SPM 2104 : STRUCTURES ET PROPRIETES DES

MACROMOLECULES
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Prof. N’GUESSAN D. Professeur titulaire, Spécialité : Biochimie-Pharmacologie

Laboratoire de Biologie et santé, UFR Biosciences

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ECUE 21041 : STRUCTURES ET PROPRIETES DES

PROTEINES

(4 H de CM)

PLAN DU COURS

I- Les acides aminés (rappel)

1-Classification

2-Les acides aminés essentiels

II- Structure des protéines

1-La liaison peptidique

2. Les différents niveaux de structure des protéines

2.1. La structure primaire :

2.2. La structure secondaire :

2.2.1. L’hélice
 2.2.2. Le feuillet β

2.2.3. Les coudes

2.3. La structure tertiaire

2.4. La structure quaternaire

3-La classification des protéines

3.1. Structure tridimensionnelle

3.2. Composition

4-Propriétés physico-chimiques des protéines

4.1. Dénaturation

4.2. Solubilité

4.3. Poids et masse moléculaires

4.4. Propriétés électriques

4.5. Dénaturation

4.6. La dégradation des protéines

4.6.1. La digestion des protéines

4.6.2. La protéolyse (ou catabolisme protéique)

5. Détermination de la structure primaire des protéines

III. Fonctions biologiques des protéines

1. Catalyseurs biologiques (Enzymes)

2. Structure
3. Défense de l’organisme et signalisation cellulaire
4. Régulation du métabolisme

5. Transport

6. Contraction et motricité
 7. Stockage

8. Régulation du pH

IV. Le protéome
ECUE 1 : STRUCTURES ET PROPRIETES DES PROTEINES ET
ACIDES NUCLEIQUES (10 H de CM)

La myoglobine, protéine respiratoire des muscles.

Les protéines (du grec prôtos, premier) sont des polymères composés d'une combinaison de
quelques 20 acides aminés. La plupart des protéines sont formées de l'union de plus de 100
acides aminés (résidus) reliés entre eux par des liaisons peptidiques.

Les peptides, parfois appelés petites protéines sont des molécules formées d’une chaine
d’acides aminés, reliés entre eux par des liaisons peptidiques. Les frontières entre les différentes
dénominations sont un peu floues mais on s’accorde en général sur les nombre suivants :

-Au-delà de 100 (> 100) acides aminés, on parle de protéines qui sont des macromolécules.

-En deçà de 100 (<100) acides aminés, on parle de peptide.

*Les peptides ne comptant qu’un petit nombre d’acides aminés (moins de 10) sont appelés
des oligopeptides.

*Tandis que ceux en comptant plus de 10, mais moins de 100 sont nommés des
polypeptides.

Exemples :
-Aspartame : oligopeptide (Dipeptide) de 2 acides aminés lies par une liaison peptidique

ASPATAME= Asp-PheMethylester (edulcorant)

-Le glutathion : oligopetide (tripeptide) composé de 3 acides aminés

γ-glutamyl-cystéinyl-glycine

-Insuline : L'insuline est une hormone constituée de 2 chaînes polypeptidiques, une

chaîne A de 21 acides aminés et une chaîne B de 30 acides aminés.
LES DEUX CHAINES DE CRISTAUX D’INSULINE

L’INSULINE PORCINE

I- Les acides aminés (rappel)

Les acides aminés (« amin » du grec ammôniakos, ammoniac) sont des composés
organiques azotés qui possèdent une formule générale du type :
L'atome de carbone central Cα (carbone alpha) est relié à un groupement amine (NH2 -), à un
groupement carboxylacide (- COOH) et à un radical Rvariable d'un acide aminé à un autre. Les
radicaux (R) peuvent avoir des propriétés différentes, certains sont hydrophiles, d'autres
hydrophobes.

1-Classification

a) Les acides aminés à chaîne aliphatique : Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine. Les
chaînes aliphatiques plus grandes sont hydrophobes et ont tendance à s’agglomérer.

b) Les acides aminés à chaîne latérale aromatique : Phénylalanine, Tyrosine, Tryptophane.

Ces trois acides aminés sont très hydrophobes.

.c) les acides aminés soufrés : Cystéine, Méthionine

Les chaînes latérales contenant du soufre sont hydrophobes. Le groupe sulfhydrile de la cystéine
est très réactif et joue un rôle spécial dans l’architecture de certaines protéines en formant des
liaisons disulfures.
d) Les acides aminés hydroxylés :

Sérine, Thréonine

Ces acides aminés sont hydrophiles.

e) Les acides aminés basiques : Lysine, Arginine, Histidine. La lysine et l’arginine sont
chargées positivement à pH neutre. L’histidine est rencontrée dans le site actif des enzymes ou
son noyau imidazole peut osciller entre 2 états afin de catalyser la formation ou la rupture de
liaison.

f) Les acides aminés dicarboxyliques (acides) et leurs amides : Aspartate-Asparagine

Glutamate-Glutamine

g) La proline : Elle a une fonction amine secondaire. Elle est souvent rencontrée dans les coudes
des chaînes protéiques reployées.
CODE A 3 LETTRES ET SYMBOLES DES ACIDES AMINES

2-Les acides aminés essentiels

Les acides aminés essentiels : l'isoleucine, la leucine, la lysine, la méthionine, la phénylalanine,

la thréonine, le tryptophane, et la valinene peuvent pas être fabriqués par notre organisme. Au
risque de déficit, ils doivent être apportés régulièrement par l'alimentation dans les bonnes
proportions : ce sont les aides aminés essentiels.
 Doses journalières recommandées pour les adultes en valeurs pour un adulte
Nom
mg par kg selon l'OMS, la FAO et l'UNU de 70 kg (mg)

F Phénylalanine 25 1750

L Leucine 39 2730

M Méthionine 15 1050

K Lysine 30 2100

I Isoleucine 20 1400

V Valine 28 1960

T Thréonine 15 1050

W Tryptophane 4 280

H Histidine3. 10 700

II- Structure des protéines

1-La liaison peptidique

Dans les protéines, le groupement carboxylique d’un acide aminé est uni à la fonction
amine d’un autre acide aminé par une liaison peptidique. La biosynthèse nécessite un apport
d’énergie. Une unité acide aminée dans le polypeptide est appelée résidu. L’extrémité aminée est
prise comme origine de la chaîne polypeptidique (illustration a la page suivante).

La liaison peptidique possède un caractère de double liaison, ce qui implique que tous les atomes
(Cα, C, O, N, H et Cα) soient coplanaires. L’unité peptidique est donc rigide et plane.
 Par contre la liaison entre l’atome de carbone α et l’atome de carbone du groupement
carboxyle est une simple liaison de même que la liaison entre le carbone α et l’atome d’azote
peptidique. Il y a un grand degré de liberté de rotation autour de ces liaisons de chaque côté de
l’unité peptidique rigide. L’hydrogène de la fonction amine substituée est presque toujours trans
par rapport à l’oxygène du groupe carboxyle.

Formation de la liaison peptidique

NB : Les peptides sont écrits dans le sens N-----------------C

Acide glutamique (Glu)

Cystéine (Cys)

Glycine ou Glycocolle (Gly)

γ-glutamyl-cystéinyl-glycine
N-----------------------------------C

2. Les différents niveaux de structure des protéines

En fonction des différentes interactions entre les acides aminés composant lesprotéines, on
distingue 4 niveaux de structure à savoir la structure primaire, la structure secondaire, la
structure tertiaire et enfin la structure quaternaire.
2.1. La structure primaire :

Chaque acide aminé est lié au suivant par un lien peptidique ou liaison peptidique, qui se
forme quand le groupement carboxylique d'un premier acide aminé réagit avec le groupement
aminé d'un second, avec élimination d'eau. Quand les acides aminés sont incorporés dans une
chaîne (qu'on appelle chaîne polypeptidique), on les appelle des résidus. La chaine
polypeptidique n'est pas branchée; elle forme un unique filament étiré. Par convention, le
premier acide aminé de la structure primaire est celui dont la fonction α-aminée n’est pas
engagée dans une liaison peptidique (extrémité NH2-terminale ou N-terminale).Par
convention, le dernier acide aminé de la structure primaire est celui dont la fonction acide
carboxylique (carbone n° 1) n’est pas engagée dans une liaison peptidique (extrémité
COOH-terminale ou C-terminale).

ILLUSTRATION DE LA STRUCTURE PRIMAIRE

2.2. La structure secondaire :

La structure secondaire décrit le repliement local de la chaîne principale d'une protéine.

L'existence de structures secondaires vient du fait que les repliements énergétiquement
favorables de la chaîne peptidique sont limités et que seules certaines conformations sont
possibles.

Certaines conformations se trouvent nettement favorisées car stabilisées par des liaisons
hydrogènes entre les groupements amide (-NH) et carbonyle (-CO) du squelette peptidique. Il
existe trois principales catégories de structures secondaires selon l'échafaudage de liaisons
hydrogènes, et donc selon le repliement des liaisons peptidiques : les hélices, les feuillets et
les coudes.

2.2.1. L’hélice

Il y a conformation en hélice lorsque le squelette principal de la protéine adopte un

repliement hélicoïdal périodique. Dans l'immense majorité des cas, cette hélice tourne dans
le sens horaire. Elle est alors dite « droite ». Inversement, lorsqu'une hélice tourne dans le
sens anti-horaire, elle est dite « gauche ».

*L’hélice α: L'hélice α est une structure périodique très fréquente dans le repliement des
protéines et des peptides. C’est une structure en bâtonnet. La chaîne polypeptidique
principale étroitement enroulée forme la partie interne du bâtonnet et les chaînes latérales se
disposent à l’extérieur en un arrangement hélicoïdal. L’hélice est stabilisée par des liaisons
hydrogène entre les groupes NH et CO de la chaîne principale. Le CO de chaque A.A est
lié par liaison hydrogène au groupe NH de l’A.A situé 4 résidusplus loin dans la chaîne
polypeptidique linéaire. Un tour d'hélice α moyen contient 3,6 résidus et mesure 0,54 nm, soit
une translation de 0,15 nm par résidu. Les hélices α rencontrées dans les protéines sont
droites (rotation dans le sens horaire).

Deux hélices peuvent s’enrouler l’une autour de l’autre pour former un câble. Ces
enroulements super hélicoïdaux sont rencontrés dans la kératine des cheveux, la myosine
et la tropomyosine du muscle, et la fibrine des caillots sanguins, le collagène dans les tissus
conjonctif. Ces câbles jouent un rôle mécaniqueen formant des faisceaux rigides de fibres.
2.2.2. Le feuillet β

La chaîne polypeptidique du feuillet β est presque totalement étirée. La distance axiale entre
les A.A. adjacents est de 3,5 A. Le feuillet est stabilisé par des liaisons hydrogènes entre le
CO et NH de chaînes polypeptidiques différentes. Les brins adjacents d’un feuillet plissé
peuvent être de même sens (parallèles).

N-------------------------------C

N------------------------------C

ou de sens opposés (feuillets antiparallèles).

N---------------------------------C

C---------------------------------N

La fibroïne de la soie est constituée presque entièrement de feuillets antiparallèles.

NB : La fibroïne est une protéine insoluble créée par les araignées, les larves de Bombyx mori,
d'autres genres de papillons comme Antheraea, Cricula, Samia et Gonometa, et de nombreux
autres insectes.

Des unités structurales comprenant de 2 à 5 feuillets parallèlesou antiparallèles sont très

répandues.
FEUILLET BETA

2.2.3. Les coudes

Les chaînes polypeptidiques peuvent changer de direction en faisant des coudes β, ceci grâce
à des liaisons hydrogènes entre le CO d’un résidu et le groupement NH du quatrième. Les
coudes ne sont pas des structures périodiques. Il s'agit plutôt d'un repliement particulier du
squelette carboné localisé à 3 ou 4 résidus consécutifs. Les coudes permettent bien souvent de
relier 2 structures secondaires périodiques (hélices et/ou brins). Ils peuvent s'oxyder.

2.3. La structure tertiaire

Elle résulte des relations entre les A.A éloignés dans la structure linéaire. En effet des a.a très
éloignés les uns des autres dans la séquence peuvent se trouver très proches en raison des
repliements et former des régions indispensables au fonctionnement de la protéine comme le
site actif.

Les chaînes latérales polaires sont groupées en surface. Les radicaux hydrophobes sont rejetés
versl’intérieur de la protéine. Ces radicaux sont unis par des liaisons hydrophobes
(interactions de type de van der waals), des liaisons ioniques, des liaisons hydrogènes, des
ponts disulfures.
LES DIFFERENTS TYPES D’INTERACTION

2.4. La structure quaternaire

De nombreuses protéines sont composées de plusieurs chaînes peptidiques indépendantes.

A l'intérieur de cet ensemble de sous-unités, chaque chaîne possède sa propre structure,
primaire, secondaire et tertiaire. Certaines régions hydrophobes de ces sous-unités peuvent
s'agréger entre elles. L'association entre 2 molécules de protéines forment un dimère et
entre 4 molécules, un tétramère (cas de l’hémoglobine). Les sous unités peuvent être liées
entre elles par :
-Des liaisons hydrogènes entre les résidus d'acides aminés de 2 sous-unités (exemple : ser --
- lys).

-Des liaisons ioniques de deux sous unités (exemple : glu --- lys).

-Des liaisons hydrophobes (ou Van der Waals) entre les résidus apolaires de deux sous
unités.

-Des ponts disulfures entre les résidus de cystéine de deux sous unités (n'existent pas dans
le cas de l'hémoglobine).

Ces associations grâce à aux interactions confèrent une activité biologique au niveau du
protomère qu’on ne retrouve pas au niveau del’oligomère.

NB :

*Les liaisons électrostatiques : Ce sont des liaisons non covalentes qui s’établissent entre un

radical chargé positivement et un radical chargé négativement.

* Les liaisons hydrogènes:C’est une liaison non covalente qui se forme quand sont à
proximité un atome d’hydrogène lié àl’azote ou à l’oxygène et d’autre part un doublet
électronique non partagé d’un autre azote oud’oxygène. Le tryptophane et l’arginine servent
de donneurs de liaisons hydrogène. L’asparagine, laglutamine la serine et la thréonine servent
de donneurs et d’accepteurs de liaisons hydrogène. Lalysine, les acides aspartique et
glutamique, la tyrosine et l’histidine ont des capacités à former desliaisons hydrogène en
fonction du PH.

* Les liaisons hydrophobes :Les chaînes latérales hydrophobes sont repoussées par l’eau et
ont tendance à se rapprocher entreelles.
HEMOGLOBINE

3-La classification des protéines

Il ya différents critères de classification en fonction :

 De la structure tridimentionnelle
 De la composition
 Du rôle biologique (fonction biologiques)
 De la solubilité

3.1. Structure tridimensionnelle

 La structure tridimensionnelle de la protéine lui confère ses propriétés distinctes et
dicte sa fonction biologique. Habituellement, on classe les protéines en deux catégories
suivant leur forme générale : protéines fibreuses et protéines globulaires.

-Les protéines fibreuses : Les protéines fibreuses sont appelées protéines structurales car elles
constituent le principal matériau de construction chez les Vertébrés. Elles sont linéaires,
insolubles dans l'eau et d'une grande stabilité (support mécanique aux tissus et résistance à la
traction). Les principales protéines fibreuses sont le collagène, la kératine, le fibrinogène et les
protéines musculaires (actine, myosine).

-Les protéines globulaires : contrairement aux protéines fibreuses, les protéines globulaires
sont sphériques et hautement solubles. Elles jouent un rôle important dans le métabolisme.
Les albumines, les globulines, la caséine et les hormones protéiques sont des protéines
globulaires. Les albumines et les globulines sont abondantes dans les cellules animales, le
sérum sanguin, le lait et les œufs.

3.2. Composition

On aura 2 types de protéines à savoir :

-Les protéines simples ou holoprotéines composées exclusivement d’acides aminés

-Les protéines complexes ou conjuguées ou hétéroprotéines : dans de telles protéines, on

distingue 2 parties qui sont la partie protéiques ou apoprotéine et la partie non protéique ou
groupement prosthétique. On classe les hétéroprotéines en fonction de la nature chimique de
de leur groupement prosthétique.

Ex : glycoprotéines (FSH, LH, hCG=hormone chorionique gonadotrophine), lipoprotéines

(HDL, LDL), phosphoprotéines (caséine du lait, vitelline du jaune d’œuf), chromoprotéines
(hémoglobine), métalloprotéines (ferrédoxine)

4-Propriétés physico-chimiques des protéines

4.1. Dénaturation
Une protéine est dénaturée lorsque sa conformation tridimensionnelle spécifique est changée
par rupture de certaines liaisons sans atteinte de sa structure primaire. Il peut s'agir, par
exemple, de la désorganisation de zones en hélice α. La dénaturation peut être réversible ou
irréversible. Elle entraîne une perte totale ou partielle de l'activité biologique. Elle produit très
souvent un changement de solubilité de la protéine.

Les agents de dénaturation sont nombreux :

-agents physiques : température, radiations, pH ;

-agents chimiques: solution d'urée qui forme de nouvelles liaisons hydrogène dans la protéine,
solvants organiques, détergents...

4.2. Solubilité

Les relations des protéines avec l'eau sont complexes. La structure secondaire des protéines
dépend dans une large mesure de l'interaction des liaisons peptidiques avec l'eau par
l'intermédiaire de liaisons hydrogène. Des liaisons hydrogène se forment également soit entre
radicaux de la protéine (structures alpha et bêta) soit entre ses radicaux hydrophiles libres et
l'eau. Les protéines riches en pelote statique (assemblage de chaines désordonnées) sont donc
a priori plus solubles que les structures hélicoïdales. Au niveau de la structure tertiaire, l'eau
provoque l'orientation des chaînes et radicaux hydrophiles vers l'extérieur de la molécule,
alors que les chaînes et radicaux hydrophobes ont tendance à réagir entre eux à l'intérieur de
la molécule. La solubilité des protéines dans une solution aqueuse contenant des sels dépend
de deux effets antagonistes liés d'une part aux interactions électrostatiques ("salting in" ou
effet dissolvant), et d'autre part aux interactions hydrophobes ("salting out" ou effet relargant).

A basse force ionique, la solubilité des protéines augmente lorsque la concentration en sels
croit, jusqu'à un certain seuil. Au-delà, elle diminue avec l'addition de sels. L'augmentation de
solubilité (salting in) est liée à l'action des forces électrostatiques, par contre la diminution de
solubilité ("salting out") est attribuée à différentes interactions rassemblées sous le nom
"d'interactions hydrophobes", sans que ce terme implique un mécanisme pré[Link] solubilité
dépend du pH, de la force ionique, de la température, de la constante diélectrique.

Influence du pH : la solubilité est minimale au pH isoélectrique.

4.3. Poids et masse moléculaires
C'est une caractéristique fondamentale de chaque protéine. Elle se définit par deux
expressions équivalentes:

-Le "poids moléculaire" ou "masse moléculaire relative", Mr est sans dimension.

-La "masse moléculaire" (symbole M), généralement exprimée en daltons (Da) pour les
protéines.

Le poids moléculaire est estimé par diverses méthodes, par exemple:

-la filtration sur gel, ou chromatographie d'exclusion stérique. Des billes de polyosides à
liaisons croisées ou un polymère artificiel forment dans l'eau un gel fonctionnant comme un
tamis moléculaire traversé rapidement par les grosses molécules, lentement par les petites qui
pénètrent le gel. Le principe est simple : après avoir étalonné la colonne avec des protéines de
poids moléculaire connu, il existe ensuite une relation linéaire entre le volume d'élution et le
logarithme du poids moléculaire.
-L'électrophorèse sur un gel de polyacrylamide en gradient. Des résultats voisins de ceux de la
filtration sur gel sont obtenus grâce à des gels d'électrophorèse de porosité décroissante dans
lesquels les protéines se trouvent progressivement "bloquées" en fonction de leur poids
moléculaire.

4.4. Propriétés électriques

-Caractère amphotère

La liaison peptidique n'est pas chargée aux pH présentant un intérêt physiologique. En effet à
de tels pH la formation de peptides à partir de leurs acides aminés constitutifs s'accompagne
d'une perte nette d'une charge positive et d'une charge négative par liaison peptidique formée.
Cependant, les peptides sont des molécules porteuses de charges au pH physiologique à cause
des charges sur les groupements C et N terminaux et sur les groupements fonctionnels des
carbones α des acides aminés polaires.

La charge varie avec le pH : en milieu acide, les protéines s'ionisent comme des bases et sont
chargés positivement. En milieu alcalin, elles forment des anions. Pour cela, les protéines sont
dites amphotères.
Il existe un point de pH pour lequel les charges + et - sont équivalentes, la charge nette étant
donc nulle ; c'est le point isoélectrique, ou pHi, de la protéine qui alors ne se déplace plus
dans un champ électrique.

-Dissociation des fonctions en fonction du pH

Cette dissociation obéit aux mêmes règles que celles appliquées dans le cas des acides aminés.
Les protéines étant des composés amphotères se comportent comme des acides en milieux
acide et comme des bases en milieu basique.

En milieu acide, toutes les fonctions vont être protonées et en milieu basique, elles seront
déprotonées.

Au cours d’un processus d’augmentation du pH, les fonctions vont se dissocier

progressivement dans l’ordre croissant de leur pKa.

Au cours d’un processus de diminution du pH, les fonctions vont se protoner dans l’ordre
décroissant des pKa.

pHi= (9,0+10,5)/2=9,75

Lysine

Le pHi est le pH auquel le peptide ou l’acide aminé a une charge nette nulle (=0).

Le pHi est égal à la demi somme des pH qui encadrent le zwitterion (forme qui a la charge
nette=0).

-Application dans la séparation des mélanges de protéines

*Mobilité électrophorétique - électrophorèse - électrofocalisation
Soumises à un champ électrique, les protéines se déplacent plus ou moins suivant leur
charge : c'est la mobilité électrophorétique qui permettra donc, s'il y a un mélange de
protéines de les séparer par électrophorèse. C'est un procédé très classique
de fractionnement des protéines qui peut être soit seulement analytique soit aussi préparatif.
Elle est généralement réalisée sur des supports : agarose (principalement pour l’ADN et
l’ARN), acétate de cellulose, gel de polyacrylamide ou PAGE pour Poly-Acrylamide Gel
Electrophoresis. L'électrophorèse de zone est très couramment utilisée en biologie clinique
pour séparer les protéines du sérum sanguin (diagnostic de la drépanocytose).

L’électrophorèse repose sur la propriété des molécules amphotères comme les protéines d'être
chargées positivement si le pH est plus acide que leur pHi, négativement si le pH est plus
basique que leur pHi. On peut appliquer au support porteur d’un pH homogène, un champ
électrique avec le pôle + ou anode et le pôle - ou cathode. Si la molécule amphotère est
neutre, elle restera immobile au point de dépot. Si le pHi d’une protéine donnée est supérieur
au pH du milieu, cette protéine sera chargée positivement, elle sera repoussée par l’anode et
rejoindra sous l'effet du champ électrique la cathode. Si le pHi de la protéine est inférieure au
pH du milieu, elle se chargera négativement et de ce fait repoussée par la cathode elle
rejoindra l’anode.

*Séparation sur les résines échangeuses d’ions

Ces propriétés électriques permettent de séparer les protéines sur des résines échangeuses
d’anions ou sur des résines échangeuse de cations.

Résines échangeuses d’anions

Résines échangeuses de de cations

Cette résine est chargée négativement et a fixé des cations qui représentent des peptides sous
forme cationiques. Ces cations vont être élués dans l’ordre croissant de pHi au cours d’un
processus d’augmentation du pH.

Résine échangeuse de cations : la CM-cellulose (carboxymethyle cellulose) est une résine

chargée négativement (R-), les différentes protéines doivent être chargées positivement (+)
pour être accrochées à la résine.

Résines échangeuses d’anions

Cette résine est chargée positivement et a fixé les anions qui représentent des peptides sous
forme anioniques. Ces anions vont être élués dans l’ordre décroissant de pHi au cours d’un
processus de diminution du pH.

Résine échangeuse d’anions : DEAE cellulose (diéthyl amino éthyle cellulose), c’est une
résine chargée positivement (R+), les différentes protéines doivent être chargées négativement
pour être accrochées à la résine.

4.5. Dénaturation

C’est une perte d’activité biologique d'une protéine due à une altération de sa conformation
native. Elle est causée par tous les facteurs capables d’entraîner la rupture des liaisons
hydrogènes et [Link] dénaturation n’altère pas la structure primaire de la protéine.
Les liaisons peptidiques sont conservé[Link] les modifications structurales sont discrètes, la
dénaturation peut être ré[Link] la protéine est incapable de reprendre la conformation
native, la dénaturation est irréversible.

Il existe divers agents dénaturants qui agissent par des mécanismes physiques, chimiques
ou mixtes.

Les agents physiques :

- élévation de la température : rompt les liaisons hydrogène (cuisson, stérilisation, …)

- radiations UV: photolyse des ponts disulfures (radiations ionisantes)

- pH extrêmes : rupture de liaisons électrostatiques et hydrogène (précipitation par les acides)

Les agents chimiques :

- solvants organiques (CCl4)

- réactifs rompant les ponts disulfures réversiblement (réducteurs : BME,

DTT) et irréversiblement (oxydants : chlorates)

- urée, chlorure de guanidinium. Ce sont de petites molécules qui en solution concentrée

entrainent une dénaturation réversible

- détergents : dissociation des structures III et IV

Exemples : Détergents non ioniques (Triton X-100), Détergent anionique : Dodécyl-sulfate

de sodium (SDS), Détergent cationique : Bromure de cétrylméthylammonium (CTAB),

4.6. La dégradation des protéines

Les protéines sont continuellement renouvelées, ce qui implique des processus permanents de
synthèse et de dégradation (protéolyse). L'échelle de ces processus est donnée par les chiffres
suivants. Deux pour cent (2%) du poids protéique total du corps sont remplacés en une
journée (environ 50 g pour un adulte). Les protéines sont dégradées en acides aminés dont
75% sont réutilisés pour une synthèse, 25% sont donc éliminés sous forme d'urée. De ceci, il
ressort qu'un apport alimentaire de 200 g de viande, œufs ouproduits laitiers, est nécessaire
pour compenser la perte.
4.6.1. La digestion des protéines

Il existe des protéases sécrétées par l'estomac et le pancréas qui sont responsables de la
dégradation des aliments (trypsine, pepsine, chymotrypsine). Cette dégradation des protéines
a lieu au cours de la digestion. Il y a les endoprotéases qui hydrolysent les liaisons peptidiques
à l’intérieur de la chaine peptidique et les exoprotéases qui libèrent les acides aminés
terminaux.

-les exopeptidases

L'enzyme n'hydrolyse que la première liaison peptidique (aminopeptidase) ou la dernière

liaison peptidique (carboxypeptidase) en libérant l'aminoacide terminal. Bien évidemment,

le processus recommence sur le peptide amputé d'un aminoacide (un temps d'hydrolyse court

permet de libérer un seul aminoacide).

- les endopeptidases

L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux aminoacides i, (i+1). Il peut

être spécifique du résidu en position i ou (i+1). L'hydrolyse d'un peptide par une

endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques : si on a m coupures (m liaisons

peptidiques hydrolysées), le peptide sera dégradé en (m+1) fragments peptidiques.

4.6.2. La protéolyse (ou catabolisme protéique)

Elle constitue la principale source d’acides aminés pour l’organisme. Les protéines sont
dégradées par des enzymes protéolytiques, les protéases (ou hydrolases) réparties en trois
systèmes principaux :
-Le système lysosomal

Les enzymes concernées sont des protéases actives en milieu acide, les cathepsines (8 types),
dénommées en fonction de l’acide aminé de leur site actif (cystine protéinase : cathepsines B,
C, H, L, S, aspartate protéinases : cathepsines D et E ; sérine protéinase : cathepsine G).

Ces enzymes sont localisées essentiellement à l’intérieur des vésicules lysosomales qui
incorporent par endocytose les protéines à dégrader. Elles agissent essentiellement sur les
protéines intracellulaires à demi-vie longue, sur les membranes cellulaires, et sur les protéines
extra cellulaires. L’endocytose peut également concerner un fragment d’organite voire un
organite entier (macro autophagie). À l’intérieur de la vésicule, les cathepsines vont dégrader
la protéine substrat en peptides et en acides aminés qui seront libérés dans le cytosol. Le type
de cathepsine et de façon générale l’importance de la protéolyse lysosomale varie selon
l’organe considéré : ce mode de dégradation est particulièrement important dans les organes à
renouvellement protéique rapide (foie). Il nécessite de l’énergie sous forme d’ATP pour
maintenir le pH acide à l’intérieur des lysosomes.

-Le système calpaïne-capastatine

Les calpaïnes (au nombre de trois) sont des protéases cytosoliques dont l’activité est
étroitement fonction de la concentration intracellulaire en calcium. Elles sont plus spécialisées
dans la dégradation des protéines du cytosquelette. La capastatine est un inhibiteur puissant
des calpaïnes, l’activité protéolytique globale dépendant de l’équilibre entre calpaïnes et
calpastatine.

-Le protéasome (système ATP dépendant)

Il s’agit d’un volumineux complexe enzymatique composé de nombreuses sous-unités dont

deux formes, le protéasome 20 S et le protéasome 26 S ont été identifiées. Les substrats
préférentiels de ce protéasome sont les protéines intracellulaires normales, qu’elles soient à
demi-vie courte ou longue mais aussi les protéines anormales. Préalablement à l’action du
protéasome 26 S, un marquage préalable de la protéine à dégrader par l’ubiquitine est
nécessaire. L’ubiquitine est un petit peptide de 76 aminés dont la séquence est extrêmement
conservée chez les eucaryotes. Il se fixe sur les protéines à dégrader (par liaison covalente au
niveau des résidus lysine de la protéine). Une fois la protéine poly-ubiquitinée, elle est recon-
nue par le protéasome qui la dégrade en acides aminés et en peptides courts relâchant
l’ubiquitine qui peut alors être réutilisée. L’ensemble de la réaction nécessite plusieurs
enzymes, protéines porteuses et co-facteurs. Surtout, la réaction consomme de l’ATP à deux
niveaux, d’une part au moment de l’ubiquitination, d’autre part au moment de l’intervention
du protéasome. Cette voie ATP dépendante représente probablement la majorité de la
protéolyse au niveau musculaire. Elle est finement régulée par les circonstances
nutritionnelles et hormonales.

5. Détermination de la structure primaire des protéines

Elle se fait en plusieurs étapes :

-Etape 1 : Séparation des chaînes polypeptidiques

Cette étape concerne les protéines multimériques uniquement : il y a dissociation des sous-
unités par le pH, en présence d'urée 8M et de guanidine 6M ou à forte concentration de sel.
Les sous-unités sont ensuite séparées les unes des autres en fonction de leur poids
moléculaire et/ou charge. Si les sous-unités sont liées entre elles par des ponts disulfures S-
S, il est primordial avant de les séparer de couper ces ponts disulfures.

Etape 2 : Coupure des ponts disulfures.

Elle se fait par une oxydation avec l'acide performique (HCOOH). Cette réaction induit la
formation de groupements SO3 qui empêche la recombinaison S-S.
OXYDATION DE LA CHAINE PEPTIDIQUE AVEC DE L’ACIDE PERFORMIQUE

On procède ensuite à la réduction et l’alkylation du disulfide. Le 2-β mercaptoéthanol réduit

le pont disulfure pour régénérer les SH. Pour éviter la reformation d'un pont disulfure, on
ajoute de l'iodoacétate ou de l'acrylonitrile qui vont modifier les groupements SH et empêcher
la formation d'un pont disulfure.
Etape 3 : Identification du résidu terminal

-Identification du résidu N-terminal.

*La méthode de Sanger au dinitrofluorobenzène (DNFB).

Le peptide est traité par le 2,4-dinitrofluorobenzène (DNFB). Le groupement amine de

l'acide aminé terminal joue le rôle de réactif nucléophile pour le DNFB et se substitue à
l'atome de fluor sur le noyau aromatique:
On hydrolyse ensuite le peptide :

DNP-AA

Le DNP-aminoacide est extrait par des solvants organiques et on l'identifie par

chromatographie. L’hydrolyse attaque toutes les liaisons peptidiques et libère également les
autres acides aminés.

*Méthode de Gray et Hartley au chlorure de dansyle

On utilise le chlorure de l'acide 5-diméthylaminonaphtalène-1-sulfonique (ou chlorure de
dansyle) pour réagir avec le groupement amine terminal du peptide:

CHLORURE DE DANSYLE
Cette opération est suivie d'une hydrolyse acide du DNS-peptide, qui conserve le DNS-AA et
décompose le reste de la chaîne en aminoacides séparés. Le DNS-AA fortement fluorescent
en lumière UV est facilement repérable lors d'une chromatographie comparative.

*Méthode récurrente d'Edman au phénylisothiocyanate(PTH)

Elle se produit par étapes. Le processus est le même que pour les précédentes, sauf que lors de
l'hydrolyse acide du peptide "marqué" le reste de la chaîne n'est pas dégradé et l'opération
peut se renouveler avec l'aminoacide N-terminal. Le réactif utilisé est le phénylisothiocyanate
(PTH).

PHENYLISOTHIOCYANATE (PTH)

On hydrolyse ensuite en milieu acide, mais plus dilué que dans la méthode de Sanger, et on
forme une phénylthiohydantoïne, que l'on identifie par chromatographie comparative.
On recommence à traiter le reste de la chaîne par l'isothiocyanate de phényle et ainsi de
suite.....

On détermine ainsi la séquence d'aminoacides dans le peptide. Cette méthode est utilisée dans
les automates (séquenceurs).

*Coupure par la leucine aminopeptidase

C'est un enzyme qui hydrolyse la liaison peptidique de l'acide aminé N-terminal. Il agit
mieux lorsque des résidus apolaires se trouvent en position N-terminale, telle que la
leucine. Si l'acide aminé N-terminal est une proline, l'enzyme ne réagit pas.

-Analyse du C-terminal

*Hydrazinolyse
Le peptide est traité avec de l'hydrazine NH2 – NH2 à 100°C.L'hydrazine va libérer chacun
des acides aminés pour donner un dérivé hydrazide, à l'exception du résidu C-terminal qui
sera libre sans aucune liaison chimique avec l'hydrazine.

L'acide aminé libre possède des propriétés physico-chimiques différentes de l'acide aminé
hydrazide, et donc il pourra être isolé et identifié.
 REACTION D'HYDRAZINOLYSE

*Réduction de l'acide aminé C-terminal par l'hydrure d'aluminium et de lithium

(Li Al H4)
Le groupement COOH terminal est réduit par le Li Al H4. La protéine subit ensuite une
hydrolyse acide pour donner un mélange d'acides aminés libres et un seul résidu aminé
possédant une fonction alcool.
 REDUCTION PAR L'HYDRURE D'ALUMINIUM ET DE LITHIUM

*Analyse enzymatique avec les carboxypeptidases

Les carboxypeptidases détachent les acides aminés terminaux les uns après les autres. On
connaît actuellement 4 carboxypeptidases : A, B, C et Y.

La carboxypeptidase A hydrolyse la liaison peptidique du côté C-terminal de tous les acides

aminés à l'exception de : Pro, Arg et Lys.

La carboxypeptidase B hydrolyse la liaison peptidique du côté C-terminal de l'arginine et la

lysine uniquement.

Les carboxypeptidases C et Y hydrolysent la liaison peptidique du côté C-terminal de tous

les acides aminés.

-Fragmentation de la chaîne polypeptidique

Le polypeptide est coupé en peptides de quelques acides aminés par des enzymes
spécifiques. Les fragments peptidiques sont ensuite analysés par les méthodes mentionnés
avant.

*Coupure par la trypsine

La trypsine coupe l'arginine et la lysine au niveau du -COOH. Il en résulte ainsi de
fragments peptidiques ayant l'arginine et la lysine de leur côté C-terminal. Le nombre de
peptides obtenus par une trypsinolyse est égal au nombre total d'arginine et de lysine dans
la protéine plus 1, le fragment peptidique C-terminal de la protéine. La trypsine est une
endoprotéase car elle coupe au sein de la protéine.

*Coupure par la chymotrypsine

La chymotrypsine coupe les acides aminés aromatiques, Phe, Tyr et Trp lorsque leur –
COOH est engagé dans la liaison peptidique. Elle hydrolyse les liaisons amides d'autres
acides aminés telles que la leucine et l'isoleucine.

*Coupure par la clostripaïne.

La clostripaïne coupe au niveau C-terminal de l'arginine.

*Coupure par la protéase staphylococcique

L'enzyme coupe au niveau C-terminal de l'acide aspartique et de l'acide glutamique.

*Action du bromure de cyanogène CNBr

Le bromure de cyanogène (CNBr) réagit avec les résidus méthionines au sein d'une protéine
pour donner une homosérine- lactone. C'est une réaction importante dans le séquençage des
protéines, qui permet de cliver sélectivement les protéines au niveau des méthionines.
III. Fonctions biologiques des protéines

1. Catalyseurs biologiques (Enzymes)

Ce sont des catalyseurs de nature protéique qui catalysent les réactions biologiques et
permettent à ces réactions, de la plus simple à la plus compliquée, de se produire à des
températures compatibles avec la vie biologique (environ 37°C).Ce sont des catalyseurs très
spécifiques. Un enzyme donnée peut ne catalyser qu'un seul type de réaction, ou ne catalyser
qu'une réaction donnée pour un substrat (réactif) donné. On peut aussi avoir stéréospécificité:
un enzyme peut catalyser une réaction donnée pour un seul des deux énantiomères d'un
composé chiral. Le substrat doit venir se fixer en un endroit donné de la chaîne protéique
appelé "site actif de l'enzyme". Chaque cellule vivante contient des milliers d'enzymes,
chacun catalysant une seule réaction chimique bien précise. Citons la chymotrypsine, enzyme
pancréatique constitué par une séquence de 246 aminoacides. Certains enzymes réagissent
avec leur substrat seulement quand ils sont combinés avec une autre substance
appelée coenzyme. En général un coenzyme n’est pas de nature protéique; c’est une molécule
organique beaucoup plus simple que l’enzyme ; le complexe enzyme-coenzyme est réversible.

Un coenzyme peut s’associer à plusieurs enzymes et de ce fait agit sur plusieurs substrats.

On distingue six classes d'enzymes correspondant à six grandes catégories de réactions :

1. oxydo-réductases (E.C.1) ;
 2. transférases (E.C.2) ;

3. hydrolases (E.C.3) ;

4. lyases (E.C.4) ;

5. isomérases (E.C.5) ;

6. ligases ou synthétases (E.C.6).

[Link]
Elles constituent la charpente des tissus vivants (peau, cheveux, muscles). Citons les
collagènes, les kératines et la myosine.

-Le collagène

Le collagène se trouve dans les os, la peau, les tendons et les cartilages. Sa triple
hélice formée de trois chaînes polypeptidiques, d'environ mille acides aminés chacune, lui
donne l'apparence d'un gros câble. Lorsque des fibrilles de collagène sont dégradées par
chauffage intense, leurs chaînes se raccourcissent pour former la gélatine.

-La kératine

La kératine, présente dans les couches supérieures de l'épiderme, dans les cheveux, les
ongles,les écailles, les sabots et les plumes, s'enroule en une torsade régulière appelée «hélice
alpha».Chargée de protéger l'organisme contre l'environnement extérieur, la kératine est
totalementinsoluble dans l'eau. Ses nombreuses liaisons disulfures en font une protéine
extrêmement stable,capable de résister à l'action des enzymes protéolytiques.

-Le fibrinogène

Le fibrinogène est une protéine plasmatique sanguine responsable de la coagulation du

[Link]âce à l'action de la thrombine, le fibrinogène est converti en molécules de fibrine, une
protéineinsoluble, qui s'agglutine pour former un caillot protecteur contre les hémorragies.

-Les protéines musculaires

 La myosine se lie à l'actine, une autre protéine musculaire, pour donner l'actomyosine.
Lesfilaments de l'actomyosine peuvent se raccourcir et provoquer la contraction des muscles.

Il y a également :

-La conchyoline dans les coquilles des mollusques

-Les élastines, également présentes dans les tissus conjonctifs, sont principalement trouvés
dans les vaisseaux sanguins ou les ligaments.

-Diverses sortes de fibroïnes trouvées dans la soie, les cocons ou les toiles d'araignée.

3. Défense de l’organisme et signalisation cellulaire

Citons les immunoglobulines, protéines de la coagulation (fibrinogène, thrombine), les
cytokines.

-Les immunoglobulines

La superfamille des immunoglobulines est un large groupe de glycoprotéines à majorité

membranaires mais aussi solubles, impliquées dans les phénomènes de reconnaissance, de
liaison et d'adhésion des cellules.

Ces protéines, ont en commun plusieurs domaines « immunoglobuline » caractéristiques dans

leur structure tertiaire. Notons qu'un pont disulfure vient fermer la boucle caractéristique des
Immunoglobulines.
STRUCTURE DES IMMUNOGLOBULINES

Cette famille contient des protéines telles que les molécules de liaison aux antigènes
(anticorps et molécules du complexe majeur d'histocompatibilité), des molécules de co-
stimulation, des co-récepteurs, des molécules de liaison, certains récepteurs de cytokines.

Ces molécules ont un rôle crucial dans les interactions entre les cellules impliquées dans le
système immunitaire. En effet, le Complexe Majeur d'Histocompatibilité de type I et de type
II et les anticorps sont des membres de cette superfamille. Certaines Immunoglobulines sont
la porte d'entrée de virus tel le virus du SIDA (récepteur de la molécule CD4) ou encore de la
rage.

Le dosage sanguin des immunoglobulines spécifiques permet d'établir ou confirmer certains

diagnostics mé[Link] taux d'immunoglobulines croît en cas d'allergie grave, mais peut
aussi traduire une parasitose (du tube digestif en général).

-Les immunoglobulines G (IgG) constituent 75 à 80 % de nos anticorps circulants. Elles sont

produites en réaction à un antigène (corps non reconnu par l'organisme). Elles protègent
l'organisme contre les bactéries, les virus, et certaines toxines présentes dans le sang ou la
lymphe.
Elles fixent le complément (constituants du système immunitaire) et jouent un rôle dans la
réponse mémoire, base de l'immunité durable, qui permet la vaccination. Elles traversent la
barrière placentaire et permettent une « immunité passive » apportée par le système
immunitaire de la mère au fœtus.

-Les immunoglobulines A (IgA) forment une barrière empêchant la plupart des pathogènes de
se lier aux cellules des muqueuses et de l'épiderme. Elles sont présentes dans les sécrétions
glandulaires et de type mucus et en particulier dans la salive, les larmes, le lait maternel
(colostrum), les sécrétions nasales, les sécrétions gastrointestinales et du tractus respiratoire.
Un déficit en IgA (qui peut avoir une origine génétique) peut conduire à des infections au
niveau du tractus respiratoire supérieur (rarement au niveau inférieur), mais une élévation
sérique des IgG et IgM peut naturellement pour partie compenser ce déficit.

-Les immunoglobulines M (IgM) sont des immunoglobulines produites en réaction aux

antigènes par certains globules blancs (les plasmocytes). Un taux sanguin d'IGM
anormalement élevé est le signe d'une infection en cours.

-Les immunoglobulines D(IgD) sont presque toujours attachées à la surface de lymphocytes B

où elles fixent les antigènes.

-Les immunoglobulines E (IgE) sont plus grosses que les immunoglobulines G. Produites par
certains globules blancs (plasmocytes), dans la peau, le système digestif, les amygdales et le
tractus respiratoire. Elles sont reliées à deux types de globules blancs (les mastocytes et les
granulocytes basophiles) par une sorte de tige. La capture d'un antigène, par cette
immunoglobuline, entraîne la sécrétion des produits (dont de l'histamine) lançant une réaction
inflammatoire et éventuellement allergique.

-Les cytokines

Les cytokines (du grec cyto, cellule, et kinos, mouvement) sont des substances solubles de
signalisation cellulaire synthétisées par les cellules du système immunitaire ou par d'autres
cellules et/ou tissus, agissant à distance sur d'autres cellules pour en réguler l'activité et la
fonction. Bien que le terme cytokine soit peu connu par rapport aux hormones et aux
neuromédiateurs, ces molécules sont tout aussi essentielles à la communication de nos
cellules.

Leur action, par l’intermédiaire de récepteurs spécifiques, peut être paracrine (cellules
proches), endocrine (cellules ou tissus distants), juxtacrine (cellules en contact) ou autocrine
(sur la cellule productrice ou une cellule proche du même type). Il apparaît aujourd’hui que
les cytokines représentent un langage universel dans le dialogue mené entre les différentes
cellules de l'organisme.

Les grandes familles de cytokines sont :

Interférons (INFα, INFβ, INFγ), Interleukines (IL-1….IL-35), Chimiokines ou chémokines, la

famille du facteur de nécrose tumorale (TNF), les colony stimulating factors (CSF), les
facteurs de croissance de transformation (TGF).

4. Régulation du metabolisme: exemple de certaines hormones telles que l'insuline,

hormone du pancréas, avec une séquence de 51 aminoacides, qui régule le taux de sucre dans
le sang ou l'ocytocyne (polypeptide avec une séquence de 9 acides aminés) qui régule les
contractions utérines lors de l'accouchement. Citons aussi comme protéines régulatrices, les
cytokines de l'immunité....

5. Transport: Protéines du plasma fixant et transportant des molécules ou des ions d'un
organe à un autre, comme par exemple l'hémoglobine des érythrocytes, la ferritine, le
sérumalbumine....

6. Contraction et motricité: Elles peuvent se contracter et modifier leur forme. (Actine et

myosine dans les fibres musculaires).

7. Stockage: l'ovalbumine, principale protéine du blanc d'oeuf, caséines, principales protéines

du lait, et des protéines existant dans les graines de nombreux végétaux (blé, maïs, riz).
8. Régulation du pH :Un grand nombre de protéines plasmatiques, notamment l'albumine,
peuvent servir d'acide ou de base dans un système tampon. Elles empêchent les variations
excessives du pH sanguin en captant ou en libérant des protons H+.

IV. Le protéome

Le protéome constitue l'ensemble de toutes les protéines d'un organisme, d'un tissu ou d'une
cellule. En effet, toutes les cellules de l'organisme possèdent le même génome (même ADN)
mais en fonction de son rôle, chacune d'elles exprimera des protéines différentes (hémoglobine
dans les hématies, insuline dans les cellules bêta du pancréas, certaines enzymes pour le foie,
etc).Début 2012, plus de 3000 génomes d'organismes vivants ont été séquencés et plus de 7000
sont en cours de séquenç[Link] génomes des organismes modèles principaux tels que la
bactérie Escherichia coli, la levure Saccharomyces cerevisiae, la plante Arabidopsis thaliana et
de nombreux autres génomes dont celui de l'homme ayant été décryptés, il est admis que la
quasi-totalité des gènes a pu être définie.

Par contre l'inventaire des protéines actives (ou protéome) dans un organisme est encore loin
d'être établi. En effet, notamment en raison de la variabilité des processus d'activation et de
régulation des protéines, cet inventaire n'est pas le résultat de la simple traduction de chaque
gène qui donnerait une protéine active : par exemple certains gènes peuvent donner plusieurs
formes différentes d'une protéine, ou encore de nombreuses protéines doivent être modifiées
pour être actives. La science qui s’intéresse au protéome est la protéomique.