Mallette d’indicateurs

de travaux et de suivis
en zones humides

Amphibiens Tourbière
Fossés
Odonateseutrophie
Trophique
Physico-chimique
hydropériode
Humide
Poissons
Prairie
Unité hydraulique
ENTRETIEN
végétation
 Ce document doit être cité comme suit :
Forum des Marais Atlantiques, 2015. Mallette d’indicateurs de travaux et de suivis en zones humides. Agence
de l’eau Loire-Bretagne et Conseil régional des Pays de la Loire, 189 pages.

Il peut être téléchargé sur Internet à l’adresse suivante :

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Crédits photographiques : © FMA (sauf mention contraire)

ISBN : 978-2-9522850-4-9
 Mallette d’indicateurs
de travaux et de suivis en zones humides

Préambule

Les zones humides constituent un patrimoine pose un socle commun d’indicateurs de travaux
exceptionnel en raison de leurs richesses biolo- et de suivis sur les zones humides notamment
gique et paysagère remarquables, et des fonc- dans le cadre des volets "milieux aquatiques"
tions naturelles qu’elles remplissent. Elles ac- des Contrats Territoriaux, des Contrats Régio-
cueillent de nombreux systèmes de production naux de Bassin Versant et autres outils de ges-
agricoles et sont soumises à de fortes pressions tion. Elle permet de suivre la préservation de ces
touristiques et d’aménagement. milieux et l’évaluation des politiques aussi bien
L’action publique y est particulièrement pré- sur le volet "eau" que sur le volet "biodiversité"
sente à la fois pour l’entretien, la restauration du territoire de l’Agence de l’eau Loire-Bretagne
mais également la régulation et l’encadrement et de la région des Pays de la Loire.
des activités qui s’y déroulent. De plus, la Direc-
tive Habitat-Faune-Flore (DHFF), la Directive Cependant la Mallette n'a pas pour objet d'être
Cadre Européenne sur l’Eau et les structures utilisée en Zone Spéciale de Conservation
d’intervention institutionnelles (Europe, Etat, (DHFF), le Ministère de l’Ecologie, du Dévelop-
collectivités) imposent des obligations de résul- pement durable et de l’Energie recommande
tats. d’utiliser les méthodes développées par le Mu-
Les différents gestionnaires sont donc confrontés séum National d’Histoire Naturelle et d’autres
à la nécessité de suivre l’état des écosystèmes et organismes partenaires.
à l’obligation d’évaluer les effets de leurs travaux
d’entretien et d’aménagement. Néanmoins, il La Mallette propose en majorité des indicateurs
est bien souvent difficile de définir l’état d’une de suivis sur les zones humides. Seuls quatre in-
zone humide et d’estimer si les orientations pro- dicateurs "rivière" figurent à la fin du document
posées vont dans le sens d’une gestion intégrée afin de rappeler que la notion de trame bleue
et durable. A ce jour, les maîtres d’ouvrage ne fait référence au réseau aquatique et humide.
disposent pas de méthodes de suivis officielles
et transversales (indicateurs, échelle, outils, Les protocoles proposés dans les fiches indi-
etc.), il semblait donc nécessaire de leurs propo- cateurs peuvent être adaptés en fonction des
ser un ensemble pertinent d’indicateurs. enjeux du territoire. Le Forum des Marais Atlan-
tiques apportera son soutien pour la prise en
Avec l’aide des acteurs locaux et sur la base d’ex- main et le déploiement de l’outil qui évoluera à
périences territoriales, la présente Mallette pro- partir de vos retours d’expérience.
 Rédactrice :
Audrey Duriez Forum des Marais Atlantiques

Financeurs :
Agence de l’eau Loire-Bretagne
Conseil régional des Pays de la Loire

Avec la contribution de :
Laurent Alarcon Union des marais de la Charente-Maritime
Julie Ayçaguer Association pour le Développement du Bassin Versant de la Baie de Bourgneuf
Geneviève Barnaud Muséum national d’Histoire naturelle
Claudia Bearzatto Syndicat Mixte d’Aménagement des Marais de l’île de Noirmoutier
Cyril Bellouard Conseil régional des Pays de la Loire
Stéphane Bence Conservatoire d’Espaces Naturels Provence-Alpes-Côte d’Azur
Eric Buard Centre Régional d’Expérimentation et d’Application Aquacole
Jaoua Celle Conservatoire botanique national du Massif central
Sébastien Chaigneau Syndicat Mixte de Gestion Ecologique du Marais Breton
François Charruau Syndicat du Bassin Versant de Grand-Lieu
Gilles Chourré Institut Interdépartemental du Bassin de la Sèvre Niortaise
Cyril Courtial Groupement d’Etude des Invertébrés Armoricains
Jean-Patrice Damien Parc naturel régional de Brière
Yann Davitoglu Fédération de la Charente-Maritime pour la Pêche et la Protection du Milieu
Aquatique
Jérôme Eonnet Cap Atlantique
Philippe Freydier Conservatoire d’Espaces Naturels Savoie
Jean-Marc Gillier Société Nationale de Protection de la Nature
Pierre Guinaudeau Syndicat d’aménagement hydraulique du Sud-Loire
Matthieu Holthof Conservatoire d’Espaces Naturels de Poitou-Charentes
Sébastien Joussemet Association pour le Développement du Bassin Versant de la Baie de Bourgneuf
Gaëlle Kania Communauté de Communes du Bassin de Marennes
Mario Klesczewski Conservatoire d’Espaces Naturels Languedoc-Roussillon
Denis Lafage Conservatoire régional des rives de la Loire et de ses affluents
Regis Le Quillec Agence de l’eau Loire-Bretagne
Jean-Christophe Lemesle Ligue pour la Protection des Oiseaux
Fanny Lepareur Muséum national d’Histoire naturelle
Isabelle Le Strat Agence de l’eau Loire-Bretagne
Samuel Maas Ligue pour la Protection des Oiseaux Franche-Comté
Grégory Maillet Réserve naturelle nationale et périmètre de protection Tourbière du Grand
Lemps
Jérôme Mansons Etablissement Public du Marais Poitevin
Régis Marty Communauté de communes Île de Noirmoutier
Damien Masinski Conseil régional des Pays de la Loire
Adrien Messean Conservatoire d’Espaces Naturels Picardie
Anne Montrelay Parc naturel régional de Brière
Vincent Mouren Fédération de Loire-Atlantique pour la pêche et la protection du milieu aquatique
Clément Nalin Parc naturel régional des marais du Cotentin et du Bessin
Guillaume Panhelleux Syndicat du Bassin Versant du Brivet
Olivier Philippine Union des marais de la Charente-Maritime
Astrid Pichodo Conseil général de la Mayenne
 Bernard Pont Association des amis de l’île de la Platière
Laurent Pouzin Communauté de Communes du Bassin de Marennes
Agathe Remond Institution Interdépartementale du Bassin de la Sarthe
Stéphane Renou Groupement d’Intérêt Public Loire Estuaire
Christian Rigaud Institut national de recherche en sciences et technologies pour l’environnement
et l’agriculture
François-Xavier Robin Union des marais de la Charente-Maritime
Jean-Guy Robin Communauté de Communes Océan-Marais de Monts
Aline Rousseau Syndicat Mixte des Marais de Saint-Jean-de-Monts et Beauvoir-sur-Mer
Nadia Sanz Casas Communauté de Communes Cœur d’Estuaire
Nathalie Saur Agence de l’eau Rhône Méditérannée Corse
Frédéric Signoret Groupement Agricole d’Exploitation en Commun La Barge
Baptiste Sirot Etablissement Public Territorial de Bassin de la Charente
Christophe Sorin Fédération des chasseurs de Loire Atlantique
Adama Sow Institution Interdépartementale du Bassin de la Sarthe
Alain Texier Syndicat Mixte du Parc Interrégional du Marais Poitevien
Vincent Toreau Institution Interdépartementale du Bassin de la Sarthe
Channig Urvoy Conseil régional des Pays de la Loire
Cédric Vanappelghem Conservatoire d’espaces naturels du Nord et du Pas-de-Calais
Laurent Vienne Agence de l’eau Loire-Bretagne
Déborah Viry Muséum national d’Histoire naturelle

Et de l’équipe du Forum des Marais Atlantiques

Notice d’utilisation

SOMMAIRE

1. Quelques notions … 7

2. Démarche pour identifier un indicateur 7

3. Critères d’évaluation de la qualité d’un indicateur 8

4. Clés d’entrée de la Mallette d’indicateurs 9

4.1. Tableau thématique/enjeux - objectifs - indicateurs 9

4.2. Tableau travaux - indicateurs 9
4.3. Grille de choix d’indicateurs 10
4.4. Sommaire des fiches indicateurs 10

5. Description d’une fiche indicateur 11

5.1. Titre 11
5.2. Description de l’indicateur 11
5.3. Faisabilité de l’indicateur 11
5.4. Pertinence 11
5.5. Objectifs à évaluer 12
5.6. Typologie d’habitats 12
5.7. Travaux concernés 13
5.8. Méthodologie 13
5.9. Couverture de l’indicateur 13
5.9.1. Spatiale 13
5.9.2. Temporelle 14
5.10. Rubriques des financeurs 14
5.11. Paramètres complémentaires 15
5.12. Structuration des données 15
5.13. Références bibliographiques 16

Bibliographie 16

Entrée : Thématiques/enjeux - Objectifs - Indicateurs 17

Entrée : Travaux - Indicateurs 19

Entrée : Grille de choix d'indicateurs 26

Sommaire des fiches indicateurs 30

Avril 2014
 Notice d’utilisation
1. Quelques notions …
La notion d’indicateur est souvent assimilée à Naturelle, des espèces ou groupes d’espèces
celle de descripteur. Le guide méthodologique animales ou végétales décrivant la fonction ou
du Forum des Marais Atlantiques (Anras, 2003) la structure d’habitat, caractéristiques de condi-
définit ces termes : tions écologiques précises, et qui réagissent ra-
pidement à leurs modifications des conditions.
• Le descripteur est un paramètre simple poten- Par exemple, les macro-invertébrés sont sen-
tiellement évolutif, qualifiable et quantifiable. sibles aux conditions de leur milieu (supports de
Il décrit l’évolution d’une composante sans ponte, caches, quantité et qualité de l’eau, eu-
présager de l’ensemble du fonctionnement du trophisation etc.). Ce groupe est souvent choisi
système (baromètre partiel). On pourra citer comme un descripteur important pour le suivi
par exemple, le nombre de mares avec la pré- de la qualité de l’eau en rivière.
sence de macrophytes.
• L’indicateur de suivi vise à informer sur les La valeur seuil (ou état de référence de l’indi-
performances (au sens neutre) d’un système cateur) est la valeur attendue par un indicateur
par rapport à un objectif ou à un état de réfé- dans un milieu en bon état de conservation et
rence. Il a pour vocation de résumer soit une fonctionnel. Cette valeur de référence est is-
information composite soit celle de plusieurs sue de la connaissance du fonctionnement des
descripteurs (exemple : proportion de mares zones humides et peut être obtenue à travers
avec la présence de macrophytes par rapport une recherche bibliographique ou par des me-
à un objectif donné). sures réalisées sur un ou des site(s) de référence
en bon état de conservation et fonctionnel(s).
Un indicateur peut avoir plusieurs descripteurs. La comparaison de la valeur de l’indicateur dans
Exemple : le site étudié avec cette valeur seuil et sa dyna-
- Indicateur : taux de pollution dans les fossés ; mique dans le temps permet d’évaluer le degré
- Descripteurs : taux de nitrates, taux de ma- d’altération du milieu et sa trajectoire. Exemple:
tières en suspension, etc. pourcentage de recouvrement admissible d’es-
pèces invasives sur une zone humide par rap-
Les bio-indicateurs ou indicateurs biologiques port à un état de référence.
sont, d’après le Muséum National d’Histoire

2. Démarche pour identifier un indicateur

Pour identifier un indicateur, le modèle "Pres- ment Économique (1993) dans le cadre d’études
sions-État-Réponses" (PER) développé par l’Or- socio-économiques sur l’environnement est le
ganisation de Coopération et de Développe- plus souvent utilisé.

Pressions
anthropiques

Réponses Etat
de la société de l’environnement
Avril 2014

7
Notice d’utilisation

Ce modèle distingue les indicateurs environne- • indicateurs de réponse : ils permettent d’éva-
mentaux en : luer les efforts consentis qui doivent être mis
en place par la société pour résoudre un pro-
• indicateurs de pression : ils reflètent la pres- blème environnemental. Exemple : surface
sion exercée par les activités humaines et/ d’espèces invasives arrachées.
ou les processus naturels qui provoquent des
changements sur le milieu. Exemple : pourcen- Le choix des indicateurs se fait en fonction de la
tage de recouvrement d’espèces invasives ; définition des enjeux du territoire et des objec-
Avril 2014

• indicateurs d’état : ils offrent une description tifs d’actions qui en découlent, en se basant sur
de la situation environnementale. Ils précisent les éléments de caractérisation déterminés en
la situation écologique, physique, socio-éco- amont. Les indicateurs doivent être choisis par
nomique d’un milieu à un instant donné ainsi leur capacité à quantifier les processus à la base
que les changements d’état dans le temps. des fonctions de l’écosystème que l’on souhaite
Exemple : diversité spécifique des communau- évaluer.
tés végétales ;

3. Critères d’évaluation de la qualité d’un indicateur

La double dimension politique et scientifique rigueur scientifique. Il est nécessaire de trouver
associée aux indicateurs implique de réaliser un un équilibre entre plusieurs critères d’évalua-
compromis entre fournir une information simple tion, qui sont généralement les suivants :
à un large public et conserver le maximum de

Facile à mettre en œuvre

Lisible

Un bon indicateur doit être Sensible aux variations du milieu

Reproductible

Stable aux variations spatio-temporelles

• Facilité de mise en œuvre : les données d’en- cateurs doivent être sensibles aux conditions
trée nécessaires à leur calcul doivent être de milieu que l’on souhaite évaluer (qualité
simples d’accès, facile à recueillir sur le terrain de l’eau, etc.) et sensibles aux "pratiques" que
par un technicien non expert et peu coûteuses l’on souhaite modifier, c’est-à-dire qu’ils per-
à mobiliser ; mettent aisément de repérer des modifica-
• Bonne lisibilité : les indicateurs sont des outils tions de pratiques ;
de pilotage. De leur résultat et de leur évolu- • Reproductibilité : le calcul de l’indicateur, réa-
tion dépendent les décisions prises. Ils doivent lisé dans les mêmes conditions par des acteurs
donc être facilement compréhensibles pour différents, doit conduire à des résultats iden-
permettrent d’évaluer un état ou les résultats tiques. (Girardin et coll., 2005) ;
d’une action simplement par la valeur qui leur • Faible variabilité spatio-temporelle : stable
est attribuée ; dans le temps et l’espace en absence de per-
• Sensibilité aux variations du milieu : les indi- turbation majeur du milieu (Short et al., 2000).

8
 Notice d’utilisation
4. Clés d’entrée de la Mallette d’indicateurs
La Mallette propose un recueil de fiches indica- Pour cela, la Mallette propose quatre entrées
teurs faisait l’objet d’information et d’utilisation. différentes permettant de déterminer les indi-
Il est possible de réaliser un suivi grâce à une cateurs les plus adaptés.
sélection parmi ces indicateurs.

4.1. Tableau thématique/enjeux - objectifs - indicateurs

Le schéma ci-dessous définis une première en- Trois thématiques sont proposées : milieu
trée par la définition d’une thématique et d’un physique et hydrologie, biologie-écologie des
objectif. Le choix des indicateurs se fait en fonc- milieux et qualité des eaux. Une thématique est
tion des objectifs d’actions qui en découlent. reliée à un ou plusieurs objectifs et un objectif
La Mallette propose une entrée avec une liste est relié à un ou plusieurs indicateurs. Le tableau
d’objectifs sur la restauration et l’entretien de sera nommé "thématiques/enjeux - objectifs
zones humides. Ainsi pour chaque objectif, des - indicateurs" (page 17) et fera référence au
indicateurs de suivis y sont associés. "sommaire des fiches indicateurs" (page 30).

Indicateur 1
Milieu physique
Objectif 1
et hydrologie
Indicateur 2

Biologie - écologie
Objectif 2 Indicateur 3
des milieux

Indicateur 1

Qualité des eaux Objectif 3

Indicateur 3

4.2. Tableau travaux - indicateurs

Le schéma ci-contre propose une deuxième clé teurs. Le tableau sera nommé "travaux-indica-
d'entrée de la Mallette avec le choix des travaux teurs" (page 19) et fera référence au "sommaire
Avril 2014

auxquels sont associés un ou plusieurs indica- des fiches indicateurs" (page 30).

9
Notice d’utilisation

Indicateur 1
Travaux 1
Indicateur 2

Travaux 2 Indicateur 3
Avril 2014

Indicateur 1

Travaux 3
Indicateur 3

4.3. Grille de choix d’indicateurs

Une grille a été élaborée afin de faciliter le être consolidée en groupe de travail en repre-
choix d’indicateurs sur la base des "objectifs" nant bien les enjeux du territoire concerné. Le
et "travaux" permettant d’atteindre ces objec- Forum des Marais Atlantiques apportera son
tifs. La pré-sélection d’indicateurs établie dans soutien pour la prise en main et le déploiement
ce tableau de synthèse (page 26) demande à de l’outil.

Objectif 1 Objectif 2 Objectif 2 Objectif 4

Indicateur 2
Travaux 1 Indicateur 1
Indicateur 4
Indicateur 1
Indicateur 3
Travaux 2 Indicateur 8
Indicateur 6
Indicateur 5
Indicateur 6
Indicateur 5
Travaux 3 Indicateur 4
Indicateur 9
Indicateur 7
Indicateur 6
Travaux 4 Indicateur 5 Indicateur 9 Indicateur 6
Indicateur 2

Légende :
Indicateur : pertinence forte (indicateur prioritaire)
Indicateur : pertinence moyenne
Indicateur : pertinence faible (indicateur optionnel)

4.4. Sommaire des fiches indicateurs

Pour un maître d’ouvrage averti, ayant déjà liser, l’accès aux fiches descriptives peut se faire
connaissance des indicateurs qu’il souhaite uti- directement à partir du sommaire (page 30).

10
 Notice d’utilisation
5. Description d’une fiche indicateur
Le contenu de la fiche indicateur doit permettre apportant des compléments sur les protocoles.
au technicien de s’approprier l’indicateur décrit. Cette fiche apporte des premiers éléments sur
Elle reprend les objectifs et le type de travaux l’application de l’indicateur. Nous encourageons
auxquels il peut être associé, et décrit la mé- toutefois le maître d’ouvrage qui souhaite s’en
thode de mise en œuvre pour mesurer l’indi- servir à se renseigner sur l’applicabilité et la per-
cateur, le niveau de faisabilité et de pertinence tinence de l’indicateur par rapport à ses propres
de l’indicateur, les typologies d’habitats dans objectifs, il peut à cet effet se reporter à la bi-
lesquels il est applicable, les échelles spatiale bliographie citée à la fin de chaque fiche.
et temporelle de mesure, des exemples d’inté-
gration dans un Système d’Information Géogra- Chaque partie composant la fiche "indicateur"
phique (SIG) et des références bibliographiques fait l’objet d’une description présentée ci-après :

5.1. Titre

Intitulé de l’indicateur.

5.2. Description de l’indicateur

Une courte description de l’indicateur permet informations sur son application.

de comprendre ce qu’il mesure et donne des

5.3. Faisabilité de l’indicateur

Donne une indication de la faisabilité technique

et financière de l’indicateur.

- Faisabilité technique : apprécie la difficulté à - Faisabilité financière : donne une appréciation

mettre en oeuvre les descripteurs de l’indi- relative aux coûts induits (moyen matériels,
cateur (protocole de terrain, exploitation des logistiques, humains). Le degré de faisabilité
données). Le degré de faisabilité technique est financière est noté de la manière suivante :
noté de la manière suivante : € € € : coût faible
* * * : facile € € € : coût moyen
* * * : moyen € € € : coût important
* * * : difficile

5.4. Pertinence

Evalue la pertinence de l’indicateur selon diffé-

rents critères :

- Pertinence de l’indicateur en zone humide : - Pertinence de l’indicateur sur le bilan de l’ou-

donne une appréciation relative de l’état de la til de gestion : c’est l’appréciation relative par
zone humide par rapport à l’objectif d’action rapport à la finalité des outils de gestion. La
donné. Le degré de pertinence est noté de la pertinence est à prendre en compte en réfé-
manière suivante : rence aux actions qui seront retenues pour
 : inadapté aux zones humides (indica- atteindre les objectifs. Le degré de pertinence
teur en cours d’eau) est noté de la manière suivante :
Avril 2014

 : faible  : faible

 : moyen  : moyen
 : important  : important
11
Notice d’utilisation

5.5. Objectifs à évaluer

Propose des exemples d’objectifs auxquels sont repris dans le tableau d’entrée "théma-
peuvent être associé l’indicateur. Ces objectifs tiques-objectifs-indicateurs".

5.6. Typologie d’habitats

Cette partie permet d’identifier les typologies ranée-Corse et correspondance avec les autres
de zones humides sur lesquelles les indicateurs typologies (extrait de la note méthodologique
sont applicables. n°5). Il liste les 13 grands types SDAGE de zones
Le tableau ci-dessous est issu de l’Application humides et leur correspondance au code CO-
de la typologie SDAGE au bassin Rhône-Méditer- RINE Biotope.

Type SDAGE Définition RMC Sous-type CORINE Biotope

Eaux marines

Larges embouchures de fleuve dans

11 Mers et océans
1 Grands estuaires les eaux marines soumises à l’action
12 Bras de mer, baies et détroits
des marées

Vasières 13 Estuaires et rivières initiales (soumises à

Embouchures de cours d’eau dans
Baies et estuaires Herbiers, récifs marées)
2 les eaux marines où l’influence de la
moyens-plats Prés-salés 14 Vasière et bancs de sable sans végétation
marée n’est pas prépondérante
15 Marais salés, prés-salés, steppes salées
Marais 16 Dunes marines et plages de sable
Milieu littoral saumâtre à faible Prés-salés 17 Plages de galets
Marais et lagunes
3 renouvellement des eaux et au fonc- Lagunes 21 Lagunes
côtières
tionnement globalement naturel Arrière-dunes 23 Eaux stagnantes, saumâtres et salées
Roselières 53 Végétation de ceinture de bord des eaux
Milieu littoral saumâtre à faible
Marais saumâtres amé- Marais salants
4 renouvellement des eaux et au fonc- 89 Lagunes et réservoirs industriels, canaux
nagés Bassins aquacoles
tionnement profondément
Eaux courantes
24 Eaux courantes
Ensemble de zones humides du lit ma-
5 37 Prairies humides et communautés d’her-
Bordures de cours d’eau jeur du cours d’eau Grèves nues ou Ripisylve
et bacées hautes
et plaines alluviales végétalisées Prairies inondables
6 44 Forets et fourrés alluviaux très humides
Annexes fluviales
53 Végétation de ceinture de bord des eaux
Eaux stagnantes
36 Pelouses alpines et subalpines
37 Prairies humides et communautés d’her-
Tourbières
bacées hautes
Zones humides de tête de bassin ali- Milieux fontinaux
Zones humides de bas- 51 Tourbière bombés à communautés très
7 mentées par les eaux de ruissellement Prairies humides
fonds en tête de bassin acides
et les eaux de pluie Prairies tourbeuses
52 Tourbière de couverture
Podzines
54 Bas-marais, tourbières de transition et
source
Système de plan d’eau peu profond 22 Eaux douces stagnantes (lacs, étangs et
8 Régions d’étangs Etangs isolés
d’origine anthropique mares)
22 Eaux douces stagnantes (lacs, étangs et
Zone littorales et zones annexes de Bordure de lacs mares)
Petits plans d’eau et
9 milieux stagnants profonds à hé- Prairies humides 37 Prairies humides et communautés d’her-
bordure de plans d’eau
lophytes et hydrophytes (6 m) Prairies tourbeuses bacées hautes
53 Végétation de ceinture de bord des eaux
31 Landes, broussailles, recrues (31.1
Landes humides)
37 Prairies humides et communautés d’her-
Milieux humides déconnectés des
Marais et landes Plateaux imperméables bacées hautes
cours d’eau et plan d’eau pouvant être
10 humides de plaine et Zones de sources 51 Tourbière bombés à communautés très
temporairement exondés, connectés
plateaux Tourbières acides
ou non à la nappe
Avril 2014

52 Tourbière de couverture
54 Bas-marais, tourbières de transition et
source

12
 Notice d’utilisation
Plans d’eau isolés peu profonds per-
manents ou temporaires
Zones humides ponc- 22 Eaux douces stagnantes (lacs, étangs et
11 Réseau de mares ou mares perma-
tuelles mares)
nentes ou temporaires, naturelles ou
créées par l’homme
Désigne des zones humides aména-
gées pour la culture et/ou l’élevage,
Marais aménagés y compris extensif. Ces zones sont
12 dans un but souvent drainées et comportent des
agricole ouvrages permettant de gérer les
alimentations et/ou les évacuations
d’eaux douces.
Gravières, sablières,
S’applique à tout plan d’eau et aux
plans d’eau de loisir
marais adjacents dès lorsqu’ils ont été
Zones humides artifi- (chasse), plan d’eau
13 créées pour des besoins d’activités di-
cielles de barrages, bassins
verses qui ne sont dans leurs objectifs
de lagunage, mares
initiaux ni salins ni aquacoles.
d’abreuvage…
Tableau : extrait de l’Application de la typologie SDAGE au bassin Rhône-Méditerranée-Corse et correspondance avec les autres typologies.

5.7. Travaux concernés

Donne une liste indicative de travaux pouvant tableau du GIP Loire Estuaire et de l’Agence de
être évalués grâce à l’indicateur. Cette nomen- l’eau Loire-Bretagne (AELB) (cf. 5.10.).
clature est issue de la colonne "Actions" du

5.8. Méthodologie

La méthodologie correspond à une description Les protocoles décrits permettent de mettre

des étapes techniques permettant d’aboutir en œuvre un suivi simple. Pour des suivis plus
à la mesure de l’indicateur. Cette section doit approfondis et notamment par des suivis scien-
permettre à un technicien non averti de com- tifiques, seules les grandes étapes sont pré-
prendre son origine, ses limites et ainsi lui per- sentées à titre informatif. Le maître d’ouvrage
mettre une meilleure analyse. Selon le niveau de pourra retrouver le cas échéant les protocoles
faisabilité de l’indicateur, la méthodologie fera en se référant à la bibliographie citée à la fin des
l’objet d’une description plus ou moins précise. fiches.

5.9. Couverture de l’indicateur

Permet d’apprécier l’échelle d’application de

l’indicateur.

5.9.1. Spatiale

L’échelle spatiale permet de déterminer l’éten- - Unité Hydraulique Cohérente*

due à laquelle sera observé l’indicateur. Les dif- *Espace délimité physiquement par des digues ou autres exhausse-
ments (buttes, bosses, bourrelets de curage, chemins, routes). Une UHC
férentes échelles spatiales proposées dans les est donc une portion continue du territoire, disposant d’une autonomie
fiches sont les suivantes : propre en terme de niveaux d’eau et d’au moins une entrée et une sortie
d’eau (les deux pouvant être confondues).
- Bassin versant - Habitat
- Zone humide
Avril 2014

13
Notice d’utilisation
Avril 2014

Figure : Illustration des quatre couvertures spatiales proposées dans la Mallette d’indicateurs.

5.9.2. Temporelle

Donne une indication du temps nécessaire à travaux ("n" signifie l’année des travaux) et pour
l’interprétation de l’indicateur, ainsi que le laps un suivi patrimonial. La fréquence de mesure est
de temps entre deux relevés de l’indicateur pour donnée à titre indicative et pourra être adaptée
obtenir une information pertinente. On retrouve en fonction des objectifs de suivi.
ainsi une échelle temporelle pour un suivi après

5.10. Rubriques des financeurs

Cette partie associe l’indicateur aux rubriques les colonnes "types d’actions" et "sous rubriques
de l’AELB afin de faciliter les demandes de sub- de AELB" issues du tableau du GIP Loire estuaire
ventions en assurant une homogénéité dans la et de l’AELB.
nomenclature des travaux. Les fiches reprennent

TYPES ACTIONS SOUS RUBRIQUES AELB

ACTIONS
(ex AELB sauf ouvrages & études) (pour mémoire)
Zones humides et marais
Acquisition de zones humides Acquisition de zones humides
Convention de gestion de zones
Convention de gestion de zones humides
humides
Aménagement d’une zone humide submersible
pour l’écrêtage des crues
Reconnexion (annexes hydrauliques) ; restauration Restauration des connexions hydrauliques au sein
de prairies humides du réseau
Amélioration de la connectivité latérale
Restauration des connexions hydrauliques avec les
prairies
Création de frayères Restauration de frayères
Autre Autre
Curage (marais rétro-littoraux) Entretien des émissaires hydrauliques
Entretien de la végétation Entretien régulier de la végétation
Entretien de zones humides
Gestion des espèces envahissantes Gestion des espèces envahissantes
Autre Autre
Intervention sur la végétation Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
Plantation Plantation
Protection des berges (marais rétro-littoraux) Réfection des berges des canaux
Restauration de zones humides
Mise en place d’abreuvoirs Mise en place d’abreuvoirs
Mise en place de clôtures Mise en place de clôtures
Autre Autre
Effacement d’ouvrage (suppression totale) Démantèlement d’ouvrage
Restauration de la continuité Arasement d’ouvrage (arasement partiel, échan-
Arasement partiel d’ouvrage
écologique crure)
Equipement d’ouvrage Aménagement piscicole sur ouvrage

14
 Notice d’utilisation
Cours d’eau
Reméandrement Reméandrement
Remise à ciel ouvert de cours d’eau Remise à ciel ouvert de cours d’eau
Recharge granulométrique Recharge granulométrique
Restauration du lit mineur Enlèvement d’embâcles Enlèvement d’embâcles
Restauration de l’ancien lit restauration de l’ancien lit
ouverture légère du lit ouverture légère du lit
Réduction de la section Réduction de la section
Renaturation (diversification des habitats et des Renaturation (diversification des habitats et des
écoulements) écoulements)
Autre Autre
Effacement d’ouvrage (suppression totale) démantèlement d’ouvrage
Arasement d’ouvrage (arasement partiel, échan- Arasement d’ouvrage (arasement partiel, échan-
crure) crure)

Restauration de la continuité Equipement d’ouvrage Aménagement piscicole sur ouvrage

écologique Suppression d’étang Suppression d’étang
Franchissement piscicole des petits ouvrages Franchissement piscicole des petits ouvrages
Bras de contournement Bras de contournement
Autre Autre
Gestion des espèces envahissantes Gestion des espèces envahissantes
Entretien des berges et de la ripisylve Intervention sur la végétation Intervention sur la végétation
Autre Autre
Restauration de la ripisylve
Intervention sur la végétation
Intervention ponctuelle
Mise en place de clôtures Mise en place de clôtures
Mise en place d’abreuvoirs Mise en place d’abreuvoirs
Restauration des berges et de la
Implantations de ripisylves (plantations) Implantation de ripisylves
ripisylve
Revégétalisation des berges (y compris retalutage) Revégétalisation des berges
Alignement de peupliers à traiter Alignement de peupliers à traiter
Désenrésinement Désenrésinement
Autre Autre
Tableau : extrait de l’Application de la typologie SDAGE au bassin Rhône-Méditerranée-Corse et correspondance avec les autres typologies.

5.11. Paramètres complémentaires

Cette partie propose d’autres indicateurs qui ter la connaissance du site et son fonctionne-
peuvent être associés à l’indicateur décrit dans ment.
la fiche de façon à faciliter l’analyse ou complé-

5.12. Structuration des données

Des pistes de structuration et valorisation de la stages peuvent être proposés lors de demandes
donnée liée à l’indicateur, via l’intégration dans coordonnées de la part des utilisateurs.
une base de donnée SIG, sont proposées dans Ces formations visent à vous assister dans la
cette rubrique. mise en place et la structuration de vos bases
de données associées aux SIG. Il précise notam-
Il est rappelé qu’il existe des solutions gratuites ment le type de l’objet (point, polygone, ligne),
permettant la mise en place d’un SIG sur base le nom de l’attribut et le type de données de
Avril 2014

de logiciels libres ou de solutions commerciales. chaque attribut (code, texte libre, numérique,
Une assistance, ainsi que des formations et des liste de valeurs, etc.).

15
Notice d’utilisation

Exemples d’attributs pour la dynamique des po- des informations que vous êtes amenés à saisir
pulations d’amphibiens : date, nom de l’obser- pour disposer d’un SIG performant et adapté à
vateur, mare, dépression, etc. vos besoins de suivis.
Le tableau fourni à l’annexe, récapitule la nature

5.13. Références bibliographiques

Ces références permettent d’orienter le techni- encourageons les techniciens et les maîtres
cien vers des publications et des rapports tech- d’ouvrage à élargir les recherches bibliogra-
niques décrivant les protocoles proposés et leur phiques pour toute information complémen-
mise en œuvre. Les références citées dans les taire qui leur serait nécessaire.
fiches ne sont en aucun cas exhaustives. Nous

Bibliographie
Agence de l’Eau Loire-Bretagne & Société d’Ingénierie pour l’Eau et l’Environnement, 2001. Etude de
définition des indicateurs de la politique milieux aquatiques. Présentation et caractérisation synthétique des
indicateurs. 78 p.

Anras L., 2003. Outils de suivis des actions d’entretien des milieux aquatiques en marais doux. Guide
méthodologique. Forum des Marais Atlantiques. 26 p.

Anras L., Boudeau P., Guionneau A., 2006. Contribution des zones humides au bon état des masses d’eau.
Forum des Marais Atlantiques. 63 p.

Buis M., 2011. Evaluation de l’impact des travaux d’entretien des cours d’eau et fossés des marais de la Côte
Est du Cotentin sur les fonctions écologiques et hydrologiques. 50 p.

Girardin P., Guichard L., Bockstaller C., 2005. Indicateurs et tableaux de bord : Guide pratique pour l’évaluation
environnementale. TEC et DOC Lavoisier. 40 p.

Rives A., 2011. Etat de lieux et analyse de la biodiversité aquatique des réseaux hydrauliques des marais de
Brouage et de Rochefort (17) - Mémoire de stage. Université de Pau et des Pays de l’Adour. 28 p.
Avril 2014

Short F.T., Burdick D.M., Short C. a, Davis R.C. & Morgan P. a., 2000. Developing success criteria for restored
eelgrass, salt marsh and mud flat habitats. Ecological Engineering, 15, 239–252.

16
 Entrée : Thématiques/enjeux - Objectifs - Indicateurs
Entrée :
Thématiques/enjeux Objectifs Indicateurs

Avant de choisir un indicateur, il est important de définir au préalable des objectifs d’action pour la
restauration et l’entretien de zones humides. Une liste d’objectifs est ainsi proposée à titre indicatif
dans ce tableau. Pour chaque objectif, un ou plusieurs indicateurs de suivis sont proposés, permet-
tant d’évaluer le succès de l’action. A l’inverse, un indicateur peut correspondre à un ou plusieurs
objectifs.

Objectifs Indicateurs
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer
Alimenter les prairies humides en Hydropériode
eau Indice d’Ellenberg
Suivi des communautés végétales
Suivi des manœuvres d'ouvrages
Suivi du niveau d’eau
Hydropériode
Milieu physique et hydrologie

Gérer les niveaux d'eau et le régime Suivi des manœuvres d’ouvrages

hydraulique Suivi du niveau d’eau
Taux d’envasement
Présence d’embâcles
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
Améliorer la connexion et la capa-
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes
cité hydraulique du réseau
Suivi du niveau d’eau
Taux d’envasement
Atterrissement de lagunes
Indice d’Ellenberg
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
Ouvrir une zone humide en déprise
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes
Suivi des communautés végétales
Suivi des roselières
Morphologie
Présence d’espèces animales exotiques envahissantes
Améliorer l'état des berges Présence d’hélophytes sur les berges
Stabilité des berges
Suivi des communautés végétales
Fonctions biogéochimiques d’un sol
Hydropériode
Rétablir le caractère humide
Indice d’Ellenberg
Suivi du niveau d’eau
Avril 2014

17
Entrée : Thématiques/enjeux - Objectifs - Indicateurs..........

Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux

Favoriser la libre circulation pisci- Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué
cole Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
Maitriser les espèces exotiques en- Présence d’espèces animales exotiques envahissantes
vahissantes
Biologie et écologie des

Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes

Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer
milieux

Indice d’Ellenberg
Présence d’hélophytes sur les berges
Suivi de l’avifaune
Suivi des amphibiens
Suivi des bryophytes
Diversifier les habitats
Suivi des communautés végétales
Suivi des macrophytes
Suivi des odonates
Suivi des orthoptères
Suivi des populations de Loutres
Suivi des rhopalocères
Suivi des roselières
Taux d'envasement
Eutrophisation
Qualité des

Niveau trophique de l’eau

Qualité physico-chimique de l’eau
eaux

Améliorer la qualité de l’eau Indice Biologique Diatomées

Indice Biologique Global Normalisé
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière

Avril 2014

18
 Entrée : Travaux - Indicateurs
Entrée :
Travaux Indicateurs
Le choix des indicateurs doit se faire en fonction de l’objectif des travaux et pas seulement du type
de travaux. Ce tableau récapitule la partie "travaux" dans les fiches indicateurs.

Travaux Indicateurs
Hydropériode
Suivi de l’avifaune
Suivi des amphibiens
Aménagement d’une zone humide sub- Suivi des odonates
mersible pour l’écrêtage des crues Suivi des orthoptères
Suivi des populations de Loutres
Suivi des rhopalocères
Suivi du niveau d’eau
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux • • • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué • • • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer • • • •
Restauration des connexions hydrau- Niveau trophique de l’eau •
liques au sein du réseau
Présence d’embâcles •
But :
• Améliorer les connexions latérales et le fonctionnement
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes •
de milieux déconnectés ;
• Diversifier les habitats : profondeur, substrat, etc. ;
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes •
• Favoriser l’auto-curage de certains réseaux ;
• Améliorer et diversifier la biocénose et les habitats des
Qualité physico-chimique de l’eau •
corridors fluvial : connexion des zones de frayères, aug-
mentation des zones refuges. Suivi des macrophytes • • •
Zones humides et marais

Suivi des manœuvres d’ouvrage •

Suivi du niveau d’eau •
Taux d’envasement • •
Atterrissement de lagunes •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux • • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué • • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer • • •
Eutrophisation •
Fonctions biogéochimiques du sol •
Hydropériode •
Restauration des connexions hydrau- Indice d’Ellenberg •
liques avec les prairies Niveau trophique de l’eau • •
But : Présence d’embâcles •
• Améliorer les connexions latérales et le fonctionnement
de milieux déconnectés Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes •
• Diversifier les habitats : profondeur, substrat, etc.
• Améliorer et diversifier la biocénose et les habitats des Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes •
corridors fluvial : connexion des zones de frayères, aug-
mentation des zones refuges Qualité physico-chimique de l’eau • •
Suivi de l’avifaune • • •
Suivi des amphibiens • • •
Suivi des communautés végétales • • •
Suivi des manœuvres d’ouvrage •
Suivi des odonates • • •
Avril 2014

Suivi des orthoptères • • •

Suivi des populations de Loutres • • •

19
Entrée : Travaux - Indicateurs..........

Suivi des rhopalocères • • •

Suivi du niveau d’eau •
Taux d'envasement •
Atterrissement de lagunes
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer
Hydropériode
Indice d'Ellenberg
Restauration de frayères Présence d’embâcles
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes
Suivi des communautés végétales
Suivi des manœuvres d’ouvrage
Suivi du niveau d’eau
Taux d'envasement
Atterrissement de lagunes • •
Fonctions biogéochimiques du sol •
Hydropériode •
Indice d’Ellenberg •
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes • •
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes • •
Intervention ponctuelle et lourde sur la Présence d'hélophytes sur les berges
végétation
Stabilité des berges • •
But :
• Restaurer la capacité hydraulique
Suivi de l’avifaune •
• Maintenir un milieu ouvert
• Maintenir les biotopes et la biocénose
Suivi des amphibiens •
• Lutter contre les espèces invasives
Suivi des bryophytes •
Exemples de travaux : broyage, arrachage, déboisement,
défrichement, coupe et abattage d’arbres et d’arbustes Suivi des communautés végétales • •
Suivi des macrophytes •
Suivi des odonates •
Suivi des orthoptères •
Suivi des populations de Loutres •
Suivi des rhopalocères •
Suivi des roselières •
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes •
Présence d’hélophytes sur les berges •
Qualité physico-chimique de l’eau •
Stabilité des berges •
Plantation
Suivi de l’avifaune •
But :
• Maintenir les berges Suivi des amphibiens •
• Créer des habitats favorables à la faune
• Lutter contre les espèces invasives Suivi des communautés végétales • •
Suivi des odonates •
Exemples de travaux : plantation d’hélophytes, semis
Suivi des orthoptères •
Suivi des populations de Loutres •
Suivi des rhopalocères •
Suivi des roselières • •
Avril 2014

20
 Entrée : Travaux - Indicateurs
Morphologie • •
Présence d’espèces animales exotiques envahissantes •
Présence d’hélophytes sur les berges • • •
Stabilité des berges •
Réfection des berges des canaux Suivi de l'avifaune •
But :
• Stabiliser la morphologie
Suivi des amphibiens •
• Réduire l’érosion locale
• Maintenir les biotopes et la biocénose
Suivi des manœuvres d’ouvrage • •
Exemples de travaux : fascinage
Suivi des odonates •
Suivi des orthoptères •
Suivi des populations de Loutres •
Suivi des rhopalocères •
Suivi du niveau d’eau • • •
Morphologie
Niveau trophique de l’eau
Condamnation des abreuvoirs sau-
Présence d’hélophytes sur les berges
vages
Qualité physico-chimique de l’eau
Stabilité des berges
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer • •
Morphologie •

Démantèlement et arasement d’ou- Niveau trophique de l’eau • • •

vrage Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes •

But :
Présence d’hélophytes sur les berges •
• Restaurer la continuité écologique
• Rétablir un régime naturel
Qualité physico-chimique de l’eau • •
• Déconfiner
Stabilité des berges •
Suivi des communautés végétales •
Suivi des macrophytes •
Suivi du niveau d’eau • •
Taux d’envasement • • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer
Hydropériode
Morphologie
Niveau trophique de l’eau
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
Gestion des manoeuvres d'ouvrage Présence d'hélophytes sur les berges
Qualité physico-chimique de l’eau
Stabilité des berges
Suivi des communautés végétales
Suivi des manœuvres d'ouvrages
Suivi des macrophytes
Suivi du niveau d'eau
Taux d'envasement
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux
Aménagement piscicole sur ouvrage Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué
Avril 2014

Indice Poissons Rivière

21
Entrée : Travaux - Indicateurs..........

Hydropériode
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes
Présence d'hélophytes sur les berges
Suivi de l'avifaune
Suivi des amphibiens
Recreusement de mares
Suivi des communautés végétales
Suivi des macrophytes
Suivi des odonates
Suivi des orthoptères
Suivi des populations de Loutres
Suivi de rhopalocères
Fonctions biogéochimiques du sol
Hydropériode
Indice d'Ellenberg
Suivi de l'avifaune
Suivi des amphibiens
Etrépage, décapage Suivi des bryophytes
Suivi des communautés végétales
Suivi des odonates
Suivi des orthoptères
Suivi des populations de Loutres
Suivi de rhopalocères
Fonctions biogéochimiques du sol
Hydropériode
Indice d'Ellenberg
Suivi de l'avifaune
Suivi des amphibiens
Suppression de remblai
Suivi des communautés végétales
Suivi des odonates
Suivi des orthoptères
Suivi de rhopalocères
Suivi du niveau d'eau
Fonctions biogéochimiques du sol
Hydropériode
Indice d'Ellenberg
Qualité physico-chimique de l’eau
Suivi de l'avifaune
Reconversion d'une culture en prairie
Suivi des amphibiens
humide
Suivi des communautés végétales
Suivi des odonates
Suivi des orthoptères
Suivi des populations de Loutres
Suivi de rhopalocères
Avril 2014

22
 Entrée : Travaux - Indicateurs
Fonctions biogéochimiques du sol
Hydropériode
Indice d'Ellenberg
Suivi de l'avifaune
Suivi des amphibiens
Effacement de drainage
Suivi des communautés végétales
Suivi des odonates
Suivi des orthoptères
Suivi des populations de Loutres
Suivi de rhopalocères
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux • • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué • • •
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer • • •
Eutrophisation •
Fonction biogéochimique du sol •
Hydropériode •
Indice d'Ellenberg •
Curage, Entretien des émissaires hy-
drauliques Morphologie •

But :
Niveau trophique de l’eau •
• Restaurer la capacité hydraulique du fossé encombré de
sédiments, de végétaux ou d’embâcles
Présence d’embâcles •
• Gérer les flux (évacuation ou alimentation de l’eau selon
les saisons) et des niveaux d’eau
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes • •
• Maintenir les biotopes et la biocénose aquatiques spé-
cifiques Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes • •
• Lutter contre les espèces invasives
Présence d’hélophytes sur les berges • •
Qualité physico-chimique de l’eau • •
Stabilité des berges •
Suivi des macrophytes • •
Suivi des manœuvres d’ouvrages • •
Suivi du niveau d’eau •
Taux d’envasement •
Atterrissement de lagunes • • •
Indice d’Ellenberg •
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes • • •
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes • •
Présence d’hélophytes sur les berges • •
Entretien régulier de la végétation
Stabilité des berges • • •
But : Suivi de l’avifaune •
• Restaurer la capacité hydraulique
• Maintenir un milieu ouvert Suivi des amphibiens •
• Maintenir les biotopes et la biocénose spécifiques
• Lutter contre les espèces invasives Suivi des bryophytes •
• Améliorer la valeur paysagère
• Maintenir une activité éconimique Suivi des communautés végétales • • •
Exemples de travaux : fauchage, pâturage, coupe d’arbres Suivi des macrophytes •
et d’arbustes
Suivi des odonates •
Suivi des orthoptères •
Suivi des populations de Loutres •
Suivi des rhopalocères •
Suivi des roselières • •
Lutte contre les espèces exotiques en- Eutrophisation • •
vahissantes Présence d’espèces animales exotiques envahissantes •
But :
Avril 2014

• Préserver la biodiversité locale Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes • •

• Maintenir un milieu ouvert
• Maintenir une mosaïque d’habitat Présence d'hélophytes sur les berges • •

23
Entrée : Travaux - Indicateurs..........

Qualité physico-chimique de l’eau • •

Suivi de l’avifaune •
Suivi des amphibiens •
Suivi des communautés végétales • •
Suivi des macrophytes •
Suivi des odonates •
Suivi des orthoptères •
Suivi des populations de Loutres •
Suivi des rhopalocères •
Indice Biologique Diatomées
Indice Biologique Global Normalisé
Reméandrement
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Indice Biologique Diatomées
Indice Biologique Global Normalisé
Remise à ciel ouvert de cours d’eau
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Recharge granulométrique Indice Biologique Diatomées • • •
But :
• Resserrer la section du lit mineur afin de créer une lar- Indice Biologique Global Normalisé • • •
geur d’écoulement adaptée au débit d’étiage
• Créer un profil d’écoulement avec une alternance de Indice Biologique Macrophyte Rivière • • •
fosses, radiers et plats
• Créer des habitats pour la faune aquatique Indice Poissons Rivière • • •
Indice Biologique Diatomées •
Enlèvement d’embâcles
Indice Biologique Global Normalisé •
Cours d’eau

But : Indice Biologique Macrophyte Rivière •

• Restaurer la continuité écologique
• Restaurer des secteurs dégradés propices aux poissons Indice Poissons Rivière • •
• Limiter les risques d’inondation
Présence d’embâcles • • •
Indice Biologique Diatomées
Indice Biologique Global Normalisé
Restauration de l’ancien lit
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Indice Biologique Diatomées
Ouverture légère du lit (entretien)
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Biologique Diatomées
Indice Biologique Global Normalisé
Réduction de la section
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Indice Biologique Diatomées
Renaturation (diversification des habi- Indice Biologique Global Normalisé
tats et des écoulements) Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Indice Biologique Diatomées
Indice Biologique Global Normalisé
Démantèlement d’ouvrage
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Indice Biologique Diatomées
Arasement d’ouvrage (arasement par- Indice Biologique Global Normalisé
tiel, échancrure) Indice Biologique Macrophyte Rivière
Avril 2014

Indice Poissons Rivière

24
 Entrée : Travaux - Indicateurs
Indice Biologique Diatomées
Indice Biologique Global Normalisé
Bras de contournement
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Indice Biologique Diatomées
Indice Biologique Global Normalisé
Gestion des espèces envahissantes
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Présence d’hélophytes sur les berges
Stabilité des berges
Indice Biologique Diatomées
Mise en place de clôtures
Indice Biologique Global Normalisé
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière
Présence d’hélophytes sur les berges
Stabilité des berges
Indice Biologique Diatomées
Mise en place d’abreuvoirs
Indice Biologique Global Normalisé
Indice Biologique Macrophyte Rivière
Indice Poissons Rivière

Avril 2014

25
Entrée : Grille de choix d’indicateurs..........

Entrée : Grille de
Ce tableau peut se lire avec l'entrée objectif et avec l'entrée travaux. Une pré-sélection d’indicateurs est
territoire concerné. Le Forum des Marais Atlantiques apportera son soutien pour la prise en main et le

Milieu physique et hydrologie

Objectifs Améliorer la connexion et

Alimenter les prairies Gérer les niveaux d'eau et Ouvrir une zone humide
la capacité hydraulique du
humides en eau le régime hydraulique en déprise
Travaux réseau

Aménagement d'une zone

Hydropériode Hydropériode
humide submersible pour
Suivi du niveau d’eau Suivi du niveau d’eau
l’écrêtage des crues

Taux d’envasement
Présence d'embâcles
Présence d’espèces
Restauration des Suivi du niveau d’eau
végétales exotiques
connexions hydrauliques Suivi des manœuvres
envahissantes
au sein du réseau d'ouvrages
Présence d’espèces
végétales indigènes
proliférantes
Taux d’envasement
Présence d'embâcles
Hydropériode
Hydropériode Présence d’espèces Suivi des communautés
Restauration des Suivi du niveau d’eau
Suivi du niveau d’eau végétales exotiques végétales
connexions hydrauliques Suivi des communautés
Suivi des manœuvres envahissantes Indice d’Ellenberg
avec les prairies végétales
d'ouvrages Présence d’espèces Atterrissement de lagunes
Indice d’Ellenberg
végétales indigènes
proliférantes
Taux d’envasement
Caractérisation du peuple-
Présence d'embâcles
ment piscicole en marais
Suivi du niveau d'eau Présence d’espèces Suivi des communautés
Hydropériode
Hydropériode végétales exotiques végétales
Restauration de frayères Suivi du niveau d’eau
Suivi des manœuvres envahissantes Indice d’Ellenberg
Suivi des communautés
d'ouvrages Présence d’espèces Atterrissement de lagunes
végétales
végétales indigènes
Indice d’Ellenberg
proliférantes
Restauration

Présence d’espèces
végétales exotiques
envahissantes
Présence d’espèces
végétales indigènes
Intervention ponctuelle et
proliférantes
lourde sur la végétation
Suivi des communautés
végétales
Indice d'Ellenberg
Suivi des roselières
Atterrissement de lagunes

Plantation

Suivi du niveau d'eau

Réfection des berges des
Suivi des manœuvres
canaux
d'ouvrages

Condamnation des abreu-

voirs sauvages
Avril 2014

Démantèlement et
Taux d'envasement
arasement partiel
Suivi du niveau d'eau
d'ouvrage

26
 Entrée : Grille de choix d’indicateurs
choix d’indicateurs
établie dans cette grille. Elle demande à être consolidée en groupe de travail en reprenant les enjeux du
déploiement de l’outil.

Biologie et écologie des milieux Qualité des eaux

Maitriser les espèces
Améliorer l'état des Rétablir le caractère Favoriser la libre Améliorer la qualité
exotiques Diversifier les habitats
berges humide circulation piscicole de l’eau
envahissantes
Suivi des communautés
végétales
Hydropériode
Indice d'Ellenberg
Suivi de la faune**

Caractérisation du Niveau trophique de

Caractérisation du Présence d’espèces peuplement piscicole l’eau
peuplement piscicole végétales exotiques en marais Qualité physico-
en marais* envahissantes Suivi des macrophytes chimique de l’eau
Taux d'envasement Eutrophisation

Qualité physico-
Suivi des communautés
Fonctions biogéochi- Caractérisation du Présence d’espèces chimique de l’eau
végétales
miques du sol peuplement piscicole végétales exotiques Niveau trophique de
Indice d’Ellenberg
Hydropériode en marais envahissantes l’eau
Suivi de la faune
Eutrophisation

Suivi des communautés

végétales
Caractérisation du
Indice d’Ellenberg
peuplement piscicole
Caractérisation du
en marais
peuplement piscicole
en marais

Suivi des communautés

végétales
Suivi des bryophytes
Suivi des communautés Fonctions biogéochi-
Suivi des macrophytes
végétales miques du sol
Présence d'hélophytes
Stabilité des berges Hydropériode
sur les berges
Suivi de la faune
Suivi des roselières

Suivi des communautés

Présence d'hélophytes
végétales
sur les berges Présence d’espèces
Présence d'hélophytes Qualité physico-
Suivi des communautés végétales exotiques
sur les berges chimique de l’eau
végétales envahissantes
Suivi de la faune
Stabilité des berges
Suivi des roselières
Stabilité des berges
Présence d’espèces Présence d'hélophytes
Présence d'hélophytes
animales exotiques sur les berges
sur les berges
envahissantes Suivi de la faune
Morphologie
Stabilité des berges Niveau trophique de
Présence d'hélophytes l’eau
sur les berges Qualité physico-
Morphologie chimique de l’eau
Suivi des communautés
végétales
Avril 2014

Stabilité des berges Caractérisation du Niveau trophique de

Caractérisation du Présence d’espèces
Présence d'hélophytes peuplement piscicole l’eau
peuplement piscicole végétales exotiques
sur les berges en marais Qualité physico-
en marais envahissantes
Morphologie Suivi des macrophytes chimique de l’eau
Présence d’hélophytes
sur les berges
27
Entrée : Grille de choix d’indicateurs..........

Améliorer la connexion et
Alimenter les prairies Gérer les niveaux d'eau et Ouvrir une zone humide
la capacité hydraulique du
humides en eau le régime hydraulique en déprise
réseau

Hydropériode
Suivi du niveau d'eau
Gestion des Suivi du niveau d’eau Taux d'envasement
Suivi des manœuvres
manœuvres d'ouvrages Suivi des manœuvres Suivi du niveau d'eau
d'ouvrages
d'ouvrages

Aménagement piscicole
sur ouvrage

Présence d’espèces
végétales exotiques
envahissantes
Présence d’espèces
Recreusement de mares
végétales indigènes
proliférantes
Suivi des communautés
végétales

Suivi des communautés

Etrépage, décapage
végétales

Suivi des communautés

Hydropériode
Suppression de remblai végétales
Suivi du niveau d'eau
Indice d'Ellenberg

Reconversion d'une
culture en prairie humide

Effacement de drainage

Taux d’envasement
Présence d'embâcles
Suivi du niveau d'eau
Taux d'envasement
Présence d’espèces
Curage, entretien des Suivi du niveau d'eau
végétales exotiques
émissaires hydrauliques Suivi des manœuvres
envahissantes
d'ouvrages
Présence d’espèces
végétales indigènes
proliférantes
Présence d’espèces
végétales exotiques
envahissantes
Entretien

Présence d’espèces
Entretien régulier de la végétales indigènes
végétation rivulaire et proliférantes
prairial Suivi des communautés
végétales
Indice d'Ellenberg
Suivi des roselières
Atterrissement de lagunes

Présence d’espèces Présence d’espèces

Lutte contre les espèces
végétales exotiques végétales exotiques
exotiques envahissantes
envahissantes envahissantes

N.B. : les indicateurs rivières n'ont pas été intégrés à ce tableau.

Pertinence des objectifs : Pertinence de l'indicateur :

Avril 2014

: forte Indicateur : forte (indicateur prioritaire)

: moyenne Indicateur : moyenne
: faible Indicateur : faible (indicateur optionnel)

28
 Entrée : Grille de choix d’indicateurs Avril 2014
Maitriser les espèces
Améliorer l'état des Rétablir le caractère Favoriser la libre Améliorer la qualité
exotiques Diversifier les habitats
berges humide circulation piscicole de l’eau
envahissantes
Suivi des communautés
végétales
Stabilité des berges Caractérisation du Niveau trophique de
Caractérisation du Présence d’espèces
Présence d'hélophytes peuplement piscicole l’eau
peuplement piscicole végétales exotiques
sur les berges en marais Qualité physico-
en marais envahissantes
Morphologie Suivi des macrophytes chimique de l’eau
Présence d’hélophytes
sur les berges
Caractérisation du Caractérisation du
peuplement piscicole peuplement piscicole
en marais en marais

Suivi des communautés

végétales
Présence d’espèces
Suivi de la faune
Hydropériode végétales exotiques
Suivi des macrophytes
envahissantes
Présence d’hélophytes
sur les berges

Fonctions biogéochi- Suivi des communautés

miques du sol végétales
Hydropériode Suivi des bryophytes
Indice d'Ellenberg Suivi de la faune
Fonctions biogéochi- Suivi des communautés
miques du sol végétales
Hydropériode Indice d'Ellenberg
Indice d'Ellenberg Suivi de la faune
Fonctions biogéochi- Suivi des communautés
miques du sol végétales Qualité physico-
Hydropériode Indice d'Ellenberg chimique de l’eau
Indice d'Ellenberg Suivi de la faune
Fonctions biogéochi- Suivi des communautés
miques du sol végétales
Hydropériode Indice d'Ellenberg
Indice d'Ellenberg Suivi de la faune

Fonctions biogéochi- Niveau trophique de

Stabilité des berges Caractérisation du
miques du sol Caractérisation du Présence d’espèces l’eau
Présence d'hélophytes peuplement piscicole
Hydropériode peuplement piscicole végétales exotiques Qualité physico-
sur les berges en marais
Indice d'Ellenberg en marais envahissantes chimique de l’eau
Morphologie Suivi des macrophytes
Suivi du niveau d'eau Eutrophisation

Suivi des communautés

végétales
Stabilité des berges
Suivi des bryophytes
Présence d'hélophytes Présence d’espèces
Suivi des macrophytes
sur les berges végétales exotiques
Présence d’hélophytes
Suivi des communautés envahissantes
sur les berges
végétales
Suivi de la faune
Suivi des roselières

Présence d’espèces Suivi des communautés

végétales exotiques végétales
Présence d’espèces Présence d’espèces Qualité physico-
envahissantes Suivi des macrophytes
animales exotiques végétales exotiques chimique de l’eau
Présence d’espèces Présence d’hélophytes
envahissantes envahissantes Eutrophisation
animales exotiques sur les berges
envahissantes Suivi de la faune

* Caractérisation du peuplement piscicole en marais regroupe trois fiches : ** Suivi de la faune regroupe six fiches :
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux Suivi de l'avifaune
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué Suivi des amphibiens
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer Suivi des odonates
Suivi des orthoptères
Suivi des populations de Loutres
Suivi des rhopalocères
29
Sommaire des fiches indicateurs..........

Sommaire des fiches indicateurs

Atterrissement de lagunes........................................................................................................................ 31
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux**.....................................................................35
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué**.........................................................41
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer**....................................45
Eutrophisation........................................................................................................................................... 49
Fonctions biogéochimiques du sol............................................................................................................55
Hydropériode**........................................................................................................................................ 59
Indice d’Ellenberg...................................................................................................................................... 63
Morphologie.............................................................................................................................................. 69
Niveau trophique de l’eau**..................................................................................................................... 73
Présence d’embâcles................................................................................................................................. 79
Présence d’espèces animales exotiques envahissantes**........................................................................83
Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes**........................................................................87
Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes..............................................................................93
Présence d’hélophytes sur les berges**...................................................................................................97
Qualité physico-chimique de l’eau**.......................................................................................................101
Stabilité des berges.................................................................................................................................. 113
Suivi de l’avifaune..................................................................................................................................... 117
Suivi des amphibiens................................................................................................................................ 125
Suivi des bryophytes................................................................................................................................. 129
Suivi des communautés végétales**........................................................................................................133
Suivi des macrophytes.............................................................................................................................. 137
Suivi des manœuvres d’ouvrages.............................................................................................................143
Suivi des odonates.................................................................................................................................... 145
Suivi des orthoptères............................................................................................................................... 149
Suivi des populations de Loutres..............................................................................................................153
Suivi des rhopalocères.............................................................................................................................. 157
Suivi des roselières................................................................................................................................... 161
Suivi du niveau d’eau**............................................................................................................................ 165
Taux d’envasement**............................................................................................................................... 169
Indice Biologique Diatomées*.................................................................................................................. 175
Indice Biologique Global*......................................................................................................................... 179
Indice Biologique Macrophyte Rivière*....................................................................................................183
Indice Poissons Rivière*........................................................................................................................... 187

* Indicateurs rivières
** Indicateurs répondant, en partie, aux besoins de suivi et d’évaluation des outils contractuels développés par l’Agence de l’eau Loire-
Bretagne et la région Pays de la Loire.

N.B.: Ce document est évolutif.

Avril 2015

30
 Atterrissement de lagunes

Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur concerne l’habitat lagunaire en marais aménagés dont
les bassins font l'objet d'usages. L’atterrissement de lagunes est sou- Technique ***
vent synonyme de marais en déprise. En effet, l’abandon d’un bassin
Financière €€€
amène son isolement de l’alimentation hydraulique, qui accompagné de
l’absence d’entretien, entraîne la transition d’un milieu aquatique à un
milieu terrestre halophile (prés salés notamment). A un stade avancé
d’enfrichement qui intervient à partir de 15-20 ans, le fonctionnement Pertinence
de la lagune est perturbé par un atterrissement prononcé limitant la
diversité de la biocœnose associée aux milieux aquatiques, mais aux Zone humide 
stades de "déprise jeune", on observe au contraire un fort intérêt bio- Bilan des outils 
logique.
Le suivi proposé dans cette fiche est issu du travail mené par Lepareur
& al. (2013) sur la méthode d’évaluation de l’état de conservation de
l’habitat 1150 "Lagunes côtières".

- Ouvrir une zone humide en déprise

Objectifs à évaluer

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais et lagunes côtiers Lagunes 21 Lagunes

- Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies

Travaux concernés - Entretien régulier de la végétation
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation

Méthodologie
Sur le terrain

Définir un nombre de stations d’échantillonnage sur le site d’étude (figure 1).

Avril 2015

Figure 1 : Différentes échelles d’évaluation de l’état de conservation (EC) (concept théorique) (©MNHN-SPN, 2013).

31
Avril 2015 Atterrissement de lagune

Dans un site de "petite taille", ou un site où l’habitat est peu représenté, il est recommandé d’inventorier la
totalité des habitats lagunaires. Mais dans un grand site, ou un site où l’habitat est fortement représenté, une
méthode aléatoire (tirage au sort des stations) est recommandée avec une stratification de l’échantillonnage
selon les différents types d’habitats lagunaires (Lepareur & al., 2013).
Les relevés sont effectués de fin août à début octobre.
Il est conseillé de conserver les mêmes stations pour les mesures renouvelées d’une année sur l’autre.

A l’aide des photos, définir sur le terrain l’état d’atterrissement de l’habitat lagunaire (figure 2) :

© Manuelle Richeux

© Fanny Lepareur
1 © Fanny Lepareur
2

© Loïc Anras
3 3
Figure 2 : Exemples pour renseigner les modalités de l’indicateur Atterrissement de lagunes (Lepareur & al., 2013).

Valeur
Modalités Informations Note
seuil
 Colonisation végétale nulle ou faible : re-
couvrement de plus de 50 % d’halophytes Habitat lagunaire en bon état de
1 annuelles. conservation 2
Exemples d’halophytes annuelles : Salicorne
(Salicornia sp.).
 Colonisation végétale moyenne : recouvre- Jeune déprise : transition d’un milieu
2 ment de plus de 50 % de sol nu. aquatique à un milieu terrestre halophile 1
 Colonisation végétale très importante :
recouvrement de plus de 50 % d’halophytes Marais en déprise, milieu terrestre.
3 pérennes. Habitat lagunaire en mauvaise état de
Exemples d’halophytes pérennes : Soude mari- conservation 0
time (Sueda maritima), Aster maritime (Aster
tripolium), Obione (Halimione portulacoïdes).

32
 Atterrissement de lagunes
Calcul de l'indice

Selon la modalité de réponse, une note est associée à l’état d’atterrissement des lagunes pour chaque station
d’échantillonnage (0, 1 ou 2).
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité de la surface échantillonnée = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site.

Exemple :
Sur un domaine d'étude, on relève :
- la note de 2 représentant Pnote2 = 60 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 20 % de la surface totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,60x2)+(0,20x1)+(0,20x0) = 1,4
L'indice 1,4 est représentatif du site.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 1,4 (proche de 1) représente une colonisation végétale moyenne, soit un recouvrement de plus de 50 %
d’halophytes annuelles qui est représentatif de l'ensemble du site. Cet indice est considéré comme "moyen",
en effet le milieu aquatique tend vers un milieu terrestre. L'objectif de cette fiche étant "d'ouvrir une zone
humide en déprise", il faut donc que l'indice évolue vers 2 aux prochains suivis.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Unité Hydraulique Cohérente 1 fois/an 1 fois/an
Habitat n-1, n+1, n+3 Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Avril 2015

Entretien de zones humides Entretien sur la végétation

Restauration de zones humides Intervention sur la végétation

33
Avril 2015 Atterrissement de lagunes

Option
Paramètres complémentaires

Salinité, pH, température, oxygène dissous, saturation en oxygène, hauteur d’eau, hauteur de vase,
nature du cordon littoral pour la lagune (sable, galets, débris coquilliers), suivi des communautés
végétales.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour :

- les usages : "bassin à poissons", "ostréiculture", "pêche", "marais salants", "chasse", "élevage",
"sans usage" ;
- le code 1 atterrissement : "colonisation végétale faible" ou "colonisation végétale moyenne" ou
"colonisation végétale importante" ;
- remarques : précisez la connexion hydraulique des bassins.

Références bibliographiques
Lepareur F., Bertrand S., Papuga G., Richeux M., 2013. État de conservation de l’habitat 1150 « Lagunes côtières » :
Méthode d’évaluation à l’échelle du site Natura 2000 - Guide d’application Version 1. Service du patrimoine naturel,
Muséum national d’histoire naturelle, Paris, 107 p.
(Disponible en ligne : [Link]
a-l-echelle-du-site-natura-2000)

Sroutta A., 2013. Mise en œuvre de la méthodologie d’évaluation de l’état de conservation des lagunes atlantiques à
l’échelle du site Natura 2000 « Fier d’Ars, Fosse de Loix et marais rétais ». Ligue pour la Protection des Oiseaux – Réserve
Naturelle Nationale de Lilleau des Niges, 34 p.

34
 Caractérisation du peuplement
piscicole en marais doux

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
Situés en bordure d’estuaire ou en zone côtière, les marais doux endi-
gués sont des territoires gérés au moyen de nombreux ouvrages hydrau-
Technique ***
liques. Selon les marais, on y trouve une densité plus ou moins impor-
tante de canaux (de 40 à 300 m à l’hectare) de différents calibres sur
Financière €€€
lesquels peuvent venir se greffer des plans d’eau ou des dépressions.
Ces systèmes créés par l’homme ne s’auto-entretiennent pas et se col-
matent de manière rapide et régulière (dégradation in situ de la pro- Pertinence
duction végétale, décantation de la matière minérale, dégradation des
berges). Ils fonctionnent une partie de l’année comme des eaux "cou- Zone humide 
rantes" et l’autre partie comme des plans d’eau avec une très faible cir- Bilan des outils 
culation d’eau. Ce fonctionnement est totalement sous l’emprise des dé-
cisions humaines de gestion des ouvrages (niveaux d’eau et connexité),
d’organisation et d’entretien des réseaux et de leurs éventuelles annexes
(baisses, piardes, jas).
A ce jour, environ 25 espèces piscicoles ont été observées dans ces ma-
rais doux endigués, mais aucun indicateur poisson normalisé n’ait été
élaboré. Cette fiche présente les méthodes disponibles pour caractériser
le peuplement piscicole de ces marais doux et pour en suivre l’évolution.

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Favoriser la libre circulation piscicole
- Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais aménagés dans un but
Marais doux
agricole

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Aménagement piscicole sur ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

35
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux

Méthodologie

Outils d’échantillonnage

En marais doux endigué, on peut rencontrer des conductivités significatives (plus de 2000 µS/cm). C’est le
cas par exemple de secteurs proches d’exutoires ou de portes à la mer, ainsi que de canaux très confinés et
envasés en période estivale. Cependant avec la majorité des matériels autorisant des pêches jusqu’à 2000
µS/cm, voire jusqu’à 5000 µS/cm pour certains, la pêche électrique (figure 1) peut généralement être mise
en œuvre dans ces marais.
Ces pêches électriques qui présentent un certain niveau de risques (usage de l’électricité dans l’eau) doivent
utiliser un matériel respectant les normes en vigueur et être manipulé par un personnel qualifié ayant suivi
une formation adaptée. Toute intervention de ce type doit être programmée et faire l’objet d’une demande
d’autorisation délivrée par la Direction Départementale des Territoires et de la Mer concernée.

© Parc Interrégional du Marais poitevin, 2006

Avril 2014

Figure 1 : Pêche électrique sur un fossé secondaire du Marais poitevin.

En cas de conductivité trop élevé pour réaliser une pêche électrique ou en cas de besoin d’évaluation de la
présence des espèces sur une plus longue période (de quelques jours à plusieurs semaines), il faut faire appel
à d’autres engins de capture, dits engins passifs (filet maillant, tramail, verveux gangui à ailes, verveux de
fond, nasses, etc.).

© Cemagref, 2002
© Cemagref, 2002

Figures 2 et 3 : Une nappe centrale lâche et à petites mailles entre deux nappes à grandes mailles.

36
 Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux
© Creaa, 2009
Figure 4 : Verveux de fond à double poche et pose lors d’un échantillonnage en fossé saumâtre en Seudre.

Echelles de travail et objectifs

- Surveillance régulière de la diversité piscicole à grande échelle (recherche d’un signal représentatif à
l’échelle d’une unité cohérente de fonctionnement)

Une première stratégie consiste, dans les marais avec des réseaux denses de canaux, à n’échantillonner que
le réseau secondaire, intermédiaire entre les grands émissaires difficiles à travailler et le chevelu tertiaire
très hétérogène et très développé lorsqu’il existe encore. En effet, les données collectées sur ces secondaires
sont représentatives des caractéristiques du peuplement piscicole de l’ensemble des réseaux dans lesquels
ils s’intègrent (Feunteun & al., 1999 ; Rigaud & al., 2008).
Par exemple depuis 2002, la surveillance dans le Marais Poitevin est basée sur cette stratégie avec le choix
de 24 stations relevées par lot annuel de 8 stations. Une semaine par an, ces 8 stations de 50 m de long sont
isolées par deux filets droits et les rives font l’objet d’une prospection systématique par pêche électrique en
petit bateau avec deux passages successifs (20 à 25 poses d’anode par passage). Ces deux passages successifs
sur station isolée permettent d’évaluer l’efficacité de l’opération. Cette intervention dure trois heures par
station avec cinq à six personnes impliquées (pêche et chantier de mesure). La fin mai apparait comme la
période la plus propice (peu de lentilles, peu de problèmes de conductivité, bonne activité des poissons et
bonne efficacité).

Une deuxième stratégie consiste à pêcher en bateau différents canaux en caractérisant les captures effectuées
lors de chaque immersion de l’anode (indices ponctuels d’abondance) en zone rivulaire (lancé de l’anode sous
tension à 5-10 m du bateau, approche et capture des poissons impactés).
Par exemple en Brière (Paillisson, 2013), le suivi est basé sur une dizaine de canaux travaillés chaque année à
raison d’une moyenne de 25 points d’échantillonnage espacés de 30 à 60 m par canal. Basé sur un seul pas-
sage, sans pose de filets d’isolement, cette stratégie est un peu moins gourmande en temps par canal, mais
ne permet pas en revanche d’évaluer l’efficacité de l’échantillonnage, pouvant varier entre espèces, sites et/
ou campagnes.

Une troisième stratégie, peu utilisée pour le moment, consiste en un échantillonnage des canaux par engins
passifs en jouant sur leur complémentarité (filet maillant, tramail ou verveux gangui pour les espèces de
pleine eau, nasses ou verveux de fond pour les espèces au comportement plus benthique). Cette approche
permet d’accéder à des sites parfois éloignés dans le marais et ce quelle que soit la conductivité observée.
En pêchant sur des durées significatives (un à plusieurs jours pour tous les engins sauf les filets maillants et
tramails (deux heures maximum car impact potentiel important)), ces engins permettent d’identifier la pré-
sence des espèces sur un site sur des périodes plus longues que la pêche électrique. Prendre toujours soin
de standardiser la démarche (nombre d’engins, temps de pose, période) de manière à pouvoir comparer les
campagnes entre elles et relativiser les captures (captures par jour ou par heure de pêche).
Avril 2014

37
Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux

- Observation de la fonctionnalité des diverses composantes d’un réseau et de ses annexes vis-à-
vis des différentes espèces

Un gestionnaire peut souhaiter identifier la fonctionnalité des divers compartiments aquatiques de son terri-
toire pour obtimiser la gestion, l’entretien ou l’aménagement. L’usage des engins passifs permet de préciser
le niveau d’utilisation des divers compartiments en intégrant les allées et venues sur plusieurs jours/nuits et
ce, en mobilisant beaucoup moins de personnel que pour les opérations ponctuelles de pêche électrique.
Avec un tel objectif, la pression d’échantillonnage doit cependant être plus importante sur les divers types de
compartiments aquatiques présents.

Interprétation des données

L’analyse des peuplements observés pourra se décliner de manière spécifique (nombre d’espèces avec leurs
importances relatives, repérage des espèces provoquant ou susceptibles de provoquer des déséquilibres bio-
logiques, repérage des espèces d’intérêt patrimonial, etc.). Cette analyse pourra également s’intéresser aux
importances relatives des différentes guildes trophiques (omnivores, détritivores, carnivores, piscivores,….)
ou guildes de reproduction (gardiens de nid, lithophiles, phytophiles, etc.), leurs importances relatives pou-
vant renseigner sur certains aspects du fonctionnement du système (état du réseau et des herbiers, type de
gestion des niveaux d’eau en hiver-printemps, etc.).

L’examen particulier des espèces venant de la mer (anguilles, flets) renseignera sur le caractère plus ou moins
transparent des ouvrages situés en aval. Parmi les références disponibles, on consultera celle d’Oberdorff &
al. (2002) pour la définition de ces différentes possibilités d’analyse des peuplements et leurs intérêts respec-
tifs. Enfin, l’observation de l’état sanitaire externe des poissons capturés est précieuse car ce dernier reflète
bien l’état général du milieu (milieu dégradé/poisson affaibli/poisson en mauvais état sanitaire).
Avril 2014

Dans tous les cas, les résultats obtenus sont présentés par station et par espèce (niveau ou indice de capture,
tailles représentées) en les rapportant à une méthode et à une pression de pêche comparable. Cette normali-
sation permet une mise en perspective par rapport aux campagnes d’échantillonnage précédentes (stabilité,
hausse ou baisse). L’analyse de la répartition spatiale des tendances observées par espèce permet de plus
d’identifier des trajectoires différentes selon les zones, en lien notamment avec la qualité de l’eau, la gestion
des ouvrages ou l’état du réseau (connexité, envasement).

Coûts indicatifs

Réalisation d’une pêche électrique (matériel, personnels compétents) : entre 1000 et 2000 € HT / station.
Acquisition d’engins passifs :
- nasse : environ 100 € HT
- verveux double poche : entre 300 et 400 € HT (avec un maillage classique)
- filet trémail : environ 100 € HT

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an 1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
n-1, n+1, n+3 Tous les 3 ans

38
 Caractérisation du peuplement piscicole en marais doux
Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de zones humides Curage
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option
Paramètres complémentaires

Conductivité, pH, température, pourcentage de saturation en oxygène dissous, hauteur d’eau, hau-
teur de vase, suivi des macrophytes, présence d’hélophytes sur les berges, stabilité des berges,
pluviométrie, niveau de connectivité, débit et sens d’écoulement au moment de l’échantillonnage.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Feunteun E., Rigaud C., Elie P., Lefeuvre J.-C., 1999. Les peuplements piscicoles de marais littoraux endigués atlantiques
: un patrimoine à gérer. Le cas du Marais de Bourgneuf-Machecoul (Loire-Atlantique). Bull. Franç. Pêche et Pisciculture,
N° 352 : 63-79.
(Disponible en ligne : [Link]

Gérard B., 2012. Peuplement piscicole des marais de Bourgneuf et de Machecoul. Etat des lieux avant travaux de res-
tauration. FDAPPMA44, 21 p.

Mouren V., 2009. Diagnostic piscicole des marais du Nord Loire entre St-Etienne de Montluc et Savenay. Fédération de
Loire Atlantique pour la pêche et la protection des milieux aquatiques, 125 p.

Oberdorff T., Pont D., Hugueny B., Belliard J., Berrebi dit Thomas R., Porcher J.-P., 2002. Adaptation et validation
d’un indice poisson (FBI) pour l’évaluation de la qualité biologique des cours d’eau français. Bull. Franç. Pêche Piscic.,
365/366, pp 405-433.

Paillisson J.-M., 2013. Quelles tendances de la communauté de poissons des marais du Brivet ? Parc Naturel Régional
de Brière, 57 p.
(Disponible en ligne : [Link]
Poissons_saison%202012_Paillisson.pdf)

Rigaud C., Roqueplo C., Massé J., Le Barh R., 2008. Indicateurs du niveau de présence de l’anguille européenne (A.
Avril 2014

anguilla) dans le Marais poitevin. Bilan des campagnes 2002-2008. CEMAGREF, 64 p.

39
 Caractérisation du peuplement
piscicole en marais salé endigué

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
Avec ses digues et ses vannages collectifs ou privés, le marais salé endi-
gué se distingue nettement du marais salé ouvert. Il est constitué de Technique ***
territoires privés venant se greffer sur les chenaux via de petits ou-
Financière €€€
vrages hydrauliques. A l’origine, ces marais étaient dédiés à la produc-
tion de sel ou de poissons en extensif. Au fil des décennies, les grandes
unités d’origine ont été souvent morcelées et les petites unités pri-
vées qui en ont découlé voient le développement d’usages variés (sel, Pertinence
chasse, ostréiculture, pisciculture, pénéiculture, réserves naturelles).
Dans chacune de ces unités, des aménagements ont été réalisés avec Zone humide 
notamment des ratios divers entre profonds (1-2 m) et plats (moins Bilan des outils 
de 40 cm d’eau) plus ou moins fragmentés. De nombreuses espèces
piscicoles sont susceptibles d’y pénétrer lors des prises d’eau. Il s’agit
ici de présenter quelques méthodes pour caractériser le peuplement
piscicole d’un marais salé endigué et pour en suivre l’évolution sur plu-
sieurs années afin notamment d’analyser les effets des actions locales
de gestion ou d’aménagement.

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Favoriser la libre circulation piscicole
- Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais et lagunes côtiers Marais, prés-salés, lagunes 21 Lagunes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassin aquacoles 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
salées
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux
agricole industriels, canaux

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Aménagement piscicole sur ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

41
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué

Méthodologie

Sur le terrain

Même si un matériel de pêche électrique en eau salée existe (Albatros®, Dream Electronic®), il est difficile
actuellement d’envisager son utilisation en routine (coût élevé, lourdeur du protocole, etc.). Les méthodes de
suivi et d’échantillonnage doivent donc s’adapter à cette contrainte, trois regards complémentaires pouvant
être portés sur le fonctionnement piscicole d’un marais salé endigué.

Un échantillonnage régulier des entrées lors des prises d’eau

L’utilisation d’une manche en filet (type manche à air de maille 3 mm) monté sur cadre permet de filtrer tout
ou partie du flux entrant. L’alternance de phases ouvertes de la manche (entrée libre de l’eau et des poissons)
et de phases fermées (fermeture de l’extrémité de la manche pour échantillonner toutes les entrées sur une
durée par exemple de cinq minutes toutes les 20 minutes) permet :
- de suivre l’évolution des entrées sur une prise d’eau donnée (évolution sur une marée, jour/nuit, évolution
saisonnière) ;
- de révéler des différences entre les ouvrages sur un même marais (influence du positionnement et de la
qualité du chenal).
Cette donnée est importante car il y a très peu d’espèces qui se reproduisent dans ces marais et ces entrées
constituent donc le potentiel à partir duquel le peuplement d’un territoire se constitue et se répartit au sein
des structures.

Un échantillonnage des zones profondes (plus de 40 cm, rarement plus de 2 m)

L’usage de verveux de fond à double nasse (4 à 6 mm de côté de maille) est intéressant notamment pour
l’échantillonnage de l’anguille. On exerce une pression de pêche d’une nuit de verveux par 100 m de profond
en travaillant sur des périodes de trois à quatre jours en phase de renouvellement d’eau, en mai-juin ou sep-
tembre-octobre (pas de fortes chaleurs mais températures supérieures à 15°C) et plutôt en lune noire avec
le déplacement des engins chaque matin (verveux posés en fin de journée et récupérés le lendemain matin).
Avril 2014

Cet échantillonnage peut être complété par l’utilisation ponctuelle (deux heures) de petites nappes de tra-
mail barrant le profond et interceptant plutôt les espèces de pleine eau (mulets, bars, dorades, etc.).
Une telle approche dans les zones profondes d’un territoire informe sur la diversité et l’abondance de sa
faune piscicole, sa mise en œuvre régulière et normalisée permettant d’en suivre l’évolution dans le temps.

Un échantillonnage des zones de plats (moins de 0,40 m)

Cet échantillonnage peut être mis en œuvre sur des marais présentant des zones de plats significatives. Il
permet d’identifier le niveau de fonctionnalité des différentes zones en fonction de leurs caractéristiques (en-
vasement, teneur en matière organique, richesse en macrofaune, abondance végétale, niveau de connexion
aux zones profondes) très liées aux actions d’entretien et d’aménagement de ces systèmes. Si la hauteur
d’eau le permet (0,30-0,40 m), l’usage des mêmes verveux qu’en profond peut être mis en œuvre (deux à
trois par hectare en eau). Si la profondeur est inférieure, l’utilisation de nasses rigides en maille de 5-6 mm
permettra d’échantillonner valablement ces milieux.
Quel que soit l’engin choisi, l’important sera de maintenir dans le temps, la stratégie d’observation pour pou-
voir analyser dans le temps l’évolution relative du peuplement piscicole présent.

Interprétation des données

Dans tous ces échantillonnages, les données de capture doivent être rapportées à l’effort de pêche exercé en
les exprimant en Capture Par Unité d’Effort de pêche (CPUE) ce qui permet une comparaison entre sites ou
entre campagnes sur un même site.

42
 Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué
Coûts indicatifs

Acquisition d’engins passifs :

- nasse : environ 100 € HT
- verveux double poche : entre 300 et 400 € HT (avec un maillage classique)
- filet trémail : environ 100 € HT

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an 1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
n-1, n+1, n+3 Tous les 3 ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de zones humides Curage
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option
Paramètres complémentaires

pH, température, oxygène dissous (début de matinée si possible pour situation la plus critique),
saturation en oxygène, conductivité, hauteur d’eau, hauteur de vase, suivi des macrophytes, pré-
sence d’hélophyte, stabilité des berges (réaliser les mesures à la même heure et les noter pour
comparer les suivis), teneur en matière organique des premiers centimètres de vase pour repérer
les zones avec vase réduite et anoxique, échantillonnage de la macrofaune benthique (ressource
trophique importante dans ces systèmes).

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.
Avril 2014

43
Caractérisation du peuplement piscicole en marais salé endigué

Références bibliographiques
Buard E., Blachier P., 2009. Final report on integrated management of marine extensive ponds and lagoons for a sustai-
nable eel fishery. Compte rendu du CREAA sur le programme Européen SEACASE.

Feunteun E., Rigaud C., Elie P., Lefeuvre J.-C., 1999. Les peuplements piscicoles des marais littoraux endigués atlantiques
: un patrimoine à gérer ? Le cas du Marais de Bourgneuf-Machecoul (Loire-Atlantique, France). Bull. Fr. Pêche Piscic.,
352 : 63-79.

Hussenot J., Feuillet-Girard M. (1988). Crevettes et sédiment. Le sédiment des marais salés aquacoles de la côte Atlan-
tique. Recherche de paramètres indicateurs de la qualité des fonds. Aqua Revue, (17), 25-29.
(Disponible en ligne : [Link]

Postic-Puivif A., Albert F., Buard E., 2011. Bilan d’activités 2010 de la Cellule Migrateurs Charente Seudre.

Postic-Puivif A., Albert F., Buard E., 2012. Bilan d’activités 2011 de la Cellule Migrateurs Charente Seudre.

Postic-Puivif A., Albert F., Buard E., 2013. Bilan d’activités 2012 de la Cellule Migrateurs Charente Seudre.

Triplet P. (ed.) (2012). Manuel d’étude et de gestion des oiseaux et de leurs habitats en zones côtières. Syndicat Mixte
Baie de Somme, Forum des Marais Atlantiques, Aesturia 17. 775 p.
(Disponible en ligne : [Link]
(Et notamment l’article disponible en ligne : [Link]
Avril 2014

44
 Caractérisation du peuplement
piscicole en marais saumâtre
ouvert à la mer

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
Un marais salé ouvert correspond à une zone libre de balancement des
marées le long de chenaux de différents gabarits sillonnant des zones Technique ***
végétalisées aux caractéristiques liées à leur altitude et donc à leur fré-
Financière €€€
quence de submersion. On peut aussi y trouver des petits plans d’eau
d’origine naturelle (dépressions) ou non (sartières, lacs de tonne, mares
à gabions) offrant des zones permanentes en eau entre deux submer-
sions. Pertinence
Cette fiche présente des méthodes pour caractériser les espèces pisci-
coles fréquentant les marais salés. Elle s’inspire de plusieurs cas de suivi Zone humide 
qui mettent en évidence leur rôle important de nourriceries pour les Bilan des outils 
jeunes individus de nombreuses espèces.
Les gestionnaires de ce type de milieu peuvent y intervenir de différentes
manières (mise en protection de certaines zones, lutte contre l’exhaus-
sement, maintien de la qualité des chenaux et des divers plans d’eau,
mise en pâturage des parties hautes). La surveillance de la faune pisci-
cole fréquentant ces zones est importante à la fois pour suivre l’évolu-
tion de la diversité et de l’abondance ichtyologique de la zone côtière
proche (changement climatique, qualité de l’eau, etc.) et pour obtimiser
les interventions sur le milieu en prenant en considération le rôle des dif-
férents habitats aquatiques qu’on y rencontre (chenaux, crassats, herbus
et zones rivulaires, lacs de tonne).

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Favoriser la libre circulation piscicole
- Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

11 Mers et océans
Grands estuaires
12 Bras de mer, baies et détroits
13 Estuaires et rivières initiales
Baies et estuaires moyens-plats Vasières, herbiers, prés-salés (soumises à marées)
14 Vasières et bancs de sable sans
végétation
Marais et lagunes côtiers Marais, prés-salés, lagunes 15 Marais salés, prés salés,
steppes salées

45
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Aménagement piscicole sur ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

Méthodologie

Dans ces milieux, on s’intéressera surtout à la faune piscicole présente dans les chenaux lors des flots et des
jusants. Les plans d’eau peuvent aussi être utilisés pour repérer les espèces et les types d’individus restant
dans ces zones permanentes en eau entre les marées.

La pêche électrique ne pouvant être mise en œuvre au vu de la salinité rencontrée, les suivis utilisent des
engins passifs (nasses, bosselles, verveux, filets trémails) avec une durée de pose variable selon le niveau
d’impact potentiel de chaque type d’engin. Le maillage utilisé influe bien sûr sur les gammes de taille des
captures. Ainsi, la maille de 10 mm ne permet pas un inventaire exhaustif puisque la plupart des juvéniles de
poissons et notamment ceux de l’Anguille européenne sont très largement sous-échantillonnés. On privilégie
donc des mailles inférieures (3-4 mm) avec des autorisations ad hoc pour un suivi scientifique.

Pour l’échantillonnage dans les chenaux, on établit des barrages temporaires interceptant tout ou partie des
flux biologiques. Le choix du nombre et du type d’engins dépend de la configuration des zones à échantillon-
ner (hauteur d’eau, force du courant, largeur). Ainsi dans les marais du Mès, quatre stratégies ont été définies
en fonction des sites avec l’utilisation de bosselles ou de verveux gangui.

Les pêches sont surtout effectuées lors de marées à coefficient moyen (70<coef<100). En effet, lors des ma-
rées plus fortes (>100), les courants dans les chenaux et les hauteurs d’eau rendent difficile et peu efficace
l’usage des engins. Les marées plus faibles (<70) posent d’autres problèmes à la fois parce que la diversité
spécifique est faible, mais aussi parce que les temps de submersion sont courts et peuvent donc provoquer
soit des mortalités dans les engins se retrouvant à sec, soit une absence totale de capture.
Avril 2014

Les pêches sont principalement à effectuer entre avril et octobre lorsque les températures sont compatibles
avec un bon niveau d’activité des poissons et crustacés.

En chenal, la pose et le relevé des engins doivent encadrer l’arrivée et le retrait de la marée pour éviter abso-
lument l’exondation des chambres de capture ou des filets.
Pour d’éventuels prélèvements de nuit, on prendra en compte la période lunaire car les périodes proches de
la nouvelle lune (absence de lune) présentent une plus forte probabilité de correspondre à des déplacements
importants chez certaines espèces, l’anguille notamment.

Les captures réalisées ne permettent pas d’estimer l’intensité des flux allant et venant dans les chenaux ou
des stocks restant dans les plans d’eau entre deux marées. En revanche, les niveaux de capture rapportés à
chaque fois au temps de pêche de l’engin concerné (Capture Par Unité d’Effort (CPUE)) permettent de dispo-
ser d’indices normalisés utiles pour des comparaisons entre sites ou entre campagnes saisonnières de pêche.

46
 Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer
Coûts indicatifs

Acquisition d’engins passifs :

- nasse : environ 100 € HT
- verveux double poche : entre 300 et 400 € HT (avec un maillage classique)
- filet trémail : environ 100 € HT

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an 1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
n-1, n+1, n+3 Tous les 3 ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de zones humides Curage
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option
Paramètres complémentaires

pH, température, oxygène dissous, saturation en oxygène, conductivité. Noter les heures des me-
sures.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.
Avril 2014

47
Caractérisation du peuplement piscicole en marais saumâtre ouvert à la mer

Références bibliographiques
Brun S., 2011. Première approche spatiotemporelle de la biodiversité aquatique d’un marais littoral (RNN des prés salés
d’Arès et de Lège, Gironde, France). Analyse particulière des communautés benthiques, supra-benthiques et ichtyolo-
giques. ONCFS, AMP, CEMAGREF, UMR CNRS EPOC. 44 p.
(Disponible en ligne : [Link]
[Link]%2FMedia%2FForum%2FFichiers%2FActualites%2FPremiere-approche-spatiotemporelle-de-la-biodiversite-aquatique-d-un-marais-
littoral-2011&ei=n98yUur9DaTI0QWJzYDQAw&usg=AFQjCNGiifksy1TNugrHShA_qg3U3lCOHg&bvm=bv.52164340,d.d2k)

Laffaille P., 2011. Relation entre l’ichtyofaune et les marais salés macrotidaux : l’exemple de la baie du Mont Saint-
Michel. Cybium, vol. 25 (n° 3). pp. 295-296. ISSN 0399-097.

Mercier F., Mouren V., 2012. Caractérisation du peuplement piscicole des marais du Mès et de Pont Mahé (Presqu’île
Guérandaise, Loire-Atlantique) - Rapport d’étude. Fédération pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique de
Loire Atlantique et CAP Atlantique Communauté d’agglomération : 32 p.
Avril 2014

48
 Eutrophisation

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur mesure le recouvrement d’un tapis de végétaux et l’as-
pect de la vase sur des eaux stagnantes ou des eaux courantes mais de Technique ***
faible débit.
Financière €€€
Le niveau trophique de l’eau est déterminé par la richesse relative en
éléments nutritifs. Leurs teneurs dépendent des relargages par les sédi-
ments, l’intensité du recyclage de la matière organique détritique (com-
posé de plantes, phytoplanctons, zooplanctons, autres) et les apports Pertinence
extérieurs (lixiviats agricoles, eaux pluviales urbaines, station d’épura-
tion, etc.). Le niveau de confinement détermine selon les cas des sur- Zone humide 
concentrations, en conditions favorables d’ensoleillement et de tempé- Bilan des outils 
rature. Du printemps à l’automne, on peut ainsi localement observer
des crises dystrophiques. Elles provoquent d’importantes mortalités
parmi la faune et la microflore, liées à la forte demande bactérienne en
oxygène issue de la dégradation d’excès de matière organique, suite à
des efflorescences et foisonnements d’organismes dopés par les nutri-
ments. Le suivi proposé dans cette fiche est issu du travail mené par
Lepareur & al. (2013).
N.B. : cette fiche est en lien avec les fiches "niveau trophique de l’eau" et
"qualité physico-chimique de l’eau".

Objectifs à évaluer - Améliorer la qualité de l’eau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais et lagunes côtiers Marais, prés-salés, lagunes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassin aquacoles
Bordures de cours d’eau et
Prairies inondables
plaines alluviales
Régions d’étangs Etangs isolés 21 Lagunes
22 Eaux douces stagnantes (lacs,
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides, étangs et mares)
plans d’eau prairies tourbeuses 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
Réseau de mares ou mares salées
Zones humides ponctuelles permanentes ou temporaire, 24 Eaux courantes
naturelles ou créées par l’homme 89 Lagunes et réservoirs
Marais aménagés dans un but industriels, canaux
Marais doux
agricole
Plan d’eau de loisir, plan d’eau
Zones humides artificielle de barrage, bassin de lagunage,
mare d’abreuvage

49
Avril 2015 Eutrophisation

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes

Méthodologie

Sur le terrain
Définir un nombre de stations d’échantillonnage sur le site d’étude (figure 1).
Dans un site de "petite taille", ou un site où l’habitat est peu représenté, il est recommandé d’inventorier la
totalité des habitats. Mais dans un grand site, ou un site où l’habitat est fortement représenté, une méthode
aléatoire (tirage au sort des stations) est recommandée avec une stratification de l’échantillonnage selon les
différents types d’habitats (Lepareur & al., 2013).
Les relevés sont effectués de fin août à début octobre.
Il est conseillé de conserver les mêmes stations pour les mesures renouvelées d’une année sur l’autre.

Figure 1 : Différentes échelles d’évaluation de l’état de conservation (EC) (concept théorique) (©MNHN-SPN, 2013).

L’anoxie de l’eau (la nuit) et des sédiments est conséquente à la formation d’un épais tapis de végétaux aqua-
tiques (lentilles d’eau, azolla, ulves, entéromorphes, cladophores, etc.) ou d’un développement phytoplanc-
tonique (eau verte) rendant le sédiment complètement réduit en surface (très noir et malodorant). C’est
le recouvrement de ce tapis de végétaux, accompagné de l’aspect de la vase (noir), qui sera mesuré pour
évaluer cet indicateur, à l’aide des photos ci-contre (figure 2) :

Valeur Note
Modalités Informations
seuil associée

 Pas de tapis : recouvrement d’un tapis de végé-

1 taux de 0 à 20 %, pas de vase réduite en surface
Bon fonctionnnement 2
 Recouvrement par endroit : recouvrement d’un
2 tapis de végétaux épais de 20 à 50 %, vase réduite 1
en dessous (grise foncée à noire)
 Recouvrement majoritaire : recouvrement d’un Mortalité de la faune
3 tapis de végétaux épais de plus de 50 %, vase et de la microflore 0
épaisse et noire en dessous

50
 Eutrophisation
© Manuelle Richeux

© Fanny Lepareur
1 1

© Manuelle Richeux

© Manuelle Richeux
2 2
© Manuelle Richeux

© Fanny Lepareur

3 3
Figure 2 : Exemples pour renseigner les modalités de l’indicateur Eutrophisation (Lepareur & al., 2013).

Interprétation des données

Selon la modalité de réponse, une note est associée à l’état d’eutrophisation pour chaque station d’échan-
tillonnage (0, 1 ou 2).
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité de la surface échantillonnée = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site.
Avril 2015

51
Avril 2015 Eutrophisation

Exemple :
Sur un domaine d'étude, on relève :
- la note de 2 représentant Pnote2 = 60 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 20 % de la surface totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,60x2)+(0,20x1)+(0,20x0) = 1,4
L'indice 1,4 est représentatif du site.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 1,4 (proche de 1) représente un recouvrement par endroit, soit un recouvrement d'un tapis de végétaux
épais de 20 à 50 % et de vase en dessous de celui-ci. Cet indice est considéré comme "moyen", en effet le
milieu aquatique tend vers une eutrophisation. L'objectif de cette fiche étant de conserver un milieu non
eutrophisé, il faut donc que cet indice évolue vers 2 aux prochains suivis.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an
Habitat -
n-1, n+1, n+3

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Curage
Entretien de zones humides
Gestion des espèces envahissantes

Option
Paramètres complémentaires

Salinité, pH, température, oxygène dissous, saturation en oxygène, hauteur d’eau, hauteur de vase,
nature du cordon littoral pour la lagune (sable, galets, débris coquilliers), suivi des communautés
végétales.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 eutrophisation : "pas de
tapis" ou "recouvrement par endroit" ou "recouvrement majoritaire".

52
 Eutrophisation Avril 2015
Références bibliographiques

Lepareur F., Bertrand S., Papuga G., Richeux M., 2013. État de conservation de l’habitat 1150 « Lagunes côtières » :
Méthode d’évaluation à l’échelle du site Natura 2000 - Guide d’application Version 1. Service du patrimoine naturel,
Muséum national d’histoire naturelle, Paris, 107 p.
(Disponible en ligne : [Link]
a-l-echelle-du-site-natura-2000)

53
 Fonctions biogéochimiques du sol

Avril 2014
Description de l’indicateur
Dans des suivis visant à évaluer la fonctionnalité d’une zone humide, il Faisabilité
peut être intéressant d’étudier les propriétés du sol, permettant d’éva-
luer le fonctionnement biogéochimique de la zone humide. Technique ***
En effet, un bon fonctionnement biogéochimique permet d’alimenter Financière €€€
les végétaux et les bactéries en éléments nutritifs et sont à l’origine
de services rendus tels que l’épuration de l’eau ou la production de
biomasse. La présence de matière organique dans le sol ainsi que sa
densité apparente sont de bons indicateurs de conditions favorables
Pertinence
au bon fonctionnement biogéochimique d’une zone humide (Hossler
& al., 2011 ; Meyer & al., 2008 ; Wolf & al., 2011). En effet, un sol Zone humide 
peu compact et riche en matière organique permettra une meilleure Bilan des outils 
circulation de l’eau et sa meilleure rétention qu’un sol minéral et com-
pact. La circulation de l’oxygène y sera également facilitée et une plus
grande surface de contact entre les éléments présents dans l’eau et les
bactéries se développant à la surface des particules de sol sera dispo-
nible, facilitant les processus biogéochimiques.

Objectifs à évaluer - Rétablir le caractère humide

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, Prés-salés, Lagunes,
Marais et lagunes côtièrs
Roselières
21 Lagunes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, Bassins aquacoles 31 Landes, broussailles, recrues (31.1
Bordures de cours d’eau et plaines Annexes fluviales, Ripisylve Landes humides)
alluviales Prairies inondables 36 Pelouses alpines et subalpines
Zones humides de bas-fonds en tête Tourbières, Prairies humides, Prairies 37 Prairies humides et communautés
de bassin tourbeuses, Podzines d’herbacées hautes
44 Forets et fourrés alluviaux très
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides,
humides
plans d’eau prairies tourbeuses
51 Tourbière bombés à
Marais et landes humides de plaine Plateaux imperméables, Zones de communautés très acides
et plateaux sources, Tourbières 52 Tourbière de couverture
Mares permanentes ou temporaires, 53 Végétation de ceinture de bord
Zones humides ponctuelles
naturelles ou créées par l’homme des eaux
Marais aménagés dans un but 54 Bas-marais, tourbières de
Marais doux transition et source
agricole
89 Lagunes et réservoirs industriels,
Gravières, sablières, plans d’eau de canaux
Zones humides artificielles loisir, plan d’eau de barrages, bassins
de lagunage, mares d’abreuvage

55
Avril 2014 Fonctions biogéochimiques du sol

- Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies

Travaux concernés - Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques

Méthodologie

Sur le terrain

Les valeurs seuils doivent être établies à partir d’un état des lieux initial du site d’étude, ou pour un site
dégradé, à partir d’un référentiel de sites références en bon état fonctionnel.

Prélever un nombre représentatif de carottes de sol (trois peuvent suffire sur des sites de végétation homo-
gène, au moins cinq sur des sites hétérogènes). Les carottes sont prélevées à l’aide d’un carottier (figure 1) ou
d’une tarière spécifique. Il convient, avant l’échantillonnage, de supprimer la végétation en surface ainsi que
la litière. Le carottier est ensuite enfoncé dans le sol à l’aide d’une masse. Les carottes de sol peuvent être
prélevées toute l'année.

Figure 1 : carotte de sol prélevée en prairie humide.

La carotte extraite est stockée dans un sac plastique à 4°C jusqu’à la réalisation des analyses.
Pour des échantillons destinés à la mesure de la masse volumique, il faut porter le plus grand soin à ne pas
compacter le sol lors du prélèvement. La taille de la carotte sera mesurée précisément, afin de connaitre son
volume.
Une mesure de la température du sol permet de déterminer si on se trouve en condition propice à l’activité
bactérienne (au-dessus de 4°C).

Analyse des échantillons en laboratoire

Les paramètres suivants pourront être mesurés en laboratoire sur les carottes de sol prélevées :
- Taux de matière organique ;
- Densité apparente (masse sèche d’une carotte de volume connu) ;
- Taux d’humidité (perte de poids après séchage du sol à 105°C) ;
- pH ;
- Teneur en carbone organique total et azote total (optionnel).

56
 Fonctions biogéochimiques du sol
A partir de ces mesures, différents paramètres peuvent être calculés :

- La porosité : elle conditionne la capacité de circulation de l’eau dans un sol. Elle peut être évaluée à partir
de la densité apparente et de la densité particulaire d’un sol, selon la formule :
Ps(%) = 100x(1-Ds/Dp)
Soit :
- Ds est la densité apparente du sol ;
- Dp est la densité particulaire du sol (Dp=2.65 g.cm3 pour un sol minéral).

- La saturation en eau des pores du sol (Water filled pores space, WFPS) : c’est un des facteurs déterminants
l’intensité de dénitrification dans un sol (Oehler & al., 2006). Elle correspond au volume de pores occupé par
de l’eau et est estimée avec la formule :
WFPS(%) = 100xPe/Ps
Soit :
- Pe est la porosité du sol ;
- Ps l’humidité du sol.
Lorsque moins de 70 % des pores sont occupés par de l’eau, on peut considérer que la dénitrification est
négligeable (Helting, 2003).

- Le rapport C/N : il permet de connaître les limitations en N pour les plantes et les bactéries. A des forts C/N
(>20 environ), la quantité de N disponible pour les bactéries pour dégrader la matière organique est trop
faible par rapport à la disponibilité de C, limitant l’activité de décomposition et donc la libération de N miné-
ral disponible pour les plantes.

Ces données comparées à la littérature ou aux valeurs obtenues dans des sites fonctionnels (sites témoins)
permettent une évaluation de la fonctionnalité des sites étudiés.

Coûts indicatifs
Analyse des paramètres en laboratoire :
Paramètres Normes P.U. (€) HT*
Lixiviat (préparation) NF EN ISO 12457 50
Matières Sèches à 105°C NF EN 12880 9
Azote Total Kjeldhal (NTK) NF EN 13342 23
Carbone organique total (C) NF ISO 14235 21
Granulométrie NF ISO 13320-1 54
Retraitement des graphes granulométriques 15
Phosphore Total (P) NF EN ISO 11885 10
Potentiel hydrogène (pH) NF EN 12176 5
Potentiel hydrogène (pH) KCL 5
*
ces tarifs ne sont pas représentatifs de l’ensemble des laboratoires.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an
Avril 2014

Zone humide -
n-1, n+1,n+3, n+5

57
Avril 2014 Fonctions biogéochimiques du sol

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Entretien de zones humides Curage
Intervention sur la végétation
Autres (Etrépage, décapage, suppression de
Restauration des zones humides
remblai, reconversion d'une culture en prairie
humide, effacement de drainage)

Option
Paramètres complémentaires

Hydropériode.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Hefting M.M. (2003). Nitrogen transformation and retention in riparian buffer zones. Thèse de doctorat de l’Utrecht
University.
(Disponible en ligne : [Link]

Hossler K., Bouchard V., Fennessy M.S., Frey S.D., Anemaet E., Herbert E. (2011). No-net-loss not met for nutrient
function in freshwater marshes: recommendations for wetland mitigation policies. Ecosphere, 2(7), art82. doi:10.1890/
ES11-00009.1.

Meyer C.K., Baer S.G., Whiles M.R. (2008). Ecosystem Recovery Across a Chronosequence of Restored Wetlands in the
Platte River Valley. Ecosystems, 11(2), 193–208. doi:10.1007/s10021-007-9115-y.

Oehler F., Rutherford J.C., Coco G. (2010). The use of machine learning algorithms to design a generalized simplified
denitrification model. Biogeosciences, 7(10), 3311–3332. doi:10.5194/bg-7-3311-2010.

Wolf K. L., Ahn C., Noe G. B. (2011). Development of soil properties and nitrogen cycling in created wetlands. Wetlands,
31(4), 699–712. doi:10.1007/s13157-011-0185-4.

58
 Hydropériode

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Le fonctionnement de la zone humide est régi par son fonctionne-
ment hydraulique et en particulier par les fluctuations du niveau
Technique ***
de la nappe d’eau sous terre et/ou en surface. La caractérisation de
l’hydropériode du site est donc indispensable dans le cadre d’opé-
Financière €€€
rations de réhabilitation, la restauration d’une saturation en eau
du sol, au moins une partie de l’année, étant un préalable au déve-
loppement des autres caractéristiques propres à la zone humide. Pertinence
L'hydropériode est donc "l'évolution dans le temps du niveau d'eau
libre à proximité immédiate de la surface du sol, en dessous ou au- Zone humide 
dessus de celle-ci." (Barnaud et al., 2004) Bilan des outils 

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Gérer les niveaux d'eau et le régime hydraulique
- Rétablir le caractère humide

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, Prés-salés, Lagunes,
Marais et lagunes côtièrs
Roselières 21 Lagunes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, Bassins aquacoles 22 Eaux douces stagnantes
Bordures de cours d’eau et plaines Annexes fluviales, Ripisylve 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
alluviales Prairies inondables salées
31 Landes, broussailles, recrues
Zones humides de bas-fonds en tête Tourbières, Prairies humides, Prairies 36 Pelouses alpines et subalpines
de bassin tourbeuses, Podzines 37 Prairies humides et communautés
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides, d’herbacées hautes
plans d’eau prairies tourbeuses 44 Forets et fourrés alluviaux très
Marais et landes humides de plaine Plateaux imperméables, Zones de humides
et plateaux sources, Tourbières 51 Tourbière bombés à
communautés très acides
Mares permanentes ou temporaires,
Zones humides ponctuelles 52 Tourbière de couverture
naturelles ou créées par l’homme
53 Végétation de ceinture de bord
Marais aménagés dans un but des eaux
Marais doux
agricole 54 Bas-marais, tourbières de
Gravières, sablières, plans d’eau de transition et source
loisir (chasse), plan d’eau de 89 Lagunes et réservoirs industriels,
Zones humides artificielles canaux
barrages, bassins de lagunage, mares
d’abreuvage…

59
 Hydropériode

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Recreusement de mares
- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage
- Curage, entretien des émissaires hydraulique
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

Méthodologie

Cette notion d'hydropériode est ainsi définie par les paramètres suivants : la hauteur d'eau au-dessus du sol,
sa durée et sa fréquence, le niveau et la durée en saturation du sol.

Niveau de la nappe phréatique

Ce paramètre indique la présence d’eau dans le sol et ses fluctuations au cours du temps. Il existe différentes
méthodes pour mesurer ces fluctuations :

- Utilisation de piézomètre
Des mesures plus ou moins fréquentes peuvent être réalisées en fonction de la problématique du site. Une
mesure tous les 10 jours permet d’avoir une bonne évaluation des fluctuations annuelles du niveau de nappe.
Alors que des mesures en continues à l’aide de sondes piézométriques automatiques et un pas de temps de
l’ordre de cinq minutes permettent par exemple de mettre en évidence la réponse de la nappe aux épisodes
pluvieux.

Figures 1 et 2 : piézomètre.

- Utilisation de stick hypoxie

Sur une période courte, l’utilisation de sticks hypoxie (figure 3) peut mettre en évidence des phénomènes
Avril 2015

d’anoxie et de caractériser leur profondeur (Tremblay, 2006).

60
 Hydropériode
Figure 3 : Hypoxia Stick.

Il s’agit de mettre en place verticalement dans le sol l’ensemble du bâton de résineux (pin, sapin) de 8 x 8 mm
et d’une longueur de 50 cm. Un fil de fer à gaine colorée placé dans un trou à l’extrémité du stick permet de
le repérer sur le terrain et sert de repère pour vérifier qu’il n’a pas bougé par rapport à la surface du sol.
Le stick se colore en noir en l’absence d’oxygène au bout de trois semaines environ et permet de mettre en
évidence des épisodes d’anoxie. Cet indicateur est intégrateur des conditions rencontrées sur une période de
temps donnée. En effet, une fois coloré, le bâton ne se décolore pas si le milieu redevient oxygéné.

La lecture doit se faire rapidement sur le terrain (prendre une photo) car la couleur s’estompe quand les
bâtonnets sèches. La distance entre le haut du stick et la première zone colorée nous renseigne sur la profon-
deur d’oxygénation du substrat.

Niveau d’eau en surface

Il s’agit de mesurer le niveau d’eau en surface sur la zone humide à l’aide d’une mire graduée.

Topographie (optionnel)
Des levées topographiques et la création d’un Modèle Numérique de Terrain couplé aux relevés du niveau
d’eau de surface ou souterraine sur le terrain permet d’estimer la capacité de stockage d’eau en surface lors
des crues et le fonctionnement de la nappe (sens d’écoulement). Ce paramètre, réalisable uniquement par
des spécialistes, n’est pertinent que dans le cas de problématiques spécifiques, telle que la gestion des crues.

Interprétation des données

Le suivi de la variation des niveaux d’eau au-dessus ou en dessous de la surface du sol permet de comprendre
le fonctionnement hydraulique de la zone humide. Les données récoltées peuvent refléter l’hydropériode
de référence sur un type de zone humide. Par exemple sur une zone humide alluviale, le niveau d’eau passe
périodiquement au-dessus de la surface du sol lors des périodes d’inondations. Les données varient sur une
année en fonction de différents facteurs (climatique, etc.), il faut ainsi identifier les causes de ces fluctuations.

Coûts indicatifs

Acquisition de matériels :
- piézomètre (tube PVC de 6 à 10 cm de diamètre) : environ 10 € (prévoir en supplément un géotextile pour
la protection du piézomètre et un bouchon pour fermer le haut du tube)
- sonde piézométrique manuelle : entre 300 € et 550 € HT
- sonde piézométrique automatique : entre 990 € et 1200 € HT
- barre à mine : environ 30 €
- sticks hypoxie : les 10 pour 10 €
Avril 2015

61
 Hydropériode

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
plusieurs fois/an
Zone humide -
n-1, tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Autres (recreusement de mares, étrépage,
décapage, suppression de remblai, reconversion
Restauration des zones humides
d'une culture en prairie humide, effacement de
drainage)

Option
Paramètres complémentaires

Fonctions biogéochimiques du sol, suivi du niveau d'eau.

Cas particulier des frayères : ensoleillement, turbidité, substrat, température, oxygène, relevés
botaniques annuels (hauteur de la végétation (tige rigide ou retombante), pourcentage de recou-
vrement, richesse spécifique, diversité, espèces patrimoniales ou invasives), suivi du niveau d'eau
dans les fossés pour l'aspect reconnexion.

Structuration des données

Se référer au tableau en annexe structuration des données qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Barnaud G., Barre V., Weng P., 2004. Programme national de recherche su rles zones humides - Les actes de colloque
de Toulouse. 305 p.

Cholet J., Magnon G. (2010). Tourbières des montagnes françaises – Nouveaux éléments de connaissance, de réflexion
et de gestion. Pôle-relais Tourbières/Fédération des Conservatoires d’Espaces Naturels, 188 p.
(Disponible en ligne : [Link]
Avril 2015

Tremblay J. (2006). "Le stick hypoxie" Une nouvelle méthode pour mesurer l’oxygénation du lit des rivières. Le Cahier des
Techniques de l’INRA, N° spécial, 47–50.

62
 Indice d’Ellenberg

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
L’utilisation de la végétation comme indicateur de facteurs environ-
nementaux a été officialisée en Europe par le professeur Ellenberg.
Technique ***
Il a attribué à un large panel d’espèces végétales un indice corres-
pondant à sa tolérance à différents paramètres : lumière, tempé-
Financière €€€
rature, continentalité, acidité, azote, humidité et salinité. L’indice
d’humidité édaphique (F) est évalué à partir du référentiel Ellenberg
(Ellenberg, 1988 (première édition en 1974)) où chaque espèce vé- Pertinence
gétale est associée à une valeur variant de 1 à 12. Peut s’ajouter à
cet indice, celui de l’azote (N) reflétant un niveau trophique. Dans Zone humide 
cette fiche, il a été choisi de se concentrer sur ces deux indices. Ces Bilan des outils 
valences ont été définies pour l’Europe centrale et des adaptations
existent pour la Suisse (Landolt & al., 2010 ; Landolt, 1977), l’Italie
(Pignatti & al., 2005) et la France (Julve, 1998).

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Ouvrir une zone humide en déprise
- Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Grands estuaires 11 Mers et océans
Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, récifs, Prés-salés 12 Bras de mer, baies et détroits
Marais et lagunes côtièrs Prés-salés, Lagunes, Roselières 13 Estuaires et rivières initiales
14 Vasières et bancs de sable sans
Marais saumâtres aménagés Marais salants, Bassins aquacoles
végétation
Bordures de cours d’eau et plaines Annexes fluviales, Ripisylve 15 Marais salés, prés salés
alluviales Prairies inondables 21 Lagunes
Zones humides de bas-fonds en tête Tourbières, Prairies humides, Prairies 31 Landes, broussailles, recrues
de bassin tourbeuses, Podzines 36 Pelouses alpines et subalpines
Régions d’étangs Etangs isolés 37 Prairies humides et communautés
d’herbacées hautes
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides, 44 Forêts et fourrés alluviaux très
plans d’eau prairies tourbeuses humides
Marais et landes humides de plaine Plateaux imperméables, Zones de 51 Tourbières bombés à
et plateaux sources, Tourbières communautés très acides
Mares permanentes ou temporaires, 52 Tourbière de couverture
Zones humides ponctuelles 53 Végétation de ceinture de bords
naturelles ou créées par l’homme
des eaux
Marais aménagés dans un but
Marais doux 54 Bas-marais, tourbières de
agricole
transition et sources
Gravières, sablières, plans d’eau de 89 Lagunes et réservoirs industriels,
Zones humides artificielles canaux
loisir (chasse),...

63
Indice d’Ellenberg

- Aménagement d'une zone humide submersible pour l'écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Entretien régulier de la végétation
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Restauration des frayères
- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
Avril 2015

- Effacement de drainage
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques

Méthodologie

Sur le terrain

Il s’agit de réaliser un inventaire phytosociologique à partir de quadrats. Sur une zone humide d’un hectare
avec une communauté végétale hétérogène, il faut prévoir quatre à cinq quadrats. Le but est d’identifier les
espèces les plus caractéristiques de la zone humide. Par quadrat, le recouvrement de chaque espèce végé-
tale sera estimé visuellement par l’observateur. Ce recouvrement est exprimé à l’aide de coefficients d’abon-
dance-dominance de Braun-Blanquet selon l’échelle suivante :

Coefficients Recouvrement
+ < 1 %, espèces disséminées et peu abondantes
1 <5%
2 Entre 5 % et 25 %
3 Entre 25 % et 50 %
4 Entre 50 % et 75 %
5 Entre 75 % et 100 %

Cas particulier : pour les milieux homogènes, une roselière par exemple, seul un ou deux relevés à réali-
ser suffises pour mettre en évidence l’abondance d’une espèce, aussi, soyez vigilants sur ces espèces dites
"sociales".

Interprétation des données

Les données de chaque quadrat sont analysées suite au calcul des indices "F" et "N" d’Ellenberg. Ne sont rete-
nues que les espèces ayant un coefficient d’abondance-dominance de 2, 3, 4 et 5. Il s’agit d’associer à chaque
espèce végétale du référentiel Ellenberg (Ellenberg, 1988) de la baseflor (Julve, 1998), une valeur "F" variant
de 1 à 12 et une valeur "N" variant de 1 à 9 décrites dans les tableaux ci-dessous.

Une fois les valeurs affectées à chaque espèce, effectuez une moyenne des valeurs "F" et des valeurs "N" par
relevé puis pour l’ensemble des relevés. Les deux notes finales indiquent ainsi l’état d’humidité édaphique (F)
et le niveau trophique (N) de la zone humide.

64
 Indice d’Ellenberg
Indice F Valeur Exemples d’espèces végétales
Indicateur de sècheresse extrême, réservé aux sols Corynephorus canescens, Helianthemum
1 souvent à sec pendant un certain temps apenninum, Koeleria vallesiana
Clinopodium acinos, Saxifraga tridactylites, Sedum
2 Entre 1 et 3
acre
Indicateur de sites secs, plus souvent trouvé sur la Asplenium trichomanes, Centaurea scabiosa,
3 terre ferme que dans les endroits humides Spergularia rubra
Arctium minus, Helictotrichon pratense, Iris
4 Entre 3 et 5
foetidissima, Thymus polytrichus
Indicateur de site humide, principalement sur les Anthriscus sylvestris, Euphorbia amygdaloides,
5 sols frais d’humidité moyenne Hyacinthoides nonscripta, Solanum nigrum
Agrostis stolonifera, Empetrum nigrum, Rumex
6 Entre 5 et 7
crispus
Indicateur d’humidité, principalement ou constam-
Carex ovalis, Dactylorhiza maculata, Pulicaria
7 ment sur sol humide ou peu mouillé mais pas sur sol
dysenterica, Ranunculus repens
très humide
Cardamine pratensis, Equisetum telmateia, Phalaris
8 Entre 7 et 9
arundinacea, Schoenus nigricans
Indicateur de site humide, souvent dans des eaux Drosera rotundifolia, Myosotis scorpioides,
9 saturées et des sols mal aérés Vaccinium oxycoccus, Viola palustris
Indicateur de sites en eaux peu profondes qui
Alisma plantago-aquatica, Carex limosa, Ranunculus
10 peuvent ne pas être en eau stagnante pendant de
lingua, Typha latifolia
longues périodes
Plante à racine sous-marine, mais avec une partie Lemna minor, Nuphar lutea, Sagittaria sagittifolia,
11 aérienne ou plante flottante à la surface Schoenoplectus lacustris
Plante submergée, en permanence ou presque Isoetes lacustris, Potamogeton crispus, Ranunculus
12 constamment sous l’eau circinatus, Zostera marina
Tableau 1 : Référentiel Ellenberg pour l’indice F.

Indice N Valeur Exemples d’espèces végétales

Agrostis curtisii, Clinopodium acinos, Drosera
1 Indicateur de site extrêmement non fertile
rotundifolia, Rubus chamaemorus
Aira praecox, Carex panicea, Linum catharticum,
2 Entre 1 et 3
Scabiosa columbaria
Centaurea scabiosa, Galium saxatile, Pimpinella
3 Indicateur de site plus ou moins fertile
saxifraga, Teucrium scorodonia
Agrostis capillaris, Cirsium palustre, Plantago
4 Entre 3 et 5
lanceolata, Primula vulgaris
Angelica sylvestris, Digitalis purpurea, Iris
5 Indicateur de site à fertilité intermédiaire
foetidissima, Trifolium pratense
Cirsium arvense, Glyceria fluitans, Poa trivialis,
6 Entre 5 et 7
Rumex crispus
Plantes souvent trouvées dans des endroits très Atriplex prostrata, Epilobium hirsutum, Stellaria
7 fertiles media, Typha latifolia
Beta vulgaris, Galium aparine, Lamium album,
8 Entre 7 et 9
Urtica dioica
Indicateur de sols très riche en Nitrate, tel que les Arctium lappa, Artemisia absinthium, Hyoscyamus
9 lieux de pâtures ou près des rivières polluées niger, Rumex obtusifolius
Tableau 2 : Référentiel Ellenberg pour l’indice N.
Avril 2015

65
Indice d’Ellenberg

Il est possible de consulter un exemple de calcul de l’indice d’Ellenberg à partir du rapport de Krier (2009).
Avril 2015

Figures 1 et 2 : exemples d’analyse des indices F et N (©Krier, 2009).

Les graphiques ci-dessus représentent un nombre d'espèce par valeur de l'indice pour chaque quadrat. Ces
données peuvent être représentées par une courbe ou des points. Par exemple sur le graphique de gauche,
nous pouvons observer un nombre d'espèces important pour la valeur de 4 et notamment sur le transect 3a.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
2 fois/an 2 fois/an
Zone humide
n-1, n+1, n+3 Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Curage
Entretien de zones humides
Entretien de la végétation
Intervention sur la végétation
Autre (étrépage, décapage, suppression de remblai,
Restauration de zones humides
reconversion d'une culture en prairie humide,
effacement de drainage)

66
 Indice d’Ellenberg
Option
Paramètres complémentaires

Suivi des communautés végétales.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 Humidité édaphique (F) : "1" à "12" ;
- code 2 Niveau trophique (N) : "1" à "9".

Références bibliographiques
Ellenberg H., 1988. Vegetation ecology of Central Europe. Cambridge: Cambridge University Press.

Julve P. (1998). Baseflor. Index botanique, écologique et chronologique de la flore de France.

(Disponible en ligne : [Link]

Krier J., 2009. Recolonisation végétale des friches industrielles sur le territoire de la Communauté Urbaine du Grand
Nancy. FLORAINE, Association des botanistes Lorrains, 44 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Landolt E. (1977). Ökologische Zeigerwerte zur Schweizer Flora. - Veröff. Geobot. Inst. ETH, Stiftung Rübel 64 : 208 p.
Zürich.

Landolt E., Bäumler B., Erhardt A., Hegg O., Klötzli F., Lämmler W., Nobis M., Rudmann-Maurer K., Schweingruber F.-
H., Theurillat J.P., Urmi E., Vust M., Wohlgemuth T. (2010). Flora indicativa. Ökologische Zeigerwerte und biologische
Kennzeichen zur Flora der Schweiz und der Alpen. Ecological Indicator Values and Biological Attributes of the Flora of
Switzerland and the Alps. 2. völlig neu bearbeitete und erweiterte Auflage der Ökologischen Zeigerwerte zur Flora der
Schweiz. – Editions des Conservatoires et Jardins botaniques de la Ville de Genève, Ed. Haupt, Bern, Stuttgart, Wien :
376 p.

Pignatti S., Menegoni P., Pietrosanti S. (2005). Valori di bioindicazione delle piante vascolari della Flora d’Italia.
Bioindicator values of vascular plants of the Flora of Italy. – Braun-Blanquetia 39 : 97 p. Camerino.

Document téléchargeable sur le lien : [Link]

Avril 2015

67
 Morphologie

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
Le suivi de la morphologie se réalise sur la base de plusieurs para-
mètres : la topographie, la bathymétrie et la sédimentation.
Technique ***
La topographie permet de mesurer et de représenter sur une carte
le relief d’un site et la bathymétrie en est la variante pour les zones
Financière €€€
situées sous la surface des eaux. Ces paramètres permettent :
- d’analyser le relief de la zone humide et son évolution au travers
de profils topographiques ; Pertinence
- d’apprécier les zones d’engorgement et de submersion ;
- de comprendre les phénomènes de sédimentation et d’érosion. Zone humide 
Bilan des outils 

Objectifs à évaluer - Améliorer l'état des berges

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, prés-salés, lagunes,
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles
Bordure de cours d’eau et plaines
Annexes fluviales 21 Lagunes
alluviales
22 Eaux douces stagnantes
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et commu-
Zones humides de bas-fond en
prairies humides, prairies nautés d’herbacées hautes
tête de bassin
tourbeuses, podzines 51 Tourbières bombées à
Région d’étangs Etangs isolés communautés très acides
Petits plans d’eau et bordures de Bordure de lacs, prairies humides, 52 Tourbières de couverture
plans d’eau prairies tourbeuses 53 Végétation de ceinture de bord
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de des eaux
plaines et plateaux sources, tourbières 54 Bas-marais, tourbières de
transition et sources
Réseau de mares ou mares per-
89 Lagunes et réservoirs
Zones humides ponctuelles manentes ou temporaire,
industriels, canaux
naturelles ou créées par l’homme
Marais aménagés dans un but
Marais doux
agricole
Zones humides artificielles

69
Morphologie

- Curage, entretien des émissaires hydrauliques

Travaux concernés - Réfection des berges des canaux
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage
- Condamnation des abreuvoirs sauvages

Méthodologie

Les levés topographiques

Technique Description Avantages Limites
Coût élevé pour la préci-
sion.
Utilisée pour des petites
Sur certaines tranches, divi-
surfaces levées avec une
ser par deux l’incertitude
forte précision.
sur l’altitude peut corres-
Levé terrestre de géomètre La précision varie en fonc-
pondre à multiplier par 10
tion de la technologie mise Le maître d’ouvrage doit
le coût. Il est fondamental
en œuvre (GPS, théodo- définir la précision recher-
chée. de définir la plus faible pré-
lithe, lasérométrie).
Il mettra en œuvre les cision utile (nécessaire et
moyens adaptés à la préci- suffisante).
sion et au rendu souhaités. Coût élevé.
Nécessite du matériel haut
Mesures par GPS (coordon- Utilisées pour des petites et de gamme et des compé-
nées en X-Y-Z) moyennes surfaces. tences de spécialiste.
Incertitude inférieure au
mètre en altitude.
Traitement stéréoscopique
Utilisé en raster donc pas
de plusieurs photographies Grand territoire couvert.
de possibilité de traitement
aériennes d’un même lieu. Coût faible.
Photogrammétrie aérienne par objet, ni pour les calculs
Utilisée principalement Intérêt pour la visualisation
ni pour le rendu avec les
pour les grands espaces du territoire (carte 3D).
logiciels courants.
étudiés globalement.
Grande précision planimé- Coût élevé.
Télédétection laser ou Radar haute technologie
trique et altimétrique sur Nécessite d’importants
LIDAR topographique utilisé à partir d’un avion.
un vaste territoire. post-traitements.

La bathymétrie
- Relevés à la pige (tige graduée) ou à l’aide d’une corde plombée ;
- Mesures par un échosondeur (sondeur acoustique) ;
- Télédétection laser ou LIDAR bathymétrique.

La sédimentation
La sédimentation peut être suivie par la bathymétrie, mais il existe aussi d’autres méthodes. Des relevés
peuvent être réalisés à l'aide d'une règle graduée sur laquelle il est possible de mesurer la profondeur totale
de sédiments.

Profils
A partir de levés topographiques ou bathymétriques, il est possible d’établir des profils en long ou en travers.
Pour une comparaison correcte, il est indispensable que les profils soient repérés avec certitude.

Suivi photographique
Avril 2014

Ce suivi peut parfois s’avérer suffisant pour avoir une idée générale de l’évolution d’un site : photographies
aériennes renouvelées régulièrement, prises de vue terrestres d’un point particulier (zone d’érosion ou de

70
 Morphologie
sédimentation forte). Il est même possible d’utiliser les cartes postales anciennes pour comparer l’évolution
de la morphologie d’un site.

Coûts indicatifs

Prestation d'un géomètre pour :

- un levé surfacique + report des données (1000 points sur 5 ha) : environ 800 € HT la journée ;
- un levé bathymétrique canal + report des données (20 profils sur 10 km) : environ 1500 € HT la journée.

Acquisition de matériels :
- mire graduée : environ 130 € HT
- écho-sondeur : entre 1500 € et 3500 € HT

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an,
Zone humide -
n-1, n+1, n+5

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Entretien de zones humides Curage
Protection des berges
Restauration de zones humides Mise en place d’abreuvoirs
Mise en place de clôtures
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Agence de l’eau Seine-Normandie, BURGÉAP, 2002. Guide technique interagences – Les zones humides et la ressource
en eau actions. Fiche S, Suivi d’actions. Agences de l’eau, 28 p.
(Document en ligne : [Link]
Avril 2014

Forum des Marais Atlantiques, 2013. Boîte à Outils “Zones Humides”, Agence de l’eau Seine-Normandie, 240 p.
(Document en ligne : [Link]

71
 Niveau trophique de l’eau

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur est issu d’une étude réalisée par l’Union des marais de la
Charente-Maritime (UNIMA), en partenariat technique avec les univer-
Technique ***
sités de La Rochelle (UMR 7266 LIENSs Université de La Rochelle – CNRS)
et de Poitiers (UMR 6008 LCME Université de Poitiers – CNRS), ainsi que
Financière €€€
le Laboratoire d’Analyses Sèvres Atlantique (LASAT).
La caractérisation du niveau trophique du compartiment aquatique
traduit la capacité d’accueil des biotopes aquatiques, et notamment le Pertinence
potentiel épurateur. L’évaluation du niveau trophique renseigne sur des
altérations et dysfonctionnements divers naturels ou induits par la ges- Zone humide 
tion humaine (drainage, confinement, crue, orage, etc.). Bilan des outils 
Les paramètres mesurés sont :
- la physico-chimie ;
- le dénombrement des populations pico/nano planctoniques euca-
ryotes et bactériennes par la technique de cytométrie en flux ;
- le dosage de la chlorophylle a par classe de taille.
L'élaboration d'un indicateur reposant sur ces paramètres est en cours.
A terme, il est envisagé de décrire le niveau trophique (traduit par une
alternance de chaines trophiques distinctes) d'une masse d'eau. A ce
jour, les données "brutes" sont capables de renseigner sur la dyna-
mique des compartiments phytoplanctoniques et bactériens.
N.B. : cette fiche est en lien avec les fiches "eutrophisation" et "qualité
physico-chimique de l’eau".

Objectifs à évaluer - Améliorer la qualité de l’eau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais et lagunes côtièrs Marais, lagunes 22 Eaux douces stagnantes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 23 Eaux stagnantes, saumâtres
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux industriels, canaux
agricole

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Condamnation des abreuvoirs sauvages
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

73
 Niveau trophique de l’eau

Méthodologie

Sur le terrain

Mesures à partir d’une sonde multiparamètres

Pour chaque station et campagne d’échantillonnage, les paramètres suivants

doivent être mesurés grâce à une sonde multiparamètres (figure 1) en sub-
surface (20-30 cm) de la colonne d'eau :

Paramètres Normes
conductivité (µS/cm) NF EN 27888 Janvier 1994
NF EN 25814 Mars 1993
oxygène dissous (mgO2/l)
PR NF ISO 17289 Août 2013
NF T01-013 Juillet 1974
pH NF EN ISO 10523 Mai 2012
NF T90-008 Février 2001
température (°C) -
salinité - Figure 1 : sonde multiparamètres.
saturation (%) -

Il est préconisé de réaliser les mesures tôt dans la matinée et d'étalonner la sonde avant chaque campagne.
Se référer au guide de l'Agence de l’eau Loire-Bretagne (2006) sur les principales techniques de prélèvements.

Les paramètres doivent être relevés simultanément au prélèvement pour le traitement des résultats.

Dans le cas particulier des marais et des plans d’eau de petites tailles, l’oxygène fluctue beaucoup dans le
temps, mais aussi dans l’espace. Il existe souvent un gradient vertical. Parfois, l’eau peut être entièrement dé-
soxygénée, comme sous un tapis de lentilles d’eau, par exemple. Il convient de prendre deux à trois mesures
dans la tranche d’eau pour connaître ce gradient. C’est en fonction de cet élément que l’on peut évaluer si on
retient une ou plusieurs mesures faisant apparaître ce gradient vertical de concentration. Le plus souvent, les
eaux de 20 à 30 cm sont faiblement oxygénées et les eaux de 50 cm à 2 m ont une inertie plus grande (Anras
& Guesdon, 2007).

Prélèvement manuel

Les flacons en plastique à remplir sont les suivants (figures 2 et 3) :

1- Deux flacons de 2 litres pour mesurer la chimie des résidus ;
2- Un flacon de 0,5 litre (jusqu’au trait de jauge, à peu près 0,6-0,7 litre si on remplit jusqu’au goulot) pour
mesurer la chimie minérale ;
3- Trois flacons ambrés de 1 litre pour mesurer la chlorophylle, chlorophylle fractionnée, cytométrie ;
4- Un flacon de 0,25 litre pour mesurer le COD ou COT ;
5- Un flacon de 0,5 litre pour mesurer la bactériologie.
Avril 2015

74
 Niveau trophique de l’eau
1 2 3 4 5

Figures 2 et 3 : Matériels de prélèvement.

Une fiche de terrain est à remplir sur chaque station de prélèvement.

Ajoutez à cette fiche trois paramètres supplémentaires à mesurer :
- le recouvrement macrophytique (cf. fiche "Suivi des macrophytes") ;
- l'évaluation visuelle des vitesses d'écoulement de surface. Il convient de mesurer (grossièrement) le temps
que mets un débris flottant (feuille, bout de bois) pour parcourir une distance données. Ensuite, on rap-
proche cela à l'une des classes de vitesse suivantes :
Classe 1 Classe 2 Classe 3 Classe 4
1 m en 2 s 1 m en 5 s 1 m en 10 s 1 m en 25 s
- évaluation de la lame d'eau par prise de la côte plan d'eau par une lecture d'une échelle limnimétrique (si
possible). Attention, il faut soustraire la côte fixe du fond préalablement mesurée à la hauteur d'eau lue sur
l'échelle.

Un prélèvement d’eau manuel peut être réalisé soit :

- en plongeant directement la main et le récipient de prélèvement dans l’eau (méthode à préférer) ;
- en utilisant un support permettant d’échantillonner à distance. On peut employer une perche (qui peut être
télescopique), un porte-bouteille, un échantillonneur multiple, un seau ou un bidon lesté.

Sur le terrain, le bouchon et éventuellement sa capsule en téflon doivent faire l’objet de toutes les atten-
tions : lorsqu’on le dépose à l’ouverture du flacon, il faut prendre soin de ne pas toucher l’intérieur ni de le
mettre en contact avec un autre matériau. Les résidus de lavage, les traces de doigts et les souillures de terre
peuvent être à l’origine de résultats incohérents. Les dosages de phosphates, par exemple, peuvent ainsi être
aisément biaisés.
Le débouchage, transvasement et rebouchage doivent s’effectuer rapidement pour limiter les risques de
contamination (Anras & Guesdon, 2007).

La technique de prélèvement est la suivante :

- rincer trois fois (de façon énergique) la bouteille et son bouchon sauf si celle-ci est à usage unique. L’eau de
rinçage doit être prélevée sans soin particulier, mais jamais en surface. Lors de l’écoulement de l’eau dans la
bouteille, un tour de main particulier fait que l’eau s’écoule en tourbillonnant le long des parois ;
- égoutter la bouteille en la secouant le col vers le bas ;
- plonger la bouteille dans l’eau avec le col vers le bas ;
- retourner la bouteille en la laissant inclinée selon un angle de l’ordre de 45°, goulot en position supérieure,
à contre courant ;
- remplir la bouteille lentement sans barbotage ;
- en fin d’opération, lorsque la bouteille est pleine, il faut la remonter et la "sonner" en l’inclinant en tout
sens (sans créer d’émulsion) et en s’arrêtant de temps à autre de façon à chasser toutes les bulles d’air se
trouvant au contact des parois ;
- rincer le bouchon par agitation dans l’eau ;
Avril 2015

- boucher la bouteille avec précaution, mais vivement de façon à ne pas emprisonner de bulles d’air. Le flacon
est donc rempli complètement (sauf paramètres particuliers).

75
 Niveau trophique de l’eau

Stockage

Les flacons doivent être stockés au noir en glacière embarquée (ou frigo) et gardés moins de deux heures lors
du transport avant l’analyse. Si toutefois il n’est pas possible d’effectuer les analyses le jour des prélèvements,
nous recommandons pour :
- le dénombrement cellulaire (nano/pico plancton/bactéries) : conditionnement rapide de l’échantillon dès le
retour au laboratoire dans un cryotube formolé, puis le cryogéniser à l’azote liquide, et le stocker trois mois
maximum au congélateur à -80°C avant l’analyse ;
- la chlorophylle α : une nuit de stockage maximum au frigo à 4°C avant analyse.
Certains paramètres chimiques sont eux aussi sensibles (N, P et matière organique) et à traiter rapidement.
Néanmoins il est dans certain cas possible de conditionner ces derniers de façon à pouvoir reporter leur ana-
lyses (cf. fiche "qualité physico-chimique de l'eau").

Le stockage est une opération simple, mais elle impose souvent une phase préalable de transport. À ce ni-
veau, il suffit de disposer de glacières munies de plaques eutectiques (réfrigérées) en nombre suffisant pour
tamponner les variations thermiques. Il est aussi conseillé de disposer les échantillons au noir pour stopper
toute photosynthèse par les microalgues. Les échantillons sont ensuite disposés en chambre froide au labo-
ratoire ou congelés selon le cas. Il est recommandé d’éviter toute rupture de la chaîne du froid (Anras &
Guesdon, 2007).

Analyse en laboratoire
Les paramètres mesurés sont (protocoles de laboratoire disponibles sur les liens suivants) :
- Physico-chimie (paramètres DCE). Selon la vocation des données, elles doivent être obtenues avec les agré-
ments nécessaires ;
- Dénombrement des populations pico/nano planctoniques eucaryotes et bactériennes par la technique de
cytométrie en flux ;
- Dosage de la chlorophylle a par classe de taille.

Coûts indicatifs

Acquisition d’une sonde multiparamètres : entre 2000 € et 4000 €.

Analyses des paramètres en laboratoire :
Paramètres Normes P.U. (€) HT* complet a minima
Ammonium IFREMER/NF EN ISO 11732 4 X X
Nitrites NF EN ISO 13395 3,50 X X
Nitrates NF EN ISO 13395 3,50 X X
Phosphates NF EN ISO 15681-2 5 X X
Chlorophylle a/Phéopigments NF T 90-117 11 X
Demande biologique en Oxygène NF EN 1899-1 /-2 8,50 X
Carbone Organique Dissous NF EN 1484 21,50 X X
Azote Kjeldhal NF EN 25663 13 X X
Matière en suspension NF EN 872 7 X
Abondance [Link] NF EN ISO 9308-3 17,50 X
Abondance Entérocoques NF EN ISO 7899-1 17,50 X
Cytométrie 60 ** X X
Avril 2015

Chlorophylle a par classe de taille 30 ** X X

*
ces tarifs ne sont pas représentatifs de l’ensemble des laboratoires.
**
prévoir en supplément des frais de transport estimés à 500 €/an.

76
 Niveau trophique de l’eau
Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
6 fois/an 6 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
n-1 et tous les ans Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Entretien de zones humides Curage
Mise en place d’abreuvoirs
Restauration de zones humides
Mise en place de clôtures
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Agence de l’eau Loire-Bretagne, 2006. Les prélèvements d’échantillons en rivières - Techniques d’échantillonnage en
vue d’analyses physico-chimique.
(Disponible en ligne : [Link]
[Link])

Anras L., Guesdon S. (2007). Hydrologie des marais littoraux - Mesures physicochimiques de terrain. Collection “Marais
Mode d’emploi”. Ed. Forum des Marais Atlantiques, 76 p.
(Disponible en ligne : [Link]

FD T90-523-1 (2008). Qualité de l’eau - Guide de prélèvement pour le suivi de qualité des eaux dans l’environnement -
Partie 1 : prélèvement d’eau superficielle.

ISO 5667-6 (2005). Qualité de l’eau - Échantillonnage - Partie 6 : lignes directrices pour l’échantillonnage des rivières et
des cours d’eau.

NF EN ISO 5667-3 (2013). Qualité de l’eau - Échantillonnage - Partie 3 : conservation et manipulation des échantillons
d’eau.
Avril 2015

77
 Présence d’embâcles

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
La présence d’embâcles est un élément important qui conditionne
la fonction hydraulique des fossés ou des cours d'eau.
Technique ***
L’encombrement peut revêtir plusieurs formes :
- Troncs d’arbres ou branchages tombés sur place ;
Financière €€€
- Eléments apportés par une crue : déchets divers, laisse de crues ;
- Déchets anthropiques : vélos, mobylettes, voitures, pneus, etc.
Selon les cas, les embâcles peuvent être propices au milieu aqua- Pertinence
tique (abris hydrauliques, abris contre les prédateurs et zones de
nurseries et de nourriture) comme ils peuvent leur être néfastes Zone humide 
(érosion, inondation, accumulation de matière organique, obstacle Bilan des outils 
à l’écoulement).

Objectifs à évaluer - Améliorer la connexion et la capacité hydraulique du réseau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais et lagunes côtièrs Marais, lagunes
21 Lagunes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
Bordure de cours d’eau et plaines salées
Annexes fluviales 24 Eaux courantes
alluviales
89 Lagunes et réservoirs
Marais aménagés dans un but
Marais doux industriels, canaux
agricole

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Enlèvement d’embâcles

79
Avril 2015 Présence d’embâcles

Méthodologie

Sur le terrain

Relevez le type d’embâcles en travers du réseau selon les modalités suivantes :

Modalités
 Présence d’embâcles propices au milieu aquatique
 Présence d’embâcles modifiant significativement l’écoulement
ATTENTION au nombre important d'embâcles propices au milieu aquatique à l'échelle globale d'un site. En
effet, en trop grand nombre ils peuvent provoquer des impacts non négligeables comme un risque de crues,
un débit ralentit, un problème d'érosion des berges, un colmatage sédimentaire, etc.

Calcul de l'indice

Comptabilisez le nombre d'embâcles propices au milieu aquatique et le nombre d'embâcles modifiant signifi-
cativement l'écoulement. La distinction entre ces deux types d'embâcles est importante. Pour schématiser les
résultats sur plusieurs années, deux courbes seront réalisées. Elles doivent évoluer en fonction des objectifs
définis au préalable.

Exemple :
Lors d'un état des lieux, on relève sur le domaine d'étude :
- 20 embâcles propices au milieu aquatique ;
- 15 embâcles modifiant significativement l’écoulement.

Chaque année, les données sont actualisées. Cela nécessite donc un passage sur le domaine d'étude une fois
par an.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. Le nombre d'em-
bâcles doit évoluer en fonction des objectifs fixés. Ils peuvent être :
- de favoriser l'écoulement (prévention contre les crues par exemple) (figure 1) : le nombre d'embâcles modi-
fiant significativement l'écoulement doit fortement diminuer. Les embâcles propices au milieu aquatique
peuvent également être gênants mais certains peuvent être conservés pour favoriser la vie aquatique ;
- de diversifier les habitats (figure 2) : le nombre d'embâcles modifiant significativement l'écoulement doit
diminuer, à l'inverse le nombre d'embâcles propices au milieu aquatique peut se stabiliser ou même aug-
menter.

80
 Présence d’embâcles
Favoriser l'écoulement Diversifier les habitats
25 25

20 20
Embâcles propices au Embâcles propices au
15 milieu aquatique 15 milieu aquatique

10 Embâcles modifiant 10 Embâcles modifiant

significativement significativement
5 l’écoulement 5 l’écoulement

0 0
2010 2011 2012 2013 2014 2010 2011 2012 2013 2014

Figure 1 : Favoriser l'écoulement (source : FMA, 2014). Figure 2 : Diversifier les habitats (source : FMA, 2014).

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente -
n-1, tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de zones humides Curage
Restauration du lit mineur Enlèvement d’embâcles

Option

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour les codes :
- code 1 type d’embâcles : "troncs d’arbres" ou "branches" ou "déchets divers" ou "laisse de crues"
ou "autres" ;
- code 2 état d’encombrement : "embâcles propices" ou "embâcles problématiques".
N.B. : pour une exploitation cartographique, ces données seront croisées avec un référentiel linéaire
découpé en tronçon.

Références bibliographiques
Avril 2015

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

81
 Présence d’espèces animales
exotiques envahissantes

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur doit permettre d’estimer le taux de colonisation des
espèces exotiques envahissantes.
Technique ***
Les espèces invasives remplacent les espèces autochtones en oc-
cupant leur niche écologique et sont une des causes importantes
Financière €€€
de la diminution de la biodiversité.

Pertinence

Zone humide 

Bilan des outils 

- Améliorer l'état des berges

Objectifs à évaluer - Maitriser les espèces exotiques envahissantes

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Grands estuaires 11 Mers et océans
Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés 12 Bras de mer, baies et détroits
Marais, prés-salés, lagunes, arrières 13 Estuaires et rivières initiales
Marais et lagunes côtiers 14 Vasières et bancs de sable sans
dunes, roselières
végétation
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 15 Marais salés, prés salés, steppes
Bordure de cours d’eau et plaines salées
Annexes fluviales
alluviales 21 Lagunes
Tourbières, milieux fontinaux, 22 Eaux douces stagnantes
Zones humides de bas-fond en tête 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
prairies humides, prairies tour-
de bassin salées
beuses, podzines
37 Prairies humides et communautés
Régions d’étangs Etangs isolés
d’herbacées hautes
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides, 89 Lagunes et réservoirs industriels,
plans d’eau prairies tourbeuses canaux
Marais et landes humides de plaines Plateaux imperméables, zones de 44 Forets et fourrés alluviaux très
et plateaux sources, tourbières humides
51 Tourbières bombés à
Réseau de mares ou mares
communautés très acides
Zones humides ponctuelles permanentes ou temporaire,
52 Tourbière de couverture
naturelles ou créées par l’homme
53 Végétation de ceinture de bords
Marais aménagés dans un but des eaux
Marais doux
agricole 54 Bas-marais, tourbières de
Plans d’eau de loisir, plan d’eau de transition et sources
Zones humides artificielles barrages, bassins de lagunage, mares 89 Lagunes et réservoirs industriels,
d’abreuvage… canaux

83
 Présence d’espèces animales exotiques envahissantes

- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes

Travaux concernés - Réfection des berges des canaux

Méthodologie

Sur le terrain

Une liste d’espèces exotiques envahissantes est proposée (Lepareur et al., 2013), celle‐ci étant évolutive après
retours d’expérience, selon les particularités de chaque site et selon la colonisation de nouvelles espèces. Le
gestionnaire peut rajouter des espèces, ayant des impacts sur la structure ou le fonctionnement des habitats.

Espèces aquatiques d’eau salée Espèces aquatiques d’eau douce Espèces terrestres
Crabe chinois (Eriocheir sinensis) Carassin (Carassius gibelio et C. auratus) Bernache du Canada (Branta canadensis)
Palourde japonaise (Ruditapes Ecrevisse américaine (Orconectes
Cygne noir (Cygnus atratus)
philippinarum) limosus)
Ecrevisse de Louisiane (Procambarus
Ver cascail (Ficopomatus enigmaticus) Ibis sacré du Nil (Threskiornis aethiopicus)
clarkii)
Ecrevisse signal (Pacifastacus leniusculus)
Gambusie (Gambusia holbrooki et G.
affinis)
Grenouille taureau (Lithobates
catesbeianus)
Hydrobie des antipodes (Potamopyrgus
antipodarum)
Perche soleil (Lepomis gibbosus)
Poisson chat (Ameiurus melas)
Pseudorasbora (Pseudorasbora parva)
Xénope lisse (Xenopus laevis)
Tortue de Floride (Trachemys scripta)
Rat musqué (Ondatra zibethicus)
Ragondin (Myocastor coypus)
Erismature rousse (Oxyura jamaicensis)

Estimer l’état de colonisation des espèces animales exotiques envahissantes :

Modalités Note associée

 Absence 3
 Présence avérée 2
 Présence importante 1
 Présence problématique 0
Un taux d’envahissement ou de colonisation d’une espèce peut être bâti sur la base d’une unité spatiale
(surface ou linéaire) et à partir d’observations ou de captures. Cet indice permet d’observer l’évolution d’une
espèce et d’adapter les mesures de lutte en conséquence.
Avril 2015

84
 Présence d’espèces animales exotiques envahissantes
Calcul de l'indice

Selon la modalité de réponse, une note est associée à l’état de colonisation d'une espèce pour chaque station
d’échantillonnage homogène (0, 1, 2 ou 3).
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité de l'unité spatiale (surface ou linéaire) échan-
tillonnée = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site. Chaque année, les don-
nées seront comparées à l’échelle du site.

Exemple :
Pour l'étude d'une espèce invasive, on relève sur un domaine d'étude homogène :
- la note de 3 représentant Pnote3 = 50 % de l'unité spatiale totale échantillonnée ;
- la note de 2 représentant Pnote2 = 20 % de l'unité spatiale totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 20 % de l'unité spatiale totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 10 % de l'unité spatiale totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,50x3)+(0,20x2)+(0,20x1)+(0,10x0) = 2,3
L'indice 2,3 est représentatif du site.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 2,3 représente la présence avérée d'une espèce animale exotique envahissante. Cet indice est considéré
comme "moyen". L'objectif est de lutter contre les espèces invasives, l'indice 2,3 reste tolérable mais il devrait
soit se maintenir à 2, soit tendre vers la note de 3 (absence) aux prochains suivis.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Plusieurs fois/an Plusieurs fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
n-1, tous les ans Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Entretien de zones humides Gestion des espèces envahissantes
Restauration de zones humides Protection des berges
Avril 2015

85
 Présence d’espèces animales exotiques envahissantes

Option
Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 état de colonisation :
"absence" ou "présence avérée" ou "présence importante" ou "présence problématique".

Références bibliographiques
Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

Lepareur F., Bertrand S., Papuga G., Richeux M., 2013. État de conservation de l’habitat 1150 « Lagunes côtières » :
Méthode d’évaluation à l’échelle du site Natura 2000 - Guide d’application Version 1. Service du patrimoine naturel,
Muséum national d’histoire naturelle, Paris, 107 p.
(Document en ligne : [Link]
tieres-a-l-echelle-du-site-natura-2000)
Avril 2015

86
 Présence d’espèces végétales
exotiques envahissantes

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur permet d’estimer le degré d’encombrement des
zones humides par les espèces exotiques envahissantes et notam-
Technique ***
ment les espèces dites "terrestres".
Leur présence peut constituer un dommage fonctionnel général,
Financière €€€
elles entrainent par exemple la réduction de la biodiversité par
occupation de l’espace.
Cette fiche apporte une vision globale sur le degré d'encombrement Pertinence
d'un site. Elle peut être utilisée comme une première clé d'entrée
sur l'évaluation des invasives. Ainsi, pour les espèces aquatiques Zone humide 
envahissantes, se référer à la fiche "Suivi des macrophytes" et pour Bilan des outils 
les espèces indigènes proliférantes se référer à la fiche "Présence
d'espèces végétales indigènes proliférantes".

- Améliorer la connexion et la capacité hydraulique du réseau

Objectifs à évaluer - Ouvrir une zone humide en déprise
- Maitriser les espèces exotiques envahissantes
- Favoriser la libre circulation piscicole

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés 15 Marais salés, prés salés
Marais et lagunes côtiers Marais, prés-salés, lagunes 21 Lagunes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 37 Prairies humides et communautés
d’herbacées hautes
Bordure de cours d’eau et plaines 89 Lagunes et réservoirs industriels,
Annexes fluviales
alluviales canaux
Zones humides de bas-fond en tête Tourbières, milieux fontinaux, 44 Forets et fourrés alluviaux très
de bassin prairies humides, prairies tourbeuses humides
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides, 51 Tourbières bombés à
plans d’eau prairies tourbeuses communautés très acides
52 Tourbière de couverture
Marais et landes humides de plaines Plateaux imperméables, zones de
53 Végétation de ceinture de bords
et plateaux sources, tourbières
des eaux
Réseau de mares ou mares 54 Bas-marais, tourbières de
Zones humides ponctuelles
permanentes ou temporaire transition et sources
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs industriels,
Marais doux canaux
agricole

87
Avril 2015 Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Recreusement de mares
- Plantation
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

Méthodologie

Sur le terrain

Définir un nombre de stations d’échantillonnage sur le site d’étude (figure 1).

Dans un site de "petite taille", ou un site où l’habitat est peu représenté, un inventaire en plein est recom-
mandé. Lorsqu’un inventaire de l’ensemble du site n’est pas possible et notamment dans le cas de grands
sites ou lorsque l’habitat étudié est fortement représenté, une méthode aléatoire (tirage au sort des stations)
est recommandée avec une stratification de l’échantillonnage selon les différents types d’habitats.
Conserver de préférence les mêmes stations pour les mesures renouvelées d’une année sur l’autre.

Figure 1 : Différentes échelles d’évaluation de l’état de conservation (EC) (concept théorique) (©MNHN-SPN, 2013).

Une liste d’espèces végétales exotiques envahissantes est proposée à titre indicatif (Hudin et al., 2010 ; Dortel
et al., 2013). Celle‐ci pourra évoluer suite à des retours d’expérience, selon les particularités de chaque site et
selon la colonisation de nouvelles espèces. Le gestionnaire peut rajouter des espèces, ayant des impacts sur
la structure ou le fonctionnement de l’habitat qu’il gère. Cette liste est la suivante :
- Ailanthe (Ailanthus altissima (Mill.) Swingle)
- Ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia L.)
- Asters américains (Aster lanceolatus Willd., A. novae-angliae L., A. novi-belgii L., A. squamatus (Spreng.)
Hieron., A. x-salignus Willd., A. x-versicolor Willd.)
- Balsamine de Balfour (Impatiens balfouri Hook. f.)
- Balsamine de l’Himalaya (Impatiens glandulifera Royle in Edwards)
- Balsamine du Cap (Impatiens capensis Meerb.)
- Berce du Caucase (Heracleum mantegazzianum Sommier et Levier)
- Bident feuillé (Bidens frondosa L.)
- Buddléia du père David (Buddleja davidii Franchet)
- Cotule pied de corbeau (Cotula coronopifolia L.)
- Cuscute d’Australie (Cuscuta australis R. Br.)
- Erable négundo (Acer negundo L.)
- Eragrostis en peigne (Eragrostis pectinacea (Michx.) Nees)

88
 Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
- Griffe de sorcière (Carpobrotus edulis (L.) [Link]., C. acinaciformis (L.) [Link])
- Herbe de la pampa (Cortaderia selloana Ascherson)
- Lampourdes exotiques (Xanthium sp.)
- Laurier-cerise ou Laurier-palme (Prunus laurocerasus L.)
- Lindernie fausse-gratiole (Lindernia dubia (L.) Pennell)
- Paspale à deux épis (Paspalum distichum L.)
- Raisin d’Amérique (Phytolacca americana L.)
- Renouées asiatiques (Reynoutria japonica Houtt, R. sacchalinensis (F. Schmidt) Nakai, R. x-bohemica Chrtek
& Chrtkova)
- Renouée à épis nombreux (Polygonum polystachyum Meisn.)
- Rhododendron des parcs (Rhododendron ponticum L.)
- Robinier faux-acacia (Robinia pseudoacacia L.)
- Séneçon du Cap (Senecio inaequidens DC.)
- Séneçon en arbre (Baccharis halimiifolia L.)
- Solidages (Solidago canadensis L., S. gigantea Aiton)
- Spartine à feuilles alternes (Spartina alterniflora Loisel)
- Vergerettes (Conyza bonariensis (L.) Cronquist, C. canadensis (L.) Cronquist, C. floribunda Kunth, C. sumatren-
sis (Retz.) E. Walker)
- Vigne vierge (Parthenocissus inserta (A. Kern.) Fritsch)

Le Conservatoire Botanique de Brest propose un classement de cette liste provisoire des Pays de Loire selon
trois catégories "invasives avérées", "invasives potentielles" ou "plantes à surveiller" (Dortel et al., 2013). A
titre d'information, il serait intéressant d'associer au nom de l'espèce sa catégorie.

Sur chaque station, déterminez les espèces présentes et évaluez un pourcentage de recouvrement moyen de
chacune d'elle selon la grille :

Modalités Recouvrement moyen Note associée

 Absence 0% 3
 Faible 0 % < recouvrement ≤ 30 % 2
 Moyen 30 % < recouvrement ≤ 60 % 1
 Fort 60 % < recouvrement ≤ 100 % 0
Soit,
]0 % ; 30 %] ]30 % ; 60 %] ]60 % ; 100 %]
Foyers isolés Foyers discontinus Foyers continus

1m

Se référer par exemple à la fiche de terrain du comité des Pays de la Loire pour la gestion des plantes aqua-
tiques exotiques envahissantes : [Link]
[Link]

Calcul de l'indice
Avril 2015

Selon la modalité de réponse, une note est associée au taux de recouvrement moyen d'une espèce pour
chaque station d’échantillonnage (0, 1, 2 ou 3).

89
Avril 2015 Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes

Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité de la surface échantillonnée = P.

Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site. Chaque année, les don-
nées seront comparées à l’échelle du site.

Exemple :
Pour l'étude d'une espèce invasive, on relève sur un domaine d'étude :
- la note de 3 représentant Pnote3 = 50 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 2 représentant Pnote2 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 10 % de la surface totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,50x3)+(0,20x2)+(0,20x1)+(0,10x0) = 2,3
L'indice 2,3 est représentatif du site.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 2,3 représente la présence d'une espèce végétale exotique envahissante entre 0 et 30 %. Cet indice est
considéré comme "faible". L'objectif est de lutter contre les espèces invasives, l'indice 2,3 reste tolérable mais
il devrait soit se maintenir à 2, soit tendre vers la note de 3 (absence) aux prochains suivis.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an 1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
Tous les ans Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Curage
Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Restauration de zones humides Plantation
Autre (recreusement de mares)
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

90
 Présence d’espèces végétales exotiques envahissantes
Option

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Dortel F., Lacroix P., Le Bail J., Geslin J., Magnanon S., Vallet J., 2013. Liste des plantes vasculaires invasives des Pays
de la Loire Mars 2013 (Liste 2012). Conservatoire botanique national de Brest - Antenne régionale des Pays de la Loire,
Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien – Délégation de la Sarthe, 24 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Dortel F., Lacroix P., Magnanon S., 2011. Plan de lutte contre l'Hydrocotyle fausse-renoncule (Hydrocotyle ranuncu-
loides L.f.) en région Pays de la Loire. Version 1, mars 2011 – Région des Pays de la Loire, DREAL des Pays de la Loire,
67p.+Annexes
(Disponible en ligne : [Link]

Hudin S., Vahrameev P. et al., 2010. Guide d’identification des plantes exotiques envahissant les milieux aquatiques et
les berges du bassin Loire-Bretagne, Fédération des Conservatoires d’espaces naturelles, 45 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire :
53 p.

Le Berre M., Trintignac P., 2013. La flore numérique des étangs piscicoles des Pays de la Loire : années 2010-2013.
SMIDAP, Nantes.
(Document sur les espèces invasives disponible en ligne : [Link]

Lacroix P., Magnanon S., Geslin J., Hardegen M., Le Bail J., Zambettakis C., 2007. Les plantes invasives des régions
Basse-Normandie, Bretagne et Pays de la Loire. Définitions et clé pour l’élaboration de listes de plantes « invasives avé-
rées », « potentiellement invasives », ou « à surveiller ». Version 1. Conservatoire botanique nat ional de Brest. 12 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Lepareur F., Bertrand S., Papuga G., Richeux M., 2013. État de conservation de l’habitat 1150 « Lagunes côtières » :
Méthode d’évaluation à l’échelle du site Natura 2000 - Guide d’application Version 1. Service du patrimoine naturel,
Muséum national d’histoire naturelle, Paris, 107 p.
(Disponible en ligne : [Link]
tieres-a-l-echelle-du-site-natura-2000)
Avril 2015

91
 Présence d’espèces végétales
indigènes proliférantes

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur doit permettre d’estimer le degré d’encombrement
des zones humides par les espèces indigènes proliférantes et no- Technique ***
tamment les espèces terrestres. Financière €€€
Leurs proliférations peuvent être significatives en conditions
de milieu altéré, au point de devenir envahissantes. Lorsque ces
espèces envahissent une zone humide, elles peuvent modifier le
fonctionnement du milieu (atterrissement accéléré, modification Pertinence
des chaînes trophiques, etc.). Comme les plantes invasives, il est
conseillé de suivre ces espèces sur le long terme. Zone humide 
Pour le suivi des espèces aquatiques, se référer à la fiche "Suivi des Bilan des outils 
macrophytes".

- Améliorer la connexion et la capacité hydraulique du réseau

Objectifs à évaluer - Ouvrir une zone humide en déprise

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés
Marais, prés-salés, lagunes, arrières
Marais et lagunes côtiers 13 Estuaires et rivières initiales
dunes, roselières
14 Vasières et bancs de sable sans
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles végétation
Bordure de cours d’eau et plaines 15 Marais salés, prés salés
Annexes fluviales
alluviales 21 Lagunes
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et communautés
Zones humides de bas-fond en tête d’herbacées hautes
prairies humides, prairies
de bassin 89 Lagunes et réservoirs industriels,
tourbeuses, podzines
canaux
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides,
44 Forets et fourrés alluviaux très
plans d’eau prairies tourbeuses
humides
Marais et landes humides de plaines Plateaux imperméables, zones de 51 Tourbières bombés à
et plateaux sources, tourbières communautés très acides
Réseau de mares ou mares 52 Tourbière de couverture
Zones humides ponctuelles permanentes ou temporaire, 53 Végétation de ceinture de bords
naturelles ou créées par l’homme des eaux
54 Bas-marais, tourbières de
Marais aménagés dans un but
Marais doux transition et sources
agricole
89 Lagunes et réservoirs industriels,
Plans d’eau de loisir, plan d’eau de canaux
Zones humides artificielles barrages, bassins de lagunage, mares
d’abreuvage…

93
 Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes

- Restaurer des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restaurer des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Entretien régulier de la végétation
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Recreusement de mares

Méthodologie

Sur le terrain

Définir un nombre de stations d’échantillonnage sur le site d’étude (figure 1).

Dans un site de "petite taille", ou un site où l’habitat est peu représenté, un inventaire en plein est recom-
mandé. Mais dans un grand site, ou un site où l’habitat est fortement représenté, une méthode aléatoire
(tirage au sort des stations) est recommandée avec une stratification de l’échantillonnage selon les différents
types d’habitats (Lepareur & al., 2013).
Conserver de préférence les mêmes stations pour les mesures renouvelées d’une année sur l’autre.

Figure 1 : Différentes échelles d’évaluation de l’état de conservation (EC) (concept théorique) (©MNHN-SPN,2013).

Une liste d’espèces végétales indigènes proliférantes est proposée à titre indicatif. Celle‐ci pourra évoluer
suite à des retours d’expérience, selon les particularités de chaque site et selon la colonisation de nouvelles
espèces. Le gestionnaire peut rajouter des espèces, ayant des impacts sur la structure ou le fonctionnement
de l’habitat qu’il gère. Cette liste est la suivante :
- Pétasite odorante (Petasites fragrans (Vill.) Presl)
- Pétasite hybride (Petasites hybridus (L.) P. Gaertn., B. Mey. & Scherb.)
- Chiendent des sables (Elymus athericus (Link) Kerguélen)
- Lierre commun (Hedera helix L.)

Sur chaque station, déterminez les espèces présentes et évaluez un pourcentage de recouvrement moyen de
chacune d'elle selon la grille :

Modalités Recouvrement moyen Note associée

 Absence 0% 3
 Faible 0 % < recouvrement ≤ 30 % 2
 Moyen 30 % < recouvrement ≤ 60 % 1
 Fort 60 % < recouvrement ≤ 100 % 0
Avril 2015

94
 Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes
Soit,
]0 % ; 30 %] ]30 % ; 60 %] ]60 % ; 100 %]
Foyers isolés Foyers discontinus Foyers continus

1m

Calcul de l'indice

Selon la modalité de réponse, une note est associée au taux de recouvrement moyen d'une espèce pour
chaque station d’échantillonnage (0, 1, 2 ou 3).
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité de la surface échantillonnée = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site. Chaque année, les don-
nées seront comparées à l’échelle du site.

Exemple :
Pour l'étude d'une espèce proliférante, on relève sur un domaine d'étude :
- la note de 3 représentant Pnote3 = 50 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 2 représentant Pnote2 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 10 % de la surface totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,50x3)+(0,20x2)+(0,20x1)+(0,10x0) = 2,3
L'indice 2,3 est représentatif du site.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 2,3 représente la présence d'une espèce végétale indigène proliférante entre 0 et 30 %. Cet indice est
considéré comme "faible". L'objectif est de lutter contre les espèces invasives, l'indice 2,3 reste tolérable. Il
peut soit se maintenir à 2, soit tendre vers 3 (absence) aux prochains suivis.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an 1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
Tous les ans Tous les ans
Avril 2015

95
 Présence d’espèces végétales indigènes proliférantes

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Curage
Entretien de zones humides
Entretien de la végétation
Intervention sur la végétation
Restauration de zones humides
Autre (recreusement de mares)

Option

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Dortel F., Lacroix P., Le Bail J., Geslin J., Magnanon S., Vallet J., 2013. Liste des plantes vasculaires invasives des Pays
de la Loire Mars 2013 (Liste 2012). Conservatoire botanique national de Brest - Antenne régionale des Pays de la Loire,
Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien – Délégation de la Sarthe, 24 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Dortel F., Lacroix P., Magnanon S., 2011. Plan de lutte contre l'Hydrocotyle fausse-renoncule (Hydrocotyle ranuncu-
loides L.f.) en région Pays de la Loire. Version 1, mars 2011 – Région des Pays de la Loire, DREAL des Pays de la Loire,
67p.+Annexes
(Disponible en ligne : [Link]

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

Lacroix P., Magnanon S., Geslin J., Hardegen M., Le Bail J., Zambettakis C., 2007. Les plantes invasives des régions
Basse-Normandie, Bretagne et Pays de la Loire. Définitions et clé pour l’élaboration de listes de plantes « invasives avé-
rées », « potentiellement invasives », ou « à surveiller ». Version 1. Conservatoire botanique nat ional de Brest. 12 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Lepareur F., Bertrand S., Papuga G., Richeux M., 2013. État de conservation de l’habitat 1150 « Lagunes côtières » :
Méthode d’évaluation à l’échelle du site Natura 2000 - Guide d’application Version 1. Service du patrimoine naturel,
Muséum national d’histoire naturelle, Paris, 107 p.
(Disponible en ligne : [Link]
a-l-echelle-du-site-natura-2000)
Avril 2015

96
Présence d’hélophytes sur les berges

Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur doit permettre d’estimer le degré de recouvrement des
hélophytes sur les berges. La présence d’hélophytes est en général signe
Technique ***
d’une bonne qualité fonctionnelle des réseaux.
- Fonction hydraulique : c’est le gage d’une bonne stabilité des berges et
Financière €€€
la preuve d’une bonne gestion des niveaux d’eau ;
- Fonction biologique : les hélophytes sont des caches ou supports
de pontes des poissons. Les parties basses immergées accueillent Pertinence
une macrofaune benthique variées. Les parties hautes émergées
permettent le repos, voire la reproduction de nombreuses espèces Zone humide 
d’oiseaux, pour la plupart remarquables (Butor étoilé, Blongios nain, Bilan des outils 
Busard des roseaux, Gorgebleue à miroir, Phragmite des joncs, etc.) ;
- Fonction qualité de l’eau : ce sont des consommateurs de nutriments.
Les hélophytes participent au pouvoir auto-épurateurs. Les plantes à
rhizomes comme les roseaux et les iris ont aussi un pouvoir d’absorp-
tion des métaux lourds.
N.B. : cette fiche est en lien avec la fiche "stabilité des berges".

- Améliorer l'état des berges

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, prés-salés, lagunes, arrières
Marais et lagunes côtiers
dunes, roselières 15 Marais salés, prés salés, steppes
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles salées
Bordure de cours d’eau et plaines 21 Lagunes
Annexes fluviales 31 Landes, broussailles, recrues
alluviales
36 Pelouses alpines et subalpines
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et communautés
Zones humides de bas-fond en tête
prairies humides, prairies tour- d’herbacées hautes
de bassin
beuses, podzines 44 Forêts et fourrés alluviaux très
Bordures de lacs, prairies humides, humides
Bordures de plans d’eau
prairies tourbeuses 51 Tourbières bombées à
Marais et landes humides de plaines Plateaux imperméables, zones de communautés très acides
et plateaux sources, tourbières 52 Tourbières de couverture
53 Végétation de ceinture de bord
Réseau de mares ou mares perma-
des eaux
Zones humides ponctuelles nentes ou temporaire, naturelles ou
54 Bas-marais, tourbières de
créées par l’homme
transition et sources
Avril 2015

Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs industriels,

Marais doux
agricole canaux
Zones humides artificielles

97
Présence d’hélophytes sur les berges

- Curage, entretien des émissaires hydrauliques

Travaux concernés - Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Réfection des berges des canaux
- Condamnation des abreuvoirs sauvages
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Plantation
- Gestion des manœuvres d'ouvrage
- Recreusement de mares

Méthodologie
Avril 2015

Sur le terrain

Définir un nombre de stations d'échantillonnage sur le site d'études. Sur un site de "petite taille", ou un site
où les hélophytes sont peu représentées, il est recommandé de l’inventorier en totalité. Mais sur un grand
site, ou un site où les hélophytes sont fortement représentées, une méthode aléatoire (tirage au sort des
stations) est recommandée ou de choisir une station représentative du site.
Il est conseillé de conserver les mêmes stations pour les mesures renouvelées d'une année sur l'autre.

Sur chaque tronçon homogène échantillonné, estimer un taux de recouvrement moyen des hélophytes sur
les berges, en période estivale :

Modalités Recouvrement moyen Note associée

 Présence 60 % < taux ≤ 100 % 3
 Moyen 30 % < taux ≤ 60 % 2
 Faible 0 % < taux ≤ 30 % 1
 Absence 0% 0
Soit,
]0 % ; 30 %] ]30 % ; 60 %] ]60 % ; 100 %]
Hélophytes très dispersées Hélophytes discontinues Hélophytes en continu
le long de la berge le long de la berge le long de la berge

Pour des exemples d'hélophytes vous pouvez vous référer au catalogue numérique des macrophytes des plans
d’eau du territoire ligérien (partie "hélophytes") du Syndicat Mixte pour le Développement de l’Aquaculture et
de la Pêche en Pays de la Loire, à cette adresse : [Link]
pdf.

En marais salé, la présence de fourrés halophiles le long des étiers est représenté par la Salicorne (Salicornia
sp.), la Soude maritime (Sueda maritima), l’Aster maritime (Aster tripolium), l’Obione (Halimione portula-
coïdes), etc.

98
 Présence d’hélophytes sur les berges
Calcul de l'indice

Selon la modalité de réponse, une note est associée au taux de recouvrement moyen des hélophytes sur les
berges pour chaque station d’échantillonnage (0, 1, 2 ou 3).
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité du linéaire échantillonné = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site. Chaque année, les don-
nées seront comparées à l’échelle du site.

Exemple :
Station d'échantillonnage d'un marais :
Tronçon 4

Tronçon 5

Tronçon 6
Tronçon 1

Tronçon 2 Tronçon 3

Les données relevées sur le terrain sont les suivantes :

Tronçon Recouvrement moyen Linéaire (m) Note associée

rive A : 0 à 30 % 90,5 1
1
rive B : 30 à 60 % 90,5 2
2 rives A + B : 0 % 100 0
3 rives A + B : 0 % 40 0
4 rives A + B : 60 à 100 % 100 3
5 rives A + B : 60 à 100 % 20 3
6 rives A + B : 0 % 40 0

Sur le domaine d'étude, on relève :

- la note de 3 représentant Pnote3 = 37 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 2 représentant Pnote2 = 19 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 19 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 25 % de la surface totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,37x3)+(0,19x2)+(0,19x1)+(0,25x0) = 1,68
L'indice 1,68 est représentatif du site.

Clé d'interprétation
Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 1,6 représente un recouvrement d'hélophytes entre 0 et 30 % sur le site d'étude. Cet indice est considéré
comme "faible". Les objectifs peuvent être :
Avril 2015

- de stabiliser les berges, dans ce cas l'indice est "faible" si vous souhaitez atteindre un référentiel de 100 %.
Aux prochains suivis, les notes devront tendre vers un indice de 3 ;

99
Présence d’hélophytes sur les berges

- d'optimiser un paysage homogène (par exemple avec les roselières), l'indice est "faible" si l'objectif est
d'atteindre un référentiel de 100 %. Les prochains suivis devront se rapprocher de l'indice 3 ;
- diversifier les habitats (hélophytes, bande enherbée, etc.), l'indice est considéré comme "bon" si l'objectif
est de se rapprocher d'une médiane (indice 1,5).

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an 1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
n-1, n+3, n+5 Tous les ans

Rubriques financeurs
Avril 2015

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Curage
Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Mise en place d’abreuvoirs
Mise en place de clôtures
Autre (recreusement de mares)
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 rive : "droite" ou "gauche".

Références bibliographiques
Bonis A., Paillisson J.-M., Membrey C., Marion B., 2013. Propositions pour le suivi de la biodiversité dans le Marais
poitevin : suivi global et suivi en lien avec l’évolution de la gestion de l’eau - Rapport final - document B. UMR 6553
ECOBIO CNRS Université de Rennes 1. Établissement public du Marais poitevin. 272 p.

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

Le Berre M., Trintignac P., 2013. La flore numérique des étangs piscicoles des Pays de la Loire : années 2010-2013. SMI-
DAP, Nantes.
(Document sur les hélophytes disponible en ligne : [Link]

100
 Qualité physico-chimique de l’eau

Description de l’indicateur
Faisabilité
La qualité physico-chimique de l’eau informe sur la localisation et
l'évaluation d’un niveau de pollution, en fonction d’un ensemble
Technique ***
de paramètre. Basée sur des valeurs de référence, elle s’apprécie à
l’aide de plusieurs paramètres :
Financière €€€
- Qualité physique : matière en suspension, turbidité, transpa-
rence, température, conductivité et salinité ;
- Qualité chimique : pH, sels minéraux, matière organique (De- Pertinence
mande Biologique en Oxygène en 5 jours, Carbone Organique Dis-
sous), oxygène dissous, nutriments (nitrites, nitrates, ammonium, Zone humide 
phosphate, silice), pesticides, etc. Bilan des outils 
Ces paramètres permettent d’acquérir des connaissances de base,
de développer une surveillance pour détecter des perturbations et
de mettre en place un suivi pour rétroagir sur la gestion.

Objectifs à évaluer - Améliorer la qualité de l’eau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Grands estuaires
Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés
Marais, prés-salés, lagunes,
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 11 Mers et océans
Bordure de cours d’eau et plaines 12 Bras de mer, baies et détroits
Annexes fluviales
alluviales 13 Estuaires et rivières initiales
Régions d’étangs Etangs isolés (soumises à marées)
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides, 22 Eaux douces stagnantes (lacs,
plans d’eau prairies tourbeuses étangs et mares)
23 Eaux stagnantes, saumâtres et
Réseau de mares ou mares per-
salées
Zones humides ponctuelles manentes ou temporaire, natu-
89 Lagunes et réservoirs
relles ou créées par l’homme
industriels, canaux
Marais aménagés dans un but
Marais doux
agricole
Plans d’eau de loisir, plan d’eau
Avril 2015

Zones humides artificielles de barrages, bassins de lagunage,

mares d’abreuvage

101
Avril 2015 Qualité physico-chimique de l’eau

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Plantation
- Condamnation des abreuvoirs sauvages
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage
- Reconversion d'une culture en prairie humide

Méthodologie

Mise en place d'une démarche de prélèvement

Avant de commencer les mesures, il est important de bien évaluer les besoins et attentes que devra satisfaire
la démarche de prélèvement. Les étapes sont les suivantes :

1) Identifier les objectifs de suivi. Ils peuvent se traduire soit par :

- une surveillance à long terme avec la mise en place d'une bancarisation des données. Cet observatoire per-
met d'évaluer des tendances sur plusieurs années ;
- un suivi de travaux afin d'analyser les retombées d’une action humaine sur un territoire ;
- une politique de gestion afin de connaitre l'évolution de l'état d'une zone humide ;

2) Mise en place d'un plan d’échantillonnage adapté qui demande une réflexion sur le choix de l'emplace-
ment des stations (représentativité), des paramètres pertinents à suivre (en plus des relevés in situ) et de la
fréquence d’échantillonnage.

3) Evaluer la faisabilité technique et financière de la démarche, à partir d'une étude sur le "coût-bénéfice" de
la réalisation du prélèvement. Cela demande de tenir compte des coûts de matériel, de personnel, des frais
de déplacement, de l'entretien du matériel, etc. Se renseigner également sur les exigences du commanditaire
concernant l'accréditation afin de connaitre la portée des données recueillies.
Identifier également le rôle de chacun :

Vous Transporteur Laboratoire

Prélèvement Transport Analyse

Vous Laboratoire
Prélèvement Transport Analyse

Laboratoire
Prélèvement Transport Analyse

Collaborer avec un laboratoire d’analyse demande une procédure d’appel d’offre, ce qui nécessite la rédac-
tion d'un cahier des charges (CCTP) afin de bien préciser les éléments de logistique et ainsi éviter tout man-
quement.

Un échantillonnage rigoureux, consiste à limiter le biais inhérent au prélèvement et à garantir la pertinence

des données obtenues.
Pour en savoir plus sur la mise en place d'une stratégie d’échantillonnage dans le cadre d’un suivi, se référer
au guide édité par le Forum des Marais Atlantiques : Trame méthodologique pour la mise en place de suivis
hydrologiques en marais (2004).

102
 Qualité physico-chimique de l’eau
Utilisation d'un boitier multi-paramètres

Une mesure in situ permet d'estimer les conditions du milieu au moment du prélèvement et ainsi d'expliquer
certains résultats physico-chimiques.

Il est préconisé de réaliser les mesures tôt dans la matinée et d'étalonner les sondes avant chaque campagne
d'échantillonnage. L'étalonnage permet de garantir la justesse de la mesure et de répondre aux exigences
énoncées dans les normes.

Les paramètres mesurés par les sondes sont les suivants :

Paramètres Normes
NF T01-013 Juillet 1974
pH NF EN ISO 10523 Mai 2012
NF T90-008 Février 2001
NF EN 25814 Mars 1993
oxygène dissous (mgO2/l)
PR NF ISO 17289 Août 2013
conductivité (µS/cm) NF EN 27888 Janvier 1994
Figure 1 : boitier multi paramètres.
Sonde potentiel Hydrogène (pH)
Le pH représente le caractère acide ou alcalin d’une masse d’eau. Il est mesuré sur une échelle de 1 à 14. Le
pH 7 représente la neutralité. Ce paramètre est sensible à la température.

Acide Neutre Basique

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

L'étalonnage de la sonde pH se réalise à l’aide de solutions tampons certifiées (NIST/DIN). De préférence,

choisissez une gamme de solutions tampons adaptée au pH des eaux à analyser. Et à minima, utilisez des
solutions tampons pH 7 et pH 4.

L'entretien de la sonde pH se réalise à la fin de chaque mesure avec un rinçage à l’eau distillée. A la fin de
chaque campagne d'échantillonnage, l'électrolyte (par exemple : KCl 3 mol/L) contenu dans le fond du bou-
chon doit être remplacé. Ainsi, la sonde ne doit jamais être stockée à sec. Elle a une durée de vie limitée à plus
ou moins un an, sauf si elle est régénérable.
Une sonde défectueuse peut se manifester par la difficulté à stabiliser la mesure, une dérive importante lors
de l'étalonnage à tester le matin et le soir et/ou des données de calibration aberrantes.

Le pH peut également être mesuré à l'aide de papier pH (bandelettes à réactif coloré) mais cette méthode
est peu précise.

Sonde oxygène dissous

L’oxygénation de l’eau est un paramètre non négligeable pour la survie des espèces, les processus biochi-
miques avec la dégradation de la matière organique, la respiration cellulaire, etc. Ainsi, de nombreux facteurs
influencent l’oxygénation de l’eau :
- la température : l'O2 diminue quand la température augmente ;
- la salinité : l'O2 diminue quand la salinité augmente.

L’étalonnage se réalise dans l'air, à pression atmosphérique et de préférence dans le noir.

Une mesure peut-être exprimée en mg/L qui correspond à la concentration en oxygène, en % représentant la
saturation ou en mBar pour la pression partielle de l’oxygène.
Avril 2015

L'entretien de la sonde se réalise à la fin de chaque mesure avec un rinçage à l’eau distillée.
Il existe un autre moyen pour mesurer l'O2 dissous : la méthode de Winkler. Il s'agit d'un dosage chimique

103
Avril 2015 Qualité physico-chimique de l’eau

nécessitant l'emport de réactifs sur le terrain, puis d'une analyse en laboratoire.

Sonde conductivité électrique

La conductivité est une mesure de la capacité d'une eau à conduire un courant électrique. Plus la charge en
ions dissous est importante, plus la conductivité augmente. Ce paramètre dépend également de la tempéra-
ture. La conductivité d’une eau est généralement ramenée à 25°C et s'exprime en micro Siemens par centi-
mètre (µS/cm).
La salinité (sans unité) d'une eau est estimée grâce à la conductivité électrique, soit :

L'étalonnage s'effectue à partir d’une solution de KCl (0,01 mol/L) dont la conductivité est fonction de la tem-
pérature. Par exemple pour une température de 25°C, la conductivité de la solution KCl sera de 1413 µS/cm.
Le stockage de la sonde se fait généralement à l'air libre (sauf contre indication du fabricant). La plupart des
sondes conductivité sont robustes et nécessitent un entretien restreint.

Il existe un autre moyen pour mesurer la conductivité : la méthode volumétrique de chlorinité, densitomètres
ou réfractomètres.

Une fois les sondes étalonnées, vous pouvez commencer les mesures. Pour cela, retirez les capuchons des
sondes O2 et pH, puis immergez les sondes dans l’eau en les éloignant au maximum de la berge. Attendez
quelques secondes pour que la mesure se stabilise. Notez les résultats sur une fiche de terrain et soyez atten-
tif aux unités. Une fois les mesures réalisées, rincez les sondes à l’eau distillée après chaque utilisation, les
essuyer délicatement avec de l'essuie-tout, puis replacez les capuchons des sondes O2 et pH. Vérifiez que le
bouchon de la sonde pH contienne suffisamment d’électrolyte de stockage.

Préparation d'une campagne de prélèvement

Dans un premier temps, il est nécessaire de bien préparer le flaconnage. A savoir s'il est adapté aux para-
mètres que vous souhaitez suivre. S'assurer également auprès du laboratoire partenaire que le flaconnage
respect les normes en vigueur.

Lors du prélèvement, une fiche de terrain spécifique à chaque station est à remplir.

En plus des flacons, prévoyez du matériel annexe à emporter qui est indispensable lors des prélèvements : de
l'essuie-tout, de l'eau distillée, un dispositif de prélèvement (panier, perche, seau, etc.), une enceinte réfri-
gérée pour la conservation des échantillons le temps des prélèvements, un bidon d’eau claire, une trousse
de soin avec du désinfectant, un équipement de protection individuelle (gants latex, bottes, gilet jaune), etc.

Lors des prélèvements, certains risques peuvent être encourus :

- biologiques : des bactéries et virus sont présents dans l'eau et peuvent conduire à des risques infectieux au
contact de la bouche, des yeux, etc. ;
- hydriques : attention aux débits importants quand les prélèvements sont à réaliser dans le cours d'eau ;
- environnementaux : routes, fils électriques, etc. ;
- chimiques : conservateurs dans certains flacons.
Dans tous les cas, évitez tout contact avec la bouche, se rincer les mains à l’eau claire après le prélèvement,
puis utilisez un gel hydro alcoolique et dans la mesure du possible, privilégiez un prélèvement en binôme.

104
 Qualité physico-chimique de l’eau
Réalisation d'une campagne de prélèvement

A l’arrivée sur le site, vérifiez que les conditions soient normales et que le prélèvement ne présente pas de
danger immédiat. Identifiez chaque bidon (feutre, étiquettes) et renseignez la fiche de terrain en consé-
quence. Les paramètres doivent être relevés simultanément au prélèvement pour faciliter ensuite le traite-
ment et l'interprétation des données. Essayez de concentrer l’ensemble des prélèvements sur une période
de temps restreinte.
A l’exception du prélèvement destiné à la microbiologie, tous les flacons sont à remplir à ras bord.

Se référer au guide sur les mesures physico-chimiques de terrain (Anras & Guesdon, 2007) permettant de
trouver une aide sur l'élaboration des protocoles de mesures.

Sur le terrain, le bouchon doit faire l’objet de toutes les attentions : lorsqu’il est déposé à l’ouverture du
flacon, il faut prendre soin de ne pas toucher l’intérieur ni de le mettre en contact avec un autre matériau.
Les résidus de lavage, les traces de doigts et les souillures de terre peuvent être à l’origine de résultats inco-
hérents. Les dosages de phosphates, par exemple, peuvent ainsi être aisément biaisés.
Le débouchage, transvasement et rebouchage doivent s’effectuer rapidement pour limiter les risques de
contamination (Anras & Guesdon, 2007).

La technique de prélèvement est la suivante :

- rincer trois fois (de façon énergique) le flacon et son bouchon sauf si celui-ci est à usage unique et contient
un fixateur. L’eau de rinçage ne doit jamais être prélevée en surface. Lors de l’écoulement de l’eau dans le
flacon, un tour de main particulier fait que l’eau s’écoule en tourbillonnant le long des parois ;
- égoutter la bouteille en la secouant le col vers le bas ;
- plonger la bouteille dans l’eau avec le col vers le bas ;
- retourner la bouteille en la laissant inclinée selon un angle de l’ordre de 45°, goulot en position supérieure,
face au courant ;
- remplir la bouteille lentement sans barbotage ;
- en fin d’opération, lorsque la bouteille est pleine, il faut la remonter et la "sonner" en l’inclinant en tout
sens (sans créer d’émulsion) et en s’arrêtant de temps à autre de façon à chasser toutes les bulles d’air se
trouvant au contact des parois ;
- rincer le bouchon par agitation dans l’eau ;
- boucher la bouteille avec précaution, mais vivement de façon à ne pas emprisonner de bulles d’air. Le flacon
est donc rempli complètement (sauf paramètres particuliers).

Les prélèvements peuvent se réaliser soit :

- Dans le cours d'eau. Se rapprocher le plus possible du chenal d’écoulement principal et réalisez le prélève-
ment à la main face au courant. Le prélèvement se réalise en "amont" du préleveur pour ne pas contaminer
l'eau prélevée. Plongez les flacons à une trentaine de centimètres de profondeur en évitant de récupérer les
eaux de surface. L'arrière du flacon fait face au courant (figure 2).

Figure 2 : Méthode de prélèvement dans le cours d'eau.

- Depuis la berge. Attention à ne pas prélever trop proche de la berge et en utilisant un support permettant
d’échantillonner à distance. On peut employer une perche télescopique (figure 3), un porte-bouteille, etc.

perche
Avril 2015

Figure 3 : Méthode de prélèvement depuis la berge à l'aide d'une perche.

105
Avril 2015 Qualité physico-chimique de l’eau

- Depuis un pont. Le prélèvement se fait à l’aide d’un seau et d’une chaine en inox dans le chenal d’écoule-
ment principal. Prélevez l'eau dans le sens aval ou amont selon le contexte et le courant. Le remplissage des
flacons se fait selon la méthode du fractionnement (figure 4). Il arrive que les eaux prélevées à l'aide d'une
perche ou au seau ne soient pas parfaitement homogènes, dans ce cas, le fractionnement permet de créer
un échantillon "moyen" en transvasant les eaux d'un flacon à un autre jusqu'à les remplir totalement.

Figure 4 : Méthode d'échantillonnage au seau.

Dans le cas particulier des marais, l’oxygène fluctue beaucoup dans le temps, mais aussi dans l’espace. Il existe
souvent un gradient vertical. Parfois, l’eau peut être entièrement désoxygénée, comme sous un tapis de len-
tilles d’eau, par exemple. Il convient de prendre deux à trois mesures dans la tranche d’eau pour connaître ce
gradient. C’est en fonction de cet élément que l’on peut évaluer si on retient une ou plusieurs mesures faisant
apparaître ce gradient vertical de concentration. Le plus souvent, les eaux de 20 à 30 cm sont faiblement oxy-
génées et les eaux de 50 cm à 2 m ont une inertie plus grande (Anras & Guesdon, 2007).

Aussi, il est possible de mesurer d'autres paramètres avec des méthodes différentes que celles du boitier
multi-paramètres et des prélèvements d'eau :

Températures
- mesures directes sur un thermomètre à alcool ;
- mesures à l’aide d’un appareil numérique à sonde thermique.

Transparence
Mesure à l’aide d’un disque de Secchi.

Turbidité
Mesure à l’aide d’un néphélomètre.

Dosages des nutriments dans l’eau (mg/L)

- méthode colorimétrique à l’aide de bandelettes à réactif coloré (eaux douces) ;
- méthode électrochimique à l’aide d’une sonde à capteur chimique ;
- méthode spectrocolorimétrique par mesure de la densité optique d’un échantillon coloré.

Dosages des pesticides

- méthode immuno-enzymatique sur le terrain ou en laboratoire ;
- mesures à l’aide de kit d’analyse de terrain.

Stockage et transport des échantillons

Le stockage est une opération importante, elle impose souvent une phase préalable de transport. À ce ni-
veau, disposez de glacières munies de plaques eutectiques (réfrigérées) en nombre suffisant pour tamponner
les variations thermiques. Vérifiez que la température se maintienne entre 1 à 5°C. Disposez les échantillons
au noir pour stopper toute photosynthèse par les microalgues. Les échantillons sont ensuite disposés en
chambre froide au laboratoire ou congelés selon le cas. Il est recommandé d’éviter toute rupture de la chaîne
du froid (Anras & Guesdon, 2007).

106
 Qualité physico-chimique de l’eau
Il est conseillé de réduire le temps entre le prélèvement et le dépôt au laboratoire pour ainsi traiter ses échan-
tillons sans délai, bien que certains types de mesure puissent être réalisés au bout d’une période de stockage.

Analyse
Après filtration de l'eau, puis
Paramètres Immédiate 24h
congélation ou fixation
O2    (sauf méthode de Winkler)
Conductivité   
pH   
Température   
Turbidité   
Sels nutritifs    (selon paramètre)
Légende :  recommandé ;  acceptable ;  inadapté.
Tableau 1 : délai de stockage des échantillons pour l’analyse en laboratoire (Anras & Guesdon, 2007).

Calcul de l'indice

Le croisement des données de terrain avec d’autres paramètres offre beaucoup de potentialités. Cependant,
en complexifiant le jeu de données, l’exploitation devient plus difficile.
Il existe de nombreuses techniques pour valoriser vos données, parmi les plus communes :

- Spatialisation par SIG : elle permet de croiser facilement les résultats trouvés avec d'autres informations
spatialisées.
Par exemple l'identification des causes de dégradation de la qualité de l'eau est possible à partir d'une
corrélation entre une pollution et les activités humaines (industrie, pratiques agricoles, urbanisation, etc.).

- Moyenne : elle est calculée à partir de la fonction MOYENNE dans un tableur.

- Moyenne-mobile : c'est une moyenne qui est calculée sur N valeurs consécutives "glissantes". Elle per-
met de lisser les variations saisonnières et ainsi d’apprécier la tendance générale d’évolution du paramètre
considéré. Si elle est très adaptée pour les pollutions d’origine diffuse fortement liées aux conditions de
ruissellement (figure 5), elle peut masquer une variation brutale liée à un rejet ponctuel. Cet indicateur
n’est intéressant que si vous disposez d’au moins trois années de mesures. Il est à noter que la dynamique
à long terme de la plupart des paramètres mesurés (particulièrement influencés par les pollutions d’origine
diffuse) est très lente et s’apprécie en terme de décennies plutôt que d’années (Anras & Guesdon, 2007). La
moyenne-mobile est calculée à partir de la fonction MOYENNE dans un tableur. Avril 2015

Figure 5 : Moyenne-mobile sur la pluviométrie de plusieurs années (source : UNIMA, 2014) .

- Médiane : la valeur médiane est une valeur pour laquelle 50 % des valeurs observées sont inférieures. Pour

107
Avril 2015 Qualité physico-chimique de l’eau

déterminer la médiane d'un ensemble de valeurs, il suffit d'ordonner les valeurs en une liste croissante ou
décroissante et de choisir la valeur qui est au centre de cette liste. Pour un nombre pair, la médiane est la
moyenne des deux valeurs centrales. Pour un nombre impair de valeurs, la médiane est unique. Elle est
calculée à partir de la fonction MEDIANE dans un tableur.
Par exemple les graphiques ci-contre (figures 6 et 7) représentent la médiane du débit d'un cours d'eau sur
une année :

Figure 6 : Valeurs brutes du débit sur une année. Figure 7 : Valeurs ordonnées pour identifier la médiane du débit.

- Percentile 90 : l’objectif est de fournir un résultat représentatif de conditions critiques, en évitant de prendre
en compte les situations exceptionnelles. On cherche à retenir les prélèvements donnant la moins bonne
aptitude ou la moins bonne qualité à condition qu’elle soit constatée dans au moins 10 % des prélèvements.
C’est la règle dite des 90 %. Cette règle permet de ne retenir que 90 % des résultats observés sur une période
(Anras & Guesdon, 2007). Le percentile 90 est calculé à partir de la fonction CENTILE dans un tableur.
Par exemple pour 12 mesures sur une année, on commence par classer les valeurs de la meilleure à la plus
mauvaise. Ensuite, on retire les 10 % de mesures les plus mauvaises (ici, on retire donc une seule mesure car
10 % x 12 = 1,2 arrondi à 1). Enfin, on retient la plus mauvaise des mesures restantes, soit le 11ème résultat
du classement initial. Si l’on dispose au plus de 10 mesures, c’est le résultat le plus mauvais qui est retenu.

- "Boîte à moustache" (ou Boxplot ou diagramme en boîte) : elle permet, pour un jeu de données, de repré-
senter la médiane, les quartiles et les centiles et les données aberrantes. C'est un moyen simple pour com-
parer un même caractère sur plusieurs séries statistiques. Une remarque générale sur la lecture des boîtes,
si les rectangles sont ramassés alors les valeurs sont proches, en effet elles se rapprochent de la médiane. A
l'averse, si la boite est très étirée alors les valeurs sont très dispersées les unes des autres. A partir d'un jeu
de données, la boîte à moustache peut être obtenue avec des logiciels spécifiques aux calculs de statistiques
et graphiques, comme "The R Project for Statistical Computing" en open source mais cela demande une
formation pour son utilisation.

Figure 8 : exemple de boîtes à moustable : teneur en chlorophylle a sur 7 stations d'échantillonnages (source : UNIMA, 2014) .

Il exsite d'autres méthodes pour l'exploitation des données, vous pouvez avoir recours à des analyses multi-
variées. C'est un ensemble de méthodes d'analyse statistique qui traitent simultanément plus d'une variable,
comme :
- Analyse en composante principale : c'est une méthode qui permet de représenter la variabilité contenue

108
 Qualité physico-chimique de l’eau
dans un jeu de donnée complexe au moyen de graphique représentant la corrélation existante entre les
variables.

- Classification hiérarchique : c'est une méthode qui permet de classer des individus en groupes ayant un
comportement similaire sur un ensemble de variables (exemple en figure 9). Il s'agit de représenter la "dis-
tance" entre les individus. Elle est calculée selon différentes méthodes (distance euclidienne, de ward, etc.).

Figure 9 : Exemple de classification hiérarchique (source : UNIMA, 2014) .

- Analyse factorielle des correspondances : permet d'estimer le poids d'une variable sur la structuration des
données.
Par exemple si une classification hiérarchique fait ressortir quatre groupes de stations d'échantillonnages,
l'AFC permet de déterminer les variables qui influent le plus sur cette classification.

Clé d'interprétation

En pratique, il conviendrait de se référer à des grilles de qualité adaptées aux milieux considérés et en fonc-
tion des altérations d’usages en question. Ces grilles ont été établies pour les cours d’eau dans le cadre
d’un système d’évaluation de la qualité (tableau 2). Attention, ces classements sont souvent inadaptés car ils
sont relatifs à des milieux méso et oligotrophes (moyennement et faiblement riches en éléments nutritifs),
contrairement aux marais qui présentent naturellement un caractère eutrophe. Toutefois les grilles "rivière"
sont parfois utilisables dans les biefs de cours d’eau dévalant dans les marais, qui présentent des caractéris-
tiques correspondantes (Anras & Guesdon, 2007).

Demande
Taux de Biologique Demande
Oxygène Carbone
Phosphates Nitrates saturation en Oxygène Chimique
dissous organique
(mg/l) (mg/l) en oxygène en 5 jours en Oxygène
(mg/l O2) (mg/l C)
(%) (DBO5) (mg/l O2)
(mg/l O2)
Très bon < 0,1 <2 >8 > 90 <3 < 20 <5
Bon 0,1 à 0,5 2 à 10 6à8 70 à 90 3à6 20 à 30 5à7
Passable 0,5 à 1 10 à 25 4à6 50 à 70 6 à 10 30 à 40 7 à 10
Mauvais 1à2 25 à 50 3à6 30 à 50 10 à 25 40 à 80 10 à 15
Très mauvais >2 > 50 <3 < 30 > 25 > 80 > 15
Tableau 2 : extrait du guide Hydrologie des marais littoraux - Mesures physicochimiques de terrain (Anras & Guesdon, 2007)
et extrait du SEQ Eau version 2 pour l'oxygène (MEDD & Agences de l’eau, 2003).

Afin d’aider à l’interprétation de phénomènes physico-chimiques dans l’eau, le tableau 3 présente une syn-
thèse des variations conjointes de différents paramètres. Lorsque l’on connaît les évolutions conjointes de
certains paramètres, surtout si elles sont confirmées par une étude statistique lors d’une première campagne
de mesures, il devient ensuite plus aisé d’élaborer un nouveau plan d’échantillonnage. Certains paramètres
Avril 2015

montrent par exemple une corrélation positive, soit deux paramètres varient dans le même sens, sans qu'il y
ait forcément de relation de cause à effet (Anras & Guesdon, 2007).

109
Avril 2015 Qualité physico-chimique de l’eau

Salinité pH Température Oxygène

Salinité -
pH - Variation
Température Variation -
Oxygène -
Tableau 3 : Synthèse des variations conjointes de différents paramètres (Anras & Guesdon, 2007).

Coûts indicatifs

Matériel :
Conditionnement P.U. (€) HT
Multimètre WTW 3430 + 3 sondes - 3400
Sonde pH - 210
Sonde O2 - 780
Tête de capteur de la sonde optique O2 - 140
Sonde conductivité - 450
Solution tampon en flacon 250 mL 13,5
Solution tampon en sachet Boite de 20 sachets 28,5

Ces tarifs ne tiennent pas compte du coût du matériel de prélèvement, du personnel et de la maintenance.
Paramètres physico-chimiques les plus analysés en laboratoire :

Paramètres Normes P.U. (€) HT*

Ammonium IFREMER/NF EN ISO 11732 4,84
Nitrites NF EN ISO 13395 4,11
Nitrates NF EN ISO 13395 4,26
Phosphates NF EN ISO 15681-2 5,97
Chlorophylle a/Phéopigments NF T 90-117 12,85
Demande biologique en Oxygène NF EN 1899-1 / -2 10,21
Carbone Organique Dissous NF EN 1484 26,18
Azote Kjeldhal NF EN 25663 15,96
Matière en suspension NF EN 872 8,69
Abondance [Link] NF EN ISO 9308-3 21,36
Abondance Entérocoques NF EN ISO 7899-1 21,36
Température de l'eau 3,26
pH 3,83
Oxygène dissous 4,98
Salinité 3,83
Conductivité 3,83
*
ces tarifs ne sont pas représentatifs de l’ensemble des laboratoires.

110
 Qualité physico-chimique de l’eau
Logistiques :
P.U. (€) HT*
Forfait départemental de prélèvement 41,58
Forfait de déplacement forfaitaire 32,81
Frais de prélèvement 8,77
Frais de prélèvement simple 5,89
Temps technicien (par heure) 35,40
Temps ingénieur (par heure) 70,83
Tarif kilométrique 0,45
Indemnité de déplacement 16,74
*
ces tarifs ne sont pas représentatifs de l’ensemble des laboratoires.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Bassin versant
Zone humide 1 fois/mois
-
Unité Hydraulique Cohérente n-1, tous les ans
Habitat

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Curage
Entretien de zones humides
Gestion des espèces envahissantes
Plantation
Mise en place d’abreuvoirs
Restauration de zones humides Mise en place de clôtures
Autre (reconversion d'une culture en prairie
humide)
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage
Avril 2015

111
Avril 2015 Qualité physico-chimique de l’eau

Option
Paramètres complémentaires

Climatologie (ensoleillé, couvert, humide, pluie), prélèvement par rapport à un seuil (amont du
seuil, aval du seuil, absence, entre deux seuils), suivi des macrophytes, observations particulières
(odeur, pollutions visuelles, etc.).

Structuration des données

Si les données doivent intégrer un système type Agence de l’eau, il est nécessaire de respecter la
codification SANDRE :
- code station : numéro national unique ;
- code réseau : identifiant unique du réseau de suivi ;
- codes paramètres : unité ; méthode ; fraction analysées ; support, etc.
De nombreuses instances publiques se dotent d’outils informatiques pour gérer ces données avec
notamment l'intégration des données existantes selon un format spécifique, puis une analyse au-
tomatisée. Prenez soin d'anticiper votre temps supplémentaire et nécessaire à la saisie des don-
nées de terrain.

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 climatologie : "ensoleillé" ou "couvert" ou "humide" ou "pluie" ;
- code 2 seuil : "amont du seuil" ou "aval du seuil" ou "absence" ou "entre 2 seuils" ;
- remarques : observations particulières.

Références bibliographiques
Agence de l’eau Loire-Bretagne, 2006. Les prélèvements d’échantillons en rivières - Techniques d’échantillonnage en
vue d’analyses physico-chimique.
(Disponible en ligne : [Link]
[Link])

Anras L. (2004). Trame méthodologique pour la mise en place de suivis hydrologiques en marais. Ed. Forum des Marais
Atlantiques, 75 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Anras L., Guesdon S. (2007). Hydrologie des marais littoraux - Mesures physicochimiques de terrain. Collection “Marais
Mode d’emploi”. Ed. Forum des Marais Atlantiques, 76 p.
(Disponible en ligne : [Link]

FD T90-523-1 (2008). Qualité de l’eau - Guide de prélèvement pour le suivi de qualité des eaux dans l’environnement -
Partie 1 : prélèvement d’eau superficielle.

ISO 5667-6 (2005). Qualité de l’eau - Échantillonnage - Partie 6 : lignes directrices pour l’échantillonnage des rivières et
des cours d’eau.

MEDD & Agences de l’eau (2003). Système d’évaluation de la qualité de l’eau des cours d’eau. Grilles d’évaluation SEQ-
Eau (version 2), 40 p.
(Document en ligne : [Link]

NF EN ISO 5667-3 (2013). Qualité de l’eau - Échantillonnage - Partie 3 : conservation et manipulation des échantillons
d’eau.

112
 Stabilité des berges

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
La stabilité des berges conditionne la fonction hydraulique des
fossés et des cours d’eau. L’instabilité des berges favorise l’éro- Technique ***
sion et alimente en sédiment le fond des fossés. Financière €€€
Si les conditions de transition du milieu aquatique vers le milieu
terrestre (pente, hauteur des berges) permettent l’expression
des végétations hélophytiques, celles-ci, en plus de stabiliser les
berges, peuvent assurer des fonctions complémentaires au sein Pertinence
de l’écosystème (échanges, alimentation, support) (Lepareur &
al., 2013). Zone humide 
N.B. : cette fiche est en lien avec la fiche "présence d'hélophytes Bilan des outils 
sur les berges".

Objectifs à évaluer - Améliorer l'état des berges

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, prés-salés, lagunes,
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières 15 Marais salés, prés salés,
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles steppes salées
21 Lagunes
Bordure de cours d’eau et plaines
Annexes fluviales 31 Landes, broussailles, recrues
alluviales
36 Pelouses alpines et subalpines
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et commu-
Zones humides de bas-fond en
prairies humides, prairies nautés d’herbacées hautes
tête de bassin
tourbeuses, podzines 44 Forêts et fourrés alluviaux très
Bordures de lacs, prairies humides
Bordures de plans d’eau
humides, prairies tourbeuses 51 Tourbières bombées à
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de communautés très acides
plaines et plateaux sources, tourbières 52 Tourbières de couverture
53 Végétation de ceinture de bord
Réseau de mares ou mares per-
des eaux
Zones humides ponctuelles manentes ou temporaire,
54 Bas-marais, tourbières de
naturelles ou créées par l’homme
transition et sources
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux
agricole industriels, canaux
Zones humides artificielles

113
Avril 2015 Stabilité des berges

- Curage, entretien des émissaires hydrauliques

Travaux concernés - Entretien régulier de la végétation
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Réfection des berges des canaux
- Condamnation des abreuvoirs sauvages
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

Méthodologie

Sur le terrain

Evaluez la longueur des berges dégradées et notez l’origine des altérations (piétinement, batillage, ragondins,
écrevisses, absence de végétation, sur-entretien, embâcle, ouvrage, etc.).

Puis sur un tronçon donné, évaluez l'état de dégradation des berges :

Modalités Etat de dégradation Note associée

 Nulle Berges très stables 3
 Faible Berges avec des traces d'érosion localisées 2
 Moyen Berges instables, problème d'érosion sur une grande partie 1
Berges très instables, problème d'érosion important et fré-
 Fort quent, limite fossé/berge rendue floue 0

En complément, estimez aussi la pente des berges :

- Berge verticale : > 70 % ;
- Berge très inclinées : 30 à 70 % ;
- Berge inclinées : 5 à 30 % ;
- Berge plates : < 5 %.

Calcul de l'indice

Selon la modalité de réponse, une note est associée à l'état de dégradation des berges pour chaque station
d’échantillonnage (0, 1, 2 ou 3).
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité du linéaire échantillonné = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site. Conserver de préférences
les mêmes stations pour les mesures renouvelées d’une année à l’autre. Les données seront comparées à
l’échelle du site.

Exemple :
Tronçon 4
Station d'échantillonnage d'un marais :
Tronçon 5

Tronçon 6
Tronçon 1

Tronçon 2 Tronçon 3

114
 Stabilité des berges
Les données relevées sur le terrain sont les suivantes :

Tronçon Recouvrement moyen Linéaire (m) Note associée

rive A : 0 à 30 % 90,5 1
1
rive B : 30 à 60 % 90,5 2
2 rives A + B : 0 % 100 0
3 rives A + B : 0 % 40 0
4 rives A + B : 60 à 100 % 100 3
5 rives A + B : 60 à 100 % 20 3
6 rives A + B : 0 % 40 0

Sur le domaine d'étude, on relève :

- la note de 3 représentant Pnote3 = 37 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 2 représentant Pnote2 = 19 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 19 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 25 % de la surface totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,37x3)+(0,19x2)+(0,19x1)+(0,25x0) = 1,68
L'indice 1,7 est représentatif du site.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 1,7 représente l'état de dégradation des berges sur un site d'étude. Cet indice est considéré comme
"faible". L'objectif étant de limiter l'érosion des berges, cet indice doit tendre vers 3 (berges très stables) aux
prochains suivis.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an
n-1, n+3, n+5 pour le
Unité Hydraulique Cohérente réseau primaire -
n-1, n+5 pour le réseau
secondaire et tertiaire
Avril 2015

115
Avril 2015 Stabilité des berges

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Curage
Entretien de zones humides
Entretien de la végétation
Intervention sur la végétation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Mise en place de clôtures
Mise en place d’abreuvoirs
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option
Paramètres complémentaires

Marnage, présence d’hélophytes sur les berges.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 état de dégradation : "nulle" ou "faible" ou "moyen" ou "fort" ;
- code 2 pente : "verticale" ou "très inclinée" ou "inclinée" ou "plate" ;
- code 3 rive : "droite" ou "gauche" ;
- remarques : précisez l'origine des altérations (piétinement, batillage, ragondins, écrevisses, ab-
sence de végétation, sur-entretien, marnage, embâcle, ouvrage).

Références bibliographiques
Buis M., 2011. Evaluation de l’impact des travaux d’entretien des cours d’eau et fossés des marais de la Côte Est du
Cotentin sur les fonctions écologiques et hydrologiques. 50 p.

Anras L., Vienne L., Rigaud C. (2003). Outil de suivi d’actions d’entretien des milieux aquatiques en marais doux. Forum
des Marais atlantiques 26 p.
(Document en ligne : [Link]

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

Lepareur F., Bertrand S., Papuga G., Richeux M., 2013. État de conservation de l’habitat 1150 « Lagunes côtières »,
Méthode d’évaluation à l’échelle du site. Guide d’application. Version 1 ‐ Avril 2013. Rapport SPN 2013‐14, Muséum
National d’Histoire Naturelle/Service du Patrimoine naturel, Pôle‐relais lagunes méditerranéennes/CEN‐LR, 107 pages.
(Document en ligne : [Link]
tieres-a-l-echelle-du-site-natura-2000)

116
 Suivi de l’avifaune

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
La dynamique des populations d’avifaune permet en partie d’évaluer
la biodiversité des zones humides afin de rendre compte de leur état
Technique ***
de conservation. Il doit refléter la tendance des différentes popula-
tions d’espèces d’oiseaux communs et remarquables.
Financière €€€
Ce suivi est considéré comme un descripteur des fonctionnements
écologiques (productivité biologique, instabilité des conditions, qua-
lité globale d’écosystème, organisation spatiale et hétérogénéité des Pertinence
milieux) d’une zone humide. Les oiseaux d’eau nicheurs et hivernants
sont présents dans tous milieux humides. C’est un très bon indicateur Zone humide 
intégrateur de la qualité des zones humides (Maas, 2013). Six proto- Bilan des outils 
coles sont ainsi proposés pour ce suivi.
L’indice planète vivante (Living Planet Index, LPI) proposé dans le
cadre de l’observatoire des zones humides sur le bassin Rhône-
Méditerranée-Corse (RhoMéO) sera particulièrement développé dans
cette fiche.

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés
Marais, prés-salés, lagunes, arrières
Marais et lagunes côtiers 15 Marais salés, prés salés, steppes
dunes, roselières
salées
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 16 Dunes marines et plages de sable
Bordure de cours d’eau et plaines 21 Lagunes
Annexes fluviales
alluviales 31 Landes, broussailles, recrues
Tourbières, milieux fontinaux, 36 Pelouses alpines et subalpines
Zones humides de bas-fond en tête 37 Prairies humides et communautés
prairies humides, prairies
de bassin d’herbacées hautes
tourbeuses, podzines
44 Forêts et fourrés alluviaux très
Petits plan d’eau et bordure de plans Bordures de lacs, prairies humides,
humides
d’eau prairies tourbeuses
51 Tourbières bombées à
Marais et landes humides de plaines Plateaux imperméables, zones de communautés très acides
et plateaux sources, tourbières 52 Tourbières de couverture
Réseau de mares ou mares 53 Végétation de ceinture de bord
Zones humides ponctuelles permanentes ou temporaire, des eaux
naturelles ou créées par l’homme 54 Bas-marais, tourbières de
transition et sources
Marais aménagés dans un but
Marais doux 89 Lagunes et réservoirs industriels,
agricole
canaux
Plans d’eau de loisir, plan d’eau de
Zones humides artificielles
barrages, bassins de lagunage

117
Suivi de l’avifaune

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Réfection des berges des canaux
- Recreusement de mares
Avril 2014

- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage

Méthodologie

Sur le terrain

L’objectif est d’évaluer l’évolution de la biodiversité avifaunistique des zones humides sur une surface don-
née afin de rendre compte de leur état de conservation. Au niveau national, différents dispositifs de suivis
d’espèces ou groupe d’espèces existent et permettent d’obtenir une source d’information homogène lorsque
l’on dépasse les échelles régionales. Les principaux dispositifs de suivis existants sont les suivants :

Suivi Fréquence Depuis Coordination

Espèces Nicheuses Rares
1 an 1994 LPO
et Menacées
Groupement d’Intérêt Scienti-
Oiseaux d’eau nicheurs Oiseaux marins 10 ans 1970
fique des Oiseaux Marins
Anatidés et limicoles 10 ans 1984 LPO / ONCFS
Hérons arboricoles 7 ans 1974 CNRS Rennes / MNHN
Oiseaux d’eaux hivernants Wetlands International 1 an 1967 LPO
Oiseaux communs Suivi Temporel des
1 an 1989 MNHN
nicheurs Oiseaux Communs (STOC)
Tableau 1 : Liste des dispositifs existants concernant les oiseaux de zones humides en France (Maas, 2013).

ENRM : suivi des Espèces Nicheuses Rares et Menacées

Ce dispositif concerne 71 espèces à l’échelle nationale, dont 59 en liste rouge de l'Union Internationale pour
la Conservation de la Nature France (UICN) et 13 en catégorie NA, non applicable. Parmi ces espèces, 29 sont
des espèces de zones humides. Les méthodes de recensement sont variables selon l’espèce considérée, mais
les informations collectées sont les mêmes :
• nombre de couple, de mâles chanteurs ou de territoires occupés ;
• succès de reproduction, mais selon la discrétion de l’espèce elles peuvent s’avérer partielles ;
• indice de fiabilité (1 = information incomplète ; 2 = information partielle et 3 = information exhaustive ou
quasi).

Liste des espèces de zones humides suivies ou non par le réseau des ENRM, nomenclature issue de la Com-
mission de l’Avifaune de France (CAF, 2011) : Balbuzard pêcheur, Barge à queue noire, Bécassine des marais, ,
Canard pilet, Cigogne blanche, Cigogne noire, Combattant varié, Eider à duvet, Flamant rose, Fou de Bassan,
Glaréole à collier, Goéland cendré, Goéland d’Audouin, Goéland railleur, Grand Gravelot, Gravelot à collier in-
terrompu, Grèbe jougris, Grue cendrée, Guifette moustac, Harle bièvre, Harle huppé, Ibis falcinelle, Mouette
mélanocéphale, Oie cendrée, Râle des genêts, Spatule blanche, Sterne caugek, Sterne hansel, Talève sultane.

118
 Suivi de l’avifaune
Oiseaux marins : recensement des laridés (et apparentés) nicheurs
Ce dispositif est coordonné par le Groupement d’Intérêt Scientifique des Oiseaux Marins (GISOM) sur une
fréquence décennale. Il concerne 33 espèces à l’échelle nationale (dont huit sont déjà concernées par le suivi
ENRM). Ces espèces sont liées aux zones humides, côtières majoritairement et continentales. Les résultats
obtenus pour les effectifs nicheurs sont ensuite transmis au coordinateur national pour le GISOM. L’ensemble
des résultats sont ensuite vérifiés et validés par le GISOM, qui publie ensuite une synthèse nationale.

Liste des espèces de zones humides suivies ou non par le GISOM, nomenclature issue de la Commission de
l’Avifaune de France (CAF, 2011) : Puffin cendré, Puffin Yelkouan, Océanite tempête, Grand cormoran, Cor-
moran huppé, Mouette rieuse, Goéland leucophée, Sterne pierregarin, Sterne naine, Fulmar boréal, Puffin
des anglais, Goéland brun, Goéland argenté, Goéland marin, Mouette pygmée, Mouette tridactyle, Sterne de
Dougall, Guifette noire, Guillemot de Troil, Pinguoin torda, Macareux moine, Fou de Bassan, Goéland cendré,
Goéland d’Audouin, Goéland railleur, Guifette moustac, Mouette mélanocéphale, Sterne caugek, Sterne han-
sel.

Anatidés et Limicoles : recensement des "canards et petits échassiers" nicheurs

Une enquête nationale "Anatidés et Limicoles nicheurs" a vu le jour en 2010, afin de réactualiser les connais-
sances sur ces taxons et avec pour objectif d’inscrire cette enquête dans une périodicité à un intervalle de 10
ans, en adéquation avec les critères UICN. Ce dispositif est coordonné conjointement par l’ONCFS et la LPO.
Il concerne 17 espèces d’anatidés et 14 de limicoles. La coordination est assurée localement en relais de la
coordination nationale, à l’image de l’enquête des oiseaux marins nicheurs, par les structures de protection
de la nature et les services de l’ONCFS. Les résultats sont exprimés sous forme d’effectifs nicheurs, validés
conjointement entre organismes de coordination.

Liste des espèces de zones humides suivies ou non, par l’enquête Anatidés et Limicoles, nomenclature issue
de la Commission de l’Avifaune de France (CAF, 2011) :
- Limicoles : Avocette élégante, Chevalier gambette, Chevalier guignette, Courlis cendré, Échasse blanche,
Huîtrier pie, Petit Gravelot, Vanneau huppé, Barge à queue noire, Bécassine des marais, Gravelot à collier
interrompu ;
- Anatidés : Canard chipeau, Canard siffleur, Canard souchet, Cygne tuberculé, Fuligule milouin, Fuligule mo-
rillon, Fuligule nyroca, Garrot à œil d’or, Nette rousse, Sarcelle d’été, Sarcelle d’hiver, Tadorne de Belon, Eider
à duvet, Oie cendrée, Harle bièvre.

Hérons arboricoles : recensement des ardéidés nicheurs

Ce dispositif est coordonné par le CNRS de l’Université de Rennes I et le MNHN. Il concerne sept espèces
coloniales. Comme pour les enquêtes évoquées auparavant, un relais local de coordination est réalisé, afin
de comptabiliser les nids occupés pour chacune des espèces dans les colonies connues. Le nombre de nids
fait donc état du nombre de couples à l’échelle communale. La synthèse est effectuée après chaque enquête,
dans laquelle différents éléments graphiques ou cartographiques sont établis.

Liste des espèces de zones humides suivies, par l’enquête Hérons arboricoles, nomenclature issue de la Com-
mission de l’Avifaune de France (CAF, 2011) : Héron cendré, Héron pourpré, Bihoreau gris, Crabier chevelu,
Héron garde-bœufs, Aigrette garzette, Grande aigrette.

Wetlands International : comptage des oiseaux d’eau hivernants

Ce dispositif est coordonné par le service études et patrimoine de la LPO France sur une fréquence annuelle.
Il concerne de nombreuses espèces de zones humides présentes en hiver (limicoles, laridés, ardéidés ou
rapaces) mais 31 espèces d’anatidés et foulques sont suivies de manière homogène sur l’ensemble du terri-
toire. La coordination nationale s’appuie sur un réseau de coordination locale. Les dénombrements se font
sur les entités naturelles de zones humides sur le même week-end à l’échelle nationale et internationale
(mi-janvier). Les données font état des effectifs par espèces. D’autres éléments sont demandés dans le cadre
du comptage, comme l’état de l’eau, le type de dénombrement, ou les conditions météorologiques. Une syn-
thèse nationale est réalisée chaque année, avec notamment l’établissement de fiches spécifiques.
Avril 2014

Liste des espèces de zones humides suivies ou non, par le Wetlands International à la mi-janvier, nomencla-
ture issue de la Commission de l’Avifaune de France (CAF, 2011) : Bernache cravant à ventre pâle, Bernache

119
Suivi de l’avifaune

cravant à ventre sombre, Bernache nonnette, Canard chipeau, Canard colvert, Canard pilet , Canard siffleur,
Canard souchet , Cygne chanteur , Cygne de Bewick, Cygne tuberculé, Eider à duvet , Foulque macroule,
Fuligule milouin, Fuligule milouinan, Fuligule morillon, Fuligule nyroca, Garrot à œil d’or , Harelde boréale,
Harle bièvre, Harle huppé, Harle piette, Macreuse brune, Macreuse noire, Nette rousse, Oie à bec court, Oie
cendrée , Oie des moissons, Oie rieuse, Sarcelle d’hiver, Tadorne de Belon.

STOC EPS forcé zones humides

La méthode STOC EPS (Echantillonnages Ponctuels Simples) permet le calcul d’indicateur pour le cortège
Avril 2014

d’oiseaux communs (Julliard & Jiguet, 2002) mais "il reste que les habitats suivis n’incluent que peu de zones
humides" induisant ainsi une difficulté à établir des tendances significatives. Dans l’optique d’évaluer la pos-
sibilité d’obtenir un indicateur spécifique pour l’avifaune commune des milieux humides (prairies alluviales,
marais, tourbières, ruisseau, plans d’eau, gravières, roselières, forêts humides), une adaptation méthodolo-
gique a été testée pour l’obtention de carrés STOC EPS en zones humides (Maas, 2011). Cette méthode a été
testée en Franche-Comté en 2011 et 2012.

STOC EPS STOC EPS zones humides

Concerne Espèces nicheuses d’oiseaux communs Oiseaux communs spécialistes des zones humides
Zones humides (prairies alluviales, marais, tourbières,
Milieux Tous ruisseau, plans d’eau, gravières, roselières, forêts hu-
mides)
Méthodologie Points d’écoute
Utilisation de SIG par le recoupement de couches carto-
Tirage aléatoire de carrés de 2x2 graphiques, il faut donc croiser les deux couches informa-
km, réalisé au niveau national par le tiques "zones humides" (Commissariat Général au Déve-
Choix des carrés MNHN-Centre de Recherches sur la loppement Durable et MNHN) et "carré STOC" (MNHN),
STOC Biologie des Populations d'Oiseaux afin de ne sélectionner par requête que les carrés STOC
dans un rayon de 10 km autour d’une ayant au moins 40 % de surface de zone humide. Un tirage
commune choisie par un observateur aléatoire peut ensuite être fait pour retenir les carrés à
prospecter.
Répartition de 10 points d’écoute également mais locali-
sés en zones humides.
Chaque carré comporte 10 points EPS
N.B. : au vu de la sensibilité des espèces de ces milieux
répartis de façon systématique et ho-
en période de reproduction, les points doivent, dans la
mogène par l’observateur. Sur chaque
mesure du possible, être réalisée sur des voies d’accès
Protocole point EPS, stationner pendant cinq
(chemins de randonnées, chemins agricoles, routes fores-
minutes en notant tous les contacts
tières, digues d’étang, etc.) à proximité directe d’un milieu
réalisés, que l’on entend ou que l’on
visé et ce, afin de minimiser l’impact du dérangement sur
voit, posés ou en vols.
les espèces. Il est donc conseillé de s’aider d’images satel-
lites afin d’identifier plus aisément les chemins d’accès.
Fréquence de Deux passages dans l’année + un pas-
Deux passages dans l’année
passage sage précoce non obligatoire
Intervalle entre
Quatre semaines
les passages
Période De part et d’autre du 8 mai (sauf en altitude)
Heures de pas-
De six ou sept heures du matin jusqu’à 10 heures avec des conditions météorologiques favorables
sage
A noter en com- Date, heure de passage sur chaque point, conditions météorologiques, habitat, distance des
plément contacts (moins de 25 m, entre 25 et 100 m et plus de 100 m)
Saisie des don-
nées brutes par Logiciel FEPS téléchargeable gratuitement sur le site internet de Saxrub à l’adresse suivante :
[Link]/index_download.php
les observateurs
Tableau 2 : Différenciation entre le STOC EPS et le STOC EPS forcé zones humides.

Les données issues de ces protocoles peuvent être analysées à partir du LPI décrit ci-contre.

120
 Suivi de l’avifaune
Calcul de l’indice planète vivante

Cet indice est utilisé par le WWF depuis 1998 à l’échelle mondiale et adopté par la Convention sur la Diversité
Biologique permettant de suivre l’évolution de la biodiversité au cours du temps et de valoriser la plupart
des données de suivis existants. Son calcul est basé sur des comptages ou des estimations d’effectifs d’une
population sur un site donné. Il est donc le reflet des variations d’abondance des populations concernées,
en sachant qu’une espèce peut être constituée de plusieurs populations. Pour chacune des populations, une
tendance est calculée. Les différentes tendances sont agrégées et moyennées pour former le LPI, qui démarre
à une année fixée (e.g. au niveau mondial le WWF a choisi 1970) et prend ainsi la valeur 1 pour cette année
de référence. Une lecture graphique permet ensuite une interprétation simple : plus de 1, l’ensemble des
populations ont augmentés, entre 0 et 1 elles ont diminués (figure1).
Pour réaliser le calcul, le LPI se base sur des séries temporelles. Une série temporelle est l’effectif d’une
population à plusieurs dates données, qui doit être représentée par au moins deux mesures sur l’intervalle
de temps considéré.
Les tendances spécifiques interannuelles sont calculées à partir des valeurs interpolées. Le logarithme de la
différence entre l’effectif de l’année n et l’année n-1 (exemple : log(n2/n1)) est calculé pour chaque série tem-
porelle pour chaque année. On obtient ainsi une tendance moyenne par population. Une même espèce peut
aussi avoir plusieurs populations (en fonction du dispositif, nicheur ou hivernant par exemple).
Cet indice de tendance est donc obtenu pour chacune des espèces et l’agrégation consiste enfin à faire une
moyenne de tous les indices obtenus (Loh & al., 2005 ; McRae & al., 2008).

Figure 1 : Principe général de calcul des indicateurs de tendance spécifique (©Maas, 2013).

Le calcul de l’indice est réalisé à l’aide d’un script disponible gratuitement auprès des développeurs de la
méthode (Louise McRae, [Link]@[Link]). Ce script (LPI Code_v9.txt) fonctionne sous le logiciel de
traitement statistique "R-Development Core Team", libre d’accès ([Link]
Le traitement de calcul fait appel aux séries temporelles, disposées dans un tableur en format texte. Les séries
doivent être renseignées selon un format précis (tableau 3) avec quatre colonnes : "espèces", "identifiant de
la population", "année" et "valeur d’effectif". Un fichier de métadonnées est cependant nécessaire afin de
discriminer a priori les données de populations utilisées pour l’indicateur global ou pour les sous-indicateurs
désagrégés (en fonction de leur localisation, du statut liste rouge, du degré de spécialisation ou du type de
dispositifs de comptages par exemple).
Avril 2014

121
Suivi de l’avifaune

Binomial ID year popvalue

Canard_colvert_hiv 1966999 1990 2005
Canard_colvert_hiv 1966999 1991 2362
Canard_colvert_hiv 1966999 1992 2862
Canard_colvert_hiv 1966999 1993 2550
Canard_colvert_hiv 1966999 1994 2965
Canard_colvert_hiv 1966999 1995 3316
Avril 2014

Canard_colvert_hiv 1966999 1996 2690

Canard_colvert_hiv 1966999 1997 3560
Canard_colvert_hiv 1966999 1998 2981
Tableau 3 : Mise en forme des données en format texte pour le calcul du LPI : exemple du Canard colvert (extrait du tableau). Pour deux populations
de la même espèce, notez le même nom d’espèce, mais un identifiant différent pour chacune des deux populations (Maas, 2013).

Les étapes pour le calcul du LPI sont reprises ci-dessous :

1- Créez un dossier contenant le fichier excel qui reprend les données organisées en quatre colonnes, le script
et le fichier Infile.
2- Convertir le fichier excel en format texte et enregistrez-le dans le dossier.
3- Ouvrir le fichier Infile et y inscrire le nom du fichier excel à la ligne n°2, puis enregistrez.
4- Ouvrir le script et y changer à la ligne n°9 l’année de début des données (exemple : RefYear = 1990) et à la
ligne 20 l’année des dernières données (exemple : plotmax = 2012), puis enregistrez.
5- Copiez le contenu du script et collez-le dans la console du logiciel R.
6- Dans le dossier plusieurs fichiers textes ont été créés. Ouvrir le fichier "new_results" qui donne le résultat
du LPI sur plusieurs années. Ces résultats peuvent être copier-coller dans Excel pour une représentation
graphique avec une courbe.

Sous-indicateurs

Mesurer l’évolution de l’ensemble des populations permet de connaitre les tendances du peuplement des
oiseaux en zones humides, mais peut aussi déterminer les principales menaces qui pèsent sur certaines
espèces, donc sur les types de milieux. Ainsi des sous-indicateurs basés sur certaines espèces considérées
comme spécialistes d’un type d’habitat peuvent être une mesure indirecte soit d’un mode de pression ou de
gestion, soit d’une dynamique écologique absente, les exemples de sous-indicateurs ci-dessous sont repris du
rapport final de l’indicateur avifaune du programme RhoMéO (Maas, 2013) :

• sous-indicateur "banalisation des milieux" : cet indicateur d’état se base sur la confrontation de l’évolu-
tion des espèces généralistes et des espèces spécialistes des zones humides. Les espèces généralistes sont
indicatrices de la fragmentation des habitats, de l’homogénéité de typologie d’habitat et des processus
d’eutrophisation. Les espèces spécialistes sont quant à elles indicatrices de l’hétérogénéité des milieux et
de la qualité des habitats dont elles sont spécialistes ;
• sous-indicateur "pression agricole" : les tendances d’évolution du peuplement définis au préalable (exemple
: Râle des genêts, Vanneau huppé, Pipit farlouse, Tarier des prés, Courlis cendré) permettront de renseigner
la pression du mode d’exploitation agricole qu’il est fait sur ce type de milieu ;
• sous-indicateur "dynamique naturelle" : pour cet indicateur de milieu minéral (sables, galets et dunes), un
certain nombre d’espèces nicheuses en sont spécialistes. Elles nichent sur des milieux pionniers dépourvus
de végétation, milieux issus de la dynamique des fleuves (banc de sables ou de graviers) ou de la dynamique
de l’ensemble laguno-marin (dunes et ilots de sable). Elles sont donc indicatrices d’une dynamique de per-
turbations et de successions écologiques équilibrée ;
• sous-indicateur "interface terre-eau" : pour cet indicateur de milieu de type marais, roselières et ceintures
d’hélophytes, un certain nombre d’espèces nicheuses en sont spécialistes. Elles sont liées à la présence de
végétation rivulaire à tendance hygrophile (phragmitaie, typhaie, cariçaie). Ces espèces sont ainsi liées à
la présence de formations végétales sur sols hydromorphes présentant une grande importance écologique
dans le rôle d’effet-lisières.

122
 Suivi de l’avifaune
Ainsi à l’échelle d’un bassin des sous-indicateurs peuvent être pris en compte pour orienter les principales
mesures de gestion favorables au peuplement d’oiseaux et donc à la faune associée. Le fait de pouvoir désa-
gréger l’indicateur global par région administrative peut également permettre de préciser, voire hiérarchiser,
les principales régions où sont soulevés les problèmes. Il est possible de travailler sur d’autres sous indica-
teurs comme par exemple Natura 2000, espèces exotiques envahissantes, etc.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
2 fois/an 2 fois/an
Bassin versant
n-1, n+1, n+3 Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Entretien de la végétation
Entretien de zones humides
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Autres (recreusement de mares, étrépage, déca-
page, suppression de remblai, reconversion d'une
culture en prairie humide, effacement de drainage)

Option

Paramètres complémentaires

Niveau d’eau.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 nature de l’observation : "contact visuel" ou "contact sonore" ;
- code 2 sexe : "femelle" ou "mâle" ou "inconnu" ;
- code 3 couple nicheurs : "0,5 couple" ou "1 couple".
Avril 2014

123
Suivi de l’avifaune

Références bibliographiques
CAF (2011). Liste officielle des oiseaux Couvet D., Jiguet F., Julliard R. et Levrel H. (2008). Indicateurs et Observatoires de
Biodiversité. Biosystema 25 – Linnaeus. Systématique et biodiversité, pages 83-90.

Issa N., Boutin J.-M. (2010). Anatidés et Limicoles nicheurs en France : enquêtes 2010. Présentation et méthodologie.
LPO, ONCFS, MEEDDM. 71 p.
(Disponible en ligne : [Link]
Avril 2014

Julliard R., Jiguet F. (2002). Un suivi intégré des populations d’oiseaux communs en France. Alauda vol 70 : p137-147.

Loh J., Green R.E., Ricketts T., Lamoreux J., Jenkins M., Kapos V., Randers J. (2005). The Living Planet Index: using spe-
cies population time series to track trends in biodiversity. Philosophical Transactions of the Royal Society B 360: 289–295.

Maas S. (2013). Avifaune. in BEAUFILS T., BETTINELLI L., BILLANT O., DEWYNTER N., JACQUOT P., MAAS S. et LERAY L.
(2013). RhoMéO – Rapport final : Synthèse de la phase test en région Franche-Comté. PPNMEFC, CEN FC, LPO FC, CBN
FC-ORI, RNN Lac de Remoray, FEDER et Agence de l’eau RMC : 142p.

Maas S. (2011). Note méthodologique sur le test STOC EPS Zones Humides dans le cadre de RhoMéO. LPO Franche-
Comté, CREN FC, PPNMEFC, FEDER et Agence de l’eau RMC : 11 p.

Marion L. (2009). Recensement National des Hérons coloniaux de France en 2007. Ministère de l’Ecologie et du
Développement Durable et de l’Aménagement du Territoire, SESLG CNRS Université de Rennes 1 & MNHN, 79p.
(Disponible en ligne : [Link]

Mcrae L., Loh J., Bubb P.J., Baillie J.E.M., Kapos V., Collen B. (2008). The Living Planet Index - Guidance for National and
Regional Use. UNEP-WCMC, Cambridge, UK.

Autres protocoles :
Bonis A., Paillisson J.-M., Membrey C., Marion B., 2013. Propositions pour le suivi de la biodiversité dans le Marais
poitevin : suivi global et suivi en lien avec l’évolution de la gestion de l’eau - Rapport final - document B. UMR 6553
ECOBIO CNRS Université de Rennes 1. Établissement public du Marais poitevin. 272 p.

Dupieux N., 2004. Démarche d’harmonisation des protocoles de suivi scientifique des sites du programme Loire nature.
Programme Loire nature, mission scientifique, 15 p.
(Disponible en ligne : [Link]

124
 Suivi des amphibiens

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
Le groupe des amphibiens est défini comme un de ceux qui per-
mettent de qualifier le bon état biologique des zones humides (typi- Technique ***
cité et bon état fonctionnel). Ce sont en effet des espèces avec des Financière €€€
gammes d’écologies larges permettant de déduire de l’information
sur plusieurs paramètres (nappe phréatique, connectivité des mi-
lieux, habitats, qualité de l’eau). On les trouve dans pratiquement
l’ensemble des types de zones humides. Il existe de nombreux pro- Pertinence
tocoles pour étudier la dynamique des peuplements d’amphibiens,
cette fiche reprend les protocoles de l’Observatoire du patrimoine Zone humide 
naturel du Marais poitevin (OPN) et de l’Établissement public du Bilan des outils 
Marais poitevin (2013). Du fait d’une variabilité interannuelle poten-
tiellement importante des effectifs des populations de batraciens,
un suivi à long terme est nécessaire pour produire un jeu de don-
nées robuste permettant d’en faire une interprétation cohérente.

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Bordure de cours d’eau et plaines
Annexes fluviales
alluviales
22 Eaux douces stagnantes (lacs,
Tourbières, milieux fontinaux,
Zones humides de bas-fond en étangs et mares)
prairies humides, prairies
tête de bassin 24 Eaux courantes
tourbeuses, podzines
37 Prairies humides et commu-
Régions d’étangs Etangs isolés nautés d’herbacées hautes
Petits plan d’eau et bordure de Bordures de lacs, prairies 44 Forêts et fourrés alluviaux très
plans d’eau humides, prairies tourbeuses humides
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de 51 Tourbières bombées à
plaines et plateaux sources, tourbières communautés très acides
Réseau de mares ou mares per- 52 Tourbières de couverture
Zones humides ponctuelles manentes ou temporaire, 53 Végétation de ceinture de bord
naturelles ou créées par l’homme des eaux
54 Bas-marais, tourbières de
Marais aménagés dans un but
Marais doux transition et sources
agricole
89 Lagunes et réservoirs
Plans d’eau de loisir, plan d’eau industriels, canaux
Zones humides artificielles de barrages, bassins de lagunage,
mares d’abreuvage

125
Avril 2014 Suivi des amphibiens

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Réfection des berges des canaux
- Recreusement de mares
- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage

Méthodologie

Sur le terrain

Les mesures de densité (nombre d’individus) sont effectuées à partir des observations principalement du
stade têtard et éventuellement de la détection des individus adultes (chorus, capture, etc.) et de pontes.
Dans la mesure du possible, les six habitats élémentaires devront être prospectés s’ils sont présents : réseau
secondaire et tertiaire, baisses, rivières, mares et boisements inondables.

Pour chaque passage, 10 minutes de prospection en journée sont réalisées par station. Les espèces sont dé-
terminées par une recherche des têtards, à l’aide d’une épuisette robuste à maille fine (4-5 mm). Les animaux
seront relâchés sur place après identification. A ces données pourront s’ajouter des données concernant les
adultes obtenues par observations directes (chorus ou capture), la présence de pontes qui permettra (comme
les têtards) de confirmer la reproduction des espèces sur le site.
Le temps de prospection fixé à 10 minutes conditionne la longueur ou surface d’habitat prospecté en raison
de la complexité ou non des habitats.
Les prospections seront réalisées en trois passages par habitat de reproduction afin de détecter toutes les
espèces qui ont une période d’activité différente.

Les périodes de prospection sont les suivantes :

- Mi-avril pour la reproduction d’espèces précoces ;
- Début mai pour les espèces plus tardives ;
- Fin mai pour les espèces les plus tardives mais cela permet d’augmenter la détectabilité des espèces et sta-
biliser l’intervalle de confiance.

Interprétation des données

Un suivi à long terme est nécessaire pour produire un jeu de données robuste permettant d’en faire une inter-
prétation cohérente. Le suivi de paramètres environnementaux (cf. paramètres complémentaires) biotiques
et abiotiques permettront d’établir des liens entre les données amphibiens et le contexte écologique (moda-
lités de gestion et caractéristiques des habitats répondants ou non aux exigences écologiques des espèces
etc.).
L’analyse des données peut s’orienter vers des mesures de densité d’individus ou d’abondance par unité
d’effort de prospection. La densité ou la Capture Par Unité d’Effort (CPUE) seraient utiles pour décrire les
populations d’amphibiens et leur dynamique.

126
 Suivi des amphibiens
Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
3 fois/an 3 fois/an
Zone humide
n-1, n+2, n+4 Tous les 2 ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Entretien de la végétation
Entretien de zones humides
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Autres (recreusement de mares, étrépage, déca-
page, suppression de remblai, reconversion d'une
culture en prairie humide, effacement de drainage)

Option
Paramètres complémentaires

pH, nitrate, phosphate, matière en suspension, conductivité, turbidité, salinité, profondeur d’eau,
profondeur de vase, stabilité des berges, ombrage, habitat (mare, dépression prairiale et/ou fores-
tière, étang, fossé), végétation aquatique.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 sexe : "femelle" ou "mâle" ou "inconnu" ;
- code 2 stade de développement : "ponte" ou "tétard" ou "adulte" ;
- code 3 pente de la berge : "verticale" ou "très inclinée" ou "inclinée" ou "plate".
Avril 2014

127
Avril 2014 Suivi des amphibiens

Références bibliographiques
Bonis A., Paillisson J.-M., Membrey C., Marion B., 2013. Propositions pour le suivi de la biodiversité dans le Marais
poitevin : suivi global et suivi en lien avec l’évolution de la gestion de l’eau - Rapport final - document B. UMR 6553
ECOBIO CNRS Université de Rennes 1. Établissement public du Marais poitevin. 272 p.

Thirion J.-M., 2010. Suivi à long terme des Amphibiens du Marais Poitevin - Résultats 2010-2011. 31 p.
(Disponible en ligne : [Link]
vin_2010_-_2011.pdf)

Autres protocoles :

Barrioz M. (2012). Evaluation de la dynamique des espèces d’Amphibiens de Normandie, 2006-2012, Muséum National
d’Histoire Naturelle, Société Herpétologique de France, OBHEN, URCPIE de Basse-Normandie.
(Document en ligne : [Link]

CPIE Vallées de la Sarthe et du Loir, 2012. Les Amphibiens de Sarthe – Guide d’aide à l’identification des adultes
d’amphibiens. CPIE Vallées de la Sarthe et du Loir.

Dupieux N., 2004. Démarche d’harmonisation des protocoles de suivi scientifique des sites du programme Loire nature.
Programme Loire nature, mission scientifique, 15 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Grossi J.-L., 2010. Protocole amphibiens 2010. RhoMéO. Conservatoire d’Espaces Naturels Isère – AVENIR, 13 p.

Joly P., Deheuvels O. (1997). Méthodes d’inventaire des communautés et des populations d’Amphibiens. Université
Claude Bernard Lyon 1, Laboratoire Écologie des Eaux Douces et des Grands Fleuves. 17 p.

Morere J.-J. (2005). Programme M.A.R.E., Observatoire National de la Batrachofaune Française, Muséum National d’His-
toire Naturelle, UMR 5773.
(Disponible en ligne : [Link]

Treguier A., 2010. Diversité biologique d’un réseau de mares dans un contexte d’invasion biologique par l’écrevisse de
Louisiane Procambarus clarkii.

Voisin E., 2011. Le Triton crêté, Triturus cristatus, sur les voies de sa conservation ? Mise en évidence des corridors éco-
logiques. Cap Atlantique, 56 p.

128
 Suivi des bryophytes

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
La dynamique de la bryoflore se révèle être un indicateur très sen-
sible du fonctionnement hydrique d’une zone humide. Les bryo- Technique ***
phytes répondent fidèlement et spécifiquement aux modifications Financière €€€
ou non du régime hydrologique des sites. Ceci s’explique notam-
ment par leur haute spécialisation écologique. En effet, les bryo-
phytes dépendent assez strictement de l’eau disponible et elles
n’exploitent que les premiers centimètres de la surface du sol. Pertinence

Zone humide 

Bilan des outils 

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Tourbières, milieux fontinaux, 51 Tourbière bombés à
Zones humides de bas-fond en
prairies humides, prairies communautés très acide
tête de bassin
tourbeuses, podzines 52 Tourbière de couverture
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de 54 Bas-marais, tourbière de
plaines et plateaux sources, tourbières transition et source

- Entretien régulier de la végétation

Travaux concernés - Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Etrépage, décapage

129
Avril 2014 Suivi des bryophytes

Méthodologie

Marais alcalins

Le but est de réaliser à travers une étude des bryophytes présentes un diagnostic détaillé de l’état fonctionnel
hydrologique du marais et de recueillir un nombre suffisant d’informations (nombre important de relevés)
pour pouvoir réaliser un suivi fin et un diagnostic précoce d’éventuelles altérations ou évolution du régime
d’alimentation en eau du site.

Pour cela, il est conseillé d’utiliser un quadrat de 100 m² (10 x 10 m²). Ce quadrat est composé de mailles d’1
m². Une liste des espèces observées sera établie en deux minutes par maille et un coefficient de recouvre-
ment sera attribué :

Coefficients Recouvrement
1 <1%
2 de 1 à 5 % (= quelques brins)
3 de 5 à 30 %
4 de 30 à 60 %
5 de 60 à 100 %

Le mode d’interprétation propose en première approche, un diagramme illustré (figure 1) qui peut fournir
une lecture simplifiée sur la base d’une moyenne des recouvrements par espèce basée sur les 100 relevés
effectués.

Figure 1 : Diagramme (©Celle & Hugonnot, 2013).

L’analyse du jeu de données récolté dans le cadre des trois années d’inventaire avec les variables hydrolo-
giques enregistrées sur de nombreux sites vont permettre de fixer des gammes de valeurs pour les différents
types d’assemblages d’espèces. Cette approche permet indirectement de calculer une valeur hydrologique
pour chacune des espèces listées dans ce type de milieu.

130
 Suivi des bryophytes
L’indice bryologique de bon fonctionnement hydrologique de l’habitat (IBH) est calculé sur l’ensemble du
quadrat :

Cet indice sera calibré sur des valeurs réelles de paramètres hydrologiques.

Tourbières acides

Il s’agit d’identifier les différents types de micro-habitats tourbeux sur des bases physionomiques et topogra-
phiques (butte, banquettes, gouilles, radeaux flottants, bas-marais à Carex, etc.) afin de pouvoir échantillon-
ner la diversité de ces grands compartiments (souvent au nombre de trois à cinq par site).
Un carré de 100 m² (10 x 10 m²) est choisi au sein de chacun des micro-habitats identifiés. Placer un cadre
en bois avec des mailles formées par des cordelettes découpant celui-ci en 25 mailles de 20 x 20 cm. Réaliser
un relevé au sein de chaque maille en listant les espèces observées et en leur attribuant un coefficient de
recouvrement :

Coefficients Recouvrement
1 <1%
2 de 1 à 5 % (= quelques brins)
3 de 5 à 30 %
4 de 30 à 60 %
5 de 60 à 100 %

Ce protocole nécessite une formation sur les sphaignes et autres bryophytes des tourbières. Une autre solu-
tion est de prélever un échantillon de chacune des espèces distinguées sur le terrain et de les envoyer à un
expert pour la détermination.

Les outils d’interprétation de ces résultats restent à construire. Dans un premier temps, il faut élaborer des
grilles d’analyse en fonction des différents types de micro-habitats observables au sein d’un système tour-
beux. En effet chacun de ces compartiments a un fonctionnement qui lui est propre (hydrologiques, dyna-
mique, etc.). Ensuite, comparer les relevés par compartiments à des listes de références obtenues sur de
nombreux site. Ces listes restent à établir mais des versions de travail pourraient rapidement voire le jour, en
utilisant certaines données issues de la bibliographie (bryologique et phytosociologique). Se rapprocher des
Conservatoires Botaniques pour obtenir ces listes de références.

L’évolution dans le temps de la composition de chacun des compartiments (micro-habitat) est à interpréter. A
l’heure actuelle, cette évolution est méconnue alors que certains de ces compartiments (buttes de sphaignes,
banquettes) sont des groupements à l’origine de la production de tourbe et de tout ou partie de l’édifice
tourbeux.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Zone humide 1 fois/an 1 fois/an
Habitat n-1, n+5 Tous les 2 ans
Avril 2014

131
Avril 2014 Suivi des bryophytes

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Intervention sur la végétation
Restauration de zones humides
Autres (étrépage, décapage)

Option
Paramètres complémentaires

Suivi des communautés végétales, hydropériode.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

Références bibliographiques
Celle J. 2012. Bilan 2012 du programme RhoMéo - Volet bryophytes. Conservatoire botanique national du Massif central
\ Conservatoire botanique national alpin, 14 p.

Celle J., Hugonnot V., 2013. Propositions de protocoles "Indicateurs Bryoflore" - Programme RhoMéO. Conservatoire
botanique national du Massif central, 14p.

132
 Suivi des communautés végétales

Avril 2014
Description de l’indicateur
La végétation constitue un compartiment biologique essentiel, et ce à Faisabilité
plusieurs titres :
- les végétaux structurent les habitats dont dépendent les biocénoses Technique ***
associées ; Financière €€€
- en intégrant de multiples facteurs et en réagissant finement
aux conditions du milieu et à leurs variations, les espèces et les
communautés végétales constituent d’excellents descripteurs
Pertinence
biologiques du fonctionnement des hydrosystèmes ;
- la flore compte un certain nombre d’espèces d’intérêt patrimonial,
et certains groupements végétaux constituent des habitats d’intérêt Zone humide 
communautaire. Bilan des outils 
Les relevés floristiques permettent d’étudier l’évolution spatio-
temporelle de la végétation et des habitats suite aux travaux
de restauration et d’entretien, et d’identifier des dynamiques
successionnelles ou une réponse aux modifications du milieu.

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Ouvrir une zone humide en déprise
- Améliorer l'état des berges
- Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés
15 Marais salés, prés salés, steppes
Marais, prés-salés, lagunes,
Marais et lagunes côtiers salées
roselières
16 Dunes marines et plages de sable
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 21 Lagunes
Bordure de cours d’eau et plaines 31 Landes, brousailles, recrues
Annexes fluviales
alluviales 36 Pelouses alpines et subalpines
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et communautés
Zones humides de bas-fond en tête d’herbacées hautes
prairies humides, prairies
de bassin 44 Forêts et fourrés alluviaux très
tourbeuses, podzines
humides
Petits plan d’eau et bordure de plans Bordures de lacs, prairies humides, 51 Tourbières bombées à
d’eau prairies tourbeuses communautés très acides
Marais et landes humides de plaines Plateaux imperméables, zones de 52 Tourbières de couverture
et plateaux sources, tourbières 53 Végétation de ceinture de bord
Réseau de mares ou mares des eaux
Zones humides ponctuelles 54 Bas-marais, tourbières de
permanentes ou temporaire
transition et sources
Marais aménagés dans un but
Marais doux 89 Lagunes et réservoirs industriels,
agricole
canaux
Zones humides artificielles

133
Avril 2014 Suivi des communautés végétales

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage
- Recreusement de mares
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage

Méthodologie

L’objectif est de caractériser la végétation (ou les communautés végétales) dont la composition dépend du
caractère plus ou moins humide du milieu. Les méthodes utilisées, plus ou moins précises et exhaustives,
dépendront de l’objectif du suivi et des moyens humains et financiers mobilisables. Choisir par exemple sur
une parcelle, une station de relevés topographiquement basse.
Les relevés sont à réaliser entre février et septembre.

L’état de conservation d’un site lors de la réalisation de l’état initial n’est pas toujours optimal, et ce en parti-
culier lors de projets de réhabilitation ou de restauration du milieu. Il peut être nécessaire de définir un état
de référence en réponse à l’intervention envisagée sur le site. Cet état de référence peut être défini par un
expert en fonction de l’état initial du milieu, son historique et les conditions édaphiques et hydrologiques
du milieu. Cette référence servira de point de comparaison pour évaluer l’évolution de la végétation du site.

Relevés phytosociologiques
Pour compléter la connaissance des différents groupements de végétation identifiés et cartographiés, chaque
unité de végétation homogène en termes de physionomie, de structure et de composition floristique, pourra
faire l’objet d’un ou de plusieurs relevés phytosociologiques selon la méthode des coefficients d’abondance-
dominance de Braun-Blanquet.
Les relevés sont effectués sur des placettes de suivi permanentes disposées au sein des différentes unités de
végétation, dont le choix de l’emplacement devra permettre d’intégré au mieux la variabilité du milieu.
Pour chaque relevé, le recouvrement des différentes espèces végétales sera noté en les classant par strate
(ou par ensemble de végétation en cas de végétation monostratifiée), le cas échéant. Ce recouvrement est
exprimé à l’aide de coefficients d’abondance-dominance selon l’échelle suivante :

Coefficients Recouvrement
+ < 1 %, espèces disséminées et peu abondantes
1 <5%
2 Entre 5 % et 25 %
3 Entre 25 % et 50 %
4 Entre 50 % et 75 %
5 Entre 75 % et 100 %

Transects phytoécologiques
Sur les sites présentant un gradient écologique marqué (par exemple du lit majeur vers le lit mineur, d’une
zone sèche vers une zone humide, d’un secteur protégé vers un secteur soumis à la dynamique fluviale, etc.),
l’organisation de la végétation le long de ce gradient pourra avantageusement être décrite au moyen d’un ou

134
 Suivi des communautés végétales
de plusieurs transects phytoécologiques. Le principe des transects consiste à parcourir un itinéraire suivant le
gradient identifié, et à décrire la végétation le long de cet itinéraire.
Chaque unité de végétation homogène en termes de structure et de composition floristique sera matérialisé
sur le profil (limites de l’extension spatiale de chaque groupement) et fera l’objet d’un relevé phytosociolo-
gique sigmatiste en utilisant les coefficients d’abondance-dominance de Braun-Blanquet décrite précédem-
ment.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Zone humide
2 fois/an 2 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente
n-1, n+1, n+5 Tous les ans
Habitat

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de la végétation
Entretien de zones humides
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Restauration de zones humides Autres (recreusement de mares, suppression de
remblai, reconversion d'une culture en prairie
humide, effacement de drainage)
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage

Option

Paramètres complémentaires

Hydropériode, salinité, paramètres physico-chimiques de l'eau, indice d’Ellenberg.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.
Avril 2014

135
Avril 2014 Suivi des communautés végétales

Références bibliographiques
Bardat J., Bioret F., Botineau M., Boullet V., Delpech R., Géhu J.-M., Haury J., Lacoste A., Rameau J.-C., Royer J.-M.,
Roux G., Touffet J., 2004. Prodrome des végétations de France. Coll. Patrimoines naturels, 61. Muséum national d’his-
toire naturelle, Paris, 171 p.
(Document en ligne : [Link]

Bioret F., Royer J.-M., 2009. Présentation du projet de déclinaison du Prodrome des végétations de France. J. Bot. Soc.
Bot. France, 48 : 47-48.

Bonis A., Paillisson J.-M., Membrey C., Marion B., 2013. Propositions pour le suivi de la biodiversité dans le Marais
poitevin : suivi global et suivi en lien avec l’évolution de la gestion de l’eau - Rapport final - document B. UMR 6553
ECOBIO CNRS Université de Rennes 1. Établissement public du Marais poitevin. 153 p.

Dupieux N., 2004. Démarche d’harmonisation des protocoles de suivi scientifique des sites du programme Loire nature.
Programme Loire nature, mission scientifique, 15 p.
(Document en ligne : [Link]

Fiers V., 2004. Guide pratique – Principales méthodes d’inventaire et de suivi de la biodiversité. Réserve Naturelle de
France, 238 p.

Fy F., Thomassin G., 2011. Observatoire de la biodiversité du Marais Poitevin Volet Flore - Bilan 2011, 15 p.
(Document en ligne : [Link]

136
 Suivi des macrophytes

Description de l’indicateur
Faisabilité
Ce suivi permet d’identifier les macrophytes aquatiques (algues et
phanérogames) et d'évaluer leur degré de recouvrement.
Technique ***
Leur présence est signe d’une bonne qualité fonctionnelle d’une
Financière €€€
zone humide. Elle constitue des caches ou des supports de ponte
pour les poissons. Selon les cas, la présence de macrophytes peut
être propice au milieu aquatique, comme elle peut être néfaste. En
effet, leur présence à caractère "envahissant" ou "proliférant" peut Pertinence
constituer un dommage fonctionnel général :
- Hydraulique par obstruction des réseaux (ralentissement du cou- Zone humide 
rant, accélération de la sédimentation, etc.) ; Bilan des outils 
- Qualité de l’eau par une anoxie du milieu pouvant entrainer des
crises dystrophiques (diminution du taux d’oxygène, fermentation
avec production de sulfures, développement de cyanobactéries) ;
- Biologique : réduction de la biodiversité par occupation de l’espace.
Ainsi, cette fiche permet d'évaluer le degré envahissant ou non enva-
hissant de certaines macrophytes.

- Améliorer la connexion et la capacité hydraulique du réseau

Objectifs à évaluer - Ouvrir une zone humide en déprise
- Maitriser les espèces exotiques envahissantes
- Favoriser la libre circulation piscicole
- Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés
Marais et lagunes côtiers Marais, prés-salés, lagunes 15 Marais salés, prés salés, steppes
salées
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles
21 Lagunes
Bordure de cours d’eau et plaines 22 Eaux douces stagnantes
Annexes fluviales
alluviales 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
Tourbières, milieux fontinaux, prai- salées
Zones humides de bas-fond en tête 37 Prairies humides et communautés
ries humides, prairies
de bassin d’herbacées hautes
tourbeuses, podzines
44 Forêts et fourrés alluviaux très
Petits plan d’eau et bordure de plans Bordures de lacs, prairies
humides
d’eau humides, prairies tourbeuses
51 Tourbières bombées à
Marais et landes humides de plaines Plateaux imperméables, zones de communautés très acides
et plateaux sources, tourbières 52 Tourbières de couverture
Zones humides ponctuelles Réseau de mares 54 Bas-marais, tourbières de
transition et sources
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs industriels,
Avril 2015

Marais doux
agricole canaux
Zones humides artificielles Plans d’eau de loisir, etc.

137
Suivi des macrophytes

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Démantèlement et arasement d’ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrages
- Recreusement de mares
Avril 2015

Méthodologie

Ce protocole est issu du test de terrain réalisé en 2010 avec les techniciens rivières du Syndicat Mixte de
la Vallée du Thouet (SMVT) et l'IRSTEA. Il a été conçu spécifiquement pour répondre aux caractéristiques
du programme de suivi des macrophytes du Thouet engagé dans le cadre d'un Contrat Territorial Milieux
Aquatiques.

Ce protocole répond à une demande bien précise : une quantification des macrophytes sur un site et une
faisabilité technique et financière faible. Les étapes listées ci-dessous sont issues du document "Suivi des
communautés végétales aquatiques du Thouet" (Dutartre et al., 2011).
Les relevés peuvent être effectués en juillet sur 15 jours environ.

Sur le terrain

Définir un nombre de stations d’échantillonnage représentatif du site d’étude. Positionnement des prélève-
ments sur des profils transversaux si possible géolocalisés (GPS) de manière à permettre une répétition des
campagnes chaque année sur les mêmes profils. A défaut d'une localisation GPS, des repères en rives doivent
être identifiés (arbre, piquet, etc.).

Les profils transversaux d'une station sont répartis sur un tronçon d'environ 100 m. La distance entre les pro-
fils peut être variable en fonction de la configuration du lit et des berges.

Mise en place d'au moins trois profils amont et trois profils aval dans les stations comportant un barrage. Les
profils "amont" devront être répartis sur le linéaire du remous du barrage. Le plus en amont restant dans le
remous et non dans l'écoulement libre de l'amont de la station et le plus en aval restant éloigné d'au moins
30 à 50 m du barrage. Les profils "aval" seront répartis dans la zone d'écoulement libre et le plus en amont de
ces profils ne devra pas être à moins de 15 à 20 m du barrage. Tous les profils devront avoir un numéro d'ordre
permettant de retrouver facilement leur position dans la station.

Les conditions générales d'environnement de la station seront notées :

- ombrage ou plein soleil ;
- au moins une mesure de la transparence des eaux au disque de Secchi sera réalisée par station le jour de la
campagne. Pour les stations comportant un barrage, une mesure en amont et une en aval sont souhaitables.
Si les conditions du milieu ne permettent pas de mesure, la profondeur maximale de la station sera indiquée.

Les observations sont réalisées par "points contacts" réguliers sur les profils, soit à pied, soit depuis une
embarcation légère (barque, canoë, etc.) (figure 1), en fonction de la profondeur des eaux (au-delà de 1,1 à
1,2 m le recours à une embarcation devient indispensable). L'utilisation d'une corde jaugée (une marque au
feutre tous les 1 m) tendue entre les rives (ou les berges) (figure 2) peut faciliter le positionnement des points
et la réalisation des prélèvements.

138
 Suivi des macrophytes
©SMVT, 2010

©SMVT, 2010
Figure 1 : prélèvement depuis une embarcation. Figure 2 : corde jaugée et tendue entre les rives.

Les plantes présentes à chaque point contact sont prélevées systématiquement avec un râteau à manche
télescopique (figures 3 et 4), afin de réduire des biais d'observations (profondeurs variables, fluctuations de
transparence des eaux rendent difficiles les observations directes). Le râteau est descendu verticalement
jusqu'à toucher le fond puis une rotation complète lui est donnée pour prélever les plantes. Il est ensuite
remonté rapidement et si possible verticalement. Il est important d'utiliser toujours le même râteau tout au
long du suivi. Le manche doit être gravé de graduations tous les 50 cm.

©SMVT, 2010
©SMVT, 2010

Figure 3 : prélèvement au râteau. Figure 4 : râteau à manche télescopique.

Déterminez les espèces présentes dans le prélèvement et évaluez l'abondance de chacune d'elle selon la
grille :

Indice Description
1 Très rare Quelques fragments de tige
2 Rare Fragments de tige fréquents ou rares pieds
3 Présente Fragments répartis sur l'ensemble du râteau
4 Abondante Plante abondante sur une partie du râteau
5 Très abondante Plante présente en grande quantité sur tout le râteau

Les macrophytes peuvent être identifiées à partir de critères de reconnaissances. Nous recommandons de
consulter un exemple de catalogue : le catalogue numérique des macrophytes des plans d’eau du territoire
ligérien (parties "hydrophytes" et "amphiphytes") du Syndicat Mixte pour le Développement de l’Aquaculture
et de la Pêche en Pays de la Loire, à cette adresse : [Link]

Une liste d’espèces aquatiques est proposée à titre indicatif. Celle‐ci pourra évoluer suite à des retours d’expé-
rience, selon les particularités de chaque site et selon la colonisation de nouvelles espèces. Le gestionnaire
peut rajouter des espèces, ayant des impacts sur la structure ou le fonctionnement de l’habitat qu’il gère.

Voici quelques exemples de macrophytes en milieu saumâtre :

Avril 2015

- Zostère marine (Zostera marina L.), rameaux florifères ramifiés, feuilles longues jusqu’à 50 cm et large de 0,2
à 1 cm, gaine entière, fruit strié ;

139
Suivi des macrophytes

- Zostère naine (Zostera noltii Hornem.), protégée en région Pays de la Loire. Rameaux florifères non ramifiés,
feuilles longues jusqu’à 20 cm et large de 1 mm, gaine fendue, fruit lisse ;
- Rupelle maritime (Ruppia maritima L.), pédoncule du fruit court et droit, feuilles fines ;
- Rupelle spiralée (Ruppia cirrhosa (Petagna) Grande), pédoncule du fruit long et en vrille, feuilles épaisses.

Exemples d'espèces aquatiques ou amphibies envahissantes :

- Azolla fausse-fougère (Azolla filiculoides Lam.)
- Cabombe de Caroline (Cabomba caroliniana)
- Crassule de Helms (Crassula helmsii (Kirk) Cockayne)
- Egérie dense (Egeria densa Planchon)
- Elodée de Nuttall (Elodea nuttalli (Planch.) H. St. John)
Avril 2015

- Elodée du Canada (Elodea canadensis Michx.)

- Hydrocotyle fausse-renoncule (Hydrocotyle ranunculoides L. f.)
- Jussie à grandes fleurs (Ludwigia grandiflora ssp. Hexapetala (Michx.) Greuter & Burdet)
- Jussie rampante (Ludwigia peploides (Kunth) P.H. Raven)
- Grand lagarosiphon (Lagarosiphon major (Ridl. Moss)
- Lentilles d’eau (Lemna minuta Kunth et L. turionifera Landolt.)
- Myriophylle du Brésil (Myriophullum aquaticum (Vell.) Verdc.)

Exemples d'espèces aquatiques indigènes proliférantes :

- Lentille d’eau (Lemna aequinoctialis Welw.)

Les macrophytes prélevées sont des plantes immergées ou à feuilles flottantes, des plantes flottantes appe-
lées "hydrophytes", des plantes à feuillage émergé appelées "hélophytes", indigènes et exotiques.

Le nombre souhaité de points contacts par station est de 200, dont, 100 points en amont et 100 points en aval
pour une station comportant un barrage.

L'écart entre les points contacts est régulier, il peut être différent entre les stations mais doit être le même
sur tous les profils d'une même station. Cet écart est à mettre en relation avec la largeur du lit en eau (ou du
fossé), par exemple :
- 0,5 m sur les stations de faible largeur ;
- 1 m sur les stations de largeur moyenne ;
- 2 m dans la partie aval mais il doit permettre la réalisation d'au moins six profils par station.

Sur chaque point contact, en complément de sa position sur le profil, doit être noté :
- l'évaluation de la profondeur (à 10 cm près) ;
- la nature du sédiment : il s'agit d'une simple évaluation des différents sédiments comme les vases et les sédi-
ments de granulométries plus grossières en séparant sables, graviers, galets ou blocs. Le contact du râteau
sur le fond permet une telle évaluation ;
- la vitesse de courant : appréciation visuelle à 10 cm/s.

L'ensemble des informations (station, profil, point, plantes) devra être noté sur une fiche de terrain.
Ces informations devront ensuite être transférées sur support informatique pour permettre leur stockage
dans une base de données unique et leurs traitements ultérieurs. La saisie devra être faite sur un tableur (par
exemple Excel ou [Link] Calc). Les données devront être stockées par ligne, chaque ligne correspon-
dant à un point contact, avec des informations sur :
- la campagne de terrain (date) ;
- la station (nom et code, localisation géographique, opérateur) ;
- le profil (numéro d'ordre, localisation, écart entre les points contacts, transparence des eaux) ;
- les points contacts (localisation, profondeur, type de substrat, vitesse de courant) ;
- la ou les plantes présentes dans le prélèvement au râteau (nom d'espèce, abondance).

140
 Suivi des macrophytes
Calcul de l'indice

Il n'existe pas encore d'indicateur normalisé pour ce suivi, en revanche il est possible de valoriser les données
avec des calculs d'indices (Dutartre, 1992), tels que :
- Occurrence (= fréquence d’apparition) des différentes espèces sur l'ensemble des points contacts (%) ;
- Abondance totale ;
- Abondance moyenne : moyenne des abondances rapportée au nombre de stations où l’espèce considérée
est présente ;
- Richesse spécifique : nombre d’espèces prélevées sur la station ;
- Classement quantitatif des espèces : espèce la plus abondante à la moins abondante.

Les traitements statistiques doivent intégrer les données d'environnement (profondeur, sédiment, vitesse du
courant) des points contacts. Les conditions hydrologiques printanières et estivales conditionnant fortement
le développement des plantes. Il sera également nécessaire de les intégrer dans l'analyse pour en évaluer
l'impact réel sur le site d'étude.

Coûts indicatifs

Acquisition de matériels :
- manche télescopique "outils Wolf" (Longueur réglable de 2,20 à 4 m) : 45 €
- râteau standard (14 dents par exemple) : 16 €
- canoë : 300 à 400 € HT

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Zone humide 1 fois/an 1 fois/an
Unité Hydraulique Cohérente n-1 et tous les ans Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Curage
Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Restauration de zones humides
Autre (recreusement de mares)
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage
Avril 2015

141
Suivi des macrophytes

Option
Paramètres complémentaires

Salinité, oxygène dissous, température.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.
Avril 2015

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 sédiments : "vase" ou
"sables" ou "graviers" ou "galets" ou "blocs".

Références bibliographiques
Breugnot E., Dutartre A., Laplace-Treyture C., Haury J., 2004. Variabilité des peuplements de macrophytes aquatiques en
grands cours d'eau : premiers résultats sur l'hydrosystème Adour-Garonne. Cemagref, AGRERE, UMR INRA-Agrocampus
Rennes. 14 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Dutartre A., 1992. Répartition et développement des hydrophytes dans un grand cours d'eau - Application au fleuve
Charente. Colloque international : les acquis de la limnologie et de la gestion des systèmes aquatiques continentaux. 22
p.

Dutartre A., Codhant H., Mary N., 1994. Les végétaux aquatiques et le transfert des nutriments dans le fleuve Charente
: les macrophytes. Cemagref. 10 p.

Dutartre A. et al., 2011. Suivi des communautés végétales aquatiques du Thouet. Rapport 2010 Cemagref REBX, UCO,
SMVT, rapport. 76 pages.
(Document en ligne : [Link]
pdf)

Le Berre M., Trintignac P., 2013. La flore numérique des étangs piscicoles des Pays de la Loire : années 2010-2013.
SMIDAP, Nantes.
(Documents sur les hydrophytes et les amphiphytes disponibles en ligne : [Link]

142
 Suivi des manœuvres d’ouvrages

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
La méconnaissance des manœuvres des vannes des marais ne per-
met pas de dire si ces dernières sont compatibles ou non avec les Technique ***
objectifs de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE). Financière €€€
Il apparait indispensable de connaitre les mouvements des van-
nages : qui les déclenche, quelles sont les motivations par rapport
aux besoins agricoles et comment s’ajustent les niveaux.
L’objectif d’un tel indicateur n’est pas d’opérer un contrôle sur les Pertinence
gestionnaires des ouvrages mais de proposer à terme, un règlement
d’eau compatible à la fois avec les usages en vigueur sur le marais Zone humide 
et les objectifs de la DCE. C’est avant tout une action d’acquisition Bilan des outils 
de la connaissance des mouvements motivés des ouvrages dans le
marais.

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Gérer les niveaux d'eau et le régime hydraulique

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, prés-salés, lagunes, 21 Lagunes
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles salées
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux industriels, canaux
agricole

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Réfection des berges des canaux
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

Méthodologie

Il s’agit de mettre en place un cahier de relevés de manœuvres, où seront consignés les éléments suivants :

143
 Suivi des manoeuvres d’ouvrages

Relevé des
Type de Motivation de la Intensité de la
Nom Date cotes en début
manœuvre manœuvre manœuvre
de manœuvre
Personne qui Années, Ouverture ou Passage des poissons Totale ou partielle A partir des
manœuvre mois, fermeture migrateurs, maintien du (nombre de dents échelles installées
jours, niveau d'eau, évacuation sur la crémaillère,
heures de renouvellement et repères sur les
entretien, anticipation parties fixes)
d’une crue, suppression de
plantes invasives, etc.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Unité Hydraulique Cohérente A chaque manœuvre -

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de zones humides Curage
Restauration de zones humides Protection des berges

Option
Paramètres complémentaires

Relevés des niveaux d’eau, hauteur des marées, phase des marées (montée, descente, coefficient),
pluviométrie.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 passage migrateurs : "oui" ou "non" ;
- code 2 maintien niveau : "oui" ou "non" ;
- code 3 évacuation de renouvellement : "oui" ou "non" ;
- code 4 anticipation d’une crue : "oui" ou "non".

Références bibliographiques
Avril 2014

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

144
 Suivi des odonates

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
Les odonates constituent d’excellents indicateurs biologiques du Technique ***
fonctionnement des hydrosystèmes. Financière €€€
Il existe de nombreux protocoles pour étudier la dynamique des
peuplements d’odonates, cette fiche reprend celui mis en oeuvre en
2012 par l’Observatoire du Patrimoine Naturel du Marais poitevin.
Un suivi à long terme est nécessaire pour produire un jeu de don- Pertinence
nées robuste permettant d’en faire une interprétation cohérente.
Zone humide 
Bilan des outils 

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés
Marais, prés-salés, lagunes, 15 Marais salés, prés salés,
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières steppes salées
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 21 Lagunes
Bordure de cours d’eau et plaines 31 Landes, brousailles, recrues
Annexes fluviales 36 Pelouses alpines et subalpines
alluviales
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et commu-
Zones humides de bas-fond en nautés d’herbacées hautes
prairies humides, prairies
tête de bassin 44 Forêts et fourrés alluviaux très
tourbeuses, podzines
humides
Petits plans d’eau et bordure de Bordures de lacs, prairies 51 Tourbières bombées à
plans d’eau humides, prairies tourbeuses communautés très acides
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de 52 Tourbières de couverture
plaines et plateaux sources, tourbières 53 Végétation de ceinture de bord
Réseau de mares ou mares per- des eaux
Zones humides ponctuelles manentes ou temporaire, 54 Bas-marais, tourbières de
naturelles ou créées par l’homme transition et sources
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux industriels, canaux
agricole
Zones humides artificielles

145
Suivi des odonates

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Réfection des berges des canaux
- Recreusement de mares
Avril 2014

- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage

Méthodologie

Sur le terrain
Le choix des sites doit être réalisé de manière à ce que tous les faciès de milieux aquatiques soient représen-
tés : eaux courantes, stagnantes, etc. L’objectif est de réaliser les inventaires sur des itinéraires échantillons
(ou transects) représentant une mosaïque d’habitats. Cette mosaïque est sensée assurer différentes fonc-
tions écologiques clés pour les espèces : émergence, reproduction, zones de chasse, etc.

Au niveau des fossés, nous proposons que les itinéraires de suivi recouvrent par exemple la végétation des
berges et la végétation aquatique. Certaines espèces d’odonates déposent leurs oeufs sur la végétation aqua-
tique et rivulaire, une végétation représentant l’habitat d’émergence des odonates. Ainsi, il est possible de
faire le lien entre la qualité des habitats de reproduction, leur évolution au cours des années et l’état des
populations des odonates des itinéraires échantillons retenus.

Il s’agit de dénombrer les odonates adultes le long d’un itinéraire échantillon réalisé dans les différents habi-
tats fonctionnels de la zone humide fréquentés par les espèces. La longueur de chaque parcours est fixée à
500 m (soit environ 1 heure de prospection). Le comptage est réalisé dans des bandes de 2,50 m de part et
d’autre du parcours. Les relevés sont à réaliser par conditions favorables (absence de vent, ciel dégagé, tem-
pérature > 20°C, entre 10 et 18 heures) et à l’aide d’un filet à papillon et de jumelles. Lors des itinéraires, les
espèces contactées sont déterminées et le nombre d’individus adultes comptabilisé (nombre précis). Leur
stade de développement (éventuellement émergence, exuvie, mais avant tout adulte) est aussi noté ainsi que
le comportement des adultes (accouplement, ponte, chasse, repos, etc.).

Le suivi sera réalisé tous les deux ans, à raison d’un passage mensuel entre mai et août, durant la première
quinzaine du mois. Ces quatre passages sont nécessaires pour pouvoir inventorier un maximum d’espèces.

Il convient de subdiviser les itinéraires échantillons en sections homogènes correspondant aux différents
habitats prospectés et renseignant les habitats fonctionnels précités (reproduction, émergence et secteurs
de chasse). Il est important de définir des itinéraires comportant en proportion sensiblement équivalente
l’habitat de reproduction/émergence et l’habitat de chasse. Cette sectorisation fonctionnelle pourra éven-
tuellement être subdivisée en sous sections correspondant à des habitats homogènes (praires, roselières…).
Tous les odonates contactés seront clairement "rattachés" à ces sections de chaque itinéraire. Une globali-
sation des informations sera réalisable a posteriori, mais il importe de raisonner initialement à l’échelle des
sections (habitats/fonctions) de chaque itinéraire (Bonis & al., 2013).

La collecte des exuvies a l’avantage de témoigner de la reproduction avérée au niveau local des espèces inven-
toriées (autochtonie). Néanmoins, cette méthode est difficile à mettre en oeuvre : le bureau d’études Centre
d’Etudes et de Recherche Appliquée en Environnement l’a testée en 1999 et a conclu qu’il est difficile de cer-
ner les zones où des exuvies sont à collecter et que ceci nécessite par conséquent un effort d’échantillonnage

146
 Suivi des odonates
très important. Par conséquent, dans le présent suivi, les exuvies seront collectées de manière systématique,
mais sans dispositif particulier. Un travail de détermination est nécessaire post récolte. L’effort de prospection
devra être alloué au recensement des adultes.

Interprétation des données

Le recensement pour chaque itinéraire échantillon donne lieu à des regroupements selon une série de va-
riables environnementales (entité de marais, contextes paysagers, etc.) et ainsi fournit des descripteurs d’oc-
currence des différentes espèces (ou pourcentage de variables environnementales dans lesquelles apparaît
une espèce).
Le dénombrement des effectifs par espèce renseigne sur l’abondance relative des différentes espèces et four-
nis avant tout des indications de type abondance par unité d’effort (Capture Par Unité d’Effort).

L’ensemble des données permet d’établir des comparaisons de la composition des peuplements d’odonates
entre sites à un temps t et entre années. La collecte complémentaire d’exuvies apportera quelques indices
sur la réelle reproduction de l’espèce dans l’habitat échantillonné. Ces données biologiques seront croisées
avec les données environnementales collectées.

Dans le cas où le suivi odonates coïnciderait avec celui de la végétation aquatique et la végétation rivulaires,
des informations fines sur les habitats pourraient être exploitées. Lors de l’analyse des données, la même
importance ne pourra pas être donnée à toutes les espèces. Plutôt que de se focaliser sur les espèces rares
plus difficilement détectables, il conviendra de porter une attention toute particulière aux espèces plus com-
munes. La biodiversité en espèces communes (notion d’homogénéisation biotique) est en effet de plus en
plus reconnue comme renseignant l’état de santé des milieux étudiés. Le cortège de variables environnemen-
tales permettra sur le moyen terme de le relier aux possibles changements de trajectoire de communautés
d’odonates.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Zone humide 4 fois/an 4 fois/an
Habitat n-1, n+1, n+5 Tous les 2 ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Curage
Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Autres (recreusement de mares, étrépage, déca-
Avril 2014

page, suppression de remblai, reconversion d'une

culture en prairie humide, effacement de drainage)

147
Suivi des odonates

Option
Paramètres complémentaires

Conditions météorologiques (nébulosité, température, vent), régime hydrique des portions de

réseau hydraulique, calendrier d’inondation des prairies, nitrates, phosphore, matières en suspen-
sion, conductivité et turbidité de l’eau, pour les prairies signaler la fauche ou le pâturage.
Avril 2014

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 méthode : "à vue" ou "filet" ;
- code 2 comportement : "défense territoriale" ou "tandem" ou "accouplement" ou "ponte" ou
"émergence" ou "exuvie" ou "chasse" ou "repos" ou "autre".

Références bibliographiques
Bonis A., Paillisson J.-M., Membrey C., Marion B., 2013. Propositions pour le suivi de la biodiversité dans le Marais
poitevin : suivi global et suivi en lien avec l’évolution de la gestion de l’eau - Rapport final - document B. UMR 6553
ECOBIO CNRS Université de Rennes 1. Établissement public du Marais poitevin. 272 p.

Boudot J.-P., Dommanget J.-L., 2012. Liste de référence des Odonates de France métropolitaine. Société française
d’Odonatologie, Bois-d’Arcy (Yvelines), 4 pp.
(Document en ligne : [Link]

Dore F., Mercier F., Moncomble M., Tullie L., Sudraud J., Trotignon P., Cotrel N., Texier A. (2012). Mise en place d’un
suivi des communautés d’odonates du Marais poitevin. Parc Interrégional du Marais Poitevin, Coulon, 53 p.
(Document en ligne : [Link]

GRETIA (2009). Etat des lieux des connaissances sur les invertébrés continentaux des Pays de la Loire ; bilan final.
Rapport GRETIA pour le Conseil Régional des Pays de la Loire. 395 p.
(Document en ligne : [Link]

Office pour les insectes et leur environnement/Société française d’Odonatologie, 2012. Agir pour les Odonates.
L’essentiel du Plan national d’actions 2011-2015. DREAL Nord-Pas-de-Calais, MEDDE, 20 p.
(Document en ligne : [Link]

Pont B., Mathieu M., 2011. Protocole Odonates - 2011. RhoMéO. Association des amis de l’Ile de la Platière. 14 p.
(Document en ligne : [Link]

148
 Suivi des orthoptères

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
L’ordre des orthoptères constitue un bon indicateur du fait de sa
grande sensibilité aux changements de la structure de la végétation Technique ***
(hauteur, stratification) et de l’humidité stationnelle. La structure Financière €€€
des peuplements d’orthoptères informe sur la structure des milieux,
leur température moyenne (en fonction de la biogéographie, l’expo-
sition, l’altitude), mais aussi l’humidité stationnelle (Guegen, 1976 ;
Samways, 1989 ; Bonnet & al., 1997 ; Barataud, 2005). Certains cor- Pertinence
tèges d’espèces sont qualifiés d’indicateurs de la dynamique hydro-
logique (Monnerat & al., 2007). Les insectes étant ectothermes, la Zone humide 
température de leur corps dépend essentiellement des conditions Bilan des outils 
climatiques du milieu : ce sont à ce titre des indicateurs potentiels
du climat.

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Baies et estuaires moyens et plats Vasières, herbiers, Prés-salés
Marais, prés-salés, lagunes, 15 Marais salés, prés salés,
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières steppes salées
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles 21 Lagunes
Bordure de cours d’eau et plaines 31 Landes, brousailles, recrues
Annexes fluviales 36 Pelouses alpines et subalpines
alluviales
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et commu-
Zones humides de bas-fond en nautés d’herbacées hautes
prairies humides, prairies
tête de bassin 44 Forêts et fourrés alluviaux très
tourbeuses, podzines
humides
Petits plans d’eau et bordure de Bordures de lacs, prairies 51 Tourbières bombées à
plans d’eau humides, prairies tourbeuses communautés très acides
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de 52 Tourbières de couverture
plaines et plateaux sources, tourbières 53 Végétation de ceinture de bord
Réseau de mares ou mares per- des eaux
Zones humides ponctuelles manentes ou temporaire, 54 Bas-marais, tourbières de
naturelles ou créées par l’homme transition et sources
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux industriels, canaux
agricole
Zones humides artificielles

149
Avril 2014 Suivi des orthoptères

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Réfection des berges des canaux
- Recreusement de mares
- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage

Méthodologie

Sur le terrain

Il est préconisé de réaliser les prospections à la mi-juillet, début août et fin-août (périodes où les individus
adultes rencontrés sont les plus nombreux, toutes espèces confondues), aux périodes de la journée les plus
propices aux inventaires (période où les insectes sont les plus actifs), à savoir entre 9 heures et 21 heures et
dans de bonnes conditions météorologiques (ciel dégagé, vent faible et températures supérieures à 20°C).
Les différentes méthodes sont les suivantes :

Quadrats ou biocénomètre
Cette méthode consiste à lancer une enceinte de 1 à 3 m² au sol et à compter les orthoptères ainsi piégés.
Elle est largement utilisée pour ce type d’échantillonnage (Gueguen, 1989 ; Tatin & al., 2000) car elle semble
être celle qui permet de capturer le plus grand nombre d’individus par unité de surface, et donc qui permet
d’approcher de plus près la réalité (Onsager, 1977).

Filet fauchoir
Cette méthode permet rapidement de mettre en évidence les abondances relatives des espèces mais ne
permet pas d’obtenir une densité absolue (Fielding & Brusven, 1996). De plus, certaines espèces se tenant en
hauteur dans la végétation sont plus capturées que d’autres restant près du sol et les résultats sont donc peu
représentatifs de la réalité (Luquet, 1985). Les relevés permettent de connaître la composition spécifique d’un
peuplement d’orthoptères (Voisin, 1986). Lorsqu’une station est clairement définie, l’observateur progresse
lentement au sein de celle-ci et identifie tous les orthoptères qui y sont présents à l’aide d’un filet. L’iden-
tification des spécimens est à effectuer à vue et/ou à l’ouïe. La stridulation des mâles est un complément
important dans la détermination et est même indispensable pour différencier certains groupes d’espèces.
Les espèces présentant des difficultés pour la détermination sont capturées pour une analyse ultérieure au
laboratoire.

Indice Linéaire d’Abondance (recommandé)

Le calcul de l’abondance est basé sur l’ILA selon la méthode de Voisin (1986). L’ILA consiste à effectuer dif-
férents transects de 20 m établis de façon à ne pas se rapprocher trop près les uns des autres. Ces trajets
ne se recoupent pas. Le nombre de spécimens fuyant devant les pas du prospecteur est compté pour une
bande d’une largeur environ égale à un mètre. La distance est estimée à l’aide d’une corde munie de nœuds
que l’opérateur laisse filer entre ses doigts. Les orthoptères sont recensés à l’aide d’un filet fauchoir lorsque
cela est nécessaire et déterminé in situ. En complément, les écoutes sont notées selon les compétences de
l’observateur.

150
 Suivi des orthoptères Avril 2014
Interprétation des données

La calcul de l’abondance des peuplements basé sur l’ILA est réalisé à partir de :
- ILAespèce = moyenne du nombre de spécimens rencontrés pour une espèce sur un trajet de 10 m ;
- ILAglobal = moyenne du nombre de spécimens rencontrés toutes espèces confondues pour un trajet de 10 m.

L’évaluation densitaire est estimée à partir de l’ILAglobal pour 100 m2 avec ILAglobalx10.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
3 fois/an 3 fois/an
Zone humide
n-1, n+1, n+5 Tous les ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Curage
Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Autres (recreusement de mares, étrépage, déca-
page, suppression de remblai, reconversion d'une
culture en prairie humide, effacement de drainage)

Option
Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le :

- code 1 méthode : " à vue" ou "à l’ouïe" ;
- code 2 sexe : "femelle" ou "mâle" ou "inconnu".

151
Avril 2014 Suivi des orthoptères

Références bibliographiques
Barataud J., 2005. Orthoptères et milieux littoraux, influence de la gestion des habitats herbacés et enjeux pour la
biodiversité. Réserve Naturelle de Moëze – Oléron, 45 p.
(Document en ligne : [Link]

Boitier E., 2003. Caractérisation écologique et faunistique des peuplements d’Orthoptères en montagne auvergnate.
Université de Limoges, 73 p.
(Document en ligne : [Link]

Bonnet E., Vilks A., Lenain J.-F., Petit D., 1997. Analyse temporelle et structurale de la relation Orthoptères-végétation.
Ecologie, 28 : 209-216.

Gueguen A. 1976. Recherche sur les orthoptères des zones d’inculture de basse altitude. Thèse de Doctorat, faculté
Sciences du comportement et de l’envir., Univ. Rennes.

Jaulin S., Baillet Y., 2007. Identification et suivi des peuplements de Lépidoptères et d’Orthoptères sur l’ENS du Col du
Coq - Pravouta. Rapport d’étude de l’OPIE-LR, Perpignan, 107 p.
(Document en ligne : [Link]

Onsager J.A., 1977. Comparison of five methods for estimating density of rangeland grasshoppers. J. Econom.
Entomology, 70 (2) : 187-190.

Samways M.J., 1989. Insect conservation and landscape ecology: a case-history of Bush Crickets (Tettigonidae) in
Southern France. Environ. Conserv., 16 : 217-226.

Tatin L., Dutoit T., Feh C. 2000. Impact du pâturage par les chevaux de Przewalski (Equus preswalskii) sur les populations
d’orthoptères du causse Méjean (Lozère, France). Rev. Ecol. (Terre Vie), 55 : 241-261.
(Document en ligne : [Link]
[Link]%2Fpublication%2F233739632_Impact_du_pturage_par_les_chevaux_de_Przewalski_%28Equus_przewalskii%29_sur_les_
populations_d%27orthoptres_du_Causse_Mjean_%28Lozre_France%29%2Ffile%[Link]&ei=-hUzUonBGMST0QWn_oHICg&us
g=AFQjCNHNBBLsHIzjawzTwd53SORXh901dg&bvm=bv.52164340,d.d2k)

Voisin J.-F., 1986. Une méthode simple pour caractériser l’abondance des orthoptères en milieux ouverts. L’Entomologiste,
42 : 113-119.

152
 Suivi des populations de Loutres

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
La Loutre d’Europe (Lutra lutra) est un bon indicateur de la
préservation des habitats aquatiques et des milieux rivulaires,
Technique ***
de la connectivité des milieux et de la richesse des peuplements
piscicoles. En effet la loutre est un prédateur et un révélateur
Financière €€€
indirect de l’abondance de poissons.

Pertinence

Zone humide 

Bilan des outils 

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, prés-salés, lagunes,
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières
15 Marais salés, prés salés,
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles steppes salées
Bordure de cours d’eau et plaines 21 Lagunes
Annexes fluviales
alluviales 22 Eaux douces stagnantes (lacs,
Tourbières, milieux fontinaux, étangs et mares)
Zones humides de bas-fond en 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
prairies humides, prairies
tête de bassin salées
tourbeuses, podzines
Régions d’étangs Etangs isolés 37 Prairies humides et commu-
nautés d’herbacées hautes
Petits plans d’eau et bordure de Bordure de lacs, prairies humides, 51 Tourbières bombés à
plans d’eau prairies tourbeuses communautés très acides
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de 52 Tourbière de couverture
plaines et plateaux sources, tourbières 53 Végétation de ceinture de
Réseau de mares ou mares bords des eaux
Zones humides ponctuelles permanentes ou temporaire, 54 Bas-marais, tourbières de
naturelles ou créées par l’homme transition et sources
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux industriels, canaux
agricole
Zones humides artificielles

153
Avril 2014 Suivi des populations de Loutres

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Réfection des berges des canaux
- Recreusement de mares
- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage

Méthodologie

Relevés des données sur le terrain

Mesurer la présence de l’espèce en relevant les indices, tels que les empreintes et/ou les épreintes (déjec-
tions), à chaque passage sur le terrain.
©Stéphanie Darblade-RNN Etang Noir

©Stéphanie Darblade-RNN Etang Noir

Figure 1 : empreintes et épreintes de Loutre.

Interprétation des données

Comparez d'une année sur l'autre le nombre et l'emplacement des indices à l’échelle du site.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Bassin versant Plusieurs fois/an Plusieurs fois/an
Unité Hydraulique Cohérente Tous les ans Tous les ans

154
 Suivi des populations de Loutres Avril 2014
Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Curage
Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Autres (recreusement de mares, étrépage, déca-
page, suppression de remblai, reconversion d'une
culture en prairie humide, effacement de drainage)

Option
Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 indice : "empreintes" ou
"épreintes" ou "autre".

Références bibliographiques
Bonis A., Paillisson J.-M., Membrey C., Marion B., 2013. Propositions pour le suivi de la biodiversité dans le Marais
poitevin : suivi global et suivi en lien avec l’évolution de la gestion de l’eau - Rapport final - document B. UMR 6553
ECOBIO CNRS Université de Rennes 1. Établissement public du Marais poitevin. 272 p.

Dubois M., 2012. Suivi de la répartition et gestion conservatoire de la Loutre d’Europe (Lutra lutra) dans le Marais
Poitevin. Parc interrégional du Marais Poitevin, 26 p.
(Document en ligne : [Link]

155
 Suivi des rhopalocères

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
La dynamique des populations de papillons de jour (= rhopalocères) Technique ***
permet de qualifier le bon état biologique des zones humides Financière €€€
(typicité et bon état fonctionnel). Ce sont en effet des espèces
avec des gammes d’écologies larges permettant d’obtenir des
informations sur plusieurs paramètres comme la connectivité des
milieux entre eux, la nature et la qualité des habitats (Freydier, Pertinence
2010).
Zone humide 
Bilan des outils 

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Bordure de cours d’eau et plaines 31 Landes, broussailles, recrues
Annexes fluviales
alluviales 36 Pelouses alpines et subalpines
Tourbières, milieux fontinaux, 37 Prairies humides et commu-
Zones humides de bas-fond en nautés d’herbacées hautes
prairies humides, prairies
tête de bassin 44 Forêts et fourrés alluviaux très
tourbeuses, podzines
humides
Petits plans d’eau et bordure de Bordures de lacs, prairies
51 Tourbières bombées à
plans d’eau humides, prairies tourbeuses
communautés très acides
Marais et landes humides de Plateaux imperméables, zones de 52 Tourbières de couverture
plaines et plateaux sources, tourbières 54 Bas-marais, tourbières de
transition et sources

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Entretien régulier de la végétation
- Lutte contre les espèces exotiques envahissantes
- Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation
- Réfection des berges des canaux
- Recreusement de mares
- Etrépage, décapage
- Suppression de remblai
- Reconversion d'une culture en prairie humide
- Effacement de drainage

157
Suivi des rhopalocères

Méthodologie

Sur le terrain

Le suivi reprend le protocole utilisé en 2010 par l’Observatoire du patrimoine naturel du Marais poitevin et
celui des Réserves Naturelles de France (Langlois & Gilg, 2007).

Le trajet est constitué de lignes droites (transects), espacées d’un minimum de 50 m entre elles afin d’éviter
les doubles comptages. Au sein du trajet, il est nécessaire d’individualiser plusieurs sections. Le choix des
sections est déterminé par les groupements végétaux, chaque section étant homogène du point de vue de
Avril 2014

ces groupements. Les transects et les sections doivent être cartographiées.

Le relevé consiste en un comptage visuel des imagos sur une bande de 2,5 m de part et d’autres de l’obser-
vateur et dans les cinq mètres devant l’observateur. En cas de nécessité, des individus peuvent être capturés
pour une identification à l’aide d’un filet à papillon. L’observateur doit limiter ses captures au minimum afin
de ne pas multiplier les temps d’arrêt le long de l’itinéraire.

Pour chaque espèce identifiée, sont notés :

- le nombre d’individus ;
- leur comportement : vol, alimentation, ponte, repos, etc. ;
- les plantes nourricières ou hôtes utilisées ;
- l’habitat dans lequel l’observation est réalisée ;
- la section du parcours (section associée systématiquement à un habitat précis).
Si l’observation est réalisée en lisière de deux zones de végétations homogènes (par exemple : lisière entre
la berge du réseau hydraulique et une prairie), cette information sera notée et les deux habitats en contact
seront décrits.

Un itinéraire devra être réalisé sur une durée d’1h30 environ, avec une allure moyenne de 2km/h, de manière
à standardiser la pression d’observation entre les sites et sur une distance qui devra tenir compte de la varia-
bilité de la taille des sites, en particulier des petits (inclure plusieurs habitats). Pour chaque itinéraire, un sens
de parcours est défini et il devra être respecté à chaque passage. Le suivi aura lieu tous les deux ans, à raison
de quatre passages mensuels entre mai et septembre (période de vol).

Les suivis seront réalisés dans des conditions favorables :

- vent inférieur à 30 km/h, soit inférieur au niveau cinq sur l’échelle de Beaufort ;
- de préférence par ciel dégagé ;
- température d’au moins 13°C si le temps est ensoleillé ou faiblement nuageux (soleil ou quelques nuages)
ou d’au moins 17°C si le temps est nuageux entre 10 heures et 17 heures.
Si les conditions météorologiques se dégradent en cours de prospection, les comptages seront interrompus
jusqu’au retour d’une météo favorable (Manil & Henry, 2007).

Calcul de l’indice annuel d’abondance (IA)

Le dénombrement des effectifs par espèce renseigne sur l’abondance relative des différentes espèces et four-
nis avant tout des indications de type abondance par unité d’effort (Capture Par Unité d’Effort).

Les données récoltées permettent de déterminer aussi les variations de l’abondance relative des différentes
espèces dans le temps (dynamique des populations) et dans l’espace (préférence des espèces pour certaines
milieux et/ou mode de gestion) (Langlois & Gilg, 2007).

158
 Suivi des rhopalocères
Dans un premier temps, saisir les relevés dans une base de données de type Excel.
Ensuite chaque comptage est ramené à un nombre moyen d’individus sur 100 m. Pour calculer l’IA à partir
d’un tableau brute et de la colonne "Nb/100m", appliquer la formule suivante :

Avec :
j = IA pour la section donnée ;
i = numéro des visites ;
a = première visite
b = dernière visite ;
t = date ;
(t+1)-(t-1) = longueur en jour de la période qui sépare le comptage précédent du comptage suivant ;
N = nombre d’individus par visite.

On obtient ainsi trois colonnes supplémentaires dans le tableau de données brute : "Nb/100m", "(t+1)-(t-1)"
et "IA", comme l’illustre l’exemple ci-dessous :

Code RN Année Date (t) Espèce Nombre Section Nb/100m (t+1) - (t-1) IA
79-Platière 2006 11/05/2006 Didymaeformia didyma 3 01LGRA03 140m 2,14 19 20,36
Tableau 1 : exemple sur le mélitée orangée (RNN de l’île de la Platière, 2006).

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
4 fois/an 4 fois/an
Zone humide
n-1, n+2, n+4 Tous les 2 ans

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Amélioration de la connectivité latérale Reconnexion
Curage
Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Gestion des espèces envahissantes
Intervention sur la végétation
Plantation
Protection des berges
Restauration de zones humides
Autres (recreusement de mares, étrépage, déca-
page, suppression de remblai, reconversion d'une
culture en prairie humide, effacement de drainage)
Avril 2014

159
Suivi des rhopalocères

Option
Paramètres complémentaires

Suivi des communautés végétales, données météorologiques (températures, pluie, vent), modali-
tés d’entretien et de gestion pour chaque habitat des itinéraires.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
Avril 2014

que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 comportement : "vol" ou
"alimentation" ou "ponte" ou "repos" ou "autre".

Références bibliographiques
Bonis A., Paillisson J.-M., Membrey C., Marion B., 2013. Propositions pour le suivi de la biodiversité dans le Marais
poitevin : suivi global et suivi en lien avec l’évolution de la gestion de l’eau - Rapport final - document B. UMR 6553
ECOBIO CNRS Université de Rennes 1. Établissement public du Marais poitevin. 272 p.

Cotrel N., 2010. Observatoire du patrimoine naturel du Marais poitevin : Suivi des Lépidoptères Rhopalocères du Marais
poitevin. Deux-Sèvres Nature Environnement. Edition Parc interrégional du Marais poitevin. 27 p.
(Document en ligne : [Link]
tobre_2010.pdf)

Freydier P., 2010. Protocole rhopalocères 2010. RhoMéO. Conservatoire d’Espaces Naturels de Savoie. 13 p.

Langlois D., Gilg O., 2007. Méthode de suivi des milieux ouverts par les Rhopalocères dans les Réserves Naturelles de
France - version actualisée de juillet 2007. Réserves Naturelles de France.
(Document en ligne : [Link]

Manil L., Henry P.-Y., 2007. Suivi Temporel des Rhopalocères de France (STERF) - Suivi Temporel des Insectes Communs
(STIC) - Protocole national – Mars 2007. Observatoire de biodiversité Vigie nature, Département d’Ecologie du Muséum
National d’Histoire Naturelle.
(Document en ligne : [Link]

160
 Suivi des roselières

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Cet indicateur permet de suivre la dynamique des roselières et d’évaluer
leur état de conservation.
Technique ***
Les roselières contribuent à de nombreuses fonctions, dont :
Financière €€€
- la protection des rives contre l’érosion. Comme un brise-lame naturel,
elles amortissent les forts courants de marée, de crue et de batillage ;
- le piégeage des sédiments. Les rhizomes et les feuilles retiennent
les fractions les plus fines des matières en suspension. Entre 20 et 30 Pertinence
mm de sédiments sont ainsi fixés chaque année, ce qui provoque un
exhaussement du sol et donc une baisse de la fréquence de submersion; Zone humide 
- l’épuration du milieu. Les roselières absorbent les nutriments (azote, Bilan des outils 
phosphore), participent à l’oxygénation de l’eau et des sédiments, et
fixent les métaux lourds (plomb, zinc, mercure).
Au sein des roselières, la production primaire est importante, de l’ordre
de 30 à 45 t/ha/an.
Elles sont aussi un habitat pour la faune, tels que les invertébrés, les
poissons qui les utilisent comme zones de ponte, de maturation et de
cache des juvéniles et les oiseaux, pour lesquels les roselières sont un
site d’alimentation, de reproduction, d’étape migratoire ou d’hivernage,
à l’abri de la prédation.

- Ouvrir une zone humide en déprise

Objectifs à évaluer - Diversifier les habitats

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais et lagunes côtiers Roselières
Bordure de cours d’eau et plaines
Annexes fluviales
alluviales
Tourbières, milieux fontinaux, 53 Végétation de ceinture de bord
Zones humides de bas-fond en des eaux
prairies humides, prairies
tête de bassin
tourbeuses, podzines
Petits plan d’eau et bordure de Bordures de lacs, prairies hu-
plans d’eau mides, prairies tourbeuses

- Entretien régulier de la végétation

Travaux concernés - Intervention ponctuelle et lourde sur la végétation
- Plantation

161
Suivi des roselières

Méthodologie

Sur le terrain

Définir une typologie pour chaque roselière à partir de transects ou de quadrats orientés vers le cœur de la
roselière. Réaliser un relevé au sein des quadrats en listant les espèces observées et en leur attribuant un
coefficient de recouvrement :
Avril 2015

Coefficients Recouvrement
+ < 1 %, espèces disséminées et peu abondantes
1 <5%
2 Entre 5 % et 25 %
3 Entre 25 % et 50 %
4 Entre 50 % et 75 %
5 Entre 75 % et 100 %

En plus des coefficients, relever approximativement le diamètre et la hauteur des tiges pour chaque station
échantillonnée. Ces paramètres apportent des compléments d’information sur l’état de dégradation d’une
roselière. Si la roselière se densifie c’est le signe d’un vieillissement.

Exemples de roselières :

PHRAGMITAIE TYPHAIE
Roseau commun (Phragmites autralis) Massette à feuilles étroites (Typha angustifolia)
190 à 350 cm Massette à large feuilles (Typha latifolia)
100 à 200 cm

PHALARIDAIE
Baldingère ou faux-roseau (Phalaris arundinacea)
120 à 225 cm

Il est possible de confondre Phalaris arundinacea avec

Phragmites australis. La ligule de P. australis est poilue
alors de celle de P. arundinacea est membraneuse.

162
 Suivi des roselières
Sur chaque station échantillonnée, estimer un taux de recouvrement moyen d'une roselière :

Modalités Recouvrement moyen Note associée

 Présence 60 % < taux ≤ 100 % 3
 Moyen 30 % < taux ≤ 60 % 2
 Faible 0 % < taux ≤ 30 % 1
 Absence 0% 0
Soit,
]0 % ; 30 %] ]30 % ; 60 %] ]60 % ; 100 %]
Roselières isolées Roselières discontinues Roselières continues

1m

Calcul de l'indice
Selon la modalité de réponse, une note est associée au taux de recouvrement moyen pour chaque station
d’échantillonnage (0, 1, 2 ou 3).
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité du linéaire échantillonné = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site. Conserver de préférences
les mêmes stations pour les mesures renouvelées d’une année à l’autre. Les données seront comparées à
l’échelle du site.

Exemple :
Sur le domaine d'étude, on relève :
- la note de 3 représentant Pnote3 = 50 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 2 représentant Pnote2 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 1 représentant Pnote1 = 20 % de la surface totale échantillonnée ;
- la note de 0 représentant Pnote0 = 10 % de la surface totale échantillonnée.

Pondération des pourcentages :

∑(P x note) = (0,50x3)+(0,20x2)+(0,20x1)+(0,10x0) = 2,3
L'indice 2,3 est représentatif du site.

Clé d'interprétation
Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné ci-dessus. L'in-
dice 2,3 représente le taux de recouvrement moyen d'une roselière sur un site d'étude. Cet indice est consi-
déré comme "moyen". Les objectifs peuvent être :
- de stabiliser les berges, dans ce cas l'indice est "moyen" si vous souhaitez atteindre une référence de 100
%, soit la présence d'une roselière sur toute la longueur des berges. Aux prochains suivis, les notes devront
tendre vers un indice de 3 ;
- d'optimiser un paysage homogène, l'indice est "faible" si le but est d'atteindre un référentiel de 100 %. Les
prochains suivis devront se rapprocher de l'indice 3 ;
- diversifier les habitats, l'indice est considéré comme "bon" si l'objectif est de se rapprocher d'une médiane
(indice 1,5).
Avril 2015

163
Suivi des roselières

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Unité Hydraulique Cohérente 1 fois/an 1 fois/an
Zones humides n-1, n+5 Tous les 5 ans
Avril 2015

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Entretien de zones humides Entretien de la végétation
Intervention sur la végétation
Restauration de zones humides
Plantation

Option
Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 typologie : "phragmitaie"
ou "phalaridaie" ou "typhaie" ou "autre".

Références bibliographiques
Mauchamp A., 2002. Protocole suivi Roselières Typologie. Tour du Valat, 8 p.
(Document en ligne : [Link]

ONCFS, 2008. Les roselières des Pays de la Loire, état des lieux. Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage, 8 p.
(Document en ligne : [Link]

ONCFS et GIP Loire Estuaire, 2007. Un groupement végétal représentatif : les Roselières. Cahiers d’indicateurs GIP Loire
Estuaire, 8 p.
(Document en ligne : [Link]

164
 Suivi du niveau d’eau

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
La gestion des niveaux d’eau, pour le cas particulier des marais, condi-
tionne la qualité fonctionnelle de ces derniers, les usages en place
Technique ***
et le bon état écologique des habitats et des espèces associés. Une
bonne gestion permet de trouver un équilibre entre l’ensemble des
Financière €€€
éléments précités. Le franchissement piscicole est fortement condi-
tionné d’une part, par les manœuvres des vannes et d’autre part, par
la submersion des marais favorisant les échanges entre les différents Pertinence
milieux. Le maintien des niveaux d’eau à certaines cotes permet l’uti-
lisation des surfaces de marais pour la reproduction des poissons et Zone humide 
notamment du brochet. Bilan des outils 
Les variations de niveaux sont contrôlées par des manœuvres de
vannes. Ces dernières sont associées aux conditions hydro-clima-
tiques qui déterminent le maintien ou non des niveaux d’eau.
Les variations altimétriques des niveaux d’eau sont plutôt méconnues
sur certains secteurs de marais. Lors de l'installation, un point de
suivi des niveaux d’eau doit être mis en relation avec les autres unités
hydrauliques cohérentes avec lesquelles le secteur est connecté.
Cela permet d’approcher et de caractériser les échanges et flux entre
secteurs (notion d’interdépendance).
N.B. : cette fiche est en lien avec la fiche "taux d'envasement".

- Alimenter les prairies humides en eau

Objectifs à évaluer - Gérer les niveaux d'eau et le régime hydraulique
- Améliorer la connexion et la capacité hydraulique du réseau
- Rétablir le caractère humide

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, prés-salés, lagunes, arrières 21 Lagunes
Marais et lagunes côtiers
dunes, roselières 37 Prairies humides et communautés
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles d’herbacées hautes
51 Tourbières bombées à
Bordure de cours d’eau et plaines
Annexes fluviales communautés très acides
alluviales 52 Tourbières de couverture
Tourbières, milieux fontinaux, 53 Végétation de ceinture de bord
Zones humides de bas-fond en tête
prairies humides, prairies des eaux
de bassin
tourbeuses, podzines 54 Bas-marais, tourbières de
transition et sources
Marais aménagés dans un but
Marais doux 89 Lagunes et réservoirs industriels,
agricole
canaux

165
Avril 2015 Suivi du niveau d’eau

- Aménagement d’une zone humide submersible pour l’écrêtage des crues

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau
- Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Restauration de frayères
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Réfection des berges des canaux
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Gestion des manœuvres d'ouvrage
- Suppression de remblai

Méthodologie

Sur le terrain

La hauteur d'eau relative à une référence permet d'avoir une valeur absolue, sur laquelle se calent les autres
mesures (exemple de la profondeur, l'épaisseur de vase, etc. Se référer à la fiche "Taux d'envasement"). La
hauteur de référence doit être respectée en moyenne sur le secteur, en été et en hiver. Elle correspond à la
mesure effectuée vis à vis de la cote Nivellement général de la France (NGF) ou marine (Anras, 2003).

Ainsi, mettez en place un réseau de mesure via des échelles (règles limnimétriques ou mires) ou des sondes
automatiques. Elles doivent être fixées sur les ouvrages existants et faciles d’accès pour relever les cotes. La
qualité des mesures repose sur la qualité du calage altimétrique.

Pour cela, une perche graduée doit être mise en place à demeure au milieu du fossé de la station. A chaque
visite, il sera ainsi possible d'effectuer une lecture directe au centimètre ou au demi-centimètre près.

Ces mesures peuvent s'effectuer au moyen d'un liteau en pin (30x30x240 mm) avec des graduations peintes
tous les centimètres, taillé en pointe.
La mire est installée hors crue, alors que les eaux sont faiblement circulantes. Faire une lecture de hauteur
d'eau de la règle graduée placée à proximité du point de référence NGF. Immédiatement, retourner à la
station et planter une perche graduée (au centimètre près) jusqu'à la valeur de référence (figure 1) (Anras,
2003). L'échelle limnimétrique peut aussi être installée par un géomètre.

Figure 1 : Mesure de la hauteur d'eau (Source : Anras, 2003).

Dans le cas particulier des marais, les mesures de hauteurs d’eau permettent la compréhension des régimes
hydrologiques. Ce sont les modes de gestion des marais qui conditionnent les séquences de manœuvre des
ouvrages. Le suivi à partir d’échelles limnimétriques, avec une visite quotidienne, peut déjà fournir une infor-
mation riche. En hiver, ce suivi prend toute son importance, il faut donc réaliser une campagne de mesure
plusieurs fois par semaine. Les variations étant plus faibles en été, une mesure par semaine s’avère suffisante.

166
 Suivi du niveau d’eau
Tenir à jour un cahier des relevés de hauteur d’eau dans un fichier excel :

Date Nom Hauteur d’eau Commentaire
Années, mois, jours, Complément
Observateur En centimètre
heures d’information (option)

Coûts indicatifs

Acquisition de matériels :
- liteau en pin (30x30x240 mm) : environ 5 €
- échelle limnimétrique : environ 130 € HT (hors pose et nivellement)
- sonde automatique : environ 500 € HT (hors pose et nivellement)

Prestation d'un géomètre pour la pose et nivellement : environ 1000 € la journée.

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Une lecture peut s'effec-
tuer 1 fois/semaine ou
1 fois/jour sur les sites
Unité Hydraulique Cohérente équipés d’échelles. -
En continue sur les sites
équipés de sonde.
Tous les ans.

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de zones humides Curage
Protection des berges
Restauration de zones humides
Autre (suppression de remblai)
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage
Avril 2015

167
Avril 2015 Suivi du niveau d’eau

Option
Paramètres complémentaires

Coefficients et horaires de marées, taux d’envasement.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour :

- le code 1 moyen de mesure : "règle" ou "sonde" ou "autre".
- remarques : précisez les usages.

Références bibliographiques
AGENCE DE L’EAU SEINE NORMANDIE, BURGÉAP, 2002. Guide technique interagences – Les zones humides et la
ressource en eau actions. Fiche S, Suivi d’actions. Agences de l’eau, 28 p.
(Document en ligne : [Link]

Anras L., 2003. Guide méthodologique : outils de suivis d’actions d’entretien des milieux aquatiques en marais doux.
Forum des marais de l’atlantique. 26 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Anras L., Guesdon S. (2007). Hydrologie des marais littoraux - Mesures physicochimiques de terrain. Collection “Marais
Mode d’emploi”. Ed. Forum des Marais Atlantiques, 76 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Fiers V., 2004. Guide pratique - Principales méthodes d’inventaire et de suivi de la biodiversité. Réserves Naturelles de
France, 238 p.

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

168
 Taux d’envasement

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
Les zones humides connaissent un envasement et un comblement
naturel allant de quelques décennies à plusieurs centaines d'années.
Technique ***
Leur maintien impose de contrôler ces phénomènes. La présence
de sédiments dans les canaux au-delà de certaines limites constitue
Financière €€€
un frein à la fonction hydraulique et peut entrainer des crises
dystrophiques. Leur retrait par curage à la pelle mécanique, bacs
déverseurs, drague, devient alors un impératif pour : Pertinence
- préserver la continuité écologique ;
- prévenir le comblement des fossés et préserver le caractère humide Zone humide 
du marais ; Bilan des outils 
- assurer la pérennité de l’activité d’élevage en exploitation extensive
qui garantit la conservation de la zone humide et contribuent à une
mosaïque d’habitats, support d’une importante biodiversité.
Le suivi du taux d’envasement rend compte de la vitesse d’envase-
ment et permet de mieux planifier les programmes d’intervention. Ce
taux peut représenter un bon indicateur de l’état du milieu et de ses
fonctionnalités hydrauliques, biologiques et économiques.
N.B. : cette fiche est en lien avec la fiche "suivi du niveau d'eau".

- Gérer les niveaux d'eau et le régime hydraulique

Objectifs à évaluer - Améliorer la connexion et la capacité hydraulique du réseau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Marais, prés-salés, lagunes, 21 Lagunes
Marais et lagunes côtiers
arrières dunes, roselières 23 Eaux stagnantes, saumâtres et
Marais saumâtres aménagés Marais salants, bassins aquacoles salées
Marais aménagés dans un but 89 Lagunes et réservoirs
Marais doux industriels, canaux
agricole

- Restauration des connexions hydrauliques au sein du réseau

Travaux concernés - Restauration des connexions hydrauliques avec les prairies
- Curage, entretien des émissaires hydrauliques
- Démantèlement et arasement partiel d’ouvrage
- Restauration de frayères
- Gestion des manœuvres d'ouvrage

169
Taux d’envasement

Le réseau tertiaire joue un rôle important sur la biodiversité, c’est pourquoi il est nécessaire de programmer
un plan de curage raisonné sur ces réseaux. Il doit maintenir, à l’échelle d’un marais, un ratio de linéaire de
fossés non curés pouvant servir d’habitat permanent à de nombreuses espèces. On parle alors de mosaïque
de milieux. Etablir cet état des lieux initial du milieu permet de définir un profil d’équilibre du canal (Art. L215-
14 du Code de l’environnement) et par conséquent la profondeur souhaitée.

Méthodologie

Sur le terrain

Définir des tronçons (ou les mares) à échantillonner sur le site d’étude. Positionner les points de mesure au
centre de la coupe traversable du linéaire (ou au centre de la mare). Définir un nombre de point de mesure
en fonction de la longueur du tronçon à échantillonner.

L'épaisseur de vase V rend compte de l'encombrement qu'elle occasionne, et donc de l'espace qu'elle res-
treint dans la colonne d'eau, ainsi que de la perte du rôle de tampon hydraulique. Elle est obtenu par le calcul
de P-E (figure 1) :

Figure 1 : Schéma en coupe d'un fossé et des différentes mesures à effectuer (Source : FMA, 2011).

La hauteur de vase doit être mise en corrélation avec une cote de référence NGF (Nivellement général de la
France) ou marine. Pour cela, une perche graduée est mise en place à demeure au milieu du fossé de la sta-
tion. A chaque visite, il sera ainsi possible d'effectuer une lecture directe.

- la profondeur du fossé P permet de savoir où se situe le vieux fond lors des curages, mais peut aussi servir
à avoir l'altitude relative des fossés entre eux. C'est la hauteur entre la surface de l'eau et le fond du fossé
curé ("vieux fond"). Enfoncez simplement une règle graduée avec un pointe vers le bas, en traversant la
vase. La règle doit être enfoncée jusqu’au contact du substrat dur (figure 2). Trois mesures sont effectuées
pour pallier les effets de microreliefs.

Figure 2 : Mesure de la profondeur du fossé (Source : FMA, 2003).

- l'épaisseur de la tranche d’eau E qui rend compte de l'espace vital à disposition des organismes aquatiques.
C'est la hauteur d'eau entre la surface de la vase et la surface de l'eau. Enfoncer simplement une perche
graduée munie d'un talon circulaire en bois d'au moins 20 cm de diamètre. Posez délicatement sur la vase,
au centre du fossé et faire une lecture de hauteur sur la perche graduée (figure 3). Trois mesures sont effec-
tuées pour pallier les effets de microreliefs.
Avril 2015

170
 Taux d’envasement
Figure 3 : Mesure de l'épaisseur de la tranche d'eau (Source : FMA, 2003).

Ces mesures s'effectuent au moyen d’une règle graduée (figure 4). Pour cela, vous pouvez utiliser un liteau
en pin (30x30x240 mm) et réaliser une pointe sur l'une des extrémités. Sur une face, peindre des graduations
noires tous les centimètres à partir de la pointe et numéroter tous les 5 cm. Cette face servira à la lecture de
la profondeur du fossé.
Fixer un plateau circulaire peint en blanc (épaisseur 1 cm et diamètre d'au moins 20 cm) sur l'autre extrémité.
Peindre en blanc sur la face opposée à la précédente, des graduations à partir du plateau, et en incluant
l'épaisseur de celui-ci. Cette face servira à la mesure de l'épaisseur de la tranche d'eau (Anras, 2003).

Figure 4 : Liteau gradué (Source : FMA, 2003).

Pour mesurer la hauteur de référence et ainsi connaitre la capacité d'accueil d'un fossé se référer, à la fiche
"Suivi du niveau d'eau".

Par point d'échantillonnage, estimez le taux d'envasement moyen par rapport à la hauteur du fossé :

Modalités Envasement moyen sur la hauteur du fossé Note associée

 Absence 0% 3
 Faible 0 % < taux d'envasement ≤ 30 % 2
 Moyen 30 % < taux d'envasement ≤ 60 % 1
 Fort 60 % < taux d'envasement ≤ 100 % 0

Calcul de l'indice
Une note est associée au taux d'envasement moyen pour chaque point d'échantillonnage (0, 1, 2 ou 3) et
ainsi ramené au domaine d'étude en faisant la moyenne de tous les points.
Calculez le pourcentage de chacune des notes sur la totalité du linéaire échantillonné = P.
Pondérez les notes avec la formule suivante : ∑(P x note).
La note finale obtenue est représentative de l’état général de conservation du site. Conserver de préférences
les mêmes stations pour les mesures renouvelées d’une année à l’autre. Les données seront comparées à
l’échelle du site.

Exemple :
Sur le domaine d'étude, on relève :
- la note de 3 représentant Pnote3 = 50 % du linéaire total échantillonné ;
- la note de 2 représentant Pnote2 = 20 % du linéaire total échantillonné ;
Avril 2015

- la note de 1 représentant Pnote1 = 20 % du linéaire total échantillonné ;

- la note de 0 représentant Pnote0 = 10 % du linéaire total échantillonné.

171
Taux d’envasement

Pondération des pourcentages avec ∑(P x note) = (0,50x3)+(0,20x2)+(0,20x1)+(0,10x0) = 2,3.

L'indice 2,3 est représentatif du site.

Clé d'interprétation

Afin d'évoquer des clés d'interprétation d'un indice, nous nous baserons sur l'exemple donné précédemment.
L'indice 2,3 représente le taux d'envasement faible sur le site d'étude. Les objectifs peuvent être de :

- désenvaser totalement les canaux, dans ce cas l'indice est "faible" si vous souhaitez atteindre un référentiel
de 100 %, soit 0 % de vase. Aux prochains suivis, les notes devront tendre vers 3 ;
- diversifier les habitats, l'indice est considéré comme "bon" si l'objectif est de se rapprocher d'une médiane
(indice 1,5), avec une faible hauteur de vase pour favoriser la présence d'espèces piscicoles (par exemple
l'anguille). Afin d'apprécier visuellement cette diversité et mosaïque d'habitat, il est proposé de représenter
la distribution des notes avec un histogramme.

Coûts indicatifs

Acquisition de matériels :
- liteau en pin (30x30x240 mm) : environ 5 €
- plateau circulaire : environ 5 €

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an
Unité hydraulique Cohérente -
n-1, n+3, n+5

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reconnexion
Amélioration de la connectivité latérale
Création de frayères
Entretien de zones humides Curage
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Arasement d’ouvrage
Avril 2015

172
 Taux d’envasement
Option
Paramètres complémentaires

Niveau d’eau.

Structuration des données

Se référer au tableau structuration des données en annexe qui récapitule la nature des informations
que vous êtes amenés à saisir pour disposer d’un SIG performant et adapté à vos besoins de suivis.

En lien avec le tableau, une liste de valeurs est proposée pour le code 1 taux d'envasement moyen
: "0 %" ou "0 à 30 %" ou "30 à 60 %" ou "60 à 100 %".

Références bibliographiques
Anras L., 2003. Guide méthodologique : outils de suivis d’actions d’entretien des milieux aquatiques en marais doux.
Forum des marais de l’atlantique. 26 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Anras L., Des Touches H., 2007. Curage des canaux et fossés d’eau douce en Marais littoraux. Collection “Marais Mode
d’emploi”, Ed. Forum des Marais Atlantiques, 76 p.
(Disponible en ligne : [Link]

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

Avril 2015

173
 R E
I È
I V
R
Indice Biologique Diatomées

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
Les diatomées sont des algues microscopiques brunes constituées d’un
squelette siliceux. Elles sont une composante majeure du peuplement
Technique ***
algal des cours d’eau et des plans d’eau. Considérées comme étant
les algues les plus sensibles aux conditions environnementales, elles
Financière €€€
réagissent aux pollutions organiques, nutritives (azote, phosphore),
salines, etc.
Pertinence

Zone humide 

Bilan des outils 

Objectifs à évaluer - Améliorer la qualité de l’eau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Grèves nues ou végétalisées,
Bordures des cours d’eau et
annexes fluviales, ripisylves, 24 Eaux courantes
plaines alluviales
prairies inondables

- Reméandrement
Travaux concernés - Remise à ciel ouvert de cours d’eau
- Recharge granulométrique
- Enlèvement d’embâcles
- Restauration de l’ancien lit
- Ouverture légère du lit
- Réduction de la section
- Renaturation
- Démantèlement d’ouvrage
- Arasement d’ouvrage
- Bras de contournement
- Gestion des espèces envahissantes
- Mise en place de clôtures
- Mise en place d’abreuvoirs

175
Indice Biologique Diatomées

Méthodologie

L’échantillonnage doit être réalisé entre les mois de mai et octobre, dans les cours d’eau peu profond et pré-
lever de préférence au centre du lit majeur, avant et après un seuil dans la mesure du possible. Le matériel
benthique est récupéré par brossage de substrats durs naturels, mis dans des piluliers, formolé in situ. Puis
est analysé en laboratoire.
La fréquence d’échantillonnage dépendra des attendus du suivi, en règle général il est recommandé de réali-
ser un prélèvement l’année avant les travaux (état zéro), puis un prélèvement les années suivants les travaux.
L’Indice de Polluosensibilité Spécifique (IPS) prend en compte tous les taxons et est utilisé internationalement.
L’IBD utilise un nombre plus restreint de taxons.
L’IBD et l’IPS peuvent varier entre 1 à 20 et les notes se répartissent au sein de cinq classes de qualité :

Indice IBD Classe de qualité biologique Caractéristiques

IBD > 17 Très bonne Pollution ou eutrophisation nulle à faible
13 < IBD ≤ 17 Bonne Eutrophisation modérée
9 < IBD ≤ 13 Passable Pollution moyenne ou eutrophisation forte
5 < IBD ≤ 9 Mauvais Pollution forte
IBD < 5 Très mauvaise Pollution ou eutrophisation très forte

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Bassin versant
1 fois/an 1 fois/an
Zone humide
n-1, n+1, n+3 Tous les ans
Unité Hydraulique Cohérente

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reméandrement
Remise à ciel ouvert de cours d’eau
Recharge granulométrique
Enlèvement d’embâcles
Restauration du lit mineur
Restauration de l’ancien lit
Ouverture légère du lit
Réduction de la section
Renaturation
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique Arasement d’ouvrage
Bras de contournement
Gestion des espèces envahissantes
Entretien des berges et de la ripisylve
Intervention sur la végétation
Intervention sur la végétation
Avril 2014

Restauration des berges et de la ripisylve Mise en place de clôtures

Mise en place d’abreuvoirs

176
 Indice Biologique Diatomées Avril 2014
Option
Paramètres complémentaires

Débit, pH, température, oxygène dissous, saturation en oxygène, conductivité.

Structuration des données

Se référer à la norme (documents cités dans les références bibliographiques).

Références bibliographiques
Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

NF EN 13946 (2003). Qualité de l’eau – Guide pour l’échantillonnage en routine et le prétraitement des diatomées
benthiques de rivières.

NF T90-354 (2007). Qualité de l’eau – détermination de l’indice Biologique Diatomées (IBD).

Prygiel J., Coste M. (2000). Guide méthodologique pour la mise en œuvre de l’Indice Biologique Diatomées NF T 90-354.
Agences de l’Eau-Cemagref, 134 p.
(Disponible en ligne : [Link]

177
 R E
IÈ
V
RI
Indice Biologique Global

Avril 2015
Description de l’indicateur
Faisabilité
L’Indice Biologique Global (IBG) DCE permet de mesurer le potentiel bio-
logique des habitats du lit mineur d’un cours d’eau suite à des actions Technique ***
réalisées sur le milieu, ou des impacts indirects (régimes d’écoulement, Financière €€€
rejets amont, etc.). La détermination de la qualité biologique d’un cours
d’eau est basée sur l’étude des macro-invertébrés benthiques, coloni-
sant la surface et les premiers centimètres des sédiments immergés de la
rivière et dont la taille est supérieure ou égale à 500 µm. Ce peuplement Pertinence
intègre dans sa structure toute modification, même temporaire, de son
environnement (perturbation, physico-chimique ou biologique d’origine Zone humide 
naturelle ou anthropique). Il constitue un maillon essentiel de la chaine Indice valable en cours
trophique de l’écosystème aquatique. Une variation importante de sa d’eau traversant une zone
humide mais pas en annexe
composition taxonomique et de ses effectifs aura inévitablement des
hydraulique (canaux, bras
répercussions sur la faune aquatique.
morts, fossés).
En 2016, l’IBG DCE sera remplacé par l’Indice Invertébrés Multi-Mé-
trique (I2M2). Ce nouvel indice, développé par l’université de Lorraine, Bilan des outils 
a pour des besoins de suivi de la qualité écologique des cours d’eau des
méthodes de bioévaluation plus performantes.

Objectifs à évaluer - Améliorer la qualité de l’eau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Grèves nues ou végétalisées,
Bordures des cours d’eau et
annexes fluviales, ripisylves, 24 Eaux courantes
plaines alluviales
prairies inondables

- Reméandrement
Travaux concernés - Remise à ciel ouvert de cours d’eau
- Recharge granulométrique
- Restauration de l’ancien lit
- Réduction de la section
- Renaturation
- Démantèlement d’ouvrage
- Arasement d’ouvrage
- Bras de contournement
- Gestion des espèces envahissantes
- Mise en place de clôtures
- Mise en place d’abreuvoirs

179
 Indice Biologique Global

Méthodologie

Le prélèvement, le tri et la détermination sont réalisés conformément au protocole DCE 2007-22.

Le but est de réaliser un échantillonnage séparé des habitats dominants et marginaux. Pour obtenir un échan-
tillonnage représentatif de la mosaïque d’habitats dominants d’un site donné, le protocole préconise 12
échantillons. Les prélèvements sont à réaliser en étiage.

Le protocole de l'IBG DCE est normalisé par l'AFNOR (voir les références bibliographiques) et son accessibilité
est donc payante. Les grandes étapes qui le compose sont les suivantes (Union des syndicats d'aménagement
et de gestion des milieux aquatiques, 2007) :
- le choix de la station : pour qu'elle soit représentative de la morphologie d'un tronçon d'un cours d'eau, la
station doit être calée préférentiellement sur des séquences de faciès radier/mouille ;
- les prélèvements sur le terrain : les 12 prélèvements de 1/20 m2 sont réalisés à l'aide d'un filet Surber (maille
de 0,5 mm) ou au filet troubleau en fonction de l'accessibilité des substrats ;
- la définition des substrats dominants et marginaux : le substrat "dominant" représente plus de 5 % de la
Avril 2015

surface mouillée totale de la station. Alors que le substrat "marginal" représente au maximum 5 % de la
surface mouillée totale de la station. Cependant pour être échantillonnée, ce substrat doit constituer un
habitat représentatif ;
- la feuille d'échantillonnage à renseigner ;
- le regroupement des prélèvements : les prélèvements de même nature peuvent être regroupés physique-
ment, sur le terrain, dans un même récipient ;
- le traitement et la fixation des échantillons sur le terrain ;
- l'identification des individus et dénombrement au laboratoire ;
- la détermination des taxons à l'aide d'une loupe binoculaire ;
- le calcul de l'indice : les résultats sont exprimés sous la forme de trois listes faunistiques par échantillon, soit
une liste pour chaque bocal ;
- la détermination des classes de qualité.

Le tableau ci-dessous reprend les grandes étapes et compare les deux méthodes :
IBG DCE I2M2
- prélèvement représentatif de la mosaïque d’habitats du cours d’eau
Exigences de la
- prise en compte de la structure du peuplement (diversité et abondance)
DCE en terme de
- mesure du ratio entre les taxons polluosensibles et polluotolérants
bioindication
- mesure d’un écart à la référence
12 couples substrat/vitesse prélevés au Surber de 1/20 m2.
Prélèvement du
En 3 phases : substrats marginaux, substrats dominants par ordre d’habitabilité et
substrat
substrats dominants par ordre de représentativité
Détermination Au Genre avec calcul des abondances.
des taxons 3 listes faunistiques correspondant aux trois phases de prélèvement
Calcul de 5 métriques : diversité globale,
indice de Shannon, ASPT, trait ovovivipa-
Calcul de l'indice Calcul à partir des 2 premières listes
rité et polyvoltinisme. Exprimées en Ecolo-
gical Quality Ratio (EQR) de 0 à 1.
Tableau 1 : comparaison entre les méthodes IBG DCE et I2M2 (source : DREAL Basse-Normandie, 2014).

Le tableau 1 illustre que seule la dernière étape diffère entre les deux méthodes.

l'IBG DCE varie de 1 à 20 et les notes se répartissent en cinq classes de qualité :

Indice IBG IBG > 18 15 < IBG ≤ 18 11 < IBG ≤ 15 6 < IBG ≤ 11 IBG < 6
Qualité Très bonne Bonne Passable Mauvais Très mauvaise

180
 Indice Biologique Global
Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Bassin versant
1 fois/an 1 fois/an
Zone humide
n-1, n+1, n+3 Tous les ans
Unité Hydraulique Cohérente

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reméandrement
Remise à ciel ouvert de cours d’eau
Recharge granulométrique
Restauration du lit mineur
Restauration de l’ancien lit
Réduction de la section
Renaturation
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique Arasement d’ouvrage
Bras de contournement
Gestion des espèces envahissantes
Entretien des berges et de la ripisylve
Intervention sur la végétation
Intervention sur la végétation
Mise en place de clôtures
Restauration des berges et de la ripisylve
Mise en place d’abreuvoirs
Revégétalisation des berges

Option
Paramètres complémentaires

Débit, pH, température, oxygène dissous, saturation en oxygène, conductivité.

Structuration des données

Se référer à la norme (document cité dans les références bibliographiques).

Avril 2015

181
 Indice Biologique Global

Références bibliographiques
AFNOR XP T90-333 (2009). Qualité de l'eau - Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes.

AFNOR XP T90-388 (2010). Qualité de l'eau - Traitement au laboratoire d'échantillons contenant des macro-invertébrés
de cours d'eau.

GA T90-733 (2012). Qualité de l’eau – Guide d’application de la norme expérimentale XP T90-333 : 2009 (prélèvement
des macroinvertébrés aquatiques en rivières peu profondes).

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

Union des syndicats d'aménagement et de gestion des milieux aquatiques, 2007. Indice biologique global DCE com-
patible - Protocole de prélèvement et de traitement des échantillons des invertébrés pour la mise en oeuvre du pro-
gramme de surveillance sur cours d'eau. 30 p.
(Disponible en ligne : [Link]
Avril 2015

182
 R E
I È
I V
R
Indice Biologique Macrophyte Rivière

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
L’IBMR est fondé sur l’examen des macro-végétaux aquatiques
Technique ***
pour évaluer le statut trophique des rivières. Cet indice traduit le
degré de trophie des rivières lié à leur teneur en ammonium (forme
Financière €€€
réduite des nitrates) et orthophosphates, ainsi qu’aux pollutions
organiques majeures. La note obtenue peut varier également selon
certaines caractéristiques physiques du milieu comme l’intensité de Pertinence
l’éclairement et des écoulements.
Zone humide 
Bilan des outils 

Objectifs à évaluer - Améliorer la qualité de l’eau

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Grèves nues ou végétalisées,
Bordures des cours d’eau et
annexes fluviales, ripisylves, 24 Eaux courantes
plaines alluviales
prairies inondables

- Reméandrement
Travaux concernés - Remise à ciel ouvert de cours d’eau
- Recharge granulométrique
- Enlèvement d’embâcles
- Restauration de l’ancien lit
- Ouverture légère du lit
- Réduction de la section
- Renaturation
- Démantèlement d’ouvrage
- Arasement d’ouvrage
- Bras de contournement
- Gestion des espèces envahissantes
- Mise en place de clôtures
- Mise en place d’abreuvoirs

183
Indice Biologique Macrophyte Rivière

Méthodologie

L’IBMR est établi en effectuant un relevé de tous les végétaux aquatiques, en les identifiants, et en estimant
leur taux de recouvrement en pourcentage sur la station de prélèvement. Les prélèvements sont à réaliser à
l’étiage. La note varie de 0 à 20. Elle met en évidence le niveau trophique du cours d’eau et n’exprime pas à
proprement parler une "qualité" d’eau altérée.

Indice IBMR IBMR > 14 12 < IBMR ≤ 14 10 < IBMR ≤ 12 8 < IBMR ≤ 10 IBMR < 8
Niveau tro-
Très faible Faible Moyen Fort Très élevé
phique de l’eau

Couverture de l’indicateur
Avril 2014

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
Bassin versant
1 fois/an 1 fois/an
Zone humide
n-1, n+1, n+3 Tous les ans
Unité Hydraulique Cohérente

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reméandrement
Remise à ciel ouvert de cours d’eau
Recharge granulométrique
Enlèvement d’embâcles
Restauration du lit mineur
Restauration de l’ancien lit
Ouverture légère du lit
Réduction de la section
Renaturation
Effacement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique Arasement d’ouvrage
Bras de contournement
Gestion des espèces envahissantes
Entretien des berges et de la ripisylve
Intervention sur la végétation
Intervention sur la végétation
Restauration des berges et de la ripisylve Mise en place de clôtures
Mise en place d’abreuvoirs

184
 Indice Biologique Macrophyte Rivière Avril 2014
Option
Paramètres complémentaires

Débit, pH, température, oxygène dissous, saturation en oxygène, conductivité.

Structuration des données

Se référer à la norme (document cité dans les références bibliographiques).

Références bibliographiques
Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

NF T90-395 (2003). Qualité de l’eau – Détermination de l’indice biologique macrophytique en rivières (IBMR).

185
 R E
I È
I V
R
Indice Poissons Rivière

Avril 2014
Description de l’indicateur
Faisabilité
L’IPR permet de déterminer l’état d’un cours d’eau au regard
de sa population piscicole suite à des actions réalisées ou des
Technique ***
causes indirectes (altérations de régimes d’écoulements, etc.). Il
mesure l’écart entre la composition du peuplement observée sur
Financière €€€
une station à partir d’un échantillonnage par pêche électrique,
et la composition du peuplement attendue en situation de réfé-
rence, c’est-à-dire dans des conditions pas ou très peu modifiées Pertinence
par l’homme.
Zone humide 
Bilan des outils 

- Améliorer la qualité de l’eau

Objectifs à évaluer - Améliorer le franchissement piscicole
- Restaurer de la connexion hydraulique

Typologie d’habitats

SDAGE Sous-type SDAGE Corine Biotope

Bordures de cours d’eau et Annexes fluviales, ripisylve,
24 Eaux courantes
plaines alluviales Prairies inondables

- Reméandrement
Travaux concernés - Remise à ciel ouvert de cours d’eau
- Recharge granulométrique
- Restauration de l’ancien lit
- Réduction de la section
- Renaturation
- Démantèlement d’ouvrage
- Arasement d’ouvrage
- Aménagement piscicole sur ouvrage
- Suppression d’étang
- Franchissement piscicole des petits ouvrages
- Bras de contournement
- Gestion des espèces envahissantes
- Mise en place de clôtures
- Mise en place d’abreuvoirs
- Revégétalisation des berges
- Enlèvement d’embâcles

187
Indice Poissons Rivière

Méthodologie

La méthode employée est une pêche à pied à une ou deux anodes selon la largeur du cours d’eau, une ou
quatre épuisettes avec un seul passage.
Chaque pêche fait l’objet d’un compte-rendu en annexe où il est notamment calculé l’IPR.
Cinq classes de qualité en fonction des notes d’IPR ont été définies :

Note IPR IPR < 7 7 < IPR ≤ 16 16 < IPR ≤ 25 25 < IPR ≤ 36 IPR > 36
Classe de
Excellent Bonne Médiocre Mauvaise Très mauvaise
Avril 2014

qualité

Couverture de l’indicateur

Temporelle
Spatiale
Suivi après travaux Suivi patrimonial
1 fois/an
Bassin versant n-1, n+1, n+2, n+3 1 fois/an
Zone humide (suivi court terme) Tous les 3 ans
Unité Hydraulique Cohérente n+6 ou n+8
(suivi moyen terme)

Rubriques financeurs

Types d’actions Sous-rubriques Agence de l’eau Loire-Bretagne

Reméandrement
Remise à ciel ouvert de cours d’eau
Recharge granulométrique
Restauration du lit mineur Restauration de l’ancien lit
Réduction de la section
Renaturation
Enlèvement d’embâcles
Effacement d’ouvrage
Arasement d’ouvrage
Equipement d’ouvrage
Restauration de la continuité écologique
Suppression d’étang
Franchissement piscicole des petits ouvrages
Bras de contournement
Gestion des espèces envahissantes
Entretien des berges et de la ripisylve
Intervention sur la végétation
Mise en place de clôtures
Restauration des berges et de la ripisylve Mise en place d’abreuvoirs
Revégétalisation des berges

188
 Indice Poissons Rivière Avril 2014
Option
Paramètres complémentaires

Débit, pH, température, oxygène dissous, saturation en oxygène, conductivité.

Structuration des données

Se référer à la norme (documents cités dans les références bibliographiques).

Références bibliographiques
Arrêté du 2 février 1989 portant dérogation aux prescriptions des articles 11 et 16 du décret du 14 novembre 1988 pour
l’utilisation des installations de pêche à l’électricité.
(Disponible en ligne : [Link]
XT000006072622&dateTexte=29990101)

Belliard J., Roset N., 2006. L’indice poissons rivière (IPR) – Notice de présentation et d’utilisation. 24 p.
(Disponible en ligne : [Link]
%E2%80%93%20avril%[Link])

Degiorgif, Raymond J.C., 2000. Guide technique – Utilisation de l’ichtyofaune pour la détermination de la qualité globale
des écosystèmes d’eau courante. 136 p.

Hydro Concept (2010). Propositions d’indicateurs de suivi dans les CRE estuariens. Hydro Concept, GIP Loire Estuaire,
53 p.

XP T90-358 (2003). Qualité de l’eau – Echantillonnage des poissons à l’électricité. 22 p.

XP T90-383 (2008). Qualité de l’eau – échantillonnage des poissons à l’électricité dans le cadre des réseaux de suivi des
peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d’eau.

189
Forum des Marais Atlantiques
Quai aux Vivres - BP 40214
17 304 Rochefort Cedex

Tél : 05 46 87 08 00

fma@[Link]
[Link]-zones-humides-org