1- BIOCHIMIE STRUCTURALE
1.1- CONSTITUANTS DE LA MATIÈRE
1.1.1. COMPOSITION ÉLÉMENTAIRE DE LA MATIÈRE VIVANTE
Introduction : comment est apparue la vie ?
• Formation de la terre : 4,55 milliards d’années avec une constitution très différente. Eau ; et
dans l’atmosphère : méthane (CH4), ammoniac (NH3), hydrogène (H), azote (N2), eau (H2O).
• Apparition de molécules organiques : à partir de ces gaz, et grâce à l’énergie solaire, il y a eu
formation de molécules organiques : oses, acides aminés, glycérides, bases azotées. Ceci a été reproduit
an laboratoire.
• Apparition d’une vie élémentaire : 3,85 milliards d’années avec l’apparition des bactéries
conséquence d’une augmentation de masse grâce aux synthèses et de l’apparition de la reproduction avec
conservation des caractères acquis grâce à l’ADN.
• Apparition d’une vie autonome : 3 milliards d’années. Les cyanobactéries (algues bleues) tirent
leur énergie du soleil, utilisent le CO2 comme source de carbone, utilisent de l’eau : le développement du
règne végétal entraîne la fabrication d’O2 dans l’atmosphère et de molécules organiques.
D’où l’apparition du règne animal qui consomme les molécules organiques et le dioxygène (600
millions d’années).
On peut donc représenter ces interrelations sous forme d’un schéma :
VEGETAUX
Assimilation Libération Production
CO2 MATIERE
O2
H2O ORGANIQUE
Libération Assimilation Consommation
ANIMAUX
Ce cours revient à étudier la composition en éléments chimiques de la matière vivante. Il constitue
une partie de la biochimie, science qui étudie la composition et les réactions chimiques de la matière
vivante et des substances qui en sont issues.
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1. Répartition des éléments dans la matière vivante
1.1. Composition et analyse élémentaires
Cette analyse implique une diminution de l’échelle :
ORGANISME HUMAIN
TISSU SANG
CELLULE HÉMATIES
MOLECULE O2, HÉMOGLOBINE
ATOME C, H, O, N, Fe
Un élément chimique est l’ensemble des particules ayant le même nombre de protons.
Exemple : #$"𝐶 / #'"𝐶 ; 𝐶𝑙 / 𝐶𝑙 ) (17 protons)
La composition élémentaire correspond aux éléments présents dans la matière.
Exemple : le glucose a pour composition élémentaire : C, H, O.
L’analyse élémentaire correspond au pourcentage massique de chaque élément par rapport à
la masse totale (exprimé en pourcentage : g pour 100 g).
1.2. Comparaison des analyses élémentaires dans la Matière
Ce tableau représente la répartition quantitative des principaux éléments dans un organisme
végétal (la luzerne) ; dans un organisme animal (l’homme) ; et la comparaison avec le monde inerte
(lithosphère, atmosphère, hydrosphère).
Matière inerte Matière vivante
Lithosphère Végétale Animale
Hydrosphère (luzerne entière fraîche) (corps humain)
Éléments
Atmosphère (grammes par 100 g) (grammes par 100 g)
% % %
O 50,00 77,30 62,81
C 0,20 11,30 19,37
H 1,00 9,53 9,31
N 0,03 0,825 5,14
CHON 51,23 98,955 96,63
S 0,1 0,108 0,64
P 0,1 0,706 0,63
Cl 0,2 0,07 0,18
Na 2,4 0,039 0,26
K 2,3 0,226 0,22
Ca 3,2 0,58 1,38
Mg 2 0,08 0,04
F 0,1 - 0,009
Fe 4 0,002 7 0,005
Zn - 0,000 35 0,002 5
Al 7,3 0,002 5 0,001
Cu - 0,000 25 0,000 4
Mn 0,08 0,000 36 0,000 1
I - 0,000 002 0,000 1
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Les éléments de la matière vivante sont ceux du monde inerte, mais la répartition est différente :
C, H, O, N 95% de la matière vivante ;
alors que le C représente moins de 1 % du monde inerte.
2. Les macro-éléments ou éléments majeurs
11 éléments (99% des organismes) : éléments majeurs, macroéléments ou éléments plastiques :
car ils participent à la construction des êtres vivants.
Le besoin journalier en macro-éléments est > à 100 mg.
2.1. Les 6 éléments constituant la matière organique
C : 19 %
H:9%
O : 63 %
N:5%
= 96 % du poids du corps.
L’atome de carbone est tétravalent.
Enchaînement des carbones au sein de chaînes pour former le squelette de macro-molécules.
C, H, O : glucides, lipides
C, H, O, N : protéines (S pour les aa soufrés)
C, H, O, N, P : acides nucléiques (ADN, ARN)
2.2. Les 5 ions inorganiques
Représente 2 %
* Les métaux alcalins : sodium (Na) potassium (K) donnent des cations monovalents
* Les alcalino-terreux : calcium (Ca), Magnésium (Mg) donnent des cations divalents
* Les halogènes : chlore (Cl) donnent l’ion chlorure Cl–
3. Les oligo-éléments
= éléments capables de jouer un rôle biologique à des doses infinitésimales (< à 100 mg).
Ils ont un rôle capital comme catalyseurs de réactions chimiques (ex : zinc) ou comme inhibiteurs
(ex : cuivre).
Fluor ; Fer ; Sélénium ; Zinc ; Aluminium ; Cuivre ; Manganèse ; Iode
3.1. Les oligo-éléments transporteurs
L’hémoglobine contient un cation de fer II permettant de fixer l’oxygène.
3.2. Les oligo-éléments activateurs
Ions qui se trouvent dans le site catalytique des enzymes et jouent un rôle d’activateur.
• Cuivre pour les oxydases
• Fer des cytochromes dans la chaîne respiratoire
• Magnésium au niveau des enzymes à ATP.
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