Structure des protéines
Dr BOUKHELKHAL
1. Définition
Les proteines sont des polymères linéaires d’acides aminés unis par une liaison amide, dite liaison peptidique,
établie entre le groupement α-carboxyle de l’un et le groupement α-amine du suivant. Toutes les proteines sont
construites à partir de 20 acides aminés, leurs séquences spécifiques sont codées par les gènes.
2. Importance biologique
Les proteines sont des biomolécules de première importance :
- sur le plan quantitatif : elles représentent de 55 à 85% du poids sec de la cellule. C’est donc après l’eau le
principal constituant de l’organisme ;
- sur le plan qualitatif : elles participent à presque toutes les fonctions cellulaires. Leurs rôles sont multiples :
. Rôle structural : elles soutiennent et protègent les structures biologiques, c’est le cas du collagène du tissu
conjonctif, les proteines du cytosquelette (actine, tubuline) qui est responsable de la forme des cellules.
. Rôle de catalyseur biochimique : les enzymes catalysent la quasi-totalité des réactions biochimiques.
. Rôle de transporteur : l’hémoglobine transporte le dioxygène des poumons vers les tissus et le CO2 des tissus
vers le poumon. Les proteines assurent également le transport membranaire des molécules, elles contrôlent les
échanges entre la cellule et le milieu extracellulaire. C’est le cas des pompes Na+- K+ ATP-dépendantes.
. Rôle de régulation : Les proteines participent à la communication intra et intercellulaire qui permet la
coordination du métabolisme au niveau de la cellule et entre les différents niveaux de l’organisme. C’est le cas
des hormones et leurs récepteurs, les proteines des voies de signalisation, les facteurs de transcription...
. Rôle de maintien de l’intégrité de l’organisme : les immunoglobulines jouent un rôle capital dans la défense
immunitaire.
. Rôle de mouvement : l’actine et la myosine sont les proteines de la contraction musculaire.
3. Liaison peptidique
Elle résulte de la condensation entre la fonction carboxylique (du carbone α) d’un acide amine et la fonction
amine (du carbone α) d’un deuxième acide amine. Cette condensation s’accompagne du dégagement d’une
molécule d’eau
Au niveau cellulaire, cette condensation nécessite de l’énergie sous forme d’ATP. Elle se produit dans les
ribosomes grâce à la peptidyltransferase au cours de la traduction.
La liaison peptidique est un hybride de résonnance, du a une délocalisation d’électrons lui donnant un
comportement de double liaison partielle . Ainsi la liaison peptidique est très stable, plane, les 6 atomes (Cα, C, O,
N, H et Cα).
4. Nomenclature des peptides
Une chaine polypeptidique est formée par de nombreux acides aminés unis par liaisons peptidiques. Tous les
acides aminés, sauf ceux des extrémités de la chaine, sont engagés dans 2 liaisons peptidiques, l’une par le
groupement amine avec l’acide amine précèdent et l’autre par le groupement carboxyle avec l’acide amine
suivant. Ces acides aminés sont appelés résidus.
L'union de deux acides aminés a dix acides aminés donne un oligopeptide (dipeptide, tri peptide…) ; celle de
dix à 50, un polypeptide. Les molécules contenant plus de 50 acides aminés sont des proteines.
La plupart des proteines naturelles contiennent entre 50 et 2000 résidus d’acides aminés.
Par convention l’acide amine porteur du groupement amine libre est appelé acide amine N-terminal, il est l’acide
amine n°1 de la chaine polypeptidique tandis que l’acide amine porteur du groupement carboxyle libre est
appelé acide amine C-terminal, il correspond au dernier acide amine de la chaine.
De façon à respecter l’ordre d’assemblage, les peptides ou proteines sont toujours écrits de gauche à droite.
La dénomination du peptide suit différentes méthodes : on complète le nom des acides aminés avec le suffixe
≪yl ≫ (sauf pour le dernier). Ou bien, on utilise les codes à trois lettres ou à une lettre. Exemple :
Valyl-glutamyl-phenylalanyl-alaline ou VAL-GLU-PHE-ALA ou VGFA.
5. Structure des proteines
La conformation d’une protéine (l’arrangement de ses atomes dans l’espace) peut être décrite comme une
architecture hiérarchisée. Elle comporte :
- la structure primaire,
- la structure secondaire,
- la structure tertiaire,
- et la structure quaternaire.
5.1 Structure primaire
On appelle structure primaire la séquence linéaire, et donc l’enchainement de nature covalent, des acides
amines dans la chaine polypeptidique. Cette séquence est déterminée au niveau des acides nucléiques par le
gène correspondant. La séquence des acides aminés détermine totalement la structure tridimensionnelle et par
conséquent, toutes les autres propriétés d’une protéine.
5.2 Structure secondaire
La structure secondaire définit l’organisation spatiale des acides aminés voisins dans la séquence linéaire sans
tenir compte de la conformation des chaines latérales. La structure secondaire est stabilisée par des liaisons
hydrogènes entre les –CO et les –NH peptidiques à intervalles réguliers à l’intérieur d’une chaine ou entre deux
chaines voisines.
Les trois formes principales de structure secondaire sont :
- l’hélice α,
- le feuillet plisse β
- et le coude β.
Les séquences de la chaine polypeptidique qui ne paraissent pas avoir de structure secondaire organisée sont
qualifiées de pelotes statistiques ou boucles.
Une même protéine peut avoir plusieurs structures secondaires.
• L’hélice α
- L’hélice α est une structure en bâtonnet dans laquelle la chaine polypeptidique s’enroule autour d’un axe fixe
(hypothétique) , les chaines latérales étant reflétées a l’extérieur .
- Le sens d’enroulement de l’hélice peut être droit (dans le sens des aiguilles d’une montre) ou gauche (dans le
sens contraire des aiguilles d’une montre). Les hélices rencontrées dans la plupart des protéines sont droites.
- L’hélice α est stabilisée par des liaisons hydrogènes intra chaines, presque parallèles a l’axe de l’hélice unissant
l’atome d’oxygène du -CO de l’ acide amine et l’atome d’hydrogène du –NH de l’acide amine qui est situé à quatre
résidus plus loin dans la séquence linéaire .
- Chaque résidu est dispose par rapport au suivant selon une translation (élévation) de 0,15 nm le long de l’axe de
l’hélice et une rotation de 100°.
- Le pas d’hélice est de 0.54nm, sa largeur est de 0.5nm avec 3.6 résidus acides aminés par tour d’hélice. Ainsi, les
acides aminés qui sont distants de 3 à 4 résidus dans la chaine linéaire sont spatialement proches dans l’hélice α
contrairement à ceux distants de 02 résidus qui se trouve dans des cotes opposes .
Certains acides aminés déstabilisent l’hélice α ; il s’agit essentiellement de valine, la thréonine, l’isoleucine, la
serine, l’aspartame et l’asparagine.
Orientation des atomes de la Liaisons hydrogène (lignes en Vue axiale plongeante d’une
chaine principale d’un peptide pointilles) qui stabilisent un hélice α.
autour de l’axe d’une hélice α. polypeptide dans l’hélice α.
• Le feuillet plisse β
- Le feuillet plisse β diffère notablement de l’hélice α par le fait qu’il soit une structure presque totalement étirée
en feuillet (structure en zig-zig) est non pas un bâtonnet (structure hélicoïdale).
- Les chaines latérales étant rejetées tantôt vers le haut, tantôt vers le bas.
- La distance axiale entre acides amine adjacents est de 0.35nm et non plus de 0.15nm comme dans l’hélice α.
- Les deux brins adjacents d’un feuillet β s’associent grâce à des liaisons hydrogènes perpendiculaires à l’axe
moyen des chaines, unissant l’atome d’oxygène du –CO et l’atome d’hydrogène du –HN des liaisons peptidiques
face à face.
- Les deux brins peuvent être de même sens (feuillets β parallèles) ou de sens oppose (Feuillet β antiparallèle).
• Le coude β
- Le coude β est une courbure souvent rencontrée lorsqu’une chaine polypeptidique change brutalement de
direction. Il connecte souvent les deux extrémités de deux segments adjacents de feuillet β antiparallèle.
- Le coude β est formé de quatre résidus, le premier résidu forme une liaison hydrogène avec le quatrième .
- Les résidus glycocolle et proline y sont fréquemment rencontres. La structure cyclique de la proline fait prendre
à la chaine un virage en épingle a cheveux. Le glycocolle, étant un petit acide amine, peut se tasser dans l’étroite
place du coude.
• Structures super-secondaires
Au sein des proteines globulaires reployees, des éléments de structure secondaire, hélices α et/ou brins β,
peuvent s’associer en des motifs appelés structures super-secondaires. Ces motifs peuvent avoir une fonction
particulière ou simplement être partie constituante d’unités structurales et fonctionnelles plus grandes et plus
élaborées. Les motifs courants sont :
• Motifs αα
- hélice- tour- hélice : les hélices α sont liées par un coude β.
- Hélice-boucle- hélice : les hélices α sont liées par une boucle.
Hélice-tour-hélice Hélice-boucle-hélice
• Motifs ββ
- Epingle à cheveux β-β : 2 brins antiparallèles sont lies par un coude β.
- Clé grecque β : des brins β non adjacents dans la structure primaire s’associent en feuillets.
épingle à cheveux motif grec
• Motifs mixtes
- Motif βαβ : les brins β parallèles formant feuillet sont relies par une hélice α, c’est le motif le plus courant.
- Motif ββα des proteines dites ≪ doigts de zinc ≫ maintenu par liaison du métal aux résidus cystéine et histidine.
motif βαβ motif ββα
5.3 Structure tertiaire
La structure tertiaire est définie par le repliement sur elle-même de la chaine polypeptidique, organisée sous
forme élémentaire de type α ou β, en une configuration spatiale complexe.
La chaine forme une pelote, de telle sorte les chaines polaires (hydrophiles) des résidus soient tournes vers
l’extérieur au contact du milieu aqueux et les chaines latérales non polaires (hydrophobes), vers l’intérieur
ou elles forment une zone hydrophobe interne.
Les proteines qui se situent dans un environnement hydrophobe comme celui des membranes présentent une
distribution inverse des acide amines hydrophobes et acides aminés hydrophiles.
Cette structure est stabilisée par des liaisons entre chaines latérales de résidus éloignes dans la structure primaire
mais que le repliement de la chaine rapproche. Ces liaisons sont :
- Des liaisons covalentes : ponts disulfure entre résidus cystéine (éloignes dans la structure primaire mais
rapproches par le repliement de la chaine).
- Liaisons non covalentes : liaison hydrogène, de Vander Waal, hydrophobes et ioniques.
La structure tertiaire d’une protéine est déterminée par sa séquence en acides aminés. Elle n’est pas rigide
mais flexible, elle est adaptée a la fonction de la protéine.
Qu’est ce qui détermine la structure tridimensionnelle d’une protéine ?
- sa structure primaire dans des conditions de pH, de force ionique, de température définis ;
- les proteines chaperons participent au repliement des peptides nouvellement synthétises ;
- des enzymes telles que la protéine disulfure isomérase (catalyse la rupture des ponts disulfure incorrects et
leur formation en leur emplacement normal.
5.4 Structure quaternaire
Certaines proteines présentent un niveau d’organisation supérieur, il s’agit de la structure quaternaire.
- Ces proteines sont formées, dans ce cas, de plusieurs chaines polypeptidiques appelées sous-unités ou
protomères et sont donc dites oliguriques (di, tri, et tétraédriques). Elles sont dites homopolymeriques (sous-
unités identiques) ou heteropolymeriques (sous- unités différentes).
- Les sous unités ne se réunissent pas au hasard, l’ensemble possède une symétrie et les surfaces qui
s’assemblent sont des surfaces complémentaires. L’assemblage des sous unités est stabilise par les mêmes
liaisons que la structure tertiaire (à l’exception des ponts disulfures).
- La structure quaternaire est obligatoire à la fonction biologique de la protéine,Elle présente un double intérêt :
• L’association-dissociation est un moyen de contrôle de l’activité de la protéine.
Par exemple, la protéine kinase A dépendante de l’AMP (PKA) est un tétramère inactif ; la fixation de l’AMP,
second messager hormonal, sur les sous-unités régulatrices R provoque la dissociation de la structure
quaternaire, ce qui démasque et rend actives les sous unités catalytiques C.
• L’interactivité entre sous-unités permet :
- L’effet coopératif : la fixation d’un substrat par une sous-unité augmente l’affinité des autres sous-unités
pour ce même substrat ;
- l’effet allostérique : la fixation d’effecteurs (activateurs ou inhibiteurs) sur les sous-unités modifie (+/-) l’affinité
de ces sous-unités pour le substrat.
6. Classification des proteines
6.1 Classification selon l’importance de la polymérisation
Les proteines sont classées selon leur importance de polymérisation en :
- Peptides : nombre de résidu ≤ 50 : oligopeptides (2 à 10 résidus), polypeptides (11 à 50 résidus) ;
- Proteines : nombre de résidu >50.
6.2. Classification selon la composition
Les proteines sont classées selon leur composition en :
- holoprotéines : constituées uniquement d’acides aminés ;
- hétéroprotéines, dont la molécule comporte en plus de la partie protidique (apoprotéine), une partie non
protéique (appelée groupements prosthétique) qui peut être de nature :
Glucidique → glycoprotéine ;
Lipidique → lipoprotéine ;
Ion métallique → métalloprotéine ;
Pigment → chromoprotéine.
6.3 Classification selon la forme tridimensionnelle
Les proteines sont classées selon leur forme tridimensionnelle en : Proteines globulaires et Proteines fibreuses
• Proteines globulaires
Ce sont des proteines dont la chaine polypeptidique est très enroulée en forme compacte, globulaire avec peu ou
pas d’espace à l’intérieur pour les molécules d’eau, ou alternent les structures secondaires.
Presque toutes les chaines latérales hydrophobes sont à l’intérieur de la molécule dissimulées de l’eau et la
plupart des chaines latérales ionisées sont hydratées sont à l’extérieur faisant face au milieu aqueux. Elles
sont solubles dans l’eau.
La structure tridimensionnelles des proteines globulaires renseigne sur la relation structure-activité en identifiant
les domaines fonctionnels, d’autre part elle confirme le comportement dynamique de la molécule : les proteines
globulaires possèdent une certaine flexibilité de leurs squelette et subissent des fluctuations intenses à courtes
distances leur permettant de subir des modifications conformationnelles s’adaptant à leur fonction biologique
telle que la reconnaissance et la fixation d’un ligand.
A cette catégorie appartiennent les enzymes, les hormones, les anticorps….
Exemple : l’hémoglobine A.
L’hémoglobine est une protéine globulaire contenue dans le globule rouge. Elle assure le transport de l’O2 et le
CO2 dans le sang . L’hémoglobine A contient 04 chaines polypeptidiques (α2β2) et 04 groupements prosthétiques
heminiques dans lesquels les atomes de fer sont tous sous forme ferreuse Fe2+
• Proteines fibreuses
- Les proteines fibreuses sont filiformes. Leurs fibres sont le résultat d’agrégat ordonnées de molécules
élémentaires qui ont toutes une seule structure secondaire (hélice ou feuillet) et qui sont solidarisées par un
degré de pontage élevé ;
- elles sont insolubles dans l’eau.
- elles remplissent des fonctions structurales ou protectrices, exemple : la kératine, le collagène et l’élastine.
Exemple : Les kératines α
Ce sont les proteines du cheveu, de la laine, des plumes, des écailles, des cornes et des carapaces des tortues.
Les kératines α forment une famille de Pr dont la structure secondaire est majoritairement sous forme d’hélice α.
Dans le cheveu :
- Deux molécules de kératine α s’enroulent l’une autour de l’autre pour former une super hélice gauche est
stabilisée par des liaisons hydrophobes et des ponts disulfures entre les très nombreux résidus cystéine (plus
de 10% des cystéines dans la kératine de la laine, moins de 1% dans une protéine globulaire)
- Deux super hélices s’enroulent l’une autour de l’autre pour former une protofibrille.
- Plusieurs protofibrilles s’assemblent pour former une microfibrille réticulée par des ponts disulfure.
- Les microfibrilles s’assemblent en macrobibrilles cimentées par une protéine amorphe.
- Les macrofibrilles s’assemblent en fibres…et les fibres en cheveux .
De par leur structure les kératines α sont résistantes, extensibles et insolubles dans l’eau.
Exemple : le collagène
Le collagène est une triple hélice de l’hélice alpha d’acides aminés, qui produit des fibres solides utilisées pour la
structure, le collagène est le principal constituant du tissus conjonctif (peau, tendon, cartilage, os,…….), c’est la
protéine la plus abondante du corps.
• Proteines mixtes
Ce sont des proteines mi- globulaires, mi- fibreuse, exemple : la myosine.
