Cours de Virologie Générale.

FILIERE SCIENCES BIOMEDICALES

*************************

PARCOURS DE LICENCE DE :

SCIENCES BIOMEDICALES

COURS DE VIROLOGIE GENRALE

La

Doctorant SEID IDRISS AHMAT

D.E.A en Microbiologie-Immunologie à l’Université de Lomé (TOGO)

SEID IDRISS AHMAT : Cours de Virologie Générale 1

Cours de Virologie Générale.

SOMMAIRE
HISTORIQUE……………………………………………………………………………………….…. 4

CHAPITRE I :DEFINITION, ORGANISATION ET COMPOSITION BIOCHIMIQUE DES

VIRUS………………… 6

INTRODUCTION………………………………………………………………………………..……. 6
I. LES CRITERES DE DEFINITION…………………………………………………………………….…
6
1. Les critères de distinction des virions………………………………………….…………
6
2. Définition actualisée………………………………………………………………………..… 6
3. Définition de certains termes …………………………………………………….…………. 6
II. STRUCTURE ET COMPOSANTS ………………………………………………………....….……....
7
1. Les acides nucléiques viraux………………………………………………………….… 7
1.1. Caractéristiques générales…………………………………………………… 7
1.1.1. Les ADN…………………………………………………….……… 7
1.1.2 Les ARN viraux……………………………………………………… 8
1.2. Particularités des ADN viraux. ………………………………………….……… 8
1.2.1 Particularité chimiques……………………………………….……… 8
1.2 .2. Particularités structurales………………………………………..… 8
2. Particularité des ARN viraux…………………………………………………………..… 8
2. 1. Les ARN monomoléculaires non fragmentés………………………………… 8
2. 2. Les ARN fragmentés………………………………………………………… 8
2. 3. Les ARN bi caténaires…………………………………………..…..……… 9
2.4. Les ARN viraux non messagers…………………………..………………..… 9
3. Les protéines virales……………………………………………………………………. 9
3.1. Les protéines capsidiales………………………………………………..…… 9
3.2. Les protéines internes………………………………………………….……. 9
3.3. Les protéines enzymatique associées aux virions…………………………..… 9
3.3.1. Les transcriptases ………………………………………………..… 9
3.3. 2. Autres types d’enzymes. …………………………………………… 10
4. Les membranes ……………………………………………………………………….… 10

CHAPITRE II : ARCHITECTURE ET ASSEMBLAGE DES VIRUS

……………………………………..…… 11
INTRODUCTION……………………………………………………………………………………..11
I. LES SYSTEMES GEOMETRIQUES ET ARCHICTECTURE
……………………………………….………… 11
1. Le système hélicoïdal………………………………………………………………..….. 11

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2. Le système cubique ou icosaèdral…………………………………………………….…11

II. L’ASSEMBLAGE DES VIRUS ……………………………………………………………………...…
12
1. Chez les virus à système géométrique hélicoïdal…………………………………………
12
1.1 Formation de la coque…………………………………………………………. 12
1.2 Mécanisme d’association double disque – ARN viral…………………………… 12
2. Chez les virus à système géométrique icosaèdral…………………………………………
12
2.1 Comment les sous unités protéiques se disposent-elles pour aboutir à ce polyèdre 12
2.2 La morphogenèse des virus isométriques cas des Picornavirus…………………. 13
3.Chez les virus à système géométrique combiné (symétrie combinée)
……………………… 13
4. Chez les virus enveloppés……………………………………………………………….….…
14
CONCLUSION…………………………………………………………………..……………………..…… 14

CHAPITRE III : LA CLASSIFICATION ET TAXONOMIE DES VIRUS……………………

……………………….… 15
INTRODUCTION…………………………………………………………………….……………………… 15
I. CRITERES DE CLASSIFICATION…………………………………………………….…………………...…
16
II. LES REGLES DE LA NOMENCLATURE DES VIRUS…………………………………..
………….…………… 16
1. Généralités …………………………………………………………………………………..… 16
2. Taxonomie des virus………………………………………………………..…………….……
16
3. Autre système de nomenclature…………………………………………………………….…
17

CONCLUSION……………………………………………………………………………………..…..….… 18

CHAPITRE IV : LA MULTIPLICATION VIRALE ET AUTRES INTERACTIONS VIRUS-

CELLULE HOTE……………...….. 19
INTRODUCTION………………………………........................................................................………....… 19
I. ADSORPTION ………………………………………….........................................................................… 19
1. Définition et mécanisme………………………………………………………………….….…
19
2. Nature des récepteurs………………………………………………………………...………
20

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II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE…………………………………..………

…..…………… 20
1. Cas des bactériophages………………………………………………………………………..
20
2. Cas des virus infectant les animaux. ……………………………………………………....…
20
2. 1 pénétration directe du génome…………………………………………………...… 20
2.2 la pénétration par la pinocytose………………………………………………….… 21
2.3 la pénétration par fusion………………………………………………………...…. 21
2.4 la pénétration par endocytose puis fusion……………………………………..…… 21
3. Cas des virus végétaux……………………………………………………………………...….
22
III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL
………………….………….… 22
1. Virus à ARN……………………………………………………………………………………… 22
2. Les virus à ADN………………………………………………………………….….………..… 22
3. Fonctionnement du matériel génétique viral……………………………………………
….… 22
3.1. Cas des différents virus à ARN…………………………………………………...… 23
3 2. Cas des différents virus à ADN…………………………………………………...… 27
3 3. Les gènes précoces…………………………….………………………………..……28
IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE. ……………………………………………………
…………...28
1. L’interaction abortive. ………………………………………………………………….………..29
2. Interaction de type intégrant et transformant ……………………………………………
…….29
3. Interaction de type productif……………………………………………………….…………...29
V. LA LIBERATION DES VIRIONS…………………………………………………………………………...
… 29
1. La libération par lyse de la paroi de la cellule hôte …………………………………
…………29
2. La libération par bourgeonnement ………………………………….……………………..…
29
VI. LE CYCLE DE MULTIPLICATION VIRALE……………………………………………….……………
…..… 29
CHAPITRE V : LES TECHNIQUES COURANTES D’ETUDE DES VIRUS ET DU
DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE …… 30
INTRODUCTION………………………………………………………………………………………… 30
I. ISOLEMENT ……………………………………………………………………………………… 30
1. Isolement du virus……………………………………………………………….…… 30
2. Inoculation à la cellule animale………………………………………………….…… 30
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3. Inoculation aux végétaux……………………………………………………………… 30

4. Purification des virus…………………………………………………………….…… 30
II. ETUDE DE LA MORPHOLOGIE DES VIRUS………………………………………………………...…
30
III. ETUDE ET DETECTION DES COMPOSANTS DU VIRUS ET DU VIRUS ENTIER
………………………… 31
1. Etudes des propriétés biophysiques …………………………………………….…… 31
1.1 L’ultracentrifugation………………………………………………….…… 31
1.2 La spectrophotométrie……………………………………………………… 31
2. Le diagnostic virologique……………………………………………………………… 31
2.1 Le prélèvement…………………………………………………………….… 31
2. 2. Détection sérologique des composants structuraux et du virus….……… 31
2.2.1 Les techniques sérologiques……………………………………… 32
2.2.2 Cas d’utilisation des techniques sérologiques …………………… 32
2.2.2.1 Inhibition de l’hémagglutination (IHA) ……….……… 32
2.2.2.2 La réaction ELISA (Enzyme-linked Immunosorbent Assay) … 32
2.2.2.3 Réaction de déviation du complément…………………… 33
2.2 2 4 Autres techniques……………………………………..… 34
2. 3 Techniques moléculaires………………………………………………..… 34
2. 3. 1 Les sondes nucléiques et l’hybridation………………………..… 35
2. 3. 2 L’amplification génique ou PCR (Polymerase Chain Reaction). …… 35
2. 4. Détection biologique du virus…………………………….……………..… 35

CHAPITRE VI : GENERALITES SUR LA CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE

………………………..………… 36
INTRODUCTION………………………………………………………………………….……..… 36
I. ATTACHEMENT ET PENETRATION……………………………………………………………….…
36
1. Amantadine et rimantadine…………………………………………………….….… 36
2. Zanamivir et oseltamivir…………………………………………………………..…… 36
II. SYNTHESE PROTEIQUE…………………………………………………………………………. 36
1. Interféron α…………………………………………………………..……….……….. 36
2. Ribavirine………………………………………………………………….………….. 36
III. ACIDES NUCLEIQUES VIRAUX ET ENZYMES DE REPLICATION
……………………………………… 37
1. – Iodo-désoxyuridine (IdU) et trifluorothymidine (TFT) ………………………………
37
2 Cytosine arabinoside et adénine arabinoside (Ara-A, vidarabine, Vira-A)
………..… 37
3. Acycloguanosine (acyclovir, Zovirax) ………………………………………………… 37
4. Valacycloovir…………………………………………………………………..…….… 38

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5. Ganciclovir (cymevan) ………………………………………………………….…… 38

6. Penciclovi…………………………………………………………………… …..……. 38
7. Famciclovir………………………………………………………………………….… 38
8. Foscarnet (Foscavir) ……………………………………………………..…………... 38
9. Lamivudine……………………………………………………………….………..… 38
IV. L’AVENIR DE LA CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE………………………………….…….…….
….… 38

ANNEXES………………………………………………………………………………..…..…… 40

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HISTORIQUE

Au début de l’ère pastorienne, le mot virus signifiait agent infectieux au sens large, s’appliquant tout autant aux
bactéries qu’aux champignons et protozoaires. La définition de l’époque était qu’ils étaient visibles au microscope
photonique, et qu’ils ne traversaient pas les filtres de porcelaine.

En 1892, un botaniste russe, Ivanoski, va transmettre la mosaïque du tabac d’une plante malade à une plante saine par
l’intermédiaire d’un filtrat sur bougie de porcelaine d’un broyat de feuilles de plante malade. Iwanowski va conclure
à la responsabilité d’une toxine.

En 1898, un Hollandais, Beijerinck, démontre qu’il s’agit bien d’un agent infectieux nouveaux dans le filtrat : les
agents correspondants sont appelés agents ultrafiltrables. Cette notion va rapidement permettre de mettre en évidence
la responsabilité d’agents ultrafiltrables dans l’étiologie de maladie animales et humaines :

- la fièvre aphteuse des bovidés ;

- le myxome du lapin ;
- la fièvre jaune chez l’homme (1901) ;
- la rage (1903 ; Pasteur l’avait attribuée dès 1884 à une « infrabactérie ») ;
- le sarcome de Rous (tumeur chez les oiseaux, 1911).

En 1915, Twort et d’Herelle découvrent des agents ultrafiltrables responsables de la lyse des bactéries, appelés
bactériophages.

Le terme agent ultrafiltrable n’est plus utilisé et est remplacé par le terme « virus », excluant donc désormais
les autres agents infectieux.

Le microscope électronique (1935), en permettant d’observer ce que l’on devinait, accélère les découvertes
virologiques. De plus, les diagnostics médicaux progressent dans les années cinquante par la généralisation de
l’emploi des cultures cellulaires dans les laboratoires.

À la fin des années 1880, et grâce aux travaux de Louis Pasteur et de Robert Koch, la théorie germinale des
maladies infectieuses est établie : pour chaque maladie infectieuse on peut trouver un micro-organisme spécifique.
celui-ci : est visible au microscope, peut être cultivé sur un milieu nutritif approprié,
est retenu par le filtre Chamberland.
Charles Chamberland est un assistant de Pasteur qui cherche à améliorer la
qualité bactériologique de l’eau distribuée à Paris. Il invente (en 1884) un
filtre de porcelaine (encore appelé le filtre "Chamberland"). Ce filtre
retient toutes les bactéries.

(sur le schéma, la partie vernissée est en blanc et la partie poreuse en

pointillé)

Le filtre Chamberland : découverte des virus

C'est grâce au filtre Chamberland qu’on va suspecter l'existence d'agents infectieux particuliers. Dès 1881,

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Pasteur a montré que l’agent infectieux responsable de la rage est invisible au microscope et qu’il est impossible de
l’isoler sur des milieux de culture artificiels. Pasteur "cultive" l’agent infectieux en partant d’un broyat de cerveau de
chien enragé qu’il inocule à la surface du cerveau d’un lapin trépané.

En 1892, Ivanovski découvre qu'une maladie du tabac (la

mosaïque du tabac) peut être transmise par la sève d'un plant
malade passée sur filtre Chamberland et inoculée à une plante saine.
Pour lui, l'effet est imputable à une toxine.

Plus tenace, Bejerinck poursuit l'expérimentation : en inoculant un

troisième plant à partir du second et ainsi de suite, il démontre que
l'agent causal n'est pas une toxine mais un nouveau type d'agent
infectieux se multipliant dans les cellules de son hôte. C'est un
"contagium virum fluidum" : un agent ultrafiltrable (1898).

Ivanovski (1 fois) - Beijerink (en série)

Dès lors, quand ils ne parviennent pas à isoler l'agent responsable d'une maladie présumée infectieuse, les
microbiologistes triturent les lésions engendrées au cours de la maladie infectieuse (végétale ou animale) et filtrent la
suspension obtenue sur filtre Chamberland :

Si l'injection du filtrat à une plante ou à un

animal sain (de la même espèce que la plante ou
l'animal malade) reproduit la maladie, un virus
en est à l'origine.

Rapidement, l’étiologie virale est ainsi démontrée pour de nombreuses maladies :

la mosaïque du tabac végétal 1898
la fièvre aphteuse animal 1898
la fièvre jaune singe 1903
homme
moustique
la poliomyélite homme (1) 1909
le cancer poule (2) 1911
la lyse bactérienne microbe 1915
(1) travaux de Karl Landsteiner (plus connu pour les groupes sanguins et ses études sur les antigènes artificiels). (2)
le sarcome de la poule peut être transmis à un animal sain par l’injection du filtrat de la tumeur.
Travaux de Peyton Rous Prix Nobel de médecine en…1966
Ainsi, toute cellule vivante peut être la cible de virus spécifiques et il est possible de distinguer 3 classes de
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virus, dont les propriétés sont globalement identiques :

virus des végétaux, virus des animaux, virus des bactéries.

La virologie a bénéficié des techniques d’ultracentrifugation (pour l’étude chimique) et de la diffraction des
rayons X (étude morphologiques). Elle sert aussi à la biologie moléculaire : le SV4O (Simian Virus n° 40), virus du
singe, induit chez le hamster des tumeurs cancéreuses et représente un modèle moléculaire de transformation
cellulaire.

Dimitri Ivanovski Martinus Beijerinck Walter Reed

Felix d'Hérelle Frederick Twort Wendell Stanley

1884 Charles Chamberland

CHAPITRE I : DEFINITION, ORGANISATION ET COMPOSITION

BIOCHIMIQUE DES VIRUS

INTRODUCTION

Le virus tel décrit par les travaux suscités sont de petites particules
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nucléocapsidiques. Cette structure leur impose une définition permettant de leur différencier des autres
microorganismes. Leur structure simple permet de mieux comprendre leur composition biochimique et moléculaire.

I. LES CRITERES DE DEFINITION

1. Les critères de distinction des virions

Après plusieurs tentatives de définir les virus et vu les résultats expérimentaux obtenus sur les virus André
LWOFF (1953) à proposé une définition qui n’a pas fait l’objet de grandes contestations et qui est en vigueur jusque
là. Ces critères portant sur les virions sont les suivants :

- Le virion ne possède qu’un seul type d’acide nucléique contrairement au matériel génétique des cellules
classiques, les virions possèdent comme support génétique soit un ARN soit un ADN mais jamais les deux à la
fois ;

- Le virion ne se reproduit qu’à partir de son seul type d’acide nucléique même si c’est un ARN ;
- Le virion est un parasite absolu. Il possède sur son génome toutes les informations nécessaires à la synthèse
de ses constituants (acides nucléiques, protéines). Ils ne possèdent pas de gènes responsables de métabolisme
des éléments intermédiaires (synthèse de nucléotides, des acides aminés etc..). Pour ce fait, le virion détourne
toute la machinerie cellulaire pour prendre les éléments nécessaires sa production (multiplication du virus) ;

- Un virion ne possède ni noyau, ni cytoplasme il n’a pas la structure cellulaire. Il a une la structure de particule
composée essentiellement de protéine et d’acide nucléique.

2. Définition actualisée

Virion = génome protégé par une boîte protéique qui doit être transmis à (doit infecter) une cellule vivante pour
permettre l'expression des gènes et la réplication du génome viral par la cellule infectée.

3. Définition de certains termes

Virions : Phase ultime (finale) du développement viral. Il est caractérisé par son matériel génétique protégé par une
coque protéique.
Capside : C’est la coque protéique qui entoure et protège l’acide nucléique. Elle est souvent constituée de sous unité
protéique. On parlera de monomère pour les sous unité identiques et de capsomère lorsque les sous unités différentes
se regroupent.
Nucléocapside : C’est l’association acide nucléique et protéine protectrice (coque)
Virus nu : C’est un virus non enveloppé c'est-à-dire, sans membrane externe
Virus enveloppé : C’est un virus qui au cours de sa libération généralement par bourgeonnement emporte un manteau
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de membrane cellulaire.
Provirus : Certains virus une fois à l’intérieur de la cellule intègre leur acide nucléique directement ou après
retrotranscription dans le chromosome de la cellule hôte. Ce fragment intégré est appelé provirus.

II. STRUCTURE ET COMPOSANTS

Les virus sont des particules composés essentiellement de protéines et d’acide nucléique (voir figures)

1. Les acides nucléiques viraux

1.1. Caractéristiques générales

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1.1.1. Les ADN

L’ADN est l’acide désoxyribonucléique, DNA (Deoyribonucleic Acid) des Anglo-Saxones ; cet acide
nucléique est le plus souvent constitué de deux brins complémentaires : il est bicaténaire (double-stranded DNA,
dsDNA, pour les Anglo-Saxons). Les brins sont constitués d’une succession de sucres (le désoxyribose) liés par
l’acide phosphorique ; chaque sucre porte une base purique ou pyrimidique ; ces bases, en se complémentant par des
liaisons hydrogène, assurent la cohésion des deux brins. L’ensemble prend la forme d’une double hélice de Watson et
Crick. Le sens va de 5’ vers 3’.

Fonction de l’ADN : La duplication (ou réplication). C’est la première et fondamentale étape du processus de survie
du virus ; celui-ci va, à partir d’une molécule génomique, faire synthétiser des centaines voire des milliers de
molécules identiques ; chaque brin de l’ADN sert de matrice à l’ADN polymérase pour la synthèse d’un brin
complémentaire ; toute nouvelle molécule d’ADN synthétisée porte un brin parental et un brin néoformé : on dit que
la duplication est semi conservative.
L’expression génomique. Elle suit le schéma classique de transcription de l’ADN en ARN messager (ARNm)
et de traduction de l’ARNm en peptide. L’organisation génomique consiste en la succession de gènes porteurs d’une
information génétique spécifique d’un peptide structural ou fonctionnel. La transcription se fait grâce à une enzyme
appelée ARN polymérase ADN dépendante (car elle travaille sur une matrice ADN)
Les ARN de transfert cellulaires amènent les acides aminés (aa) activés ; les polyribosomes cellulaires dirigent
l’élaboration du peptide C en présence d’énergie (ATP cellulaire).
On aboutit à la synthèse du peptide codé par le génome viral mais élaboré grâce à la machinerie cellulaire.

Classification des acides nucléiques viraux : Plusieurs paramètres peuvent être utilisés pour classer les ADN viraux,
par exemple le GC %, le poids moléculaire, ou la forme, linéaire ou circulaire, de la molécule.
Selon le poids moléculaire (PM). Il est exprimé en daltons (Da). L’ADN du SV40 a un PM de 3 x 106 Da, celui du
virus de la variole 160 x 106 Da. De la taille de l’ADN vont dépendre les possibilités de codage peptidique : 6 à 12
peptides pour le SV40, 400 pour le virus variolique, 1 000 pour une bactérie.
Selon la forme de l’ADN. L’ADN est généralement linéaire mais il peut parfois se présenter sous forme circulaire ;
c’est le cas de l’ADN du virus de l’hépatite B (VHB) qui de plus n’est bicaténaire que sur les trois quarts du cercle.
1.1.2 Les ARN viraux

L’ARN est l’acide ribonucléique, RNA (Ribonucleic Acid) des Anglo-Saxons ; le désoxyribose est ici remplacé par le
ribose et la thymine est remplacée par l’uracile.
Généralement, ils sont monocaténaires (single-stranded, ss). Certains ARN monocaténaires peuvent être segmentés ;
c’est le cas du virus grippal dont le génome est constitué de 8 segments d’ARN ce qui, nous le verrons
ultérieurement, peut favoriser des recombinaisons génétiques entre des souches différentes et avoir d’importantes
conséquences sur l’épidémiologie de la grippe.
Quelques rares virus possèdent un ARN bicaténaire segmenté comme les Rota-virus responsables de diarrhées chez
l’enfant.

1.2. Particularités des ADN viraux.

1.2.1 Particularité chimiques

Ils sont constitués des bases classiques qui composent les ADN ACTG. Cependant, certains virus possèdent des bases
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inhabituelles, de structures chimiques peu ou totalement différentes de celles des bases habituelles classiques.
Chez les bactériophages T qui infectent E coli on note ces particularités. Chez les phages de la série T paire (T2, T4,
T6) on a un ADN qui contient de (HMC). Le groupement CH2OH peut être lié à des molécules de sucre ou être
phosphorylé.
Chez les phages de la série T impaire on a les bases classiques.
Certains phages infectant Bacillus subtilis possèdent également ces particularités et en fonction de celles ci ils ont été
classés en 3 groupes : * Le premier groupe : possède G A C et U (Uracile remplace la thymine) ; * Deuxième groupe :
possède G, A, C et HMU (l’Hydroxyméthyle Uracile) et * Troisième groupe : possède G A C T
1.2 .2. Particularités structurales

On sait toujours qu’une molécule d ‘ADN est constituée de deux brins complémentaires double hélice. Cependant,
chez certains virus on note la présence de structures particulières. Ainsi, on a observé des ADN suivants :
- Des ADN monocaténaires (constitués d’un seul brin). Cet ADN monocaténaire peut être circulaire ou linéaire
Exemple : Circulaire chez les Begomovirus, linéaire chez les Parvovirus

- Des ADN bicaténaires (constitués de deux brins) pouvant être circulaire ou linéaire
Exemple : Chez les Papovirus possèdent un ADN bicaténaire circulaire. Chez les Herpevirus (agent de l’Herpes) qui
provoquent des éruptions cutanées au niveau des lèvres on un ADN bicaténaire et linéaire.

2. Particularité des ARN viraux

Chez les ARN viraux on distingue 2 types de particularités.

2. 1. Les ARN monomoléculaires non fragmentés

Toutes les informations génétiques sont portées par cette seule molécule naturellement monocaténaire. On distingue
dans tous les cas 3 principaux groupes de virus en fonction de ces ARN.
- Premier groupe : L’extrémité 5’ est coiffée ou capée (La coiffe en 5' empêche la dégradation en 5' de l'ARN
par les exonucléases et augmente l'affinité des enzymes de la traduction pour cet ARN. par le M7Gppp (le
groupement Guanine est méthylé en position 7) et la queue de l’extrémité 3’ est polyadénylée ;

- Les ARN viraux dont l’extrémité 5’ est bloquée par une protéine liée de manière covalente au reste de la
molécule et dont l’extrémité 3’ est polyadenylée (Poliovirus) ; La polyadénylation est nécessaire pour que
l'ARN soit traduit efficacement par les ribosomes après son export dans le cytoplasme. Elle protège
l'extrémité 3' de l'ARN eucaryotes des exonucléases.

- En fin ceux qui ne sont ni coiffés ni polyadénylés c’est le cas des virus de plantes et les ARN des virus
Procaryotes.

2. 2. Les ARN fragmentés

On connaît maintenant un grand nombre de virus dont l’information génétique est porté par plusieurs molécules
d’ARN qui exercent par conséquent les unes par rapports aux autres des fonctions complémentaires. C’est le cas des
Myxovirus et les Réovirus. Il faut noter que pour certains virus, les différentes fractions génomiques se trouvent dans
la même capside.

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2. 3. Les ARN bi caténaires

Il existe toute une série de virus d’insectes de plante et de vertébrés supérieurs dont l’information génétique est portée
par plusieurs molécules double brin d’ARN. C’est le cas des Réovirus où 10 à 12 segments double brins indépendant
constituent la totalité de l’information génétique chacun des segments représente un gène. A l’intérieur de la cellule
chacun des brins est transcrit par une ARN polymérase contenue dans le virion et qui donne naissance à un messager
spécifique possédant la coiffe.

2.4. Les ARN viraux non messagers

Certains ARN viraux ne sont pas directement traductibles en protéines virales aussi bien in vivo qu’in vitro. Par
définition ils ne sont pas directement infectieux. Ce sont des ARN à brins négatifs et c’est leur copie complémentaire
qui représentera le messager viral. En générale l’ARN à brin négatif est associé dans la capside à une ARN
polymérase virale (Transcriptase) qui est chargée au cours des premiers stades de l’infection de le copier en brin
positif c’est à dire en messager souvent coiffé et polyadénylé qui sera ensuite traduit. C ‘est le cas des ARN des
Rhabdovirus, des Myxovirus et des Paramyxovirus.
Une catégorie d’ARN viraux est représentée par les virus à ARN qui sont copiés à un moment ou un autre de
leur développement en ADN ce sont les Retrovirus. Chez ces virus une transcriptase spécifique la Reverse
transcriptase associée à l’ARN transcrit cet ARN positif en ADN viral.

3. Les protéines virales

Pendant longtemps il était admis que les virus sont constitués d’une seule espèce de protéine protégeant
l’acide nucléique et que les protéines capsidiales étaient dépourvues de toute action enzymatique. On sait maintenant
que les virions sont constitués de plusieurs espèces protéiques.

3.1. Les protéines capsidiales

Les virus sont constitués de sous unités protéiques associées entre elles selon des règles qui dérivent de
certaines lois fondamentales de la cristallographie. La masse moléculaire de ces sous unités s’échelonne de 12 000
jusqu’à 110 000 daltons.
Certains virus sont constitués de plusieurs sous unités identiques c’est le cas du VMT. D’autre comme les
bactériophages sont constitués de plusieurs sous unités différentes. Le cas le plus classique d’assemblage de sous
unités différentes est celui du Picornavirus ou il se forme une chaîne polypeptidique précurseur des 4 protéines
essentielles (VP1, VP2, VP3 et VP4) constituant la capside. Le clivage de la protéine précurseur s’effectue au cours
de la morphogenèse virale. Un autre exemple de virus à protéines capsidiales multiples est celui du SV40. Ce
Papovirus comporte une capside dans laquelle on distingue trois espèces protéiques principales désignées sous le nom
de VP1, VP2 et VP3.

3.2. Les protéines internes

Chez certains virus on rencontre des protéines internes associées à leur génome et constituant un nucléoïde ou
corps central « core ». C’est le cas des Papovirus des Adenovirus et des Urophages.

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3.3. Les protéines enzymatiques associées aux virions

Un nombre important de virus possède des enzymes associés aux virions. On peut citer :

3.3.1. Les transcriptases

Ce sont les transcriptases de certains virus à ARN. Elles sont présentes dans les virions des Myxovirus,
Paramyxovirus, Réovirus et Retrovirus. Leurs caractéristiques varient selon le type de virus, mais elles ont en
commun certains caractères : - elles sont codées par le génome viral, - elles forment l’une des protéines associées à la
capside, - elles copient le brin négatif en brin positif (chez les retrovirus ARN en ADN), - elles sont incapable
d’utiliser la matrice exogène elles utilisent exclusivement la matrice endogène, - la transcription nécessite quelques
ribonucleotides triphosphatés et la présence d’ion Mg++, l’activation de l’enzyme peut se faire par action de protéase,
- l’activité n’est pas sensible à l’actinomycine D sauf chez les Myxovirus

3.3. 2. Autres types d’enzymes.

Chez les Myxovirus la neuraminidase est une enzyme présente sur les spicules de l’enveloppe virale. Elle est
codée par le génome viral. Elle provoque le relargage des résidus d’acide neuramique (acide sialique) des membranes
(enveloppe) virale et cellulaire et induit le détachement des virions fixés sur les globules rouges par leur
hémagglutinine. Son rôle biologique exact n’est pas bien défini elle est impliquée dans d’autres activités au cours de
la multiplication du virus.
Chez les poxvirus on note la présence de plusieurs enzymes ayant des taches spécifiques comme les
méthyltransférases, des désoxyribonucléases, des phosphokinases.

4. Les membranes ou enveloppe membranaire

L'enveloppe virale provient des systèmes membranaires de la cellule hôte par bourgeonnement. Trois origines
sont possibles:
- la membrane nucléaire
- la membrane d'une organelle comme le réticulum endoplasmique (RE) ou l'appareil de Golgi
- la membrane cytoplasmique.
L'enveloppe est composée de la double couche lipidique de la membrane de l'hôte ainsi que de protéines
d'origine virales. Les protéines située du côté externe de la membrane sont toujours des protéines glycosylées et
forment des spicules appelés aussi des peplomères. Ces dernières sont responsables d'activités biologiques comme
l'hémagglutinine, la neuraminidase, protéines de fusion des enveloppes lipidiques.
Il faut noter que le caractère lipidique de l'enveloppe la rend très sensible aux solvants tels que détergents,
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éther ou sels biliaires. Donc, l'enveloppe ne constitue pas un élément de protection supplémentaire de la particule.
Cette fragilité a des conséquences en épidémiologie (faible résistance dans le milieu extérieur et dans les selles,
transmission par contact immédiat et rapproché) et pour le diagnostic (faible probabilité de retrouver le virus à
certains niveaux défavorables comme les matières fécales et nécessité d'un transport rapide du produit
Pathologique au laboratoire).

CHAPITRE II : ARCHITECTURE ET ASSEMBLAGE DES VIRUS

INTRODUCTION

Tous les virus sont bâtis sur deux systèmes géométriques de l’architecture. Le système icosaèdral et le système
hélicoïdal. Cependant, lorsqu’on observe une suspension virale au microscope électronique, les particules virales se
présentent sous différentes formes (selon le virus) ; sphérique, allongée, bacilliforme, cubique. Mais l’étude de la
structure fine de toutes ces formes montre qu’elles appartiennent aux deux systèmes géométriques.

I. LES SYSTEMES GEOMETRIQUES ET ARCHICTECTURE

1. Le système hélicoïdal

Dans le système géométrique hélicoïdal (symétrie hélicoïdale) les sous unités protéiques du virus s’associent
pour former des spirales. Le cas typique de virus à symétrie hélicoïdale est celui du VMT. La particule du VMT est
une capsule rigide de 300 nm de long sur 18 nm de large. Il s’agit d’un cylindre creux délimitant un canal de 4 nm de
diamètre. L’ARN viral est enroulé en spiral de 8 nm de diamètre, il n’est donc pas dans le canal. L’ARN est en
contact avec chacune des sous unité protéique.

2. Le système cubique ou icosaèdral

Dans ce système cubique les virus apparaissent sphériques au microscope électronique mais ont en fait une
structure de polyèdre. On s’est aperçu que quelque soit ce polyèdre il se ramène à un polyèdre de base qui est
l’icosaèdre. C’est un polyèdre à 20 faces qui sont des triangles équilatéraux. Il possède 12 sommets et 30 arrêtes.
Une face peut être composé de plusieurs autres petits triangles équilatéraux, cette possibilité de division est appelé la
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triangulation.

Il s'agit d'un polyèdre comprenant 12 sommets et 20 faces égales qui sont des triangles équilatéraux entourant
une sphère. Un icosaèdre possède 3 axes de symétrie: 15 doubles passant par les angles, 10 triples passant par chaque
face et 6 quintuples passant par chaque pentamère. On parle de symétrie 5:3:2.
Suivant le nombre de protéines formant la capsomère, celles-ci peuvent s'organiser de plusieurs façons pour
former une face de l'icosaèdre. Il y a plusieurs raisons à ce que les virus ont utilisé une symétrie icosaédrique. L'une
est que la triangulation d'une sphère en 20 est la meilleure façon d'obtenir une coque faite de structures identiques
liées entre-elles. C'est la structure ayant une énergie libre minimale.

II. L’ASSEMBLAGE DES VIRUS

1. Chez les virus à système géométrique hélicoïdal

1.1 Formation de la coque

En 1912, on a réussi à dissocier des particules du VMT en utilisant de l’acide acétique à 68%. Il a été donc
obtenu des protéines et de l’ARN. La reconstitution a pu être faite à partir de ces constituants ; et des particules
virales tout à fait identiques aux premières ont été observées. Mais cette reconstitution ne pouvait pas être réalisée
dans n’importe qu’elle conditions de température, de pH et de force ionique.
La reconstitution du VMT présente une très grande spécificité vis à vis de l’ARN du VMT. In vitro la vitesse
de reconstitution est faible, il faut 6 heures d’incubation pour obtenir des particules virales. Cette situation est
difficilement concevable à l’échelle cellulaire, car l’ARN a le temps d’être exposé à des nucléases. Les travaux de
recherche sur les mécanismes de l’auto assemblage des virus ont mis en évidence la capacité de la protéine virale à
s’agréger dans différents états selon le pH et la force ionique.
Lorsqu’on place les protéines virales capsidiales (du VMT) purifiée dans des conditions où le pH et la force
ionique varient on constate que les protéines adoptent des états d’agrégations dont certaines rappellent la particule
virale :
- Lorsque les protéines sont placées dans un milieu légèrement alcalin et à force ionique faible, elles forment des
agrégats de 2 à 3 sous unités.
- A pH neutre et à force ionique moyenne, les molécules protéiques s’associent en doubles disques superposés de 17
molécules (sous unités) chacun soit 34 molécules (sous unités) au total.
Si l’on provoque une acidification brutale par apport d’acide le double disque se transforme en ‘‘rondelle de
verrouillage’’ ouvert, mais en conservant le même nombre d’unités protéiques.
Les conditions de formation du double disque sont identiques à celles du milieu naturelle biologique. Il est l’élément

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auquel s’associe le génome pour former la particule virale.

Pour vérifier cette hypothèse on a mis ensemble dans un tube les doubles disques et l’ARN dans les conditions
de pH physiologique. En moins de 10 minutes il s’est formé une particule virale identique en tout point au virus. Le
double disque est donc capable de servir de centre d’initiation et d’élongation pour former la particule virale. Le
temps mis pour former la particule correspond au temps mis pour obtenir des virus dans une cellule infectée ‘‘in vivo
’’.

1.2 Mécanisme d’association double disque – ARN viral

L’assemblage du VMT in vitro est très spécifique. Le double disque ne s’associe qu’avec l’ARN viral. Il existe
sur l ‘ARN viral une zone ayant une structure d’épingle à cheveux située à 1/6 de la longueur d’ l’ARN viral du coté
de l’extrémité 5’
Pour expliquer par quel mécanisme le double disque et l’ARN interagissent pour former le virus on a imagine
le phénomène suivant :
Le double disque vient coiffer la boucle de l’ARN. Les interactions entre les sous unités protéiques du double
disque et les nucléotides situés sur la boucle entraînent le désapariment de la structure en épingle et l’ouverture de la
boucle. Le double disque se transforme en rondelle de verrouillage et une portion de l’ARN est piégée dans la
mâchoire formée par la rondelle. Il en résulte un étirement du brin et la formation d’une nouvelle boucle. Un
deuxième double disque peut venir se coiffer cette boucle et le même phénomène d’étirement se produit et ainsi de
suite. L’interaction entre le premier double disque et l’ARN s’appelle l’initiation à la nucléation et l’addition des
doubles disques successifs s’appelle l’élongation.
Ce mécanisme proposé est juste car les particules obtenues sur la base de cette hypothèse sont effectivement
identiques à celles qu’on observe au microscope électronique. Le brin situé dans le canal est l’extrémité 3’ et celui
collé a la paroi est l’extrémité 5’. Lorsque la particule est complètement formée cette queue 3’ n’est plus visible.

Figure 11 : Modèle d’assemblage du Pepper Vein Banding potyvirus. (a) les extrémités N- et C-terminales
interagissent ensemble (b) pour former un intermédiaire 16S en forme de disque (c) avec les extrémités à la surface
disponible pour une digestion par la trypsine (f). Ces intermédiaires forment des bâtonnets à bas pH et à faible

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concentration ionique (d) et peuvent être reconvertis en intermédiaire 16S. Les extrémités N-et C-terminales
exposées à la surface peuvent être digérées par la trypsine à partir des bâtonnets (e). Ces particules trypsinisées
peuvent également se dissocier (f). Les mutants CPΔC23, CPΔN53 ou les sous-unités trypsinisées dissociées (g) ne
peuvent pas s’assembler en intermédiaire 16S. Adapté de (Anindya et Savithri 2003).

Figure 12 : Élongation du TMV via l’extrémité 5’ de l’ARN.

2. Chez les virus à système géométrique icosaèdral

2.1 Comment les sous unités protéiques se disposent-elles pour aboutir à ce polyèdre

Dans un plan hexagonal il est possible de disposer des sous unités équivalentes dans les différents triangles.
Ces sous unités forment alors à la jonction de plusieurs sommets des triangles.
Maturation protéique et assemblage des virions

Processus d’assemblage de la capside et encapsidation du génome

Les groupements sont qualifiés d’hexon lorsqu’il s’agit de 6 sous unités ou de peton lorsqu’il s’agit de 5 sous
unités. Le cas typique est celui du virus de la poliomyélite (le poliovirus). Ce virus possède des sous unités
regroupées par 5 et qui constituent des unités morphologiques. Le poliovirus est constitué de 4 protéines différentes
notées VP1, VP2, VP3 et VP4 organisées de la façon suivante : A chaque sommet de l’icosaèdre correspond une
pyramide ou unité morphologique construite comme suit : Le sommet de la pyramide est formé par 5 molécule de la
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protéine VP1 ; Chaque face de la pyramide est constituée des protéines VP2 et VP3 ; la base de la pyramide est
formée par 5 molécule de VP4.

2.2 La morphogenèse des virus isométriques cas des Picornavirus

La traduction du génome polioviral donne deux protéines : une enzymatique et une structurale. Les protéines
de structure sont sous forme d’une protéine unique P1. Cette protéine P1 subit une hydrolyse enzymatique pour
donner VP0, VP3 (238 acides aminés) et VP1 (306 acide aminés). Ces trois protéines s’agrègent pour donner un
trimère, 5 trimères s’associent pour former un pentamère et 12 pentamères s’associent pour former un virion instable.
Dans le virion instable une protéase coupe la protéine VP0 en deux protéines VP2 (272 acides aminés) et VP4 (69
acides aminés).
Au cours de ce phénomène de morphogenèse l’ARN du virus se lie aux protéines de capside et est emprisonné
à l’intérieur de l’agrégat des sous unités.

3. Chez les virus à système géométrique combiné (symétrie combinée)

Le cas le plus connu est celui des urophages qui sont des virus à structure complexe. Ils possèdent les deux types de
symétries. La tête est icosaèdrale et la queue hélicoïdale. La tête du phage T2 par exemple comprend une région
centrale allongée coiffée à ses deux extrémités par des sous unités organisées selon un système de triangles réunis
autour d’un sommet d’icosaèdre. Entre les deux régions terminales on trouve des sous unités arrangées de manière
équivalente en dix triangles allongés.
La morphogenèse des urophages est un processus complexe comportant de nombreuses étapes. La morphogenèse du
phage T4 tout comme son organisation présente un degré supplémentaire de complexité. Comme pour le phage
Lamda, elle comprend la formation d’une prétête dont le remplissage par l’ADN accompagne sa maturation en tête.
Les évènements permettant cette maturation mettent en jeu de nombreuses protéases virales qui dégradent les
protéines de la prétête de manière à y permettre la pénétration de l’ADN. Parallèlement les divers éléments de la
queue sont synthétisés et assemblés à la tête à l’exception des fibres qui seront ajoutées ultérieurement.
Tête
Queue

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Fibres
caudales
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4. Chez les virus enveloppés

De nombreux virus ont la nucléocapside entourée d’une enveloppe de glycoprotéine et de lipides. La forme extérieure
de ces virus peut être isométrique comme c’est le cas des Rhabdovirus et du virus de la grippe. Dans tous les cas ces
virus transforment les membranes des cellules hôtes en insérant des spicules. Ces spicules en concentration ont une
affinité pour la nucléocapside et cela favorisera son enroulement dans cette membrane modifié chimiquement. La
fermeture de cette enveloppe virale entraîne la libération du virion par bourgeonnement.
La présence d'une enveloppe caractérise les virus enveloppés. La nucléocapside est entourée d'une enveloppe, encore
appelée peplos (= le manteau) : c'est donc l'élément le plus externe du virion.
L'enveloppe dérive d'une membrane de la cellule-hôte ! "enveloppe" ou "peplos" évoquent une structure souple et, de
fait, l'enveloppe est acquise lorsque les nucléocapsides traversent l'une des membranes de la cellule-hôte : la
membrane cytoplasmique (cas le plus fréquent) : par exemple, le virus de la rougeole

la membrane nucléaire : les virus de l'herpès :

une membrane du réticulum endoplasmique : les flavivirus (virus de la fièvre jaune).

En fait, l'enveloppe est un fragment de membrane cellulaire complètement remanié : la cellule ne fournit que
la double couche lipidique. Les protéines et glycoprotéines cellulaires sont déplacées et remplacées par des protéines
et des glycoprotéines virales.

CONCLUSION

Les mécanismes d’assemblages des virus quelque soit leur symétrie respectent les principes biochimiques des
protéines et des acides nucléiques. Ils sont sous facteurs enzymatiques et physico-chimiques.

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CHAPITRE III : LA CLASSIFICATION ET TAXONOMIE DES VIRUS

INTRODUCTION
Il y a eu depuis très longtemps des tentatives de classification des virus et chaque type de classification avait des
points forts et des points faibles.
Certains auteurs classaient les virus en fonction des hôtes qu’ils infectaient, mais en réalité on a découvert qu’un
même virus ou groupe de virus pouvait infecter plusieurs hôtes.
Des tentatives de classification en fonction des symptômes ont été entreprises. Mais un même virus peut causer
différents symptômes sur des hôtes différents ou deux virus différents peuvent provoquer les mêmes symptômes sur
un hôte. Alors compte tenu de toutes ces incohérences il fallait définir des critères stable et large de classification des
virus.
Les virus ne font partie d'aucun règne. Le nombre d'espèces de virus, hormis celles dont sont hôtes les
hommes, les animaux domestiques et les plantes cultivées, fait objet de spéculations. Il n'existe pas de répertoire des
virus du monde, cependant, les compilations ont permis de distinguer 5000 espèces recensées d'après le rapport du
Comité International de Taxonomie des virus (CITV). Le nombre d'espèces non décrites est estimé à environ 500 000.
I. Morphologie virale

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II. CRITERES DE CLASSIFICATION

On classe les virus selon le type de cellules qu’ils infectent. La relation entre le virus et la cellule hôte est
spécifique, Un virus donné n’infecte qu’un certain type de cellule. On retrouve donc des virus de bactérie
(bactériophages), des virus de plantes (Phytovirus), des virus d’animaux et d’humains.
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Le comité international sur la taxonomie des virus (CITV- ICTV en anglais) a établi depuis 1966 un système
universel de classification des virus. Le système utilise les taxa connus. Les virus ne forment pas un règne comme tel.
En fait, ils ne sont même pas considérés comme des êtres vivants.
Actuellement les virus sont classés selon 4 critères:
1. la nature de l'acide nucléique: ADN, ARN, simple ou double brins, un ou plusieurs segments, taille
2. capside avec (virus enveloppé) ou sans (virus nu) enveloppe
3. symétrie de la capside: hélicoïdale ou icosaédrique
4. taille et forme du virus : Ces données peuvent subir des modifications légères n’empêchant pas la
classification.
Il existe également des critères épidémiologiques, par exemple:
 virus entériques: pénètrent dans le corps, se multiplient dans le tracus gastrointestinal. Par exemple sous-
groupe entérovirus des Picornavirus, Réovirus.
 virus respiratoires: pénètrent dans le corps, se multiplient dans le tractus respiratoire, restent localisés dans
cette partie du corps. Par exemple; Orthomyxo, Paramyxo, Corona et Rhino sous-groupe des Picornavirus
Il existe également des critères Biochimiques se basant sur les composants (gp, transcriptases) génétiques et
sérologiques par exemple:

Les HIV-1 et HIV-2

Les formes génétiques issues de recombinaison des VIH : CRF02 et CRF06
Les sérotypes du Rice yellow Mottle Virus : S1 et S2

Tableau 1 Virus à ADN

Famille Genre Virus ADN Symétrie Envelop Taille (nm)

pe
Adenoviridée Mastadenovir Adénovirus ADNdb Icosaédrique 252 (-) 70 à 90
us
Hepadnaviridée Virus de ADNdb Icosaédrique (+) 42
l’hépatite B (circulaire)
(VHB, HBV
Herpes simplex
Simplexhviru Virus type I Icosaédrique 162 (+) 150
s (HSV-1) à
Herpesviridée ADNdb 200
Human
Roseolovirius Herpersvirus 6
(HHV-6)

Poxviridée Orthopoxviru Variole Vaccine ADNdb ? (+) 200

s Cowpox à
Monkeypox 300x100

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Tableau 2. Virus à ARN

Famille Genre Virus ARN Capside Envelop Taille (nm)
pe
Filoviridae Filovirus Marburg Ebola ARNsb Hélicoïdal (+) 800 à 1000 x
e 80
Reoviridae Rotavirus Rotavirus ARNdb Icosaédriq (-) 70 à 80
humain Segmenté ue double
32
Retroviridae Oncomaviru HTLV-I, HTLV-
s II ARNsb+R ? (core) (+) 100
T
Lentivirus VIH-1,VIH-2

II. LES REGLES DE LA NOMENCLATURE DES VIRUS

1. Généralités

La dénomination des virus dépend du règne de leur hôte. Les virus sont classés en ordre, famille sous famille
genre et espèce. Le nom de l’ordre commence se termine par un suffixe « virales ». Le nom de la famille commence
par un préfixe latin ou anglais se referant a certaines caractéristiques du virus suivi du suffixe « viridée », et la sous
famille par « virinée » le nom du genre est suivi du suffixe « virus ». Le même préfixe peut désigner une famille et un
genre mais de suffixes différents. Le nom de l’espèce n’est pas celui de la nomenclature binomiale. Il se réfère a
plusieurs critères : soit le nom de l’hôte, soit : les symptômes, soit la forme des particules etc.

2. Taxonomie des virus

Le taxum le plus élevé est l’ordre. Les virus sont donc un ordre d’organisme qui n’appartient à aucun phylum
ou règne.
Ordre (-virales) – plus élevé des taxa. Un seul ordre n’a encore été approuvé par le CITV : Mononegavirales
Famille (-viridée) – Les familles se distinguent par la morphologie des virions, la structure du génome, la
stratégie de réplication. Il existe quatre familles qui contiennent des sous-familles : Poxviridée, Herpesviridée,
Parvoviridée, Paramyxoviridée.
Sous-famille (-virinée)
Genre (-virus) – Les critères de détermination du genre différencient de familles en familles.
espèce (nom commun du virus) – Ce niveau de taxonomie est le plus difficile à identifier chez
les virus. Par exemple, le virus Ebola du Kikwit est classifiée comme ceci

Exemple :
Ordre : Mononegavirales
Famille : Filoviridée
Genre : Filovirus
Espèce : Zaire Ebola virus [ZEBOV], (virus Ebola);
Cote d’Ivoire Ebola virus [CIEBOV],
Reston Ebola virus [REBOV],
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Sudan Ebola virus [SEBOV],

3. Autre système de nomenclature

Sur le plan international il existe un aussi un cryptogramme formé de 4 paires de symboles pour caractériser
les virus des plantes. Mais ce cryptogramme est très peu utilisé.

1ère paire : type et nombre d’acide nucléique : R = ARN, D = ADN, 1 = simple brin, 2 = double brin
2ème paire : PM d’e l’acide nucléique (X 106) et pourcentage d’acide nucléique dans la particule
3ème paire : Forme de la particule et de la nucléocapside sans tenir compte de l’enveloppe membranaire (S sphérique,
E allongée, U allongée à bout arrondis, X complexe)
4ème paire : type d’hôte (A Algue, B Bactéries F Champignons, S Phanérogames) et le vecteur (I Invertébrés, M
mycoplasme, Ac Acariens, Al Aleurodes, Ap Aphides, Au Cicadelles, Cc Coccides, Cl Coléoptères, Fu Champignons,
Ne Nématodes, Ps Psylles, Th Thrips, Ve Inconnus O sans vecteur défini).

Exemple

Virus à ARN simple brin de polarité positive

Famille : Picornaviridae
. Genre : Hepatovirus

Espèces : Hepatitis virus A [HAV], (virus de l'hépatite A) (1 sérotype),

Avian encephalomyelitis virus [AEV].

Famille : Astroviridae
. Genre : Astrovirus

Espèces : Human astrovirus [HAstV], (8 sérotypes)

Virus à ARN simple brin de polarité négative

Ordre : Mononegavirales (comprend les familles : Bornaviridae, Filoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae).
Famille : Rhabdoviridae
. Genre : Lyssavirus

Espèces :
Rabies virus [RABV], (virus de la rage) (sérotype 1
génotype 1) Virus
Lagos bat virus [LBV], (sérotype 2- génotype 2) apparentés à la
Mokola virus [MOKV] , (sérotype 3- génotype 3) rage
Duvenhage virus [DUVV], (sérotype 4- génotype SEID
4) IDRISS AHMAT : Cours de Virologie Générale 28
European
bat
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virus 1
[EBLV-1],
(biotype 1-
génotype
5)
European
bat
lyssavirus
virus 2
[EBLV-2],
(biotype 2-
génotype
6)
Australian
bat
lyssavirus
[ABLV],
(-
génotype
7)

Virus à ARN ou ADN ayant une transcriptase inverse

Famille : Retroviridae
. Genre : Alpharetrovirus

Espèces : Avian leukosis virus [ALV],

Rous sarcoma virus [RSV],
Avian myelocytomatosis virus [AMV]

. Genre : Betaretrovirus

Espèces : virus de la stomatite vésiculeuse

. Genre : Betaretrovirus

Espèces : Mouse mammary tumor virus [MMTV].

. Genre : Gammaretrovirus

Espèces : Murine leukemia virus [MLV],

Feline leukemia virus [FeLV],
Moloney murine sarcoma virus [MoMSV].

. Genre : Deltaretrovirus

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Espèces :
Primate T-lymphotropic virus 1 [PTLV-1]
Simian T-lymphotropic virus 1 [STLV-1]Human T-lymphotropic virus 1 [HTLV-1]
Primate T-lymphotropic virus 2 [PTLV-2]
Simian T-lymphotropic virus 2 [STLV-2] Human T-lymphotropic virus 2 (HTLV-2)
Primate T-lymphotropic virus 3 [PTLV-3]
Simian T-lymphotropic virus 3 [STLV-3]

CONCLUSION

Les critères fondamentaux de classification des virus sont bien établie. Mais la systématique virale est
toujours en phase de perfectionnement compte tenu de l’évolution génétique et des découvertes sur ces
microorganismes ayant une structure de particule.

CHAPITRE IV : LA MULTIPLICATION VIRALE ET AUTRES INTERACTIONS VIRUS-

CELLULE HOTE

INTRODUCTION
Les virus, par leur parasitisme, ont besoin d’une cellule hôte permissive pour accomplir leur pérennité. L’essentiel de
la multiplication virale se déroule dans la cellule hôte. Lorsqu’un virus entre en contact avec une cellule hôte il y a
reconnaissance entre des structures externes. Lorsque le virus (la nucléocapside ou nucléoïde chez les virus à ADN)
pénètre à l’intérieur de la cellule, (excepté les bactériophages), il utilise la machinerie et les métabolites de la cellule
hôte pour sa multiplication. Les principales étapes de la multiplication virale sont :
- l’adsorption ; L’adsorption se caractérise par une attraction électrostatique entre des charges électriques
portées par le virus et qui sont localisées sur ces protéines de l’enveloppe membranaire. Elle nécessite la présence de
récepteurs spécifiques sur la cellule mais aussi de structures d’attachement du virus.
- la pénétration (ou injection d’acide nucléique génomique ;
- la décapsidation ;
- la phase d’éclipse : transformation traduction multiplication des génomes ;
- la phase de maturation : assemblage de constituants du virus (morphogenèse) ;
- et la libération.
La durée du cycle est variable d’un virus à l’autre. Elle est de quelques minutes à quelques jours.

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I. ADSORPTION

1. Définition et mécanisme

L’adsorption du virus est en fait l’attachement du virus à la surface de la cellule. L’adsorption se caractérise par une
attraction électrostatique entre des charges électriques portées par le virus et qui sont localisées sur ces protéines de
capside ou glycoprotéines de l’enveloppe membranaire et des charges complémentaires qui sont localisées sur les
récepteurs situés à la surface de la cellule.
On a constaté que l’adsorption exige la présence de cation dans le milieu ou baigne la cellule mais elle est
indépendante de la température.
L’adsorption de la plupart des virus est beaucoup plus complexe qu’une simple attraction électrostatique entre deux
charges de signes opposés. Elle nécessite la présence de récepteurs spécifiques sur la cellule mais aussi de structures
d’attachement du virus.
Exemple : Poliovirus + virus de la grippe du poulet + cellule animale on a une fixation des deux virus
Poliovirus + virus de la grippe du poulet + cellule aviaire on a une fixation d’un seul virus ; celui de la grippe
du poulet.
Il existe chez l’homme des récepteurs pour reconnaître les deux virus tant disque chez la poule il n’existe que
le récepteur du virus de la grippe. Cela signifie que n’importe quel virus n’infecte pas n’importe quelle cellule.
Lorsqu’une cellule permet l’attachement et la multiplication d’un virus on dit quelle est permissive à ce virus.
C'est l'étape préalable à l'entrée dans la cellule. La fixation des virions nécessite l'interaction : entre un ligand
viral --> sur le virus et un récepteur cellulaire --> sur la cellule

Récepteur-virus une reconnaissance

pervertie. Comme les bactéries et les
toxines, les virus utilisent des récepteurs
cellulaires qui remplissent normalement
des fonctions physiologiques. Il s'agit
donc d'une reconnaissance "pervertie"

SEID IDRISS AHMAT : Cours de Virologie Générale 31

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Les récepteurs utilisés par les virus sont souvent des molécules d'adhésion cellulaires, les CAM (Cell A
dhesion Molecule) qui interagissent avec des molécules portées par la membrane plasmique d'autres cellules.

2. Nature des récepteurs

Virus Récepteurde la cellule Structure d’attachement du

virus
SFV (Semliki Forest Virus) Antigène d’histocompatibilité Spicules constituées de 3
protéines
VIH (virus de l’Immunodéficience Les CD4 Le glycoprotéines gp 120
Humaine)
Retrovitrus aviaire Antigène du groupe sanguin Glycoprotéines
Virus de la grippe Antigène du groupe sanguin Hemagglutinine
Bactériophages Lipopolysaccharides et Fibres caudales
glycoprotéines

II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE

Les molécules relativement petites comme les glucides, lipides et certaines protéines (hormones) diffusent
assez aisément à travers la membrane cellulaire. Il n’est pas de même pour les macromolécules comme les acides
nucléiques et les particules. Le passage du virus (ADN ou ARN) à l’intérieur de la cellule dépend du groupe de virus.

1. Cas des bactériophages

L’adsorption du bactériophage sur la cellule bactérienne aboutit à une hydrolyse locale de la paroi bactérienne par des
endoglucosidases contenues dans la queue du phage. Cette lyse est suivie de l’injection de l’ADN viral à l’intérieur
de la bactérie. La pénétration du génome est rendu possible grâce à la contraction de cette queue. La gaine contractile
est constituée d’une protéine contractile ou y trouve une centaine de molécule d’ATP nécessaire à l’effort de
contraction.
2. Cas des virus infectant les animaux.

SEID IDRISS AHMAT : Cours de Virologie Générale 32

Cours de Virologie Générale.

Dans ce cas c’est soit l’ensemble de la particule ou une entité dénommé core ou nucléoïde qui pénètre dans la cellule.
Mais pour que l’acide nucléique soit accessible aux enzymes nécessaires à l’expression des gènes qu’il porte et à sa
réplication, la pénétration du virus doit être suivie de la libération du génome viral.
La pénétration du virus et sa décapsidation ne sont toujours différenciées nettement. En effet, certains virus comme le
poliovirus sont décapsidés pendant leur pénétration. Deux mécanismes de pénétration dans la cellule ont été décrits.

2. 1 pénétration directe du génome

Le procédé est peu courant. Il est utilisé par les Picornavirus : la fixation au récepteur cellulaire déstabilise la capside
fermement attachée à la membrane plasmique. Le génome s'en échappe et pénètre directement dans le cytoplasme.

2.2 La pénétration par la pinocytose

Dans le premier cas, la membrane cellulaire s’invagine pour former autour du virion une micro vacuole de
phagocytose dans laquelle il est entraîné dans la cellule. La micro vacuole donnera une grande vacuole puis un
lysosome qui contient des enzymes. Dans certains cas l’acidité du lysosome favorisera la fusion des membranes du
lysosome et celle de l’enveloppe virale. Il en résulte la libération de la nucléocapside dans le cytoplasme de la cellule.

2.3 La pénétration par fusion

Dans ce cas la membrane cellulaire fusionne avec l’enveloppe membranaire du virus. Puis la nucléocapside est libérer
à l’intérieur de la cellule. Ce mécanisme n’a lieu qu’avec les virus enveloppés. Il assure le passage direct de la
nucléocapside ou du nucléoïde dans le cytoplasme cellulaire. Il a été décrit chez plusieurs virus (virus de la variole,
virus de la vaccine, virus de la grippe, VIH)

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Cours de Virologie Générale.

2.4 La pénétration par endocytose puis fusion

Ce mécanisme est également propre aux virus enveloppés. La fixation du virus aux récepteurs cellulaires
déclenche l'endocytose et le virus se retrouve captif dans la vésicule d'endocytose : l'acidification du contenu de la
vésicule d'endocytose révèle les régions hydrophobes des spicules virales qui, en s'implantant dans la membrane
vésiculaire, permettent la fusion de l'enveloppe et de la membrane : la nucléocapside est libérée dans le cytoplasme.

3. Cas des virus végétaux

Chez la plupart des virus infectant les végétaux la pénétration est favoriser par les dispositifs anatomique présent
entre les cellules végétales, il s’agit des plasmodesmes. Le virus véhiculé par la sève infecte une cellule et sont
passage d’une cellule à l’autre est du à cette structure.

III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL

1. Virus à ARN

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Virus des animaux : La décapsidation des nucléoprotéines de certains virus à l’intérieur de la cellule hôte est
un phénomène complexe. Ce qu’on a pu constater chez le virus de la forêt de Semliki (VFS) est l’existance d’affinité
particulière des nucléocapsides pour les sous unité 60S des ribosomes. On a constaté que l’inhibition par la
chloroquine du transfert de la nucléocapside sur la sous unité 60S empêche la libération de l’ARN viral et par
conséquent inhibe la multiplication du virus.

Virus des plantes : Le mécanisme de la décapsidation a été particulièrement étudié chez les virus de plantes à
symétrie hélicoïdale. On ignore à peu près tout le mécanisme de la décapsidation de ces virus. Dans le cas du VMT
on pense que le virus pénètre dans le cytosol ou les variations en Ca2+ et l’hydrophobicité de la membrane cellulaire
peuvent jouer un rôle dans la libération des sous unités capsidiales. Aussi, on pense que la présence de coiffe à
l’extrémité 5’ de l’ARN de ces virus permet au ribosome de s’y fixer et d’amorcer le déshabillage de la chaîne de
l’ARN qui perd ses sous unités protectrices au fur et à mesure que le ribosome progresse et traduit le gène 5’
proximal

2. Les virus à ADN

Pour la plupart des virus à ADN des animaux c’est la cellule qui semble entièrement responsable des processus de
décapsidation. Cependant, chez les Pox virus, le virus joue un rôle actif dans la libération de l’ADN. On constate en
effet, qu’il faut au moins 1 heure à 37 °C pour que les nucléoïdes libèrent leur ADN dans le cytoplasme de la cellule
ou ils ont pénétré. L’interprétation la plus vraisemblable de ces résultats est que la décapsidation des nucléoïdes
requiert la synthèse d’un ARN messager viral dont le produit de traduction est un facteur protéique indispensable à la
décapsidation.
Dans tous les cas, la décapsidation du génome vise à le libérer des complexes de protéines structurales et le
rendre accessible aux enzymes (transcriptases polymerases).

3. Fonctionnement du matériel génétique viral

C’est un ensemble d’étapes successives dont les structures et fonctions sont interdépendantes. BALTIMORE a
montré qu’on peut distinguer 6 classes de virus en fonction de la manière ou de la stratégie de production des ARN
messagers. En effet, la production des ARNm diffère d’un virus à l’autre en fonction de la matrice utilisée.

ADN + ADN+/-
(Begomovirus) (Adenovirus)

ARN+ ARN- ARNm ARN+/-

(Picornavirus) (Réovirus)

ARN+ ARN/ADN ADN ARN-

(Rétrovirus) Protéines (Rhabdovirus)
Quelle que soit la structure du génome viral la multiplication passe par un stade obligé qui est la fabrication
d’un ARN messager. Ce messager est indispensable à la production des protéines de structures, internes et
enzymatiques.

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Les gènes précoces et les gènes tardifs

Le phénomène d’epissage chez les virus est très courant. Des ARN géants subissent des modifications rédactionnelles
pour donner des ARNm de petites tailles. Les deux types ARNm ainsi produit porte des informations différentes.
Au cours de la phase précoce les gènes nécessaires à l’activation de la multiplication sont traduits en protéines
activatrices (facteurs d’initiation, de la réplication, induction de la synthèse d’enzymes impliquées dans la
réplication).
Les ARNm tardifs portent des gènes qui sont traduits en fin de multiplication. Cette traduction donne des protéines

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intervenant dans la morphogenèse et dans la libération des virions.

IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE.

1. L’interaction abortive.

Dans ce type d’interaction la libération du génome viral dans la cellule et son interaction avec celle ci
n’aboutissant pas à la production de virions. Le génome viral est éliminé et la cellule pourra survivre. Un exemple
typique est le phénomène de restriction chez les bactéries au cours de certaine infection par des bactériophages. Une
cellule qui permet la pénétration de l’acide nucléique viral mais qui bloque son expression est une cellule non
permissive.

2. Interaction de type intégrant et transformant

Elle conduit à l’association intime et stable des génomes viral et cellulaire. Cette interaction se distingue de
l’interaction de type abortif par le fait que le génome viral persiste longtemps dans la cellule et est transmis de
génération en génération (cas des virus oncogènes, du HIV et des bactériophages tempérés). Le génome viral intégré
dans le chromosome de la cellule hôte est appelé provirus. Chez les virus à ADN capable d’intégrer leur ADN dans le
chromosome, seule une partie des gènes du provirus est exprimée dans la cellule. Le reste du génome demeure
silencieux. Son activation conduit à la mise en route du programme de développement du virus.

3. Interaction de type productif

Dans ce cas la pénétration du génome viral conduit à la production et à la libération de nombreux virions.
Cette interaction correspond au cycle de multiplication du virus.

V. LA LIBERATION DES VIRIONS

Il existe deux principaux modes de libération des virions

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1. La libération par lyse de la paroi de la cellule hôte

Elle est favorisée par l’accumulation des particules virales exerçant une pression sur la paroi interne de la
cellule et par l’action des enzymes lytiques produites par les gènes tardifs.

2. La libération par bourgeonnement

Les nucléocapsides des virions constitués soit dans le noyau cellulaire ou dans le cytoplasme cellulaire se
libèrent en poussant sur la membrane nucléaire ou cytoplasmique (ces membranes sont auparavant modifiées par des
protéines d’origine virale) en formant une boule. Cette boule devient un bourgeon sur la membrane. Les bourgeons
(nucléocapside + membrane) se détachent donnant ainsi un virion libre.

VI. LE CYCLE DE MULTIPLICATION VIRALE

La multiplication conduit à la libération de plusieurs dizaine voire des centaines de virions. Dans cette
population on distingue de variations génétiques mineures et majeures chez les virions. Certains virions identique
génétiquement au parent ou ayant subit des variations mineures restent infectieux et sont capable de mener une
activité de multiplication dans une autre cellule hôte permissive : On parle alors de cycle de multiplication. Par contre
lorsque la multiplication conduit à l’apparition de particules défectueuses celles-ci ne peuvent pas dans certains cas
induirent un cycle de multiplication.

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CHAPITRE V : LES TECHNIQUES COURANTES D’ETUDE DES VIRUS ET DU

DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

INTRODUCTION
Les virus on fait l’objet de plusieurs études avec des outils et des techniques de microbiologie. Ils sont de nos
jours de plus en plus étudiés en tant que assemblage de macromolécules par des techniques biochimiques,
immunologiques et moléculaires. Grâce à ces techniques beaucoup d’information sont connus sur les virus et cela
permet de mieux les caractériser.

I. ISOLEMENT

Le diagnostic d’une maladie virale associe, dans l’idéal, l’isolement du virus responsable (ou la détection
directe de ses composants structuraux) et la mise en évidence d’une ascension des anticorps spécifiques.

1. Isolement du virus

L’isolement viral est une technique de base, souvent longue. Les virus sont des parasites intracellulaires
obligatoires et il va falloir leur « offrir » des cellules vivantes pour leur permettre de se multiplier et de révéler ainsi
leur présence. Le premier problème à résoudre est celui du prélèvement chez le malade.

2. Inoculation à la cellule animale

HSV (herpès virus) déposé dans le cul de sac inférieur d’un œil de lapin entraîne une kératite. Le virus rabique
injecté au lapin par voie intracérébrale induit une encéphalite. Ce mode d’isolement est maintenant abandonné pour la
plupart des virus à l’exception, par exemple, des Arbovirus. On peut être parfois amené à effectuer un passage sur
moustique hôte et vecteur non piqueur par voie intrathoracique. On peut faire l’inoculation pour la culture à différents
organismes (Inoculation à l’œuf de poule embryonné, Cultures cellulaires : a) Les cellules de primo-explantation, b)
Les cellules diploïdes, c) Les cellules en lignées continues)
Les cellules sont cultivées stérilement à 37 °C dans des milieux synthétiques contenant des sels minéraux, des
acides aminés, des vitamines, du glucose, un tampon, un indicateur coloré (rouge de phénol) des antibiotiques et
supplémentés en sérum de veau fœtal ou nouveau-né.

3. Inoculation aux végétaux

L’inoculation est faite aux végétaux soit par frottement mécanique d’organes du végétal avec de l’extrait brut
ou de suspension de virus ou par utilisation d’insectes vecteurs virulifères.

4. Purification des virus

On fait la purification des virus par des méthodes biochimiques et physico-chimiques comme
l’ultracentrifugation, la chromatographie sur support solide ou liquide ou échangeuse d’ion. Il existe aussi
l’électrophorèse basée sur la migration de particules virales dans un champ électrique.

II. ETUDE DE LA MORPHOLOGIE DES VIRUS

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Les virus sont des particules extrêmement petites seulement mieux observable au microscope électronique. Il
existe plusieurs techniques d’étude de la morphologie virale les plus utilisées sont : La plus utilisée est la ME à
contraste négatif Elle consiste à utiliser la technique des métaux lourds. La technique est basée sur le fait que les sels
de métaux lourds sont opaques aux électrons aussi les sels de ces métaux ne réagissent pas du tout avec les virus. Les
faisceaux d’électron traversent la grille et sensibilisent un écran situé en dessous de la grille en fixant la forme de la
particule (contours). Dans le champ de l’écran apparaîtront des virus de plusieurs dimensions. On mesurera dans ce
cas la taille moyenne des particules.

III. ETUDE ET DETECTION DES COMPOSANTS DU VIRUS ET DU VIRUS ENTIER

1. Etudes des propriétés biophysiques

1.1 L’ultracentrifugation

C’est une technique très utilisée en virologie. Son principe est basée sur les propriétés des particules soumises
à un mouvement circulaire uniforme à sédimenter en fonction de leur taille et densité dans un milieu homogène ou
hétérogène. L’équation de la vitesse de sédimentation est : V = S.ω².r (S = coefficient de sédimentation, ω = vitesse
angulaire = 2π.n / 60 ; r = distance entre la particule et l’axe du rotor).

1.2 La spectrophotométrie

Au cours de la purification des virus la spectrophotométrie permet de vérifier la pureté des virus et des
composants viraux. Les protéines ont un maximum d’absorption de la lumière dans l’UV à 280 nm tandis que les
acides nucléiques ont leur maximum d’absorption à 260 nm. Ainsi le rapport DO260 nm / DO280 nm donne une valeur R
telle que 1,8<R< 2 pour les nucléoprotéines.

2. Le diagnostic virologique

2.1 Le prélèvement

Quelque soit l’organisme infecté il y a des précautions à prendre lors d’un prélèvement. Ces précautions sont
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diverses allant de la protection de l’opérateur jusqu’à la garantie de la qualité du prélèvement. Le port des gants,
l’utilisation de matériels appropriés, l’étiquetage, éviter la contamination, la conservation du prélèvement, le choix de
l’organe etc..
Le prélèvement est fonction de l’organisme infecté et des organes cibles du virus. Chez les végétaux on
prélève généralement les jeunes feuilles mais tous les organes (racines, écorce, fruits, fleur tissu interne embryon
etc..) peuvent être prélevés. Le choix du prélèvement, sa qualité et son acheminement au laboratoire de virologie vont
conditionner le diagnostic.
On n’isolera un virus grippal que dans un prélèvement de gorge ou de sécrétions bronchiques dans les 48
premières heures de la maladie clinique. Le CMV sera isolé de la salive, des urines mais surtout de la fraction
leucocytaire du sang et le prélèvement adressé au laboratoire devra donc être un tube de sang sur héparine. Devant
une méningite lymphocytaire aiguë en été et donc une suspicion d’entérovirus, ce sont des prélèvements de gorge et
de selles (outre le liquide céphalorachidien) qui sont réalisés et maintenus à 4°C afin de maintenir intacte la structure
et le pouvoir infectieux des virus lorsqu’ils ont en dehors d’un système cellulaire vivant. Ainsi donc en fonction des
symptômes les voies de prélèvement sont diverses.

2. 2. Détection sérologique des composants structuraux et du virus

Les techniques utilisées pour mettre directement en évidence les composants antigéniques et/ou structuraux
des virus sont généralement plus rapides que l’isolement viral et peuvent concerner des virus que l’on ne sait pas
cultiver.

2.2.1 Les techniques sérologiques

De nombreuses techniques son actuellement utilisées en microméthodes (par exemple : plaques à 96 cupules
de 0,4 ml en plastic). Un grand nombre de techniques sont applicables aux diagnostics virologiques : fixation du
complément (déviation du complément) (Fc) ; inhibition de l’émagglutination (IHA), techniques utilisant des
anticorps antiglobulines marqués (immunofluorescence IF, radio-immunologie RIA, ELISA :Enzyme-linked
Immunosorbent Assay).
Les réactions d’agglutination et de précipitation ne sont plus classiquement utilisées pour la recherche des
anticorps dirigés contre les virus, car trop peu sensibles.
Pour choisir la technique à utiliser dans une situation donnée, il faut tenir compte : - de la spécificité de la
technique ; - de la rapidité d’apparition et de la durée de la réponse en anticorps ; - de la sensibilité de la technique et
de son coût.

2.2.2 Cas d’utilisation des techniques sérologiques

2.2.2.1 Inhibition de l’hémagglutination (IHA)

Technique très largement utilisée pour le diagnostic sérologique des infections par des virus hémagglutinants
comme le virus de la rubéole, de la grippe, de la rougeole, les adénovirus, de nombreux arbovirus
Principe : La réaction est basée sur la propriété du virus de se fixer à la surface de certaines hématies par
l’intermédiaire d’hémagglutinines, et de former des ponts entre les hématies (hémagglutination virale). Les anticorps
spécifiques du virus se fixent sur le virus. Lorsque le virus est ainsi entouré d’anticorps, il n’a plus accès à la surface
de l’hématie : il y a inhibition de l’hémagglutination. Chaque virus agglutine des hématies d’espèces animales
déterminées (Rougeole : hématies de singe ; Grippe : hématies de cobaye).

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2.2.2.2 La réaction ELISA (Enzyme-linked Immunosorbent Assay)

Cette méthode met à profit la propriété des protéines de se fixer en tampon alcalin sur un support tel que
papier, verre ou plastique. Il existe plusieurs variantes de ce test.
Méthode
Fixation de l’antigène sur le support : L’Ag est distribué dans toutes les cupules de la plaque. Après une nuit à
température ambiante, les plaques sont lavées, séchées (étape n°1) et peuvent être conservées au congélateur.
- Réaction proprement dite : Les sérums à tester sont distribués sans les cupules à raison de deux cupules par
sérum (étape n°2). Après une incubation d’une heure à 37 °C, les plaques sont lavées et le conjugué (anti-G
ou anti-M) distribué dans toutes les cupules (étape n°3). Après une incubation d’une heure à 37 °C, les
plaques sont à nouveau lavées et le substrat-chromogène distribué dans toutes les cupules (étape n° 4). Après
une incubation d’une demi-heure à température ambiante, la coloration est alors apprécier soit à l’œil nu soit
avec un spectrocolorimètre par rapport à la coloration des témoins sérums positif et négatif que l’on a pris
soin d’introduire dans la réaction.

Sérum positif Témoin négatif

Dépot de l'antigène

Addition puis incubation du

sérum

Lavage

Addition d'anticorps anti-

IgG couplés à une enzyme
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Lavage

Apport du substrat et
réaction enzymatique

Lecture du résultat

2.2.2.3 Réaction de déviation du complément

Le complément est un complexe sérique plurimoléculaire de 9 glycoprotéines désignées par C 1’ C2’ C3…. C9.
La fraction C1 est subdivisée en trois sous-unités désignées C1q’ C1r’ C1s’.
Le complément à la particularité de se fixer par sa fraction C1 aux complexes Ag-AC. Cette fixation provoque
une activation du C1 ce qui déclenche une réaction enzymatique en chaîne, dite « en cascade », jusqu’à l’activation de
la fraction C9. L’activation de C9 a pour conséquence l’apparition de certaines propriétés biologiques telles que
l’hémolyse.
Principe de la mise en évidence des anticorps fixant le complément.
Matériel : - sérum à étudier qui doit être au préalable dé complémenté (56°C pendant 30 minutes) ;
- l’antigène (Ag) vis-à-vis duquel on recherche les anticorps (Ac) ;
- du complément de cobaye préalablement titré (on utilise 5U. CH50 pour la réaction) ;
- des globules rouges du mouton (GRM) ;
- du sérum de lapin anti-GRM préalablement titré appelé sérum hémolytiques (SH).

Méthode : Le sérum à étudier est mis en présence de l’Ag et du complément. Après une nuit à + 4 °C, on ajoute des
GRM et le SH. Le tout sera incubé une heure à + 37°C. Deux possibilités sont alors à envisager.
Première possibilité : Le sérum à étudier présente des Ac spécifiques de l’Ag.
Ac + Ag + C’ → Ac-Ag-C’ (tout le C’ est fixé par ce complexe Ac-Ag).GRM + SH → GRM – SH
Tout le C’ ayant été fixé par le premier complexe Ac-Ag, il n’y en aura plus de disponibilité pour le deuxième
complexe GRM-SH. Il n’y aura donc pas d’hémolyse. Le tube ou la cupule réactive aura l’aspect présenté figure
7.10a. Le visualisation de cet aspect sera donc la preuve de la présence spécifiques de l’Ag connu, introduit dans la
réaction, dans le sérum étudié. Si l’on a au préalable pris soin de diluer le sérum à étudier, on rendra comme titre en
Ac, l’inverse de la dilution laissant encore au moins 50 % DE GRM intacts.
Deuxième possibilité. Le sérum à étudier ne possède pas ‘Ac spécifiques de l’Ag.
Pas d’Ac + Ag + C’ → Ac + C’ libre le complément libre se fixe sur le complexe GRM + SH → GRM-SH.

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Le complément n’ayant pas été fixé pendant le premier temps de la réaction va venir se fixer sur le complexe
GRM – SH où il va provoquer, par son activation, la lyse des GRM. La visualisation d’une coloration rouge-orangé
uniforme dans le tube ou la cupule réactive sera donc la preuve de l’absence d’Ac spécifique de l’Ag connu introduit
dans la réaction.

2. 2. 2. 4 Autres techniques

On peut citer les technique suivantes :

Immunofluorescence indirecte : Cette technique repose sur l’utilisation comme anticorps d’une antiglobuline
humaine, préparée chez l’animal, couplée à la fluorescence (ou, éventuellement, la rhodamine).

Radio-immunosorbent Test (RIST): Surtout utilisée pour le diagnostic de l’hépatite B, c’est une technique
extrêmement sensible.

Le Western Blot (ou Immunoblot) : Cette technique s’est développée avec la recherche sur le VIH et elle est
maintenant largement répandue dans les laboratoires de virologie.

Immunodiffusion, Immunoélectrophorèse

2. 3 Techniques moléculaires

Elles se développent à l’heure actuelle de façon accélérée et vont prendre une part de plus en plus importante
dans le diagnostic virologique.

2. 3. 1 Les sondes nucléiques et l’hybridation

Les sondes, constituées d’acides nucléiques marqués (généralement par des éléments radioactifs) sont
complémentaires du génome (ou d’un ARNm) d’un virus que l’on veut mette en évidence même s’il ne s’exprime
pas. Le principe va être de révéler une hybridation entre la soude radioactive et son complément (si celui-ci est
présent). Plusieurs méthodes existent que nous allons décrire rapidement.

Dot blot. Les acides nucléiques d’une cellule (dans laquelle on recherche un acide nucléique x 1) sont extraits et
hybridés avec la sonde anti-x1 rapidement radioactive

Southern blot. Cette méthode concerne les ADN ; ceux-ci sont extraits d’une cellule, traités par des enzymes de
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restriction et soumis à une électrophorèse en gel d’agarose, donc séparés selon leur poids moléculaire. Ils sont colorés
par le bromure d’éthidium ce qui permet l’observation de bandes d’ADN sous illumination ultraviolette ; on transfère
alors le gel sur un filtre de nylon puis le filtre, portant donc les bandes d’ADN correspondant à celles observées dans
le gel, est hybridé avec une sonde radioactive et autoradiographié.

2. 3. 2 L’amplification génique ou PCR (Polymerase Chain Reaction).

On va chercher à amplifier un fragment d’ADN bicaténaire (virus à ADN, provirus rétroviral). On dénature
l’ADN par la chaleur à 94 °C (on sépare ainsi les brins d’ADN) puis on positionne des amorces (primers), c'est-à-dire
des oligonucléotides courts d’environ 20 bases complémentaires de l’ADN recherché et encadrant la séquence à
amplifier ; afin de permettre l’accrochage des amorces (annealing), on réduit la température entre 45 et 55 °C ; puis
une ADN polymérase, en présence de désoxynucléotides, va s’accrocher aux amorces et synthétiser les brins
complémentaires ; l’opération dénaturation-accrochage-extension est renouvelée 30 à 40 fois dans un appareil
automatique en présence d’une ADN polymérase résistant à de hautes températures (94 °C) et provenant d’une
bactérie marine (Thermus aquaticus : Taq polymerase).
On fait ensuite migrer le produit de l’amplification dans un gel d’agarose contenant du BET pour la
visualisation
Il existe plusieurs variants de la techniques PCR : nested PCR, Inverse PCR. Le produit PCR peut être
séquencé pour obtenir plus d’information.

2. 4. Détection biologique du virus

On utilise chez les végétaux des plantes test qu’on infecte par inoculation artificielle. Chez les animaux on utilise
généralement des souris, des lapins ou des cobayes. Ces méthodes ont basée sur l’observations des symptômes
caractéristiques et spécifiques.
CHAPITRE VI : GENERALITES SUR LA CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE

INTRODUCTION
Ce chapitre ne concerne pas la chimiothérapie antirétrovirale qui est traitée en année de Maîtrise. On peut
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présenter les principales molécules en tenant compte de leur point d’impact dans le cycle de réplication virale.

I. ATTACHEMENT ET PENETRATION

1. Amantadine et rimantadine

Ces deux molécules sont constituées d’un cycle de 10 carbones surmonté par un groupement
d’hydroxychlorure d’amine (NH2 – HCl) ; dans le cas de la rimantadine, ce groupement est précédé par un pont
méthylé (H-C-CH) ; les deux molécules sont actives sur les virus influenza de type A en bloquant le canal ionique de
la protéine virale M2, son aptitude à moduler le pH intracellulaire et a participer à la décapsidation virale. Elle ont
été utilisées dans la prévention et le traitement de la grippe A ; les posologies pour les adultes sont de 100mg/j (per os
) pendant 5 jours pour l’amantadine et de 200mg/j pendant 5 à 7 jours pour la rimantadine. La biodisponibilité est
supérieure à 90 % avec une demi-vie de 10-30 heures pour l’amantadine et de 25-36 heures pour la rimantadine ; les
effets secondaires sont plus importants chez les sujets de plus de 60 ans : il s’agit de nausées et d’anorexie voire plus
rarement de troubles du système nerveux central. L’élimination de l’amantadine est rénale cependant que la
rimantadine es métabolisée dans le foie.

2. Zanamivir et oseltamivir

Ces molécules inhibent l’activité neuraminidasique des virus influenza de types A et B ; ceci entraîne une
diminution voire une suppression du détachement des virions néosynthétisés de la surface des cellules infectées ; la
dissémination virale est ainsi diminuée. Le Zanamivir est administré par inhalation cependant que l’oseltamir est
utilisable per os ; les deux molécules doivent être utilisées aussi vite que possible au cours de l’infection grippale
(dans les deux jours suivant le début de l’infection) ; la durée de synthèse virale est diminuée ainsi que l’importance
et la durée des signes cliniques (céphalées, angines, fièvre, arthralgie). Au total, on considère que la durée de la
maladie est réduite de 2 à 3 jours ; en outre, il semble que la fréquence des complications soit diminuée.

II. SYNTHESE PROTEIQUE

1. Interféron α
Les interférons naturels sont des protéines cellulaires glycosylées induisant des enzymes cellulaires interférant
avec la synthèse protéique virale. L’interféron α utilisé en thérapeutique est obtenu par recombinaison et a un poids
moléculaire de 19 000 ; sa biodisponibilité orale est nulle et il doit être injecté par voie intramusculaire ou sous-
cutanée. L’effet antiviral in vivo est complexe et résulte d’une inhibition de la transcription virale et de la traduction
des protéines virales mais aussi d’une augmentation de l’immunité cellulaire. L’interféron α est utilisé dans le traitem
ent des hépatites chroniques virales B et C, dans les infections à Papillomavirus (papillome laryngé juvénile) et à
HHV-8 (sarcome de Kaposi). Pour l’hépatite chronique B, la posologie est de 5 millions d’unités/j ou 10 millions 3
fois/semaine associées à 100 mg/j (per os) de lamivudine (cf. traitement des infections rétrovirales, chapitre 22)
pendant un an. Pour l’hépatite chronique C, la posologie de base est de 3 millions d’unités 3 fois/semaine associées à
500-600 mg (per os) 2 fois/j de ribavirine pendant 6 mois ; cependant, des paramètres virologies – et en particulier le
génotype viral 1 – amènent à augmenter les doses d’interféron et à prolonger le traitement pour une durée d’un an.
2. Ribavirine

Cet analogue de la guanosine doit être triphosphorylé puis interfère avec des évènements précoces de la

SEID IDRISS AHMAT : Cours de Virologie Générale 46

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transcription virale tels que l’acquisition de la coiffe et l’élongation des ARN messagers viraux. La ribavirine est
utilisée dans le traitement d’infections liées à des virus à ARN : virus respiratoire syncytial (VRS), virus de l’hépatite
C (VHC), virus associés à des fièvres hémorragique (fièvre de Lassa, fièvre hémorragique avec syndrome rénal –
FHSR). Cette molécule peut être administrée per os, par voie intraveineuse ainsi que par aérosol (dans le cas du
VRS). La biodisponibilité orale est de 32 % et la demi-vie plasmatique de 30 à 60 heures. L’effet secondaire le plus
souvent noté est une anémie. La ribavirine est efficace par aérosol chez des enfants hospitalisés pour une infection à
VRS ; cependant, il existe une autre stratégie avec une prophylaxie par immunoglobulines spécifiques anti-VRS
pendant la saison des infections respiratoires chez des enfants fragiles.

III. ACIDES NUCLEIQUES VIRAUX ET ENZYMES DE REPLICATION

La plupart des molécules rencontrées ici sont des formes modifiées (analogues) de nucléosides (nucléoside :
base purique ou pyrimidique associée à un sucre) ; cette modification peut porter sur la base (analogue de base) ou
sur le sucre (analogue de sucre). La molécule ainsi modifiée peut participer à l’inhibition compétitive (avec le
composé normal) de l’enzyme de réplication, par exemple l’ADN polymérase.

1. 5 – Iodo-désoxyuridine (IdU) et trifluorothymidine (TFT)

Ces analogues de bases sont efficaces sur la réplication de HSV ; cependant, du fait de leur toxicité par voie
générale, ils ne peuvent être utilisés que localement, par exemple sous forme de collyre devant une kératite
herpétique.

2 Cytosine arabinoside et adénine arabinoside (Ara-A, vidarabine, Vira-A)

Ces analogues de sucre (le désoxyribose est remplacé par l’arabinose) sont actifs sur HSV et VZV. La
vidarabine a été la première molécule utilisée par voie veineuse pour le traitement de l’encéphalite temporale
nécrosant aiguë liée à HSV. La vidarabine a été également utilisée dans le traitement de l’hépatite B chronique mais la
prise en charge actuelle fait maintenant appel à l’interféron α et à la lamivudine.

3. Acycloguanosine (acyclovir, Zovirax)

Il s’agit de la première molécule antivirale spécifique quasiment dépourvue d’effet toxique sur la cellule
normale. L’acyclovir est un analogue de la 2’-désoxyguanosine ; pour être active, elle doit d’abord être
monophosphorylée puis dite triphosphorylée ; la première étape de phosphorylation ne peut pas être réalisée par la
thymidine kinase cellulaire ; en revanche, dans une cellule infectée par HSV ou VZV , la thymidine kinase virale est
capable de monophosphoryler l’acycloguanosine (ACG →ACG-P) ; l’ACG-P est ensuite di- puis triphosphorylée ;
l’ACG-P-P-P va inhiber la synthèse de l’ADN viral en entrant en compétition avec la 2’ désoxyguanosine P-P-P pour
l’accès à l’ADN polymérase ; de plus elle va être incorporée dans la chaîne d’ADN sans pouvoir en être excisée par
la 3’, 5’ exonucléase et entraîne ainsi l’inactivation de l’ADN polymérase (fig. 5.1). L’ACG-P-P-P est 50 fois plus
active sur l’ADN polymérase virale que sur l’ADN inhibitrice 50 (CI50) est de 0,1 µm pour HSV-1, 0,4 µm pour
HSV-2 µm pour VZV et 47,1µM pour le CMV ; la biodisponibilité orale est de 10-20 % avec une demi-vie
plasmatique de 2-3 heures. La toxicité est faible avec en particulier une peu fréquente néphropathie réversible liée à la
cristallisation de la molécule dans les tubules rénaux après une administration de hautes doses par voie veineuse.
L’herpès labial ou génital peut être traité par 200 mg d’acyclovir per os 5 fois/j ou 400 mg 3 fois/j pendant 5 jours.
Chez un sujet présentant une encéphalite herpétique, l’acyclovir doit être utilisée par voie IV à une dose de 10-15
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mg/kg toutes les 8 heures pendant 14 à 21 jours ; dans le cas d’un herpès néonatal, les mêmes doses que
précédemment seront employées par voie veineuse pour une durée de 14 jours. Chez un patient immunodéprimé avec
une infection cutanéo-muqueuse herpétique, le traitement recommandé est de 5 mg/kg par voie IV toues les 8 heures
pendant 7 jours, un traitement alternatif étant de 400 mg per os 5 fois/j pendant 10 jours. La varicelle chez un sujet
immunocompétent peut être traitée avec 20 mg/kg d’acyclovir per os 4 fois/j pendant 5 jours ; les adolescents et
adultes représentant des cas secondaires à l’intérieur d’une famille doivent bénéficier de ce traitement. Lorsque
l’infection varicelleuse survient dans un contexte d’immunodépression, l’acyclovir est utilisé par voie IV à une dose
de 10 mg/kg toutes les 8 heures pendant 7.10 jours et est associé à l’injection intramusculaire d’immunoglobulines.
Les patients présentant un zona doivent être traité car on obtient ainsi une diminution de la durée d’évolution des
lésions et une diminution de la douleur post-zostérienne ; dans l’ensemble, on traite les sujets de plus de 50 ans mais,
dans le cas d’une possible atteinte ophtalmique, on traitera quel que soit l’âge du malade ; l’acyclovir est alors utilisé
per os à la posologie de 800 mg 5 fois/j pendant 7 jours ; lorsqu’une immunodépression est associée, la molécule est
injectée par voie IV à la dose de 10 mg/kg toutes les heures pendant 7 jours ; chez des patients bénéficiant d’une
greffe (rein, foie, moelle osseuse), un traitement prophyloactique est entrepris pendant 3 mois après la transplantation
avec des doses orales de 400 à 800 mg 4 fois/j ce qui permet de lutter contre les résurgences de VZV et CMV.

4. Valacyclovir

Cet ester L-valyle de l’acyclovir n’est disponible que par voie orale ; sa biodisponibilité est largement
supérieure à celle de l’acyclovir (plus de 50 %) et ses indications sont proches de celles de l’acyclovir : infections à
HSV, VZV et prophylaxie de l’infection à CMV.

5. Ganciclovir (Cymévan)

Cette molécule diffère de l’acyclovir par l’adjonction d’un groupement hydroxyméthyle en position 3’ de la
partie acyclique. Le fait marquant est que cette molécule est phosphorylée par une phosphotransférase codée par le
CMV dans la cellule infectée ; le ganciclovir est donc un traitement de choix de l’infection à CMV. Il est utilisé à la
posologie de 5 mg/kg 2 fois/j par voie IV pendant 14 à 21 jours. Chez les transplantés, il est administré à titre
prophylactique soit par voie IV soit per os ; la dose IV est alors de 5 mg/kg 5 à 7 jours/semaine pendant 3 mois chez
les greffés de cœur, de foie et de moelle osseuse ; dans ce dernier cas, on ne débutera pas le traitement avant la greffe
car la molécule entraîne une granulocytopénie.

6. Penciclovir

Très proche structurellement du ganciclovir, il n’est disponible actuellement que sous forme topique pour le
traitement de l’herpès labial.

7. Famciclovir
C’est l’analogue diacétyl-6-désoxy du penciclovir ; sa biodisponibilité orale est de 77 % et la demi-vie du
dérivé triphosphate intracellulaire est de 7 à 20 heuers suggérant ainsi la possibilité de l’utiliser en une seule dose
journalière. Il est actif sur HSV et VZV ; son éventuel effet sur VHB mérité d’être approfondi.

8. Foscarnet (Foscavir)

Le foscarnet est un analogue du pyrophosphate ; il forme un complexe avec l’ADN polymérase au site de
fixation du pyrophosphate empêchant ainsi la séparation entre pyrophosphate et nucléoside triphosphate inhibant
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l’extension ; Il n’est pas utilisable per os ; il est donc utilisé par voie IV lors des infections à CMV ainsi que face à
des souches d’HSV et de VZV résistantes à l’acyclovir. Pour la maladie à CMV, les doses sont de 60 mg/kg toutes les
8 heures pendant 14 à 21 jours ; pour les infections liées à des souches d’HSV résistantes à l’acyclovir , la posologie
est de 40 mg/kg 2-3 fois/j pendant 7 à 21 jours. Les effets secondaires sont principalement une insuffisance rénale
ainsi qu’un déséquilibre électrolytique (en particulier une hypocalcémie) qui nécessitent une réduction de dose avec
une surveillance rigoureuse de la fonction rénale.

9. Lamivudine

La lamivudine est un analogue pyrimidique qui est actif sur la transcriptase inverse du VIH-1 ainsi que sur
l’ADN polymérase du VHB. Sa biodisponibilité orale est de 86 % et sa demi-vie plasmatique de 5 à 7 heures.
Comme nous l’avons indiqué précédemment, elle est utilisée en association avec l’interféron α dans le traitement de
l’hépatite B chronique. Les effets secondaires (rarement rencontrés) sont une acidose lactique avec une
hépatomégalie accompagnée d’une stéatose ; on note une interférence avec la fonction mitochondriale.

III. L’AVENIR DE LA CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE

Dans la mesure où les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires, l’émergence d’une chimiothérapie
antivirale efficace sans être trop cytotoxique à longtemps été considérée comme une gageure ; cependant, de nets
progrès ont été réalisés dans ce domaine et le développement d’une chimiothérapie antirétrovirale va probablement
accélérer l’évolution déjà engagée. L’avenir dépend de l’émergence de nouvelles molécules avec des points d’impact
différents et de l’utilisation d’associations médicamenteuses avec une meilleure efficacité sur la réplication virale et
une meilleure maîtrise de la résistance virale ; en effet, comme nous le verrons de façon plus détaillée à propos du
VIH (chapitre 22), l’échec thérapeutique est souvent lié à l’apparition de mutants viraux résistants qui vont acquérir, à
l’intérieur d’une population sauvage sensible, un avantage sélectif et vont représenter à terme la population virale
dominante. On sait déjà qu’il existe des souches grippales A résistantes à l’amantadine et à la rimantadine avec des
mutations ponctuelles dans la séquence de la protéine de matrice M2 ; de même, à l’intérieur des Herpesvirus, les
souches d’HSV, VZV ou CMV qui sont mutée au niveau des enzymes induisant une phosphorylation des analogues
nucléosidiques de la guanosine, sont résistantes à l’acyclovir (HSV, VZV) ou au ganciclovir (CMV), dans ce cas le
traitement de sauvetage est représenté par le foscarnet. Une des questions techniques posées à l’heure actuelle
concerne les places respectives des tests phénotypique et génotypique pour la mise en évidence de la résistance
virale ; si l’on se réfère à l’évolution de la prise en charge de la résistance lors d’une chimiothérapie antirétrovirale,
on peut raisonnablement penser que l’avenir est à la détermination génotypique et que le séquençage voire, les
techniques faisant appel à l’hybridation (micro-arrys), seront largement utilisées en routine dans les laboratoires de
virologie spécialisés.

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ANNEXES

cultures cellulaires
En 1949, Enders réalise la première culture d'un virus – le virus poliomyélitique – sur culture cellulaire in vitro.
On pratique ces cultures dans des récipients de verre, des boites de Petri en plastique et, dans l'industrie, sur des billes
microporteuses.
Le milieu contient de l'eau, des sels minéraux, des acides aminés, des vitamines, des facteurs de croissance (apportés
par du sérum de veau) et des antibiotiques pour prévenir les contaminations bactériennes.

Trois types de cultures cellulaires sont utilisées :

- les cultures primaires
- les cultures de cellules diploïdes
- les cultures de cellules en lignée continue
a - les cultures primaires
les cellules sont issues directement du tissu d'origine, par exemple le rein d'un singe rhésus.
Les cellules, dissociées par de la trypsine, adhèrent aux surface et se multiplient. Parvenues aux bords de la boite, les
cellules arrêtent de se diviser : c'est l'inhibition de contact.
Les repiquages sont très limités : au bout de quelques passages (1 ou 2 pour les cellules de rein de singe) les cellules
meurent.
seule technique utilisable en 1954 pour la préparation des vaccins antipoliomyélitiques, des milliers de singes rhésus
ont été sacrifiés ! (À l'Institut Mérieux on a utilisé 20.000 singes…)
Pour respecter les écosystèmes, les cultures primaires sont de moins en moins utilisées, chaque culture nécessitant la
mort d'un animal.

b - les cellules diploïdes

On a isolé de cultures primaires des lignées conservant les caractères de cellules normales et supportant une
cinquantaine de passages.
On a isolé des souches diploïdes animales ou humaines, telles que la lignée WI38 (Wistar Institut) et la lignée MCR5,
originaires de cellules de poumon embryonnaire humain.
Les premiers passages sont congelés dans l'azote liquide où ils se conservent indéfiniment ; ils sont une source quasi
inépuisable de cellules malgré le nombre de passages limités :
en effet, en partant d'une culture en flacon de 100 cm2 de surface, on peut obtenir, théoriquement, au terme de 50
passages : 100 cm2 x 250, soit plus de 100.000 km2.

c - les cellules en lignée continue

Il arrive parfois que certaines cellules d'une culture se modifient : croissance plus rapide, anomalies chromosomiques,
perte de l'inhibition de contact et surtout possibilité d'un nombre illimité de passages.
De telles cellules "transformées" in vivo donnent naissance à des lignées continues, immortelles :
les cellules Vero ont été isolées d’une culture primaire de rein de singe vert (Vervet origin).
On peut aussi mettre en culture des tissus cancéreux dont certaines cellules ont été le siège d'une transformation in
vivo :
les cellules Hela, isolées en 1952 du carcinome du col utérin d’une patiente américaine (Helen Lansing),
les cellules KB, isolées d’un cancer buccal.
Les cultures cellulaires sont utilisées non seulement dans les laboratoires de recherche mais également dans les
laboratoires d’analyse (pour identifier certains virus) et dans l’industrie pharmaceutique (pour la préparation des
vaccins, la lignée Vero est de plus en plus utilisée).
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