I- Introduction sur les caractéristiques des bactéries
Les bactéries ne sont pas les seuls micro-organismes :
Micro-organismes eucaryotes (levures, champignons microscopiques, micro-algues,
protozoaires)
Virus (virus de cellules eucaryotes, virus de bactéries = bactériophages)
ATNC: Agents Transmissibles Non Conventionnels (prions, viroïdes, virusoïdes)
Répartition des différents organismes
Animaux
Eucaryotes supérieurs
Végétaux
Microorganismes eucaryotes Eucaryotes inférieurs
Bactéries Procaryotes
Virus
Bactériophages Ce ne sont pas de cellules
ATNC
1
Différences majeures entre les cellules eucaryotes et les cellules procaryotes :
Eucaryotes Procaryotes
Structures membranaires
- Membrane plasmique + +
- Membrane externe - + (chez bactéries Gram-)
- Mitochondries + -
- Chloroplastes + -
- Appareil de Golgi + -
- Membrane nucléaire + -
- Lysosomes + -
Ribosomes 80S 70S
- Animaux
Paroi + mais de type différent
+ Végétaux
Organisation génétique
- Noyau + -
- Présence d’intron + - (très rares exception)
- Division mitose sissiparité
2
I- Introduction sur les caractéristiques des bactéries
1) Aspects morphologiques.
a) taille
La taille des bactéries est de l’ordre du micromètre
Protozoaire 10-100 µm
Cellule épithéliale 30 µm
Globule rouge 8 µm
Mitochondrie 1 à 10 µm
Bactérie typique 1 à 4 µm
Virus typiques 5 à 300 nm
Protéines 4 à 10 nm
Infection de macrophages par la bactérie Escherichia coli
(Les flèches rouges présentent des bactéries dans des vacuoles)
Olivares-Morales et al. Front. Immunol., 2018 ttps://doi.org/10.3389/fimmu.2018.01026 3
> 107 bactéries /ml au sein d’une
milieu liquide dont on observe
un trouble lié aux bactéries
> 106 bactéries au
sein d’une colonie
visible à l’œil nu
4
I- Introduction sur les caractéristiques des bactéries
1) Aspects morphologiques.
b) Forme des bactéries
La forme des
bactéries est variable
5
I- Introduction sur les caractéristiques des bactéries
1) Aspects morphologiques.
c) Arrangement cellulaire
Dispositions particulières suivant les espèces.
Exemple chez les coques Chaînettes
Diplocoques
Tétrades
Cubes
Grappes
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(Mêmes organisations chez les bacilles)
I- Introduction sur les caractéristiques des bactéries
2) Structures de la cellule bactérienne.
a) Organisation générale d’une cellule bactérienne
Exemple d’une cellule à Gram positif :
Fimbriae
Cytoplasme
Membrane plasmique Ribosome
Paroi
Nucléoïde
Capsule
Corps d’inclusion
Pilus Plasmide
Flagelle
Elément facultatif
7
D’après : Parker et al. Microbiology 2016 ASM Press
I- Introduction sur les caractéristiques des bactéries
2) Structures de la cellule bactérienne.
b) Fonction des différentes structures
La membrane plasmique = barrière sélectivement perméable, c’est parfois le lieu du
processus de respiration et de photosynthèse.
Vacuoles de gaz (non représentée sur la figure) = flotteur
Ribosomes = synthèse protéique
Corps d’inclusion = réserves de carbone, phosphate et ou autres substances
Nucléoïde, plasmides = localisation du matériel génétique
Paroi = forme cellulaire, résistance à la lyse en milieu hypotonique
Fimbriae = attachement aux surfaces
Pili sexuels = transfert de matériel génétique
Flagelle(s) = déplacement
Endospore (non représentée sur la figure) = survie dans les environnements difficiles.
8
3) L’enveloppe bactérienne.
paroi
Particularités dans le cas des mollicutes, archaebactéries et mycobactéries (bacilles acido-alcoolo-résistants).
9
Capsule
Lipoarabinomannane
Lipides libres de la
mycomembrane
Mycomembrane (Tréhalose monomycolate, tréhalose
dimycolate, sulfolipide, diacyl théhalose,
glycolipide phénolique…)
Acides mycoliques
Arabinogalactane
Paroi
Peptidoglycane
Lipoarabinomannane
Membrane
plasmique
Phospholipide
Enveloppe d’une mycobactérie 10
D’après : Touchette et Seeliger Biochimica et Biophysica Acta 2017
3) L’enveloppe bactérienne.
a) La paroi (cell wall)
Bactérie à Gram positif Bactérie à Gram négatif
Acide
téïchoïque
Acide
lipotéïchoïque
Paroi Peptidoglycane
11
Le peptidoglycane
Acide aminé
N acétyl glucosamine acide N acétyl muramique
(G) (M)
12
Le peptidoglycane
Phosphate
ou
acétyle
OH
Acide aminé
N acétyl glucosamine acide N acétyl muramique
(G) (M)
13
Le peptidoglycane
D-Glu
D-Ala
Acides aminés L-Asp
L-Lys
Gly
DAP
…
NH2 CH COOH NH2 CH COOH
CH2 CH2
CH2 CH2
CH2 CH2
Acide aminé NH2 CH COOH
CH2 NH2
L Lysine acide Di Amino Pimelique
L-Lys DAP 14
Le peptidoglycane
15
Le peptidoglycane
Nombreux Chimiotypes différents : 3 exemples
L ala L ala L ala L ala
L ala L ala
gly gly
D glu D glu D glu D glu
D glu D glu
DAP L lys L lys D ala L lys
L lys
DAP L lys D glu
D ala D ala (gly)5 D ala L ala D ala
D ala D ala
Escherichia coli Staphylococcus aureus Micrococcus luteus
(Gram- mais peptidoglycane
dans espace périplasmique)
16
Le peptidoglycane
Glucosidase
Lysozyme
Acétyl muramyl AA amidase
Acétyl muramyl L alanine amidase
L ala
17
Synthèse du peptidoglycane
18
3) L’enveloppe bactérienne.
a) La paroi (cell wall)
Bactérie à Gram positif Bactérie à Gram négatif
Acide
téïchoïque
Acide
lipotéïchoïque
Paroi Peptidoglycane
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Man Glc Mur
Nac Nac Nac
Poly glycérol phosphate
ou
poly ribitol phosphate
Poly glycérol phosphate
ou
poly ribitol phosphate
20
Source : Dynamics of Bacterial Cell Wall CHAPOT-CHARTIER INRAE
21
22
Source : Brown et al Annu. Rev. Microbiol 2013
paroi
Espace périplasmique = périplasme
23
Fonctions de la paroi
peptidoglycane + acides téichoïques forment une carcasse à la surface de la cellule permettant
à celle-ci de lutter contre la pression osmotique interne :
Chez les Gram positifs la paroi maintien la forme des bactéries
Un protoplaste = bactérie Gram+ sans peptidoglycane
Un sphéroplaste = bactérie Gram- sans peptidoglycane
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3) L’enveloppe bactérienne.
b) La membrane plasmique
Bactérie à Gram positif Bactérie à Gram négatif
25
Composition de la membrane plasmique
50% de lipides environ + 50% de protéines environ
Lipides : 3 principaux phospholipides observés :
- Phosphatidyl éthanolamine 70-90%
- Phosphatidyl glycérol 5-15%
- Di-Phosphatidyl glycérol = cardiolipide 5-15%
26
Phospholipides
27
Cyclo-propane
Hydrophobe Hydrophile
Cyclo-hexane 28
Composition de la membrane plasmique
50% de lipides environ + 50% de protéines environ
Protéines : Très diverses
- Des protéines intégrées transversales (1)
- Des protéines intégrées au niveau d’un seul feuillet (2 et 3)
- Des protéines ancrées par des lipides (= lipoprotéines)
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Protéines intégrées (transversales ou au niveau d’un seul feuillet) possèdent des régions
hydrophobes ou des séquences capables après association de former une zone hydrophobe
= zone hydrophobe)
Protéines ancrées par des lipides (= lipoprotéines)
Diacylglycérol Diacylglycérol
O H O H
C O C H C O C H
C O C H C O C H
O H C H O H C H
Liaison ou Liaison
S thioether S thioether
H C H O H C H
H2N CH C C N CH C
Cys Protéine Acide gras H Cys O Protéine
O
30
Phospholipides
31
32
Fonctions de la membrane plasmique :
•Fonction de barrière
•Fonction d’échange (diffusion facilitée et transport actif)
•Fonctions impliquées dans la synthèse de structures bactériennes.
•Fonctions de sécrétion de protéines dans le milieu extérieur
•Protéines de la membrane plasmique impliquées dans la mobilité bactérienne
•Chez certaines bactéries aérobies : la chaine de transporteur d’électron
•La membrane plasmique est impliquée dans la réplication du génome bactérien
33
3) L’enveloppe bactérienne.
c) La membrane externe
Bactérie à Gram positif Bactérie à Gram négatif
membrane
externe
34
35
Composition
phospholipides + protéines + Lipopolysaccharides (LPS)
phospholipides = les mêmes que dans la membrane plasmique
Lipopolysaccharides (LPS)
Lipide Sucre
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LPS
(Hep) L-glycerol-D-manno-heptose; (Gal) galactose; (Glc) glucose; (KDO) 2-keto-3-deoxyoctonic acid;
(NGa) N-acetyl-galactosamine; (NGc) N-acetyl-glucosamine 37
OmpA Porine
LPS
Membrane
externe
Phospholipide
NH2 NH2
Lipoprotéine
de Braun
Espace
périplasmique
COOH COOH
DAP
38
Protéines
Les plus importantes en quantité:
- Lipoprotéine de Braun : 7,2 KDa attachée en N terminal au groupement lipidique et en C
terminal à un acide diaminopilélique (DAP) du peptidoglycane. La lipoprotéine de Braun assure
donc un lien entre le peptidoglycane et la membrane externe.
- Les porines : souvent une structure trimérique. Elles forment un canal de diamètre variable en
fonction des porines et qui laisse passer des molécules de petite taille (sucres simples, bases,
acides aminés, ions…) ex : OmpC, OmpF, PhoE…
- OmpA aurait un rôle de structure
- Des protéines transporteurs spécifiques
- Beaucoup portent le nom OmpX (Omp pour Outher membrane protein)
39
Rôles de la membrane externe
- Un rôle de barrière
- Le maintien de la forme de la bactérie
- Une résistance plus grande aux bactériophages via la synthèse des LPS car les chaînes AgO
empêchent certains bactériophages d’infecter les bactéries
- Une résistance accrue à la phagocytose.
Espace périplasmique = périplasme
- Nombreuses protéines fonction d’hydrolyse de substrats en plus petites molécules, protéines
affines pour le transport actif de composés spécifiques.
40
4) Les flagelles.
Un des moyens de locomotion mais pas le seul
Twitching : Secousses
Swarming : Fourmillement
Gliding : Rampement
Swimming : Nage
Sliding : Glissement
41
Aryal 2021 Microbe Notes 7 juin 2021 Cazalet et Buchrieser 2005 médecine sciences 21:451-557
Parker et al. Microbiology 2016 ASM Press
42
Gram- Gram+
Coupe au niveau du filament
Flagelles bactériens Flagelles des eucaryotes = 9 paires
43
Hélice à pas gauche
44
Parker et al. Microbiology 2016 ASM Press
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Sous quels effets une bactérie se déplace-t-elle ?
Chimiotaxie (suivant la concentration de substances chimiques)
Substance attractive Substance attractive
Bactéries Bactéries
Substance répulsive Substance répulsive
Phototaxie (suivant la lumière) : certaines longueurs d’onde sont
attractives, d’autres sont répulsives.
Aerotaxie (suivant la teneur en oxygène)
Thermotaxie (suivant la température)
Viscotaxie (suivant la viscosité)
Une bactérie se déplace en faisant tourner son(ses) flagelle(s) dans un sens puis dans un autre.
46
Parker et al. Microbiology 2016 ASM Press
47
Le mécanisme de la chimiotaxie.
En absence d’attractant les protéines MCP
(Protéines de Chimiotaxie acceptant le Méthyle)
sont hautement méthylées (jaune), CheA est
activée par phosphorylation.
Une fois activé, il phosphoryle les régulateurs de
réponse CheY et CheB. CheB-P déméthyle les MCP
et le niveau élevé de CheY-P interagit avec le
moteur flagellaire, augmentant la fréquence de
rotation dans le sens des aiguilles d'une montre
(CW), ce qui provoque le pivotement sur place de
la bactérie.
Les MCP associées à une substance (attractante
sont moins méthylées (orange), elles maintiennent
CheA dans un état inactif non phosphorylé..
De plus, les niveaux de CheY-P sont réduits, ce qui
entraîne une augmentation de la durée de rotation
des flagelles dans le sens antihoraire (CCW),
provoquant le déplacement de la bactérie.
PE, périplasme La méthylestérase CheB n'est plus active et ne
IM, membrane interne déméthyle plus les MCP. La méthylation des MCP
Z, CheZ
W, CheW.
par CheR diminue la sensibilité de ces récepteurs,
Les flèches discontinues grises indiquent des réactions ce qui explique le switch permanent entre les 2
inexistantes. sens de rotation
48
Martinez et al. PLOS ONE 2013
5) Les pili sexuels et pili communs ou fimbriae.
49
6) Les corps d’inclusion.
Polyhdroxyalcanoate (PHA) 50
7) La capsule et la couche visqueuse : Glycocalyx
Capsule Couche visqueuse
nature polyosidique ou polypeptidique.
Observation de capsule
(Acinetobacter calcoaceticus)
à l’encre de chine
Taylor and Juni Journal of Bacteriology 1961
Ex : l’acide aldobionique = acide glucuronique + glucose
51
7) La capsule et la couche visqueuse : Glycolalyx
- Elles ont un rôle pour aider les bactéries à résister à la phagocytose (ex. de Streptococcus
pneumoniae).
- Moyen de lutter contre la dessication.
- Excellent rempart contre les bactériophages et contre des substances chimiques (détergents).
- Dans certains cas permet aux bactéries de se fixer sur des surfaces ou de former des biofilms.
Streptococcus pneumoniae
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8) Les vacuoles de gaz
cyanobactérie Microcystis aeruginosa
53
9) Le nucléoïdes et les plasmides
54
9) Le nucléoïdes et les plasmides
Nucléoïde (quelques millions de pb)
Plasmides (quelques milliers de pb)
55
Plasmides
10) Les ribosomes
- Ribosomes procaryotes constitués de 38% de protéines et de 62% d’ARNr ; taille = 70S (Unité Svedberg).
Chez les procaryotes :
70S 50S = ARNr23S + ARNr5S + 32 protéines (L1 à L32)
30S = ARNr16S + 21 protéines (S1 à S21)
Chez les eucaryotes :
80S 60S = ARNr28S + ARNr5,8S + ARNr5S + 50 protéines
40S = ARNr18S + 30 protéines
56
11) La spore bactérienne
Spores
57
58
Division
Croissance végétative
Germination Initiation de la sporulation
Exospore
Libération de la spore Division asymétrique
Endospore
Formation de l’Exosporium
Engloutissement
Préspore
Formation des Tuniques Formation du Cortex
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Génome
1ère membrane
Cortex
2ème membrane
Tuniques
Exosporium
Spore
60
constitué de peptidoglygane à structure particulière
= enchainement de N acétyl glucosamine (G) et de N acétyl
acide muramique (M) mais sur 3 acides muramiques
successifs, on trouve des éléments différents :
- M cyclisé pour former l'acide muramique γlactame.
Cortex - M possédant une chaine constitué d’1 résidu L-alanine
- M avec une chaine d’acide aminé normale
Spore = faible degré de pontage entre les différentes chaines de
sucre : structure lache facilement être hydrolysable lors de la
germination de la spore.
Il n’y a pas d'acide teichoïque au niveau du cortex.
61
Succession de couches
constitué majoritairement
- de protéines riches en tyrosine et cystéines, elles ont une
structure de type kératine. Elles contiennent aussi beaucoup
d’acides aminés hydrophobes.
rôles
Tuniques
- confèrent une résistance contre les enzymes qui peuvent
dégrader le cortex telles que le lysozyme
Spore - confèrent une résistance contre des substances sporocides
comme le peroxyde d'hydrogène
- impliquées dans la germination des spores
parfois : MET révèle deux couches bien distinctes : tunique
interne et tunique externe.
62
-> réfringence en microscopie optique
constitué majoritairement
- glycoprotéines (exosporines)
- protéines
Exosporium rôles
Spore
- résistance à des traitements chimiques et enzymatiques.
- propriétés d'adhésion
- rôle dans la germination.
parfois : cils à la surface de cet exosporium
Spore de
Bacillus anthracis
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accumulation de dipicolinate de calcium
Cœur de la spore rôle = thermorésistance.
Spore
énergie stockée sous forme de 3 phospho glycérate
dipicolinate de calcium
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Figure 3.20 (a) Sporulation begins following asymmetric cell division. The forespore becomes surrounded by a double layer of
membrane, a cortex, and a protein spore coat, before being released as a mature endospore upon disintegration of the mother cell. (b)
An electron micrograph of a Carboxydothermus hydrogenoformans endospore. (c) These Bacillus spp. cells are undergoing sporulation.
The endospores have been visualized using Malachite Green spore stain. (credit b: modification of work by Jonathan Eisen)
65
Parker et al. Microbiology 2016 ASM Press
