BIOCHIMIE

COURS / TD de BIOCHIMIE

UE 33-Bioprocédés

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PRESENTATION DU MODULE,
INTRODUCTION AU COURS
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Qu’est ce la biochimie ?

Chimie organique Lois cinétiques et

thermodynamiques

Etude de la structure, des propriétés et de la transformation

de molécules organiques (carbonées)

q Développement à partir des molécules organiques issues du pétrole,

q Transformation catalysée par des catalyseurs chimiques dans des

systèmes réactionnels conçus et des conditions (T, p) souvent drastiques
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Qu’est ce la biochimie ?

Biochimie Lois cinétiques et

thermodynamiques

Etude de la structure, des propriétés et de la transformation

de molécules organiques (carbonées)

q Transformation par des organismes vivants

q Transformation catalysée par des catalyseurs biochimiques dans des

conditions compatibles avec la vie…
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OBJECTIFS PEDAGOGIQUES

Protéines Acides
Glucides nucléiques
Lipides

qDosage (complété par

qStructure chimique
les TP)
qRéactivité/propriétés
qUtilisation industrielle
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9 CM, 8 TD, 6 TP, 3 tests,

1 CE

Glucides 3 CM, 2 TD, 1 test, 1 TP

Lipides 2 CM, 2 TD, 1 test, 1 TP

Protéines 2 CM, 2 TD, 1 test, 4 TP

Ac. Nucl. 2 CM, 1 TD

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Les GLUCIDES
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Les GLUCIDES

I. Introduction Rôle des

glucides ?

qRôle « structural » :
Structure de tissus, d’organes ou d’organismes
(cellulose dans la tige des végétaux, chitine de la carapace
d’arthropodes, glycosaminoglycane des cartilages de vertébrés etc.).
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Les GLUCIDES

Rôle des
qRôle « énergétique » :
glucides ?
Générer de l’énergie utilisable par les cellules
(joué principalement par le glucose qui est un carburant majeur des
cellules eucaryotes et procaryotes et par ses formes de stockage
comme l’amidon chez les végétaux ou le glycogène chez les
animaux).
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Les GLUCIDES

Rôle des
glucides ?

qRôle de « communication » cellulaire :

Reconnaissance et interactions intercellulaires
(ex. systèmes des groupes sanguin, reconnaissance immunitaire
etc.).
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Les GLUCIDES
qIndustrie agroalimentaire Utilisation
industrielle
• Production d’amidon
Ingrédient de texturation, matière première pour la production de
sirops de glc
• Production de pectine
Agent de texture
• Production de sirops de glucose et glucose / fructose
Ingrédient de formulation pour ajuster le gout, la rhéologie ou la
ration calorique des produits formulés, production d’édulcorants.

• Production de sucre (saccharose)

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Les GLUCIDES
Utilisation
qEnergie – Chimie verte industrielle
• Production de bioéthanol
par bioconversion (fermentation) de sucres fermentescibles :
issus d’amidon (bioethanol 1G)
issus de cellulose (bioethanol 2G).

• Production d’H2

• Production d’intermediaires de synthèse

(bioplastiques ex. PLA)
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Les GLUCIDES
Utilisation
industrielle
qPapeterie
qIndustrie cosmétique et pharmaceutique
• Production d’acide hyaluronique

q Matériaux
• Fibres, celluloses et hemicelluloses (paneaux bois, isolants etc.)
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GLUCIDES Classification

OSES OSIDES

Aldoses Cétoses Holosides Hétérosides

- Oligosides - Glyco-lipides
- Polyosides - Glyco-
protéines
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II. Les Oses
II.1 Définition Description moléculaire
- Chaîne de carbone
- Un carbone substitué par une fonction carbonyle

Aldéhyde Cétone

Aldéhyde (C1) : Aldoses Cétone (C2) : Cétoses

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Description moléculaire

- Les autres carbone substitués par un hydroxyle

Alcool I Alcool II
(Cn) C2 ou C3
à Cn-1

- Formule brute générique Cn(H2O)n

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II.2 Les Aldoses
Description moléculaire
- L’aldose le plus simple
(aldéhyde glycolique): Formule développée

Formule brute %CHO#

Aldéhyde( C1#

%CH2OH#
Alcool(
C2#
primaire(
q C1 est d’hybridation SP2 (3 substituants)
q C2 est d’hybridation SP3 (4 substituants)
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II.2 Les Aldoses
Description moléculaire

Représentation de Cram (en 3D)

C1

C2

- C2 est SP3 (4 substituants) et deux

groupements (H) sont identiques
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II.2.1 Structure linéaire
Représentation de Cram
Glycéraldéhyde
(C3H603)

- C2 est SP3,
- Aucun substituant identique.
C1

C2 C2 est asymétrique: énantiomèrie

(molécules chirales, isomères optiques)
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Projection de Fisher

- Orientation verticale de
la chaîne de C,
- C le plus oxydé en haut,
- Substituants H et OH en
avant,
- Projection dans le plan.
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Schéma'sa'on+
C1#
(Carbonyle)#
C2#
Posi:on#de#–OH#
en#projec:on#de#
Fisher#
C3# LBGlycéraldéhyde# DBGlycéraldéhyde#
(Hydroxyle#Ire#non#
représenté)#

- L- et D- indique la position de l’hydroxyle sur le

dernier carbone asymétrique (Cn-1),
- Enantiomère L- : –OH à gauche,
- Enantiomère D- : –OH à droite.
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Aldotétroses: (aldose à 4 C), 2 C asymétriques
Aldopentoses: (aldose à 5 C), 3 C asymétriques
Aldohexoses :(aldose à 6 C), 4 C asymétriques

Enantiomères: deux oses qui sont l’image l’un

de l’autre dans un miroir
Diastéréoisomères:deux oses dont la position
d’au moins un hydroxyle IIaire diffère. Ndiast.=2n
(n, nombre de carbone asymetrique).
Epimères: deux diastéréoisomères avec 1 seul –
OH différent.
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Aldoses à retenir

Aldohexoses
Diastéréoisomères
Epimères en C2
Pas énantiomères

D-Mannose D-Glucose
(motifs de (source majeure de
glycosylation) C et d’énergie)
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Aldoses à retenir

D-Galactose, Aldohexose
impliqué dans les motifs
de glycosylation. Compose
le lactose.
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D-Ribose, Aldopentose
dans la composition des
acides nucléiques.
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II.2.2 Structure cyclique

-OH hémi-
Catalyse acide acétalique
SP2
SP3

Carbonyle
(aldéhyde ou
cétone)
Alcool Hémi-acétal

Le carbone de la fonction carbonyle (SP2) devient

SP3 et porte une fonction –OH hémi-acétalique.
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Un ose possède :
- Des fonctions –OH
- une fonction carbonyle (aldehyde ou cétone)

la réaction (intramoléculaire) peut s’opérer.

Il en résulte une forme cyclique…

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Hémi-acétalisation
interne -OH hémi-
acétalique
Hémi%acétalisa+[Link]. SP3

SP2
(Aldéhyde)
H H

Alcool IIre
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2 formes cycliques sont possibles:

- « pyrane » (hétérocycle C/O à 6 sommets),
- « furane » (hétérocycle C/O à 5 sommets).

Furane Pyrane
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Formes cycliques possibles pour les aldohexoses

Règles de la cyclisation interne:

- Seules les formes furane (5 sommets) ou

pyrane (6 sommets)sont possibles,
- Un –OH secondaire attaque le C de la
fonction carbonyle (jamais de cyclisation
avec l’-OH porté par le dernier C)
- Lorsque les deux formes sont possibles, la
forme a plus stable est la forme pyrane
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Numérotation des carbones (non représentation des –OH
sur cycle

6
1
5
2
3 4 1

4
3 2
5 Pont%oxydique%C1/C5%
6 (majoritaire)%
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1 5
2 4 1
3

4 3 2

5 Pont%oxydique%C1/C4%
6 (minoritaire)%
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Représentation de Haworth: position des groupements

-OH sur le cycle

- Les –OH à droite en projection de Fisher sont

en bas en représentation d’Haworth,

- Si le –OH impliqué dans l’hémi-acétalisation

est à droite, le groupement R porté par le
même C est en haut en représentation de
Haworth.
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Représentation de Haworth: position des groupements

sur le cycle

6
1
5
2 1
3 4

4
3 2
5
6
6 %OH"impliqué"dans"
«"R"»" l’hémi%acétalisa7on"
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Représentation de Haworth: position du –OH hémi-acétalique (l’anomérie)

- Le C1 (carbonyle, aldéhyde) était SP2 et

devient SP3
- chaque substituants est différents.

Il devient donc asymétrique avec possibilité d’isomérie:

l’anomérie
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anomère β

anomère α
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Formes cycliques possibles pour les aldohéxoses
Schématisation et nomenclature

b-D-Glucopyranose b-D-Glucofuranose

D-Glucose a-D-Glucopyranose a-D-Glucofuranose

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Autres représentations: formes linéaires

D-Glucose

Autres représentations: formes cycliques

Variantes de la projection de Fisher projection zig-zag

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Autres représentations: formes cycliques

a-D-Glucopyranose b-D-Glucopyranose

Variantes projection Haworth projection Mills Conformation chaise

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II.3 Les Cétoses
- Chaîne de carbone
- Un carbone substitué par une fonction cétone
- Les autres C substitués par -OH

II.3.1 Structure linéaire

Le premier cétose a 1 C asymetrique est l’erythrulose

1"

2"
- Cétose à 4 C
3" (cétotetrose),
4" - 1 C asymetrique
en moins/aldoses
L-Erythrulose D-Erythrulose
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Cétotétroses (cétose 4
C, 1 C*;
Cétopentoses (cétose 5
C, 2 C*;
Cétoohexoses (cétose 6
C, 3 C*.

D-Fructose :Synthèse
par végétaux important
! dans le métabolisme
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II.3.2 Structure cyclique

D-Fructose

1"

2"
β-D-fructofuranose
3"
6" 1"
4"

5"
5" 2"
6"
4" 3"
α-D-fructofuranose
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- Pas de structure pyrane possible

- Le carbone qui porte l’-OH hémiacétalique
est le C2, donc le pont oxydique est avec C2
- Juste deux anomères possibles
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II.4 Oses « spéciaux »

Osamines: Remplacement d’une fonction –OH

IIre par une fonction amine Ire (glc, gal)

N-acetyl osamines: Acétylation de la fonction

amine des osamines (glc, gal)

Acides uroniques: oxydation du carbone

portant l’-OH primaire en acide carboxylique
(glc, gal)
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Exemples:

Glucosamine N-actetyl- Acide glucuronique

glucosamine
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II.5 Propriétés physiques et réactivité chimique

II.5.1 Propriétés physiques

Techniques
Spectroscopiqes

Infra-rouge
(200<l<800)
Visible UV
(400<l<800) (200<l<400)

Pas de propriété
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Capacité de déviation du plan de

polarisation de la lumière
polarisée (carbone asymetriques)

Dosage en solution aqueuse, en ligne ou hors ligne

(Loi de Biot, polarimétrie, brixmetrie etc.)

Refractométrie

Solutions diluées (dosage et détection « en ligne »)

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II.5.2 Réactivité chimique
Réduction de la fonction carbonyle
Conditions de réduction : H2 catalyse NiRa ou NaBH4

D-Glc D-Sorbitol D-Fru D-Mannitol

Polyols: éduclorants, pouvoir sucrant non énergétique

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Oxydation de la fonction aldéhyde

Conditions d’oxydation « douce »: Br2, HNO3 dilué, tartrate

de cuivre, liqueur de Fehling ou par voie enzymatique (TP 1)

Estérification
intramoléculaire

d-
D-Glc Acide D-Gluconique
Gluconolactone

Acides aldonique (« ald », aldose; « onique »: -COOH pour C1)

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Oxydation des fonctions aldéhyde et alcool primaire

Conditions d’oxydation « moyenne »: HNO3 plus concentré

D-Glc Acide D-Glucarique

Acides aldariques :« ald », aldose; « arique »: -COOH pour C1

et dernier C (portant la fonction –OH Ire)
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Condition acide concentré à chaud
TP
Furfural

+ 3 H2O

Hydroxyméthyl-furfural

+ 3 H2O

Déshydratation et cyclisation interne pour former des

dérivés « furfural ». Reaction essentielle (analytique).
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Principe des dosages osidiques en spectroscopie visible
TP
Ose en solution aqueuse

Derivé du
Propriétés Furfural Complexation
spectrales moléculaire
Chromophore Composé
phenolique

α-naphtol orcinol resorcinol o-toluidine diphenylamine

Réac%on(de( Pentoses$ Réac%on(de( Oses$ Réac%on(de(

Molish( (ribose)( Seliwanoff( Disch(
oses$ cétoses$ oses$
(violet)( (rouge)( Spécificité
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Les chromophores sont ensuite dosés par un

spectrophotomètre réglé à la longueur d’onde
appropriée via une gamme étalon.

Principe:
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Principe des dosages en spectroscopie UV/visible

Spectre

loi de Beer-Lambert

A =ε ×l ×c
A: absorbance, (-)
l: longueur du trajet optique (cm)
C: concentration (mol.L-1)
Choix de l pour un e: coefficient d’extinction molaire
dosage sensible à la longueur d’onde cible ([Link]-
[Link]-1)
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Principe des dosages osidiques en spectroscopie visible

1- Préparation d’une gamme étalon Solution X (à doser)

(différentes concentrations)

2- Réaction chimique (formation du 2-Réaction chimique (formation du

chromophore) chromophore)

3-Lecture d’absorbance 3-Lecture d’absorbance

4-Gamme étalon (Abs.=f(C))

5-Concentration de la solution X
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En milieu basique

Modification de
position d’un –OH
secondaire:
Epimèrisation

Changement de fonction
carbonyle:
Interconversion
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Méthylation des fonctions -OH

La méthylation permet de rendre volatiles les

oses. Intérêt analytique car rend possible une
analyse (identification) fine en CPG
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III. Les Osides

III.1 Les Holosides

- Molécules résultant de la condensation de

plusieurs oses (unités osidiques) via une
liaison osidique,

- On parle d’oligosides lorsqu’il y a peu

d’unités osidiques et de polyosides lorsqu’il
y en a beaucoup.
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III.1.1 La liaison osidique

- Possibilité de condenser un autre R–OH sur le

carbone hémi-acétalique.
- On forme alors un acétal
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Les oses sous forme cyclique présentent un

carbone hémi-acétalique et des fonctions –OH…

…Il est donc possible de condenser deux oses par

réaction d’acétalisation…
Cette réaction libère une molécule d’eau.
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1"6$ 2"6$

A 1"1$ B 1"2$

2"4$
1"4$

1"3$ b-D-Glucopyranose
1"2$ 2"3$ 2"2$

Les liaisons 1-1 (A) et 1-2 (B) engagent les 2

fonctions hémi-acétalique: plus de fonction réductrice
libre.
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Schématisation et nomenclature
b-D-glucopyranosyl (1è4) b-D-glucopyranose

Liaison b(1-4)

a-D-glucopyranosyl (1è4) b-D-glucopyranose

Liaison a(1-
4)
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III.1.2 Les oligosides

Cellobiose Maltose

b-D-glucopyranosyl (1è4) D- a-D-glucopyranosyl (1è4) D-

glucopyranose glucopyranose
Produit de dégradation de la Produit de dégradation de
cellulose (fermentescible), l’amidon (fermentescible),
L’anomérie du second glc n’est L’anomérie du second glc n’est
pas précisée (mutarotation). pas précisée (mutarotation).
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Saccharose

Lactose
« Sucre »
(betterave,
canne),
L’anomérie
des 2 oses
est signalée
car pas de
mutarotation
possible.

b-D-galactopyranosyl (1è4) D-
glucopyranose Pas de fonction
Sucre du lait (70 % MS réductrice libre
lactoserum,co-produit de la
fromagerie, enjeux de a-D-glucopyranosyl (1è2) b-
valorisation. D-fructofuranoside
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III.1.3 Les polyosides

Amidon

q D’origine végétale, riche dans les

céréales et les tubercules (farine et
pommes de terre)

q Sous forme de grains composés de deux

types de macromolécules :
- l’amylose : polymère de D-glucose à
chaîne linéaire liés par des liaisons
a(1→4) (200 et 3000 unités)
- l’amylopéctine : chaîne d’amylose avec
des ramifications a(1→6)
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Glycogène

q Le glycogène est un polymère de glucose

dont la définition est celle de
l’amylopéctine (chaîne a 1,4 avec des
ramifications a 1→6).

q La seule différence est que le nombre de

ramifications est plus élevé dans le
glycogène.

q Le glycogène est une macromolécule de

stockage du glucose dans le foie ou les
muscles chez les mammifères.
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Cellulose

q Polymère de glucose linéaire (liaisons b(1-

4))
q Forme une structure linéaire qui s’associe en
fibrilles
q Importance en papeterie et dans le textile
(coton).
q L’hydrolyse de ce polymère est très difficile
(contrairement à l’amidon ou au glycogène).
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Acide hyaluronique

C’est un polymère d’unités acide glucuronique et de N-acétyl-glucosamine liés

par des liaisons b (1 → 3). Ces unités sont liées par des liaisons b (1→4).
Ce polymère entre dans la constitution des cartilages. Importance industrielle
importante en cosmétique et dans le domaine de la santé (chirurgie
réparatrice).

Pectine

Polymère d’acide galacturonique a (1→4) partiellement methylé. Importance

industrielle en alimentaire (agent texturant).
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Identification/dosage des polyosides

Identification Dosage

Réaction de méthylation Hydrolyse et formation de furfural

(methylation des –OH libres) (condition acide forte)

Hydrolyse acide ménagée Réaction avec un dérivé

(coupure des liaisons osidiques) phénolique (formation d’un
chromophore)
Analyse CGP
(identification des différentes formes Analyse au spectrophotomètre
méthylées (calcul concentration à partir de
l’étalonnage)

Reconstitution de la structure