Chapitre 01 : Structure des acides nucléiques
Découverts en 1868 par le biologiste suisse Friedrich Mischer dans les noyaux cellulaires,
d'où leur nom (du latin nucleus, noyau), mais également présents dans le cytoplasme, les acides
nucléiques sont des molécules d'origine naturelle qui jouent un rôle fondamental dans la vie et la
reproduction des cellules animales, végétales et microbiennes.
1. Définition
Les acides nucléiques sont des molécules de l'information génétique. On les trouve
essentiellement dans le noyau des cellules. Il existe 2 types d'acides nucléiques fondamentaux :
• Acide désoxyribonucléique (ADN contient du désoxyribose) localisé essentiellement dans
le noyau, les mitochondries et les chloroplastes.
• Acide ribonucléique (ARN contient du ribose) localisé dans le noyau, les ribosomes, le
cytoplasme.
2. Structure
Les acides nucléiques sont de très longues molécules formées par la répétition de sous unités
appelées nucléotides.
Les nucléotides sont les briques élémentaires de la transmission de l'information génétique. Ils
jouent également un rôle fondamental dans le métabolisme sous forme di- et tri-phosphorylée.
Un nucléotide est composé de 3 parties : une base azotée, un sucre et un groupement phosphate.
2.1. Les bases azotées
•Les bases azotées des acides nucléiques appartiennent à deux classes de molécules selon le
noyau aromatique qui en constitue le squelette.
a. Bases pyrimidiques:
Sont au nombre de 3, la cytosine, l'uracile et la thymine.
•Les pyrimidines ont un noyau aromatique hexagonal de 4 carbones et 2 azotes.
•La cytosine est constituée d'un noyau pyrimidine dont le carbone 4 est substitué par une fonction
amine et le carbone 2 par une fonction cétone.
•L'uracile est constituée d'un noyau pyrimidine dont les carbones 2 et 4 portent des fonctions
cétone.
•La thymine est aussi constituée d'un noyau pyrimidine dont les carbones 2 et 4 portent des
fonctions cétone, mais dont le carbone 5 est substitué par un méthyl.
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Figure 1. Les différentes bases pyrimidiques
b. Bases puriques:
sont au nombre de 2:, l'adénine et la guanine.
•Les purines ont un double noyau aromatique comportant à gauche un cycle hexagonal de 4
carbones et 2 azotes et à droite un cycle pentagonal de 3 carbones (dont 2 communs avec le
précédent) et 2 azotes.
•L'adénine est constituée d'un noyau purine dont le carbone 6 est substitué par une fonction
amine. Elle est la seule des bases nucléiques dont la formule ne contient pas d'atome d'oxygène.
•La guanine est constituée d'un noyau purine dont le carbone 2 est substitué par une fonction
amine et le carbone 6 par une fonction cétone.
Figure 2. Les différentes bases puriques
2.2. L'ose: on trouve deux types d'oses
a. Le ribose est un aldopentose (un pentose du type aldose), c'est un ose constitué d'une
chaîne de cinq éléments carbone ainsi que d'une fonction aldéhyde. Il doit son nom à l'institut dans
lequel il a été découvert (le Rockefeller Institute of Biochemistry) à l'époque ("rib"-ose). Il est
propre à l'ARN.
b. Le désoxyribose, composant des acides désoxyribonucléiques (ADN) est dérivé du ribose
par une réduction de la fonction alcool secondaire du carbone n° 2.
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Désoxy signifie que l'ose est dépourvu d'un atome d'oxygène présent sur le carbone 2 du
ribose. Le désoxyribosc confère à cet acide nucléique une plus grande stabilité propre à sa fonction
de conservation de l'information génétique.
Figure 3. Les deux types d'oses des acides nucléiques
2.3. Le groupement phosphaté (acide phosphorique H3PO4):
C'est un tri-acide, deux des trois fonctions acides seront estérifiées dans l'ADN et dans l'ARN.
3. Association des trois composants d'un acide nucléique :
3.1. Liaison ose - base:
Les sucres (ribose ou désoxyribose) se lient aux bases azotées par des liaisons impliquant un
des azotes de la base (azote n° 1 des pyrimidines ou azote n° 9 des purines) et le carbone n°1de l'ose
(carbone réducteur ou fonction semi-acétalique) par l'élimination d'une molécule d'eau (figure 4).
Ce sont des liaisons N-osidiques. Cet assemblage ose + base est appelé "nucléoside".
Dans un nucléoside, on numérote les atomes de la base par des chiffres: 1, 2, 3, etc... et pour
les distinguer, les carbones du sucre sont numérotés 1', 2, 3, 4, 5'.
Figure 4. Liaison ose - base
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3.2. La liaison nucléoside - H3P04:
se fait par une estérification de la fonction alcool primaire (carbone n°5’) du sucre et une des
trois fonctions acides du phosphate (figure 5). Cette liaison se fait par l'élimination d'une molécule
d'eau entre le OH de l'acide et le H d'une fonction alcool en 5 du sucre. L'ester obtenu est un
nucléotide. Un nucléotide est donc formé d'une base azotée, liée par une liaison osidique avec un
sucre, lui-même lié par une liaison ester avec un phosphate.
Figure 5. Liaison acide phosphorique-sucre
3.3. Association des nucléotides dans un acide nucléique:
Dans un acide nucléique, les nucléotides sont assemblés entre eux par des liaisons esters.
Une molécule d'eau est éliminée entre le OH de l'acide phosphorique et le H de la fonction alcool en
3' de l'ose (figure 6). Ainsi, l'acide phosphorique engage deux fonctions acides dans la liaison dites
phosphodiester, une fonction ester servent à former le nucléotide, la deuxième liaison à relier deux
nucléotides entre eux. La troisième fonction acide du H3PO4 reste libre est confère donc des
propriétés acides aux acides nucléiques.
Figure 6. Liaison phosphodiester entre deux nucléotides
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4. Structure et caractéristique de l'ADN:
ADN, ou acide désoxyribonucléique comme il est connu sur son nom formel, est un
composant de chaque cellule vivante sur terre. Il se trouve dans le noyau de la cellule dans la
plupart des types de cellules. Chaque molécule d'ADN est faite de deux polymères ou chaînes qui
sont extrêmement longues. Ces deux chaînes sont capables de s'attacher ensemble par un
raccordement où les atomes d'hydrogènes se relient l'un à l'autre. La façon dont les atomes
d'hydrogènes se combinent est comme une double hélice et donne à la molécule entière sa forme.
4.1. Les constituants de l'ADN:
Trois constituants sont propres à l'ADN et vont le différencier de l'ARN.
- l'ose entrant dans la constitution de l'ADN est du désoxyribose;
- les bases constituants les nucléotides d'ADN sont A, G, C et T;
- la molécule d'ADN est habituellement formée de deux chaînes (brins) de nucléotides.
4.2. Caractéristiques des deux chaînes d'ADN:
a. complémentarité:
En 1950 Erwin Chargaff a découvert que dans une molécule d'ADN donnée, la proportion
d'adénine (A) est égale à celle de la thymine (T). A = T. La relation entre l'adénine et la thymine est
égal à l'unité (A/T = 1). La proportion de guanine (G) est égale à celle de la cytosine (C). G=C.
La relation entre la guanine et la cytosine est égal à l'unité (G/C= 1). La proportion des bases
puriques (A + G) est égale à celle des bases pyrimidiques (T+C). (A+G) = (T+C) = 50%. La
relation entre (A +G) et (T + C) est égal à l'unité (A+G)/(T+C)=1.
Toutefois, le ratio de (A + T) et (G+C) était caractéristique de chaque organisme et peut
prendre par conséquence des valeurs différentes selon l'espèce étudiée.
Ce résultat indique que les acides nucléiques ne sont pas la répétition monotone d'un
tétranucléotide. Il y avait une variabilité dans la composition des bases azotées.
b. Antiparallèles:
Les molécules d'acide désoxyribonucléiques sont formées de deux chaînes dont les
nucléotides sont hybridés deux à deux sur toute la longueur. Elles sont antiparallèles, c'est à dire
que l'extrémité 5' de l'une est du côté de l'extrémité 3' de l'autre. Pour que tous les nucléotides
puissent s'hybrider; il faut que l'ordre dans lequel ils sont liés ensemble soit complémentaire de la
chaîne opposée.
c. Doubles hélices:
Watson et Crick (1953) ont été les premiers chercheurs à proposer une structure pour les
acides nucléiques et leurs travaux de recherche ont été récompensés par le Prix Nobel en 1962,
partagé avec M. H. F. Wilkins. Ils décrivaient pour la première fois dans une étude la structure
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tridimensionnelle de l'ADN, molécule en forme de double hélice renfermant le patrimoine
génétique de toute forme de vie.
Deux chaînes polynucléotidiques sont enroulées en hélice autour d'un axe commun. Ces
chaînes sont en direction opposée. Les squelettes sucre phosphate sont en dehors, et les bases à
l'intérieur. Les bases sont perpendiculaires à l'axe de l'hélice et les bases adjacentes sont séparées
par 3,4 angströms (Å). La structure hélicoïdale se répète tous les 34 Å, soit toutes les10 bases, soit
un tour d'hélice (un pas). Le diamètre de l'hélice est de 20 A. Entre G et C, on a 3 liaisons
hydrogènes, contre 2 seulement entre A et T. Les liaisons hydrogène, relativement fragiles, peuvent
être détruites par chauffage ou par un pH élevé, dans ces conditions les structures secondaires
disparaissent pour l'ADN, le résultat est la séparation complète des deux brins qui le composent : il
y a dénaturation de la molécule.
En raison de la stricte complémentarité des bases, la dénaturation est réversible, les deux
brins peuvent, dans des conditions appropriées de température et de force ionique, rétablir des
liaisons hydrogènes entre leurs bases et reprendre la configuration en double hélice d'origine.
La détermination de cette structure a permis par la suite de comprendre l'ensemble des
mécanismes moléculaires de l'expression génétique : réplication de l'ADN, transcription des ARN,
code génétique, etc.
Figure 7. La molécule d'acide désoxyribonucléique (ADN).
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5. Nomenclature des unités nucléotidiques
Les bases azotées sont conventionnellement désignées par une initiale: l'adénine par A et la,
la guanine par G, etc....
Chaque base peut entrer dans la structure de deux nucléosides, selon que le sucre est un
ribose ou un désoxyribose.
Chaque nucléoside peut être lié à un, deux ou trois phosphates. On les désigne par des sigles
conventionnels: GMP pour guanosine monophosphate, CDP pour cytidine diphosphate, ATP pour
adénosine triphosphate, etc..
On désigne par nucléotides les nucléosides monophosphate: AMP ou acide adénylique,
dTMP ou acide désoxythymidylique, etc...
Les nucléosides polyphosphates sont des diphosphates: ADP ou GDP... ou encore des
triphosphates, les plus riches en énergie: ATP ou GTP, etc...
Les acides nucléiques sont formés par une polycondensation de nucléotides AMP, CMP,
GMP et UMP pour les acides ribonucléiques, dAMP, ICMP, IGMP et dTMP pour les
acidesdésoxyribonucléiques.
Le préfixe désoxy- ou désoxyribo-est ajouté aux nucléosides ou nucléotides qui comportent du
désoxyribose.
Le préfixe ribo-est ajouté aux nucléosides ou nucléotides qui comportent du ribose.
6. Formes de l'ADN
Dans l'espace les deux chaines présentent une configuration hélicoïdale. Elles s'enroulent
autour d'un axe imaginaire pour constituer une double hélice à rotation droite (Ex. Forme A et B) ou
bien a rotation gauche (Ex. Forme Z).Il existe plusieurs structures hélicoïdale de l'ADN jusqu'a
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maintenant présent, six formes ont été décrites (A E et Z), mais la plupart d'entre elles ont été
trouvées dans des conditions expérimentales contrôlées.
6.1. Forme B
• La forme biologique la plus importante de l’ADN;
• 10 paires de bases par tour de spire;
• Le pas de l’hélice 3,4 nm;
• Le diamètre de l’hélice est de 2,4 nm;
• Les bases puriques et pyrimidiques sont à l’intérieur de l’hélice
• Les groupements phosphates et les désoxyriboses sont à l’extérieur;
• Deux types de sillons appelés :
sillon majeur (1,2 nm de large) et sillon mineur (0,6 nm de large).
6.2. Forme Z
• Double hélice à rotation gauche;
• 12 paires de bases par tour d’hélice;
• Le pas d’hélice est 4,6 nm;
• Diamètre de l’hélice est plus petit 1,8 nm;
• Les bases sont enchaînées avec une alternance de conformation;
• Le Z-ADN a été décelé dans des chromosomes de mammifères;
• Fonction précise mal connue, (régulation structurale de l’expression génétique).
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7. Propriétés physico-chimiques de l'ADN
Les liaisons hydrogène et les interactions hydrophobes qui maintiennent la structure en
double hélice sont des forces faibles et des quantités relativement petites d'énergie peuvent séparer
les deux brins, un processus appelé dénaturation.
7.1. Température de fusion
Une solution d'ADN est chauffée, à une certaine température, les liaisons hydrogène qui
assurent la cohésion des 2 brins appariés se rompent. On parle de fusion de l'ADN caractérisée par
la température de fusion (Tm : melting temperature).
La dénaturation et la renaturation des brins d'ADN en solution sont des reconstitutions
critiques pour diverses fonctions biologiques normales (réplication; transcription …etc.).
La température de fusion est influencée par plusieurs facteurs :
- C + G % : la Tm augmente avec l'augmentation du CG (fig.11).
- Les cations (mono ou divalent) :
Le magnésium stabilisation de l’hélice (augmentation de la température de fusion de l’ADN)
Le cuivre déstabilisation de l’ADN (diminution de la température de fusion de l’ADN)
- Les polyamines.
- Les protéines.
- Calcul de la Tm
- Oligonucléotide inférieur à 20 nt :
(A+T) X 2 + (G+C) X 4 = Tm en °C
- Oligonucléotide Supérieur à 20 nt :
(A+T) X 2 + (G+C) X 4 X (1+ (N-20)/20 ) = Tm en °C
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7.2. Absorption de la lumière ultraviolette
La propriété d'absorption des purines et pyrimidines dans l'UV à 260nm, et les protéines à
280nm permet de doser les acides nucléiques (C: concentration), et aussi bien d'estimer la
contamination par les protéines lors de la purification des acides nucléiques.
C = A260*DF*100 (unité: μg/μl A: Absorbance, DF: facteur de dilution)
P (pureté) = A260 /A280 (Une solution d'ADN est considérée pure si 1.7 ≤ P ≤ 2)
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