Université des Frères Mentouri - Constantine 1

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie

Département de Microbiologie
Filière : Microbiologie
Niveau : 3ème année Licence
Matière : Systématique bactérienne
Enseignante responsable de TP : Dr. GACI M.
Année universitaire : 2023-2024

TP : Identification phénotypique des entérobactéries

1. Introduction
Les entérobactéries sont une famille très hétérogène pour ce qui est de leur pathogénie et de
leur écologie. Ils sont en général des hôtes normaux ou pathologiques du tube digestif de l’homme ou
des animaux et pathogènes aussi pour les plantes ; d’autres ont une importance industrielle. Les espèces
qui composent cette famille sont en effet soit parasites (Shigella, Yersinia pestis), soit commensales
(Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella sp.), soit encore saprophytes (Serratia
sp., Enterobacter sp.).

2. Objectif
A ce titre, l’objectif de ce TP sera d’identifier quelques espèces bactériennes appartenant à la
famille des Enterobactériaceae

3. Méthodologie
Certains caractères doivent impérativement être vérifiés pour affirmer qu'il s'agit d'une
entérobactérie ; la galerie minimale pour faire le diagnostic de famille comportera obligatoirement :
• 1 gélose nutritive : caractères culturaux, tinctoriaux (coloration différentielle) et recherche de
l'oxydase ainsi que de la catalase ;
• 1 milieu Viande-Foie : étude du type respiratoire
• 1 milieu Hugh-Leifson : étude de la voie d'attaque du glucose ; ou métabolisme glucidique sur Galerie
API 20E.
• 1 Bouillon nitrate (ou 1 mannitol-mobilité-nitrate) : pour l'étude de la réduction des nitrates en nitrites.

3.1. Tests d’orientations

3.1.1. Caractères culturaux
Pour décrire les caractères culturaux on doit cultiver la bactérie à identifier dans des milieux
ordinaires et enrichis tels que : la gélose nutritive (GN), la gélose au sang, les milieux chromogènes
etc…
L'aspect des colonies dépend du milieu utilisé, de la durée et de la température d'incubation. Il
ne pourra être décrit convenablement qu'à partir de colonies bien isolées.
La description des colonies doit mentionner plusieurs éléments :

L3 Microbiologie 1 Systématique bactérienne

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- La taille, la forme, l’aspect de la surface, l’opacité, la consistance, la couleur (pigmentation),

l’odeur (une odeur caractéristique peut être présente).

Principaux types de colonies

En rassemblant les critères précédemment cités, trois sortes de colonies peuvent être distinguées :
- colonies S (de l'anglais Smooth - Lisse) : colonies à surface lisse et bords réguliers, bombées, de
consistance crémeuse et donnant des suspensions homogènes
- colonies R (de l'anglais Rough - Rugueux) : colonies à surface rugueuse et bords dentelés, plates, de
consistance sèche et donnant des suspensions hétérogènes
- colonies M (= Muqueuse) : colonies à surface lisse et bords réguliers, bombées, filantes sous l'anse,
et donnant des suspensions hétérogènes.
Divers intermédiaires sont possibles : par exemple SR, parfois appelés I (intermédiaire). Le passage
d’une forme à l’autre peut être observé après plusieurs repiquages. Il est dû à une mutation portant sur
la synthèse d’un des constituants de la paroi bactérienne.

3.1.2. Caractères tinctoriaux

La coloration différentielle est l’une des premières étapes du processus d’identification d’une
bactérie. La majorité des bactéries sont soit à Gram positif, soit à Gram négatif. D’autres colorations
différentielles, telles que la coloration acido-alcoolo-résistante, peuvent servir à identifier des
microorganismes appartenant à des groupes plus restreints.
La coloration de Gram est une méthode de coloration permet de classer les bactéries en deux
grands groupes (selon le Gram) ; elle apporte aussi des informations sur les formes des bactéries et
leur mode de regroupement.
Protocole
 Préparer un frottis d’une culture bactérienne pure en suivant les étapes ci-dessous :
1. Choisir une colonie
2. Prélever une quantité infime de cette colonie
3. Etaler cette quantité sur une lame contenant une goutte d’eau distillée stérile.
4. Sécher par passage rapide sur la flamme du bec Bensen. L’étalement doit être aussi mince
que possible.
 Recouvrir le frottis avec le violet de Gentiane ; laisser agir 1 minute ; rincer à l’eau ;
 Verser du Lugol et laisser agir pendant 1 minute ; rincer à l’eau ;
 Décolorer à l’alcool-acétone, entre 15 et 30 secondes ; rincer à l’eau ;
 Recolorer avec la Fuschine pendant 10 à 30 secondes ; rincer à l’eau ;
 Sécher la lame doucement et observer au microscope à l’objectif *100 à immersion.
Avec cette coloration, les bactéries Gram + apparaissent en violet foncé tandis que les bactéries Gram
– sont colorées en rose.
Il existe de très nombreuses variantes de cette coloration, tant pour les réactifs que pour sa réalisation.
La modification des durées de coloration à quelques secondes selon la concentration est possible.

3.1.3. Recherche de la catalase

La catalase est une enzyme contenant du fer, qui catalyse la décomposition du peroxyde
d’hydrogène (H2O2) en eau et en oxygène.
L3 Microbiologie 2 Systématique bactérienne
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H 2O 2 H2O + 1/2 O2
La recherche de la catalase est un test fondamental pour l'identification des bactéries à Gram
positif. Presque toutes les bactéries à Gram négatif sont catalase +.

Réactif Technique Résultats

-déposer une goutte d’eau

oxygénée sur une lame
- émulsionner directement Catalase + : il y a dégagement d’oxygène
une partie de la colonie provenant de la dégradation d’H2O2.
prélevée avec une anse de
platine
Eau
oxygénée à - Observer l’apparition de
10 volumes bulles Catalase - : Absence de dégagement d’oxygène
- On peut également verser
1ml d’eau oxygénée dans
une culture de 24 H en
bouillon ou sur une gélose
inclinée.

3.1.4. Recherche de l’oxydase

Ce test permet de détecter un type particulier de chaîne respiratoire, qui comporte en fin de
chaîne un cytochrome c et l’oxydase associée. La recherche de l'oxydase est un test fondamental pour
l'identification des bacilles à Gram négatif.

Réactif Technique Résultats

Est disponible : Test réalisé à partir du réactif

reconstitué ou prêt à l’emploi
 En poudre. On
en prépare une Déposer sur une lame propre un Oxydase + : Apparition d’une
solution à 1% disque de papier filtre, coloration rose/violette.
l’imprégner d’une goutte de Oxydation du réactif
 En disques réactif. Prélever une colonie
imprégnés de isolée avec une pipette
réactif stabilisé Pasteur boulée et l’écraser sur le
disque pendant une dizaine de
secondes.
Observer immédiatement.
 Prêt à l’emploi
en flacon Test réalisé avec un disque
compte-gouttes. imprégné

L3 Microbiologie 3 Systématique bactérienne

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Déposer un disque imprégné de Oxydase - : Absence de

réactif sur une lame, l’imbiber coloration rose/violette.
avec une goutte d’eau distillée Absence d’oxydation du
stérile. Prélever une colonie réactif
isolée avec une pipette
Pasteur boulée et l’écraser sur le
disque pendant une dizaine de
secondes.
Observer immédiatement.

3.1.5. Type respiratoire

Etudier le type respiratoire d’une bactérie, c’est définir ses rapports avec le dioxygène, certaines
ne peuvent vivre qu’en sa présence, d’autres qu’en son absence, d’autres encore y sont indifférentes.
On utilise un milieu de culture riche : la gélose viande-foie (VF) dans lequel on crée un gradient
de concentration en O2 (pression partielle), pour cela :
 Porter le milieu à 100 °C pendant 30 min ;
 Refroidir le milieu à 45 °C, le bouchon est légèrement dévissé pour permettre à l’O2 de se
réintroduire dans la gélose ;
 Ensemencer en plongeant la pipette Pasteur fermée au fond du tube et la remontter en décrivant
des spirales serrées ;
 Solidifier la gélose en portant le tube sous l’eau courante ;
 Etuver les tubes avec bouchon légèrement dévissé pendant 24 H à 37 °C.
 Après incubation les résultats se manifestent de la façon suivante :
1 2 3 4 5 Tube 1 (Aérobies stricts) : Les bactéries se développent
uniquement en surface. La croissance a lieu seulement là où
une forte concentration de molécule d’O2 a diffusé dans le
milieu.
 Tube 2 (Anaérobies stricts) : Les bactéries se
développent uniquement en profondeur. La croissance a lieu
seulement là où il n’y a pas de molécules d’O2.
 Tube 3 (Aérobies anaérobies facultatifs) : Les bactéries
pouvant se développer en présence ou en absence d’oxygène,
elles se répartissent dans l’ensemble du tube ; la croissance
est meilleure en surface. La croissance est donc optimale là où la concentration de molécules
d’O2 est la plus élevée.
 Tube 4 (Microaérophiles) : Les bactéries se développent dans des zones où la concentration
en oxygène est faible mais non nulle. Elles ne se développent pas à la surface, riche en O2, ni
en profondeur. La croissance a lieu seulement là où une faible quantité de molécules d’O2 a
diffusé dans le milieu.

L3 Microbiologie 4 Systématique bactérienne

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 Tube 5 (Anaérobies aérotolérants) : Les bactéries se développent dans l’ensemble du tube,

leur croissance n’est pas meilleure en surface, elle est uniforme partout dans le tube car ils sont
seulement capables de fermentation. La molécule d’O2 n’a aucun effet.

3.1.6. Réduction des nitrates

La réduction des nitrates se recherche habituellement par la mise en évidence de nitrites dans
une culture en bouillon nitraté, dans un milieu mannitol mobilité ou cupule glucose de la galerie Api
20E. Ce test permet de détecter si la bactérie est capable de réduire le nitrate. Elle peut utiliser les nitrates de
deux façons :

- Réduction des nitrates en nitrites : C’est la réduction assimilatrice

NR B : nitrate réductase de type B

NO3- + 2H+ + 2e- NO2- + H2O

- Réduction des nitrates en azote : C’est la respiration des nitrates en anaérobiose
NR A : nitrate réductase de type A
On cultive la bactérie pendant un ou plusieurs jours dans du bouillon nitraté par exemple,
ensuite on ajoute à la culture 2 à 3 gouttes du réactif 1 (l'acide sulfanilique) et 2 à 3 gouttes du réactif
2 (l'alpha-naphtylamine), ces réactifs se combinent à tout nitrite présent pour former un colorant rouge
azoïque.
En l’absence de nitrites, on va rechercher la disparition des nitrates par addition de zinc : en
effet le zinc réduit les nitrates en nitrites.

Les réactifs des nitrites sont toujours présents. Deux cas sont possibles :
 Coloration rouge : les nitrates encore présents dans le milieu ont été réduits en nitrites par le
zinc et ont réagi avec les réactifs, la nitrate réductase est donc négative.
 Pas de coloration rouge : au contraire les nitrates du milieu ont été réduits par les bactéries, et
l’addition de zinc ne peut produire de nitrites. La nitrate réductase est donc positive jusqu’au
stade azote.

3.1.7. Mise en évidence de la voie d'attaque du glucose (voie fermentative ou voie oxydative)

Cette étude nécessite un milieu dans lequel l’action de l’oxygène (de l’air) peut être testée,
contenant le glucose et un indicateur de pH permettant de visualiser l’attaque. Il est conditionné en
tube. Parfois, deux tubes sont utilisés, l’un étant recouvert de vaseline empêchant l’entrée de l’air. Ces
milieux sont, en général, soit le milieu Hugh et Leifson, soit le milieu CTA, soit le milieu MEVAG
(Milieu d’Etude de la Voie d’Attaque des Glucides).

Dans ce TP on a choisi le milieu Hugh et Leifson (HL)

- Régénérer le milieu au bain-marie bouillant pendant 20 min. Attendre le refroidissement à 45-

50 °C.

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- Ajouter stérilement, si ce n'est pas déjà fait, dans le tube une solution de glucose de façon à
obtenir une concentration finale de 10 g/L
- Homogénéiser et solidifier en mettant les tubes sous un filet d'eau froide.
- Ensemencer par piqûre centrale à l'aide d'une pipette Pasteur ou d'un fil droit chargé de culture.
- Etuver à 37 °C en ne revissant pas complètement le bouchon.
- Lire les résultats après 24 H d’incubation ou plus, pour les bactéries oxydatives ou
fermentatives à croissance lente.

Résultats
virage au jaune de - virage au jaune du BBT - virage du BBT au bleu en
l’indicateur de pH bleu de seulement en surface du tube surface
bromothymol (BBT) dans
tout le milieu ou en - acidification uniquement - alcalinisation en surface :
profondeur en aérobiose pas d’utilisation du glucose
mais des peptones
- acidification de tout le - bactéries oxydatives du
milieu ou acidification en glucose - bactéries inactives vis-à-vis
profondeur du glucose (alcalinisantes)

- bactéries fermentatives du
glucose

L’utilisation du glucose signifie donc que la bactérie possède :

-la capacité de faire pénétrer à l’intérieur du cytoplasme le glucose grâce à la perméase, ou ses produits
d’hydrolyse en cas d’hydrolyse extra-cytoplasmique.
-les enzymes assurant son hydrolyse.

3.1.8. La mise en évidence de la mobilité bactérienne

La mobilité bactérienne se recherche habituellement dans un milieu mannitol mobilité ou par
un examen à l’état frais.
Le milieu mannitol-mobilité est utilisé pour l’identification des entérobactéries. Il contient le
rouge de phénol comme indicateur de pH. Du fait de la faible teneur en agar du milieu, les bactéries
mobiles peuvent s'y déplacer. Cependant les bactéries aérobies strictes ne cultivant pas dans la
profondeur, leur mobilité ne pourra pas être lue).

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Technique Résultats
 Mannitol + : Virage au jaune du Rouge de Phénol.
Acidification. Fermentation du mannitol

 Mannitol - : Absence de virage du Rouge de Phénol

Ensemencer le milieu par
au jaune. Absence d’acidification
piqûre centrale
Incuber pendant 24 à 48 H à  Mobile : Culture dans toute la gélose (trouble).
37 °C Diffusion de la souche à partir de la piqûre

 Immobile : Culture le long de la piqûre seulement.

Pas de diffusion de la souche

Une fois les tests d’orientation des entérobactéries sont effectués, la prochaine étape de
l’identification est l’utilisation d’une grande variété de tests et de milieux de différenciation pour
séparer les différents genres dans les deux grands groupes d’entérobactéries. En raison de la proximité
génétique des entérobactéries, leur identification sans équivoque présente souvent une difficulté
considérable. La séparation des genres en se basant sur les caractères phénotypiques doit être
considérée comme approximative. L’emploi des méthodes moléculaires pour une identification
complète est nécessaire.
Dans ce présent travail pratique, l’indentification est basée sur l’analyse d’un nombre de tests qui vont
être réalisés en utilisant un kit miniaturisé de diagnostic rapide : La galerie API 20E.

3.2. Tests de différentiation

Exemple des galeries d’identification biochimique API®

La galerie API® (Appareillage et Procédé d’Identification) a révolutionné la microbiologie

quand elle a été lancée sur le marché en 1979, la société Biomérieux développa ces galeries qui sont
un ensemble de tubes prêts à l’emploi permettant la réalisation simple et rapide de tests biochimiques
(étude de la fermentation de divers glucides, auxanogramme, recherche directe d’une enzyme…)
miniaturisés permettant l’identification de certaines bactéries.

Les différents types de galeries

Il existe des systèmes de tests API particuliers pour les entérobactéries, pour les streptocoques
et pour les bactéries anaérobies…etc. Le tableau suivant résume tous les types.

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Gram (-) rods

API® 20E Identification of Gram (-) rods in 18-24 hrs
RapID 20E Rapid identification of enterobacteriaceae in 4 hrs
®
API 20 NE Identification of non-enteric Gram (-) rods in 24-48 hrs
®
API 10 S Simplified identification of Gram (-) rods in 18-24 hrs
Yeasts
®
API Candida Identification of yeasts found in clinical infections in 18-24 hrs
®
API 20 C AUX Identification of yeasts in 24-48 hrs
Staphylococci
®
API Staph Identification of staphylococci and micrococci in 18-24 hrs
Streptococci
®
API 20 Strep Identification of streptococci and related bacteria in 4 or 24 hrs
Anaerobic bacteria
®
API 20 A Identification of anaerobes in 24-48 hrs
Other bacterial groups
®
API Coryne Identification of corynebacteria and coryneform bacteria in 24 hrs
®
API Listeria Identification of Listeria species in 24 hrs
®
API NH Identification of Neisseria, Haemophilus and B. catarrhalis in 18h to 24
hrs
®
API Campy Identification of Campylobacter in 24 hrs
®
API 50 CH “Research’’ strip (metabolism of carbohydrates)

La galerie API 20E

La première galerie API mise au point fut la galerie API 20E. Elle était destinée à
l’identification des entérobactéries, elle comporte des micro-tests permettant de déterminer des
caractères biochimiques de la souche à identifier. C’est une série de petits tubes, nommés tubules,
correspondant chacun à un test biochimique spécifique. Chaque tubule est ouvert à son extrémité
supérieure par une cupule pouvant être remplie, ou non, de liquide afin de placer le tube dans des
conditions particulières. Chaque tube contient un substrat défini (ONPG, ADH, GEL...) et avec lequel
les micro-organismes réagissent différemment.

La galerie API 20E avant encensement

- ONPG : Ce test permet de rechercher la présence d'une enzyme intracellulaire β-galactosidase

(ONPG hydrolase) qui permet l'hydrolyse du lactose en glucose et galactose.

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- ADH : Ce test permet la recherche de l’enzyme Arginine Dihydrolase reponsable de l’hydrolyse de

l’acide aminé arginine en ammonium ; l’alcalinisation du milieu est révélée par un virage de
l’indicateur de pH.

- LDC et ODC : Les décarboxylases bactériennes sont des enzymes qui catalysent les réactions
de décarboxylation des acides aminés. Elles sont mises en évidence grâce aux produits alcalins
formés (amines) détectés à l'aide d'un indicateur de pH. Ces enzymes ont un intérêt pour
l'identification bactérienne (différenciation des entérobactéries et autres bacilles à Gram négatif).

- CIT : Seules les bactéries possédant une citrate perméase peuvent utiliser le citrate comme seule
source de carbone. La lecture de l’utilisation du citrate comme seule source de carbone est possible
grâce à la présence d’un indicateur de pH (le bleu de bromothymol) et un seul composé carboné
(citrate de sodium).

- H2S : La mise en évidence de la production d'H2S se fait grâce à la présence de thiosulfate de sodium
et de citrate ferrique (fer III). En effet, chez une souche dite H2S positif, le thiosulfate est réduit en
anaérobiose en H2S. L'H2S formé se combine avec citrate de fer présent pour former un précipité
de sulfure de fer noir.

- URE : L’uréase est une enzyme hydrolysant l’urée. Dans le cas d’une uréase positive, la coloration
rouge se traduit par une alcalinisation du milieu suite à l'hydrolyse de l'urée et la formation du
carbonate d'ammonium. Si le milieu persiste orange cela signifie qu’il n’y ait pas d’alcalinisation
et le test est alors négatif.

- TDA : On recherche une enzyme, la Tryptophane Désaminase, en mettant en évidence la

désamination du tryptophane en acide indole-pyruvique et NH3, révélé par un précipité brun
caractéristique après ajout du chlorure de fer.

- IND : Après addition du réactif de Kovacs dans la cupule, le diméthyl-amino-4-benzaldéhyde

contenu dans le réactif de Kovacs réagit avec l'indole, produit de l'activité de la tryptophanase, et
forme un composé coloré en rouge.

- VP : Ce test permet la détection de la capacité d’une bactérie de former de l’acétoïne, 10 minutes

après l’ajout des réactifs VP1 et VP2, une coloration rose ou rouge est observée dans le cas positif.

- GEL : Ce test permet la recherche de l’enzyme gélatinase présente dans certaines bactéries qui ont
la faculté d’hydrolyser la gélatine à laquelle sont incorporées des particules de charbon dans les
cupules, et qui sont libérées après sa dégradation donnant une couleur noir.

- GLU : On recherche l'utilisation (par voie oxydative ou fermentative) du glucose, se traduisant par
une modification du pH du milieu faisant virer l'indicateur coloré de pH présent.

- MAN : On recherche l’utilisation du mannitol, se traduisant par une modification du pH du milieu

faisant virer l’indicateur coloré de pH présent.

- INO : On recherche l’utilisation de l’inositol, se traduisant par une modification du pH du milieu

faisant virer l’indicateur coloré de pH présent.

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- SOR : On recherche l’utilisation du sorbitol, se traduisant par une modification du pH du milieu

faisant virer l’indicateur coloré de pH présent.

- RHA : On recherche l’utilisation du rhamnose, se traduisant par une modification du pH du milieu

faisant virer l’indicateur coloré de pH présent.

- SAC : On recherche l’utilisation du saccharose, se traduisant par une modification du pH du milieu

faisant virer l’indicateur coloré de pH présent.

- MEL : On recherche l’utilisation du mélibiose, se traduisant par une modification du pH du milieu

faisant virer l’indicateur coloré de pH présent.

- AMY : On recherche l’utilisation de l’amygdaline, se traduisant par une modification du pH du

milieu faisant virer l’indicateur coloré de pH présent.

- ARA : On recherche l'utilisation d’arabinose se traduisant par une modification du pH du milieu

faisant virer l'indicateur coloré de pH présent.

- OX : La recherche de l’oxydase constitue le 21ème test d’identification qui doit être rajouté à la fiche
de lecture de la galerie, c’est une enzyme caractéristique du métabolisme respiratoire aérobie,
responsable de la réduction de l’O2.

INOCULATION DE LA GALERIE

a- Préparation de la galerie API 20E

 Réunir fond et couvercle d’une boîte d’incubation et répartir de l’eau dans les alvéoles (avec
une micropipette) pour créer une atmosphère humide.
 Inscrire les références de la souche bactérienne sur la languette latérale de la boîte (+ date et
initiales de l’étudiant).
 Déposer la galerie dans la boîte d’incubation.

b- Préparation de l’inoculum

 Ouvrir une ampoule de « Suspension Medium » ou un tube

d’eau distillée stérile.
 Avec la pipette Pasteur, prélever une seule colonie bien
isolée sur milieu gélosé.
 Réaliser une suspension bactérienne en homogénéisant
soigneusement les bactéries dans le milieu (Opacité 0.5 sur
l’échelle Mc Farland).

c - Inoculation de la galerie API 20E

 Avec la suspension bactérienne et la micropipette ayant servi au prélèvement, remplir

tubules et cupules des tests CIT VP et GEL .

L3 Microbiologie 10 Systématique bactérienne

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 Remplir uniquement les tubules (et non les cupules) des autres tests.
 Créer une anaérobiose dans les tests ADH, LCD, ODC, URE, H2S en remplissant leur
cupule d’huile de paraffine.
 Refermer la boîte d’incubation et la placer dans l’étuve à 37 °C pendant 18 à 24 heures.

LECTURE DE LA GALERIE

Après incubation, la lecture de la galerie doit se faire en se référant au tableau de lecture dans
la page suivante. La lecture de quelques tests nécessite l’addition des réactifs :
- Pour le test TDA, l’ajout d’une goutte du réactif TDA.
- Pour le test indole, l’ajout d’une goutte de réactif de kovacs.
- Pour le test VP, l’ajout d’une goutte des réactifs VP1 et VP2
- Pour le test GLU et après la lecture du résultat on peut déduire la présence de la nitrate
réductase en ajoutant une goutte des réactifs NR1 et NR2.

QTE
Test Composants actifs Réaction /enzymes Négatif Positif
(mg/cup)
2-nitophényl βD-
ONPG 0.223 β-galactosidase Incolore Jaune (1)
galactopyranoside
ADH L-arginine 1.9 Arginine DiHydrolase Jaune Rouge/orangé (2)
LDC L-lysine 1.9 Lysine décarboxylase Jaune Rouge /orangé (2)
ODC L- Ornithine 1.9 Ornithine décarboxylase Jaune Rouge /orangé (2)
Vert pale
CIT trisodium citrate 0.756 Utilisation de citrate Bleu vert /bleu (3)
/jaune
Incolore Dépôt noir /fin
H2S Sodium thiosulfate 0.075 Production d’H2S
/grisâtre liseré
URE Urée 0.76 Uréase Jaune Rouge /orangé (2)
TDA/ immédiat
TDA L-tryptophane 0.38 Tryptophane Désamynase
Jaune Marron-rougeâtre
JAMES/ immédiat

IND L-tryptophane 0.19 Production d’indole Incolore

vert pâle/ Rose
jaune
VP1+VP2/ 10 min
VP Sodium pyruvate 1.9 Production d’acétoïne Incolore-rose
Rose, rouge (5)
pale
Non Diffusion du
GEL Gélatine 0.6 Gélatinase (Gélatine)
diffusion pigment noir
Fermentation /oxydation bleu /bleu- Jaune
GLU D-glucose 1.9
(Glucose) (4) vert –jaune gris
Fermentation /oxydation bleu /bleu-
MAN D-mannitol 1.9 Jaune
(Mannitol) (4) vert
Fermentation /oxydation bleu /
INO Inositol 1.9 Jaune
(Inosole) (4) bleu-vert
Fermentation/oxydation bleu /
SOR D-sorbitol 1.9 Jaune
(sorbitol) (4) bleu-vert

L3 Microbiologie 11 Systématique bactérienne

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Fermentation/oxydation bleu /
RHA L-rhamnose 1.9 Jaune
(rhamnose) (4) bleu-vert
Fermentation/oxydation bleu /
SAC D-saccharose 1.9 Jaune
(saccharose) (4) bleu-vert
Fermentation /oxydation Bleu /
MEL D-melibiose 1.9 Jaune
(melibiose) (4) Bleu-vert
Fermentation /oxydation Bleu /
AMY Amygdaline 0.57 Jaune
(Amygdaline) (4) Bleu-vert
Fermentation /oxydation Bleu /Bleu-
ARA L-arabinose 1.9 Jaune
(Arabinose) (4) vert
(Voir notice du test
OX Cytochrome-oxydase (Voir notice du test Oxydase)
Oxydase)
(1) Une très légère couleur jaune est également positive
(2) Une couleur orange apparaissant après 36-48 H d’incubation doit etre considérée négative.
(3) Lecture dans la cupule (Zone aérobie)
(4) La fermentation commence dans la partie interieure des tubes, l’oxydation commence dans la cupule.
(5) Une légère coloration rose apparaissant après 10 minutes doit etre lue négative.
 Les quantités indiquées peuvent etre ajustées en fonction des titres des matières premières.
 Certaines cupules contiennent des composants d’origine animale, notamment des peptones.
INTERPRETATIONS DES RESULTATS

1. détermination d u profil numérique

Les tests sont regroupés par triplet de gauche à droite. Un test vaut :

Positif
Négatif
1er du triplet 2ème du triplet 3ème du triplet
0 1 2 4

Il faut ensuite additionner les trois valeurs obtenues pour obtenir le code du triplet (seules huit
valeurs, de 0 à 7, sont possibles). Un code à sept chiffres est obtenu par lecture des codes des triplets
de gauche à droite. Ce code, comparé à ceux référencés dans la base de données gérée par le fabricant,
permet l’identification de la bactérie.

Là où les techniques classiques nécessitaient une à trois semaines, les gammes miniaturisées
permettent l’obtention des résultats sous 18 à 72 heures.

2. Identification
L'identification est obtenue soit par une approche dichotomique, soit par utilisation du codage
API (profil numérique) ou par approche probabiliste utilisant un logiciel d’identification apiweb, en
entrant manuellement au clavier le profil numérique à 7 chiffres.

L3 Microbiologie 12 Systématique bactérienne

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Séance de lecture

L3 Microbiologie 13 Systématique bactérienne