Chimie: Biomimétisme
Chimie: Biomimétisme
2020
PC
4 heures Calculatrice autorisée
Biomimétisme
Sous le terme biomimétisme sont regroupées toutes les ingénieries inspirées du vivant. Il ne s’agit pas de copier le
vivant mais bien de s’inspirer des solutions inventées par la nature et sélectionnées au cours de milliards d’années
d’évolution, et d’en transposer les principes ou processus. Pour relever les défis liés à la transition écologique et
énergétique et réduire les coûts environnementaux, les chimistes mettent au point des alternatives aux processus
industriels actuellement utilisés en concevant, par exemple, des catalyseurs bio-inspirés. À partir d’une réaction
catalysée par une enzyme, les chercheurs déterminent le site actif de l’enzyme où a lieu la transformation, leur
l’objectif étant d’en reproduire les propriétés exceptionnelles, telles que la sélectivité et l’efficacité. Par exemple,
le site actif des métalloenzymes, comme les hydrogénases capables de transformer de l’eau en dihydrogène,
est constitué d’un ou plusieurs ions métalliques et d’un environnement chimique spécifique à sa réactivité. Le
chimiste va utiliser ses outils de synthèse pour élaborer un environnement chimique (en général des ligands)
autour des mêmes ions métalliques pour reproduire le plus fidèlement possible la réactivité du site actif de
l’enzyme.
Ce sujet comporte deux parties indépendantes. La première porte sur l’étude d’un catalyseur bifonctionnel,
analogue de certaines enzymes, la 2-hydroxypyridine. La seconde s’intéresse à l’hydratation de l’acétonitrile
catalysée par un complexe du zinc, inspiré de métallo-enzymes produites par certaines bactéries.
Certaines questions, peu ou pas guidées, demandent de l’initiative de la part du candidat. Il est alors demandé
d’expliciter clairement la démarche, les hypothèses et de les illustrer, le cas échéant, par un(des) schéma(s).
Toute démarche engagée, même non aboutie, et toute prise d’initiative seront valorisées. Le barème prend en
compte le temps nécessaire à la résolution de ces questions.
Ce texte et accompagné d’un document réponse à rendre avec la copie. Les données utiles sont regroupées dans
ce document.
Les catalyseurs bifonctionnels agissent sur le substrat par deux de leurs sites en relation tautomérique et de
façon concertée. Leur activité catalytique, plus importante que celle des catalyseurs monofonctionnels, peut être
attribuée à la capacité à échanger leur proton sans former d’ion dipolaire de haute énergie. La 2-hydroxypyridine,
est un exemple de catalyseur bifonctionnel dont l’activité catalytique a été très largement étudiée dans de
nombreuses réactions, en particulier la mutarotation du 2,3,4,6-tétraméthyl-D-glucopyrannose (TMG), substrat
dérivé du glucose, et certaines substitutions nucléophiles.
Cette partie débute par une étude cinétique de la mutarotation du glucose, avec ou sans catalyse acido-basique,
puis se prolonge par celle de la mutarotation du TMG en présence de catalyseurs acide et basique monofonc-
tionnels et du catalyseur bifonctionnel HP. Elle s’achève par une substitution nucléophile aromatique du fluor
par la pipéridine catalysée par l’HP.
𝖧𝖮 𝖮𝖧
𝖧
𝖮
𝖧𝖮
𝖮𝖧
Figure 2 Forme ouverte du D-glucose
On effectue des mesures, à différentes dates 𝑡, du pouvoir rotatoire 𝛼 d’une solution aqueuse comportant ini-
tialement de l’𝛼-D-glucopyrannose à la concentration de 0,182 g⋅cm−3, placée dans une cuve de largeur 2 dm,
maintenue à la température de 25 °C. Les résultats sont consignés dans le tableau 1.
𝑡 (s) 120 240 300 370 520 650 850 1020 3600
𝛼 (°) 34,5 30,6 28,9 27,4 24,6 23,3 21,4 20,5 19,0
Tableau 1 Pouvoir rotatoire de la solution aqueuse comportant
initialement de l’𝛼-D-glucopyrannose à la concentration de 0,182 g⋅cm−3
Q 6. Déduire, de ces résultats expérimentaux, les valeurs des constantes de vitesse 𝑘1 et 𝑘−1 . Ces valeurs
sont-elles compatibles avec la valeur obtenue à la question 5 ?
I.A.4) Catalyse acido-basique de la mutarotation du glucose
En solution aqueuse, la réaction est très sensible à l’action catalytique des ions oxonium 𝖧𝟥 𝖮+ et hydroxyde
𝖧𝖮− . En partant du 𝛼-D-glucopyrannose, l’état d’équilibre est atteint avec une loi de vitesse du premier ordre,
la constante de vitesse 𝑘 s’exprimant sous la forme
𝑘 = 𝑘0 + 𝑘ℎ [𝖧𝟥 𝖮+ ] + 𝑘𝑤 [𝖧𝖮− ]
𝖮 𝖮
𝖢𝖧𝟥
𝖭 𝖭
𝖢𝖧𝟥
Figure 3 Formules de la 2-méthoxypyridine 4 et de la N-méthylpyridone 5
𝖮𝖬𝖾
𝖮
𝖧𝖮 𝖮𝖬𝖾
𝖮𝖬𝖾
Figure 5 Formule de la structure cyclique du TMG
Q 13. Quelles propriétés du phénol d’une part et de la pyridine d’autre part interviennent pour rendre
compte de leur effet catalytique dans la mutarotation du TMG.
Q 14. Proposer un mécanisme réactionnel rendant compte, dans la mutarotation du TMG, de l’aspect concer-
té dans l’action du catalyseur bifonctionnel HP. On fera intervenir la forme lactime sur la forme cyclique du
TMG.
Q 15. Interpréter, de manière précise, les résultats expérimentaux obtenus pour les différents types de cata-
lyseurs.
Figure 6 Produit PO
Q 16. Déterminer les deux sites nucléophiles de l’ion énolate issu de la propanone qui justifient sa réactivité
nucléophile ambidente.
Q 17. Justifier la nature du produit majoritaire (PC ou PO) dans l’hypothèse où la réaction d’alkylation est
sous contrôle orbitalaire. Comment pourrait-on interpréter la formation majoritaire de l’autre produit ?
I.D.2) Synthèse de la 2-méthoxypyridine
Le protocole de la synthèse mis en œuvre au laboratoire est décrit ci-après.
Dans un ballon de 50 mL, introduire 200 mg de HP (2,1 mmol), 580 mg de carbonate d’argent, 𝖠𝗀𝟤 𝖢𝖮𝟥 (2,1 mmol),
et 10 mL d’hexane (716,1 mmol). Ajouter deux millilitres d’iodométhane et adapter un réfrigérant. Agiter le
contenu du ballon à l’obscurité pendant 24 heures puis chauffer pendant quelques minutes à 50 °C pour chasser
l’excès d’iodométhane. Filtrer le carbonate d’argent sur Büchner garni de célite. Ajouter de l’eau et traiter trois
fois le milieu au dichlorométhane puis au sulfate de magnésium anhydre. Après filtration et évaporation du
solvant, 43,5 mg de 2-méthoxypyridine (0,4 mmol) sont recueillis sous forme d’un liquide incolore.
Q 18. Préciser le rôle de chaque espèce chimique présente dans le ballon. Montrer que l’iodométhane est
introduit en excès.
Q 19. Expliquer le rôle des traitements au dichlorométhane et au sulfate de magnésium anhydre.
Q 20. Déterminer la valeur du rendement de synthèse de la 2-méthoxypyridine. Commenter.
𝖢𝖭
𝖭
+ + 𝖧𝖥
𝖢𝖭
𝖭
𝖧
𝖭𝖮𝟤
𝖭𝖮𝟤
3 Pip 6
Figure 7 Substitution du fluor par la pipéridine
Cette réaction de substitution procède d’un mécanisme d’addition-élimination. Deux mécanismes compétitifs
entrent simultanément en jeu : le premier (mécanisme A, figure 8) ne fait pas intervenir le catalyseur HP,
contrairement au second (mécanisme B, figure 9). Les constantes de vitesses 𝑘𝑖 correspondent aux différents
actes élémentaires dont les molécularités sont indiquées. IR représente un intermédiaire réactionnel.
𝖢𝖭
𝑘1 𝑘2 𝖭
+ IR + 𝖧𝖥
𝑘−1 𝖢𝖭
𝖭
𝖧
𝖭𝖮𝟤
𝖭𝖮𝟤
Figure 8 Mécanisme A
𝖥
𝖢𝖭
𝑘1
+ IR
𝑘−1
𝖭
𝖧
𝖭𝖮𝟤
𝑘3 𝖭
IR + + 𝖧𝖥 +
𝖢𝖭
𝖭 𝖮𝖧 𝖭 𝖮𝖧
HP HP
𝖭𝖮𝟤
Figure 9 Mécanisme B
Q 26. Montrer qu’en début de réaction, les modèles mécanistiques prévoient l’expression de l’évolution tem-
porelle de l’absorbance suivante : 𝐴 = 𝑘app [𝐏𝐢𝐩]0 𝐴fin 𝑡.
Q 27. Cette étude expérimentale permet-elle de valider la loi de vitesse établie précédemment ?
Q 28. Conclure sur l’efficacité du catalyseur bifonctionnel HP dans cette substitution.
ne peut être réalisée qu’en imposant des conditions opératoires vigoureuses. De plus, dans ces conditions, l’amide
obtenu est lui-même hydrolysé pour donner, selon le pH, l’acide carboxylique ou l’ion carboxylate correspondant.
L’hydratation contrôlée d’un nitrile pour former un amide représente donc un véritable défi.
Les nitrile hydratases, enzymes produites par certaines bactéries, sont des métallo-enzymes à base de fer ou de
cobalt. La coordination du nitrile au centre métallique de cette enzyme permet d’en réaliser l’activation et de
catalyser son hydratation en amide. On se propose, dans cette partie, d’étudier un complexe du zinc dont la
structure est représentée figure 11, qui s’est révélé être un catalyseur de la réaction d’hydratation de l’acétonitrile
𝖢𝖧𝟥 −𝖢𝖭 en éthanamide 𝖢𝖧𝟥 𝖢𝖮𝖭𝖧𝟤 .
Q 36. Sur la figure A du document réponse, identifier, sans chercher à les distinguer, les protons associés
aux signaux se trouvant à 7,03 ppm, 6,93 ppm et 6,89 ppm.
Q 37. Justifier la multiplicité des signaux se trouvant à 3,62 ppm et 5,57 ppm.
Le spectre de résonance magnétique nucléaire du proton, enregistré à 500 MHz, du complexe est représenté
figure 14.
Q 39. Expliquer la présence sur le spectre des signaux notés « EtOH free ».
Q 40. Déterminer si l’acétonitrile se trouve en position 𝖦𝖾𝗇𝖽𝗈 ou 𝖦𝖾𝗑𝗈 au sein du complexe.
II.B.2) Étude de la formation du complexe [𝖱𝗂𝗆𝟦 𝖹𝗇(𝖢𝖧𝟥 𝖢𝖭)]𝟤+ par titrage calorimétrique iso-
therme
La formation du complexe [𝖱𝗂𝗆𝟦 𝖹𝗇(𝖢𝖧𝟥 𝖢𝖭)]𝟤+ a également été étudiée par titrage calorimétrique isotherme,
technique dont le principe va être étudié dans un premier temps.
a) Principe du titrage calorimétrique isotherme
Le titrage calorimétrique isotherme est une technique de choix pour déterminer les grandeurs thermodynamiques
associées à une réaction de complexation. En plus de sa stœchiométrie, il est ainsi possible de déterminer la
valeur de la constante thermodynamique d’équilibre et de l’enthalpie standard de la réaction de complexation.
Le schéma de principe du dispositif permettant de réaliser un titrage calorimétrique isotherme est donné figure 15.
Le dispositif est constitué de deux cellules en matériau conducteur placées dans une enceinte calorifugée. Un
capteur de température permet de mesurer la différence de température entre :
— la cellule de référence qui est remplie de solvant ;
— la cellule de mesure qui est remplie d’une solution du réactif à titrer.
Avant d’ajouter le réactif titrant à travers le tube d’injection, les éléments chauffant permettent d’amener les
deux cellules à la même température.
enceinte calorifugée
tube d’injection
L’élément chauffant de la cellule de référence dissipant une puissance constante, un volume précisément connu
de la solution de réactif titrant est ajoutée, à intervalles de temps réguliers, à la solution de réactif à titrer
𝖮
𝖮 𝖮
𝖮 𝖮
𝖮
Figure 16 Structure de l’éther 18-couronne-6
Pour cela, la cellule de référence est remplie d’eau et on introduit 10,0 mL d’une solution aqueuse d’éther
18-couronne-6 à 0,020 mol⋅L−1. La solution titrante est une solution de chlorure de baryum à 1,0 mol⋅L−1, elle
est ajoutée en six portions de 65,6 µL toutes les 15 min. Afin de tenir compte des effets de la dilution de la
solution, relativement concentrée de chlorure de baryum, on réalise la même expérience en introduisant 10,0 mL
d’eau dans la cellule de mesure. Les différentes expériences sont réalisées à 25 °C.
Le graphique de gauche de la figure 17 donne les résultats des deux expériences réalisées ; les résultats obtenus
lors de l’expérience permettant de tenir compte des effets de la dilution ont été artificiellement décalés vers le
bas. Les points du graphique de droite donnent la valeur du transfert thermique associé à chaque ajout et ont
été déterminés à partir des résultats du graphique de gauche.
et donner l’expression des constantes 𝐴 et 𝐵 en fonction de 𝑛𝖫,0 , quantité de matière de ligand 𝖫 initialement
introduite, 𝑛𝖡𝖺𝟤+ ,inj , quantité de matière de ligand introduite à chaque injection, 𝐾 ∘ et 𝑉𝑖 , le volume de solution
contenu dans la cellule de mesure après l’injection 𝑖.
Figure 18 Titrage calorimétrique isotherme du ligand 𝖱𝗂𝗆𝟦 par une solution de perchlorate de zinc
Le traitement des résultats obtenus a permis de déterminer la valeur de l’enthalpie standard de réaction
Δ𝑟 𝐻 ∘ = –69 kJ⋅mol–1 ainsi que la valeur de la constante thermodynamique d’équilibre 𝐾 ∘ = 7 × 105 .
Q 46. Ce titrage valide-t-il la stœchiométrie du complexe ? Justifier la réponse.
Q 47. Déterminer la valeur de l’entropie standard de réaction de complexation à 25 °C. Commenter.
Pour rendre compte de ces résultats expérimentaux, un mécanisme est proposé pour l’hydratation de l’acé-
tonitrile catalysée par le complexe [𝖱𝗂𝗆𝟦 𝖹𝗇𝖲]𝟤+ . Il met en jeu plusieurs complexes au sein desquels le zinc
est toujours pentacoordiné. En présence d’eau, l’espèce majoritaire est l’aquacomplexe A dont la figure C du
document réponse donne une représentation simplifiée.
Le complexe A est en équilibre rapide avec l’acétonitrilocomplexe B où le ligand aqua a été remplacé par le
ligand acétonitrilo 𝖢𝖧𝟥 𝖢𝖭.
Le complexe B est lui-même en équilibre avec le complexe C où une molécule d’eau a remplacé l’un des quatre
bras imidazole.
Le complexe C, par une réaction acido-basique intramoléculaire suivie d’une addition nucléophile, se transforme
en complexe D .
Le complexe D évolue ensuite par réaction acido-basique pour former le complexe E où le zinc est à nouveau
coordiné aux quatre imidazole.
Le complexe E reforme ensuite soit le complexe A soit le complexe B par échange de l’éthanamide soit avec
l’eau soit avec l’acétonitrile.
Q 50. Compléter le cycle catalytique de la figure C du document réponse en représentant les complexes B
et C.
Q 51. Proposer un mécanisme réactionnel pour la formation du complexe D à partir du complexe C.
Q 52. Représenter la structure du complexe E sur la figure C du document réponse.
Q 53. Rendre compte, à partir du mécanisme proposé pour l’hydratation de l’acétonitrile catalysée par le
complexe [𝖱𝗂𝗆𝟦 𝖹𝗇𝖲]𝟤+ , des deux phases d’évolution de la concentration en éthanamide mises en évidence lors
de l’étude cinétique de cette hydratation.
• • • FIN • • •