Structure des enzymes

I. Nature protéiques :
 Les enzymes sont des protéines ayant des structures primaires, secondaires, tertiaires
et quaternaires ;
 Certains enzymes nécessitent pour êtres active à la fois d’une coenzyme et un ou
plusieurs ions métalliques ;
 Les coenzymes ou ions métalliques lie par liaison covalente à la protéine enzymatique
est appelle groupement prosthétique, l’apoenzyme est responsable de la spécificité :
Exemple de pyridoxal phosphate la transamination et la décarboxylation on le même
coenzyme le pyridoxal phosphate et grâce a l’apoenzyme qu’il ya une différence à la
réaction catalysé.
II. Les cofacteurs Page facebook ; Domaine SNV : Biologie,Agronomie,Science Alimentaire,Ecologie
 Ions métalliques :
un nombre considérable d’enzymes requièrent un oligoélément fourni par
l’alimentation à la cellule où fonctionnent les métallos enzymes exemple le Zinc Zn de
nombreuse enzymes métallique : le carboxypeptidase, l’anhydrase carbonique, la
phosphatase alcaline, cet ion intervient dans la catalyse et dans la reconnaissance de
substrat il joue aussi un rôle de structuration on stabilisant la conformation spatiale
efficace de site actif.
 Groupement prosthétique ou coenzyme vrais
Se sont des molécules organique de petit taille et de nature non protéique fortement
liée au site actif de l’enzyme, souvent par des liaisons covalentes, leur présence est
indispensable de l’activité catalytique un bon exemple :

Flavine : liée qu’enzyme d’oxydoréduction

FAD dérivé de vitamine B2, liée à la carboxylase, dérivé de la biotine

Pyridoxal phosphate liée aux enzymes du métabolisme de l’acide aminé, il dérive de la

vitamine B6.

Dans tous les cas fait partie intégrante du mécanisme catalytique et l’on trouve régénéré à la
fin de la réaction.
  Coenzyme mobile ou cosubstrat :

Cette deuxième catégorie ne mérite pas vraiment la non de coenzyme mais plutôt de
cosubstrat, capable de se fixer réversiblement au site actif de l’enzyme l’exemple le plus
représentant : est fourni par les dérivé du nicotinamide (NAD et NADP ) qui entrent dans les
réaction d’oxydoréduction de métabolisme des glucide et lipides, il permet le Transfer de
hydrogène et électron d’un substrat, qui sera oxydé ; à un autre qui sera réduit

AH2 + NAD+ -- > A + NADH + H+

NADH + H+ + B -- > NAD+ + BH2

III. Enzymes monomérique et polymérique :

 Structure monomérique

Constitue d’une seule chaine polypeptidique, il s’agit le plus souvent d’enzyme secret par la
cellule, exemple de ribonucléase pancréatique et de chymotrypsine.

 Structure polymérique

Constitue de plusieurs chaines polypeptidique des sous unités identique ou différentes on

parle alors de protomères ou monomère formant un oligomère de 2 à 12,

Lorsque les protomères sont identique chaque un port un site actif, la dissociation d’une
enzyme oligomerique en protomères naissecite la réputer des liaisons inter-protomérique
qui sont de liaison non covalent le plus souvent cette dissociation s’accompagne d’une
perte de l’activité catalytique.

La grande majorité des enzymes oligomériques sont endocellulaire, les enzymes secrétés
par la cellule sont le plus souvent monomérique.

Exemple d’enzyme oligomérique :

Hémoglobine : est constitue de quatre chaine polypeptidique et de quatre groupement

prosthétiques hémenique dans les quel les atomes de ferre sont a l’état ferreux c’est un
tétramère composé de deux chaine polypeptidique l’hémoglobine est un modèle instructif
pour l’étude de la fonction de nombreuse protéine régulatrice oligomérique.

La propriété particulière de la molécule de hémoglobine qu’il à ronde efficace comme

transporteur d’oxygène devient évidant lorsque l’on compare les courbes de saturation de
 l’oxygène de la myoglobine et de l’hémoglobine : la courbe de saturation montre
clairement que la myoglobine possède une grand affinité pour l’oxygène, c’est une courbe
méchaieliene, a l’inverse, l’affinité de l’hémoglobine pour la fixation de l’oxygène est très
faible et la courbe de saturation est une sigmoïde

L’affinité pour l’oxygène de chaque sous unité va dépondre donc de la présence de

l’oxygène sur la sous unité voisine, une fois que al première sous unité fixe l’oxygène elle
communique et information à la sous unité restante grâce a l’interaction des interfaces des
sous unité ce qui implique une de la conformation de modification l’hémoglobine qui se
produit quand l’oxygène se fixe.

Cette communication est le résultat d’interaction coopérative, la liaison d’une molécule O 2

augmentant la probabilité que l’O2 suivant se trouve lie par les sous unité restante on dit
que l’hémoglobine possède une coopérativité positive.

La courbe sigmoïde de fixation est caractéristique dans la liaison coopérative positive, il y

a d’autre interaction des sous unité dans les protéine oligomerique appart la coopérativité
positive, la coopérativité négative, la liaison d’une molécules diminue la probabilité que
d’autre molécule de substrat se lie au sous unité restante.

IV. Exemple d’enzyme allosterique

Se sont des enzymes régulatrices de métabolisme, elles font intervenir la liaison réversible
non covalent d’un métabolite régulateur appelé modulateur c-a-d que l’enzyme
allostérique prend une autre forme où conformation suite de la liaison de modulateur.

Le rétrocontrôle ou retro-inhibition de la conversion de la L-thréonine en L-isoleucine

chez la bactérie par une séquence de cinq enzymes.

L-thréonine A B C D L-isoleucine

E1 : thréonine déshydratas c’est une enzyme allostérique

E2, E3, E4, E5 ne sont pas des enzymes allostériques, l’enzyme E1 est inhibé spécifiquement
de façon allostérique par la L-isoleucin, produit terminale de la séquence mais en aucun
cas des quatre intermédiaires de A à B,

Différences entre enzyme allostérique et autre enzyme régulateur

Différences structurale : en plus de site actif (catalytique) les enzymes allostérique ont un
site régulateur au allostérique au quel se liée le modulateur.

De même que le site actif d’une enzyme est spécifique de leur substrat le site allostérique
est spécifique de modulateur,

Les enzymes qui possèdent plusieurs modulateurs ont un site de fixation pour chacun, les
modulateurs des enzymes allostériques peuvent avoir soit un rôle activateur ou inhibiteur.

quand le substrat joue le rôle de modulateur on dit que l’enzyme est homotrôpe, quand le
substrat est différent de modulateur on dit que l’enzyme est heterotrôpe .

les enzyme allostérique sont en générale les enzyme les plus gros que les autre enzyme
simple, la plupart et plus complexe, on à au moins deux sous unité.

Exemple aspartate transcarboxylase qui catalyse la première réaction de biosynthèse des

nucléotides pyrimidique, organisée on sous unité catalytique et régulatrice

Autre différence entre les enzymes non régulées et les enzymes allosteriques parte sur la
cinétiques, pour les enzymes allostériques la réaction Vini en fonction [S] n’obéissent pas
à une cinétique de Mechaelis-Menten normal, ainsi pour certain si on trace Vini en
fonction de [S] on obtient une courbe sigmoïde.
 Courbe sigmoïde obtenu pour un enzyme homotrope où le substrat sert à / ou un
modulateur positif.

La fixation de substrat sur l’enzyme augment l’affinité de l’enzyme pour le substrat c’est
qu’on appelle effet coopératif Effet de substrat par rapport à sa fixation à l’oppose l’effet
allostérique qu’est un phénomène héterotrope « effet d’un modulateur sur la fixation de
substrat » soit modulateur activateur ; soit inhibiteur lorsque un effecteur se fixe sur un
site allostérique il ensuite une légère modification de la conformation de l’enzyme une
transition allostérique qui entraine une modification de la conformation au niveaux de site
actif avec augmentation au diminution de l’affinité d’une enzyme pour une substrat

Une cinétique sigmoïde reflet généralement des interactions coopératif entre des sous
unités protéiques en d’autre mots des changements dans la structure d’une sous unité se
traduit par le changement des sous unité voisines a la suite d’interaction non covalent à
l’interface entre les sous unités.

Il existe deux modèles pour expliquer la cinétique des enzymes allostérique :

 Modèle concerté : (modèle symétrique) de J MONOD et collaborateur 1965 ;

 Modèle séquentiel par KOSILAND 1966.

L’un et l’autre implique que l’enzyme allostérique à deux conformation extrêmes qui différent
par leurs structure tertiaire et quaternaire.

Donc il existe deux états de l’enzyme qui sont en équilibre :

Un état catalytique (conformation R) a fort affinité pour le substrat et un état inhibé
(conformation T) tendu à faible affinité pour le substrat

Dans l’état catalytique la forme de l’enzyme, lui permet de se combine au substrat et a

l’activateur, dans la forme inhibé seul l’inhibiteur peut se combiné à l’enzyme.

Le passage d’une forme à l’autre donc de T à R au inversement est appelé transition

allostérique.

Les ligands (sont des effecteur) lorsqu’ ils sont combiné (fixé) stabilisent l’enzyme dans l’état
R ou T selon la nature du ligand et ceci déplace l’équilibre dans le sens de l’enzyme stabilisée

Le modèle concerté (modèle de tous ou rien) de J Monod et col 1965

Toutes les sous unité de la molécule d’enzyme sont soit sous la forme active « R » soit sous la
forme « T » inactive(T et R étant en équilibre) chaque molécule de substrat qui se lie augment
la probabilité de transition allostérique de la forme inactive à la forme active.

EN absence de substrat, l’équilibre est en faveur de la forme T, en présence de substrat

l’équilibre est en faveur de la forme R
Substrat

Transition allostérique avec un changement en bloque d’un seul coup

Model séquentiel il y a toujours deux conformation mais les sous unité peuvent passer de la
forme R individuellement

En absence de substrat toutes les molécules d’enzyme sont en conformation T

La fixation de la première molécule de substrat induit la transition allostérique TR de la

première sous unité) ce qui facilite la transition TR de la sous unité voisine et la fixation
d’une deuxième molécule de substrat et ainsi de suite

C / exemple de Aspartat transcarboxylase (ATCase)

Elle catalyse la réaction suivant qui est la première étape de la biosynthèse des nucléotides
pyrimidique

Carbanyl-phosphate + L-aspartat

- +
Enzyme ATP
Rétro-inhibition

CTP

Désensibilisation d’une enzyme allostérique = dissociation de ses protomères (les sous unités
catalytiques et régulatrices.
L’enzyme présent deux catégories de site différent la cinétique de l’enzyme active est une
sigmoïde alors que l’enzyme désensibilisée pressente une cinétique michaeliene

La dissociation de l’enzyme a donc provoque la perte de la coopérativité et de la sensibilité

aux effecteur allostérique mais l’activité catalytique est conservée, on dit que l’enzyme est
désensibilisée.

La courbe hyperbolique V en fonction de [S] est due au protomère catalytique capable de fixé
le substrat et de la transformer (catalyser sa transformation)

Remarque : en peut noter que la retro-inhibition d’un enzyme peut s’opérer soit par

 inhibition au niveau du site actif, dans ce cas le produit présent une conformation
spatiale proche de celle du substrat. Le produit inhibe donc l’enzyme qui catalyse sa
formation ce mode de retro inhibition est en quelque sort immédiat ;
 inhibition sur site allostérique dans ce cas le produit finale présent une conformation
différente du substrat initiale car occupe un site différent du site actif, ce cas de figure
se rencontrera plutôt au niveau des voies métabolique présentant plusieurs étapes
intermédiaires entre le substrat initiale et le produit finale, ce dernier ne peut donc
occuper le site actif de l’enzyme, ce mode de retro action est d’une certain manière est
dit diffères.
V. Système multienzymatique
On appelle poly enzymatique ou encore complexe enzymatique ou encore
héteropolymère, l’association de plusieurs enzyme catalysant des stades successif
d’une voie métabolique exemple de décarboxylation oxydative de l’acide pyruvique
en acétyl CoA par le complexe pyruvate déshydrogénase

le complexe de la pyruvate déshydrogénase est localisé dans la mitochondrie des

cellule eucaryote et dans le cytosol des cellule procaryote la décarboxylation
oxydative est une oxydation irréversible par laquelle le groupement carboxyle CO 2 est
retiré du pyruvate alors que les deux autre carbone restants deviennent le groupement
acetyl CoA.
Le complexe est constitué de multiple copie de chacun des 3 enzymes siuvante

 Pyruvate déshydrogénase
 Dihydrolrolipyl transférase
 Dihydrolipoyl déshydrogénase

Et les cinq coenzymes

 TPP : thyamin pyrophosphate

 FAD : flavine adénine di nucléotide
 CoA : coenzyme A
 NAD : nicotinamide adénine di nucléotide
 Acide lipoique /lipoate

Exemple : composition des sous unité du complexe du pyruvate déshydrogénase de E coli

enzymes coenzyme poids moléculaire nombre de sous unit2

enzyme 1 TPP 96000 24
enzyme 2 lipoate CoA 65000 24
enzyme 3 FAD , NAD 56000 12
ISOENZYMES

Les différentes formes d’hexokinase trouvée dans les tissus de mammifère sont d’une
situation exemplaire d’une situation commune dans laquelle la même réaction est catalysée
par deux ou plusieurs formes moléculaires différentes d’une enzyme. Ces forme multiples
appelées isoenzyme peuvent apparaitre dans les même espèces dans les même tissus ou encor
dans la même cellule.

Les différentes formes de l’enzyme des isoenzyme par exemple la déshydrogénase différent
entre elle par la coenzyme ou dans leur distribution cellulaire par exemple soluble ou liées à
des membranes, les isoenzymes ont des séquences en acide aminé similaire mais non
identique, l’exemple le plus connu est celui du lactate déshydrogénase (LDH)

Elle à (formes séparable par électrophorèse elle est constitue de 4 chaines polypeptidiques
(tétramère) avec des rapport différent de 2 type de polypeptide (chaine A et chaine B ) qui
diffèrent par leur composition et leurs séquences
LDH 4 chaines polypeptidique Chaines A M : muscle

Chaines B H : heart cœur

Les 5 forms sont

LDH type H4

LDH type MH3

LDH type M2H2

LDH type M3H

LDH type M4

Dans le muscle c’est l’isoenzyme M4 qui prédomine, la lactate déshydrogénase favorise

dans ce cas la réduction rapide de faible concentration de l’acide pyruvique en acide lactique,
a l’opposé dans le cœur l’isoenzyme H4 prédomine favorise l’oxydation rapide du lactate en
pyruvate.

il existe 2 forme différente d’amylase : Amylase pancréatique et amylase salivaires

Autre exemple est le cas de la phosphatase alcaline qui est partage en 3isoenzymes :

 placentaire ;
 intestinale ;
 autre dans les différents tissus ;

La créatine phosphokinase constitue d’un dimere de deux polypeptides M et B et 3

isoenzymes : MM, MB, BB ;

La transaminases ont deux forme différentes : isoenzyme cytoplasmique et un isoenzyme

mitochondrial