19/01/2021

MICROBIOLOGIE
ALIMENTAIRE
Généralités

Pr. Loubna BENIDIRE

Contacte : [email protected]
Année. 2020/2021

Généralités Généralités
• Aliment, denrée alimentaire : Toute substance ou • Salubrité des aliments : Assurance que les aliments,
produit transformé, partiellement transformé ou non lorsqu’ils sont consommés conformément à l’usage
transformé, destiné à être ingéré (…) par l’être humain.
auquel ils sont destinés, sont acceptables pour la
• Industrie des aliments : Ensemble des divers consommation humaine (pas répugnants).
procédés qui permettent de préparer, transformer et
conserver les aliments.
• Sécurité des aliments : Assurance que les aliments ne
• Hygiène des Aliments : Ensemble des conditions et causeront pas de dommage au consommateur quand ils
mesures nécessaires pour assurer la sécurité et la sont préparés et/ou consommés conformément à l’usage
salubrité des aliments à toutes les étapes de la chaîne
auquel ils sont destinés (sans danger)
alimentaire.

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Généralités
• Danger : Agent biologique, chimique ou physique
présent dans l’aliment et pouvant entraîner un effet
néfaste sur la santé du consommateur. Intérêt de la microbiologie
Un danger c’est concret ! alimentaire
• Risque : Probabilité de voir se manifester l’effet néfaste
résultant de la présence d’un danger dans l’aliment.
Un risque c’est un nombre.

Intérêt de la microbiologie alimentaire ?

Intérêt de la microbiologie alimentaire ?
• 1) Raisons économiques
Pendant leur fabrication et/ou leur stockage, les
• 1) Raisons économiques aliments sont altérés par l'oxydation, l'action des
• 2) Raisons de santé publique enzymes et par des microorganismes (bactéries, virus,
• 3) Respect de la législation parasites, champignons, invertébrés..) qui s’y
• 4) Utilisation dans la production d'aliments multiplient et les rendent impropres à la
consommation.
→Suivre la qualité microbiologique des aliments, pour
éviter des pertes de production, ou une mauvaise
publicité, lors d’intoxications alimentaires.

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Intérêt de la microbiologie alimentaire ? Intérêt de la microbiologie alimentaire ?

• 1) Raisons économiques • 1) Raisons économiques
• 2) Raisons de santé publique • 2) Raisons de santé publique
- Puisque les aliments peuvent devenir toxiques, sous • 3) Respect de la législation
l'action de certains microorganismes, ce qui aura ✓Diverses lois imposent des contrôles
réglementés.
donc des conséquences sur la santé des
consommateurs.
→La qualité microbiologique des aliments est donc
surveillée par des organismes compétents, afin
d’éviter des intoxications alimentaires.

Intérêt de la microbiologie alimentaire ?

• 1) Raisons économiques
• 2) Raisons de santé publique
• 3) Respect de la législation Aliments - Microorganismes -
• 4) Utilisation dans la production Consommateurs
d'aliments
✓ Pour le suivi ou la sélection de «
microorganismes utiles », dans le cas de
processus industriels, pour leur utilisation, dans
la production d'aliments (yoghourt, fromage,
pain, ...).

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Conséquences de la présence de Conséquences de la présence de

micro-organismes dans les aliments micro-organismes dans les aliments
• Un des effets les mieux connus des microorganismes • 2) La qualité hygiénique
contaminants de nos aliments est la dégradation de ▫ Danger pour le consommateur
la qualité. Accumulation de micro-organismes pathogènes
• 1) La qualité marchande: concerne essentiellement Accumulation de métabolites toxiques
les caractéristiques organoleptiques. • Toxines bactériennes
▫ Amélioration des qualités organoleptiques • Mycotoxines
Flore utile, auxiliaire de fabrication (yaourt, fromage,
• Produits de dégradation (histamine)
saucisson….)
▫ Détérioration des qualités diététiques et organoleptiques
Flore banale de contamination (pourri, moisi, poisseux…)

Origine des microorganismes? Origine des microorganismes?

• Les micro-organismes sont omniprésents dans • Contamination endogène: Contamination
notre environnement et dans les aliments que par les microorganismes présents naturellement
nous consommons. dans un aliment.

→Flore préexistante dans l’aliment, qui provient

de l’organisme à partir duquel est produit
l’aliment.

✓ Flore commensale des animaux

✓ Flore pathogène des animaux malades
✓ Flore résidente des végétaux

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Origine des microorganismes? Origine des microorganismes?

• Contamination endogène: Contamination • Contamination exogène
par les microorganismes présents naturellement
dans un aliment. Flore apportée dans l’aliment au cours de sa
préparation à l’occasion d’un contact avec un
L’animal est malade avant l’abattage vecteur de contamination (objet, homme ou
→ Maladie infectieuse animal…).

Microorganismes du tube digestif des

animaux
→ Bactériémie digestive / bactériémie
d’abattage
Peau des animaux Coquilles d’œufs Enveloppes des fruits
et des légumes

Origine des microorganismes? Origine des microorganismes?

• Contamination exogène Exemples de contamination des aliments par
les germes de leur surface :
Les microorganismes des barrières de surface
o Lors de la découpe de carcasse d’animaux : les
poils et cuirs peuvent être une des sources de
contamination des viandes.

o Le lait peut être souillé par les

microorganismes déposés par la mamelle
Peau des animaux Coquilles d’œufs Enveloppes des fruits
et des légumes

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Origine des microorganismes? Origine des microorganismes?

• Contamination par l’environnement :
o Pendant la cueillette des fruits et des légumes leur • L’usine et son environnement sont la source de
écorce peut être déchirée et les microorganismes nouvelles contaminations qui s’ajoutent à la
peuvent pénétrer à l’intérieur des tissus et altérer le contamination antérieur
produit. • → Les «5 M» : Matière Iere, Milieu, Matériel,
Méthode, Main d’œuvre.
o Les phénomènes de dilatations provoquées par de
mauvaises conditions de stockage des œufs (passage
brusque de 5°C à 18 °C ? ou de 42 °C à 5°C) favorisent la
pénétration des bactéries de la coquille à l’intérieur
des œufs

Origine des microorganismes? Origine des microorganismes?

• Milieu: Bâtiments et locaux (air, sol) • Matériel
Contamination par l’air
Microorganismes de l’air: source de contamination
des aliments qui sont en contact avec l’air

→Nettoyage et désinfection→ si mal nettoyées un jour,

contamination majeure le lendemain

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Origine des microorganismes? Origine des microorganismes?

Méthode
• Contamination par l’eau Main d’œuvre
• Contamination par le personnel
→Homme = porteur de germes (10% du corps est
constitué de bactéries inoffensives)

Origine des microorganismes? Contaminations exogènes

• La flore que l'Homme porte est une source de

contamination.
• La flore fréquente est:
✓la flore oro-pharyngée,
✓la flore commensale du tube digestif,
✓la flore cutanée

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Plan
MICROBIOLOGIE 1. Généralités

ALIMENTAIRE 2. Intérêt de la microbiologie alimentaire

3. Aliments - Microorganismes - Consommateurs

Séance 3 à 5 4. Microflore spécifique des aliments

5. Écologie Microbienne des Aliments: Contrôle et
destruction des microorganismes
6. Techniques d’analyse microbiologiques
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Microflore spécifique des aliments

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1. Les bactéries lactiques

• Définition de Orla-Jensen (biochimiste Danois)
posée en 1919 :
Microflore spécifique des aliments
 Groupe bactérien capable de fermenter les
glucides en produisant de l’acide lactique (CH3-
Flore utile CHOH-COO-)

1.1.Métabolisme général des bactéries

lactiques Les réactions cataboliques
• 1.1.1. Définition du métabolisme • Enchaînement de réactions couplées de
déshydrogénation et d'hydrogénation, faisant
Le métabolisme d'une cellule vivante est l'ensemble intervenir un donneur initial qui est
des réactions de dégradation (catabolisme) et de
synthèse (anabolisme) permettant d'établir un généralement un sucre, un accepteur final qui
cycle d'échanges avec le milieu environnant pour est le plus souvent le pyruvate, est des
assurer sa survie, sa croissance et sa reproduction. intermédiaires de transport d'électrons qui sont
des coenzymes associés à des déshydrogénases.
Les réactions cataboliques sont exergoniques (libération de
l'énergie)
Les réactions anaboliques sont endergonique
(consommation de l'énergie).

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1.1.2. Voies du catabolisme des sucres 1.1.3. Voies du catabolisme des sucres
• Les bactéries lactiques homofermentaires • Les bactéries lactiques hétérofermentaires

Glucose Lactate +CO2 + Éthanol (ou acétate)

Glucose 2 x Lactate
 Voie des pentoses-phosphates (encore appelée
 la voie des hexoses-diphosphates
voie 6P gluconate)
 Génèrent parallèlement 2 molécules d'ATP  Génèrent parallèlement 1 molécule d'ATP et du
et du NADH2 qui est réoxydé en NAD pour NADH2 qui est réoxydé en NAD pour assurer la
assurer la poursuite du processus fermentaire. poursuite du processus fermentaire.
1 mole de glucose dégradé 2moles d'ATP

1 mole d'ATP et de lactate et 1 mole de CO2

1. 2. Taxonomie des bactéries lactiques
• Caractères phénotypiques communs :
• Gram+, coques ou bacilles
1 mole de glucose dégradé
et d'éthanol ou d'acétate

• Immobiles (généralement) et non sporulées

et de lactate

• Bactéries anaérobies aérotolérantes:

 Métabolisme exclusivement fermentatif : absence de
cytochromes donc inaptitude à toute respiration
 Tolérance à l’O2: absence de catalase mais présence
d’une péroxydase (catalase-)

▲Cependant certaines espèces, habitants le tube

digestif des animaux sont anaérobies strictes.

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1. 2. Taxonomie des bactéries lactiques 1. 2. Taxonomie des bactéries lactiques

• 12 genres dont les principaux sont:

• Bactéries polyauxotrophes:
 Capacité de biosynthèse faible
 Exigence pour acides aminés, bases
nucléiques, vitamines, acides gras…

1. 2. Taxonomie: : Lactobacillus 1. 2. Taxonomie: : Lactobacillus

• Bacilles groupés en chaînettes,
• Classification actuelle basée sur :
• Gram+, asporulés
 Type fermentaire
• Généralement immobiles (sauf Lb. agilis)
 Forme et arrangement des cellules
• Habituellement catalase- (certains ont une
pseudo catalase).  Études biochimiques : peptidoglycane,
LDH…
• Acidifiant le lait lentement et intensément
(résistance à pH =3,5)  Comparaison génétique : ARNr 16S,
hybridation ADN-ADN
• Exigeants en facteurs de croissance

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1. 2. Taxonomie: : Lactobacillus 1. 2. Taxonomie: : Lactobacillus

• 3 groupes : • Différentes espèces appartenant
au genre Lactobacillus

Groupe I Groupe II Groupe III

Lb. delbrueckeii Lb. casei Lb. bifermentans
Lb. acidophilus Lb. sake Lb. brevis
Lb. gasseri Lb. bavaricus Lb. kefir
Lb. helveticus Lb. plantarum Lb. reuteri
Lb. fermentum
Lb. confusus
Lb. viridescens
Lb. sanfrancisco

1. 2. Taxonomie: : Streptococcus 1. 2. Taxonomie: : Lactococcus

• Coques en chaînettes
• Non pathogènes pour l’homme et les animaux • Genre proche de Streptococcus:
• Homofermentaire anciens S. lactis et S. cremoris
• 1 seule espèce: Streptococcus thermophilus
caractérisée par : • Coques en chainettes (parfois allongés)
 une croissance optimale entre 42-43°C • Croissance optimale entre 20 et 30°C (minimale
 une thermo résistance à 60°C,
 une activité fermentaire réduite à quelques sucres à 10°C)
 une forte sensibilité au NaCl • Non thermorésistants
 un agent d'acidification fréquent dans certains
fromages et surtout les yaourts. • Homofermentaire

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1. 2. Taxonomie: : Lactococcus 1. 2. Taxonomie: : Leuconostoc

• Coques en paires ou chaînettes
• Espèces appartenant au genre
• Mésophiles (optimum : 20-30°C)
 Lactococcus lactis
• De métabolisme hétérofermentaire:
 Lactococcus garviae  Acide lactique
 Lactococcus plantarum  Éthanol
 Lactococcus raffinolactis  CO2
• Espèces appartenant au genre: L. mesenteroïdes; L.
lactis; L. paramesenteroïdes.

1. 2. Taxonomie: : Pediococcus 1. 2. Taxonomie: : Bifidobacterium

• Coques en paires ou tétrades
• De forme très variable :
• Faible activité protéolytique
 coccoïde,
• Homofermentaire
 allongée avec protubérances,
• Espèces se différencient par leur tolérance:
 bifurcations,
 à la température
• Arrangement en chaînettes étoilées,
 au pH
en V ou en palissade
 au NaCl
 leur spectre fermentaire (souvent incapables de
fermenter le lactose)

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1. 2. Taxonomie: : Bifidobacterium 1. 2. Taxonomie: : Bifidobacterium

• Produisant : • Espèces de Bifidobacterium (24 esp)

 Acide acétique B. bifidum
 Acide lactique B. longum
 Acide formique, éthanol et acide succinique B. infantis
• Anaérobies stricts B. breve
• Mésophiles (optimum 37 –41°C) B. adolescentis
• Ne supportant pas les pH acides B. angulatum,…..
(inférieurs à 5 –4,5)

1. 3. Écologie 1. 3. Applications biotechnologiques

• Élaboration d’aliments
• Biopréservation
• Rôle de probiotiques
• Production de molécules d’intérêt industriel ou
médical

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1. 3. Applications biotechnologiques :
Élaboration d’aliments 1. 3. Applications biotechnologiques
• Types d’utilisation :
• Artisanale :
Ferments utilisés pour :
• Levains empiriques
• leur capacité à transformer l’aliment :
• Ensemencement naturel
pouvoirs acidifiant, protéolytique, lipolytique
• Industrielle :
• leur capacité à produire des arômes :
• Souches pures
pouvoir aromatisant
• Mélanges de souches
• Choisies pour leur propriétés microbiologiques

1. 3. Applications biotechnologiques 1. 3. Applications biotechnologiques

Élaboration de produits laitiers :
Élaboration de produits laitiers :
• Espèces acidifiantes :
• acidification
Différents types de ferments :
caillage du lait
• protéolyse de la caséine Ferments mésophiles:
• Ex : Lc. lactis subsp cremoris, Lc. lactis subsp lactis • Bactéries : Lactococcus, Lc. cremoris, Lb.casei, Lb. Plantarum
• Espèces aromatisantes : • Utilisation : mélanges de souches d’une même espèce ou
• Production de diacétyle, d’éthanol, d’ac. acétique, de protéases et association d’espèces différentes
de lipases Fromages frais (Féta…); Fromages à pâte molle (camembert…)
• arômes. Fromages durs à pâte pressée (gouda…); Fromages à pâte persillée
• Ex : Lc. lactis subsp diacetylactis, Leuconostoc, Lb. bulgaricus, S. (roquefort…); Lait fermentés et Kéfir
thermophilus

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1. 3. Applications biotechnologiques 1. 3. Applications biotechnologiques

Ferments thermophiles: Élaboration du yaourt : proto-coopération entre S.

thermophilus, Lb. bulgaricus
• Bactéries : S. thermophilus, Lb. acidophilus,
Lb.delbrueckii, Lb. lactis, Lb.helveticus
• Utilisation : souvent sous forme d’associations
 Yaourt (S. thermophilus, Lb.bulgaricus)
 Fromages à pâte cuite (gruyère, parmesan…)
 Laits fermentés

1. 3. Applications biotechnologiques 1. 3. Applications biotechnologiques

Fermentation de végétaux :
Fermentation naturelle par les bactéries présentes en
surface des végétaux
Applications :
 Choucroute : Lactobacillus, Leuconostoc, Pediococcus
 Autres légumes : concombres, olives…
 Pains au levain : Lactobacillus, Leuconostoc, S.thermophilus

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1. 3. Applications biotechnologiques
biopréservation
1. 3. Applications biotechnologiques
Domaines d’application :
 Tout aliment frais conservé sous vide ou atmosphère
Définition : contrôlée
méthode de conservation des aliments  Essentiellement les viandes et produits de la mer

pulvérisation de microorganismes Mécanismes d’action :

 Barrière biologique par développement en
protecteurs en surface de l’aliment surface
 Compétition par rapport au substrat
ou utilisation d’un produit de leur
 Production de bactériocines ou autres molécules
métabolisme inhibant les pathogènes et la flore d’altération

1. 3. Applications biotechnologiques 1. 3. Applications biotechnologiques

Exemple d’application : Exemple d’application :
Conservation des produits de la mer Résultats des tests :
Souche commercialisée (ferment LLO) :  Ralentissement du développement de la flore mésophile
 Espèce : Lactococcus lactis
 Inhibition de Listeria monocytogenes
 Isolée de la chaire de saumon  Efficacité variable selon la teneur en glucide de l’aliment
 Psychrotrophe : se développe à T° de réfrigération
 Ne se développe pas à 30°C (pas d’interférence avec les
contrôles qualité microbiologiques)
 Pas de modification du gout du produit
 Ne produit pas de bactériocine mais une molécule
 DLC augmentée : ex Crevettes cuites sous vide 7j. à 15j.
inhibitrice de nature glucidique ou lipidique

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1. 3. Applications biotechnologiques
1. 3. Applications biotechnologiques rôle de probiotiques

Autres exemples d’application :

Définition :
 préparation bactérienne
 généralement à base de bactéries lactiques
intestinales
 utilisée sous forme revivifiable
 utilisée à des fins nutritionnelles et/ou
thérapeutique

1. 3. Applications biotechnologiques 1. 3. Applications biotechnologiques

Caractéristiques des bactéries probiotiques:

Bactéries lactiques les plus utilisées:

• Lactobacillus :
Lb. acidophilus, Lb. casei, …
• Streptococcus thermophilus
• Bifidobacterium: B. bifidum

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1. 3. Applications biotechnologiques 1. 3. Applications biotechnologiques

Effets nutritionnels et thérapeutiques :
Effets nutritionnels et thérapeutiques :

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Plan
MICROBIOLOGIE 1. Généralités

ALIMENTAIRE 2. Intérêt de la microbiologie alimentaire

3. Aliments - Microorganismes - Consommateurs

Séances 8-9 4. Microflore spécifique des aliments

5. Écologie Microbienne des Aliments: Contrôle et
destruction des microorganismes
6. Techniques d’analyse microbiologiques
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Année. 2020/2021

3.2. Maladies d’origine alimentaires Le botulisme

• Intoxication causée par Clostridium botulinum.
• (1) botulisme alimentaire:
▫ intoxication due à l’ingestion d’aliments
contaminés par la toxine botulique
• (2) botulisme par blessure souillée:
▫ croissance C. botulinum dans une blessure
contaminée la toxine dans la circulation
sanguine;
• (3) botulisme infantile :
▫ nourrissons1 an l'ingestion de spores la
croissanceproduction de toxine dans le tractus
intestinal;

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Le botulisme Le botulisme
• Caractéristiques: • RÉSERVOIR :
• Bâtonnets à Gram positif, • Sol, eau, sédiments marins, tube digestif
• Anaérobie stricte de l’Homme et des animaux;
• Sporulée, • Aliments contaminés ou produits
agricoles, y compris le miel.
• Les spores sont ovales, et légèrement
déformantes. • Quand les spores se trouvent dans un
milieu favorable, comme des aliments
• Généralement mobiles grâce à une ciliature
ou une blessure, elles peuvent germer
péritriche
et produire des cellules végétatives
toxinogènes.

Le botulisme Le botulisme: La toxine botulique

• 8 sérotypes de C. botulinum, classés selon les
• La germination: min. 5°C différences antigéniques de leurs neurotoxines : (A,
• Optimum thermique pour toxinogenèse: 35 à B, Cα, Cβ, D, E, F, et G).
40 °C • La «toxine botulinique» est un des poisons les
plus violents connus
• Exige au moins une humiditéde 60%
o Un mg peut tuer plus de 33 milliards de souris.
• Inhibée par un salage de 8%.
o DLM Homme = 0.01mg
• Produit de l'ammoniac et de l'hydrogène
sulfuré (mauvaise odeur) et fermente • Il faut 10 fois plus de toxine tétanique et 4.106 de
quelques sucres fois plus de cyanure pour atteindre la même toxicité.

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Le botulisme: La toxine botulique

• ! L'intoxication ne peut se produire que par

ingestion de produits contaminés non chauffés.
(De nature protéique) o La toxine, absorbée par la muqueuse intestinale,
diffuse jusqu'aux synapses du système nerveux.
o Elle bloque la transmission de l'influx nerveux,
par inhibition de la libération d'acétylcholine par
les vésicules synaptiques.

Le botulisme: La toxine botulique Le botulisme: La toxine botulique

• L'intoxication se traduit par une paralysie
des muscles lisses essentiellement, commençant • Nerveux:
par les muscles oculaires. céphalée,
Les symptômes : difficulté d'élocution,
• Digestifs: nausée, douleurs abdominales, pupilles fixes et dilatées,
vomissement et diarrhée suivie plus tard de
dédoublement de la vue (diplopie),
constipation.
dessèchement de la bouche et du pharynx,
Impossibilité de tirer la langue

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Le botulisme: La toxine botulique Le botulisme: La toxine botulique

La toxine botulique: un poison violent qui peut aussi guérir !?

• Les principaux aliments responsables du • En médecine esthétique, on utilise la toxine

botulisme sont : botulique sous forme de Botox, pour atténuer:
o Les conserves alimentaires, les rides d'expression
o Les produits emballés sous vide ou en les cernes
atmosphère modifié • Utilisé aussi contre la transpiration
excessive,
o Les produits fumés
• les perturbations du tonus musculaire,
• les spasmes oculaires (mouvements
involontaires de l’œil)…

Les Mycotoxicoses Les Mycotoxicoses

• Les mycotoxines de structure chimique très
variée sont des exotoxines produites par des • Mycotoxine: molécule issue du métabolisme
champignons inférieurs quand les conditions de secondaire de certaines espèces de moisissures
croissance sont satisfaites. qui se développent sur les aliments.
• On dénombre plusieurs centaines d’espèces de • Elles sont de faible poids moléculaire, donc non
moisissures antigéniques
• Appartenant principalement aux trois genres • Elles provoquent des syndromes spécifiques
très communs: chez l’ ’ Homme et/ou les animaux
Aspergillus, Penicillium, Fusarium capables de
produire plusieurs centaines de mycotoxines.

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Les Mycotoxicoses
Les Mycotoxicoses
Voies de contamination des aliments en
mycotoxines
Caractéristiques physico-chimiques
Produit Végétal/animal Consommation Animaux d’élevage

• Des petites molécules (PM < 1000 g/mol)

• Peu Solubles Dans L’eau Développement Fongique

• Difficilement métabolisées par les organismes Mycotoxine

Fixation tissulaire Excrétion
vivants. (Viande, abats) (lait, œufs)

• Très stables, à l’acidité et surtout à la chaleur

Consommation Consommation
! Conséquence : la décontamination des denrées H/An H/An

alimentaires est très problématique Mycotoxycose Directe Mycotoxycose indirecte

Les Mycotoxicoses
Les Mycotoxicoses
L’impact des mycotoxine sur la santé humaine
• Toxicité aigüe
• Ingestion unique de doses massives de toxines,
• Chez l’homme l’intoxication aigue aux mycotoxine
se manifeste par une hépatite aiguë,
• Les symptômes cliniques typiques mais non
spécifiques incluent
o jaunisse,
o dépression,
o anorexie,
o et diarrhée.

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Les Mycotoxicoses Les Mycotoxicoses

• Toxicité chronique • Les principaux aliments touchés :
• Expositions répétées à de faibles doses

maïs Blé soja

riz Viande Fruits sec

3.2. Maladies d’origine alimentaires Infection alimentaire: les Salmonelloses

Caractères des salmonelles
• Appartiennent à la famille des
Enterobacteriaceae,
• Bacilles
• Gram négatif,
• non sporulés,
• Mobiles par des flagelles péritriches mais parfois
immobiles,
• Aéro-anaérobies facultatifs.

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les Salmonelloses les Salmonelloses

Principales caractéristiques culturales des • Plus de 2000 sérotypes, tous pathogènes pour
Salmonelles l’homme.
• Température: 5,2 à 46°C (optimum:35 à 37°C) • Quartes de ces sérotypes correspondant aux
espèces qui sont a l'origine des maladies
• pH : 4 à 11 (optimum: 6,5 à 7,5) infectieuses (fièvres typhoïdes ou paratyphoïdes)
• aw : bonne croissance entre 0,94 et 0,99 • Salmonella typhi,
• Sel : inhibition à 15-30% • S. paratyphi A,
• S. paratyphi B
• S. paratyphi C

les Salmonelloses les Salmonelloses

• Salmonelloses: infection causée par • Premiers symptômes 6 à 48 h après ingestion:
l’ingestion des aliments contaminés par des o diarrhée,
bactéries de genre salmonella
o fièvre,
• La dose infectante de ce germe est de moins de o nausée,
106 germes/g
o vomissement,
• Le pouvoir pathogène de cette bactérie est du à
o maux de tête
la production d’une endotoxine et sa capacité
entéro-invasive
• Cas de mortalité très rares (0,1- 0,3%): enfants,
vieillards, malades.

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les Salmonelloses Listériose

Aliments concernés • Maladie causé par l’ingestion des aliments
contaminés par Listeria monocytogenes
• Aliments d’origine animale (viande, œufs,
poulets, poissons) • Morphologie
• Produits de la mer Petits bacilles à Gram+, isolés ou associés en
chaînettes, palissades
• Pâtisseries
Immobiles à 37°C, mobiles à 20°C (cils
• Très rarement produits pasteurisés (sensibilité à
péritriches)
la chaleur); risque de contamination post-
pasteurisation (non respect des règles Non sporulés
d’hygiène). Température: 1 à 42°C

Listériose Listériose
 pH : 5,6 à 9,6 • Le pouvoir pathogène de cette bactérie est liée à
sa capacité à se multiplier dans l’organisme (les
 Espèce aérobie-anaérobie facultative
cellules phagocytaires)
 Bactérie persistante (sol, surfaces, aliments…)
• dû à la production d’une protéine d’invasion «
 Résiste à de fortes concentrations de NaCl hèmolysine » = «listériolysine O».
(saumure)
• Les hémolysines sont généralement
 Le temps d’incubation est très variable (2 et 30 thermolabiles, c'est-à-dire détruites par la
jours ) chaleur.
 La bactérie est détruite par la chaleur
(70°C/3 minutes).

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Listériose Listériose
• Les symptômes de l'infection
• La maladie est sévère mais rare.
• Les symptômes de la listériose apparaissent
habituellement entre 2 et 30 jours après l'infection.
• La listérioses s'avère particulièrement dangereuse
pour:
les femmes enceintes,
les nouveau-nés
et les personnes souffrant d'immunodéficience

Listériose Listériose
• Les symptômes les plus fréquents sont
• Les aliments impliqués dans le cas de listériose
Fièvre (39‐40°C); incluent :
Céphalées, douleurs musculaires, nausées,
vomissements; • les produits laitiers non pasteurisés et les
produits laitiers
Diarrhée ou constipation
La listériose se manifeste principalement par une • les viandes peu cuites,
méningite, encéphalite, septicémie mortelle à 50 %
des cas. • Les Poissons fumée et crus, coquillages crus
• Chez la femme enceinte l'infection est responsable • les fruits et légumes mal lavés, ou encore graines
de: germées,
 fausse-couche
• Les choux…
 naissance prématurée

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Escherichia coli Escherichia coli

E. coli entéro-pathogènes classiques:
• Esc. coli est un hôte normal de l’intestin de
l’homme, dans les fèces son nombre est voisin de • comprennent les sérotypes associés aux diarrhées des
106-107 par gramme jeunes enfants
• Bacilles, Gram-, E. coli entéro-toxinogènes :
• Mobile, • comprend des souches produisant des entérotoxines
thermostables et/ou des entérotoxines thermolabiles;
• non sporulant,
ces souches colonisent la surface épithéliale de la
• Anaérobie facultative, région proximale de l’intestin grêle.
• 4 souches pathogènes de Esc. Coli (que l'on • E. coli O27:H7(108–109) est nécessaire pour qu'un
appelle « Pathovars ») : individu développe des symptômes.

Escherichia coli Escherichia coli

E. coli entéroinvasives:
• leur effet pathogène est exercé par l’invasion du Les critères pathologiques d’E. coli
tractus intestinal. • La dose infectante entraînant la maladie se situe
E. coli Entérohémorragique entre 106 et 109 E. coli entéropathogènes.
• 106 et 108 E. coli entéroinvasives sont
• E.coli O157:H7 isolé à partir de nombreux
nécessaires pour produire le symptômes
produits alimentaires provoque une colite
diarrhéique chez les adultes.
hémorragique sévère.

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Escherichia coli Escherichia coli

• Les souches toxinogènes provoquent : La production d’entérotoxines par E. coli

• Température:
la diarrhée,
la fièvre Optimale de production: 35 °C, pendant une
période d’incubation de 24 heures
la nausée avec parfois des douleurs abdominales
et des vomissements. Les toxines thermostable détectées à des
intervalles de température de 25 à 40°C
• La période d’incubation est en moyenne de 18 Thermolabile détectées à des intervalles de
heures la durée de la maladie est en moyenne de température 30 à 35°C.
48 heures.
Inhibition de toxinogenèse entre 5 et 15 °C.

Escherichia coli
Yersiniose
• La yersiniose est une maladie infectieuse
• pH: causée par les bactéries de type
Yersinia enterocolitica
pH optimal pour la production de (TL): 8,5
• est un bacille à Gram-
pH optimal pour la production de (TS): 7,2 à
7,8. • Mobile
• Capsulés
• Aéroanaérobies
• Cette bactérie ne fait pas partie de la flore
intestinale normale de l’ Homme.

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Yersiniose Yersiniose
Principales caractéristiques culturales • Symptômes28 h et plus
• La croissance est possible à des températures Chez l’homme, Yersinia enterocolitica est
entre 0 et 44 °C, principalement responsable de:

• La température optimale de croissance est entre • gastro-entérites fébriles : fièvre souvent

modérée, mais pouvant parfois dépasser 39 °C ;
25 et 29 °C.
• Entérocolite accompagnées de diarrhées
• pH optimum de croissance proche de la aqueuses ou sanglantes et de vomissements
neutralité (7,3 à 7,5).
• Douleurs abdominales, souvent modérées
• Thermosensible à 50 °C
• les enfants qui sont plus sévèrement affectés

Yersiniose Shigellose
• Maladie causée par l’ingestion des aliments
Source contaminés par des espèces bactérienne
• Urine et excréments des animaux contaminés Shigella spp.
• sol, eau, poussière • Appartenant à la famille des entérobactéries
Aliments incriminés (Enterobacteriaceae)
• Viandes : bœuf, agneau • Gram négatif
• Moules, huîtres • Non mobile,
• Crudités, • Anaérobie facultative
• Lait cru • Pathogènes stricts
• Aliments contaminés…. • 4 espèces  Shigella dysenteriae, S. sonnei, S.
boydii et S. flexneri

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Shigellose Shigellose
Principales caractéristiques culturales • Elles envahissent la muqueuse intestinale
• Les souches se développent entre 7 et 46 °C, avec comme les E. coli entéroinvasifs et provoquent
un optimum à 37 ° C. une inflammation locale.
• Les cellules survivent plusieurs jours sous • La dose infectante est très faible101-103
différentes contraintes physiques et chimiques cellules chez l'adulte.
telles que : • Après l'ingestion d'un aliment contaminé, les
la réfrigération, la congélation, symptômes apparaissent entre 12 h et 7 j
NaCl à 5% • Deux entérotoxines sont excrétées par Shigella
et un pH de 4,5. dysenteriae et S. flexneri, ces toxines (Shiga-
• Sensible aux traitements thermiques toxines) sont cytotoxiques pour l’entérocyte.

Shigellose Shigellose
Symptômes
• Diarrhée Source

• Douleurs abdominales • L’homme et certains autres primates sont les

seuls réservoirs des différentes espèces de
• Fièvre,… Shigella.
• En cas d'infection bénigne, les symptômes
Aliments incriminés
durent de 5 à 6 jours,
• mais dans les cas graves, ils peuvent persister de • Aliments contaminés et eau contaminée
2 à 3 semaines. Certaines personnes peuvent ne
pas développer de symptômes.

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Campylobactériose
MICROBIOLOGIE
• La campylobactériose est une maladie causée
ALIMENTAIRE par l’ingestion des aliments contaminés par des
espèces bactérienne Campylobacter spp.
P3
• Campylobacter jejuni et Cam. coli sont
considérés comme les agents causatif les plus
courants.
Pr. Loubna BENIDIRE
Contacte : [email protected]
Année. 2019/2020

Campylobactériose Campylobactériose
Caractéristiques: Principales caractéristiques culturales
• Gram négatif, • Les souches nécessitent un environnement
• Mobile microaérophile d’environ 5% d'oxygène, 8% de
CO2 et 87% de N2 pour la croissance.
• Microaérophiles
• La température de croissance est comprise entre
• Forme incurvée ou hélicoïdale 32 et 45 °C. avec un optimum à 42 °C.
• Il est doté d’un flagelle polaire • Elle poussent mieux dans les acides aminés que
dans les glucides.

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Campylobactériose Campylobactériose
• Ils sont sensibles à de nombreux paramètres • L’ingestion de 500 bactéries suffit pour causer la
environnementaux, notamment maladie
• l'oxygène (air), • Les souches produisent un facteur invasif qui
• le NaCl (supérieur à 2,5%), permet aux cellules d'envahir et de s'établir dans
les cellules épithéliales,
• pH bas (inférieur à 5,0),
• Période d'incubation : approximativement 1 à
• Température (inférieure à 30 ° C), la chaleur 10 jours.
(pasteurisation) et le séchage.
• Cependant, ils survivent bien sous réfrigération
et pendant des mois sous congélation

Campylobactériose Campylobactériose
Source
• L'infection par Campylobacter peut entraîner une
variété de symptômes, dont les suivants : • Cette bactérie est un hôte intestinal normal de très
• diarrhée sanglante; nombreux animaux ; dans les matières fécales de
poulets ou de dindes il n’est pas rare d’en rencontrer
• douleurs abdominales; crampes; plus de 106 germes par gramme.
• nausée et vomissement;
Aliments incriminés
• fièvre; maux de tête;
• Consommation de viandes et de produits dérivés de la
• douleurs musculaires. viande insuffisamment cuits
• Les personnes infectées par la bactérie peuvent ne • Par ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par les
présenter aucun symptômetransmettre la maladie déjections animales contenant Cam. jejuni et Cam. coli
à d'autres personnes.

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Gastro Entérite à Vibrio spp. Gastro Entérite à Vibrio spp.

• Vibrio parahaemolyticus est un vibrion marin • Principales caractéristiques culturales
halophile (1971)
• Gram négatif.
• Bâtonnet droit ou recourbé en virgule,
• Non sporulant,
• Aéro-anaérobie facultatif.
• Mobile: Il est doté d’un flagelle polaire

Gastro Entérite à Vibrio spp. Gastro Entérite à Vibrio spp.

• le pouvoir pathogène des souches

• Dans des conditions de croissance optimales, les
entéropathogènes est lié à la présence d’au
cellules peuvent se multiplier en environ. 15 min.
moins une des deux hémolysines suivantes,
• La croissance est limitée à pH 5,0 ou moins.
• la TDH (Thermostable Direct Hemolysin)
• Les cellules sont extrêmement sensibles au
• et la TRH (TDH-Related Hemolysin),
séchage, au chauffage (pasteurisation), à la
réfrigération et à la congélation. • Elles ont des activités lytiques, cytotoxiques et
entérotoxiques.

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Gastro Entérite à Vibrio spp. Gastro Entérite à Vibrio spp.

Source
• Les cellules bactériennes sont sensibles au faible
pH de l'estomac. • V. parahaemolyticus a pour habitat naturel les eaux
côtières du monde entier.
• Généralement, un individu doit consommer 105-
• Elle est fréquemment présente dans les sédiments,
107 germes pour que les symptômes se le plancton, les poissons, les crustacés et les
développent. mollusques bivalves, en particulier les huîtres et les
• Cependant, une augmentation du pH due à la moules.
consommation de bicarbonates et d'aliments • Aliments incriminés
peut réduire la dose infectante.
• Consommation de poissons et de fruits de mer crus,
• Les symptômes apparaissent 10 à 24 h après insuffisamment cuits, ou recontaminés après
l'ingestion et durent 2 à 3 jours. cuisson par transfert de contamination.

3.2. Maladies d’origine alimentaires

Gastro Entérite à Vibrio spp.
Symptômes
• Douleurs abdominales, crampes,
• diarrhées aqueuses, dans certains cas diarrhées
sanglantes.
• Des nausées, des vomissements
• et de la fièvre peuvent parfois se manifester.
• La maladie est souvent bénigne ou modérée,
bien que quelques cas aient nécessité une
hospitalisation.

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Bacillus cereus Bacillus cereus

• Bacillus cereus est responsable de toxi- • Caractéristiques de croissance
infections caractérisées par une gastro-entérite
et une intoxination.
• bacilles Gram positif
• habituellement observés en paires ou en
chaînettes courtes
• anaérobie facultatif,
• Mobile
• et capable de former des endospores

Bacillus cereus Bacillus cereus

• Deux toxines ont été décrites comme étant à • Caractéristiques de toxinogenèse de B. cereus
l’origine de syndromes : une entérotoxine
protéique qui est le facteur diarrhéique
• et une toxine polypeptidique qui est le facteur
émétique.
• Plus de 10 % des sujets sont porteurs sains de
cette bactérie.

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 15/01/2021

Bacillus cereus Bacillus cereus

Entérotoxine Toxine polypeptidique
• Actuellement, trois entérotoxines (Hbl, Nhe et • certaines souches de B. cereus sont capables de
CytK). produire la toxine émétique, appelée céréulide
Les entérotoxines Hbl (hémolysine BL) et Nhe (peptide cyclique).
(entérotoxine non hémolytique) sont chacune
composées de trois protéines.
La prolifération importante du germe est
La cytotoxine K (CytK) existe sous deux formes, toujours nécessaire pour que la toxicité se
CytK1 et CytK2, la première étant plus manifeste (de 105 à 109 germes par g)
cytotoxique que la seconde.

Bacillus cereus Bacillus cereus

Source
• B. cereus est retrouvé sous forme de spores dans le
sol, à des concentrations de l’ordre de 104 à 105
spores par gramme de sol.
• Tube digestif d’insectes,
Aliments incriminés
• Toutes les catégories d’aliments et particulièrement
les végétaux.
Des produits secs ou déshydratés, tels que les
épices, les herbes aromatiques, certains légumes, les
céréales et les farines.

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Gastro Entérite à Vibrio spp. Gastro Entérite à Vibrio spp.

• Vibrio parahaemolyticus est un vibrion marin • Principales caractéristiques culturales
halophile (1971)
• Gram négatif.
• Bâtonnet droit ou recourbé en virgule,
• Non sporulant,
• Aéro-anaérobie facultatif.
• Mobile: Il est doté d’un flagelle polaire

Gastro Entérite à Vibrio spp. Gastro Entérite à Vibrio spp.

• le pouvoir pathogène des souches

• Dans des conditions de croissance optimales, les
entéropathogènes est lié à la présence d’au
cellules peuvent se multiplier en environ. 15 min.
moins une des deux hémolysines suivantes
• La croissance est limitée à pH 5,0 ou moins.
• la TDH (Thermostable Direct Hemolysin)
• Les cellules sont extrêmement sensibles au
• et la TRH (TDH-Related Hemolysin),
séchage, au chauffage (pasteurisation), à la
réfrigération et à la congélation. • Elles ont des activités lytiques, cytotoxiques et
entérotoxiques.

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Gastro Entérite à Vibrio spp. Gastro Entérite à Vibrio spp.

Source
• Les cellules bactériennes sont sensibles au faible
pH de l'estomac. • V. parahaemolyticus a pour habitat naturel les eaux
côtières du monde entier.
• Généralement, un individu doit consommer 105-
• Elle est fréquemment présente dans les sédiments,
107 germes pour que les symptômes se le plancton, les poissons, les crustacés et les
développent. mollusques bivalves, en particulier les huîtres et les
• Cependant, une augmentation du pH due à la moules.
consommation de bicarbonates et d'aliments • Aliments incriminés
peut réduire la dose infectante.
• Consommation de poissons et de fruits de mer crus,
• Les symptômes apparaissent 10 à 24 h après insuffisamment cuits, ou recontaminés après
l'ingestion et durent 2 à 3 jours. cuisson par transfert de contamination.

3.2. Maladies d’origine alimentaires

Gastro Entérite à Vibrio spp.
Symptômes
• Douleurs abdominales, crampes,
• diarrhées aqueuses, dans certains cas diarrhées
sanglantes.
• Des nausées, des vomissements
• et de la fièvre peuvent parfois se manifester.
• La maladie est souvent bénigne ou modérée,
bien que quelques cas aient nécessité une
hospitalisation.

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Bacillus cereus Bacillus cereus

• Bacillus cereus est responsable de toxi- • Caractéristiques de croissance
infections caractérisées par une gastro-entérite
et une intoxination.
• bacilles Gram positif de 1,4 µm
• habituellement observés en paires ou en
chaînettes courtes
• anaérobie facultatif,
• Mobile
• et capable de former des endospores

Bacillus cereus Bacillus cereus

• Deux toxines ont été décrites comme étant à • Caractéristiques de toxinogenèse de B. cereus
l’origine de syndromes : une entérotoxine
protéique qui est le facteur diarrhéique
• et une toxine polypeptidique qui est le facteur
émétique.
• Plus de 10 % des sujets sont porteurs sains de
cette bactérie.

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Bacillus cereus Bacillus cereus

Entérotoxine Toxine polypeptidique
• Actuellement, trois entérotoxines (Hbl, Nhe et • certaines souches de B. cereus sont capables de
CytK). produire la toxine émétique, appelée céréulide
Les entérotoxines Hbl (hémolysine BL) et Nhe (peptide cyclique).
(entérotoxine non hémolytique) sont chacune
composées de trois protéines.
La prolifération importante du germe est
La cytotoxine K (CytK) existe sous deux formes, toujours nécessaire pour que la toxicité se
CytK1 et CytK2, la première étant plus manifeste (de 106 à 109 germes par g)
cytotoxique que la seconde.

Bacillus cereus Bacillus cereus

Source
• B. cereus est retrouvé sous forme de spores dans le
sol, à des concentrations de l’ordre de 104 à 105
spores par gramme de sol.
• Tube digestif d’insectes, d’arthropodes
Aliments incriminés
• Toutes les catégories d’aliments et particulièrement
les végétaux.
Des produits secs ou déshydratés, tels que les
épices, les herbes aromatiques, certains légumes, les
céréales et les farines.

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Choléra Choléra
• Le choléra est une infection bactérienne
diarrhéique aiguë provoquée par le Vibrio • Principales caractéristiques culturales
cholerae de sérotypes O1 ou O139.
Paramètres Optimum Extrêmes
• Bacilles à Gram négatif,
Température 37 °C 10-43 °C
• Incurvés,
pH 7.6 5.0-9.6
• Aérobies-anaérobies facultatifs,
Activité de l’eau 0.984 0.970-0.998
• Mobiles par un seul cil polaire
NaCl (%) 0.5 0.1-4.0

Choléra Choléra
Source
• V. cholerae O1 est très sensible aux milieux
• Vibrio cholérae se trouve dans les selles des
acides et est tué en quelques minutes dans le jus
malades et de certains sujets (porteurs sains). Il
gastrique dont le pH est <2,4. survit dans les eaux polluées ainsi que sur les
• très sensible à la dessiccation objets contaminés.
• Thermosensible Aliments incriminés

• Sensible à l’hypochlorite de sodium (eau de • Ingestion d'eau ou d'aliments contaminés par les
selles ou les vomissements.
Javel) 1%
• Consommation d’aliments crus, insuffisamment
cuits, ou recontaminés après cuisson.

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Choléra Choléra
Symptômes
• Après ingestion (dose infectante importante de
l'ordre de 108 bactéries), Vibrio cholerae se • après une incubation de 1 à 4 jours,
multiplie dans l'intestin grêle. • Nausées
• Le facteur de virulence le plus important associé • Vomissements
à V. cholerae O1 et O139 est la toxine cholérique. • Anorexie
 entérotoxine thermolabile protéique • Crampes dans les jambes
• Diarrhée aqueuse
 entraîne une hypersécrétion d'eau et de
• Peuvent entraîner une déshydratation grave (perte
chlorures dans la lumière intestinale et inhibe la de liquides) et même la mort en l’absence d’un
réabsorption du sodium. traitement rapide

Entérite à Clostridium perfringens Entérite à Clostridium perfringens

• C. perfringens est un agent de toxi-infections • Elle comporte 5 types (A à E), le type A étant la
alimentaires, principalement observées en cause la plus courante d’intoxication alimentaire
restauration collective. chez l’homme.
• La bactérie se présente sous forme
• Principales caractéristiques culturales
• de bacilles larges Gram positif (paires ou en
chaînettes courtes)
• Immobiles,
• Capsulé
• Sporogène
• Anaérobie aérotolérante.

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Entérite à Clostridium perfringens Entérite à Clostridium perfringens

Source
• C. perfringens secrète une entérotoxine (CPE),
thermolabile, responsable de l’intoxication • Sol, sédiments, eaux d’égout, ….
alimentaire, • L’Homme et les animaux sains peuvent être
• L’ingestion d’aliments contenant 108 ou plus de porteurs de C. perfringens dans leur tube
C. perfringens sous forme végétative peut digestif à hauteur de 10 à 103 bactéries par
entraîner une intoxication alimentaire gramme de contenu
Aliments incriminés
• Viandes et volailles cuites laissées à t° ambiante
• Aliments crus

Flore indice de contamination fécale

Entérite à Clostridium perfringens
• Durée d’incubation: de 6 à 24 H • Tous les microorganismes pathogènes impliqués dans
des maladies d'origine alimentaire sont considérés
comme des agents pathogènes entériques,
• à l'exception de Staphylococcus aureus, Bacillus
cereus, Clostridium botulinum (sauf dans le cas du
botulisme infantile) et les moisissures toxicogènes.
Cela signifie qu'ils peuvent survivre et se multiplier
ou s'établir dans le tractus gastro-intestinal de
l'homme ou des animaux destinés à l'alimentation.

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Flore indice de contamination fécale Flore indice de contamination fécale

• Un aliment contaminé directement ou indirectement • Les échantillons d'aliments sont examinés pour
avec des matières fécales peut théoriquement contenir déterminer le nombre de groupes ou d'espèces de
un ou plusieurs agents pathogènes et peut donc être bactéries d'origine fécale (entérique) qui sont
potentiellement dangereux pour les consommateurs.
• toujours présents lorsque les microorganismes
pathogènes sont présents
• généralement présents à une densité supérieure à celle
les procédures utilisées pour isoler et confirmer un
des agents pathogènes,
agent pathogène d'un aliment comportent plusieurs
étapes, prennent un temps relativement long et sont • généralement considérés comme non pathogènes.
coûteuses.

Flore indice de contamination fécale Flore indice de contamination fécale

Critères de choix d’un indicateur
• Plusieurs critères ont été suggérés pour la sélection
• Leur présence est considérée comme résultant d'une
contamination directe ou indirecte d'un aliment avec d’un groupe bactérien ou d’une espèce en tant qu’un
indicateur de présence de pathogènes entériques.
des matières fécales
• et indique la présence possible d'agents pathogènes 1. L’indicateur doit de préférence contenir une ou
entériques dans l'aliment. plusieurs espèces présentant des caractéristiques
biochimiques communes et identifiables,
afin de pouvoir les identifier parmi les nombreux
types de microorganismes pouvant être présents dans
un aliment.

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Flore indice de contamination fécale Flore indice de contamination fécale

Critères de choix d’un indicateur Critères de choix d’un indicateur
2. Toujours être présent lorsque les microorganismes 5. Avoir le même comportement que les agents
pathogènes sont présents. pathogènes dans l’environnement naturel et au cours
3. Doit être non pathogène pour que sa manipulation en des procédés de fabrication
laboratoire ne nécessite pas les précautions de 6. Doit être mis en évidence, dénombré et identifié à
sécurité requises pour les agents pathogènes. l’aide de techniques simples.
4. Apparaître en plus grand nombre que les agents
pathogènes associés

Flore indice de contamination fécale les Coliformes

• Le terme coliforme n'a pas de valeur taxonomique; il
représente plutôt un groupe d'espèces appartenant à
Principaux groupes:
plusieurs genres.
• Coliformes
• Leur regroupement tient à leurs nombreuses
• Entérocoques (Streptocoques fécaux) caractéristiques communes:
• Bactéries en bâtonnets à Gram négatif, non sporulées,
aéro-anaérobies facultatives, fermentant le lactose
avec production de gaz

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les Coliformes les Coliformes

• Appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae • Coliformes fécaux: fermentent le lactose avec
production de gaz à 44,5 °C en 48h
• Plus de 20 espèces, réparties en 5 genres
• Coliformes totaux (fécaux + non fécaux): fermentent
• sont sensibles aux traitements thermiques et sont tués
le lactose avec production de gaz à 32 °C en 48h.
par la pasteurisation
• Genres:
• On distingue les Coliformes fécaux et les Coliformes
non fécaux (Coliformes fécaux + Coliformes non Escherichia, Enterobacter, Klebsiella, Citrobacter,
fécaux = Coliformes totaux) Aeromonas et Serratia.

Entérocoques (Streptocoques fécaux) Entérocoques (Streptocoques fécaux)

• Les Streptocoques fécaux désigne les streptocoques • Aéro-anaérobies facultatives
généralement présents dans les fèces de l'homme et
• Métabolisme fermentatif;
des animaux.
• produisent de l’acide lactique et/ou acide acétique,
• Bactéries en cocci à Gram positif
acide formique, de l’éthanol et du CO2 , à partir des
• Présentant un groupement typique en chaînettes, glucides
• non sporulées et rarement capsulées, • Enterococcus faecalis et E. faecium sont les deux
espèces le plus souvent identifiées chez l’humain.
• Catalase négative
Elles sont présentes dans les intestins d’environ 75 %
des humains

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Entérocoques (Streptocoques fécaux)

Caractéristiques
• Plus résistants au traitement thermique que les
Coliformes (ex: 63 °C, 30 mn) TD1
• Généralement plus résistants à l’extérieur de l’intestin Techniques d’analyses
• Se cultivent bien en présence de 6,5% de NaCl. microbiologiques
Signification dans les aliments:
• Bons indices de contamination fécale
• Présence sans Coliformes: contamination fécale
ancienne ou produit ayant subi un chauffage

Techniques d’analyse microbiologique Techniques d’analyse microbiologiques

• L’analyse microbiologique des aliments a pour 1. Prélèvements

objectif de contrôler : la qualité marchande et la 2. Traitement de l’échantillon
qualité hygiénique des denrées alimentaires.
3. La revivification
4. Dilution

Les normes sont des spécifications microbiologiques 5. Numération

adoptées par la législation qui s’adressent au produit fini 6. Interprétation des numérations
et fixent les limites acceptables de présence de
microorganismes donnés dans des produits bien définis. 7. Le contrôle de conformité par rapport à une
norme

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Techniques d’analyse microbiologiques Techniques d’analyse microbiologiques

Techniques de prélèvement Pour le prélèvement de denrées alimentaires il faut
procéder comme suit :
L’accès du préleveur dans la «zone propre» (cuisine,
zone de production, chambre froide...), doit obéir aux • Se laver ou se désinfecter les mains ;
conditions suivantes :
• Se revêtir d’une tenue de travail adéquate et propre
(blouse, charlotte, sur-chaussures...) ;
• avoir les mains propres ;
• éviter les courants d’air.

Techniques d’analyse microbiologiques Techniques d’analyse microbiologiques

• Identifier l’échantillon sur le
• Éviter tout contact avec les mains (porter
flacon ou le sachet
des gants si possible) ;
• Prendre la température de
l’aliment avec un thermomètre • Placer l’échantillon dans la glacière de
désinfecté au préalable ; transfert avec blocs réfrigérants ;

• Prélever à un endroit différent Prélèvements

de la piqûre du thermomètre,
une quantité suffisante pour la • La taille de l’échantillon d’un produit de même nature
prise d’essai destinée aux réparti en portions unitaires doit être au moins de 5
analyses et la placer dans un unités (lieu de fabrication ou de distribution), de 5
sachet ou un bocal stérile. unités pour les conserves.

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1.Techniques de prélèvement 1.Techniques de prélèvement

• La prise d’essai destinée à la
• Le laboratoire doit disposer d’environ 500 g de préparation de la suspension mère et
produits, soit 5 fois 100 g, de ses dilutions doit correspondre aux
parties superficielles et profondes
• Si le prélèvement de 5 échantillons s’avère trop élevé
par rapport à la production il est procédé à un par exemple pour les produits en
tranche, hachés, divisés et les plats
étalement dans le temps des prélèvements.
cuisinés.
• Ces prélèvements doivent avant tout respecter des • Pour les produits liquides elle est
règles d'asepsie et de représentativité effectuée sur le produit
“homogénéisé” ou sur les parties
superficielles et profondes.

2.Traitement de l’échantillon 2.Traitement de l’échantillon

Transfert de l’échantillon au laboratoire Préparation de l’échantillon
• Les produits alimentaires sont placés dans un • Quelle que soit la nature initiale du produit, l’analyse
emballage stérile ou dans une boite isotherme si le microbiologique s’effectue toujours à partir d’une
transfert au labo ne dépasse pas 2 heures. suspension.
• Sinon, ils sont transporté dans un système réfrigérant • Après ouverture aseptique, l’échantillon sera
permettant de maintenir la température voisine de homogénéisé (liquide) ou broyé dans un volume
zéro 0°C. connu de diluant stérile (solide) ce qui constitue la
première dilution.
• Rq: Si un produit est déshydraté ou
en conserve il ne doit pas être réfrigéré

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2.Traitement de l’échantillon
• Pour les produits liquides (ou semi-liquides) une
agitation manuelle vigoureuse en présence de
billes de verre permet d’obtenir une homogénéité
satisfaisante.
• Pour les produits solides diverses techniques de
broyage sont utilisables :
 broyage manuel en présence de sable stérile ou de
billes de verre (mortier)
 broyage mécanique

2.Traitement de l’échantillon 2.Traitement de l’échantillon

• Au cours du broyage les germes doivent être • Les diluants
dispersés mais non détruits; la température ne doit
pas trop s’élever (le récipient peut être placé dans de
la glace).
• Le broyage s’effectue en général avec 9 volumes de
diluant pour 1 volume de produit (par exemple 10 g
de produit 90 ml de diluant stérile).
• Le diluant peut être de l’eau distillée, de l’eau
physiologique, du Ringer au 1/4 ou une solution
tryptone-sel , etc…

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La revivification La revivification
• Les micro-organismes sont souvent “endommagés” • La revivifications’impose avant de soumettre les
mais non tués au cours bactéries à des milieux sélectifs souvent peu favorables à
la croissance du fait de la présence d’inhibiteurs.
 des traitements technologiques (déshydratation,
chaleur, froid etc.) appliqués aux produits Méthodes
alimentaires • La revivification peut être réalisée dès la première étape
de l’analyse au cours de laquelle le produit est additionné
 ou à la suite de leur vieillissement. de diluant.
• Ces altérations se reflètent sur certaines de leurs • Choisir un diluant de composition favorable 
propriétés physiologique ou de croissance incubation à la température optimale de croissance du
germe à rechercher temps variable (temps de
• En général ces altérations sont réversibles et les latence).
bactéries peuvent récupérer leurs propriétés initiales.

La revivification La revivification
• A titre d’exemple, les conditions optimales de
<
revivification des coliformes :

• Dans les tests du type présence ou absence, la

revivification est obtenue par un pré-enrichissement dans
un milieu favorable (ex. recherche des Salmonella )

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Dilutions Décimales

• Dilutions successives a partir d’un produit brut (liquide)

ou d’une «suspension mère».
• Le but est de réduire progressivement la charge
microbienne afin de rendre les colonies dénombrables.

Numération Numération
• Milieux de culture:
Les milieux complexes ou empiriques
• Les milieux synthétiques
• Très nutritifs de composition indéfinie. Utilisés pour
On connaît avec exactitude la composition chimique de la culture de nombreux organismes.
type de milieu, qualitativement et quantitativement. Ils sont
utilisés pour les bactéries autotrophes ou des tests bien • Ils sont constitués d’extrait de soja, de viande, de
précis. levure, digérés par des enzymes. Ils fournissent une
source de carbone, d’azote, vitamines B.
• Exemple : bouillon nutritif.
Peptone 5,00 g/L
Extrait de viande 3,00 g/L

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Numération Numération
Les milieux semi-synthétiques
Les milieux enrichis
• c’est un mélange de composés chimiques purs et de
substances naturelles empiriques. • Ils contiennent, outre les composants de base, des
composants indispensables aux bactéries, que celles-
Les milieux sélectifs
ci ne peuvent pas synthétiser. Ce sont des milieux
• Ces milieux inhibent la croissance de la majorité des utilisés pour l'obtention des bactéries dites exigeantes
micro-organismes et stimulent celles des bactéries qu’on
cherche à isoler. et auxotrophes. Par exemple : les milieux au sang
Les milieux différentiels frais.
• Contiennent un indicateur (colorant) qui permet de
différencier deux types bactériens qui poussent sur le
même milieu, mais ne dégradent pas tous les deux un
substrat particulier.

Flore aérobie mésophile totale =

FAMT = Microorganismes Totaux
• Le terme de FAMT regroupe les bactéries, les levures, les
moisissures se développant en aérobiose à une
température 30-37 °C , il s’agit de la «flore totale»
mésophile.
• Ces microorganismes sont des germes qui contaminent
souvent les aliments et qui peuvent être néfastes pour la
qualité des produits alimentaires.
• Milieu ordinaire : gélose pour dénombrement ou PCA,
contenant peptone, glucose, extrait de levure.
Indicateur d’hygiène générale, évaluation de l’altération
microbienne des denrées.

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La colimétrie La colimétrie
• La colimétrie, c’est à dire la numération des • Milieu liquide (bouillon lactosé bilié au vert brillant)
coliformes, (BLBVB))

• peut être réalisée soit en milieu liquide, soit en milieu

solide (par ensemencement dans la gélose ou après
filtration).
Indicateurs de contamination d’origine fécale

La colimétrie La colimétrie
• Gélose lactosée biliée au cristal violet et au rouge neutre (VRBL)

• Incubation: 30°C pour les coliformes totaux et, 44°C pour les
thermotolérants pendant 24 à 48 h
• Dénombrement : Les coliformes apparaissent «rouges Gélosé biliée au cristal violet et au rouge neutre (VRBL)
foncés», seules les colonies de diamètre supérieur à 0,5 mm
sont dénombrées.

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La colimétrie Streptocoques Fécaux

• Gélose BEA ( Bile Esculine Azide ) ou Gélose D- Coccosel

Les autres coliformes

donnent des colonies
rouges.

• Incubation: 30°C pour les coliformes totaux et, 44°C la bile comme inhibiteur des bactéries Gram (+) sauf, les
pour les thermotolérants pendant 24 à 48 h Streptocoques D, l’azide de sodium comme inhibiteur des bactéries
Gram (-), l’esculine comme composé glucidique. La présence de
• Dénombrement : Les coliformes apparaissent en jaune. colonie noire met en évidence la caractère esculine positif.

Anaerobies Sulfitoreducteurs
(surtout Clostridium)
Milieu tryptone - sulfite - cyclosérine (TSC)

D-cyclosérine assure une bonne sélectivité

Le sulfite et le sels de fer permettent la mise en évidence de
l’activité sulfitoréductase.

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Interprétation des résultats : Plan à deux

et trois classes
• Il existe deux types de plan d’échantillonnage qui
sont applicables à des systèmes aliments-germes.
• Les plans à deux classes sont utilisés quand on ne
tolère pas, dans les aliments, la présence d’une
contamination microbienne.
• L’échantillonnage à 3 classes est utilisé quand on
tolère la présence d’un certain niveau de
contamination.

Interprétation des résultats : Plan à deux Interprétation des résultats : Plan à deux
et trois classes et trois classes
Le plan à deux classes
Le plan à trois classes
• les échantillons analysés sont divisés en deux
catégories, basées sur une valeur limite « m» • Les échantillons étudiés sont divisés en trois
catégories: satisfaisant, acceptable et insatisfaisant.
• « présence dans….» NON SATISFAISANT et donc
le produit est déclaré impropre à la consommation. • Un plan d’échantillonnage à trois classes est utilisé
s’il est acceptable que certains échantillons dépassent
• « absence dans…. » SATISFAISANT l’aliment est la limite inférieure (m) dans la mesure où un niveau
comestible. de contamination à risque (M) n’est pas dépassé.
• Ex: Salmonella, Listeria….

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Interprétation des résultats Interprétation des résultats

• m = critère fixé • qualité satisfaisante lorsque toutes les valeurs
• M = seuil Maximum ou limite d'acceptabilité observées sont < 3m (10m en liquide)
M = 10 m pour un dénombrement en milieu solide • qualité acceptable
M : 30 m pour un dénombrement en milieu liquide entre 3m et 10m (=M) en milieu solide;
• n est le nombre d'unités d’échantillonnage (en général 5) entre 10m et 30m (=M) en milieu liquide
• c est le nombre d'unités d’échantillonnage donnant des avec c/n ≤ 2/5 (avec le plan n = 5 et c = 2)
résultats compris entre 3 m et M en solide (10m et M en
liquide)  Représente le nombre maximal permis d’unités • qualité insatisfaisante lorsqu'une ou plusieurs valeurs
d’échantillonnage de qualité médiocre. observées sont > M ou lorsque plus de c/n valeurs se
situent entre 3m et M (c/n est > 2/5)

 Interprétation de Plan à 3 classes pour

Interprétation des résultats
5 prélèvements milieu solide

NON CORROMPU
SATISFAISANT ACCEPTABLE SATISFAISANT
nombre de M.O
/mL ou g
0 m 3m 10 m 1 000 m
=M

Classe Classe 2 Classe 3

1

* M.O = microorganismes

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- Résultats des analyses bactériologiques (le dénombrement effectué en milieu solide):

unité n° 1 2 3 4 5 critère
"m"
Germes recherchés

Micro-organismes 280 000 290 000 280 000 950 000 650 000
aérobies 30°C 300 000
par gramme
Coliformes 30°C 800 1 500 1 100 700 50
par gramme 1 000

Coliformes fécaux 50 250 150 20 5

par gramme 10

Staphylococcus aureus 0 1 0 3 10
par gramme 100

Anaérobies sulfito-
réducteurs 46°C 50 80 70 50 10
30
par gramme

Salmonella
par 25 grammes absence absence absence absence absence absence

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