Patrick Marcel
Approche de la biodiversité :
Classer les animaux
M1 MEEF
PE
Entre 5 et 100 millions d’espèces vivantes peuplent la planète.
Comment s’y retrouver ???
Classer les animaux : lançons-nous !
Activité 1
Proposez une classi cation d’une collection d’animaux
fi
Criquet Lièvre Chimpanzé
Escargot
Saint-Pierre
Machaon de Bourgogne Sarcelle d’été
Épeire
La classi cation
phylogénétique,
re et de l’évolution
I. Principe de cette classi cation scienti que
fl
fi
fi
fi
X
X
X
X
X
X
Nature des critères utilisés
Ce qu’ils ont des ailes, des pattes...
Ce qu’ils font ils nagent, ils marchent, ils pondent des oeufs
Ce qu’ils sont des oiseaux, des mammifères, des insectes...
Nature des critères utilisés
Ce qu’ils ont des ailes, des pattes...
Ce qu’ils font ils nagent, ils marchent, ils pondent des oeufs
Ce qu’ils sont des oiseaux, des mammifères, des insectes...
Ranger/Trier/classer
ces animaux se ressemblent... mais pour
Les ressemblances quelles raisons ???
ces animaux se ressemblent... mais pour
Les ressemblances quelles raisons ???
Ils ont tous 4 membres
= tétrapodes
Structure homologue
de membre antérieur
Héritage d’un ancêtre
commun
Aile du ara Aile du canard
Oiseaux
Aile de la chauve-souris
tétrapodes
Les ressemblances
u n
m m
co
t re
n cê
n a
d’u
r ité
hé
b ut
t r i
at
’u n
e d
ta g
Par
Ils ont tous 4 membres
= tétrapodes
ces animaux se ressemblent... mais pour
Les ressemblances quelles raisons ???
DAUPHIN
Forme hydrodynamique liée à adaptation à
Les ressemblances locomotion aquatique
Tétrapodes
II. Les bases scienti ques
de la classi cation
phylogénétique
Patrick Marcel - ESPE - Lons-le-Saunier
fi
fi
La classification phylogénétique
« Rien n’a de sens en biologie, si ce n’est à la lumière de l’évolution ».
T. Dobzhansky (1900-1975)
En 1950, Hennig fonde la cladistique. Il s’agit de retrouver les
parentés évolutives entre espèces en les rassemblant en groupes
monophylétiques.
1 groupe monophylétique = 1 ancêtre commun et la totalité de ses
descendants.
Attention à ne pas confondre :
-Généalogie (qui descend de qui ?) / relation d’ancêtre à descendant.
-Phylogénie (qui est plus proche parent de qui ?) / relation de parenté.
Rapport entre les taxons pour les vertébrés tétrapodes.
Analyse cladistique
Reptiles Oiseaux
Classification fondée sur la
similitude globale (phénétique) ou
sur l’adaptation (éclectique).
24
Lépidosaures Archosaures
Innovations des archosaures
Innovations des diapsides
Classification sur l’apparentement
résultant de la systématique
phylogénétique (cladistique).
26
III. Quelques écueils
scienti ques à l’enseignement
de la classi cation du vivant
Une classi cation non centrée sur
l’Homme
fi
fi
fi
Fondement philosophique des classi cations :
L’échelle des êtres (Leibnitz 1646-1715) : principe de gradation linéaire conduisant
à la classi cation des organismes vivants suivant leurs degrés de perfection.
Linéaire et xiste.
Elle est solidement ancrée dans notre culture et notre esprit et conduit à certaines
conceptions fausses (obstacles) dif ciles à corriger :
L’anthropocentrisme : l’homme au sommet de l’échelle (le plus évolué).
Conduit au maintien des grades dans la classi cation : procaryotes (c. sans
noyau), invertébrés (métazoaires sans vertèbres), poissons (crâniates sans
pattes), reptiles (amniotes sans poils) …
Le finalisme : l’évolution semble avoir pour but l’émergence de l’homme.
Hors l’évolution n’a pas de but.
Ces idées sont battues en brèche par le concept de
descendance avec modi cation et ses conséquences.
fi
fi
fi
fi
fi
fi
Erreurs les plus classiques
La notion de fossile vivant
La notion de chaînon manquant
Les ancêtres identi és
Espèces primitives, espèces évoluées
La notion de progrès dans l’évolution
confusion tri-classement
Les groupes privatifs
fi
Tétrapodes...
IV. Apprentissage d’une
démarche de classi cation
phylogénétique en classe
fi
1. Décrire
Maison ?
Cornes ?
Coquille
Tentacules
Pied
Exemple de ches d’observation
fi
Criquet Lièvre Chimpanzé
Escargot
Saint-Pierre de Bourgogne Sarcelle d’été
Machaon
Criquet Machaon
x x
x x
x x x x
x x
x x
Saint Pierre Sarcelle d’été
x x
x x
x x
x x x
x
x
x
Chimpanzé Lièvre
x x x x
x x
x x
x x x x
x x
x x x
x x x
x
2. Comparer, Regrouper
Liste des attributs des animaux
d’une collection.
Matrice des caractères
Matrice des caractères
X X X X X X X X
X X X X X X X X
X X X X
X X X
X X X
X
X X
X X
X X
X X
X
X
X
Construction de la
classification (ensembles
emboîtés)
Faire émerger l’ensemble le plus
inclusif. Il est fondé sur l’attribut le plus
général. Cet attribut devient l’argument pour
créer cet ensemble et amène aux emboîtements
Faire émerger des ensembles emboîtés
Apprendre des mots nouveaux. A chaque
ensemble correspond un nom dans la classification
moderne du vivant.
Les ensembles inclusifs obtenus à partir
de la collection précédente.
Corps mou, coquille
escargot de Bourgogne
L’arbre obtenu à partir des ensembles
emboîtés
Escargot
Corps mou, coquille
À propos du nom des groupes
Il ne s'agit pas ici d'apprendre les termes scientifiques exacts aux
enfants, mais de faire en sorte qu'ils puissent définir des groupes
animaux constitués en classe :
Tête, yeux : animaux (ou métazoaires).
Six pattes, antennes, squelette à l'extérieur : insectes.
Quatre ailes : papillons.
Élytres : coléoptères.
Squelette à l'intérieur : vertébrés.
Rayons dans les nageoires : poissons à nageoires rayonnées (ou
actinoptérygiens).
Quatre membres : animaux à quatre pattes (ou tétrapodes).
Plumes : oiseaux.
Mamelles, poils : mammifères.
Pour aller plus loin…
Une brève histoire des classifications
a. Les premières tentatives : classifications utilitaires
Théophraste (372-287 av. Problème : une même plante
JC) : fondateur de la botanique peut se trouver sous plusieurs
Dioscoride (1er siècle) : traité de noms, il devient donc
botanique où il classe les plantes indispensable de définir des
en 5 catégories (aromatiques, règles strictes.
alimentaires, médicinales,
vineuses, vénéneuses).
Pline l’ancien (29- 79) :
même classification utilitaire,
qui va être utilisée jusqu’au
XVIe siècle.
b. Vers une classification naturelle
Joseph Pitton de Tournefort
(1656-1708) comprend en 1694 que
l’opération fondamentale consiste à
réunir les espèces en genre : notion de
niveaux hiérarchiques (= taxons).
Ces niveaux ont été codifiés par Linné :
Règne, Embranchement, Classe, Ordre, Famille, Genre, Espèce
Dans l’esprit de l’époque, il fallait retrouver le nombre sept,
supposé parfait. Pour y arriver, Linné utilise les deux logiques :
- divisive pour les taxons supérieurs
- agglomérative pour les espèces et les genres (d’où la
nomenclature binomiale pour désigner tout organisme vivant).
! Il arrive à une classification unique : germe alors l’idée qu’il
existe un ordre dans la nature et donc une classification naturelle.
Cuvier (fin XVIIIe) : classification du règne animal en 4
embranchements (Vertebrata, Arthropoda, Mollusca, Radiata),
chacun d’eux caractérisé par un plan d’organisation.
c. Donner un sens à cette classification
Au XIXe, apparition des idées évolutionnistes (des espèces
différentes se sont succédées au cours des temps, les espèces
dérivent les unes des autres) :
Lamarck : transformisme (hérédité des caractères acquis)
Darwin : idée de descendance avec modification (rôle de la
sélection naturelle).
Des caractères héréditaires se transmettent aux générations suivantes. Les
ressemblances entre espèces sont dues aux caractères hérités d’une espèce
ancestrale. Ce raisonnement peut-être utilisé à rebours, en remontant le temps,
pour bâtir une classification fondée sur une recherche de parenté. On parle de
caractères homologues pour désigner les caractères hérités d’un ancêtre
commun.
! L’ordre de la nature est le reflet de l’histoire évolutive des
organismes sur Terre.
Espèce d’espèces
Homologie : exemples de définitions
Structures homologues : héritées d’un ancêtre commun. C’est
l’homologie de descendance dite homologie secondaire.
Structures homologues : comparées dans plusieurs organismes de
même plan d’organisation, ces structures entretiennent les mêmes
connexions avec les structures voisines, et ce quelles que soient
leurs formes et leurs fonctions (Richard Owen en 1843).
Exemple du membre antérieur de trois mammifères.
Os radius du dauphin similaire à os radius de l’opossum ou au radius de chauve-
souris. Les différences sont les états d’un même caractère « radius ».
Il s’agit en fait d’une hypothèse initiale d’homologie, dite homologie
primaire, établie à travers un plan d’organisation.
Homologie primaire établie à travers l’ontogénèse.
L’ontogénie (embryogénèse des marsupiaux) nous montre que deux des trois
osselets de l’oreille moyenne des mammifères proviennent d’os jadis impliqués dans
l’articulation de la mandibule, et correspondent donc à deux des os de l’articulation
de la mandibule au crâne des autres amniotes.
articulaire marteau
Carré enclume
angulaire Os tympanique
hyomandibulaire étrier
Formulation d’une hypothèse d’homologie (H. primaire)
Élaboration d’arbres phylogénétiques,
choix de l’arbre le plus parcimonieux.
L’état de caractère est distribué de La structure du caractère apparaît à
manière groupée, son apparition n’a plusieurs endroits dans l’arbre.
lieu que sur une seule branche.
Il s’agit d’une structure homologue Il s’agit d’une ressemblance qui
héritée d’un seul ancêtre commun n’est pas héritée d’un ancêtre
hypothétique, chez qui cette commun : elle est homoplasique
structure est apparue pour la (liée à convergence ou régression).
première fois.
L’hypothèse est validée, la structure
L’hypothèse d’homologie initiale
homologue est la synapomorphie,
est fausse.
ou homologie secondaire.
Grenouille cistude crocodile Pigeon
verte d’Europe du Nil biset
Amnios 0 1 1 1
Gésier 0 0 1 1
Mandibu 0 0 1 1
le
Bec 0 1 0 1
corné
Aile 0 0 0 1
63
Grenouille Cistude Crocodile Pigeon
64
Grenouille Crocodile Cistude Pigeon
65
Grenouille Pigeon Cistude Crocodile
66
Grenouille Cistude Crocodile Pigeon
5
4
4
3
1. Amnios
2. Gésier
2
Grenouille cistude crocodile Pigeon
3. Md verte d’Europe du Nil biset
4. Bec Amnios 0 1 1 1
5. Aile
1 Gésier 0 0 1 1
Mandib 0 0 1 1
ule
Bec 0 1 0 1
corné
Aile 0 0 0 1
67
Grenouille Crocodile Cistude Pigeon
5
3
3
2
2
4
1. Amnios
2. Gésier
Grenouille cistude crocodile Pigeon
3. Md verte d’Europe du Nil biset
4. Bec Amnios 0 1 1 1
5. Aile
1 Gésier 0 0 1 1
Mandib 0 0 1 1
ule
Bec 0 1 0 1
corné
Aile 0 0 0 1
68
Grenouille Pigeon Cistude Crocodile
5 4
4 3
3 2
1. Amnios
2. Gésier
Grenouille cistude crocodile Pigeon
3. Md verte d’Europe du Nil biset
4. Bec Amnios 0 1 1 1
5. Aile
1 Gésier 0 0 1 1
Mandib 0 0 1 1
ule
Bec 0 1 0 1
corné
Aile 0 0 0 1
69
Les organismes vivants présentent une
structure cellulaire. La cellule est l’unité
fondamentale de la vie.
Ils sont capables de recopier par eux-
mêmes leurs séquences d’ADN : ils
propagent ainsi leur information
génétique.
Ils sont capables d’assurer eux-mêmes la
traduction de cette information génétique
en protéines enzymatiques ou
constitutives.
1 747 851 organismes vivants recensés.
Le vivant
1. Le vivant Caractères dérivés propres
-ADN contenu dans un noyau
- Microtubules (polymères de
tubuline) forment un constituant
majeur du cytosquelette
- Flagelle à structure unique
- Présence de mitochondries
- ADN compacté en chromosomes
lors de la division cellulaire
- Mitose avec centrioles et fuseau
mitotique
