UE BIOLOGIE – SOCLE COMMUN

Biologie Cellulaire

04 – LE CYTOSOL

Points clés

❖ Composition du cytosol
❖ Particularités du code génétique (à quoi il sert, ect)
❖ Les bases de la traduction (les 3 étapes)
❖ Les différents rôles du cytosol
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

PLAN DU COURS
I. Introduction
II. Composition du cytosol
III. Fonctions du cytosol
A. Synthèse des protéines
B. Adressage des protéines synthétisées
C. Modification des protéines synthétisées
D. Dégradation des protéines
IV. Rôle dans l’immunité
V. Autres acteurs présents dans le cytosol
A. Protéines G
B. Le calcium et les molécules associées

Université 2 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

I. INTRODUCTION
♦ Les trafics intracellulaires peuvent s’effectuer de plusieurs manières, mais il y en a deux
principales : soit via des systèmes vésiculaires qui permettent à des molécules de passer d’un
organite à un autre, soit via des molécules qui traversent directement le cytoplasme (ou le
cytosol), à l’aide ou non du cytosquelette.
♦ Tout cela se fait dans le cytoplasme, c’est-à-dire l’enceinte de la cellule, à l’intérieur de la
membrane plasmique.
♦ Le cytosol/hyaloplasme correspond à la phase liquide, translucide où baignent les organites
mais ausside nombreuses autres petites molécules.
♦ Il occupe l’espace à l’intérieur d’une cellule qui n’est pas occupé par des organites (noyau,
appareil de Golgi, ribosomes, réticulum, mitochondries et plastes (chez les plantes),
cytosquelette, vésicules, système endosomal et lysosomal, phagosomes…). Le cytosquelette
permet le maintien de la forme de la cellule. Il va également servir de transport à l’intérieur
des cellules et de système d’ancrage.
♦ Définition technique : Fraction liquide du cytoplasme, obtenue après centrifugation et
élimination des organites.
♦ Il occupe environ 50% du volume d’une cellule classique, l’autre moitié est occupée par les
organites. Cela peut être variable d’un type cellulaire à l’autre.
Exemple de cellule classique : un hépatocyte, cellule qui entre dans la constitution du
parenchyme hépatique

II. COMPOSITION DU CYTOSOL

♦ Lorsqu’on centrifuge un broyat de cellules, le surnageant qui reste à la fin correspond au
cytosol.
♦ Le cytosol est composé :
o À 85% d’eau
o D'acides aminés, d’acides gras, glycérol et des sucres issus de la digestion de
molécules plus volumineuses qui ont potentiellement été fabriquées ou endocytées.
o D’ions (Sodium Na+ en moindre quantité, Potassium K+ en grande quantité, Cl-, Mg2+,
Ca2+)
o De Gaz dissous tels que O² et CO²
o Des inclusions lipidiques, de glycogène qui permettent le stockage des sucres et des
lipides (par lasuite, leur dégradation permettra de fournir de l’énergie à la cellule)
o D'enzymes en très grand nombre (plusieurs milliers qui vont faciliter les réactions
biochimiques comme les ribosomes), d’acides nucléiques et des nucléotides (ARNm ou
ARNr). Les ribosomes sont des particules ribonucléoprotéiques (= RNP), et associées à des
ARNm, ils forment des polysomes qui sont des lieux de synthèse des protéines.
o De protéines du cytosquelette qui sont un des constituants majeurs
♦ Ces différentes molécules sont entrées dans les cellules par des mécanismes d’endocytose ou à
l’aide detransporteurs.
♦ Selon les interactions des protéines (fibreuses ou globulaires) à l’intérieur du cytosol, la
consistance du cytosol peut être +/- visqueux.
o Lorsque les interactions sont fortes, on aura un cytosol qui va être plutôt visqueux
(Consistance d’un gel) et inversement lorsque les interactions sont faibles, le cytosol va
être plutôt fluide. La viscosité étant basée sur des interactions, elle peut donc changer
rapidement en fonction des cellules.
o Cette modification de consistance du cytosol est à l’origine de mouvements de certains
organites.
Université 3 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL

♦ Le cytosol est un carrefour métabolique.
♦ De très nombreuses voies métaboliques commencent dans le cytosol et se
poursuivent dans d’autres compartiments après des mécanismes d’adressage
des métabolites
♦ Le métabolisme du glucose et production d'énergie :
o Le glucose, une fois entré dans la cellule, est transformé très rapidement en glucose-
6-phosphate par hydrolyse d’un ATP = GLYCOLYSE.
o La glycolyse se déroule entièrement dans le cytosol en anaérobie (sans consommation
de O²).
o La production d’énergie se fait dans un organite spécifique : chez les cellules animales
dans la mitochondrie et chez les cellules végétales dans la mitochondrie +
chloroplastes.
♦ La synthèse, la modification, l’adressage et la dégradation des protéines

Université 4 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL

A. SYNTHÈSE DES PROTÉINES
• Le cytosol est le site de synthèse :
o De la totalité de ses propres protéines (enzymes, constituants du cytosquelette qui
sont destinés à rester dans le cytosol)
o De la majorité des protéines mitochondriales (protéines fonctionnelles et structurelles)
o De la totalité des protéines contenues dans le nucléoplasme
o Des protéines extrinsèques de la membrane plasmique (face cytosolique)
o Des protéines G (capable d'hydrolyser le GTP)
• Le début de la synthèse de TOUTES les protéines se fait dans le cytosol.
• La synthèse des protéines est aussi appelée phénomène de traduction.
• La traduction est un mécanisme par lequel une information sous la forme d’un ARNm va
être décodée, après la transcription.
• On passe d’une séquence de nucléotides à une séquence d’acides aminés d’où le terme
de
traduction.
• Il s’agit du dictionnaire des AA (acides aminés) :
o Dans un ARNm, la seule partie variable est la base (le ribose (sucre)
et le phosphate sont identiques), ainsi, seules les bases sont
impliquées dans le code génétique.
o On dénombre 4 bases pour 20 acides aminés.
o Un code à trois lettres permet de coder l’ensemble des acides
aminés (43= 64 possibilités) : on parle de codon (ou triplet).
o Il existe un codon initiateur : AUG = Méthionine (la traduction
commence uniquement par ce codon)
o Il existe trois codons dits « STOP » ou « non-sens » : UAA, UAG et
UGA. Ces derniers ne codent pas pour des acides aminés mais
servent à arrêter la synthèse de la chaine polypeptidique.
o Mis à part la méthionine et le tryptophane codés par un seul
Le code codon, tous les acides aminés sont codés par deux codons ou plus.
génétique

Université 5 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL

A. SYNTHESE DES PROTÉINES (suite)
♦ Le code génétique possède 3 propriétés :
o Universel : il est identique pour TOUS les organismes
(animaux, plantes,bactéries, virus).
Le code
o Dégénéré : un même AA peut être codé par plusieurs codons.
génétique
Remarque : dans la plupart des cas, c’est la troisième base qui diffère.
(suite) o Non chevauchant : l’ARNm est lu codon par codon, triplet par
triplet dupoint de départ au point de terminaison.
Attention à ne pas confondre avec les gènes chevauchants !
♦ Ils sont responsables de cette traduction :
o Ces derniers vont recevoir divers éléments nécessaires à la
traduction dont les ARNt (qui vont apporter les AA) et l’ARNm (=
Les ribosomes est l’information qui sera à traduire).
o Composé de 2 unités : la petite sous-unité et la grande sous-
unité qui elle contient l’enzyme capable d’accrocher
successivement un AA à la chaine
polypeptidique en cours d’élaboration : c’est la peptidyl
transférase.
♦ Une chaine peptidique est constituée d’une succession d’acides
aminés liés pardes liaisons amide (= liaison CONH).
♦ Une liaison peptidique est la formation d’une liaison amide entre
l’extrémité
COOH d’un premier AA avec l’extrémité NH2 de l’acide aminé suivant.
♦ L’ordre des AA dans cette chaîne est défini par la séquence de
l’ARNm vial’information contenue dans cette séquence.
♦ A chaque liaison amide formée on aura l’élimination d’une molécule
La chaine d’eau.
peptidique

III. FONCTIONS DU CYTOSOL : SYNTHESE DES PROTÉINES

LES ETAPES DE LA TRADUCTION
♦ La traduction s’effectue en 3 étapes :
o Initiation : assemblage du ribosome sur l’ARNm.
o Élongation : accrochage des acides aminés les uns aux autres via des cycles répétés
de délivrance d’AAs et de formation de la liaison peptidique. C’est aussi lié à des
mouvementsle long de l’ARNm par des mécanismes de translocation.
o Terminaison : libération de la chaine polypeptidique.
♦ Les mécanismes généraux sont identiques mais il peut exister des différences entre
les
eucaryotes et procaryotes surtout au niveau des facteurs d’initiation, d’élongation et de
terminaison.

Université 6 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL : SYNTHESE DES PROTÉINES

LES ETAPES DE LA TRADUCTION (suite)
♦ Activation de l’amino-acyl : Avant l’initiation, il y a l’activation du
premier AA
qui est la Méthionine.
o L’AA (Met) est activé par accrochage sur un ARNt dit initiateur
grâce àune enzyme : l’amino-acyl ARNt synthétase qui couple
l’AA à son ARNt.
o L’amino-acyl ARNt synthétase (ARNt initiateur) transforme
l’amino-acyl(via de l’ATP) en amino-acyl-AMP (avec libération de
2 pyrophosphates).
o Puis, par rupture de la liaison, l’enzyme transfère l’amino- acyl-
AMP surl’ARNt.
➢ On obtient ainsi un acide aminé lié à un ARNt : l’amino-
acyl-ARNt, en 3’ (c’est un phénomène orienté)

1. Initiation

♦ Au début, les deux sous-unités du ribosome sont dissociées :

o 4 à 6 facteurs d’initiation (dont eIF4f, eIF4a et eIF4b) et une
hélicase (enzyme ATP-dépendant) vont s’associer au niveau de la
coiffe située à l’extrémité 5’ de l’ARNm (extrémité où commence
la lecture).
o Ils sont ensuite rejoints par la petite sous-unité associée à
d’autres facteurs d’initiation : eIF2A + GTP + ARNt lié à la
méthionine.
o Cet ensemble va se placer sur le site P (= site peptidyl de la sous-
unité)
➢ Cet ensemble va commencer la lecture de l’ARNm via une
hélicase (elle nécessite de l’énergie sous forme d’hydrolyse
de l’ATP).
o Lorsque ce complexe rencontre un codon AUG (codon
d’initiation), le facteur eIF2A hydrolyse le GTP auquel il est lié,
entraînant la dissociationdes facteurs d’initiation.
o Cette dissociation permet à la grosse sous-unité de venir se fixer à
la petitesous-unité.
➢ On obtient ainsi un complexe ribosomal de 80S (Svedberg)
fonctionnel.
➢ L’initiation est terminée.

Université 7 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL : SYNTHESE DES PROTÉINES

LES ETAPES DE LA TRADUCTION (SUITE)
♦ A chaque cycle d’élongation, on observe :
o L’activation de l’amino-acyl ARNt avec du GTP et deux
facteurs eEF1
(=eucaryote elongation factor)
o La liaison de l’amino-acyl-ARNt dans le site A du ribosome
2. Élongation (petite sous-unité)
o Transfert spontané du peptide sur le site A : transpeptidation
o La libération de l’ARNt (qui était sur le site P)
o La translocation du site A au site P grâce à un facteur eEF2 et
l’hydrolysedu GTP (1 GTP pour chaque translocation de codon).
♦ Ce cycle va avoir lieu jusqu’à l’étape de terminaison.
♦ Lorsque le ribosome arrive à un codon stop (UAA, UAG, UGA), il
s’arrête dans le site A : le facteur eRF (qui a une structure
tridimensionnelle très proche de celle d’un l’ARNt) se lie au codon
[Link] stop et provoque l’hydrolyse du peptidyl- ARNt (rupture de la liaison
ester sur le site P donc le peptide est décroché du ribosome) et libère
donc le peptide dans le cytoplasme.

N.B : Il y a une animation à la fin de la vidéo 3 sur la façon dont se font ces différents
mécanismesde l’élongation permettant la lecture et la synthèse d’une protéine.

III. FONCTIONS DU CYTOSOL

B. ADRESSAGE DES PROTÉINES SYNTHETISEES
Dans le cytosol, il y a des facteurs spécialisés dans la reconnaissance des séquences d’adressage
des protéines. Ils permettent de trier et diriger les protéines vers une destination.
Les principaux à retenir sont :
SRP
Adressage des protéines vers le Réticulum
(Signal Recognition Particle)
NLS
Adressage des protéines vers le Noyau
(Nuclear Localization Signal)

Université 8 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL

C. MODIFICATION DES PROTÉINES SYNTHETISEES
♦ Le cytosol est en mesure de modifier les protéines soit pendant (co-traduction), soit après la
traduction (post-traduction).
♦ On dénombre une centaine de modifications pouvant toucher les AAs :
o Phosphorylation-déphosphorylation
o Enlèvement Méthionine
o Modifications des acides aminés
o Méthylation, Carboxylation, Acétylation, Sulfatation de certains AAs
o Glycosylation : O-glycosylation au niveau de l’appareil de Golgi, pouvant intervenir sur un
nombre limité de protéines cytosoliques.
o Accrochage d’acides gras, après la traduction, sur certaines protéines leur permettant de
s’ancrer, de manière réversible ou non, sur la face cytosolique des membranes plasmique,
nucléaire et des différents compartiments endomembranaires (cas de l’isoprénylation ou
formation des ancres GPI).
o Conformation 3D et possibilité +/- dépliement par les protéines de choc thermique,
permettant l’acquisition d’une conformation tridimensionnelle, qui confère une activité à
la protéine.
o Ubiquitination (= dégradation)

[Link] DU CYTOSOL : MODIFICATION DES PROTÉINES SYNTHETISEES

ACCROCHAGE D’ACIDES GRAS
♦ L’accrochage de résidus d’acides gras se fait sur des protéines néosynthétisées qui vont
permettre d’adresser ces protéines vers la membrane et permettre leur insertion du côté
cytosolique.
♦ Parmi ces différentes possibilités d’accrochage des résidus d’acides gras on va avoir des réactions
qui vont soit se faire de façon co-traductionnelle (pendant la traduction) ou de façon post-
traductionnelle (une fois que la protéine est terminée).
➢ Les protéines seront ainsi ancrées dans la membrane sur la face extracellulaire (c’est
le cas de l’ancre GPI) ou intracellulaire (accrochage des protéines sur la face
cytosolique).
GLYPATION : consiste à accrocher une ancre
EXTRACELLULAIRE GPI (glycosylphosphatidylinositol) dans le
CO- Réticulum endoplasmique
TRADUCTIONNELLE
MYRISTOYLATION

INTRACELLULAIRE
POST- PALMITOYLATION
TRADUCTIONNELLE
ISOPRENYLATION

Université 9 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL : MODIFICATION DES PROTÉINES SYNTHETISEES

LES PROTÉINES DE CHOC THERMIQUE (HSP)

♦ Aussi appelées Heat Shock Proteins (HSP) = Protéines chaperonnes =

Protéines de stress
♦ Localisation extrêmement variable (cytosol, matrice de la
mitochondrie, lumière du réticulum endoplasmique, lumière des
lysosomes, membrane interne…).
Caractéristiques ♦ Elles ont TOUTES une activité ATPasique SAUF l’ubiquitine.
♦ Poids moléculaire variable (10 à 110 kDa)
♦ Rôle général dans l’intégrité des autres protéines cellulaires, dans
l’adressage, dans les modifications post- traductionnelles et dans la
dégradation des protéines.
♦ Elles interviennent dans des mécanismes physiologiques.

♦ HSP constitutives : présentes de façon permanente dans toutes les

cellules à l’état normal => ubiquitaire (ex : ubiquitine).
♦ HSP inductibles : apparaissent lors de phénomène de stimulation ou
de stress (infection virale, hypoxie, action de toxines), elles sont
absentes à l’état normal.
➢ Ex : Tout stress sur des cellules peut conduire à des dénaturations
pour les protéines. La renaturation est un mécanisme
thermodynamiquement spontané qui se fait à 20°C normalement.
L’augmentation de la température d’environ 4-5 degré (à 37°C
Plusieurs types chez l’Homme), au sein d’une cellule va induire une réponse
transitoire qui se traduit par une diminution de la synthèse de
certaines protéines et par la modification de la conformation
spatiale (souvent associé à la perte de leur activité fonctionnelle).
Ces protéines modifiées auront tendance à s’agréger et peuvent
devenir toxiques pour les cellules. Il y aura donc une
augmentation de la transcription des gènes codant pour les HSP
et une augmentation de la synthèse des protéines chaperonnes
qui permettent de diminuer cette agrégation.

♦ Ces protéines chaperonnes ou protéines de choc thermique ont été

découvertes chez les levures puis chez les animaux, à la suite d’une
élévation de la température. Elles ont été très bien conservées au
Découverte et
cours de l’évolution ce qui suggère un rôle essentiel dans la vie des
évolution cellules.
♦ Retrouvées chez de nombreux êtres vivants : HSP70 humaine a 50%
d’homologie avec celle bactérienne (chez E. Coli), certains domaines
ont des taux d’homologie de 96%.

Université 10 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

LES PROTÉINES DE CHOC THERMIQUE

FONCTIONS DES PROTÉINES DE CHOC THERMIQUE
♦ Pour être fonctionnelles, les protéines doivent se modifier et acquérir
une conformation définitive nécessaire à leur intervention dans les
différentes fonctions qu’elles peuvent avoir.
➢ C'est alors que les protéines chaperonnes interviennent pour
replier la protéine et acquérir sa conformation tertiaire et
quaternaire qui sont absolument indispensables pour leurs
fonctions dans la cellule.

Acquisition de la
conformation
tridimensionnelle
desprotéines

♦ La clathrine permet la formation, soit de bourgeonnement, soit de

molécules d’endocytose. Elle est associée à une protéine adaptative :
l’adaptine, qui permet la liaison.
♦ Lorsque la vésicule est formée, elle va perdre son manteau de
clathrine (nécessaire à la formation de la vésicule). Ce sont les HSP 70
constitutive qui vont être responsables du désassemblage du manteau
(par hydrolyse de l’ATP), permettant ainsi à la vésicule déshabillée
d’aller fusionner avec d’autres compartiments (éventuellement le
système endosomal, en fonction de l’origine de cette molécule).
♦ Le désassemblage du manteau va permettre le recyclage de la
clathrine et de l’adaptine pour faire d’autres molécules d’endocytose
Déshabillage des ou permettre des bourgeonnements à partir d’autres compartiments
vésicules comme le réticulum endoplasmique.

Université 11 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

LES PROTÉINES DE CHOC THERMIQUE

FONCTIONS DES PROTÉINES DE CHOC THERMIQUE (Suite)
♦ Les protéines chaperonnes, dont la HSP90, vont agir sur les
récepteurs nucléaires aux hormones stéroïdes.
♦ Certaines molécules informatives hydrophobes sont capables d’entrer
à l’intérieur des cellules, comme les hormones de types stéroïdes, qui
sont capables de passer les membranes. Après avoir traversé la
membrane plasmique, certaines des molécules vont se fixer à la
HSP90 qui inactive les récepteurs nucléaires. La formation du
complexe récepteur-hormone va libérer la HSP90 et va ainsi
permettre la dimérisation des deux récepteurs avec leur ligand
(dimérisation puis liaison à l’ADN sur des séquences nucléotidiques
spécifiques de type HRE (Hormone Responsive Element) puis
transcription de gènes cibles).
♦ Des molécules pharmacologiques considérées comme des
antihormones peuvent inhiber cette voie de transmission du signal en
plusieurs points :
o Soit en inhibant la dissociation de HSP90/récepteur ce qui
Dimérisation des empêche HSP90 de quitter le récepteur et donc impossibilité à
récepteurs l’hormone de s’y fixer.
o Soit en empêchant le complexe hormone/récepteur de se fixer
sur l’ADN et donc pas de transcription des gènes cibles.
Exemple : La pilule du lendemain RU486 = mifépristone

Université 12 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

[Link] DU CYTOSOL
D. DÉGRADATION DES PROTÉINES
♦ Le cytosol est à l’origine d’une protéolyse importante (=dégradation des protéines).
♦ La concentration finale de protéines cytosoliques peut se modifier très rapidement par
activation de la protéolyse.
♦ La concentration d’une protéine dépend ainsi de multiples facteurs :
o Vitesse de synthèse
o Durée de vie de la protéine
o Vitesse de dégradation
♦ Protéases fonctionnant à pH acide dans plusieurs compartiments
dusystème endomembranaire :
➢ Ex : certaines enzymes des lysosomes ou les vacuoles d’autophagie
♦ Protéases fonctionnant à pH neutre : retrouvées dans le cytosol ou
dans la lumière des organites, organisées sous forme de tonneau tel
que les protéasomes
2 types de protéases
➢ Ex :
(complexes o Protéasome (enzymes regroupées en tonneaux, observable au
protéiques) ME).
o Exopeptidase : dégrade les extrémités des protéines en
présencede Ca2 (catalyseur), elles sont Ca2+ dépendantes
o Caspase (mises en jeu pendant l’apoptose=mort cellulaire
programmée)
o Clipase dans la lumière du RE et mitochondrie : permet la
séparation de peptides signaux.

♦ La nature du premier AA (sa séquence)

♦ La présence de séquences spécifiques

♦ Parmi les séquences particulières :
o PEST (Proline, Acide Glutamique, Sérine, Thréonine)
o D-Box = « Destruction Box » (9 acides aminés).
La durée de vie des Les D-Box sont notamment présentent chez les cyclines
protéines dépend de : (protéinesrégulatrices du cycle cellulaire).
♦ Ces séquences peuvent augmentent la vitesse de dégradation.

♦ Certains acides aminés qui peuvent être :

o Déstabilisants (Isoleucine)
o Moyennement déstabilisants (leucine)
o Stabilisants (méthionine ou glycine).
 En fonction de la quantité de ces acides aminés, la protéine
aura une durée de vie +/- longue

Université 13 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

III. FONCTIONS DU CYTOSOL : DEGRADATION DES PROTÉINES

DEGRADATION PAR LE PROTEASOME
♦ Les protéasomes sont des structures assez volumineuses oligomériques, en forme de tonneau,
à l’intérieur desquels a lieu la protéolyse.
♦ La dégradation par l’intermédiaire du protéasome se divise en plusieurs étapes et nécessite
l’intervention de l’ubiquitine. Ubiquitine = protéine de 8,5kDa, ubiquitaire (présente dans
toutes les cellules eucaryotes), appartenant à la famille des protéines chaperonnes.
o 1 : Accrochage de plusieurs molécules d’ubiquitine de façon covalente (fixation sur lysine).
D’autres protéines (E1, E2 et E3) viennent compléter le signal. L’ubiquitine se fixe sur E1 qui
est l’enzyme d’activation de l’ubiquitine (105kDa) et est la plus volumineuse. Transfère sur
E2. L’ensemble E2/ubiquitine s’assemble à E3. E3 sélectionne la protéine à dégrader en
fonction de la nature du coté N-ter. La méthionine, la sérine, l’alanine, la thréonine, la
glycine et la cystéine sont des AA résistants à la dégradation par le système ubiquitine.
Tandis que d’autres comme l’arginine, lysine, histidine, etc, favorisent l’accrochage de E3 :
ces AAs ont un temps de demi-vie de l’ordre de 30 min.
o 2 : Transfert de l’ubiquitine sur le substrat
o 3 : Adressage du substrat au protéasome (deux types : un de 20S et un de 26S (environ
1700kDa), le plus grand forme un tonneau de 45 nm) qui contient les enzymes
protéolytiques qui vont dégrader les protéines en petit peptides. Les produits de
dégradation sont des protéines uniquement partiellement hydrolysées (leur dégradation se
terminera dans les lysosomes) ou des peptides.
o 4 : recyclage de l’ubiquitine
o 5 : transformation des petits peptides en acides aminés par les exopeptidases dans le
cytosol.

➢ Les acides aminés sont réutilisés pour la synthèse des protéines ou transformés en
pyruvate afin d’être réutilisés comme source énergétique.
♦ REVERSIBLE (dé-ubiquitinylation) :
o Ex : récepteurs cytosoliques, nucléoplasmiques ou membranaires,
des protéines comme les histones.
L’ubiquitinylation o Ce phénomène est contrôlé par la cellule elle-même par des
enzymes spécifiques et permet ainsi leur recyclage
• IRREVERSIBLE :
Ex : Protéines transmembranaires (des récepteurs), certaines
enzymes cytosoliques ou protéines en cours de biosynthèse

Université 14 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

[Link] DANS L’IMMUNITE

INFECTION VIRALE ET CMH-I
♦ Il existe un mécanisme particulièrement important faisant appel au protéasome. Il s’agit des
Infections virales
➢ Rôle important du protéasome dans l’immunité
o 1 : Fixation de la particule virale (=antigène) sur un récepteur.
o 2 : Endocytose et formation d’une vésicule.
o 3 : Ubiquitinylation de la vésicule et dégradation partielle des protéines virales en peptides
par le
protéasome.
o 4 : Passage des peptides dans le RE (grâce à des systèmes de transporteurs) qui contient dans
sa membrane des molécules du CMH I (complexe majeure d’histocompatibilité de type I).
o 5 : Ce complexe CMH I transporte les peptides antigéniques (liés de manière covalente) à la
surface de la membrane plasmique où il va être exocyté. Ils sont ensuite reconnus par des
récepteurs CD8 des lymphocytes T.
o 6 : Activation du système immunitaire.
♦ Les protéines cytosoliques avec des anomalies structurelles ou avec un défaut d’adressage sont
aussi dégradées par le protéasome. Ces protéines anormales peuvent apparaître après un stress
(choc thermique, toxines, hypoxie...).

Université 15 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

V. AUTRES ACTEURS PRESENT DANS LE CYTOSOL

A. LES PROTEINES G
♦ G = Guanine
♦ Ce sont des molécules capables de fixer du GTP/GDP, d’hydrolyser le GTP en GDP (ce qui va
libérer de l’énergie pour les réactions biochimiques) et de libérer des phosphates.
♦ Elles sont synthétisées dans le cytosol et sont susceptibles de subir d’éventuelles
modifications (accrochage de résidus acides gras permettant l’ancrage dans les membranes
du coté cytosolique). Cet accrochage est nécessaire pour leur activité fonctionnelle (sauf
pour la dynamine et la protéine SAR).
♦ Il en existe deux familles :
Les grandes protéines G ouhétérotrimériques Les petites protéines G ou monomériques

♦ Constituées de trois sous-unités (α, β & γ) ♦ Associées temporairement à la membrane

♦ Rôle principal : hydrolyse du GTP
♦ Accrochage permanent à la membrane ♦ Plusieurs familles avec des rôles très
différents :
♦ Associées à la membrane plasmique et aux o ARF : bourgeonnement de vésicules, flux
membranes des différents compartiments membranaire, contrôle du revêtement
du système endomembranaire et participent des molécules de coatomères.
au flux de membrane. ➢ Ex : ARF6 qui intervient aussi dans
les phénomènes de phagocytose,
♦ Rôle dans la transmission de signaux voir dans la migration des cellules.
chimiques hydrosolubles où ils sont couplés o Rab : flux membranaires. Rôle dans la
aux récepteurs aux protéines G (RCPG à 7 formation et transport des vésicules (ex
domaines transmembranaires : la plus : système nerveux), et dans les
grande famille de récepteurs chez mécanismes d’endocytose (Ex : Rab1
l’Homme). associée aux puits de clathrines) et
d’exocytose.
♦ Activation irréversible par des toxines o Ras : activées par des récepteurs
(toxine cholérique, coqueluche). membranaires (récepteurs aux facteurs
de croissance), capables d’agir sur les
phénomènes de prolifération et de cycle
cellulaire.
o Dynamine : fermeture et internalisation
de vésicules à cavéoles et à clathrines
lors de l’endocytose. Elles interviennent
à partir d’un certain nombre de
compartiments y compris l’appareil de
Golgi.
o Rho & Rac : interviennent dans
l’organisation du cytosquelette

Université 16 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

V. AUTRES ACTEURS PRESENT DANS LE CYTOSOL (Suite)

B. LE CALCIUM
♦ C’est un ion extrêmement important dans la vie d’une cellule.
♦ Les variations de la concentration de calcium dans la cellule sont à l’origine de très nombreux
phénomènes comme l’activation d’enzymes cytosoliques ou nucléaires, de Désoxyribonucléase
ou de ribonucléase, l’activation de protéines régulatrices du génome comme les facteurs de
transcription ou contrôlant le cycle cellulaire.
♦ Un grand nombre de protéines contractiles font intervenir les Ca2+
♦ Le calcium est stocké dans la cellule dans différents compartiments membranaires, notamment
dans la mitochondrie, le réticulum endoplasmique rugueux, le noyau et l’appareil de Golgi.
♦ Dans le cytosol, le calcium contrôle directement les protéines membranaires et cytosoliques qui
permettent la fusion, la contraction et le passage à travers des jonctions cellulaires.
♦ Il existe une protéine spécifique : la calmoduline, qui se lie simultanément à 4 ions Ca2+. Ce
complexe joue un rôle pivot dans de nombreuses étapes métaboliques qui interviennent dans
la phosphorylation/déphosphorylation de protéines cytosoliques et nucléoplasmiques.

Université 17 sur 18
Sorbonne Paris Nord
Biologie Cellulaire Tutorat
04 – Le cytosol Santé Bobigny

Université 18 sur 18
Sorbonne Paris Nord