REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR

ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

UNIVERSITE D’ALGER

FACULTE DE MEDECINE

Comité Pédagogique National de Spécialité de BIOCHIMIE

Programme Actualisé du Résidanat de Biochimie

Avant Projet (Avril 2009)

1
 Préambule

La Biochimie est riche de plusieurs dimensions :

fondamentale, clinique, moléculaire et génétique. Les
connaissances dans ces différents domaines, et plus
précisément dans ceux de la Biologie Moléculaire et de la
Génétique Moléculaire, ont connu ces dernières années
une véritable explosion. Cette (r)évolution nous a conduit
à réactualiser le programme de résidanat de Biochimie
qui s’est inéluctablement enrichi, nécessitant une période
de formation plus longue, qui passe ainsi de trois à quatre
années.
Ce renforcement quantitatif doit s’accompagner d’un
changement dans la chronologie d’enseignement des
différents objectifs pédagogiques, d’où l’exigence d’une
nouvelle programmation sur les quatre années de
formation.

Programmation

L’enseignement de première année de résidanat (Unité

de valeur 1 = UV 1) sera consacré à la Biochimie
Clinique (135h).
L’enseignement de la Biochimie fondamentale (220h)
se fera sur deux années (biochimie fondamentale 1 =
UV 2 / 110h ; étude des glucides, lipides, acides aminés
et protéines // biochimie fondamentale 2 = UV 3 / 110h ;
bases puriques, pyrimidiques et nucléotides, enzymologie
et coenzymes, biomembranes, bioénergétique et
hormonologie).
L’enseignement de Biologie Moléculaire et de
Génétique Moléculaire sera réalisé sur une année (UV
4 ; 115 h).

Simulation d’un planning d’Enseignement

2
 Période Biochimie Biochimie Biochimie Biologie Moléculaire
Clinique Fondamentale Fondamentale 2 et Génétique
UV 1 1 UV 3 Moléculaire
UV 2 (Bases puriques et UV 4
(Glucides, pyrimidiques,
lipides, nucléotides,
acides aminés biomembranes,
et protéines) bioénergétique,
enzymologie,
coenzymes,
hormonologie)

VHG=135h VHG=110h VHG=115h

VHG=110h
2009-2010 Promo 1
2010-2011 Promo 2 Promo 1
2011-2012 Promo 3 Promo 1+2
2012-2013 Promo 4 Promo 1+2+3
2013-2014 Promo 5 Promo 2+3+4
2014-2015 Promo 6 Promo 3+4+5
2015-2016 Promo 7 Promo 4+5+6

3
 Biochimie Clinique

Unité de Valeur 1 (UV 1)

Programme de 1ère Année de Résidanat

Volume Horaire Global (VHG) = 135

heures

4
 1 - Principes et Méthodes physico-chimiques de l’analyse
biochimique

Principe de la spectrophotométrie UV - Visible (Turbidimétrie, Néphélémétrie )

Principe de la spectrofluorimétrie
3h

Principes généraux des méthodes électrophorétiques

3h

Principes généraux des méthodes chromatographiques : CPG, HPLC et

applications
La spectrométrie de masse et ses applications
6h

Principes des méthodes immunochimiques en immunoanalyse

3h
Méthodes de biologie moléculaire appliquées en biologie médicale
3h

Principes de l’automatisation
Technologie des automates en biochimie et en immunochimie
3h

2 - Organisation d'un laboratoire

Prélèvements et conservation des échantillons – Aperçu sur les paramètres

d'urgence en Biochimie 3h
Contrôle de qualité et évaluation d’une technique biochimique
3h

3 - Explorations fonctionnelles

Exploration de la fonction rénale

6h

Equilibre hydrominéral / Electrodes spécifiques

3h

Equilibre acidobasique / Mesure électrométrique du pH

3h

Métabolisme phosphocalcique et marqueurs du remodelage osseux -

Parathyroïde
Le magnésium
3h

Vitamines et pathologies 3h

Oligo-éléments 6h
5
 Bilan martial : Fer, transferrine, ferritine : mesure et variations
physiopathologiques
Bilan cuprique : Cu, Céruléoplasmine : mesure et variations
physiopathologiques
Autres oligoéléments : Zn, Li, Se…

Notions générales d'enzymologie

Enzymes et isoenzymes sériques et tissulaires : méthodes d'étude et
variations physiopathologiques
3h

Marqueurs cardiaques 3h
Exploration de la fonction hépatique 6h

Biochimie de la digestion et de l'absorption : 6h

Exploration de la fonction gastrique
Exploration de la fonction pancréatique exocrine
Exploration de la fonction intestinale

Exploration du métabolisme glucidique :

6h
Hyperglycémie : diabètes
Hypoglycémies : anomalies du métabolisme du galactose, du
fructose; glycogénoses
Hyperinsulinisme

Exploration du métabolisme lipidique et athérosclérose

6h

Acides aminés et aminoacidopathies (acides aminés aromatiques, ramifiés et

soufrés) 6h

Exploration des protéines plasmatiques

6h
Dysprotéinémies
Protéines de l'inflammation

Biochimie du LCR et des liquides d'épanchement

3h

Exploration du métabolisme purique et pyrimidique

3h

Exploration du métabolisme des porphyrines 3h

Hormonologie
Généralités 6h
Axe de la GH ; axe de la prolactine
3h
Thyroïde 3h
Médullo-surrénale 3h
Cortico-surrénale 3h
Ovaires et Testicules 3h
6
 Grossesse 3h

Marqueurs tumoraux 3h

Maladies génétiques : diagnostic phénotypique et génotypique.

Notions de DPN et de DPI ; Exemples de maladies génétiques:
mucopolysaccharidoses – sphingolipidoses 6h

7
 Biochimie Fondamentale 1

Unité de Valeur 2 (UV 2)

Volume Horaire Global (VHG) = 110

heures

8
 ETUDE DES ACIDES AMINÉS (25h)
Structure et Métabolisme

Chapitre I : STRUCTURE ET PROPRIÉTÉS PHYSICO-CHIMIQUES

DES ACIDES AMINÉS

1- Définition et structure
2- Les différents acides aminés naturels
3- Autres acides aminés

4- Propriétés physico-chimiques des acides aminés

4.1- Propriétés chimiques liées au groupement carboxylique(-COOH)
4.2- Propriétés chimiques liées au groupement aminé(-NH 2 )
4.3-Propriétés chimiques liées aux chaînes latérales

5- Méthodes d’étude
5.1- Réactions de dépistage des acides aminés ou de leurs dérivés
(urines)
5.2- Méthodes de dosage
5.3- Méthodes de séparation
5.3.1- Méthodes chromatographiques
5.3.2- Méthodes électrophorétiques et
électrochromatographiques

Chapitre II : CATABOLISME DES ACIDES AMINÉS

1- Transamination
2- Désamination
3- Destinées de l’ammoniaque (NH4+)
4- Destinées du squelette carboné

CHAPITRE III : BIOSYNTHÈSE DES ACIDES AMINÉS

1-Notion d’acides aminés essentiels et non essentiels

2-Biosynthèse des acides aminés

3-Régulation de la biosynthèse des acides aminés

CHAPITRE IV : PLACE DES ACIDES AMINÉS COMME PRÉCURSEURS

D’AUTRES BIOMOLÉCULES

- Synthèse du glutathion
- Bref aperçu sur la synthèse des porphyrines, purines, pyrimidines

9
 ETUDE DES PROTÉINES (25h)

1- ETUDE DES PEPTIDES

1.1- Liaison peptidique
1.2- Détermination de la séquence en acides aminés des chaînes
polypeptidiques
1.3- Synthèse peptidique

2- PROPRIÉTÉS PHYSICO-CHIMIQUES ET METHODES D’ETUDE

DES PROTÉINES
2.1- Propriétés physico-chimiques des protéines
2.2- Méthodes de dosage des protéines.
2.2.1- Dosage des protéines totales
2.2.2- Dosage des protéines spécifiques

3- Méthodes de séparation et purification des protéines

3.1- Etapes préliminaires (préparation de l’homogénat
tissulaire)
3.2- Dialyse
3.3- Ultrafiltration
3.4- Traitement par solutions salines, solvants organiques
3.5- Séparation par méthodes chromatographiques
3.6- Ultracentrifugation (zone, isopycnique)
3.7- Lyophilisation
3.8- Critères de pureté d’une protéine
3.9- Choix d’un protocole de purification combinant plusieurs
méthodes.

4- STRUCTURE ET FONCTION DES PROTÉINES

4.1- Les différents niveaux de structure des protéines
4.2- Les différentes conformations et classes de protéines
(glycoprotéines, lipoprotéines, sélénoprotéines…)
4.3- Les fonctions biologiques des protéines
4.4- Etude des protéines fibreuses
4.4.1- Kératines
4.4.2- Protéines du tissu conjonctif : collagène,
élastine, protéoglycanes
4.4.3- Protéines filamenteuses ou fibrillaires :étude de
la contraction musculaire.

4.5- Etude des protéines globulaires

4.5.1- Protéines membranaires
4.5.1- Protéines de transport de l’O2 : myoglobine et
hémoglobine.

ETUDE DES LIPIDES (30h)

Structure et Métabolisme

10
I- LES ACIDES GRAS
A- STRUCTURE
1- Acides Gras Saturés (Cn : 0)
2- Acides Gras Insaturés
3- Acides Gras Cycliques
4- Acides Gras porteurs de fonctions diverses
5- Acides Gras doués d’activités biologiques spécifiques
B- Propriétés physico-chimiques des ACIDES GRAS
1- Propriétés Physiques
2- Propriétés Spectrales
3- propriétés Chimiques
a- liées à la fonction carboxylique
b- liées à la présence de doubles liaisons
C- METHODES DE SEPARATION des ACIDES GRAS
1- Extraction par des solvants organiques
2- Chromatographie d’adsorption
3- Chromatographies gaz - liquide
4- Hydrolyses spécifiques
5- Autres

D- CATABOLISME DES ACIDES GRAS

1- La β- Oxydation
2- Autres types d’oxydation des acides gras (α et ώ
oxydations)
3- Les corps cétoniques

E- BIOSYNTHESE DES ACIDES GRAS

1- Biosynthèse du Palmitate
2- Synthèse des Acides Gras à longue chaîne
3- Synthèse des Acides Gras insaturés
4- Biosynthèse des Acides gras Ramifiés et cycliques

F- APERÇU DE LA PATHOLOGIE LIEE AUX ACIDES GRAS

II- LES LIPIDES SIMPLES

1- LES GLYCÉRIDES

A- STRUCTURE ET PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES

B- B- CATABOLISME DES TRIGLYCERIDES

1- TG d’origine alimentaire
2- TG tissulaires
C- BIOSYNTHESE DES TRIGLYCERIDES
1- Voie des l’acide phosphatidique
2- Voie des mono et Diacylglycérols

C- REGULATION DE LA BIOSYNTHESE DES TG

11
 2– LES STERIDES : structure et propriétés physico-chimiques
3- LES CERIDES : structure et propriétés physico-chimiques
4- LES ETHEROGLYCERIDES: structure et propriétés physico-
chimiques

III- LES LIPIDES COMPLEXES

A - STRUCTURE ET PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES

1- LES GLYCERO PHOSPHO LIPIDES
2- LES SPHINGOLIPIDES
3- LES GANGLIOSIDES
4- LES CEREBROSIDES

B - CATABOLISME
1- LES GLYCERO PHOSPHO LIPIDES
2- LES SPHINGOLIPIDES
3- LES GANGLIOSIDES
4- LES CEREBROSIDES

C- BIOSYNTHESE
1- LES GLYCERO PHOSPHO LIPIDES
2- LES SPHINGOLIPIDES
3- LES GANGLIOSIDES
4- LES CEREBROSIDES

D- PLACE ET IMPORTANCE DES LIPIDES COMPLEXES

IV- LE CHOLESTEROL

A- STRUCTURE
1- LES INTERMEDIAIRES ISOPRENIQUES
2- LES TRITERPENES ET DERIVES STEROLIQUES
B- CATABOLISME DU CHOLESTEROL
1- Catabolisme Intestinal
2- Catabolisme Hépatique
C- DESTINEES DU CHOLESTEROL
1- Les Esters du cholestérol
2- Les Acides biliaires
3- Les Hormones stéroïdes
4- Les vitamines

D- BIOSYNTHESE DU CHOLESTEROL

E- SYNTHESE des ISOPRENOIDES

V- LES LIPOPROTEINES SERIQUES

A- CLASSIFICATION

12
B- LES DIFFERENTES CLASSES DE LIPOPROTEINES

C- METABOLISME DES LIPOPROTEINES

D- LES DYSLIPIDEMIES

13
 Etude des glucides (30h)
Structure et Métabolisme

Structure des oses simples

1- Caractères généraux des glucides

2- Structure linéaire des oses

3- Structure cyclique des oses

4- Conformation spatiale des oses

5- Propriétés physiques des oses

6- Propriétés chimiques des oses :

- liées à la fonction carbonylique
- liées aux fonctions alcooliques
- liées à la présence d’un groupement carbonylique et d’une
fonction alcoolique portés par 2C contigus

7- Description de quelques oses d’intérêt biologique et de leurs dérivés :

Trioses ; tétroses ; pentoses ; hexoses ; disaccharides ; acides
uroniques.

8- Méthodes d’analyse des glucides simples d’intérêt clinique

Métabolisme des Oses Simples

1- Le glucose
- glycolyse
- cycle de Krebs
- voie de pentoses-phosphates
- la néoglucogénèse
- Régulation de la glycémie

2- Le galactose
3- Le fructose
4- Inter-conversion des oses
5- Aperçu sur les troubles liés au métabolisme du glucose, du galactose
et du fructose

Etude du glycogène
- structure
- catabolisme
- biosynthèse
- régulation
- Aperçu sur les différentes pathologies liées au métabolisme du
glycogène.

14
 Etude des Glucides complexes

- Glycosaminoglycanes : structure, métabolisme et aperçu sur la

pathologie.
- Introduction à l’étude des Glycoprotéines et des Glycolipides.

15
 Biochimie Fondamentale 2

Unité de Valeur 3 (UV 3)

Volume Horaire Global (VHG) = 110

heures

16
 Les bases puriques, pyrimidiques et nucléotides (20h)
Structure et Métabolisme
1- Les bases puriques
1.1- Structure
1.2- Propriétés physico-chimiques
1.3- Biosynthèse
1.4- Catabolisme
1.5- Etude des dérivés : ribonucléosides et désoxyribonucléosides

2- Les bases pyrimidiques

2.1- Structure
2.2- Propriétés physico-chimiques
2.3- Biosynthèse
2.4- Catabolisme
2.5- Etude des dérivés : ribonucléosides et désoxyribonucléosides

3- Intérêt pharmacologique (antimétabolites)

4- Les nucléotides
3.1- Synthèse des ribonucléotides puriques
3.1.1- Synthèse de l’inosine monophosphate
3.1.2- Synthèse des ribonuléotides adényliques et guanyliques
3.1.3- Régulation de la biosynthèse
3.1.4- Voies de récupération des purines
3.2- Synthèse des ribonucléotides pyrimidiques
3.2.1- Synthèse de l’ UMP
3.2.2- Synthèse de l’UTP et du CTP
3.2.3- Régulation de la biosynthèse
3.3- Synthèse des désoxyribonucléotides puriques
3.4- Synthèse des désoxyribonucléotides pyrimidiques
3.5 – Catabolisme des nucléotides (voir catabolisme des purines et des pyrimidines)

5- Les coenzymes nucléotidiques

4.1- Coenzymes à nicotinamide
4.2- Coenzymes à flavine
4.3- Coenzyme A
4.4- Autres coenzymes (dérivés vitaminiques)
6- Aperçu sur les pathologies liées au métabolisme des purines et pyrimidines
Membranes biologiques (09 heures)
1- Structure générale et compartimentation cellulaire

2- Fonctions de Transports et communications assurés par :

2.1- la membrane plasmique
2.2- la membrane nucléaire
2.3- les autres membranes

3- Fonction de synthèse d’ATP (voir chapitre Bioénergétique)

17
 Bioénergétique (21 heures)

1- Principes de la Bioénergétique
1.1- Concept de l’énergie libre
Lois de la thermodynamique appliquées aux systèmes
biologiques
1.2- L’ATP : Forme universelle d’énergie libre des systèmes
biologiques

2- Le potentiel d’oxydoréduction

3- La mitochondrie
3.1- Structure
3.2- La chaîne respiratoire
3.3- la phosphorylation oxydative

4- La photosynthèse

5- Bilan énergétique dans le métabolisme intermédiaire

Etude des Enzymes et Coenzymes (30h)

1- Structure et fonction des enzymes

- Caractéristiques générales (protéine,
soluble/membranaire, catalyse enzymatique,
cofacteurs, facteurs physico-chimiques qui influencent
la réaction enzymatique, spécificités, isoenzymes,
classification)
- Etude du site actif (structure, mécanismes des
réactions enzymatiques)

2- Cinétiques Enzymatiques
2.1- Cinétique Michaëlienne
2.1.1- Cinétique à un seul substrat (représentations
graphiques ; détermination de Km et Vmax)
2.1.2- Cinétique à plusieurs substrats
2.1.3- Modulation des activités
enzymatiques (activateurs et inhibiteurs)
2.2- Cinétique allostérique (sites allostériques ,
coopérativités, représentation graphique, régulation)

18
 3- Autres mécanismes de régulation de l’activité enzymatique
3.1- Phosphorylation / Déphosphorylation (exemples)
3.2- Protéolyse (zymogènes)
3.3- Adénylation et ADP ribosylation
3.4- Farnésylation (thérapeutique ciblée)
3.5- Glycosylation

4- Introduction à l’étude des Enzymopathies (mutations,

cofacteurs, métaboloses, enzymothérapie)

5- Applications de l’enzymologie en biotechnologie

(bioréacteurs … )

Etude des Hormones (30h)

1- Généralités :
- Place des hormones dans le cadre des molécules
informationnelles
- Modes et lieu de libération du signal
- Organisation architecturale des cellules productrices d’hormones

2- Structure et propriétés physico-chimiques des hormones:

- Dérivés d’acides aminés (H. thyroïdiennes, catécholamines,
mélatonine)
- Hormones peptidiques / protéiques
- Hormones stéroïdes

3- Biosynthèse, stockage et libération des hormones :

- Dérivés d’acides aminés (H. thyroïdiennes, catécholamines,
mélatonine)
- Hormones peptidiques / protéiques
- Hormones stéroïdes

4- Les transporteurs plasmatiques des hormones :

- non spécifiques
- spécifiques
- caractéristiques générales (structure, affinité, capacité,
stœchiométrie)
- synthèse et régulation
- fonctions (mode de stockage périphérique, réservoir rapidement
disponible, système tampon, mode de protection hormonale).
5- Métabolisme des hormones plasmatiques :
½ vie, catabolisme, élimination (rénale, digestive, autre…), cycle
entéro-hépatique des :

19
 - Dérivés d’acides aminés (H. thyroïdiennes, catécholamines,
mélatonine)
- Hormones peptidiques / protéiques
- Hormones stéroïdes
- Impacts sur les méthodes de dosage et l’interprétation des
valeurs obtenues
6- Les récepteurs hormonaux membranaires et leurs voies de
signalisation:
- Récepteurs couplés aux protéines G (RCPG)
o Système adényl cyclase
o Système Phospholipase C
o Système Phospholipase A2
- Récepteurs à Activité enzymatique
o Récepteurs Tyrosine kinase (RTK)
o Récepteurs Sérine/Thréonine tyrosine kinase (RSTK)
o Récepteur Guanylate cyclase (RGK)
- Récepteurs couplés à une kinase
o Récepteurs couplés à une Tyrosine kinase (RCTK)
o Récepteurs couplés à une Sérine/Thréonine tyrosine
kinase (RCSTK)
- Récepteurs Canaux ioniques (RCI)
- Récepteurs couplés aux Canaux ioniques
- Récepteur TNF (TNFR)

7- Les récepteurs hormonaux intracellulaires et leurs voies de

signalisation :

8- Les interactions hormonales ; les anti-hormones.

9- Régulation de l’activité hormonale par :

- protéines plasmatiques de transport ;
- récepteurs (phosphorylation, désensibilisation, internalisation)
- seconds messagers

10- Méthodes de dosage des hormones :

- les méthodes chromatographiques (CPG, HPLC) ;
- les méthodes immunochimiques
o Anticorps polyclonaux / monoclonaux
o Les différents marqueurs/traceurs (radioactivité, activité
enzymatique, fluorescence, bioluminescence,
électrochimiluminescence…)
o les différents principes (compétition / saturation /
immunocapture)

11- Introduction aux pathologies liées aux hormones :

- Mécanismes généraux des hypo et des hyper fonctionnements
(quelques exemples) ;
- Anomalies acquises ;
- Anomalies génétiques aux niveaux pré récepteur, récepteur et
post récepteur.

20
21
 Biologie Moléculaire
et
Génétique Moléculaire
Unité de Valeur 4 (UV 4)

Volume Horaire Global (VHG) = 115

heures

22
 STRUCTURE ET PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES DE L’ADN
(4h)

ADN Nucléaire

1 - Structure
1.1- Structure primaire (unités monomériques, représentation simplifiée et
composition en bases, avec différents types de liaison et la polarité).
1.2- Structure secondaire ou spatiale
- Double hélice B de WATSON et CRICK
- Autres types d’hélice (A et Z)
1.3- Superhélices

2 - Propriétés physico-chimiques de l’ADN

- Masse moléculaire
- Solubilité / Viscosité
- Sédimentation

3- Propriétés spectroscopiques et thermiques

- Absorption UV (quantification et pureté de l’ADN)
- Dénaturation thermique (effet hyperchrome et Tm)
- Renaturation de l’ADN

4– Hydrolyse chimique et enzymatique

- Hydrolyse chimique (acide douce, acide à chaud et alcaline)
- Hydrolyse enzymatique
- Nucléases
- Endonucléases de restriction

5- Propriétés d’hybridation moléculaire de l’ADN ( voir techniques d’hybridation de l’ADN)

ADN Mitochondrial

1- Introduction
- Nombre de mitochondries par cellule
- Nombre de copies d’ADN mitochondrial par mitochondrie

2- Caractéristiques du génome mitochondrial

- Caractéristiques des deux brins
- Absence d’introns
- Utilisation souple des codons
- Particularités du code génétique
- Mode de transmission du génome mitochondrial (maternelle, cytoplasmique)

3- Produits des gènes mitochondriaux (ARNr, ARNt et protéines de la chaîne

respiratoire)

23
4- Coopération entre génome mitochondrial et nucléaire

5- AUTRES ADN
- ADN viral
- ADN des procaryotes

Organisation du génome humain (3h)

1- Chromosomes, Euchromatine et Hétérochromatine

2- Centromères et Télomères
3- Les séquences répétées
a. En tandem (VNTR, Microsatellites)
b. Dispersées (séquences LINEs et SINEs ; séquences Alu)
4- Les copies en Nombre Variable ou CNV (les trous et les bosses)
5- Les éléments ADN mobiles (voir transposons / rétrotransposons)
6- Cas particulier du génome mitochondrial

LA CHROMATINE (4h)

STRUCTURE ET FONCTIONS

1- Le nucléosome
1.1- L’ADN
1.2- Les histones (majeures et de remplacement)

2- Processus d’assemblage de la chromatine

2.1- Incorporation des histones majeures et Maturation du
nucléosome
2.2- Incorporation des histones internucléosomales
2.3- Incorporation des histones de remplacement
2.4- Liaison des protéines non histones
2.5- Les différents niveaux d’organisation de la chromatine
2.6- Domaines nucléaires et activités de la chromatine
(Hétérochromatine et Euchromatine)

3- Variations épigénétiques
3.1- au niveau de l’ADN (voir épigénétique)
3.2- au niveau des histones (voir épigénétique)

4- Remodelage de la chromatine
4.1- Changement conformationnel du nucléosome
4.2- Facteurs de remodelage de la chromatine
4.3- Remodelage de la chromatine et expression des gènes

24
5- Aperçu sur les pathologies liées aux anomalies structurales et
fonctionnelles de la chromatine

CYTOGENETIQUE (6h)

1- CYTOGENETIQUE CLASSIQUE

1.1- Chromosomes et cycle cellulaire (voir cycle

cellulaire)

1.2- ETABLISSEMENT DU CARYOTYPE

1.2.1- VISUALISATION DES CHROMOSOMES
1.2.2- CONSTITUTION DES CHROMOSOMES
1.2.3- ORGANISATION ET STRUCTURE DES
CHROMOSOMES
1.2.4- CLASSIFICATION DES CHROMOSOMES

1.3- LES TECHNIQUES DE REALISATION DU

CARYOTYPE
1.2.1- LES PRELEVEMENTS
1.2.2- LES DIFFERENTES ETAPES
- Culture
- Techniques de banding (bandes G, R, Q, C et
T ; Giemsa ; NOR ; Haute Résolution)

1.4- Indications du caryotype

1.4.1- EN PERIODE PRENATALE
1.4.2- EN PERIODE POSTNATALE (nouveau-né ;
enfant ; adulte)
1.4.3- EN CANCEROLOGIE

1.5- Pathologies chromosomiques

1.5.1- ANOMALIES DE NOMBRE (ANEUPLOIDIES ;
POLYPLOIDIES ; MOSAICISME ; CHIMERISME)
1.5.2- ANOMALIES DE STRUCTURE
(TRANSLOCATION ; INSERTIONS ; DELETIONS ;
DUPLICATIONS ; ISOCHROMOSOMES ;
CHROMOSOMES EN ANNAEU ; CHROMOSOMES
DICENTRIQUES ; SITES FRAGILES)

1.6- LIMITES DE LA CYTOGENETIQUE CLASSIQUE

(technique, diagnostique et de résolution)

25
2- CYTOGENETIQUE MOLECULAIRE
2.1- Principe
2.2- Les différentes sondes (locus spécifiques,
centromériques, télomériques, peinture) et les différents
marqueurs utilisés (fluorescence, colorimétrie, PRINS…)
2.3- Techniques
2.3.1- ETUDE CIBLEE : FISH (locus spécifique) et
Peinture (chromosome spécifique)

2.3.2- ETUDE GLOBALE : MFISH / SKY ; CGH et CGH

array

2.4- INDICATIONS
2.4.1- En période prénatale
2.4.2- SYNDROMES MICRODELETIONNELS CONNUS
2.4.3- SYNDROMES MICRODELETIONNELS NON
CONNUS
2.4.4- GRANDS REMANIEMENTS CHROMOSOMIQUES

CYCLE CELLULAIRE (4h)

1- Les différentes phases du cycle cellulaire

Phase G1/Go
Phase S
Phase G2
Phase M (PROPHASE, PROMETAPHASE, METAPHASE,
ANAPHASE, TELOPHASE)

2- Mitose – Méïose (fuseau mitotique/microtubules;

kinétochore/attachement des chromosomes)

3- Contrôle du cycle cellulaire

Les éléments de contrôle et leurs inter-relations
(cyclines /CDK ; autres facteurs
protéiques/Rb/p53/p21/mdm2 ; MEC …)
Régulation au cours des différentes phases (check points ;
….)

4- Dysfonctionnements du cycle cellulaire et Pathologies

(cancérogenèse …)

Réplication de l’ADN (4h)

26
 1- Caractéristiques générales
1.1- Relation avec le cycle cellulaire
1.2- Les différents acteurs (matrice ; amorce ; dNTP ; ADN
polymérases ; autres enzymes et protéines)

2- Mécanisme de la réplication chez les Procaryotes:

2.1- Caractéristiques : (origine ; bidirectionnelle ;
complémentaire ; anti-parallèle ; semi-discontinue ; semi-conservative)
2.2- Les 3 phases :
- Initiation
- Elongation
- Terminaison

3- Particularités de la réplication chez les Eucaryotes

(origines ; DNA polymérases ; réplication des télomères ;
réplication de l’ADN mitochondrial)

4- Cas particuliers des virus à ARN et à ADN simple brin

5- Régulation de la réplication

6- Erreurs de la réplication

Réparation de l’ADN (6h)

1- Les différents systèmes de réparations des lésions de l’ADN

1.1- Réparation par réversion directe
Nature des lésions concernées
Les agents responsables de ces lésions
Mécanismes :
- Photoactivation
- Déalkylation.

1.2- Réparation par excision

Nature des lésions concernées
Les agents responsables de ces lésions
Mécanismes :
- Par excision de bases (BER)
- Par excision de nucléotides (NER)

1.3- Réparation des mésappariements (MMR).

Nature des lésions concernées
Les agents responsables de ces lésions
Le mécanisme MMR

1.4- Réparation post-réplicative ou par

recombinaison
Nature des lésions concernées
Les agents responsables de ces lésions
27
 Mécanismes

1.5- Réparation par système SOS.

Nature des lésions concernées
Les agents responsables de ces lésions
Mécanisme

1.6- Réparation de l’ADN mitochondrial

2- Distinction entre systèmes de réparation et systèmes de

détection des lésions de l’ADN

3- Relations entre systèmes de réparation, transcription et

recombinaison

4- Les réparatoses
4.1- Pathologies liées aux défauts de réparation des
lésions de l’ADN
4.1.1- Anomalies du système NER :
- Xeroderma Pigmentosum (XP)
- Trichothiodystrophie
- Syndrome de Cockayne (CSA, CSB).

4.1.2- Anomalies du système MMR :

- Maladie de Lynch (HNPCC)

4.1.3- Anomalies du système de réparation post-

réplicative :
- Syndrome de cassure de Nijmegen (NBS)
- Anémie de Bloom (BLM)
- Cancers familiaux sein-ovaire (BRCA1 et
BRCA2)

4.2- Pathologies liées aux défauts des systèmes de

détection :
- Ataxie-télangiectasie (ATM)
- Anémie de Fanconi

La Transcription (10h)

1- Structure et propriétés physico-chimiques des ARN

2- La transcription chez les procaryotes

2.1- Les éléments nécessaires à la transcription (ARN
polymérases et autres facteurs)
2.2- Les différentes étapes de la transcription
a) Initiation
28
 b) Elongation
c) Terminaison
2.3- Fonction des produits de la transcription (ARNm ; ARNt ;
ARNr))

3- Particularités de la transcription chez les eucaryotes

3.1- Les ARN polymérases eucaryotes I, II et III
3.2- Fonctions des ARN particuliers : hnARN, miARN et
autres
3.3- Les modifications post-transcriptionnelles
- Addition de la coiffe
- Addition de la queue poly A (stabilité des
ARNm)
- Epissage classique (RNP ; Snurps ; ribozymes)
- Autres types d’épissage (alternatif ;
autoépissage ; transépissage ; épissage
utilisant une maturase).
- Edition
3.4- Stockage des ARNm

4- Le transcriptome (extraction des ARNm et intérêts)

5- Régulation de la transcription chez les procaryotes (voir régulation

de l’expression des gènes).

6- Régulation de la transcription chez les eucaryotes (voir régulation

de l’expression des gènes).

La traduction (10h)
(Naissance, Vie et Mort d’une protéine)

1- Le code génétique : Caractéristiques

2- Les différents éléments de la traduction

2.1- Les Acides Aminés
2.2- Les ARNm
2.3- Les ARNt
2.4- Les aminoacyl tRNA synthétases
2.5- Les ribosomes (ARNr et Protéines ribosomales)

3- Les différentes étapes de la traduction chez les procaryotes

3.1- L’initiation
3.2- L’élongation
3.3- La terminaison
3.4- Le bilan énergétique

4- Particularités de la traduction chez les eucaryotes

5- Les Protéines chaperonnes

5.1- Aide à l’acquisition de la bonne conformation protéique
29
 5.2- Protection des protéines contre la dénaturation

6- Les modifications post-traductionnelles des protéines

6.1- Glycosylation
6.2- Isoprénylation
6.3- Acétylation
6.4- Phosphorylation
6.5- Protéolyse spécifique : concept des polyprotéines
(exemple de la POMC)
6.6- Autres modifications

7- Les différentes conformations et classes de protéines

(glycoprotéines, lipoprotéines, sélénoprotéines…) (voir étude des
protéines)

8- Régulation de la traduction (voir régulation de l’expression des

gènes)

9- L’adressage des protéines

Les différentes séquences consensus pour les différentes
destinations membranaires (Reticulum endoplasmique ;
Lysosome ; Mitochondrie ; Peroxysome ; Membrane
plasmique et Noyau)

10- Les différents motifs protéiques impliqués dans les interactions :

10.1- Protéines – Protéines
10.2- Protéines – ADN

11-Traduction et Antibiotiques

12-Les tRNA suppresseurs

13-Le protéasome : ubiquitine et dégradation des protéines

14-Mutations non-sens et synthèse protéique in vitro (PTT ou Protein

Truncation Test)

Régulation de l’expression des gènes (4h)

1- Chez les procaryotes :

1.1- Régulation au niveau de la transcription
1.1.1- L’opéron lactose (induction)
1.1.2- Opéron tryptophane (répression)
1.1.3- Comparaison de l’induction et de la répression

1.2- Régulation au niveau de la traduction

30
2- Chez les eucaryotes

2.1- Régulation transcriptionnelle

2.1.1- Régulation épigénétique (voir épigénétique)
2.1.2- Choix des sites alternatifs d’initiation
2.1.3- Choix des sites alternatifs d’épissage
2.1.4- Importance des régions promotrices :
- Les éléments cis (structure et fonction)
- Les éléments trans (structure et fonction :
zinc finger; leucine zipper ;structure
hélice-tour-hélice ; les récepteurs des
hormones stéroïdes…)
2.1.5- Contrôle du passage de l’ARNm dans le
cytoplasme

2.2- Régulation post-transcriptionnelle

2.2.1- Dégradation des ARNm :
- Physiologique
- siARN (voir siARN)
- Système Non sens Mediated
Decay (ARNm porteurs de
mutations non sens)
2.2.2- Les micro ARN : répression de la traduction
(voir miARN)

2.3- Régulation traductionnelle

L’épigénétique (4h)

1- Variations des composants de la chromatine:

1.1- Au niveau de l’ADN (méthylation)
1.2- Au niveau des histones (acétylation/désacétylation ;
phosphorylation ; méthylation ; ubiquitinylation ; ADP-
ribosylation et autres)

2- Le code épigénétique
2.1- Le code de la méthylation de l’ADN
2.2- Le code histone
2.3- Interrelations entre les 2 codes

3- Inactivation du chromosome X

4- Aperçu sur les pathologies liées aux modifications épigénétiques

(maladies à empreinte parentale ; cancérologie)

31
 L’ADN MOBILE : TRANSPOSONS ET RETROTRANSPOSONS
(3h)

1- Les différentes classes d’ADN

1.1- Gènes uniques et dupliqués.
1.2- Gènes répétés en tandem.
1.3- Gènes répétés dispersés : Transposons et
rétrotransposons.

2- Structure
3.1- les transposons et les rétrotransposons à LTR (HERV) ;
3.2- les rétrotransposons sans LTR non-autonomes (SINE) ;
3.3- les rétrotransposons sans LTR autonomes (LINE).

3- Mécanismes de transposition

4- Fréquence des transpositions

5- Conséquences et applications

Etude des miRNA et siRNA (2h)

1- Place et structure des miRNA (microARN) et

siRNA (RNA interférence).

2- Gènes des miRNA et siRNA.

3- Mécanismes d’action des miRNA et des siRNA.

4- Fonctions des miRNA et siRNA (régulateurs

négatifs de l’expression des gènes)

5- Intérêts des miRNA et siRNA (inactivation

expérimentale des gènes / identification des fonctions des protéines)

6- Utilisation des miRNA et siRNA en

thérapeutique (espoirs; problèmes).

APOPTOSE (4h)

1- Apoptose physiologique
Apoptose – Nécrose – Autophagie - Entose
Au cours de la vie embryonnaire et fœtale
Chez l’adulte
2- Modifications morphologiques et biochimiques
32
 3- Déroulement de l’apoptose (Phases d’initiation, de décision et
d’exécution)

4- Mécanismes moléculaires des différentes voies apoptotiques

4.1- Signalisation de la voie extrinsèque
Les récepteurs membranaires
Les facteurs cytoplasmiques de l’apoptose (protéines de la
familles Bcl, p53 et autres ; récepteurs leurres; protéines Apaf1; caspases)
4.2- Signalisation de la voie intrinsèque
Les facteurs protéiques (cytochrome oxydase; Smac/Diablo ;
protéine AIF)
4.3- Interdépendance de ces deux voies

5- Apoptose et pathologies
Défauts d’apoptose et cancérogenèse
Excès d’apoptose et maladies dégénératives (Parkinson,
Alzheimer ….)
6- Thérapeutique ciblée des affections liées à des anomalies de
l’apoptose
CARCINOGENESE (4h)
1- Les carcinogènes
Les agents physiques (radiations UV/X ; …)
Les agents chimiques (exogènes/tabac ; endogènes/ERO)
Les virus (EBV ; papillomas …)
L’alimentation (protéines ; graisses ;non respect de la règle des
5)

2- Caractéristiques de la cellule cancéreuse

3- Mécanismes de la cancérogenèse
Les proto-oncogènes (mutations activatrices)
Les anti-oncogènes (mutations inactivatrices)
Conséquences de ces mutations sur les différentes voies de
signalisation impliquées dans l’homéostasie cellulaire (prolifération
cellulaire ; apoptose …)
Les gènes de réparation de l’ADN (voir réparation de l’ADN)
Les gènes de détoxification (polymorphisme)

4- Les différentes étapes de la carcinogenèse : Modèle De Vogelstein

(cancer du côlon)

5- Les gènes de prédisposition (cancers familiaux ; dépistage)

6- Syndromes malformatifs et cancers (turner ; WAGR/leucémies)

7- Anomalies chromosomiques et cancers (trisomie 21/leucémie …)

8- Notion de thérapie ciblée

33
Génétique des populations et Polymorphismes (6h)

1- Variabilité des populations humaines (concepts de la variabilité

humaine ; notion de race, de population)

2- Mesure de la variabilité génétique :

2.1- Fréquences génotypiques, fréquences alléliques
2.2- Polymorphisme génétique :
2.2.1- Caractéristiques
2.2.2- les marqueurs génétiques (RFLP, RAPD,
AFLP, minisatellites, microsatellites,
SNPs, CNVR)
2.2.3- Applications des marqueurs génétiques

2.3- Structure de la variabilité génétique

2.3.1- Panmixie
2.3.2- Loi de Hardy-Weinberg
2.3.3- Déséquilibre de liaison
2.3.4- Les écarts à la panmixie : la consanguinité
2.3.5- Définition et calcul des coefficients de
consanguinité et de parenté

3- Les forces évolutives

3.1- Les mutations
3.2- Les migrations
3.3- La dérive génétique
3.4- L’effet fondateur

LES MUTATIONS ET LEURS CONSEQUENCES (6h)

1- Les différents types de mutations

1.1- Les polymorphismes (voir génétique des populations
et polymorphismes)
1.2- Les mutations géniques
1.3- Les mutations chromosomiques
1.4- Les mutations génomiques
1.5- Fréquence
1.6- Nomenclature

2- Les agents mutagènes (agents physiques, chimiques et

autres)

3- Mécanismes mutationnels
3.1- Mutations par modifications chimiques des bases
nucléiques (tautomérisation, désamination,
alkylation , dépurination)

3.2- Mutations ponctuelles (mutation privée, mutation de

novo)
34
 3.2.1- Les différents types de mutations (transitions,
transversions, insertions ou suppression de 1, 2 ou 3
nucléotides ou multiple de 3)
3.2.2- Conséquences fonctionnelles sur la protéine
(mutations silencieuses, faux sens, non-sens, avec
décalage du cadre de lecture)
3.2.3- Conséquences fonctionnelles sur la
transcription :
Mutations siégeant dans les régions
régulatrices
Mutations interférant avec l’épissage
(mutations du site donneur GU, du site
accepteur AG, du site de branchement, des
sites ESS/ISS/EES/IES ; création de site
cryptique d’épissage)
Mutations du signal de polyadénylation

3.3- Mutations par échange de séquences répétées d’ADN

3.3.1- Mésappariements par
glissement de brin (crossing-over
égal, inégal)
3.3.2- Echange inégal de chromatides
sœurs (réciproques, non
réciproques)

3.4- Mutations par transposition (voir ADN mobile)

3.5- Mutations par expansions de triplets ou mutations

instables (prémutation ; anticipation)

3.6- Mutations par réarrangements géniques

3.6.1- Duplication/Délétion
3.6.2- Conversion

3.7- Mutations épigénétiques (empreinte parentale ; voir

épigénétique)

3.8- Mutations mitochondriales (mutations classiques;

déplétions)

3.9- Mutations chromosomiques (voir cytogénétique)

3.9.1- Anomalies de structure
- Translocations
- Grandes délétions (syndrome
des gènes contigus ;
chromosome en anneau)
3.9.2- Anomalies de nombre

35
 3.10- Les mutations génomiques (triploïdies,
tétraploïdies, génome androgénote/gynogénote …)
Méthodes d’étude des mutations (6h)

1- Méthodes d’amplification

1.1- La PCR : Principe et applications

1.2- Les variantes de la PCR : Principes et applications

- PCR Multiplex
- PCR Nichée
- Hot Start PCR
- Touch down PCR
- PCR spécifique d’allèles
- RT-PCR

1.3- La PCR en temps réel et les différentes chimies utilisées

(sybr green, taqman …): - Principes et
applications

1.4- La PCR quantitative : Principe et applications

1.5- La PCR semi quantitative : Principes (QMPSF- MLPA) et

applications

2- Méthodes électrophorétiques

2.1- Les différents types d’électrophorèse : Principes et applications

- En conditions non dénaturantes :
- Standard
- SSCP
- En conditions dénaturantes : DGGE

2.2- Electrophorèse capillaire : Principe et applications

(Séquençage et analyse de fragment)

3- Méthode chromatographique
Chromatographie liquide haute performance en phase
dénaturante (DHPLC) : Principe et applications

4- Méthodes par hybridation : Principe et applications

4.1- Southern Blot (RFLP)
4.2- Dot blot, Reverse Dot blot, ASO
4.3- Puces à ADN (recherche de mutations ponctuelles, de
polymorphismes, reséquençage et étude d’expression des gènes ; voir
puces à ADN)
4.4- Méthodes cytogénétiques moléculaires (FISH, CISH, SKY, CGH
array …. Voir techniques cytogénétiques)
36
5- Méthodes cytogénétiques conventionnelles (Voir techniques
cytogénétiques)

6- Indications des différentes techniques

6.1- Mutations ponctuelles
6.1.1- Méthodes de screening (SSCP ; DGGE ;DHPLC)
6.1.2- Méthodes de confirmation (PCR-Digestion ; ASO ;
séquençage, puce à ADN)

6.2- Remaniements de grande taille (Southern blot ; QMPSF, MLPA ;

caryotypage ; FISH ; CGH array)

6.3- Particularités du DPN et du DPI (voir conseil génétique DPN DPI)

Conseil Génétique, DPN et DPI (3h)

1- Disciplines intervenant dans le cadre du diagnostic prénatal (DPN) :

Centre pluridisciplinaire de DPN
2- Diagnostic Prénatal (DPN) de maladies génétiques
2.1- Le DPN programmé (diagnostic connu)
2.1.1- Consultation de conseil génétique en vue d’un
DPN
2.1.2- Problèmes éthiques du DPN
2.1.3- Problème des maladies dominantes à
expressivité variable (X fragile,
Neurofibromatoses, Steinert, Bourneville …)
2.1.4- Calcul du risque de récurrence
1.1.1-1. Hérédité mendélienne
1.1.1-2. Hérédité non mendélienne:
expansion de triplets / ségrégation
mitochondriale
2.1.5- Approche stratégique du DPN
2.1.5-1. Examens morphologiques :
Imagerie (Echo, Radio, IRM…)
2.1.5-2. Examens biologiques
Matériel biologique et risques liés au
prélèvement
Villosités choriales
Liquide amniotique
Sang du cordon
Tissu (foie, muscle, peau…)
Dans le futur : Cellules fœtales
triées à partir de sang maternel

37
 Recherche d’une contamination de
l’ADN foetal par de l’ADN maternel

Biochimie conventionnelle : Dosages

de substrats, d’enzymes, d’acides aminés,
d’acides organiques, immunoblots.
Biologie moléculaire / Cytogénétique
Situations où l’étude indirecte est
obligatoire ou recommandée (ségrégation
des microsatellites / SNPs)
Situations où l’étude directe est
obligatoire ou recommandée (par
l’utilisation des techniques de diagnostic
des mutations)

2.2- Le DPN sur signe d’appel échographique

2.2.1- Hypomobilité foetale
2.2.2- Hyperéchogénicité intestinale
2.2.3- Apprécier la gravité du signe d’appel et sa
spécificité
2.2.4- Examens à proposer ;
2.2.5- Cas particulier des hétérozygotes composites
2.2.6- Pronostic

3- Diagnostic préimplantatoire : DPI

3.1- Caractéristiques et Indications
3.2- Contraintes et complexité
3.3- Résultats

Approche thérapeutique des maladies génétiques

(4h)

1- Introduction : - S’assurer du diagnostic clinique,

biologique et moléculaire ;
- Ne pas sous estimer les traitements
conventionnels.

2- Traitement préventif dans les maladies génétiques.

a. Prévenir l’expression d’une maladie génétique :
i. Chirurgie prophylactique (CMT / RET /
Thyroïdectomie ; Cancer du sein / BRCA1/BRCA2 /
Mastectomie ; Cancer du colon / APC/HNPCC/
Colectomie ;
ii. Utilisation de chélateurs / Hémochromatose
b. Anticiper l’évolution d’une maladie génétique à début tardif
ou d’évolution variable :
38
 i. - Suivi médical spécialisé ;
ii. - Scolarisation spéciale (surdité, rétinite pigmentaire
…) ;
iii. - Orientation professionnelle ;
c. Prévenir la naissance d’un enfant malade : (voir DPN, DPI)

3- Les possibilités thérapeutiques actuelles

a. Les régimes diététiques (PCU, Tyrosinémie héréditaire,
Leucinoses, Hyperammoniémies, Galactosémie congénitale,
Intolérance héréditaire au fructose, Glycogénoses, Déficit en
LCAD, MCAD…).
b. Les maladies métaboliques curables par des vitamines
(Homocystinurie type I, PCU, Ataxies type AVED).
c. Les protéines recombinantes et hormones de substitution :
Hémophilie A / Facteur VIII ; Diabète / Insuline ; retard
statural / GH ; Hypothyroïdie congénitale / Hormones
Thyroïdiennes, Hyperplasie congénitale des surrénales /
Stéroïdes (trt anténatal) …
d. Les thérapies enzymatiques : Maladie de Fabry ; Maladie de
Gaucher ; Maladie de Pompe ; Maladie de Hurler.
e. La thérapie fonctionnelle par la pharmacologie traditionnelle
et innovante:
i. épurer/chélater le toxique (benzoate / IVA,
cystéamine)
ii. verrouiller une voie métabolique par des inhibiteurs
d’enzymes : Tyrosinémie de type I / NTBC ; Lesch
Nyhan / Allopurinol ; Hypercholestérolémie IIa /
Statines…)
iii. accroitre une activité résiduelle : fibrates (CPT2)
iv. inhiber une fonction : bisphosphonates (OI)
v. remplacer une fonction : mélatonine (SMS)
vi. protéger une fonction : Idébénone (FRDA)
vii. rectifier la traduction : gentamycine (CF) ;
viii. rectifier l’épissage : RNA antisens (DMD)
ix. assurer une structure 3D fonctionnelle des protéines
(molécules chaperonnes)

f. Les transplantations d’organes

4- Les thérapies d’aujourd’hui et de demain

a. Thérapie cellulaire (cellules souches) ;
b. Thérapie génique.

Conclusion

39
 CARTOGRAPHIE GENETIQUE et PHYSIQUE (3h)

1- CARTOGRAPHIE PHYSIQUE

1.1- PAR HYBRIDATION IN SITU

1.2- PAR CARYOTYPE SPECTRAL
1.3- PAR HYBRIDES SOMATIQUES
1.4- PAR HYDRIDES D’IRRADIATION
1.5- PAR ETUDE DES CONTIGS DE CLONES
1.6- PAR ETUDE DES MARQUEURS STS –EST
1.7- PAR SEQUENCAGE DU GENOME

2- CARTOGRAPHIE GENETIQUE
Analyse de liaison
Calcul du Lod score

CLONAGE POSITIONNEL (3h)

1- DETERMINER LA LOCALISATION SOUS CHROMOSOMIQUE DU

LOCUS MORBIDE
 ANALYSE DE LIAISON GENETIQUE
 DESEQUILIBRE DE LIAISON
 ANOMALIE CHROMOSOMIQUE

2- REALISER UNE CARTE PHYSIQUE DE LA REGION IDENTIFIEE EN

UTILISANT DES CLONES GENOMIQUES

2.1- IDENTIFIER TOUS LES GENES PRESENTS DANS LA

REGION
2.1.1- CARTOGRAPHIE DES ILOTS CpG
2.1.2- SELECTION DIRECTE D’ADN COMPLEMENTAIRE
2.1.3- RECHERCHE DE SEQUENCES CONSERVEES AU COURS
DE L’EVOLUTION
2.1.4- PIEGEAGE D EXON
2.1.5- UTILISATION DE METHODES BIOINFORMATIQUES

2.2- IDENTIFIER LE GENE RESPONSABLE DE LA

PATHOLOGIE ET EN RECHERCHER LES MUTATIONS

CONCLUSION

BIOINFORMATIQUE (3h)

Introduction
40
 1- LES BANQUES DE SÉQUENCES GÉNÉRALISTES

1.1. EMBL (nucléique)

1.2. GenBank (nucléique)
1.3. DDBJ (nucléique)
1.4. PIR-NBRF (protéique)
1.5. SwissProt (protéique)
1.6. Uniprot (protéique)
1.7. Les systèmes d'interrogation des banques
1.8. La qualité des données des banques généralistes

2- LES BANQUES OU BASES DE DONNÉES DE SÉQUENCES

SPÉCIALISÉES

2.1. Consortiums internationaux et Organismes privés

2.2. Banques nucléiques spécialisées
2.3. Banques protéiques spécialisées
2.4. Banques immunologiques
2.5. Banques Structure 2D ou 3D
2.6. Les systèmes d'interrogation des banques spécialisées

3- METHODES DE RECHERCHE DE RESSEMBLANCE OU DE

SIMILITUDE ENTRE SÉQUENCES

3.1. MÉTHODES GLOBALES

3.1.1. Dot plot
3.1.2. Distance d'édition – programmation dynamique
3.1.3. Needleman et Wunsch

3.2. MÉTHODES LOCALES

3.2.1. Smith et Waterman
3.2.2. Fasta
3.2.3. Blast

3.3. MATRICES DE SUBSTITUTION

3.3.1. Matrices pour l'ADN
3.3.2. Matrices pour les protéines
3.3.3. PAM (Dayhoff)
3.3.4. BLOSUM (Henikoff et Henikoff)
3.3.5. Utilisation et comparaison des matrices de substitution

4. ANALYSE ET PRÉDICTION SUR LES SÉQUENCES

4.1. ANALYSE DE SÉQUENCES

4.1.1. Analyse de séquences nucléiques
4.1.2. Analyse de séquences protéiques

4.2. PRÉDICTION SUR LES SÉQUENCES

4.2.1. Prédiction sur les séquences nucléiques
4.2.2. Prédictions sur les séquences protéiques

41
4.3. EXEMPLE : RECHERCHE DE SIGNAUX POUR LA PRÉDICTION DE GÈNES
CHEZ LES PROCARYOTES
4.3.1. Exemple : matrice consensus RBS
4.3.2. Exemple : détermination de la longueur d'un signal
4.4. EXEMPLE : PRÉDICTION DE STRUCTURE SECONDAIRE DES PROTÉINES
4.4.1. Chou- Fassman
4.4.2. Gor method
4.4.3. Gascuel et Goldmard
4.5. ANNOTATION "IN SILICO" DES SÉQUENCES GÉNOMIQUES

CONCLUSION

Les cellules souches embryonnaires ou cellules ES

(1h)

1- Sources des cellules souches embryonnaires ou ES

- Embryons surnuméraires
- Clonage par transfert nucléaire
- Reprogrammation de cellules adultes.

2- Potentialités thérapeutiques

Clonage animal (1h)

1- Historique
La brebis Dolly, 1997 et autres animaux (chien, chat, mouton,
vache … scandale Wang)
2- Principe
3- Etapes du clonage
4- Applications
4.1- Clonage thérapeutique / Cellules souches
embryonnaires (ESC)
4.2- Clonage reproductif
5- Difficultés et efficacité de la technique de clonage
6- Parthénogenèse : une alternative au clonage
7- Problèmes éthiques

Animaux modèles de maladies génétiques

humaines (2h)

42
1- Objectifs
1.1- Comprendre la physiopathologie moléculaire des
maladies génétiques humaines
1.2- Mettre au point des thérapeutiques ciblées
2- Principe
3- Techniques de production de modèles animaux
3.1- Invalidation de gènes (knock out / KO) par
recombinaison homologue
3.2- Surexpression de gènes
3.3- RNA interférence
4- Exemples de réussite
5- Conclusion et Perspectives

Protéines recombinantes (2h)

1- Historique
L’insuline et la GH humaines
2- Principe
3- Vecteurs et Modes de transfection
3.1- transgenèse classique
3.2- Transgenèse par recombinaison homologue
4- Systèmes d’expression avec leurs avantages et leurs limites
4.1- Bactéries
4.2- Levures
4.3- Insectes (cultures cellulaires et insectes vivants)
4.4- Animaux (cultures cellulaires et animaux vivants)
4.5- Plantes (vaccins comestibles)
5- Applications
5.1- Protéines thérapeutiques
5.2- Protéines vaccinales
6- Conclusion et Perspectives

Séquençage à haut débit (1h)

1- Principes et Méthodes
2- Applications
2.1- Séquençage de génomes individuels
2.2- Reséquençage
2.3- Identification des SNPs et CNV
2.4- Identification par séquençage des différentes bactéries
présentes dans un milieu

Les Puces à ADN / MicroArray (2h)

1- Principe et place des puces à ADN

2- Les différents types de puces
1.1- Les différentes sondes utilisées
43
 1.2- Les différentes densités de sondes
1.3- Les puces de reséquençage
1.4- Les puces d’expression
1.5- CGH Array

3- Les principes de fabrication des puces à ADN

4- Applications des puces
4.1- Dans le diagnostic : microremaniements
subtélomériques, péricentriques (maladies génétiques,
cancérologie …)
4.2- En recherche (puces d’expression …)

44