Tasdauit lmulud at mâmmer n tizi wezzu (UMMTO)

Faculté des sciences biologiques et des sciences agronomiques

Cours
2ème année SNV

*
Microbiologie générale
*

Dr Amrouche Tahar
 Préface

Ce polycopié est un support didactique destiné aux étudiant(e)s de 2 ème année du

domaine Sciences de la nature et de la vie (SNV). Les notions développées dans ce document
pourraient également être utiles pour les étudiant(e)s de Sciences médicales ou autres
disciplines.

Le contenu de ce polycopié illustre les aspects fondamentaux (caractéristiques

structurales et biochimiques, nutrition et croissance, etc.) des bactéries, des mycètes
(levures et moisissures) et des virus. Les notions développées permettront aux étudiant(e)s
de comprendre la diversité microbienne et les interactions des microorganismes avec
l’environnement.
 Table des matières
Introduction ................................................................................................................................ 1
I. Monde microbien .................................................................................................................... 1
I.1 Histoire de la microbiologie .............................................................................................. 1
I.2. Place des microorganismes dans le monde vivant ........................................................... 2
I.3 Caractéristiques générales de la cellule procaryote ........................................................... 3
II. Cellule bactérienne ................................................................................................................ 5
[Link] d’observation de la cellule bactérienne ........................................................ 5
II.2 Morphologie et structure de la cellule bactérienne .......................................................... 6
II.2.1 Eléments constants .................................................................................................... 8
II.2.2 Eléments inconstants ............................................................................................... 11
III. Classification bactérienne .................................................................................................. 17
III.1. Notion de classification ............................................................................................... 17
III.2 Classification phénotypique ou phénétique .................................................................. 17
III.3. Classification phylogénétique...................................................................................... 18
III.4. Classification de Bergey .............................................................................................. 18
III.5. Autres types de classification ...................................................................................... 18
IV. Nutrition bactérienne .......................................................................................................... 19
IV.1 Besoins élémentaires et énergétiques ........................................................................... 19
IV.2 Conditions physico-chimiques de la croissance ........................................................... 20
IV.2.1 Oxygène ................................................................................................................. 20
IV.2.2 Température ........................................................................................................... 21
IV.2.3 pH .......................................................................................................................... 22
IV.2.4 Pression/Pression osmotique ................................................................................. 22
IV.2.5 Eau libre/sels minéraux/sucres ............................................................................. 22
V. Croissance bactérienne ........................................................................................................ 23
V.1 Mesure de la croissance ................................................................................................. 23
V.1.1 Détermination du nombre de cellules ..................................................................... 24
V.1.2 Mesure de la biomasse ............................................................................................ 25
V.2 Courbe et paramètres de croissance ............................................................................... 25
V.3 Culture bactérienne ........................................................................................................ 27
V.4 Agents antimicrobiens ................................................................................................... 27
V.4.1 Procédés physiques ................................................................................................. 27
V.4.2. Procédés chimiques ................................................................................................ 31
VI. Mycètes et virus ................................................................................................................. 34
VI.1 Mycètes (levure et moisissure) ..................................................................................... 34
VI.1.1. Champignons filamenteux .................................................................................... 34
VI.1.2. Champignons non filamenteux (unicellulaires) .................................................... 37
VI.2 Virus ............................................................................................................................. 38
VI.2.1 Structure et morphologie ....................................................................................... 39
VI.2.2 Classification des phages ...................................................................................... 39
Conclusion ................................................................................................................................ 40
Bibliographie ............................................................................................................................ 40
Introduction
La microbiologie est une discipline de la biologie qui étudie les micro-organismes
(microbes) et leurs relations avec l’environnement. Les microorganismes sont des organismes
vivants de taille microscopique: organismes invisibles à l'œil nu, mais visibles au microscope.

Les microorganismes vivent en milieu aquatique ou terrestre, où ils assurent

principalement la décomposition des substances organiques mortes. Parmi eux, on trouve
ceux qui sont responsables de maladies (nuisibles), ceux qui sont bénéfiques (utiles : cas de la
flore intestinale) et d’autres qui sont inoffensifs (sans danger).

Les microorganismes, découverts bien après les plantes et les animaux, se

caractérisent principalement par leur petite taille, leur très grande diversité (plus de 500 000
espèces) et leur mode de vie. Ils existent dans la nature en groupe ou à l'état de cellule isolée.

La microbiologie étudie les microorganismes sous tous leurs aspects: leurs

caractéristiques et habitats, les relations existant entre eux et avec les animaux et végétaux,
leur importance pour notre santé, l'environnement et l’industrie. Selon les groupes microbiens
étudiés, on distingue la mycologie (champignons), la phycologie (algues), la parasitologie
(parasites), la bactériologie (bactéries), la virologie (virus).

Toutefois, les virus (microorganismes particuliers) possèdent un seul type d'acide

nucléique (ADN ou ARN) et ne peuvent se multiplier qu’à l’intérieur des cellules qu’ils
infectent (cellule animale, végétale ou bactérienne).

I. Monde microbien

I.1 Histoire de la microbiologie

Le monde microbien a été découvert et décrit par le naturaliste hollandais Antonie VAN
LEEUWENHOEK (1632-1723) qui observa pour la première fois (1673) à l’aide du
microscope les bactéries qu’il appela animalcules.

La découverte des microorganismes a mis fin à l’ancienne théorie de génération spontanée

ou l’Abiogenèse stipulant que la vie provient du non vivant. Ainsi, la nouvelle théorie la
Biogenèse énonce que tout organisme vivant ne peut provenir que d'organismes vivants
préexistants. Cette nouvelle théorie a été confirmée par les travaux de Louis Pasteur (1822-
1895) révélant l’activité microbienne.

Parmi les faits ayant marqué l’histoire de la microbiologie, on peut citer :

1857-1964: Louis Pasteur (1822-1895) a mis en évidence l’activité microbienne

responsable de la maladie, de la fermentation et de la putréfaction de la matière organique. Il a
développé les techniques de stérilisation (destruction des micro-organismes).

1878 : Lister a pu isoler des bactéries lactiques par dilution en milieu liquide

1
 1882: Robert Koch (1843-1910) a mis en évidence le bacille responsable de la tuberculose
(Mycobactérium tuberculosis).

1884: Gram a développé une technique de coloration qui est la plus utilisée dans l’étude et
la classification des bactéries en deux grands groupes: les bactéries à Gram positif et à Gram
négatif.

1928: Alexander Fleming (1881-1955) a découvert le premier antibiotique appelé Pénicilline

I.2. Place des microorganismes dans le monde vivant

Les microorganismes se distinguent des autres êtres vivants par leur:

- Organisation cellulaire: Les microorganismes ne présentent pas de

différentiation cellulaire. Chaque cellule est automne, elle est capable de se
nourrir, d’excréter des produits de déchets, de se reproduire; de réagir aux
changements de l'environnement et de subir des mutations
- Potentiel métabolique : les bactéries ont un pouvoir métabolique beaucoup
plus élevé que celui des autres êtres vivants, et ce grâce à un rapport
surface/volume très élevé leur conférant une grande capacité d’absorption
(multiplication rapide).
- Abondance et omniprésence : les microorganismes sont très abondants dans
notre planète, ils se retrouvent partout dans la nature (omniprésents): air, eau,
sol et à la surface des tissus animaux et végétaux.
- Unicellularité : les microorganismes sont généralement unicellulaires (une
seule cellule).
- Taille : elle est très petite (organismes invisibles à l’œil nu). Les procaryotes
(bactéries) sont beaucoup plus petits que les eucaryotes.

Les microorganismes sont rassemblés selon leurs caractéristiques communes dans

plusieurs groupes connus (Tableau 1), il s’agit des algues unicellulaires, des protozoaires, des
mycètes (ou champignons), des bactéries et des virus.

En raison de leurs caractères particuliers, il était difficile de classer les microorganismes

dans le règne animal ou le règne végétal. Ainsi, Haeckel (1866) créa un troisième règne et
divisa le monde vivant en trois règnes : le règne animal, le règne végétal et le règne des
protistes.

Les protistes sont les êtres unicellulaires et les êtres pluricellulaires sans tissus
différenciés, il s’agit des protistes inférieurs (bactéries) dont la cellule est de type procaryote
et des protistes supérieurs (algues, protozoaires, champignons) dont la cellule est de type
eucaryote.

2
 Tableau 1. Caractéristiques principales des groupes microbiens
Caractéristiques Algues Protozoaires Mycètes Bactéries Virus
Organisation Oui Oui Oui Oui Non
cellulaire eucaryote eucaryote eucaryote procaryote

Organisation Unicellulaire Unicellulaire Unicellulaire Unicellulaire Ne

biologique Pluricellulaire Coenocytique s'applique
pas
Paroi Oui Non Oui Oui Ne
(cellulose) (chitine) (peptidoglycane) s'applique
pas
Type Exclusivement Exclusivement Exclusivement Hétérotrophe ou Ne
nutritionnel autotrophe hétérotrophe hétérotrophe autotrophe s'applique
pas
Photosynthèse Oui Non Non Selon le groupe Ne
s'applique
pas
Culture en Oui Oui Oui Oui Non
milieu
synthétique

Mobilité Non Oui Non Oui, selon le Non

groupe

Reproduction Oui Oui Oui Oui Non

autonome
Mode de Asexuée Asexuée Asexuée Asexuée Synthèse
reproduction (le Fission binaire Fission binaire Fission binaire Scissiparité des
plus fréquent) constituants
viraux par
la cellule

Par la suite, les bactéries (ou "Monera") et les champignons ont été séparés du règne des
protistes par Copeland (1938) et Whittaker (1959). Puis, le monde vivant a été divisé par
Whittaker en cinq règnes qui sont: Animalia, Plantae, Fungi, Protista et "Monera".

I.3 Caractéristiques générales de la cellule procaryote

La cellule procaryote (cellule rudimentaire) est dépourvue d’un ‘’vrai’’ noyau, elle est
de petite taille et ne possède pas d’organites (ex. mitochondrie). Par contre, la cellule
eucaryote (cellule ayant évolué) est pourvue d’un ‘’vrai’’ noyau (noyau avec membrane).
Elle est généralement de plus grande taille et possède des organites (éléments ayant des
fonctions spécialisées).

La Figure 1 et le Tableau 2 illustrent les principales différences entre les eucaryotes et

les procaryotes.

3
 Eucaryote Procaryote

Nucléole Appareil
nucléaire Capsule
Paroi
Noyau cellulaire

Ribosomes Membrane
cellulaire
Mitochondrie Flagelle

Figure 1. Représentation schématique de la cellule eucaryote et

de la cellule procaryote

Tableau 2. Quelques différences importantes entre eucaryotes et procaryotes

Eucaryotes Procaryotes
Présence d'un vrai noyau, avec chromatine Chromosome (ADN) sans chromatine, non
(histones) et membrane nucléaire entouré d'une membrane nucléaire.
Cellules généralement grandes (10-100 μm) Cellules généralement petites (1-10 μm)
Division cellulaire par mitose classique Division cellulaire directe par scission binaire
transversale
Présence de réticulum endoplasmique et des Pas de réticulum endoplasmique ni de struc-
structures associées tures associées
Présence de mitochondries et de chloroplastes Pas d'organelles membranaires auto-réplicables
autoréplicables
Endocytose Pas d'endocytose
Ribosomes cytoplasmiques 80S et ribosomes Ribosomes 70S
mito-chondriaux 70S
Gènes souvent discontinus Gènes continus

Les procaryotes, présents à l’origine de la vie, ont donné naissance aux

Archaebactéries et aux Eubactéries:

4
 - Eubactéries (bactéries proprement dites): bactéries habitant dans le sol, les eaux, les
organismes vivants supérieurs.
- Archéobactéries: bactéries anaérobies vivant dans des environnements extrêmes
(organismes extremophiles), comme les températures élevées, les endroits isolés de la
lumière et/ou dans une salinité extrême.

II. Cellule bactérienne

[Link] d’observation de la cellule bactérienne

La cellule bactérienne, dont la taille est de l'ordre du micron, ne peut être observée
qu’à l’aide du microscope photonique ou optique (Figure 2) qui permet le grossissement (G)
suffisant de la taille observée.

Port oculaire
Oculaire
e
Potence
Port objectif
Vise macrométrique
Objectif
et micrométrique

Potentiomètre Platine

Vise de déplacement du chariot

Diaphragme de champ Condenseur avec diaphragme

Collecteur

Figure 2. Description d’un microscope photonique

Dans un microscope photonique la lumière (composée de photons) passe à travers un

condenseur qui concentre le flux lumineux en un rayon de lumière qui traverse l’échantillon.
La lentille de l’objectif permet un premier grandissement (entre x4 et x200) puis la lentille de
l’oculaire apporte un deuxième grossissement (x4) et l’œil reçoit enfin l’image agrandie (G
final= 1er G x 2e G). La qualité de l’image dépend du pouvoir de résolution du microscope
variable selon la qualité des lentilles et de la longueur d’onde de la lumière.

La présence de bactéries est habituellement recherchée à l’aide d’un microscope

optique (G final : 1000 à 1500 fois), soit sans coloration (observation à l’état frais), soit après
coloration simple (coloration au bleu de méthylène).

La coloration différentielle permet de distinguer entre les bactéries grâce ayant des
affinités tinctoriales (aux colorants) différentes. Par exemple, la coloration de Gram permet de
distinguer entre les bactéries à Gram positif et les bactéries à Gram négatif ; la coloration de
Ziel Nelsen permet de différencier entre les bactéries sporogènes (ou sporulées) et les
bactéries asporogènes.

5
 La microscopie électronique utilise les électrons pour observer les cellules, elle permet
de révéler les plus fines structures internes de la cellule, parfois jusqu'aux molécules (G
possible: 1000 à 500 000 fois). Les microscopes électroniques ont un fort pouvoir de
résolution. On ne peut pas observer de cellules vivantes avec un microscope électronique, car
les techniques de préparation des échantillons entraînent la mort des cellules.

Dans la plupart des cas, il est nécessaire de préparer les échantillons avant de pouvoir
les observer. Les cellules microbiennes doivent être fixées puis. La fixation a pour but de tuer
les cellules et de les conserver (réaliser des frottis). Elle est réalisée par la chaleur ou l’alcool
à 98%. La coloration repose sur l’affinité particulière de certains constituants cellulaires pour
une substance colorée déterminée. Par exemple, la coloration des parois bactériennes est
effectuée au cristal violet.

Le marquage consiste en l'utilisation de réactifs fluorescents ou fluorochromes

(comme des colorants), il rend possible l'identification des composants intracellulaires avec
une grande précision et une grande spécificité (ex : anticorps utilisés en immunofluorescence).

II.2 Morphologie et structure de la cellule bactérienne

Les bactéries (en grec baktêria ou «bâton ») sont des cellules de petite taille (1 à 10 μm),
alors que les rickettsiae et les chlamidiae sont des bactéries beaucoup plus petites (sont
confondues avec les virus) qui ne peuvent se diviser qu'à l'intérieur d'une cellule animale.

Les différentes formes observées chez les bactéries sont illustrées dans la Figure 3.

6
 Figure 3. Les différentes formes bactériennes

Les bactéries peuvent avoir des formes:

• arrondies ou sphériques ou coques (ex. Staphylococcus aureus)
• allongées ou cylindriques ou bâtonnets : bâtonnets droits = bacilles (ex. E. coli),
ou bâtonnets incurvés = vibrions (ex. Vibrio cholerae responsable du choléra)
• spiralées : Spirochètes ex. Treponema pallidum responsable de la syphilis.

Certaines bactéries peuvent former des chaînes de coques (Streptococcus) ou de bacilles

(Bacillus spp.) ou rester groupés par deux en formant V ou L (Listeria spp.) ou plusieurs
(Corynebacterium spp.). D’autres bactéries se divisent selon deux plans pour les tétrades
(Aerococcus spp.), ou trois plans pour les amas cubiques (Sarcina spp.) ou irréguliers
(Staphylococcus spp.). Les Actinobacteria se multiplient selon un mode qui se rapproche de
celui des champignons, elles forment des filaments ramifiés ou hyphes (Streptomyces).

La cellule bactérienne contient divers constituants essentiels à sa vie. Une bactérie-type,

Escherichia coli, présente la constitution suivante:

- Poids d'une cellule : 10-12g

- Eau : 70 %
- Poids sec (protéines, lipides, polysaccharides, ARN, ADN…): 3 × 10-13g

7
 La structure de la cellule bactérienne est illustrée dans la Figure 4. Elle présente des
éléments constants (ou obligatoires), rencontrés chez toutes les bactéries, et des éléments
inconstants (ou facultatifs) observés chez certaines bactéries.

Capside

Paroi Membrane cellulaire

ADN
Poil
Nucléide
Cytoplasme
Ribosome
Mésosome
Plasmide Flagelle

Figure 4. Représentation schématique de la structure bactérienne

Certaines structures sont présentes chez toutes les bactéries, ce sont les éléments « constants »
; d’autres sont retrouvées seulement chez certaines bactéries : ce sont les éléments «
inconstants » ou « facultatifs ».

II.2.1 Eléments constants

II.2.1.1 Paroi bactérienne

Les bactéries, à l’exception des mycoplasmes, sont entourées d’une enveloppe cellulaire
externe (épaisse) appelée paroi. Elle est le support de l'action de certains enzymes exogènes
(lysozyme) ou endogènes (autolysines) et de certains antibiotiques (bêtalactamines ou
pénicillines).

La partie commune aux parois de toutes les bactéries est le peptidoglycane ou muréine
illustré dans la Figure 5.

Le peptidoglycane est un polymère complexe formé de 3 éléments différents :

- une épine dorsale ou ossature de base (chaîne polysaccharidique) faite d'une alternance
de molécules de N-acétylglucosamine et d'acide N-acétylmuramique,
- des chaînes latérales peptidiques identiques (4 acides aminés) et attachées à l'acide N-
acétylmuramique;

8
 - un ensemble de «ponts interpeptidiques» identiques. Chez Staphylococcus aureus le
pont interpeptidique est représenté par une chaîne de 5 molécules de glycine (pont
pentaglycine) entre la D-alanine terminale et la L-lysine en position 3.

L'épine dorsale est la même pour toutes les espèces bactériennes tandis que les chaînes
latérales de tétrapeptides et les ponts interpeptidiques varient d'une espèce à l'autre. La plupart
des chaînes latérales comportent la L-alanine en position 1 (attachée à l'acide N-
acétylmuramique), le D-glutamate en position 2, l'acide diaminopimélique, la lysine ou un
autre acide aminé en position 3, et la D-alanine en position 4.

1
2

4 1 : Acide N acétylmuramique
5
2 : N acétylglucosamine
3 : Liaison glucosidique  1-4
4: Tétrapeptide
5: Pont interpeptidique

Figure 5. Représentation schématique de la structure du peptidoglycane

de la paroi bactérienne

La coloration de Gram, réalisée sur un frottis séché et fixé, permet distinguer les
bactéries par leur aptitude à fixer le violet de gentiane (Gram+) ou la fuschine (Gram-). La
différence observée entre les bactéries à Gram+ et les bactéries à Gram- est attribuée à la
différence de composition chimique de la paroi bactérienne.

La paroi permet de bloquer l'extraction du violet de gentiane et de l'iodure par l'alcool

chez les bactéries à Gram+ lors de la coloration de Gram.

A la fin de la coloration, l’observation microscopique permet de voir les bactéries

violettes (Gram+) et des bactéries roses (Gram-).

La comparaison entre la structure de la paroi des bactéries à Gram+ et celle des bactéries à
Gram+ est illustrée dans la Figure 6.

9
 Lipopolysaccharide
Phospholipides

Peptidoglycane

Figure 6. Différence pariétale entre les bactéries à Gram positif et les

bactéries à Gram négatif

- Paroi des bactéries à Gram- : la paroi comprend une ou deux couches de

peptidoglycane (5 à 20 % des constituants de la paroi) et une couche externe composée de
lipides et de lipopolysaccharides ou LPS (membrane externe).

Le lipopolysaccharide constitue l'antigène O (partie polysaccharidique) des bactéries à

Gram-. Un antigène provoque la formation d'anticorps dans l’organisme humain ou animal.
Le LPS, toxique (présence de lipide A), représente l'endotoxine des bactéries à Gram-.

- Paroi des bactéries à Gram+: dépourvue de membrane externe, la paroi est épaisse et
possède de nombreuses couches de peptidoglycane (90 % des constituants de la paroi). Elle
contient aussi des acides téichoïques (glycérol + ribitol) et des acides lipoteichoïques et des
protéines ou couche S.

La paroi a pour rôle de:

- Conférer à la bactérie sa morphologie véritable (squelette externe de la bactérie

représentant 25 à 35 % du poids total de la bactérie).
- Contenir la pression osmotique interne. Sans paroi, la forme sphérique est appelée
protoplaste (bactérie à Gram positif), ou sphéroplaste (bactérie à Gram négatif).

II.2.1.2 Membrane cytoplasmique

La membrane cytoplasmique ou membrane interne est constituée d’une double couche
d’unités de phospholipides (35 %) et de protéines qui lui sont associées (65 %). Certaines de
ces protéines jouent un rôle dans la synthèse du peptidoglycane, elles sont également la cible
d'action des bêta-lactamines (antibiotiques).

Les mésosomes (invaginations de la membrane cytoplasmique) pourraient jouer un rôle

dans le métabolisme énergétique, la réplication du chromosome, la division cellulaire, la
sporulation

Les principales fonctions attribuées à la membrane cytoplasmique sont:

10
 - perméabilité sélective et transport des substances solubles à l'intérieur de la bactérie :

- fonction respiratoire par transport d'électrons et phosphorylation oxydative chez les

espèces bactériennes aérobies (rôle équivalent à celui des mitochondries des eucaryotes) ;

- excrétion d'enzymes hydrolytiques, qui dégradent les polymères en sous-unités

suffisamment petites pour pouvoir traverser la membrane cytoplasmique et être importés dans
la bactérie;

- support d'enzymes et de transporteurs de molécules impliqués dans la biosynthèse de

l'ADN, des polymères de la paroi et des lipides membranaires.

II.2.1.3 Cytoplasme bactérien

Le cytoplasme est un gel colloïdal contenant 80 % d'eau et des substances organiques et
minérales. Des milliers de ribosomes se trouvent dans le cytoplasme bactérien qui est
particulièrement riche en ARN solubles (ARN messager et ARN de transfert) et ARN
ribosomal. Par contre, le cytoplasme bactérien ne contient pas de mitochondries: les enzymes
transporteurs d'électrons sont localisés dans la membrane cytoplasmique.

II.2.1.4 Appareil nucléaire ("chromosome")

Les bactéries sont dépourvues de vrai noyau, elles possèdent un seul et unique
chromosome constitué d'une double hélice d'ADN circulaire et pelotonnée (le nucléoïde). Ce
dernier est le support des caractères héréditaires, de l’information génétique. Il se réplique à
l’identique pour que une cellule fille hérite du même potentiel génétique que la cellule mère.

II.2.1.5 Ribosomes
Les ribosomes des bactéries sont plus petits que les ribosomes des eucaryotes, mais leurs
structures respectives sont similaires. Ribosome 70S = sous-unité 50S + sous-unité 30S. Les
ribosomes sont connus pour leur rôle joué dans la synthèse des protéines.

II.2.2 Eléments inconstants

II.2.2.1 Capsule
La capsule est une couche de polysaccharidique excrétée à la surface de la cellule
bactérienne. Elle protège la cellule bactérienne contre la phagocytose (Exemple: Klebsiella).
Les bactéries sauvages capsulées donnent des colonies lisses (S pour « smooth ») ou
muqueuses, tandis que les bactéries mutantes non capsulées donnent des colonies rugueuses
(R pour « rough »).

II.2.2.2 Glycocalyx
Le glycocalyx est une couche de fibres polysaccharidiques présente à la surface des
bactéries, il favorise l'adhésion de la bactérie aux matériaux étrangers (prothèse...). Par

11
exemple, le glycocalyx produit par Streptococcus mutans est responsable de la formation de la
plaque dentaire (caries).

II.2.2.3 Cils ou flagelles

Les cils, ou flagelles, sont des appendices externes filamenteux (6 à 15 μm de long)
composés de protéines. Les protéines flagellaires (ou flagellines) sont antigéniques (présence
d’antigène H) et différent d'une espèce bactérienne à une autre. Selon la disposition des
flagelles (Figure 7), on distingue la flagellation monotriche (un seul flagelle polaire),
multitriche ou lophotriche (une touffe de flagelles polaires), amphitriche ou bipolaire (une
touffe de flagelles à chacune des deux extrémités), péritriche (flagelles répartis sur toute la
surface de la bactérie).

Flagellation polaire monotriche (Vibrio cholerae)

Flagellation polaire multitriche ou lophotriche (Bartonella bacilliformis)

Flagellation amphitriche ou bipolaire (Spirillum serpens)

Flagellation péritriche (Escherichia coli)

Figure 7. Disposition des flagelles dans la cellule bactérienne

Les cils, ou flagelles, assurent la mobilité (déplacement) de la bactérie (bacille). La

nage est le type de mobilité le plus fréquent qui s'observe soit dans des milieux liquides soit
dans des milieux semi-solides en présence de substances attractives (chimiotactisme) ou
répulsives.

II.2.2.4 Plasmides
Les plasmides sont des éléments génétiques extra-chromosomiques (ADN bicaténaire
circulaire) qui ne sont pas indispensables à la vie de la bactérie dans les conditions habituelles
de croissance. Ils se répliquent indépendamment et plus rapidement que le chromosome
bactérien. Ils sont détectés lorsque les gènes qu'ils transportent confèrent à la bactérie de
nouvelles propriétés. Les plus connus de ces plasmides sont les suivants :

- Facteur sexuel ou facteur F : il assure le transfert de fragments d’ADN bactériens

par conjugaison (appariement de deux bactéries).

12
 - Plasmides de résistance aux antibiotiques (ou facteur R) : ils portent des gènes qui
confèrent aux bactéries la résistance à divers antibiotiques (production d'enzymes qui
inactivent les antibiotiques). Par exemple, les plasmides de résistance des
staphylocoques portent un gène qui code pour la production d'une pénicillinase qui
inactive les pénicillines.
- Autres plasmides : plasmides responsables de la virulence (production de toxines),
du métabolisme de certains composés (lactose, lysine, etc.), et de la dégradation de
substances (toluène, octane, etc.).

II.2.2.4 Pili ou fimbriae

Les pili (de pilus = poil) ou Fimbriae (filament ou fibre) sont des appendices de
surface plus courts et plus fins que les flagelles rencontrés surtout chez les bactéries à Gram
négatif.

- Pili communs : ce sont des structures protéiques filamenteuses disposés

régulièrement à la surface de la bactérie. Ils sont constitués de piline assemblée à l'adhésine.
Les pili permettent la fixation de certaines bactéries (ex. Escherichia coli) sur les muqueuses,
en favorisant leur pathogenicité.

- Ppili sexuels : plus longs mais moins nombreux que les pili communs. Ils jouent un
rôle essentiel dans l'attachement des bactéries entre elles au cours de la conjugaison. Ces pili
sexuels servent également de récepteurs de bactériophages spécifiques.

II.2.2.5 Inclusions
Les inclusions cytoplasmiques représentent les substances de réserve
synthétisées par les bactéries sous forme d’agrégats, parfois de grande taille
(granules). Il s’agit de:
- Polysaccharides: amidon ou glycogène qui se forment en réponse à un excès
de source de carbone alors que la source d’azote ou de soufre ou de phosphore est
limitante. Exemple : Inclusions trouvées chez Bacillus et Micrococcus.
- PHB (Poly-béta-hydroxybutyrate ) réserve de carbone et d’énergie qui
s’accumulent quand les éléments nutritifs autres que la source de carbone deviennent
limitants. Exemple : inclusions trouvées chez Vibrio et les Pseudomonas.
- Polyphosphates inorganiques rencontrés chez la plupart des bactéries ; ce sont
des réserves de phosphate.
- Lipides et esters d’acides gras à longues chaînes qui sont stockés dans des
vacuoles chez les Mycobactéries notamment.

II.2.2.6 Vacuoles gazeuses

Les vacuoles gazeuses permettent à certaines bactéries aquatiques de flotter ou de
stabiliser leur position à une profondeur d'eau déterminée. Elles sont délimitées par une
membrane constituée uniquement de protéines. La composition en gaz est la même que celle
du milieu aqueux environnant.
13
II.2.2.7 Organites photosynthétiques
Les cyanobactéries (cyanophycées ou «algues bleues») réalisent la photosynthèse
grâce aux organites photosynthétiques appelés thylakoïdes. Les cyanobactéries possèdent de
la chlorophylle et d'autres pigments (couleur bleue). Elles réalisent la photosynthèse
oxygénique : transformation de l'énergie lumineuse en énergie chimique (utile pour la cellule)
en fixant CO2 et libérant O2.

II.2.2.8 Spores
Dans des conditions défavorables (absence de nutriments ou d’oxygène, sécheresse),
les clostridies et les bacilles (Bactéries à Gram+) se transforment en endospores ou spores
pour survivre. En effet, une endospore se forme à l'intérieur de chaque bactérie (cytoplasme)
et est libérée lorsque la bactérie s'autolyse. Les exospores (observées chez Methylosinus)
résultent d'un bourgeonnement de l'extrémité des cellules végétatives. Les exospores ont des
propriétés de résistance comparables à celles des endospores.

a. Types de spore

La spore peut être ronde, cylindrique ou ovale. Si son diamètre est supérieur à celui de
la cellule végétative, la spore est dite déformante, dans le cas contraire elle est non
déformante.

Selon la position de la spore à l'intérieur de la cellule, on distingue la spore centrale,

subterminale ou terminale (Figure 8).

Spore ronde Spore cylindrique Spore ovale

Spore centrale Spore subterminale Spore terminale

Spore non déformante Spore déformante

Figure 8. Les différents types de spore bactérienne

b. Caractéristiques de la spore

La spore se caractérise par son cytoplasme de texture homogène, pauvre en ARN, en

enzymes et en eau (quantité d'ADN proche de celle de la cellule végétative). La membrane
14
cytoplasmique est entourée de la paroi sporale et du cortex. Le cortex contient un constituant
rigide spécifique des spores, l'acide dipicolinique (ou dipicholinate de calcium). Sur le cortex
s’appliquent des enveloppes à base protéines: tunique interne (ou intine), tunique externe (ou
exine), éventuellement exosporium (Figure 9).

Exosporium

Tunique externe
Tunique interne

Cortex

Paroi sporale

Cytoplasme sporal
Membrane sporale Appareil nucléaire

Figure 9. Structure de la spore bactérienne

L'endospore diffère de la cellule végétative par sa forme, sa structure, son

équipement enzymatique et par sa résistance particulière (présence d’enveloppes protectrices)
à la chaleur, aux rayons UV, aux désinfectants chimiques et à la dessiccation.

c. Formation de la spore

Le processus de sporulation débute à la fin de la phase de croissance exponentielle et

peut durer de 6 à 8 heures à 37°C pour Bacillus subtilis. Les étapes de la sporulation sont
illustrées dans la Figure 10.

15
Figure 10. Processus de sporulation et de germination bactérienne

Après duplication de l’ADN, les deux génomes formés dans la bactérie se séparent et
la membrane cytoplasmique s'invagine pour former un septum de sporulation (obtention de
deux parties inégales). Le septum de sporulation va envelopper le cytoplasme de la plus petite
partie pour former une préspore. Ensuite, il y a formation de la paroi sporale puis du cortex et
des tuniques. Après maturation, la cellule mère se lyse et libère la spore mature.

La résistance de la spore formée se résume comme suit:

- Thermorésistance: la spore résiste à des températures de 70-80°C/10 mn grâce à son

acide dipicholinique et sa déshydratation. Cette propriété entraîne des problèmes dans
les hôpitaux, les salles de chirurgie et les industries alimentaires (Clostridium tetani
responsable du tétanos ; C. botulinum causant le botulisme).
- Résistance aux agents physiques et chimiques: la spore résiste aux rayons UV, rayons
X, ultrasons, antiseptiques, désinfectants, antibiotiques.
- Résistance à la dessiccation et au vieillissement: ces phénomènes semblent dus à la
faible teneur en eau et au métabolisme ralenti (état de dormance).

d. Germination de la spore

Lorsque la spore est replacée dans des conditions nutritionnelles favorables (eau,
glucose, acides aminés), elle germe pour redonner une bactérie identique à celle qui lui a
donné naissance.

La spore dormante devient une cellule végétative active à travers plusieurs phases :

- Phase d'activation : processus réversible préparant les spores à la germination

16
 - Phase de germination : - Gonflement
- Rupture de la tunique sporale et perte des résistances
- Libération des constituants
- Augmentation de l'activité métabolique
- Phase de croissance : la cellule bactérienne issue de la germination de la spore va se
nourrir, croitre et se multiplier en donnant naissance à une nouvelle population bactérienne
(colonie bactérienne).

III. Classification bactérienne

III.1. Notion de classification

La science de la classification des êtres vivants est appelée la systématique, elle repose
sur la taxonomie (ou taxinomie) qui permet de classer les organismes en taxons (groupes
d'affinité) et la nomenclature (attribution d'un nom à un taxon).
Le monde des procaryotes comprend les Archaea (ou Archaeobacteria) et les Bacteria
(ou Eubacteria) répartis en phylums (ou divisions), classes, sous-classes, ordres, sous-ordres,
familles, sous-familles, tribus, sous-tribus, genres, sous-genres, espèces et sous-espèces.

L’espèce est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les organismes qui
possèdent de nombreux caractères communs. Cependant à l’intérieur d’une même espèce, il
est possible de distinguer des souches et des clones. Un clone est une population descendant
d’une même souche.

Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :

- biochimiques (classification en biotypes ou biovars)

- antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
- pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
- enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)
- de sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
- de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)
- moléculaires: identification de l’ADN, hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN, etc.

Les bactéries peuvent aussi être classées selon la coloration de Gram, la morphologie,
la mobilité, la sporulation, la température de croissance, le mode respiratoire, etc.

III.2 Classification phénotypique ou phénétique

Ce type de classification utilise un faible nombre de caractères (morphologie, présence
d’une spore, etc. Cette classification a l'inconvénient de ne refléter qu'une quantité
d'information réduite.

17
III.3. Classification phylogénétique
La classification des bactéries est maintenant établie de manière phylogénétique
(classification indiquant les degrés de parenté entre les espèces). Elle a pour but de définir les
niveaux de parenté entre les espèces afin de mieux saisir leur évolution. Les méthodes
moléculaires utilisées permettent de connaître les relations entre les bactéries.

III.4. Classification de Bergey

La classification fondée sur "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" a pour but de
refléter la phylogénie des procaryotes, elle est basée sur les séquences des ADNr 16S. Cette
classification est librement disponible sur Internet (Taxonomic Outline of the Prokaryotes,
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Second Edition).

Par exemple, Salmonella enterica sous-espèce enterica sérovar Typhimurium est

classée comme suit (classification du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology"):

Domaine ou empire : "Bacteria"

Phylum ou division : "Proteobacteria"
Classe : Gammaproteobacteria
Ordre : "Enterobacteriales"
Famille : Enterobacteriaceae
Tribu : Salmonelleae
Genre : Salmonella
Espèce : Salmonella enterica
Sous-espèce: Salmonella enterica sous-espèce enterica
Rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce sérovar Typhimurium

III.5. Autres types de classification

- Taxonomie numérique : elle consiste à étudier, pour chaque souche, plus d’une
centaine de caractères (morphologiques, biochimiques, culturaux, etc.) et à attribuer à chacun
des caractères le code 1 (présence du caractère) ou 0 (absence du caractère). Le but est de
rassembler dans une classe de similitude les individus les plus semblables.

- Chimiotaxonomie : étude de constituants cellulaires, comme le peptidoglycane, les

quinones, les lipides polaires etc.

- Taxonomie moléculaire : Détermination du pourcentage (G + C) (G= Guanine, A =

Adénine), hybridations d'acides nucléiques (hybridations ADN-ADN) ou séquençage des
ARNr 16 S.

Les espèces proches apparentées (génétiquement et phénotypiquement) sont classées

dans un genre afin d'appliquer la nomenclature "binomiale" préconisée par Carl von Linné. La
nomenclature est l’ensemble des règles (Code International de Nomenclature des Bactéries)
qui régissent l’attribution d’un nom à chaque taxon distinct. Elle est universelle.

Toutes les nomenclatures sont des mots latins qui sont écrits en italique ou ils sont
soulignés dans un manuscrit.
18
 Le nom d’une espèces est formé d'une combinaison binaire dont le premier terme
(genre) commence par une majuscule et le deuxième (espèce) par une minuscule
(Staphylococcus aureus, Escherichia coli, …). Le nom d’une sous-espèce est formé d'une
combinaison ternaire : cas de Staphylococcus aureus subsp. anaerobius.

IV. Nutrition bactérienne

Une bactérie vivante a besoin de se nourrir pour croître et se reproduire dans son milieu
(augmentation du volume et du nombre de cellules). Les éléments nutritifs dont elle a
besoin sont: substances énergétiques et substances élémentaires ou matériaux constitutifs de la
cellule. Ces éléments nutritifs sont puisés dans la nature (sol, air, eaux, aliments, etc.).

On distingue les bactéries dites Prototrophes qui ont les besoins élémentaires (eau,
source d'énergie, carbone, azote, minéraux...), et des bactéries dites Auxotrophes, qui, en plus
des besoins élémentaires, nécessitent la présence de facteurs de croissance (acides aminés …).

IV.1 Besoins élémentaires et énergétiques

a. Eau : l’eau représente 80 à 90 % du poids cellulaire et joue un rôle fondamental en
solubilisant les nutriments, en assurant leur transport et en assurant les réactions d'hydrolyse.

b. Source d'énergie: il s’agit de la lumière utilisée par les bactéries phototrophes, des
éléments minéraux ou organiques utilisés comme source d'électrons par les bactéries
photolithotrophes ou les bactéries photoorganotrophes.

Les bactéries chimiotrophes puisent leur énergie à partir de composés minéraux ou

organiques. Si le donneur d'électrons est minéral, les bactéries sont chimiolithotrophes et si le
donneur d'électrons est organique, les bactéries sont chimioorganotrophes.

Les différents types nutritionnels ou trophiques sont indiqués dans le Tableau 3.

Tableau 3. Types nutritionnels ou trophiques

Classe du besoin Nature du besoin Type trophique

Source d'énergie Rayonnement lumineux Phototrophe
Oxydation de composés Chimiotrophe
organiques ou inorganiques
Donneur d'électrons Minéral Lithotrophe
Organique Organotrophe
Source de carbone Composé minéral Autotrophe
Composé organique Hétérotrophe
Facteurs de croissance Non nécessaires Prototrophe
Nécessaires Auxotrophe

19
 c. Source de carbone : les bactéries qui utilisent le dioxyde de carbone (CO2) comme
unique source de carbone sont dites autotrophes. Par contre, les bactéries dites hétérotrophes
puisent le carbone assimilable dans le substrat organique à base de sucres, lipides, acides
organiques, etc.

d. Source d'azote : l’azote sert à la synthétise des protéines et des acides nucléiques,
il est apporté par des composés inorganiques (ammoniac, nitrites, nitrates) ou organiques
(groupements amines des composés organiques). L'azote moléculaire est fixé par les bactéries
vivant en symbiose avec des légumineuses ou des champignons ou par des bactéries jouant un
rôle dans la fertilisation des sols.

e. Éléments minéraux: le souffre est apporté sous forme organique (méthionine,

cystéine). Le phosphore, présent dans les acides nucléiques, l'ATP, etc., est incorporé sous
forme de phosphate inorganique. Le sodium, le potassium, le magnésium et le chlore jouent
un rôle dans l'équilibre physico-chimique de la cellule. Les autres éléments (fer, manganèse,
calcium, etc.) sont des oligoéléments nécessaires à des concentrations très faibles.

f. Facteurs de croissance : les bactéries auxotrophes nécessitent un ou plusieurs

facteurs de croissance : bases puriques ou pyrimidiques, acides gras, acides aminés,
vitamines, etc.

Les facteurs de croissance et les métabolites essentiels sont des composés organiques
strictement nécessaires à la nutrition. Un métabolite essentiel peut être synthétisé par une
bactérie alors qu'un facteur de croissance doit être présent dans l'environnement car la bactérie
est incapable de le synthétiser.

Les besoins en facteurs de croissance peuvent parfois être satisfaits par la présence
d'une autre bactérie. Ce mécanisme d'interaction métabolique est qualifié de syntrophie.

IV.2 Conditions physico-chimiques de la croissance

IV.2.1 Oxygène
Selon la réaction des bactéries à l'oxygène, on distingue (Figure 11):

1. Bactéries aérobies strictes

2. Bactéries microaérophiles

3. Bactéries aéro-anaérobies facultatives

4. Bactéries anaérobies strictes

1 2 3 4 [O2 dissous]

Figure 11. Répartition des bactéries selon leur réaction avec l’oxygène

20
 a. Les bactéries aérobies strictes : elles ne se développent qu'en présence d'air. Leur
source principale d'énergie est la respiration. L'oxygène moléculaire, ultime accepteur
d'électron, est réduit en eau (exemple: Pseudomonas).

b. Les bactéries microaérophiles : elles se développent mieux ou exclusivement

lorsque la pression partielle d'oxygène est inférieure à celle de l'air (exemple:
Campylobacter).

c. Les bactéries aéro-anaérobies facultatives : elles se développent avec ou sans air.

L'énergie provient de l'oxydation des substrats et de la voie fermentaire (exemple : les
entérobactéries comme Escherichia, Salmonella).

d. Les bactéries anaérobies strictes : elles ne supportent pas l'oxygène qui est le plus
souvent toxique. La production de radicaux superoxydes que les bactéries anaérobies
(exemple : bactéries intestinales comme les Bacteroides) ne peuvent pas détruire (absence de
catalase par exemple).

IV.2.2 Température
Les principaux types de bactéries classés selon leur tolérance à la température du
milieu sont illustrés dans la Figure 12.

Figure 12. Classification des bactéries selon leur température de croissance

a. Bactéries mésophiles: leur température de croissance est comprise entre 20 et 40

°C, mais elles préfèrent une température proche de celle du corps humain (37°C).

b. Bactéries thermophiles: la température de croissance peut aller de 40°C à 70°C.

Elles se multiplient préférentiellement entre 45 et 55 °C.

c. Bactéries hyperthermophiles : elles peuvent se développer à une température

supérieure à 80°C.

21
 d. Bactéries psychrotrophes: elles ont une température optimale de multiplication
proche de 20°C, mais elles peuvent également se développer des températures proches de 0
°C. Cas des bactéries rencontrées dans les aliments réfrigérés.

e. Bactéries psychrophiles : elles ont une température optimale de croissance voisine

de 10 °C, mais elles peuvent tolérer 0 °C.

NB: Certaines bactéries (isolées des fèces de pingouins) dites ‘’cryophiles’’ peuvent se
développer à des températures négatives proches de - 5 °C.

IV.2.3 pH
Le pH (concentration en ion hydrogène) de l'environnement varie entre 0,5 (sols
acides) et 10,5 (eaux alcalines des lacs). Les bactéries pathogènes ou liées à l'écosystème
humain se développent le plus souvent dans des milieux neutres ou légèrement alcalins (pH
compris entre 4,4 et 9,0).

Selon l’effet du pH, on distingue :

a. Bactéries neutrophiles: elles se développent dans les milieux dont le pH est

compris entre 5,5 et 8,5 avec un optimum voisin de 7 (Exemple: Escherichia coli)

b. Bactéries basophiles ou alcalophiles: elles préfèrent les pH alcalins (Exemple:

Pseudomonas).

c. Bactéries acidophiles: qui se multiplient mieux dans des milieux acides (Exemple:
Lactobacillus).

Remarque : Lors de la croissance bactérienne, le métabolisme engendre des

composés acides ou basiques qui seraient susceptibles de modifier le pH du milieu et la
multiplication bactérienne. Pour éviter ces variations de pH, les milieux de culture sont
tamponnés (ajout de tampon phosphate).

IV.2.4 Pression/Pression osmotique

Les bactéries (excepté les Mycoplasmatales) sont assez tolérantes aux variations des
concentrations ioniques, car elles sont protégées par leur paroi. Par exemple, les
staphylocoques sont des bactéries osmotolérantes.

Les bactéries barophiles se caractérisent par le fait que leur croissance est favorisée par
une incubation dans une atmosphère dont la pression est supérieure à la pression
atmosphérique. Par exemple, Photobacterium barophile.

IV.2.5 Eau libre/sels minéraux/sucres

L'activité de l'eau (Aw), dépendant de la disponibilité de l’eau, est inversement
proportionnelle à la pression osmotique d'un composé. Ainsi, elle est affectée par la présence
plus ou moins importante de sels ou de sucres dissous dans l'eau.

22
 On distingue :

a. Bactéries halophiles : elles nécessitent du sel (NaCl) pour leur croissance. On

distingue des bactéries faiblement halophiles (1-6% de sel) et des bactéries halophiles
extrêmes (15-30% de sel).

b. Bactéries halotolérantes : elles acceptent des concentrations modérées de sels mais

non obligatoires pour leur croissance. Cas du Staphylococcus aureus.

c. Bactéries osmophiles : elles nécessitent des sucres pour leur croissance. Les
bactéries osmotolérantes acceptent des concentrations modérées de sucres mais non
obligatoires pour leur croissance.

d. Bactéries xérophiles : elles peuvent se multiplier en l'absence d'eau dans leur

environnement.

V. Croissance bactérienne
La croissance bactérienne est l'accroissement ordonné de tous les composants de la
bactérie. En effet, les éléments nutritifs puisés dans le milieu de culture sont utilisés par la
bactérie pour réaliser les synthèses nécessaires au cycle cellulaire. Au cours de la croissance,
il se produit, d'une part, un appauvrissement du milieu de culture en nutriments et, d'autre
part, un enrichissement en sous-produits du métabolisme, éventuellement toxiques.

Dans un cycle cellulaire bactérien, on distingue trois étapes qui se succèdent:

- Initiation (B) : synthèse d'ARNm et de protéines nécessaires à l’initiation de la

réplication du chromosome.
- Réplication de l'ADN chromosomique (C) : l’ADN chromosomique se réplique et
les deux copies du chromosome bactérien migrent chacune vers une des deux futures
cellules filles (équipartition).
- Division cellulaire (D) : formation du septum, hydrolyse de la double couche de
peptidoglycane, puis invagination de la membrane externe. Enfin, la division a lieu et
les cellules filles se séparent.

Chez les bactéries à Gram positif, dont la paroi est riche en peptidoglycane, la
séparation complète des bactéries filles dépend de la concentration en autolysines
(enzymes agissant sur le peptidoglycane). Lorsque les quantités d'autolysines sont faibles,
les bactéries filles ne se séparent pas complètement (formation de chaînes de cellules). Par
contre, lorsque les concentrations en autolysines sont fortes les cellules filles se séparent
complètement.

V.1 Mesure de la croissance

La croissance bactérienne est obtenue sur un milieu solide ou liquide. L'étude de la
croissance sur un milieu solide est difficile (agrégation des cellules les unes aux autres). En
milieu liquide, l’étude de la croissance est plus pratique (cellules dispersées), elle permet des
23
prises d'échantillons. La croissance peut alors être évaluée par détermination du nombre de
cellules ou mesure de la biomasse (masse bactérienne).

V.1.1 Détermination du nombre de cellules

Une numération totale des cellules peut être effectuée au microscope en utilisant des
compartiments volumétriques (type hématimètres) ou au moyen de compteurs de particules.
La concentration est exprimée en nombre de cellules/millilitre de milieu. L’inconvénient
majeur de ces deux techniques est qu’elles ne permettent pas de distinguer facilement les
cellules vivantes des cellules mortes.

Pour déterminer le nombre de cellules viables, il faut effectuer la numération des

cellules après culture. Cette technique de référence et d'usage courant et illustrée dans la
Figure 13.
1 mL 1 mL 1 mL

Dilutions décimales (1/10)

1 mL 1 mL 1 mL 1 mL

Ensemencement
(milieu gélosé)

Incubation (température
favorable à la croissance

Dénombrement (Boites ayant

entre 30 et 300 colonies)

Figure 13. Dénombrement des bactéries (viables) par la méthode indirecte

Un volume fixe d'une suspension bactérienne (homogène) et de ses dilutions est étalé
sur un milieu gélosé. Dans ces conditions, seules les cellules viables donnent une colonie.
Après incubation (bonne température), on compte les colonies bactériennes apparues sur ou
dans le milieu de culture (boîtes ayant 30 à 300 colonies). Les résultats sont donnés en unités
formant colonies (UFC).

24
V.1.2 Mesure de la biomasse
La biomasse peut être mesurée par détermination du poids sec, mesure de la densité
optique, mesure des constituants cellulaires, mesure de la consommation d'un substrat, mesure
des produits d'excrétion, mesure des variations physico-chimiques induites par la croissance,
etc. La mesure de la densité optique est la technique la plus simple, la plus rapide et la plus
utilisée. Elle consiste à mesurer la lumière absorbée par une suspension bactérienne à l'aide
d'un spectrophotomètre (longueur d'onde de 650 nm). Mais, cette méthode est incapable de
différencier les cellules vivantes des cellules mortes.

V.2 Courbe et paramètres de croissance

Lors de la croissance bactérienne, les cellules se divisent et leur nombre augmente en
fonction du temps. La croissance bactérienne présente 6 phases illustrées par la courbe de
croissance (Figure 14).

Croissance
1 : Phase de latence
2 : Phase de croissance exponentielle
3 : Phase de ralentissement
4 : Phase stationnaire
5 : Phase de déclin

Croissance cryptique

1 2 3 4 5

Temps

Figure 14. Courbe de croissance dans un automate d'hémoculture

- Phase de latence : C'est le temps nécessaire à la bactérie pour synthétiser les

enzymes adaptées au nouveau substrat (pas de phase de latence si repiquage sur milieu
identique au précédent). Le taux de croissance nul (µ = 0) et la durée de cette phase dépend de
l'âge des bactéries et de la composition du milieu.

- Phase d'accélération : il se traduit par une augmentation de la vitesse de croissance.

- Croissance exponentielle : le taux de croissance atteint un maximum. Cette phase

dure tant que la vitesse de croissance est constante. Le temps de doublement des bactéries est
le plus court. La masse cellulaire est représentée par des cellules viables (mortalité nulle).

- Phase de ralentissement: la vitesse de croissance diminue à cause de l’épuisement

du milieu de culture et l’une accumulation des déchets. Il existe un début d'autolyse des
bactéries.

25
 - Phase maximale stationnaire: le taux de croissance devient nul (µ = 0). Les
bactéries qui se multiplient compensent celles qui meurent.

- Phase de déclin : il y a non seulement épuisement des ressources nutritives, mais

aussi accumulation de métabolites (déchets) toxiques. Il se produit une diminution
d'organismes viables et une lyse cellulaire sous l'action des enzymes protéolytiques
endogènes. Cependant, il persiste une croissance par libération de substances libérées lors de
la lyse (croissance cryptique).

Les paramètres de croissance bactérienne sont le temps de génération et le taux de

croissance.

Au cours de la croissance, une cellule donne naissance à 02 cellules filles qui vont
chacune donner à leur tour 02 autres cellules et ainsi de suite, selon une progression
géométrique : 1 cellule ---> 2 cellules ---> 4 cellules ---> 8 cellules ---> 16 cellules ---> 32
cellules ...

Le temps nécessaire au doublement du nombre de cellules est désigné par le terme :

Temps de génération (ou G). Il dépend de l'espèce, voire même de la souche et des conditions
environnementales. Dans les conditions optimales de culture, G est estimé à 13 mn (Vibrio
parahaemolyticus), 20 mn (Escherichia coli), 100 mn (Lactobacillus acidophilus) et de 1000
mn (Mycobacterium tuberculosis).

Le taux de croissance (népérien) (ou μ) correspond à l’accroissement de la biomasse

obtenu à partir d’un gramme de biomasse, ce par unité de temps. Les taux de croissance les
plus élevés sont les plus intéressants : il faut moins de temps pour obtenir une concentration
cellulaire donnée.

Nombre de cellules : 1 2 4 8 16 32 64 128 …

Nombre de cellules : 20 21 22 23 24 25 26 27 2n
Nombre de générations : 0 1 2 3 4 5 6 7 n

Si X est le nombre de cellules au temps t

Si X0 est le nombre de cellules au temps t0
X = X0 . 2n
Si n est le nombre de générations
Si G est le temps de génération

Le nombre de génération n est égal au rapport t/G

n= t/G et X = X0 . 2 t/G
LnX= LnX0 + (Ln2/G)t
Si LnX= LnX0 + µt, alors µ = Ln2/G

Le taux de croissance (h-1) est déterminé expérimentalement à partir de la courbe Ln X

= f(temps): le taux de croissance est la pente de la partie linéaire (phase exponentielle de
croissance) de cette courbe.

26
V.3 Culture bactérienne
La culture bactérienne peut être réalisée dans un système continu ou discontinu. Dans
le système discontinu (culture en batch), un volume de milieu de culture connu est
ensemencé, le milieu n’est pas renouvelé et la croissance bactérienne est limitée (la phase
exponentielle de croissance est courte).

Lorsque la culture est partiellement alimentée en substrat, le système est dit semi-
continu (Feed batch). Par contre, dans le système continu (Chemostat), le milieu de culture est
continuellement renouvelé. La croissance exponentielle est continue lorsque le milieu de
culture est renouvelé régulièrement et que les métabolites sont éliminés en même temps
(soutirage d’un même volume ajouté). La valeur µ est maximale et constante.

V.4 Agents antimicrobiens

Les agents antimicrobiens sont utilisés afin de contrôler le développement des
microorganismes pathogènes et (ou) des microorganismes responsables de l’altération
(dégradation) des produits alimentaires. Ces agents peuvent être physiques ou agents
chimiques.

Ces derniers lors qu’ils sont appliqués sur les bactéries, ils peuvent avoir des effets
bactériostatiques (inhibition de la multiplication bactérienne) ou des effets bactéricides (mort
des bactéries). Les agents antimicrobiens peuvent aussi avoir d’autres effets, comme les effets
fongistatiques (ou fongicides) ou virucides, etc.

V.4.1 Procédés physiques

Le traitement à la chaleur est très utilisé dans la destruction des microorganismes, il
permet de tuer les bactéries. Le chaud inactive les enzymes, coagule les protéines de structure
et arrête la réplication de l'ADN. Le chauffage est appliqué suivant la thermorésistance de la
bactérie, le nombre de bactéries à détruire, les conditions du milieu (pH), le type d'aliment à
obtenir (pasteurisé ou stérilisé). La thermorésistance d'une bactérie est sa capacité à résister à
un traitement thermique létal, caractérisée par les paramètres suivants: D à une température
donnée (°C) et z.

a- Paramètre D : Pour une bactérie donnée, à une température donnée, dans un

milieu donné, le temps pour diviser la population bactérienne par dix est une
constante, soit Dt = temps de réduction décimale. La valeur de Dt est
déterminée expérimentalement (Figure 15).

27
 1O00 000 6

Log10 de bactéries vivantes

100 000 5

Nombre de bactéries vivantes

10 000 4

1 000 D 3

100 22

10 1

0 10 20 30 40 50 60 70
Temps (minutes)
Figure 15. Représentation graphique du paramètre D chez les bactéries

Le temps nécessaire pour stériliser un milieu dépend du nombre de microorganismes

au départ. Par exemple, un aliment renfermant 106 bactéries doit être chauffé 6xD pour tuer
les béctéries. Si au départ il y a juste 102 bactéries, un temps de chauffage 2xD suffira.
Exemple : Salmonella : Dt (60°C) = 2 min ; Staphylocoque doré : Dt (60°C) = 2 min
b- Paramètre z : c’est l’augmentation de la température (°C) qui divise D par 10. Si la
température augmente, Dt va diminuer. Il faut donc chauffer moins longtemps à haute
température. Le paramètre z permet de déterminer l’augmentation de la température qu’il faut,
sa valeur z est déterminée expérimentalement (Figure 16).

30
Valeur D (minutes)

3
Valeur z
(100-90=10)
0,3

90 100 110
Température (oC)

Figure 16. Détermination graphique du paramètre Z chez les bactéries

En général, z est compris entre 5 et 10°C

- Bactéries pathogènes non sporulées: z = 5°C (4 à 6)
- Bactéries sporulées et lactobacilles: z = 10°C (7 à 20)

28
 Exemple : Clostridium botulinum

Dt121°C = 0,21 min : si on chauffe 1000 spores de C. botulinum à 121° pendant 0.21
min, on divise leur nombre par 10, il ne reste que 100 spores vivantes.

z = 10°C : si au lieu de 121°C on chauffe à 111°C (= 121-z) => D sera 10 fois plus
grand, D = 10x0.21 = 2,1 minutes, ensuite 101°C (= 111-z )=> D sera encore 10 fois plus
grand, D = 10x2.1 = 21 minutes.

Il faut aussi noter que :

- la thermorésistance diminue quand le pH est réduit. Donc, à pH acide, D
diminue;
- les protéines et les lipides "protègent" les bactéries, et augmentent leur
thermorésistance;
- la stérilisation est plus facile en milieu humide, car l’eau favorise le transfert
de chaleur.

V.4.1.1 Pasteurisation

La pasteurisation est un procédé physique qui élimine une partie des microorganismes
présents dans le produit traité. En effet, ce procédé ne détruit que les formes végétatives, mais
pas les spores (formes bactériennes résistantes).

Le liquide est chauffé selon un barème (couple température/temps) donné

(pasteurisation basse : 60°C/10 à 30 mn et pasteurisation haute (UHT : 75 à 90°C/quelques
secondes) puis refroidi brusquement à 4°-10°C.

Ce traitement thermique permet la conservation des produits naturels pendant un

temps limité (quelques jours à une semaine). Cette méthode est surtout utilisée pour la
conservation des produits alimentaires (lait, crème, bière, jus de fruits,...).

La centrifugation au-dessus de 5000 g permet de diminuer la charge microbienne (cas

de la bactofugation utilisée en industrie laitière) ce qui rend beaucoup plus efficace la
pasteurisation.

V.4.1.2 Stérilisation

La stérilisation vise à détruire toute la flore microbienne (bactéries sous forme

végétative et les spores) contenue dans une matière. Elle peut être réalisée par des procédés
physiques ou procédés chimiques

a. Stérilisation par la chaleur

a1. Chaleur sèche

- Chauffage direct : il s’agit d’effectuer trois ou quatre passages lents des

objets (en verre ou en métal) à stériliser dans la flamme bleue du bec Bunsen afin de détruire
à sa surface toute forme microbienne.
29
 - Stérilisation à air chaud : cette technique nécessite un système (stérilisateur)
qui produit de la chaleur sèche, comme le four Pasteur. L’air chaud détruit les micro-
organismes sur les objets (en verre, porcelaine ou métal) par carbonisation de leur matière
organique. Le temps et la température de stérilisation dépendent de la nature, du volume, du
conditionnement du matériel à stériliser. Par exemple, la destruction des spores et germes est
obtenue par quatre combinaisons : 180°C/30 min, 170°C/1h, 160°C/2h, 140°C/4h.

a2. Chaleur humide

- Autoclavage : l’autoclavage (chauffage en surpression en vase clos) est une

stérilisation effectuée par une chaleur humide produite dans un appareil appelé autoclave. En
effet, dans une atmosphère de vapeur d'eau exempte d'air, toutes les bactéries, y compris les
spores, sont tuées en 20 min à 121°C. On distingue la stérilisation basse (115 à 120°C/10 à 30
mn) et la stérilisation haute (UHT : 140 à 145°C/ quelques secondes)

- Ebullition : un chauffage de 30 minutes à 100°C par ébullition ou un maintien

dans la vapeur d'eau bouillante suffit à détruire toutes les formes végétatives. Dans ces
conditions les spores ne sont pas détruites, leur germination est favorisée au cours du
refroidissement. L'efficacité de l'ébullition est améliorée en ajoutant à l'eau des solutions
salines concentrées (point d’ébullition élevé), ou en prolongeant le chauffage. Cette
stérilisation est appliquée aux produits liquides délicats (milieux albumineux, lait, gélatine ...)

- Tyndallisation: c’est un chauffage répétitif (60 à 90 °C) suivi de passages

(incubations) à des températures de 30 à 40°C (10 à 24 h). Au cours du chauffage, seules les
formes végétatives sont inactivées tandis qu’au cours des incubations, les spores
thermorésistantes germent en formant des cellules végétatives qui sont alors inactivées par le
chauffage suivant. Son utilisation est limitée aux substances thermolabiles non filtrables
(émulsion de jaune d'œuf ou vaccins).

b. Stérilisation par filtration

La filtration stérilisante (stérilisation à froid) consiste à faire passer le liquide à

stériliser (liquide thermosensible) à travers une paroi poreuse ou une membrane. Les supports
poreux ( ≤ 0,5 μm) peuvent être organiques (dérivés de la cellulose, polyamide …) ou
minéraux (filtres d’amiantes, d’alumine …). Les bactéries sont ainsi retenues par action
mécanique, elles sont donc séparées (éliminées) du liquide.

c. Stérilisation par radiations

La stérilisation se fait le plus souvent par rayons ultraviolets (UV)et par rayons X et γ.

Les rayons UV sont utilisés pour la stérilisation de l'eau ou des locaux (stérilisation de
l'air ambiant). Les rayons UV sont utilisés aussi en virologie, cultures cellulaires, préparation
et conditionnement des produits pharmaceutiques, ensemencements bactériens, préparation de
milieux. L'irradiation précède et suit la manipulation. Les rayons X ou γ sont utilisés pour la
conservation de certains produits alimentaires
30
V.4.1.3 Action du froid sur les bactéries
Les effets du froid sont plus forts sur les mésophiles et les thermophiles que sur les
psychrophiles ou psychrotrophes. Le froid permet d’augmenter la durée de conservations des
denrées alimentaires (renfermant des microorganismes), il est appliqué par réfrigération ou
congélation :
- Réfrigération : abaissement de la température à près de 4°C agit sur les
microorganismes par: réduction de la vitesse de croissance (augmente le temps de
doublement); diminution de la vitesse de démarrage (augmente la phase de latence), sélection
des bactéries psychrophiles (ex. Peudomonas et Listeria).

- Congélation : La congélation (abaissement de la température à moins de 0 °C.)

permet d’arrêter la croissance bactérienne (eau libre disparaît, lipides membranes solides) et
de tuer certaines bactéries (9 sur 10 bactéries Gram-). Une congélation lente tue plus de
bactérie qu'une congélation très rapide. La mort des bactéries est causée par (a) perturbation
de la perméabilité par solidification des lipides membranaires ; (b) augmentation de la
concentration saline du milieu; (c) action mécanique des cristaux de glace qui écrasent ou
percent les cellules.

V.4.1.4 Pascalisation (traitement par Haute Pression)

La pascalisation permet de détruire les bactéries présentes dans les aliments par
application de fortes pressions, entre 1 et 10 kbar (1 bar = 1 atm = 1 kg/cm2 = 0.1 MPa).

V.4.2. Procédés chimiques

L'emploi d'agents chimiques vise la destruction d'espèces bactériennes déterminées au
sein d'une flore microbienne.

V.4.2.1 Action des agents chimiques

a. Antibiotiques

WAKSMAN (1943) définit les antibiotiques comme: " toutes les substances
chimiques produites par des micro-organismes capables d'inhiber le développement et de
détruire les bactéries et d'autres micro-organismes". Actuellement, certains antibiotiques sont
obtenus par synthèse chimique. Les antibiotiques diffèrent par leur nature chimique, leur
mode d’action, et le spectre d’action (liste des espèces sur lesquelles les antibiotiques sont
actifs: spectre étroit ou large).

Les antibiotiques sont doués d'une toxicité sélective vis-à-vis des bactéries,
contrairement aux désinfectants qui sont également nocifs pour les cellules de l'hôte. Un
antibiotique peut agir sur une cellule bactérienne en intervenant à différents niveaux, comme
les sites de synthèse de la paroi, de la membrane cytoplasmique, des protéines, de l’ADN, etc.
Les cibles de l'action des antibiotiques sur la cellule bactérienne sont illustrées dans la Figure
17.

31
 Figure 17. Cibles de l'action des antibiotiques

Selon leur mode d’action, on distingue des:

- Antibiotiques inhibant la synthèse de la paroi bactérienne (exemple: inhibition de la

synthèse de précurseurs de la paroi par la D-cyclosérine).
- Antibiotiques agissant au niveau de la membrane cytoplasmique (exemple: les
polymyxines s'insèrent parmi les phospholipides et perturbant la perméabilité membranaire).
- Antibiotiques inhibiteurs de la synthèse protéique (exemple: l'acide fusidique empêche
la fixation des amino-acyl-ARNt).
- Antibiotiques inhibiteurs du métabolisme des acides nucléiques (exemple :
ansamycines, inhibiteurs de l'ARN polymérase).
- Antibiotiques agissant par inhibition compétitive (antimétabolites) (exemple:
sulfamides, analogues de vitamines.

L’effet des antibiotiques peut se traduire par une bactériostase (inhibition) ou une
bactéricidie (mort cellulaire). Plus la concentration de l’antibiotique est élevée, plus l’effet
néfaste exercé sur les bactéries est important.

Dans le cas de la bactériostase, le nombre de bactéries viables après un temps

d'incubation et de contact donné avec un antibiotique est inférieur à celui observé en l'absence
d'antibiotique (témoin), alors que ce nombre est quasiment nul dans le cas de la bactéricidie.

Ces deux effets sont quantifiables en termes de CMI (concentration minimale inhibitrice
en mg/l) et de CMB (concentration minimale bactéricide en mg/l). La CMI est la plus faible
concentration d'antibiotique pour laquelle il n'y a pas de croissance visible de la souche
bactérienne étudiée, elle est déterminée à l’aide d’un antibiogramme. La CMB est la plus
faible concentration d'antibiotique pour laquelle l'effet bactéricide souhaité est de 99,99 %.
32
 La connaissance de l’action des antibiotiques permet de comprendre la synergie
(interaction positive entre antibiotiques) et les mécanismes de résistance bactérienne. Une
souche bactérienne est résistante à un antibiotique lorsqu'une modification de son capital
génétique (ex. mutation ou acquisition de plasmides) lui permet de tolérer une concentration
d'antibiotique notablement plus élevée.

b. Antiseptiques

Les antiseptiques sont des substances qui tuent les cellules microbiennes, leur action
est quasi instantanée. Les antiseptiques sont localement utilisés chez les êtres vivants, au
niveau des plaies et des muqueuses. Les principaux antiseptiques sont le chlore et les dérivés
chlorés (ex: eau de javel), l'iode et les dérivés iodés (ex: le lugol), l'eau oxygénée, l'ozone, les
colorants etc.

c. Désinfectants

Les désinfectants détruisent les microorganismes et empêchent les contaminations

humaines et animales, grâce à l’action de vapeurs (ex. formol), liquides (phénols, eau de
Javel), solide (chaux vive). Ce procédé est employé pour tous les milieux extérieurs à
l'homme : eau, air, sol ....

V.4.2.2 Stérilisation au gaz

a. Stérilisation à la vapeur-formaldéhyde

Cette méthode de stérilisation repose sur une double action, celle du gaz formaldéhyde
d'une part (le formaldéhyde possède des propriétés bactéricide, fongicide, virucide et
sporicide), et celle de la vapeur sous pression subatmosphérique, d'autre part à une
température de 80°C, pendant un temps déterminé. La stérilisation au moyen de la vapeur-
formaldéhyde est réservée au matériel thermolabile.

b. Stérilisation à l’oxyde d’éthylène

L'oxyde d'éthylène (C2H4O), gaz incolore à faible odeur éthérée à température et

pression ambiante, tue les bactéries sous forme soit végétative ou sporulée. La charge
microbienne est exposée à l'action du mélange gazeux, à une pression donnée pendant un
temps donné et à une température déterminée.

L’élimination de l'oxyde d'éthylène absorbé par le matériel est obtenue par une
succession de lavages des produits à l’air. Les procédés de stérilisation par l'oxyde d'éthylène
sont réservés aux objets thermosensibles (moins de 60°C).

V.4.2.3 Traitement par immersion

Les microorganismes peuvent être détruits par immersion des objets dans un produit
chimiostérilisant (exemple : solution de glutaraldéhyde), pendant un temps déterminé. Ils sont
ensuite rincés avec de l'eau distillée stérile avant d'être utilisés.

33
VI. Mycètes et virus

VI.1 Mycètes (levure et moisissure)

Les mycètes (eucaryotes) comprenant les champignons unicellulaires (levures) et les
champignons filamenteux (moisissures). Etant incapables d’assurer la photosynthèse (absence
de chlorophylle), ils puisent leur énergie à partir de la décomposition des végétaux et d’autres
sources de carbone externe. Grâce aux travaux du suédois Linné (1753) portant sur la
classification binomiale des champignons, ces microorganismes ont été classés dans un règne
autonome (règne fongique).

VI.1.1. Champignons filamenteux

VI.1.1.1 Caractéristiques morphologiques

Le thalle est l’organisation cellulaire de base qui caractérise les champignons
filamenteux (moisissures). C’est un complexe de filamenteux fins, tubulaires et ramifiés (ou
hyphes) et dont l’ensemble forme le mycélium. La Figure 21 illustre l’organisation des
hyphes, l’intérieur des hyphes est une masse cytoplasmique mobile contenant de nombreux
noyaux (organisation cénocytique), mais de nombreuses espèces contiennent des hyphes à
cloisons transversales.

La paroi des champignons filamenteux est constituée de :

- Polysaccharides : ils sont majoritaires et essentiellement représentés par la chitine,

glucanes. La chitine est un polymère de molécules de N acétyl glucosimane reliées par des
liaisons (1-4) et forment des microfibrilles (rigidité de la paroi). Les glutanes sont des
polymères de glucoses reliés par des liaisons (1-3), et des ramifications b (1-6).
- Glycoprotéines : elles interviennent dans l’adhérence. On y trouve aussi les
enzymes responsables de la synthèse de la chitine (chitine synthase) et des glucanes (glucane
synthase).
- Mannoprotéines : Ils forment une matrice autour de la paroi.

VI.1.1.2. Mode de reproduction des champignons

Les champignons se reproduisent selon deux cycles :

a. Reproduction asexuée : Ce mode de reproduction se fait sans fusion de gamètes.

Cette reproduction s’effectue grâce aux spores émises par le champignon et qui germent et
sur un substrat pour former un nouvel hyphe végétatif (Figure 18).

34
 Figure 18. La reproduction asexuée chez les ascomycètes

b. Reproduction sexuée : Deux mycéliums de signes sexuels opposés (à n

chromosome et à polarité complémentaire : 2 gamètes haploïdes), se rencontrent, la fusion de
leur cytoplasme donne naissance à un nouveau mycélium à 2n chromosomes (zygote
diploïde) qui après division du noyau évoluera pour donner plusieurs ascospores contenues
dans un asque (Figure 19).

Figure 19. La reproduction sexuée chez les ascomycètes

VI.1.1.3. Classification des mycètes

La classification des mycètes est basée sur la composition de la paroi, la structure des
hyphes et des organes reproducteurs. Les principaux groupes sont :

• Les myxomycètes Chitridiomycètes

• Les champignons inférieurs

Oomycètes
35
Ascomycètes

Basidiomycètes
 • Les zygomycètes

• Les champignons supérieurs

- Myxomycètes : Ce sont des champignons sans paroi et à hyphe coenocytique. Leur

mode de reproduction est similaire à celui des autres champignons, mais leur mode de
vie est proche de celui des protozoaires.

- Oomycètes : ils ont une paroi cellulosique et colonisant les milieux aquatiques (leurs
flagelles les rendent mobiles). Le mode de reproduction est sexué ou asexué.

- Chytridiomycètes : leur caractéristique distinctive est que leurs cellules sont

monoflagellées pour une courte période de leur cycle. En plus de la chitine, leur paroi contient
le glycogène.

- Zygomycètes : leur mycélium est sans cloisons ou à cloisons seulement présentes au

niveau des appareils reproducteurs. Les spores asexuées sont formées dans des sporocystes.

- Ascomycètes : C’est le groupe le plus diversifié. Le mycélium est cloisonné et les

spores sexuées sont formées dans des asques, en nombre défini. La reproduction végétative
se fait par conidies exogènes ou par fragmentation du mycélium.

- Basidiomycètes : Plus d’un quart des champignons décrits font partie des
basidiomycetes. Les espèces sont caractérisées par des méiospores formées de façon exogène
à partir des basides.

VI.1.1.4. Modes de vie des champignons

Les mycètes sont ubiquitaires et hétérotrophes, ils vivent en utilisant les substances
organiques provenant du milieu qu’ils colonisent. Il existe trois modes de vie chez les
champignons: saprophyte, symbiotique et parasite.

- Champignons pathogènes : beaucoup de champignons sont pathogènes, ils causent des

maladies voire même la mort. Alors que les champignons parasites obligatoires vivent au
détriment de leur hôte pendant tout le cycle de leur vie, les parasites facultatifs ne le sont que
pour une période de leur cycle.

- Champignons symbiotiques : ces champignons cohabitent avec l’hôte et se rendent

mutuellement bénéfiques. La symbiose Champignon-Plante est fréquente, le champignon
(mycélium) colonise la racine tout en lui apportant les nutriments (azote ou phosphore), alors
que la plante lui fournit des nutriments organiques

- Champignons saprophytes : en se nourrissant de la matière organique morte, les

champignons saprophytes participent au cycle géochimique et au recyclage de la matière
organique.

36
VI.1.1.5. Méthodes de mesure de la croissance fongique
Les principales méthodes de mesure de la croissance fongique sont la croissance apicale,
le poids sec, l'activité métabolique et l'analyse de composants de la biomasse.

- Croissance apicale : elle consiste à mesurer l’extension apicale du mycélium sur une
surface gélosée.

- Poids sec de la biomasse: bien qu’elle soit destructive, cette méthode reste la plus
utilisée. Elle donne une estimation directe de la quantité de biomasse produite

- Activité métabolique: méthode consistant à mesurer les activités métaboliques :

activité respiratoire (CO2 et O2), formation des produits (acide, pigments, etc.),
consommation des substrats ou l'activité enzymatique.

- Analyse de composants de la biomasse : mesure de la croissance fongique par

dosage de : azote, protéines, DNA, glucosamine, ergostérol.

VI.1.2. Champignons non filamenteux (unicellulaires)

Les champignons non filamenteux ou unicellulaires représentent les levures, cellules
rondes ou ovoïdes dont la taille varie de 2 à 50 µm de long et de 1 à 10 µm de large.

La structure de la cellule de levure illustrée dans la Figure 20 montre : une membrane

cytoplasmique (riche en dérivés du cholestérol), un cytosol (contient tous les éléments), un
noyau (ADN), une paroi (structure rigide donnant la forme caractéristique à la cellule,
constituée de 80% de polysaccharides antigéniques (mannane, glucose, chitine) et 20% de
phosphates.

Figure 20. Illustration schématique de la cellule de levure

VI.1.2.1 Reproduction des levures

Le bourgeonnement est le mode de reproduction le plus répandu chez les levures, mais
quelques levures se multiplient par scission binaire (Figure 21).

37
 Figure 21. Les cellules de levure en phase de reproduction

Lorsque les conditions du milieu sont défavorables, les cellules diploïdes ne se

reproduisent pas par bourgeonnement ou par scission. Chaque cellule diploïde donne
naissance à 4 spores (ascospores) qui se multiplient pour donner d’autres spores ou se
transforment en gamètes. La fécondation entre 2 cellules de signes sexuels opposés donne
un zygote, à l'origine de la phase diploïde.

VI.2 Virus
Les virus sont des micro-organismes constitués essentiellement d’un acide nucléique
entouré d’une coque protéique, souvent agent de maladies, bénignes ou graves. La principale
caractéristique d’un virus est liée à son incapacité à se reproduire seul : obligé d’infecter des
cellules, il utilise le matériel de transcription et de traduction de la cellule hôte pour ses
propres besoins. Les virus sont donc des parasites intracellulaires obligatoires.

Les bactériophages ont été découverts par Frederick Twort en 1915 qui avait
remarqué que des colonies de microcoques prenaient parfois un aspect vitreux, dû à une

38
destruction des cellules bactériennes, et que cette caractéristique était transmissible à des
colonies normales par simple contact.

En 1917, Félix d'Herelle fit une observation similaire en découvrant dans les selles de
malades atteints de dysenterie bacillaire un agent infectieux capable de détruire
spécifiquement des cultures de Shigella dysenteriae.

VI.2.1 Structure et morphologie

Les virus sont composés soit d’ARN (acide ribonucléique), soit d’ADN (acide
désoxyribonucléique), d’une capside (coque protectrice à base de protéines seules ou
combinées à des glucides) et parfois entourés d’une membrane plasmique provenant d’une
cellule hôte (phospholipides et protéines). L’acide nucléique est généralement constitué d’une
seule molécule (simple ou double brin) qui peut être segmentée en deux ou trois morceaux.

L’ensemble de ces éléments entrant dans la constitution de la tête et de la queue des

virus est illustré dans la Figure 22.

Capside
Tête ADN
Collier

Tube central creux

Queue Gaine contractile

Fibres caudales

Plaque terminale munie

de crochets
Figure 22. Structure d’un virus à ADN

La caractéristique des virus est leur taille très réduite (de l’ordre de microns : 1 μm
=1/1 000 mm nanomètres) : ils sont observés au microscope électronique, alors que bactéries
sont visibles au microscope optique. Ils ont une forme soit pseudosphérique très simple sans
aucune symétrie ou s petits, soit icosaédrique (polygones à vingt côtés).

VI.2.2 Classification des phages

Les bactériophages sont classés en fonction de la nature de leur acide nucléique et de
leur structure (type de symétrie, présence ou absence d'une enveloppe). On trouve :

- Phages à ADN bicaténaire, non enveloppés

Exemple. Ordre des Caudovirales : bactériophages à symétrie binaire, ils sont les plus
nombreux (plus de 80 % des bactériophages connus).

- Phages à ADN bicaténaire enveloppés

39
 Exemple : Famille des Plasmaviridae : phages polymorphes, ne possédant pas de capside,
constitués uniquement d'une enveloppe et d'une nucléoprotéine.

- Phages à ADN monocaténaire, non enveloppés

Exemple: Famille des Inoviridae: phages filamenteux (ou en bâtonnets) à symétrie

hélicoïdale.

- Phages à ARN bicaténaire

Exemple : Famille des Cystoviridae : phages enveloppés, sphériques, à génome fragmenté.

- Phages à ARN monocaténaire

Exemple : Famille des Leviviridae : phages à ARN monocaténaire de polarité positive, non
enveloppés, sphériques, à symétrie cubique.

Conclusion
Les microorganismes constituent une partie importante du monde vivant, ils se
distinguent des êtres vivants supérieurs (végétaux et animaux) par leurs caractéristiques
particulières (taille petite, organisation cellulaire, croissance rapide …).

Les microorganismes présentent des différences structurales et biochimiques

permettant de distinguer entre les groupes microbiens et de comprendre leur adaptation aux
différentes conditions du milieu de vie. Ces différences peuvent aussi conférer aux
microorganismes des avantages (utilisation dans l’industrie alimentaire) ou des inconvénients
(causent des maladies ou problème de conservation des aliments).

Bibliographie
Microbiologie. Luciano Paolozzi, Jean-Claude Liébart, Pascale Bauda, Josselin Bodilis,
Olivier Dussurget…. Editions Dunod, 2015.

Mini Manuel de Microbiologie (2e édition): Cours et QCM/QROC. Daniel Prieur, Claire
Geslin, Christopher Payan. Editions Dunod, 2015.

Microbiologie (4e édition). Lansing-M Prescott, John Harley ,Donald Klein, Joanne M.
Willey, Linda M. Sherwood, Christopher J. Woolverton. Editions De Boeck Superieur, 2013.

Introduction à la microbiologie (2e édition). Gerard Tortora, Berdell Funke, Christine L.

Case. Editions Erpi, 2012.

Cours de microbiologie générale avec problèmes et exercices corrigés (2e édition).

Alphonse Meyer et José Deiana. Edition Doin, 2004.
40
The biosynthesis and functionality of the cell wall of lactic acid bacteria. Delcour J., Ferain
T., Deghorain M., Palumbo E., & Hols P.. Antonie van Leeuwenhoek, 76, 159-184, 1999.

La bactérie et le monde bactérien. Henri Leclerc, Jean-Louis Gaillard, Michel Simonet.

Editions Doin, 1995.

Mycologie et Pharmacie en France aux XIXe-XXe siècles. Bonnemain Henri. Revue

d’Histoire de la pharmacie, 29, 1381-1388, 1991.

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