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TAXONOMIE BACTERIENNE
I) Introduction
A- But de la taxonomie bactérienne
Elle permet de :

- Distinguer et nommer les bactéries

● Aspect pratique sur plusieurs domaines comme en bactériologie médicale, en agronomie
ou en biotechnologie pour identifier des bactéries responsables de maladies ou qui
pourraient être bénéfiques (pour la digestion par exemple).
Exemple : en agronomie, on peut utiliser contre certains insectes ravageurs de maïs le
traitement BT qui utilise enfaite Bacillus thuringiensis.
● Aspect fondamental pour aborder des thématiques de sciences fondamentales et donc
étudier l’évolution des êtres vivants.
Il y a une conséquence importante parce que les noms des bactéries doivent représenter
les liens de parentés entre ces bactéries.
- C’est une science dynamique car la taxonomie bactérienne évolue avec le temps. On observe
des changements de noms au cours du temps. Les changements de noms et de
nomenclature sont très importants.

La taxonomie a été construite pour mettre en évidence certaines bactéries, les pathogènes. Les
bactéries pathogènes sont les plus étudiées car elles peuvent impacter l’Homme. La taxonomie
permet donc d’avoir un diagnostic. Elle permet également d’étudier les mécanismes évolutifs sur les
bactéries.

Il y a 3 types de mesures pour contrôler les agents pathogènes :

- Des mesures de quarantaine 🡪 besoin d’identification

- Des mesures d’éradication 🡪 besoin d’identification et de détection
- Des procédures de certification 🡪 besoin de détection

Il y a une nécessité de méthodes de diagnostic fiables et sensibles permettant d’identifier

précisément les organismes de quarantaine.

Les enjeux sanitaires et économiques imposent de bien discriminer entre un organisme de

quarantaine et un organisme proche, moins dangereux

⇨ IMPORTANCE DE BIEN CONNAITRE LA TAXONOMIE BACTERIENNE

B- Rappels de bactériologie élémentaire

Une colonie bactérienne est issue à la base d’une seule
cellule bactérienne qui se sont développées par
scissiparité. Toutes les cellules d’une colonie sont des
clones, ils sont tous censé être identiques donc avoir le
même patrimoine génétique.

Dans une espèce on trouve des souches différentes. Elles

auront un aspect similaire mais ne seront pas identique.
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Souche bactérienne : Toutes les cellules provenant d’une colonie en culture pure. Toutes les cellules
d’une même souche sont identiques génétiquement. Ce sont des clones.
NB : il faut relativiser cette définition. La répétition d’étapes de culture d’une même souche sur un temps long
va conduire à l’accumulation de mutations chez certains descendants de la cellule mère initiale, et conduire à la
diversification des génotypes, et éventuellement des phénotypes.

II) Définition de la taxonomie (taxinomie)

Taxonomie : science qui permet de classer les organismes vivants
en groupes d’affinités ou taxons.

Les taxons sont organisés dans un système hiérarchique : Ordre 🡪

sous-ordre 🡪 famille 🡪 genre 🡪 espèce

L’espèce est l’entité de base en taxonomie. La taxonomie va

s’orienter autour de 3 axes :

- La classification sensu stricto : faire des groupes de souches

- La nomenclature
- L’identification

A- La classification
Arrangement de organismes en groupes ou taxons :

La classification est dépendante du critère qu’on utilise pour ranger. Les nombre de critère et le type
de critère est donc important.

On range donc les bactéries selon :

- Leur similitude : cette technique a été faite pendant longtemps. C’était donc basé sur les
ressemblances donc basé sur les critères phénotypiques.
- Leur lien de parentés : cette technique est beaucoup plus utilisée maintenant. On cherche à
reconstruire les liens de parentés entre les individus afin que les groupes aient un lien.

Pour classer les êtres vivants on utilise des caractères :

- Génotypique : comparaison de séquences nucléiques et ribosomiques.

- Phénotypique : coloration de gram, utilisation d’une activité enzymatique… ces techniques
sont plus utilisé pour l’identification que pour la classification maintenant.

La classification à partir de caractères phénotypiques est compliqué à utiliser car ils peuvent être
variable selon l’environnement. Il y a une trop grande importance de caractères accessibles ou
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d’utilité pour l’Homme (taille, couleur…). On parle alors de classification artificielle car la classification
ne représente pas les liens de parentés entre les individus.

Exemple de caractères utilisés dans des classifications artificielles :

- Forme : classification de Cohn (1870) : les bactéries sont regroupées en 6 genres selon leur
forme : Micrococcus (sphérique), Bacterium (bâtonnets courts), Bacillus (long bâtons), Vibrio
(bâtons courbes), Spirochaete (spiralés flexibles), Spirillum (spiralés non-flexibles).
- Pouvoir pathogène : encore en 1923, les bactéries phytopathogènes constituaient un taxon à
part des autres bactéries.

Toutes les descriptions sont regroupées dans le Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (BMSB).
Ce livre est une compilation et une description détaillée de toutes les bactéries décrites et connues à
ce jour.

- Edition de 1984 : classification phénotypique aussi appelée classification artificielle

- Edition de 2001 : classification selon les critères génotypiques

Le manuel regroupe 23 phyla chez les bactéries et concerne aussi le domaine des Archae qui
contienne 2 phyla.

Il existe désormais 3 domaines du vivant, 3 branches :

- Les eucaryotes
- Les procaryotes
- Les Archae

Ainsi, le domaine des procaryotes qui est le domaine des bactéries contient 23 phyla qui contiennent
des ordres, des sous-ordres, etc.

Dans les 23 phyla, on trouve 3 phyla majeurs, il s’agit de :

- Proteobacteria : contiennent la majorité des bactéries à gram – et il y a 5 classes dans ce

phyla : α, β, γ, δ, ε
- Firmicutes : qui contient les gram + à faible GC%
- Actinobacteria : les gram + à GC% élevé

B- La nomenclature
Nomenclature : C’est l’ensemble des règles qui président l’attribution d’un nom à chaque taxon. Les
noms doivent être représentatifs des liens de parenté.

Le système de nomenclature a été créé par des groupes internationaux. C’est un système rigoureux,
précis et universel.

- 1930 : Commission de la nomenclature et de la taxonomie

- 1947 : Code International de Nomenclature Bactérienne

La validation d’une nomenclature se fait par une publication dans 2 journaux : Approuved List of
Bacterial Names International ou Journal of Systematic and Evolutionnary Microbiology (IJSEM)

Il existe des rangs taxonomiques qui sont reconnus par le code de la nomenclature : Domaine 🡪
phylum 🡪 Classe 🡪 ordre 🡪 Famille 🡪 Tribu 🡪 genre 🡪 espèce (qui est l’entité de base de la
nomenclature) 🡪 sous-espèce
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Si on doit chercher à définir un rang taxonomique en premier ce sera toujours l’espèce. L’espèce est
l’entité de base de la taxonomie. Seulement on peut trouver des milliards de souches différentes au
sein d’une même espèce et toutes ces souches n’ont pas forcément les mêmes propriétés.

Division intraspécifiques (sans valeur taxonomique reconnue) :

Nom Synonyme Division basée sur

Biovar Biotype Les propriétés biochimiques et physiologiques spécifiques

(ce sont des critères phénotypiques)

Sérovar Sérotype Propriétés antigéniques

Pathovar Pathotype Pathogénicité sur certains hôtes. Par exemple le pathovar

tomato ce sont les pathogènes de la tomate. Les pathovar
n’ont pas de lien de parenté

Pagovar De type phagique Sensibilité à la lyse par certains phages

Morphovar Morphotype Caractères morphologique

Ces groupes n’ont pas de lien de parenté. Il n’y a aucune valeur taxonomique.

Règles de nomenclature :

C’est un système binomial conçu par Carl Von Linné. Le nom d’espèce est composé de 2 parties de
nom en latin. Le Genre avec une majuscule et le nom d’espèce. Exemple : Escherichia coli

Définition de l’espèce bactérienne :

La définition de l’espèce chez les eucaryotes a été donné par Ernst Mayr en 1942.

L’espèce : ce sont des populations d’individus qui sont interféconds entre et qui ne sont pas capable
de se reproduire avec une autre espèce ou d’avoir au moins une descendance fertile. Dans cette
définition on a une notion de population et une notion d’isolement sexuel.

Cette définition ne fonctionne pas chez les bactéries puisque celles-ci se divise par scissiparité. Chez
les procaryotes la reproduction est asexuée. On va donc reprendre les 2 concepts sous-jacents à la
définition de Mayr :

a) Notion de population
b) Notion d’isolement sexuel

On prend les idées directrices pour transposer la définition de l’espèce bactérienne :

a) Un ensemble de souche ayant en commun de nombreuses propriétés stables

b) Elle se différencie de façon significative des autres groupes de souches

Seulement ces concepts posent un problème car c’est une définition qui n’est pas assez précise pour
parler d’une espèce bactérienne.
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La définition de l’espèce bactérienne ne sera pas basée sur des caractères biologiques comme pour la
définition de Mayr. La définition est basée sur des critères techniques qui peuvent changer au cours
du temps.

⮚ Etape a : Ensemble de souche ayant en commun de nombreuses propriétés stables

La première étape consiste donc à définir une souche bactérienne de référence et qui sera donc
caractéristique de l’espèce. Cette souche est appelée : SOUCHE TYPE.

Souche type : souche bactérienne de référence qui est caractéristique de l’espèce.

Si on perd la souche type, on perd la définition de l’espèce bactérienne. Ainsi, on doit trouver une
autre souche type et donc les limites de cette espèce vont changer. Certaines souches peuvent être
intégrées et d’autres exclues.

Les souches de références sont déposées dans une collection. On parlera alors de souche de
collection ou de souche de référence. L’intérêt de ces souches de référence peut servir lorsqu’on
veut faire du diagnostic.

Voici quelques noms de collection :

- ATCC : American Type Culture Collection

- DSMZ : Deutsche Sammlung von Mikrooorganismen und Zelkulturen
- CIP: Collection de l’Institut Pasteur
- NCIB : National Collection of Industrial Bacteria (Aberdeen, Scotland)
- Etc.

Dépôt des souches de référence :

Les souches déposées sont conservées par cryogénie. Toutes les souches sont estampillées avec un
niveau de sécurité allant de 1 à 3 :

- Niveau 1 : bactéries non pathogènes

- Niveau 2 : bactéries pathogènes avec un risque modéré et pour lesquels on a un traitement
- Niveau 3 : bactéries pathogènes qui comporte un risque de biosécurité important. Elles
peuvent déclencher une pandémie et ne possèdent pas de traitement.

Ainsi l’étape a repose sur le seul caractère invariant de la cellule bactérienne, le génome.

Espèce génomique : Elle est basée sur le pourcentage d’hybridation ADN/ADN mais aussi sur la
différence de stabilité thermique ΔTm. Le ΔTm c’est ce qui est observé entre les températures de
dénaturation mesurées dans une réaction homologue et dans une réaction hétérologue.

Dans une hybridation de mauvaise qualité, donc qui n’est pas parfaite, on a moins besoin de chauffer
pour dissocier les 2 brins d’ADN.

Principe des hybridation ADN/ADN :

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Hybridation ADN/ADN entre une souche connue et une souche inconnue :

On a la souche type A qui est connue et que l’on met à croitre sur un milieu contenant des
marqueurs. Ainsi l’ADN sera radiomarqué. On extrait ensuite l’ADN radiomarqué de la souche A. On
extrait ensuite l’ADN de la souche B qui est inconnue.

On dénature ensuite les 2 ADN pour obtenir des ADN simple brin. Ces 2 ADN simple brin sont
mélangés ensemble et on abaisse la température pour renaturer. Les 2 brins vont donc se renaturer
tous les 2, et on va observer si l’ADN marqué est associé avec de l’ADN non marqué.

Si l’ADN marqué est très présent (sachant qu’il est en plus faible quantité que l’ADN non marqué)
cela signifie qu’on a une complémentarité.

L’ADN renaturé est ensuite soumis à l’endonucléase S1 (elle consomme les ADN simple brin) ce qui
nous permet d’obtenir uniquement les fragments d’ADN double brin. Nous pouvons ensuite mesurer
la radioactivité des nucléotides marqués. Cette mesure est faite par électrophorèse.

La différence de pourcentage de radioactivité entre le départ et la fin permet de déterminer le

pourcentage de similitude/ la complémentarité entre la souche A et la souche B.

A l’heure actuelle, il est plus simple de faire des comparaisons de séquences entre 2 individus que
d’utiliser cette technique. Cependant, elle reste une technique très utilisée dans les laboratoires.

Il y a des témoins à réaliser pour valider l’expérience :

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- La mesure du bruit de fond : avec de l’ADN de hareng (H)

Hybridation A* x H
Peu d’hétéroduplex A*H formé
- Mesure du 100%
L’hybridation A* x A

Y −BF
% d hybridation [ A∗B ] =
'
∗100
X −BF
Il s’agit d’un pourcentage d’hybridation relatif (RBR).

On peut déterminer la qualité des hybridations par mesure du ΔTm. Le Tm c’est la température de
fusion. Il s’agit d’un paramètre déterminant dans la spécificité et la réversibilité de l’hybridation
moléculaire. C’est aussi la température à laquelle la moitié de l’ADN est sous forme simple brin (suivi
de la DO à 260 nm).

⮚ Etape b : qui se différencient de façon significative des autres groupes de souches.

Mise en évidence de caractères phénotypiques discriminants par rapport à d’autres espèces. Cela a
un intérêt pour l’identification bactérienne et donc de construire les clés de détermination.

L’espèce bactérienne : 2 bactéries appartiennent à la même espèce génomique si et seulement si le

pourcentage d’hybridation ADN/ADN entre leurs ADN génomiques est supérieur à 70% et avec un
ΔTm inférieur ou égal à 5°C. Ce sont aussi des caractères phénotypiques qui doivent permettre de les
distinguer des autres espèces. Ainsi, la définition de l’espèce bactérienne est dite polyphasique.

On utilise des caractères phénotypiques pour distinguer les bactéries les unes des autres et les
identifier.
Evolution de la définition à l’ère de la génomique :
Détermination d’une identité nucléotidique moyenne à l’échelle du génome : average nucleotide
Identity (ANI) (Mais la méthode de ref reste l’hybridation ADN-ADN).
Etapes :
1. Découpage de chaque génome en séquences de 1024pb
2. Pour chaque fragment de 1024pb : on réalise un BLAST bidirectionnels pour identifier les
Best Bidirectionnel Hits (BBHs).
Les fragments A1 et B1 sont des BBH si :
- Le meilleur résultat de BLAST du fragment A1 sur le génome de B est le fragment B1
- Le meilleur résultat de BLAST du fragment B1 sur le génome de A est le fragment A1
Pour ces fragments, soit :
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- Soit les best hits ne sont que dans 1 seul sens : identité nucléotidique faible
- Soit il n’existe pas dans le génome d’une des deux souches de région similaire : identité
nucléotidique nulle.
3. On calcule le pourcentage d’identité nucléotidique pour chaque couple BBHs
4. On détermine l’identité nucléotidique moyen sir l’ensemble des fragments de 1024pb du
génome pour obtenir l’ARN (BBH + non-BBH).
Quand ANI supérieure ou égale à 95%, les souches font parties de la même espèce. On peut faire une
corrélation entre les résultats obtenus en ANI et en hybridation ADN-ADN. Sur la partie grisé, zone
entre 94-96% d’ANI. Or, partie grisée, 70/75% d’hybridation ADN/ADN, limite pour dire que les deux
souches appartiennent à la même espèce.

⇨ En fonction de chaque technique, on change le contour de la définition bactérienne

La notion d’espèce bactérienne est beaucoup plus large et moins précise que chez les eucaryotes. Si
on appliquait ça à l'Homme, i serait de la même espèce que le grand singe.
En raison de la corrélation entre ANI et DDH, il a été proposé que : 2 souches bactériennes
appartiennent à la même espèce génomique si on observe une ANI ≥ 95% entre leurs séquences
génomiques. Ce seuil de pourcentage diffère en fonction de la taille des segments que l’on étudie.
/!\ Ce critère d’ANI ne constitue pas la définition officielle d’une espèce génomique. Les hybridations
ADN-ADN (DDH) restent la technique de référence.
Dans la taxonomie, il y a plusieurs tâches. Regrouper les espèces par taxons, nommer les espèces et
ensuite les identifier.
C- Identification
Identification : détermination de l’appartenance d’un isolat à un taxon commun.
Plusieurs approches sont possibles :
- Détermination de caractères phénotypiques avec des protocoles calibrés en labo. Par
exemple 🡪 les galeries API : ce sont des ensembles de test biochimiques, ajout d’inoculum
bactérien dans chaque puit. Chaque puit permet d’identifier un caractère phénotypique et
chaque caractère constitue un caractère discriminant des espèces. On retrouve sur des
plaquettes ces caractères. Cela forme une galerie.
- Approches basées sur l’obtention de profils d’ADN, pour discriminer entre différentes
souches. Système des empreintes génétiques. Chaque profil va être spécifique, soit d’un
individu particulier, soit d’un groupe d’individus.
Utilisation de caractères phénotypiques :

⮚ La morphologie :

Les grands types morphologiques des cellules bactériennes :

- Les coques : cellules bactériennes de forme ronde.
- Les bacilles : cellules bactériennes en forme de bâtonnets (salmonella, streptobacilles)
- Les vibrio
- Les spirilles (taille d’une dizaine de mm)
- Les spirochètes
- Les flagellations
- Les spores
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⮚ Le gram :

La coloration de Gram met en évidence deux grands groupes parmi les eubactéries :
- Bactéries gram+ : (staphylococcus aureus [coque, pathogène opportuniste], Bacillus
megatherium [bacille, non pathogène])
- Bactéries gram- : (E.Coli [bacille, potentiellement pathogène], Neisseiria meningitidis [coque,
pathogène]).
Différences de structure de la paroi entre bactéries Gram+ et
bactéries Gram- :
En fonction de la quantité de peptidoglycane dans la paroi
bactérienne (/!\ différent de la membrane), la structure de la
paroi diffère :
- Gram - : couche fine de peptidoglycane, donc structure de
la paroi plus complexe, bicouche de phospholipides au
niveau de la membrane externe. Les phospholipides
extérieurs sont associés à des polysaccharides, ils forment
des lipopolysaccharides LPS. Ce sont des molécules
fortement reconnues par les systèmes immunitaires des animaux et par les systèmes de
défense des plantes. Ce ne sont pas les mêmes protéines qui composent la membrane
externe et la membrane interne.
- Gram + : couche épaisse de peptidoglycane

⮚ La paroi :

Il existe plusieurs types structurels de paroi :

- Gram +
- Gram –
- Paroi acid-fast (du nom de la colo qui la met en évidence) : retrouvée chez les mycobactéries
(étudié + en santé, bc bcp de mycobactérie pathogène de l'Homme), couche de
peptidoglycane + couche d’arabinogalactane, présence de porine (🡪 propriétés de
perméabilité).

⮚ La flagellation :
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Elle est aussi de différents types, en fonction de leur position sur les cellules. On a une notion de
polarité) :

- Monotriche
- Lophotriche
- Amphitriche
- Péritriche

⮚ Les endospores :

Caractère sporulant : capacité à former une endospore. Les bactéries du genre Bacillus forment des
endospores qui leur permettent de résister à des conditions environnementales défavorables.
On peut aussi utiliser des caractères biochimiques pour mettre en évidence des caractères
phénotypique. On le fait à l’aide de milieux sélectifs ou non sélectifs. Le milieu sélectif peut
permettre de différencier 2 souches.

POUR LE TP
Lorsqu’une bactérie utilise le mannitol utilisé dans le milieu. Elle va relâcher des acides et donc le pH
va changer.
On va donc utiliser des milieux faiblement tamponner. Sur le milieu on va mettre le sucre que l’on
veut tester ainsi qu’un indicateur coloré (par exemple le rouge congo).

⇨ Ce type de test est appelé un milieu différentiel

A pH acide, le rouge congo vire au jaune. Cela permet de différencier les souches qui utilisent le
mannitol par fermentation de celles qui ne l’utilisent pas.
On peut également avoir des milieux qui sont à la fois sélectif et différentiel. Tout va dépendre des
souches que l’on identifie sur ces milieux.
On peut avoir des milieux dits endo agar qui contiennent du lactose et de la fushine. La fushine
inhibe la croissance des bactéries gram+. Donc le milieu est sélectif. Les bactéries utilisant le lactose
par fermentation apparaissent rouges tandis que celles qui ne fermentent pas restent incolore. Le
milieu est donc différentiel.

⮚ Capacité fermentative :

On peut également mettre en évidence la capacité fermentative des bactéries. On introduit un

indicateur coloré qui va changer de couleur en fonction de l’utilisation de tel ou tel sucre.

⮚ Capacité enzymatique :

Certains tests biochimiques mettent en évidence la présence d’une enzyme, l’activité enzymatique
de la bactérie. Soit on va mettre en évidence la disparition du substrat, soit on va mettre en évidence
l’apparition du produit.

Sur l’image du diapo, la gélatine est le substrat. On voit qu’elle disparait parce que le milieu se
liquéfie. On met donc ici en évidence la disparition du substrat.
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⮚ Le type respiratoire :

On peut mettre en évidence le type respiratoire de la bactérie. On va placer les bactéries dans de
tubes et on va observer où elle pousse dans le tube. Selon le lieu où elles poussent on peut
déterminer leur type respiratoire.

On peut même caractériser plus loin le type respiratoire en caractérisant l’accepteur terminal
d’électron. Certaines bactéries sont capables de respirer en l’absence d’oxygène. Elles vont utiliser
d’autres accepteur terminal d’électrons comme Fe3+.

On a donc pu créer des clés de détermination. Elles ont été établies à l’aide de caractères
phénotypique pour aider à l’identification des principaux genres de bactéries. Ici dans l’exemple, la
clé a été établie pour l’identification des principaux genres de bactérie phytopathogènes.

III) Méthode pour la classification du monde bactérien

A- Taxonomie numérique
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Elle a permis de se rapprocher des approches phylogénétiques.

Avant les années 50-60 : on avait un accès très limité aux caractères phénotypique. L’étude du
monde microbien était donc faite sur un nombre de caractères très limité.

Dans les années 50 : il y a eu un grand développement des outils biochimiques en Allemagne. On a eu

une nette amélioration de l’analyse bactérienne.

Il a fallu attendre le développement de l’outil informatique pour permettre l’augmentation du

nombre de caractères.

1957 : Sneath décrit la classification numérique en comparaison les caractères qui possédaient le
même poids. Chaque caractère était aussi important que les autres.

Pour chaque souche bactérienne, il va y avoir la création de matrice bactérienne composée de 1 et

de 0. 1 étant utilisé lorsque la bactérie possède le caractère.

⮚ BUT : Rassembler dans une classe de similitude les individus les plus semblables. La
technique utilisée pour cela c’est la technique de « grappe ». C’est un « cluster analysis ».

On va prendre la souche type et puis on va rapprocher de la souche type toutes les souches qui
ressemblent le plus. Une fois cela réalisé, on prend les souches qui ressemblent un peu moins et ainsi
de suite.

L’évaluation de la ressemblance entre les souches se fait en calculant un indice numérique appelé :
COEFFICIENT DE SIMILITUDE.

Le COEF DE SIMPLE APPARIEMENT : Le pourcentage de ressemblance entre 2 souches est le nombre

de caractères commun au 2 sur le nombre de caractères total.

a+ d
SsM=
a+b +c +d
Si le caractère est absent chez les 2 individus. Soit il était absent même chez les ancêtres soit le
caractère a été perdu au cours de l’évolution. On a donc créé un autre coefficient qui ne prend en
compte que les caractères présents : le COEFFICIENT DE JACCARD.

a
Sj=
a+b+ c+ d
Les coefficients vont de 0 à 100%. On peut parler de pourcentage de ressemblance.

⮚ Représentation des résultats :

● Via des matrices de similitude : seulement une matrice avec des valeurs devient vite
compliquer à lire. On a donc pu mettre des couleurs pour « simplifier » la lecture.
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● Via des dendrogrammes : Les nœuds des dendrogrammes permettent de regrouper les
bactéries en fonction de leur similitude.
La lecture d’un dendrogramme se fait toujours en observant les nœuds.

On peut définir des groupes à l’aide d’un dendrogramme. On fait cela via un seuil de coupure. Le
choix de la valeur du seuil détermine les contours des groupes constitués.

On détermine le seuil de coupure à l’aide de témoins. Ce sont des couches connues dont on sait
qu’elles n’appartiennent pas à la même espèce. Il faut décider d’un seuil de coupure qui permettent
de dispatcher dans des groupes différents les souches appartenant à des espèces différentes. Donc
les témoins seront les souches types des différentes espèces. Il faut donc pouvoir placer les souches
types sur le dendrogramme. La valeur de souche type change d’une étude à l’autre.

Afin de se repérer sur le dendrogramme, on ajoute des souches connues.

B- Taxonomie phylogénétique
En 1983, Kimura définit le concept de l’horloge moléculaire.

Les génomes évoluent par accumulation de mutations aléatoires qui se produisent de façon
périodique et régulière.

Au cours du temps, on a pu observer des différences entre les espèces dues aux mutations. Des
séquences homologues chez différents organismes possèdent le même taux d’accumulation. La
quantification des mutations dans des séquences homologues de taxons actuels permet de réduire
leur lien de parenté.
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Plus les taxons sont proches, plus leurs séquences d’ADN présentent des similitudes. Ces similitudes
permettent la construction d’un arbre « généalogique ». Cet arbre représente les liens de parenté
entre les individus, on parle de phylogénie.

Phylogénie moléculaire : Consiste à établir les relations de parenté entre les organismes à partir de la
comparaison de leur séquences (ADN, ARN, protéines). C’est-à-dire leur génotype.

Arbre phylogénique/phylogénétique : Relation de parentés entre organismes vivants.

/!\ Les arbres établis à partir de ressemblance phénotypiques ne sont pas des arbres
phylogénétiques.

Lorsqu’on fait de la comparaison de gènes homologues, on peut poser plusieurs hypothèses :

1. Ces gènes descendent d’un ancêtre commun (hypothèse difficilement vérifiable)

2. Ces gènes ont conservé une fonction identique au cours du temps (hypothèse testable)

Quelle molécule choisir pour faire un arbre phylogénétique ?

On choisit les ARN ribosomaux (ARNr) :

- Ils sont présents dans toutes les cellules

- Leur structure est bien conservée (leur rôle n’a
pas évolué au cours du temps)
- Ils existent des portions d’ARNr dont la
séquence est identique chez tous les êtres
vivants
- Ils sont abondants dans la cellule et facile à
purifier

Comparaison de la structure des ribosomes chez les Procaryotes et les Eucaryotes

Bactérie (70S) Eucaryotes (80S)

Grande SU 50S 60S

ARN (1 de chaque) 23S (environ 2900 nt) 28S (4700 nt)

5S (120 nt) 5S (120 nt)

5,8 S (160 nt)

Protéines Environ 33 Environ 49

Petite SU 30S 40S

ARN 16S (1542 nt) 18S (1900 nt)

Protéines Environ 21 Environ 33

S : Unité Svedberg = vitesse de sédimentation de molécules biologiques en suspension au cours

d’une centrifugation

Caractéristiques des ARNr des procaryotes :

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Type d’ARNr Nombre approximatif de Localisation dans le ribosome

nucléotides

16S 1542 30s

5S 120 50s

23S 2904 50s

L’ARN 16S :

- Ce sont des molécules universelles : l’arbre phylogénétique est universel

- Elles ont un rôle central inchangé au cours de l’évolution
- Ce sont de grandes molécules avec des zones ayant des vitesses d’évolution différentes

Zone peu variables Zones plus variables

Evolution lente Evolution plus rapide

Fonctionnalité importante 🡪 forte contrainte Fonctionnalité secondaire (boucles)

Comparaison des organismes éloignés qui ont Comparaison des espèces de séparation récente
divergés depuis longtemps au cours de l’évolution

Etablir les relations phylogénétiques entre

espèces

Les gènes codant l’ARNr 16S sont faciles à séquencer, ils possèdent environ 1500 paires de bases. Ce
sont des séquences spécifiques pour toutes les espèces et les extrémités 5’ et 3’ sont conservées
pour toutes les espèces bactériennes.

1. Extraction et purification de l’ADN

2. Amplification du gène codant pour l’ARNr 16S par PCR incorporant 2 amorces universelles
des extrémités 3’ et 5’ du gène
3. Obtention de la séquence par la méthode de Sanger
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1- Obtention de la séquence par lecture des chromatogrammes

2- Alignement des séquences
3- Construction d’un arbre phylogénétique via différents modèles mathématiques sont
possibles

On regroupe les espèces qui se ressemblent par des nœuds. Attention, un même arbre peut être
représenté sous des formes différentes. En effet, le plus important n’est pas la forme prise par l’arbre
mais les informations contenues.

Enracinement de l’arbre : Placer une racine permet de mentionner un ancêtre commun à toutes les
souches utilisées pour construire l’arbre.

Groupe monophylétique : Il contient tous les descendants d’un ancêtre (ex : hominidés, mammifères,
amniotes)

Groupe paraphylétique : Ne contient pas tous les

descendants d’un ancêtre.

Pour enraciner un arbre, on utilise souvent une souche

dont on sait qu’elle n’est pas apparentée avec les souches
à étudier. Elle ne possède pas d’ancêtre commun avec les
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souches à étudier, donc elle doit être portée par une branche distincte de celle portant les autres
souches. Cette souche est appelée : GROUPE EXTERNE.

Arbre phylogénétique des bactéries :

Les archaebactéries constituent le groupe externe de l’arbre. La racine de l’arbre représente l’ancêtre
commun hypothétique des bactéries et archaebactéries.

Positionnement phylogénétique d’une souche :

1) Séquençage de l’ADNr 16S

2) Comparaison aux banques de données (RDP, NCBI) :
Sélection dans les bases de données de séquences d’ADNr 16S de souches de référence :
● Souches types d’espèces

● Autres souches déjà bien caractérisées et dont l’espèce est déjà connue
3) Alignement entre la séquence d’ADNr 16S de la souche à identifier et les séquences des
souches de référence
4) Construction des arbres phylogénétiques

La construction d’un arbre peut permettre de connaitre à quelle espèce appartient une souche
inconnue.

D’autres gènes que l’ADNr 16S (synonyme gène rrs) peuvent être utilisés pour la phylogénie. Ils
peuvent permettre de positionner les souches plus précisément que le gène rrs, au sein d’espèces ou
de sous espèces.

⇨ Ces gènes possèdent une plus grande résolution taxonomique.

Transfert horizontal de gène :

- De nombreux transfert latéraux de gènes ont été mis en évidence (conjugaison, transduction,
…)
T. BOURREAUMICROBIOLOGIEL3 BCMP

- Un arbre phylogénétique construit à partir de séquences transmises par transfert latéral de

gènes ne représente pas les liens de parenté entre les souches bactériennes, mais seulement
entre les séquences d’ADN étudiées.

Le génome peut alors se diviser en deux ensembles :

IV) Conclusion
La taxonomie est un socle pour le diagnostic. Elle doit être représentative des liens de parenté. Les
taxons doivent être monophylétiques.

L’espèce bactérienne : La définition de l’espèce de Mayr n’est pas applicable. La définition de

l’espèce chez les procaryotes dépend des techniques utilisées.

La souche type correspond à une espèce bactérienne définie par rapport à elle. Les souches types
doivent être conservée dans des collections de référence.