UFR SAEPAN/

Département Agronomie et Production Végétale

MICROBIOLOGIE GENERALE

Chapitre 1 : Introduction à la microbiologie générale

Dr F. NDOYE DIOP

Année : 2021-2022
Chapitre 1: Introduction à la microbiologie générale
I- Généralités sur la Microbiologie
I-1. Définitions
I-2. Branches de la microbiologie
I-3. Importance et Domaines d’application de la microbiologie
II- Historique de la Microbiologie: découverte des microorganismes
III- Caractères généraux des microorganismes
III-1. Les bactéries ou eubactéries
III-2. Les archées ou archéobactéries
III-3. Les cyanobactéries
III-4. Les mycètes (champignons)
III-5. Les algues
III-6. Les protozoaires
III-7. Les helminthes
III-8. Les virus
IV- Modes de vie des microorganismes
I- Généralités sur la Microbiologie
I-1. Définitions
Le terme microbiologie vient de trois mots grecs:
Micro «mikros» = petit
Bio «bios» = être vivant
Logie «logos» = science, étude, discours,…
 La microbiologie est une branche de la biologie qui s’intéresse à l'étude des
microorganismes et des relations avec leurs environnements.
 La microbiologie est une science qui étudie les microbes, qui sont des êtres
unicellulaires ou organismes pluricellulaires microscopiques.
 Elle étudie la structure, la nutrition, la physiologie et l’écologie des microorganismes
(ou microbes).
 On appelle microorganisme (ou microbe), tout être vivant invisible à l’œil nu (c’est-à-
dire microscopique). Un microorganisme peut être constitué d’une seule cellule
(unicellulaire) ou de plusieurs cellules (pluricellulaires).
 Leur taille est inférieure à 0,1 mm.
 Ils se distinguent les uns des autres par leur forme, leur taille et leur mode de vie.
 Les microorganismes constituent un groupe extrêmement diversifié d‘organismes
microscopiques, répartis dans les trois domaines du vivant (bactéries, archées et
eucaryotes) (Woese et al., 1990).

Figure 1 : les trois domaines du vivant (Woese et al., 1990)

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 Figure 2 : les différents types de microorganismes

 Les microorganismes sont rencontrés dans tous les types d'environnements présents
dans la nature. Ils se trouvent dans le sol, l’eau, l'air, mais aussi dans des
environnements plus hostiles tels que les déserts, le fond des océans, etc.
On dit qu’ils sont ubiquistes.
Par exemple: un gramme de terre fertile contient 100 millions de bactéries.
 Ils permettent aux cycles du carbone, de l’oxygène, de l’azote et du soufre de
fonctionner dans les milieux terrestres et aquatiques.
 Ils sont à l’origine de toutes les chaînes alimentaires.

I-2. Branches de la microbiologie

Figure 3 : les différentes branches de la microbiologie

I-3. Importance et Domaines d’application de la microbiologie

 Microbiologie du sol: C’est une partie de la microbiologie qui s’intéresse aux
microorganismes qui vivent dans le sol (telluriques). La flore microbienne du sol est
très variée (bactéries, champignons, virus, algues, protozoaires). Certains sont
impliqués dans les transformations de la matière organique (cycles biogéochimiques)
et la fixation de l’azote et donc dans la fertilité du sol.

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  Microbiologie alimentaire: Branche de la microbiologie qui s’intéresse aux
microorganismes impliqués dans la fabrication des aliments (fermentation lactique ou
alcoolique,…) et de leur putréfaction ou altération.
 Microbiologie médicale : Branche de la médecine qui s'attèle à la recherche des
microorganismes responsables des maladies (microorganismes pathogènes) des
espèces humaine et animale dans le but de diagnostiquer les maladies.
 Domaine alimentaire
•Production d’aliments et boissons comme la bière, le vin, le pain et les produits laitiers ;
•Production d’additifs alimentaires comme les alcools, les acides aminés, les acides, les
polysaccharides, ou les vitamines.

 Domaine agricole
•Production de bactéries génétiquement modifiées pour protéger les cultures contre les
stress biotiques (parasites) et abiotiques ;
•Production de biofertilisants.

Figure 4 : Importance et domaines d’application de la microbiologie

 Domaine de l’environnement
•Epuration de l’eau ;
•Traitement de l’air et des sols pollués dans le cas de biorémédiation ;
•La bio-extraction de minerais, et en tant que biocapteurs.

 Domaine médical
•Production d’antibiotiques, vaccins, peptides, hormones… ;
 Thérapie de cancers.

Figure 5: Importance et domaines d’application de la microbiologie (suite)

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  Domaine minier
Les microorganismes ont contribué à la formation de divers milieux.
 Ils sont impliqués dans les dépôts de minerais (carbonate de sodium, minerais de fer,
formation des combustibles) ;
 Le charbon résulte ainsi de la carbonisation de matières végétales par certaines bactéries,
il y a deux cents millions d’années ;
 Les hydrocarbures ont une origine organique et procèdent de la décomposition du plancton
marin sous l’action de bactéries anaérobies.

 Divers domaines de l’industrie (Biotechnologie)

•Production de papier (par la dégradation de la cellulose) ;
•Production de bio-cosmétiques, biomatériaux, biocapteurs ;
 Production de médicaments (antibiotiques, insuline, …) ;
 Production d’aliments fermentés, d’acides aminés, d’enzymes, de polysaccharides, …

II-Historique de la Microbiologie: découverte des microorganismes

La microbiologie est définie non seulement par les organismes qu’elle étudie mais aussi par
les outils qu’elle utilise. La microscopie et les techniques de culture des microbes ont joué et
jouent encore un rôle déterminant dans l’évolution de cette discipline scientifique.

II-1. Les périodes sombres

 Très tôt, les humains se sont rendus compte que la fréquentation des malades pouvait
être dangereuse!
 Aristote avait eu l’idée de la transmission de quelques maladies par des éléments
invisibles.
 Au 14e siècle, le médecin Fracastoro pensait que des êtres vivants invisibles
provoquaient des maladies très répandues, comme la tuberculose et la syphilis. Sans
aucune preuve, leurs idées ne furent pas acceptées.
 De plus, il était dangereux de s’opposer à ceux qui pensaient que les maladies étaient
un châtiment divin.
II-2. Emergence de la microbiologie comme Science
 Méthode scientifique
-Rassemblement des observations

-développement d’une hypothèse

-Vérification de l’hypothèse par des observations, expériences, ….

-Si hypothèse infirmée et rejetée : proposition d’une nouvelle hypothèse

-si hypothèse confirmée : elle est soumise à d’autres tests plus rigoureux avant acceptation et
validation comme une loi scientifique.

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A. Découverte du microscope
 Les premières observations au microscope furent sans doute réalisées entre 1625 et 1630
sur des abeilles et des charançons par l’Italien Francesco Stelluti (1577-1652) à l’aide d’un
microscope probablement fabriqué par Galilee (1564-1642).
 En 1675, Anton van Leeuwenhoeck construit son microscope, et décrit les protozoaires
et bactéries, qu'il nomme les animalcules.
Le monde des microorganismes pouvait à présent être exploré. Il allait se révéler plus vaste et
plus ancien que personne ne l’avait encore imaginé. Il observa ainsi en premier les globules
rouges du sang (1675), puis les bactéries (1683), les protozoaires, les spermatozoïdes (1677),
les cellules de la levure de bière (1680) et les capillaires (1689).
 Ses travaux eurent un écho très large et contribuèrent à la découverte du monde du
vivant.

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 Figure 6 : Découverte du microscope

B. Théorie de la génération spontanée (abiogenèse)

 La Génération spontanée était une croyance stipulant l’apparition d’organismes
vivants à partir de matière morte ou en décomposition.
Exemple: production d’asticots à partir d’un morceau de viande. En effet, cette opinion fut
finalement mise en doute par le médecin italien Francesco Redi (1626-1697) qui réalisa une
série d’expériences sur la production spontanée d’asticots par de la viande en décomposition.
Redi mit de la viande dans trois récipients. Le premier n’était pas couvert, le second était
couvert de papier et le troisième d’une fine gaze pour écarter les mouches. Celles-ci
déposèrent leurs œufs sur la viande non couverte et les asticots se développèrent. Les deux
autres morceaux de viande ne produisirent pas spontanément d’asticots. Mais les mouches
attirées par le récipient couvert de gaze pondirent sur la gaze. Leurs œufs ne donnèrent pas
de larves. Ainsi la production d’asticots par de la viande en décomposition était donc due a la
présence d’œufs de mouches et la viande ne gênerait pas spontanément des asticots. Des
expériences similaires aidèrent à discréditer la théorie en ce qui concerne de plus grands
organismes.
 Mais la découverte des microorganismes par Leeuwenhoek raviva la controverse.
Ainsi, plusieurs expériences ont été menées par différents scientifiques (John
Needham en 1748, Lazzaro Spallanzani en 1799, Theodore Schwann, 1882, Georg
Friedrich Schrode, 1885, ..)
 Expériences de Pasteur (1822-1895) : découverte de sorte de spores végétales sur du
coton après filtration de l’air, puis absence de croissance microbienne après
stérilisation, …

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 Figure 7: Expériences de Pasteur sur la génération spontanée

C. Mise au point de techniques de pasteurisation et stérilisation

 Entre 1857 et 1876, Louis Pasteur met en évidence les rôles des microorganismes dans
la fermentation lactique et alcoolique.
 Il développe les techniques de pasteurisation et de stérilisation lui permettant la mise
en place de cultures pures de microorganismes.
 La possibilité de culture a permis de démontrer que la génération spontanée était une
aberration.
 Entre 1877-1895, il démontre que certaines maladies sont la conséquence de la
présence de ces microorganismes.

D. Mise en évidence d’une bactérie : les postulats de koch

Entre 1873 et 1882, Robert Koch met en évidence le bacille responsable de la tuberculose
(Mycobacterium tuberculosis) pour démontrer le rôle des bactéries.

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 Figure 8 : Postulats de Koch appliqués à la tuberculose (Koch, 1873-1882)

E. Mise au point de technique de coloration

 En 1884, Hans Christian Gram développe une technique de coloration qui est la plus
utilisée dans l'étude et la classification des bactéries en deux grands groupes : les
bactéries à Gram positif et celles à Gram négatif.

F. Autres découvertes
 En 1928, Griffith découvre la conjugaison bactérienne.
 En 1929, Fleming découvre la pénicilline.
 En 1952, Zinder et Lederberg découvrent la transduction généralisée.
 En 1961, Jacob et Monod proposent le modèle de l’opéron pour la régulation des
gènes.

G. Les méthodes moléculaires et génomiques

Les méthodes moléculaires et génomiques pour étudier les microbes relèvent du génie
génétique, c.-à-d. de la capacité acquise par les scientifiques de manipuler les gènes et le
génome des organismes étudiés. Le génome d’un organisme est toute l’information génétique
qu’un organisme contient. Pour étudier de simples gènes ou le génome entier, les
microbiologistes doivent pouvoir isoler l’ADN et l’ARN, couper l’ADN en morceaux, insérer un
morceau d’ADN dans un autre, et déterminer la séquence des nucléotides dans l’ADN (et
parfois dans l’ARN).

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-Découverte d’enzymes bactériennes (endonucléases) pour couper l’ADN par Werner Arber
et Hamilton O. Smith (1960)
-Découverte de la recombinaison génétique (fabrication d’ADN recombiné grâce aux
endonucléases et à une enzyme ligase) par David Jackson, Robert Symons et Paul Berg (1972).
-Développement de techniques de séquençage pour déterminer la séquence de nucléotides
dans l’ARN et l’ADN : première méthode par Frederick Sanger (1970)
-Emergence de la bioinformatique pour l’analyse génomique : identifier les gènes susceptibles
de correspondre à une protéine, déterminer la fonction encodée et identifier les autres
régions du génome qui peuvent avoir d’autres fonctions importantes autres que l’encodage
de protéines, comme les gènes qui encodent pour l’ARNr et l’ARNt ou les séquences qui
interviennent dans la régulation de l’expression des gènes.

III-Diversité et classification des microorganismes

[Link]é du monde microbien
Le monde microbien se caractérise par une grande diversité.
 Il est constitué d’organismes qui ne peuvent être observés qu’au microscope: ce sont
des microbes ou des microorganismes.
 Ils se trouvent partout dans l’air, l’eau, le sol…

III-2. Place des microorganismes dans le monde vivant

 Après la découverte des microorganismes, les scientifiques ont essayé de les classer
parmi les deux règnes.

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III-3. Classification des microorganismes
Définition :
Classification des microorganismes = attribution de chaque microorganisme à une catégorie
d’êtres vivants déjà existants.

2) Classification de Whittaker
En 1969, Whittaker a proposé une classification en 5 règnes

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  Historique des systèmes de classification

 L’analyse des séquences des ARN 16S a permis à Woese de séparer tous les
microorganismes en 3 groupes. Cette classification de Woese en trois domaines
(Bactéries, Archées et Eucaryotes) est privilégiée par les microbiologistes (classification
phylogénétique).

 Classification phylogénétique: les 3 grands domaines du vivant

La classification traditionnelle en six règnes a pu ainsi être ramenée à 3 clades pour
représenter l'arbre phylogénétique de la vie :
• Les bactéries : organismes unicellulaires à structure procaryote (leur matériel génétique
n'est pas enfermé dans un noyau). Ils possèdent une paroi cellulaire constituée de
peptidoglycane.
• Les archées : organismes unicellulaires à structure procaryote. Ils possèdent une paroi
cellulaire constituée de lipides spécifiques.
• Les eucaryotes (unicellulaires ou pluricellulaires) : leur matériel génétique est enfermé
dans un noyau délimité par une membrane ; ils possèdent des mitochondries ; la
multiplication cellulaire a lieu par mitose ; ils présentent une reproduction de type sexuée.

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IV-Caractères généraux des différents groupes de microorganismes
IV-1. Les BACTÉRIES
Procaryote : pas de membrane nucléaire
•Unité de structure: cellule (1μm)
•Présence de systèmes enzymatiques de biosynthèse =>autonome
•Parois cellulaires avec peptidoglycane
•Fission binaire
•Vivent chez l’Homme, l’environnement, les animaux…

 Les bactéries sont des êtres unicellulaires avec une structure cellulaire relativement
simple caractérisée par l’absence d’organites (noyau, mitochondries, chloroplastes, …)
 Elles se différencient par un ensemble de caractères: forme, taille, activités chimiques,
la forme d’énergie utilisée, les conditions dans lesquelles elles peuvent se croître, …
 La taille des cellules bactériennes varie entre 0,2 et 250 microns mais la taille moyenne
est 10 microns.
 Chez l'homme, il a été calculé que 1012 bactéries colonisent la peau, 1010 bactéries
colonisent la bouche et 1014 bactéries habitent dans l'intestin.
 La plupart de ces bactéries sont inoffensives ou bénéfiques pour l’organisme.

IV-2. Les ARCHÉBACTÉRIES

•Procaryotes: pas de membrane nucléaire
•Absence de peptidoglycane
•Vivent dans des environnements extrêmes (extrêmophiles)
•Elles comprennent:
–Méthanogènes
–Halophiles extrêmes
–Thermophiles extrêmes

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IV-3. Les CYANOBACTÉRIES
Taille : 5,0 à 15 μm
•Procaryotes unicellulaires
•Structure comme les bactéries
•Contiennent de la chlorophylle
•Sources de nourriture pour des animaux aquatiques
•Contribuent à la formation du sol

IV-4. Les CHAMPIGNONS OU MYCÈTES

a) Les levures
•Eucaryotes unicellulaires (5 à 10 μm)
•Culture en laboratoire
•Production de boissons alcooliques
•Supplément nutritif
•certaines sont pathogènes

b) Les moisissures
•Eucaryotes pluricellulaires (2-10 μm)
•Culture en laboratoire
•Décomposent la matière
•Utiles en fabrication industrielle (pénicilline)
•Pathogènes des hommes, animaux et plantes

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 IV-5. Les ALGUES
 Eucaryotes ;
•Parois cellulaires riches en cellulose ;
•Photosynthétiques ;
•Produisent de l‘O2 et des composés organiques ;
•Font partie de la chaîne alimentaire.

IV-6. Les PROTOZOAIRES

 Taille : 2 à 200 μm
•Eucaryotes unicellulaires
•Culture en laboratoire ou parasites intracellulaires
•Sources de nourriture pour des animaux aquatiques
•Principalement saprophytes et commensaux
•Certains sont pathogènes (Plasmodium sp.)
•Peuvent être mobiles au moyen de pseudopodes, cils ou flagelles

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IV-7. Les HELMINTHES
 Eucaryotes
•Animaux multicellulaires
•Plathelminthes parasitoses et les ascaris appelés helminthes
•Stades microscopiques dans les cycles de vie

IV-8. Les VIRUS

•Acellulaire
•Taille: 0,015 à 0,2 μm (visibles seulement au microscope électronique) ;
•Parasites intracellulaires obligatoires ;
•Génome constitué d'ADN ou d'ARN ;
•Noyau entouré de manteau de protéine appelée capside ;
•Causent des maladies chez l’homme, plantes, animaux et infectent d’autres
microorganismes.

V-Taxonomie des microorganismes

Lorsque les objets sont des organismes, leur classification s'appelle taxonomie ou taxinomie
(du grec "taxis" = arrangement).
•Le but de la taxonomie est de permettre la description de groupes d'organismes distincts
et reconnaissables.
•Elle englobe la classification, la nomenclature et l’identification.
La classification repose sur l'étude phylogénétique: étude du mode de formation et de
développement des espèces, grâce à:

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•la morphologie
•l'anatomie comparée,
•la physiologie (caractères morphologiques, aspects tinctoriaux, types trophiques,
métabolisme, critères immunologiques, critères pathologiques)
•la paléontologie
•la génétique

Nomenclature binominale: Carl von Linné (1707-1778) a introduit le système binomial de

nomenclature scientifique
•Chaque organisme a deux noms: le genre et l'espèce ;
•Italique ou soulignement ;
•Nom Genre est en majuscule et Nom de l’espèce en minuscule.

 Les rangs de la systématique

NB: Parfois on trouve d’autres subdivisions (Sous-classe, Sous-ordre, Sous-famille, Sous-genre,

Sous-espèce)

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VI-Modes de vie des microorganismes
Il existe trois modes de vie des microorganismes. On distingue:
 Parasites: Ce sont les microorganismes qui vivent aux dépens d’autres êtres vivants.
Ils sont nuisibles et sont responsables de la plupart des maladies des animaux et des
végétaux.
 Saprophytes: Ce sont les microorganismes libres qui vivent sur des matières
organiques en décomposition.
Ils sont bénéfiques car ce sont les agents essentiels des diverses transformations des
substances chimiques dans la biosphère (fermentation alcoolique ou lactique, putréfaction,
minéralisation du carbone, de l’azote, du phosphore, souffre, …).
 Symbiotes: Ce sont les microorganismes qui s’associent aux autres êtres vivants pour
former une symbiose.
Une symbiose est une association à bénéfice réciproque entre deux êtres vivants (Rhizobiums,
Frankia, Champignons Mycorhiziens, …).

Bibliographie
-Tortora G., Funke B., Case C., 2018 : Introduction à la microbiologie, Renouveau pédagogique Eds,
1118 pages, ISBN 13 : 9782761375726.
-Paolozzi L., Liébard J.C., Sansonetti P., 2015. Microbiologie-Biologie des procaryotes et de leurs virus.
Dunod Editions, 512 pages, ISBN : 978-2-10-072081-1.
- Willey J., Sherwood L.M., Woolverton C.J., 2011. Prescott’s Microbiology, 8e Edition, 1070 pages,
ISBN-13: 978-0077700836
-Leyrat et Vierling G., Vierling E., 2007. Microorganismes des aliments chapitre III : In Microbiologie et
toxicologie des aliments : hygiène et sécurité alimentaires ; Doin Editions, pp : 77-78.
- Nicklin J., Graeme-cook K., Paget T. & Killington R., 2000. L’essentiel en Microbiologie, Paris, Berti
édition.
-Leclerc H., Gaillard J .L., Simonet M., 1999. Microbiologie Générale : la bactérie et le monde microbien.
Doin Editions, 535 pages, ISBN : 2-7040-0740-3.
-Woese CR, Fox GE, 1977. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms.
Proc. 265 Natl. Acad. Sci. U.S.A, 74 : 5088–5090

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