Chapitre 3 : la nutrition bactérienne

Introduction :

La nutrition correspond à l’ensemble des facteurs qui permettent aux micro-organismes de

se nourrir à partir de l'environnement.
Cela comprend 2 grands domaines :
- les éléments nutritifs que la cellule trouve dans le milieu extérieur, avec 2 fonctions
majeures : fabriquer de la matière cellulaire (fabriquer enzymes, protéines…) et
fabriquer de l'énergie ( servira à la constitution de la cellule)
- Captation de la nourriture (éléments nutritifs) et transport de ces éléments à
l'intérieur de la cellule.
Le poids d’une bactérie est de 500 fg (fentogrammes 10^-15) pour un volume de 2
fentolitres.
Composition d’une bactérie :
- 50% de protéines (enzymes, protéines structurales) : C, H, O, N, S
- 25% d’ARN : C, H, O, N, P
- 20% autres molécules : lipides, glucides
- 5% d’ADN

I/ Les besoins élémentaires de la bactérie

Une bactérie doit trouver dans son environnement tous les éléments chimiques dont elle est
constituée et ceux en quantité et en qualité. Une bactérie est majoritairement composée de
6 éléments chimiques : les macroéléments (C,H,O,N,P,S) pour fabriquer les
macromolécules.
Un deuxième groupes est également toujours présents, indispensable et en quantité
importante (g/L) : les microéléments (ions Na+, Cl-, K+, Mg++, Ca++) qui sont des sels
minéraux et qui permettent le respect de l’isotonicité dans son environnement par rapport au
milieu extérieur et qui permettent aussi la stabilité des macromolécules ( ADN, LPS).
La dernière catégorie d’éléments indispensables sont les oligoéléments, en très faibles
concentration ( mg/L, µg/L). Tous les oligoéléments sont des métaux ce qui permet de le
repérer plus rapidement ( Cobalte, Aluminium, Manganèse, Chrome, Nickel…). Leurs rôles
est d’être des co-facteurs de l’activité enzymatiques, ils sont donc indispensables au
fonctionnement des enzymes.

La source d'énergie :

Les bactéries peuvent utiliser 2 sources d’énergies :

- Si la bactérie dégrade une molécule, elle oxyde une molécule, on dira qu’elle est
CHIMIOTROPHE. Elle à un comportement de dégradation chimique des substrats.
Une bactérie chimiotrophe peut avoir 2 comportement :
* la molécule oxydée est organique ( C et H) : on dira que la bactérie est
chimio [Link] famille regroupe toutes les bactéries pathogènes et
commensales( que l’on héberge). La bactérie pourra utiliser le substrat de 2 façons :
( dénaturé enzymes extrait les protons et électrons de la molécule).
 1) Si les électrons et protons sont pris en charge par une série de
transporteur (chaîne respiratoire qui va permettre la libération d’énergie sous
forme d’ATP) jusqu’à un accepteur final, la bactérie chimioorganotrophe est
capable de respirer. L’oxygène n'apparaît pas dans la définition de la
respiration.
Rappel:
Equation de la respiration en présence d’oxygène: 6H2O + 6CO2 -----> C6H12O6 + 6O2

2) Si la bactérie ne possède pas de série de transporteur d'électrons

et de protons, elle fermente. Ce qui veut dire que les protons et
neutrons sont arrachés et ils vont être pris en charge par une molécule
organique. De l’énergie est créé au moment de l’arrachement.
Exemple : acide lactique

* La molécule oxydée est minérale : on dira que la bactérie est chimio

lithotrophe. Cette famille regroupe les bactéries du sol et de l’eau. Exemple : le thiobacillus
H2S + 2O2 → H2SO4 + E.

La source de Carbone : (type trophique)

Une bactérie capable de se développer dans un milieu qui ne contient qu’une source de
carbone inorganique (minéral) est dite AUTOTROPHE. La source majeure de carbone
minéral est le CO2. La plupart des bactéries autotrophes seront des bactéries
photosynthétiques ou des chimiolithotrophes.
Si le microorganisme n’est pas capable de se développer à partir de carbone minéral, il
devra utiliser du carbone organique, on dit alors qu’il est HÉTÉROTROPHE.

La source d’Azote :

L’azote représente 10% du poids sec d’une bactérie, et il sert à fabriquer des protéines qui
serviront aux enzymes et aux protéines de transport.
Dans les milieux de cultures : on peut apporter aux bactéries de l’azote sous forme
organique avec les peptones (hydrolysat de protéines) ou sous forme minérale avec les ions
ammonium NH4+Cl-. Pour peu de bactérie mais tous les champignons , on peut aussi ajouter
un apports azotés sous la forme de nitrates et de nitrites NO2- NO3.
RQ: L’azote moléculaire n’est pas assimilable par les bactéries ni par les champignons sauf
dans certains cas de figures qu’on appelle des associations symbiotique (ex: rhizobium et
végétal légumineuse)

La source de soufre et de phosphate :

Soufre : sert essentiellement à établir les ponts disulfures dans les protéines et pour
fabriques des acides aminés soufrés. Il seront créés grâce à des acides aminés qui
contiennent du soufre. Le soufre peut être apportés par des matières organiques mais en
même temps on ne maîtrise pas la composition donc souvent on ajoute le soufre sous la
forme de sulfate SO42- .
Phosphates : il est indispensables pour la structure de l’ADN (tous les nucléotides). Ce
phosphate est apporté sous la forme minérale PO42- complexé avec une molécule.

Remarque: On peut parfois trouvé une association de 2 molécules bi-phosphatés (K2HPO4,

KH2PO4) à 10g/L. Le rôle majeur de ce composé est de faire un système tampon pour
empêcher la dérive du pH. C’est le métabolisme fermentaire des bactéries par rapport aux
sucres qui peut entraîner une acidification du milieu qui nécessiterait la présence du tampon.

II/ Les besoins spécifiques des bactéries

Exercice Etude des besoins nutritifs des bactéries

Partie 1 :
1- Les éléments apportés par le milieu A sont couvrent les besoins élémentaires de la
bactérie : macroéléments (CHONPS), oligoéléments, microéléments (sels minéraux qui
participent à l’isotonicité : Mg, Ca…).

2- Les éléments apportés par le milieu B sont tous les éléments du milieu A que l’on vient de
définir plus du carbone organiques pour la source de Glucose.
3- Dans le milieu A, il n’y a pas de Carbone, on peut donc en déduire qu’elle utilise le gaz
carboniques contenu dans l’air pour sa propre croissance.

4- E coli pousse dans le milieu B donc besoin de carbone organique et est donc
hétérotrophe.

Partie 2 :

La souche 1 est capable de pousser sur le milieu B et donc tous les autres milieux. Elle
trouve donc dans le milieu B tous les éléments qui lui sont nécessaires à son
développement et sa croissance.
La souche 2 ne pousse pas sur le milieu B donc les éléments apportés par ce milieu n’est
pas suffisant pour satisfaire les besoins de la bactéries. Cependant elle est capable de se
développer sur le milieu C donc la bactérie à besoins de trouver de la vitamine [Link] dira
dans ce cas que la bactérie est AUXOTROPHE vis-à-vis de la vitamine B12. son milieu sous
entendu qu’elle n’est pas capable de la fabriquer à partir des éléments présents.

La souche 3 à besoin de trouver de la Thiamine.

Facteurs de croissances

Nature et fonction :

Un métabolite essentiel est une molécule organique indispensable à la vie cellulaire et qui
ne peut pas être utilisée comme substrat énergétique. Les sucres, les protéines, les lipides
ne peuvent pas être des métabolites essentiels. Il ne peut s’agir que d’une base azotée, une
vitamine ou d’un acide aminés. Une bactérie qui ne sait pas fabriquer un métabolite
essentiel est dite AUXOTROPHE vis-à-vis de ce métabolite essentiel. Le métabolite
essentiel va prendre un autre nom qui est facteur de croissance.
Ces facteurs de croissance sont nécessaire en faible quantité (mg,µg).
Une bactérie qui n’as pas de besoins spécifiques signifie que les apports nutritionnelle
présent dans le milieu de culture assure la croissance de la bactérie la bactérie est donc dite
prototrophe = elle na pas besoin d’élément nutritif, une bactérie PROTOTROPHE poussera
sur un milieu simple qu’on appelle parfois un milieu minimum.

Application des facteurs de croissance

[feuille Dosage microbiologique d’un facteur de croissance]

Principe du dosage :
1- auxotrophe ( aa, vitamine, bases azotées, AUXOTROPHE)
2- préparer milieu sans facteur de croissance
3- Dilution de la vitamine B12
Techniques :
Trouble proportionnelle au facteur de croissance doser
phase 1 → La concentration en B12 n’est pas suffisante pour la croissance bactérienne
phase 2 → proportionnalité entre l’Absorbance mesuré et la concentration en facteur de
croissance à doser, facteur de croissance est appelé facteur limitant de croissance.
Phase 3 → on a beau augmenter la concentration en facteur de croissance l’absorbance
n’augmente plus, c’est un autre élément nutritif qui est devenue le facteur limitant de la
croissance.

Remarque :
La syntrophie est une relation entre deux micro-organismes ou les exigences nutritionnelles
de l’un des deux est comblé par la présence du deuxième.
Exemple : Staphylococcus aureus / Haemophilus influenza.
SA n’as pas de besoins nutritionnel spécifique, sur un milieu minimum (sans facteur
de croissance) on obtiendra des colonies.
Si on ensemence HI sur un milieu minimum il n’y a pas de croissance car il ne sait
pas fabriquer une coenzyme nommée le NAD-.
Si on ensemence les deux sur un milieu minimum, SA va se développer en grosse
colonie et HI va se développer en colonie seulement autour de SA et en petite quantité, on
parle alors de colonies satellites.

III/ Les milieux de cultures

Un milieu de culture est une préparation au sein de laquelle un microorganismes pourra se

développer. Il devra satisfaire à différentes conditions : couvrir les besoins élémentaires des
microorganismes (macro-éléments, micro-éléments et oligo-éléments), si la bactérie est
exigeante il doit également couvrir les besoins spécifiques, être isotonique (NaCl 9g/L), et
avoir un pH optimal pour la bactérie ( souvent un pH proche de 7).
En fonction de leurs compositions, on distingue différentes catégories de milieu de culture.

Les milieux synthétiques :

C’est un milieu dont on connais parfaitement la composition tant au niveau qualitatif que
quantitatif. Ce sont des milieux assez peu utilisés au labo en raison de leurs coûts, ils sont
plutôt réservés aux dosages microbiologiques ou à certaines manipulation spécifiques.

Les milieux empiriques :

C’est un milieu dont on ne connaît pas parfaitement la composition que ca soit au niveau
qualitatif ou quantitatif ( ils font partis des milieux dits complexes ou milieux semi-définis).
Dans ces milieux on va trouver des substances dites complexes comme les extraits de
viandes, les extraits de levure et les peptones.
L’extrait de viande correspond à de la viande de boeuf broyées, infusées et séchées. On
retrouve donc dedans tous les composants natifs qui étaient présents initialement dans la
viande ( glucides, aa et peptides, sels minéraux…). Leur rôle est une source de facteurs de
croissance.
L’extrait de levure correspond à une culture de levure ; on les faits pousser, centrifuger,
sécher et chauffer pour la faire éclater afin de recueillir l’extrait de levures. On retrouve
dedans des glucides... Leur rôle est une source de facteurs de croissance.
Les peptones sont des protéines diverses (caséine, soja) sur lesquelles ont fait agir des
enzymes protéolytiques diverses (pepsine, trypsine, papaine) afin de fournir des peptides et
des aa. Le rôle d’une peptone est d’être la source majeure d’azote organique et une source
de facteurs de croissances seulement avec les aa.

Rq: On a parfois des hydrolysats chimique dans les milieux de culture, dans ce cas ce n’est
pas une hydrolyse d’une protéine enzymatique mais il s’agit d’une hydrolyse d’une protéine
avec de l’acide chlorhydrique. Le résultat est le même (aa + peptides).

Remarque 1 : Si on veut solidifier le milieu on ajoute de l’agar qui est un polymère de sucre
non dégradés par les bactéries. Sa caractéristiques est d’être liquide à 100°C et pour la
conserver liquide elle doit être 56°C, il se solidifie aux alentours de 45°C.

Remarque 2 : les oligo éléments ne sont pas forcements ajouté à la gélose, on estime qu’il
reste des oligoéléments à l’état de trace dans la verrerie utilisée.

Remarque 3 : Certains milieux de cultures sont enrichis avec des extraits biologiques (sang,
cerveau, foie…)

Les milieux sélectifs :

Ces milieux sélectifs sont des milieux qui vont permettre la croissance de la bactérie
recherchée en ralentissant ou en inhibant la croissance des autres bactéries. Cela signifie
qu’à partir d’une gélose nutritive, on ajoute une ou plusieurs molécules appelée agents
sélectifs ( NaCl à 30g/L, antibio, sels biliaires, colorants comme le crystal violet). L’agent
sélectif ajouté va avoir un impact sur la bactérie recherchée.

Application au laboratoire :

L’auxanogramme du Carbone est utilisé pour identifier les bactéries ou les levures en macro
et en micro méthode. Un auxanogramme correspond à un profil d’assimilation des sucres ou
l’on cherche à déterminer les sucres que le microorganismes est capable d’utiliser pour sa
croissance ( pousse : trouble, pousse pas : limpide).
Le milieu de culture doit contenir tous les éléments nécessaire à la croissance du
microorganisme étudié à l'exception de tout substrat carboné énergétique.

IV/ Recherche de la nourriture

Dans la recherche de la nourriture vont intervenir le chimiotactisme de la cellule et le

transport des nutriments.
Le ptg n’offre pas de résistance au passage des nutriments. Les bactéries Gram- avec leur
membrane externe vont avoir besoin de protéines de transport pour faire entrer les
molécules assez grosses ou hydrophiles, elle vont pouvoir entrer grâce aux Omp. Les
petites molécules et les molécules hydrophobes traverse librement la membrane externe.
(On remarque que les protéines ou les macromolécules de sucre comme l’amidon ou la
cellulose ne peuvent pas entrer dans une bactérie.) Parvenus à la membrane plasmique,
certaines molécules vont pouvoir diffuser librement (petites molécules hydrophobes et toutes
petites molécules). D'autres molécules vont pouvoir diffuser grâce à des protéines de
transport, on parle de diffusion facilité. Une dernière catégorie de molécules ne pourra
traverser la membrane plasmique qu’en empruntant un transporteur spécifique et en
consommant de l’énergie : transport actif. L'intérêt du transport actif est de concentrer les
éléments nutritifs.

CHAPITRE 4 : LES TRANSPORTS

[voir cours biocell]

Il y a deux types de transports :
les transport passif = diffusion
transport actif

A. Diffusion

Dans une diffusion le soluté ne peux traverser la membrane que a partir du

compartiment le plus concentré cette diffusion ne nécessite pas d’énergie on
parlera de diffusion libre si le soluté traverse librement la membrane c’est à dire qu’il
n’y a pas de transporteur c’est le cas de toute petite molécule : O 2 CO 2 H 2 O , molécule
apolaire : glycérol, urée. Si la diffusion n’est pas libre on parle alors de diffusion
facilité ou ici on fait intervenir une prot transporteurs.

B. Les transports actifs

Transport qui nécessite de l’énergie mais également la présence d’une prot qui
servira de transporter, le passage du nutriment pourra se faire contre le gradient de
concentration ce qui permettra d’avoir dans la cellule des éléments nutritif qui sont
plus concentré à l’extérieur donc de les accumuler. On va distinguer deux types de
transports actif :
- Transport actif primaire [schéma moi 1]
- Transport actif dit secondaire : le transport du nutriment est couplé à la
diffusion d’un ion que l’on appellera un ion moteur et c’est cette ion moteur qui
apporte l’énergie on parle de co-transport [document 3: les transports actifs
secondaires] c’est la diffusion du proton qui va permettre le passage du soluté.
Il y a deux types de transport : quand le soluté et l’ion moteur vont dans le
même sens : SYMPORT et quand l’ion moteur et le soluté vont dans le sens
contraire : ANTIPORT

Tous les mécanismes de transports existes chez les procaryotes et chez les
eucaryotes.
Chez les procaryotes il existe d’autres mécanismes de transports comme par
exemple le système PTS de la PHOSPHOTRANSFÉRASE [document 4]
Le système PTS est un système de transport actif qu’on rencontre chez [Link] pour le
transport du glucose. Ce transport actif offre comme intérêt d’économiser de
l’énergie.
Dans le système PTS l’énergie ne vient pas de l’hydrolyse de l’ATP mais viens d’une
autre molécule qui est très importante PEP PhosphoEnolPyruvate, il va donner une
autre molécule le Pyruvate il va perdre son groupement phosphate qui va être donné
à une prot, le groupement phosphate va être pris en charge par une série d’enzyme
jusqu’à une dernière enzyme qui est l’enzyme IIC qui est le transporteur. Le glucose
va rentrer quand le transporteur va recevoir le groupement phosphate, le glucose
une fois passer dans le transporteur va se transformer en Glucose 6 Phosphate.

CHAPITRE 5 : CROISSANCE BACTÉRIENNE

I. PRINCIPE

Lorsqu’on encemence une bactérie dans un milieu qui est adapté à sa croissance le
nombre de bactérie va augmenter puisque les cellule bactérienne vont se diviser en
deux cellule filles → développement par scissiparité. C’est ce qui traduira que la
croissance bactérienne est illustré par l’augmentation du nombre d’individus. Le temps
nécessaire pour qu’un bactérie se divise en deux cellule c’est ce qu’on appellera le
temps de génération (exemple : 30min [Link] ou Salmonelle - 11,12min pour Vibrio -
24heures Mycobacterium) croissance exponentielle.
Sur un milieu solide la croissance bactérienne va se manifester par l'apparition de
colonie ou plutôt de clone a l’intérieur desquelles toutes les cellules sont identiques
puisque nous avons la même cellule mère.
RQ : Une colonie viens d’une UFC et non d’une bactérie
[document 1: Division d’une bactérie par scissiparité]
Le seul test qui nous permet de différencier les différente bactérie est l’isolement.
Temps de génération = temps nécessaire pour qu’une bactérie en donne deux G
[document 2 : quelque exemple de temps de génération ]
Pour les levures le temps de génération est plus long que les bactéries puisque ce
sont des eucaryotes, environ 2 heures pour avoir une colonie 48h. Pour les
moisissures pour une colonie il faut 5 jours.
Parallèlement à l’augmentation du nombre de bactérie, on va constater un
appauvrissement du milieu en élément nutritif et une augmentation de la concentration
en déchet c’est ce qui fait que l’on dit que la croissance est autolimitée. Croissance en
milieu non renouvelé = on ne rajoute pas d’élément nutritif et on enlève pas de déchet
on appelle aussi ça une croissance discontinue ou encore une croissance en BATCH.
RQ: il existe d’autres types de croissance que la croissance en BATCH par exemple
une croissance semi-alimenté= FED BATCH, on y ajoute un peux d’élément nutritif, ou
encore une croissance renouvelée = la croissance continue, on renouvelle
entièrement le milieu de culture donc la croissance est infinie

II. COURBE DE CROISSANCE EN MILIEU NON RENOUVELÉ

Pour estimer une croissance bactérienne on va suivre l’évolution du nombre de

bactérie en fonction du temps. Nombre de bactéries/mL = f(t) pour estimer la
croissance bactérienne ou microbienne on peut dénombrer les colonies qui se trouve
sur une boîte N=f(t). On peut également compter ces cellule avec une cellule de
Malassez. On peut mesurer l’absorbance de notre suspension cellulaire c’est à dire
plus le milieu est trouble plus la densité optique sera élevé A=f(t). A= k.c.l
on peut aussi suivre l’évolution du nombre de cellule mais par leurs poids X=f(t) X=g/L
Quelque soit l’outils utilisé on arrive à une courbe de croissance [document 3a :
Courbe de croissance : X= f(t) ] on part d’un inoculum avec une C connue, en utilisant
la représentation semi Logarithmique (Ln) on aura toutes les valeurs sur l'axe des
ordonnés.

1. Les différentes phases de la croissance

[document 3b: courbe de croissance Ln X = f(t)]

a→ phase de latence : pendant cette phase le nombre de bactérie n’augment

pas cette phase n’étant pas productive on va cherche à l'écourter le plus possible,
pour réduire cette phase il faut travailler avec un inoculum suffisamment important il
faut que le volume de l’inoculum corresponde à 5 à 10 % du volume de milieu de
culture, la phase de latence est essentiellement lié à la sensibilisation de la méthode,
pour réduire cette phase de latence il faut que la bactérie soit assez jeune pour que
les bactéries soit dans un état physiologique compatible avec la croissance (environ
14-18 heures = souches jeunes), il faut que la bactérie se soit développée dans le
même milieu qui est identique à celui utilisé pour la croissance pour éviter le temps
d’adaptation enzymatique qui correspondrait au temps nécessaire pour que la bactérie
fabrique de nouvelle enzyme lui permettant la dégradation de nouveau substrat.

b→ phase de transition = phase d’accélération c’est simplement le moment ou

on constate une augmentation du nombre de bactérie mais cette augmentation n’est
pas encore maximal

c→ la phase exponentielle de croissance : dans cette phase toutes les

bactéries se multiplient à la même vitesse et l’accroissement de la biomasse par unité
de temps est constant, représenté par une droite qui nous permettra de déterminer les
deux paramètre majeur : QXexpo= Vitesse spécifique de croissance et G = temps de
génération ; cette phase exponentielle est assez brève environ 4 5 heures et c’est
pendant cette phase qu’un certains nombre de métabolite (molécule) intéressante
pour nous vont être fabriqué comme les enzymes, les aa, des vitamines certains
acides... c’est ce qu’on appelle des métabolites primaires

d→ phase de transition, on constante que la croissance ralentit donc phase de

ralentissement de la croissance il y a toujours une augmentation de la biomasse mais
plus exponentielle, la croissance est ralentie en raison de la diminution d’élément
nutritif ou encore augmentation de déchet

e→ phase stationnaire, plus d’augmentation du nombre de bactérie, car plus

assez d’élément nutritif et ou trop de déchets toxiques, cette phase est parfois
l’objectif de notre croissance puisque c’est pendant la phase stationnaire que vont être
fabriqué des métabolites secondaires comme les ATB, les toxines…

RQ= phase de déclin après la phase stationnaire c’est à dire moins de bactérie qui est
due à l’autolyse des bactéries

2. Paramètre mathématique

La vitesse spécifique de croissance que l’on appelle également le taux népériens de

croissance, la multiplication des cellules ce traduit par une augmentation du nombre
en fonction du temps c’est ce que va appeler la Vitesse volumique de croissance =
dX/dt avec X = g/L

La vitesse de multiplication cellulaire traduit une augmentation du nombre de cellule,

lorsque cette augmentation est constante on peut écrire dX/dt = k.X è dX/X = [Link]
[voir petit truc en bas du document 3b ] cette constante petit k est le coef directeur
de la droite qui correspond à la phase exponentielle de croissance que l’on appellera
dans ce cas la k = Qxexpo

Pour déterminer

Le temps de génération, G, correspond au temps de doublement de la population

donc temps nécessaire pour que la pop soit multiplier par deux. X1 ---> 2X1 = X2 la
flèche correspond à G= t2 - t1 [derrière document 3a et 3b]

Pour déterminer G = Ln 2 / Qxexpo (en h)

III. COURBE DE CROISSANCE PARTICULIÈRE : LA
CROISSANCE DIAUXIQUE

Certaines bactéries placées dans des conditions particulière (présence de 2

substrats carbonés énergétiques) vont pouvoir d’adapter leur métabolisme par
rapport à la présence de ces deux substrats.

On prendra l’exemple d’Escherichia coli sur un milieu nutritif contenant du glucose et

du lactose. A intervalle de temps régulier on prélève un certain volume sur lequel on
fait un dénombrement. On peut donc tracer une courbe de croissance “à étage” avec
:

1. Phase de latence
2. Phase de transition
3. Phase exponentielle de croissance
4. Phase de ralentissement
5. Phase stationnaire

Si on analyse la composition du milieu de culture au fil du temps, on constate que

sur la première courbe de croissance (jusqu'en phase 4) seul le glucose est utilisé.
La concentration en lactose reste constante. La bactérie rentre en phase stationnaire
(5) car elle a utilisée tout le glucose présent et il n’y en a plus assez pour permettre a
la bactérie de se multiplier. si on continue à analyser la composition du milieu plus
tard, on constate une diminution de la concentration en lactose. La bactérie utilise
donc du lactose. La phase 5 est non seulement une phase stationnaire mais aussi
une phase de latence (adaptation enzymatique).

6. Phase d’accélération
7. Deuxième phase exponentielle
8. Phase de ralentissement
9. Phase stationnaire
Lactose → (B-galactosidase sur la flèche) Glucose + Galactose ⇒ Glycolyse ATP

Les enzymes qui sont impliqués dans la dégradation du glucose sont constitutives
ce qui signifient que ces enzymes sont toujours fabriqués quelque soit sont état
physiologique. Au contraire les enzymes impliqués dans l’utilisation du lactose ne
sont pas toujours dans la bactérie, elles ne seront fabriqués que si le substrats est
présents ces enzymes sont dites inductibles. Si le lactose n’est pas utilisé pendant la
première courbe de croissance (phase 3) quand il y a encore du glucose c’est parce
que le glucose exerce une répression catabolique sur la fabrication des enzymes
nécessaire à la fabrication du glucose. La cible du glucose : ADN pour empêcher
l’expression des gènes.

IV. FACTEUR PHYSICO-CHIMIQUE

La vitesse spécifique de croissance, va être soumise à plusieurs action

environnement la température le pH l’atmosphère de culture et la disponibilité en
eau.

1. L'oxygène

On va déterminer les types respiratoires, dans un milieu Viande Foie semi-solide (on
veut créer un gradient d’oxygène pour ceci la gélose permet de bloquer l’oxygène,
dans un tube très fin, la gélose est régénérer pour chasser les gazs dissous on
encemence de facons particuliaire pour ne pas faire de bulle, on dévisse le bouchon
pour laisser entrer l’air ).
Si la souche ne pousse que en haut du tube la souche est dite aérobie strict
l’Oxygène est indispensable à sa croissance; si elle ne pousse que dans le fond du
tube la bactérie est dite anaérobie stricte l’oxygène est mortel pour la bactérie; si la
souche pousse sur toute la hauteur du tube la bactérie est dite aéro-anaérobie
facultatif. On ne sais pas différencier une bactérie aaf d’une bactérie
anaérobie-aérotolérante. Les bactéries microaérophile ont besoin d’oxygène mais
l’oxygène doit être à une pression inférieur à celle du haut du tube (elle pousse à
1cm en dessous du haut du coucou tube ). [document 4a ].

Les bactéries anaérobie stricte : [document 4b ].

O2 → O2-- = super oxyde ----> (sur flèche super oxyde dismutase) H2O2 → (sur flèche catalase
/ peroxydase ) H2O + 0.5 O2

Une bactérie A.S. n’à pas l’enzyme donc est tué par l’oxygène.

2. La température

Pour une bactérie donner si on suit ça croissance en fonction de sa température on

obtiendra une courbe de Gauss, on distingue plusieurs partie :

1. pas de croissance car en basse température les enzymes ne peuvent pas

fonctionner et car les membranes sont figé
2. si la température augmente on observe une croissance bactérienne jusqu’à
une valeur max QXmax = température optimal de croissance
 3. si on continue d’augmenter la température le enzymes sont détruites avec les
membrannes

Pour chaque espèce bactérienne il existe une température optimal de croissance,

- Si la bactérie à une température optimal de croissance entre 20 et 40° elle est

dite mésophile c’est dans ce groupe qu’on trouvera les pathogènes = 30°
- Si la bactérie à une température optimal supérieur à 45° on dit bactérie
Thermophile
- Si la bactérie à une température optimal inférieur à 10 15° elle est dire
Psychrophile
- Les bactéries psychrotrophes : qui sont des bactéries mésophile susceptible
de se développer à basse température 6-8° lentement mais elle y arrive la
petite

3. Le pH

À une incidence sur la croissance bactérienne car il influe sur la disponibilité en

nutriment il va avoir aussi une influence sur les transporteurs.

La plupart des bactéries demande un pH proche de la neutralité. Ces bactéries qui

exigent un pH neutre on peut les appelés neutrophiles. Les bactéries supportent
généralement des assez grandes variations de pH.

On va trouver des bactéries ayant des préférences pour les pH acides (à partir de
pH = 6), appelés bactéries acidophiles. Les mycètes sont également dans ce cas
là.
On trouve quelques bactéries qui préfèrent les pH alcalin (8-8,5), on les appelle
basophiles.

Remarque : Pour empêcher la dérive du pH notamment par acidification lors de la

fermentation des sucres au fil de la croissance, on utilise des substances tampon qui
permet au pH de na pas varier et d’être optimal. La dégradation des protéines peut
provoquer une alcalinisation (plutôt rare).

4. L’activité de l’eau

L’eau est indispensable à la croissance des micro-organismes car elle va intervenir

en tant que solvant et dans les réactions d’hydrolyses.

La présence d’eau dans un milieu ne garantis pas sa disponibilité pour le

µorganisme. Si le milieu de culture est très riche en sel et en sucre, le milieu
extérieur sera hypertonique, l’eau n’est donc pas disponible pour la cellule.

Le paramètre qui reflète la disponibilité de l’eau dans le milieu est l’activité de l’eau
appelé AW (avec 0<AW<1). 1 étant de l’activité de l’eau pure et 0 l’absence de
l’activité de l’eau.

Ex: Les confitures : on réduit la valeur de l’Aw (riche en sucre), meilleure

conservation.

Il existe quelques germes susceptibles de se développer sur des milieux secs, on les
appelles xérophiles.

V. TECHNIQUES D’ESTIMATION DE LA CROISSANCE

Cf document cours

2.2 Techniques spectrophotométrique

Absorbance mesurée cuve essai ( 𝛌= 650nm) = 0,9

Absorbance mesurée cuve essai diluée au ½ = 0,5
Absorbance corrigée cuve essai = 0,5x2 = 1
⇨ On prend pas l’absorbance mesurée diluée pour les calculs.

Qxexpo= (Ln Abs2 - Ln Abs1)/(t2 - t1)

[Link] : LA CONSERVATION DES CELLULES

Si on souhaite conserver des cellules quelques jours, on peut les conserver au réfrigérateur,
les bactéries ne vont plus proliférer. On ne peut cependant pas dépasser 1 semaines à 15
jours car il y aurait dégradation des cellules ou mort.
Si on veut garder les cellules plus longtemps, on congèle les bactéries, mais cette
congélation peut tuer les cellules. Pour palier a ce problème il faut les congeler en présence
d’un cryoprotecteur (ou cryoconservateur) : DMSO ou Glycérol.
La meilleure méthode pour conserver des cellules est la lyophilisation qui est une
congélation sous vide (sublimation). On peut ainsi les conserver à température ambiante.

CONTROLE DU 11/02
NUTRITION
CHAPITRE 5
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CHAPITRE 6 : LES MICROMYCÈTES

Les champignons sont des organismes eucaryotes (procaryotes:bactéries, arché) non

photosynthétiques (cellules végétales), entourés d’une paroi et toujours immobiles.
Les micromycètes sont des champignons microscopique dans lesquels on trouve 2 groupes
: les moisissures (champignons filamenteux) et levures (champignons existant
majoritairement sous la forme unicellulaires).
La paroi : 20% du poids sec de la cellule, composé important, donne sa forme à la cellule et
sa rigidité
Composé a 80% de polysaccharides, 20% de protéines
On trouve plusieurs molécules dans cette paroi :
- Glycane : différentes couche de sucres qui donne sa forme à la cellule et sa rigidité
- Glycoprotéines: présente dans la couche externe de la paroi, joue le role d’AG
pariétaux et intervient dans l’agglutination sexuelle
- Chitine: intervient dans la rigidité de la paroi, chez la levure sert à cicatriser le
bourgeonnement

Membrane: membrane typique des eucaryotes

Espace périplasmique : situé entre deux enveloppes, contient des enzymes ( enzymes
navette) qui assurent les échanges entre milieu extra et intracel. C
ex : la glucanase qui est impliquée dans le renouvellement de la paroi en cours de
croissance et lors du bourgeonnement

Thalle chez levure : taille variable 5 à 10 microm, sphérique ou ovoide

Se reproduit par scissiparité ou bourgeonnement
Thalle filamenteux chez champi filamenteux : spore s’hydrate, gonfle et produits des hyphes
Ensemble d’hyphes = mycélium puis colonie fongique

Hyphe : paroi cellulaire externe, membrane plasmique, espace interne

- hyphe non cloisonnés : pas de cloisons transversales, on parle d’hyphes
coenocytique (Mucor)
- hyphe cloisonnés : cloisons transversales appelés septums constituées de chitine.

Les champignons se multiplient et se disséminent sous forme de spores. On distingue:

- la reproduction asexuée au cours de laquelle a lieu une différenciation des formes

végétatives,

- la reproduction sexuée.

2.1. Les spores asexuées

sporangiospores: elles sont formées par un sporange

les spores internes de porté par l'extrémité renflée d'un sporangiophore
néoformation: elles sont (=columelle).
élaborées par un filament
spécialisé qui les libère une à
phialospores: elles les phialospores peuvent être
une ou toutes ensemble.
sont formées dans éliminées une à une sous forme
une vésicule de spores mononucléées, de
fusiforme, à base plus petite taille, appelées
ou moins renflée, la microconidies.
phialide.

la phialide peut se cloisonner

pour former une seule unité
plurinucléée, appelée
macroconidie (souvent en
fuseau).

conidiocytospores: elles sont formées dans des

conidiocystes portés par les conidiophores et libérées au
fur et à mesure de leur formation.
 les spores externes de
néoformation: ce sont des
conidiospores (=aleuries) qui
se développent sur un appareil
sporifère issu du
bourgeonnement d'un filament
(l'appareil sporifère est relié au
filament par un pédicule: le
conidiophore) et qui restent
attachées à l'hyphe. Ces
spores externes jouent le
double rôle de spores de
conservation et de
propagation.

les spores de arthrospores: elles se forment par fragmentation des

transformation: elles résultent filaments mycéliens cloisonnés. Chaque fragment est
de la modification de certains d'abord rectangulaire puis s'arrondit. Les arthrospores
filaments et ne sont libérées peuvent conserver une disposition en chaînette, sorte de
que lors de leur désintégration. fantôme de filament.

blastospores: elles sont formées par bourgeonnement

d'une levure. Le bourgeon peut se détacher et
bourgeonner à son tour. Il peut aussi rester attaché à la
cellule mère.

chlamydospores: elles naissent du gonflement d'un

filament mycélien ou pseudo-mycélien. Elles sont
entourées d'une paroi épaisse et contiennent
d'abondantes réserves nutritives. Elles constituent des
formes de résistance pour la conservation de l'espèce.

2.2. Les spores sexuées

Elles résultent de la fusion d'un élément mâle et d'un élément femelle qui donne
naissance à un zygote. Par divisions successives, il produit une série de spores
unicellulaires appelées oospores ou zygospores.

● Si le développement ultérieur se fait à l'intérieur de l'œuf: celui-ci prend le nom

d'asque et les endospores sont appelées ascospores.
 ● Si les spores sortent de l'œuf mais y restent attachées par des petits "tubes" (=
stérigmates): l'œuf porte le nom de baside et les spores sont appelées
basidiospores.

Scéma figure 12

Etape 1 : fusion de 2 cellules située sur des hyphes differents, le milieu exterieur est devenu
defavorable. Avant d’obtenir cette fusion, les deux hyphes emettent des phéromones, on
observe des excroissance, appelés progametanges.
Des cellules avec plusieurs noyaux fusionnent, pour donner des gamétanges

Après la plasmogamie, le zygosporange s’entoure de membranes supplemenetaire de facon

a assurer une resistance a cette structure face aux milieux exteieurs.
Il y a ensuite fusion des noyaux lors de la caryogamie (un noyau + fusionne avec un noyau
-). On passe de n noyaux à 2n noyaux. Ensuite tout les noyaux sont dégénerer (mourrir)
sauf 1 qui pourra par la suite germer et redonner naissance a un sporange. Le sporange à
maturité va eclater, les sopre vont se liberer, et donne un nouveau cycle de reproduction.

Schéma Figure 14 : en DS sur experience de mutagénèse

1- Emission de phéromones qui modifie la forme de la levure qui prend la forme d’une poire,
fusion de 2 cellules (plasmogamie puis caryogamie) puis cellules diploide avec 2n
chromosomes. Si cette cellule est en condition favorable, elle se multiplie par
bourgeonnement. Ce cycle continue jusqua epuisement des milieux.
Formation d’un asques ( cellules avec 4 cellules (2a et 2alpha)). on est a 4n chromosomes.

Chapitre 7 : Le métabolisme
Introduction

Le métabolisme correspond à l’ensemble des réactions biochimiques qui se déroule dans

une cellule. On distingue 2 partie dans le métabolisme :
- Le Catabolisme : dégradation de grosses molécules en molécule plus petite, avec la
plupart du temps libération d’énergie. Les petites molécules qui viennent de cette
réaction vont servir pour la fabrication des molécules nécessaire à la vie de cette
cellule. Parmi les réactions on peut avoir la dégradation des lipides (Boxydation), la
dégradation des protéines (Catabolisme protéique, pour récupérer des acides
aminés qui vont servir à fabriquer nos propres protéines), la dégradation des sucres
(glycolyse)
- L’anabolisme : réaction de biosynthèse, càd la fabrication de molécules plus
complexes avec consommation d'énergie. C’est le cas de la synthèse des protéines.

Toutes ces voies du métabolisme sont rassemblées en unitées appelées Voies Métaboliques
et ces voies sont régulées entre elles de façon à assurer une coordination de l’ensemble.
Pour se maintenir en vie une cellule doit continuellement travailler et donc fabriquer de
l’énergie. Cette énergie sert à la mobilité bactériennes, à faire fonctionner les transporteurs
et pour les réactions de biosynthèse.

Transfert d’énergie :
ADP + P
Production d’énergie :
photosynthèse, Energie => Travail
oxydation des molécules
ATP
I. Mécanisme de synthèse de l’ATP
A) Structure et rôles
L’ATP est composé :
- une base azotée (Adénine)
- un sucre (Ribose)
- 3 groupements phosphates

La particularité de l’ATP est que la 3eme liaison du groupement phosphates symbolisé par ,
représente la présence d’énergie. Lorsque l’ATP est hydrolysé en ADP, cette liaison libère
de l’énergie.
L’enzyme qui permet de fabriquer de l’ADP à partir de l’ATP est l’ATPase
L’enzyme qui permet de fabriquer de l’ATP à partir de l’ADP est l’ATP synthétase
Ces deux enzymes correspondent à la même enzyme qui en fonction de la présence ou
absence d'énergie fonctionne dans un sens ou dans l’autre.

Le rôle de l’ATP est de permettre la réalisation de réaction qui nécessite de l’énergie. Ces
réactions sont appelées réactions endergoniques.
Exemple : Glucose ----Phosphorylé-------> G6P (Delta G’O = 14,2 kJ)

En plus de son rôle comme source d'énergie, l’ATP va intervenir dans la régulation
des voies métaboliques. il va stimuler les réactions de synthèse et inhibe les voies
de dégradation (l’ADP à un rôle inverse).

D’autres molécules que l’ATP peuvent intervenir dans le transfert de l’énergie, c’est
le cas du GTP (guanosine triphosphate) ou de l’UTP (uracile triphosphate).
Cependant, tous ces composés devront être fabriqués à partir de l’ATP.

II. Mécanisme de fabrication de l’ATP

A) La chaîne respiratoire

1- Notion d’oxydoréduction

Parmi les réactions chimiques qui libère de l’énergie vont figurer les réactions
d’oxydoréduction. Une molécule qui cède ses electrons est appelés reducteur, et
une molécules qui accepte des electrons est un oxydant. On est capable de
quantifier (mesurer) la facilité avec laquelles un réducteur va ceder ses electrons.
Cest ce qu’on appelle la mesure du potentiel E’0 : potentiel redox (exprimé en Volts).
Plus une molécule aura un E’0 faible, plus il lui sera facile de ceder ses electrons.
Electrons qui seront pris en charge par une deuxieme molécules qui aura une
certaines affinité avec ses electrons car elle aura un potentiel redox superieur. A
chaque fois que des electrons passe d’un réducteur à un oxydant, de l’énergie est
liberée. Plus la variation de potentiel redox entre les deux molécules sera elevee,
plus la quantite d’energies est importante. c’est cette energie liberee qui permet la
fabrication de l’ATP (dans le cas de la respiration cellulaire par exemple).

Exemple : schéma 1

A l’inverse pour que des electrons soient transférés d’une molécules ayant des
potentiels redox > 0 à une molécule ayant un potentiel redox < 0, il faut fournir de
l’énergie.

Exemple : schéma 2

2- Les différents transporteurs

Les transporteurs d'électrons et de protons :

NAD : Nicotinamide adénine dinucléotide [Document 3] = NADP

Le NAD est le premier transporteur qui intervient dans la chaîne respiratoire, c’est un dérivé
de la vitamine PP (précurseur de NAD) et c’est un coenzyme.

Le rôle de cette molécule est de donner ses 2 électrons et protons de façon à libérer de
l'énergie et ainsi de régénérer NAD+.

FAD : Flavine adénine dinucléotide

Les Flavines sont également des nucléotides, qui dérivent des vitamines (riboflavine).

NADH, H+ + FAD ------> NAD+ + FADH2

Il y a une deuxième flavine, le FMN, qui agit pareil.

Quinone: On les appelle également coenzymes Q. Il vont prendre en charge les protons de
la forme FADH2 pour le transporter en FAD. [Schéma 3]

Les transporteurs d'électrons :

Les molécules qui ne transporte que des electrons et qui ne savent pas transporter des
protons sont appelles des cytochrome, qui sont composé d’une partie protéiques et d’une
deuxième partie non protéiques liées par une liaison covalentes, l’Hème. C’est dans cette
molécule d’Hème que nous avont la partie réactionnelle composée du fer oxydée (Fe3+ qui
capte un electrons et devient Fe2+).
On va trouver plusieurs cytochrome qui vont se succeder avec des potentiel redox différents
pour augmenter l’énergie produite.
Exemple de cytochrome : L’oxydase est un cytochrome oxydase