Introduction fermenteurs
Bière, vin, vinaigre, yogourt, pénicilline, acide lactique, biogaz, éthanol,
glycérine, … quelle relation peut-il bien exister entre tous ces produits ?
De même, quel point commun pourrait-on trouver entre l'activité principale du boulanger -
fabriquer du pain - et le fonctionnement d'une station d'épuration ?
En fait toutes ces productions, et bien d'autres, utilisent un outil vivant. Le processus
de transformation mis en œuvre exploite des microorganismes - la biomasse - dont le
développement modifie les caractéristiques de la matière - le substrat- sur ou dans
laquelle ils se sont développés.
-Dans ce contexte précis, l'ensemble des éléments constituant une installation de fermentation
a pour objectif général soit de favoriser au maximum la production de cellules ou de
métabolites cellulaires directement utilisables (bioproductions), soit simplement de
modifier un substrat par action biologique (bioconversion). Dans le premier cas, l'étape de
fermentation proprement dite devra être suivie par des opérations de séparation(down
stream process) en vue d'isoler, de purifier et de stabiliser les cellules ou les métabolites (ex :
filtration d'une bière de type pils, en vue d'en retirer les levures ; distillation de jus de raisins
fermenté en vue de produire du cognac, …). Par contre on parlera de bioconversion
quand aucune séparation n'intervient en aval de la fermentation (ex : fabrication de
yogourt ou de fromage blanc, dans lesquels la flore active demeure dans le produit fini).
Quel que soit le type de produit recherché, pour enoptimiser la production, il est impératif de
fournir à la biomasse un substrat parfaitement adapté, tant dans sa composition que du point
de vue des concentrations de ses différents éléments. En outre ce milieu de culture doit, le
plus souvent, être stérilisé afin d'éviter tout développement anarchique d'une biomasse non
désirée. Il doit en outre être le plus accessible possible et dès lors présenter une interface
maximale avec les microorganismes utilisés.
La biomasse elle-même doit, en général, être sélectionnée en vue d'obtenir des souches
hautement performantes garantissant une productivité élevée. Ces souches, précieusement
conservées, seront préparées en temps utile afin de disposer d'un maximum d'efficacité
dès leur mise enproduction.
Parmi les nombreux produits du génie microbiologique, certains font appel à des
microorganismes aérobies exigeant une aération plus ou moins intense du substrat. Les
modalités de distribution optimale d'un air, stérile ou non, font aussi l'objet d'études à
prendre en considération dans la conception d'un réacteur biologique.
Tenant compte de ces impératifs relatifs au substrat et à la biomasse, le bioréacteur (ou
digesteur ou fermenteur), partie maîtresse de l'installation, consiste en une enceinte plus ou
moins vaste (de quelques litres en installation de laboratoire, quelques dizaines de litres
en installation pilote ou de préculture, à plusieurs mètres-cubes en production
industrielle.) conçue pour optimaliser les contacts biomasse-substrat-oxygène en vue de
maximiser le rendement de la (des) réaction(s) biochimique(s) recherchée(s). Ces
contacts doivent permettre un transfert idéal, d’une part, des substances nutritives en
solution dans le substrat vers le cytoplasme cellulaire, et d'autre part, des produits de l'activité
microbienne vers le milieu extra-cellulaire.
Cependant, connaissant le fonctionnement microbien (courbe de croissance, métabolisme
primaire et secondaire,...), on s'aperçoit que si l'on n'y prend pas garde,l'environnement de
cette biomasse va évoluer au cours de la réaction, entraînant éventuellement une
modification du mode de fonctionnement des cellules. D'où l'impérieuse nécessité de
disposer de systèmes de régulationdestinés à maintenir constantes les conditions de travail.
Ceci impliquedeux contraintes :
• pouvoir mesurer, si possible en temps réel, la valeur des principales variables
(T°, pH, concentrations, débit d'O2, ...) susceptibles d'interférer avec le fonctionnement
de la biomasse ;
• disposer d'un moyen de corriger le plus rapidement possible les caractéristiques de la
réaction en cours.
Par ailleurs, lorsque la bioréaction s'achève, les produits recherchés (cellules ou molécules)
se retrouvent en mélange avec des résidus du substrat. Il s'agit donc de concevoir des
moyens de séparer le produit intéressant du reste sans l'endommager et en lui assurant
une puretécompatible avec son utilisation.
Enfin, il ne faut pas perdre de vue que certains procédés du génie microbiologique
exigent l'utilisation d'une biomasse extrêmement spécialisée (souche microbienne
fortement sélectionnée et éventuellement protégée commercialement par un brevet)
susceptible d'être concurrencée, diluée voire détruite par des infections (souches
sauvages, autres espèces, virus,...). La lutte contre les sources d'infection et la protection
hygiénique du digesteursont donc des opérations incontournables dans la gestion d'une
installation de fermentation.
