Deuxième partie

Réplication
 Objectifs
• Définir la réplication
• Identifier les éléments de la réplication
• Mécanismes de la réplication Procaryote vs
Réplication Eucaryote
 Définition

• Processus permettant la transmission des

informations contenues dans l’ADN de
génération en génération.
– Ouverture de l’ADN en deux pour permettre la
synthèse de nouvelles molécules
• La quantité d’ADN est alors doublée
– Réplication semi-conservative: chaque
nouvelle molécule d’ADN va contenir un brin
de l’ancien ADN et un brin d’ADN nouvellement
formé.
Définition
 Eléments nécessaires
• Brin parental d’ADN
• Nucléotides: désoxyribonucléotides (ACTG)
triphosphatés
– Triphosphates : apport de l’énergie nécessaire.
• Enzymes:
– dérouler les deux brins de l’ADN
– accrocher les nucléotides entre eux
• Ions:
– Mg2+ : stabilisation du milieu.
• Amorces: nucléotides d’ARN
 Etapes principales
• Initiation:
– Séparation des deux brins au niveau de l’origine
de réplication
– Synthèse de l’amorce
• Elongation:
– Mise en place du « réplisome » à l’extrémité de
l’amorce
– Synthèse d’un nouveau brin
• Terminaison:
– Arrêt de la réplication à l’extrémité 5’
Réplication chez les Procaryotes

Réplication chez E. coli

 Réplication chez E. coli
• Duplication du chromosome à chaque division
cellulaire (reproduction par scissiparité)
• Chromosome unique circulaire double brin 4, 6
Mb
• Origine de réplication: OriC (environ 250 nt)
composée de plusieurs régions:
– 5 régions Dna A (Dna A boxes)
– 3 séquences répétées de 13 nucléotides riches en AT
Structures OriC et Dna A

Messer, 2002

Xu and Dixon, 2018

 Réplication chez E. coli
• Réplication bidirectionnelle car ADN circulaire.
• Réplication 5’ 3’
• Brin avancé, brin retardé

O’Donnell et al. 2013

 Initiation

• Reconnaissance de la séquence d’origine oriC

par la protéine Dna A:
– Domaine IV de Dna A se lie à l’ADN double brin
• Fixation de plusieurs monomères de Dna A
(avec ATP) à oriC.
• Ouverture de la région riche en AT (œil de
replication) pour permettre l’entrée et la
fixation de Dna B (hélicase)
– DUE: DNA Unwind Element
Initiation

Messer, 2002
 Initiation
• Entrée de deux molécules de l’hélicase, Dna B
aidée par Dna C
– Hélicase Dna B: Homohexamère
– Hélicase Dna B: Sépare les brins de l’ADN, aide au
maintient de la fourche de réplication
– Les 6 protomères sont alignés côte à côte en
forme de bague dans laquelle passe l’un des brins
parental de l’ADN
• Dna C: Chargeur de Dna B (Dna B loader)
• Libération de Dna C après la fixation de Dna B
• Déroulement de l’ADN par l’hélicase dans le
sens 5’ 3’ (Sur environ 65 nucléotides)
Initiation

Messer, 2002
 Initiation
• Fixation de Dna G ou Primase
• Synthèse de l’amorce ARN (12 nt) par la Primase
– Reconnaissance d’une séquence préférentielle de 3
nucléotides 5’ CTG
– Synthèse des amorces sur le brin tardif (fragments
d’Okazaki)
• Accrochage de l’ADN polymérase III et formation
du réplisome
• Fixation des SSB (Single Strand Binding):
Stabilisent les régions dénaturées
• Gyrase, topoisomérase I: Surenroulements
Initiation

Messer, 2002
 Elongation
• 5 ADN polymérases
• Polymérase III (Holoenzyme de 17 sous unités)
• Polymérase III
– Incorporation des bases en respectant les règles
de complémentarité >>>> synthèse en continue
d’un nouveau brin précoce (ADN pol III)
• Sur le brin retardé: Synthèse de petits
fragments (Fragment d’Okasaki, (Reiji Okasaki
1968)) qui seront reliés par une ligase
 Elongation

α : polymérisation 5’ 3’
ε: activité exonucléasique 3’ 5’
β: confère grande processivité
γ: charge β et encerclent le brin
d’ADN et facilite la progression
de la polymérase. Permet à β de
s’accrocher et de se décrocher
de l’ADN
τ: permet la formation d’un
dimère entre les 2 polymérases
sur les deux brins
 Elongation

Fijalkowska et al. 2012

 Elongation
ADN polymérases E. coli
Polymérase I Polymérase II Polymérase III
Structure Monomérique Sup à 4 sous unités 10 sous unités ou
plus (Core + Clamp
+ protéines
associées)
Rôle Elimine les Réparation de l’ADN Réplication de l’ADN
amorces lors de génomique
la réplication
Réparation
Polymérisation 5’ 3 ’ Oui Oui Oui (sous unité
alpha)
Exonucléase 3’ 5’ Oui Oui Oui (sous unité
epsilon)
Exonucléase 5’ 3’ Oui Non Non
Vitesse de 16-20 bases/sec 5-10 bases/sec 250-1000 bases/sec
polymérisation
Elongation
 Elongation

• Brin retardé:
• Après la synthèse de l’amorce, la primase est
remplacée par l’holoenzyme ADNp III.
• Synthèse jusqu’à atteindre un ADN précédemment
synthétisé.
• L’ADN pol I prend alors le relais en continuant la
synthèse de l’ADN pendant qu’elle enlève l’amorce
ARN.
• L’ADN ligase A remplace la pol I après que l’amorce
a été enlevée et soude les deux fragments
ensemble.
 Terminaison
• Rencontre des deux fourches dans la zone de
terminaison
• Reconnaissance d’une séquence Ter par une
protéine Tus (Terminator utilisation substance)
• 10 sites de 23 pb Ter (A-J) dans la zone de
terminaison
• Ter-Tus: Arrêt de la réplication
• Dissociation de tous les éléments
• Polymérase I lie les fragments d’Okazaki
• Séparation: topoisomérase
Terminaison

Dewar and Walter, 2019

 Protéines de la réplication Procaryote
• Dna A: Reconnaissance de l’origine de réplication.
• DnaB: ADN-hélicase, utilise l’énergie d’hydrolyse
de l’ATP pour catalyser l’ouverture de la
double hélice d’ADN ; stimule la synthèse de
l’amorce sur l’ADN simple brin.
• DnaC: Permet la fixation de l’hélicase. Porteur de
Dna B.
• DnaG: Primase, polymérase responsable de la
synthèse de l’amorce (Amorce ARN)
 Protéines de la réplication Procaryote
• SSB: Protéine se fixant à l’ADN simple brin ;
stimule la polymérase et facilite le chargement
de l’hélicase.
• Pol III core: ADN polymérase ; 3’-5’ exonucléase.
• Ligase: Catalyse la jonction des fragments
d’ADN (Fragments d’Okazaki).
• Polymérase I: Polymérisation de courte séquence
d’ADN. Nucléase enlevant les amorces d’ARN.
• RNase H1: Nucléase enlevant les amorces d’ARN.
 Protéines de la réplication Procaryote
• Topo-isomérase I: Maintien du surenroulement
après passage de la fourche de réplication ;
relâche l’ADN.
• Gyrase: Maintien du surenroulement après
passage de la fourche de réplication ; introduit
des super-tours.
• Topo-isomérase IV: Décaténation des
chromosomes après synthèse.
• Tus: Arrêt de la réplication par fixation aux
« terminateurs » de réplication (Ter).
Réplication chez les Eucaryotes

Réplication chez Saccharomyces

cerevisiae
 Eucaryotes
• Caractéristiques générales semblables à la
réplication chez les procaryotes
• Quelques différences dues à la spécificité des
génomes des Eucaryotes
– Longues chaines ADN linéaires
– Organisées en chromatine
– Réplication uniquement durant la phase S: 8-10
heures
• Trois étapes: Initiation – Elongation -
Terminaison
Initiation

O’Donnell et al. 2013

 Initiation
• ORC, Origin Recognition Complex: Protéine
intiatrice
• Origine de réplication variable définie par:
– Séquence de l’ADN riche en AT
– Structure de la chromatine
– Interactions protéiques, …
• Levure: ARS (Autonomously replicating
sequence) 11-17pb conservée
 Initiation
• ORC (6 sous unités) et Cdc6 (Cell division cycle
protein 6):
– Identifient l’origine de réplication
– Marquent l’origine de réplication
• MCM 2-7, Minichromosome Maintenance (6
sous unités, structure en forme de bague):
Hélicase
• Fixation de l’hélicase grâce à Cdt 1
• ORC + Cdc6 + MCM 2-7 + Cdt 1: Complexe de
préréplication (prereplicative complex: Pre-RC)
Initiation

Pozo and Cook, 2017

 Initiation
• Ajout de Cdc45 et GINS (Go-Ishi-Ni-San) pour
permettre à l’hélicase d’être fonctionnel:
Formation d’un complexe CMG (Cdc45-MCM-
GINS) au niveau de la fourche de réplication
 Initiation

• Formation du réplisome
• 3 ADN polymérases: alpha (α), delta (δ),
epsilon (ε)
• Synthèse de l’amorce par une primase
– sous unité de l’ADN pol alpha: synthétise
une amorce d’ARN de 4 à 10 nucléotides qui
s’apparie sur le brin parental
• Action de topoisomérases (gyrases) pour
supprimer les tensions de l’ADN crées par
les superenroulements positifs
 Elongation
• ADN polymérase α prolonge l’amorce par
une chaine ADN de 50 à 100 nucléotides.
• ADN polymérases δ et ε prennent le relais
– Pol ε : élongation du brin avancé
– Pol δ : élongation du brin retardé
– Levure: Pol δ responsable de l’élongation sur
les deux brins
 Elongation
• 16 ADN Polymérases Eucaryotes: 2 groupes

• ADN Polymérases réplicatives: alpha, delta,

epsilon
– Réplication fidèle du génome
• ADN Polymérases alternatives ou
spécialisées: bêta, lambda, mu, sigma, iota,
kappa, …
– Réparation de l’ADN
 Terminaison
• Amorce ARN, et hydrolyse de cette amorce :
brin néosynthétisé plus court de 10
nucléotides à chaque extrémité.
• Télomérase: Ajout de nucléotides à l’extrémité
3’ de la chaîne d’ADN. ADN polymérase ajoute
une chaîne sur l’extrémité 5’.
 Réplication
• Comparaison de la réplication chez les
Eucaryotes et les Procaryotes
Etapes de Procaryotes E. coli Eucaryotes Remarques
réplication Homo sapiens

Initiation Une seule zone 20 000 à 100 000 zones

d’initiation OriC. d’initiation. Toutes ne
sont pas forcément
activées en même
temps

Les deux brins d’ADN sont séparés pour donner

une bulle de réplication

Ouverture de la Protéine Dna A Protéines ORC, Cdc6, Zones riches en

double hélice MCM2-7, Cdt1 AT moins
d’ADN énergétiques
 Réplication
Etapes de la Procaryotes E. coli Eucaryotes Homo Remarques
réplication sapiens

Fourche de Protéines Dna B ADN polymérase α Stabilisation par

réplication (hélicase) et Dna G (+ primase) des protéines SSB
(primase)

Amorces d’ARN Intervention d’une primase qui synthétise une

amorce d’ARN à partir de laquelle l’ADN
polymérase commencera la synthèse de l’ADN

ADN ADN polymérase III. ADN polymérase δ et ε.

polymérases Formation du réplisome.
La réplication se fait
dans les deux sens à
partir de la zone OriC

Polymérisation dans le sens 5’-3’

Activité exonucléasique 3’-5’
 Réplication
Etapes de Procaryotes E. coli Eucaryotes Homo sapiens Remarques
réplication

Brin retardé Synthèse par petits Synthèse par petits

fragments: fragments fragments: fragments
d’Okazaki d’Okazaki

Hydrolyse des ADN polymérase I. RNAase H. Incapable de

amorces d’ARN Capable de synthétiser le synthétiser de l’ADN.
fragment d’ADN en Intervention d’une ADN
remplacement. polymérase

Terminaison Pas de problème puisque Intervention de la

l’ADN est circulaire télomérase
Ter-Tus
 Réplication: Médicaments
• Toutes les étapes de la réplication peuvent
être l’objet de cibles de médicaments:
– Bléomycine: Endommage l’ADN et inhibe la
réparation
– Novobiocine, quinolones, fluoroquinolones:
inhibent la topoisomérase
Exemple de questions d’évaluation