Transfert de gènes chez les insectes phytophages
Fiche sujet – candidat (1/3)
Contexte
Apriona germari est un coléoptère (Coleoptera) dont la larve se développe au cœur du bois, dans la moelle. Des enzymes sont nécessaires
pour dégrader la paroi des cellules végétales. Une des enzymes, nommée GH5 (glycoside hydrolase), dégradant la cellulose, serait présente
dans le génome de ce coléoptère. Elle aurait été acquise, grâce à un transfert horizontal de gènes, depuis une espèce de bactérie comme
(Cytophaga hutchinsonii).
On cherche des arguments en faveur de l’existence de plusieurs transferts horizontaux de gènes, depuis différents
microorganismes vers les coléoptères, leur permettant de digérer les composants de la paroi cellulaire du bois.
Consignes
Partie A : Appropriation du contexte et activité pratique (durée recommandée : 40 minutes)
La stratégie adoptée consiste à vérifier la présence de cellulose dans les parois des cellules de la moelle du bois par observation d’une
coupe transversale colorée et à rechercher, en réalisant un BLAST, la présence de la séquence de l’enzyme GH5 bactérienne dans le
génome du coléoptère.
Appeler l’examinateur pour vérifier les résultats de la mise en œuvre du protocole.
Partie B : Présentation et interprétation des résultats, poursuite de la stratégie et conclusion (durée recommandée : 20 minutes)
Présenter et traiter les résultats obtenus, sous la forme de votre choix et les interpréter.
Répondre sur la fiche-réponse candidat, appeler l’examinateur pour vérifier votre production.
Proposer une poursuite de stratégie permettant de montrer que d’autres transferts de gènes ont permis aux coléoptères phytophages de
digérer d’autres composants de la paroi cellulaire.
Appeler l’examinateur pour présenter votre proposition à l’oral et obtenir une ressource complémentaire.
Conclure, à partir de l’ensemble des données, sur l’existence de plusieurs transferts horizontaux de gènes, depuis différents microorganismes
vers les coléoptères, leur permettant de digérer les composants de la paroi cellulaire du bois..
Transfert de gènes chez les insectes phytophages
Fiche sujet – candidat (2/3)
Protocole
Matériel : Étapes du protocole à réaliser :
- échantillon de bois - réaliser une double coloration d’un échantillon de bois, pour cela :
- lames de rasoir o réaliser plusieurs coupes transversales fines de l’échantillon ;
- pince fine o placer les 5 minutes dans l'eau acétique ;
o colorer 3 minutes dans une solution de « carmino vert » ;
- quatre verres de montre o rincer à l'eau distillée jusqu'à disparition de l’excédent de colorant ;
- eau acétique à 1%
- observer l’échantillon entre lame et lamelle au microscope optique.
- carmino vert
- rechercher dans NCBI la séquence peptidique de l’enzyme GH5 de Cytophaga
- eau distillée
hutchinsonii (nommée : WP_011585483.1) ;
- lames et lamelles
- rechercher la séquence « FASTA » correspondante pour la copier et coller
- chronomètre
- microscope optique - réaliser une comparaison par alignement (BLAST) de cette séquence peptidique
avec les séquences peptidiques répertoriées de Apriona germari.
- accès à la plateforme NCBI : Centre national
d’information sur la biotechnologie ([Link])
[Link]
- accès à l’Outils BLAST
[Link]
- fiche technique correspondante.
Précautions de la manipulation :
Transfert de gènes chez les insectes phytophages
Fiche sujet – candidat (3/3)
Ressources
Photographie d’une larve de coléoptère Apriona La plateforme NCBI : donne accès à l'information biomédicale et génomique. C’est une banque
germari dans le bois de gènes, d'ARNm et de protéines de très nombreuses espèces animales et végétales.
L’outil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) permet de déterminer des parentés entre
des gènes ou des protéines, des relations fonctionnelles ou évolutives entre des séquences.
À partir d’une séquence nucléotidique ou protéique introduite par l’utilisateur, l’outil BLAST
réalise un alignement des séquences et propose parmi les séquences répertoriées celles ayant
des régions similaires homologues avec la séquence introduite.
Interprétation des résultats :
[Link] : Plus le pourcentage d’identité est élevé, plus les 2 séquences sont similaires. Au-
dessus de 50 %, le résultat est considéré comme fiable.
E-value : Expectation value (ex 1e-50= 10-50) : estime la probabilité de trouver le même résultat
par hasard. Plus la valeur est faible (proche de 0), meilleure est le résultat. Au-dessus de 0.001,
les résultats ne sont pas bons.
.
[Link]
Les enzymes permettant la dégradation des Résultats de coloration au « carmino vert » : La coloration des coupes végétales par le
composés de la paroi des cellules végétales : « carmino vert » permet de colorer deux composants des parois
La paroi des cellules végétales est constituée de
molécules différentes, chacune dégradée par une Cellulose en rose Lignine en vert
enzyme spécifique :
Molécule dégradée Enzyme
Cellulose Cellulase
Xylane Xylanase
Mannose Mannase
Pectine Pectinase
