OFFRE D’EMPLOI
Thèse de Doctorat : Comment les virus modifient-
ils le phénotype des plantes hôtes pour manipuler
le comportement de leurs pucerons vecteurs ?
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un
établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268
unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se
positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du
végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-
performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
L'unité de recherche Santé de la Vigne et Qualité du Vin (SVQV UMR-1131) étudie les relations entre les
plantes et leurs pathogènes fongiques et viraux ainsi que les interactions tripartites plantes/virus/vecteurs
afin de développer des solutions innovantes pour une agriculture plus respectueuse de l'environnement dans
le contexte du réchauffement climatique. Les recherches menées dans l'unité sont basées sur des expertises
complémentaires en pathologie végétale, entomologie, génétique, génomique et métabolomique. Vous
ferez partie de l'équipe Virologie Vection qui se concentre plus spécifiquement sur (i) sur l'identification des
facteurs impliqués dans la transmission du virus par différents vecteurs (e.g., pucerons, nématodes) et (ii) le
développement de stratégies de résistance aux virus.
VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS
Contexte scientifique
Avec l'interdiction des pesticides en Europe et l'émergence récurrente de résistances aux insecticides, la
fréquence des maladies virales transmises par les insectes dans les paysages agricoles augmente fortement.
Les virus des plantes, dont plus de 75 % sont transmis par des vecteurs, sont déjà responsables de dégâts
considérables en agriculture (~ un tiers des pertes), et leur impact est amené à augmenter en raison des
mesures sanitaires restrictives et du changement climatique global, qui favorisent la propagation des
insectes vecteurs. En outre, des études récentes ont montré que les virus peuvent manipuler le phénotype
de leurs plantes hôtes (odeurs, couleurs, métabolisme, etc.) et le comportement des vecteurs (préférence,
alimentation, dispersion, performances, etc.) en favorisant leur transmission, un mécanisme adaptatif
connu sous le nom de « manipulation de l'hôte et du vecteur par les virus des plantes » (Mauck &
Chesnais, 2020, doi : 10.1016/j.virusres.2020.197957). Certains des composants du virus responsables de
ces effets ont été identifiés, notamment dans notre laboratoire (e.g., Chesnais et al., 2021, doi :
10.1111/mpp.13069). A l'inverse, les déterminants cellulaires et moléculaires de la plante hôte infectée
responsables de la manipulation du vecteur sont encore inconnus. La compréhension de ce mécanisme de
« manipulation » pourrait contribuer au développement de nouvelles méthodes de contrôle basées sur le
blocage, ou l'inhibition, de la transmission des virus, en affectant le comportement des vecteurs.
L'objectif de la thèse est de comprendre les mécanismes qui sous-tendent les effets de manipulation de
virus sur le phénotype de leur plante hôte, Arabidopsis thaliana, et sur les réponses comportementales de
leur puceron vecteur, Myzus persicae. Deux virus aux modes de transmission différents ont été
sélectionnés, le virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV) et le virus de la jaunisse du navet (TuYV), car ils
sont responsables d’altérations phénotypiques et comportementales distinctes.
La thèse se déroulera en trois étapes :
1) Au moyen d’un outil de vidéo-phénotypage à haut débit, les réponses comportementales des pucerons
vecteurs (orientation, alimentation, dispersion…) seront caractérisées sur une collection d'accessions
naturelles d'A. thaliana saines et infectées.
2) Avec des collaborateurs en génétique, les données de phénotypage seront exploitées pour identifier des
loci fonctionnels (gènes ou régions génomiques) potentiellement impliqués dans les réponses
comportementales par « Genome-Wide Association Study » (GWAS).
3) Des travaux de validation fonctionnelle (e.g., analyse du comportement alimentaire via la technique
d’électro-pénétrographie, tests de choix, suivi de dispersion…) seront réalisés à partir de plantes chez
lesquelles l’expression du, ou des, gène(s) candidat(s) sera dérégulée. Pour cette dernière partie, le
candidat sera assisté par un(e) ingénieur(e) pour la création ou la caractérisation du matériel biologique.
Nous recherchons un étudiant motivé par l’étude des interactions plantes-insectes, et du comportement
des insectes vecteurs de virus. Ce sujet de thèse entièrement financé fait partie d'un projet ANR JCJC
« PHENOMANI » (début 2025). Le candidat sélectionné bénéficiera du soutien financier de ce projet (i.e.,
expérimentations, formations, conférences...). Le doctorant sera basé à Colmar, supervisé par Quentin
Chesnais (https://svqv.colmar.hub.inrae.fr/personnel/chesnais-quentin) et Véronique Brault
(https://svqv.colmar.hub.inrae.fr/personnel/braut-veronique).
LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS
Master/diplôme d'ingénieur
Formation requise : Master (ou diplôme équivalent) en écologie/évolution, entomologie, agronomie ou
virologie.
Connaissances requises :
- Connaissances de base sur les interactions plantes-insectes et la phytopathologie ;
- Intérêt pour l'étude du comportement des insectes à l'aide de nouveaux outils (vidéo-phénotypage) ;
- Expérience dans le traitement des données et l'utilisation d'outils d'analyse statistique (e.g., R) ;
- Une expérience des techniques de biologie moléculaire (RT-PCR, clonage, VIGS, etc.) serait un plus.
Le candidat réalisera des expériences de manière autonome dans des conditions de laboratoire contrôlées.
Le candidat doit être curieux, méticuleux et avoir de bonnes capacités de communication (en français et en
anglais) pour interagir efficacement avec les membres de l'équipe.
VOTRE QUALITE DE VIE À INRAE
En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :
jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
d'une restauration collective.
Modalités d’accueil Modalités pour postuler
Unité: UMR SVQV 1131 (Équipe Virologie et Veuillez fournir : (1) une lettre de motivation avec
Vection) un exposé des intérêts de recherche, des
Lieu de travail : Centre INRAE Grand Est-Colmar compétences et de l'expérience en rapport avec le
Type de contrat : Doctorat poste, (2) un CV, (3) les coordonnées d'une ou
Durée du contrat : 36 mois deux personnes de référence, et (4) des copies des
École Doctorale : ED 414 Université de Strasbourg diplômes et des relevés de notes.
Date d’entrée en fonction : Février-Mars 2025
Rémunération : 2200€ brut/mois Par e-mail :
[email protected] et
[email protected] Date limite pour postuler : 30 Novembre 2024
