Piloter l’écosystème digestif du lapin : pourquoi, quand et comment ?

S. COMBES1*, L. FORTUN-LAMOTHE1, L. CAUQUIL1, T. GIDENNE1

1
INRA, UMR 1289 TANDEM, Chemin de Borde Rouge, BP 52627, F-31326 Castanet Tolosan, France
*[email protected]

Résumé : L’écosystème digestif du lapin est très diverse, tant d’un point de vue sa composition que de ses
capacités fonctionnelles. Il joue de multiples rôles physiologiques: hydrolyse et fermentation des nutriments,
pouvoir immuno-régulateur, vascularisation et trophicité intestinales, barrière de défense contre les agents
infectieux. Dans un objectif d’amélioration de la santé digestive et de l’efficacité alimentaire, comprendre et
maîtriser le fonctionnement et la diversité de l’écosystème digestif est donc un enjeu prioritaire pour la filière
cunicole. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives à sa diversité spécifique et
sa variabilité, en intégrant les résultats récents obtenus pas les approches moléculaires chez le lapin, ou chez
d'autres espèces. Les principaux rôles du microbiote seront détaillés. Nous tenterons de définir le moment
opportun d’action ainsi que les leviers disponibles.
Abstract : Drive the rabbit digestive ecosystem: why, when and how? The specific and functional diversity
of the rabbit digestive ecosystem is highly diverse. Digestive ecosystem is involved in several physiological
roles: hydrolysis and fermentation of nutrients, immune system regulation, angiogenesis, gut development and
barrier effect against pathogens. Understanding the digestive ecosystem and how to control its functional and
specific diversity is a priority, since this could provide new strategies to improve the resistance of the young
rabbit to digestive disorders and improve feed efficiency. This review first recalls some knowledge on the
digestive microbiota composition and its variability for rabbit or other species with some new insight, thank to
the recent molecular approaches. Then, the main role assigned to digestive microbiota will be underlined. Finally
some possible ways to control rabbit caecal microbiota will be detailed and a time-window of action will be
defined.

Introduction des mammifères, constitue un habitat très favorable au

Les mammifères peuvent être assimilés à des super- développement des microorganismes. En effet, la
organismes puisqu’ils sont colonisés en permanence vitesse de transit est lente, le pH du milieu est acide à
par une vaste et abondante communauté de neutre associé à une humidité importante et une
microorganismes. Il existe ainsi une relation température stable et élevée. La communauté
hôte/microbiote basée sur un modèle de symbiose qui microbienne digestive, appelée microbiote, est
définit " l'écosystème digestif" où chaque partenaire abondante, puisqu’elle est constituée d'environ 100 à
trouve bénéfice de cette association. Toutefois, 1000 milliards de micro-organismes par gramme de
l'équilibre de cet écosystème est fragile et sa rupture digesta. Sa diversité et sa complexité sont très élevées
peut intervenir lors de certaines affections digestives. puisque environ un millier d’espèces différentes la
Ces dernières années un effort de recherche constitue. . Chez les mammifères herbivores, le
considérable utilisant les techniques de la biologie microbiote est constitué i) de bactéries appartenant à
moléculaire et de la microbiologie ont permis de quelques centaines d’espèces, ii) d’archées, affiliées
mieux définir sa composition, de mieux comprendre majoritairement à un seul genre, iii) de protozoaires
son fonctionnement et ses multiples rôles (40 à 50% de la biomasse chez le ruminant) et de
physiologiques: hydrolyse des nutriments et virus bactériophages (Fonty et Chaucheyras-Durand,
fermentation, pouvoir immunorégulateur, effets sur la 2007).
motricité, la vascularisation et la trophicité Chez le lapin, un microbiote abondant (1011 à 1012
intestinales, rôle de barrière contre des agents bactérie/g) est présent dans l'ensemble caecum-côlon,
infectieux. les caecotrophes et les fèces; il a également été étudié
Dans cette synthèse, nous nous attacherons à faire le au niveau de l'iléon où son abondance est moindre
point des connaissances relatives à la composition et (106 à 108 bactéries/g). La population bactérienne est
au fonctionnement de l’écosystème caecal chez le largement majoritaire et estimée à 1010-1012 bactéries
lapin, nous préciserons les rôles attribués au par g de contenu (Gouet et Fonty, 1973; Forsythe et
microbiote (pourquoi), et nous évaluerons quand et Parker, 1985; Combes et al., 2011) tandis que la
comment est-il possible d’orienter le microbiote dans population archée est estimée à 107 par g de contenu
un sens favorable pour l'hôte. L’objectif appliqué est (Combes et al., 2011). En ce qui concerne le domaine
de réduire la fréquence d’apparition des troubles des eucaryotes, l’écosystème digestif caecal du lapin
digestifs et/ou d’améliorer l’efficacité alimentaire. semble dépourvu de champignon anaérobie
(Bennegadi et al., 2003) et de levure (Kimse et al.,
1. Composition de l’écosystème digestif du lapin 2008) quoique la présence de levures "commensales"
Le tube digestif des animaux et en particulier celui ait été observée dans le caecum (106 /g Forsythe et

14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France 33

 Parker, 1985). Les protozoaires sont absents de moléculaire des bactéries présentes dans le caecum en
l’écosystème caecal (Bennegadi et al., 2003) exceptés utilisant l’ADNr 16S, ce qui a permis de mieux
chez l’animal atteint de coccidiose (Lelkes et Chang, connaître la diversité spécifique de cet écosystème
1987). caecal (46 clones Abecia et al., 2005; 228 clones
1.1. Composition taxonomique Monteils et al., 2008) et archée (34 clones Kušar et
Avguštin, 2010). La description de la diversité
La diversité taxonomique de l’écosystème digestif du
spécifique est d’autant plus fine que le nombre de
lapin a d’abord été étudiée par des techniques de
clones ou séquences isolées est important.
culture (Fonty et Gouet, 1989). Ces études basées sur
l’aspect fonctionnel des microorganismes et leur Tableau 1 : Distribution des OTU (Operational
capacité à se développer sur des substrats définis ont Taxonomic Unit) et des clones (séquences ADNr
permis de montrer que le lapin adulte héberge 107 et 16S isolées) dans les phyla présents dans le contenu
106 bactéries cellulolytiques par g de contenu caecal caecal d’un lapin adulte (Monteils et al., 2008)
et de fèces respectivement. Les populations de Phyla OTU (%) Clones (%)
bactéries xylanolytiques et pectinolytiques Bacteroidetes 3 (4,3) 7 (3,1)
s’établissent quant à elles entre 109 et 1010 bactéries Beta-gamma-proteobacteria 1 (1,4) 1 (0,4)
par g dans le côlon et le caecum. Les espèces Firmicutes 65 (92,9) 211 (92,5)
cultivables les plus fréquemment identifiées sont Verrucomicrobiae 1 (1,43) 9 (4)
Eubacterium cellulosolvens pour les bactéries
cellulolytique et Bacteroides ruminicola pour les Figure 1: Evolution des densités des populations
bactéries pectinolytiques et xylanolytiques archées, bactéries, du phylum Firmicutes et des
(Boulahrouf et al., 1991). Par ailleurs, la fraction genres Bacteroides-Prevotella dans le caecum de
cultivable du microbiote digestif du lapin adulte sain lapins d’après Combes et al., (2011)
se caractérise par l’absence ou la faible densité de
Lactobacillus, Streptococcus et d’Escherichia coli Archae
14

Bacteria
(Ducluzeau, 1969; Gouet et Fonty, 1973; 1979; Yu et Bacteroides-Prevotella

Tsen, 1993; Padilha et al., 1996) et la prédominance Firmicutes

12

des Bacteroides (Gouet et Fonty, 1973; 1979).

log(copies)/g caecum

Ces techniques culturales ne permettent à priori

10

l’étude que de 10 à 20 % de la population existante du

système digestif (Suau et al., 1999), puisque nos
8

connaissances sont insuffisantes sur la physiologie de

nombreux micro-organismes, pour être isolés et
6

cultivés in vitro. Depuis une dizaine d'années, les

techniques de microbiologie moléculaire ont permis
4

une avancée considérable dans la connaissance de la

2

diversité microbienne spécifique des écosystèmes

digestifs. Ces techniques sont souvent basées sur
0

l’utilisation des gènes codant pour l’ARN de la petite 14 21 28 35 49 70

sous-unité 16S des ribosomes des bactéries (ADNr Age (jours)
16S) (Deng et al., 2008). Cette molécule est un bon
marqueur de la diversité des procaryotes. En effet, elle Les deux inventaires de la communauté bactérienne
est ubiquitaire (présentes chez tous les procaryotes), et ont révélé le faible niveau de connaissances sur les
contient des zones très conservées et d’autres très espèces bactériennes hébergées dans le caecum. En
variables qui permettent de distinguer les familles ou effet, la plupart des séquences identifiées
les genres entre eux. De plus, elle est facilement correspondent à de nouvelles espèces bactériennes
détectable car présente en grand nombre de copies. non cultivées et non référencées dans les bases de
Enfin l’ADNr 16S est un marqueur neutre de données (90 % Abecia et al., 2005; 80% Monteils et
l’évolution : cette molécule a évolué avec le temps en al., 2008 ). Ces études montrent également le
l’absence de pression de sélection, de ce fait il permet caractère particulier du microbiote caecal du lapin
de classer les microorganismes mais aussi de puisque la moitié des séquences décrites dans chacune
comprendre leur évolution (Case et al., 2007). On des études sont phylogénétiquement proches entre
distingue cinq grands types de méthodes : la elles. L'analyse phylogénétique (Tableau 1) range les
réalisation d’inventaire moléculaire, les empreintes séquences dans leur très grande majorité dans les
moléculaires (DGGE, T-RFLP, CE-SSCP etc.), la Firmicutes (plus de 90% des séquences), alors que les
quantification par PCR en temps réel, le séquençage Bacteroidetes ne représenteraient que 4%. En accord
en profondeur de l’ADNr 16S et depuis très avec ces premiers résultats exploratoires, la densité de
récemment le séquençage en masse de tout l’ADN population chez le lapin adulte, évaluée par PCR en
microbien du contenu digestif (séquençage du temps réel, des Firmicutes est de 10,8 log10 copies
métagénome). d’ADNr 16S/g de contenu caecal, tandis que les
Chez le lapin, trois équipes ont réalisé un inventaire genres Bacteroides et Prevotella atteignent 9.7 log10

34 14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France

copies d’ADNr 16S/g (Combes et al., 2011) (Figure obtenus pour la communauté archée sont beaucoup
1), soit dix fois moins. plus simples et indiquent une diversité spécifique
La seconde technique, également basée sur l'analyse beaucoup plus faible que celle de la population
de l’ADNr 16S, consiste à réaliser une empreinte bactérienne (Figure 2B). En effet, dans les
moléculaire ou profil de l'ensemble des bactéries écosystèmes digestifs des mammifères, les archées
présentes : dans le caecum chez le lapin T-RFLP sont très peu diverses. L’ordre qui prédomine est
(Chamorro et al., 2007; Gomez-Conde et al., 2007; l’ordre des Methanobacteriales avec comme genre
Gómez-Conde et al., 2009; Chamorro et al., 2010), principal Methanobrevibacter (parfois associé avec
DDGE (Abecia et al., 2007c; Krieg et al., 2009) et CE quelques Methanomicrobium, Methanobacterium et
SSCP (Michelland et al., 2010a) (Figure 2). Ceci Methanosarcina (ordre : Methanosarcinales) (Jarvis
permet d’obtenir une image représentative de et al., 2000; Wright et al., 2007). L’inventaire
l’ensemble de la communauté bactérienne ou archée moléculaire de la population archée récemment réalisé
rapidement et à un coût modéré. L’analyse des pics en chez le lapin (Kušar et Avguštin, 2010) confirme la
CE SSCP (Figure 2) ou T-RFLP ou des bandes prédominance du genre Methanobrevibacter et
(DGGE) fournit une image représentative des espèces semble indiquer la présence d’une nouvelle espèce de
dominantes du microbiote, et une idée de la quantité ce genre spécifique au lapin. La densité des archées a
d’espèces minoritaires, et de la richesse de la été évaluée à 7-8 log10 copie d’ADNr 16S /g de
communauté par l’analyse de l’aire sous les pics contenu caecal (Figure 1). In vitro les quantités de
(Fromin et al., 2002). La technique de T-RFLP méthane excrétée sont fonction du régime alimentaire
permet également par comparaison à une base de des lapins (Belenguer et al., 2011) ou de la nature du
données d’identifier des bactéries. Ces techniques substrat mis en présence de l’inoculum (Yang et al.,
permettent également de calculer un indice de 2010). Une grande hétérogénéité des émissions de
diversité, valeur synthétique pour qualifier une méthane a été observée entre individus in vivo (une
communauté. La structure de ces empreintes, associée excrétion de méthane n’est détectée que chez deux
à l’indice de diversité permettent d'étudier la individus sur seize Belenguer et al., 2011). Ceci
dynamique du microbiote, par exemple en fonction de suggère l’existence d’un effet génétique mais
l'âge ou de facteurs nutritionnels. également l’existence pour les individus non
méthano-excréteur d’autre voies d’élimination de
Figure 2 : Profil CE SSCP de la communauté
l’H2 : l’acétogenèse réductrice (Figure 3). La quantité
bactérienne (A) et archée (B) caecale (Michelland,
d’énergie perdue sous forme de méthane est plus
2009)
faible chez le lapin comparativement à la vache
laitière (1% vs 6 % de l’énergie brute ingérée
A B
Vermorel, 1995; Franz et al., 2011)
Figure 3 : Devenir de l’hydrogène chez l’homme
d’après Bernalier-Donadille et al. (2004)

Bien que la communauté bactérienne soit majoritaire

dans les écosystèmes digestifs, un intérêt particulier a
été porté ces dernières années aux archées. En effet,
les archées qui résident dans le tractus digestif, sont
toutes méthanogènes et strictement anaérobies,.
Intégrées en fin de la chaîne trophique, elles
permettent l’élimination de l’H2 issu des
fermentations sous forme de méthane (Jones et al.,
1.2. Variabilité de la composition
1987). Le méthane issu de leur activité est un puissant
gaz à effet de serre (23 fois plus réchauffant que le 1.2.1 Structuration spatiale du microbiote
CO2) et représente également une perte de 6 à 8% de Bien que le caecum soit le fermenteur principal chez
l’énergie et du carbone ingérés par l’animal (Boadi et le lapin, une population microbienne est également
al., 2004), ce qui correspond donc à une moindre présente dans les segments proximaux (estomac,
efficience digestive. Chez le lapin, les données intestin grêle) et distaux (côlon) du tube digestif
relatives à la communauté archée sont limitées. La (Gouet et Fonty, 1979). Le contenu stomacal du lapin,
méthanogenèse a d’abord été observée in vitro stérile pendant les premières semaines postnatales,
(Piattoni et al., 1996; Marounek et al., 1999; Yang et héberge 104 à 106 bactéries/g à l’âge adulte, cette
al., 2010; Belenguer et al., 2011) et plus récemment densité est de 10 à 100 fois plus importante dans
in vivo en chambre respiratoire (Belenguer et al., l’intestin grêle. Le côlon abrite une population
2011; Franz et al., 2011). Les profils CE SSCP anaérobie équivalente à celle du caecum (Gouet et

14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France 35

 Figure 4 : Représentation graphique d’une analyse neutre (6 à 6,5 pour le caecum), le potentiel
nMDS de 158 profils CE SSCP de communautés d’oxydoréduction relativement bas (<200mv pour le
bactériennes issues du caecum (noir) des caecum, Kimsé et al., 2009).
caecotrophes (vert) et des fèces (rouge) avant En conclusion, les études réalisées dans les différents
(disque) et après la chirurgie (cercle) nécessaire au segments digestifs du lapin, permettent de proposer
prélèvement du contenu caecal (Michelland et al., l’utilisation des caecotrophes pour le suivi de la
2010a) dynamique du microbiote caecal dont l’accès est plus
difficile (chirurgie ou sacrifice de l’animal).
1.2.2. Dynamique temporelle du microbiote
En l’absence de perturbations induites, la
communauté bactérienne du caecum de lapin adulte
(diversité, structure, densité des populations de
bactéries totales, de Firmicutes et de Bacteroides
Prevotella) reste stable dans le temps (Michelland et
al., 2010a; Michelland et al., 2011). En accord avec
les observations réalisées notamment chez l’homme
adulte (Zoetendal et al., 1998; Vanhoutte et al., 2004),
l’absence de variations temporelles du microbiote
caecal du lapin adulte illustre une remarquable
stabilité de la composition microbienne dominante et
indique que l’écosystème a atteint un équilibre.
1.2.3. Variabilité intra individuelle et entre les
individus
L'analyse du microbiote caecal par empreinte
Fonty, 1979), soit encore 100 à 1000 fois plus que moléculaire (CE SSCP) ne détecte pas chez le lapin,
dans l'iléon. La diversité bactérienne, mesurée à partir l’existence d’un patron spécifique à chaque individu,
d’empreinte moléculaire, serait plus élevée dans stable dans le temps ou dans l’espace (différents
l’iléon que dans le caecum (Badiola et al., 2004; compartiments)(Michelland et al., 2010a). En effet, la
Martignon et al., 2010b). Cette différence pourrait variabilité inter et intra individuelle des communautés
être liée au temps de séjour réduit des particules bactériennes et archées sont de même ampleur
alimentaires dans l’iléon, ne permettant pas une (Michelland et al., 2010a; Michelland et al., 2010b).
multiplication et une diversité importante des Une forte variabilité inter individuelle de la
bactéries. Par ailleurs, la densité bactérienne des composition de la communauté bactérienne a déjà été
caecotrophes, qui correspondent à du contenu caecal montrée chez le poulet (Wielen et al., 2002),
peu modifié, est du même ordre de grandeur que celle cependant rares sont les études qui évaluent la
du caecum (1011 bactérie/g). A l’inverse, la densité variabilité intra individu (répétition d’un même
bactérienne des fèces, plus riches en grosses particules individu dans le temps ou dans l’espace). Chez
(> 0,3 mm), est 10 fois inférieure à celle du caecum l’homme, un patron spécifique à chaque individu est
(Emaldi et al., 1978). De même, la structure de la retrouvé au sein des différents segments du colon
communauté bactérienne et archée des cæcotrophes (ascendant, descendant et transverse) (Zoetendal et
est plus proche de celle du contenu caecal que de celle al., 2002) ou au cours du temps dans les fèces
présente dans les fèces (Figure 4) (Rodriguez-Romero (Vanhoutte et al., 2004). L’absence de patron ou
et al., 2009; Michelland et al., 2010a; Michelland et structure de la communauté bactérienne et archée
al., 2010b). Cette structuration spatiale de la spécifique de l’individu hôte chez le lapin pourrait
communauté s’explique principalement par les trouver son origine dans la similarité génétique entre
différences ou les similarités de composition chimique animaux issus de lignées sélectionnées et la forte
entre les différents milieux digestifs. En effet, les standardisation des conditions d’élevage et
facteurs physicochimiques de l’écosystème jouent un d’alimentation. Ces paramètres tendraient à
rôle majeur dans la sélection des espèces de uniformiser l’influence de l’hôte sur la composition
microorganismes dont chacune possède des de sa communauté bactérienne.
caractéristiques physiologiques propres. Si les Récemment chez l’homme, (Arumugam et al., 2011)
paramètres du milieu (notion de filtre écologique) le séquençage complet de l’ADN bactérien présent
satisfont toutes ces caractéristiques (contraintes dans les fèces de 200 sujets, a permis d’identifier trois
écologiques) alors les espèces microbiennes pourront types de microbiote digestif ou entérotypes. A l’instar
se développer. Les paramètres physico-chimiques qui des quatre groupes sanguins, ces entérotypes ne sont
jouent un rôle majeur pour un écosystème digestif pas spécifiques de l’origine ethnique des sujets
sont : l’absence d’énergie lumineuse, la température (européens, américains, japonais), et sans liens avec
constante et relativement élevée (35 à 40°C), le sexe, le poids, l'âge ou l'état de santé). Ils se
l’humidité (75 à 95%), le pH légèrement acide à distinguent par leur composition taxonomique et leur

36 14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France

fonctionnement (équipement enzymatique). S’il reste enzymes) constituent la principale source de carbone
à mettre en relation les entérotypes avec la pour le microbiote. En sortie du segment iléal, les
prédisposition à certaines maladies, l’existence de ces fibres sont les constituants majoritaires (70 % de la
entérotypes permet d’envisager une prophylaxie ou matière sèche, (Gidenne, 1992), tandis que les
une action thérapeutique adaptée spécifiquement à composés azotés arrivent en seconde position (15% de
l’entérotype du patient. Des études similaires sont en la matière sèche)(Villamide et al., 2010). Les activités
cours chez l'animal de rente. métaboliques du microbiote sont fonction de la nature
En conclusion, la communauté bactérienne et archée des substrats entrants et sont organisées en chaîne
de l'écosystème caecal du lapin est composée trophique. La première étape de la chaîne trophique
majoritairement d’espèces non encore décrites et très (Fig. 5), assurée par les espèces hydrolytiques,
spécifiques à cette espèce. Chez le lapin adulte, la correspond à l’hydrolyse des polymères complexes
composition de la communauté bactérienne diffère par une grande variété d’hydrolases
tout au long du tractus mais reste stable dans le temps (polysaccharidases, glycosidases, protéases,
et varie peu entre individus. peptidases) en composés plus petits (oses, acides
2. Pourquoi contrôler le fonctionnement d’un aminés etc..).
écosystème ? Figure 5 : Chaîne trophique de la dégradation des
Le microbiote digestif joue de multiples rôles polyosides alimentaires d’après Bernalier-
physiologiques: capacité fermentaire, effet barrière Donadille et al. (2004)
contre les agents infectieux, pouvoir
immunorégulateur, effets sur la motricité la
vascularisation et la trophicité intestinales. La maîtrise
du microbiote pourrait donc permettre d’améliorer
l’efficacité digestive ou le statut immunitaire et donc
la santé digestive. L’amélioration de l’efficacité
digestive au travers d’une optimisation de la
composition du microbiote aurait un impact direct sur
le coût alimentaire, et permettrait aussi d’augmenter
l’utilisation de matières premières « fibreuses » non
concurrentielles avec l’alimentation de l’Homme. De
même, l’amélioration de l’efficacité digestive
réduirait les rejets dans l’environnement. Notons que
chez le lapin, contrairement aux ruminants, la
réduction de l'émission de gaz à effets de serre ne
semble pas un enjeu majeur pour l’élevage cunicole,
puisque le lapin en croissance produit peu de méthane Ces composés solubles sont utilisés par les espèces
(Franz et al., 2011). Enfin, la maîtrise du microbiote hydrolytiques et fermentatives comme sources
pourrait permettre de limiter les troubles digestifs d’énergie. Les processus fermentaires conduisent à la
périsevrages, d'une part via son effet barrière et production d’acides gras volatils (AGV : acide
d'autre part via son rôle d'immuno-stimulateur. Le acétique, acide propionique et acide butyrique),
recours à l’antibiothérapie serait ainsi plus limité, ce d’ammoniac (NH3) issu de la protéolyse, des
qui est un enjeu majeur pour les productions animales. métabolites intermédiaires (acide lactique, succinique,
2.1. Rôle dans la digestion et l’efficacité alimentaire formique) et de gaz (CO2, CH4, H2).
L’une des fonctions les plus évidentes de L’ensemble de ces réactions de fermentation permet
l’écosystème digestif est sa capacité d’hydrolyse et de aux bactéries d’obtenir l’énergie nécessaire à leur
fermentation des nutriments. Chez le lapin, espèce croissance et à leur multiplication et au maintien de
herbivore et monogastrique, la digestion des leurs fonctions cellulaires. Chez le lapin, le rôle du
nutriments a majoritairement lieu dans l’intestin grêle microbiote dans la digestion a d’abord été étudié au
grâce aux enzymes digestives de l’hôte. Ces enzymes travers de son activité enzymatique et des produits de
hydrolysent la plupart des composants alimentaires à fermentation (AGV, NH3) (pour revue Gidenne et al.,
l’exception des constituants des parois végétales ou 2008; Carabaño et al., 2010). Pectinase, xylanase,
fibres (lignines, celluloses, hémicelluloses, pectines cellulase, et uréase sont les enzymes majeures de
etc.… (Fonty et Gouet, 1989) qui sont hydrolysés par l’écosystème microbien chez le lapin (Carabaño et al.,
les enzymes bactériennes. Du fait de la faible densité 2010). La hiérarchie des activités bactériennes
microbienne dans les parties supérieures du tube fibrolytiques (pectinase > xylanase > cellulase) est en
digestif et d’un bref temps de séjour des digesta, les accord avec celle de la digestibilité des fractions
fibres alimentaires parviennent très peu modifiées fibreuses (pectines > hémicelluloses > cellulose)
dans le caecum. Ces fibres ajoutées aux nutriments (Gidenne et al., 2008).
non digérés dans l'intestin grêle et aux sécrétions Les produits fermentaires sont importants pour le
endogènes (mucopolysaccharides, débris cellulaires, lapin puisque les AGV et le NH3 sont absorbés au

14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France 37

 travers des parois du caecum et du côlon et colonisation) repose sur le fait que le microbiote
constituent une source énergétique pour l’hôte. La implanté durablement dans le tube digestif s’oppose
production d’AGV peut couvrir 30 % à 50 % des ou rend plus difficile l’implantation des bactéries
besoins énergétiques d’entretien du lapin adulte exogènes (Berg, 1996). En effet, chez les animaux
(Gidenne, 1994). La concentration des AGV dans le axéniques, une augmentation du transport d’antigène
caecum s’établit chez le lapin adulte, autour de 75% à travers la muqueuse intestinale est observée.
d’acétate, 15% de butyrate et 10% de propionate. Différents mécanismes ont été proposés pour
Cependant, ces proportions changent en fonction de expliquer cet effet barrière : i) Ainsi l’adhésion à la
l’âge de l’animal, du rythme d'ingestion dans la muqueuse des bactéries commensale peut prévenir
journée (Bellier et al., 1995) et du régime alimentaire, l’attachement et l’entrée de bactéries pathogènes.
notamment la concentration en fibres rapidement Chez le lapin, les bactéries filamenteuses qui
fermentescibles (Gidenne et al., 2004a). colonisent l'iléon permettent de réduire l'attachement
Contrairement à la plupart des herbivores, chez le d'Escherichia coli entéropathogènes (Heczko et al.,
lapin, le ratio propionate:butyrate est inférieur à 1, en 2000). ii) De plus les micro-organismes sont en
raison des caractéristiques du microbiote (Adjiri et al., compétition pour les nutriments de leur niche
1992). Enfin, le comportement de caecotrophie écologique et maintiennent leur habitat en
permet à l’animal de recycler une partie du contenu consommant toutes les ressources. iii) Enfin, les
caecal riche en protéines bactériennes. En fonction du bactéries sont capables d’inhiber la croissance de
régime alimentaire, les caecotrophes contribuent pour bactéries compétitrices en produisant des substances
environ 15% de l’azote total ingéré, mais cette antimicrobiennes (Guarner et Malagelada, 2003).
proportion peut atteindre 70% pour un régime à très 2.2.2. Rôle dans la stimulation de l’immunité
pauvre en azote (Garcia et al., 2004). intestinale
La capacité du microbiote à fournir 30 à 50 % des Le système immunitaire intestinal du lapin (GALT
besoins énergétiques d’entretien chez le lapin adulte, pour Gut Associated Lymphoid Tissue) est
souligne l’impact important de l’écosystème caecal essentiellement situé dans l’intestin grêle et le côlon
sur l’efficacité digestive globale. Chez le lapin, 30 à comme chez la plupart des mammifères, avec
50% de la fraction digestible de la matière organique cependant deux structures particulières
digestible est digérée dans le segment caeco-côlique supplémentaires le sacculus rotondus, situé à la
(Gidenne, 1992; Gidenne et al., 2000). Chez la souris, jonction iléo-caecale et l’appendice vermiforme, situé
l’implication du microbiote dans l’efficacité à l’extrémité du caecum. Le GALT contient plus de
alimentaire a été révélée en observant que les souris cellules immunitaires que l’ensemble de l’organisme
axéniques (privées de microbiote ou « germ free ») (près de 70% chez l’homme Corthier, 2011). Dans
mangeaient davantage que les souris conventionnelles l’intestin grêle le GALT est composé d’agrégats
pour maintenir leur poids (Corthier, 2011). Par lymphoïdes organisés: les plaques de Peyer et de
ailleurs, lorsque l’on implante un microbiote cellules isolées disséminées dans la lamina propria et
conventionnel à des souris axéniques, on observe une l’épithélium des villosités (pour revue Fortun-
augmentation de 60 % de la masse graisseuse, Lamothe et Boullier, 2007).
concomitante à une diminution de la quantité Le modèle de la souris axénique, par comparaison à la
d’aliment ingérée de 30 % en deux semaines souris conventionnelle, a permis de mettre en
(Backhed et al., 2004). De plus, le transfert du évidence le rôle fondamental exercé par le microbiote
microbiote de souris obèses à des souris sans intestinal sur le développement et les fonctions du
microbiote induisait une augmentation de l’extraction GALT. En effet, chez la souris axénique le GALT est
énergétique des aliments ingérés et une prise de poids faiblement développé et est comparable à celui d’un
supérieure à celle induite par le transfert d’un nouveau né : faible densité de cellules lymphoïdes
microbiote de souris minces (Turnbaugh et al., 2006). dans le muqueuse intestinale, plaque de Peyer réduite,
Ainsi, est-il démontré que le microbiote intervient et faible concentration en immunoglobuline sanguine.
dans l’efficacité alimentaire. En terme de L’installation séquentielle du microbiote intestinale
composition, il a été montré chez l’homme et la souris est le facteur majeur responsable du délai nécessaire
que les sujets obèses présentaient un ratio Firmicutes / au développement du GALT (pour revue Guarner et
Bacteroides plus élevé que chez les individus minces Malagelada, 2003).
(Ley et al., 2005; Ley et al., 2006) et une moindre Certaines espèces bactériennes à Gram négatif, E coli
diversité (Turnbaugh et al., 2009). A notre et Bacteroides, semblent jouer un rôle important dans
connaissance aucune étude chez le lapin n’a permis de cette stimulation puisque leur seule présence dans le
mettre en relation l’efficacité alimentaire et les tube digestif de souris gnotoxénique est capable de
caractéristiques de la composition du microbiote. provoquer une stimulation égale à la moitié de celle
2.2. Pouvoir immunorégulateur, et défense contre les mesurée avec un microbiote intestinale complexe. En
agents infectieux effet, les polysaccharides de la paroi de ces bactéries
2.2.1. Rôle barrière jouent un rôle important dans l’activation du système
immunitaire (Mazmanian et al., 2005).
Le concept d’effet barrière (ou résistance à la
Chez le lapin, la diversification du répertoire primaire

38 14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France

des anticorps se poursuit après la naissance et est sous immunes. Ce phénomène serait lié à une altération de
la dépendance des stimulations bactériennes. Cette la mise en place du système immunitaire en relation
diversification commence avant la naissance et avec des modifications de la composition du
s'achève vers l'âge de 10-12 semaines (Figure 6). microbiote (Okada et al., 2010). Cette hypothèse a été
Ainsi jusqu'à 2-3 semaines d'âge les lapereaux ne confortée récemment par des observations effectuées
disposent que d'un répertoire peu diversifié, dit chez le porc élevé dans trois conditions d’hygiène
néonatal. La mise en place du répertoire primaire des différentes (plein air vs en bâtiment vs en isolateur
anticorps a lieu entre et 4 et 8 semaines d’âge par des avec traitement antibiotique). Ainsi, les animaux
processus de recombinaison de nucléotides, de élevés en isolateur présentent une composition du
conversion génique et d'hypermutation somatique microbiote altérée et une expression plus importante
dans le GALT et plus particulièrement dans des gènes impliqués dans la réponse immunitaire
l’appendice vermiforme (Mage et al., 2006; Hanson et inflammatoire (Mulder et al., 2009).
Lanning, 2008). Le microbiote est indispensable à la 2.3. Rôle du microbiote dans la maturation des
production et à la diversification de ce premier muqueuses et la vascularisation intestinale
répertoire d’anticorps (Lanning et al., 2000)
Le rôle du microbiote sur le développement de la
nécessaire à l'animal pour lutter efficacement contre
muqueuse intestinale a été démontré en comparant
les divers pathogènes auxquels il est soumis.
l’épithélium intestinal d’animaux axéniques et
L’inoculation de plusieurs bactéries intestinales, seule
d’animaux conventionnels. Chez les animaux
ou en combinaison dans l’appendice stérile de lapin,
axéniques le taux de renouvellement et le nombre des
montre que Bacillus subtilis et B. fragilis ensemble
cellules des cryptes sont réduits comparativement à
stimulent la prolifération des lymphocytes B et la
des animaux conventionnels, suggérant que le
diversification des gènes codant pour les
microbiote réduit la prolifération cellulaire dans le
immunoglobulines (Rhee et al., 2004). Plus
côlon. (Guarner et Malagelada, 2003). Chez le lapin
récemment, Severson et al. (2010) montrent que les
axénique le caecum est hypertrophié, le volume atteint
spores de Bacillus stimuleraient le GALT par un
par cet organe est tel (multiplié par 6 à 10 fois) qu’il
mécanisme de reconnaissance de superantigène
entraîne la mort des animaux (Fonty et al., 1979;
présents à la surfaces des spores.
Coudert et al., 1988).
Figure 6 : Diversification du répertoire d’anticorps
Par ailleurs, les réseaux de vaisseaux sanguins des
chez le lapin d’après Fortun-Lamothe et Boullier
villosités intestinales de souris adultes axéniques et
(2007)
conventionnelles ont été comparés. Le réseau est deux
fois moins dense chez des souris axéniques en raison
d’un développement stoppé prématurément chez ces
dernières (Stappenbeck et al., 2002).
En conclusion, compte tenu des rôles physiologiques
attribués au microbiote, son pilotage semble une voie
prometteuse d’amélioration de la durabilité en terme
de démédicalisation et d’amélioration de l’efficacité
alimentaire des élevages y compris cunicoles. Il reste
cependant à définir quel serait la ou les périodes
d'action les plus opportunes et les moyens d’y
parvenir.
3. Quand est-il opportun d’agir ?
Bien qu’il soit continuellement en présence d’une 3.1. Implantation du microbiote et succession
masse considérable d’antigènes que sont les protéines écologique des espèces
alimentaires et les micro-organismes commensaux, le
GALT ne doit pas développer de réponse In utero, le tube digestif du lapereau est stérile, la
immunitaire, ce qui implique une tolérance de l’hôte colonisation débute dès la naissance au contact de la
vis à vis de ces antigènes. La mise en place des mère et de l’environnement immédiat (filière génitale,
mécanismes de tolérance est également dépendante de tétée et proximité au nid) (Berg, 1996). Comme chez
la présence du microbiote et interviendrait très tôt tous les mammifères, la mise en place des espèces est
dans la vie de l’hôte (Fortun-Lamothe et Boullier, orchestrée en une succession écologique des espèces.
2007). Chez le lapin, cette succession écologique des espèces
a d'abord été étudiée par les techniques de culture
En médecine humaine, l’hypothèse hygiéniste statue (Gouet et Fonty, 1973; 1979; Kovacs et al., 2006)
que le défaut de stimulation ou d’exposition aux puis très récemment par des outils moléculaires
agents pathogènes et aux microorganismes (Combes et al., 2011). Dès deux jours d’âge, la
symbiotiques (microbiote intestinal) ou l’utilisation densité bactérienne est élevée dans le caecum (109
fréquente d’antibiotique chez le jeune enfant copies d’ARN 16S /g) puis croît pour atteindre son
augmente la susceptibilité des patients à développer maximum à 21 jours d’âge (1011 à 1012 copie d’ADNr
des troubles allergiques et des maladies auto- 16S.g-1). A ce stade, le lapereau est encore allaité,

14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France 39

 mais a déjà débuté sa consommation d’aliment solide commence dès la naissance. En effet, à cette période
(Gidenne et al., 2010c). Lors des premières semaines de la vie de l’individu, il existe vraisemblablement
de vie, la communauté bactérienne du caecum se peu ou pas de barrière à l’installation et au
compose à part égale de bactéries anaerobies strictes développement des microorganismes. Selon Curtis et
et facultatives, puis l’abondance de ces dernières Sloan (2004), la communauté digestive d’un nouveau
diminue fortement jusqu’à disparaître après sevrage né est un sous ensemble d’une méta communauté plus
chez certains individus (Gouet et Fonty, 1979). Ainsi, large comprenant toutes les espèces présentes
les bactéries du groupe des Bacteroides Prevotella, capables d’investir le tractus digestif. Ainsi, des
(Gram négatives et anaérobies strictes) ont pu être communautés dont l’environnement est similaire, tel
détectées dès 2 – 3 jours d’âge (Kovacs et al., 2006; que le caecum de lapins nouveau-nés, présentent des
Combes et al., 2011) pour atteindre son apogée à 21 compositions différentes car elles sont formées par
jours d’âge (1010-1011 copies d’ADNr 16S.g-1 échantillonnage aléatoire issu de la méta-communauté
Combes et al., 2011). Par ailleurs, 7 jours après la qui les entoure (mère, litière, cage, air...). Nous avons
naissance, les archées sont présentes dans le caecum à montré (Combes et al., 2011) que la composition du
un niveau significatif (105 copies d’ADNr 16S/g) microbiote caecal du lapereau était très variable entre
(Combes et al., 2011). L’implantation des archées individu et ce jusqu’à 49 jours d’âge (Figure 7). Selon
semble moins précoce que celle des bactéries cette théorie, il existerait alors une grande part de
puisqu’elle n’atteint sa densité maximum qu’à 35 hasard dans le processus d’acquisition du microbiote
jours d’âge (Figure 1). initial.
La réalisation d’empreintes moléculaires de la A l’inverse, à 70 jours d’âge la composition du
communauté bactérienne (CE SSCP), a permis de microbiote caecal est plus homogène entre individus
décrire pour la première fois chez le lapin et de (Figure 7). Nos résultats confortent les observations
manière plus complète que chez les autres espèces, la relatives à l’absence de spécificité du microbiote pour
dynamique d’implantation de la communauté l’individu (voir précédemment.) mais permettent aussi
bactérienne présente dans le caecum (Combes et al., de définir une fenêtre d’action (0-49 jours) pendant
2011). Ainsi, la communauté bactérienne caecale laquelle il serait possible de modifier le microbiote.
évolue progressivement avec une modification Cette fenêtre d’action correspondrait à une période de
importante (shift) en termes de composition et permissivité pendant laquelle l’effet barrière du
d’abondance relative des espèces (Figure 7). Cette microbiote ou l’immunité de l’hôte autoriserait
évolution se traduit par la mise en place progressive l’installation de nouvelles espèces, bénéfiques ou au
d’une communauté de plus en plus complexe en contraire pathogènes pour l’hôte.
termes de diversité et qui semble atteindre un état Cette analyse de la dynamique d’implantation du
climacique à 70 jours d’âge (Combes et al., 2011). microbiote permet de poser trois scenarii quand aux
Figure 7: Représentation graphique de la possibilités de réorientation du microbiote:
variabilité de la composition du microbiote en 1- Modifier la composition initiale : la part de hasard
fonction de l’âge. Chaque point représente le dans la composition initiale du microbiote permet
microbiote d’un individu, plus les points sont d’envisager une possibilité de manipulation de sa
proches plus les microbiotes sont similaires composition initiale, c'est-à-dire au nid.
(Combes et al., 2011)
2- La forte variabilité intra groupe d’âge perdure
7d jusqu’à 49 jours, ce qui chez le lapin correspond à
14d
21d une période de sensibilité digestive avec un indice de
28d
35d 49d risque sanitaire élevé. Sachant que le lapereau
49d
70d consomme de l'aliment solide vers 17 jours d'âge
70d
(Padilha et al., 1995; Fortun-Lamothe et Gidenne,
2000), la voie nutritionnelle de modulation du
21d microbiote est à priori pertinente.
3- Maturer plus vite : Nous avons montré que quel
35d
que soit le microbiote de départ, le phénomène de
succession écologique semble aboutir à des
28d
communautés d’une grande proximité entre individus
14d
(Combes et al., 2011). De ce fait, une voie d’action
pourrait consister à accélérer le processus
d’installation de manière à tendre plus rapidement
stress = 15.09 7d vers une communauté climacique c'est-à-dire stable,
tel que chez l’adulte qui a peu de problèmes digestifs.
3.2. Définition des fenêtres de permissivité de 4. Comment : quels sont les leviers d’action ?
l’écosystème digestif du lapin Deux types de levier d’action peuvent être envisagés :
Chez le mammifère, la colonisation du tube digestif ceux qui agissent sur les facteurs intrinsèques et ceux
qui agissent sur les facteurs extrinsèques à

40 14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France

l’écosystème (Mackie et al., 1999). Ces derniers de lapereaux pour ré-équilibrage des portées par
concernent la "charge" microbienne dans exemple) constituent également des sources
l’environnement immédiat, la composition du microbiennes pour la colonisation du tractus digestif
microbiote maternel (tractus génital, tractus intestinal, du lapereau. Ainsi chez des porcs séparés de leur mère
et peau) et l’alimentation tout au long du et recevant un lait artificiel, la structure de microbiote
développement de l’animal en terme de qualité et de est dépendant de l’environnement dans lequel ils sont
quantité. Tandis que les facteurs intrinsèques sont élevés plus que de leur origine génétique (Thompson
ceux liés à l’hôte. Ils sont susceptibles d’influencer la et Holmes, 2009). Chez le porc, la composition du
succession écologique ou l’équilibre des populations. microbiote fécal et du microbiote de la muqueuse
Ils correspondent à l’influence génétique de l’hôte, iléale est influencée par le mode d’élevage (plein air
son état physiologie, la disponibilité qualitative et vs en bâtiment vs en isolateur avec traitement
quantitative en nutriments endogènes (qualité et antibiotique). Dans ces conditions, ces différences de
quantité), le pH et les conditions redox, la composition du microbiote perdurent jusqu’à la fin de
température, la motricité du tractus intestinal qui l’expérience (56 jours d’âge) (Mulder et al., 2009).
conditionne le temps de séjour des digesta, les sels Chez l’homme, il a été montré que la voie de
biliaires et autres sécrétions endogènes, la réponse naissance (par césarienne ou par voie basse), le type
immunitaire et enfin la présence de récepteurs chez d’allaitement (lait maternel vs lait maternisé) ou
l’hôte responsables des interactions (du dialogue) l’utilisation d’antibiotique influencent la composition
hôte-microbiote. initiale du microbiote (Penders et al., 2006). Par
4.1. Influence de l’environnement immédiat sur la contre, la pérennité de cette composition initiale sur la
colonisation composition finale du microbiote chez l’adulte n’est
L’environnement immédiat qui entoure la naissance pas démontrée.
joue un rôle prépondérant dans la colonisation initiale 4.2. Influence de la nutrition
du tube digestif. L’une des illustrations extrêmes de L’aliment est un facteur essentiel influençant
ce rôle est l’élevage d’animaux axéniques. En effet si l’équilibre des populations microbiennes du tube
la naissance a lieu dans un environnement totalement digestif. Il conditionne la fourniture de nutriments et
stérile, il n’y aura pas de colonisation. Rappelons d’énergie à l’écosystème. Au cours de la
qu’un lapin dépourvu de microbiote ne peut survivre biodégradation de l’aliment, il agit sur les paramètres
longtemps. Par ailleurs, la composition du microbiote physicochimiques du milieu tel que le pH, le potentiel
des lapins élevés dans un milieu exempt de redox, les concentrations en métabolites, la taille et la
pathogènes (SPF) diffère de ceux élevés en élevage densité des particules. En retour, ces paramètres
conventionnel : la densité de population fibrolytique conditionnent l’équilibre des communautés
est supérieure (Bennegadi et al., 2003). microbiennes (Fonty et Chaucheyras-Durand, 2007).
La charge microbienne ou méta-communauté Bien que l’impact de l’alimentation sur le microbiote
susceptible de servir de réservoir à la colonisation du et notamment l’apport en fibres ait fait l’objet de
tube digestif des lapereaux provient de la filière nombreux travaux (Gidenne et al., 2008), celui-ci
génitale de la lapine, du tractus digestif, et de la reste mal connu en raison des limites des techniques
fourrure (contact direct et poils déposés dans le nid). traditionnelles de la microbiologie. Dans la plupart
De plus, au moment de l’allaitement, des crottes sont des études seuls les grands groupes taxonomiques
déposées par la mère dans le nid et sont ingérées par (Bennegadi et al., 2003) ou fonctionnels (Boulahrouf
les lapereaux (Moncomble et al., 2004; Kovacs et al., et al., 1991) ont été pris en considération.
2006). Ce comportement participe vraisemblablement 4.2.1. Agir au moment du sevrage
au processus d’implantation précoce du microbiote
Un allaitement des lapereaux en utilisant un lait de
chez les nouveaux nés. Ainsi, les lapereaux n’ayant
substitution à base de lait de vache induit une
pas accès aux crottes émises par la mère montrent un
importante modification qualitative et quantitative du
retard à l’implantation des Bacteroides par rapport
microbiote caecal entre 0 et 11 jours de vie avec une
aux lapereaux ayant accès aux crottes, mais cette
implantation plus rapide que chez les lapereaux
différence ne persiste plus 8 jours après la naissance
nourris au lait de lapine (Fonty et al., 1979).
(Kovacs et al., 2006). L’influence du microbiote
Cependant, dans cette expérimentation aucun des
caecal de la mère allaitante sur la composition initiale
lapereaux nourris au lait de vache n’a survécu au-delà
du microbiote caecal des jeunes a été démontré par
de 14 jours.
Abecia et al (2007c). En effet, l’analyse des
empreintes moléculaires (DGGE) réalisées chez des Chez le lapin, le sevrage alimentaire est progressif. En
lapereaux adoptés montrent que la composition de effet, la consommation d’aliment solide se met en
leur microbiote à 26 jours d’âge est plus proche de place progressivement tandis qu’à partir de 17-18
celle de leur mère adoptive que de leur mère jours d’âge la proportion de lait ingéré décroît
biologique (Abecia et al., 2007c). (Gidenne et Lebas, 2006). Lorsque les lapereaux sont
soumis à une alimentation lactée exclusive (sans accès
Enfin, l’environnement de l’élevage (boite à nid,
à l’aliment solide) jusqu’au sevrage, le
ambiance, hygiène) ainsi que l’éleveur (manipulation
développement du caecum, les activités

14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France 41

 pectinolytiques et xylanolytiques sont plus faibles et nouvel équilibre en réponse à une perturbation
l’indice de biodiversité est plus faible à 30 jours que nutritionnelle (e.g. déficience en fibre).
chez les lapereaux ayant accès à l’aliment. La qualité des fibres est le facteur prépondérant.
Néanmoins, ses différences s’estompent dès 37 jours Ainsi, plusieurs études ont montré qu'un apport de
(Combes et al., 2008). Par ailleurs, l’ingestion de lait fibres digestibles (pectines ou hémicelluloses) stimule
semble retarder la colonisation par les bactéries l'activité fibrolytique et la production d'AGV dans le
cellulolytiques sans affecter la population de caecum (Gidenne et al., 2010a). Les fibres les plus
colibacille (Padilha et al., 1996; Padilha et al., 1999). rapidement fermentescibles, tel que les pectines sont
Le sevrage, c’est à dire le passage à l’alimentation sans doute l'élément le plus déterminant pour l'activité
solide, semble avoir un effet positif sur la maturation microbienne caecale, ainsi que le montrent Garcia et
du caecum et du colon. Le sevrage précoce augmente al. (2002). De plus, plusieurs études ont montré l'effet
le poids des organes et leur contenu (Gallois et al., favorable des fibres digestibles sur la santé digestive
2005), stimule l’activité fermentaire (Kovács et al., du lapereau (Perez et al., 2000; Gidenne et al.,
2008) et accélèrerait la maturation du GALT (pour 2004b). L'’inclusion de fibres dites "solubles" (critère
revue Carabaño et al., 2010). NDSF), issues notamment de pulpe de betterave,
4.2.2. Agir sur la quantité ingérée diminue aussi la mortalité et modifierait
La restriction alimentaire est un des moyens non- favorablement la muqueuse intestinale. Par contre,
médicamenteux, les plus efficaces pour lutter contre l’influence du taux de NDSF sur la structure du
les entéropathies non spécifiques (c'est-à-dire non microbiote caecal reste controversée (Gomez-Conde
liées à un pathogène avéré) du lapin (Gidenne et al., et al., 2007; Gómez-Conde et al., 2009). Dans ces
2003; Gidenne et al., 2011). Cependant les travaux cependant, les animaux étaient soumis à une
mécanismes d’action restent à élucider (Martignon et antibiothérapie dans l’eau de boisson (sulfate
al., 2010a). La morphologie de la muqueuse d’apramycine et tartrate de tylosine).
intestinale, l’activité maltasique, l’activité 4.2.4. Agir sur l'apport de protéines
fibrolytique, la concentration d’AGV et enfin la La concentration en protéine de l'aliment et sa teneur
structure ou la diversité du microbiote caecal ne sont en acides aminés ont un effet sur la santé digestive des
pas affectées par une réduction de 25% de l’ingérée lapins (pour revue Carabaño et al., 2009; Gidenne et
alimentaire après sevrage (Gidenne et Feugier, 2009; al., 2010b). Ainsi la réduction du taux protéique (21%
Martignon et al., 2010a). A l’inverse, Abecia et vs 18% : Chamorro et al., 2007) ou la
al.(2007b) montrent que la structure du microbiote supplémentation en arginine (Chamorro et al., 2010)
caecal est influencée par le niveau d’ingestion des réduit la mortalité et modifie le profil de la
lapines selon qu'elles allaitent 5 ou 9 lapereaux. communauté bactérienne iléale et caecale (T-RFLP).
4.2.3. Agir sur la quantité et la qualité des fibres Dans ces deux études, la fréquence de détection de
Chez le lapin l’ingestion d’un aliment déficient en certaines bactéries est également réduite.
fibres se traduit par une fréquence plus élevée 4.2.5. Agir sur la biodisponibilités des nutriments et
d’enthéropathies (Gidenne et al., 2004a; Gidenne et les associations alimentaires
al., 2010b). Une réduction du taux de fibres non La biodisponibilité de certains nutriments est
digestibles entraîne : dépendante de la forme sous laquelle ce nutriment est
- des altérations du profil fermentaire (diminution des apporté et les traitements technologiques qu’il aura
AGV, forte hausse du propionate et diminution de subit mais également des aliments auxquels il est
l’acétate et du butyrate) associé dans le bol alimentaire. Chez le poulet de
- une modification de l’activité enzymatique (baisse chair, l’alimentation séquentielle consiste à nourrir les
de l’activité de fibrolyse) animaux avec deux aliments distribués en alternance,
- une modification de la composition du microbiote au sein de cycles de 24 à 48H. La somme des deux
(Michelland et al., 2011). La structure de la aliments fournis alternativement permet d’atteindre un
communauté bactérienne du cæcum (composition et équilibre nutritionnel semblable à celui d’un aliment
abondance relative des espèces) est modifiée complet utilisé en alimentation standard. Ce type
(Michelland et al., 2011) mais pas sa diversité d’alimentation modifierait la composition du
(Rodriguez-Romero et al., 2009; Michelland et al., microbiote vers une composition plus favorable (plus
2011). Les quantités des principales divisions de lactobacille et moins de bactéries coliformes)
bactériennes étudiées diminuent (Bennegadi et al., (Gabriel et al., 2006). A notre connaissance aucun
2003; Michelland et al., 2011). Toutes ces travail sur l’alimentation séquentielle chez le lapin
modifications microbiennes et environnementales sont n’est disponible mais cette piste pourrait être
observables dès le deuxième jour après le changement envisagée dans le cadre de système de production
d’aliment et persistent pendant toute la durée de ce alternatif.
nouveau régime (Michelland et al., 2011). Ces
4.2.6. Action des prébiotiques
résultats ont également montré que la communauté
bactérienne du cæcum du lapin est capable de Un prébiotique est défini comme un « ingrédient
changement et d’adaptation rapides pour atteindre un alimentaire non digestible qui affecte positivement
l’hôte en stimulant sélectivement la croissance et/ou

42 14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France

l’activité d’une ou d’un nombre limité de bactéries se lier aux cellules de l’hôte. Ainsi, chez le poulet
intestinales » (Gibson et Roberfroid, 1995). Il s’agit le supplémenté en MOS, les salmonelles se lient au
plus souvent d’hydrates de carbones à chaînes courtes mannose, ce qui réduit ainsi la densité de portage
(ou oligosaccharides) qui ne sont pas hydrolysés dans (Oyofo et al., 1989). En fonction de la dose utilisée,
l’intestin grêle, et arrivent ainsi inchangés dans le une supplémentation en FOS et MOS diminue les
caecum et le côlon. Les prébiotiques servent alors de densités de Clostridium perfringens et de Escherichia
substrat rapidement fermentescibles et conduisent à la coli chez le poulet (Kim et al., 2011).
production d’acide lactique et d’AGV, avec par Par ailleurs, une supplémentation en MOS modifierait
exemple un effet bénéfique de production du butyrate la structure de la communauté bactérienne des poulets
sur la croissance des entérocytes. Trois modes (Corrigan et al.). Chez le lapin les études relatives à
d’action sont attribués aux prébiotiques : i) stimuler la l’influence des prébiotiques concernent
croissance de bactéries bénéfiques à l’hôte ii) masquer principalement les performances de production et
par compétition les sites d’attachement des bactéries l’activité fermentaire caecale mais les résultats sont
pathogènes à la muqueuse et iii) se lier aux bactéries contradictoires y compris pour un même type de
pathogènes. Les deux prébiotiques les plus étudiés prébiotique (pour revue Falcao-e-Cunha et al., 2007).
sont les fructo-oligosaccharides (FOS) et les manno- Selon Falcao-e-Cunhan (2007), cette absence de
oligosaccharides (MOS). Les FOS stimuleraient la consensus est attribuée aux facteurs expérimentaux
croissance des Bifidobacteria et des Lactobacilli qui très variables entre les différentes études, mais
sont considérées comme des bactéries bénéfiques à également au fait que l’alimentation du lapin riche en
l’hôte (Gibson et Roberfroid, 1995; Kim et al., 2011). fibre peut contenir des quantités significatives
Les MOS utilisés chez le poulet, le veau et le porc d’oligosaccharides. Récemment, un effet des MOS sur
réduiraient le risque de colonisation du tube digestif la structure de la muqueuse a été observé avec une
par des microorganismes pathogènes par un augmentation de la taille des villosités iléales
mécanisme d’exclusion compétitive. En effet, le (Mourao et al., 2006), tandis que l’inuline ne semble
mannose se lie au fimbriae de type 1 qui correspond à pas modifier les comptages des bactéries anaerobies et
un filament que beaucoup de bactéries utilisent pour d’Escherichia coli (Bonai et al., 2010).

Tableau 2 : Principaux prébiotiques commercialisés (d’après Fonty et Chaucheyras-Durand, 2007)

Prébiotique Origine Structure chimique Type de liaison Degré de
osidique polymérisation
Inuline Racines de chicorée Glu-(Fru)n β(2,1) 3 à 60
Moyenne 10
FOS Hydrolyse de l’inuline de Glu-(Fru)n 2à7
chicorée et β(2,1) Moyenne 4,5
Synthèse à partir de (Fru)n
saccharose
Glu-(Fru)n 3à5
Moyenne 3,5
GOS Synthèse à partir du lactose Glu-(Gal)n β(1,4) 3à6
β(1,6) Moyenne 3
Lactulose Isomérisation du lactose Gal-Fru β(1,4) 2
Oligosaccharides Soja (Gal)n-Glu-Fru β(1,6) 3à4
de soja β(1,2)
MOS Levure (Man)n α(1,4) -
Glu : glucose, Fru : fructose, Gal : Galactose, Man : Mannose, n : nombre d’unités d’ose liées

4.2.7. Action des probiotiques d’action et donc survivre notamment à l’attaque acide
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants, de l’estomac du lapin (pH<2), c’est le cas des levures
utilisés comme additif alimentaire chez les animaux et (Kimse et al., 2008), de la plupart des bactéries
chez l’Homme, capables de moduler les activités du lactiques et des spores du genre Bacillus (Tableau 3).
microbiote digestif, dans le but d’améliorer la santé Par ailleurs, en raison de l’effet barrière exercé par le
ou les performances de l’hôte. Ils sont constitués microbiote, mais aussi des conditions écologiques qui
d’une ou plusieurs espèces de microorganismes ne sont pas optimales pour son maintien et sa
vivants accompagnés ou non des résidus de culture croissance, un microorganisme probiotique ne peut
(Tableau 3). Pour agir sur l’écosystème digestif pas s’implanter de manière durable dans le tube
caecal, le probiotique doit arriver vivant sur son site digestif. Pour se maintenir à un niveau stable, le

14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France 43

 probiotique doit donc être distribué régulièrement. augmentation du redox sans modification du pH
Les effets biologiques des probiotiques sont en (Kimse et al., 2008).
général fortement dépendants des souches de 4.2.8. Action des antibiotiques
microorganismes utilisées, de leur capacité à Depuis l’interdiction de l’utilisation des antibiotiques
maintenir une activité métabolique dans le milieu en tant que promoteur de croissance (en 2006), ces
digestif et de leur concentration cellulaire (Fonty et derniers sont actuellement utilisés en thérapeutique
Gouet, 1989). Chez le lapin, selon la revue uniquement et sur prescription vétérinaire. Plus que la
bibliographique de Falcao-E-Cunha (2007), d’une présence de résidus dans les produits d’origine
manière globale, l’ajout de probiotique tend à animale, deux risques plus importants existent. Le
améliorer les performances de croissance. Concernant premier risque est que la présence d’antibiotiques
l’action des probiotiques sur le microbiote, Amber et dans le tube digestif de l’animal puisse sélectionner
al., (2004) montre que l’addition de Lactobacillus des bactéries résistantes, qui peuvent ensuite être
acidophilus augmente le nombre de bactéries transférées aux autres animaux du troupeau, à d'autres
cellulotlytiques et diminue les bactéries uréolytiques. espèces animales et à l'Homme. Cette transmission
Par ailleurs, l’addition de levure (Saccharomyces peut être directe, s’il y a contact avec l’animal, ou
cerevisiae) augmenterait la proportion de indirecte si les bactéries résistantes sont disséminées
Ruminococcus albus (Gidenne et al., 2006) diminue la dans l’environnement. Ce phénomène a notamment
mortalité mais ne modifie pas la structure de la été mis en évidence par l’émergence de souches d’E.
communauté bactérienne (Kimse et al., 2008). coli chez l’Homme résistantes à l’apramycine, alors
Tableau 3 : Principales espèces microbiennes que cet antibiotique n’est pas utilisé en médecine
utilisés comme probiotique (Fonty et Gouet, 1989) humaine (Barton, 2000). Le second risque est qu'une
Genres Espèces modification précoce (avant 8 semaines) du
microbiote digestif, liée à l'utilisation d'antibiotiques,
Bactéries limite le processus de diversification du répertoire des
Bificobacteriu B. longum B.breve, B.infantis, anticorps (secrétés par le lymphocytes B ou sur les
m B. bifidum, B. adolescentis récepteurs des lymphocytes T) (voir figure 6). Cela a
Lactococcus L.cremoris, L. lactis conduit les chercheurs en médecine humaine à
formuler « l’hypothèse hygiéniste » (voir paragraphe
Streptococcus S. thermophilus 2.2.2). En conséquence, il semble important d'éviter
Enterococcus E. faecium toutes les pratiques qui limitent le développement du
Lactobacillus L. rhamnosus, L. Acidophilus, microbiote telle que l'exposition aux antibiotiques par
L. casei, L. bulgarus, Lgasseri, voie directe ou indirecte (traitement des mères). Chez
L. reuterii, L.plantarum, le lapin, l’effet des antibiotiques sur le microbiote est
L. sprogenes fonction de la matière active utilisée (Abecia et al.,
2007a). Ainsi l’administration de bacitracine (100
Pedicococcus P. acidilactici
ppm), mais pas celle de tiamuline (100 ppm), diminue
Bacillus B. cereus, B. subtilis, B. clausii, l’activité fermentaire de la femelle en lactation
B. licheniformis, B. pumilus, (Abecia et al., 2007b). A l’inverse, les empreintes
B. laterosporus, B. meagaterium moléculaires réalisées (DGGE) sur les contenus
Levures caecaux montrent que la tiamuline, mais pas la
Saccharomyces S. cerevisiae, S. cerevisiae subp bacitracine, modifie la structure de la communauté
boulardii bactérienne. Chez le lapin après sevrage,
l’administration de 100 ppm d’apramycine et de 120
ppm de tylosine réduit la mortalité mais diminue
Les études réalisées in vitro et in vivo ont permis de également la diversité du microbiote (Chamorro et al.,
comprendre les modes d’action des probiotiques 2007). A l’inverse, un aliment médicamenteux
(Fonty et Gouet, 1989). Certains probiotiques contenant 500 mg/kg oxytétracycline et 50 mg/kg
(bactéries lactiques) ont la capacité d’adhérer aux tiamuline ne modifie pas l’activité cellulasique et
cellules épithéliales de l’hôte freinant ainsi une pectinasique bactérienne, ni les dénombrements de
possible colonisation par les bactéries pathogènes. Les bactéries anaérobies strictes ou de E. coli du caecum
probiotiques sont également capables de produire des (Bonai et al., 2010).
facteurs antimicrobiens (bactériocine), ou des
4.3 Influence de la génétique de l’hôte
métabolites (acide lactique) ou encore des enzymes
créant des conditions écologiques plus favorables à la Etudier l’influence de la génétique revient à se poser
population autochtone. In vitro, il a été démontré que la question suivante : Y a-t-il un effet génétique sur
les probiotiques moduleraient l’immunité de l’hôte. l’implantation et/ou la composition finale du
Enfin, les probiotiques ont une action directe sur les microbiote de l’hôte ? Chez l’homme, le microbiote
conditions environnementales favorables à l’activité des individus au sein des membres d’une même
du microbiote (modification du pH, du redox etc…). famille est plus proche qu’entre les individus de
Chez le lapin, l’addition de levure entraine une familles différentes (Zoetendal et al., 2001). Cette

44 14èmes Journées de la Recherche Cunicole, 22-23 novembre 2011, Le Mans, France

similarité peut résulter d’un effet génétique et/ou d’un réorientation dans la période autour du sevrage et/ou
environnement commun. En effet, l’étude de Abecia iii) l’accélération de la maturation, sont des pistes de
et al. (2007c), tendrait à montrer que l’influence de recherches qu’il convient d’étudier. Les leviers
l’origine génétique intervient peu dans la colonisation d’action sont multiples. Parmi ceux-ci, les
caecale du microbiote du jeune lapereau, puisque la modifications des pratiques d’élevage (âge au
structure de la communauté de lapereaux adoptés est sevrage, accès précoce à l’alimentation), combiné à la
plus proche de celle de leur mère adoptive que de voie nutritionnelle (quantité et qualité des fibres,
celle de leur mère biologique. De même, chez des prébiotique et probiotique) et génétique devrait
porcs séparés de leur mère à la naissance et allaités apporter des solutions pour moduler la diversité
artificiellement, des individus élevés dans le même spécifique et/ou fonctionnelle de l’écosystème. Par
parc on plus de similitude entre eux qu’avec leurs ailleurs, il semble important d'éviter toutes les
frères élevés dans des parcs différents (Thompson et pratiques qui limitent le développement du microbiote
al., 2008). A l’inverse chez la souris, la composition telle que l'exposition aux antibiotiques par voie
du microbiote de souris issue de lignée obèse (ob/ob) directe ou indirecte (traitement des mères) afin de
diffère de celle des lignée minces (ob/+) ou de la garantir un développement optimal du système
lignée sauvage (+/+) avec une augmentation du ratio immunitaire des lapereaux.
Firmicutes/Bacteroides (Ley et al., 2005). Le Cependant si l’objectif finalisé qui correspond à
microbiote de vrais jumeaux (monozygotes) sont plus l’optimisation des services de l’écosystème à l’hôte en
proches entre eux que ne le sont les microbiotes de terme de santé et d’efficacité alimentaire est bien
faux jumeaux (dizygotes) (Steward et al., 2005). déterminé, force est de reconnaitre que la diversité
Enfin, une plus grande similarité entre les microbiotes fonctionnelle ou spécifique du microbiote recherché
de souriceaux issus de mères sœurs est observée (cible) n’est encore connue.
comparativement aux microbiotes de souriceaux issus
Références
de mères non apparentées (Hufeldt et al., 2010).
L’ensemble de ces 3 dernières observations tend à ABECIA L., FONDEVILA M., BALCELLS J., EDWARDS J.E., NEWBOLD
C.J., MCEWAN N.R. 2005. Molecular profiling of bacterial
démontrer que si le transfert du microbiote d’une species in the rabbit caecum. FEMS Microbiol. Lett., 244, 111-
génération à l’autre se fait par contact entre ascendant 115.
et descendant, la génétique de l’hôte jouerait ABECIA L., FONDEVILA M., BALCELLS J., EDWARDS J.E., NEWBOLD
également un rôle. C.J., MCEWAN N.R. 2007a. Effect of antibiotics on the bacterial
population of the rabbit caecum. FEMS Microbiol. Lett., 272,
Perspectives et Conclusion 144-153.
ABECIA L., FONDEVILA M., BALCELLS J., LOBLEY G.E., MCEWAN
Le tractus digestif constitue un habitat privilégié pour N.R. 2007b. The effect of medicated diets and level of feeding
une abondante population microbienne. Les récentes on caecal microbiota of lactating rabbit does. J. Appl.
avancées technologiques en microbiologie Microbiol., 103, 787 - 793.
moléculaire ont permis d’acquérir de nouvelles ABECIA L., FONDEVILA M., BALCELLS J., MCEWAN N.R. 2007c.
The effect of lactating rabbit does on the development of the
connaissances relatives à la composition du caecal microbial community in the pups they nurture. J. Appl.
microbiote chez l’Homme et l’animal. Cependant, Microbiol., 103, 557-564.
chez le lapin la connaissance de ces microorganismes ADJIRI D., BOUILLIER OUDOT M., LEBAS F., CANDAU M. 1992.
est encore parcellaire. Chez l’homme, l’étude du Simulation in vitro des fermentations caecales du lapin en
fermenteur à flux semi-continu. 1. Rôle du prétraitement du
métagénome (ensemble des gènes bactériens présents substrat alimentaire. Reprod Nutr Dev, 32, 351-360.
dans le microbiote digestif) a permis de définir trois AMBER K.H., 2004. Effect of feeding diets containing yucca extract
groupes d’individus ou entérotypes qui permettent or probiotic on growth, digestibility, nitrogen balance and
d’envisager des avancées intéressantes pour les caecal microbial activity of growing new zealand white rabbits,
In Proc.: 8th World Rabbit Congress, Becerril C., Pro A. (Eds.)
actions prophylactiques ou thérapeutiques. Chez le Colegio de Postgraduados for WRSA, publ., Puebla, Mexico, 7-
lapin, une première étude de métagénomique 10 september.
fonctionnelle a permis de caractériser des enzymes ARUMUGAM M., RAES J., PELLETIER E., LE PASLIER D., YAMADA
cellulasiques produites par les bactéries caecales et T., MENDE D.R., FERNANDES G.R., TAP J., BRULS T., BATTO J.-
M., BERTALAN M., BORRUEL N., CASELLAS F., FERNANDEZ L.,
non encore référencée (Feng et al., 2007). L’outil GAUTIER L., HANSEN T., HATTORI M., HAYASHI T.,
d’analyse du métagénome chez le lapin pourrait KLEEREBEZEM M., KUROKAWA K., LECLERC M., LEVENEZ F.,
apporter des réponses concernant les relations entre MANICHANH C., NIELSEN H.B., NIELSEN T., PONS N., POULAIN
les fonctions du microbiote et les troubles digestifs, J., QIN J., SICHERITZ-PONTEN T., TIMS S., TORRENTS D.,
UGARTE E., ZOETENDAL E.G., WANG J., GUARNER F.,
Dans ce cadre on peut également imaginer la mise au PEDERSEN O., DE VOS W.M., BRUNAK S., DORE J.,
point de nouveaux probiotiques dans lesquels les WEISSENBACH J., EHRLICH S.D., BORK P. 2011. Enterotypes of
fonctions clés indispensables au maintien de the human gut microbiome. Nature, 473, 174-180.
l’homéostasie auront été intégrées. BACKHED F., DING H., WANG T., HOOPER L.V., KOH G.Y., NAGY
A., SEMENKOVICH C.F., GORDON J.I. 2004. The gut microbiota
Les études menées jusqu’à présent semblent montrer as an environmental factor that regulates fat storage. Proc. Natl.
une certaine plasticité de l’écosystème digestif chez le Acad. Sci. USA, 101, 15718-15723.
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lapin. Les 3 hypothèses de modulation de
GOMEZ M., GARCIA J., BLAS C.D., 2004. Characterization of the
l’écosystème présentées dans cette synthèse, que sont microbial diversity of rabbit intestinal tract by restriction
i) le pilotage de l’implantation au nid, ii) la fragment length polymorphism, Proceedings of the 8th World
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