Cours de Microbiologie -Parasitologie
Année Universitaire 2023-2024
Microbiologie ?
• du grec : mikros= petit ; bios = vie; logos = science
• C’est la science des formes de vies microscopiques (Microorganismes)
Microorganismes?
Les microorganismes constituent un groupe très
diversifié, ils existent à l'état de cellule isolée ou
en groupe. Ils sont de petite taille.
Algues unicellulaires
Bactéries Virus Champignons Protozoaire
Caractéristiques des Microorganismes
Organismes unicellulaires ou pluricellulaires
Ubiquitaire
Invisible à l'œil nu
Les branches de la Microbiologie
La virologie est la science qui
étudie les virus, leurs propriétés et
leur action sur l’homme et sur
l’animal;
Virus
La mycologie est la science qui
étudie les champignons, leurs
propriétés et leur action sur l’homme
et sur l’animal; Champignons
Bactéries
La parasitologie est la science qui
étudie les parasites (y compris les
protozoaires), leurs propriétés et leur
action sur l’homme et sur l’animal;
La phycologie est la science qui
étudie les algues. Algues Protozoaire
La bactériologie est la science qui
étudie les bactéries, leurs propriétés
et leur action sur l’homme et sur
l’animal;
Classification des microorganisme
1) En fonction du nombre de cellules
2) En fonction de la nature du noyau
3) En fonction de leur effet
1) En fonction du nombre de cellules
Microorganismes
Unicellulaires Pluricellulaires
(moisissures)
(Bactéries)
Acellulaires
(Virus)
2) En fonction de la nature du noyau
Microorganismes
Procaryotes Eucaryotes
« pro » = primitif, avant « karyote » = noyau « eu » = vrai, « karyote » = noyau
Ces organismes possèdent un vrai
Ces organismes n’ont pas de noyau, c’est-à-dire que leur matériel
véritable noyau, leur matériel génétique est organisé au sein d’un
génétique est organisé sous la forme organite intracellulaire délimité par
d’un nucléoïde. Ils se divisent par deux membranes. Ils se divisent par
fission binaire. mitose et souvent aussi par méïose.
Ex: Protozoaires ,Levures, Moisissures,
Ex: Bactéries Micro-algues
3) En fonction de leur effet
Microorganisme Bénéfiques
Des micro organismes qui vont par leur présence entraîner un certain
nombre d’effets bénéfiques sur la santé
Probiotiques
Domaine cosmétique
Domaine médical
Domaine industriel
Domaine de l'environnement
Microorganisme Néfastes
Zoopathologie Phytopathologie
Place des microorganismes dans le
monde vivant.
Avant la découverte des microorganismes, les organismes vivants
étaient classés en deux règnes
Règne Animal Règne végétal
* Organismes multicellulaires *Organismes multicellulaires
* Pas de paroi cellulaire. * ayant une paroi
* Capables de se déplacer * Incapables de se déplacer
* Toutes les espèces se
reproduisent sexuellement.
Après la découverte des microorganismes, les scientifiques ont
essayé de les classer parmi les deux règnes préxistants.
Ceux ayant des caractères proches Ceux ayant des caractères proches
des végétaux (photosynthétiques, des animaux (non photosynthétiques,
immobiles…) ont été classés dans mobiles….) ont été classés dans
Règne végétal Règne Animal
Certains microorganismes qui ne ressemblaient ni aux
animaux, ni aux végétaux
Exemple:
les champignons, ils produisent des spores
(comparables aux graines des plantes), mais celles-
ci, une fois germées, deviennent des sortes
d’amibes capables de se déplacer et de se nourrir.
Nécessité de créer un nouveau système de
classification comprenant les
microorganismes
Classification contemporaine
Le monde du vivant peut être classé en:
Règne animal,
Règne végétal
Règne des Protistes.
Les protistes: englobent tous les microorganismes:
les algues,
Les protozoaires,
les champignons,
les bactéries.
L’invention du microscope électronique a permis l’observation de l’ultra-structure des
protistes.
Cette observation a montré l’existence de certaines différences au sein de ce règne, ce
qui a engendré l’appellation suivante :
Règne des protistes
Protistes inférieurs Protistes supérieurs
= =
Bactéries Algues + champignons + protozoaires
Absence de membrane autour Possèdent un véritable noyau
du matériel nucléaire bien délimité par une membrane
Procaryotes Eucaryotes
Les caractères différentiels entre la cellule eucaryote et la cellule procaryote.
Structure cellulaire Eucaryote Procaryote
Taille 5 - 100 µm 0,3 - 2,5 µm
Organisation Uni ou Pluricellulaires Unicellulaires
Métabolisme Aérobie Aérobie ou anaérobie
Noyau avec membrane présence absence
Matériel génétique - Matériel génétique dans le - Nucléoïde
noyau et certains organites.
- Matériel génétique dans le
cytoplasme.
Division Mitose et méiose Fission binaire (scissiparité)
Ribosome 80 S : 60 S + 40 S 70 S : 50 S + 30 S
Compartiments intracellulaires Presence Absence
(les organites)
En cellulose chez les plantes En peptidoglycane
Paroi En chitine chez les champignons
Absente chez animaux et
protozoaires;
Historique
Historique
Antony van Leeuwenhoek : était le premier qui a observé les
microorganismes sous microscope
Grossissement (x50 à 300) en 1676 ("animalcules")
Microscope de
Leeuwenhoek
Suite à ces observations se posa la question suivante :
D’où proviennent ces microorganismes ?
Apparition de 2 théories contradictoires
Théorie 1 Théorie 2
Génération Biogenèse
spontanée
Génération spontanée = Idée selon laquelle la vie
peut émerger du non-vivant ou de la décomposition de
tissus animaux et végétaux
Biogenèse = Tout organisme vivant provient d’un
organisme vivant préexistant
Au début du 19ième siècle
Plusieurs chercheurs, en se basant sur des expériences, apportent des
preuves en faveur de la biogenèse
Expérience de Redi sur la viande en décomposition
Viande protégée Viande protégée
avec une gaze
Viande à l’aire libre
Œufs
Viande contaminée par les asticots Viande non contaminée Viande non contaminée
Conclusion :
l'apparition des asticots n’est pas due à la viande en décomposition
mais à la présence de mouches (Expérience en faveur de la biogénèse)
Expérience de Lazzaro Spallanzani
Croissance
Pas de croissance
Bouillon
Croissance
Conclusion :
les microorganismes proviennent de l'air et ils sont tués par
une ébullition (Expérience en faveur de la biogénèse) .
La fermeture des flacons empêche l’entrée de l’oxygène, nécessaire à la vie !
Expérience de Louis Pasteur
flacon à bec de cygne
1) 3)
1) Flacon à bec intact ouvert après ébullition : pas de
croissance
2)
2) Flacon à bec cassé et ouvert après ébullition : croissance
3) Inclinaison de la solution nutritive après ébullition dans la
partie creuse du bec : Croissance
Conclusion :
l’apparition de vie dans une solution non vivante provient de la contamination
par des micro-organismes (vivants) présents dans l’air (la biogénèse).
Conclusion générale :
la biogenèse devient la théorie
acceptée.
Taxonomie et nomenclature des microorganismes
Taxonomie (classification ) = science de classification des organismes
dans des groupes appelés Taxons.
La taxonomie est essentielle pour l'identification et
la nomenclature des souches bactériennes
Identification : donner une identité à un microorganisme inconnu en le
comparant aux microorganismes connus
Nomenclature : C’est l'ensemble des règles qui président à l'attribution
d'un nom à chaque taxon .
Le système de nomenclature des organismes utilisé aujourd’hui a
été mis au point en 1735 par Carl von Linné.
Les noms scientifiques sont en latin parce que, à l’époque de
Linné, c’était la langue employée par les savants
Suivant la nomenclature scientifique, l’appellation de chaque
organisme est formée de deux mots : c’est ce qu’on appelle la
Nomenclature binomiale de Linné
Nomenclature binomiale
Le nom de chaque microorganismes est formé par deux fragments :
le second = épithète spécifique =
Le premier = le nom du genre,
nom descriptif,
sa première lettre en minuscule
sa première lettre en Majuscule
Les deux termes forment le nom scientifique de l’espèce
Il doivent être écrit en Italique ou soulignés
On a l’habitude, après avoir mentionné un nom scientifique une fois, de
™
l’abréger en écrivant la lettre initiale du genre suivie de l’épithète spécifique
(exemple : Escherichia coli devient E. coli ).
™
Les noms scientifiques peuvent, entre autres choses,
Décrire l’organisme,
Rendre hommage à un chercheur ou
Nommer l’habitat d’une espèce.
Exemple : Escherichia coli
* Son nom de genre, Escherichia, a été donné en l’honneur du scientifique Theodor
Escherich,
* Son épithète spécifique, coli, nous rappelle qu’E. coli habite le côlon, ou gros
intestin.
I- La bactériologie
Morphologie générale
a) Définition d'une bactérie :
Une bactérie : est un être unicellulaire de petite taille (microorganisme)
de morphologie différente qui présente des caractéristiques
propres (Procaryote)
Schéma de la structure bactérienne
b) Dimensions
- l’unité de mesure en microbiologie = le micromètre (µm)
- Les dimensions des bactéries sont variables
Longueur
- Diamètre habituel ≈ 0,5 à 1 µm
Diamètre
- Longueur ≈ 2 à 5 µm
Certaines bactéries sont très longues : Les plus petites bactéries =
(longueur = 100 µm, diamètre = 1 à 2 mycoplasmes (0,1 à 0,3 µm)
µm)
c) Forme des bactéries
La forme des bactéries est un critère permettant de les classer.
Les bactéries présentent des formes variables :
Forme sphérique, arrondie = Coques ou Cocci
Forme allongée ou cylindrique = Bacilles
Forme spiralée, hélicoïdale = Spirilles
Forme incurvée (en virgule) = Vibrions
Forme ovale (intermédiaire entre coque et bacille) = Coccobacille
c) Groupement
-Certaines espèces bactériennes présentent des modes de groupement cellulaires
caractéristiques de l’espèce.
Diplocoques, cocci regroupés deux à
deux
Streptocoques, cocci en chaînettes,
division selon un même plan;
Les coques
Tétrades division selon deux plans
régulièrement
Sarcines division selon trois plans
régulièrement
Staphylocoques, cocci en amas, division
selon plusieurs plans, irrégulièrement
c) Groupement
Bâtonnet regroupés
deux à deux : Diplobacilles
En chaîne : Streptobacilles
Les bacilles
En palissade
En amas
Remarque :
Ces groupements peuvent varier selon les circonstances
Sur un frottis de Streptocoques, on peut trouver des amas de deux,
quatre, huit, des grappes et la forme en chaîne caractéristique
Techniques d’observation de la cellule bactérienne
I- La microscopie photonique (utilisation du rayonnement lumineux)
1) L’état frais
Observation des bactéries entre lame et lamelle
2) Le frottis
séchés, fixés et colorés.
2) Le frottis
Les frottis sont observés à l’immersion avec une
goutte d’huile spéciale entre l’objectif et la
préparation, cela permet d’obtenir une image plus
nette .
II- la microscopie électronique:
Pour observer des structures de l’ordre de 5 nm à 10 nm
Cette approche nécessite la fixation de l’échantillon.
Il existe deux types de microscopes électroniques :
Microscope électronique à transmission (MET) Microscope électronique à balayage (MEB)
Peut donner des détails sur le contenu des Permet d’obtenir des images 3D de la cellule
cellules. bactérienne.
Ultrastructure de la cellule bactérienne
Il existe deux types de structures bactérienne:
Structures extérieurs à la paroi cellulaire (flagelles, pili,
capsule…)
Structures à l’intérieur de la paroi (membrane cytoplasmique,
cytoplasme et structures intracytoplasmiques… )
Les bactéries sont formées par des éléments:
-Obligatoires (présents chez toutes les bactéries)
- Facultatifs (présents uniquement chez quelques espèces).
Eléments
obligatoires
Eléments
Pili facultatifs
I) Eléments obligatoires
a) La membrane cytoplasmique
Ressemble à celle des cellules eucaryotes (bicouche lipidique)
Absence de cholestérol = différence avec la cellule eucaryote
Identique pour toutes les bactéries
Située sous la paroi, interface entre cytoplasme et structures externes
Composition
- Lipides (30 à 40 %)
- Protéines (60 à 70 %)
- Glucides (constituants mineurs)
Lipides = phospholipides
Tête Queue
Proteines
Protéines intrinsèques ou internes, traversent la bicouche
membranaire.
Protéines extrinsèques ou périphériques, apparaissent sur
l’une des deux faces de la bicouche membranaire.
Protéines intrinsèques
Protéines extrinsèques
Fonctions de la membrane plasmique
Transport de substances :
On distingue 2 grands types de transport :
Le transport passif : il se fait dans le sens du gradient de concentration
et ne nécessite pas d’énergie.
Le transport actif : il se fait en sens inverse du gradient de concentration
des molécules, ce qui nécessite l’utilisation d’énergie.
Site de fixation des flagelles
Respiration (fabrication d’énergie)
Détection des signaux et de composés présents dans le milieu environnant
grâce à la présence de protéines transmembranaires du chimiotactisme
b) Cytoplasme et structures intracytoplasmiques
Délimité par la membrane cytoplasmique
Son pH est compris entre 7 et 7,2
Lieu de la plupart des réactions métaboliques
Le cytoplasme contient
- Ribosomes
-Matériel génétique (ARN,
plasmide et chromosome)
- Substances de réserves
- Vacuoles à gaz
Chromosome
Support de l'information génétique
(héréditaire)
Fragment unique d’ADN, bicaténaire,
circulaire, surenroulé.
Pas de membrane nucléaire (noyau)
1000 fois plus long que la bactérie
Le matériel génétique est composé de:
60 % d'ADN (le chromosome)
30 % ARN (rôle de structuration)
10 % de protéines (ADN et ARN polymérases, topo isomérases)
Composition chimique et structure
Brin d'ADN = succession de nucléotides
Nucléotides = base azotée + sucre + phosphate
Les bases azotées:
la guanine (G), l'adénine (A) = bases puriques
la tymine (T), la cytosine (C) = bases pyrimidiques
A=T et C≡G
Ribosomes
De 5000 à 50000 ribosomes (70S)
Ils interviennent dans la synthèse des protéines
Peuvent être divisés en deux sous unités : la petite sous unité
30S et la grande sous unité 50S
1) Initiation
2) Elongation
3) Terminaison
c) La Paroi bactérienne :
Presque toutes les bactéries possèdent une paroi cellulaire
Enveloppe rigide caractéristique de la cellule procaryote
La paroi se trouve au dessus de la membrane cytoplasmique et au dessous
de la Capsule.
Représente 20% de poids sec total de la bactérie
Rôles de la paroi bactérienne
La paroi est constitué d’un composé spécifiquement bactérien, le
peptidoglycane, (il donne à la cellule sa rigidité)
Effectue le rejet des composés nocifs dans le milieu extérieur :
pompes d'efflux
La paroi est colorable par Bactéries Gram+
la méthode de Gram Bactéries Gram-
Rôle de la paroi dans la différentiation entre bactéries Gram+ et Gram-
C'est la coloration de base en bactériologie
Cette coloration permet de différencier les bactéries selon deux critères :
La forme
L’affinité pour les colorants .
Cette coloration permet de diviser les bactéries en deux grands groupes
Bactérie à Gram positif Bactérie à Gram négatif
Staphylococcus aureus Escherichia coli
Principe de la coloration de Gram
Il existe une nette différence de structure entre les parois des
Gram + et des Gram -
Peptidoglycane
Membrane
plasmique
Paroi mince Paroi épaisse
II) Eléments facultatifs
a) Plasmide
En plus du chromosome, la bactérie peut contenir des éléments génétiques
(ADN) de petite taille, cytoplasmiques extra-chromosomiques (Plasmide).
Molécule d'ADN circulaire en double brin
Ils se répliquent de manière autonome (indépendante) et en général plus
rapidement que le chromosome bactérien
Fonctions codées par les plasmides
Gènes permettant l'utilisation de certains nutriments.
Production des toxines, des facteurs de virulence
Production d’antibiotiques
Résistance aux antibiotiques
b) Les spores bactériennes
Certaines bactéries ont la propriété de former des spores (Bacillus et
Clostridium )
Une spore = petite unité sphérique douée d'une extraordinaire résistance.
les spores bactériennes sont
des endospores, car elles se
forment à l'intérieur de la cellule
bactérienne
Conditions de formation des spores
Epuisement du milieu
Conditions physico-chimiques
défavorables
Replacée dans des conditions favorables, la spore germe et redonne une
cellule végétative identique à celle qui lui a donné naissance.
Les spores se caractérisent par :
- Leur thermorésistance : résistent plus de 8 heures à 100° C et
5 minutes à 120°C .
-Leur résistance aux attaques des acides, des bases,
des antiseptiques, des rayons UV ou X, des antibiotiques, etc .
c) La capsule
Couche qui entoure la paroi.
Constituant facultatif rencontré chez certaines espèces bactériennes
Rôles de la capsule:
Rôle important dans le pouvoir pathogène de certaines espèces bactériennes
par son rôle protecteur contre la phagocytose
Rôle important dans la défense des bactéries contre les parasites (les
bactériophages sont incapables de se fixer sur une bactérie capsulée).
d) Les flagelles
Organes permettant la locomotion des bactéries.
Leur nombre varie de 1 à 30 selon les espèces bactériennes
Ils sont souvent rencontrés chez les bacilles et rarement chez les coques
Selon la disposition des flagelles on distingue les bactéries
Monotriches (un seul flagelle polaire)
Lophotriches (plusieurs flagelles polaires)
Amphitriche (un ou plusieurs flagelles à
chaque pôle),
Péritriches (flagelles répartis sur toute la
surface de la bactérie)
Rôle des flagelles
Mobilité
Les flagelles confèrent une certaine mobilité aux bactéries qui peuvent se
déplacer dans les milieux liquides ou à la surface des géloses.
Chimiotactisme
Certaines bactéries capables de se mouvoir, sont attirées par les nutriments
(sucres, acides aminés) et repoussées par des substances toxiques ou nuisibles.
e) Pili
Plus courtes, et plus minces que les flagelles,
N’ont aucune fonction locomotrice
Ils sont utiles pour l'adhésion des bactéries
aux interfaces et aux muqueuses
f) Les substances de réserves
Leurs rôle c’est de magasiner certains nutriments (les réserves) sous forme
de granules de réserve
Les substances accumulées par les bactéries peuvent être :
- Glucides
- Lipides
- Polyphosphates
- Minéraux (fer, soufre)
Physiologie Bactérienne
Définitions
Physiologie bactérienne : étudie la nutrition, le métabolisme et la
croissance des bactéries en fonction des variations du milieu dans lequel elles
vivent.
Nutrition : c’est les besoins nutritifs et énergétiques nécessaires à la
croissance de la bactérie, ainsi que des facteurs physico-chimiques
susceptibles d’influencer cette croissance
(Nutrition , Métabolisme, Croissance bactérienne)
I) Nutrition
Les bactéries se nourrissent :
de substances organiques (acides aminés, glucides, acides
gras, vitamines, hydrocarbures, ect.)
de certaines substances inorganiques (phosphates, soufre,
nitrates, ect.)
Les bactéries se nourrissent à partir des aliments présents dans
les milieux de culture et dans des conditions physico-chimique
bien précises
Besoins nutritifs des bactéries
Besoins élémentaires Besoins spécifiques
Besoins communs à toutes Besoins essentiels pour certains
les bactéries types de bactéries
- une source d'énergie, facteurs de croissance
- une source de carbone,
- une source d'azote et
- éléments minéraux .
1) Besoins élémentaires
a) Source de carbone
Les bactéries prélèvent le carbone de deux sources selon leur type trophique:
1) CO2 moléculaire comme 2) composés organiques comme
seule source de carbone principale source de carbone
Les bactéries autotrophes Les bactéries hétérotrophes
b) Source d’énergie
les bactéries ont besoin de l’énergie pour assurer les réactions de biosynthèse
et autres fonctions cellulaires vitales. Cette énergie est produite par les
bactéries à partir de deux sources différentes :
Lumière solaire Composés chimiques
Bactéries phototrophes Bactéries chimiotrophes
Convertir l’énergie lumineuse Utilisent l'énergie de l'oxydation de
(solaire) en énergie chimique composés chimiques comme source
(ATP) initiale d’énergie chimique (ATP)
c) Source d’azote
l’azote est un composé des protéines et des acides nucléiques.
Après le carbone, il constitue le second élément chimique le plus important du
matériel cellulaire.
Les principales formes de l’azote dans la nature sont inorganiques :
Ammoniaque (NH3) (Toutes les bactéries peuvent assimiler l’ammoniaque)
Nitrate (NO3-) (Beaucoup de bactéries sont capables aussi d’utiliser les nitrates)
Azote moléculaire (N2) (qq bactéries sont capables de fixer l’N2 atmosphérique)
d) Autres éléments
Le souffre et le phosphore sont particulièrement
importants .
Le souffre est présent dans certains acides aminés
Le phosphore fait partie des acides nucléiques, de
et de l'ATP..
2) Besoins spécifiques = facteurs de croissance
Un facteur de croissance : est un élément indispensable à la
croissance de la bactérie. Il doit être présent dans l'environnement
car la bactérie est incapable de le synthétiser
Bactéries prototrophes Bactéries auxotrophes
Capables de croitre sans nécessiter Nécessitant un ou plusieurs
la présence de facteurs de facteurs de croissance qu'elles
croissance particuliers sont incapables de synthétiser
Exemples des facteurs de croissance
Bases puriques ou pyrimidiques,
Acides aminés
Vitamines
Si une bactérie a besoin d’un facteur de croissance, ce dernier
doit être introduit dans le milieu de culture
3) Facteurs physico-chimiques
Ces facteurs peuvent favoriser, empêcher ou ralentir la nutrition et la croissance
bactérienne
- Eau
- oxygène
- pH
- température
a) Oxygène
En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4 types respiratoires de
bactéries :
Aérobies stricts : Anaérobies stricts : Aéro-anaérobies Microaérophiles :
exigent l’oxygène ne peuvent pas se (anaérobies facultatives) : se multiplient en
pour leur multiplier en capables de croitre avec présence d’une
croissance présence d’oxygène ou sans oxygène libre. faible tension
d’oxygène
b) pH
Les milieux de culture doivent avoir un pH favorable à la croissance de
l'espèce recherchée
Selon leur pH optimale de croissance on distingue des bactéries :
Taux de croissance
Acidophiles Neutrophiles Basophiles
c) Température
Les différentes espèces bactériennes ont une température
* minimale : à laquelle elles peuvent se développer
* optimale : c'est la meilleure à laquelle elles peuvent se développer :
* maximale : au-delà de laquelle elles ne peuvent se développer
Selon leur température optimale, on distingue les bactéries :
Thermophiles
Taux de croissance
Mésophiles Thermophiles extrêmes
Psychrophiles
II) Métabolisme Bactérien
Le métabolisme bactérien = ensemble des réactions chimiques
(cataboliques et anaboliques) qui se produisent au niveau d’une
cellule bactérienne
Ces réactions assurent l’élaboration des constituants bactériens
et leur fonctionnement
Catabolisme
Anabolisme
Les réactions cataboliques : permettent à la bactérie de convertir les aliments mis à sa
disposition en molécules simples, avec production d’énergie sous forme d’ATP.
Les réactions anaboliques sont les voies de biosynthèse que la bactérie utilise à partir
de ces molécules simples pour synthétiser des macromolécules intervenant dans la
structure et le fonctionnement bactérien. L’énergie (ATP) utilisée dans ces biosynthèses
provient du catabolisme
III) Croissance bactérienne
La croissance = développement ordonné des composants d'un
organisme (accroissement de taille)
Chez les bactéries, la croissance se traduit par une augmentation
du nombre d'individus. L'accroissement est donc synonyme de
multiplication cellulaire
Pour se multiplier, une bactérie doit être cultivée sur des
milieux de culture
Culture des bactéries
- La culture des bactéries est réalisée sur des milieux de culture.
Liquides(bouillon)
- Solides (milieu liquide + l’agar-agar).
Colonies
Trouble
Milieux de culture solide Milieux de culture liquide
A partir d'une unique cellule, on obtient deux cellules filles
qui vont chacune donner à leur tour deux autres cellules et
ainsi de suite.
La croissance d’une bactérie placée dans des conditions
favorables est définie par deux paramètres :
Le taux de croissance = nombre de divisions par unité
de temps
Le temps de génération = temps qui sépare deux
générations successives
Fission binaire (ou scissiparité).
Courbe de croissance bactérienne
Phase de ralentissement
Phase d'accélération
Phase de Phase stationnaire
latence
Phase de déclin
Phase
exponentielle
Les bactéries peuvent être classées selon :
-la coloration de Gram
-la morphologie, la mobilité et la capacité à sporuler,
-la température de croissance
-les besoins nutritionnels
-le mode respiratoire
-le GC% du génome.