zones dépourvues de collagène, on observe un bruit de
mesure important qui traduit logiquement l’indétermination de cette orientation, comme nous
l’avons déjà constaté dans le cas de l’échantillon de scotch. Les images codées en diatténuation
(amplitude et orientation), sont quant à elles beaucoup moins contrastées que les images de la
retardance, mais révèlent néanmoins les structures associées à la fibrose. On observe par contre
une structure fortement dichroı̈que en bas et à gauche de l’image, mais celle-ci ne se retrouve
pas sur l’image SHG ; il s’agit donc certainement d’un objet étranger au tissu hépatique.
Enfin l’image codée en dépolarisation ne présente aucun contraste significatif, ce qui paraı̂t
normal en l’absence de vaisseaux sanguins.
A ce stade final de la thèse, le temps nous a manqué pour étendre cette étude à d’autres
échantillons de foie fibrosé. La prochaine étape sera en particulier d’imager des coupes histolo-
giques tirées de biopsies à l’aiguille (carottes de foie de 20 mm de long et 1 mm de diamètre
environ) sur une cohorte de patients atteints de fibrose du foie à des stades divers.
Une seconde étape sera d’étendre cette imagerie de Mueller à des échantillons non colorés au
Rouge Sirius, dont la biréfringence du collagène fibrillaire n’est pas exacerbée par le colorant.
Les premiers essais d’imagerie réalisés sur ce type d’échantillons n’ont pour l’instant pas été
probants, du fait de la sensibilité limitée de notre instrument (retardance minimale mesurable de
l’ordre du degré). Une amélioration de la sensibilité de notre microscope de Mueller à balayage
permettra en outre d’envisager des études sur d’autres protéines fibreuses comme la myosine
des muscles notamment, avec toutes les perspectives que cela ouvre en terme de diagnostic
biomédical (myopathie, dégénérescence musculaire...).

-144-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

Conclusion
Dans ce chapitre, un microscope polarimétrique de Mueller à balayage laser, fonctionnant
en transmission, a été développé. Ce microscope est basé sur l’implémentation, au sein d’un
microscope à balayage commercial (confocal et multiphoton 2-PEF et SHG), du polarimètre à
codage spectral de la polarisation utilisant une swept-source, développé au Chapitre II.
Cette implémentation a nécessité différentes adaptations opto-mécaniques dont la plus notable est
la conception d’un dispositif de collection et de détection de la lumière, réglable et démontable,
installé sous la platine du microscope.
Nous avons ensuite montré que l’obtention d’images de Mueller requiert tout d’abord de pouvoir
acquérir le signal polarimétrique à la cadence du balayage du microscope en utilisant le signal
issu du scanner de ligne pour la synchronisation. Nous avons vu que l’utilisation d’un microscope
commercial limite les possibilités de synchronisation avec la swept-source.
Dans une seconde étape, nous avons proposé une procédure d’orientation des blocs de codage
et de décodage de la polarisation (réalisée une fois pour toute), suivie d’une procédure de
calibration du microscope, reprenant celle mise au point au Chapitre II, pour corriger les biais
produits par les anisotropies du système et la variation de ces anisotropies associée au balayage.
Nous avons alors testé notre microscope de Mueller sur des échantillons de référence homogènes
(polariseur, lame de phase) et montré qu’il donnait les résultats attendus, dans la limite des
incertitudes de mesure, que nous avons quantifiées.
Nous avons alors imagé différents échantillons inhomogènes et montré que le microscope
pouvait séparer leurs différentes anisotropies (biréfringence et dichroı̈sme) et révéler les effets
de dépolarisation, ceci avec une résolution spatiale en accord avec les conditions d’utilisation du
dispositif.
Enfin nous avons montré, par comparaison avec des images SHG, qu’il était possible de visualiser
le collagène fibrillaire dans des coupes histologiques de foie humain fibrosé, colorées au Rouge
Sirius, en utilisant la retardance et son orientation comme paramètre de contraste. La sensibilité
du microscope est pour l’instant insuffisante pour imager le collagène sans Rouge Siruis.
En l’état actuel, notre dispositif permet d’acquérir l’information polarimétrique associé à une
image de Mueller complète à la cadence du microscope à balayage, c’est-à-dire typiquement en
quelques secondes. Il reste encore à progresser au niveau du temps de traitement des données
permettant de passer des spectres cannelés numérisés à l’affichage des images polarimétriques.
Il est pour l’instant possible de passer du mode Mueller au mode SHG en remplaçant le dispositif
de collection et de détection de la lumière transmise placé sous la platine du microscope. On
pourrait encore plus facilement coupler Mueller et 2-TPEF puisque cette dernière modalité
fonctionne par épi-collection de la fluorescence.

-145-
Chapitre III - Implémentation sur un microscope à balayage laser

-146-
Conclusions et perspectives

Conclusions et perspectives

-147-
Conclusions et perspectives

Conclusions
Au cours de cette thèse, un microscope polarimétrique de Mueller à balayage laser en
transmission a été développé, basé sur codage spectral des états de polarisation. Ce système à
l’avantage de permettre l’acquisition d’images de Mueller en quelques secondes et d’envisager
l’imagerie multimodale linéaire et non-linéaire (SHG / TPEF) avec le même instrument.

Dans un premier temps, on a proposé une amélioration du polarimètre de Mueller par codage
spectral déjà disponible au LSOL en utilisant une source à balayage rapide en longueur d’onde à
100 kHz, ou swept-source, et un détecteur monocanal.
Les états de polarisation sont générés et analysés par un bloc de codage et de décodage composés
de 2 polariseurs linéaires ainsi que de 4 lames biréfringentes de YVO4 d’épaisseurs et d’orien-
tations spécifiques. Notre choix s’est porté vers la configuration de lame (e,e,5e,5e) avec les
orientations respectives (45°, 0°, 0°, 45°) bien que d’autres configurations soient envisageables.
Le codage spectral de la polarisation permet de mesurer la matrice de Mueller complète sous la
forme d’un seul spectre cannelé à la cadence de balayage en longueur d’onde de la swept-source
à savoir 10µs. Ce système n’utilise aucun élément actif ce qui permet de mesurer la matrice de
Mueller à des vitesses uniquement limitées par la swept-source.

Au cours de la validation de ce dispositif, on a mis en évidence les diverses sources d’erreurs

systématiques inhérentes à notre polarimètre. Elles peuvent être associées au couple source
+ détecteur (atténuation des pics à hautes fréquences, non-linéarité du balayage en longueur
d’onde, fenêtrage) et au défaut des épaisseurs des lames de Y V O4 (alignement, épaisseur).
Pour les corriger, des solutions numériques (ré-échantillonnage du signal à l’aide d’une horloge
interne à la swept-source, optimisation de la résolution des pics dans l’espace de Fourier) et
expérimentale (alignement précis des lames de Y V O4 ) ont été proposées.
Pour les erreurs liées aux défauts d’épaisseur des lames de phase du PSG et du PSA, qui
influencent la lecture des amplitudes des pics dans l’espace de Fourier, cela se traduit par
l’apparition de phases supplémentaires. On a alors proposé une procédure de calibration en
tenant compte du type de configuration (transmission, réflexion ou imagerie à balayage) du
polarimètre.
Pour la configuration en transmission, la détermination des erreurs de phase consiste simplement
à utiliser la réponse polarimétrique de deux milieux connus tels que le vide et un polariseur
linéaire.
Cependant, pour passer à une configuration en réflexion, l’introduction d’un cube séparateur
rend cette procédure inapplicable. En effet, ce dernier élément optique ne peut être déplacé
entre la phase de calibration et la phase de mesure. Une nouvelle procédure de calibration en
3 étapes a donc été développée utilisant deux polariseurs linéaires placés de part et d’autre du
cube séparateur. Elle consiste d’abord à déterminer les erreurs de phases induites par les lames
de Y V O4 , puis on mesure la signature polarimétrique du cube séparateur en réflexion (dont la
matrice en transmission a été déterminée au préalable) sans échantillon et enfin avec. Par une
simple inversion de matrice, on remonte directement à la matrice de Mueller de l’échantillon
seul. On a démontré que l’intérêt majeur de cette nouvelle procédure est qu’elle permet de
remonter aux erreurs systématiques du polarimètre indépendamment des anisotropies optiques
comprises entre le PSG et le PSA. La robustesse de ce nouveau dispositif a été démontré par

-148-
Conclusions et perspectives

l’étude d’échantillons connus (polariseur linéaire et lame biréfringente).

La validation de ce polarimètre nous a permis ensuite d’envisager son implémentation au sein
d’un microscope à balayage dont les cadences d’acquisition sont compatibles avec celles de la
swept-source (de l’ordre de la centaine de kHz). Au cours de cette thèse, seule la configuration
de microscopie à balayage en transmission a pu être envisagée.
Cela a d’abord nécessité quelques considérations opto-mécanique pour amener le faisceau de
la swept-source à travers le microscope jusqu’à l’échantillon. De multiples miroirs de renvoi
ont été placés dans le bâti et un redimensionnement du bloc de décodage a été nécessaire,
permettant alors de récupérer le signal polarimétrique issu de l’échantillon en tenant compte
du déplacement du faisceau lors du balayage laser. Ensuite, une stratégie d’acquisition des
signaux polarimétriques a été développée. Il s’agit d’utiliser les signaux de trig de début de
ligne du microscope pour déclencher l’acquisition des signaux polarimétriques et de stocker
tous les signaux de la ligne dans la mémoire interne de la carte. Il est ainsi possible de réaliser
l’acquisition de tous les signaux polarimétriques qui sont essentiels à la formation d’une image
de Mueller en un seul balayage du faisceau laser sur l’échantillon, ce qui n’avait jamais été
réalisé auparavant.
Le passage à la modalité d’imagerie a présenté plusieurs sources d’erreurs systématiques
supplémentaires, en particulier liées au balayage du faisceau laser passant par le bloc de
décodage. En effet, la retardance associée au miroir du scanner et les épaisseurs effectives
des lames de Y V O4 dans le PSA, traversées par le faisceau laser, varient également au cours
du balayage. La solution est donc de calibrer le dispositif avec le même protocole qu’avec le
polarimètre en réflexion mais en chaque point du champ balayé. La solution est donc de calibrer
le dispositif avec les mêmes étapes qu’en réflexion, mais en chaque point du champ balayé.
Cette procédure a pu être validée par des mesures de la surface d’échantillons homogènes, tels
qu’un polariseur linéaire et une lame biréfringente.

On a finalement exploré une partie du potentiel du microscope polarimétrique de Mueller

avec des images d’échantillons inhomogènes. Il s’agit d’images de Mueller de différentes coupes
de roche (gabbro et granite) dont les informations sont plus exhaustives que celles obtenues
avec un microscope polarisant classique. En effet, avec le formalisme de Mueller, il est possible
d’avoir accès à l’ensemble de la signature polarimétrique des cristaux (biréfringence/dichroı̈sme
linéaire/circulaire et orientation, dépolarisation). On a réalisé enfin des images de coupe de foie
fibrosé afin de montrer la potentialité de l’imagerie multimodale Mueller/SHG avec le même
dispositif.

-149-
Conclusions et perspectives

Perspectives
Ce travail de thèse permettra d’ouvrir la voie à la réalisation d’études plus exhaustives en mi-
croscopie multimodale linéaire et non-linéaire en transmission, dédiées à l’étude d’échantillons
d’intérêt biologique.

A court terme, il est envisagé trois pistes d’amélioration du microscope polarimétrique de

Mueller :

— Optimisation du couplage Mueller/SHG

Afin de s’affranchir de la nécessité de déplacer physiquement les systèmes de détection (pour
le Mueller d’une part et pour la SHG d’autre part) pour passer d’une modalité à l’autre, il
est envisagé de développer un bloc unique permettant de réaliser de l’imagerie multimodale
Mueller/SHG en parallèle. Pour cela, il est tout à fait possible de placer un élément dichroı̈que à
la sortie de l’échantillon, séparant les longueurs d’onde de travail, à 415 nm pour la SHG et à
1060 nm pour la polarimétrie de Mueller.

— Optimisation de la précision et de la sensibilité

Dans le but d’améliorer la précision et la sensibilité du polarimètre, il sera judicieux de remplacer
le PMT actuel du microscope polarimètrique de Mueller en transmission par un photorécepteur
possédant un meilleur rapport signal sur bruit, par exemple par une photodiode à avalanche dans
l’infrarouge.

— Optimisation du temps de calcul

Bien que l’acquisition des signaux polarimétriques permettant de former des images de Mueller
se fasse à la vitesse de balayage des scanners, le temps de traitement nécessaire à l’affichage
des images est encore trop long pour de l’imagerie en temps réel (une dizaine de secondes) et
nécessite d’être optimisé. Un programme LabView utilisant les multiples cœurs d’un CPU est
en cours de développement. Des solutions utilisant le calcul sur carte graphique GPU seraient
également intéressantes à tester.

Au terme de ces optimisations, le microscope multimodal permettra d’obtenir, en parallèle

et en temps réel, une image en polarimétrie de Mueller complète et une image en SHG. L’intérêt
immédiat de cette fusion sera de mesurer les orientations θ des fibres de collagène et le rap-
port ρ entre les coefficients du tenseur non-linéaire de ces fibres. Ces deux paramètres sont
généralement calculés à partir d’une série d’images SHG acquises pour différents états de
polarisation incidents. A partir du microscope multimodal, nous serons en mesure d’extraire le
paramètre θ via le polarimétre de Mueller et le coefficient ρ à partir d’une seule image SHG. Le
microscope multimodal sera ainsi équivalent à un microscope capable de mesurer instantanément
les propriétés polarimétriques du SHG.
Enfin, d’autres voies multimodales sont envisagées à savoir le couplage entre des techniques
linéaires et non-linéaires, comme par exemple Mueller, tomographie par cohérence optique,
fluorescence (à un ou deux photons), génération de seconde et de troisième harmonique et des
techniques de spectroscopie Raman (stimulé et non stimulé).

-150-
Conclusions et perspectives

-151-
Annexes

-152-
Annexes

Annexes

-153-
Annexes

Annexe 1
Résumé des vecteurs de Jones et de Stockes pour des états de polarisation particuliers.

État Représentation Vecteur Vecteur

de polarisation temporelle de Jones de Stokes
 
 1
 Ex (t) = E0x cos(ωt)  
Rectiligne 1 1
 
horizontale  E (t) = 0 0 0
y
0
 
 1
 Ex (t) = 0  
Rectiligne 0 −1
 
verticale  E (t) = E cos(ωt) 1 0
y 0y
0
 
 1
 Ex (t) = E0 cos(ωt)  
Rectiligne 1 0
√1  
à 45°  E (t) = E cos(ωt) 2 1 1
y 0
0
 
 1
 Ex (t) = E0 cos(ωt)  
Rectiligne 1 0
√1  
à -45°  E (t) = −E cos(ωt) 2 −1 −1
y 0
0
 
 1
 Ex (t) = E0 cos(ωt)  
Circulaire 1 0
√1  
gauche  E (t) = E sin(ωt) 2 −i 0
y 0
−1
 
 1
 Ex (t) = E0 cos(ωt)  
Circulaire 1 0
√1  
droite  E (t) = −E sin(ωt) 2 i 0
y 0
1
 
 1
 Ex (t) = E0 cos(ωt)  
cos(ν) cos(2ǫ)cos(2α)
Elliptique  
 E (t) = E cos(ωt + φ) sin(ν)eiφ cos(2ǫ)sin(2α)
y 0
sin(2ǫ)

-154-
Annexes

Annexe 2
Matrices de Jones pour différents types de diatténuateur.

Système optique Matrice de Jones

Polariseur  
2
cos (α) cos(α)sin(α)
linéaire P1  
2
cos(α)sin(α) sin (α)
d’orientation α

Polariseur linéaire  
P1 cos2 (α) + P2 sin2 (α) (P1 − P2 )cos(α)sin(α)
dichroı̈que  
2 2
(P1 − P2 )cos(α)sin(α) P1 sin (α) + P2 cos (α)
d’orientation α

Polariseur  
P1 cos2 (ν) P1 cos(ν)sin(ν)e−iφ
d’ellipticité ǫ P1  
iφ 2
P1 cos(ν)sin(ν)e P1 sin (ν)
et d’orientation α

Polariseur  
2 2 −iφ
P1 cos (ν) + P2 sin (ν) (P1 − P2 )cos(ν)sin(ν)e
dichroı̈que  
iφ 2 2
(P1 − P2 )cos(ν)sin(ν)e P1 sin (ν) + P2 cos (ν)
d’ellipticité ǫ

où Tmax et Tmin sont les transmittances énergétiques maximum et minimum, telles que

Tmax = P12
Tmin = P22

avec P1 et P2 sont des valeurs propres

-155-
Annexes

Annexe 3
Matrices de Mueller pour différents types de diatténuateur.

Système optique Matrice de Mueller

 
 1 C2α S2α 0
 
Polariseur linéaire C2α 2
C2α C2α S2α 0
P12  
2  
d’orientation α S 2
0
 2α C2α S2α S2α 
 
0 0 0 0

 
 q1 q2 C2α S2α 0
Polariseur linéaire  
q2 C2α q1 C 2 + q3 S 2 (q − q )C S 0 
 2α 2α 1 3 2α 2α 
dichroı̈que  
q S 2 2
0
d’orientation α  2 2α (q1 − q3 )C2α S2α q1 S2α + q3 C2α 
 
0 0 0 q3

 
 q1 q2 C2ν q2 S2ν Cφ q2 S2ν Sφ 
Polariseur  
 q2 C2ν 2 2
q1 C2ν + q3 S2ν (q1 − q3 )C2ν S2ν Cφ (q1 − q3 )C2ν S2ν Sφ 
 
dichroı̈que  
q S C (q − q )C S C C 2 (q S 2 + q C 2 ) (q − q )C S S 2 
d’ellipticité ǫ  2 2ν φ 1 3 2ν 2ν φ φ 1 2ν 3 2ν 1 3 φ φ 2ν 
 
2 2 2 2 2
q2 S2ν Sφ (q1 − q3 )C2ν S2ν Sφ (q1 − q3 )Cφ Sφ S2ν Sφ (q1 S2ν + q3 C2ν ) + q3 Cφ

 
 1 C2ν S2ν Cφ S2ν Sφ 
Polariseur  
 C2ν 2
C2ν C2ν S2ν Cφ C2ν S2ν Sφ 
P12  
d’ellipticité ǫ 2  
S C C S C C 2 2
S C S S 2 
et d’orientation α  2ν φ 2ν 2ν φ φ 2ν φ φ 2ν 
 
2
S2ν Sφ C2ν S2ν Sφ Cφ Sφ S2ν Sφ2 S2ν
2

C2α = cos(2α) C2ν = cos(2ν) = cos(2ǫ)cos(2α)

S2α = sin(2α) S2ν Cφ = sin(2ν)cos(φ) = cos(2ǫ)sin(2α)
q1 = 12 (P12 + P22 ) S2ν Sφ = sin(2ν)sin(φ) = sin(2ǫ)
q2 = 12 (P12 − P22 )
q3 = P − 1P2

-156-
Annexes

Annexe 4
Matrices de Jones pour différents types de biréfringent, de retard δ.

Système optique Matrice de Jones

Biréfringent  
i 2δ i 2δ
2
cos (α)e 2
+ sin (α)e isin( 2δ )sin(2α)
linéaire  
i 2δ −i 2δ
isin( 2δ )sin(2α) 2
sin (α)e 2
+ cos (α)e
d’orientation α

Biréfringent  
cos( 2δ ) sin( 2δ )
circulaire  
−sin( 2δ ) cos( 2δ )
(droite)

Biréfringent  
cos( 2δ ) −sin( 2δ )
circulaire  
sin( 2δ ) cos( 2δ )
(gauche)

 
i 2δ −i 2δ
Biréfringent 2
cos (ν)e 2
+ sin (ν)e isin( 2δ )sin(2ν)e−iφ
 
elliptique i 2δ −i 2δ
isin( 2δ )sin(2ν)eiφ 2
sin (ν)e 2
+ cos (ν)e

-157-
Annexes

Annexe 5
Matrices de Mueller pour différents types de biréfringent, de retard δ.

Système optique Matrice de Mueller

 
1 0 0 0 
Biréfringent  
0 C 2 + S 2 cos(δ) C2α S2α (1 − cos(δ)) −S2α sin(δ)
 2α 2α 
linéaire  
0 C 2 S 2 (1 − cos(δ)) S 2 + C 2 cos(δ) C sin(δ) 
d’orientation α  2α 2α 2α 2α 2α 
 
0 S2α sin(δ) −C2α sin(δ) cos(δ)

 
1 0 0 0
Biréfringent  
0 cos(δ) sin(δ) 0
 
circulaire  
0 −sin(δ) cos(δ) 0
(droite)  
 
0 0 0 1

 
1 0 0 0
Biréfringent  
0 cos(δ) −sin(δ) 0
 
circulaire  
0 sin(δ) cos(δ) 0
(gauche)  
 
0 0 0 1

 
1 0 0 0 
Biréfringent  
0 d2 − e2 − f 2 + g 2 2(de + f g) 2(df − eg) 
 
elliptique  
0 2(de − f g) −d2 + e2 − f 2 + g 2 2(ef + dg) 
d’orientation α  
 
2 2 2 2
0 2(df + eg) 2(ef − dg) −d − e + f + g

d = cos(2ν)sin(δ/2) = cos(2ǫ)cos(2α)sin(δ/2)

e = sin(2ν)cos(δ/2) = cos(2ǫ)sin(2α)sin(δ/2)

f = sin(2ν)sin(φ)sin(δ/2) = sin(2ǫ)sin(δ/2)

g = cos(δ/2)

-158-
Annexes

Annexe 6
Matrice [N] développée par rapport aux 16 coefficients mij de la matrice de Mueller.

[N ] =
 
m 00 + m11 + m01 + m10 m 02 + m12 + i(m03 + m13 ) m20 + m21 − i(m30 + m31 ) m22 + i(m33 + i(m23 − m32 )
 
 
m02 + m12 − i(m03 + m13 ) m00 + m11 − m01 + m10 m22 − m33 − i(m23 + m32 ) m20 − m21 − i(m30 − m31 ) 
1  
2 
m + m + i(m + m ) m − m + i(m + m ) m − m + m − m

 20 21 30 31 22 33 23 32 00 11 01 10 m02 − m12 + i(m03 − m13 )  
 
m22 + m33 − i(m23 − m32 ) m20 − m21 + i(m30 − m31 ) m02 − m12 − i(m03 − m13 ) m00 + m11 − m01 − m10

avec T r([N ]) = 2m00

et [N ]2 = T r([N ]) · [N ]

-159-
Annexes

Annexe 7
Matrice de passage [P ], de dimension 16 × 25, dans la configuration (e,e,5e,5e)

 
16 0 8 0 0 0 0 0 −8 0 −4 0 0 00 0
 
0 8 0 0 0 0 0 0 0 −4 0 0 0 0 0 0
 
 
 
0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
 
0 0 0 0 −8 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −1 0 0 0 0 1
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2 0 0 0 0 0
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0
 
 
[P ] = 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −1 0 0 0 0 −1
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 −2 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −2 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −4 0 −2 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −2 0 0
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −1 0 0 1 0

-160-
Annexes

Annexe 8
Matrice de passage [P erreur ], de dimension 16×25, dans la configuration (e,e+∆e2 ,5e+∆e3 ,5e+∆e4 )

[P erreur ] =

 
16 0 8C2 8S2 0 0 0 0 −8C34 0 −4C2 C34 −4S2 C34 8S34 0 4C2 C34 4S2 C34 
 
0 8 0 0 0 0 0 0 0 −4C34 0 0 0 4S34 0 0 
 
 
 
0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 2C34 0 0 0 −2S34 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
 
0 0 0 0 −8 0 −4C2 S2 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −1 0 0 0 0 1 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2C2 2S34 0 0 0 0 
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −1 0 0 0 0 −1 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 −4 0 0 0 0 0 0 0 2C34 0 0 0 −2S34 
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 −2 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 
 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −2 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −4 0 −2C2 −2S2 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −2 0 0 
 
 
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 −1 0 0 1 0

où C2 = cos(φ2 )
S2 = sin(φ2 )
C34 = cos(φ3 − φ4 )
S34 = sin(φ3 − φ4 )

-161-
Annexes

Annexe 9
Système d’équation obtenue avec la méthode calibration en réflexion, utilisant deux polari-
seurs linéaires de référence.

   
˜
 Arg(If0 )   0 0 0 1 
   
 Arg(I˜ )   1 0 0 2 
 2f0   
   
 ˜   
 Arg(I3f0 )   −1 1 0 3 
   
   
 Arg(I˜4f0 )   0 0 1 4 
   
   
 Arg(I˜ )   0 0 1 5 
 5f0   
   
 ˜   
 Arg(I6f0 )   0 0 1 6 
 =  · (φ2 φ3 φ4 φf en )
   
 Arg(I˜7f0 )   1 0 1 7 
   
   
 Arg(I˜ )   −1 1 1 8 
 8f0   
   
   
 Arg(I˜9f0 )   0 1 1 9 
   
   
 Arg(I˜10f0 )   0 1 1 10 
   
   
 Arg(I˜ )   0 1 1 11 
 11f0   
   
Arg(I˜12f0 ) 1 1 1 12

-162-
Annexes

Annexe 10
Dans cette expérience, on souhaite déterminer l’intensité lumineuse d’un système optique
présentant de la biréfringence et du dichroı̈sme linéaire, dont les lignes neutres sont confondus,
placé entre polariseur et analyseur croisés, comme sur la figure ci-dessous.

On considère que le polariseur et l’analyseur sont fixes, tandis que l’on applique une rotation
d’un angle θ sur le système optique. En se plaçant dans le formalisme de Jones, les matrices
des différents éléments intervenant l’expérience, ainsi que leurs notations pour le calcul sont
présentées dans le tableau suivant.

Polariseur Analyseur Biréfringent Dichroı̈que Rotation

[P ] [A] [B] [D] [R(θ)]
         
1 0 0 0 eiφ/2 0 a 0 cosθ −sinθ
         
−iφ/2
0 0 0 1 0 e 0 b sinθ cosθ

La matrice d’un tel système en fonction de l’orientation θ, notée [M (θ)] se retrouve sous la
forme du produit entre ces éléments rencontrés séquentiellement :

[M (θ)] = [A] · [R(−θ)] · [B] · [D] · [R(θ)] · [P ]

dont le résultat est :

0 0
[M ] = iφ −iφ 2 2
(−ae + be − 2ab) · cos θsin θ 0
L’expression de l’intensité lumineuse à la sortie d’un tel système est le module au carré de la
projection sur l’axe x de cette matrice. Cette intensité lumineuse est donc bien proportionnelle à
sin2 2θ.

-163-
Bibliographie

-164-
Bibliographie

Bibliographie

-165-
Bibliographie

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Publications et communications

Publications et communications

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Publications et communications

Publications

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M. and Le Grand Y. ”100 kHz Mueller polarimeter in
reflection configuration”, Optics Letters ; 40(4) :645-648 (02/2015)

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M. and Le Grand Y. ”100 kHz Mueller polarimeter for
laser scanning polarimetric microscopy”, Proc. SPIE 9887, Biophotonics : Photonic Solutions
for Better Health Care V, 988724 (04/2016)

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M. and Le Grand Y. “Scanning Mueller polarimetric
microscopy“, Optics Letters 09/2016 ; 41(18) :4336-4339

Communications orales

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M., Le Grand Y. : présentation orale. Electromagnétisme
Polarisation Optique Statistique (Novembre 2014) – Marseille

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M.,Le Grand Y. : présentation orale. Journées d’Imagerie
Optique Non Conventionnelle (Mars 2015) – Paris

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M., Le Grand Y. : présentation poster. Optique Bretagne
(Juillet 2015) – Rennes

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M., Le Grand Y. : présentation poster. Journée des docto-
rants de l’ED SICMA (Septembre 2015) – Brest

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M., Le Grand Y. : présentation orale. Photonics Europe
(Avril 2016) – Bruxelles

Le Gratiet A., Rivet S., Dubreuil M., Le Grand Y. : présentation orale. OptDIAG2016 (Mai
2016) – Paris

-178-
Publications et communications

-179-
Publications et communications

Développement d’un polarimètre de Mueller à codage spectral utilisant une

swept-source.
Application à la microscopie à balayage laser.

La polarimétrie de Mueller est une technique optique qui mesure la réponse polarimétrique
complète d’un milieu sous la forme d’une seule matrice de Mueller afin de remonter à ses
propriétés optiques comme le dichroı̈sme, la biréfringence et la dépolarisation. Le couplage avec
la microscopie non-linéaire (SHG par exemple) permet d’avoir accès à des informations précises
sur un milieu biologique (structure, organisation, . . . ). Cela impose de passer à une modalité
d’imagerie à balayage laser, qui nécessite de mesurer la réponse polarimétrique du milieu pixel-
par-pixel en des temps relativement courts (de l’ordre de la microseconde). Le but de cette thèse
est de mettre en œuvre un polarimètre de Mueller dont les cadences d’acquisition sont compa-
tibles avec l’imagerie à balayage laser. Dans un premier temps, un polarimètre de Mueller inédit
est proposé, basé sur le codage spectral de la polarisation dont toute l’information polarimétrique
de l’échantillon est mesurée sous la forme d’un seul signal d’intensité en un temps record (10
µs). Ce dispositif est constitué d’une source à balayage rapide en longueur d’onde à 100 kHz
(ou swept-source), de lames de phase d’ordre élevé et d’un détecteur monocanal. Les erreurs
systématiques qui entachent la mesure sont évaluées et des méthodes de correction permettent de
les prendre en compte dans une étape d’étalonnage qui utilise la réponse de deux milieux étalons.
Ensuite, le polarimètre est implémenté dans un microscope commercial à balayage laser, utilisé
initialement pour réaliser de l’imagerie non-linéaire (SHG). Cela requiert un redimensionnement
du montage, ainsi que la synchronisation entre les deux systèmes. Par ailleurs, un protocole
de calibration du dispositif est développé et permet de tenir compte de l’ensemble des erreurs
systématiques du polarimètre indépendamment des anisotropies optiques engendrées par le
microscope. Enfin, les premières images polarimétriques de Mueller en microscopie à balayage
laser ont été acquises sur des échantillons inhomogènes spatialement (rubans adhésifs et cristaux
de roches). La potentialité de la microscopie multimodale est démontrée sur des échantillons de
fibroses de foie, en couplant l’imagerie polarimétrique de Mueller et la microscopie non-linéaire
au sein d’un seul instrument.

Mots clés : polarisation, polarimétrie de Mueller, instrumentation optique, calibration,

microscopie, multimodale.

-180-
Publications et communications

Development of a spectral encoding Mueller polarimeter using a swept-source.

Application to laser scanning microscopy.

Mueller polarimetry is an optical technique allowing the acquisition of the full polarimetric
signature of a medium with a single Mueller matrix, and leading to its polarimetric parameters
such as dichroism, birefringence and depolarization. Coupling Mueller polarimetry with non-
linear microscopy techniques (SHG for example), more precise information about the medium
could be obtained (structure, organization . . . ). This imaging technique uses a laser scanning
system to measure the Mueller matrix of a medium point-to-point quickly (of the order of the
microsecond). The aim of this thesis is to develop a Mueller polarimeter compatible with the
laser scanning system. First, a new Mueller polarimeter is proposed using spectral encoding
of the polarization and measuring the full polarimetric signature of a sample with a single
channeled spectrum in a fast way (10 µs). This setup is composed of a 100 kHz swept-source
laser, high order retarders and a single channel detector. Systematic errors on the Mueller matrix
measurement are evaluated and correction methods take into account these errors in a calibration
step that uses polarimetric signature of two references medium. Then, the polarimeter is imple-
mented on a commercial laser scanning microscope that usually images non-linear contrasts
(SHG). The update needs to reduce the dimension of the polarimeter and ensure an electronic
synchronization between these two systems. However, a new calibration step is proposed and
takes into account all the systematic errors of the polarimeter, independently of the optical aniso-
tropy induced by the microscope. Finally, the images with the first Mueller scanning microscope
are obtained with spatially inhomogeneous samples (cellophane tapes, rocks). The potentiality
of the multimodal scanning microscopy Mueller/SHG on the same instrument is demonstrated
in the case of hepatic fibrosis.

Key words : polarization, Mueller polarimetry, optical instrumentation, calibration, micro-

scopy, multimodal.

-181-

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