Le monde microbien

Dr Moustapha BABOU
Pharmacien biologiste
Ancien interne des hôpitaux

L1 Sciences Infirmières Et Obstétricales – 9 Aout 2024

 Plan

• Généralités

• Les moyens d’étude des microbes

• Classification des microbes

• Les différents types de microbes

• Conclusion
 Généralités

Définitions

• Microbiologie : sous-discipline de la biologie qui étudie les

micro-organismes et leurs relations avec environnement

• Microbes : c’est un groupe diversifié d’organismes

microscopiques, unicellulaires ou pluricellulaires
 Généralités
Interêt
Médical: responsable de maladies chez l’homme et l’animal (infections
bactériennes, paludisme, SIDA, Mycoses etc.)

Pharmaceutique: production d’antibiotiques (pénicilline par Pénicillium)

Agroalimentaire: fabrication de Yaourt (bactéries), affinage du fromages

(bactéries, moisissures), fermentation alcoolique du vin (levures)

Ecologique: biodégration des végétaux et animaux grace à la putréfaction, le

rancissement etc.
 Généralités
Rappels historiques
• Antonie van Leeuwenhoek (1632-1723) observe et décrit en 1676 des
micro-organismes grâce à un microscope qu’il a lui-même construit. Il
emploie le terme « animalcules »
• En 1798, Jenner introduit le vaccin contre la variole.
• En 1857, Louis Pasteur (1822-1895) démontre que la fermentation du
sucre en acide lactique est due à un micro-organisme
• En 1882, Robert Koch (1843-1910) découvrit l’agent de la tuberculose (le
bacille de Koch
 Généralités
Rappels historiques

• En 1929, Fleming découvre la pénicilline.

• En 1979, de l’insuline recombinante est synthétisée par Escherichia coli.

• En 1982, le vaccin contre l’hépatite B est obtenu par des techniques de

génie génétique.
Moyens d’étude des microbes
Microscope optique (G x10, x40, x100)

Microscope optique
 Moyens d’étude des bactéries
Microscope optique

Bacteries Parasites Levures

 Moyens d’étude des bactéries
Microscope électronique (G x > 10 000 fois)

Bacteries

Microscope
électronique Virus
Parasites
 Classification des microbes

Selon le type d’organisation cellulaire:

• Eucaryotes

• Procaryotes

• Acaryotes
 Classification des microbes

Les Eucaryotes

• Noyau délimité par une membrane nucléaire, (eu = vrai caryon

= noyau)

• Contenant plusieurs chromosomes

• Unicellulaires (Protozoaires, levures, algues) ou

Pluricellulaires (champignons microscopiques: moisissures)
Classification des microbes
 Classification des microbes

Les Procaryotes

• Pas de membrane nucléaire (un chromosome libre dans

cytoplasme)

• Toujours unicellulaires

• Représentés par les bactéries

 Classification des microbes

Schéma simplifié cellule Cellule procaryote; ex

procaryote bactéries
 Classification des microbes
Les Acaryotes

• Organisation rudimentaire

• Possèdent ou non une enveloppe

• Contiennent une molécule d’acide nucléique soit de l’ADN, soit

de l’ARN, jamais les deux à la fois

• Représentés par les Virus

Classification des microbes

Ebolavirus
 Les différents types de microbes
Il existe plusieurs types de microbes

• Bactéries

• Parasites

• Virus

• Champignons microscopiques

Plusieurs spécialités pour étudier ces micro-organismes

 Les différents types de microbes
Plusieurs spécialités pour étudier ces micro-organismes
Les différents types de microbes
Les microbes selon la taille et l’organisation cellulaire
Micro-organismes Tailles Cellules
Protozoaires 100 µ Eucaryote
Champignons 10-50 µ Eucaryote
Bactéries 1µ Procaryote
Virus < 0,1 µ Pas de cellule
1 acide nucléique
Différents types de microbes:
Les bactéries
 Les bactéries
• Les bactéries sont les premières formes de vie

• Micro-organismes unicellulaires procaryotes,

• Absence d’un véritable noyau : le matériel génétique baigne

directement dans le cytoplasme

• Des formes variées (batonnet, filament, arrondie)

 Nommenclature
Comité International de Systématique Bactérienne
• Nom composé de 2 mots en italique ou souligné
• Le 1er correspond au nom du genre de la bactérie (1ere lettre en majuscule)
• Le 2nd correspond au nom de l’espèce (en miniscule)
• Exemple: Staphylococcus aureus, Escherichia coli
• Pour une espèce bactérienne, il peut exister des sous-espèces, serotype, etc.
 Classification: exemple Escherichia
coli
• Phylum: Proteobacteria

• Classe: Gammaproteobacteria

• Ordre: Enterobacteriales

• Famille: Enterobacteriaceae

• Genre: Escherichia

• Espèce: Escherichia coli

Caractéristiques morphologiques des
bactéries
 Caractéristiques morphologiques des
bactéries
• Spiralée
Les différentes catégories de
bactéries: résumé
 Structure des bactéries
*Éléments constants
 Physiologie bactérienne

Nutrition

Besoins constitutifs élémentaires

– C, H, O et N , S, P : quantités importantes

– Na, Ca, Fe, Mg et K : quantité plus faible

– Co, Cu, Zn, Mn, Mo : traces (oligo-éléments)

 Physiologie bactérienne
Nutrition
• Besoins énergétiques
• Lumineuse : lumière (photosynthétiques)
• Chimique : réactions d’oxydation (chimiotrophes)

• Besoins constitutifs spécifiques

Métabolites essentiels dont certaines bactéries ont besoin et qu'elles sont

incapables de synthétiser par défaut enzymatique

Exemples : Acides aminés, bases puriques et pyrimidiques ou des vitamines

 Physiologie bactérienne
Conditions de croissance
• Source de carbone
• CO2 : matière minérale (autotrophe)
• Composés organiques : facteurs de croissance (hétérotrophe)
• Eau
• Conditions physico-chimiques
• Température
• pH
• Oxygène
• Pression osmotique
Facteurs influençant la croissance:
la température
Facteurs influençant la croissance: le pH
 Facteurs influençant la croissance:
la pression osmotique
• Les bactéries tolèrent des variations de concentrations ioniques

• Certaines bactéries tolèrent des concentrations salines

importantes

• Exemples:
• Enterococcus (6.5% NaCl)
• Staphylococcus aureus ( 7.5% NaCl)
 Facteurs influençant la croissance:
la pression partielle en O2

1- Bactérie aérobie stricte (ex : Pseudomonas

aeruginosa)
2- Bactérie microaérophile (ex: Campylobacter jejuni)
3- Bactérie aérobie-anaérobie facultative (ex. les
Entérobactéries)
4- Bactérie anaérobie stricte (ex: Bacteroides fragilis)
 La multiplication bactérienne
La reproduction des bactéries est asexuée :
1 cellule « mère » donne 2 cellules « filles »
Milieux de culture
 Relations hôtes-bactéries

• Symbiose: vie en commun de 2 ou plusieurs organismes

différents ou symbiontes

• Les relations symbiotiques peuvent être :

• Mutuelles : bénéfice pour chacune des parties
• Commensales : bénéfice pour seulement un symbionte
• Parasites: l’un exploite ou endommage voire tue l’autre
 Commensalisme : flore microbienne
• Corps humain (1013 cellules) hébergent 1014 bactéries

• Flore commensale = flore résidente (tube digestif, peau, muqueuses)

• Certaines sont indispensables (digestion, Vitamine K…)
• Rôle de barrière empêchant l’installation de bactéries agressives
• Pathogènes opportunistes dans certains cas

• Saprophytes = bactéries de l’environnement

 Réservoirs
• 1014 bactéries / être humain (100 000 000 000 000)
• 10 x plus que de cellules eucaryotes
• Rhinopharynx : 108/ml
• Colon : 1011/ml
• Flores de l'environnement
• Eau potable : < 100 bact/ml
• Air : 100 à 100 000 bact/cm3
• Sol : 106 à 107 bact/gr
 Pouvoir pathogène des bactéries
• Les bactéries entraînent des malades grâce à leur pouvoir pathogène
• Différentes stratégies utilisées
• Adhésion aux muqueuses (pili communs)
• Sécrétions d’enzymes (exfoliatine de Staphylococcus aureus)
• Production de toxines (exotoxine de Vibrio cholerae)
• Présence de capsule (empêche la phagocytose)
• Formation de spores (forme de résistance)
• Echanges de gènes
Pouvoir pathogène des bactéries
Différents types de microbes:
Les VIRUS
 Les virus
Définition
• Micro-organismes visibles seulement au microscope électronique
• Taille : < 0,1 µm
• Ils tirent leur énergie exclusivement du métabolisme de la cellule qu'ils
infectent
• Multiplication intracellulaire obligatoire
• Architecture des virus : le virus n’est pas une cellule, mais un acaryote
(entre le vivant et le non vivant)
 Taxonomie des virus
Similaire à celle des organismes cellulaires

• Ordre (-virales)

• Famille (-viridae) Monegavirales

• Sous-Famille (-virinae) Filoviridae

Ebolavirus
• Genre (-virus)

• Espèce
 Structure des virus

• Ils ont tous :

• une capside protéique
• un acide nucléique (ARN ou ADN)
• quelques fois : des glucides et des lipides

• Enveloppés ou non : virus nus beaucoup plus résistants

Structure des virus
Structure des virus
 Classification des virus

• Selon la nature de l’acide nucléique (ADN ou ARN)

• Selon la morphologie de la capside

• Selon la présence ou non d’une enveloppe

 Virus et maladies
Virus Maladies
Virus de l’hépatite B (VHB) Hépatite virale
Virus de l’Immunodéficience SIDA
Humaine (VIH)
Influenzavirus Grippe
Poliovirus Poliomyélite
Papillomavirus humain Cancer du col de l’utérus
Virus amaril Fièvre jaune
Virus de la varicelle et du zona Varicelle et Zona
 Multiplication des virus
• Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires

• Sont incapables de se reproduire de façon autonome

• Multiplication nécessite leur pénétration dans une cellule cible

vivante et le détournement de la machinerie cellulaire à leur profit,

• Ils sortent de la cellule infectée pour pouvoir infecter d’autres cellules

 Multiplication des virus

Schéma de la réplication virale

Différents types de microbes:
Les parasites
 Parasites

Définition

Être vivant qui pendant une partie ou la totalité de son existence

vit aux dépens d’autres êtres vivants appelés hôtes (Notion de
parasitisme).
 Taxonomie
• Basée sur la morphologie, critères génétiques et immunologiques
• Taxonomie identique à celle des autres micro-organismes (phylum,
classe, ordre, famille, genre, espèce)
• Exemples Plasmodium falciparum
• Famille: Plasmodiidae
• Genre: Plasmodium
• Espèce: Plasmodium falciparum
 Morphologie

• On distingue 2 grands groupes

• Protozoaires (êtres unicellulaires doués de mouvements)
• Helminthes ou vers (êtres pluricellulaires possédant des
tissus différenciés)
 Morphologie: Protozoaires

• Êtres unicellulaires

• Peuvent se présenter sous forme

• Asexuée ou à potentiel sexué,
• Végétative ou enkysté ,
• Intra ou extracellulaire

• Taille: quelques micromètres (Leishmanies)

 Morphologie: Protozoaires

Entamoeba histolytica: Plasmodium falciparum: Plasmodium falciparum:

Forme végétative Trophzoïtes gamétocyte
 Morphologie: Helminthes

• Êtres pluricellulaires possédant des tissus différenciés

• Formes adultes males et femelles

• Formes larvaire, embryonnaire ou ovulaire

• Taille: peut dépasser 10m (exemple: Tenia)

 Morphologie: Helminthes

Teania saginata: Forme adulte et oeuf Ascaris lumbricoïdes : Forme adulte et oeuf
 Maladies parasitaires
Maladies Parasites
Paludisme Plasmodium spp
Trypanosomiase humaine africaine Trypanosoma brucei
Amibiase Entamoeba spp
Ascaridiose Ascaris lumbricoides
Bilharziose (Schistosomiase) Schistosoma spp
Teniasis Taenia spp
Toxoplasmose Toxoplasma gondii
Onchocercose Onchocerca volvulus
 Différents types de microbes:
Les champignons microscopiques
(Micromycètes)
 Les champignons microscopiques
(micromycètes)
Définition

• Organismes eucaryotes uni ou pluricellulaires

• Doués de pouvoir de reproduction et de nutrition

• Filamenteux ou levuriforme

• Notion de Dimorphisme
 Morphologie
Champignons en forme de filaments
• Septés (= cloisonnés)
Ex: Dermatophytes
• ou siphonnés (= non cloisonnés ou
coenocytiques)
Ex: Mucorales
 Morphologie
Champignons levuriformes

• Organisation fongique: levure

• Une cellule à noyau unique

• Arrondie ou ovalaire

• Croissance par bourgeonnement

• Exemple: Candida, Cryptococcus, Malassezia

Morphologie
 Notion de dimorphisme

• Champignons se présentant sous 2 formes:

• Levuriforme à l’état « parasitaire » dans l’organisme ou en culture

à 37 °C

• Filamenteuse à l’état saprophyte ou en culture à 25°C

• Seules 6 espèces en sont capables en mycologie médicale

 Les mycoses
• Les champignons sont responsables de maladies appelées mycoses chez
l’homme
• La dénomination d’une mycose dérive du nom de la partie du corps
atteinte + le suffixe « mycose »
• Exemple:
• Dermatomycose (peau)
• Otomycose (oreille)
• Onychomycose (ongle)
 Les mycoses
Selon la localisation, on distingue :
• Mycoses cutanéo-muqueuses superficielles
• peau, bouche, organes génitaux
• infections fréquentes, peu graves
• Mycoses profondes
• septicémies, atteinte des viscères
• infections peu fréquentes, graves
 Conclusion

• Certains micro-organismes sont nuisibles à l’homme mais ils

jouent un rôle dans l’équilibre de la nature

• La connaissance de ces derniers permet d’éviter leurs méfaits

pour l’homme et profiter de leurs effets bénéfiques
Mercie !!!