Master Ingénierie Digitale pour les Métiers de la Santé
Traitement d’images
Session d'Automne
Enseignant : BABA
[Link]@[Link]
Année universitaire : 2024 – 2025
Traitement d’Images Numériques
1. Introduction
2. Représentation & Acquisition
3. Pré-traitement & Amélioration
4. Restauration d’images
5. Segmentation d’images
6. Compression
Introduction
MIDMS – Département GE – BABA 3 modifié : le 28 Sep. 2024
Traitement d’Images Numériques
❑ Une image est une description visuelle d’un objet
❑ L’objet peut être une personne, un animal, le résultat d’un acte
médical, …
❑ Le traitement d’image a pour but :
1) Améliorer les caractéristiques d’une image pour une meilleur
interprétation humaine
2) Adapter l’image pour être utilisée par une machine
MIDMS – Département GE – BABA 4 modifié : le 28 Sep. 2024
Exemples : du premier cas
❑ Amélioration de contours
a–b
Image
« Sharperning »
a. Image
originale
❑ Le but ici est d’avoir une bonne image pour l’impression
MIDMS – Département GE – BABA 5 modifié : le 28 Sep. 2024
Exemples : du premier cas
❑ Supression de bruits
a–b
Noise
« Removing »
a. Image
originale
❑ Le but ici est de supprimer le bruit de type poivre et sel sur
l’image (a)
MIDMS – Département GE – BABA 6 modifié : le 28 Sep. 2024
Exemples : du premier cas
❑ Supression bruillage
a–b
« Blur
Removing »
a. Image
originale
❑ Le but ici est de rendre une image floue plus clair
❑ Le numéro d’immatriculation est lisible dans l’image (b)
MIDMS – Département GE – BABA 7 modifié : le 28 Sep. 2024
Exemples : du deuxième cas
❑ Détection de contours
a–b
« Edges
Detection »
a. Image
originale
❑ Le but ici est de mesurer la taille de certains objets identifiés.
❑ Il est clair qu’il faut traiter l’image (a) avant d’appliquer un
algorithme de détection de contours.
MIDMS – Département GE – BABA 8 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation & Acquisition
MIDMS – Département GE – BABA 9 modifié : le 28 Sep. 2024
Acquisition d’images et échantillonnage
a
b
c
a. Un seul capteur – le capteur
peut être vu comme une
photodiode, qui à l’aide
d’une chaine d’acquisition,
produit une tension
analogique proportionnelle à
l’intensité de courant
produite dans la photodiode
lorsqu’un flux lumineux
(énergie) est reçu par le
capteur.
b. Un ruban de capteurs
c. Une matrice de capteurs
MIDMS – Département GE – BABA 10 modifié : le 28 Sep. 2024
Acquisition d’images et échantillonnage
Combinaison d’un seul
capteur et des mouvement
(linéaire et rotation) pour
donner une image 2-D
Film appelé aussi pellicule
photographique
MIDMS – Département GE – BABA 11 modifié : le 28 Sep. 2024
Acquisition d’images et échantillonnage
a–b
a. Acquisition d’image par un ruban linéaire de capteurs
b. Acquisition d’image 3-D par un ruban circulaire de
capteurs
MIDMS – Département GE – BABA 12 modifié : le 28 Sep. 2024
Acquisition d’images et échantillonnage
a–b
c–d
a. Image originale à numériser
b. Numériser la ligne AB de
l’image d’origine en valeurs
de 0 (noir) à 255 (blanc)
c. Échantillonner le ligne AB en
valeurs discrètes (représentées
par des carreaux) et
quantification par application
d’un masque de 8 niveaux de
gris (de résolution 3-bits)
d. Résultat de numérisation de la
ligne AB
sous-échantillonnage
(impossible de reconstruire la
ligne AB de l’image d’origine)
MIDMS – Département GE – BABA 13 modifié : le 28 Sep. 2024
Acquisition d’images et échantillonnage
a–b
a. Image originale à
numériser
b. Image digitale après
échantillonnage et
quantification
Un élément de
l’image digitale est
appelé PIXEL
MIDMS – Département GE – BABA 14 modifié : le 28 Sep. 2024
Sources d’une image
❑ Lumiere visible (.40-.75µm) : source naturelle – l’œil humaine
peut voir directement, peu-couteuse, sans risque majeur, …
Spectre
électromagnétique
Camera CCD : le capteur est une matrice d’éléments actifs
(photosites) dont la tension de sortie est proportionnelle au
flux lumineux incident. Cette tension est numérisée grâce à
une carte d’acquisition intégrée (frame grabbers).
MIDMS – Département GE – BABA 15 modifié : le 28 Sep. 2024
Sources d’une image
❑ Rayons X (.10-10nm) : longueur d’onde petite. Bonne
résolution pour des objets difficilement visibles comme les os.
Utilisés dans la tomographie pour reconstruire artificiellement
l'image radiographique d'un plan de coupe d'organe ou
d'organisme.
❑ Rayons Gamma (<10pm) : p. ex., le traceur 18F-FDG marqué
permet d'étudier, en tomographie à positons (PET scan), le
métabolisme régional du glucose, notamment du cerveau et
des os. Il se fixe sur les tumeurs de forte activité métabolique.
Lorsque ce traceur est administré à un patient, il produit des
paires de rayons gamma qui mettent en évidence le cancer, une
caméra gamma est utilisée pour former une image de la
distribution du radionucléide.
MIDMS – Département GE – BABA 16 modifié : le 28 Sep. 2024
Sources d’une image
❑ Ultrason (>20kHz) : dans l'échographie, les ultrasons sont émis
par des céramiques dans la sonde. Lorsqu'ils rencontrent une
zone entre deux éléments d'impédance acoustique différente,
une partie de ces ondes est réfléchie. Cet écho est capté par la
même sonde et interprété par un point à l'écran. L'ensemble de
ces signaux réalise une image. Cette manipulation répétée de
15 à 30 fois par seconde pour obtenir une image dynamique.
a–b
Deux vues d’un
fœtus
MIDMS – Département GE – BABA 17 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image monochrome
❑ Une image monochrome
(niveaux de gris – pas de
couleur ) est vue comme
une fonction !(#, %) de 2
variables
❑ !(#, %) est la luminosité
de l’image au point – pixel
– de coordonnées (#, %)
❑ !(#, %) varie de 0 (noir) à
255 (blanc) pour une
résolution 8-bits
Les valeurs sur
la matrice sont
normalisées
MIDMS – Département GE – BABA 18 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image monochrome
❑ MATLAB est un langage de script destiné au calcul
numérique, et émulé par l'environnement de développement du
même nom. Il permet de manipuler des matrices, d'afficher des
courbes et des données, de mettre en œuvre des algorithmes, et
peut s’interfacer avec d’autres langages comme le C et Java.
❑ MATLAB propose « Image Processing Toolbox, » qui est un
environnement complet pour l'analyse, la visualisation et le
développement d’algorithmes pour le traitement d’images.
❑ Une fois Matlab est ouvert, vous aurez une fenêtre de
commande :
MIDMS – Département GE – BABA 19 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image monochrome
❑ La commande :
>> img=imread('[Link]');
lit l’image de nom = '[Link]', et enregistre les valeurs des
pixels dans la variable img. Cette variable dans notre cas est une
matrice 512×512 de taille mémoire = 262144 octets
❑ La commande :
>> figure, imshow(img) ;
affiche la matrice en image monochrome. La commande figure
permet de créer une figure sur l’écran.
MIDMS – Département GE – BABA 20 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image couleur
❑ Une image couleur peut être représentée par plusieurs modèles.
❑ Le modèle RGB : représentation graphique
❑ Par. ex. au sommet de coordonnées (1,1,1) on trouve le Blanc.
❑ Sur le segment en pointillé R==G==B
MIDMS – Département GE – BABA 21 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image couleur
❑ Matlab gère les images RGB 24-bits de la même façon que
chez les images monochromes
❑ La commande :
>> img=imread('lena_24bit_color.tiff');
permet de créer une variable img. Dans ce cas img est une
matrice de dimension 3 de taille mémoire = 786432 octets
❑ La commande :
>> size(img);
donne la taille de la matrice img.
MIDMS – Département GE – BABA 22 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image couleur
❑ La commande :
>> img(100,200,2);
renvoie la valeur G du pixel de coordonnées (100,200)
❑ La commande :
>> img(100,200,1:3);
renvoie les valeurs RGB du pixel de coordonnées (100,200)
❑ La commande :
>> img(100,200,:);
renvoie les valeurs RGB du pixel de coordonnées (100,200)
❑ La commande :
>> impixel(img,200,100);
renvoie les valeurs RGB du pixel de coordonnées (100,200)
MIDMS – Département GE – BABA 23 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image couleur
❑ La commande :
>> figure, imshow('[Link]')
affiche une belle image couleur d’un émeu. Mais!!!
❑ Les commandes :
>> img=imread('[Link]'); figure, imshow(img)
reproduisent une image sombre en niveaux de gris. La raison
est simple : [Link] est une image en couleurs indexées.
img est un vecteur de 2 matrices. Une matrice dont la valeur
associée à un pixel ne véhicule plus la couleur effective du
pixel, mais renvoie à l'entrée correspondant à cette valeur
dans une table (ou palette) de couleurs dans laquelle on
dispose de la représentation complète de la couleur
considérée.
MIDMS – Département GE – BABA 24 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image couleur
❑ Les commandes :
>> [img, imap]=imread('[Link]'); figure, imshow(img, imap)
produisent l’image couleur de l’émeu.
a–b
a. [Link]
331 ×384
image d’origine en couleurs
indexées
b. [Link]
image résultat de l’exécution
des commandes :
>> img=imread('[Link]');
>> imwrite(img, '[Link]');
MIDMS – Département GE – BABA 25 modifié : le 28 Sep. 2024
Représentation digitale d’une image couleur
❑ La commande imfinfo() :
>> imfinfo('[Link]'), imfinfo('lena_24bit_color.tiff')
a–b
a. [Link]
infos sur l’image en
couleurs indexées
b. Lena_24bit_color.tiff
infos sur une vraie
image couleur
MIDMS – Département GE – BABA 26 modifié : le 28 Sep. 2024
Type de données dans Matlab
Type de données Description Valeurs
int8 Entier signé 8-bit -128–127
uint8 Entier non-signé 8-bit 0 – 255
int16 Entier signé 16-bit -32768–32767
uint16 Entier non-signé 16-bit 0–65535
double Nombre réel Double précision dépend de la machine
>> a=23; b=uint8(a); whos a b
Name Size Bytes Class
a 1x1 8 double array
b 1x1 1 uint8array
MIDMS – Département GE – BABA 27 modifié : le 28 Sep. 2024
Conversions d’images dans Matlab
❑ La valeur de pixels d’une image greyscale est de type uint8
❑ Les opérations arithmétiques ne sont pas permises avec uint8
❑ L’image doit être convertie en double avant toute
manipulation
Fonction Description Exemple
ind2gray indexée à niveaux de gris y=ind2gray(x,map);
gray2ind niveaux de gris à indexée [y,map]=gray2ind(x);
rgb2gray RGB à niveaux de gris y=rgb2gray(x);
gray2rgb niveaux de gris à RGB y= gray2rgb(x);
rgb2ind RGB à indexée [y,map]= rgb2ind(x);
ind2rgb indexée à RGB y=ind2rgb(x,map);
MIDMS – Département GE – BABA 28 modifié : le 28 Sep. 2024
La fonction Matlab image ()
>> img=imread('[Link]'); figure, image(img)
a–b
a. [Link]
image d’origine
b. Résultat de la
fonction Matlab
image()
❑ image() utilise par défaut une LUT avec 64 couleurs brillantes
❑ Inapproprié pour une image en niveaux de gris
❑ Pour un affichage correct, on ajoute des options à image()
MIDMS – Département GE – BABA 29 modifié : le 28 Sep. 2024
La fonction Matlab image()
>> x=imread('[Link]');
>> image(x), truesize, axis off, colormap(gray(207))
a–b
a. [Link]
image d’origine
b. Résultat de la
fonction Matlab
image() – avec
options
truesize : permet
d’adapter la taille de
l’image à celle
d’origine
❑ L’image '[Link]' utilise 207 niveaux de gris
>> size(unique(x))
207 1
MIDMS – Département GE – BABA 30 modifié : le 28 Sep. 2024
La fonction Matlab image()
❑ Pour une image indexée:
>> [img, imap]=imread('[Link]');
>> image(img), truesize, axis off, colormap(imap)
a–b
a. [Link]
image d’origine
b. Résultat de la
fonction Matlab
image() – avec
options
image obtenue est
identique à l’originale
❑ Pour une image en vraie couleur:
x est de dimension 3.
>> x=imread('lena_24bit_color.tiff'); La function image()
utilisera la LUT
>> image(x), truesize, axis off contenue dans x
MIDMS – Département GE – BABA 31 modifié : le 28 Sep. 2024
La fonction Matlab imshow() : image greyscale
❑ Pour une image en niveaux de gris:
>> x1 =imread('[Link]');
>> x2=double(x1);
>> imshow(x1), figure, imshow(x2)
a–b
a. [Link]
image greyscale
d’origine
b. Résultat d’affichage
de l’image après
conversion en double.
image obtenue avec
couleur blanche pour
presque tous les pixels
❑ imshow() attend une image 0 < pixel< 1
>> x2=im2double(x1);
MIDMS – Département GE – BABA 32 modifié : le 28 Sep. 2024
La fonction Matlab imshow() : image greyscale
❑ double() change le type de l’image mais pas les valeurs des
pixels
❑ im2double() convertie l’image en double et convertie les
valeurs des pixels dans l’intervalle [0, 1]
❑ im2double() ne fait rien si l’image d’entrée est de type double
❑ Pour l’opération inverse on utilise :
>> x1 =imread('[Link]');
>> x2=im2double(x1);
--------------------------------------
>> x3=uint8(255*x2);
>> x4=im2uint8(255*x2);
❑ La forme im2uint8() est préférée – elle retourne le bon résultat
MIDMS – Département GE – BABA 33 modifié : le 28 Sep. 2024
La fonction Matlab imshow() : image binaire
❑ Une image est dite binaire si la valeur de tout pixel vaut 0 ou 1
❑ Matlab n’a pas un vrai type pour une image binaire
a–b
a. [Link]
image greyscale
d’origine
b. Résultat
d’affichage de
l’image binaire
correspondante
avec un seuil = 120
512×512 logical
pour supprimer le
drapeau de x2 on
utilise la commande :
❑ Matlab utilise un drapeau logique (logical flag) : >> x2 = +x2
>> x1 = imread('[Link]');
>> x2 = x1 > 120;
>> imshow(x2)
MIDMS – Département GE – BABA 34 modifié : le 28 Sep. 2024
Les plans d’une image
❑ Dans une image x de résolution 8-bit pixel=b7b6b5b4b3b2b1b0
❑ Le plan p0 de l’image x est une image dont la valeur de chaque
pixel est égale à son bit le moins significatif LSB (c-à-d. b0)
❑ Le plan p7 de l’image x est une image dont la valeur de chaque
pixel est égale à son bit le plus significatif MSB (c-à-d. b7)
❑ p0 peut être obtenu par la commande :
>> x = imread('[Link]');
>> x1 = double(img);
>> p0 = mod(x1, 2);
❑ pk peut être obtenu par la commande :
>> pk = mod(floor(x1/2k), 2);
❑ p7 est donc un seuil de l’image par rapport à 127.
>> p7 = x1 > 127;
MIDMS – Département GE – BABA 35 modifié : le 28 Sep. 2024
Les plans d’une image
a–b–c
d–e–f
g–h–i
a. p0
b. p1
c. p2
d. p3
e. p4
f. p5
g. p6
h. p7
i. [Link]
les 8 plans
d’une image
8-bit en
niveaux de
gris
MIDMS – Département GE – BABA 36 modifié : le 28 Sep. 2024
Résolution spatiale
❑ Dans une image x de résolution 8-bit et de taille 512×512
❑ La commande :
>> x1=imresize(x,1/2);
divise la taille de l’image en 2. L’image x1 obtenue est formée
par les pixels dont les indices sont tous deux paires.
❑ La taille de l’image x1 est 256×256.
MIDMS – Département GE – BABA 37 modifié : le 28 Sep. 2024
Résolution spatiale
❑ La commande :
>> x2=imresize(x1,2);
répète tous les pixels pour produire une image x2 de taille
512×512 avec une résolution spatiale portée à la moitié dans
les deux directions.
❑ La résolution spatiale effective de x2 est 256×256.
MIDMS – Département GE – BABA 38 modifié : le 28 Sep. 2024
Résolution spatiale
❑ La commande:
>> x3=imresize(imresize(x,1/2),2);
est équivalente aux deux commandes précédentes. L’image
formée est de taille 512×512, mais de résolution effective
256×256.
Commande Résolution effective
imresize( imresize(x,1/4),4); 128×128
imresize( imresize(x,1/8),8); 64×64
imresize( imresize(x,1/16),16); 32×32
imresize( imresize(x,1/32),32); 16×16
imresize( imresize(x,1/64),64); 8×8
MIDMS – Département GE – BABA 39 modifié : le 28 Sep. 2024
Résolution spatiale
a–b–c
d–e–f
a. rés. 8×8
b. rés. 16×16
c. rés. 32×32
d. rés. 64×64
e. rés. 128×128
f. rés. 256×256
[Link] avec
différentes
résolutions
spatiales
effectives de
taille 512×512
perte de netteté
détails moins
visibles/ moins
❑ Une commande améliorée (k = 64; 32; 16; 8; 4; 2 ): précis
>> imresize(imresize(x,1/k, 'bilinear'), k, 'nearest');
MIDMS – Département GE – BABA 40 modifié : le 28 Sep. 2024
Résolution spatiale
a–b–c
d–e–f
a. rés. 8×8
b. rés. 16×16
c. rés. 32×32
d. rés. 64×64
e. rés. 128×128
f. rés. 256×256
[Link] avec
différentes
résolutions
spatiales
effectives de
taille 512×512
Contours en
❑ Effets de l’échantillonnage : pixélisation marche
d’escalier
MIDMS – Département GE – BABA 41 modifié : le 28 Sep. 2024
Pré-traitement & Amélioration
MIDMS – Département GE – BABA 42 modifié : le 28 Sep. 2024
