VIROLOGIE

Cours magistraux et Enseignements dirigés

STRUCTURE DES VIRUS, MULTIPLICATION DES VIRUS ET CIBLES DE LA

CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE

1. QU'EST-CE QU'UN VIRUS ?

C'est un agent infectieux très simple, dont la structure se résume à deux ou trois
éléments. Les virus sont donc différents des bactéries ou des parasites, qui sont des
cellules procaryotes ou eucaryotes. "Les virus sont les virus", comme le disait André
Lwoff, un des pères de la virologie moderne.

1.1. Génome
Un virus comporte toujours un génome qui est de l’ADN ou de l’ARN. C’est d’ailleurs
le premier élément de classification des virus. La connaissance de la nature du génome,
ADN ou ARN, intervient aussi pour comprendre les mécanismes de variabilité génétique
et le mode d’action de la chimiothérapie antivirale. Ce génome est monocaténaire (à
simple brin) ou bi caténaire (à double brin).
D'une façon générale, la réplication du génome est beaucoup moins fidèle pour les virus
à ARN que pour les virus à ADN. En effet, les ARN polymérases des virus à ARN n’ont
pas les mécanismes de détection et de correction d’erreurs de copie des ADN
polymérases des virus à ADN. Ainsi, les virus à ARN sont particulièrement sujets aux
variations génétiques (HIV, virus de l'hépatite C, par exemple).
La taille du génome diffère considérablement pour les virus à ADN (de 3 à 300 kpb),
alors qu’elle est plus restreinte (de 7 à 30 kb) pour les virus à ARN. La capacité réduite
de codage des génomes viraux est souvent compensée par un chevauchement des cadres
de lecture et par le phénomène d’épissage des ARN messagers, d’ailleurs découvert
initialement chez les adénovirus.
1.2. Capside
Le génome est empaqueté dans une structure protéique appelée capside qui est très stable
et le protège. On appelle nucléocapside l’ensemble formé par la capside et le génome. La
nucléocapside a une conformation géométrique qui, selon les virus, est soit hélicoïdale
tubulaire, soit polyédrique. Une nucléocapside tubulaire se présente comme un tube
enroulé en peloton. Une nucléocapside polyédrique a les axes de symétrie d’un
icosaèdre, polyèdre régulier à 12 sommets et 20 faces triangulaires équilatérales.

1
1.3. Enveloppe
C'est l'élément le plus externe des virus enveloppés. La présence (virus enveloppés) ou
l'absence d'enveloppe (virus nus) a un rôle important dans le mode de transmission des
maladies virales. L’enveloppe dérive des membranes cellulaires. En effet, les virus
enveloppés, tel que le virus de la grippe, terminent leur multiplication dans la cellule par
bourgeonnement à travers une telle membrane, après insertion de glycoprotéines virales
dans la bicouche lipidique : le virus est libéré de la cellule par formation d’une
évagination de la membrane, évagination qui va se détacher pour former un virus entier.

2
 Virus de la grippe

Le fait d’avoir une enveloppe rend le virus fragile. L’enveloppe virale présente, en effet,
la fragilité des membranes cellulaires dont elle dérive. Or, un virus, quel qu'il soit, doit
être entier pour être infectieux. En particulier, il est deux endroits où les virus
enveloppés vont avoir leur enveloppe rapidement dégradée et du même coup perdre leur
pouvoir infectieux alors que les virus nus y résistent beaucoup plus longtemps : le milieu
extérieur et le tube digestif. Dans le milieu extérieur, les virus enveloppés sont inactivés
par la température, même la température ordinaire, et la dessiccation ; dans le tube
digestif, par le pH acide et les enzymes digestives. Les virus enveloppés, comme les
virus de la grippe et les virus de la famille des Herpesviridae, sont absents des selles. A
l'inverse, les poliovirus qui sont des virus nus sont trouvés dans les selles qui sont le
moyen essentiel de dissémination de l‟infection (contamination fécale-orale).
En ce qui concerne la transmission des infections virales d'un individu à un autre, on
peut donc opposer nettement la transmission de la grippe à celle de la poliomyélite et
mettre en correspondance ces différences avec les propriétés des virus en cause.

Virus grippe (enveloppé) Poliovirus (nu)

Stabilité dans l'environnement non oui
Elimination dans les selles non oui
Elimination dans la gorge oui oui

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 Contamination interhumaine oui oui
directe, respiratoire ou salivaire
Contamination interhumaine non oui
indirecte, fécale-orale

Température minimale de stockage

des prélèvements pour isolement - 80°C - 20°C
viral
Inactivation par l'éther (ou un autre oui non
solvant des lipides)

La transmission de la grippe saisonnière se fait directement par voie aérienne lors du

contact rapproché de deux sujets. On respire les microgouttelettes infectantes projetées
par la toux du sujet grippé, ou éventuellement présentes sur les mains à la suite d’un
mouchage de nez. Les virus de la grippe ne résistent pas longtemps à l'air libre. Ils ne
sont pas excrétés dans les selles et on ne les retrouve ni dans la poussière, ni dans les
eaux usées. La brève survie des virus de la grippe dans l'air, autour des sujets infectés,
est favorisée quand l'air est humide et froid, l’enveloppe craignant la chaleur et la
dessiccation. Rien d'étonnant à ce que, dans les hémisphères Nord et Sud, la grippe
prédomine pendant l'hiver et non pendant l'été.
En ce qui concerne la transmission de la poliomyélite, les virus sont excrétés non
seulement dans les microgouttelettes respiratoires et la salive mais plus encore dans les
selles et cela pendant des semaines. Ils peuvent persister plusieurs jours dans le milieu
extérieur, en particulier dans les eaux usées. Ainsi, la transmission se fait de deux
façons : comme pour la grippe, par contact direct rapproché avec un sujet infecté ;
surtout par contamination indirecte après ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par
les virus des selles (contamination fécale-orale). Cette transmission est évidemment
favorisée par les mauvaises conditions d'hygiène. Les épidémies de poliomyélite, avant
l’ère de la vaccination généralisée, survenaient surtout pendant l'été, saison où l'on se
baigne, où l'on consomme des végétaux crus, où les orages perturbent la circulation et le
traitement des eaux usées.
Des particularités viennent cependant nuancer ce schéma. Les coronavirus, agents de
gastroentérites, de rhumes, et parfois d’infections respiratoires beaucoup plus graves),
sont des virus enveloppés et pourtant éliminés dans les selles. Les provirus ont des
enveloppes complexes, purement virales, synthétisées de novo et ne dérivant pas des
membranes cellulaires ; ils sont particulièrement résistants dans le milieu extérieur. Le
virus de l'hépatite B (HBV ou VHB) a une enveloppe de structure particulière, acquise
au niveau de la membrane cytoplasmique de l'hépatocyte, portant l'antigène HBs et qui
serait plus résistante.

1.4. Classification des virus

Elle repose désormais sur la structure des virus et non plus sur leur pouvoir pathogène ou
leur taille. Les trois premiers critères de la classification sont, dans l'ordre, la nature de
l'acide nucléique du génome (ADN ou ARN), la conformation de la capside (tubulaire
ou icosaédrique), et enfin la présence ou l'absence d’enveloppe.

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Nous vous proposons ci-après une classification très simplifiée des principaux virus prenant
seulement en compte la nature du génome et la présence de l‟enveloppe.

- CLASSIFICATION SIMPLIFIÉE DES VIRUS - (les noms officiels des familles virales
s’écrivent en italiques et avec des capitales)

VIRUS A ADN

Virus enveloppés Herpèsvirus (Herpesviridae)

* Herpès simplex virus 1 et 2 (HSV-1, HSV-2)
* Virus varicelle-zona (VZV)
* Cytomégalovirus (CMV)
* Virus Epstein-Barr (EBV)
* Herpèsvirus humains 6, 7 et 8 (HHV-6, HHV-7, HHV-8)
Hépadnavirus (Hepadnaviridae) *
Virus de l’hépatite B (HBV, VHB)
Poxvirus (Poxviridae)

Virus nus Adénovirus (Adenoviridae)

Papillomavirus (Papillomaviridae)
Polyomavirus (Polyomaviridae)
Parvovirus (Parvoviridae)

Herpèsvirus :
virus à capside
icosaédrique
et enveloppe

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VIRUS À ARN

Virus enveloppés Orthomyxovirus (Orthomyxoviridae)

* Virus grippaux (influenza) A, B, C
Paramyxovirus (Paramyxoviridae)
* Virus parainfluenza 1 à 4
* Virus des oreillons
* Virus de la rougeole
* Virus respiratoire syncytial (RSV)
Coronavirus (Coronaviridae)
Rhabdovirus (Rhabdoviridae)
* Virus de la rage
Togavirus (Togaviridae)
* Virus de la rubéole
Flavivirus (Flaviviridae)
* Virus de l’hépatite C (HCV, VHC)
Arénavirus (Arenaviridae)
* Virus de la chorioméningite lymphocytaire
* Virus de la fièvre de Lassa
Filovirus (Filoviridae)
* Virus Marburg
* Virus Ebola
Hantavirus (famille des Bunyaviridae)
Rétrovirus (Retroviridae)
* HTLV-1 et 2
* HIV-1 et 2 (VIH-1 et 2)
Virus delta ou de l’hépatite D (HDV) (à noter : génome et
capside de HDV sont associés à l’enveloppe de HBV)
Virus nus Picornavirus (Picornaviridae)
* Poliovirus
* Coxsackievirus
* Echovirus
* Virus de l’hépatite A (HAV, VHA)
Calicivirus (Caliciviridae)
Hepevirus (Hepeviridae)
* Virus de l’hépatite E (HEV, VHE)
Rotavirus (famille des Reoviridae)

1.5. Agents des encéphalopathies spongiformes transmissibles ou agents transmissibles

non conventionnels (ATNC), encore appelés prions
Ils se situent à part, au-delà des frontières de la virologie. De morphologie non encore
identifiée même en microscopie électronique, ils résistent de façon extraordinaire aux
procédés d'inactivation physico-chimiques qui détruisent le pouvoir infectieux des
bactéries et des virus : chaleur, formol, ultraviolets. Ils sont constitués seulement de
protéines et ne contiennent pas de génome.
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 2. MULTIPLICATION DES VIRUS

2.1. Conditions de multiplication des virus

Se multiplier pour un être vivant, c’est reproduire un édifice fait d'un ensemble complexe et
précisément organisé de macromolécules. Pour réussir un tel édifice, il faut quatre sortes
d'éléments.
1) Le plan de travail : c'est l'information génétique du virus contenue dans son
génome et fondée sur la séquence des bases de son ADN ou ARN.
2) La matière première : de petites molécules telles qu’acides aminés, acides
gras, nucléotides. Le virus n'a pas de réserves de petites molécules et n’a pas
non plus de système, même primitif, qui lui permettrait de puiser ces
composants dans le milieu extérieur.
3) L'énergie : c'est l'énergie libérée par hydrolyse de composés tels que l'ATP.
Le virus n'a pas de réserve d'ATP ni les moyens d'en constituer ; il n’a aucune
source d’énergie propre.
4) Les accélérateurs biologiques : les enzymes. Sans enzymes, les assemblages
ne se feraient pas ou si lentement que les édifices biologiques seraient détruits
durant leur construction. Les virus n'ont pas les chaînes enzymatiques des
grandes voies de synthèse biologique. Un virus est donc incapable par lui-
même de synthétiser un autre virus, alors qu'une bactérie est capable de
produire une autre bactérie. Pour se multiplier, un virus n'a que son génome et
doit l’introduire dans un endroit où se trouvent des sources de matière
première, des sources d'énergie, des enzymes : l'intérieur d'une cellule
vivante. C'est donc la cellule infectée qui va fabriquer de nouveaux virus,
selon un procédé de biosynthèse que l'on appelle réplication.

2.2. Etapes de la multiplication d’un virus

2.2.1. Attachement
Le cycle viral commence par l'attachement de la surface virale à la surface cellulaire. Il
se fait par des protéines de la capside pour les virus nus, par des glycoprotéines de
l’enveloppe pour les virus enveloppés. Ces protéines ou glycoprotéines s’attachent à des
récepteurs spécifiques situés sur la membrane cytoplasmique de la cellule hôte.
Ce besoin de récepteurs cellulaires spécifiques pour les virus explique qu'un virus donné
ne peut infecter qu'un nombre restreint d'espèces animales (tropisme d’hôte) et que
certains tissus ou cellules chez celles-ci (tropisme tissulaire et cellulaire).
Ainsi, les poliovirus infectent l'homme et, expérimentalement, les singes supérieurs,
mais pas les rongeurs parce que les récepteurs des poliovirus ne trouvent uniquement sur
les cellules de primates. En revanche, le virus de la fièvre jaune, qui se multiplie chez
l'homme, le singe et le moustique, a des récepteurs à la surface des cellules de ces trois
espèces très différentes.

2.2.2. Pénétration
Le virus pénètre à l'intérieur de la cellule. Pour les virus nus, cela survient
essentiellement par un processus d’endocytose. Pour les virus enveloppés, cela s’effectue
par endocytose ou directement par fusion entre l'enveloppe virale et la membrane
cytoplasmique, processus dénommé fusion-lyse. Cette fusion-lyse conduit à la formation
d'un pore (trou) qui permet le passage de la capside dans le cytoplasme. Elle résulte de

7
l’action d’une glycoprotéine fusogène de l’enveloppe virale telle que la glycoprotéine
gp41 dans le cas du HIV.

2.2.3. Décapsidation
Les structures virales sont ensuite dégradées, à l'exception du génome qui, débarrassé de
la capside, se trouve libéré dans la cellule. Il est nécessaire que la capside soit détruite,
ou au moins très remaniée, pour que le génome puisse interagir avec la machinerie
cellulaire.

Assemblage
Libération

Réplication

Maturation

Fixation
Pénétration
Décapsidation

2.2.4. Réplication
Le génome viral libéré prend la direction des synthèses dans la cellule, se substituant en
totalité ou en partie au génome cellulaire. Désormais, la cellule va produire des virus.
Plus précisément, elle va faire des copies (répliques) du génome viral, des protéines
virales de capside et glycoprotéines d’enveloppe pour les virus enveloppés. Le
mécanisme de cette réplication virale varie selon que le génome est à ARN ou ADN.
Mais, dans tous les cas, c'est par des ARN messagers viraux que les génomes viraux
transmettent leur information et donnent leurs ordres à la machinerie cellulaire. Dès que
des ARN messagers viraux apparaissent dans la cellule infectée, celle-ci est "piégée" :
les virus ont été ainsi comparés à des agents subversifs.

[Link]. Synthèse des ARN messagers

Suivant les virus, l'élaboration des messagers viraux ou transcription est une opération
plus ou moins complexe. Pour les poliovirus, tout est simple : le génome est un ARN qui
sert d‟emblée de messager ; il est dit de polarité positive ou "positif" et immédiatement
traduit par les ribosomes cellulaires en protéines virales, sans transcription préalable.
Pour les virus à ADN, il faut nécessairement une transcription des messagers. Pour les
rétrovirus, HTLV et HIV, il y a également une transcription mais particulière :

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transcription du génome à ARN en une copie d‟ADN qui sera intégrée dans l‟ADN
cellulaire. Cette transcription est effectuée par une transcriptase virale dite inverse (TI)
car elle catalyse l'opération inverse de la transcription cellulaire normale d‟ADN en
ARN (en anglais, reverse transcriptase [RT]). Les ARN messagers des rétrovirus sont
ensuite transcrits à partir de la copie d‟ADN intégrée, comme pour les gènes cellulaires.

[Link]. Synthèse des enzymes et protéines codées par le virus

La synthèse des composants viraux par la cellule exige généralement un réajustement de
la machinerie cellulaire. Ainsi, la cellule normale est incapable de répliquer l’ARN des
poliovirus, ce qui consiste à copier de l’ARN sur une matrice d’ARN. Cela nécessite une
enzyme appelée réplicase, qui est une ARN polymérase ARN-dépendante. Dans la
cellule normale, une telle enzyme n'existe pas : les ARN cellulaires sont synthétisés par
des ARN polymérases ADN-dépendantes, utilisant une matrice d’ADN qui est le
génome cellulaire. Pour se multiplier dans une cellule, un poliovirus et d’une façon
générale tous les virus à ARN, doivent faire fabriquer par la cellule infectée cette
enzyme nouvelle, la réplicase, La TI des rétrovirus est également une enzyme
viroinduite.
Certains gènes viraux codent des protéines transactivatrices. Tel est le cas de la protéine
TAT du HIV qui active d'un facteur 50 la transcription des messagers viraux à partir de
l‟ADN proviral intégré dans la cellule.
La synthèse des protéines virales passe, pour certains virus, par la synthèse d'un
précurseur unique, polypeptide géant secondairement clivé par des protéases pour
obtenir les différentes protéines virales. Certaines de ces protéases (exemples du HIV et
du virus de l'hépatite C) sont des enzymes virales qui vont s'autocliver à partir d‟un
précurseur protéique.

2.2.5. Assemblage
Les nouveaux génomes fabriqués par la cellule s'entourent de nouvelles protéines virales
elles-aussi fabriquées par la cellule. Cet emballage est l'encapsidation (l'inverse de la
décapsidation) des génomes qui aboutit à la formation de nouvelles particules virales.

2.2.6. Libération
Les nouveaux virus sont libérés par la cellule par éclatement cellulaire pour les virus
nus, par bourgeonnement pour les virus enveloppés. C'est lors du bourgeonnement que
les virus enveloppés reçoivent leur enveloppe hérissée de spicules glycoprotéiques. Une
cellule infectée produit de l‟ordre de 100 à 1000 particules virales. La multiplication
d'un virus est donc très différente de la multiplication d'une bactérie ou d‟une cellule
eucaryote car le virus n‟augmente pas de taille et ne se divise pas : il sort sous forme
complète de la cellule et ne se modifie plus avant d‟infecter une autre cellule.

3. CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE

Elle est fondée sur l'introduction dans l'organisme de molécules de synthèse qui inhibent
la multiplication virale. Elle ne vise pas directement les particules virales,
métaboliquement inertes et dont les constituants ne peuvent être détruits sans risque pour
les constituants cellulaires de l'hôte. La chimiothérapie antivirale a pour cible l‟usine à
virus, la cellule infectée, où elle prétend inhiber la synthèse des constituants viraux, sans
altérer le métabolisme cellulaire normal, ce qui conduirait à une cytotoxicité. Les
9
différentes étapes du cycle viral ciblées par la chimiothérapie sont illustrées ci-après par
un schéma et quelques exemples de molécules antivirales.

3.1. Aciclovir (ACV, Zovirax®)

C‟est le premier antiviral bien toléré et administrable par voie générale, mis au point par
Gertrude Elion (Prix Nobel de médecine en 1988). Dans ce nucléoside artificiel
analogue de la guanosine, le pentose est remplacé par une chaîne hydrocarbonée linéaire
dépourvue de 3'OH. L‟ACV est utilisé contre le virus herpès simplex et le virus de la
varicelle et du zona.
Ce nucléoside est actif sous la forme de nucléotide triphosphate ACV-TP. Deux
phénomènes font de l'ACV un produit à la fois très actif contre certains virus et peu toxique
par voie générale :
1) La première phosphorylation en ACV-MP (monophosphate) est assurée par
une enzyme virale, la thymidine kinase. Cela fait que l'ACV n'est activé que
dans les cellules infectées.
2) L'ACV-TP inhibe de façon sélective l‟ADN polymérase virale, sans
n’interagir avec aucune des ADN polymérases cellulaires. Cette inhibition se
fait de deux façons : de façon compétitive en tant qu’analogue de guanosine
triphosphate ; par blocage de la réplication de l‟ADN viral quand l'ACV-MP
est incorporé dans la chaîne d'ADN, du fait du manque du radical 3'OH
nécessaire à la liaison phosphodiester avec le nucléotide monophosphate
suivant.

Transcription inverse Assemblage et libération

AZT Zanamivir
HIV Grippe

Intégration
Anti-intégrase
Fusion-lyse HIV
T20
HIV

Réplication
Aciclovir
HSV
Décapsidation
Rimantadine
Grippe Maturation
Antiprotéase
HIV

3.2. Azidothymidine (AZT, Retrovir®)

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L'AZT, premier antiviral anti-HIV, est un nucléoside à base normale (thymine) mais à
pentose modifié sans 3'OH. L'AZT nécessite, pour être active, une triphosphorylation en
AZT-TP. La TI du HIV est spécifiquement sensible à l'AZT-TP avec deux mécanismes
possibles d‟inhibition : inhibition par compétition de la TI ou incorporation de l‟AZT-
MP dans l‟ADN avec arrêt d‟élongation de chaîne.
Une première différence avec l'ACV est que les trois étapes de phosphorylation de
l‟AZT sont toutes assurées par des kinases cellulaires. Une autre différence est que
l'AZT-TP a une action parallèle sur l‟ADN polymérase gamma (mitochondriale) de la
cellule. Ces deux différences expliquent que l'AZT soit plus cytotoxique que l'ACV.

3.3. Autres exemples de molécules antivirales

Contre le HIV, ont été découverts et sont aussi utilisés en pratique clinique :
- Les inhibiteurs non nucléotidiques de la TI (INNTI ou NNRTI en anglais) qui
agissent spécifiquement sur le HIV-1 (et non sur le HIV-2) ;
- Les inhibiteurs de la protéase du HIV (IP ou PI en anglais) ;
- Les inhibiteurs de l’intégrasse du HIV ;
- Les inhibiteurs de la fixation du HIV sur son corécepteur CCR5, tels que le
maraviroc ;
- Les inhibiteurs de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane
cytoplasmique, tel que le T20, un peptide de synthèse qui bloque l’action
fusogène de la glycoprotéine gp41. Contre les virus grippaux, les inhibiteurs de
neuraminidase, tels que le zanamivir et l‟oseltamivir, bloquent la libération des
particules virales à partir des cellules infectées.

POINTS A RETENIR
• La structure des particules virales est simple, se limitant grossièrement à deux ou trois
éléments : génome, capside et enveloppe (dans le cas des virus enveloppés
seulement).
• Cette structure explique, en grande partie, l'épidémiologie des infections virales : les
virus enveloppés sont plus fragiles, conservent moins bien leur infectiosité dans le
milieu extérieur, et sont transmis essentiellement dans des relations de proximité.
• Le génome viral est constitué soit d'ADN, soit d'ARN.
• La multiplication des virus se fait nécessairement à l'intérieur d'un hôte cellulaire et
sous le contrôle du génome viral : le cycle viral inclut plusieurs étapes dont
l'attachement à un récepteur spécifique, la libération du génome viral dans la cellule,
la réplication des composants viraux, l'auto-assemblage des particules virales et leur
sortie hors de la cellule infectée.
• La chimiothérapie antivirale vise à inhiber le déroulement du cycle viral et se fonde
principalement sur des inhibiteurs spécifiques des enzymes codées par le génome
viral.

11
PHYSIOPATHOLOGIE ET DIAGNOSTIC DES INFECTIONS VIRALES

1. PHYSIOPATHOLOGIE DES INFECTIONS VIRALES

1.1. Rappel
Les virus sont des micro-organismes à la fois rudimentaires et complexes. Dotés d’une
information génétique (ADN ou ARN) plus ou moins importante, ils ne possèdent en
revanche pas les éléments cruciaux qui autoriseraient leur multiplication autonome,
comme les acides aminés, certaines enzymes ou les sources d’énergies (ATP). Pour cette
raison, les virus ont besoin de la cellule hôte pour se multiplier.
La notion d’hôte est ainsi fondamentale en virologie, et ceci à deux niveaux :
a) L’hôte en tant que en tant que cellule cible de l’infection virale : nous
verrons dans ce chapitre les principaux déterminants autorisant (ou non) la
multiplication d’un virus dans une cellule, les conséquences de cette
infection sur le phénotype cellulaire et, à l’inverse, l’impact éventuel que
peut avoir le phénotype de la cellule cible sur la multiplication virale ;
b) L’organisme atteint par l’infection virale : nous verrons notamment
l’importance de la réponse immunitaire (et donc l’impact de
l’immunocompétence ou, à l’inverse, de l’immunodépression) dans le
retentissement clinique des infections virales, avec en particulier la notion
de maladies virales opportunistes.

1.2. Multiplication des virus dans la cellule

1.2.1. Conditions nécessaires à la multiplication des virus

Leur simplicité structurale empêche les virus de se multiplier, du moins par eux-mêmes.
La multiplication d'un virus va donc impliquer, après introduction du génome viral dans
une cellule sensible, le détournement à son profit de la machinerie d’une cellule
permissive, selon un procédé de biosynthèse que l'on appelle réplication. Deux notions
essentielles :
a) La sensibilité d’une cellule à l’infection virale est sa capacité à être infectée
par le virus, ce qui va essentiellement dépendre de l’expression à la surface
cellulaire de récepteurs (et parfois de corécepteurs) autorisant l’attachement
et la pénétration du virus dans la cellule.
b) La permissivité d’une cellule à l’infection virale est sa capacité à autoriser
un cycle viral complet (et notamment la réplication du génome viral),
aboutissant à la formation par la cellule de nouvelles particules virales.
Ces deux notions sont indépendantes : toute cellule sensible n’est pas permissive, et toute
cellule permissive n’est pas forcément sensible.

1.2.2. Les 6 étapes de la formation d’un virus (voir le précédent cours et la figure
suivante) Ces 6 étapes sont
- L’attachement,
- La pénétration,
- La décapsidation,
12
 - La réplication,
- L’assemblage, incluant l’encapsidation du génome, - la libération.

1.2.3. Conséquences possibles de la multiplication virale pour la cellule infectée

[Link]. Mort de la cellule

La cellule meurt car les synthèses cellulaires ont été gravement perturbées par le virus.
C'est l'infection lytique. C'est ce que provoquent la plupart des virus humains dans des
cellules permissives. C'est in vivo l'équivalent de l'effet cytopathique ou cytopathogène
(ECP), altération morphologique de la cellule infectée, visible en microscope optique et
observé in vitro en culture de cellules. Lors de l'infection lytique, l'accumulation dans la
cellule infectée de matériel viral désorganise les structures et les fonctions cellulaires. La
cellule infectée meurt, soit par nécrose, soit par apoptose. Tout le problème est de savoir
si ces cellules peuvent être remplacées par d'autres cellules au sein de l'organisme. Ainsi,
au cours des infections à poliovirus, la destruction des neurones de la corne antérieure de
la moelle épinière donne des paralysies définitives, car un neurone détruit n'est pas
remplacé. En revanche, si ce sont seulement les cellules gliales qui sont détruites,
certaines paralysies finiront par régresser.

[Link]. Tolérance de l’infection

La cellule tolère l'infection. Le génome viral et le génome cellulaire se partagent le
potentiel de synthèse de la cellule et les deux métabolismes, cellulaire et viral,
coexistent, selon un "compromis" acceptable. L'infection latente induite par certains

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virus (notamment ceux de la famille des herpès virus) est un bon exemple de ce modus
vivendi.

[Link]. Transformation cellulaire maligne

La cellule infectée se multiplie de façon anarchique : c’est la transformation cellulaire
maligne. D’une façon générale, les cellules transformées s'obtiennent à partir de tissus
cancéreux ou à partir de cellules normales transformées in vitro, soit spontanément au
cours de la culture, soit par l'action de cancérogènes chimiques, de radiations ionisantes
ou de virus cancérigènes.
Le premier virus cancérigène connu, découvert au début du siècle par Rous, est
responsable de sarcomes à développement rapide chez le poulet. C'est un rétrovirus dont
le génome comporte, en plus des gènes codant pour les protéines constituant le virus
(gènes gag pour antigène de groupe, pol pour polymérase [transcriptase inverse] et env
pour enveloppe), un oncogène v-sarc responsable du pouvoir sarcomatogène du virus.
D’autres rétrovirus oncogènes existent chez l‟animal, et notamment chez le félin.
Chez l'homme, cinq catégories de virus sont liées à un cancer :
1) L’HTLV-1 humain (human T lymphotropic virus type 1), rétrovirus
responsable de leucémies et sarcomes à lymphocyte T de l'adulte dans des
zones géographiques particulières (Caraïbe, Japon, Afrique) ;
2) Le virus de l'hépatite B (HBV), impliqué dans le cancer primitif du foie,
endémique dans la zone intertropicale ;
3) Le virus de l’hépatite C (HCV), aussi impliqué dans le cancer primitif du
foie ;
4) Les papillomavirus humains (HPV) 16, 18 et 31, associés notamment au
cancer du col
Utérin ;
5) Deux herpès virus de la sous-famille des Gamma herpesvirinae : le virus
Epstein-Barr ou EBV, associé notamment au lymphome africain de
Burkitt, au carcinome nasopharyngé des Chinois de la région de Canton et
aux lymphoproliférations de l’immunodéprimé ; le 8 ème herpès virus
humain ou HHV-8, associé notamment au sarcome de Kaposi. Nous y
reviendrons dans les cours consacrés à ces différents virus.

1.3. Moyens de défense contre l’infection virale

Trois lignes de défense successives s’opposent à l'infection virale : 1/ à la frontière de

l’organisme, la peau et les muqueuses ; 2/ l’immunité innée ; 3/ l‟immunité acquise.

1.3.1. La peau et les muqueuses

La peau présente en surface une couche de kératinocytes morts, de sorte qu’une peau
saine constitue une barrière efficace contre les infections virales … sauf accident : cette
barrière peut être franchie par les virus en cas de piqûre, érosion ou morsure (ou
artificiellement par transfusion de sang, greffe d’organe ou de tissu).
Les muqueuses, au niveau de l’œil, l’arbre respiratoire, le tube digestif, le tractus génito-
urinaire, présentent en surface des cellules épithéliales vivantes. Certains éléments
protecteurs sont associés aux muqueuses : sécrétion de mucus, pH extrêmes (tube
digestif, vagin), enzymes protéolytiques (larmes, tube digestif), tapis muco-ciliaire
(bronches). Cependant, ces cellules constituent une barrière moins efficace que la peau,

14
voire une véritable porte d’entrée, en raison de leur caractère fréquemment sensible et
permissif vis à vis de nombreux virus. De fait, de nombreuses infections virales ont une
porte d’entrée muqueuse, les virus infectant l’homme par inhalation (grippe), ingestion
(entérovirus) ou par rapport sexuels (HIV, herpès génital). À noter que des ulcérations de
la muqueuse génitale, dans le cadre d’une maladie sexuellement transmissible (MST)
comme l’herpès génital, favorisent la transmission du HIV.

1.3.2. Immunité naturelle innée

Elle est non spécifique, distinguant le soi du non-moi, et se dirige contre ce dernier. Les
virus sont constitués d’acides nucléiques spécifiques et d'antigènes, structuraux et/ou
fabriqués par les cellules infectées. Ces « motifs microbiens » sont reconnus comme
étrangers par l'organisme, suite à leurs interactions avec des récepteurs de type PRR
(pour « pathogen recognition receptor ») exprimés à la surface de nombreuses cellules
immuno-compétentes.
Cette reconnaissance déclenche l’immunité naturelle innée, qui ne nécessite aucune
immunisation préalable. Ainsi, elle intervient dans les heures, voire les minutes suivant
l’infection. Elle met en jeu de nombreux acteurs (cytokines, cellules sentinelles, cellules
NK) aux actions diverses et enchevêtrées : action proprement antivirale, mais aussi
potentialisation mutuelle de ces éléments de défense naturelle, et préparation de la ligne
de défense suivante constituée par l’immunit acquise.

[Link]. Cytokines
Parmi une vingtaine de cytokines, les interférons alpha et béta (IFN-) sont produits
par les cellules infectées et les cellules dendritiques. En se fixant aux cellules saines, ils
y induisent un état antiviral par la synthèse de protéines antivirales d'information
cellulaire. Ces dernières bloquent la traduction des ARN messagers viraux par des
mécanismes complexes. Par ailleurs, ces IFN stimulent les cellules NK.
Ces IFN ont une spécificité d'espèce mais n'ont pas de spécificité de virus (large
spectre): les virus sont tous inducteurs d'interférons et sensibles aux interférons, mais à
des degrés divers. Les IFN sont, comme les hormones, actifs à très faibles doses et peu
toxiques. Leur rôle dans les défenses naturelles antivirales est probablement très
important car des animaux des laboratoires, infectés de façon asymptomatique par divers
virus, font après administration de sérum anti-interféron une infection mortelle. La
fixation des IFN sur la cellule y induit la transcription de plus de 300 gènes, et l‟on est
loin de connaître tous leurs effets. Le traitement par IFN- a une activité partielle mais
bien démontrée dans les hépatites B et C.

[Link]. Cellules présentatrices d‟antigène

Les cellules dendritiques et les macrophages produisent de l‟IFN et d‟autres cytokines et
elles président à la mise en place de l‟immunité acquise : elles internalisent et apprêtent
(processing) les antigènes viraux. Ces cellules migrent dans les ganglions lymphatiques
pour y informer ("éduquer") les cellules T et B.

[Link]. Cellules NK
Les cellules NK (natural killer) ont une activité antivirale directe : elles reconnaissent
les cellules infectées comme étant anormales et les lysent (comme elles lysent les
cellules cancéreuses). Par ailleurs, elles secrètent diverses cytokines. Elles expriment à
leur surface des récepteurs de type Toll Like (TLR), qui font partie des PRR, impliquées
dans la reconnaissance du non-soi. Ainsi, vis-à-vis d‟un agent infectieux ou d‟une
15
cellule cancéreuse, elles développent une manifestation de xénophobie primaire,
indifférenciée, rapide, et souvent efficace. A contrario, la sensibilité particulière du
nouveau-né à certaines infections virales, comme l‟herpès, s‟explique par l‟immaturité
physiologique transitoire de ses macrophages et de ses cellules NK.

[Link]. Complément
En coopération avec des anticorps naturels, à spécificité large, le complément lyse les
cellules infectées et les virus à enveloppe.

[Link]. Fièvre
La fièvre est un autre moyen de défense de première ligne : au fur et à mesure que la
température augmente, la multiplication virale diminue, car la plupart des virus ne se
multiplient pas ou mal à 40°C.

1.3.3. Immunité acquise spécifique

[Link]. Schéma général

L‟immunité acquise est plus subtile que l‟immunité innée. Les cellules effectrices sont, pour
l‟essentiel, les lymphocytes B (à l‟origine de la sécrétion d‟anticorps) et les lymphocytes T
CD8+
(aboutissant à la lyse les cellules infectées, appelés alors CTL pour cytotoxic T
lymphocytes). Chaque lymphocyte cible un antigène particulier, fait de quelques peptides
(épitopes), grâce à un récepteur spécifique situé à sa surface, anticorps pour les
lymphocytes B, et TCR (T cell receptor) pour les lymphocytes T.
Pour s‟attacher de façon spécifique aux divers épitopes des innombrables agents
infectieux menaçant notre organisme, une variété considérable de ces récepteurs est
nécessaire alors que quelques centaines de gènes suffisent à coder les récepteurs
impliqués dans l‟immunité innée. Les gènes codant cette multitude d‟anticorps et de
TCR proviennent de multiples réarrangements, s‟effectuant dans les cellules
lymphocytaires, entre gènes du génome humain.
Les lymphocytes T CD4+ sont, en position centrale, les chefs d‟orchestre de l‟immunité
acquise : une fois informés par les cellules dendritiques qui leur présentent les antigènes
viraux élaborés à partir du virus infectant (processing ou apprêtement), des lymphocytes
CD4+ auxiliaires (helper ou Th) favorisent, par la sécrétion de diverses cytokines, d‟une
part l‟évolution des lymphocytes B en plasmocytes producteurs d‟anticorps circulants,
et d‟autre part l‟évolution des lymphocytes T CD8+ en CTL.
La mise en place de l‟immunité acquise demande un délai de plusieurs jours ou
semaines. Il persiste ensuite une mémoire immunitaire : grâce à la constitution de
cellules à mémoire B ou T, à longue durée de vie et spécifiques de l‟antigène immuno-
inducteur, une réinfection par le même virus entraîne un redéploiement rapide de
l‟immunité acquise (anticorps et CTL spécifiques), et cela particulièrement au niveau
des muqueuses, porte d‟entrée de la plupart des virus dans l‟organisme.

16
[Link]. Anticorps
Les anticorps sont produits par les lymphocytes B (dont ils sont les récepteurs de
surface) et excrétés sous forme circulante (dans le sang et les liquides biologiques) par
les plasmocytes. Les anticorps protecteurs peuvent être assimilés aux anticorps
neutralisants. Ceux-ci annulent ou réduisent le pouvoir infectieux des virus in vitro en
culture cellulaire, ou in vivo chez l'animal d'expérience. Ces anticorps neutralisants sont
dirigés contre les antigènes de surface du virus (capside pour les virus nus,
glycoprotéines d‟enveloppe pour les virus enveloppés). Les anticorps dirigés contre les
antigènes internes du virus, également suscités par l‟infection, ne sont pas protecteurs ;
ils témoignent simplement de l'infection. En effet, la neutralisation par les anticorps est
la conséquence d‟une altération de l'attachement du virus, de sa pénétration, voire de sa
décapsidation. Les anticorps neutralisants ont donc pour cible les virus extracellulaires.
Les anticorps ne pénètrent pas dans les cellules et sont donc sans action sur la
réplication.
Les anticorps viraux sont des immunoglobulines (Ig) appartenant essentiellement aux
IgA dans les sécrétions muqueuses, et aux IgG et IgM dans le sérum. Les IgM antivirales
disparaissent généralement quelques semaines après la primo-infection.
Le titre des anticorps viraux culmine à la convalescence. Ils interviennent moins dans la
guérison de l'infection que dans la protection vis-à-vis d'une réinfection ultérieure.

[Link]. Lymphocytes T CD8+ cytotoxiques ou CTL

Les antigènes impliqués ici sont les antigènes viraux présentés par la cellule infectée au
niveau de sa membrane cytoplasmique. Ces antigènes proviennent des protéines virales
produites à l‟intérieur de la cellule infectée et apprêtées par passage à travers le
protéasome (processing, qui fragmente la protéine en courts polypeptides ou épitopes).
Point important, ces antigènes viraux ne sont reconnus par le TCR de la surface des
lymphocytes T CD8+ que s‟ils sont transportés et présentés à la surface de la cellule
infectée par un composant du complexe majeur d‟histocompatibilité (CMH, ou MHC en
anglais) de classe-I. On dit que la cytolyse par les CTL connaît une restriction CMH-I.
Cette lyse exige le contact entre cellules cibles et cellules immunitaires à travers une
double reconnaissance de l‟antigène viral, par le CMH-I et par le TCR ("complexe
ternaire"). C'est le "baiser qui tue", avec les "deux bras" du CTL : sécrétion d‟une part
de perforines et de granzymes (sérines protéases) qui nécrosent la cellule infectée, et
d‟autre part de Fas-ligand qui en se liant au Fas de la cellule infectée y déclenche un
signal de mort programmée (apoptose).
Il existe d‟autres mécanismes de cytotoxicité à médiation cellulaire, notamment la
cytotoxicité des cellules tueuses (cellules K, pour Killer) dépendant des anticorps, ou
ADCC (antibody-dependant cell-mediated cytotoxicity). Grâce à un récepteur au
fragment Fc des IgG, ces cellules reconnaissent et tuent les cellules infectées recouvertes
d‟anticorps viraux IgG.

1.3.4. Interactions et ambivalence des réactions de défense

[Link]. Complémentarité
Il n'est pas facile de dissocier les différents moyens de défense, tant ils sont à la fois
redondants et complémentaires :

17
 * L'ADCC met en jeu l'immunité humorale (anticorps) et l'immunité cellulaire.
* À côté des cytotoxicités à médiation cellulaire par les cellules NK, les
lymphocytes T, les cellules K, il existe une cytotoxicité par anticorps
dépendant du complément, aboutissant elle aussi à la lyse des cellules
infectées.
* Une certaine variété d'IFN (IFN immun ou gamma) est sécrétée par les
cellules NK ou les lymphocytes T sous l'effet d'une stimulation antigénique
virale (ou d'une stimulation non spécifique).
* Les IFN- activent les cellules NK. De plus, en augmentant l‟exposition
du CMH-I à la surface des cellules infectées, ils en favorisent la lyse par les
CTL.
On pourrait multiplier à l‟infini les exemples de tels enchevêtrements. Il y a finalement
"surdétermination" des divers mécanismes de défenses contre l'infection virale (un
même effet est produit par différents acteurs), et un même acteur, les cytokines
notamment, joue dans plusieurs pièces (pléiotropisme).

1.3.5. Immunodépression et infections virales

L‟état d‟immunocompétence de l‟organisme infecté a un impact primordial sur le
retentissement clinique de l‟infection virale. Ainsi les états d'immunodépression
aggravent les infections virales, surtout quand la dépression porte sur l'immunité
cellulaire : destruction des lymphocytes T CD4+ par le HIV au cours du SIDA,
traitement immunodépresseur anti-lymphocytes T CD8+ pour éviter le rejet de greffe.
On parle d‟infection ou de maladie opportuniste, lorsqu‟une infection est classiquement
bénigne, voire inapparente chez un hôte immunocompétent, alors qu‟elle s‟avère grave,
voire mortelle chez l‟immunodéprimé. L‟exemple type de virus opportuniste est le
CMV. Rappelons enfin que tous les états d'immunodépression contre-indiquent les
vaccins vivants, doués de pouvoir infectieux.

1.3.6. Echappement aux défenses immunitaires

Les virus ont évolué en développant de nombreux mécanismes d'échappement aux
défenses immunitaires, selon un processus d’adaptation réciproque et co-évolution des
virus et de leurs hôtes. Ces stratégies d’échappement sont notamment utilisées par les
virus capables d’induire des infections chroniques ou persistantes. Les deux principales
stratégies utilisées (de façon non exclusive l’une de l’autre) s’apparentent respectivement
au camouflage et au sabotage.

[Link]. Camouflage
Le camouflage des virus consiste à ne pas se faire reconnaître du système immunitaire. Trois
procédés essentiels sont utilisés :
* Variabilité génique ou antigénique : c‟est la modification des épitopes par
mutation (ou parfois par recombinaison génétique). Cela concerne surtout les
virus à ARN, comme les virus de la grippe et le virus de l'hépatite C, car
l‟ARN polymérase ARN-dépendante qui réplique le génome n'a pas de
mécanisme de correction des erreurs, d'où la facilité des mutations. La

18
 transcriptase inverse (ADN polymérase ARN-dépendante) du HIV manque
également d'un mécanisme de correction d'erreur.
* Latence virale : après la primo-infection, le génome viral persiste dans la
cellule, intégré ou non dans le génome cellulaire, mais il ne s'exprime pas,
ou n'exprime qu'une partie de son information génétique. Ainsi, il ne produit
pas d'antigène et échappe donc aux défenses immunitaires. C'est le cas,
notamment, des herpèsvirus, des polyomavirus, des papillomavirus, du virus
de l'hépatite B, des rétrovirus. Ces virus latents échappent également aux
antiviraux qui sont essentiellement des inhibiteurs de la multiplication virale.
Donc, le virus en phase de latence "survit en faisant le mort" et il est difficile
ou impossible de le déloger.

* Perturbation des processus de présentation antigénique : les herpèsvirus, en

particulier, sont passés maîtres en la matière, inhibant soit le processing des
antigènes viraux et leur transport à la surface des cellules (infectées ou
présentatrices d‟antigène), soit l‟expression des molécules du CMH (classe I
ou II), dont la co-expression est nécessaire à la bonne reconnaissance de ces
antigènes viraux par l‟immunité adaptative.

[Link]. Sabotage
Le sabotage des mécanismes de défense de l'hôte consiste à détruire ou perturber
directement les acteurs et mécanismes de la réponse immunitaire, innée ou adaptative.
Ainsi, les herpèsvirus (et en premier lieu, le CMV) peuvent perturber le fonctionnement
des cellules NK, tandis que le HIV va essentiellement toucher les cellules T CD4+,
acteurs essentiels de l‟immunité adaptative.
A côté de ces effets cellulaires directs, un autre mécanisme important repose sur la
production de protéines virales altérant ou bloquant les différents mécanismes de
défense. C'est le fait des gros virus à ADN (poxvirus, adénovirus, herpèsvirus) chez qui
une grande partie du génome va coder pour des protéines capables de perturber le
fonctionnement des facteurs cellulaires solubles impliqués dans l‟immunité : il s'agit en
particulier de protéines capables d'antagoniser les IFN et autres cytokines antivirales, ou
le complément. Ces protéines virales sont, pour une grande part, des homologues de
protéines cellulaires de notre système de défense antivirale, jouant ainsi le rôle de
leurres. Elles viennent sans doute du piratage de gènes cellulaires. Ainsi on parle de
virokines, analogues de cytokines cellulaires, de virorécepteurs, analogues des récepteurs
de virokines cellulaires.
Enfin, certains virus (adénovirus et herpèsvirus) sont capables d'inhiber l'apoptose des
cellules infectées induites par l‟immunité, facilitant ainsi la persistance de l‟infection virale.

1.4. Les étapes de la pathogenèse virale

1.4.1. Transmission de l‟infection virale selon deux modalités

[Link]. Transmission verticale

C‟est la transmission de la mère à l‟enfant (ou à l‟embryon ou au fœtus). Trois moments
clés des interactions mère-enfant sont propices à la transmission d‟une infection virale :

19
 * Transmission in utero
Certains virus sont capables de traverser la barrière foetoplacentaire (parfois par
l‟intermédiaire d‟une infection du placenta). Cette transmission est notamment mise en
jeu lors des infections congénitales par le CMV, le virus de la rubéole ou le virus B19.
Notons qu‟une virémie maternelle est nécessaire à ce type de transmission, virémie
essentiellement observée au cours des primo-infections maternelles impliquant ces
virus.
* Transmission per partum
L‟accouchement est le moment d‟un contact étroit entre la mère et l‟enfant, tant au
niveau sanguin qu‟au niveau des muqueuses. Une transmission de certains virus
s‟effectue électivement à ce moment, responsable notamment des infections néonatales
par l‟herpes simplex virus-1 et -2, le HIV et le virus de l‟hépatite B.
* Transmission post-natale
Le maternage et l‟allaitement peuvent enfin être responsables d‟une transmission d‟une
infection virale de la mère à l‟enfant, notamment pour les virus présents au niveau du lait
maternel. Ceci est surtout vrai et préoccupant pour le HIV dans les pays en voie de
développement : les efforts pour une prévention de la transmission du virus au moment de
l‟accouchement risquent d‟être annihilés si l‟on n‟est pas capable de permettre à ces femmes
d‟avoir accès à un allaitement artificiel prolongé de qualité.

[Link]. Transmission horizontale

Elle rend compte de la majorité des transmissions des infections virales entre un sujet
infecté et un sujet cible. Cette transmission est dite directe lorsqu‟elle implique un
contact entre le sujet source et sa cible. Trois voies de transmission directe sont
principalement utilisées :
* voie aérienne ou salivaire, pour les virus excrétés au niveau salivaire ou au
niveau des voies aériennes supérieures ;
* voie féco-orale, pour les virus excrétés au niveau des selles (souvent par
l‟intermédiaire des mains contaminées) ;
* voie sexuelle, pour les virus se répliquant au niveau du tractus génital.

La transmission peut également se faire de façon indirecte, lorsque le virus infectant se

retrouve au niveau d‟aliments ou d‟eaux souillés (ex : épidémies de gastro-entérites
virales), de supports inertes (seringues ou autre matériel biomédical) ou biologiques
(produits sanguins contaminés ou greffes), ou bien qu‟il passe par un intermédiaire
animal (arthropodes ou mammifères infectés).

1.4.2. Infections localisées ou généralisées

Une fois le sujet cible infecté, l‟infection peut rester localisée au niveau de la porte d‟entrée,
ou se disséminer à l‟ensemble de l‟organisme.
Dans les infections aiguës localisées, le virus se multiplie au niveau de la porte d'entrée
du virus dans l'organisme et s‟y cantonne. Porte d'entrée et organe cible (l‟organe dont
l'infection donne les signes cliniques de la maladie) sont confondus, d‟où une
incubation courte, de l'ordre de quelques jours.
Dans les infections généralisées, après multiplication du virus au niveau de la porte
d'entrée, l'infection gagne les organes cibles situés à distance, d'où l'existence d'un
trajet par voie sanguine, lymphatique ou neuronale selon les virus, avec une incubation
20
nécessairement longue, de l'ordre de deux semaines, si ce n'est plus. Une dissémination
de l‟infection par voie sanguine implique la présence d‟une virémie, à un moment ou
un autre de l‟infection. Les caractéristiques et exemples de ces 2 types d‟infections
figurent dans le tableau suivant.

Infection localisée Infection généralisée

Porte d’entrée Respiratoire, digestive Respiratoire, digestive,
cutanéomuqueuse. ou sanguine ou
cutanéomuqueuse.
Multiplication initiale Au niveau
de d’entrée la porte Au niveau de la porte d’entrée
Multiplication secondaire dans
autres organes avec Non Oui (virémie si dissémination
virémie par voie sanguine)

Localisation de l’organe cible Porte d’entrée À distance de la porte d’entrée

Durée de l’incubation Quelques jours Plusieurs semaines

Exemples Grippe, HIV, CMV, poliovirus, rubéole,

gastro-
rhume, HBV
entérite

1.5. Conséquences cliniques et devenir des infections virales

Les interactions de l'infection virale avec les mécanismes de défense de l'organisme et la

constitution génétique de l‟hôte déterminent à la fois son expression clinique et son devenir.

1.5.1. Infections symptomatiques et asymptomatiques

Toute infection ne donne pas de maladie, les infections symptomatiques représentant la
partie visible de l‟iceberg.
Nous distinguerons les infections aiguës et les infections chroniques. Ainsi, dans
l'infection à poliovirus, on observe environ un cas d'infection manifeste avec paralysies
pour 100 cas d'infection asymptomatique. Pour la rougeole, c'est l'inverse puisque toutes
les infections donnent l'éruption morbilleuse. A l'extrême, l'infection par le virus de la
rage est toujours symptomatique et toujours mortelle.
Dans le cas des infections chroniques, le caractère asymptomatique de l‟infection n‟est
pourtant pas toujours dénué de conséquences, qui parfois se manifestent à long terme.
Ainsi, les infections chroniques à HCV et HBV peuvent rester asymptomatiques pendant
des années, tout en lésant le parenchyme hépatique, avec à terme un risque de
complications sous forme d'insuffisance hépatique, de cirrhose ou de cancer primitif du

21
foie. De la même manière, la phase asymptomatique de l‟infection par le HIV, qui peut
durer des années après la contamination, n‟est absolument pas une latence virale : après
la primo-infection marquée par une multiplication virale intense, persiste une infection à
bas bruit, partiellement contrôlée par le système immunitaire jusqu'à l'effondrement
immunitaire final du SIDA marqué, à nouveau, par une multiplication finale intense.
Le terrain joue un rôle crucial: gravité de l'infection à herpes simplex chez le nouveau-né
ou chez le nourrisson atteint d'eczéma, gravité générale des infections à herpèsvirus chez
les sujets immunodéprimés.
L'âge intervient, avec, paradoxalement pour certains virus, davantage de formes
symptomatiques chez l'adulte que chez l'enfant : pour les infections à poliovirus
(paralysies), virus de l'hépatite A (ictère), virus Epstein-Barr (mononucléose
infectieuse).

1.5.2. Eradication versus persistance

Toujours dans le cadre des infections aiguës, certaines évoluent non seulement vers la
guérison mais, de plus, le virus se trouve totalement éliminé de l'organisme. C'est le cas
d'infections plus ou moins graves initialement comme la grippe, les oreillons, les
infections à poliovirus, la variole, la fièvre jaune.
Dans d'autres cas, au décours de l'infection initiale asymptomatique ou cliniquement
manifeste, s'installe à vie dans l'organisme une infection persistante, symptomatique ou
non. Deux types d‟infections persistantes doivent être différenciée.
* L‟infection latente, où le virus persiste dans certains sites cellulaires et
certains organes, sans multiplication virale. C‟est notamment le cas de toutes
les infections à herpèsvirus. Le virus persiste à vie, cette latence étant
entrecoupée de périodes où il entre de nouveau en phase replicative, avec de
nouveau production et excrétion virale, et donc contagiosité épisodique. On
parle de réactivations virales, ces réactivations étant symptomatiques (zona,
récurrences d‟herpès génital ou oro-labial) ou non.
* L‟infection chronique où l‟infection persiste à bas bruit, avec niveau
faible et variable de production virale, et donc contagiosité persistante. C‟est le
cas de l‟infection par le HIV ou des infections chroniques à HBV ou HCV. Si
l‟infection chronique à HIV est une conséquence quasi inéluctable de
l‟infection virale, il n‟en est pas de même pour les virus des hépatites. Ainsi,
dans l'infection par HBV, l'évolution chez l'adulte se fait 9 fois sur 10 vers la
guérison complète, (mais seulement une fois sur 10 chez le nouveau-né). Pour
le virus de l‟hépatite C (HCV), l‟évolution vers la chronicité survient dans
70% à 80% des cas, avec le risque à terme de cirrhose et de cancer primitif du
foie.
La différence entre infection latente et chronique n‟est toutefois pas absolue, et dépend
encore de l‟état immunitaire de l‟hôte. Ainsi chez l‟immunodéprimé, une infection
théoriquement latente à herpèsvirus peut se transformer en infection chronique, avec
excrétion prolongée de virus.

22
2. DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE DES INFECTIONS VIRALES

2.1. Les deux approches diagnostiques des infections virales

Le diagnostic virologique repose, comme le diagnostic bactériologique, sur 2
approches (fig. 1) : * le diagnostic direct, décelant dans les produits biologiques la
présence du virus ou de ses composants, antigènes ou génomes viraux ;
* le diagnostic indirect, décelant l'apparition dans le sang d‟une réponse immunitaire
sous forme d'anticorps spécifiques du virus. Ces deux approches ne s'excluent pas et
sont parfois complémentaires.

Diagnostic indirect Diagnostic direct

Figure 1 : Les 2 approches du diagnostic virologique

Indiquons d'emblée que recherche d'antigènes et recherche d'anticorps utilisent des

réactions antigène-anticorps au mécanisme identique, la différence venant de l'origine
des composants de la réaction. Dans le diagnostic direct, on recherche, à l‟aide
d‟anticorps de référence (souvent monoclonaux) contenus dans la trousse de réactifs, la
présence éventuelle dans les produits biologiques d'antigènes viraux correspondants.
En revanche, dans le diagnostic indirect, on recherche, à l‟aide d‟antigènes viraux de
référence contenus dans la trousse de réactifs, la présence éventuelle dans le sang
d'anticorps antiviraux correspondants.

2.2. Diagnostic direct

Diverses techniques sont utilisables.

2.2.1. Microscopie électronique

Elle recherche des particules virales ; elles ne sont décelables qu‟en concentration
suffisante dans les prélèvements examinés (106 par mL), seuil rarement atteint en
dehors des diarrhées virales ou des liquides de vésicules. Ce défaut de sensibilité,
ajouté à la lourdeur de la technique, fait que la microscopie électronique ne peut pas
être considérée comme une approche diagnostique. .

23
2.2.2. Isolement viral
C‟est une technique classique au cours de laquelle les virus présents dans un
échantillon se multiplient dans une culture cellulaire in vitro, réalisée avec des cellules
dites « permissives » (capables de subir un cycle replicatif complet du virus en
question), à l‟instar des cultures bactériennes en bouillon ou sur gélose. La
multiplication virale qui suppose plusieurs cycles de réplication demande quelques
jours, voire quelques semaines. Tous les virus ne se multiplient pas en culture de
cellules in vitro et il n‟existe pas un type de culture polyvalent, de sorte que pour
ratisser au plus large, le laboratoire doit recourir à plusieurs types de cultures
cellulaires.
Dans les cas les plus évidents, la multiplication virale se traduit par un effet
cytopathique (ECP). C'est le témoin, visible en microscopie optique, de la
multiplication lytique du virus. Les cellules dans les cultures in vitro (qui sur le support
de verre ou de plastique, apparaissent normalement plates, confluentes, peu
réfringentes) s'arrondissent, deviennent réfringentes et se détachent du support dans le
milieu de culture ; certains virus induisent l'apparition de syncytiums par fusion de la
membrane cytoplasmique de cellules voisines, de proche en proche. Cet aspect de
l'ECP peut donc être plus ou moins évocateur d'un virus ou d'une famille virale..

L‟isolement en culture de cellules in vitro est fastidieux, mais il garde l‟avantage de

produire des virus infectants, utiles pour certaines caractérisations ultérieures comme la
capacité de multiplication ou la détermination de la concentration inhibitrice d‟un
antiviral (antivirogramme). Lorsque l'ECP est tardif ou lorsqu'il est absent, on peut être
conduit à rechercher dans des cultures apparemment normales un antigène viral ou des
génomes viraux (ou plus rarement une activité enzymatique spécifique comme une
activité transcriptase inverse par exemple) (fig. 2). Cette approche est notamment
utilisée dans le cadre des cultures rapides, où l‟on recherche un antigène viral précoce
après 24h d‟inoculation d‟un prélèvement sur une culture cellulaire.

2.2.3. Détection rapide d‟antigène viral directement dans les produits biologiques
Ce diagnostic direct pratiqué à l'aide d'anticorps souvent monoclonaux est très
largement utilisé car c'est une technique rapide, évitant les aléas de la culture cellulaire
in vitro, pouvant de surcroît s‟appliquer à des virus impossibles à cultiver.
* L‟immunocytodiagnostic sur un prélèvement cellulaire (sécrétions
muqueuses, frottis de lésion, sang ou biopsie) consiste en la recherche de
matériel viral dans le cytoplasme ou le noyau en immunofluorescence ou
immunoperoxydase. Les anticorps antiviraux sont directement marqués ou
reconnus par un deuxième anticorps conjugué à un fluorochrome ou à une
enzyme catalysant une réaction colorée (fig. 3). Les applications les plus
24
 fréquentes de ce type de diagnostic sont la recherche d‟antigènes de virus
respiratoires dans les sécrétions nasopharyngées et la recherche d‟antigène du
CMV dans les polynucléaires (antigénémie CMV).

Figure 3 : Détection d’antigènes

* La détection d'antigènes solubles (indépendants de tout support cellulaire)

dans les produits pathologiques liquides ou extraits liquides, s‟effectue selon
plusieurs techniques :
- technique ELISA où la réaction antigène-anticorps implique une
adsorption de réactifs sur le fond d'un puits en plastique, puis une
réaction enzymatique colorée dans le liquide du puits (Enzyme-
Linked Immuno Sorbent Assay) ;
- immunodiffusion sur bandelette de papier ou immunofiltration
("savonnette") ;
- test au latex où une suspension de particules de latex enrobées
d'anticorps antiviraux est mélangée à un extrait liquide de produits
biologiques ; les particules de latex vont se trouver agglutinées par
l'intermédiaire de l'antigène viral correspondant, et à l‟œil nu, la
suspension de particules de latex, d'homogène va devenir
granuleuse. Les applications les plus fréquentes de ce type de
diagnostic sont la recherche dans le sang des Ag HBs du HBV et
p24 du HIV, ou la recherche d‟antigènes de rotavirus dans les
selles.

2.2.4. Détection des génomes viraux directement dans les produits biologiques
Comme l‟approche précédente, elle est applicable a priori à tous les virus, notamment
à des virus difficiles ou impossibles à isoler. Elle repose sur l'hybridation d‟une sonde
nucléique spécifique (complémentaire d'un segment d'acide nucléique viral connu)
avec les acides nucléiques du virus correspondant éventuellement présents dans le
produit biologique.
Cette réaction d'hybridation peut se faire directement sur les produits biologiques ou
après amplification in vitro de la séquence nucléique virale par réaction de
polymérisation en chaîne (PCR). La PCR (dont il existe diverses variantes) a
révolutionné le diagnostic virologique en raison de sa sensibilité, de sa spécificité, de
son automatisation.
Elle a cependant quelques inconvénients : sa sensibilité extrême expose au risque de
contamination d'un échantillon à l'autre entre malades différents, tandis que sa
spécificité expose au risque de méconnaître les variants génétiques d'un virus.
25
Une approche quantitative de la PCR a maintenant supplanté les techniques initiales, qui
étaient uniquement qualitatives. Cette quantification est cruciale :
* pour affiner la valeur prédictive d‟une détection d‟un virus vis à vis d‟une
maladie liée à ce virus ;
* pour suivre l‟évolution - spontanée ou sous traitement - d‟une infection
virale, aiguë ou chronique.
L‟approche quantitative la plus utilisée aujourd‟hui est celle de la « PCR en temps réel »,
dont le principe est de regarder à quel cycle d‟amplification va apparaître un signal
détectable. Plus ce « cycle threshold » (CT) est bas, plus il y avait de cibles moléculaires dans
l‟échantillon au départ, ce qui équivaut donc à une charge virale élevée. Une gamme étalon
est associée à la série où sont testés les échantillons, permettant à l‟appareil de calculer, par
régression linéaire logarithmique, la charge virale en fonction des CT observés.
Des approches « syndromiques » utilisant ces techniques moléculaires sont également
développées, avec différentes génomes viraux détectées de façon simultanée
(techniques « multiplex ») et choisies selon le type de l‟atteinte clinique ou du terrain.
Des kits adaptées à des atteintes respiratoires, neuro-méningée, digestives sont ainsi
disponibles, comme d‟autres adaptées au suivi des sujets greffés.
Les techniques des biopuces, permettant de rechercher par hybridation les génomes
d'une très grande diversité de virus, grâce à des sondes spécifiques fixées sur un
support microscopique, risquent de s‟implanter dans un avenir plus ou moins proche
dans les laboratoire, mais restent aujourd‟hui encore expérimentales

2.3. Diagnostic indirect

2.3.1. Principe
Il consiste à rechercher dans le sérum la présence d‟anticorps spécifiques d‟une
infection virale, au moyen d‟antigènes viraux. La détection peut être qualitative ou
quantitative et porter sur les anticorps totaux, sur les IgG ou sur les IgM théoriquement
spécifiques d‟une primo-infection. Elle peut se faire sur un seul prélèvement, ou sur
deux sérums consécutifs afin de mettre en évidence une séroconversion (anticorps
absents dans le premier sérum et détectables dans le second) ou une augmentation
significative du titre des anticorps.
La seule présence d'IgG spécifiques dans un sérum unique signifie trace immunitaire
de l‟infection mais ne permet pas de dater cette infection. En effet un titre élevé ne
signe pas une infection récente chez un individu donné, tant est grande la variabilité
individuelle de la réponse immunitaire humorale, en termes de rapidité, de niveau
d‟anticorps et de persistance. Cela étant, la seule présence d'IgG spécifiques dans un
sérum constitue une information suffisante pour le praticien, en cas d'infection
chronique telle qu'une infection par le HIV ou le HCV ou pour déterminer si le patient
est protégé vis-à-vis du virus correspondant (titre d'anticorps anti-HBs  10 unités
internationales par mL pour protéger vis-à-vis du virus de l‟hépatite B).
Des techniques plus fines peuvent enfin rechercher un “profil d‟anticorps” dirigés
spécifiquement contre certains antigènes viraux, ce qui peut être utile dans certains cas
pour confirmer une infection, ou pour essayer de la dater.

2.3.2. Principales techniques utilisés

Toutes utilisent une réaction de type antigène/anticorps, dans laquelle l‟antigène viral est
apporté par le réactif de détection, et l‟anticorps présent ou non dans le sérum testé.

26
[Link]. Les techniques de type ELISA
Cette technique est de loin la plus utilisée. L‟utilisation de supports en plaque 96 puits,
sur lesquels sont fixés les antigènes viraux, permet la réalisation standardisée et
automatisée de grandes séries, avec un coût réduit et une grande fiabilité (fig. 4).

1 2 3 4

substrat réaction colorée

Puits + Sérum + Anti-Ig conjuguée

Réaction enzymatique colorée
Antigène (Ag) Anticorps (Ac)

Figure 4 : Technique ELISA : principe

[Link]. Les techniques d‟immunofluorescence

Ces techniques utilisent comme source d‟antigènes viraux des cellules infectées, fixées
sur des puits de lames pour immunofluorescence (fig. 5). Elles sont moins utilisées car
plus délicates à réaliser, avec une lecture au microscope plus ou parfois difficiles
d‟interprétation.

Figure 5: Immunofluorescence : principe

27
 1 2 3
4
UV

Microscope

Cellule infectée fixée Sérum + Ac Anti-Ig conjuguée

à fluorescence

[Link]. Les techniques de type immunoblot (ou Western blot)

Ces techniques permettent de déterminer un profil anticorps, caractérisant la présence dans
le sérum d‟anticorps dirigés spécifiquement contre différents types d‟antigènes viraux.
Elles sont surtout utilisées dans un deuxième temps, après un premier dépistage positif
(ou douteux) par ELISA, pour confirmer l‟infection par le HIV (Western Blot HIV).
Le principe du Western blot traditionnel, utilisant des protéines natives, est schématisé
dans la figure 6.

3 Sérums à tester 2 Transfert 1

Migration d’un extrait
protéique provenant de
cellules infectées.

Figure 6 : Western Blot : principe

Les fabricants de tests diagnostiques fournissent au laboratoire des bandelettes prêtes à

l‟emploi, sur lesquelles sont déjà fixés les antigènes viraux, d‟origine cellulaire ou
recombinante, voire de simples peptides spécifiques des épitopes viraux devant être
reconnus.

28
2.3.3. Avantages et limites du diagnostic indirect
Les avantages de cette approche diagnostique sont essentiellement :
* la simplicité de collecte du prélèvement et de sa conservation,
* le caractère standardisé et automatisable des techniques de type ELISA,
expliquant * le faible coût et la possibilité de réaliser de grandes séries.
En revanche, ce diagnostic souffre de limites importantes, dont les principales sont :
* le délai d‟apparition des anticorps après une infection aiguë (définissant la
“fenêtre sérologique”), plus ou moins longue selon le virus infectant et le
niveau d‟immunocompétence de l‟hôte ;
* le manque de fiabilité de certaines sérologies chez l‟immunodéprimé ;
* la difficulté d‟interprétation des tests sérologiques chez un patient transplanté
ou ayant reçu des produits d‟origine sanguine, à cause du risque d‟un passage
passif d‟anticorps dans ces circonstances. Cette dernière limite est à rapprocher
du cas du fœtus ou nouveau-né, chez qui la présence d‟IgG n‟a pas de
signification, en raison du passage de la barrière placentaire par les anticorps
maternels ;
* ces techniques ne sont pas adaptées au diagnostic des réactivations (observées
notamment au cours des infections herpétiques) ou réinfections virales car ces
atteintes ne s‟accompagnent pas toujours d‟une augmentation du taux des
anticorps ;
* le sérodiagnostic peut enfin être faussement positif du fait de réactions croisées
entre les membres d'une même famille virale ou du fait que certains virus sont
capables de déclencher par stimulation polyclonale B des réactions
immunitaires très larges, non spécifiques.

Pour toutes ces raisons, le diagnostic direct revêt souvent une importance majeure, et doit
être privilégié lorsqu‟il est réalisable, notamment en cas d‟infection aiguë.

2.4. Les techniques rapides d’orientation diagnostique (TROD).

L‟accès large au dépistage et à l‟accès aux soins est un enjeu majeur, notamment pour
certaines populations à risque mais tenues à l‟écart, pour différentes raisons, des systèmes
de santé. Ces populations sont entre autres, les migrants, les toxicomanes ou les personnes
démunies socialement et/ou dépourvues de protection sociale. Des tests rapides ont ainsi
été conçus pour augmenter l‟efficacité du dépistage sur ces populations. Ces TROD sont
également utiles dans les pays en voie de développement, dans les services d‟urgence ou
dans les CDAG.
Ces tests reposent essentiellement sur des systèmes immuno-chomatographiques unitaires
(bandelette ou savonettes) utilisables sur sérum mais aussi sur sang capillaire (voire pour
certaines cibles sur liquide salivaire), permettant d‟obtenir un diagnostic immédiatement,
sans nécessité d‟une structure de laboratoire. Les principales infections ciblées par ces
dispositifs sont l‟infection par le VIH (détection rapide d‟Ac anti VIH), le VHC (détection
rapide d‟Ac anti-VHC) ou le VHB (détection rapide de l‟Ag HBs). Les performances de
ces tests, en général légèrement inférieurs à celles des tests de référence, doivent être
évaluées et validées avant utilisation, et tout diagnostic positif porté par un TROD doit être
confirmé par un test classique.

29
d'adénopathies inguinales, parfois d'une rétention d'urine, et même de méningite à
liquide clair. Comme pour toute IST, la fréquence de l'herpès génital augmente avec le
nombre de partenaires sexuels.
Les récurrences qui frappent certaines personnes, sous forme de poussées d'herpès
génital récidivant, sont moins intenses que la primo-infection, mais restent cependant
douloureuses. Il peut aussi exister une excrétion asymptomatique intermittente de virus
rendant la personne potentiellement contagieuse, même en l'absence de lésions. L'herpès
génital récidivant facilite la contamination sexuelle par le HIV, comme toute affection
génitale ulcérative. A noter que le HSV-2 peut aussi être responsable de la méningite
multirécurrente bénigne de Mollaret.

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