CHAPITRE IV
Bactériologie
Systématique bactérienne
1ère Année Licence Biotechnologie
Dr. Mouna HASSINE
Unité de Recherche UR17ES30 GENOMIQUES BIOTECHNOLOGIE & STRATEGIES
ANTIVIRALES
Institut Supérieur de Biotechnologie de Monastir
2020-2021
PLAN DU COURS
1. Identification des bactéries
2. Classification des bactéries
Introduction
Systématique = taxonomie: science qui étudie la
diversité des êtres vivants ainsi que les
relations qui existent entre eux.
Elle recouvre 3 domaines différents:
l’identification, la classification et la
nomenclature.
• Taxonomie = science de classification des organismes
dans des groupes appelés Taxons.
• Nomenclature = c'est l’ensemble des règles qui
président à l’attribution d’un nom à chaque taxon.
• Identification = donner une identité à un
microorganisme inconnu en le comparant aux
microorganismes connus.
Elle consiste à
• Caractériser les bactéries.
• Les classer sur la base de leur similitude, en groupes
ou taxons (genres, espèces).
• Appliquer le code international de la nomenclature
bactérienne pour les nommer (Ex: Escherichia coli).
• Identifier de nouveaux organismes et déterminer leur
appartenance ou non à l’une des espèces connues.
Identification des bactéries
Il est impératif de connaître les
caractéristiques phénotypiques, génotypiques
et biologiques d'un micro-organisme afin de le
différencier des organismes pathogènes et/ou
toxigènes apparentés ou des autres organismes
nuisibles pour la santé végétale, animale,
humaine et pour l'environnement.
Le choix de la ou des méthodes utilisées pour l'identification
microbienne dépend du type et de la nature du micro-
organisme.
La ou les méthodes choisies doivent être conformes à celles
qui sont actuellement utilisées dans le domaine de
l'identification et de la classification taxonomique
microbienne.
Ces méthodes doivent aussi permettre l'identification des
organismes au niveau du genre, des espèces et, si possible,
de la souche.
La robustesse, la précision et la validité des méthodologies
utilisées pour identifier le micro-organisme constituent des
caractéristiques cruciales dans l'évaluation de l'innocuité
du produit.
Les forces et les faiblesses des diverses
méthodes d'identification doivent être prises en
considération, de sorte que les méthodes
choisies se complètent les unes les autres,
ayant pour résultat une identification
concluante et définitive du micro-organisme et
permettant une différenciation nette de
l'organisme par rapport aux autres espèces et
souches pathogènes et/ou toxinogènes
étroitement apparentées.
• La méthode de typage doit permettre une
différentiation plus précise entre des souches de la
même espèce.
• La typabilité est la capacité à obtenir un résultat
positif, non-ambigu pour chaque souche ; les
souches non typables sont celles dont le typage ne
donne pas de résultat ou un résultat
ininterprétable.
• Un système idéal de typage devrait de plus être
standardisé, applicable à beaucoup d’organismes,
rapide et facilement disponible.
• Malheureusement, il n’existe pas de méthode de
typage idéale, et il faut avoir recours dans certains
cas à plusieurs méthodes.
Les systèmes de typage peuvent être classés en
deux grandes catégories :
• les techniques phénotypiques (qui détectent
des caractères exprimés par les micro-
organismes)
• les techniques génotypiques (qui se basent
directement sur des caractères de l’ADN
chromosomique ou extra-chomosomique)
Analyse phénotypique
L'analyse préliminaire dans l'identification
microbienne se fait souvent avec une ou plusieurs
méthodes phénotypiques.
Les méthodes phénotypiques conviennent aux
micro-organismes qui sont cultivables (c-à-d qui
peuvent croître en culture pure sur un milieu
artificiel) et qui ont des paramètres de croissance,
ainsi qu'un profil physiologique et biochimique
bien établis.
L’identification des bactéries se fait suivant une clé
dichotomique qui va des caractères les plus vastes
aux plus pointus pour aboutir à une espèce
bactérienne donnée.
Critères morphologiques
L’étude de la morphologie bactérienne est le
premier acte effectué par un laboratoire de
diagnostic pour identifier une bactérie.
L’observation de la morphologie bactérienne permet
une orientation préliminaire du diagnostic.
Caractères morphologiques
La morphologie de la colonie et des cellules permet
d'obtenir une identification initiale relativement à un
micro-organisme. Cela s'effectue par des méthodes
simples d'isolation et de culture du micro-organisme et
par l'observation visuelle subséquente au moyen du
microscope.
Les propriétés morphologiques comprennent:
• la forme, contour, relief;
• la taille;
• les caractéristiques de la surface et la pigmentation;
• l’opacité;
• la consistance;
• l’odeur;
Par exemple, le Staphylococcus aureus est nommé ainsi car ses
colonies sont de couleur jaune : « aureus » est le nom latin de doré.
• les caractéristiques de la paroi cellulaire
(coloration de Gram) Gram positif ou Gram
négatif;
• la morphologie microscopique et le mode de
groupement : Cocci (coques), bacilles (bâtonnets),
diplocoques (groupés en deux), en chaînette, en
amas… ;
• besoins respiratoires : aérobie, anaérobie strict,
aéro-anaérobie facultatif, micro-aérophile;
Schéma général d’identification bactérienne de
routine
• Isolement
• Examen macroscopique des colonies
• Examens après coloration: le plus souvent c’est la
coloration de Gram qui est utilisée
• En fonction de la coloration de Gram: on cherche la
présence de la catalase chez les Gram-positif et la
recherche de la présence de l’oxydase pour les Gram-
négatif
• En fonction du Gram et de la présence ou de
l’absence de l’oxydase / catalase on détermine le
profil biochimique par macrogalerie ou microgalerie
Recherche de la catalase
Recherche de l’oxydase
• les caractéristiques de sporulation;
• les mécanismes de mobilité : les bactéries
peuvent être équipées d’un ou plusieurs
flagelles leur permettant de se déplacer;
• les besoins nutritionnels : nécessité de
substances particulières;
• les autres inclusions cellulaires et
caractéristiques ultrastructurales.
Les colorants peuvent aussi être utilisés pour montrer
d’autres caractéristiques morphologiques utiles pour la
classification, comme la présence de :
• Spores (vert de malachite) ;
• Capsules (encre de Chine) ;
• Parois bactériennes inhabituelles (coloration alcoolo-
acide de Ziehl Neelsen) ;
• Lipides (colorant flagellaire).
