Sous la direction de

Ilaria Capua, Dennis J. Alexander

Influenza aviaire et
maladie de Newcastle
Un manuel de diagnostic de terrain et de laboratoire

Préface de Bernard Vallat et Joseph Domenech

Influenza aviaire et maladie de Newcastle
Springer
Paris
Berlin
Heidelberg
New York
Hong Kong
Londres
Milan
Tokyo
Sous la direction de
Ilaria Capua • Dennis J. Alexander

Influenza aviaire
et maladie de Newcastle
Un manuel de diagnostic de terrain
et de laboratoire

Traduction supervisée par Véronique Jestin,

Chef d’unité virologie, immunologie, parasitologie aviaires
et cunicoles et responsable du Laboratoire national de
référence pour l'influenza aviaire et la maladie de Newcastle

Préface de Bernard Vallat (OIE) et Joseph Domenech (FAO)

Coordinateurs
Ilaria Capua Dennis J. Alexander
Chef du service de virologie Ancien directeur du
Directeur de l’OIE/FAO et du laboratoire de référence de l’UE OIE/FAO
laboratoire national de référence pour l’inuenza aviaire
pour l’inuenza aviaire et la maladie de Newcastle et la maladie de Newcastle
Istituto Zooprolattico Sperimentale delle Venezie Agences des laboratoires vétérinaires
Legnaro, Padoue, Italie Weybridge, Royaume-Uni.
icapua@[Link] [Link]@[Link]

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ISBN 978-2-287-99336-7 Springer Paris Berlin Heidelberg New York

© Springer-Verlag France, Paris, 2013

Springer est une liale de Springer Science+Business Media
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Cet ouvrage est la traduction de la version anglaise :

Avian Inuenza and Newcastle Disease : A Filed and Laboratory Manual by Ilaria Capua and Dennis J. Alexander
ISBN 978-88-470-0825-0
© Springer-Verlag Italia 2009

Imprimé en France

Cet ouvrage a été produit avec la collaboration technique de L'Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l'agriculture
(FAO). Les points de vue exprimés dans ce livre sont ceux des auteurs et ne reètent pas nécessairement ceux de la FAO.

Cet ouvrage est soumis au copyright. Tous droits réservés, notamment la reproduction et la représentation, la traduction, la réimpression,
l’exposé, la reproduction des illustrations et des tableaux, la transmission par voie d’enregistrement sonore ou visuel, la reproduction
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utilisés par chacun.

La maison d’édition décline toute responsabilité quant à l’exactitude des indications de dosage et des modes d’emplois. Dans chaque
cas il incombe à l’usager de vérier les informations données par comparaison à la littérature existante.

Les coordinateurs et les éditeurs remercient Papi Editore de les avoir autorisés à reproduire une partie de l’iconographie publiée dans
l’ouvrage A colour Atlas and Text on Avian Inuenza (I. Capua, F. Mutinelli).
© 2001, Papi Editore
Illustration de couverture : reproduite avec l’aimable autorisation d’Amelio Meini
Maquette de couverture : Jean-François Montmarché
Mise en page : Thomson Digital
 Cet atlas est dédié à la mémoire de Dr Giovanni Vincenzi, ancien
chef des services vétérinaires de la région de la Vénétie en Italie,
en reconnaissance sincère pour sa contribution inestimable dans le
domaine de la santé publique vétérinaire.
Remerciements

Pour la version française, les auteurs remercient tout particulièrement Angélique Angot
pour son aide précieuse et son soutien à la validation de la traduction, et Paul-Pierre
Pastoret, Conseiller scientique à l'OIE.

Les coordinateurs et les éditeurs expriment leur gratitude envers Giovanni Ortali,
Veniero Furlattini, Anna Toffan, Roberta De Nardi, Ezio Bianchi, Francesco Prandini,
Filippo Cilloni pour leurs contributions et envers toutes les personnes qui ont fourni
l’iconographie contenue dans ce manuel.
Nous sommes particulièrement reconnaissants envers Roberta Bassan, Anna Bidese,
Marilena Campisi, Michaela Mandelli et Marta Vettore pour leur soutien au niveau de
l’organisation et du secrétariat.
Nos remerciements particuliers vont à Amelio Meini pour ses croquis et dessins
ainsi que pour le tableau illustrant la couverture.
Les coordinateurs et les éditeurs souhaitent également exprimer leur gratitude
envers les collègues suivants, pour leur avoir accordé l'autorisation de reproduire des
images scientiques et des dessins leur appartenant :

Nadim Mukhles Amarin Boehringer Ingelheim, ofce régional du Moyen-Orient,

Dubai, EAU

Daniel Baroux Laboratoire départemental d’analyses de l’Ain, chemin de la Miche,

01000 Bourg-en-Bresse, France

Caroline Brojer Service des plantes et animaux sauvages, des poissons et de l’envi-
ronnement, Institut national vétérinaire (SVA) SE-751 89 Uppsala, Suède

Corrie Brown Service de pathologie vétérinaire, Université de Médecine Vétérinaire,

501 D.W. Brooks Drive, Athens, GA 30602-7388, USA

Antonio Camarda Facoltà di Medicina Veterinaria, Dipartimento di Sanità e Benes-

sere Animale, Sezione Patologie Aviarie, Str. Prov. per Casamassima Km 3, Valen-
zano, 70010 Bari, Italie

Ahmed Abd ElKarim Consultant privé, Giza, Caire, Égypte

Victor Irza Centre fédéral pour la santé animale (FGI-ARRIAH), Fédération de Rus-
sie

Desiree Jansson Service des volailles, SVA, 75189 Uppsala, Suède

Walid Hamdy Kilany Institut de recherche sur la santé animale, Laboratoire national
pour le contrôle de la qualité vétérinaire de la production avicole, rue Nadi El Saied,
Dokki, Giza, Égypte
VIII Remerciements

Amelio Meini Intervet Italia, Via Tobagi 7, 20068 Peschiera Borromeo, Italie

Zenon Minta Institut national de recherche vétérinaire, [Link], 57, Pulawy,

PL-24-100, Pologne

Vladimir Savic Directeur de l’Institut vétérinaire croate, chef du centre avicole,

Zagreb, Croatie

Thierry Van den Berg Centre de recherche vétérinaire et agrochimique, Groeselen-

berg 99B-1180 Bruxelles, Belgique

A.H. Zahdeh Vétérinaire privé, Jordanie

Préface

L’élevage des volailles est l’une des principales activités agricoles permettant de
procurer à la planète entière des protéines de grande qualité.
Au cours du siècle dernier, les pays industrialisés et de nombreux pays en transition
ou en développement sont passés d’un élevage à prédominance familiale à un élevage
avicole de type intensif intégré.
Les maladies virales sont très présentes chez les volailles, mais du fait du peu de
signes cliniques spéciques ou de lésions pathognomoniques liées aux différentes
affections, elles sont souvent mal diagnostiquées.
Les infections des volailles par le virus de l’inuenza aviaire hautement pathogène
(IAHP), ou celui responsable de la maladie de Newcastle (ND), s’accompagnent géné-
ralement d’une forte mortalité et de pertes économiques importantes pour l’industrie
productrice de volaille, non seulement du fait de la perte d’animaux ou de productivité
résultant directement de la maladie, mais également du fait des restrictions imposées
au commerce et des embargos.
De plus, certaines souches de l’IAHP sont pathogènes pour l’homme, chez qui elles
entraînent régulièrement des conséquences mortelles. L’infection mortelle d’autres
mammifères comme les félidés ne peut être négligée.
L’inuenza aviaire hautement pathogène et la maladie de Newcastle sont considé-
rées comme étant les deux maladies les plus importantes des volailles.
L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et l’Organisation des Nations
Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) ont toujours reconnu l’importance
cruciale de ces deux maladies et ont répondu aux épizooties de manière proactive, par
la rédaction de lignes directrices, ainsi que d’autres publications et recommandations,
par l’organisation de missions dans les pays où ces maladies surviennent an d’évaluer
la situation et de fournir de l’expertise et du support à leurs Pays Membres. Même si
la situation s’est améliorée ces dernières années, la vigilance reste de mise. Prenant
conscience du dé auquel la communauté vétérinaire fait face pour améliorer le statut
sanitaire des animaux à l’échelle mondiale, ce manuel a été conçu comme un instru-
ment d’appui aux laboratoires, ainsi qu’aux Services vétérinaires ofciels et privés,
pour faciliter le diagnostic et la gestion des foyers d’inuenza aviaire et de maladie de
Newcastle. On peut constater que l’objectif a été atteint. L’amélioration des efforts de
diagnostic à un niveau global se traduira inévitablement par une amélioration parallèle
des stratégies de contrôle, avec pour résultat une meilleure sécurité alimentaire et le
maintien de la rentabilité de l’industrie productrice de volaille dans un environnement
sain tant pour l’homme que pour l’animal.
X Préface

Nous tenons à féliciter et à remercier les deux coordinateurs de cet ouvrage, Drs Ilaria Capua et Dennis
J. Alexander, ainsi que tous les auteurs sollicités. Nous remercions également le Dr Véronique Jestin, pour
avoir supervisé la traduction de la version française, et Madame Nathalie Huilleret des éditions Springer.
Nous souhaitons une large diffusion à cet ouvrage extrêmement utile.

Docteur Bernard Vallat

Directeur général
Organisation mondiale
de la santé animale (OIE)

Docteur Joseph Domenech

Ex Chef du service santé animale
et Chef vétérinaire ofciel
Organisation des Nations unies
pour l’alimentation et l’agriculture (FAO)
Remarques préliminaires

Cette publication témoigne des efforts entrepris ces dernières années par le person-
nel du Laboratoire international de référence de l’OIE/FAO (LIR) pour l’influenza
aviaire et la maladie de Newcastle, à l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Vene-
zie (IZSVe) de Padoue en Italie, en réponse à la crise mondiale de l’influenza aviaire.
Les virologues, les diagnosticiens, les biologistes moléculaires et les épidémiologistes
du LIR ont rassemblé les informations recueillies dans le cadre de la gestion et du
diagnostic des épizooties d’influenza aviaire et de la maladie de Newcastle à travers
le monde, avec pour objectif l’amélioration de la santé animale et publique. Nous
souhaitons adresser nos sincères remerciements à tous les membres du personnel de
l’IZSVe impliqués dans ce projet, au Dr D.J. Alexander pour ses conseils et ses contri-
butions et au Dr B. Vallat et au Dr A. Petrini de l’Organisation mondiale de la santé
animale (OIE) pour le temps et le soutien qu’ils ont pu nous accorder. Cette publica-
tion n’aurait pas été possible sans le soutien de l’Organisation des Nations unies pour
l’alimentation et l’agriculture (FAO), la Commission européenne, le ministère italien
de la Santé et les Services vétérinaires de la région de la Vénétie, qui ont promu et
soutenu financièrement le LIR à travers des projets ciblés, axés sur la collaboration
internationale. Notre reconnaissance va également à nos collaborateurs pour la mise à
disposition de données et de tableaux, conférant à cette publication un caractère unique.

Giuseppe Dalla Pozza

Président
Istituto Zooprofilattico
Sperimentale delle Venezie

Igino Andrighetto Stefano Marangon

Directeur général Directeur scientifique
Istituto Zooprofilattico Istituto Zooprofilattico
Sperimentale delle Venezie Sperimentale delle Venezie
XII Remarques préliminaires

Je suis honoré par l’opportunité qui m’est offerte de présenter ce livre, qui est le reflet
concret des niveaux d’excellence atteints par les scientifiques italiens travaillant dans le
secteur de la santé publique vétérinaire. Le laboratoire de référence italien de l’OIE et
de la FAO pour la maladie de Newcastle et l’influenza aviaire, basé à l’Istituto Zoopro-
filattico Sperimentale delle Venezie de Padoue en Italie, est reconnu sur le plan inter-
national comme étant l’un des principaux laboratoires dans ce domaine en matière de
recherche et de diagnostic. Il a conduit à la réalisation de nombreuses percées dans ses
domaines d’expertise, y compris la mise en place de stratégies de vaccination visant à
la maîtrise et à l’élimination de l’influenza aviaire à déclaration obligatoire, ainsi que
la réalisation d’une campagne internationale pour le partage des données génétiques
obtenues à partir des isolats d’influenza aviaire et impliquant des instituts de recherche
médicale et vétérinaire. De plus, l’institut a appuyé et soutenu les efforts entrepris à
travers le monde dans les domaines de la recherche et du diagnostic, en particulier sur
le continent africain, en Asie centrale et au Moyen-Orient, mettant, de ce fait, des don-
nées pertinentes à disposition de l’ensemble de la communauté scientifique dans ses
efforts pour gérer la menace que représente l’influenza aviaire. Le réseau mondial établi
en réponse à la crise du H5N1, et en particulier la coopération entre les pays méditerra-
néens, africains et arabes, a ouvert la voie à des collaborations productives dans tous les
domaines de la santé vétérinaire publique et a permis de progresser constamment vers
l’objectif global d’amélioration de la santé publique à travers le monde.

Romano Marabelli
Chef des services vétérinaires italiens

Cette publication fait suite à un premier volume traitant de ce sujet et intitulé An

Atlas and Text on Avian Influenza, publié en 2001 avec le soutien de la région de la Véné-
tie. La première édition servit à la diffusion de l’information recueillie par le personnel
de l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie durant l’épizootie italienne d’in-
fluenza aviaire H7N1 de 1999–2000, présageant une série d’épizooties dévastatrices en
Europe, en Amérique, en Asie et en Afrique. Ilaria Capua et son équipe scientifique,
en collaboration avec Dennis Alexander, ont recueilli les données générées sur le plan
international entre 1999 et 2008 sur les infections provoquées par l’influenza aviaire
et la maladie de Newcastle. Des informations concernant l’épidémiologie, les signes
cliniques, la pathologie, les techniques de laboratoire et une importante quantité de
figures et de tableaux ont été rassemblées intelligemment au sein de cette publication
destinée à soutenir les efforts des diagnosticiens, des scientifiques et des vétérinaires
officiels dans le cadre de la gestion de ces infections.
Nous souhaitons nous joindre aux auteurs pour reconnaître le rôle clef du Dr Gio-
vanni Vincenzi, auquel ce livre est dédié, dans la gestion des crises relatives à la santé
animale ayant affecté le Nord-Est de l’Italie lorsqu’il était au poste.
Nous exprimons notre reconnaissance aux éditeurs et auteurs de cette publication
qui deviendra certainement un guide essentiel dans la lutte contre l’influenza aviaire et
la maladie de Newcastle au niveau mondial.

Giancarlo Galan Elena Donazzan

Gouverneur de la région de Vénétie Chef des autorités de santé vétérinaire
Région de Vénétie
Avant-propos

Ces derniers temps, la propagation des virus de l’inuenza aviaire (IA) à travers le
monde, en particulier les virus IA hautement pathogènes appartenant spéciquement
au sous-type H5N1, ont mis en péril la vie des petits établissements avicoles ruraux
qui avaient été historiquement menacés par les virus de la maladie de Newcastle (ND).
L’apparition de ces deux infections à l’échelle mondiale menace aussi bien les sys-
tèmes d’élevage avicole intensifs que les élevages en plein air.
Ces maladies présentent de nombreux points communs, notamment un taux de mor-
talité élevé des troupeaux et certaines conclusions sur les plans cliniques et patholo-
giques. Elles peuvent donc facilement être mal diagnostiquées ou confondues l’une
avec l’autre ou avec d’autres maladies virales ou bactériennes.
An de réduire l’impact et la propagation de l’IA et de la ND, il est impératif de dia-
gnostiquer la maladie de façon correcte et de mettre en œuvre des mesures appropriées
pour contenir l’infection et éliminer dénitivement le virus de la zone contaminée. Il a
été démontré que les deux maladies se propagent facilement à travers les frontières et sur
des continents entiers. L’information relative à leur épidémiologie est donc essentielle à
l’amélioration des directives existantes en ce qui concerne leur maîtrise.
La conception de ce manuel est le fruit des efforts entrepris dans le but de guider les
laboratoires de référence internationaux, d’où l’acquisition d’expérience et d’information
provenant des épizooties ayant eu lieu dans de nombreux pays du monde. Notre intention
est de fournir aux vétérinaires et aux techniciens un manuel de terrain et de laboratoire
contenant toutes les informations se rapportant au diagnostic et à la gestion d’une épizootie
d’IA ou de ND. Nous y avons également inclus, à l’usage des autorités vétérinaires, des
informations et documents d’appui permettant de résoudre leurs problèmes de gestion.
Le CD-Rom, joint à cette publication, a pour objectif de proposer aux formateurs et
aux enseignants d’université des diapositives et des vidéoclips des infections rencon-
trées sur le terrain et des infections obtenues par voie expérimentale ; cela permettra
ainsi aux étudiants et aux stagiaires de découvrir les aspects cliniques et pathologiques
de l’IA et de la ND. Des chiers PDF des protocoles et des formulaires de demandes
peuvent également être téléchargés si besoin.
Nous pensons que cette publication sera utile aux professionnels concernés par les
élevages d’oiseaux. Enn nous sommes convaincus que l’amélioration des commu-
nications et du diagnostic favorisera une plus grande disponibilité de l’information
essentielle à une meilleure compréhension de l’écologie, de l’épidémiologie et des
implications de ces maladies sur la santé animale et humaine.

Ilaria apua C Dennis . Alexander

J
Table des matières

1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine

des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Ilaria Capua et Dennis J. Alexander

2 Écologie et épidémiologie de la maladie de Newcastle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

Dennis J. Alexander

3 Notification de l’influenza aviaire et de la maladie de Newcastle

à l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Antonio Petrini et Bernard Vallat

4 Inverventions d’urgence en cas de suspicion d’une épizootie d’influenza

aviaire ou de maladie de Newcastle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Manuela Dalla Pozza et Stefano Marangon

5 Techniques d'examen post-mortem et prélèvement d’échantillons . . . . . . . 41

Calogero Terregino

6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus

influenza aviaire ; directives pour la visite des exploitations
et diagnostic différentiel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Ilaria Capua et Calogero Terregino

7 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79

Calogero Terregino et llaria Capua

8 Diagnostic moléculaire de l’influenza aviaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93

Giovanni Cattoli et Isabella Monne

9 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques de l’infection causée

par le virus de la maladie de Newcastle ; directives pour la visite des
élevages et le diagnostic différentiel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Calogero Terregino et llaria Capua

10 Méthode conventionnelle de diagnostic de l’infection par le virus de la

maladie de Newcastle. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Calogero Terregino et llaria Capua
XVI Table des matières

11 Diagnostic moléculaire du virus de la maladie de Newcastle. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133

Giovanni Cattoli et Isabella Monne

12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire

ou de maladie de Newcastle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Maria Serena Beato et Paola De Benedictis

Sites Internet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159

Annexe 1 Checklist pour la visite de lieux suspects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Manuela DaIla Pozza

Annexe 2 Formulaire d’enquête épidémiologique sur les foyers d’influenza aviaire

et de maladie de Newcastle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
Manuela DaIla Pozza

Annexe 3 Procédures de biosécurité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177

William G. Dundon

Annexe 4 Réactifs de laboratoire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183

William G. Dundon

Annexe 5 Directives pour l’expédition des échantillons de virus d’influenza aviaire et de

la maladie de Newcastle aux laboratoires de référence de l’OIE . . . . . . . . . . . . . . . . 185
William G. Dundon

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
Collaborateurs

Dennis John Alexander, OBE, BTech, PhD, CBiol FIBiol, FRCPath, DSc, ancien direc-
teur du laboratoire de référence de l’UE OIE/FAO pour l’inuenza aviaire et la maladie
de Newcastle, VLA Weybridge, KT15 3NB RU, [Link]@[Link]

Maria Serena Beato, DVM, service de virologie du laboratoire de référence de l’OIE/

FAO pour l’inuenza aviaire et la maladie de Newcastle ; Istituto Zooprolattico Spe-
rimentale delle Venezie, Viale dell’Università 10, 35020 Legnaro, Padoue, Italie ;
msbeato®izsvenezie .it

Giovanni Cattoli, DVM, PhD, chef du service de virologie du laboratoire de recherche

et de développement du laboratoire de référence national et de l’OIE/FAO pour l’in-
uenza aviaire et la maladie de Newcastle, Istituto Zooprolattico, Sperimentale delle
Venezie, Viale dell’Università 10, 35020 Legnaro, Padoue, Italie ; gcattoli@[Link]

Manuela Dalla Pozza, DVM, service d’épidémiologie de l’Istituto Zooprolattico,

Sperimentale delle Venezie, Viale dell’Università 10, 35020 Legnaro, Padoue, Italie,
[Link]@izsvenezie .it

Paola De Benedictis, DVM, service de virologie du laboratoire de référence national

et de l’OIE/FAO pour l’inuenza aviaire et la maladie de Newcastle, Istituto Zoopro-
lattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell’Università 10, 35020 Legnaro, Padoue
Italie, pdebenedictis@izsvenezie .it

William G. Dundon, BA(mod), PhD, service de virologie du laboratoire de référence

national et de l’OIE/FAO pour l’inuenza aviaire et la maladie de Newcastle, Istituto
Zooprolattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell’Università 10, 35020 Legnaro,
Padoue, Italie, wdundon@[Link]

Stefano Marangon, DVM, directeur scientique, Istituto Zooprolattico, Sperimen-

tale delle Venezie, Viale dell’Università 10,35020 Legnaro, Padoue, Italie ; smaran-
gon@[Link]

Isabella Monne, DVM, laboratoire de recherche et développement du laboratoire

de référence national et de l’OIE/FAO pour l’inuenza aviaire et la maladie de
Newcastle, Istituto Zooprolattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell’Università
10, 35020 Legnaro, Padoue, Italie ; imonne@[Link]

Antonio Petrini, DVM, adjoint au chef du service de l’information, OIE, 12, Rue de
Prony, 75017 Paris, France, [Link]@[Link]
XVIII Collaborateurs

Calogero (Lillo) Terregino, DVM, PhD, chef du service de virologie diagnostique

du laboratoire de référence national et de l’OIE/FAO pour la maladie de Newcastle et
l’inuenza avaire, Istituto Zooprolattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell’Uni-
versità 10, 35020 Legnaro, Padoue, Italie, cterregino@[Link]

Bernard Vallat, DVM, directeur général, OIE, 12, Rue de Prony, 75017 Paris, France,
[Link]@[Link]
 Écologie, épidémiologie et implications sur
la santé humaine des infections provoquées 1
par le virus de l'influenza aviaire

Ilaria Capua et Dennis J. Alexander

1.1 Introduction épizooties hollandaises de H7N7 en 2003 et les épi-

zooties canadiennes de H7N3 en 2004 (Tableau 1.1).
L’inuenza aviaire (IA) est l’une des préoccupa- Les épizooties hollandaises et canadiennes se sont pro-
tions majeures en matière de santé publique ayant pagées également à l’homme, suscitant ainsi davan-
récemment* surgi des réservoirs animaux. L’IA, tage d’inquiétudes en matière de santé humaine. Bien
sous sa forme hautement pathogène (IAHP), était que ces trois épizooties aient été considérées comme
connue de la communauté vétérinaire depuis la n exceptionnelles au niveau de leur amplitude, des
du XIXe siècle lorsqu’un scientique italien, Edoardo coûts et de l’implication sur la santé humaine, elles ne
Perroncito, t état de ce que l’on considère comme furent qu’un prélude à la propagation du virus H5N1
étant le premier cas documenté de « peste aviaire » asiatique et aux craintes engendrées par l’émergence
en tant que maladie à part entière. Pourtant, pen- d’un nouveau virus pandémique chez l’homme, via la
dant plus de 100 ans, l’IAHP s’était révélée être une chaîne de transmission des oiseaux à l’homme.
maladie avicole se manifestant rarement et qui, la
plupart du temps, touchait un nombre non signica-
tif d’oiseaux. En général, l’application de mesures 1.2 Étiologie et émergence de l’IAHP
visant à éradiquer l’infection dans les zones tou-
chées permettait à celle-ci de s’autoréguler ou de Les génomes des virus de l’inuenza sont constitués
la maîtriser efcacement. Cependant, au tournant d’une molécule d’ARN simple-brin, segmentée et de
du nouveau millénaire, il y eut une nette augmenta- polarité négative. Ces virus sont classés dans la famille
tion du nombre de foyers d’IA chez les volailles. La des Orthomyxoviridés. À l’heure actuelle, cette famille
mesure de l’impact de l’IA sur l’industrie avicole a comporte cinq genres : les Inuenzavirus A, les Inuen-
reété une augmentation 100 fois supérieure, avec zavirus B, les Inuenzavirus C (ces genres étaient consi-
23 millions d’oiseaux atteints sur une période de dérés au départ comme étant des « virus inuenza de
40 ans allant de 1959 à 1998 et plus de 200 millions types A, B et C » et cette terminologie est encore utilisée
entre 1999 et 2004 (Capua et Alexander 2004). De aujourd’hui), les Thogotovirus et les Isavirus. Seuls les
plus, en conséquence de la propagation de la lignée virus du genre Inuenzavirus A infectent les oiseaux.
asiatique du virus IAHP H5N1, les implications sur la Les virus inuenza de type A sont classés en sous-
santé humaine des infections causées par l’IA furent types, en fonction des caractères antigéniques de deux
identiées à partir de 1997. Cette propagation a attiré glycoprotéines de surface : l’hémagglutinine (H) et la
l’attention de la communauté scientique de manière neuraminidase (N). À l’heure actuelle, 16 sous-types
drastique et a complètement modié le regard des H (H1-H16) et neuf sous-types N (N1-N9) ont été iden-
communautés scientiques vétérinaire et médicale tiés. Chaque virus comporte une combinaison d’un
sur les infections causées par l’IA. antigène H et d’un antigène N. Tous les sous-types des
Plus récemment, certains foyers sont restés de faible virus inuenza de type A, rencontrés dans la majorité
importance alors que d’autres ont causé des dom- des combinaisons possibles, ont été isolés d’espèces
mages considérables à l’industrie avicole, notamment avicoles. Jusqu’à présent, seuls les virus appartenant
les épizooties italiennes de H7N1 en 1999-2000, les aux sous-types H5, H7 et H10 ont été reconnus comme
*
Cet ouvrage est la traduction de la version anglaise Avian Inuenza and Newcastle Disease parue en 2009. Malgré
tout le soin apporté à sa réalisation par l’éditeur et les auteurs, il est possible que certains aspects épidémiologiques
ne correspondent pas aux évolutions récentes de la maladie.
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Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
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Tableau 1.1 Épizooties de virus d’inuenza aviaire hautement pathogène (IAHP) depuis 1959 : nombre approximatif d’oiseaux et autres caractéristiques pertinentes,
a)
agent causal, séquence du site de clivage, index de pathogénicité intraveineuse (IPIV), nombre d’ élévages.

Acides aminés Nombre approxi-

Virus IAHP Sous-type du site de clivage HA0 IPIV matif de volailles Remarques
(/ = point de clivage) Nombre d’élevages concernées
infectés
1 (petit élevage Premier inuenzavirus appartenant
1 A/Poulet/Écosse/59 (H5N1) PQRKKR/GLF 2,87 NC
de poulets) au sous-type H5
2 A/Dinde/Angleterre/63 (H7N3) PETPKRRRR/GLF 2,78 2 (dindes) ~29 000
3 A/Dinde/Ontario/7732/66 (H5N9) PQRKKR/GLF 8 000
4 A/Poulet/Victoria/76 (H7N7) PEIPKKREKR/GLF 1,76 58 000
5 A/Poulet/Allemagne/79 (H7N7) PEIPKKKKR/GLF 2 (1 poulet, 1 oie) 600 000 poulets Peu d’information publiée au sujet
PEIPKRKKR/GLF, 80 oies de ces épizooties
PEIPKKRKKR/GLF, NC
PEIPKKKKKKR/GLF

6 A/Dinde/Angleterre/199/79 (H7N7) PEIPKKRKR/GLF, 2,80 3 (dindes) 9 262 Plusieurs isolats d’IAFP H7 dans les alentours,
PEIPKRRRR/GLF, aucun ne comportant N7
PEIPKKREKR/GLF
7 A/poulet/Pennsylvania/1370/83 (H5N2) PQRKKR/GLF, 2,37 17 000 000 H5N2 de faible virulence et présentant
le même site de clivage ; a circulé pendant 7 mois
avant de muter et d’acquérir la virulence
8 A/Dinde/Irlande/1378/83 (H5N8) PQRKRKKR/GLF 2,60 4 (2 dindes, 306 020 L’inspection a montré que les canards
2,85 1 croisé, 1 canard) (8 000 dindes, commerciaux étaient infectés, mais
28 020 poulets, aucun signe clinique n’a été observé
270 000 canards)

9 A/Poulet/Victoria/85 (H7N7) PEIPKKREKR/GLF 2,80 1 (poulet) 240 000 IAHP conrmé dans un élévage mais les animaux ayant
été en contact ont été abattus par mesure de précaution
10 A/Dinde/Angleterre/50-92/91 (H5N1) PQRKRKTR/GLF 3,00 1 (dinde) 8 000 Virus de faible virulence (IPIV 0) comportant le même
site de clivage HA0, également isolé

11 A/Poulet/Victoria/1/92 (H7N3) PEIPKKKKR/GLF 2,71 1 (poulet) 18 000 Anticorps anti H7 retrouvés chez des oiseaux
sains de la ferme touchée et des fermes
avoisinantes, y compris un canard

12 A/Poulet/Queensland/667-6/94 (H7N3) PEIPRKRKR/GLF 2,87 1 (poulet) 22 000

I. Capua et DJ. Alexander

(suite)
Tableau 1.1 (suite)
13 A/Poulet/Mexique/8623-607/94 (H5N2) PQRKRKTR/GLF NC NC NC Situation confuse due à la présence de
virus H5N2 IAFP circulant toujours et
à l’utilisation de vaccin
14 A/Poulet/Pakistan/447/94 (H7N3) PETPKRRKR/GLF 2,86 Nombreux 3 200 000 Virus H7N3 IPIV 2,8 ayant réémergé
PETPKRKRKR/GLF, en 2003 ; son rapport avec le virus de
PETPKRRNR/GLF 1995 est confus. Situation compliquée
par des infections répandues de virus
H7N3 IAFP et H9N2
15 A/Oie/Guandong/1/96 (H5N1) PQRRRRKKR/GLF 2,1 Voir note en bas Voir note en bas Virus de faible virulence (IPIV 0)
A/Poulet/Hong Kong/97 PQRRRRKKR/GLF de page de page également isolé avec le même motif
A/Poulet/Eurasie&Afrique/2003 PQRERRRKKR/GLF constituant le site de clivage A/oie/
Guandong/2/96
16 A/Poulet/NGS/97 (H7N4) PEIPRKRKR/GLF 2,52, 3 (2 poulets 160 000 poulets
2,90 1 émeu) 261 émus
1,30 (emeus)

17 A/Poulet/Italie/330/97 (H5N2) PQRRRKKR/GLF 3,00 8 (poulets, dindes, 8000

oies, canards,
pintades, pigeons,
cailles)
18 A/Dinde/Italie/99 (H7N1) PEIPKGSRVRR/GLF 3,00 413 13 732 912 H7N1 IAFP ayant circulé pendant
9 mois avant de muter et d’acquérir la
virulence
19 A/Poulet/Chili/2002 (H7N3) PEKPKTCSPLSRCRETR/GLF 2,43–3,00 ~700 000
20 A/Poulet/Pays-Bas/2003 (H7N7) PEIPKRRRR/GLF 2,94 255 >25 000 000a,b

21 A/Poulet/Texas/2004 (H5N2) PQRKKR/GLF 0,00 1 6600 IAHP dû à la présence du même site

de clivage que Poulet/Écosse/59

22 A/Poulet/Canada-BC/2004 (H7N3) PENPKQAYRKRMTR/GLF 2,87 16 000 000

23 A/Autruche/Afrique du Sud/2004 (H5N2) PQREKRRKKR/GLF 2,73 >30 000 Isolat initial ayant un IPIV de 1,19

24 A/Poulet/Corée du Nord/2005 (H7N7) PEIPKGRHRRPKR/GLF 3,00 3 (poulet) 219 000

1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire

NC, non connu.

Le « virus H5N1 IAHP de lignée asiatique » dont A/oie/Guangdong/1/96 était le virus souche s’est répandu à partir du sud de la Chine depuis 2003. Des foyers ont été rapportés à travers
l’Asie jusqu’en Europe et en Afrique. Le virus semble être devenu enzootique chez les volailles dans certains pays d’Asie, d’Afrique et du Moyen-Orient.
a
Propagation vers l’Allemagne (un élevage, 419 000 poulets) et la Belgique (8 élevages, 2 300 000 poulets).
b
255 lots présentaient une infection conrmée, dont 233 lots commerciaux et 22 élevages de basse-cour ou d’agrément ; de plus, les oiseaux de 1 126 lots commerciaux et 16 521 élevages
3

d’agrément furent éliminés à titre préventif.

4 I. Capua et DJ. Alexander

responsables de l’IAHP chez les espèces sensibles. Mais sauvages. Cette mutation semble avoir été causée
tous les virus H5, H7 et H10 ne sont pas virulents. par divers mécanismes. La plupart des virus IAHP
Chez tous les virus inuenza de type A, l’hémagglu- seraient apparus à la suite d’une duplication sponta-
tinine est produite à partir d’un précurseur HA0. Ce pré- née des triplets de purine, qui se serait traduite par
curseur doit subir un clivage post-traductionnel par les l’insertion d’acides aminés basiques sur le site de
protéases de l’hôte an d’être fonctionnel et de permettre clivage HA0. La cause la plus probable en serait une
aux particules virales de devenir infectieuses (Vey et al. erreur de transcription par le complexe polymérase
1992). Le site de clivage de la protéine précurseur HA0 (Perdue et al. 1998). Toutefois, et comme le font
des virus de l’inuenza aviaire de faible virulence pour remarquer Perdue et al., il ne s’agit certainement
les volailles (virus IAFP) est constitué d’une seule argi- pas là du seul mécanisme responsable de l’émer-
nine ainsi que d’un autre acide aminé basique situé en gence de virus IAHP, puisque certains virus ont été
position -3 ou -4. Le clivage de ces virus ne peut être engendrés par substitution nucléotidique plutôt que
effectué que par des protéases extracellulaires de l’hôte par insertion alors que d’autres présentent des inser-
telles que des enzymes de type trypsine. La multiplica- tions ne comportant pas de nucléotides répétés.
tion est donc restreinte aux organes de l’hôte contenant Les sites de clivage des virus IAHP H7N3,
de telles enzymes, notamment ceux des systèmes respi- découverts en 2002 au Chili (Suarez et al. 2004) et
ratoire et digestif. Les sites de clivage de HA0 des virus en 2004 au Canada (Pasick et al. 2005), présentent
H5 et IAHP sont formés de plusieurs résidus basiques des séquences d’acides aminés distinctes et inhabi-
(arginine et lysine). Ces derniers proviennent, soit d’une tuelles. Ces virus ont émergé suite à des recombinai-
insertion apparente, soit d’une substitution apparente sons avec d’autres gènes (gènes des nucléoprotéines
(Wood et al. 1993 ; Senne et al. 1996 ; Vey et al. 1992) et de la matrice). Ces recombinaisons ont entraîné
et permettent le clivage par une ou plusieurs protéases une insertion de 11 acides aminés sur le site de cli-
intracellulaires ubiquitaires. Il s’agit vraisemblablement vage du virus du Chili et de 7 acides aminés pour le
d’une ou de plusieurs endoprotéases apparentées à la virus du Canada.
subtilisine et agissant sur les proprotéines, principale- Les facteurs responsables de la mutation des
ment la furine (Stieneke-Gröber et al. 1992). Les virus IAFP en IAHP ne sont pas connus. Dans certains
H5 et IAHP sont capables de se multiplier dans tout l’or- cas, la mutation semble avoir eu lieu rapidement
ganisme de l’oiseau endommageant ainsi les organes (sur le site du cas index) après introduction à partir
vitaux et les tissus, et entraînant la maladie et la mort. d’oiseaux sauvages. Dans d’autres cas, la souche de
Certains virus H10 correspondent à la dénition de virus IAFP avait circulé pendant plusieurs mois chez
l’IAHP (Alexander 2008) mais ils ne possèdent pas de les volailles avant de muter. Il est donc impossible
site de clivage multibasique et ne provoquent pas d’in- de prédire si cette mutation aura lieu et quand elle
fection systémique. Ils sont à tropisme rénal et lorsque se fera. On peut, cependant, raisonnablement sup-
le virus est administré par voie intraveineuse, l’altéra- poser que plus la circulation est importante chez les
tion de la fonction de cet organe est déterminante dans volailles, plus la probabilité de mutation en IAHP
la mort de l’oiseau (Swayne et Alexander 1994). augmente. Dans certains cas, les virus IAFP appar-
Le contraire est aussi vrai. Ainsi que l’ont rapporté tenant aux sous-types H5 ou H7 circulent pendant
Londt et al. (2007), au moins quatre virus présentant de très longues périodes sans muter en une forme
des caractéristiques de virulence inhabituelles ont été hautement pathogène (Davison et al. 2003 ; Senne
isolés : A/Poulet/Pennsylvanie/1/83 (H5N2), A/Oie/ et al. 2006 ; Senne 2007).
Guangdong/2/96 (H5N1), A/Dinde/Angleterre/87- Certaines preuves obtenues sur le terrain et en
92BFC/91 (H5N1) et A/Poulet/Texas/298313/04 laboratoire attestent que l’émergence de l’IAHP s’est
(H5N2). Les sites de clivage HA0 de ces virus sont produite après son introduction chez les volailles. En
formés de plusieurs résidus d’acides aminés basiques effet, des résultats d’études phylogénétiques des virus
semblables à ceux des virus IA virulents. Mais ils ne appartenant au sous-type H7 indiquent que les virus
sont pas virulents envers les poulets. IAHP ne constituent pas une ou des lignées distinctes
Aujourd’hui, hormis les isolats H10, seuls les mais semblent être issus de souches non pathogènes
virus appartenant aux sous-types H5 et H7 sont (Banks et al. 2000 ; Röhm et al. 1995). Ces résul-
responsables de l’IAHP. Il semblerait que dans la tats sont appuyés par la sélection in vitro de mutants
plupart des cas l’apparition de ces virus IAHP soit virulents envers les poulets, à partir d’un virus H7
postérieure à l’introduction des virus IAFP H5 et H7 non virulent (Li et al. 1990). L’apparition entre 1999
chez les volailles à partir des réservoirs d’oiseaux et 2000 en Italie de foyers d’IAFP et d’IAHP H7N1
1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire 5

a offert l’opportunité d’étudier les modications 1.3.1 Oiseaux

génétiques conduisant à l’apparition du virus IAHP.
En effet, 199 foyers d’IAFP avaient alors précédé Il a été démontré que les virus de l’inuenza infec-
la mutation conférant la virulence, ce qui engendra tent une grande variété d’oiseaux (Alexander 2000,
ensuite 413 foyers d’IAHP et la perte d’environ 2001 ; EFSA 2005 ; Hinshaw et al. 1981a ; Lvov
16 millions d’oiseaux (Capua et Marangon 2007). 1978), notamment les oiseaux sauvages, les oiseaux
Les analyses phylogénétiques des virus IAFP et captifs, les canards, les poulets, les dindes et les
IAHP ont suggéré que les foyers s’étaient manifes- autres volailles domestiques.
tés à la suite de l’introduction du virus IAFP, dont Ce n’est qu’à partir du milieu des années 1970
une seule lignée avait acquis la virulence par muta- que des recherches furent menées de façon systé-
tion, probablement sous l’effet de processus d’évo- matique sur l’inuenza chez les oiseaux sauvages.
lution associés à l’adaptation du virus à un nouvel Ces recherches révélèrent la présence d’immenses
hôte (la volaille) (Capua et al. 2000). réservoirs de virus d’inuenza chez les populations
Les virus IAHP ne sont pas nécessairement viru- d’oiseaux sauvages (EFSA 2005 ; Olsen et al. 2006 ;
lents pour toutes les espèces avicoles. La gravité cli- Stallknecht 1988 ; Stallnecht et Shane 1998), en par-
nique observée chez un hôte quelconque varie selon ticulier chez les oiseaux aquatiques de la famille des
l’espèce avicole et selon la souche virale (Alexan- Anatidés et de l’ordre des Ansériformes. Stallknecht
der 2000). En particulier, les canards ont rarement et Shane (1998) relèvent lors de leurs enquêtes un
présenté de signes cliniques suite aux infections total de 21 318 échantillons provenant de toutes les
par l’IAHP avant l’émergence du H5N1 asiatique. espèces et conduisant à l’isolement de 2 317 virus
Les autruches manifestent également une réponse (10,9 %). Toutefois, 14 303 de ces échantillons ont été
clinique atypique aux infections provoquées par le prélevés à partir d’oiseaux appartenant à l’ordre des
virus IA : les virus IAFP et IAHP semblent pro- Ansériformes et ont abouti à 2 173 isolats (15,2 %).
voquer des états cliniques similaires, les oiseaux Les taux d’isolement venant en deuxième et troisième
adultes présentant même une certaine résistance position étaient respectivement de 2,9 % chez les
envers l’IAHP alors que les jeunes oiseaux manifes- Passériformes et de 2,2 % chez les Charadriiformes.
tent des signes cliniques et une mortalité similaires Mais il faut comparer ces résultats au taux d’isole-
avec les deux pathotypes (Capua et Mutinelli 2001). ment général de 2,1 % obtenu à partir des oiseaux
autres que les canards et les oies. Les études menées
par Sharp et al. (1993) suggérèrent cependant que les
1.3 Spectre d’hôtes oiseaux Ansériformes ne servaient pas de réservoir à
tous les virus d’IA. Il est probable qu’une partie du
Il a été établi que les virus de l’inuenza aviaire infec- réservoir de gènes de l’inuenza soit maintenue chez
tent les oiseaux et les mammifères. En général, les les oiseaux de rivage et les mouettes ; la majeure par-
premiers sont infectés plus facilement et plus efcace- tie des virus inuenza isolés chez ces oiseaux appar-
ment que les derniers. De plus, la transmission inter- tenant à un sous-type différent de celui qui a été isolé
et intra-espèces au sein de la classe Aves se produit chez les canards (Kawaoka et al. 1988).
plus couramment que dans la classe Mammalia. La Avant l’actuelle épizootie d’H5N1, l’IAHP n’a tou-
conformation du récepteur des cellules hôtes est l’un ché signicativement les oiseaux sauvages qu’en une
des facteurs inuençant la réceptivité à l’infection. seule occasion, notamment en Afrique du Sud en 1961
Les virus IA se lient préférentiellement aux saccha- où elle entraîna la mort d’environ 1 300 sternes (Bec-
rides ayant une extrémité acide sialique (SA)-2,3- ker, 1966). L’IAHP semblait donc être une maladie
Gal et portés par les cellules aviaires. En revanche, les restreinte aux oiseaux domestiques et les oiseaux sau-
virus d’inuenza humains se lient préférentiellement vages n’étaient généralement porteurs que des formes
aux saccharides ayant une extrémité SA-2,6-Gal, faiblement pathogènes de ces virus. La situation sans
présents en grand nombre sur les cellules épithéliales précédent survenue en Asie entraîna la propagation
humaines. Cette différence d’afnité de liaison est de l’infection vers les populations naïves d’oiseaux
considérée comme étant l’un des principaux fac- sauvages. L’hypothèse fut notamment émise selon
teurs empêchant le franchissement de la barrière laquelle la présence de virus ayant causé la mort de
d’espèce. Toutefois, le fait que les virus IA puissent nombreuses oies à tête barrée chez les oiseaux migra-
parfois infecter les êtres humains et les mammifères teurs du lac Qinghai dans l’Ouest de la Chine, aurait pu
démontre que cette barrière n’est pas insurmontable. avoir constitué le moyen par lequel le virus H5N1 se
6 I. Capua et DJ. Alexander

serait répandu vers l’ouest et le sud (Chen et al. 2005 ; sensibilité envers les virus humains et aviaires. Les tis-
Liu et al. 2005). Toutefois, presque tous les oiseaux sau- sus de porc possèdent des saccharides portant à la fois
vages chez lesquels le virus IAHP H5N1 asiatique avait des extrémités SA-2,3-Gal et SA-2,6-Gal. Ils sont
été isolé étaient morts ou agonisants. De plus, la période donc considérés comme étant des « creusets » poten-
d’incubation de cette maladie chez les oiseaux migra- tiels pour les virus de la grippe à partir desquels des
teurs est inconnue et présente sans doute une variabilité virus réassortis pourraient émerger. Kida et al. (1994)
considérable au sein des familles et des espèces taxo- ont démontré expérimentalement que les porcs étaient
nomiques. En termes simples, la communauté scienti- sensibles à l’infection par au moins un virus représen-
que ne dispose pour l’instant que d’une indication des tatif de chacun des sous-types H1–H13.
espèces pouvant être infectées et pouvant succomber au Aux États-Unis, il a été constaté que les virus H1N1
virus. Certaines connaissances et informations ne sont de la grippe porcine classique sont couramment intro-
pas disponibles : on ne connaît pas toutes les espèces duits chez les dindes à partir de porcs infectés. Dans cer-
sensibles à l’infection, ni la période d’incubation pour tains cas, des affections porcines semblables à la grippe
les oiseaux qui développent effectivement un état cli- ont immédiatement été suivies de signes de maladie
nique, ni leur capacité à voler sur des distances signi- chez les dindes (Halvorson et al. 1992 ; Mohan et al.
catives lorsqu’ils sont infectés, ni les données relatives à 1981 ; Pomeroy 1982). Des études génétiques menées
leur parcours, pas plus que la durée et le titre de l’excré- sur des virus H1N1 obtenus chez les dindes aux États-
tion virale. Certains rapports sont alarmants, notamment Unis ont révélé un taux élevé d’échanges génétiques et
l’isolement du H5N1 IAHP chez des individus apparem- de réassortiment entre les virus inuenza de type A pro-
ment sains appartenant à trois espèces d’oiseaux migra- venant, respectivement, des dindes et des porcs (Wright
teurs du lac Qinghai, un an après la première détection et al. 1992). En Europe, les virus aviaires H1N1 furent
du virus à cet endroit (Lei et al. 2007). Actuellement, transmis aux porcs, s’y sont établis, puis furent réintro-
seules des hypothèses peuvent être formulées quant aux duits chez les dindes à partir des porcs (Ludwig et al.
conséquences éco-épidémiologiques de cette propaga- 1994 ; Wood et al. 1997). Le virus H1N1 fut indépen-
tion du virus IAHP vers les oiseaux sauvages. damment introduit chez les porcs à partir d’oiseaux en
Les efforts de surveillance continue des populations 1979 en Europe (Pensaert et al. 1981). Une introduc-
d’oiseaux sauvages d’Eurasie et d’Afrique suggèrent tion semblable se produisit en Asie au début des années
toutefois que le virus H5N1 IAHP n’est actuellement 1990, mais les virus impliqués étaient génétiquement
pas réellement enzootique chez les oiseaux sauvages. différents de ceux d’Europe (Guan et al. 1996). Des
L’apparition du H5N1 chez les oiseaux sauvages d’Eu- virus H9N2 furent introduits chez les porcs dans le Sud-
rope et de Méditerranée en 2006 et 2007 correspondait Est de l’Asie (Peiris et al. 2001). Des infections de porcs
probablement à une situation exceptionnelle et pourrait par des virus appartenant aux sous-types H4, H5 et H9
même être considérée comme ayant été un phénomène furent conrmées d’un point de vue sérologique (Kara-
qui s’est limité de lui-même. La poursuite des efforts de sin et al. 2004). Au cours de l’épizootie d’IAHP H7N7
surveillance entrepris en collaboration avec les ornitho- survenue en 2003 aux Pays-Bas, 13 troupeaux de porcs
logues fournira les données supplémentaires permettant provenant de fermes abritant des volailles infectées ont
de tirer des conclusions dénitives sur ce point. présenté des anticorps dirigés contre le sous-type H7,
Les virus H5N1 asiatiques et leurs descendants ont et ce bien qu’aucun virus n’ait été détecté (Loeffen et al.
infecté divers oiseaux sauvages en Europe, dont la 2003, 2004). Par ailleurs, des virus aviaires appartenant
majorité étaient des oiseaux aquatiques. Parmi ceux- aux sous-types H3N3 et H4N6 avaient été isolés chez
ci, les cygnes tuberculés (Cygnus olor) semblent les porcs au Canada (Karasin et al. 2000, 2004). De
avoir été l’espèce la plus affectée (Alexander 2007). toute évidence, l’introduction de virus IA chez les porcs
n’est pas un phénomène rare. Néanmoins, les seuls
sous-types s’étant réellement établis chez les popula-
1.3.2 Infections d’influenza aviaire tions de porcs et se transmettant facilement au sein d’un
chez les mammifères lot et entre lots sont H1N1, H3N2 et les virus réassor-
tant H1N2. Les analyses génotypiques des isolats de
[Link] Porcs ces sous-types suggèrent, cependant, qu’il peut s’agir de
réassortiments de virus provenant de différentes espèces
De toute évidence, les porcs jouent un rôle crucial de souches hôtes (porcine, humaine et aviaire).
au niveau de l’écologie et de l’épidémiologie de L’infection naturelle de porcs par H5N1 fut
l’inuenza ; principalement en raison de leur double constatée de manière sporadique et non documentée
1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire 7

(Van Reeth, 2007). Trois infections furent égale- virus étaient à nouveau manifestement d’origine
ment réalisées expérimentalement à l’aide d’un total aviaire (Webster et al. 1992). Suite à l’inspection
de huit virus H5N1. Six de ces virus se multiplièrent menée sur les phoques de la péninsule du cap Cod,
chez les porcs, malgré des signes cliniques bénins deux virus inuenza de type A appartenant au sous-
ou non apparents et des taux d’excrétion virale peu type H4N6 furent isolés en 1991, et trois autres
élevés. La transmission de porc à porc ne fut obser- appartenant au sous-type H3N3 en 1992. Tous pro-
vée dans aucune des expériences (Choi et al. 2005 ; venaient de phoques retrouvés morts, apparemment
Isoda et al. 2006 ; Short-ridge et al. 1998). d’une pneumonie virale (Callan et al. 1995). Les
caractérisations antigénique et génétique révélèrent
que les deux virus ayant pénétré la population de
[Link] Chevaux phoques étaient aviaires.
Deux virus appartenant aux sous-types H13N2 et
Des cas isolés d’infection de chevaux par des virus H13N9 furent isolés chez un seul globicéphale ayant
appartenant aux sous-types H1N1, H2N2 et H3N2 échoué sur la plage. L’analyse génétique indiqua que
ont été cités (Tmová 1980), mais seuls les sous- les virus avaient été récemment introduits à partir d’oi-
types H7N7 et H3N8 de l’inuenza de type A furent seaux (Chambers et al. 1989 ; Hinshaw et al. 1986).
responsables d’infections grippales chez ces ani-
maux ; ces virus appartenaient à des lignées dis-
tinctes du point de vue phylogénétique. Toutefois, [Link] Mustélidés
l’examen de virus H3N8 isolés lors des épizooties
sévères de 1989 et 1990 touchant les chevaux des En octobre 1984, des foyers de maladie respiratoire
provinces du Jilin et du Heilongjiang dans le Nord- affectèrent environ cent mille visons répartis sur
Est de la Chine, a démontré que ces virus étaient 33 fermes très proches les unes des autres et situées
différenciables des autres virus H3N8 équins, au dans une région côtière de la Suède méridionale.
niveau antigénique et génétique. Guo et al. (1992) La morbidité fut de 100 % et la mortalité de 3 %
en conclurent alors que ce virus avait une origine (Klingeborn et al. 1985). Des virus inuenza de
aviaire récente et s’était probablement transmis type A appartenant au sous-type H10N4 furent iso-
directement aux chevaux, sans réassortiment. Ce lés chez les visons. L’analyse génétique a indiqué
virus ne semble pas s’être établi dans la population que les virus étaient d’origine aviaire et étaient très
équine. Actuellement, l’infection naturelle des che- étroitement apparentés à un virus du même sous-
vaux par H5N1 n’a pas été mise en évidence. type que celui ayant été isolé de poulets et d’un
canard sauvage en 1985 en Angleterre (Berg et al.
1990). Des infections expérimentales antérieures
[Link] Mammifères marins avaient suggéré que le vison était sensible à l’infec-
tion par divers sous-types de virus IA (Okazaki et
Au cours des années 1979 et 1980, aux alentours al. 1983). Une lignée asiatique de virus IAHP H5N1
de la péninsule du cap Cod aux États-Unis, environ fut isolée d’une fouine sauvage (Martes foina), retrou-
500 phoques (Phoca vitulina), soit environ 20 % de vée malade en Allemagne le 2 mars 2006. Au même
la population des phoques, moururent d’une pneu- moment, de nombreux foyers de virus H5N1 furent
monie hémorragique aiguë. Des virus inuenza de constatés chez les oiseaux sauvages dans la région où
type A appartenant au sous-type H7N7 furent isolés la fouine avait été retrouvée (WHO : [Link]
à maintes reprises à partir de poumons ou de cer- int/csr/don/2006_03_09a/en/[Link]).
veaux de phoques morts (Lang et al. 1981). Il a été
démontré que le virus infectant les phoques était très
étroitement apparenté aux virus IA, aussi bien au [Link] Félins
niveau antigénique que génétique (Webster et al.
1981) et pouvait avoir été transmis directement aux Des études menées par Hinshaw et al. (1981b) avaient
phoques, sans réassortiment. démontré la capacité des virus IAFP à infecter les chats
En 1983, il y eut davantage de morts (2-4 %) chez et à s’y multiplier. Ces derniers ne démontrèrent pas de
les phoques des côtes de la Nouvelle Angleterre aux signes cliniques ultérieurs d’infection. Cependant, au
États-Unis. Le virus inuenza de type A appartenant cours des épizooties d’IAHP H5N1 de 2003 à 2004
au sous-type H4N5 fut isolé. Les huit gènes de ce en Asie, des infections virales fatales causées par le
8 I. Capua et DJ. Alexander

H5N1 furent constatées chez les chats domestiques il est possible qu’une très faible quantité de virus ait été
et les félins des zoos, après que ces derniers eurent excrétée au cours de telles infections.
été nourris avec du poulet infecté par le virus (Keaw- L’épidémiologie différente de l’IAHP H5N1 asia-
charoen et al. 2004 ; Songserm et al. 2006 ; Tha- tique a conduit de nombreuses équipes de recherche à
nawongnuwech et al. 2005). Une mortalité des chats réexaminer le mécanisme de transmission de l’IA. Le
fut aussi constatée en Iraq. Elle avait été provoquée changement de mode de transmission chez les oiseaux
par un virus du clade 2,2 de la lignée du lac Qinghai terrestres, entre la voie principalement fécale/orale et
(Yingst et al. 2006). Au cours d’études expérimen- la voie principalement respiratoire, fut, en particulier,
tales, des chats excrétèrent le virus et développèrent considéré comme signicatif dans l’épidémiologie de
une pathologie des poumons après inoculation intra- ce virus, notamment dans sa transmission aux mam-
trachéale de H5N1 ou après avoir été nourris avec du mifères (Perez et al. 2003 ; Makaro-va et al. 2003 ;
poulet infecté par le virus (Kuiken et al. 2004). Le Humbrerd et al. 2006).
virus fut en outre transmis aux chats sentinelles par Il semble de toutes façons que la transmission d’oi-
des chats infectés. Les chats peuvent donc contracter seau à oiseau s’effectue à la suite d’un rapprochement
l’infection par l’IA après avoir consommé de la chair entre hôtes infectés et hôtes naïfs. Généralement, le
fraîche de volaille infectée et pourraient répandre le contact direct avec des oiseaux infectés ou des exsu-
virus aux autres chats. dats ou excréments contaminés serait nécessaire à la
transmission de l’infection d’un oiseau à l’autre. Une
diffusion dans l’air sur de grandes distances serait donc
[Link] Chiens improbable. Aucun constat n’a d’ailleurs été publié à
l’heure actuelle concernant un tel évènement.
On pensait que les chiens étaient résistants à l’infection
causée par l’IA, jusqu’à ce qu’un cas de H5N1 ne se
produise récemment en Thaïlande. L’infection fatale fut 1.5 Distribution et propagation
très probablement causée par l’ingestion d’une carcasse
de canard infectée. Le virus H5N1 fut détecté dans les Jusqu’à tout récemment, l’épidémiologie de l’IA
poumons, le foie et les reins du chien et à partir de prélè- semblait consister en un maintien chez les oiseaux
vements d’urine (Songserm et al. 2006). sauvages de virus IAFP appartenant à tous les sous-
types H et causant peu ou pas de maladie, mais
se propageant de temps à autre chez les volailles.
1.4 Transmission Les introductions de virus IAFP H5 ou H7 chez
les volailles ont rarement entraîné leur mutation en
Les mécanismes selon lesquels les virus de l’in- virus virulents responsables d’IAHP.
uenza sont transmis d’un oiseau à un autre et pro- Le degré de manifestation et de propagation de virus
voquent l’infection sont mal connus. Des tentatives IAFP ou IAHP chez les volailles peut varier de manière
d’évaluation expérimentale de la transmissibilité des importante et dépend des niveaux de biosécurité et de
virus IAFP et IAHP chez les volailles domestiques densité des volailles au voisinage des foyers initiaux.
ont été effectuées par le passé (Alexander et al. 1978, Cependant, certains évènements survenus vers la n des
1986 ; Narayan et al. 1969 ; Tsukamo-to et al. 2007 ; années 1990, et en particulier après 2003, ont complè-
Westbury et al. 1979, 1981). Les résultats ont montré tement changé notre compréhension de l’épidémiologie
que la transmission d’oiseau à oiseau était extrême- de l’IA. La propagation des virus IAFP H9N2 et IAHP
ment complexe et dépendait de la souche virale, de H5N1 doit faire l’objet d’une attention particulière, rela-
l’espèce aviaire et de facteurs environnementaux. tivement aux situations plus conventionnelles.
Dans les cas d’infections à la fois naturelle et expéri-
mentale, la transmission des virus virulents entre poulets
infectés et poulets sensibles (et entre dindes infectées et 1.5.1 Situation conventionnelle
dindes sensibles) avait tendance à être bien plus faible
que celle des virus de faible pathogénicité. La capacité [Link] Introduction primaire chez les volailles
des virus à se répandre facilement correspondrait, dans
une certaine mesure, à la quantité de virus libéré par les Tous les résultats disponibles suggèrent que, dans la situa-
voies respiratoires et intestinales. Les virus IAHP entraî- tion conventionnelle, l’introduction primaire des virus
nent une mort extrêmement rapide chez ces oiseaux et IAFP dans une population de volailles proviendrait de
1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire 9

l’activité d’oiseaux sauvages, généralement d’oiseaux L’introduction primaire chez les volailles provenait
Ansérifomes. Mais les mouettes et les oiseaux de parfois d’un secteur commercial où le virus IA pouvait
rivage ont également été incriminés. Ceci ne sous- être enzootique. Les épizooties d’IAFP H7N2 aux États-
entend pas forcément un contact direct car les Unis en sont un bon exemple (Halvorson 1987). Le virus
virus peuvent être transportés vers une région par IAFP appartenant au sous-type H7N2 a probablement
les oiseaux aquatiques infectés mais être ensuite été introduit dans les marchés d’oiseaux vivants de l’Est
transmis aux volailles par des êtres humains ou par des États-Unis. Il y est, depuis, resté enzootique, malgré
d’autres types d’oiseaux ou d’animaux. Ces der- les efforts entrepris en vue d’éradiquer ce virus. Senne
niers ne sont pas nécessairement infectés mais sont et al. (2006) ont constaté qu’au cours des 10 dernières
susceptibles de transmettre de façon mécanique les années, huit épizooties d’IAFP H7N2 chez les volailles
virus contenus dans les fèces ou les exsudats infec- commerciales ayant abouti à l’abattage de millions d’oi-
tés provenant d’oiseaux aquatiques. Les eaux de seaux et à de graves pertes économiques avaient été
surface destinées à la consommation peuvent éga- liées aux marchés d’oiseaux vivants.
lement être contaminées par des virus de l’inuenza
et constituer ainsi une source d’infection. De nom-
breux constats permettent d’incriminer les oiseaux [Link] Transmission secondaire
aquatiques dans la plupart des foyers primaires
d’IAFP. Ces constats sont résumés comme suit : Le transfert mécanique de matières organiques infec-
• la prévalence de l’infection des volailles situées sur tieuses constitue la menace la plus importante de propa-
les voies migratoires des oiseaux aquatiques est bien gation des virus d’IA. À titre d’exemple, les concentra-
plus élevée, bien qu’au vu de la variation en excré- tions virales peuvent atteindre des valeurs aussi élevées
teurs de virus le long des voies de migration (Pome- que 107 particules infectieuses/g et les virus peuvent sur-
roy 1982), ce phénomène semble se manifester plus vivre pendant plus de 44 jours dans les fèces (Utterback
souvent à certaines étapes du trajet migratoire plutôt 1984). Les oiseaux et autres animaux non sensibles à
qu’à d’autres, comme dans le Minnesota aux États- l’infection peuvent être contaminés et répandre le virus
Unis par comparaison avec les autres États situés sur de façon mécanique. L’eau ou la nourriture partagée
la voie de migration du Mississippi (Pomeroy 1982), peuvent aussi être contaminées. Il semble, cependant,
ou en Italie (Terregino et al. 2007) ; que l’homme soit la source principale de contamination
• la prévalence de l’infection est supérieure chez pour les volailles domestiques. Dans de nombreux rap-
les volailles élevées en plein air (notamment les ports spéciques traitant de l’introduction du virus dans
dindes fermières et les canards destinés à l’engrais- un élevage et de sa diffusion à l’intérieur de celui-ci,
sement). Inversement, sur les sites ayant connu des des preuves solides ont permis d’incriminer les dépla-
infections fréquentes d’IAFP et où un changement cements des gardiens, des propriétaires et du personnel
en faveur d’une politique de connement a été mis des élevages, des camions et des chauffeurs procédant
en place, les problèmes d’IAFP ont en grande par- au déplacement des oiseaux ou à la livraison de nour-
tie disparu (Lang 1982 ; Pomeroy 1987) ; riture, ainsi que des équipes d’insémination articielle
• les surveillances de régions où l’IAFP a atteint (Glass et al. 1981 ; Homme et al. 1970 ; Wells 1963).
les volailles ont montré une variation identique Lors de l’épizootie dévastatrice de H5N2 surve-
des sous-types viraux collectés au cours des épi- nue chez les poulets en Pennsylvanie en 1983-1984,
zooties ayant touché les oiseaux aquatiques et les le mode de transmission le plus fortement suspecté a
dindes (Senne, 2003). De même en Italie, il a été été la propagation par le personnel et par les matières
prouvé que les volailles de basse-cour élevées en contaminées. La plupart des observateurs en ont conclu
plein air portaient les mêmes virus que ceux iso- que la transmission secondaire était principalement due
lés chez des oiseaux aquatiques durant la même au déplacement du personnel et des équipements entre
période (Terregino et al. 2007) ; les élevages, malgré certains faits prouvant le rôle joué
• les épizooties d’inuenza aviaire se manifes- par la propagation aérienne entre les élevages très rap-
taient de façon saisonnière dans les régions à haut prochés les uns des autres, ainsi que la contamination
risque et coïncidaient avec l’activité migratoire possible des insectes volants par les fèces infectées
(Halvorson et al. 1983, 1987). (Johnson 1984 ; King 1984 ; Utterback 1984). King
Dans la plupart des cas d’épizooties spéciques (1984) a répertorié six types de matières contaminées
documentées, le contact éventuel avec les oiseaux susceptibles d’être déplacées d’élevage en élevage et
aquatiques sur le site initial a été mis en évidence. 11 types de personnels susceptibles d’être en contact
10 I. Capua et DJ. Alexander

avec 2 fermes ou plus. Utterback (1984) a établi des l’Europe et de l’Afrique reste sans précédent dans
listes encore plus longues. Lors de manifestations plus l’histoire de la virologie. La souche virale, apparem-
récentes telles que celles survenues en Italie en 1999- ment responsable des épizooties ultérieures d’IAHP
2000, la propagation du virus fut associée à la densité H5N1, fut détectée chez des oies commerciales
de la population avicole dans les régions contaminées infectées en 1996 dans la province du Guandong,
et au contact fréquent entre les élevages, occasionné par en République populaire de Chine (Xu et al. 1999).
les camions de nourriture et d’abattage, ainsi que par Selon certains rapports, le virus aurait continué à
d’autres véhicules (Capua et al. 2001). circuler, principalement chez les canards domes-
tiques du Sud de la Chine, et aurait présenté un cer-
tain degré de variation génétique (Sims et al. 2005).
1.5.2 Virus H9N2 chez les volailles Cette situation, apparemment bénigne mais proba-
blement enzootique, a complètement changé entre
Historiquement, les virus IAFP n’avaient pas fait décembre 2003 et février 2004, lorsque huit pays de
l’objet de mesures de contrôle ni de notication l’Est et du Sud-Est asiatique ont signalé des foyers
visant à leur éradication. On ne comprend donc pas d’IAHP causés par le virus H5N1 (Sims et al. 2005).
pourquoi ces virus n’étaient pas devenus plus ubi- Bien que certains pays aient semblé avoir réussi à
quitaires et enzootiques chez les volailles et sur des maîtriser ces foyers, ceux-ci réapparurent pendant
zones géographiques étendues (comme cela avait une deuxième vague en juillet 2004. Un foyer fut
été le cas pour d’autres virus tels que les pneumovi- rapporté chez les volailles en août 2004 en Malai-
rus ou les virus des bronchites aviaires infectieuses). sie et ce pays est devenu le neuvième de la région
Pourtant, c’est exactement ce qui semble s’être pro- à avoir été atteint (OIE, 2006). Dans la plupart de
duit dans le cas des virus IAFP H9N2. Les infec- ces pays, le virus toucha tous les secteurs des popu-
tions de volailles, et en particulier de poulets, se sont lations avicoles, mais sa présence chez les canards
produites dans de nombreux pays depuis le milieu domestiques commerciaux, les volailles de village,
des années 1990 et ont pris des dimensions panzoo- les marchés d’oiseaux vivants et les coqs de combat
tiques. Des foyers d’IA H9N2 sont apparus chez les semblait revêtir une importance particulière dans la
canards domestiques, les poulets et les dindes entre propagation du virus (Sims et al. 2005 ; Xu et al.
1995 et 1997, en 1998 et en 2004 en Allemagne, 1999 ; Songserm et al. 2006).
(Werner 1998, 1999), chez les poulets en 1994 et Dans l’éventualité où le virus IAHP devenait omni-
en 1996 en Italie (Fioret-ti et al. 1998), chez les fai- présent chez les volailles et en particulier chez les canards
sans en 1997 en Irlande (Campbell 1998), chez les fermiers domestiques, sa diffusion aux populations
autruches en 1995 en Afrique du Sud (Banks et al. d’oiseaux sauvages paraissait inévitable. Par le passé,
2000), chez les dindes en 1995–1996 aux États-Unis de telles infections s’étaient restreintes aux oiseaux sau-
(Halvorson et al. 1998) et chez les poulets en 1996 vages retrouvés morts à proximité de volailles infectées.
en Corée (Mo et al. 1998). Plus récemment, des Des inquiétudes ont cependant toujours été émises à
infections causées par le H9N2 ont été rapportées propos des infections d’oiseaux sauvages chez lesquels
au Moyen-Orient et en Asie. Elles ont été à l’ori- le virus IAHP aurait causé des signes cliniques minimes
gine de multiples cas d’infection chez les poulets ou inexistants (en l’occurrence chez les canards) mais
commerciaux en Iran, en Arabie Saoudite, au Pakis- qui pourraient propager le virus sur des zones éten-
tan, en Chine, en Corée, dans les EAU, en Israël, en dues et sur des distances importantes. Des épizooties
Jordanie, au Koweït, au Liban, en Libye et en Iraq touchant de nombreuses espèces d’oiseaux sauvages
(Alexander 2002, 2007). Dans bon nombre de ces furent enregistrées en 2002 à Hong Kong dans deux
pays, des vaccins ont été utilisés pour maîtriser la parcs d’oiseaux aquatiques (Ellis et al. 2004). D’autres
maladie. Les infections causées par le H9N2 sont foyers, probablement plus importants, furent cités en
néanmoins devenues enzootiques chez les volailles 2005 chez les oiseaux sauvages migrateurs, en Chine et
commerciales de la plupart de ces pays. en Mongolie. La présence de virus IAHP H5N1 chez
des oiseaux migrateurs du lac Qinghai dans l’Ouest de
la Chine (Chen et al. 2005 ; Liu et al. 2005) fut particu-
1.5.3 Propagation du virus IAHP H5N1 asiatique lièrement inquiétante, notamment du point de vue de la
propagation du virus.
L’émergence du virus IAHP H5N1 dans le Sud-Est En ce qui concerne l’introduction du virus en Russie,
asiatique et sa diffusion en Asie et à l’intérieur de l’implication des oiseaux sauvages n’a pas été prouvée.
1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire 11

Cependant, le virus IAHP H5N1 étroitement appa- d’une souche de virus H5N1, apparemment iden-
renté aux isolats obtenus au lac Qinghai, a touché tique, chez les cygnes et les oiseaux sauvages de la
les volailles russes au cours de l’été 2005. Ces virus côte baltique.
russes peuvent avoir été à l’origine des virus qui se Des foyers furent continuellement signalés chez
sont répandus vers l’ouest entre n 2005 et début les volailles pendant l’hiver 2006-2007 en Asie et
2006 (Salzberg et al. 2007). L’association entre la en Afrique, mais pas en Europe où les études de sur-
diffusion vers l’ouest et les déplacements de volailles veillance ne détectèrent aucune trace de virus chez
ou d’oiseaux sauvages, ou éventuellement des deux, les oiseaux sauvages ou les volailles. Cependant, en
n’a pas été élucidée. Cependant, des virus H5N1 janvier 2007, des oies furent touchées en Hongrie
génétiquement très apparentés sont apparus dans de ainsi qu’un élevage de dindes en Angleterre. Les
nombreux de pays de la région au cours de l’année virus isolés sur les deux sites étaient très apparentés
2005 et jusqu’au début de l’année 2006. Les dérivés et ressemblaient aux virus isolés chez des oiseaux
du virus pourraient être classés en trois sous-lignées : sauvages en 2006 en Europe (Irvine et al. 2007).
EMA1, EMA2 et EMA3 (Salzberg et al. 2007). Néanmoins, les virus responsables de ces foyers
Les infections causées par le virus IAHP H5N1 semblaient être différenciables des virus respon-
ont été constamment citées au cours du premier tri- sables des épizooties survenues chez les oiseaux
mestre de l’année 2006. Au début d’avril 2006, on sauvages en Allemagne, en République Tchèque
comptait déjà 31 pays d’Asie, d’Europe et d’Afrique (où des foyers furent également signalés chez les
ayant signalé auprès de l’Organisation mondiale de volailles) et en France en juin et juillet 2007.
la santé animale (OIE) la survenue depuis n 2003 Après la première introduction de H5N1 en
d’IAHP causées par le virus H5N1. Afrique, qui a eu lieu entre début 2006 et n 2007,
En 2004 et en 2005, il y eut deux introductions le virus s’est répandu dans dix pays africains (OIE,
isolées de virus IAHP H5N1 en Europe, illustrant 2007). Une enquête fut menée au début de l’année
bien l’inuence de l’homme dans la propagation 2007 an d’établir les caractéristiques génétiques
potentielle des virus IA. La première fois, des aigles des souches contemporaines de virus H5N1 circulant
montagnards (Spizaetus nipalensis) importés de simultanément au Nigeria. Elle révéla que seulement
Thaïlande en contrebande furent consqués à l’aé- deux des sous-lignées introduites initialement sur le
roport de Bruxelles en Belgique. Il fut prouvé qu’ils continent (EMA1 et EMA2) circulaient toujours ;
étaient infectés par un virus H5N1 génétiquement et ce malgré le fait qu’un virus réassortant EMA1/
semblable aux virus isolés en Thaïlande (Van Borm EMA2 fût devenu prédominant (Monne et al. 2007).
et al. 2005). La deuxième fois, des enquêtes menées
sur la mort d’oiseaux de volière maintenus en qua-
rantaine en Angleterre et provenant de toute évidence 1.6 Épizooties d’IAHP
de Taiwan ont révélé une infection par l’IAHP H5N1
(DEFRA, 2005). Dans ce cas, le virus était généti- Les épizooties d’IAHP survenues chez les volailles
quement plus proche des virus isolés en Chine. depuis 1959 (au moment où se produisit la première
Des isolats provenant de cygnes morts furent épizootie d’IAHP causée par un virus appartenant au
obtenus en octobre 2005 en Croatie (OIE, 2006). sous-type H5) sont énumérées dans le tableau 1.1.
Ces cygnes infectés constituaient un signe avant- Si l’on considère que l’ensemble des foyers d’IAHP
coureur de l’importance vraisemblable de ces H5N1 asiatiques ne forment qu’une seule épizootie,
oiseaux dans la propagation de l’IAHP H5N1. De il y aurait alors eu 24 épizooties à ce moment là.
janvier à avril 2006, des cygnes tuberculés sauvages Le tableau 1.1 résume les informations élémentaires
ou d’autres oiseaux sauvages de l’Azerbaïdjan, de concernant les épizooties d’IAHP et met l’accent
l’Iran, du Kazakhstan, de la Géorgie et de 20 pays sur leur diversité. Onze épizooties ont été recensées
européens (autres que la Croatie) furent manifeste- au cours des 34 premières années de la période de
ment contaminés. Il semblait que les cygnes tuber- 47 ans allant de 1959 à 1992 (avec une fréquence de
culés sauvages ou les autres oiseaux hivernant sur 1 épizootie/3,09 ans). Treize autres ont été obser-
la mer Morte avaient contracté l’infection à un vées pendant les 13 années qui suivirent (avec une
moment où les conditions météorologiques ren- fréquence de 1 épizootie/an). Durant ces 5 dernières
daient la mer Morte inhospitalière, entraînant ainsi années (2002-2006), 6 épizooties ont été consta-
la dispersion des oiseaux vers d’autres régions. Tou- tées (avec une fréquence d’un épizootie/0,83 an),
tefois, ceci n’explique pas l’apparition simultanée en comptant la propagation sans précédent de virus
12 I. Capua et DJ. Alexander

H5N1 asiatique. Le nombre d’oiseaux atteints serait telle sorte que la population pourrait être considérée
encore plus alarmant que l’augmentation du nombre comme étant immunologiquement naïve.
des épizooties d’IAHP. Les 12 premières épizoo- Des évènements récents ont cependant modi-
ties engendrèrent la mort ou l’abattage de plus de é de façon signicative notre compréhension des
500 000 oiseaux et les morts survenues au cours infections humaines par les virus IA. Le tableau
de 8 des 12 épizooties suivantes dépassèrent les 1.2 présente un résumé des cas rapportés. Il indique
500 000 oiseaux (Tableau 1.1). notamment que jusqu’en 1996, seulement trois cas
Les raisons de cette augmentation apparente du d’infections furent cités, notamment à la suite d’un
nombre des épizooties ainsi que de leur impact sont contact non documenté en 1959 et de deux acci-
probablement extrêmement complexes. Plusieurs dents de laboratoires en 1997 et 1981 (avec un isolat
facteurs en seraient responsables : une plus grande provenant de phoque). Ces résultats corroboraient
sensibilisation des opérateurs et des capacités de avec les expériences de Beare et Webster (1991) au
diagnostic plus importantes ; des modications de cours desquelles des volontaires humains avaient
la production avicole telles que la mise en place de développé des infections tout au mieux transitoires,
zones de production de forte densité, de systèmes après contact avec des virus IA.
de production intégrés et d’une démarche dans le La première observation d’infection d’un être
sens de l’aviculture en plein air ; des rapports et des humain ayant été en contact avec des oiseaux a été
enquêtes plus ouverts au sujet de la maladie ; et pro- effectuée en Angleterre chez une femme qui élevait
bablement des changements dans les déplacements des canards et souffrait de conjonctivite. Un virus
d’oiseaux suite aux changements climatiques. aviaire H7N7 fut isolé chez cette femme (Banks et al.
1998 ; Kurtz et al. 1996). Ce fut le prélude à une
série d’isolements réalisés chez des personnes ayant
1.7 Implications sur la santé humaine eu des contacts avec les volailles (Tableau 1.2). Les
infections humaines qui suivirent eurent un impact
Les infections d’inuenza aviaire sont à présent plus important sur les questions de santé humaine,
considérées comme étant une menace importante en raison du taux de mortalité élevé chez les per-
pour la santé publique, en raison des cas récents sonnes dont l’infection avait été conrmée. Les
d’infection chez l’homme par les virus IA et de décès survenaient généralement à la suite d’une
l’inquiétude quant la génération d’un nouveau virus maladie respiratoire grave et malgré la présence
pandémique à partir du virus H5N1. d’autres symptômes, il n’y avait généralement pas
On sait à présent que les virus responsables des d’indice révélant que le virus puisse se multiplier en
pandémies humaines de 1957 et 1968 seraient appa- dehors du système respiratoire (Yuen et al. 1998).
rus à la suite de réassortiment entre des virus présents Les infections n’étaient pas comparables aux infec-
dans la population humaine et les virus IA (Gething tions systémiques observées chez les volailles.
et al. 1980 ; Kawaoka et al. 1989 ; Scholtissek et al. La menace la plus importante découlant de la
1978). Mais, du fait de l’existence de « barrières » mise en évidence d’infections naturelles directes
apparentes empêchant l’infection des oiseaux par le d’êtres humains par les virus de l’IA est la possibilité
virus de l’inuenza humaine ainsi que l’infection de l’émergence de virus pandémique en l’absence
de l’homme par les virus IA, ce serait les porcs qui d’hôte intermédiaire. Les deux mécanismes suscep-
auraient servi de « creusets » puisqu’ils étaient natu- tibles d’intervenir dans ce phénomène sont le réas-
rellement infectés par les virus à la fois humains et sortiment génétique et l’adaptation progressive. Le
aviaires. D’un point de vue purement scientique, premier cas se manifesterait si une personne était
les cellules épithéliales de porc comportent des sac- infectée en même temps par un virus IA et un virus
charides portant à la fois une extrémité SA-a2,3-Gal de grippe humaine. Dans ce cas, un virus émerge-
et SA-a2,6-Gal, permettant ainsi la multiplication à rait par réassortiment génétique et serait tout à fait
la fois des virus inuenza aviaires et humains. Le capable de propagation dans la population humaine,
réassortiment entre ces virus pourrait donc avoir lieu mais porterait une hémagglutinine H5, H7 ou H9. Il
chez les porcs, avec l’émergence de virus possédant entraînerait alors une véritable pandémie de grippe.
des gènes originaires du virus humain, nécessaires à Cependant, lors des épizooties répandues de virus
la multiplication et à la propagation dans la popula- H9N2 survenues depuis le milieu des années 1990
tion humaine, mais portant une glycoprotéine de sur- et des épizooties de H5N1 survenues en Asie depuis
face hémagglutinine différente d’origine aviaire, de 1996, il est apparu que beaucoup plus de personnes
1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire 13

Tableau 1.2 Cas d’infections humaines causées par les virus de l’inuenza (1959 au 30 septembre 2007).
Année Pays Sous- Nombre de Nombre Symptômes Référence
type personnes de morts
infectées
1959 États-Unis H7N7 1 0 Hépatite ? Campbell et al. (1970)

1977 Australie H7N7 1 0 Conjonctivite Taylor et Turner (1977)

1981 États-Unis H7N7 1 0 Conjonctivite Webster et al. (1981)

1996 Angleterre H7N7 1 0 Conjonctivite Kurtz et al. (1996)

1997 Chine H5N1 18 6 Maladie ressemblant à la grippe Chan et al. (2002)

1999 Chine H9N2 2 0 Maladie ressemblant à la grippe Peiris et al. (1999)

2002 États-Unis H7N2 1 0 Conrmation sérologique Site internet du CDC
Chine H5N1 2 1 Maladie ressemblant à la grippe Site internet du CDC
H9N2 1 0 Maladie ressemblant à la grippe Butt et al. (2005)
2003 Pays-Bas H7N7 89 1 Conjonctivite
Maladie ressemblant à la grippe Site internet du CDC
États-Unis H7N2 1 0 Maladie ressemblant à la grippe Site internet du CDC
Vietnam H5N1 3 3 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Chine H5N1 1 1 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Italie H7N3 7 0 Conrmation sérologique Puzelli et al. (2005)
2004 Canada H7N3 2 0 Maladie ressemblant à la grippe Site internet du CDC
Thaïlande H5N1 17 12 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Vietnam H5N1 29 20 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
2005 Cambodge H5N1 4 4 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Chine H5N1 8 5 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Indonésie H5N1 20 13 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Thaïlande H5N1 5 2 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Vietnam H5N1 61 19 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
2006 Azerbaïdjan H5N1 8 5 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Cambodge H5N1 2 2 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Chine H5N1 13 8 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
2006 Djibouti H5N1 1 0 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Égypte H5N1 18 10 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Indonésie H5N1 55 45 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Iraq H5N1 3 2 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Thaïlande H5N1 3 3 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Turquie H5N1 12 4 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Septembre Cambodge H5N1 1 1 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
2007 Chine H5N1 2 1 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Égypte H5N1 16 3 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Indonésie H5N1 6 5 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
République Populaire
Site internet de l’OMS
Démocratique du Laos
République démocra-
H5N1 2 2 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
tique populaire Laos
Nigeria H5N1 1 1 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Vietnam H5N1 7 4 Maladie ressemblant à la grippe Site internet de l’OMS
Nombre total de morts humaines 179
Nombre total d’infections
417
humaines
14 I. Capua et DJ. Alexander

que celles énumérées dans le tableau 1.2 avaient été diminution de la charge virale dans l’environne-
infectées par ces virus. À titre d’exemple, une étude ment rural. Toutefois, si cet effort est entrepris sans
sérologique réalisée après l’épizootie de 1997 sur des la mise en place d’autres mesures importantes, il est
personnes travaillant avec les volailles à Hong Kong improbable que la vaccination seule ait l’effet désiré
permit d’identier une séroprévalence de 10 % pour et la situation pourrait même en être aggravée. De
les anticorps anti-H5, sans manifestation notoire telles mesures comprennent la mise en place de pré-
d’affection clinique (Bridges et al. 2002). De nom- cautions additionnelles permettant de s’assurer que
breux cas de séropositivité furent constatés lors la vaccination et une surveillance appropriée des
des recherches effectuées sur l’homme au cours de oiseaux vaccinés sont réalisées correctement, an
l’épidémie hollandaise de H7N7 survenue en 2003. que les oiseaux infectés puissent être détectés et que
Cette dernière causa par ailleurs 1 décès et 83 cas les infections soient éradiquées.
conrmés de conjonctivite (Fouchier et al. 2004). Un renforcement de la sensibilisation à l’IA et aux
En dépit de ce fait, il n’y a pas eu d’émergence de risques associés à cette maladie est nécessaire à la
virus réassortant. D’autres facteurs inconnus limite- maîtrise de l’infection chez les volailles rurales. Cette
raient donc fort probablement de telles possibilités approche suppose une éducation des éleveurs et des
d’apparition d’un virus pandémique. personnes travaillant avec les volailles quant aux
Le deuxième processus de génération d’un virus concepts de base de la biosécurité, de l’hygiène rurale
pandémique serait l’adaptation progressive d’un virus et des procédures de prévention et de notication. Les
d’origine purement aviaire. Des études récentes effec- éleveurs devraient eux-mêmes déclarer les foyers,
tuées sur le génome du virus H1N1 de la grippe espa- au lieu d’essayer de contourner les restrictions. Ils
gnole ayant touché l’homme au début du xxe siècle ont devraient également recevoir une formation en matière
donné naissance aux hypothèses selon lesquelles ce de gestion des épizooties comprenant l’identication
virus était entièrement d’origine aviaire et n’avait pas de la maladie ainsi que le tri des oiseaux infectés et la
été engendré par réassortiment (Taubenberger 2005). façon correcte de s’en débarrasser. Si une campagne de
Un virus dont les huit segments étaient d’origine aviaire vaccination est mise en place, il est impératif qu’elle soit
avait ainsi pu s’établir dans la population humaine et y effectuée dans des conditions d’hygiène et de gestion/
provoquer bien plus de décès que la Première Guerre logistique appropriées. Les vaccins doivent être de très
mondiale. Le séquençage des gènes de ce virus, ainsi bonne qualité et être administrés à chaque groupe d’oi-
que celui d’autres virus d’origine aviaire ayant infecté seaux à l’aide de seringues stériles. La chaîne du froid
l’homme, a mis en lumière des mutations qui pourraient doit être respectée et les acons de vaccins doivent être
découler d’une adaptation progressive à l’hôte humain. agités vigoureusement avant l’usage an de maintenir
Indépendamment du mécanisme selon lequel le nou- la qualité du produit et de garantir son efcacité.
veau virus pandémique pourrait être engendré, il semble Dans de telles conditions, il peut être relativement
clair que la circulation de virus IA chez les animaux difcile d’évaluer l’exposition des troupeaux infec-
devrait être réduite et que les contacts à haut risque tés sur le terrain. Le diagnostic de laboratoire n’est
devraient être évités par-dessus tout. Il s’agit bien là du pas effectué de façon systématique lorsqu’il s’agit
problème le plus complexe auquel doivent faire face les de volailles rurales. Les oiseaux vaccinés ne mon-
pays en voie de développement. Les cas humains sur- trent parfois aucun signe clinique mais répandent
venus au cours de l’épidémie actuelle de H5N1 se sont activement le virus, perpétuant ainsi l’infection.
généralement développés à la suite de contacts entre La seule technique envisageable de dépistage de
les villageois et les poulets de campagne ou les coqs de l’exposition sur le terrain consisterait à laisser des
combat. La nature et l’essence de ces contacts dépen- oiseaux sentinelles non vaccinés dans le troupeau.
daient des habitudes sociales et comportementales asso- L’identication des sentinelles dans les établisse-
ciées à la sécurité alimentaire ou aux loisirs. Les règles ments ruraux serait rendue possible par l’absence de
élémentaires d’hygiène étaient également rarement vaccination des oiseaux mâles d’un troupeau.
respectées. La modication de ces schémas ne semble
pas être applicable à court terme. Des efforts devraient
être entrepris an de réduire l’excrétion virale chez les 1.8 Conclusion
volailles rurales, de telle sorte que la quantité de virus
excrété ne soit pas sufsante pour infecter l’homme. On Les changements survenus dans l’écologie et l’épi-
pense que les campagnes de vaccination des volailles démiologie des infections d’IA soulignent l’urgence
rurales sont actuellement le seul moyen d’obtenir une de progresser dans la compréhension des problèmes
1 Écologie, épidémiologie et implications sur la santé humaine des infections provoquées par le virus de l’influenza aviaire 15

liés à l’épidémiologie, à la pathogenèse et à la maî- le savoir et la compréhension nécessaire à la propo-

trise de la maladie. sition de solutions durables pour la gestion de cette
Les lignées asiatiques de virus H5N1 se sont infection.
répandues sur trois continents présentant chacun des
contextes totalement différents au niveau agricole,
écologique, social et économique. Le virus s’est, par Références
la suite, maintenu dans chaque région grâce à la mise
en œuvre de mécanismes variés. La génération de tels Alexander DJ (2000) A review of avian inuenza in dif-
cycles est aussi inuencée par la diversité et la dis- ferent bird species. Vet Microbiol 74(l-2):3-13
ponibilité des hôtes dans de tels contextes. Lorsque Alexander DJ (2001) Ecology of avian inuenza in
le virus rencontre de nouveaux hôtes appartenant ou domestic birds. Proceedings of the International
non à la classe Aves, il acquiert des mutations pou- Symposium on Emergence and Control of Zoonotic
vant reéter des pouvoirs pathogènes envers une ou Ortho- and Paramyxovirus Diseases. Merieux Foun-
plusieurs espèces. dation, Veyrier du Lac, France 25-34
Les conséquences de ces deux forces motrices sur Alexander DJ (2002) Report on avian inuenza in the
les prols génétique et antigénique nécessitent une Eastern Hemisphere during 1997-2002. Avian Dis 47
surveillance des souches virales et une collaboration (3 Suppl):792-797
étroite entre toutes les parties impliquées dans la ges- Alexander DJ (2008) Avian inuenza manual for dia-
tion de la crise. L’effort entrepris dans le cadre de la gnostic tests and vaccines for terrestrial animals, 6th
surveillance devrait être orienté vers la collecte et la edition. Chapter 2.7.12. World Organisation for Ani-
caractérisation des souches dans le but d’identier les mal Health, Paris, France, [Link]
mutations génétiques et les propriétés antigéniques. normes/ mmanu-al/a_00002.htm
L’information collectée doit être compilée et mise à la Alexander DJ (2007) Summary of avian inuenza activ-
disposition de la communauté scientique internatio- ity in Europe, Asia, Africa and Australasia 2002-2006.
nale, et en particulier des virologues. Avian Dis 51(1 Suppl):161-166
Au moins deux sous-types d’IA, tous deux impli- Alexander DJ, Allan WH, Parsons DG, Parsons G (1978)
qués dans des zoonoses, sont actuellement apparem- The pathogenicity of four avian inuenza viruses for
ment enzootiques dans de grandes parties du monde. fowls, turkeys and ducks. Res Vet Sci 24(2):242-247
Il s’agit du H5N1 et du H9N2. Il est impossible de Alexander DJ, Parsons G, Manvell RJ (1986) Expe-
prédire si l’un ou l’autre servira de souche au prochain rimental assessment of the pathogenicity of eight
virus responsable d’une pandémie humaine. Tous deux avian inuenza A viruses of H5 subtype for chickens,
sont incontestablement responsables de pertes dans turkeys, ducks and quails. Avian Pathol 15:647-662
l’industrie avicole ; H5N1 étant également respon- Banks J, Speidel E, Alexander DJ (1998) Characterisa-
sable de pertes en vies humaines et d’une diminution tion of an avian inuenza A virus isolated from a
des moyens de subsistance des collectivités rurales. human—is an intermediate host necessary for the
Les communautés scientiques médicales, vété- emergence of pandemic inuenza viruses? Arch Virol
rinaires et agricoles font face à un virus qui évolue 143(4):781-787
sur un plan tridimensionnel : il se modie lui-même Banks J, Speidel EC, Harris PA, Alexander DJ (2000)
en fonction de son adaptation à différentes espèces, Phylogenetic analysis of inuenza A viruses of H9
tout en se réassortissant à d’autres virus inuenza haemagglutinin subtype. Avian Pathol 29:353-360
aviaires et potentiellement de mammifères et en Banks J, Speidel EC, McCauley JW, Alexander DJ (2000)
infectant de nouvelles espèces. Il est indispen- Phylogenetic analysis of H7 haemagglutinin subtype
sable de mener des efforts signicatifs en matière inuenza A viruses. Arch Virol 145(5):1047-1058
de collaboration et de moyens nanciers dans un Beare AS, Webster RG (1991) Replication of avian
contexte de transparence scientique an de pro- inuenza viruses in humans. Arch Virol 119(l-2):37-42
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volailles, l’IA restera un enjeu en matière de sécurité Berg M, Englund L, Abusugra IA et al. (1990) Close
alimentaire et une menace mondiale pour la santé relationship between mink inuenza (H10N4) and
animale et humaine. Cette responsabilité incombe à con-comitantly circulating avian inuenza viruses.
la communauté vétérinaire puisque celle-ci détient Arch Virol1 13(1-2):61-71
16 I. Capua et DJ. Alexander

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 Écologie et épidémiologie de la maladie
de Newcastle 2
Dennis J. Alexander

2.1 Introduction et présentant souvent des signes neurologiques a

d’abord été rapportée dans les années 1930. Elle fut
Les premières épizooties de la maladie sévissant ensuite appelée « pneumoencéphalite » (Beach 1942).
chez les volailles, connue en tant que maladie de Il fut démontré que cette maladie avait été causée par
Newcastle (ND), sont apparues en 1926 à Java, un virus ne pouvant être différencié du NDV par des
en Indonésie (Kraneveld 1926) et à Newcastle, en tests sérologiques (Beach 1944). Depuis, de nombreux
Angleterre (Doyle 1927). L’appellation « maladie virus produisant une forme très bénigne de la maladie,
de Newcastle » fut temporairement attribuée par voire aucun signe de maladie chez les poulets, ont été
Doyle, an d’éviter une dénomination descriptive isolés à travers le monde. Il est à présent admis que des
qui aurait pu être source de confusion avec d’autres réservoirs de tels virus se perpétuent chez les oiseaux
maladies (Doyle 1935). Cependant l'utilisation de aquatiques et chez d’autres oiseaux sauvages.
ce terme s'est perpétuée, bien que l’on emploie à
présent couramment le synonyme « paramyxovi-
rus aviaire de type 1 » (APMV-1) pour se référer 2.2 Étiologie
au virus ND (NDV). APMV-1 a parfois été utilisé
pour décrire les souches de NDV de faible virulence L’ordre des Mononégavirales (c’est-à-dire les virus à
an d’éviter l’emploi de l’expression NDV. En ARN de polarité négative non segmentés et présen-
effet, dans les dénitions utilisées par l’Organisa- tant une capside de symétrie hélicoïdale) est formé
tion mondiale de la santé animale (Alexander 2008) par les familles des Paramyxoviridae, des Filovi-
ainsi que par d’autres agences internationales, le ridae et des Rhabdoviridae. La famille des Para-
terme NDV est réservé aux virus virulents. myxoviridae est composée de deux sous-familles :
L’éventualité selon laquelle les épizooties de les Paramyxovirinae et les Pneumovirinae (Lamb
1926 auraient marqué l’émergence de la ND a fait et al. 2005). La sous-famille des Paramyxovirinae
l’objet de discussions, puisque des épizooties simi- comporte cinq genres : les Rubulavirus, comprenant
laires de la maladie avaient été signalées en Europe les virus des oreillons et les para-inuenza 2 et 4 des
Centrale avant cette date (Halasz 1912). En passant mammifères ; les Respirovirus, comprenant les para-
en revue toutes les mortalités de poulets surve- inuenza 1 et 3 des mammifères ; les Morbillivirus,
nues dans les îles de l’Ouest de l’Écosse en 1896, la rougeole, la maladie de Carré et la peste bovine ;
Macpherson (1956) considéra qu’il était probable les Henipavirus, constitués des virus Nipah et Hendra
qu’elles eussent été causées par la ND. Il est donc et les Avulavirus, constitués du NDV et d’autres para-
possible que la ND soit apparue chez les volailles myxovirus aviaires (Lamb et al. 2005).
avant 1926. Cependant, la reconnaissance de la ND Neuf sérotypes de Paramyxovirus aviaires ont
en tant que maladie spéciquement dénie comme été identiés : APMV-1 à APMV-9 (Alexander
étant d’étiologie virale, date des épizooties de cette 1988a). Parmi ceux-ci, le NDV (APMV-1) reste
année-là, à Newcastle. le plus important pathogène de la volaille, alors
Par la suite, il est apparu clairement que d’autres que APMV-2, APMV-3, APMV-6 et APMV-7 sont
infections moins sévères avaient été causées par reconnus comme étant responsables de maladies
des virus presque identiques au virus initial. Aux chez la volaille. La nomenclature utilisée pour les
États-Unis, une maladie respiratoire assez bénigne isolats de virus inuenza A a été adoptée pour les

21
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
22 D.J. Alexander

paramyxovirus aviaires, de telle sorte qu’un isolat dans le génotype 6, puis placés dans la classe I par
soit nommé selon : (1) le sérotype ; (2) l’espèce ou Czeglédi et al. (2006), sont très différents de tous
le type d’oiseau à partir duquel il a été isolé ; (3) le les autres isolats de NDV, notamment des virus de
lieu géographique de l’isolement ; (4) le numéro de classe II (Czeglédi et al. 2006). Ceci a entraîné des
référence ou le nom ; et (5) l’année de l’isolement. problèmes de diagnostic moléculaire, en particulier
La variation antigénique des NDV (APMV-1), dus au fait que la détection par RT-PCR nécessitait
détectable par les tests conventionnels d’inhibition de des amorces différentes.
l’hémagglutination (IHA), a été rapportée. De telles
communications sont cependant rares et font référence
à des variations relativement mineures (Arias-Ibarrondo 2.3 Gamme d’hôtes
et al. 1978 ; Hannoun 1977 ; Alexander et al. 1984).
L’une des variations les plus connues de ce type est le Après avoir effectué une revue de la littérature dispo-
virus responsable de la panzootie chez les pigeons voya- nible, Kaleta et Baldauf (1998) ont conclu qu’outre
geurs. Lors des tests d’inhibition de l’hémagglutination, les espèces aviaires domestiques, l’infection natu-
il a été démontré que ce NDV, généralement appelé relle ou expérimentale par le NDV avait été démon-
APMV-1 (ou PPMV-1) du pigeon, était différent des trée chez au moins 241 espèces appartenant à 27 des
souches standard, mais pas sufsamment différent sur le 50 ordres d’oiseaux. Il est fort probable que toutes les
plan antigénique pour annuler l’effet protecteur des vac- espèces d’oiseaux soient sensibles à l’infection. Mais
cins ND conventionnels (Alexander et Parsons 1986). la conséquence de l’infection en termes de maladie
Les variations antigéniques existant entre les souches varie considérablement selon les espèces.
de NDV ont été détectées à l’aide d’anticorps mono-
clonaux (mAbs). Ces variations ont été utilisées comme
outil épidémiologique (Alexander et al. 1997). L’utilisa- 2.3.1 Oiseaux de basse-cour
tion d'éventails d’anticorps mAb a montré que les virus
regroupés selon leur capacité à réagir avec les mêmes Les souches virulentes de NDV ont été isolées à par-
mAb possèdent les mêmes propriétés biologiques et tir de tous les types de volailles commerciales, allant
épidémiologiques. Cette approche de la compréhen- des pigeons aux autruches. Chez diverses volailles
sion de l’épidémiologie de la ND a toutefois été large- infectées par le NDV virulent, les signes observés
ment remplacée par l’analyse phylogénétique. dans la maladie peuvent présenter des variations
Les techniques génétiques sont à présent bien éta- considérables. Par exemple, les canards peuvent ne
blies pour ce qui est du diagnostic de la ND ainsi que pas présenter de signes cliniques, tandis que chez
pour servir d’outil épidémiologique permettant de dif- d’autres espèces, la maladie peut être plus bénigne
férencier les souches de virus (Aldous et Alexander que chez les poulets et rendre difcile le diagnostic
2001). Suite à des analyses phylogénétiques d’isolats initial ; c’est le cas par exemple chez les faisans
de NDV, Herczeg et al. (1999, 2001) et Lomniczi et al. (Aldous et al. 2007). Les autruches peuvent aussi
(1998) ont conclu qu’il existait 8 lignées génétiques poser problème quant à la suspicion initiale de la ND.
(I-VIII) ainsi que plusieurs sous-lignées. Aldous et al. En effet, bien que des signes neurologiques typiques
(2003) étudièrent 338 isolats de NDV représentant une aient été rapportés, il existe certaines différences dans
gamme de virus issus d’hôtes différents et ayant des la sévérité de la maladie, entre les oiseaux jeunes et
origines temporelle et géographique différentes. Ils en les oiseaux adultes (Alexander 2000).
conclurent que les isolats pouvaient être répartis en Les volailles issues de l’agriculture marginale
six groupes très distincts (lignées 1-6). Les lignées 3 peuvent également jouer un rôle dans l’épidémio-
et 4 se subdivisaient en quatres sous-lignées (a-d) et logie de la ND. Par exemple, les coqs de combat
la lignée 5 en cinq sous-lignées (a-e). Les lignées 1, 2, furent impliqués, en plusieurs occasions, dans les
4 et 5 correspondent principalement aux lignées I, II, épizooties de la ND aux États-Unis. L’épizootie la
III et IV dénies précédemment, avec des sous-lignées plus importante se produisit en Californie en 2002-
comparables, mais les regroupements génomiques III, 2003 (Kinde et al. 2003). La présence répandue de
IV, V et VIII correspondent aux sous-lignées 3a à 3d. ND chez les coqs de combat, ainsi que la mobilité
La lignée 6 représente un nouveau génotype. et la valeur de tels oiseaux, ont non seulement posé
Les isolats de NDV répertoriés dans les groupes des problèmes considérables de contrôle, mais ont
de gènes 1-5 (ou I-VIII) sont génétiquement proches. également entraîné une contamination de 21 fermes
Cependant, les virus répertoriés par Aldous et al. (2003) commerciales d’œufs de consommation ainsi que
2 Écologie et épidémiologie de la maladie de Newcastle 23

l’abattage de 3 millions d’oiseaux. Les facteurs de ayant eu lieu durant ces 10 dernières années. On en
risques les plus élevés pour les volailles commer- conclut, par exemple, que le virus responsable des
ciales infectées étaient les employés de fermes et la épizooties de ND au Royaume-Uni en 1997 (Alexan-
proximité d’oiseaux de basse-cour infectés. der et al. 1999) avait été très probablement introduit
par les oiseaux sauvages migrateurs. Le virus res-
ponsable des épizooties de 1996 au Danemark chez
2.3.2 Oiseaux sauvages des faisans en liberté était très apparenté au NDV,
de même que les isolats provenant d’un harle bièvre
Les isolats de NDV ont souvent été obtenus à partir en Finlande en 1996 et, peut-être de manière signi-
d’oiseaux sauvages, en particulier des oiseaux d’eau cative, d’un cormoran du Danemark en 2001 (Jør-
migrateurs sauvages et d’autres oiseaux aquatiques. gensen et al. 1999 ; Alexander et al. 1999 ; P. Jør-
La plupart de ces isolats étaient de faible virulence gensen, communication personnelle). En 2005, la
pour les poulets et partageaient les caractéristiques réémergence chez les faisans d’un virus génétique-
des virus lentogènes à tropisme intestinal. ment très proche, en Grande Bretagne et en France,
Des virus virulents ont parfois été détectés chez ainsi que la présence d’un lac à proximité immédiate
les oiseaux sauvages, mais il s’agissait d’oiseaux de l’élevage français (Loire-Atlantique), ont donné
retrouvés morts à proximité de volailles infectées. naissance aux spéculations selon lesquelles ce virus
Les épizooties les plus importantes de NDV chez les pourrait s’être installé en Europe, chez certaines
oiseaux sauvages ont été rapportées en Amérique du espèces d’oiseaux sauvages (Aldous et al. 2007).
Nord dans les années 1990, chez les cormorans à
double crête (Phalacrocorax auritus).
Ces épizooties débutèrent en 1990 au Canada, en 2.3.3 Oiseaux de volière et de compagnie
particulier en Alberta, au Saskatchewan et au Mani-
toba (Wobeser et al. 1993). La maladie réapparut en Les isolats de NDV virulent ont souvent été obtenus à
1992 chez les cormorans, dans le Midwest canadien partir d’oiseaux de volière (Senne et al. 1983). Selon
aux alentours des Grands Lacs, ainsi que dans le Nord Kaleta et Baldauf (1998), il était improbable que les
du Midwest des États-Unis, où elle se répandit aux infections des oiseaux d’ornement récemment impor-
dindes domestiques (Mixson et Pearson 1992 ; Hec- tés puissent avoir résulté d’infections enzootiques des
kert 1993). La maladie fut de nouveau observée chez oiseaux sauvages des pays d’origine. Ils ont consi-
les cormorans à double crête, en 1995 au Canada et déré que les infections provenaient plus probablement
en 1997 en Californie. Dans les deux cas, le NDV fut des stations de quarantaine précédant l’exportation et
isolé à partir d’oiseaux morts (Kuiken 1998). résultaient de la présence du NDV enzootique dans
Les analyses antigéniques et génétiques des virus ces stations ou d’une propagation à partir des volailles
isolés à partir des cormorans ont suggéré que ces avoisinantes, telles les élevages de poulet en plein air.
virus étaient très étroitement liés, malgré l’éloigne- Panigrahy et al. (1993) ont décrit des épizooties sévères
ment géographique des hôtes. Puisque ces épizooties de ND survenues chez les oiseaux de compagnie en
touchaient des oiseaux qui suivaient des voies migra- 1991, dans six états des États-Unis. Les introductions de
toires différentes, il est fort probable que l’infection virus avaient été attribuées aux importations illégales.
ait eu lieu sur un site d’hivernation commun, situé Dans le cas des psittacidés, la preuve que les oiseaux
dans le Sud des États-Unis ou en Amérique centrale. infectés excrètent le NDV virulent par intermittence,
Allison et al. (2005) sont parvenus à isoler des NDV pendant des périodes extrêmement longues et parfois
virulents similaires, à partir de cormorans à double pendant plus d’un an, a été une avancée importante
crête en hivernation dans les Keys de Floride. (Erickson et al. 1977), mettant ainsi l’accent sur le rôle
La ND avait été précédemment signalée chez les que ces oiseaux pourraient avoir dans l’introduction du
cormorans et les espèces apparentées, vers la n des NDV dans un pays ou dans une région.
années 1940 en Écosse (Blaxland 1951) et en 1975
au Québec (Cleary 1977). Par conséquent, il est
possible que les cormorans constituent un réservoir 2.3.4 Pigeons voyageurs et pigeons
occasionnel ou même permanent de NDV virulent. d’ornement
Il est intéressant de noter que les oiseaux sauvages
ont été impliqués dans l’introduction de NDV viru- À la n des années 1970, une souche de NDV
lent chez la volaille, lors de nombreuses épizooties apparut chez les pigeons. Elle présentait certaines
24 D.J. Alexander

différences antigéniques par rapport aux souches La présence de ces acides aminés dans de telles
classiques. Cette souche, dite PPMV-1, apparut pro- positions signie que le clivage peut être effectué
bablement au Moyen-Orient. En Europe, elle fut par une ou plusieurs protéases, présentes dans une
signalée pour la première la fois en Italie en 1981 large gamme de tissus ou d’organes hôtes. Chez
(Bianciori et Fioroni 1983). Elle engendra par la les virus lentogènes, le clivage ne peut cependant
suite une véritable panzootie, se répandant à travers se produire qu’en présence de protéases reconnais-
le monde entier, chez les pigeons voyageurs ainsi sant une arginine isolée. Il s’agit en l’occurrence
que les pigeons d’ornement (Aldous et al. 2004). La d’enzymes semblables à la trypsine. La multiplica-
maladie est reconnue chez les pigeons depuis plus tion des virus lentogènes dans les cellules hôtes est
de 25 ans, mais semble encore demeurer enzootique donc restreinte aux organes contenant des enzymes
chez les pigeons voyageurs de nombreux pays, tout semblables à la trypsine, tels que les appareils res-
en se propageant couramment aux pigeons sau- piratoires et intestinaux, alors que les virus virulents
vages et aux colombes et menaçant constamment la peuvent se multiplier et causer des dégâts dans toute
volaille. une gamme de tissus et d’organes, et provoquer une
infection systémique fatale.
Le phénomène selon lequel la virulence des
2.4 Bases moléculaires de la virulence souches de NDV est gouvernée par le site de cli-
virale vage F0 est un fait généralement admis. Il a donc
été introduit dans la dénition de la ND, adoptée par
Grâce à la compréhension des bases moléculaires l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) :
contrôlant la virulence des souches de NDV (Rott et « La maladie de Newcastle est une maladie infec-
Klenk 1988), il est désormais possible d’évaluer, à tieuse des oiseaux, due à un paramyxovirus aviaire
l’aide des techniques de séquençage nucléotidique, de sérotype 1 (APMV-1) présentant l’un des critères
si un isolat possède ou non la constitution génétique de virulence ci-après :
lui conférant une pathogénicité élevée envers la a) Le virus possède un indice de pathogénicité
volaille (Collins et al. 1993). La protéine virale F intracérébrale (ICPI) d’au moins 0,7 pour les
provoque la fusion des membranes virales et cellu- poussins (Gallus gallus) d’un jour.
laires, permettant au génome viral de pénétrer dans ou
la cellule et d’initier la multiplication. La protéine F b) Il a été démontré (directement ou par déduction)
est donc essentielle pour la multiplication. que le virus possède de multiples acides aminés
Toutefois, au cours de la multiplication, les par- basiques dans la fraction C-terminale de la pro-
ticules du NDV sont produites en association avec téine F2, et une phénylalanine au niveau du résidu
une glycoprotéine précurseur F0. An que les parti- 117, c’est-à-dire de la fraction N-terminale de la
cules virales soient infectieuses, F0 doit être clivée protéine F1. Le terme « multiples acides aminés
en polypeptides F1 et F2, reliés par des ponts disul- basiques » se réfère à la présence d’au moins
fures. Ce clivage post-traductionnel est facilité par trois acides aminés correspondant à l’arginine ou
les protéases cellulaires de l’hôte. à la lysine entre les résidus 113 et 116. En l’ab-
Il a été démontré que la clivabilité de la molé- sence de démonstration des multiples acides ami-
cule F0 est directement liée à la virulence des virus nés basiques caractéristiques décrits ci-dessus, il
in vivo. De nombreuses études ont conrmé la pré- convient de caractériser le virus isolé en détermi-
sence d’acides aminés basiques multiples, présents nant son indice de pathogénicité cérébrale. »
au site de clivage F0 des virus virulents. Chez les Dans cette dé nition, les résidus d’acides ami-
virus virulents, la séquence est généralement nés sont numérotés à partir de l’extrémité N termi-
113RQK/RR*F117. Mais la plupart des virus ont nale de la séquence d’acides aminés, déduite de la
également un acide aminé basique en position 112. séquence nucléotidique du gène F0 ; 113-116 cor-
Par opposition, les virus de faible virulence possèdent respondant aux résidus -4 à -1 à partir du site de
généralement la séquence 113K/RQG/ER*L117. Il clivage. » (Alexander 2008).
semblerait donc que la condition requise pour que le An d’identier précisément le motif mini-
virus soit virulent chez les poulets soit caractérisée mal d’acides aminés présent au site de clivage F0
par la présence d’un acide aminé basique au niveau et conférant la virulence, diverses études ont été
du résidu 113, d’une paire d’acides aminés basiques entreprises à l’aide des clones d’ADNc du NDV
en 115 et 116, ainsi que d’une phénylalanine en 117. ainsi que des techniques génétiques (Peeters et al.
2 Écologie et épidémiologie de la maladie de Newcastle 25

1999). De Leeuw et al. (2003) ont créé une gamme respiratoire peuvent se répandre à une vitesse alar-
de virus dont les acides aminés du site de clivage F0 mante. Les virus excrétés dans les matières fécales,
avaient été échangés. Ils en ont conclu que la viru- et transmis principalement par voie orale ou fécale,
lence nécessitait F en position 117, R en 116, K ou R peuvent se répandre extrêmement lentement, sur-
en 115 et R et non pas K en 113. Il est intéressant de tout si les oiseaux ne sont pas en contact direct les
constater que tous les mutants sont revenus aux motifs uns avec les autres, par exemple chez les poules
virulents 112RRQRR*F117 ou 112RRQKR*F117 pondeuses en cage.
après un passage unique chez les poussins. L’importance de la transmission verticale des
Bien qu’il semble que la séquence d’acides aminés NDV n’est pas claire ; notamment celle des virus
du site de clivage de la protéine F0 ait une inuence virulents provoquant généralement l’arrêt de la
primordiale sur la virulence réelle ou potentielle des ponte chez les oiseaux sensibles à la maladie. Cer-
NDV, il faut garder à l’esprit que d’autres facteurs taines sources rapportent avoir isolé un virus vacci-
associés à d’autres gènes et protéines viraux peuvent nal à partir d’œufs pondus par des oiseaux infectés
entraîner des variations de la virulence. Par exemple, (e.g. Pospisil et al. 1991). Dans une communication
il a été démontré à l’aide de techniques de génétique signicative, Capua et al. (1993) furent en mesure
inverse, que la protéine HN pouvait inuencer la d’isoler du NDV virulent à partir de frottis cloacaux
virulence (Huang et al. 2004 ; Römer-Oberdörfer et al. prélevés sur des oiseaux présentant des titres élevés
2006). De la même façon, il a été prouvé que la pro- d’anticorps anti-NDV, ainsi que sur les œufs pondus
téine V inhibe l’apoptose dans les cellules infectées par ces oiseaux et sur leurs progénitures.
et que son absence peut également inuencer la viru-
lence (Mebatsion et al. 2001).
2.6 Propagation

2.5 Transmission Plusieurs revues ont abordé la façon dont le NDV

pourrait être introduit dans un pays ou une région,
Dans le cas des NDV, il est raisonnable de conclure puis se répandre d’élevage à élevage (Lancaster 1966 ;
que l’infection peut se faire par inhalation du virus, Lancaster et Alexander 1975 ; Alexander 1988b).
par ingestion (Alexander 1988b) ou par contact Selon l’argumentaire précédent, les réservoirs
avec les muqueuses, en particulier la conjonctive. de NDV – généralement de faible virulence pour
La propagation d’un oiseau à l’autre dépend donc les poulets – sont maintenus chez les populations
de la disponibilité du virus sous forme infectieuse, d’oiseaux sauvages. L’introduction initiale chez les
chez l’oiseau infecté. L’excrétion de virus dépend populations de volaille domestique pourrait surve-
des organes dans lesquels celui-ci se multiplie. nir par contact direct ou indirect avec les oiseaux
Selon l’argumentaire précédent, elle peut varier en sauvages. On dispose de preuves solides, obtenues à
fonction du pathotype viral. Les oiseaux présentant partir d’analyses de virus isolés en Irlande en 1990
une affection respiratoire dispersent vraisembla- et lors des épizooties de ND ayant débuté en 1998
blement les virus dans des aérosols de mucus. Les en Australie, selon lesquelles les virus peuvent par-
oiseaux réceptifs peuvent être exposés à ces virus fois muter et acquérir une virulence élevée (Alexan-
et les inhaler. Les virus se limitant principalement der 2001 ; Westbury 2001). Du NDV virulent a éga-
à une multiplication intestinale peuvent être trans- lement été généré par voie expérimentale, à partir
mis par ingestion de matières fécales contaminées, de virus de faible virulence après passage chez le
soit directement, soit par de la nourriture ou de l’eau poulet (Shengqing et al. 2002). De plus, selon l’ar-
contaminée. Ils peuvent également être transmis par gumentaire précédent, le NDV virulent pourrait être
le biais de petites particules contaminantes produites présent chez les oiseaux sauvages et dans d’autres
à partir des matières fécales sèches ; ces particules secteurs ; l’introduction initiale pourrait donc pro-
peuvent être inhalées et affecter les muqueuses. venir d’un contact avec ces derniers.
Le mode de transmission du virus dépend vrai- Après l’introduction dans un élevage avicole, la pro-
semblablement de nombreux facteurs environne- pagation secondaire se ferait selon différents modes,
mentaux qui peuvent inuencer radicalement la tels que : (1) le déplacement des oiseaux vivants, (2)
vitesse de propagation. Au sein d’une communauté le contact avec d’autres animaux, (3) la circulation des
d’oiseaux maintenus à une forte densité telle que personnes et des équipements, (4) la circulation des
dans un élevage intensif, les virus transmis par voie produits avicoles, (5) la propagation dans l’air, (6) la
26 D.J. Alexander

contamination des aliments pour volaille, (7) la conta- d’épizooties régulières de la volaille dans la majeure
mination de l’eau et (8) les vaccins (Dans ce cas précis, partie de l’Afrique, de l’Asie, de l’Amérique cen-
il s'agit de l'équipe de vaccination qui est intervenu et trale et dans certaines régions d’Amérique du Sud.
qui n'a pas assez pris ses précautions : exemple, non Dans des régions plus développées, telles que
changement de vêtement, n'a pas attendu les 3 jours l’Ouest de l’Europe, des épizooties sporadiques
recommandés avant de passer à un autre élevage,...). surgissent de façon régulière, malgré l’usage
Certains de ces modes de propagation vont de soi, répandu de la vaccination. L’OIE (2007) répertorie
alors que d’autres nécessitent un examen plus appro- seulement cinq pays dans lesquels la maladie n’est
fondi ou sont moins évidents. Par exemple, il est clair jamais survenue (la Guyane française, la Guyane,
que les oiseaux susceptibles d’avoir été infectés pour- la Nouvelle Calédonie, Samoa et Vanuatu), 58 pays
raient être déplacés et, par conséquent, propager la ayant présenté une « atteinte clinique démontrée »
ND pendant la phase d’incubation de la maladie. Un entre juillet 2005 et juin 2007, ainsi que 14 autres
phénomène de plus grande importance serait l’ex- pays présentant des « cas non résolus de la maladie ».
crétion démontrée de virus virulent par les oiseaux
vaccinés et cliniquement normaux, suite à un stress
(Alexander et al. 1999 ; Guittet et al. 1993 ; Parede 2.8 Santé humaine
et Young 1990). Ceci représenterait alors une menace
grave, en termes de maladie avérée, pour les oiseaux La première communication décrivant le NDV
non vaccinés qui pourraient se trouver en contact avec comme un pathogène humain, fut celle de Burnet
ces oiseaux ; soit directement, par exemple par les publiée en 1943. Dans une revue de la littérature sur
échanges d’oiseaux notamment pour les élevages de la maladie de Newcastle en tant que zoonose, Chang
poulet en plein air, soit de manière indirecte. (1981) a répertorié 35 articles, traitant des infec-
Le rôle de la propagation aérienne de NDV requiert tions par le NDV chez l’homme, publiés entre 1948
également une attention particulière. Auparavant, et 1971. Le nombre de publications faites depuis
la propagation du virus dans l’air avait été considé- est faible, ce qui reète probablement l’absence
rée comme étant un mode de transmission impor- d’effets graves et durables résultant de telles infec-
tant dans certaines épizooties (Dawson 1973), mais tions, ainsi que leur caractère courant.
sans aucune importance dans d’autres (Utterback et Les symptômes les plus fréquemment rappor-
Schwartz 1973), même lorsqu’il s’agissait du même tés et les mieux démontrés chez l’homme sont les
virus. Hugh-Jones et al. (1973) ont tenté d’évaluer infections oculaires. Celles-ci consistent générale-
la survie du virus dans l’air. Ils ont été en mesure de ment en une rougeur unilatérale ou bilatérale, un
détecter le virus aux environs d’un site d’infection, larmoiement excessif, un œdème des paupières, une
à 64 m sous le vent (quoiqu’en concentrations très conjonctivite et une hémorragie sous-conjonctivale
faibles dans de très grandes quantités d’air échan- (Chang 1981). Bien que l’atteinte occulaire soit
tillonné) mais pas à 165 m sous le vent. Ces auteurs assez sévère, les infections sont généralement pas-
ont mis l’accent sur l’importance des conditions sagères et leur durée n’excède pas un jour ou deux.
environnementales, notamment l’humidité relative, La cornée n’est pas touchée. Les communications
dans l’éventualité d’une propagation dans l’air. Ces décrivant d’autres symptômes chez l’homme infecté
dernières années, la propagation dans l’air n’a pas fait par le NDV sont moins bien documentées. Cepen-
l’objet de préoccupations lors des épizooties signa- dant, une infection plus généralisée, provoquant des
lées. Il y a en effet presque toujours eu une autre frissons, des céphalées et de la èvre, avec ou sans
raison, plus probable, en particulier le déplacement conjonctivite, a parfois été rapportée (Chang 1981).
des volailles et l’intervention humaine. Les infections humaines par le NDV ont généra-
lement résulté d’un contact direct avec le virus ou
avec des oiseaux infectés ou avec des carcasses d’oi-
2.7 Distribution seaux morts. La propagation entre humains n’a pas
été rapportée. Les catégories de personnes connues
L’utilisation répandue à travers le monde de vaccins pour avoir été infectées par le NDV comprennent :
de NDV chez les volailles commercialisées rend les employés de laboratoires (il s’agit généralement
difcile l’évaluation de la véritable distribution de la conséquence d’éclaboussure accidentelle de
géographique de la ND. Il est généralement admis matériel infectieux dans l’œil), les vétérinaires tra-
que le NDV virulent est enzootique ou est la cause vaillant dans les laboratoires d’analyse diagnostique
2 Écologie et épidémiologie de la maladie de Newcastle 27

(vraisemblablement le résultat de contact avec du the variant avian paramyxovirus type 1 virus (PPMV-
matériel infectieux lors d’examens post-mortem), 1) responsible for the 1978 to present panzootic in
les ouvriers des exploitations avicoles, ainsi que les pigeons. Avian Pathol 33(2):258–269
équipes de vaccination, surtout lorsque les vaccins Aldous EW, Manvell RJ, Cox WJ et al. (2007) Outbreak
vivants sont administrés sous forme d’aérosols ou of Newcastle disease in pheasants (Phasianus col-
de poussière ne. Chez les personnes ayant des liens chicus) in south-east England in July 2005. Vet Rec
reconnus avec la volaille, une quantité signicative- 160(14):482–484
ment supérieure des titres d’anticorps anti-NDV a Aldous EW, Mynn JK, Banks J, Alexander DJ (2003) A
été rapportée par Pedersden et al. (1990). molecular epidemiological study of avian paramyxo-
virus type 1 (Newcastle disease virus) isolates by phy-
logenetic analysis of a partial nucleotide sequence of
2.9 Conclusion the fusion protein gene. Avian Pathol 32(3):239–356
Alexander DJ (ed) Newcastle disease Virus-An avian
La maladie de Newcastle demeure enzootique paramyxovirus. In: DJ Alexander (ed) Newcastle
dans de nombreuses régions du monde, chez les Disease Kluwer Academic, Boston, MA, pp11–22
volailles ou dans d’autres secteurs aviaires tels que Alexander DJ (1988b) Newcastle disease: Methods of
celui des pigeons voyageurs. Elle représente donc spread. In: DJ Alexander (ed) Newcastle disease.
une menace constante pour la plupart des oiseaux Kluwer Academic, Boston, MA, pp 256-272
d’élevage. Tout groupe de volailles commerciales Alexander DJ (2008) Newcastle disease in ostriches
est en quelque sorte concerné par les mesures de (Struthio camelus) – A review. Avian Pathol 29:95-100
contrôle de la ND et de la propagation du virus. Alexander DJ (2001) Gordon Memorial Lecture. New-
Une grande majorité de pays pratiquant l’élevage castle disease. Br Poult Sci 42(1):5–22
commercial de volaille dépend de la vaccination Alexander DJ (2008) Newcastle disease World Organi-
pour la maîtrise de la ND. Dans de nombreux pays, sation for Animal Health Manual of Diagnostic Tests
la maladie représente néanmoins un facteur majeur and Vaccines for Terrestrial Animals, 6th ed. Chapter
limitant l’expansion de la production de volaille. 2.3.14. OIE, Paris, pp 576-589
L’impact le plus important de la ND pourrait bien Alexander DJ, Banks J, Collins MS et al. (1999) Antige-
être celui d’affecter la production de volailles de nic and genetic characterisation of Newcastle disease
village ou de basse-cour. Dans les pays en voie de viruses isolated from outbreaks in domestic fowl
développement, à travers l’Asie, l’Afrique, l’Amé- and turkeys in Great Britain during 1997. Vet Rec
rique centrale et certaines parties de l’Amérique 145(15):417-421
du Sud, le poulet de village représente un atout Alexander DJ, Manvell RJ, Banks J et al. (1999) Expe-
considérable puisqu’il constitue une source impor- rimental assessment of the pathogenicity of the New-
tante de protéine sous forme d’œufs et de viande. castle disease viruses from outbreaks in Great Britain
Toutefois, la ND est souvent responsable de pertes in 1997 for chickens and turkeys and the protection
dévastatrices en volailles de village. Dans les pays afforded by vaccination. Avian Pathol 28:501-512
en voie de développement, les contraintes sociales Alexander DJ, Manvell RJ, Lowings JP et al. (1997) Antige-
et nancières rendent extrêmement difcile, voire nic diversity and similarities detected in avian paramyxo-
impossible, la maîtrise de la ND chez les poulets virus type 1 (Newcastle disease virus) isolates using
de village. Cette situation entrave le développement monoclonal antibodies. Avian Pathol 26(2):399-418
de la production de volaille commerciale, ainsi que Alexander DJ, Parsons G (1986) Protection of chickens
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 Notification de l’influenza aviaire
et de la maladie de Newcastle à l’Organisation 3
mondiale de la santé animale (OIE)

Antonio Petrini et Bernard Vallat

3.1 L’Organisation mondiale de la santé à ce logiciel est restreint et permet aux utilisateurs
animale (OIE) et sa mission des pays membres, en particulier aux délégués et à
leurs représentants de soumettre à l’OIE par voie
L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) électronique, des rapports normalisés de notication
est une organisation intergouvernementale créée (notications immédiates, rapports de suivi, rapports
en 1924 par un accord international. En mai 2007, semestriels et rapports annuels). Non seulement ce
elle comptait 169 pays membres. L’OIE établit des système met à la disposition des pays une méthode
normes à destination des pays membres an qu’ils plus simple et plus rapide d’expédier des notications
puissent se protéger en prévenant l’introduction et des rapports zoosanitaires, mais il leur permet aussi
de maladies sans pour autant instaurer de barrières de bénécier des nouvelles capacités d’analyse mises
sanitaires injustiées. Ces normes sont élaborées en place an de produire immédiatement des infor-
sur des bases scientiques par des commissions de mations essentielles et utiles. L’interface de la base
spécialistes élus, ainsi que par des groupes de travail de données du système mondial d’information sani-
constitués d’experts scientiques mondialement taire (WAHID) permet au public d’accéder à toutes
reconnus dans leurs domaines d’expertise. La plu- les informations contenues dans WAHIS.
part de ces experts appartiennent au réseau interna-
tional de l’OIE composé en 2007 de 190 centres col-
laborateurs et laboratoires de référence. Les normes 3.2 Liste unique de maladies animales
sont adoptées par l’assemblée générale des pays de l’OIE
membres lors de leurs sessions annuelles, en mai,
à Paris. Les normes de l’OIE sont reconnues par En 2001, l’OIE fut chargée d’établir une liste unique
l’Organisation mondiale du commerce (OMC) en de maladies animales qui remplaça les listes A et B.
tant que références sanitaires internationales. L’une En 2004, les pays membres dénirent et approuvèrent
des principales missions de l’OIE est de garantir la des critères, établis sur des bases scientiques, permet-
transparence de la situation des maladies animales tant de répertorier une maladie dans cette liste (OIE
dans le monde. Chacun des pays membres s’engage à 2007c) (Tableau 3.1). L’objectif était de développer
déclarer les maladies animales détectées sur son ter- des critères acceptables pour tous les pays membres
ritoire. L’OIE diffuse alors l’information à tous les et de s’assurer que toute maladie serait répertoriée, si
autres pays an qu’ils puissent prendre les mesures elle était jugée très importante. Le critère prépondé-
préventives nécessaires. Les maladies transmis- rant pour qu’une maladie soit répertoriée sur la liste
sibles à l’homme et l’introduction intentionnelle de est le risque potentiel de propagation internationale.
pathogènes sont également signalées. L’information D’autres critères sont aussi pris en considération tels
est diffusée immédiatement ou périodiquement, en que le risque potentiel de zoonose ou encore le risque
fonction de la gravité de la maladie. Cette démarche potentiel de propagation signicative dans les popula-
s’applique aussi bien aux maladies se manifestant tions naïves. Chaque critère comporte des paramètres
naturellement qu’à celles qui sont provoquées de mesurables. Une maladie est ajoutée à la liste de l’OIE
façon intentionnelle. An de mener à bien sa mission, dès lors qu’elle comporte au moins un de ces para-
l’OIE administre le système d’information WAHIS mètres et satisfait à un ou plusieurs critères, en plus
(World Animal Health Information System). L’accès de son risque potentiel de propagation internationale.

31
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
32 A. Petrini et B. Vallat

Tableau 3.1 Critères de classication d’une maladie dans la L’inuenza aviaire hautement pathogène chez
liste de l’OIE les oiseaux (IAHP) et l’inuenza aviaire faiblement
pathogène à déclaration obligatoire chez les volailles
Critère de base Paramètres (au moins une réponse (IAFPD) (tels que dénies au chapitre 2.7.12 du Code
(tenant toujours compte « oui » signie que le critère a été sanitaire pour les animaux terrestres) de même que la
du scénario catastrophe) satisfait) maladie de Newcastle (MN) sont inscrites sur la liste
Propagation internationale Une propagation internatio- de l’OIE sous l’intitulé « Maladies des volailles. »
nale a-t-elle été prouvée en
trois occasions ou plus ? OU
Y a-t-il au moins trois pays ayant 3.3 Notification et information
des populations d’animaux sen- épidémiologique
sibles exempts de maladie ou
proches de cet état (selon les provi- 3.3.1 Notification immédiate et suivi
sions du code et notamment l’An-
nexe 3.8.1) ? OU Selon le système de notication de l’OIE, non seule-
Les rapports annuels de l’OIE ment les maladies mais aussi les infections sans signes
indiquent-ils qu’un nombre impor- cliniques et les autres évènements épidémiologiques
tant de pays ayant des populations importants doivent être notiés d’urgence, dans les
sensibles ont signalé l’absence de 24 heures, par le pays membre. Les évènements épi-
maladie pendant plusieurs années démiologiques importants doivent être notiés immé-
consécutives ? diatement à l’OIE, conformément aux dispositions de
Potentiel zoonotique La transmission aux êtres humains l’article [Link] du chapitre 1.1.2 du Code sanitaire
a-t-elle été prouvée ? (à l’excep- pour les animaux terrestres (OIE 2007b), intitulé
tion de circonstances articielles) « Notication et information épidémiologique ».
ET L’infection humaine a-t-elle eu • Les évènements épidémiologiques importants
des conséquences graves ? (mort nécessitant une notication immédiate par les
ou maladie prolongée) pays membres sont les suivants :
Propagation La maladie présente-t-elle une mor- • la première identication d’une maladie ou d’une
importante dans les bidité importante au niveau d’un infection gurant sur la liste de l’OIE dans un pays,
populations naïves pays ou d’un compartiment ? ET/ une zone ou un compartiment ;
OU La maladie présente-t-elle une • la réémergence d’une maladie ou d’une infec-
morbidité importante au niveau tion inscrite sur la liste dans un pays, une zone
d’un pays ? ou un compartiment faisant suite à un rapport du
Maladies Y a-t-il propagation rapide accom- membre signalant que le(s) précédent(s) foyer(s)
émergentes (pathogène pagnée de morbidité/mortalité et/ou avait (avaient) été résorbé(s) ;
nouvellement reconnu ou propriétés zoonotiques apparentes ? • la première apparition d’une nouvelle souche
pathogène connu d’agent pathogène d’une maladie gurant sur la
se comportant différem- liste dans un pays, une zone ou un compartiment ;
ment) ou compartiment • une augmentation, soudaine et inattendue, de la
morbidité ou de la mortalité engendrée par une
Une maladie émergente sera inscrite sur la liste de maladie existante inscrite sur la liste ;
l’OIE si elle a un impact zoonotique ou un impact • l’apparition de toute maladie émergente présen-
signicatif sur la morbidité ou la mortalité dans une tant un taux de morbidité ou de mortalité ou un
population naïve. En traitant les maladies émergentes potentiel zoonotique élevés ;
de cette façon, il est possible d’éviter leur propagation • la preuve d’une évolution de l’épidémiologie
au-delà des frontières vers d’autres zones ou d’autres d’une maladie inscrite sur la liste (en matière,
régions. Cette possibilité d’inclusion de nouvelles par exemple, de diversité des hôtes, de pouvoir
maladies émergentes permettra, à l’avenir, d’aborder pathogène, de souche de l’agent causal), particu-
ces maladies de manière plus efcace, puisque l’on lièrement s’il existe un impact zoonotique.
sait que leur nombre augmentera certainement du fait La plupart des conditions relevaient précédem-
de la mondialisation de l’urbanisation, des change- ment des maladies de la liste A. Avec la mise en
ments climatiques, etc. place de la liste unique, lesdites conditions ont été
3 Notification de l’ifluenza aviaire et de la maladie de Newcastle à l’Orgnisation mondiale de la santé animale (OIE) 33

reportées à une liste plus longue de maladies. De Dans le même chapitre, les « volailles » sont
plus, les nouvelles obligations des pays membres décrites comme étant :
prennent clairement en considération la notion d’in- « … tous les oiseaux domestiqués (y compris les
fection ne comportant pas de manifestation clinique volailles de basse-cour) qui sont utilisés pour la pro-
de la maladie. Les nouvelles obligations des pays duction de viande ou d’œufs de consommation, la pro-
membres s’adaptent mieux aux maladies émer- duction d’autres produits commerciaux, la fourniture de
gentes, y compris les maladies de nature zoonotique. gibier de repeuplement ou pour la reproduction de toutes
Elles vont même plus loin en y incluant un concept ces catégories d’oiseaux, ainsi que les coqs de combat
nouveau, c'est-à-dire la notication d’un évènement quelles que soient les nalités pour lesquelles ils sont
émergent même si l’agent étiologique en cause est utilisés. Ne sont pas considérés comme des volailles les
inconnu ou n’a pas encore été identié. oiseaux détenus en captivité pour des motifs distincts de
ceux exposés au paragraphe précédent (à titre d’exemple,
les oiseaux détenus à des ns d’exposition, de courses,
3.4 Influenza aviaire de démonstrations publiques et de compétition ou à des
ns de reproduction ou de vente de toutes ces catégories
La dénition de « l’inuenza aviaire soumise à décla- d’oiseaux, ainsi que les oiseaux de compagnie ».
ration » (IAD) décrite au chapitre 2.7.12 du Code Le chapitre ne traite pas seulement de la manifes-
sanitaire pour les animaux terrestres (OIE 2007d) et tation de signes cliniques causés par le virus IAD,
adoptée par le Comité international de l’OIE lors de mais aussi de la présence d’infection par le virus
la 75e assemblée générale, est la suivante : IAD en l’absence de signes cliniques.
« À des ns d’échanges internationaux, l’in- La présence du virus IA chez les oiseaux sau-
uenza aviaire sous sa forme dite ‘à déclara- vages constitue un problème particulier. Aucun pays
tion obligatoire’ (IAD) est dénie comme une infec- ne peut, par essence, se déclarer exempt d’IA porté
tion des volailles causée par tout virus inuenza de par les oiseaux sauvages. Cependant, la dénition
type A appartenant aux sous-types H5 et H7 ou par de l’IAD fait référence uniquement aux infections
tout virus inuenza d’origine aviaire dont l’indice de volailles et stipule « qu’à des ns d’échanges
de pathogénicité par voie intraveineuse (IPIV) est internationaux, un pays ne devrait pas imposer de
supérieur à 1,2 (ou bien entraînant une mortalité sanctions commerciales immédiates en réponse à
d’au moins 75 %), comme décrit ci-dessous. Les une notication d’infection par les virus IAHP et
virus de l’IAD peuvent être classés en deux caté- IAFP chez les oiseaux autres que les volailles ».
gories : les virus de l’inuenza aviaire à déclaration Concernant la présence d’anticorps : « Les anti-
obligatoire hautement pathogènes (IAHPD) et les corps dirigés contre les sous-types H5 ou H7 des
virus de l’inuenza aviaire à déclaration obligatoire virus IAD ayant été détectés chez les volailles et ne
faiblement pathogènes (IAFPD) : provenant pas de la vaccination, doivent faire l’ob-
a) les virus IAHPD ont un IPIV supérieur à 1,2 chez les jet d’une investigation plus approfondie. » Si l’on
poulets âgés de six semaines, ou bien entraînent une obtient des résultats sérologiques positifs isolés,
mortalité d’au moins 75 % chez des poulets de qua- l’infection par l’IAD peut être écartée sur la base
tre à huit semaines infectés par voie intraveineuse. d’une recherche épidémiologique minutieuse ne
Les virus de sous-types H5 et H7 dont l’IPIV n’est dévoilant pas d’autres preuves d’infection par l’IAD.
pas supérieur à 1,2 ou qui entraînent une morta La présence d’infection par l’IAD est avérée :
lité inférieure à 75 % lors d’un test de létalité par a) lorsque le virus IAHPD a été isolé et identié en
voie intraveineuse, doivent être séquencés pour tant que tel ou lorsque l’ARN viral spécique de
déterminer si de multiples acides aminés basiques l’IAHPD a été détecté chez les volailles ou dans
sont présents sur le site de clivage de la molécule un produit issu de l’aviculture ; ou
d’hémagglutinine HA0 ; si la séquence d’acides b) lorsque le virus IAFPD a été isolé et identié en
aminés est similaire à celle observée chez d’autres tant que tel ou lorsque l’ARN viral spécique de
virus IAHPD isolés précédemment, il doit être l’IAFPD a été détecté chez les volailles ou dans
considéré qu’il s’agit du virus responsable de la un produit issu de l’aviculture.
forme hautement pathogène de la maladie IAHPD ; Les normes pour les épreuves diagnostiques (incluant
b) les virus IAFPD comprennent tous les virus inu- les tests de pathogénicité) sont décrites dans le Manuel
enza de type A appartenant aux sous-types H5 et terrestre (OIE 2004b). Tout vaccin utilisé doit satisfaire
H7, qui ne sont pas des virus IAHPD. » aux normes décrites dans le manuel (OIE 2004c).
34 A. Petrini et B. Vallat

Le statut de l’IAD dans un pays, une zone ou un nécessaire au diagnostic et à la caractérisation du virus.
compartiment peut être déterminé en se basant sur Les pays n’ayant pas accès à de tels laboratoires natio-
les critères suivants : naux ou régionaux spécialisés doivent expédier les
• le résultat d’une appréciation du risque identiant échantillons à un laboratoire de référence de l’OIE.
tous les facteurs potentiels de manifestation de Selon les dispositions du chapitre du Code ter-
l’IAD, ainsi que l’historique de chacun d’entre eux ; restre (OIE 2007e) traitant de la maladie de New-
• la notication de l’IAD à l’ensemble du pays à castle, un pays peut être considéré comme indemne
travers un programme continu de sensibilisation de la MN lorsqu’il a été démontré que la MN n’y
à l’IAD et toutes les manifestations suspectes et existe pas depuis trois ans au moins. Ce délai est
notiées d’IAD font l’objet d’investigations sur ramené à six mois après l’abattage du dernier ani-
le terrain et, s’il y a lieu, en laboratoire ; mal infecté, pour les pays dans lesquels une poli-
• la mise en place d’un dispositif de surveillance tique d’éradication est pratiquée, associée ou pas à
adéquat an de démontrer la présence d’infection la vaccination contre la MN.
en l’absence de signes cliniques chez les volailles Les services d’administration vétérinaires des pays
et de déterminer le danger que représentent les exempts de MN peuvent interdire l’importation ou le
oiseaux autres que les volailles. Cela peut être transit sur leur territoire de marchandises en prove-
réalisé grâce à un programme de surveillance de nance des pays considérés comme infectés par la MN :
l’IAD conformément aux dispositions de l’An- • tout oiseau domestique et sauvage ;
nexe 3.8.9 du Code terrestre (OIE 2007a). • des oiseaux âgés d’un jour ;
• des œufs à couver ;
• de la semence d’oiseaux domestiques et sauvages ;
3.5 Maladie de Newcastle • des viandes fraîches d’oiseaux domestiques et
sauvages ;
Il est probable que la grande majorité des oiseaux • des produits carnés d’oiseaux domestiques et sau-
seraient sensibles à l’infection par les virus MN à la fois vages et n’ayant pas été traités dans le but d’assurer
de forte et de faible virulence pour les poulets ; et ce, la destruction du virus MN ;
bien que les signes cliniques observés chez les oiseaux • des produits d’origine animale (provenant d’oi-
infectés par le virus MN varient énormément et dépen- seaux) et destinés l’alimentation animale ou à
dent de facteurs tels que le virus, l’espèce hôte, l’âge l’agriculture ou à l’industrie.
de l’hôte, l’infection par d’autres organismes, les pres-
sions liées à l’environnement et le statut immunitaire.
Dans certains cas, l’infection par des virus extrêmement Références
virulents peut entraîner une mortalité élevée soudaine,
malgré des signes cliniques relativement peu nombreux. Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE)
Les virus MN présentent une large gamme de viru- (2004a) Chapter 1.1.7 Principles of veterinary vaccine
lence, même chez les hôtes sensibles tels que les pou- production. In: Manual of Diagnostic Tests and Vac-
lets. En général, la variation est composée de groupes cines for Terrestrial Animals, [Link]
se situant autour des deux extrêmes, comme le démon- normes/manual/A_00018.htm
trent les tests utilisés pour évaluer la virulence. Cepen- Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE)
dant, certains virus peuvent présenter une virulence (2004b) Chapter 2.7.12 Avian Inuenza. In: Manual of
intermédiaire, pour diverses raisons. Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals
La variation considérable de la virulence et des [Link]
signes cliniques indique qu’il est nécessaire de dé- htm
nir avec précaution ce qui constitue la MN, notam- Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) (2004c)
ment dans le cadre d’échanges commerciaux, de Chapter 2.7.15 Avian Inuenza. In: Manual of Dia-
mesures de contrôle et de politiques sanitaires. La gnosoftic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals.
dénition de l’OIE (OIE 2004c) pour la notication [Link]
d’un foyer de MN est indiquée au chapitre 2. htm
Le virus de la maladie de Newcastle présente un Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) (2007a)
risque élevé de propagation à partir des laboratoires. Appendix 3.8.9 Guidelines for the surveillance of avian
Par conséquent, une appréciation du risque doit être inuenza. In: Terrestrial animal health code, 16th edn.
réalisée an de déterminer le niveau de biosécurité OIE, Paris
3 Notification de l’ifluenza aviaire et de la maladie de Newcastle à l’Orgnisation mondiale de la santé animale (OIE) 35

Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) (2007d)
(2007b) Chapter 1.1.2 Notication and epidemiolo- Chapter 2.7.12 Avian Inuenza. In: Terrestrial animal
gical information. In: Terrestrial animal health code, health code, 16th edn. OIE, Paris Organisation Mondiale
16th edn. OIE, Paris de la Santé Animale (OIE) (2007e) Chapter 2.7.13 New-
Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) castle disease. In: Terrestrial animal health code, 16th
(2007c) Chapter 2.1.1 Criteria for listing diseases. In: edn. OIE, Paris
Terrestrial animal health code, 16th edn. OIE, Paris
 Interventions d’urgence en cas
de suspicion d’une épizootie d’influenza 4
aviaire ou de maladie de Newcastle

Manuela Dalla Pozza et Stefano Marangon

4.1 Introduction virus. Elle inclut des actions menées aussi bien au niveau
des services vétérinaires locaux qu’au niveau des exploi-
La gestion d’urgence des maladies animales est tations. Ces actions doivent faire l’objet d’une coordina-
essentielle lors d’apparition de foyers de maladies tion centrale an d’assurer la circulation de l’information
contagieuses dans un pays ou une zone indemne essentielle à un processus décisionnel bien éclairé. Le
d’infection. Dans de telles circonstances, les mala- succès de toute stratégie d’intervention d’urgence repose
dies animales peuvent entraîner des conséquences sur le niveau de préparation (y compris les plans d’action
socioéconomiques graves dans un pays ou une et les ressources en main d’œuvre et en équipements),
zone donnés. Ces maladies peuvent également se ainsi que sur la communication et la coordination entre
propager facilement et atteindre des dimensions les parties concernées. L’amélioration des stratégies
épizootiques, ce qui nécessite alors l’intervention d’intervention mondiales repose sur la disponibilité de
commune et coordonnée de plusieurs pays. l’information relative aux succès et aux échecs rencon-
Une des conditions préalables à la gestion appro- trés dans la gestion des épizooties sur le terrain.
priée de telles situations d’urgence est l’identication
rapide de toute maladie infectieuse. Cette identica-
tion n’est cependant utile qu’à condition que l’infra- 4.2 Préparation à la gestion
structure en place puisse répondre rapidement et de d’une épizootie d’IA
façon adéquate à la situation d’urgence, an que les
mesures nécessaires au contrôle et à l’élimination pro- Dans l’éventualité d’une épizootie, une stratégie
gressive de l’infection puissent être mises en place. de contrôle de la maladie doit être adoptée confor-
Par conséquent, l’éradication rapide des maladies mément aux obligations internationales. L’objectif
animales hautement contagieuses dépend du niveau de tout pays s’efforçant de maîtriser la propaga-
de préparation en réponse à leur introduction dans une tion de toute maladie est de rétablir aussi vite que
zone indemne de maladies, ainsi qu’à la façon dont possible une situation indemne de maladie. Un
cette réponse est mise en place à partir du moment plan d’urgence, indiquant les mesures devant être
de la suspicion. L’inuenza aviaire (IA) et la maladie mises en place au niveau national en cas d’épizoo-
de Newcastle (MN) comptent parmi les principales tie, devrait être disponible. Le plan d’urgence est
préoccupations des organisations d’élevage, en rai- un outil important de la gestion d’une situation de
son des pertes économiques que ces maladies impo- crise causée par une maladie. Il doit comporter deux
sent à l’industrie avicole. Ces pertes se traduisent en documents principaux : un plan de ressources et un
termes de morbidité et de mortalité chez les animaux manuel d’opérations tenu à jour. Ce dernier devrait
sensibles, de perturbations du système des échanges décrire en détails et de façon exhaustive et pratique
commerciaux suite à la mise en place des politiques toutes les actions, les procédures, les instructions et
de restriction, ainsi que d’implications potentielles les mesures de contrôle devant être mises en place
sur la santé humaine, dans le cas de l’IA. pour appréhender une épizootie d’IA ou de MN.
La façon de gérer un cas index suspecté d’IA ou de Ces directives doivent être mises à la disposition des
MN hautement pathogène est primordiale dans la mise éleveurs et des vétérinaires travaillant sur les exploi-
en place ultérieure d’actions visant au contrôle de la pro- tations (en leur fournissant les informations rela-
pagation de l’infection suivie de l’éradication rapide du tives à la biosécurité et à la prise de conscience de

37
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
38 M. Dalla Pozza et S. Marangon

la maladie), des autorités vétérinaires compétentes VO localise l’unité de désinfection mobile la plus
(en leur fournissant des informations sur le person- proche, lui indique la suspicion d’IA et se munit lui-
nel, les ressources, les équipements et installations, même d’un kit d’échantillonnage spécialisé.
les instructions relatives à la notication, l’abat-
tage et l’élimination des oiseaux, la compensation,
la désinfection, la vaccination d’urgence, ainsi que 4.3.2 Visite de l’exploitation
tout autre secteur d’activité en rapport) ainsi qu’aux
laboratoires de diagnostic (en leur fournissant l’in- Lors de la visite de l’exploitation, toutes les précau-
formation relative aux équipements nécessaires, à tions doivent être prises pour éviter une propagation
la manipulation des échantillons et aux procédures plus importante de l’infection. Le véhicule du VO et
de diagnostic). Le manuel d’opérations fournit une celui du vétérinaire de l’exploitation/privé doivent
feuille de route claire permettant d’organiser les acti- être laissés en dehors des locaux contaminés, à une
vités à différents niveaux (exploitation, laboratoire, distance sûre de l’entrée de l’exploitation. Le VO
unité de crise), dès la notication d’une suspicion doit utiliser des équipements appropriés à la visite
clinique d’animaux, d’équipements et de véhicules de l’exploitation (vêtements de protection, matériel
à partir des locaux suspects. Une évaluation initiale d’échantillonnage, etc. ; voir liste en Annexe 1). Le
de la situation à l’exploitation doit aussi être effec- VO coordonne les mesures prises au niveau de l’ex-
tuée. Cette première évaluation du foyer suspect a pour ploitation an d’éviter les déplacements de personnes,
objectif l’identication rapide des espèces animales et d’animaux, d’équipements et de véhicules à partir des
du nombre d’oiseaux, de leur répartition sur l’exploita- locaux suspects. Une évaluation initiale de la situation
tion, de l’historique de la maladie et des déplacements à l'exploitation doit aussi être effectuée. Cette première
récents à partir du foyer suspect et vers celui-ci. évaluation du foyer suspect a pour objectif l’identi-
cation rapide des espèces animales et du nombre d’oi-
seaux, de leur répartition sur l'exploitation, de l’histo-
4.3 Action menée au moment rique de la maladie et des déplacements récents à partir
de la suspicion du foyer suspect et vers celui-ci.

Dès le moment où la suspicion d’IA ou de MN est

rapportée aux autorités appropriées, le vétérinaire 4.3.3 Bilan clinique et collecte
ofciel (VO) identie la personne ayant signalé cette d’échantillons
suspicion. Si cette dernière est un éleveur, le VO
prend note des informations concernant : Cette évaluation initiale doit être suivie d’un examen
a) l’emplacement, les caractéristiques et le nombre clinique précis des oiseaux atteints, an de détermi-
d’oiseaux et d’autres animaux se trouvant sur ner l’état clinique des animaux sensibles, tant les
l’exploitation ; malades que les suspects. L’investigation clinique
b) la présence de personnel et de véhicules ; doit être réalisée sur toutes les espèces sensibles du
c) les récents déplacements de personnes, d’équipements, site et doit commencer par les unités n’ayant pas été
de véhicules et d’animaux. cliniquement touchées. Une attention particulière
doit être portée à l’historique des vaccinations de
l’exploitation. Toutes ces informations doivent être
4.3.1 Signaler la suspicion rapportées dans l’enquête épidémiologique.
Tous les oiseaux présents doivent être identiés
Le vétérinaire privé ou de l’exploitation a pour obli- selon l’espèce et chaque espèce identiée doit faire
gation de seconder le VO dans la collecte d’infor- l’objet d’un rapport d’épizootie comportant :
mations. Si un retard est prévu entre l’arrivée du • le nombre d’oiseaux et leur emplacement dans les
VO et le moment de la suspicion, le vétérinaire de divers enclos et compartiments de l’exploitation ;
l’exploitation et/ou le vétérinaire privé se doivent de • la date d’apparition des signes cliniques ;
faire tout ce qui est en leur pouvoir pour empêcher • une description des signes cliniques ;
la propagation de l’infection. Le VO doit informer • le pourcentage de mortalité rapporté.
l’autorité vétérinaire locale ou régionale, le centre Un examen post-mortem des animaux morts
d’épidémiologie local ou régional et le labora- (ou des animaux euthanasiés moribonds) doit être
toire ofciel de la suspicion d’IA. Par ailleurs, le effectué après le recueil des données préliminaires.
4 Interventions d’urgence en cas de suspicion d’une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 39

Des prélèvements doivent ensuite être effectués sur période de risque de dissémination du virus à partir
les organes présentant des lésions pathologiques. de l’exploitation (PVS) et être transcrites sur le for-
Les organes appartenant à des systèmes différents mulaire d’enquête épidémiologique. La date critique
ne doivent pas être regroupés et il faut éviter, autant est dénie comme étant l’instant le plus précoce où
que possible, d’utiliser une paire de ciseaux ou une le virus pourrait avoir pénétré dans les locaux infec-
pince unique, à cause du risque de contamination tés. Elle devrait concorder avec la période d’incuba-
croisée lors de l’exérèse d’organes. Les échantillons tion maximale dénie par le code de l’OIE. La PVI
recueillis doivent ensuite être correctement condi- devrait être identiée dans la période de 21 jours
tionnés (dans des récipients étanches emballés dans précédant l’apparition des premiers signes cliniques.
au moins deux sacs en plastique), an d’éviter la Théoriquement, la PVS peut coïncider avec la PVI.
dissémination de l’agent infectieux. Ils doivent enn En pratique, la période la plus dangereuse en termes
être transportés au laboratoire sous réfrigération. de dissémination virale se situe entre une semaine
Les animaux éliminés peuvent être transportés dans avant l’apparition des signes cliniques et la date à
un sac en plastic autoclavable scellé, glissé dans laquelle l’exploitation a été placée en quarantaine.
un sac identique, également scellé. Tous les échan- Le VO et le vétérinaire de l’exploitation doivent
tillons doivent être transportés au laboratoire dans remplir le formulaire d’enquête épidémiologique
une boîte en polystyrène contenant des sacs réfri- avec soin, notamment en rassemblant les infor-
gérants. L’extérieur de la boîte en polystyrène doit mations relatives aux facteurs de risques présents
être convenablement désinfecté avant que celle-ci lors des PVI et PVS mentionnées précédemment.
ne quitte les locaux. Les échantillons doivent être En ce qui concerne l’enquête épidémiologique, il
accompagnés d’un formulaire comportant les infor- est essentiel que les déplacements d’animaux, de
mations principales relatives au foyer suspect. personnes et de véhicules accédant à l’exploitation
soient signalés et retracés. L’information obtenue
lors du traçage des itinéraires aidera à déterminer
4.3.4 Enquête épidémiologique l’étendue de la zone à risque et à identier tout autre
local suspect ou contaminé. Il est nécessaire de
Une enquête épidémiologique précise doit être menée récolter les informations suivantes :
en vue de la collecte de données et d’informations utiles • les déplacements en direction de et à partir des
à la mise en place d’actions ultérieures dans les locaux locaux contaminés et suspects, sur une période
contaminés et dans les élevages qui sont à proximité de minimale de 21 jours précédant le premier rapport
ces derniers (voir Annexe 2). Le but ultime de l’enquête de morbidité ou de mortalité inhabituelle. L’obten-
épidémiologique est de déterminer : tion de cette information est une priorité absolue ;
• l’origine et la date de l’infection ; • les déplacements d’oiseaux, d’œufs, de produits
• les moyens par lesquels l’infection aurait pu se avicoles, de nourriture, de litière, de déchets,
répandre aux autres élevages (déplacements d’ani- d’équipements, de personnes et éventuellement
maux, de véhicules et de personnel ; élevages infec- d’autres espèces animales ;
tés situés à proximité rapprochée du foyer suspect) ; • les déplacements de camions (tous les véhicules, indé-
• les élevages à risque d’infection. pendamment de leurs contacts avec les animaux) ;
La collecte de données ables et exhaustives • après interrogatoire des personnes impliquées
peut être facilitée par l’utilisation d’un question- dans la livraison de nourriture, les équipes de
naire standardisé. Celui-ci devrait être préparé pen- vaccination ou de ramassage de poulets, les
dant les périodes sans maladies et inclure toutes les commerçants, le personnel de l’exploitation, les
informations pertinentes relatives aux caractéris- vétérinaires et la famille, compilation d’une liste
tiques des élevages, ainsi qu’aux facteurs de risques de tous les contacts possibles ayant eu lieu après
d’introduction et de propagation de l’IA : type d’ex- la visite des locaux contaminés (pendant les trois
ploitation et de gestion, type et nombre d’oiseaux, jours qui suivent cette visite, dans le cas de l’IA
présence de facteurs de risques d’IA, anamnèse et et les sept jours dans le cas de la MN).
constatations anatomopathologiques et cliniques. Dès son aboutissement, l’enquête épidémiolo-
Les données concernant les facteurs de risque gique doit être expédiée (éventuellement télécopiée)
relatifs à l’introduction et à la propagation de l’IA aux autorités compétentes. L’équipe chargée de l’épi-
doivent être rassemblées ; elles doivent couvrir la démiologie a la responsabilité d’analyser les données
période de risque d’introduction de virus (PVI) et la provenant des foyers sur le terrain et d’élaborer une
40 M. Dalla Pozza et S. Marangon

feuille de route destinée au VO et comprenant : laboratoire, il est essentiel de prévoir un centre de

• la mention de la zone à haut risque dans laquelle gestion de crise et d’identier toutes les ressources
des programmes intensifs de surveillance nécessaires qui devront être consacrées à la gestion de
devraient être mis en place ; la crise. De plus, il est indispensable d’identier par
• une liste des élevages ayant été en contact et clas- avance les zones de restriction, an que les mesures
sés selon le niveau de risque. de contrôle devant être mises en place puissent
Ces unités doivent être placées sous surveillance être soutenues par un processus décisionnel bien
vétérinaire stricte et visitées au moins une fois par jour. documenté. Il est également primordial d’évaluer
La abilité de l’exercice de traçage d’itinéraire dépend les besoins en personnel dans la mise en place des
de la coopération des éleveurs et de l’efcacité des procédures de contrôle. En effet l’issue des straté-
méthodes utilisées pour répertorier les animaux ainsi gies d’intervention dépend de la disponibilité des
que les allées et venues aux alentours des foyers. ressources en main d’œuvre qualiée, en particulier
lorsque des campagnes d’éradication sont menées
dans des zones avicoles densément peuplées.
4.3.5 Action supplémentaire aux endroits Les méthodes de tri et d’élimination (incinéra-
suspectés tion, enfouissement et traitement dans des usines
d’équarrissage) doivent être revues an de choisir
Le VO doit également revoir les dispositifs de sécu- la méthode la plus « appropriée », tout en tenant
rité et veiller à l’application des mesures de restric- compte des facteurs suivants :
tion. Il est recommandé de présenter aux éleveurs • le nombre d’oiseaux présents sur le site ;
des consignes écrites ainsi qu’une liste de règles à • les effets de l’élimination sur l’environnement ;
respecter an d’éviter une propagation plus impor- • la région où se situe le terrain utilisé pour l’éva-
tante de l’infection. À titre d’exemple : cuation des carcasses (caractéristiques hydrogéo-
• les animaux ne doivent pas être déplacés de leur enclos ; logiques) ;
• les animaux ne doivent pas entrer ou sortir de • la disponibilité d’une main d’œuvre qualiée et
l’exploitation ; d’équipements appropriés ;
• les visiteurs ne sont pas autorisés sur le site, sauf • la capacité des usines d’équarrissage et la dispo-
pour les services essentiels ; nibilité de camions de transport appropriés ;
• tous les visiteurs doivent être préparés à changer • les frais encourus et le temps nécessaire à l’abou-
complètement de tenue vestimentaire, de bottes, etc. ; tissement des procédures d’éradication.
• les visiteurs doivent se plier aux protocoles de Après avoir sélectionné les méthodes d’élimina-
désinfection lorsqu’ils quittent les locaux. tion des carcasses, il faut évaluer la main d’œuvre
Le groupe de travail doit également identier tous et les équipements nécessaires à l’achèvement des
les accès aux locaux et s’assurer de leur contrôle procédures d’éradication, de nettoyage et de désin-
an de limiter l’accès des personnes et des véhi- fection et avertir le personnel (les abatteurs, les
cules. Les voies d’accès doivent aussi être équipées entrepreneurs, etc.).
de points de désinfection (pédiluves et rotoluves,
unités mobiles de désinfection, pulvérisateurs, etc.).
Par ailleurs, il est utile d’effectuer, pendant cette 4.3.7 Départ de l’exploitation
phase, une évaluation préliminaire des procédures
d’abattage et d’élimination applicables dans ces cir- Après la visite clinique et la collecte des échan-
constances (voir Chapitre 12). tillons, le VO et le vétérinaire de l’exploitation
désinfectent leurs tenues de protection dans le ves-
tiaire désigné à cet effet et rassemblent tous les
4.3.6 Action au niveau des services équipements stérilisables dans un sac autoclavable.
vétérinaires locaux Ce dernier est scellé et introduit dans un deuxième
sac dont l’extérieur est désinfecté. Tout le matériel
Le foyer suspect doit être notié aux autorités locale à usage unique, les feuilles de papier, les tenues
et centrale et le plan d’urgence local doit être mis en jetables et les protections de chaussures est mis dans
place. En attendant les résultats des investigations de un sac en plastique qui est laissé sur le site.
 Techniques d’examen post-mortem
et prélèvement d’échantillons 5
Calogero Terregino

5.1 Examen post-mortem

5.1.1 Introduction

Le prélèvement d’échantillons destinés aux examens

virologiques nécessite plusieurs paires de ciseaux
et de pinces, en particulier si l’on entreprend l’iso-
lement de virus à partir d’un seul type d’organe.
Effectuer des prélèvements d’organes d’appareils
anatomiques différents avec les mêmes instruments
peut entraîner une contamination croisée des échan-
tillons. Cette règle s’applique également au cas où
des oiseaux appartenant à des espèces différentes (ou
provenant de locaux différents) seraient examinés en
même temps. Les manipulateurs doivent respecter les
directives de biosécurité indiquées en Annexe 3.

5.1.2 Méthode

Il est fortement recommandé de mouiller le plumage

à l’aide d’une solution désinfectante, an de limiter
la dispersion de poussière et de plumes contami-
nées. L’oiseau doit être placé sur le dos, les pattes
dirigées vers l’opérateur (Fig. 5.1). Après déboite- Fig. 5.1 Positionnement initial en vue de l’examen post-
ment des articulations coxofémorales, la peau de mortem. L’oiseau est placé sur le dos, les pattes dirigées vers
l’abdomen est incisée et rabattue (Fig. 5.2). L’exa- l’opérateur.
men des muscles pectoraux superciels permet de
rechercher la présence d’une diminution de la masse
musculaire, d’une pâleur (anémie), d’hémorragies, (Fig. 5.7) et le prélèvement d’échantillons par écou-
de congestion ou de meurtrissures. villonnage (Fig. 5.8).
Les muscles abdominaux, les côtes et l’os coracoïde Le tractus gastro-intestinal peut être sectionné
sont découpés à l’aide de ciseaux robustes (ciseaux à entre l’œsophage et le proventricule (Fig. 5.9a) et
volaille) (Fig. 5.3) et écartés an d’exposer les organes près du cloaque, à proximité du rectum (Fig. 5.9b).
internes et la cavité de la poitrine (Fig. 5.4, 5.5). Le foie, Le proventricule, le gésier et l’intestin peuvent
les poumons, le cœur et les sacs aériens peuvent alors être alors être enlevés, ainsi que le pancréas, le foie et
examinés. Les poumons ainsi que la trachée doivent être la rate. La rate est un petit organe rond et rouge,
retirés de la cage thoracique avec précaution (Fig. 5.6). situé à la jonction entre le proventricule et le gésier.
Une incision longitudinale du larynx, de la trachée et Le proventricule et le gésier doivent être incisés
du syrinx facilitera l’examen minutieux de la muqueuse et ouverts à la recherche de nourriture (indiquant

41
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
42 C. Terregino

Fig. 5.2 La peau du bréchet, de l’abdomen et des pattes est Fig. 5.3 a, b Le sternum est incisé le long du bord ventral du
rabattue puis les pattes sont tirées et pivotées an de séparer muscle pectoral, jusqu’aux côtes. Une incision similaire est
les surfaces articulaires de la tête du fémur et de l’acétabulum. effectuée de l’autre côté de la poitrine (voir planche b).

Fig. 5.5 Vue de la cavité interne après avoir récliné le bréchet

Fig. 5.4 Vue des organes internes une fois le bréchet récliné. et positionné latéralement les organes.
5 Techniques d'examen post-mortem et prélèvement d’échantillons 43

Fig. 5.6 Extraction des poumons à partir des côtes.

Fig. 5.9 a,b Les viscères sont prélevées par résection au niveau
de la zone jonction entre l’œsophage et le proventricule (voir
planche a) et par résection de la partie terminale du rectum, à
proximité du cloaque (voir planche b).

Fig. 5.7 Examen de la muqueuse trachéale.

Fig. 5.8 Prélèvement d’un écouvillonnage trachéal. Fig. 5.10 Lumière du proventricule et du gésier.
44 C. Terregino

Fig 5.11 Vue des organes internes

après avoir enlevé le cœur, l’appareil
digestif, le foie et la rate. P poumons,
O ovaire, K reins et C cloaque.

Fig. 5.12 Examen de la lumière du jabot. Fig. 5.13 Examen de la lumière duodénale.

que l’oiseau a/n’a pas souffert d’anorexie), ainsi lymphatiques tels que les plaques de Peyer et les
que d’hémorragies sous-muqueuses (Fig. 5.10). amygdales cæcales, qui peuvent paraître élargies et
Viennent ensuite l’observation des reins (organes hémorragiques (Fig. 5.14).
allongés et lobés, moulés dans la cavité pelvienne) Le prélèvement du cerveau s’effectue en désar-
(Fig. 5.11) et celle de l’ovaire et de l’oviducte ou ticulant la tête au niveau de l’articulation atlanto-
des deux testicules, situés au-dessus des reins. L’au- occipitale et en soulevant la peau an d’exposer le
topsie se termine par l’examen et le prélèvement crâne. Tout en maintenant la peau d’une main, tirer
d’échantillons de la muqueuse de l’œsophage, du vers le bec (Fig. 5.15) puis inciser le crâne vers l’avant
jabot (Fig. 5.12) et de l’intestin (Fig. 5.13). Une à partir du foramen occipital, par deux incisions tan-
attention particulière doit être portée aux organes gentielles vers les orbites, les incisions se rejoignant
5 Techniques d'examen post-mortem et prélèvement d’échantillons 45

Fig. 5.14 Observation de la partie terminale du gros intestin Fig. 5.16 Vue du cerveau après ablation de la voûte crâ-
(rectum et cæcum). La èche indique une amygdale cæcale. nienne.

5.2 Prélèvements à partir d’animaux

vivants et de carcasses

En cas de suspicion de foyers d’inuenza aviaire

ou de maladie de Newcastle, il est indispensable de
bien choisir les prélèvements appropriés pour effec-
tuer les enquêtes de laboratoire. Les carcasses en
décomposition sont de peu de valeur dans les ten-
tatives d’isolement et de détection de virus. Idéa-
lement, les oiseaux malades ainsi que les oiseaux
morts peu de temps auparavant devraient tous être
envoyés au laboratoire en vue de prélèvements san-
guins, d’une autopsie et d’un examen diagnostique.
Les écouvillonnages trachéaux/oropharyngés et
cloacaux permettent de prélever un grand nombre
d’échantillons sur le terrain, à la fois à partir d’oi-
seaux vivants et d’oiseaux morts, an d’effectuer
des examens de laboratoire.
Lorsqu’un foyer est suspecté, 20 écouvillon-
nages cloacaux et 20 écouvillonnages oropharyngés
doivent être prélevés dans chaque unité épidémio-
Fig. 5.15 Ablation de la voûte crânienne par incision autour logique (ou sur tous les oiseaux, si le troupeau en
du périmètre crânien. compte moins que 20). Ces prélèvements doivent
être réalisés de préférence sur des oiseaux présen-
tant des signes de maladie. Il est important que les
à l’avant. La voûte crânienne peut être ôtée, révé- écouvillonnages soient recouverts de fèces (quantité
lant ainsi les deux hémisphères cérébraux, les lobes optimale : 1 g). Si, pour une raison quelconque, il
optiques et le cervelet (Fig. 5.16). Pour extraire le est impossible de réaliser des écouvillonnages cloa-
cerveau, introduire délicatement le bras d’une paire caux sur des oiseaux vivants, des échantillons frais
de pinces chirurgicales sous la partie antérieure de la de fèces peuvent servir d’alternative.
boîte crânienne et soulever doucement. Un minimum de cinq oiseaux doit être collecté
Une schéma de l’anatomie du poulet est repré- en vue d’un examen post-mortem, notamment les
senté sur la Figure. 5.17. oiseaux présentant des signes cliniques patents.
46 C. Terregino

Fig. 5.17 Schéma de l’anatomie du poulet. 1 Larynx ; 2 Trachée ; 3 Œsophage ; 4 Jabot ; 5 Cœur ; 6 Foie ; 7 Poumons ;
8 Rate ; 9 Proventricule ; 10 Gésier ; 11 Ovaire ; 12 Oviducte ; 13 Rein ; 14 Pancréas ; 15 Duodénum ; 16 Intestin grêle ;
17 Cæcum ; 18 Gros intestin ; 19 Cloaque (avec l’aimable autorisation d’Amelio Meini).
5 Techniques d'examen post-mortem et prélèvement d’échantillons 47

Vingt échantillons de sang doivent être prélevés

dans chaque unité épidémiologique (des prélève-
ments doivent être réalisés sur tous les oiseaux si
le troupeau en compte moins de 20). Les oiseaux
malades ou apparemment guéris doivent aussi faire
l’objet de prélèvements sanguins.
Ce programme d’échantillonnage a été développé
an de garantir une probabilité de 99 % de détection
d’au moins une séropositivité dans un troupeau dans
lequel au moins 25 % de la population est testée
positive, indépendamment de la taille du troupeau.

Fig. 5.18 Poulet : veine brachiale (veine de l’aile). Les

5.2.1 Sang plumes ont été enlevées de la surface ventrale.

L’utilisation d’anticoagulants n’est pas nécessaire

à l’obtention de sérum destiné aux analyses d’in-
uenza aviaire ou de maladie de Newcastle. Le
sang doit pouvoir coaguler. Dans le cas de l’in-
uenza aviaire, l’IA hautement pathogène étant
une maladie aiguë et mortelle pour la plupart des
espèces, la détection d’anticorps n’est utile que
si l’on suspecte une IA de faible pathogénicité.

Matériels

• Tubes à essais
• Seringues de 2,5 mL
• Aiguilles de 25 gauges pour petits oiseaux (caille,
perdrix, perroquets) Fig. 5.19 Poulet indemne de pathogène : obtention d’un
• Aiguilles de 23 gauges pour des oiseaux plus échantillon de sang à partir de la veine brachiale.
gros (poulet, dinde)
• Coton
• Alcool à 70 % la formation de gros hématomes qui surviennent
couramment chez les volailles.
Prélever le sang sur la veine brachiale (la veine la plus 5. 1-2 mL de sang doivent être prélevés. Vider la serin-
large située sous l’aile) (Fig. 5.18, 5.19) de la façon gue dans un tube de prélèvement approprié, tube
suivante : sous vide ou ordinaire. Si l’on utilise des tubes de
prélèvement ordinaires, l’aiguille doit être enlevée
1. Placer l’oiseau sur la table, en position allongée de la seringue et le sang fraîchement prélevé doit
sur le côté. être recueilli lentement dans le tube, à partir de l’ex-
2. Soulever l’aile à l’aide d’une main et séparer les trémité de la seringue. S’il s’agit de tubes à prélè-
plumes le long de l’aile. De l’eau ou de l’alcool vement sous vides, insérer l’aiguille de la seringue
dénaturé peuvent être utilisés pour aider à main- contenant le sang dans le bouchon en caoutchouc
tenir les plumes séparées. et laisser le sang être aspiré par le vide. Éviter de
3. Placer l’aiguille légèrement inclinée, le biseau forcer le passage du sang à travers l’aiguille car cela
dirigé vers le haut, contre la veine située sous pourrait entraîner une hémolyse. Les tubes de pré-
l’aile (le biseau est le côté taillé de l’aiguille por- lèvement doivent être maintenus en position hori-
tant l’orice). Engager l’aiguille dans la veine et zontale et à température ambiante pendant 30 à 60
aspirer lentement le sang. minutes, an de permettre au sang de coaguler. Le
4. Retirer l’aiguille et exercer une pression sur la sérum doit être séparé du caillot de sang et conservé
veine pendant quelques secondes, an de minimiser à +4 °C ou à –20 °C, avant d’être analysé.
48 C. Terregino

Si l’on ne dispose pas de seringues, la procédure

suivante peut être utilisée :
1. Arracher quelques plumes du coude de l’aile
an d’exposer la veine médiane.
2. À l’aide d’une lame de scalpel stérile, inciser la
veine an d’obtenir un échantillon de sang.
3. Placer l’échantillon de sang dans un tube (2 mL
sufsent).
4. Pour obtenir le sérum, placer le tube de sang sur
une surface inclinée pendant 10 à 15 minutes a
an de permettre la coagulation. Les échan-
tillons de sérum peuvent alors être centrifugés.
5. Laisser reposer l’échantillon sanguin pendant
4 à 12 heures, à température ambiante.
Les tubes contenant les échantillons sanguins
doivent être réfrigérés et envoyés dès que possible à
un laboratoire de diagnostic.

5.2.2 Écouvillonnages trachéaux

et oropharyngés
b
Matériels

• Les écouvillons synthétiques (rayon ou dacron)

sont préférés aux écouvillons en coton, qui peuvent
contenir des substances toxiques ou inhibant les virus
• Tubes stériles de 5 à 15 mL
• Portoirs pour tubes à essais
• Milieu de transport viral (MTV)
• Solution PBS antibiotique

Les milieux à base de protéines tels que l’infu-

sion cœur-cervelle (ICC), le bouillon tryptose tam- c
ponné au Tris ou d’autres milieux de transport viral
commercialisés, confèrent une stabilité accrue au Fig. 5.20 a-c a Canard colvert (Anas platyrhynchos) :
virus, en particulier pendant le transport. Les anti- larynx. b Poulet exempt de pathogène spécique (EOPS) :
biotiques utilisés et leur concentration peuvent être insertion d’un écouvillon dans le larynx. c Canard colvert
modiés en fonction des conditions locales et des (Anas platyrhynchos) : écouvillon dans la trachée. L’ouver-
disponibilités. Des quantités très importantes d’anti- ture laryngée est refermée (èche noire).
biotiques peuvent être nécessaires pour les échantillons
fécaux. Les quantités adéquates sont les suivantes :
10 000 UI/mL de pénicilline, 10 mg/mL de strepto- gentamycine. Les milieux peuvent être conservés à
mycine, 0,25 mg/mL de gentamycine et 5 000 UI/ 4 °C pendant deux mois au maximum.
mL de nystatine. Ces quantités peuvent être jusqu’à Des écouvillonnages peuvent être réalisés sur
cinq fois moins élevées pour les tissus et les écou- des oiseaux malades ou morts. Utiliser des écou-
villons trachéaux. L’infusion cœur-cervelle doit être villons secs pour le prélèvement d’échantillons à
préparée dans de l’eau et contenir 15 % p/v de poudre partir d’oiseaux morts. Les écouvillons trempés
ICC, avant stérilisation (à l’autoclave à 121°C pendant dans du milieu de transport viral doivent être utili-
15 minutes). Après stérilisation, les antibiotiques doi- sés pour les échantillons obtenus à partir d’oiseaux
vent être ajoutés comme suit : 10 000 UI/mL de péni- vivants. Insérer l’écouvillon et frotter la muqueuse
cilline G, 20 g d’amphotéricine B et 1 000 g/mL de (Fig. 5.20 a–c). Utiliser un écouvillon par oiseau.
5 Techniques d'examen post-mortem et prélèvement d’échantillons 49

Fig. 5.21 Écouvillon cloacal (à gauche) et trachéal Fig. 5.22 a, b a Canard colvert (Anas platyrhynchos) : ori-
(à droite) dans des tubes contenant du milieu de transport ce cloacal. b Canard colvert (Anas platyrhynchos) : insertion
viral. d’un écouvillon dans l’orice cloacal.

Placer les écouvillons dans des tubes contenant Insérer l’extrémité entière de l’écouvillon dans le
assez de MTV pour les humecter et immerger les cloaque (Fig. 5.22 a, b). En exerçant une pression
écouvillons dans un maximum de 2 mL de MTV. légère, faire pivoter l’écouvillon deux ou trois fois à
Les écouvillonnages réalisés à partir d’oiseaux l’intérieur du cloaque. Secouer l’écouvillon pour faire
différents peuvent être groupés. Placer un maximum tomber les gros fragments de fèces. Insérer ensuite
de cinq écouvillons dans un tube et les immerger l’écouvillon dans un tube. Immerger les écouvillons
dans 4 à 5 mL de MTV. dans du MTV (2 mL au maximum).
Noter l’information nécessaire sur le tube et pas Les écouvillons doivent être placés sur de la glace
sur le couvercle (nom de l’élevage, nombre d’échan- ou des blocs réfrigérants et envoyés au laboratoire le
tillons, date). plus rapidement possible. Si l’on ne peut garantir une
expédition rapide vers le laboratoire dans les 48 h, les
échantillons doivent être congelés immédiatement
5.2.3 Écouvillonnages cloacaux et conservés, puis transportés sur de la glace carbo-
nique. Les écouvillonnages réalisés sur des oiseaux
Réaliser d’abord des écouvillonnages sur tous différents peuvent être groupés. Placer un maximum
les oiseaux morts ou malades, puis sur les autres de cinq écouvillons dans un tube et les immerger
oiseaux. Utiliser des écouvillons secs pour le prélè- dans 4 à 5 mL de MTV.
vement d’échantillons sur des oiseaux morts ; pour Les écouvillons destinés aux analyses de PCR
le prélèvement d’échantillons à partir d’oiseaux peuvent être expédiés à l’état sec, à condition qu’ils
vivants, utiliser des écouvillons trempés dans du soient envoyés rapidement au laboratoire et trans-
milieu de transport viral. portés dans des conditions adéquates.
50 C. Terregino

5.2.4 Oiseaux destinés à l’examen • foie (IAHP) ;

post-mortem • reins (IAHP) ;
• rate (IAHP-MN) ;
Pour chaque unité épidémiologique, des carcasses • cerveau (IAHP-MN).
d’au moins cinq oiseaux, morts peu de temps aupa-
ravant ou qui étaient gravement malades ou mori- Tous les échantillons destinés aux tentatives
bonds et ont été tués humainement, doivent être d’isolement viral doivent être maintenus à une tem-
collectés. Placer les carcasses dans des sacs en plas- pérature d’environ 4 °C. Si les échantillons doivent
tiques résistants et doublés et les transporter dans être expédiés vers un laboratoire spécialisé, il est
des conteneurs résistants au lavage. indispensable que les spécimens soient envoyés
Pour les tentatives d’isolement viral, les organes immédiatement, sur de la glace et par les services
suivants peuvent être collectés dans des conteneurs d’un transporteur approprié. Si l’on s’attend à des
stériles en plastique rigide : délais de plus de deux jours, les échantillons doivent
• système respiratoire (trachée, poumons) ; être congelés, théoriquement à –80 °C, avant d’être
• intestins (duodénum et pancréas, amygdales cæcales) ; expédiés.
 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques
des infections à virus influenza aviaire ; 6
directives pour la visite des exploitations
et diagnostic différentiel
Ilaria Capua et Calogero Terregino

6.1 Introduction 6.2 Influenza aviaire faiblement

pathogène chez les volailles
Les virus influenza de type A ont été regroupés
en deux pathotypes distincts, en fonction de la 6.2.1 Dindes (Meleagris gallopavo)
sévérité de la maladie qu’ils provoquent chez les
poulets sensibles. Les virus de l’influenza aviaire
hautement pathogène (IAHP) sont responsables [Link] Signes cliniques
de maladies graves chez les poulets et autres gal-
linacés. Les virus de l’influenza aviaire faible- Les dindes sont extrêmement sensibles à l’IA. Les
ment pathogène (IAFP) provoquent une mala- signes cliniques révèlent des lésions importantes sur
die clinique beaucoup plus bénigne. L’IAHP les organes respiratoire, digestif, urinaire et repro-
n’a été associée qu’à certaines souches de virus ducteur. Au l des années, aussi bien dans l’hé-
influenza H5 et H7 (et éventuellement H10). misphère occidental qu’oriental, les dindes ont été
L’infection provoque une maladie mortelle chez affectées par divers sous-types, principalement les
la plupart des oiseaux, et surtout chez les galli- sous-types H1, H5, H7, H6 et H9.
formes (poulets et dindes). Elle est caractérisée Chez les dindes de chair, la gravité des consta-
par une mortalité très élevée des troupeaux. tations cliniques et post-mortem peut varier de
Certains oiseaux tels que les autruches et les manière signicative, avec une mortalité pouvant
oiseaux aquatiques sauvages et domestiques peu- atteindre plus de 90 %. Cette variabilité peut être
vent présenter une résistance clinique à la maladie liée à l’âge des oiseaux atteints et aux facteurs envi-
tout en étant porteurs du virus et en tolérant la mul- ronnementaux tels que les conditions d’hygiène de
tiplication virale. l’exploitation, la qualité de l’air et de la ventilation,
L’IAFP est provoquée par les 16 sous-types la température ambiante et la présence d’autres
viraux d’hémagglutinine (H1-H16). Les souches agents infectieux. L’état clinique et la mortalité sem-
faiblement pathogènes sont habituellement respon- blent être aggravés lorsque le troupeau est simulta-
sables de maladies bénignes ou inapparentes. La nément infecté par Mycoplasma spp. ou lorsque des
multiplication virale est limitée aux tractus respira- bactéries telles que Riemerella anatipestifer, Pas-
toire, digestif et urogénital. teurella multocida ou Escherichia coli sont respon-
Le tableau clinique de l’infection se résume sables d’infections secondaires. De la même façon,
donc à des signes cliniques respiratoires, des le taux de mortalité peut être augmenté par la pré-
troubles gastro-intestinaux et une baisse de la sence d’infections secondaires ou contemporaines
production d’œufs. La gravité des signes cli- provoquées par des pathogènes tels que le virus de
niques dépend de plusieurs facteurs tels que l’entérite hémorragique (HEV), le paramyxovirus
l’âge, l’espèce et l’état de santé de l’oiseau, les aviaire de type 2 (APMV2), les virus vaccinaux de
infections secondaires, les méthodes d’élevage la maladie de Newcastle (MN), les adénovirus, les
et la souche virale provoquant l’infection. Dans pneumovirus aviaires et les réovirus.
la nature, les virus IAFP sont maintenus chez les La gravité des signes cliniques ainsi que la capa-
populations d’oiseaux sauvages, notamment les cité de récupération sont toutes deux liées à l’âge.
oiseaux aquatiques et les oiseaux de rivage. En général, les signes cliniques sévères régressent

51
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
52 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.1 Dindes âgées de 28 jours, infectées naturellement par le Fig. 6.2 Dindonneau âgé de 28 jours, infecté naturellement
virus inuenza aviaire faiblement pathogène (IAFP) H7N1 et se par IAFP H7N1 et présentant une conjonctivite sévère et un
trouvant en phase aiguë de la maladie. Les oiseaux atteints sont gonement des sinus sous-orbitaires.
abattus et présentent un plumage ébouriffé et une conjonctivite.

Fig. 6.3 Dinde infectée expérimentalement par IAFP H7N3 Fig. 6.4 Dindonneaux âgés de 28 jours, infectés naturelle-
et présentant une conjonctivite et un gonement des sinus ment par IAFP H7N1 et présentant une attitude prostrée. L’em-
sous-orbitaires. physème sous-cutané se manifeste par une peau ballonnée au
niveau de la tête.

chez les oiseaux de plus de 40 jours et la plupart peu après. Ces signes cliniques commencent par une
des oiseaux atteints guérissent en l’espace d’une détresse respiratoire caractérisée tout d’abord par des
semaine, à compter du début de la maladie. Chez les râles et des crépitements et qui se transforme ensuite
oiseaux de moins de 40 jours, l’état clinique évolue en dyspnée sévère accompagnée de gonement des
souvent en un syndrome respiratoire plus grave et sinus sous-orbitaires (Fig. 6.2) et de conjonctivite
peut être associé à une mortalité supérieure à 20 %. (Fig. 6.3). Dans certains cas, l’atteinte respiratoire
Dans certains cas, les oiseaux survivants peuvent peut s’aggraver au point d’entraîner une rupture des
demeurer émaciés et n’atteignent pas un poids optimal. sacs aériens et un emphysème cutané (Fig. 6.4).
L’apparition des signes cliniques est généralement asso- Chez les jeunes oiseaux, une diarrhée verdâtre ou
ciée à une dépression, un plumage ébouriffé (Fig. 6.1), une jaunâtre peut apparaître avec présence d’aliments
apathie et une absence de glougloutounements à l’intérieur non digérés dans les matières fécales. Cet état est géné-
de la batterie d’élevage. Les oiseaux sont immobiles et les ralement associé à une mortalité plus élevée, une récu-
plus jeunes se regroupent sous les lampes de chauffage. pération plus difcile et une prise de poids médiocre.
La consommation de nourriture décroît rapide- Les dindes reproductrices sexuellement matures pré-
ment et des signes cliniques respiratoires apparaissent sentent souvent des formes plus bénignes du syndrome
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 53

Infection par IAFP chez les dindes reproductrices

(infection à 35 semaines)
infection

(%) œufs
pondus

a Âge en semaines

Infection par IAFP chez les dindes reproductrices

(infection à 40 semaines)
infection
(%) œufs
pondus

Âge en semaines Fig. 6.5 a, b Courbe de ponte d’une

dinde reproductrice à 36 et 40 semaines,
b
après infection par IAFP.

respiratoire. D’un point de vue clinique, celles-ci sont consiste en un caillot caséeux survenant dans les sinus
caractérisées par des râles, de la toux, un œdème facial et (Fig. 6.6) et la trachée et pouvant causer la mort par
un gonement des sinus sous-orbitaires. L’affection res- suffocation. La trachée et les poumons sont œdé-
piratoire est habituellement accompagnée d’abattement, mateux, congestionnés et parfois hémorragiques
d’apathie et d’un état fébrile associé à une perte d’appétit. (Fig. 6.7). Chez les oiseaux adultes, des infections
Dans la plupart des cas, la multiplication virale compro- bactériennes secondaires peuvent entraîner une aéro-
met gravement le système reproducteur. En phase aiguë, sacculite brineuse touchant les sacs aériens thora-
les pertes en production d’œufs peuvent être importantes. ciques et abdominaux, ainsi que le péricarde (Fig. 6.8).
La qualité des œufs peut aussi en être affectée. Les œufs La rate est souvent congestionnée et augmentée de
sont malformés, fragiles et blanchâtres lorsqu’ils sont pon- volume (Fig. 6.9).
dus au cours de la phase de chute de ponte (Fig. 6.5 a, b). Le pancréas est généralement atteint, à la fois chez
les adultes et chez les jeunes oiseaux. Mais les chan-
gements sont souvent plus graves chez les jeunes
[Link] Lésions macroscopiques oiseaux, chez qui le pancréas peut être hypertrophié
et durci, avec une surface comportant des zones
La lésion post-mortem usuelle, observée à la fois hémorragiques et nécrotiques (Fig. 6.10). Chez les
chez les dindes adultes et chez les jeunes dindes, oiseaux adultes, le pancréas apparaît congestionné
54 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.6 Dindonneau âgé de 28 jours, infecté naturellement Fig. 6.7 Dinde infectée expérimentalement par IAFP H7N1
par IAFP H7N1 et présentant des caillots brineux au niveau et présentant une pneumonie œdémateuse.
des sinus sous-orbitaires.

Fig. 6.8 Dinde infectée expérimentalement par IAFP H7N1 Fig. 6.9 Dinde de chair adulte infectée naturellement par
et présentant une péricardite sévère accompagnée d’exsudats IAFP H7N1 et présentant une splénomégalie.
séreux abondants.

Fig. 6.10 Dindonneaux âgés de 28 jours, infectés naturel- Fig. 6.11 Dinde infectée expérimentalement par IAFP
lement par IAFP H7N1 et présentant une pancréatite et une H7N3 et présentant une pancréatite et une distension duo-
distension duodénale. dénale.
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 55

Fig. 6.12 Dinde de chair adulte infectée naturellement par Fig. 6.13 Dinde reproductrice infectée naturellement par
IAFP H7N1 et dont les amygdales cæcales présentent des IAFP H7N1 et présentant une congestion de l’ovaire et une
hémorragies. péritonite du vitellus.

et recouvert d’hémorragies punctiformes ; les à une conjonctivite. Cependant, il a été constaté que
lésions précitées sont parfois accompagnées d’une certains virus IAFP causent de graves problèmes
congestion de l’anse duodénale (Fig. 6.11). Chez les sanitaires chez les poulets de chair. Il s’agit particu-
oiseaux convalescents, le pancréas est atrophié et de lièrement des virus H9N2, isolés à partir d’infections
taille réduite. Des pétéchies peuvent être observées associées à une mortalité signicative (atteignant
sur l’épicarde et les amygdales cæcales (Fig. 6.12). parfois les 50 %) au Moyen-Orient. Dans certains de
L’examen post-mortem des dindes reproductrices
montre des lésions principalement sur les appa-
reils respiratoire et reproducteur. Une congestion
des poumons et de la trachée, une sinusite et une
conjonctivite associée à une péritonite avec ponte
abdominale sont couramment constatées lors de cet
examen. La péritonite découle d’une congestion de
l’ovaire et d’hémorragies des follicules ovariens
ainsi que d’une congestion et d’un œdème de l’ovi-
ducte contenant généralement un exsudat catarrhal
et caséeux. Du vitellus libre peut aussi être présent
dans la cavité abdominale (Fig. 6.13). a

6.2.2 Poulets (Gallus gallus)

[Link] Signes cliniques

Du point de vue clinique, les poulets sont moins

sensibles que les dindes. Chez les poulets de chair, les
infections par IAFP sont souvent non apparentes et
peuvent être confondues avec d’autres maladies. Les
signes d’infection cliniquement visibles sont une ano- b
rexie et une détresse respiratoire modérée, avec une
mortalité du troupeau de l’ordre de 2 à 3 %. Parmi Fig. 6.14 a, b Poulet de chair reproducteur infecté naturellement
les signes cliniques, on peut observer des râles, des par IAFP H9N2 et présentant un œdème périorbitaire sévère.
éternuements et une toux légère, rarement associés (Avec l’aimable autorisation de Nadim Mukhles Amarin.)
56 I. Capua et C. Terregino

Infection par IAFP H9N2 chez des poulets repro-

ducteurs (lière chair) (infection à 28 semaines)

Courbe de ponte
après infection
par H9N2

Courbe de ponte
standard

Semaines
Fig. 6.15 Courbe de ponte de poulets reproducteurs (lière chair) après infection naturelle par le virus IAFP H9N2 (ligne
rouge). (Avec l’aimable autorisation de Nadim Mukhles Amarin.)

ces cas, des preuves d’une infection bactérienne ou

virale sous-jacente ont été établies sur le terrain et
en laboratoire. Les signes cliniques constatés dans
les foyers de H9N2 comprennent un gonement des
tissus périorbitaires et sinusaux, des écoulements
respiratoires et une détresse respiratoire importante
(Fig. 6.14 a, b).
Les poulets reproducteurs (lière chair) sexuelle-
ment matures peuvent présenter un état fébrile accom-
pagné de dépression, de somnolence et de perte d’ap-
pétit, parfois suivi d’une baisse de la production d’œufs
(Fig. 6.15). À ce stade, une cyanose de la crête et des
caroncules, accompagnée de signes cliniques respi-
ratoires modérés, peut être observée chez un nombre
limité d’oiseaux. En phase aiguë de la maladie, il peut Fig. 6.16 Poulet reproducteur (lière chair) infecté natu-
y avoir ponte d’œufs malformés et/ou décolorés. rellement par IAFP H9N2 et présentant une péritonite du
vitellus. (Avec l’aimable autorisation de Nadim Mukhles
Amarin.)
[Link] Lésions macroscopiques

Les poulets de chair et les jeunes reproducteurs ne à l’ovaire et à l’oviducte. Les follicules ovariens
présentent généralement pas de lésions post-mortem apparaissent souvent hémorragiques, œdémateux et
importantes. Il peut y avoir une congestion pulmo- se rompant. L’oviducte peut avoir un aspect œdé-
naire et trachéale légère et restreinte ainsi qu’une mateux, avec péritonite catarrhale ou brineuse et
trachéite catarrhale. ponte abdominale (Fig. 6.16). La seule autre lésion
Lors des épizooties de H9N2, les lésions macro- constante est une congestion des poumons et de la
scopiques observées comprenaient une hyperémie trachée, qui est parfois associée à un œdème pul-
importante de l’appareil respiratoire, suivie d’exsudation monaire. Des hémorragies punctiformes sont par-
et de formation de bouchons muqueux depuis la rami- fois observées sur l’épicarde, le foie et la séreuse
cation des bronches jusqu’aux bronches secondaires. intestinale.
Chez les poulets de chair reproducteurs, les consta- Chez les pondeuses, les lésions macroscopiques
tations pathologiques sont principalement limitées touchent les organes reproducteurs : l’ovaire et
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 57

après le début des signes cliniques, les oiseaux

atteints meurent ou peuvent guérir progressivement.
Dans certains cas, la mortalité peut atteindre 30 %.
Lorsqu’elles sont cliniquement atteintes, les autruches
de plus de 14 mois développent une forme très bénigne
de la maladie, qui s’accompagne d’une légère baisse
d’activité, d’une diminution de la consommation de
nourriture et d’une coloration verte des urines. Les
adultes peuvent ne présenter aucun signe clinique.

[Link] Lésions macroscopiques

Les lésions post-mortem sont de nature et d’inten-

sité différentes, probablement à cause d’infections
Fig. 6.17 Pondeuses commerciales infectées naturellement simultanées et de facteurs de complication externes.
par IAFP H7N1 et présentant une congestion ovarienne et Les lésions les plus remarquables sont observées
une péritonite avec ponte abdominale. sur le foie. Ce dernier peut avoir un aspect marbré
(dû à la présence de foyers nécrotiques multiples)
et apparaît hypertrophié, congestionné et friable.
l’oviducte apparaissent œdémateux et hémorra- Des lésions entériques telles qu’une congestion de
giques et l’oviducte peut contenir un exsudat catar- la partie antérieure de l’intestin grêle et une enté-
rhal et des caillots caséeux souvent associés à une rite catarrhale peuvent être présentes chez les jeunes
péritonite avec ponte abdominale (Fig. 6.17). Les autruches, de même qu’une aéro-sacculite bri-
poumons et la trachée sont parfois congestionnés. neuse et une sinusite mucoïde. Des foyers nécro-
Une pancréatite modérée est parfois observée. tiques et hémorragiques peuvent être observés sur
le pancréas. Les lésions provoquées par des infec-
tions bactériennes secondaires sont très courantes
6.2.3 Autruches (Struthio camelus) (E. coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus
aureus, Aspergillus fumigatus).
Les premiers foyers d’IAFP constatés chez les
ratites avaient été causés par le virus appartenant au
sous-type H7N1. Cette épizootie sud-africaine attei- 6.2.4 Pintade commune
gnit les autruches en 1991 et une mortalité élevée (Numida meleagris)
fut observée chez les jeunes oiseaux.

[Link] Signes cliniques

[Link] Signes cliniques
L’IAFP a été rarement constatée chez les pintades
Chez les autruches, les signes cliniques de l’IAFP communes. Chez les pintades reproductrices, elle
sont plus apparents chez les jeunes oiseaux (âgés de est similaire à l’affection clinique décrite précédem-
moins de 8 mois). Ces signes incluent une prostra- ment chez les dindes reproductrices. La dépression
tion, une réticence à s’alimenter et à boire et des et la détresse respiratoire, caractérisées par des râles
signes cliniques entériques caractérisés par des et des éternuements, sont précédées d’une baisse
selles de couleur blanc verdâtre. Les autres signes de la production d’œufs. La conjonctivite semble
cliniques incluent des écoulements oculaires et une être un signe clinique constant et sévère, souvent
détresse respiratoire. compliqué par des infections bactériennes secon-
Divers facteurs liés à la gestion et à l’environ- daires.
nement contribuent à aggraver la maladie. Il s’agit Chez les pintades de chair, l’infection par IAFP
notamment d’une mauvaise hygiène, d’une modi- provoque les mêmes signes cliniques respiratoires
cation de la composition de la nourriture, du froid que ceux observés chez les dindes de chair, la carac-
et de la présence de pathogènes. Deux à trois jours téristique dominante étant un œdème facial.
58 I. Capua et C. Terregino

[Link] Lésions macroscopiques présentent pas, en apparence, de lésions cliniques

ou pathologiques en cas d’infection.
Chez les pintades reproductrices, l’examen post-mortem
révèle une congestion des organes internes et une périto-
nite du vitellus. Une pancréatite, une duodénite et une 6.3 Influenza aviaire hautement
aéro-sacculite ont été décrites à la fois chez les pin- pathogène chez les volailles
tades reproductrices et chez les pintades de chair.
6.3.1 Dindes (Meleagris gallopavo)

6.2.5 Caille japonaise (Coturnix coturnix

japonica) [Link] Signes cliniques

Chez cette espèce, l’IAFP provoque des signes cliniques res- Les signes cliniques sont le reet de la multipli-
piratoires modérés comprenant une conjonctivite, des éter- cation virale et de l’atteinte de nombreux viscères
nuements et un écoulement nasal clair. Ces signes cliniques ainsi que des systèmes nerveux et cardiovasculaire.
peuvent être accompagnés d’une perte totale d’appétit. Dans la plupart des cas, la maladie est fulminante et
En général, à l’examen post-mortem on ne retrouve certains oiseaux sont retrouvés morts avant qu’au-
qu’une congestion du tractus respiratoire et du pancréas. cun signe clinique n’ait pu être noté.
Chez les dindes de chair et les dindes reproduc-
trices, une mortalité de 100 % peut être observée
6.2.6 Canards et oies 48 à 72 heures après l’apparition des premiers
signes cliniques (Fig. 6.18 a). La consommation
Les canards et les oies sont considérés comme de nourriture diminue généralement de manière sou-
étant des réservoirs naturels de virus IAFP et ils ne daine et drastique, accompagnée d’abattement et de

a b

Fig. 6.18 a–c Dindes reproductrices infectées naturellement

par IAHP H7N1 provoquant une mortalité très importante,
72 heures après la survenue des premiers signes cliniques
(a). La paralysie des ailes et la prostration (b) sont mani-
festes. Les oiseaux sont souvent retrouvés morts, gisant sur
c le dos, en raison des signes cliniques neurologiques et des
contractions spasmodiques qui précèdent la mort (c).
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 59

Fig. 6.19 Dinde de chair infectée naturellement par IAHP Fig. 6.20 Dinde reproductrice infectée naturellement par
H7N1 et présentant une pancréatite hémorragique et une dis- IAHP H7N1 et présentant une distension gazeuse du cæcum
tension duodénale. et des hémorragies des séreuses.

Fig. 6.21 Dinde de chair adulte infectée naturellement par Fig. 6.22 Poulets reproducteurs (lière chair) infectés natu-
IAHP H7N1 et présentant une congestion et une nécrose de rellement par IAHP appartenant au sous-type H5N1. L’in-
la rate. fection entraîne l’apparition soudaine d’une mortalité éle-
vée, les oiseaux étant retrouvés morts dans les nids. (Avec
l’aimable autorisation d’Ahmed Abd El Karim.)

somnolence (Fig. 6.18 b) et suivie de signes cli- [Link] Lésions macroscopiques

niques neurologiques, principalement des trem-
blements et une incoordination. Les oiseaux pré- Lors de l’examen post-mortem, on observe souvent
sentent un balancement de la tête, une paralysie une congestion des organes internes. Cependant, la
des ailes, une démarche anormale et sont souvent maladie étant suraiguë, certains oiseaux ne présen-
incapables de se maintenir en position debout. tent aucune lésion post-mortem.
Ils peuvent perdre l’équilibre et se retrouver Une pancréatite (Fig. 6.19) est généralement observée,
en position couchée agitant les pattes dans un ainsi que des hémorragies des muqueuses et des séreuses
mouvement de pédalage. On observe également et des foyers nécrotiques dans le parenchyme des viscères.
une contraction spasmodique des ailes, accom- Ces hémorragies sont surtout présentes sur les muqueuses
pagnée de battements d’ailes et d’opisthotonos. du proventricule, du ventricule et des amygdales cæcales
Les signes cliniques neurologiques surviennent (Fig. 6.20). La rate est parfois hypertrophiée et conges-
de façon brutale et sévère et les oiseaux atteints tionnée (Fig. 6.21) et l’épicarde présente des hémorra-
peuvent être retrouvés morts, gisant sur le dos gies punctiformes. Dans de rares cas, il y a également
(Fig. 6.18 c). congestion des reins et présence de calculs d’urate.
60 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.23 Poulets de chair reproducteurs après infection Fig. 6.24 Poulets de chair reproducteurs après infection
naturelle par l’IAHP H5N1. Une mortalité importante sur- naturelle par IAHP H5N1 et présentant des signes cliniques
vient quelques jours après l’apparition des signes cliniques. neurologiques. (Avec l’aimable autorisation d’Ahmed Abd
(Avec l’aimable autorisation d’Ahmed Abd El Karim.) El Karim.)

Fig. 6.25 Pondeuses en cage infectées naturellement par Fig. 6.26 Poulets de chair reproducteurs infectés naturelle-
IAHP H7N1 et présentant une prostration et une apathie, en ment par IAHP H7N1 et présentant une congestion et une
phase préagonique. cyanose de la crête et des caroncules.

Fig. 6.28 Poulets de basse-cour infectés naturellement par

Fig. 6.27 Poulets de chair reproducteurs infectés naturelle- IAHP H5N1 et présentant une nécrose de la crête et des
ment par IAHP H5N1 et présentant une congestion sévère caroncules et une congestion de la zone de peau dépourvue
et un œdème de la crête et des caroncules. (Avec l’aimable de plumes, au niveau de la tête. (Avec l’aimable autorisation
autorisation de Walid Hamdy.) de Vladimir Savic.)
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 61

Fig. 6.29 Poulets de chair reproducteurs infectés naturel- Fig. 6.30 Poulet exempt d’organismes pathogènes spéci-
lement par IAHP H7N1 et présentant des hémorragies au ques (EOPS) infecté expérimentalement par IAHP H5N1et
niveau des pattes. présentant un œdème périorbitaire.

Fig. 6.31 Poulet de chair reproducteur infecté naturellement

par IAHP H7N1 et présentant une congestion de la crête et
des tissus sous-cutanés de la face, en phase de récupération.

Fig. 6.32 Pondeuses en cage infectées naturellement par

IAHP H7N1. Remarquer l’aspect du poulailler après l’appa-
rition des signes cliniques.

6.3.2 Poulets (Gallus gallus) (Fig. 6.22, 6.23). L’anorexie, l’abattement et l’arrêt
de la ponte chez les reproductrices sont suivis de
signes cliniques neurologiques caractérisés par une
[Link] Signes cliniques prostration, une apathie totale, des tremblements de
la tête, une paralysie des ailes et une incoordination
Les poulets sont également très sensibles à l’infection des mouvements des pattes lorsque les oiseaux sont
et à la maladie clinique. Les modes de gestion peuvent incités à se déplacer (Fig. 6.24, 6.25). Les lésions
d’ailleurs inuencer les dynamiques de transmission au typiques incluent une cyanose de la crête et des
sein du lot et, jusqu’à un certain degré, les manifesta- caroncules (Fig. 6.26-6.28) et des pétéchies au
tions cliniques. niveau des pattes (Fig. 6.29). Toutefois, dans cer-
Chez les poulets élevés sur litière, la maladie se tains foyers, de tels signes cliniques n’ont affecté
transmet très rapidement et la mortalité du trou- qu’un nombre limité d’oiseaux. La mort subite en
peau peut atteindre 100 % en trois à quatre jours, à position allongée est précédée de mouvements de
compter de l’apparition des premiers signes cliniques pédalage et de suffocation.
62 I. Capua et C. Terregino

Infection par IAHP chez les pondeuses en cage

(infection à 32 semaines)

(%) œufs
pondus

Âge en semaines

Fig. 6.33 Pondeuses en cage infectées naturellement par Fig. 6.34 Courbe de ponte chez des pondeuses âgées de
IAHP H7N1 et présentant une dépression sévère en phase 32 semaines et infectées naturellement par IAHP H7N1.
aiguë. Remarquer les crêtes pâles et asques.

Fig. 6.35 Poulets infectés naturellement par IAHP H5N1

et présentant un œdème sous-cutané sérobrineux abondant Fig. 6.36 Poulet infecté naturellement par IAHP H5N1 et
des tissus situés autour du cou. (Avec l’aimable autorisation présentant une congestion des tissus sous-cutanés de la tête.
de Thierry Van den Berg.) (Avec l’aimable autorisation de Thierry Van den Berg.)

Les oiseaux survivant plus longtemps peuvent pré- (Fig. 6.32). La propagation aux cages voisines a lieu
senter des troubles neurologiques tels que des trem- ultérieurement et affecte l’ensemble de la batterie
blements de la tête et du cou, une incapacité à se tenir d’élevage en l’espace de 10 à 14 jours. Cette différence
debout, un torticolis, de l’opisthotonos et une démarche de propagation entre poules en cage et poulets élevés
anormale. On observe chez ces oiseaux une congestion sur litière est probablement liée aux contacts réduits
importante de la crête, une conjonctivite, un œdème entre oiseaux appartenant à des cages différentes et à
périorbitaire (Fig. 6.30, 6.31), un plumage ébouriffé et l’absence de contacts entre oiseaux sensibles et ani-
de la prostration. La guérison survient rarement. maux infectés. De plus, la quantité de matières fécales
Chez les poules pondeuses en cage, les manifesta- infectées qui se trouve en contact direct avec les
tions cliniques peuvent sembler n’affecter au départ oiseaux est inférieure chez les oiseaux élevés en cage
que des oiseaux isolés et ne se répandre que très lente- par rapport aux oiseaux élevés sur litière. Lors de l’épi-
ment au reste du troupeau. Les signes précoces incluent zootie italienne d’IAHP H7N1 survenue en 2000, la
une dépression sévère ou la mort d’un seul oiseau par période d’incubation chez un troupeau de pondeuses
cage, dans une zone délimitée de la batterie d’élevage en cage avait été estimée à 18 jours.
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 63

Fig. 6.37 Pondeuses infectées naturellement par IAHP

H7N1 et présentant une péritonite avec jaune d'oeuf.

Fig. 6.38 a, b Pondeuses en cage infectées naturellement

Fig. 6.39 Poulet infecté naturellement par IAHP H5N1 et par IAHP H7N1 et présentant des hémorragies au niveau de
présentant des pétéchies sur la séreuse du jabot. (Avec l’ai- la graisse abdominale.
mable autorisation de Thierry Van den Berg.).

Fig. 6.40 Poulet EOPS infecté expérimentalement par IAHP Fig. 6.41 Poulet infecté naturellement par IAHP H5N1
H7N1 et présentant une hyperplasie et une nécrose de la rate. et présentant des pétéchies sur l’épicarde. (Avec l’aimable
autorisation de Thierry Van den Berg.)
64 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.42 Poulet EOPS infecté expérimentalement par IAHP Fig. 6.43 Poulet infecté naturellement par IAHP H7N1 et
H7N1 et présentant une péricardite accompagnée d’un exsu- présentant des pétéchies au niveau des muscles des pattes.
dat clair et de pétéchies au niveau de la graisse péricardique.

Fig. 6.44 Poulet EOPS infecté naturellement par IAHP Fig. 6.45 Poulet infecté naturellement par IAHP H5N1 et
H7N1 et présentant des hémorragies striées au niveau des présentant des hémorragies sur la séreuse du proventricule.
muscles du bréchet et des pattes. (Avec l’aimable autorisation de Thierry Van den Berg.)

Fig. 6.46 Poulets de chair reproducteurs infectés naturelle- Fig. 6.47 Poulet infecté naturellement par IAHP H5N1 et
ment par IAHP H7N1 et dont les amygdales cæcales présen- présentant une pancréatite hémorragique. (Avec l’aimable
tent des hémorragies. autorisation de Corrie Brown.)
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 65

Fig. 6.48 Poulet de chair reproducteur infecté naturellement Fig. 6.49 Poulet infecté naturellement par IAHP H5N1 et
par IAHP H7N1 et présentant une pancréatite. présentant une pneumonie bilatérale accompagnée d’œdème.
(Avec l’aimable autorisation de Corrie Brown.)

Fig. 6.50 Urine vert brillant contenant des calculs d’urate et Fig. 6.51 Matières fécales hémorragiques produites par une
provenant d’une autruche infectée naturellement par IAHP autruche atteinte d’IAHP H7N1.
H7N1.

Chez les poules pondeuses, les signes cli- [Link] Lésions macroscopiques
niques consistent en une prostration, une som-
nolence et un arrêt de la ponte et de la consom- Le gonement de la tête et de la partie haute du cou sur-
mation de nourriture. Les crêtes apparaissent vient fréquemment suite à l’œdème sous-cutané et peut
cyanosées et parfois pâles et flasques (Fig. être accompagné de pétéchies ou d’ecchymoses (Fig.
6.33). On peut aussi observer des hémorragies 6.35, 6.36.). Une conjonctivite et un œdème périorbitaire
au niveau des pattes, une suffocation, accom- sont souvent retrouvés. Des hémorragies et une cyanose
pagnée de tremblements de la tête ainsi qu’une de la peau se manifestent fréquemment, surtout au niveau
prostration. Les oiseaux libérés de leurs cages des caroncules, de la crête et des pattes. Les lésions des
sont immobiles et un liquide séreux jaune ver- viscères sont représentées par des hémorragies apparais-
dâtre s’écoule de la cavité buccale. La qualité sant sur les séreuses et les muqueuses et au niveau de la
de la coquille est également affectée (œufs blan- graisse abdominale (Fig. 6.37, 6.38a, 6.38b, 6.39), ainsi
châtres et fragiles), probablement en raison de que par des foyers nécrotiques (Fig. 6.40) à l’intérieur
la perte totale d’appétit de l’oiseau. Le nombre du parenchyme. Des hémorragies sont couramment pré-
d’œufs produits diminue très rapidement en rai- sentes au niveau de l’épicarde (Fig. 6.41), du péricarde
son de la mortalité élevée (Fig. 6.34). (Fig. 6.42), des muscles des pectoraux et des pattes
66 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.52 Autruche juvénile atteinte d’IAHP H7N1 et pré- Fig. 6.53 Autruche juvénile atteinte d’IAHP H7N1 et pré-
sentant un écoulement nasal séreux verdâtre. sentant une entérite hémorragique nécrotique.

Fig. 6.54 Autruche juvénile atteinte d’IAHP H7N1 et présen- Fig. 6.55 Autruche juvénile atteinte d’IAHP H7N1 et pré-
tant des hémorragies punctiformes sur la séreuse intestinale. sentant des hémorragies punctiformes sur l’épicarde.

(Fig. 6.43, 6.44), de la muqueuse et de la séreuse du proven-

tricule (Fig. 6.45), du ventricule et des amygdales cæcales
(Fig. 6.46). Le pancréas est l’organe qui semble être le
plus atteint par la multiplication virale (Fig. 6.47, 6.48).
Il présente une nécrose focale à diffuse des cellules aci-
neuses. On observe parfois un œdème interstitiel du pan-
créas associé à une péritonite brineuse. Les poumons et
la trachée sont congestionnés (Fig. 6.49) ; la trachée pré-
sente des hémorragies au niveau de la sous-muqueuse.

6.3.3 Autruches (Struthio camelus)

[Link] Signes cliniques et lésions macroscopiques

Fig. 6.56 Autruche juvénile atteinte d’IAHP H7N1 et pré- Les signes cliniques et les lésions observées sur les
sentant une pancréatite hémorragique nécrotique. viscères des autruches infectées par des virus IAHP
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 67

Fig. 6.57 Autruche juvénile infectée naturellement par Fig. 6.58 Pintade infectée naturellement par IAHP H7N1 et
IAHP H7N1 et présentant de nombreux foyers nécrotiques présentant une congestion pulmonaire et un œdème.
isolés à coalescents à la surface du foie.

varient selon la souche virale, mais se manifestent plus

constamment chez les oiseaux jeunes ou juvéniles. Les
signes précoces se traduisent par une diminution de
l’activité et une perte d’appétit qui précèdent l’appari-
tion de signes cliniques distincts tels que l’abattement,
les plumes ébouriffées, l’éternuement et la respiration
bec ouvert. Certains oiseaux présentent une incoordi-
nation, une paralysie des ailes et des tremblements de
la tête et du cou. La tête peut sembler congestionnée et
enée et est parfois complètement penchée vers l’ar-
rière ou sur le côté, en raison d’un torticolis.
L’urine est de couleur vert brillant (Fig. 6.50) et
riche en urates ; les matières fécales sont hémorra-
giques (Fig. 6.51). Au cours de la phase préagonique, Fig. 6.59 Pintade infectée naturellement par IAHP H7N1
les oiseaux sont allongés sur le sol et un liquide et présentant une pancréatite.
muqueux de couleur verte s’écoule de la cavité buc-
cale. Certains oiseaux peuvent guérir environ une
semaine après la survenue des signes cliniques. Les 6.3.4 Pintade commune
autruches adultes ou les reproductrices ne montrent (Numida meleagris)
généralement pas de signes cliniques lorsqu’elles
sont infectées par des virus IAHP.
Les lésions observées à l’examen post-mortem varient [Link] Signes cliniques
selon la souche virale. Les plus courantes sont cependant
un œdème de la tête et de la partie haute du cou, une enté- Les cas d’infections de pintade par IAHP consta-
rite hémorragique accompagnée d’exsudat hémorragique tés à travers le monde sont très peu nombreux
dans la lumière intestinale (Fig. 6.53), des hémorragies et le nombre de cas documentés est encore plus
punctiformes sur la séreuse intestinale (Fig. 6.54) et sur rare. Ces oiseaux semblent généralement très sen-
l’épicarde (Fig. 6.55), un pancréas hémorragique, durci et sibles à l’IAHP. Le syndrome de mort subite a été
hypertrophié (Fig. 6.56), ainsi qu’une congestion des pou- constaté 48 à 72 heures après la survenue des pre-
mons et de la trachée. Le foie peut être hypertrophié avec miers signes cliniques ; ce syndrome est accom-
des contours arrondis et comporter des zones irrégulières pagné d’une mortalité élevée (atteignant jusqu’à
nécrotiques et congestionnées (Fig. 6.57). Les reins sont 100 % des oiseaux reproducteurs). Les signes cli-
hypertrophiés, mous et contiennent des calculs d’urate. niques incluent l’anorexie et l’abattement, qui sont
La rate peut également être augmentée de volume. suivis de signes cliniques neurologiques.
68 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.60 Caille japonaise (Coturnix coturnix japonica) Fig. 6.61 Caille japonaise (Coturnix coturnix japonica)
infectée expérimentalement par IAHP H7N1 et présentant infectée expérimentalement par IAHP H7N1 et présentant
un torticolis. une congestion des reins, de l’ovaire et de l’oviducte.

Fig. 6.62 Poumons d’une caille japonaise (Coturnix cotur- Fig. 6.63 Caille reproductrice infectée naturellement par
nix japonica) infectée expérimentalement par IAHP H7N1 et IAHP H7N1 et présentant une pancréatite hémorragique.
présentant une pneumonie bilatérale et un œdème.

Fig. 6.64 Caille japonaise (Coturnix coturnix japonica)

infectée expérimentalement par IAHP H7N1 et présentant Fig. 6.65 Caille japonaise (Coturnix coturnix japonica)
une pancréatite accompagnée de foyers nécrotiques mul- infectée expérimentalement par IAHP H7N1 et présentant des
tiples et d’une duodénite. muscles pectoraux hémorragiques.
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 69

[Link] Lésions macroscopiques

Les lésions macroscopiques constatées à l’examen post-

mortem sont similaires à celles observées chez les pou-
lets. On constate couramment une congestion des organes
internes, parfois associée à un œdème pulmonaire (Fig. 6.58).
Une pancréatite focale est également rapportée (Fig. 6.59).

6.3.5 Caille japonaise

(Coturnix coturnix japonica)

[Link] Signes cliniques

Dans cette espèce, les infections d’IAHP sont caracté-

risées par une affection respiratoire sévère qui évolue
en quelques jours en un tableau clinique comprenant
une prostration, une somnolence et une apathie, sou-
vent accompagnées d’une diarrhée blanchâtre et d’une
suffocation précédant la mort. Fig. 6.66 Canard pékinois (Anas platyrhinchos) infecté
Des signes cliniques neurologiques simultanés expérimentalement par IAHP H5N1 et présentant un opis-
tels qu’un opisthotonos et un torticolis (Fig. 6.60) thotonos (« tête dans les étoiles »).
sont aussi couramment observés. La ponte s’arrête
quelques jours après le début des premiers signes cli-
niques. La mortalité est plus faible que chez les poulets
et les dindes et se situe entre 5 et 10 % par jour.

[Link] Lésions macroscopiques

Lors de l’examen post-mortem, les seules lésions

constatées sont une congestion des viscères (Fig. 6.61,
6.62), une entérite, une péritonite avec ponte abdomi-
nale et une pancréatite hémorragique (Fig. 6.63, 6.64).
Une congestion musculaire a également été obser-
vée (Fig. 6.65). Les plumes situées sur le pourtour
de l’orice cloacal sont souvent souillées par des
matières fécales de couleur blanc verdâtre.
Chez la caille, la suspicion d’IAHP doit faire l’ob-
jet d’une évaluation clinique méticuleuse puisque
les signes cliniques n’ont pas été mis en évidence
lors d’études expérimentales. Fig. 6.67 Canard pékinois (Anas platyrhinchos) infecté
naturellement par IAHP H5N1 et présentant un torticolis.
(Avec l’aimable autorisation de Walid Hamdy Kilany).
6.3.6. Canards et oies
La pathogénicité de certaines souches envers plusieurs
espèces d’oiseaux aquatiques a cependant été démontrée.
[Link] Signes cliniques Il s’agit des souches H7N1 et H5N1, responsables de
plus de 50 % de la mortalité. Chez les canards de Bar-
Les canards et les oies sont plus résistants que les autres barie (Cairina moschata), des signes cliniques neurolo-
oiseaux domestiques aux manifestations cliniques d’IAHP. giques tels qu’une incoordination, des tremblements et
70 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.68 Canard Pékin (Anas platyrhinchos) infecté expéri-

mentalement par IAHP H5N1 et présentant un contenu intes- Fig. 6.69 Canard Pékin (Anas platyrhinchos) infecté expé-
tinal hémorragique. rimentalement par IAHP H5N1 et dont le proventricule et le
gésier présentent un contenu hémorragique.

Fig. 6.70 Canard Pékin (Anas platyrhinchos) infecté expé- Fig. 6.71 Canard Pékin (Anas platyrhinchos) infecté expéri-
rimentalement par IAHP H5N1 et présentant une aéro- mentalement par IAHP H5N1 et présentant des pétéchies au
sacculite. niveau du cerveau.

Fig. 6.72 Canard Pékin (Anas platyrhinchos) infecté expéri- Fig. 6.73 Oie domestique infectée naturellement par IAHP
mentalement par IAHP H5N1 et présentant des hémorragies H7N1 et présentant une pancréatite et une duodénite.
au niveau du bec.
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 71

une démarche anormale ressemblant à un boitement ont

été constatés.
Les canards Pékin (Anas platyrhynchos) sont aussi
considérés comme étant cliniquement résistants aux
virus IAHP. Selon des rapports concernant des infec-
tions naturelle et expérimentale par des virus apparte-
nant au sous-type H5N1 asiatique, des oiseaux infectés
par certaines souches ne présenteraient aucun signe cli-
nique alors que d’autres souches seraient responsables
d’une mortalité pouvant atteindre 70 %. Les signes
cliniques incluent une conjonctivite et une dépression
légère, suivies de signes cliniques neurologiques tels
qu’un torticolis, une incoordination, des tremblements
et des ictus (Fig. 6.66, 6.67). Fig. 6.74 Cygne tuberculé (Cygnus olor) infecté naturel-
lement par IAHP H5N1 et présentant un torticolis. (Avec
l’aimable autorisation d’Antonio Camarda.)

Fig. 6.75 Cygne tuberculé (Cignus olor) infecté naturelle- Fig. 6.76 Cygne tuberculé (Cygnus olor) infecté naturelle-
ment par IAHP H5N1 et présentant une pancréatite accom- ment par IAHP H5N1 et présentant une pancréatite accom-
pagnée d’hémorragies pétéchiales. (Avec l’aimable autorisa- pagnée d’hémorragies pétéchiales. (Avec l’aimable autorisa-
tion de Daniel Baroux.) tion de Daniel Baroux.)

Fig. 6.77 Cygne tuberculé (Cignus olor) infecté naturelle- Fig. 6.78 Cygne tuberculé (Cygnus olor) infecté naturelle-
ment par IAHP H5N1 et présentant une pancréatite et une ment par IAHP H5N1 et présentant une pancréatite nécro-
duodénite hémorragiques. (Avec l’aimable autorisation de tique et hémorragique. (Avec l’aimable autorisation de Caro-
Daniel Baroux.) line Brojer.)
72 I. Capua et C. Terregino

Fig. 6.79 Fuligule morillon (Aythya fuligula) infecté natu- Fig. 6.80 Pélican (Pelecanus spp.) infecté naturellement par
rellement par IAHP H5N1 et présentant une pancréatite IAHP H5N1 et présentant une duodénite et une pancréatite.
nécrotique et hémorragique. (Avec l’aimable autorisation de (Avec l’aimable autorisation de Victor Irza.)
Daniel Baroux.)

Fig. 6.81 Cygne tuberculé (Cygnus olor) infecté naturelle- Fig. 6.82 Grand-duc d’Europe (Bubo bubo) infecté natu-
ment par IAHP H5N1 et présentant une pneumonie bilatérale rellement par IAHP H5N1 et présentant une pneumonie
avec hémorragies et œdème. (Avec l’aimable autorisation de bilatérale accompagnée d’hémorragies et d’œdème. (Avec
Daniel Baroux.) l’aimable autorisation de Caroline Brojer.)

Fig. 6.83 Fuligule milouin (Aythya ferina) infecté naturel- Fig. 6.84 Cygne tuberculé (Cygnus olor) infecté naturel-
lement par IAHP H5N1 et présentant une pneumonie, une lement par IAHP H5N1 et présentant des foyers hémorra-
aéro-sacculite et des caillots sanguins dans la cavité splanch- giques multiples au niveau du myocarde. (Avec l’aimable
nique. (Avec l’aimable autorisation de Daniel Baroux.) autorisation de Daniel Baroux.)
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 73

[Link] Lésions macroscopiques

Chez les canards Pékin infectés par certaines souches

de virus IAHP responsables de signes cliniques, les
lésions détectées à l’examen post-mortem incluent
des saignements au niveau du tractus intestinal
(Fig. 6.68), en particulier au niveau de l’estomac
et du gésier (Fig. 6.69). Chez certains oiseaux, une
aéro-sacculite a été constatée, ainsi que des hémor-
ragies à la surface du pancréas et de la trachée (Fig.
6.70). Une hyperémie et des hémorragies puncti-
formes peuvent être observées à la surface du cerveau
(Fig. 6.71) et sur le bec (Fig. 6.72). Les oies infec-
Fig. 6.85 Cygne tuberculé (Cygnus olor) infecté naturelle- tées naturellement ont été atteintes de pancréatite
ment par IAHP H5N1 et présentant une duodénite hémorra- (Fig. 6.73).
gique. (Avec l’aimable autorisation de Victor Irza.)

6.3.7 Oiseaux sauvages aquatiques

[Link] Signes cliniques

À travers l’Europe, la plupart des oiseaux sauvages

aquatiques infectés naturellement par le virus IAHP
H5N1 asiatique ont présenté des signes cliniques
neurologiques. Parmi les schémas comportemen-
taux des oiseaux atteints, on constate une propen-
sion à l’isolement, une apathie en réponse à la sti-
mulation et une absence de toute manifestation de
peur vis-à-vis des êtres humains. Certains oiseaux
Fig. 6.86 Pélican (Pelecanus spp.) infecté naturellement ont montré une difculté à s’alimenter et à nager
par IAHP H5N1 et présentant des hémorragies au niveau du et certains se déplaçaient en décrivant des cercles,
proventricule. (Avec l’aimable autorisation de Victor Irza.) à la fois sur le sol et dans l’eau. Un torticolis et des
tremblements de la tête et du cou sont typiquement
observés chez les oiseaux cliniquement infectés
(Fig. 6.74).

[Link] Lésions macroscopiques

Les lésions concordent avec les résultats obtenus

pour l’IAHP chez d’autres espèces aviaires, en l’oc-
currence des hémorragies et une congestion du pan-
créas (Fig. 6.75-6.80), une congestion des poumons
et de la trachée qui peut se révéler hémorragique
(Fig. 6.81-6.83), une aéro-sacculite, des hémor-
ragies ecchymotiques sur l’épicarde et le muscle
cardiaque (Fig. 6.84), une entérite ou une proven-
Fig. 6.87 Cygne tuberculé (Cygnus olor) infecté naturelle- triculite hémorragique ou catarrhale (Fig. 6.85,
ment par IAHP H5N1 et dont les reins sont hypertrophiés, 6.86), une dégénérescence des reins et une néphrite
congestionnés et hémorragiques. (Avec l’aimable autorisa- hémorragique (Fig. 6.87).
tion de Daniel Baroux.)
74 I. Capua et C. Terregino

6.4 Directives pour la visite 6. protections oculaires telles que des lunettes ajus-
des exploitations tables avec protection sur les côtés.
Une cagoule de protection respiratoire (THP3)
6.4.1 Mesures de protection est préférable car elle permet de dissocier les pro-
pour le recueil d’échantillons tections respiratoire et oculaire.
sur une exploitation avicole Après avoir enlevé les vêtements de travail/pro-
infectée ou suspectée d’infection tection, prendre une douche et se désinfecter les
mains. Les exigences légales spéciques relatives
An de minimiser le risque d’exposition humaine au contrôle des maladies animales doivent être res-
aux virus IA et pour éviter la contamination des pectées.
vêtements par lesquels le virus peut se répandre à
d’autres locaux, il est indispensable de prendre les
précautions suivantes : 6.4.2 Résumé des informations devant
• un soin particulier doit être porté à la prévention être recueillies à partir d’un
ou à la minimisation de la production de pous- cas index suspect (voir aussi
sière ou d’autres aérosols lors de la manutention Annexe 2 : formulaire d’enquête
de volailles infectées ou suspectées d’infection, épidémiologique)
ainsi que de matériels avicoles contaminés (par-
ties du corps, tissus corporels, sang, plumes, Avant de procéder au diagnostic de l’IA et aux examens
sécrétions des volailles et autres matériels à post-mortem, il est indispensable de rassembler un his-
risque potentiel d’infection tels que la litière) et torique complet du foyer, incluant :
lors de l’abattage d’oiseaux infectés et des opéra- • l’identication de l’exploitation que l’on soupçonne
tions de nettoyage et de désinfection ; être le centre de l’infection ainsi que l’identication
• seul un personnel formé peut accéder aux zones préliminaire des unités et sous-unités de production
de l’exploitation contenant des volailles infec- touchées par le foyer ; la localisation de la principale
tées ou suspectées d’infection et l’effectif doit exploitation suspecte et la concentration des exploi-
être limité aux seules personnes nécessaires à la tations avicoles dans la région ; les mesures de biosé-
réalisation des opérations essentielles. curité mises en place dans chaque unité et sous-unité
impliquées ; les caractéristiques des différents types
de production (troupeau de basse-cour ou élevage
[Link] Équipements de protection individuelle intensif) ; la proximité de terrains marécageux abri-
tant des oiseaux sauvages sédentaires ou migrateurs ;
En entrant dans des zones d’élevage de volailles, il • l’identication du personnel concerné par la gestion
est nécessaire de porter des vêtements spéciaux et de l’unité ;
des équipements de protection individuelle. Avant • les données anamnestiques comprenant les informations
que le personnel ne quitte les lieux, ces équipements relatives à la consommation de nourriture et au taux
doivent être enlevés et conservés dans des conte- de production d’œufs des volailles domestiques (les
neurs fermés hermétiquement, an de permettre un pondeuses, les dindes et les poulets reproducteurs
nettoyage/désinfection ou une élimination réalisés [lière chair] infectés par le virus IAHP peuvent ini-
par des professionnels, dans le but de prévenir la tialement pondre des œufs dont la coquille est ramol-
dissémination du virus. Les équipements concernés lie, puis s’arrêter de pondre), la durée des signes
sont les suivants : cliniques et le nombre d’oiseaux malades ou morts.
1. vêtements de travail recouvrant le corps (bleus, L’information appropriée pouvant aider à révéler
combinaisons jetables, sous-vêtements jetables) ; l’origine de la maladie doit inclure le lieu et l’heure
2. bonnet recouvrant complètement les cheveux ; d’apparition de la maladie chez les oiseaux atteints.
3. bottes pouvant être désinfectées ; Toutes les espèces sensibles présentes sur l’exploi-
4. gants protecteurs imperméables pouvant être tation doivent subir un examen clinique, en commen-
désinfectés ; çant par les unités les plus éloignées du centre du
5. masques protecteurs de la bouche et du nez ou foyer. Une attention particulière doit être portée à la
masque respiratoire bien ajusté, au cas où la pro- vaccination antérieure de tous les oiseaux ou de cer-
duction d’aérosols ne peut être prévenue efca- tains d’entre eux. Toutes ces informations doivent être
cement (FFP2 ou FFP3) ; restituées dans l’enquête épidémiologique. Un rapport
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 75

ofciel doit identier les espèces de tous les animaux Tous les équipements nécessaires, incluant bistouris,
présents dans chaque unité, la date d’apparition et la pinces, ciseaux, récipients en plastique, écouvillons, etc.
description de tous les signes cliniques, ainsi que le doivent se situer à portée de main, dans la salle d’autopsie.
pourcentage de mortalité. Les poubelles destinées à l’élimination des oiseaux
autopsiés doivent être disponibles en quantité sufsante
pour contenir tous les déchets.
[Link] Examen clinique

Avant de les éliminer, il est indispensable d’effectuer 6.5 Diagnostic différentiel

un examen minutieux des oiseaux vivants atteints, an
d’identier les signes caractéristiques causés par les 6.5.1 Résumé des principales lésions
virus de forte virulence et incluant des signes cliniques post-mortem associées à IAHP
neurologiques tels que : incoordination, tremblement, ou à IAFP
torticolis, démarche anormale et paralysie. L’IAHP
entraîne aussi souvent de l’abattement, une cécité, une L’infection des oiseaux peut donner naissance à
entérite sévère accompagnée de diarrhée hémorragique une grande diversité de signes cliniques qui varient
et des troubles respiratoires sévères. selon l’hôte, la souche virale, l’état immunitaire de
l’hôte, la présence d’organismes secondaires aggra-
vants et les conditions environnementales.
[Link] Examen externe Chez les volailles, l’IAHP peut provoquer l’ap-
parition soudaine d’une mortalité élevée des trou-
L’examen physique des oiseaux doit impérativement peaux pouvant atteindre 100 %, malgré l’absence de
comporter une observation des plumes situées autour du signes cliniques avant-coureurs. Les oiseaux morts
cloaque an de repérer les signes de diarrhée, ainsi que d’une forme suraiguë d’inuenza aviaire présentent
l’inspection des parties non couvertes de plumes telles des lésions macroscopiques minimes qui se résu-
que les pattes, les articulations, la crête et les caron- ment principalement à une déshydratation et une
cules. Les crêtes et les caroncules des oiseaux atteints congestion des viscères et des muscles.
d’IAHP sont typiquement cyanosées et œdémateuses ; Lorsqu’elles sont présentes, les lésions du trac-
leurs extrémités peuvent montrer des pétéchies ou des tus respiratoire traduisent une détresse respiratoire
ecchymoses. Des hémorragies sous-cutanées peuvent grave et aiguë se manifestant par une toux, une suf-
aussi être observées. Il est important de noter tout gon- focation et une expectoration d’exsudats sanglants.
ement des sinus sous-orbitaires et tout écoulement Chez les oiseaux morts après une évolution clinique
cloacal. La nature, la couleur, la consistance et l’odeur prolongée, on observe des pétéchies et des ecchy-
de ces écoulements doivent être documentées. moses affectant tout le corps et notamment le larynx,
la trachée, le proventricule, les amygdales cæcales
et la graisse épicardique, ainsi que les séreuses et les
[Link] Précautions à prendre au cours muqueuses des organes respiratoires et digestifs. Il y
de l’autposie a souvent présence d’un œdème sous-cutané impor-
tant, en particulier autour de la tête et des pattes. Le
L’examen post-mortem doit être effectué sur au moins cadavre peut être déshydraté. Des foyers nécrotiques
cinq oiseaux suspectés d’être infectés par IAHP. Cet jaunes ou gris peuvent être présents dans la rate, le
examen doit être réalisé par les autorités compétentes foie, les reins et les poumons. Les sacs aériens peuvent
dans des laboratoires de diagnostic conformes aux contenir un exsudat. La rate peut être hypertrophiée
règles de santé et de sécurité. et hémorragique.
La table d’autopsie doit être humidiée à l’aide d’une L’IAFP est généralement asymptomatique chez les
solution d’eau savonneuse. La même solution doit être oiseaux sauvages. Chez les volailles ne présentant pas
utilisée pour mouiller les plumes des oiseaux destinés à d’exacerbation, elle n’est responsable que de signes
être autopsiés, an de minimiser la formation de pous- cliniques respiratoires modérés à sévères. Chez les
sière et d’aérosols. Il est nécessaire de porter des gants pondeuses, l’infection causée par IAFP peut entraîner
résistants en caoutchouc, un masque respiratoire avec une baisse de la production d’œufs et une diminution
soupape d’aspiration (FFP2 ou FFP3) et des visières ou du taux d’éclosion. Les poulets et les dindes peuvent
des lunettes de protection. présenter un plumage ébouriffé, une apathie et une
76 I. Capua et C. Terregino

baisse de la consommation de nourriture et d’eau. Il quelques jours après ingestion de la toxine. Chez les
peut y avoir diarrhée aiguë, sans perte de poids. poulets, ces signes cliniques incluent un affaiblisse-
Le diagnostic différentiel de l’IAFP doit envisager les ment et une perte progressive du contrôle des pattes,
maladies causant une baisse de la production d’œufs et des ailes et du cou. Les tremblements et la parésie
des signes cliniques respiratoires modérés. Ces maladies évoluent en paralysie. Les oiseaux les plus grave-
sont la bronchite infectieuse, le coryza infectieux, l’in- ment atteints meurent en quelques heures.
fection par le pneumovirus, la laryngotrachéite bénigne Les principales maladies infectieuses qu’il est
et la mycoplasmose. nécessaire de différencier de l’IAHP sont briève-
Il faut tenir compte du fait que l’IAFP coexiste ment décrites ci-dessous.
souvent avec une infection secondaire causée par
une bactérie ou un mycoplasme. Dans un tel cas,
l’IAFP peut évoluer en une forme chronique carac- [Link] Maladie de Newcastle
térisée par une perte de poids, un gonement des
sinus sous-orbitaires, des signes cliniques respira- La MN est la maladie qui ressemble le plus à l’IA. Elle
toires sévères et une mortalité des troupeaux s’éle- est causée par différentes souches de paramyxovirus
vant à 40-70 %, en particulier chez les dindes. aviaire de type 1. Les souches virales de MN sont clas-
En association avec l’IAFP, Pasteurella mul- sées selon leur degré de pathogénicité (souches vélo-
tocida et Escherichia coli entraînent souvent des gènes, mésogènes et lentogènes). Une description plus
lésions macroscopiques telles qu’une aéro-sacculite détaillée de la maladie est fournie dans le chapitre par-
brineuse, une péricardite et une rétention d’œufs. ticulier consacré à la MN. Il est quasiment impossible
de différencier l’IAHP d’une forme vélogène de MN
sans diagnostic de laboratoire.
6.5.2 Diagnostic différentiel
de l’influenza aviaire hautement
pathogène [Link] Laryngotrachéite infectieuse

Le diagnostic différentiel de l’IAHP doit envisager La laryngotrachéite infectieuse est une maladie aviaire
toute circonstance responsable de l’apparition sou- présente mondialement et causée par un Herpesvirus
daine d’une mortalité élevée. Les maladies infec- provoquant une détresse respiratoire importante. Les
tieuses, telles que les souches vélogènes du virus poulets et les faisans sont les espèces le plus fréquem-
MN, doivent également être considérées, de même ment touchées, bien que des infections d’autres oiseaux
que l’empoisonnement aigu ou la mauvaise ges- tels que le paon aient également été citées. La période
tion de l’élevage. Cette dernière inclut les variations d’incubation se situe entre cinq et dix jours. Jusqu’à pré-
extrêmes de chauffage, de ventilation ou d’humidité, sent, un seul sérotype a été rapporté, malgré la variabi-
qui peuvent tous avoir des conséquences très graves lité importante de la pathogénicité des souches. La plu-
lorsque les animaux sont maintenus dans des systèmes part des souches ont une virulence marquée. La maladie
d’élevage clos. La mauvaise gestion de la régulation peut se manifester sous une forme aiguë ou sub-aiguë,
de la température peut entraîner une production de en fonction du pathotype viral. La forme aiguë se pro-
monoxyde de carbone. L’empoisonnement aigu peut page rapidement à tout le troupeau. La mort est subite et
provoquer la mort subite d’un pourcentage élevé la mortalité du troupeau peut s’élever jusqu’à 50 %. Les
d’animaux. Les autres formes d’empoisonnement signes cliniques caractéristiques sont une dyspnée sévère
peuvent être dues à l’ingestion de pesticides, à l’in- avec respiration bec ouvert, une suffocation bruyante et
toxication causée par le surdosage d’anticoccidiens l’expectoration de sécrétions hémorragiques. On trouve
ou à l’intoxication au chlore due à une désinfection souvent des sécrétions hémorragiques éparses sur les
imprudente de l’environnement. murs des locaux. La baisse de la consommation de
L’apparition soudaine d’une mortalité élevée peut nourriture et d’eau ainsi que la diminution de la produc-
également être provoquée par le botulisme, qui est tion d’œufs sont couramment observées.
une intoxication causée par l’ingestion de toxines Les constatations post-mortem se limitent à la
produites par Clostridium botulinum. Le botulisme partie supérieure du tractus respiratoire et consis-
causé par de la nourriture contaminée a été observé tent en une laryngotrachéite hémorragique accom-
à la fois chez les volailles et les oiseaux aquatiques. pagnée de caillots sanguins et d’exsudats mucoïdes
Les signes cliniques apparaissent quelques heures à dans la trachée. Le cadavre est souvent cyanosé.
6 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des infections à virus influenza aviaire... 77

La laryngotrachéite infectieuse est une maladie à d’une entérite hémorragique entraînant parfois la
déclaration obligatoire dans la plupart des pays. Les mort subite. La mortalité du troupeau peut atteindre
autorités responsables de la santé animale doivent 100 % en cinq jours. La période d’incubation est de
immédiatement être averties de sa suspicion. trois à cinq jours après exposition.
La forme aiguë de la DVE est caractérisée par
une diarrhée aqueuse et hémorragique. Parmi les
[Link] Bursite infectieuse (maladie de Gumboro) autres signes cliniques, on note une déshydrata-
tion, une faiblesse, une léthargie, une inappétence
La bursite infectieuse aviaire (IBD) est causée et une baisse marquée de la production d’œufs. Les
par des souches hypervirulentes de virus IBD oiseaux infectés manifestent parfois des tremble-
(VVIBDV), appartenant à la famille des Birnaviri- ments et une ataxie. Le plumage des oiseaux est
dae. L’IBD est une maladie virale aiguë et conta- ébouriffé et taché de sang.
gieuse des jeunes poulets. D’autres formes d’IBD Les constatations post-mortem sont une entérite
peuvent être beaucoup plus bénignes et le virus peut sévère, des hémorragies et des plaques croûteuses
infecter d’autres oiseaux sans entraîner de signes recouvrant la muqueuse de l’ensemble de l’appareil
cliniques. Dans le cas de l’IBD virulente, la mor- digestif, de l’œsophage jusqu’au tractus intestinal
bidité et la mortalité commencent trois jours après incluant le cæcum et le rectum.
l’infection, atteignent leur maximum, puis déclinent
sur une période de 5-7 jours.
Les signes cliniques sont présents chez les pous- [Link] Choléra aviaire aigu
sins âgés de plus de trois semaines et sont caracté-
risés par de la diarrhée et une déshydratation. On Le choléra aviaire aigu est une maladie contagi-
observe souvent des tremblements, une incoordina- euse résultant de l’infection par Pasteurella multo-
tion et un picage de la région cloacale. Les poussins cida. Le choléra aviaire doit être suspecté lorsque
présentent également de l’abattement, une anorexie de grandes quantités d’animaux morts sont réper-
et un plumage ébouriffé. Le virus endommage gra- toriées sur un bref intervalle de temps. Toutes les
vement la bourse de Fabricius et les organes lym- espèces domestiques sont sensibles à la maladie,
phoïdes tels que le thymus, les amygdales cæcales mais les canards, les dindes et les cailles sont les
et la rate. L’infection entraîne des degrés variables plus à risque d’infection. La pasteurellose aiguë
d’immunodépression, se traduisant par une sensi- peut entraîner la mort, 6 à 12 heures après l’expo-
bilité élevée aux pathogènes secondaires. Lorsque sition. La sensibilité à l’infection et le cours de la
les techniques d’élevage sont médiocres ou que la maladie dépendent de plusieurs facteurs : le sexe,
souche virale est particulièrement virulente, la mor- l’âge, la génétique, l’état immunitaire, les infections
talité du troupeau peut dépasser 30 %. simultanées, le statut nutritionnel et la virulence de
Les lésions macroscopiques consistent en une bourse la souche.
hypertrophiée et hémorragique ayant tendance à s’atro- Certains oiseaux apparaissent léthargiques alors
phier après la phase aiguë, une présence accrue de mucus que d’autres peuvent présenter des signes cliniques
dans l’intestin, une hypertrophie des reins accompagnée neurologiques tels que des convulsions, une nage en
de calculs d’urate et des foyers nécrotiques dans les cercles ou un vol erratique causé par l’inammation
autres organes lymphoïdes. Des pétéchies peuvent être de l’oreille moyenne. Parmi les autres signes cli-
présentes sur les muscles des cuisses et du bréchet et niques, on note un écoulement muqueux par le bec,
parfois à la jonction du proventricule et du gésier. des croûtes nasales tachées de sang et des plumes
L’IBD est une maladie à déclaration obligatoire dans ébouriffées. Chez les volailles, la mortalité liée au
la plupart des pays. Les autorités responsables de la choléra aviaire peut dépasser 50 % du troupeau.
santé animale doivent immédiatement être averties de La mort peut survenir très rapidement, auquel cas
sa suspicion. les lésions macroscopiques sont absentes. Chez les
oiseaux morts du choléra aviaire, on observe cou-
ramment une rate congestionnée, hypertrophiée et
[Link] Entérite virale du canard (peste du canard) hémorragique. On constate également souvent des
hémorragies recouvrant le cœur, le foie et le gésier.
L’entérite virale du canard (DVE) est une infection Des taches jaunes peuvent aussi être observées sur
aiguë causée par un Herpesvirus et responsable certaines parties du tissu hépatique, de même qu’une
78 I. Capua et C. Terregino

altération de la texture, de la couleur et de la forme Le choléra aviaire est une maladie à déclaration
de cet organe. Pasteurella multocida peut aussi être obligatoire dans la plupart des pays. Les autorités
localisée sur la crête et les caroncules et donner un responsables de la santé animale doivent être aver-
aspect ené et œdémateux. ties dès son identication.
 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire
7
Calogero Terregino et llaria Capua

7.1 Isolement du virus de l’influenza Les organes peuvent être groupés en fonction de
aviaire l’appareil auquel ils appartiennent.
• Homogénéiser l’échantillon à l’aide d’un mortier,
7.1.1 Gestion et préparation en y ajoutant du sable de silice stérile.
des échantillons • Ajouter 9 mL de PBS contenant des antibiotiques.
• Faire décanter l’homogénat dans un tube à essai
Attribuer un numéro d’identication à l’échantillon, de 15 mL. Laisser incuber à 4 °C pendant une nuit.
dès son arrivée au laboratoire. Au cas où l’inoculation des œufs ne pourrait être
Remplir une che technique en y indiquant le effectuée le lendemain, conserver l’échantillon à
numéro de l’échantillon, le type d’échantillon, l’es- –80 °C jusqu’à la date prévue pour le test.
pèce, les analyses à effectuer et la date à laquelle les • Centrifuger l’échantillon à 1 000 g pendant 10 min.
analyses vont commencer. • Utiliser le surnageant pour inoculer les œufs de
Cette che doit être préparée et tenue par le tech- poule embryonnés.
nicien qui effectue les tests.

7.2 Isolement viral

[Link] Écouvillons
Le virus est isolé selon le protocole de l’OIE et en
• Sous une hotte à ux laminaire et en conditions conformité avec les normes européennes (Manuel de
stériles, prélever 2 mL de PBS contenant des anti- l’OIE 2008, EC 94/2005).
biotiques à partir du tube où les écouvillons avaient
été immergés et les transférer dans un autre tube.
• Pour les écouvillons fortement contaminés, ajou- 7.2.1 Protocoles
ter 2 mL d’antibiotiques pour obtenir une dilution
nale de 1/2. 1. Mirer les œufs de poule EOPS embryonnés âgés
• Centrifuger l’échantillon à 1 000 g pendant 10 min de 9 à 11 jours an de vérier leur viabilité.
pour éliminer les grosses particules. Repérer la chambre à air en traçant un trait sur la
• Utiliser le surnageant pour inoculer des œufs de coquille à l’aide d’un stylo. Percer un petit ori-
poule embryonnés exempts d’organismes patho- ce juste au-dessus de la chambre à air, à l’aide
gènes spéciques (EOPS). d’un appareil manuel ou électrique (Fig. 7.1).
• Conserver l’échantillon à 4 °C jusqu’au lendemain 2. Noter sur cinq œufs le numéro d’identication
ou à –80 °C si le stockage doit être plus long. de l’échantillon, le numéro de passage (1er ou
2e), le type d’échantillon (poumon, écouvillons
cloacaux, etc.) et la date d’inoculation.
[Link] Organes 3. Inoculer 0,1-0,2 mL de surnageant clarié
obtenu à partir des écouvillons cloacaux ou de
• Dégeler les organes à température ambiante ou à 4 °C. l’homogénat d’organe, dans la cavité allantoï-
• Sous une hotte à ux laminaire, prélever un échan- dienne de chacun des cinq œufs de poule EOPS
tillon de 1 cm3 à l’aide de pinces et de ciseaux stériles. embryonnés âgés de 9 à 11 jours (Fig. 7.2 a-d).

79
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
80 C. Terregino et I. Capua

4. Sceller les œufs avec de la colle ou de la cire (Fig. 7.3).

5. Laisser incuber les œufs inoculés à 37 °C pen-
dant 7 jours.
6. Mirer quotidiennement les œufs inoculés an de
contrôler leur viabilité.
7. Pour chaque échantillon, le nombre d’œufs morts doit
être noté quotidiennement dans le registre du laboratoire.
8. Tester l’activité hémagglutinante (HA) du liquide
allantoïdien des œufs contenant des embryons
morts, comme indiqué ci-dessous (Fig. 7.4).
9. Si une activité HA est détectée, procéder à l’iden-
tication des agents hémagglutinants à l’aide d’un
test d’inhibition de l’hémagglutination (IHA),
comme indiqué ci-dessous.
10. Après 7 jours, mettre les œufs restants au frais Fig. 7.1 Perforation d’œufs exempts d’agents pathogènes spé-
dans un réfrigérateur (4 °C) pour mettre n au ciques (EOPS) et destinés aux tentatives d’isolement viral.
premier passage.

a b

c d

Fig. 7.2 a-d (a) Inoculation d’œufs EOPS destinés aux tentatives d’isolement viral. (b) Aiguille introduite dans la cavité
allantoïdienne, au-dessus de la limite de la chambre à air (trait noir horizontal sur la coquille). (c) Œuf de poule embryonné :
inoculation par voie allantoïdienne. (Avec l’aimable autorisation d’Amelio Meini.) (d) Schéma anatomique d’un œuf de
poule embryonné après 9-10 jours d’incubation. (Avec l’aimable autorisation d’Amelio Meini.)
7 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire 81

11. Le lendemain, ouvrir les œufs sous hotte à ux lami- passage sur œufs embryonnés, comme indiqué ci-dessus.
naire, en employant des techniques stériles. 14. La mortalité après 24 heures des œufs inoculés est
Récolter environ 5 mL de liquide allantoïdien. généralement considérée non spécique, bien que cer-
12. Tester l’activité HA du liquide allantoïdien par un « test tains virus IAHP provoquent une mortalité de l’em-
HA rapide », comme indiqué ci-dessous. bryon dès 18 heures post-infection.
13. Si aucune activité HA n’est détectée après le premier 15. Si aucune activité HA n’est décelée après deux pas-
passage aveugle, utiliser le liquide allantoïdien non dilué, sages sur œufs, l’échantillon est considéré négatif.
récolté à partir de ce passage, pour effectuer un second 16. Lorsque l’activité HA est détectée, la présence de bac-
téries doit être exclue par culture.
17. Si des bactéries sont présentes, les liquides doivent être
passés dans un ltre à membrane pourvu de pores de
450 nm, additionnés d’un complément d’antibiotiques,
puis inoculés dans des œufs embryonnés, comme indi-
qué ci-dessus.
18. Un échantillon donnant un résultat positif lors du test
HA rapide doit faire l’objet d’analyses plus poussées.
Ces tests incluent le titrage de l’activité HA.
Cette méthode permet la conrmation et l’évalua-
tion de l’activité HA, conditions préalables à l’iden-
tication de l’agent hémagglutinant par le test IHA.
Si un laboratoire n’est pas en mesure d’effectuer
le test IHA, le liquide allantoïdien hémagglutinant
Fig. 7.3 Scellage d’œufs EOPS destinés aux tentatives doit être expédié à un laboratoire de référence natio-
d’isolement viral. nal ou international an de conrmer le diagnostic.

a b

c d

Fig. 7.4 a-d Réaction d’hémagglutination rapide. Temps d’incubation : 5 s (a), 10 s (b) 20 s (c) et 30 s (d).
82 C. Terregino et I. Capua

7.2.2 Test d’hémagglutination sur boîte 3. Utiliser une micropipette multicanaux pour
de Pétri (test HA rapide) effectuer des dilutions au demi de la suspension
virale (de 1/2 à 1/4096), sur l’ensemble de la
Cette méthode est basée sur la réaction entre l’ac- plaque. Jeter les 0,025 mL restants.
tivité HA du virus et les globules rouges (GR). Si 4. Distribuer 0,025 mL de PBS dans chaque puits.
la multiplication virale a bien eu lieu dans les œufs 5. Distribuer 0,025 mL de GR à 1 % dans chaque puits.
de poule EOPS embryonnés, le liquide allantoïdien 6. Mélanger en tapotant doucement la plaque et la pla-
contiendra des particules virales présentant une acti- cer à 4 °C ou à température ambiante (20-24 °C).
vité HA. Cette activité peut être mise en évidence 7. Les plaques sont lues au bout de 30 min (à tem-
par l’ajout d’une goutte de liquide allantoïdien à une pérature ambiante) ou 40 min (à 4 °C), lorsque
goutte de suspension de GR ; il se produit une réac- les GR témoins ont sédimenté en formant une
tion visible à l’œil nu. pastille nette. Si l’activité HA est présente, elle
1. Placer une goutte de liquide allantoïdien sur une apparaîtra sous forme d’une ne couche de
boîte de Pétri et ajouter une quantité équivalente globules rouges tapissant le fond du puits. En
de suspension de GR à 1 %. l’absence d’activité HA, les globules rouges
2. Laisser se mélanger les deux liquides. se déposent au centre du puits en formant une
3. Attendre 30-60 secondes et rechercher la pré- pastille. Les échantillons sont lus en inclinant
sence d’amas de GR (Fig. 7.4 a-d). la plaque perpendiculairement à la paillasse,
c’est-à-dire en la tenant verticalement, sur un
fond blanc et en observant la présence ou l’ab-
7.2.3 Caractérisation des virus sence d’une coulée de GR en forme de larme
de l’influenza aviaire (Fig. 7.5).
Les puits contenant une activité HA ne présente-
[Link] Test d’hémagglutination sur microplaque ront pas de coulée. Dans les puits ne contenant pas
(test de micro-neutralisation) d’activité HA, les globules rouges s’écouleront à la
même vitesse que dans les puits témoins contenant
1. Distribuer 0,025 mL de PBS dans chacun des puits uniquement des GR et du PBS.
d’une microplaque en plastique (puits à fond en V). Le titre HA de la suspension virale étudiée cor-
2. Déposer 0,025 mL de la suspension virale (c’est-à- respond à la dilution virale la plus élevée provo-
dire du liquide allantoïdien) dans le premier puits. quant l’hémagglutination (absence de coulée).

Fig. 7.5 Réaction d’hémag-

glutination sur microplaque.
7 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire 83

Cette dilution est dénie comme contenant une dans les premiers puits de la première colonne
unité d’hémagglutination (UHA). Une solution de la plaque (A1-G1) et utiliser la dernière ran-
titrée à 4 UHA, c’est-à-dire contenant quatre fois gée (H) pour le titrage des 4 UHA et pour les GR
cette concentration virale, est généralement utilisée témoins (Fig. 7.6).
pour effectuer le test IHA permettant de dénir le 3. Utiliser une micropipette multicanaux pour effectuer
sous-type viral. Par exemple : si le titre HA obtenu des dilutions au demi de tous les sérums sur l’en-
est 1/512 (1 UHA), on obtient 4 UHA en divisant semble de la plaque et éliminer les 0,025 ml restants.
ce titre par 4 (512 : 4 = 128). Une dilution 1/128 4. Ajouter 0,025 mL de liquide allantoïdien dilué à
du liquide allantoïdien hémagglutinant sera utilisée 4 UHA, dans chaque puits situé entre les rangées A et G.
pour la préparation de la solution antigénique desti- 5. Dans les deux premiers puits de la dernière ran-
née au test IHA. An de déterminer avec exactitude gée (titre viral témoin égal à 4 UHA : H1-H6) de
la teneur en hémagglutinine, cette étape doit être chaque plaque, distribuer 0,025 mL de liquide
effectuée à partir d’une fourchette étroite de dilu- allantoïdien dilué à 4 UHA et faire des dilutions
tions initiales, c’est-à-dire 1/3, 1/5, 1/6 etc. au demi entre le deuxième et le sixième puits
(H2-H6). Éliminer les 0,025 mL restants.
6. Ajouter 0,025 mL de PBS dans tous les puits
[Link] Test d’inhibition de l’hémagglutination contenant le virus témoin et 0,5 mL de PBS dans
(test IHA) les puits contenant les GR témoins (H7-H12).
7. Mélanger en tapotant doucement la plaque et la
Cette méthode est basée sur la réaction entre le virus placer à +4°C pendant 40 min ou à température
et un antisérum spécique. Lorsque l’antisérum réa- ambiante pendant 30 min.
git avec le virus, il se lie aux déterminants antigé- 8. Ajouter 0,025 mL de GR à 1 % dans tous les puits.
niques responsables de l’hémagglutination ; ces der- 9. Mélanger en tapotant doucement la plaque et la
niers ne seront donc pas disponibles pour se lier aux placer à 4 °C ou à température ambiante. Les
globules rouges. Si l’antisérum n’est pas spécique plaques sont lues après 30-40 min, lorsque les GR
du virus, l’hémagglutination indiquera la non-iden- témoins ont sédimenté. Cette étape est réalisée en
tité entre les deux réactifs. maintenant la plaque perpendiculairement à la
paillasse, c’est-à-dire en la tenant verticalement
sur un fond blanc et en observant la présence
Préparation des réactifs d’une coulée en forme de larme s’écoulant à la
même vitesse que celle des puits témoins conte-
• Antisérum de référence : reconstituer un acon nant des GR.
de sérum lyophilisé en y ajoutant 1 mL d’eau
distillée stérile ou selon les instructions du fabri-
cant. Préparer 16 antisérums dirigés contre tous Résultats
les sous-types connus d’IA ainsi qu’un antisérum
dirigé contre le virus de la maladie de Newcastle L’hémagglutination doit être observée dans les trois
(MN). Les antisérums reconstitués et n’ayant pas premiers puits témoins (H1-H3) à 4 UHA. Le qua-
été utilisés peuvent être divisés en fractions ali- trième puits doit présenter une hémagglutination
quotes qui seront conservées à –20 °C. partielle (soit une demi-goutte en forme de larme)
• Virus faisant l’objet de la caractérisation : pré- et les puits H5 et H6 ne doivent comporter aucune
parer la suspension virale à partir de 4 UHA, hémagglutination. Les puits H1-H6 contiennent res-
comme indiqué ci-dessus. pectivement 4 UHA, 2 UHA, 1 UHA, 0,5 UHA,
0,25 UHA et 0,125 UHA.
Le virus est identié par correspondance avec
Protocole l’antisérum de référence qui inhibe son activité
hémagglutinante. S’il y a identité, le titre de l’an-
1. Distribuer 0,025 mL de PBS dans tous les puits tisérum de référence contenant le virus étudié doit
d’une microplaque de plastique comportant des être égal à (ou ±) 1 dilution du titre obtenu avec un
puits à fond en V, sauf le premier puits de la ran- antigène homologue (Ag) (voir Fig. 7.6).
gée témoin (généralement H1-H6) à 4 UHA. Le témoin à 4 UHA permet de s’assurer qu’une
2.D époser 0,025 mL de chaque antisérum de référence quantité adéquate d’antigène a été utilisée pour le test.
84 C. Terregino et I. Capua

être lus par colorimétrie, à l’aide d’un spectrophoto-

mètre ; la lecture optique est proportionnelle à l’ac-
tivité neuraminidase de la préparation initiale. Seul
l’antisérum dirigé spéciquement contre le sous-type
de neuraminidase du virus en cours de caractérisation
inhibera l’activité enzymatique.
En pratique, si l’antisérum n’est pas spécique
de la neuraminidase, l’activité enzymatique est
maintenue et il y a apparition d’une couleur rose.
Si l’antisérum se lie spéciquement à la neuramini-
dase, l’activité enzymatique est inhibée et le chro-
mophore reste blanc (incolore).
Ce test ne doit être effectué qu’après avoir déter-
miné le sous-type HA du virus.

Sécurité

Le test IN libère des composés toxiques lors de l’im-

mersion des tubes à essai dans l’eau bouillante. Cette
étape doit donc être réalisée sous hotte aspirante et les
laborantins doivent porter un masque de protection.

Fig. 7.6 Typage du virus de l’inuenza aviaire par le test

d’inhibition de l’hémagglutination. La souche a été identiée Équipement
comme appartenant au sous-type H5. Elle présente de faibles
réactions croisées avec les antisérums H2 et H9. CV témoin • Pipettes de 100 à 300 L
contenant 4 unités HA ; CG GR témoins. • Hotte à ux laminaire
• Incubateur à 37 ± 2 °C
• Bain-marie à 56-100 °C
[Link] Test d’inhibition de la neuraminidase • Spectrophotomètre (549 nm) (facultatif)
• Tubes à essai en plastique de 12 3 75 mm
Le test d’inhibition de la neuraminidase (IN) est • Tubes à essai en verre de 16 3 100 mm
réalisé en laboratoire et permet de caractériser le • Seringues
sous-type neuraminidase des virus de l’inuenza. • Bouchons en caoutchouc
Le test est basé sur la réaction entre le sous-type • Portoir à pipettes
viral inconnu et l’antisérum monovalent capable • Pipettes de 10 mL
d’inhiber l’activité enzymatique de la neuramini-
dase. Neuf sous-types différents de neuraminidase
d’inuenza A sont connus (N1-N9) ; ils ont tous été Réactifs pour le test d’inhibition de la neuraminidase
associés à des isolats obtenus à partir d’oiseaux.
Cette méthode complexe est basée sur l’inhibition • Antisérums dirigés contre chacun des neuf différents
de l’activité de la protéine neuraminidase en présence sous-types de neuraminidase. Les antisérums doivent
d’antisérums monovalents dirigés contre chaque sous- être conservés à –20 °C
type de neuraminidase. L’activité enzymatique de la • Fétuine standard
neuraminidase est détectée par la libération d’acide • PBS 0,1 M (pH 5,9)
N-acétyl neuraminique à partir du substrat fétuine. Par • Périodate de sodium 0,025 M dans 0,125 mL de NH2 SO4
la suite, l’addition d’ions périodates entraîne l’oxy- • Arsénite de sodium (NaAsO2) à 2 % dans du HCl à 0,5 N
dation de l’acide N-acétyl neuraminique en acide • ATB 0,1 M (pH 9,0)
-formyl pyruvique, alors que l’addition d’acide thio- • Mélange butanol-HCl à 5 %, 10 N (facultatif)
barbiturique (ATB) produit un chromophore qui peut • Les instructions relatives à la préparation de ces
être extrait par du butanol acide. Les résultats peuvent solutions sont fournies dans l’Annexe 4.
7 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire 85

Protocole une coloration brune qui disparaît ensuite. À

ce stade, il est possible d’arrêter le test et de
1. S’approvisionner en antisérums pour chacun des conserver les tubes à 4 °C.
différents sous-types de neuraminidase (9 en tout). 14. Ajouter 2 mL d’ATB dans chaque tube. Agiter
L’hémagglutinine des sérums doit être différente les tubes avec précaution pendant 20 s, an de
de celle des virus testés. Exemple : si le virus étu- mélanger les réactifs.
dié est H7, il faut choisir les antisérums H1NI, 15. Enlever le bouchon et immerger partiellement les tubes
H1N2, H5N3, H8N4, etc. Ne pas sélectionner des dans de l’eau bouillante (100 °C) pendant 7,5 min.
antisérums dirigés contre les virus H7.
2. Diluer les antisérums à 1/5 dans du PBS (pH 5,9).
3. Si le titre HA est > 1/64, diluer le virus à 1/5 dans Résultats
du PBS (pH 5,9) ; si le titre HA est  1/64, diluer
le virus à 1/13. Tubes contenant une solution de couleur rose = pas
4. Préparer les antisérums et l’échantillon comme d’inhibition. L’antisérum utilisé n’est pas spécique
indiqué dans le protocole ci-dessous. de la neuraminidase.

V virus témoin, N sous-type de neuraminidase, B blanc (réaction témoin)

5. Distribuer 100 mL de dilution d’antisérum dans cha- Tubes contenant une solution incolore ou de cou-
cun des tubes à essai en verre (antisérum anti-N1 dans leur blanche par rapport au tube contenant le virus
le tube N1, antisérum anti-N2 dans le tube N2, etc.). = inhibition totale. L’antisérum utilisé est spécique
6. Ajouter 100 mL de dilution virale dans tous les de la neuraminidase.
tubes sauf le tube B (blanc). Par exemple, si l’on obtient une solution blanche/
7. Ajouter 100 mL de PBS (pH 5,9) dans le tube V incolore avec l’antisérum dirigé contre N2, alors la
(virus témoin) et 200 mL dans le tube B (réaction neuraminidase est de type N2 (Fig. 7.7).
témoin).
8. Fermer hermétiquement chaque tube à l’aide de
son bouchon et laisser incuber les tubes fermés à
température ambiante pendant 30 min.
9. Ajouter 300 mL de fétuine standard dans chaque
tube. Agiter les tubes avec précaution pendant 15 s,
an de mélanger les réactifs.
10. Fermer hermétiquement le tube à l’aide de son bou-
chon et laisser incuber à 37 °C pendant 16-20 h.
11. Ajouter 200 mL de périodate de sodium dans
chaque tube. Agiter les tubes avec précaution pen-
dant 15 s, an de mélanger les réactifs.
12. Fermer hermétiquement chaque tube à l’aide de son
bouchon et laisser incuber à 37 °C pendant 30 min.
13. Ajouter 200 mL d’arsénite de sodium dans Fig. 7.7 Typage du virus de l’inuenza aviaire par le test d’in-
chaque tube. Agiter les tubes avec précau- hibition de la neuraminidase. La souche a été identiée comme
tion an de mélanger les réactifs. Il se forme appartenant au sous-type N2 (cercle rouge).
86 C. Terregino et I. Capua

[Link] Test de pathogénicité in vivo pendant dix jours. Au cours de chaque obser-
vation, une note est attribuée à chaque oiseau :
Le test de l’index de pathogénicité par voie intravei- 0 pour un oiseau normal, 1 si l’oiseau est malade,
neuse (IPIV) permet d’évaluer la virulence chez les 2 s’il est gravement malade et 3 lorsqu’il est mort.
poulets des virus inuenza A isolés à partir d’oiseaux. La décision de juger l’oiseau « malade » ou « grave-
ment malade » est une évaluation clinique subjective.
Habituellement, les oiseaux « malades » présentent
Réactifs et équipements l’un des signes suivants et les oiseaux « gravement
malades » au moins deux des signes suivants :
• Liquide allantoïdien contenant le virus à évaluer. • atteinte respiratoire ;
• Solution saline isotonique stérile • abattement ;
• 10 poulets EOPS ou indemnes d’anticorps spé- • diarrhée ;
ci ques (SAN, pour speci c antibody negative) • cyanose des parties cutanées exposées et des
âgés de 6 semaines caroncules ;
• Seringues de 1 mL • œdème facial et/ou de la tête ;
• Tubes à essai, coton • signes cliniques neurologiques.
• Locaux connés sous pression négative Les oiseaux morts doivent continuer à être notés 3
• Nourriture, litière et eau potable lors des observations quotidiennes suivantes. Pour le
• Sacs jetables bien-être des animaux, les oiseaux qui sont trop malades
pour manger ou boire doivent être sacriés humaine-
ment et être notés 3 lors de l’examen suivant, puisque
Protocole la mort serait survenue 24 heures plus tard, en l’ab-
sence d’intervention. Cette démarche est acceptée par
1. À l’aide d’une solution saline isotonique stérile, les autorités d’accréditation.
diluer à 1/10 du liquide allantoïdien infectieux frais L’IPIV est la note moyenne par oiseau et par observa-
de titre HA > 1/16. Le liquide doit avoir subi le tion sur un intervalle de dix jours. Un index 3,00 signie
moins de passages possibles et provenir de préfé- que tous les oiseaux sont morts dans les 24 heures. Un
rence de la solution initiale, sans sélection préalable. index 0,00 signie qu’aucun oiseau n’a présenté de signes
2. Injecter 0,1 mL de la dilution virale par voie intra- cliniques pendant la période d’observation de dix jours.
veineuse, dans chacun des dix poulets EOPS ou Une méthode simple d’enregistrement des
SAN âgés de six semaines. résultats et de calcul des index est présentée dans
3. Les oiseaux sont observés toutes les 24 heures l’exemple suivant :

Signes Nombre de jours après l’inoculation Nombre total

cliniques Nombre de poulets présentant des signes spéciques de points
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
État 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 3 0 = 0
normal
Malade 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 631 = 6
Gravement 0 2 4 2 0 0 0 0 0 0 832 = 16
malade
Mort 0 2 6 8 10 10 10 10 10 10 76 3 3 = 228
TOTAL = 250/100
IPIV = 2,50

10 oiseaux observés pendant 10 jours = 100 observations

Index = Note moyenne par oiseau et par observation = 250/100 = 2,50.
Tout virus inuenza A obtenant un IPIV > 1,2 est considéré comme étant un virus aviaire hautement pathogène (IAHP),
indépendamment du sous-type auquel il appartient.
Données provenant de la décision de la Commission du 4 août 2006 portant approbation d’un manuel de diagnostic pour
l’inuenza aviaire conformément à la directive 2005/94/CE du Conseil 2005/94/CE (2006). Journal Of ciel des Commu-
nautés européennes L 237/1-27.
7 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire 87

7.3 Sérologie contre les protéines virales M ou NP. Ces antigènes sont
présents chez tous les virus inuenza de type A, indé-
7.3.1 Introduction pendamment du sous-type H ou N auquel ils appartien-
nent. La positivité sérologique à ces tests indique que les
Les oiseaux sauvages et domestiques, ayant été infec- oiseaux ont été en contact avec un virus inuenza de type
tés naturellement par les virus IA ou vaccinés contre A. Mais aucune information ne peut être déduite quant
ces derniers, produisent des anticorps détectables au sous-type de l’IA responsable de la séroconversion.
par des tests sérologiques. La réponse immunitaire Remarque : chez les oiseaux aquatiques (sauvages
des oiseaux envers les virus IA est dirigée contre les et domestiques), la positivité sérologique envers le
protéines immunogènes du virus. L’infection natu- type A est une constatation fréquente.
relle par les virus IA entraîne la production d’anti-
corps spéciques à la fois du type (c’est-à-dire dirigés
contre les antigènes appartenant au type A tels que la Test d’immunodiffusion en gélose (IDG).
protéine de matrice (M) et la nucléoprotéine) et au
sous-type (dirigés contre les protéines HA et N). La Ce test est simple et efcace pour les sérums de poulet et
mise en place d’un protocole de diagnostic est donc de dinde. Il est très spécique mais a une sensibilité limi-
indispensable, tout en gardant à l’esprit l’importance tée. Il doit donc être utilisé en tant qu’outil de diagnostic
diagnostique du résultat. Les tests permettant de à l’échelle du lot. Il peut être effectué dans n’importe
détecter des anticorps dirigés contre les antigènes de quel laboratoire comportant un équipement de base.
type A sont spéciques d’un groupe, c’est-à-dire que Il n’est absolument pas able chez les oiseaux
la détection de ces anticorps indique que l’oiseau a été aquatiques car ces oiseaux ne produisent pas d’anti-
infecté (ou vacciné) par un virus inuenza de type A corps précipitants. Il n’a pas été validé pour d’autres
appartenant à n’importe quel sous-type. Ces tests sont espèces aviaires.
l’immuno-diffusion en gélose (IDG) et les méthodes
immuno-enzymatiques (ELISA pour enzyme-linked
immunosorbent assay), tous deux dirigés contre les Méthodes immuno-enzymatiques (ELISA)
protéines NP et/ou M.
Les anticorps spéciques aux sous-types sont Ce test nécessite des équipements de laboratoires plus
détectés par le test IHA et indiquent que l’infection sophistiqués, dont un spectrophotomètre. Il a une sen-
(ou la vaccination) a eu lieu en présence d’un virus sibilité élevée mais manque de spécicité. Les tests
appartenant à un sous-type H spécique. Le test IHA ELISA dits indirects nécessitent un soin particulier
ne donne aucune indication du sous-type N auquel an de s’assurer que l’anticorps secondaire du test
appartient le virus responsable de la réponse immuni- (anti-espèce) soit bien dirigé contre l’espèce étudiée.
taire, puisque les anticorps évalués par ce test ciblent Les tests ELISA compétitifs présentent l’avantage de
uniquement l’hémagglutinine. permettre l’examen de sérum provenant de n’importe
Le diagnostic sérologique de l’IA s’effectue géné- quelle espèce. Il est nécessaire de suivre les instruc-
ralement en deux étapes, à moins que le sous-type cir- tions fournies par le fabricant du test et il faut éviter
culant dans une région donnée ne soit déjà connu. La d’émettre des hypothèses quant à la réactivité du test
première étape a pour objectif la détection d’anticorps envers d’autres espèces que celles mentionnées dans
dirigés contre tout virus IA. Elle est réalisée à l’aide les spécications du kit.
des tests IDG ou ELISA. La deuxième étape est effec-
tuée sur des échantillons qui se sont révélés positifs
lors de la première étape. Elle permet de déterminer le [Link] Étape 2 : détection d’anticorps spécifiques
sous-type viral responsable de l’infection. d’un sous-type donné (sous-type H)

Ce test est utilisé chez les oiseaux dont on sait qu’ils

[Link] Étape 1 : détection des anticorps dirigés ont été infectés par le virus IA, soit suite à la positivité
contre l’antigène de groupe (du type A) du test sérologique dirigé contre le groupe (antigène
de type A), soit d’après les antécédents cliniques. Le
Ces tests permettent de détecter les anticorps diri- test permet d’identier le sous-type d’hémaggluti-
gés contre l’antigène de groupe des virus inuenza nine du virus responsable de la séropositivité. Le test
de type A. La réaction anticorps-antigène est dirigée IHA est utilisé à cette n. Il peut présenter une faible
88 C. Terregino et I. Capua

réactivité croisée envers d’autres sous-types H, due 2. Ajouter 1,25 g d’agar noble et mélanger doucement.
à l’homologie avec l’antigène de la neuraminidase. 3. Faire fondre l’agar en immergeant le acon dans
Cette réactivité croisée est généralement inférieure un bain-marie bouillant, jusqu’à ce que l’agar
à 1/16 (24) et disparaît en présence d’un autre anti- soit complètement dissous.
gène contenant un sous-type différent de neurami- 4. Transférer 15 mL de la solution d’agar dans cha-
nidase. Par exemple : un échantillon de sérum est cune des boîtes de Pétri de 90 mm.
positif pour H9N2 lorsque le titre est de 1/256 (28). 5. Laisser reposer les boîtes ouvertes an que
S’il est testé contre l’antigène H5N2, une inhibition l’agar refroidisse à température ambiante.
positive est observée à 1/8 (23). S’il est testé contre 6. Étiqueter la pile de boîtes d’agar en notant la
l’antigène H5N9, l’échantillon sera négatif. date de fabrication sur chaque couvercle et fer-
mer hermétiquement les boîtes dans un sac en
plastique hermétique. Les boîtes d’agar peu-
7.3.2 Test d’immunodiffusion en gélose (IDG) vent être conservées à l’envers (pour éviter la
condensation de gouttelettes d’eau à l’intérieur
Ce test est utilisé couramment et régulièrement des couvercles) à 4 °C et jusqu’à 15 jours.
pour détecter la présence d’anticorps dirigés contre
le virus inuenza de type A dans les sérums d’oi-
seaux. Étant très spécique mais de sensibilité [Link] Protocole du test
limitée, il est utilisé en tant qu’outil de diagnostic
à l’échelle du lot. Les anticorps dirigés contre les 1. Noter les numéros d’identication des échan-
virus de l’inuenza A sont détectés par l’apparition tillons sur les boîtes.
de lignes de précipitation produites par la formation 2. Creuser des puits dans l’agar à l’aide d’un
du complexe immun qui s’établit entre les anticorps emporte-pièce comme l’indiquent les gures
contenus dans les antisérums et l’antigène de réfé- 7.8 et 7.9. Enlever les morceaux d’agar à l’aide
rence. d’une pointe en acier ou d’une pipette Pasteur
reliée à une pompe à vide.
3. Placer 30 L d’antigène dans le puits central.
[Link] Préparation des boîtes d’agar 4. Ajouter 30 L d’antisérum positif (S+) dans deux
puits diamétralement opposés (Fig. 7.8, 7.9).
1. Dissoudre 8 g de NaCl dans 100 mL d’eau dis- 5. Placer 30 L du sérum à examiner (SE) dans
tillée, dans un acon jaugé. chacun des puits restants. La disposition des

Fig. 7.8 Test de précipitation en gélose. Ag antigène de Fig. 7.9 Test de précipitation en gélose : Ag antigène de
référence, S+ sérum positif, SE sérum étudié. référence, S+ sérum positif, SE sérum étudié.
7 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire 89

réactifs assure que chaque SE est adjacent à un est inhibée. Ce phénomène peut être visualisé par
puits contenant un sérum positif S+ et à un autre l’ajout d’une suspension de GR dans le puits. Ces
puits contenant l’antigène. derniers sédimentent en formant une pastille.
6. Laisser incuber les boîtes dans une chambre Le test IHA étant à la fois qualitatif et quantitatif,
humide et à température ambiante, pendant il nécessite l’utilisation d’une quantité d’antigène
48 h. déterminée correspondant, dans la plupart des cas,
à 4 unités HA.

[Link] Interprétation des résultats

[Link] Préparation des suspensions de GR
1. Quarante-huit heures après l’incubation, lire les destinés aux tests HA et IHA
boîtes en les plaçant au-dessus d’une source de
lumière diffuse. Les tests réalisés sur les sérums de poulets requiè-
2. Le test est valable lorsqu’une ligne de précipi- rent une suspension de GR à 1 % alors que le pré-
tation est observée entre les puits contenant le traitement des sérums provenant d’espèces autres
sérum positif et le puits central contenant l’anti- que les poulets nécessite une suspension de GR
gène (Figs. 7.8, 7.9). à 10 %. Des réactions non spéciques peuvent
3. L’échantillon est positif lorsqu’une ligne de pré- se produire au cours du test IHA. Elles sont dues
cipitation est observée entre le puits contenant le à la présence d’hémagglutinine non spécique
sérum à tester et le puits central contenant l’anti- dans le sérum des espèces autres que les poulets.
gène. La ligne doit prolonger celle formée entre Pour éviter ces réactions, les sérums ne provenant
le sérum positif et l’antigène (c’est-à-dire mon- pas de poulets sont prétraités avec des globules
trer une identité avec cette dernière). rouges de poulets an d’éliminer l’hémaggluti-
4. L’échantillon est négatif en l’absence d’une nine non spécique.
ligne de précipitation entre le puits contenant le
SE et le puits central contenant l’antigène.
Protocole

7.3.3 Méthodes immuno-enzymatiques 1. Collecter 5 mL de sang à partir d’au moins trois

(ELISA) permettant la détection poulets EOPS, à l’aide d’une seringue contenant
d’anticorps dirigés contre le virus sufsamment de solution d’Alsever pour obtenir
de l’influenza aviaire de type A une proportion 1/1.
2. Rassembler les contenus des seringues et cen-
Le test ELISA est un test sensible qui peut être uti- trifuger la suspension de sang à 1 000 g pen-
lisé dans les dépistages sérologiques. Une variété de dant 10 min. Éliminer la solution d’Alsever ou
kits différents est maintenant disponible sur le mar- le surnageant.
ché, ce qui permet de détecter la présence d’anti- 3. Laver les GR deux fois dans du PBS en les
corps spéciques dirigés contre les protéines NP et centrifugeant à 1 000 g pendant 10 min après
M des virus IA. Les instructions du fabricant du kit chaque lavage.
doivent être suivies à la lettre. 4. Le surnageant est enlevé à la pipette et le culot
de globules rouges est utilisé pour préparer une
suspension de concentration appropriée pour un
7.3.4 Détection des sous-types test donné. La suspension peut être conservée à
d’anticorps spécifiques 4 °C pendant sept jours.
à l’aide du test d’inhibition Suspension de GR à 10 % : préparer 9 mL de PBS
de l’hémagglutination (IHA) contenant 0,05 % d’albumine bovine et y ajouter
1 mL du culot de globules rouges.
Cette méthode est basée sur la réaction entre un Suspension de GR à 1 % : préparer 99 mL de
virus hémagglutinant et un antisérum contenant des PBS contenant 0,05 % d’albumine bovine et y
anticorps spéciques de ce virus. Lorsque le virus ajouter 1 mL du culot de globules rouges. Le pour-
hémagglutinant est incubé en présence de l’anti- centage correct doit être vérié à l’aide d’une des
corps spécique, l’activité HA naturelle du virus méthodes suivantes.
90 C. Terregino et I. Capua

[Link] Calcul de la concentration en GR 3. Mesurer la hauteur de la colonne de GR en

pourcentage de la colonne de sang totale. Plus la
Méthode spectrophotométrique colonne de GR est haute, plus l’hématocrite et le
pourcentage sont élevés.
Cette méthode permet de calculer la concentration
en GR de manière indirecte, en dosant le taux d’hé-
moglobine de la solution. Cellules de numération
1. Placer deux cuves contenant chacune 3,6 mL
d’eau distillée et 0,4 mL de la suspension des- Peuvent être utilisées les cellules de Thoma, de Bur-
tinée à être lue au spectrophotomètre à une lon- ker ou de Malassez. Pour chacune de ces cellules,
gueur d’onde de 545 nm. 75 à 80 millions de GR/mL correspondent à une
2. Une solution de PBS contenant 0,05 % d’albu- concentration de 1 %.
mine est utilisée comme solution de référence et
sert de blanc.
3. Une suspension de GR à 1 % doit avoir une den- [Link] Test d’inhibition de l’hémagglutination
sité optique (DO) de 0,250 nm +/- 0,010. pour les sérums de poulets

Réactifs
Microhématocrite
• PBS
L’hématocrite peut être mesuré manuellement par • PBS et albumine (PBS/albumine 0,05 %)
centrifugation. • Antigène de référence lyophilisé dilué dans du
1. Remplir de sang un tube capillaire standard à PBS an d’obtenir 4 UHA/0,025 mL
microhématocrite et en fermer hermétiquement • Suspension de GR de poulet (1 %)
l’extrémité inférieure. • Sérum de poulet servant de témoin négatif
2. Centrifuger le tube à 10 000 rpm pendant 5 min. • Sérum de poulet servant de témoin positif
Les globules rouges étant les éléments les plus • Remarque : les sérums de référence reconstitués
lourds, ils sont concentrés au fond du tube. doivent être conservés à –20 °C et les antigènes
de référence reconstitués, à –80 °C.

Fig. 7.10 Test d’inhibi-

tion de l’hémagglutina-
tion. A1-A5 sérums tests,
S- sérum négatif, S+ sérum
positif ; la dernière rangée
correspond au témoin à
4 unités HA (KV) et les six
derniers puits contiennent
les GR témoins (KRBCS).
7 Diagnostic conventionnel de l’influenza aviaire 91

Fig. 7.11 Test d’inhibition de l’hé-

magglutination. A1-A5 sérums tests,
S- sérum négatif, S+ sérum positif ;
la dernière rangée correspond au
témoin à 4 unités HA (KV) et les six
derniers puits contiennent les GR
témoins (KRBCS). Même plaque que
celle de la gure 7.10, en position
inclinée.

Protocole 9. Mélanger en tapotant doucement. Mettre la plaque

à incuber à 4 °C pendant 40 min ou à température
1. Distribuer 0,025 mL de PBS dans tous les puits ambiante pendant 30 min.
d’une microplaque de plastique, à l’exception 10. Lire les plaques après 30-40 min, lorsque les GR
du puits destiné à l’IHA. témoins ont sédimenté. Cette étape est réalisée
2. Distribuer 0,025 mL de sérum dans les premiers en maintenant la plaque en position verticale et
puits de la microplaque (colonne 1). Ajouter au puits en notant la présence ou l’absence de coulée de
F1, 0,025 mL de sérum témoin positif (dont le titre globules rouges en forme de larme, s’écoulant
IHA est connu) et ajouter 0,025 mL de sérum témoin à la même vitesse que dans les puits contenant
négatif au puits G1. Idéalement, les sérums témoins seulement des globules rouges (0,025 mL) et
sont inclus dans chaque plaque ou chaque lot de dix seulement du PBS (0,05 mL) (Fig. 7.10, 7.11).
plaques. Le témoin à 4 UHA et les GR témoins doi- Le titre IHA correspond à la dilution de sérum la
vent être inclus dans chaque plaque. plus élevée provoquant l’inhibition complète de
3. Utiliser une micropipette multicanaux pour effectuer l’hémagglutination.
des dilutions au demi des sérums, sur l’ensemble de
la plaque (A1-A12). Éliminer les 0,025 mL restants.
4. Ajouter 0,025 mL de la suspension d’antigène à Interprétation des résultats
4 UHA, sur l’ensemble de la plaque, à l’exception
de la rangée H. 1. Le test est valable si :
5. Ajouter 0,025 mL de la suspension à 4 UHA • le titre du sérum témoin négatif est inférieur à 23 ;
dans les deux premiers puits de la rangée H, • le titre du sérum témoin positif correspond au
puis effectuer des dilutions au 1/2 de H2 à H6 titre annoncé ou se situe à une dilution près du
(éliminer les 0,025 mL restants) an d’obtenir 4, titre annoncé ;
2, 1, 0,5, 0,25 et 0,125 UHA. Les puits H1-H6 • l’hémagglutination complète est observée dans les
contiennent le titre témoin à 4 UHA. trois premiers puits (H1-H3) de la rangée témoin à
6. Ajouter 0,025 mL de PBS contenant 0,05 % d’albu- 4 UHA (contenant respectivement 4, 2, et 1 UHA).
mine dans tous les puits de la rangée H. 2. L’échantillon est considéré négatif si le titre IHA est
7. Mélanger en tapotant doucement. Placer la  1/8. Cela signie que le sérum ne contient pas
plaque à 4 °C pendant 40 min ou à température d’anticorps spéciques à ce sous-type de virus IA.
ambiante pendant 30 min. 3. L’échantillon est considéré positif si le titre IHA
8. Ajouter 0,025 mL d’une suspension de GR à 1 % est 1/16. Cela signie que le sérum contient des
dans tous les puits. anticorps spéciques à ce sous-type de virus IA.
92 C. Terregino et I. Capua

[Link] Test d’inhibition de l’hémagglutination 6. Laisser incuber la plaque pendant 30-40 min à
pour les espèces autres que les poulets température ambiante et attendre que la suspen-
sion de globules rouges décante.
Des réactions non spéciques apparaissent souvent 7. Transférer 0,025 mL de surnageant, des puits
avec l’utilisation d’échantillons de sérum provenant de la première colonne vers les puits de la deu-
d’oiseaux autres que les poulets. Les sérums doivent xième colonne.
être prétraités comme indiqué ci-dessous. 8. Transférer encore 0,025 mL de surnageant, des
puits de la première colonne vers les puits de
la troisième colonne. Effectuer des dilutions au
Prétraitement des sérums 1/2 des sérums, de la troisième à la dernière
colonne (12). Éliminer les 0,025 mL restants.
1. Distribuer 0,050 mL de PBS dans les puits de la 9. Les sérums sont à présent prêts à être traités
première colonne de la microplaque (puits A1-E1). de la même façon que les sérums de poulet. La
2. Laisser la deuxième rangée vide (A2-E2). colonne 1 doit être exclue du test.
3. Distribuer 0,025 mL de PBS dans tous les autres Avant de les tester, il est également recommandé
puits de la microplaque. d’inactiver les agents hémagglutinants non-spéci-
4. Ajouter 0,050 mL des sérums à tester dans les ques contenus dans le sérum des gibiers à plumes
premiers puits de la microplaque (colonne 1). (faisans, perdrix, etc.) et dans celui des cailles, des
5. Ajouter 0,050 mL d’une suspension de GR à autruches et des pintades, par un traitement à la cha-
10 % dans les premiers puits (colonne 1). leur dans un bain-marie à 56 °C, pendant 30 min.
 Diagnostic moléculaire de l’influenza
Foreward
aviaire 8
Ilaria
Giovanni Cattoli et Isabella Monne

8.1 Introduction et terminologie d’amorces utilisées, il est possible d’identier le

de base pour les tests de diagnostic type ou le sous-type du virus (type A et sous-types
moléculaire H5 et H7). L’ADNc amplié peut aussi être séquencé
directement, ce qui permet une caractérisation et un
Au cours de la dernière décennie, l’utilisation de pathotypage opportuns du virus identié. L’intro-
méthodes fondées sur la technologie moléculaire duction récente des techniques de RT-PCR en temps
a connu un progrès important ; des tests de labora- réel (rRT-PCR) pour la détection d’ARN IA, ont
toire sont à présent disponibles pour l’identication conduit à une méthode plus rapide, plus sensible et
et la caractérisation des virus de l’inuenza aviaire parfois plus spécique pour la détection du génome
(IA). Ces tests peuvent être utilisés pour la détection viral dans les échantillons cliniques.
directe du génome viral de l’IA à partir d’échantillons
cliniques, ainsi que la production de données concer-
nant les caractéristiques moléculaires d’un isolat ou de 8.2 RT-PCR en une et deux étapes
l’ARN viral présents dans un échantillon prélevé sur un
animal contaminé. Par ailleurs, les dénitions actuelles Les transcriptases inverses requises pour la transcrip-
de l’IA hautement pathogène (IAHP) (CE 2006 ; OIE tion inverse de l’ARN en ADNc sont généralement
2004) sont fondées sur les résultats obtenus par des obtenues à partir de rétrovirus. La RT-PCR peut être
techniques à la fois conventionnelles et moléculaires. effectuée en une ou deux étapes.
Ces dernières font donc partie des méthodes ofcielles Dans le cas de la RT-PCR en deux étapes, la molé-
utilisées pour détecter la présence de facteurs de viru- cule d’ARN est d’abord transcrite en ADNc, à l’aide
lence et pour conrmer la présence de virus IAHP dans d’oligomères aléatoires, d’amorces oligo-dT ou
les échantillons de laboratoire. d’une amorce spécique de la cible. La réaction est
effectuée dans un tube distinct et dans des conditions
distinctes. Une partie aliquote de la réaction RT est
8.1.1 PCR après transcription inverse ensuite ajoutée à la PCR en vue de l’amplication
(RT-PCR) de l’ADNc. Les oligomères aléatoires ou les amorces
oligo-dT permettent la transcription de la totalité de
La plupart des méthodes de détection moléculaire l’ARN présent dans l’échantillon, de telle sorte que la
des virus IA sont fondées sur la transcription inverse même partie aliquote d’ADNc peut être utilisée pour
(RT pour Reverse Transcription) de l’ARN viral en effectuer plusieurs PCR, avec des cibles différentes.
ADN complémentaire (ADNc). L’ADNc est ensuite Dans le cas de la RT-PCR en une étape, la transcrip-
amplié par la réaction d’amplication en chaîne tion inverse et la PCR sont effectuées dans le même
par polymérase (PCR pour Polymerase Chain Reac- tube. Ceci est possible grâce à des conditions particu-
tion). Le processus entier est donc appelé RT-PCR. lières de chimie et du processus cyclique. Dans ce cas,
Les protocoles classiques de RT-PCR peuvent seules des amorces spéciques de la cible sont utilisées,
être appliqués directement sur des échantillons cli- que ce soit pour la RT ou pour la PCR. Cette méthode
niques. Ces protocoles comportent une étape d’am- est plus rapide que la méthode en deux étapes et permet
plication par RT-PCR suivie d’une électropho- de diminuer le nombre de manipulations, ainsi que de
rèse en gel des produits ampliés. Selon les séries minimiser le risque de contamination de l’échantillon.

93
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
94 G. Cattoli et I. Monne

Le tableau ci-dessous (Tableau 8.1) présente un résumé La principale contrainte est le coût relativement
des avantages de chacune de ces méthodes. élevé du kit.
Les méthodes classiques d’extraction manuelle
au phénol et à la guanidine peuvent également être
Tableau 8.1 Avantages des réalisations, en une et deux utilisées pour extraire l’ARN viral. Cette technique
étapes, de la transcription inverse (RT) et de l’amplication peut s’avérer plus efcace pour l’extraction de
en chaîne par polymérase (PCR). l’ARN à partir d’échantillons dont on sait qu’ils pro-
RT-PCR en deux étapes RT-PCR en une étape duisent peu d’ARN, notamment les tissus breux.
Les sels de guanidine sont des inhibiteurs efcaces
PCR multiples à partir d’une Manipulation facile de la RNase. Du reste, les méthodes manuelles sont
seule réaction RT
moins coûteuses que les kits d’extraction prêts à
Flexibilité dans le choix Protocoles rapides l’emploi, bien qu’elles demandent plus de travail et
des amorces destinées à la RT comportent un risque accru de contamination, affec-
Conservation de l’ADNc Bonne reproductibilité tant les applications en aval (telles que la PCR en
à long terme et faible risque temps réel). Les méthodes demandant beaucoup de
de contamination travail sont évidemment moins appropriées au trai-
tement de grandes quantités d’échantillons.
L’extraction d’ARN est une procédure délicate
8.3 Extraction de l’ARN à partir dont le succès inuence les étapes ultérieures du
d’échantillons cliniques diagnostic moléculaire. Les erreurs commises à ce
et de laboratoire stade engendrent des résultats incohérents ou peu
ables (faux négatifs et faux positifs).
Le génome viral de l’inuenza est constitué d’un
ARN simple brin de polarité négative, obtenu à par-
tir d’animaux contaminés, ou par des méthodes de Tableau 8.2 Principales sources de contamination par la RNase
culture en laboratoire. Il peut être extrait de divers Origine Remarques
échantillons animaux (sang, organes, tissus, fèces,
écouvillons, etc.). L’ARN est une molécule instable Rnases endogènes Tout échantillon de tissus contient
des RNases endogènes. Après avoir
et la RNase (l’enzyme dégradant l’ARN) est quasi- été prélevés, les tissus doivent être
ment ubiquitaire (voir Tableau 8.2). Il est important immédiatement conservés dans de
de porter des gants jetables pour manipuler l’ARN l’azote liquide ou dans un milieu
et d’utiliser du matériel jetable, tel que des cônes et de conservation particulier. Au cas
des tubes de réaction certiés exempts de RNase. contraire, ils doivent être immédia-
tement placés dans des solutions
Bien que l’eau distillée soit généralement exempte salines chaotropes (tampons de
de RNase, l’utilisation de DEPC (diéthylpyrocarbo- lyse inclus dans la plupart des kits
nate, voir ci-dessous) ou d’eau exempte de RNase est commerciaux).
également fortement recommandée. On recommande
Surfaces corporelles La peau, la microore bactérienne
par ailleurs l’utilisation de réactifs prêts à l’emploi et les uides corporels tels que la
et exempts de RNase. Pour une conservation à long sueur ont une activité RNase impor-
terme, la congélation à –80 °C dans de l’azote liquide tante. Toujours porter des gants
permet d’empêcher la dégradation des échantillons. durant les activités de laboratoire.
Dans les laboratoires de diagnostic modernes, Surfaces du laboratoire La contamination environnementale
l’ARN est extrait à l’aide de kits disponibles dans par les cellules provenant de la peau
le commerce. Les principaux avantages de ces kits humaine, des bactéries, des cham-
commerciaux sont les suivants : pignons ou des spores de champi-
gnons, entraîne la présence d’une
• utilisation de protocoles standardisés ;
activité RNase sur les paillasses
• débit d’échantillon élevé et possibilité d’automa- ainsi que sur les ustensiles en plas-
tisation du protocole d’extraction ; tique et en verre exposés dans le
• permet de gagner plus de temps et est moins labo- laboratoire. Le matériel traitable
rieux que les protocoles manuels classiques ; peut être nettoyé à l’eau de Javel ou
à l’aide de produits spéciaux dispo-
• utilisation de volumes moins importants ;
nibles dans le commerce.
• pureté des réactifs.
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 95

Cônes et tubes Les cônes et les tubes autoclavés Remarque : Des concentrations élevées en DEPC
peuvent demeurer une source de ou en sous-produits du DEPC peuvent inhiber les réac-
contamination puisque ces enzymes
tions de translation in vitro ou endommager l’ARN.
sont très stables et peuvent réac-
quérir une activité partielle après
un refroidissement à température
ambiante. Toujours utiliser des 8.3.1 Protocoles de précipitation destinés
cônes et des tubes testés et certiés à la purification partielle
exempts de RNase.
et à la concentration de l’ARN
Eaux et tampons L’eau et les tampons, généralement
utilisés pour préparer les solutions
de laboratoire, peuvent constituer
une source de RNase. Traiter la
[Link] Précipitation à l’éthanol (Protocole IZSVe)
solution au DEPC à 0,05-0,1 % ou
utiliser des réactifs certiés exempts
de Rnase. 1. Ajouter 1/10e du volume de NaOAc 3M (pH 5,2)
Le DEPC est un cancérigène poten- à la solution d’acide nucléique que l’on souhaite
tiel. Toujours porter des gants et précipiter.
manipuler le DEPC sous une hotte
aspirante appropriée.
2. Ajouter 2,5 volumes d’éthanol froid à 95 %.
3. Placer à –20 °C pendant au moins 30 minutes.
Conservation de La présence de traces de RNase 4. Centrifuger à 13 000 tpm, à une température de
l’ARN dans les échantillons d’ARN peut + 4 °C et pendant 30 minutes, puis éliminer le
entraîner une dégradation au cours
de la conservation, même à basses surnageant.
températures. La méthode la plus 5. Ajouter de l’éthanol à 70 % (soit environ quatre fois
efcace de conservation à long le volume de l’échantillon initial) et centrifuger à
terme de l’ARN isolé (c’est-à-dire nouveau à 13 000 tpm pendant 10 minutes ; élimi-
plus d’une année à –80 °C) est la ner le surnageant
conservation de l’ARN sous forme
de précipité, dans une solution de 6. Ajouter 50 mL d’éthanol à 100 % (soit environ le
précipité de sels et l’alcool. Autre- même volume que celui de l’échantillon initial) ;
ment, des solutions permettant 7. L’ARN peut alors être récupéré par centrifuga-
de protéger l’ARN au cours de la tion à 13 000 tpm pendant dix minutes. Après la
conservation, sont disponibles dans précipitation, éviter le séchage complet du culot
le commerce.
d’ARN, car cela pourrait rendre difcile la remise
DEPC, diéthylpyrocarbonate en suspension de l’ARN. L’ARN est remis en
suspension dans de l’eau distillée ou du tampon
TE exempt de RNase.
8.3.1 Inactivation de la RNase Pour des concentrations en ARN < 10 ng/mL,
par traitement au DEPC l’addition d’acide nucléique transporteur ou de gly-
cogène traité à la DNase permet de faciliter la préci-
Remarque : Le DEPC est un cancérigène poten- pitation et de maximiser la récupération de l’ARN.
tiel. Toujours porter des gants et manipuler sous une
hotte aspirante appropriée.
Le diéthylpyrocarbonate réagit avec les résidus [Link] Précipitation au chlorure de lithium (LiCl)
histidine des protéines et inactive les RNases. (Protocole d’Ambion)
1. Ajouter aux solutions du DEPC à 0,05-0,1 % (par
exemple, 0,5-1 mL de DEPC pour 1 L de solution) ; Ce protocole permet la précipitation de l’ARN seul,
2. Remuer ou agiter la solution et laisser incuber alors que les hydrates de carbone, les protéines et
pendant plusieurs heures. l’ADN restent en suspension. Le LiCl est souvent
3. Autoclaver pendant au moins 45 minutes, an utilisé pour éliminer les inhibiteurs de translation
d’inactiver le DEPC restant. qui sont co-puriés avec l’ARN, lorsque ce dernier
Remarque : Les composés contenant des grou- est préparé par d’autres techniques.
pements aminés primaires tels que le Tris, réagissent 1. Ajouter du LiCl 4M, Tris-HCl 20 mM (pH 7,4) et
avec le DEPC. Le Tris doit être ajouté à la solution, EDTA 10 mM à volumes égaux, pour une concen-
uniquement après la n du traitement au DEPC. tration nale de LiCl de 2 M.
96 G. Cattoli et I. Monne

2. Faire précipiter l’ARN à –20 °C. Le temps d’incuba- il est également possible de commencer à partir de
tion à –20 °C dépend de la concentration en ARN. l’ARN, à condition que cette molécule soit d’abord
En règle générale, il est prudent de laisser précipiter transcrite en ADNc.
l’ARN pendant plusieurs heures et même jusqu’au Les critères essentiels de traitement d’un échan-
lendemain. tillon par PCR sont les suivants : l’échantillon doit
3. Récupérer l’ARN par centrifugation. contenir au moins quelques copies d’un brin d’ARN
4. Laver le culot d’ARN avec de l’éthanol à 70 %, ou d’ADN intact, comprenant la région que l’on
an d’éliminer les traces de LiCl (facultatif). souhaite amplier, et les impuretés doivent être
Pour des résultats optimaux, la concentration en sufsamment diluées an qu’elles n’inhibent pas
ARN doit être 200 g/mL. l’étape de polymérisation par PCR.

8.4 L’amplification en chaîne 8.4.1 Composantes de la PCR

par polymérase

La PCR est une méthode particulièrement sensible Réactifs

d’amplication d’une séquence spécique d’ADN.
Le principe de la PCR est simple : un fragment spé- • Amorces (directe et inverse)
cique d’ADN est synthétisé de manière répétitive à • dNTP
l’aide de l’enzyme ADN polymérase I provenant de • Tampon Taq polymérase
la bactérie Thermus aquaticus (Taq). Cet organisme • Taq polymérase
vit dans les sources d’eau chaude et beaucoup de • Chlorure de magnésium (MgCl2)
ses enzymes, dont la polymérase, sont résistantes à • Eau distillée et désionisée (ddH2O)
la dénaturation par la chaleur. La stabilité thermique • Amorces : une amorce est un fragment court
de la Taq polymérase est une caractéristique essen- de nucléotides qui sont complémentaires des
tielle de la méthodologie de la PCR. séquences anquantes du fragment d’ADN des-
On peut choisir n’importe quelle partie de la tiné à l’amplication (matrice). Deux amorces sont
molécule d’ADN (y compris l’ADNc issu des requises pour la PCR (amorce directe et amorce
réactions de transcription inverse), à condition que inverse, appelées 3’-5’ et 5’-3’). Elles complémen-
les séquences bordant la région intéressée soient tent chacune un brin de la double hélice d’ADN.
connues. Cette technique est vite devenue l’une des Les amorces s’hybrident à l’ADN matriciel déna-
techniques les plus utilisées en biologie moléculaire. turé, an de fournir un site d’initiation à l’élon-
Elle est rapide, universelle, peu coûteuse et constitue gation de la nouvelle molécule d’ADN par la Taq
un moyen simple de produire des quantités relative- polymérase. La conception de l’amorce est essen-
ment importantes de copies de molécules d’ADN (à tielle à une amplication efcace. Les amorces
plusieurs millions d’exemplaires et parfois plus) à par- destinées à la réaction doivent être très spéciques
tir de quantités inmes d’ADN initial, même si ce der- de la matrice à amplier. La réactivité croisée avec
nier est de mauvaise qualité. Le développement de la des séquences d’ADN non ciblées entraîne une
PCR a entraîné une augmentation drastique des appli- amplication non spécique de l’ADN et l’ob-
cations en biologie moléculaire ; et ce, parallèlement à tention, au nal, de faux positifs. D’autre part, les
l’augmentation du nombre de publications concernant amorces ne doivent pas être capables de s’auto-
des méthodes basées sur la PCR. La PCR est utilisée hybrider ni de s’hybrider les unes aux autres. Il en
entre autres pour effectuer des tests de diagnostic, des résulterait une amplication très efcace de molé-
empreintes d’ADN, des séquençages d’ADN, ainsi cules d’ADN courtes et incohérentes et une ampli-
que pour le criblage des maladies génétiques et des cation inefcace de l’ADN cible spécique.
mutations d’ADN au niveau d’un site spécique et • dNTP : les quatre nucléotides de base, qui sont les
pour le clonage ou le sous-clonage des ADNc. composantes de base de tout fragment d’ADN,
Les acides nucléiques d’une grande variété sont représentés par les lettres A, C, G, et T : adé-
d’échantillons peuvent être analysés. Les proto- nine, cytosine, guanine et thymine. Le A situé sur
coles de PCR prennent pour cible l’ADN plutôt un brin s’apparie toujours au T de l’autre brin,
que l’ARN, en raison de la stabilité de la molé- alors que le C s’apparie toujours au G. Les deux
cule d’ADN et de la facilité à l’isoler. Cependant, brins sont dits complémentaires l’un de l’autre.
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 97

Réaction d’amplication en
Polymerase
chaîne parreaction
chain polymérase
Étape
Step 1:1denaturation
: dénaturation
pendant
1 min atune minute
94–95°C
à 94-95 °C

Étape
Step 2:2annealing
: hybridation
pendant
30–60 s 30-60
X°C s, à X °C
(soit
(e.g. 50
50 ou 55 °C)
or 55°C)

Étape 3 : extension
Step 3:30
durant extension
sà
X30minute(s),
s to X minà 72
72°C
°C

Fig. 8.1 Exemple d’un cycle standard de réaction d’amplication en chaîne par polymérase (PCR). La totalité du processus
d’amplication par PCR dure 2-4 heures, en fonction du nombre de cycles et du temps requis pour les diverses étapes. Théori-
quement, au cours de la PCR, une copie unique de la séquence cible est ampliée de manière exponentielle. Au cours de chaque
cycle, la quantité de fragments ampliés double de telle sorte que la corrélation facteur/ratio entre le nombre de cycles et la
quantité de fragment amplié est 2n, n étant le nombre de cycles. À partir d’un fragment cible unique, le nombre de fragments
ampliés après un cycle est 21 = 2, après deux cycles 22 = 4, après trois cycles 23 = 8 et ainsi de suite. Après 36 cycles, le nombre
de fragments ampliés sera de 68 milliards de copies (voir Fig. 8.2). (Avec l’aimable autorisation d’Amelio Meini.)
98 G. Cattoli et I. Monne

4e CYCLE

Séquence d'ADN cible

3e CYCLE

2e CYCLE

1er CYCLE 35e CYCLE

Matrice ADN

22 = 4 COPIES 23 = 8 COPIES 24 = 16 COPIES 25 = 32 COPIES 236 = 68 MILLIARDS

DE COPIES
Fig. 8.2 Amplication exponentielle par PCR.

Les dNTP sont incorporés au brin nouvellement être stérile et exempt de sels, d’ions et de RNase,
synthétisé par la Taq polymérase, en fonction de dans le cas de la RT-PCR. Cette dernière condition
la séquence du brin matrice. est essentielle an d’éviter la dégradation de la
• Tampon Taq polymérase : ce réactif est nécessaire molécule d’ARN (voir paragraphe 8.3).
à la création de conditions chimiques optimales à
l’activité de la Taq polymérase.
• Taq polymérase : cette polymérase reconnaît 8.4.2 La réaction en chaîne
le duplex amorce-matrice et commence à ajou-
ter des nucléotides à l’amorce pour nalement La PCR comporte trois étapes majeures qui sont
constituer un double de la matrice. Si la matrice répétées 30 à 40 fois (cycles) (Fig. 8.1). La réaction
contient un nucléotide A, l’enzyme ajoute un est effectuée dans un thermocycleur automatique,
nucléotide T à l’amorce. Si la matrice contient un qui réchauffe et refroidit très rapidement les tubes
G, elle ajoute un C à la nouvelle chaîne et ainsi de contenant le mélange réactionnel. La plupart des
suite jusqu’à l’extrémité du brin d’ADN. protocoles utilisés couramment pour la PCR sont
• Chlorure de magnésium (MgCl2) : ce réactif cata- conformes au plan indiqué ci-dessous.
lyse la réaction enzymatique et est donc indispen- • Dénaturation à 94-95 °C (pendant 30 secondes à
sable à l’activité de la Taq polymérase. 1 minute). Au cours de la dénaturation, l’ADN double
• Eau distillée et désionisée (ddH2O) : les réactifs brin fond et s’ouvre pour former de l’ADN simple
sont dilués à la concentration voulue et le volume brin. Toutes les réactions enzymatiques sont arrêtées
réactionnel est complété par du ddH2O, qui doit (notamment l’extension à partir d’un cycle précédent).
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 99

• Hybridation à X °C (pendant 30 secondes à été élaborée, dite PCR en temps réel (rPCR destinée à
1 minute). Les amorces contenues dans la solution l’ADN et rRT-PCR destinée à l’ARN).
se forment en continu et rompent les liaisons
ioniques avec les matrices simple brin. Les
liaisons les plus stables (les amorces parfaite- 8.5 PCR en temps réel
ment ajustées) se maintiennent plus longtemps.
La polymérase va donc se lier à ces petits mor- Au cours d’une PCR standard, la quantité de produit
ceaux d’ADN double brin et commencer à copier généré doit théoriquement doubler à chaque cycle. Si
la matrice. La température à laquelle cette réaction a tel était le cas, la quantité nale de produit serait simple-
lieu est la température d’hybridation. La température ment proportionnelle à la quantité de matrice présente
d’hybridation dépend de la séquence des amorces et au début. Ce n’est pourtant pas le cas. En réalité, au fur
se situe la plupart du temps entre 35 et 60 °C. et à mesure que la réaction progresse, les amorces et les
• Extension à 72 °C et durant 30 secondes à X minute(s) nucléotides sont consommés et deviennent nalement
(le temps dépend de la longueur du fragment limitants ; l’efcacité par cycle diminue donc progres-
amplié, en général une minute pour 1 kb). C’est sivement. Dans le cas de la rPCR, un rapport quantitatif
la température idéale pour la polymérase. Les existe entre la quantité de matrice initialement présente
bases (complémentaires à la matrice) sont cou- et la quantité de produit formé, comme l’indique la
plées à l’amorce sur l’extrémité 3’ (la polymérase mesure réalisée au cours de chaque cycle, à l’aide d’un
ajoute des dNTP dans le sens 5’-3’). rapporteur. Le rapporteur peut être relié à une sonde
Voir les protocoles de PCR utilisés pour la détec- (un nucléotide court complémentaire d’une séquence
tion des virus IA, en pages 110-115. cible située entre les amorces) ou à une molécule uo-
rescente capable de se lier à l’ADN double brin (par
exemple SybrGreen). Différents types de sondes sont
8.4.3 Limites disponibles dans le commerce : les sondes d’hydrolyse
(TaqMan), les sondes d’hybridation (FRET), les balises
Comme toute autre technique de laboratoire, la moléculaires, ainsi que les APN (acides nucléiques pep-
PCR classique a certaines limites. La nécessité tidiques) et les sondes se xant au sillon mineur, MGB
d’amorces spéciques à la séquence signie qu’il (pour minor-groove-binding). Malgré les différences de
faut connaître la séquence d’ADN des régions an- chimie et de modes d’action, le principe de base reste la
quant l’ADN à amplier. Seule l’électrophorèse en mesure de la uorescence (puis de la concentration du
gel, qui est une technique longue et comportant des fragment amplié) à la n de chaque étape d’élongation
risques chimiques, permet de déterminer les résultats de la PCR, ainsi que le traçage d’une courbe à partir des
de l’essai ainsi que leur spécicité. La réaction est données obtenues. Pour les 10-20 premiers cycles (phase
également limitée par la taille des ADN destinés à exponentielle), la courbe sigmoïde obtenue sera linéaire
être ampliés (c’est-à-dire la distance qui sépare les au niveau de la ligne de base, jusqu’à ce que la quantité
amorces). L’amplication la plus efcace s’effectue d’ADN matriciel s’accumule et atteigne le point auquel
sur des séquences d’ADN de 300 à 1 000 pb. Des la uorescence devient détectable. La courbe présente
produits de 4 kb ont cependant déjà été ampliés. une croissance linéaire pendant plusieurs cycles (phase
La contamination est l’un des facteurs les plus impor- linéaire), commence à s’incurver, puis s’aplatit presque
tants qu’il est nécessaire de prendre en considération. Si (phase de plateau, Fig. 8.3). C’est seulement dans la par-
l’échantillon testé est contaminé un tant soit peu par de tie linéaire qu’il est possible d’établir un rapport direct
l’ADN cible d’origine exogène, cet ADN sera égale- entre la quantité de matrice présente dans la réaction et
ment amplié et conduira à la détection de faux positifs. l’intensité de la uorescence. Les mesures peuvent être
La manipulation des échantillons après amplication effectuées lorsque la PCR est en cours et sont donc
peut aussi être considérée comme critique, quant à la déduites en « temps réel » et non en n de réac-
contamination de l’environnement et des échantillons. tion (Fig. 8.3). La quantication des cibles d’ADN,
Lors de la manipulation des tubes pour la détection par d’ADNc ou d’ARN est aisément réalisée, grâce à la
électrophorèse, l’énorme quantité de molécules d’ADN détermination du cycle (Ct ou Cp, voir dénitions
cible ampliées peut facilement se répandre à l’environ- ci-dessous) auquel le produit de la PCR est décelé
nement du laboratoire et aux autres échantillons. pour la première fois par l’automate (c’est-à-dire
An de réduire l’impact de certaines de ces contraintes lorsque la uorescence associée au produit est assez
liées à la PCR classique, une nouvelle méthodologie a intense pour être détectée automatiquement).
100 G. Cattoli et I. Monne

Exponential phase Linear phase Plateau phase

Threshold line

Fig. 8.3 Vue schématique d’une courbe

d’amplication en rPCR.

8.5.1 Glossaire pour PCR en temps réel Équipement

• Hotte à ux laminaire BL2.
Fluorescence de fond : uorescence non spéci- • Vortex.
que, généralement plus évidente au cours des cycles • Centrifugeuse.
initiaux de PCR. L’automate et le logiciel correspon- • Micropipettes.
dants utilisent généralement ce signal de fond pour • Bain-marie.
déterminer la valeur de la uorescence de base. • Congélateur à –20 °C.
Seuil : limite entre la uorescence de fond et la • Congélateur à –80 °C.
uorescence spécique de la réaction. Elle est géné- • Réfrigérateur à + 4 °C.
ralement déterminée par l’automate et le logiciel L’extraction des acides nucléiques par des sol-
mais peut aussi être réglée manuellement. vants organiques tels que le phénol et le chloro-
Le cycle seuil, Ct (pour cycle threshold) ou le point forme doit être effectuée sous hotte aspirante.
de croisement, Cp (pour crossing point) est le
numéro du cycle auquel la uorescence générée par Deuxième pièce : Préparation des réactifs et des
la réaction dépasse le seuil. Il est inversement pro- mélanges réactionnels en l’absence de matrice (ADN
portionnel au logarithme du nombre initial de copies ou ARN)
de la séquence cible.
Voir les protocoles de rPCR utilisés pour la détec- Équipement
tion du virus IA, en pages 116-117. • Hotte à ux laminaire.
• Centrifugeuse.
• Vortex.
8.6 Organisation du laboratoire • Congélateur à –20 °C (pour la conservation des
de diagnostic moléculaire réactifs de PCR, des amorces et des sondes).
Les échantillons et les matrices d’ADN/ARN ne doivent
Le risque de contamination croisée doit être pris pas pénétrer dans cette pièce. Le personnel entrant dans
en compte, en raison de la sensibilité élevée de la cette pièce doit porter une blouse et les gants prévus à
méthode et du volume élevé d’échantillons traités cet effet, an d’éviter la contamination des réactifs.
dans un laboratoire de diagnostic par PCR.
L’ensemble du procédé de PCR doit être effectué Troisième pièce : Ajout d’acide nucléique matriciel
dans un minimum de trois pièces, séparées et agencées au mélange réactionnel, lancement de la PCR et de
comme l’indique l’exemple ci-dessous. la rPCR et visualisation du produit de la PCR par
électrophorèse en gel
Première pièce : Extraction de l’acide nucléique Équipement
(ADN/ARN) • Hotte PCR (pour l’ajout d’ADN ou d’ARN).
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 101

• Hotte aspirante (pour les produits chimiques des- Fèces

tinés à l’électrophorèse en gel).
• Congélateur à –20 °C. Ajouter un volume de fèces à quatre volumes de
• Réfrigérateur à + 4 °C. PBS stérile. Clarier la suspension obtenue par cen-
• Thermocycleur et/ou. trifugation à 1 000 g.
• Plateforme de PCR en temps réel. Ajouter la quantité requise de surnageant au tampon
• Centrifugeuse. de lyse du kit d’extraction de l’ARN, selon les ins-
• Vortex. tructions du fabricant.
• Unité d’électrophorèse en gel.

Liquide allantoïdien
8.7 Échantillons destinés à être soumis
aux protocoles moléculaires d’IA Ajouter la quantité requise de liquide allantoïdien
et préparation d’échantillon en vue au tampon de lyse du kit d’extraction de l’ARN,
de la PCR selon les instructions du fabricant.

Les protocoles moléculaires décrits dans ce chapitre ont

été testés sur les préparations d’échantillons suivantes. 8.7.1 Extraction de l’ARN

Il existe plusieurs méthodes d’extraction manuelle

Organes et tissus (cervelle, trachée, poumons ou automatique de l’ARN. De nombreux kits sont
et intestins) commercialisés et certains sont élaborés et optimisés
en vue de l’extraction d’acides nucléiques à partir
• Couper des petits blocs de tissu (2-5 mm 3 2-5 mm) d’échantillons spéciques tels que les tissus, le sang
à l’aide de ciseaux stériles ou de lames chirurgicales. ou les selles. Certains kits d’extraction disponibles
• Les tissus animaux sont broyés à l’aide d’un dans le commerce sont utilisés ci-dessous.
pilon et d’un mortier stériles. Les tissus breux • Ces kits (ou des kits équivalents) peuvent être
(poumons, trachée et intestins) peuvent nécessi- utilisés sur diverses matrices et donnent des
ter l’ajout de poudre de quartz ou de sable stérile résultats satisfaisants.
an d’obtenir un meilleur broyage des cellules. • NucleoSpin RNA II (Macherey-Nage, Allemagne ;
L’ajout de 300-500 mL de PBS facilite le broyage numéro de catalogue : FC140955N).
et l’homogénéisation et permet de préparer des • RNeasyMiniKit (Qiagen, Allemagne).
fractions aliquotes destinées à d’autres tests que • High pure RNA isolation kit (Roche Applied
la PCR (notamment à l’isolement viral). Science, Allemagne) : déconseillé pour les fèces.
• L’homogénéisation est effectuée de manière simple, • MagMax (Ambion/Applied Biosystems) : des-
à l’aide d’une seringue et d’une aiguille. Des homo- tiné aux écouvillons et autres matrices liquides.
généisateurs commerciaux peuvent aussi être utilisés.
• Clarier la suspension obtenue par centrifugation Le protocole d’extraction recommandé par le fabri-
à 1 000 g. cant doit être suivi.

Écouvillons cloacaux et trachéaux 8.8 Préparation du mélange PCR

• Immerger les écouvillons dans du PBS (maxi- • Calculer les volumes exacts de réactifs nécessaires
mum 1 mL) et procéder à l’extraction de l’ARN à avant de préparer le mélange réactionnel et selon les
partir de cette suspension. Les échantillons peu- protocoles fournis dans ce livre (voir les exemples
vent être groupés (cinq écouvillons trachéaux par présentés dans le Tableau 8.3). An que les réactifs
groupe ou cinq écouvillons cloacaux par groupe). soient répartis de façon homogène dans chacune des
Mélanger brièvement au vortex. fractions aliquotes, il est conseillé de les mélanger
• Ajouter le volume adéquat de cette suspension dans un seul tube réactionnel (mélange mère) puis
au tampon de lyse du kit d’extraction de l’ARN, de distribuer ce mélange dans les différents tubes
selon les instructions du fabricant. PCR destinés à chaque échantillon.
102 G. Cattoli et I. Monne

Tableau 8.3 Exemple de calcul des volumes de réactifs destinés à une PCR préparée pour dix échantillons.
Réactif (concentration de la solution mère)a Concentration naleb 13 Mélange réactionnel Volume total (L)e
(L)c
Eau stérile exempte de Rnase / 3,2d 35,2
Tampon PCR (53) 13 5 55
MgCl2 (25 mM) 2,5 mM 2,5 27,5
Mélange de dNTP (10 mM) 1 mM 2,5 27,5
DTT (100 mM) 10 mM 2,5 27,5
Amorce M25F (5 pmol/L) 0,3 M 1,5 16,5
Amorce M124R (5 pmol/L) 0,3 M 1,5 16,5
Inhibiteur de RNase (20 U/L) 10 U 0,5 5,5
Transcriptase inverse (50 U/L) 15 U 0,3 3,3
Ampli Taq GOLD (5 U/L) 2,5 U 0,5 5,5
Volume réactionnel nal : ARN
Mélanger au vortex pendant quelques secondes.
Répartir des parts aliquotes de mélange mère
dans des tubes PCR de 0,2 mL. (volume de 20 220
mélange mère pour 10 échantillons + l)e
Ajouter l’ARNa 5
Volume réactionnel nal b 25 /

a
Généralement fourni avec le produit ou préparé au laboratoire.
b
Généralement décrit dans le manuel du kit ou dans le protocole de la PCR (par exemple dans une revue scientique).
c
Pour un calcul rapide et aisé du volume d’un réactif spécique nécessaire à la réalisation d’une réaction, la formule suivante
peut être appliquée :
Ci x Vi = Cf x Vf
Ci étant la concentration initiale du réactif (c’est-à-dire la concentration de la solution mère fournie par le fabricant ou préparée au labora-
toire). Connu.
Vi étant le volume initial du réactif (c’est-à-dire le volume nécessaire à la réalisation d’une PCR). Inconnu.
Cf étant la concentration nale du réactif nécessaire à la PCR. Connu.
Vf étant le volume réactionnel nal. Connu.
Dans l’exemple ci-dessus, le volume de MgCl2 nécessaire pour effectuer une PCR (Vi) est le suivant : 25 mM 3 Vi = 2,5 mM 3 25 L
25 mM 3 Vi = 2,5 mM 3 25 L
Vi = = 2,5 L de MgCl (25 mM) pour une concentration nale de 2,5 mM dans 25 L.
2

d
Obtenu en soustrayant la somme des volumes des réactifs individuels, du volume nal de réactifs [L d’eau = 20 L   L des différents
réactifs (tampon PCR, MgC12, dNTP, DTT, amorces, inhibiteur de Rnase, transcriptase reverse et Taq].
e
L/L réaction nombre total de réactions + 1 (un volume additionnel est généralement calculé an de compenser les erreurs de pipetage ou
les distributions imprécises de volume).

• Toutes les solutions mères des réactifs utili- Protocole

sés pour la PCR sont conservées à –20 °C. Les
fractions aliquotes des solutions mères des réac- 1. Dégeler tous les réactifs, à l’exception de la Taq
tifs (en particulier les amorces et les sondes) polymérase et/ou de la transcriptase inverse ; les
devraient être préparées en évitant toute contami- conserver si possible sur de la glace.
nation possible des solutions mères et en minimi- 2. Ajouter le ddH2O.
sant la détérioration en cas de contamination. Les 3. Ajouter le tampon Taq polymérase.
enzymes (notamment la transcriptase inverse, 4. Ajouter le MgCl2.
Taq) doivent être sorties du congélateur (–20 °C) 5. Ajouter les dNTP.
au dernier moment an de préserver leur durée 6. Ajouter l’amorce directe.
de vie. 7. Ajouter l’amorce inverse.
• Le volume exact est placé dans le récipient stérile 8. Ajouter la Taq polymérase (et/ou la transcriptase
approprié. inverse).
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 103

9. Mélanger la solution au vortex. d’électrophorèse dépend de la taille du gel et de la tension

10. Distribuer le mélange réactionnel dans les diffé- appliquée dans la cuve par le générateur. Plus la tension
rents tubes PCR stériles (autant que le nombre est élevée, plus les fragments migrent vite. Chaque cuve
d’échantillons à tester). a une gamme optimale de tension maximale au-delà de
11. Ajouter l’acide nucléique matriciel sous hotte à laquelle les bandes d’ADN sont barbouillées. Des ten-
ux laminaire et dans une pièce séparée. sions plus basses permettent généralement de séparer
12. Charger les tubes sur le bloc thermique du ther- les bandes de façon plus nette. Après l’électrophorèse,
mocycleur (ou sur la plateforme de la PCR en l’ADN peut être visualisé par coloration au bromure
temps réel) et lancer la réaction. d’éthidium ou au SyBrGreen pour les gels d’agarose et
au nitrate d’argent pour les gels d’acrylamide. La colo-
ration au bromure d’éthidium est la plus couramment
8.9 Détection et analyse du produit utilisée par les laboratoires de diagnostic, en raison de
de la réaction en PCR classique sa sensibilité à l’ADN et de sa vitesse de coloration.
(PCR en point final) Les inconvénients incluent le coût élevé de la visuali-
sation (qui nécessite une source de lumière UV) et le
Les produits naux de la PCR (les amplicons) doi- pouvoir cancérigène potentiel. Cependant, ce risque est
vent correspondre à des fragments d’ADNc de lon- minimisé en raison des faibles concentrations requises
gueur dénie. L’électrophorèse en gel est le moyen pour la coloration et grâce à l’usage d’équipements de
le plus simple de rechercher la présence de ces frag- protection personnelle (tels que PPE, blouses et gants
ments (voir ci-dessous). Un échantillon du produit de jetables).
la réaction (généralement quelques microlitres), ainsi Les gels d’acrylamide colorés à l’argent sont plus
que l’échelle contenant les marqueurs de masses sensibles et permettent donc la détection d’amplicons
moléculaires appropriés, sont déposés sur un gel présents en plus faibles quantités. La taille inférieure
d’agarose contenant 0,8-4,0 % de bromure d’éthi- de la matrice du gel d’acrylamide conduit à une
dium ou sur un gel de polyacrylamide. Les bandes meilleure séparation des amplicons, notamment
d’ADN obtenues sur le gel d’agarose sont visualisées des plus petits d’entre eux (50-200 pb). Ces carac-
par transillumination UV (Fig. 8.4). Les bandes obte- téristiques contribuent à augmenter la sensibilité et
nues sur le gel d’acrylamide peuvent être visualisées la spécicité du protocole de PCR (Fig. 8.5 a, b) et
par coloration à l’argent. Les fragments contenus à se passer d’équipements coûteux nécessaires à la
dans le produit peuvent être identiés en fonction de visualisation. Les inconvénients incluent l’usage de
leurs masses moléculaires, par comparaison entre les
bandes de produit et les bandes des marqueurs molé-
culaires de masses connues.

8.9.1 Électrophorèse en gel

PCR
L’électrophorèse consiste à séparer les fragments fragments
d’ADN de tailles différentes sur une matrice d’agarose
ou d’acrylamide placée à l’intérieur d’une cuve d’élec-
trophorèse. La cuve contient deux électrodes oppo-
sées, placées aux extrémités opposées et reliées à un
générateur de courant alternatif. La cuve est remplie
d’un tampon d’électrophorèse approprié, qui conduit
l’électricité entre les deux électrodes. Lorsque le cou-
rant est appliqué, l’ADN chargé négativement migre
vers l’électrode positive. Le gel (agarose ou acrylamide)
agit comme crible, de telle sorte que les fragments de Ladder
plus petite taille migrent plus vite que les plus gros. Les
fragments sont donc séparés en fonction de leur taille.
La différence principale entre l’agarose et l’acrylamide
est la taille de la maille formée par la matrice. La vitesse Fig. 8.4 Détection des amplicons PCR sur gel d’agarose.
104 G. Cattoli et I. Monne

1 2 3 4 5 6 7 8
1 2 3 4 5 6 7 8

a b

Échelle d’ADN de faible poids moléculaire (Invitrogen, numéro de catalogue 10068-013)

Concentration pour 4 L

Taille du fragment (pb) 1 2 3 4 5 6 7 8

2000 100 ng 50 25 12,5 6,25 3,12 1,56 0,78

1200 60 30 15 7,5 3,75 1,87 0,93 0,46

800 40 20 10 5 2,5 1,25 0,62 0,31

400 20 10 5 2,5 1,25 0,62 0,31 0,15

200 10 5 2,5 1,25 0,62 0,31 0,15 0,07

100 5 2,5 1,25 0,62 0,31 0,15 0,07 0,04

Fig. 8.5 a, b (a) Exemple de gel d’agarose à 2 % dans du TAE 0,53. Conditions d’électrophorèse : 90 V pendant 45 min.
Échantillon : 8 dilutions du marqueur au ½, dans de l’eau ; chargement : 4 L d’échantillon + 1 L de tampon de charge.
Voir tableau ci-dessous indiquant la taille du fragment et les concentrations. (b) Exemple de gel d’acrylamide à 7 % dans du
TBE 13. Conditions d’électrophorèse : 200 V pendant 40 minutes. Échantillon : huit dilutions du marqueur au ½, dans de
l’eau ; chargement : 4 L d’échantillon + 1 L de tampon de charge. Voir tableau ci-dessous indiquant la taille du fragment
et les concentrations. Les bandes d’ADN des pistes 5 à 8 sont plus visibles et ont une meilleure dénition que les bandes
obtenues sur gel d’agarose, en particulier pour les bandes de plus petite taille. La séparation des bandes de taille identique
est également améliorée.

composés toxiques (tels que le nitrate d’argent et Assemblage du portoir du gel (Fig. 8.6 b)
l’acrylamide) ainsi qu’un montage du gel nécessitant
plus de temps et une électrophorèse plus lente que • Nettoyer toutes les pièces à l’alcool (les plaques
dans le cas de l’agarose. Les formules et les proto- de verre, l’espaceur, le peigne, etc.).
coles sont indiqués dans les pages suivantes. • Assembler le bac à gel selon les instructions du fabricant.

8.9.2 Préparation du gel de Préparation du gel

polyacrylamide-SDS, en vue
de l’électrophorèse Remarque : Les volumes utilisés sont indiqués
pour un gel vertical (de 10 3 7 cm).
Remarque : Les recettes des solutions requises sont 1. Mélanger les réactifs suivants sous hotte aspirante :
fournies en section [Link]. • 5 mL de solution d’acrylamide à 7 % (solution A) ;
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 105

a b
Fig. 8.6 a, b (a) 1 Plaques d’espacement ; 2 plaques courtes ; 3 joint de moulage du support ; 4 plaque de dégagement du
gel ; 5 peigne ; 6 cadre de moulage ; 7, 8 cadres de xation ; 9 réservoir de tampon ; 10 couvercle ; 11 générateur ; 12 support
de moulage. (b) 1 plateau transparent aux UV ; 2 peigne ; 3 générateur ; 4 cuve d’électrophorèse.

• 20 L de PSA (persulfate d’ammonium) à 10 % 2. Ouvrir le bac à gel et placer le gel dans un réci-
(solution B) ; pient installé sur l’agitateur à balancier.
• 10 L de TEMED (tétra-méthyl-éthylènedia- 3. Recouvrir entièrement le gel d’une solution de
mine [N,N,N’,N’] disponible dans le commerce xation et agiter pendant au moins cinq minutes.
et prêt à l’emploi. Sigma 7024 ou Biorad 161- 4. Récupérer la solution de xation et recouvrir entière-
0800 ou -0801). ment le gel de ddH2O. Agiter pendant deux minutes.
2. Verser la solution sur le bac à gel. 5. Éliminer l’eau et recouvrir entièrement le gel
3. Placer le peigne dans le gel et laisser polymériser ce d’une solution de nitrate d’argent. Agiter pen-
dernier à température ambiante pendant 20 minutes. dant cinq minutes.
6. Récupérer la solution de nitrate d’argent et
Chargement de l’échantillon et électrophorèse recouvrir entièrement le gel de ddH2O. Agiter
pendant deux minutes.
1. Mettre le bac à gel dans la cuve. Remplir de tampon 7. Éliminer l’eau et recouvrir entièrement le gel
TBE et de solution C concentrée, en proportions égales. d’une solution de révélation (solution F). Agiter
2. Mélanger le volume approprié d’échantillon (géné- jusqu’à ce que les bandes deviennent visibles.
ralement 7 L) avec 3-4 L de tampon de charge. 8. Éliminer la solution de révélation. Recouvrir entière-
3. Enlever le peigne. ment le gel avec de l’acide acétique (solution G).
4. Rincer les puits à l’aide d’une seringue remplie 9. Agiter pendant au moins cinq minutes.
de tampon TBE. 10. Récupérer la solution G et immerger le gel dans
5. Déposer les échantillons et le marqueur approprié du ddH2O. Agiter pendant deux minutes.
sur le gel. 11. Emballer le gel dans du lm en plastique pour
6. Fermer la cuve. faciliter sa manipulation.
7. Allumer le générateur et programmer les condi-
tions de l’électrophorèse (généralement 40 minutes,
200 V et 400 mA pour un gel d’acrylamide à 7 %). [Link] Solutions pour gel de polyacrylamide-SDS
8. Connecter la cuve au générateur et lancer l’électro- (SDS-PAGE) (Fig 8.6 a)
phorèse.

Solution A : Acrylamide à 7 %
Coloration du gel
(pour 500 mL de solution) :
Remarque : Il est recommandé d’utiliser un agitateur • 50 mL de TBE 103
à balancier. • 87,5 mL d’acrylamide/bis acrylamide à 40 %,
1. À la n de la migration, éteindre le générateur et 29:1
démonter la cuve. • 500 mL de glycérol à 100 %.
106 G. Cattoli et I. Monne

1. Verser l’acrylamide à 40 %. 1. Dissoudre le nitrate d’argent dans 500 mL de ddH2O.

2. Ajouter le TBE 103 2. Ajouter le nitrate d’argent.
3. Ajouter le glycérol à 100 %. 3. Filtrer la solution.
4. Ajouter 313 mL de ddH2O. 4. Conserver à température ambiante.
5. Conserver à température ambiante (stabilité
maintenue pendant un maximum d’un an).
Solution F : Solution de révélation

Solution B : Persulfate d’ammonium (PSA) à 10 % (pour 1 L)

• 30 g de carbonate de sodium
(pour 10 mL de solution) : • 700 L de formaldéhyde à 36 %
• 1 g de persulfate d’ammonium 1. Dissoudre le carbonate de sodium dans 1 L de
1. Placer le persulfate d’ammonium dans un tube ddH2O.
de 15 mL. 2. Conserver à température ambiante (stabilité
2. Dissoudre le persulfate d’ammonium dans 10 mL maintenue pendant un maximum de six mois).
de ddH2O. 3. Après la première utilisation, ajouter 700 L de
3. Conserver à température ambiante (stabilité main- formaldéhyde à 36 %.
tenue pendant un maximum d’un an).

Solution G : Acide acétique à 5 %

Solution C : TBE 10 ×
(pour 1 L)
(pour 1 L) : • 50 mL d’acide acétique pur glacé (100 %)
• 108 g de base Trizma 1. Verser 950 mL de ddH2O dans un acon.
• 55 g d’acide borique 2. Ajouter l’acide acétique pur glacé.
• 40 mL d’EDTA à 0,5 M, pH 8 3. Conserver à température ambiante.
1. Peser la base Trizma et l’acide borique.
2. Dissoudre les sels dans l’EDTA et le ddH2O et
mélanger à température ambiante. 8.9.3 Préparation du gel d’agarose
3. Ajouter du ddH2O jusqu’à obtenir un volume nal de
1 L. Remarque : Les recettes des solutions requises
4. Autoclaver à 121 °C pendant 20 minutes. sont fournies en section [Link].
5. Conserver à + 4 °C (stabilité maintenue pendant
un maximum d’un an).
Préparation du gel

Solution D : Fixateur 1. Peser les quantités exactes de poudre d’agarose

(de qualité biologie moléculaire) permettant
(pour 1 L) : d’obtenir la concentration voulue (%). Le volume
• 100 mL de méthanol ou d’éthanol absolu du gel dépend de la dimension du bac. Il est cal-
• 15 mL d’acide nitrique à 70 % culé de la façon suivante :
1. Verser 885 mL de ddH2O. Largeur du bac 3 longueur du bac 3 épaisseur
2. Ajouter l’acide nitrique à 70 %. du bac (0,5 cm).
3. Ajouter le méthanol ou l’éthanol absolu. Exemple 1 :
4. Conserver à température ambiante (stabilité 10 3 7,5 3 0,5 cm = 37,5 mL de TAE 13
maintenue pendant un maximum de six mois). = 0,375 g d’agarose pour un gel à 1 % ou 0,75 g
d’agarose pour un gel à 2 %.
Exemple 2 :
Solution E : Nitrate d’argent à 4 % 8,5 3 7 3 0,5 cm = 30 mL de TAE 13 = 0,3 g d’agarose
pour un gel à 1 % ou 0,6 g d’agarose pour un gel à 2 %.
(pour 500 mL) : 2. Mélanger la poudre d’agarose au volume adéquat
• 2 g de nitrate d’argent de tampon TAE (solution H).
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 107

3. Dissoudre le mélange d’agarose au four à micro-ondes. 3. Ajouter la solution d’EDTA à température ambiante.
4. Faire refroidir la solution dans un bain d’eau 4. Ajouter du ddH2O jusqu’à obtenir un volume nal
jusqu’à ce qu’elle soit facile à manipuler. de 1 L.
5. Colorer le gel par incorporation de bromure 5. Autoclaver à 121 °C pendant 20 minutes.
d’éthidium (BET) : ajouter 1,8 L d’une solu- 6. Conserver à + 4 °C.
tion contenant 10 mg de BET/mL (pour un gel
de 30 mL) et mélanger. Pour colorer le gel par
immersion nale dans du BET, omettre l’étape Solution B : Tampon de charge 10 3
ci-dessus et voir ci-dessous.
6. Placer la solution refroidie dans le bac à gel, dans (pour 10 mL)
lequel un peigne a été préalablement placé. Éviter • 0,2 g de Ficoll
la formation de bulles d’air. • 1 mL de TBE 10 3
7. Laisser le gel se solidier à température ambiante. • 6 mL de glycérol à 100 %.
• 1 mL de bleu de bromophénol et de xylène cyanol
(0,5 %)
Chargement de l’échantillon et électrophorèse 1. Peser le Ficoll dans un tube de 15 mL.
2. Ajouter 1 ml de TBE 103.
1. Extraire le peigne du gel solidié et placer le gel 3. Ajouter 2 ml de ddH2O.
(et le bac) dans la cuve à électrophorèse. 4. Dissoudre la solution au bain-marie, à 37 °C.
2. Mélanger l’échantillon à charger (5-10 L) à 5. Ajouter le glycérol.
3-4 L de tampon de charge (solution I). 6. Ajouter le bleu de bromophénol et la solution de
3. Déposer les échantillons et les marqueurs appro- xylène cyanol.
priés (solution J) sur le gel. 7. Conserver à + 4 °C.
4. Fermer la cuve.
5. Allumer le générateur et programmer les condi-
tions requises pour l’électrophorèse : 90-100 V, Solution C : Marqueurs
30-40 min pour des fragments de 100 à 1 000 pb,
en gel d’agarose à 1 %. (pour 800 L)
6. À la n de l’électrophorèse : • 100 L de marqueurs (Roche)
• placer le gel sur un trans-illuminateur UV, s’il a • 300 L de tampon de charge 103
été coloré par inclusion de BET. Coloration du • 400 L de TBE 13
gel par immersion nale dans du BET ; 1. Placer les marqueurs dans un tube de 15 mL.
• immerger le gel dans un récipient contenant 2. Ajouter le tampon de charge.
une solution de BET à 0,5-1 g/mL. Agiter 3. Ajouter le TBE 13.
pendant 20 minutes. Récupérer la solution de 4. Conserver à + 4 °C (stabilité maintenue pendant
BET (qui peut être réutilisée jusqu’à 20 fois) un maximum d’un an).
et immerger le gel dans du ddH2O. Agiter pen-
dant 20 minutes. Placer le gel accompagné du
bac, sur un trans-illuminateur UV. 8.10 Détection du virus de l’influenza
de type A par RT-PCR en point final

[Link] Solutions pour l’électrophorèse en gel d’agarose 8.10.1 Protocole 1

Ce protocole a été élaboré à l’Istituto Zooprolat-

Solution A : TAE 10 3 tico Sperimentale delle Venezie (IZSVe), en adap-
tant la série d’amorce utilisée dans le protocole de
(pour 1 L) rRT-PCR mis au point par Spackman et al. 2002, à
• 48,4 g de base Trizma. une RT-PCR en point nal en une étape. Ainsi que
• 11,4 mL d’acide acétique pur glacé l’on pouvait s’y attendre, les observations effec-
• 20 mL d’EDTA à 0,5M, pH 8 tuées au laboratoire montrent que ce protocole est
1. Peser la base Trizma. moins sensible que la rRT-PCR originale. Toutefois,
2. Ajouter l’acide acétique glacé. il peut être utilisé facilement et à bon escient dans
108 G. Cattoli et I. Monne

les laboratoires ne possédant pas de plateforme en

temps réel. En raison de la petite taille de l’amplicon
(99 pb), les résultats de RT-PCR doivent être visua-
lisés sur gel SDS-PAGE coloré à l’argent ou sur gel
d’agarose à 2-3 %. Le kit utilisé pour la PCR est
le GeneAmp Gold RNA de la compagnie Applied
Biosystems (numéro de produit : 4308207).

Amorces
Directe M+25 : AGA TGA GTC TTC TAA CCG AGG TCG
Inverse M-124 : TGC AAA AAC ATC TTC AAG TCT CTG

Protocole
Réactif (solution mère concentrée) Concentration nale Réaction 1 3 (L)

Eau stérile exempte de Rnase / 3,2

Tampon PCR (53) 13 5

MgCl2 (25 mM) 2,5 mM 2,5

Mélange de dNTP (10 mM) 1 mM 2,5

DTT (100 mM) 10 mM 2,5

Amorce M25F (5 pmol/L) 0,3 M 1,5

Amorce M124R (5 pmol/L) 0,3 M 1,5

Inhibiteur de RNase (20 U/L) 10 U 0,5

Transcriptase reverse 50 U/L 15 U 0,3

Ampli Taq GOLD (5 U/L) 2,5 U 0,5

Volume total 20
Mélanger au vortex pendant quelques secondes.
Répartir des parties aliquotes de 20 L dans des tubes PCR de 0,2 mL.

Ajouter l’ARN 5

Volume réactionnel nal 25

Conditions du processus cyclique

95 °C 94 °C 72 °C 72 °C

42 °C 5 min 1 min 60 °C 1 min 10 min 4 °C

20 min 1 min
40 cycles

L’amplicon est identié sur gel d’acrylamide à 7 % coloré à l’argent ou sur gel d’agarose à 2-3 %. La taille du fragment
amplié attendu est de 99 pb.
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 109

8.10.2 Protocole 2 relative était de 95,6 % (CI95 = 93,1-98,0) (Cattoli et al.

2004). Dans certains cas, les bandes non spéciques sont
Ce protocole correspond à une variante de la méthode visualisées sur gel (Martì et al. 2006). Un examen minu-
élaborée par Fouchier et al. (2000) pour la détection tieux du gel et l’utilisation de témoins et de marqueurs
des virus inuenza de type A dans des échantillons de taille appropriés sont donc extrêmement importants.
d’origines humaine, animale et aviaire. Selon des Le kit utilisé pour la PCR est le GeneAmp Gold RNA de
investigations antérieures, menées sur le terrain sur la compagnie Applied Biosystems (numéro de produit :
des écouvillonnages d’origine aviaire, la sensibilité 4308207).

Amorces
Directe M52 C: 5’-CTT CTA ACC GAG GTC GAA ACG-3’
Inverse M253 R : 5’-AGG GCA TTT TGG ACA AAG/T CGT CTA-3’
Protocole
Réactif (solution mère concentrée) Concentration nale Réaction 1 3 (L)
Eau stérile exempte de Rnase / 4,7
Tampon PCR (53) 13 5
MgCl2 (25 mM) 2,5 mM 2,5
Mélange de dNTP (10 mM) 1 mM 2,5
DTT (100 mM) 10 mM 2,5
Amorce M25 C (10 pmol/L) 0,3 M 0,75
Amorce M253 R (10 pmol/L) 0,3 M 0,75
Inhibiteur de RNase (20 U/L) 10 U 0,5
Transcriptase reverse 50 U/L 15 U 0,3
Ampli Taq GOLD (5 U/L) 2,5 U 0,5
Volume total 20
Mélanger au vortex pendant quelques secondes.
Répartir des parties aliquotes de 20 L dans des tubes PCR de 0,2
mL.

L’ARN 5

Volume réactionnel nal 25

Conditions du processus cyclique

95 °C 94 °C 72 °C 72 °C

42 °C 5 min 1 min 55 °C 1 min 10 min 4 °C

1 min
20 min
40 cycles

L'amplicon est identié sur gel d'agarose à 2 % ou sur gel SDS acrylamide à 7 %, coloré à l'argent. La taille du fragment amplié
attendu est de 244 pb.
110 G. Cattoli et I. Monne

8.11 Protocole de détection du virus parmi les volailles en Extrême-Orient depuis 2003, ainsi
de l’influenza aviaire appartenant au que les isolats H5N1 les plus récents, circulant en Europe,
sous-type H5, par RT-PCR en point final au Moyen-Orient et en Afrique. D’autres souches d’IAFP
H5, isolées à partir d’oiseaux aquatiques européens au
8.11.1 Introduction cours de la dernière décennie, peuvent aussi être identiées
par l’une ou l’autre de ces méthodes de PCR H5.
Deux protocoles de PCR sensible au H5 ont été élaborés La PCR H5KHA est extrêmement sensible, bien que
dans le cadre du projet européen AVIFLU (Slomka et al. d’éventuels problèmes de spécicité aient été rencontrés
2007). Ces protocoles permettent la détection classique dans certains cas, notamment l’obtention de faux positifs
d’amplicons, par électrophorèse en gel d’agarose avec dans des échantillons d’IA non H5 et/ou de bandes mul-
coloration au BET ou en gel SDS-PAGE avec coloration au tiples, de taille identique à celle de l’amplicon attendu.
nitrate d’argent. Les deux types d’amplicons obtenus cou- La PCR J3/B2a est moins sensible que la H5KHA,
vrent tous deux le site de clivage HA. Leur séquençage per- mais permet pourtant de détecter avec succès les
met donc d’obtenir l’information concernant le pathotype, amplicons H5 à partir d’échantillons cliniques. Des
c’est-à-dire IAFP ou IAHP. Les deux méthodes font appel difcultés de séquençage et de pathotypage ont tou-
à des paires d’amorces différentes et sont connues selon tefois été rencontrées. La spécicité semble meilleure
leurs acronymes : PCR H5KHA et PCR J3/B2a. Elles per- que celle obtenue en conditions de PCR H5KHA.
mettent la détection clinique des isolats H5 eurasiatiques Il serait donc plus approprié d’utiliser les deux
actuels, y compris les isolats d’IAHP H5N1 qui ont circulé méthodes pour la détection initiale d’un foyer primaire.

8.11.2 Protocole 1

Amorces
H5-kha-1: CCT CCA GAR TAT GCM TAY AAA ATT GTC
H5-kha-3: TAC CAA CCG TCT ACC ATK CCY TG
Remarquer l’insertion de nucléotides dégénérés, comme indiqué ci-dessus en gras.

Protocole
Utiliser le kit Qiagen OneStep RT-PCR (numéro de catalogue : 210212) pour la préparation de volumes de
50 L destinés à la PCR.
Réactif Concentration nale Volume requis pour une Total (L)
réaction (L)
Eau stérile exempte de Rnase / 28,8
Tampon PCR (53, fourni dans le kit 13 10
Qiagen OneStep RT-PCR)
Mélange de dNTP (10 mM de chaque, 0,4 mM de chaque 2
fourni dans le kit Qiagen)
Amorce H5-kha-1 (50 pmol/L, 50 M) 1 M 1
Amorce H5-kha-3 (50 pmol/L, 50 M) 1 M 1
Inhibiteur de RNase (40 U/L, Promega) 8U 0,2
Mélange d’enzymes pour PCR à une 2
étape (fourni dans le kit Qiagen)
Volume excluant la cible 45
Volume d’ARN extrait 5
Volume réactionnel nal 50
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 111

Conditions du processus cyclique

94 °C 94 °C 68 °C 68 °C

50 °C 15 min 30 sec 58 °C 2 min 7 min 4 °C

1 min
30 min
40 cycles

L’amplicon est identié sur gel d’agarose à 2 % ou sur gel SDS-acrylamide à 7 %, coloré à l’argent. La taille du fragment
amplié attendu est de 300–320 pb.

8.11.3 Protocole 2

Amorces
J3 : GAT AAA TTC TAG CAT GCC ATT CC
B2a : TTT TGT CAA TGA TTG AGT TGA CCT TAT TGG

Protocole
Utiliser le kit Qiagen OneStep RT-PCR (numéro de catalogue 210212) pour la préparation de volumes de 50-L desti-
nés à la PCR.
Réactif Concentration nale Volume requis pour une Total (L)
réaction (L)
Eau stérile exempte de Rnase / 28,8
Tampon PCR (53, fourni dans le kit 13 10
Qiagen OneStep RT-PCR)
Mélange de dNTP (10 mM de chaque, 0,4 mM de chaque 2
fourni dans le kit Qiagen)
Amorce J3 (50 pmol/L, 50 M) 1 M 1
Amorce B2a (50 pmol/L, 50 M) 1 M 1
Inhibiteur de RNase (40 U/L, Promega) 8U 0,2
Mélange enzymatique pour RT-PCR à 2
une étape (kit Qiagen)
Volume excluant la cible 45
Volume d’ARN extrait 5
Volume réactionnel nal 50

Conditions du processus cyclique

94 °C 94 °C 72 °C 72 °C

50 °C 15 min 45 sec 50 °C 2 min 10 min 4 °C

45 sec
30 min
35 cycles

L’amplicon est identié sur gel d’agarose à 2 % ou sur gel SDS-acrylamide à 7 %, coloré à l’argent. La taille du fragment
attendu est de 300-320 pb.
112 G. Cattoli et I. Monne

8.12 Protocole de détection spécifique électrophorèse en gel d’agarose avec coloration au

du sous-type du virus de l’influenza BET ou en gel SDS-PAGE avec coloration à l’ar-
aviaire H7, par RT-PCR en point final gent.
L’amplicon couvre le site de clivage HA ; son
Ce protocole de RT-PCR en deux étapes a donné de séquençage peut fournir l’information concernant le
bons résultats dans divers tests, menés dans le cadre pathotype, c’est-à-dire IAFP ou IAHP.
du projet européen AVIFLU (Slomka et al. 2007). Cette RT-PCR en deux étapes génère un amplicon
Il permet la détection classique de l’amplicon, par de 200-220 pb.

8.12.1 Préparation de l’ADNc

Amorces
GK 7,3 5’-ATG TCC GAG ATA TGT TAA GCA-3’
GK 7,4 5’ -TTT GTA ATC TGC AGC AGT TC-3’

Protocole
Réactif Concentration nale Réaction 1 3 (L)

ARN/ 10
Amorce GK 7,3 (50 M) 2,5 M 1

Chauffer jusqu’à 95 °C pendant 2 min puis placer immédiatement

le mélange sur de la glace
Ajouter les réactifs suivants :
Eau exempte de Rnase / 3
Tampon M-MLVRT (53) 13 4
Mélange de dNTP (10 mM) 0,5 mM de chaque 1
Inhibiteur de RNase (40 U/L) 20 U 0,5
MMLV-RT (200 U/L) 100 U 0,5
Volume réactionnel nal 20

Conditions du processus cyclique

42 °C
37 °C 45 min
15 min 4 °C
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 113

8.12.2 Amplification d’ADNc par PCR

Ce protocole a été évalué à l’aide des réactifs

contenus dans le kit AB Gene (numéro de catalo-
gue : AB-0575/DC/LD/A).

Protocole
Réactif Concentration nale Réaction 13 (L)
Eau exempte de RNase / 18
Mélange Reddy mélange mère pour PCR contenant des dNTP (23) 13 25
Amorce GK 7,3 (50 M) 1 M 2
Amorce GK 7,4 (50 M) 1 M 1

Volume total 45

ADNc 5

Volume réactionnel nal 50

Conditions du processus cyclique

94 °C 94 °C 72 °C 72 °C

30 min 30 sec 52 °C 45 sec 4,15 min 4 °C

30 sec
35 cycles

L’amplicon est identié sur gel d’agarose à 2 % ou sur gel SDS-acrylamide à 7 %, coloré à l’argent. La taille du
fragment attendu est de 200-220 pb.
114 G. Cattoli et I. Monne

8.13 Détection du virus de l’influenza de

type A par PCR qualitative
en temps réel (M Gene)

8.13.1 Détection d’ARN de type A

par RT-PCR en temps réel

Ce protocole fait usage de la série d’amorces sondes

élaborée précédemment par Spackman et al. (2002).
Le protocole de base a été évalué par d’autres auteurs
(Spackman et al. 2002 ; Slomka et al. 2007 ; Van Borm
et al. 2007). Le protocole de rRT-PCR en une étape
décrit ci-dessous fait usage du kit QuantiTect Multi-
plex RT-PCR (Qiagen, numéro de produit : 204643).

Amorces
Directe M+25 : AGA TGA GTC TTC TAA CCG AGG TCG
Reverse M-124: TGC AAA AAC ATC TTC AAG TCT CTG

Sonde
FAM M+64 : FAM-5’-TCA GGC CCC CTC AAA GCC GA-3’-TAMRA

Protocole
Réactif Concentration nale Réaction 1 3 (L)
SondeFAM M+64 (1 M) 100 nM 2,5
Mélange mère QuantiTect Multiplex RT-PCR (23) 13 12,5
Amorce M+25F (5 M) 300 nM 1,5
Amorce M-124R (5 M) 300 nM 1,5
Mélange QuantiTect Multiplex RT / 0,2
RNase-free water / 1,8
Volume total 20
Vortexer le mélange pendant quelques secondes.
Répartir des parties aliquotes de 20 L dans chaque tube.
ARN 5
Volume réactionnel nal 25

Conditions du processus cyclique

Ce protocole a été évalué sur les plateformes en temps réel : AB7300 (Applied Biosystems) et Rotorgene 6000 (Corbett). Les labo-
ratoires qui utilisent des plateformes d’instrumentation différentes doivent d’abord examiner ces conditions avec soin et de façon
critique, car elles peuvent ne pas être optimales sur des instruments différents.

95 °C 94 °C

50 °C 15 min 45 sec 60 °C

20 min 45 sec
40 cycles
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 115

8.14 Détection du sous-type les volailles (Monne et al. 2008). Ce protocole a été
hémagglutinine H5 du virus validé sur une grande variété d’isolats H5 appartenant
de l’influenza, par RT-PCR à la lignée eurasiatique. Ces isolats comprennent les
qualitative en temps réel, réalisé virus récents d’IAFP H5 circulant chez les volailles et
en une étape les oiseaux sauvages, ainsi que les virus IAHP H5N1
circulant en Asie centrale et de l’Est, au Moyen-Orient
Ce protocole a été élaboré et validé au laboratoire de et en Afrique.
référence italien de l’OIE/FAO (IZSVe, Legnaro– Le protocole a été élaboré à l’aide du kit Quanti-
Padoue). Il peut être couplé à une détection simultanée Tect Multiplex RT-PCR (Qiagen, numéro de produit :
de H7 et de H9 au cours de la PCR en temps réel. Il 204643).
fournit ainsi une méthode rapide et sensible de détec- Les nucléotides dégénérés sont indiqués en gras.
tion des sous-types d’IA à déclaration obligatoire chez

Amorces
Directe H5 F : TTA TTC AAC AGT GGC GAG
Inverse H5NE-R : CCA KAA AGA TAG ACC AGC

Sonde
FAM H5 : FAM-5’-CCC TAG CAC TGG CAA TCA TG-3’-TAMRA

Protocole
Réactif Concentration nale Réaction 13 (L)
Sonde FAM H5 (1 M) 150 nM 3,75
Mélange mère QuantiTect Multiplex RT-PCR (23) 13 12,5
Amorce H5F (5 M) 300 nM 1,5
Amorce H5NE-R (5 M) 300 nM 1,5
Mélange QuantiTect Multiplex RT 0,2
Eau exempte de RNase / 0,55
Volume total
Vortexer le mélange pendant quelques secondes. 20
Répartir des parties aliquotes de 20 L dans chaque tube.
ARN 5
Volume réactionnel nal 25

Conditions du processus cyclique

Ce protocole a été évalué sur les plateformes en temps réel : AB7300 (Applied Biosystems) et Rotorgene 6000 (Corbett). Les labo-
ratoires qui utilisent des plateformes d’instrumentation différentes doivent d’abord examiner ces conditions avec soin et de façon
critique, car elles peuvent ne pas être optimales sur des instruments différents.

95 °C 94 °C

50 °C 15 min 45 sec 54 °C

45 sec
20 min
40 cycles
116 G. Cattoli et I. Monne

8.15 Protocole alternatif pour la détec-

tion de virus de l’influenza aviaire
H5 par RT-PCR en temps réel

Amorces et sonde
Les amorces et la sonde ont été modiées par rapport à celles conçues initialement par Spackman et al.
(2002). Les séquences modiées sont les suivantes (Slomka et al. 2007b) :
H5LH1 : ACA TAT GAC TAC CCA CAR TAT TCA G
H5RH1 : AGA CCA GCT AYC ATG ATT GC
H5PRO : FAM-TCW ACA GTG GCG AGT TCC CTA GCA-TAMRA
Les nucléotides dégénérés sont indiqués en gras. Les amorces et la sonde ci-dessus comportent des
modications permettant la détection des virus actuels de l’inuenza aviaire eurasiatique H5 (incluant les
virus IAHP).

Mélange mère pour PCR H5 en temps réel

Le protocole suivant est basé sur la partie Méthodes de Spackman et al. (2002). Il a été mis en œuvre à
l’aide du kit QuantiTect Multiplex RT-PCR (Qiagen, numéro de produit : 204643).

Protocole
Réactif Concentration nale Réaction 13 (L)
Eau exempte de RNase / 4,95
Mélange mère QuantiTect Multiplex RT-PCR (23) 13 12,5
Amorce H5LH1 (5 M) 400 nM 2
Amorce H5RH1 (5 M) 400 nM 2
Sonde FAM PRO-H5 (6 M) 300 nM 1,25
RNasine (40 U/L) 4U 0,1
Mélange QuantiTect Multiplex RT 0,2
Volume total 23
Vortexer le mélange pendant quelques secondes.
Répartir des parties aliquotes de 23 L dans chaque tube.
ARN 2
Volume réactionnel nal 25

Conditions du processus cyclique

Ce protocole a été évalué sur les plateformes en temps réel : AB7300 (Applied Biosystems) et Rotorgene 6000 (Corbett). Les labo-
ratoires qui utilisent des plateformes d’instrumentation différentes doivent d’abord examiner ces conditions avec soin et de façon
critique, car elles peuvent ne pas être optimales sur des instruments différents.

95 °C 95 °C

50 °C 15 min 10 sec 54 °C

30 sec
30 min
40 cycles
8 Diagnostic moléculaire de l'influenza aviaire 117

8.16 Détection du sous-type volailles des sous-types d’IA à déclaration obliga-

hémagglutinine H7 du virus toire (Monne et al. 2008). Ce protocole a été validé
de l’influenza, par PCR qualitative sur une grande variété d’isolats H7 appartenant à
en temps réel, réalisé en une étape la lignée eurasiatique et incluant les virus récents
(Protocole IZSVe) d’IAFP H7 qui circulent chez les volailles et les
oiseaux sauvages en Europe et en Afrique, ainsi que
Ce protocole a été élaboré et validé au laboratoire de les virus IAHP H7 responsables des foyers survenus
référence italien de l’OIE/FAO (IZSVe, Legnaro– récemment en Europe (notamment H7N1 en Italie
Padoue). Il peut être couplé à la détection simultanée et H7N7 aux Pays-Bas).
de H5 et H9 au cours de la rPCR et fournit ainsi une Le protocole a été élaboré à l’aide du kit Quanti-
méthode rapide et sensible pour la détection chez les Tect Multiplex RT-PCR (Qiagen, Code 204643).

Amorces
Directe H7 F : TTT GGT TTA GCT TCG GG
Inverse H7-degR : GAA GAM AAG GCY CAT TG
Les nucléotides dégénérés sont indiqués en gras.

Sonde
VIC H7 : VIC-5’-CAT CAT GTT TCA TAC TTC TGG CCA T-3’-TAMRA

Protocole
Réactif Concentration nale Réaction 13 (L)

Sonde VIC H7 (1 M) 150 nM 3,75

Mélange mère QuantiTect Multiplex RT-PCR (23) 13 12,5
Amorce H7F (10 M) 300 nM 0,75
Amorce H7-degR (10 M) 900 nM 2,25
Mélange QuantiTect Multiplex RT 0,2
Eau exempte de Rnase / 0,55
Volume total 20
Vortexer le mélange pendant quelques secondes.
Répartir des parties aliquotes de 20 L dans chaque tube
ARN 5
Volume réactionnel nal 25

Conditions du processus cyclique

95 °C 94 °C

50 °C 15 min 45 sec 54 °C

20 min 45 sec
40 cycles
118 G. Cattoli et I. Monne

Références H5, H7 and H9 avian inuenza viruses. J Clin

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33(4):432-437 Epizooties, Paris, France, 258
EC (European Commission) (2006) Commission Slomka MJ, Coward VJ, Banks J et al. (2007)
Decision 2006/437/EC of 4 August 2006 approving Identication of sensitive and specic avian
a Diagnostic Manual for avian inuenza as provi- inuenza polymerase chain reaction methods
ded for in Council Directive 2005/94/EC (notied through blind ring trials organized in the Euro-
under document number C(2006) 3477) Available pean Union. Avian Dis 51(1 Suppl):227-234
at: [Link] Slomka MJ, Pavlidis T, Banks J et al. (2007b) Vali-
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 Caractéristiques cliniques et anatomopathologiques
de l’infection causée par le virus de la maladie de 9
Newcastle ; directives pour la visite des élevages et
le diagnostic différentiel
Calogero Terregino et llaria Capua

9.1 Introduction consécutive à la vaccination contre la MN est inuen-

cée par de nombreux facteurs. Ces facteurs compren-
Les principales preuves concernant les aspects cli- nent les maladies immunodépressives sous-jacentes,
niques de l’infection par le paramyxovirus aviaire de la qualité et le type du vaccin, ainsi que le nombre
type 1 (APMV-1) ont été obtenues chez les volailles d’administrations. Les signes cliniques de l’infection
et notamment les poulets. Beard et Hanson (1984) même avec des virus hautement virulents peuvent
ont identié cinq pathotypes viraux (tableau 9.1), en donc ne pas être aussi manifestes que ceux décrits et
se basant sur l’incidence et la sévérité des manifesta- illustrés dans ce chapitre.
tions cliniques. Les manifestations cliniques de cette
maladie sont très variables et aucun signe ni lésion ne
peut être considéré comme étant pathognomonique 9.2 Poulets et dindes
(McFerran et McCracken 1988).
Les signes cliniques engendrés par un même virus La MN vélogène est une affection aiguë, atteignant
sont inuencés par de nombreux facteurs. Ces fac- les oiseaux de tous âges et de toutes catégories. Chez
teurs incluent l’espèce infectée, l’âge et l’état de pro- les oiseaux immunologiquement naïfs, la MN est
ductivité ou de santé de l’hôte, notamment lorsqu’il y souvent caractérisée par l’apparition soudaine des
a co-infection avec d’autres virus, bactéries ou para- manifestations cliniques. Certains oiseaux meurent
sites. Par ailleurs, la vaccination contre l’infection brutalement, avant l’apparition des signes cliniques,
causée par le virus de la maladie de Newcastle (MN) alors que d’autres présentent des signes de maladie
est menée à l’échelle mondiale. Les signes cliniques plus courants, tels que l’anorexie, les plumes ébou-
peuvent donc varier selon le degré d’immunité envers riffées et les ailes tombantes. Chez les pondeuses, le
le virus, laquelle peut être acquise passivement par signe le plus marqué est la baisse de la production
l’intermédiaire des anticorps maternels ou induite d’oeufs ou l’arrêt total de la ponte. Les œufs sont
activement par le biais de la vaccination. L’immunité souvent malformés, avec des coquilles minces et

Tableau 9.1 Évolution clinique de l’infection par le paramyxovirus aviaire de type 1 (APMV-1) chez les poulets (Gallus
gallus var. dom.) (Version modiée des travaux de Beard et Hanson. 1984), selon le pathotype et le tropisme du virus
Vélogène Mésogène Lentogène Entérique asymptomatique
Viscérotrope Neurotrope
Diarrhée +++ - - - -
Détresse respiratoire - +++ ++ (+) -
Signes du système nerveux central (++) +++ (++) - -
Baisse de la production d’œufs +++ +++ ++ (+) -
Morbidité +++ +++ ++ (+) -
Mortalité +++ ++ + (+) -

Gravité des signes observés : +++ grave, ++ intermédiaire, + bénin, ( ) signes cliniques observés uniquement chez les oiseaux
atteints ou les oiseaux jeunes, - absent

119
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
120 C. Terregino et I. Capua

un albumen aqueux. Selon le tropisme de la souche atteindre 100 %, alors que chez les poulets adultes
incriminée, les manifestations cliniques apparais- en bonne santé, elle se situe entre 5 % et, exception-
sent en majeure partie sur le tractus gastro-intesti- nellement, 50 %. Les principaux signes cliniques de
nal (souche dite vélogène viscérotrope, MNVV) et l’infection par un virus mésogène sont une baisse de
causent une entérite grave, caractérisée par une diar- la production d’œufs, des œufs de mauvaise qualité
rhée, souvent de couleur verte. En revanche, dans les (sans coquille ou à coquille décolorée) (Figs 9.7, 9.8),
formes vélogènes neurotropes, on observe principa- ainsi qu’une diminution de la consommation de nour-
lement une détresse respiratoire, suivie de troubles du riture. Toutefois, la plupart des virus dits mésogènes
système nerveux central (Figs 9.1-9.6). Pour les deux ne sont pas d’origine sauvage. Il s’agit plutôt de virus
formes vélogènes, les taux de mortalité des oiseaux vélogènes ayant été atténués par diverses techniques
pleinement sensibles atteignent les 90-100 %. Cer- de laboratoire. Il existe des preuves démontrant que
tains virus vélogènes provoquent une maladie moins ces virus peuvent réintégrer le phénotype virulent
grave chez les dindes que chez les poulets. après un passage sur poulets.
En revanche les manifestations cliniques d’une Les pathotypes lentogènes tels que B1 et La Sota,
infection par des virus mésogènes dépendent beau- sont généralement non pathogènes chez les oiseaux
coup de l’âge des animaux infectés. Chez les jeunes adultes et sont utilisés comme vaccins atténués.
oiseaux, la morbidité au sein d’un troupeau peut S’ils sont administrés à des poulets de 1 à 7 jours,

Fig. 9.1 Poules pondeuses, infectées naturellement par un Fig. 9.2 Poule pondeuse, infectée naturellement par le virus
virus de la maladie de Newcastle (MN) appartenant au patho- MN appartenant au pathotype vélogène neurotrope et pré-
type vélogène neurotrope et présentant des signes nerveux. sentant des signes nerveux graves accompagnés de torticolis
et de parésie.

Fig. 9.3 Poule pondeuse, infectée naturellement par le virus Fig. 9.4 Poule pondeuse en cage, infectée naturellement par
MN, appartenant au pathotype vélogène neurotrope et pré- le virus MN, appartenant au pathotype vélogène neurotrope
sentant un torticolis. et présentant des signes nerveux accompagnés de parésie.
9 Caractéristiques cliniques et anathomopathologiques de l’infection causée par le virus de la maladie de Newcastle... 121

Fig. 9.5 Poule pondeuse, infectée naturellement par le virus Fig. 9.6 Poulet infecté expérimentalement par le virus MN
MN appartenant au pathotype vélogène neurotrope et pré- appartenant au pathotype vélogène neurotrope et présentant
sentant des signes nerveux accompagnés d’une incoordina- un torticolis et une paralysie des doigts. (Avec l’aimable
tion des mouvements musculaires. autorisation du Dr Zenon Minta.)

Fig. 9.7 Œufs à coquille molle, de forme irrégulière et déco-

lorés, produits par des poules atteintes de MN.

Fig. 9.8 Œufs décolorés produits par des poules atteintes de

MN (à droite).

ces mêmes virus peuvent entraîner une diminution de l’infection par le virus MN sont également forte-
de la consommation alimentaire et des troubles res- ment inuencées par le statut immunitaire de l’animal.
piratoires caractérisés par des éternuements et des Par exemple, chez les animaux immunodécients
crépitements (Alexander, 2003). infectés par des souches de MN de faible virulence,
En sus de l’âge des animaux infectés, les co-infec- l’infection concomitante par d’autres virus (tels que le
tions par d’autres microorganismes dont Mycoplasma, virus de la bursite infectieuse responsable de la maladie
Escherichia coli ou d’autres pathogènes viraux de de Gumboro, le virus de l’anémie infectieuse du pou-
type (metapneumovirus) APMV, peuvent entraîner une let, le virus de l’entérite hémorragique ou le virus de
variabilité de l’évolution clinique de la MN ainsi que la maladie de Marek) peut conduire à une maladie cli-
des signes cliniques plus prononcés (Gross 1961; Kim nique manifeste et à des pertes économiques liées à la
et al. 1978, Nakamura et al. 1994). Les conséquences diminution des performances et à la mortalité.
122 C. Terregino et I. Capua

9.3 Autruches 9.5 Canards, oies et cygnes

Les autruches (Struthio camelus) sont considérées Certains oiseaux aquatiques sont connus pour être
comme étant modérément sensibles à la MN. Des particulièrement résistants aux manifestations
foyers ont été rapportés dans les zoos et les élevages cliniques de la MN, malgré leur sensibilité à l’in-
d’autruches (Alexander 2000). Les signes cliniques fection, mais celle-ci a parfois été associée à un
de la maladie incluent le manque d’appétit, l’apathie, état clinique bénin, voire sévère. Dans les foyers
l’ataxie et le torticolis. Chez les animaux adultes, la MN concernant des oies, des signes vont des plumes
dure environ de 3 à 16 jours (Kauker et Siegert 1957 ; ébouriffées ou de l’abattement à une infection systé-
Verwoerd 1995). Les manifestations cliniques sont pré- mique sévère accompagnée d’anorexie, de diarrhée
dominantes chez les oiseaux plus jeunes, âgés de 5 à blanche, d’écoulements oculaire et nasal et de pau-
9 mois. Les signes cliniques sont ceux impliquant le sys- pières rouges et œdémateuses chez certains oiseaux.
tème nerveux tels que la paralysie atonique du cou, le La maladie se propage très rapidement et présente
torticolis, les convulsions rythmiques des muscles du dos, une létalité élevée. Certains oiseaux meurent en une
l’œdème de la tête et la paralysie totale. Ils provoquent nuit ; d’autres meurent peu après l’apparition des
la mort d’environ 30 % des animaux infectés (Samberg signes cliniques et d’autres encore après une évolu-
et al. 1989). Des manifestations cliniques différentes ont tion relativement longue de la maladie (allant de 3 à
été rapportées chez les poussins d’autruches élevés en 12 jours après l’infection).
cage, notamment la détresse respiratoire provoquée par La maladie naturelle de canards domestiques
une trachéite hémorragique (Huchzermeyer 1996). n’est qu’exceptionnellement rapportée et s’ac-
compagne de mortalité et de signes nerveux aigus
(Kingston et al. 1978). Chez les Anatidés sauvages,
9.4 Gibiers à plumes l’infection naturelle conduisant à une maladie cli-
nique n’a été que rarement citée. Bozorgmehri-
Les cas de manifestations cliniques faisant suite à Fard et Keyvanfar (1979) ont constaté des morts
une infection naturelle ont rarement été rapportés rapides chez des sarcelles capturées (Anas crecca)
chez les oiseaux de gibier ; et ce, malgré le fait que à partir desquelles le virus APMV-1 avait été isolé.
les perdrix et les faisans soient hautement sensibles à Après infection naturelle par l’APMV-1, Estudillo
la MN (Aldous et Alexander 2008). Chez les faisans, (1972) a décrit des signes respiratoires, entériques
les signes cliniques rapportés dans les foyers naturels et affectant le système nerveux central chez un
sont très variables et ressemblent à ceux observés chez cygne tuberculé (Cygnus olor) et un cygne trom-
les poulets. La maladie peut se manifester sous une pette (Cygnus buccinator) ainsi que des signes res-
forme aiguë, apparaissant de façon soudaine et s’ac- piratoires et affectant le système nerveux central
compagnant de signes nerveux (incoordination, trem- chez une oie des neiges (Chen caerulescens) et une
blements de la tête) et d’une mortalité élevée. Elle oie canadienne (Branta canadensis).
peut aussi se présenter sous une forme bénigne, avec Chez des colverts adultes, les signes cliniques
pour seuls signes cliniques perceptibles la détresse sont apparus 2 jours après l’inoculation expérimen-
respiratoire, la cécité et l’ataxie. La MN existe sous tale de la forme hautement virulente du virus MN,
une forme subclinique (asymptomatique) ainsi que isolé à partir de poulets (Friend et Trainer 1972;
plusieurs formes intermédiaires. Les signes cliniques Friend et Franson, 1999). Les colverts étaient ini-
se traduisent par des ailes tombantes, de l’abattement, tialement étendus sur le sternum, les pattes légère-
un manque d’appétit, une détresse respiratoire avec ment allongées sur les côtés. Ils devenaient ensuite
bec béant, de la toux, des éternuements, des gar- progressivement incapables de se lever lorsqu’on
gouillements et des râles, ainsi qu’une diarrhée vert les approchait et effectuaient un mouvement de
jaunâtre. Dans les élevages de pondeuses, des signes pédalage des deux pattes, en tentant vainement de
précoces de la maladie se traduisent souvent par une s’enfuir. La respiration de ces oiseaux était rapide
chute soudaine de la production d’œufs ainsi qu’une et profonde. Les autres colverts étaient incapables
grande proportion d’œufs présentant des coquilles de soutenir la tête. Un torticolis et un échissement
anormales (molles). Les oiseaux jeunes sont particu- des ailes sont apparus au quatrième jour, suivis
lièrement sensibles, avec une mortalité pouvant être d’une paralysie de l’une ou des deux pattes. Les
extrêmement élevée et des signes nerveux souvent tremblements musculaires étaient également de
permanents chez les survivants. plus en plus perceptibles à ce stade.
9 Caractéristiques cliniques et anathomopathologiques de l’infection causée par le virus de la maladie de Newcastle... 123

9.6 Pigeons (Columba livia) initialement, des signes généraux tels qu’un mau-
vais état de santé, une diminution de la consomma-
Chez les pigeons, les manifestations cliniques de tion d’aliment, une augmentation du besoin de boire
l’infection par le virus MN sont très variables et (polydipsie), une augmentation de l’excrétion d’urée,
dépendent principalement de l’âge et du statut une léthargie, une incapacité à voler et des plumes
immunitaire de l’oiseau, ainsi que de la pathogéni- ébouriffées. Au cours des jours suivants, il y a appa-
cité de la souche virale responsable de l’infection. rition des signes cliniques des troubles nerveux :
Les pigeons et les Colombiformes en général sont incoordination, démarche anormale, tremblements,
essentiellement infectés par l’APMV-1 variant parésie des pattes et/ou des ailes, échissement de la
appelé paramyxovirus de type 1 variant pigeon tête, torticolis et diarrhée verdâtre.
(PPMV-1). Ce virus est actuellement enzootique
chez les populations de pigeons du monde entier.
L’infection par le PPMV-1 doit toujours être envi- 9.7 Oiseaux de compagnie
sagée lorsque des pigeons sont atteints de morta-
lité excessive ou de maladie bénigne à sévère. Les Chez les perroquets, les manifestations cliniques
pigeons juvéniles sont très sensibles à l’infection. La de l’infection par l’APMV-1 sont très variables et
morbidité et la mortalité peuvent parfois atteindre dépendent de l’espèce et du virus impliqué dans le
les 100 %, avec prédominance des signes nerveux. foyer (Gerlach 1994 ; Kaleta et Baldhof 1988). Le
En revanche, les adultes peuvent connaître une gué- temps d’incubation est généralement de 3-6 jours,
rison complète après 10-14 jours de maladie. Chez mais peut se prolonger jusqu’à 14 jours.
les oiseaux adultes, la morbidité est variable et se Dans certains foyers, la mortalité peut atteindre les
situe le plus souvent en dessous des 10 %. La mort 100 %. Mais dans d’autres cas, elle peut ne pas dépas-
survient à la suite d’une maladie chronique et d’une ser 22 %. La morbidité, la mortalité et les manifesta-
émaciation. L’infection subclinique semble égale- tions cliniques sont très variables selon les différentes
ment courante et contribue à la propagation du virus. espèces (Erickson et al. 1977b ; Sallerman 1973). Les
La période d’incubation est de 7-12 jours (Alexander signes cliniques peuvent être non spéciques, notam-
et al. 1984) ; le virus est excrété dans les fèces dès le ment l’abattement, l’apathie et les plumes ébouriffées,
2e jour suivant l’infection (Alexander et Parsons la diarrhée verdâtre, la polyurie ainsi que des signes
1984). L’infection peut se propager directement pen- ultérieurs d’une atteinte du système nerveux. Certains
dant la période d’excrétion ou indirectement à travers oiseaux de compagnie peuvent guérir de l’infection et il
les matières contaminées (cages, véhicules de trans- a été démontré qu’ils excrètent le virus pendant un inter-
port, matériel d’exposition). valle de temps prolongé – parfois même pendant plus
Chez les oiseaux naïfs, les signes cliniques sont d’une année, chez certains psittacidés (Erickson 1977a).
semblables à ceux de la forme neurotrope de la MN Après infection expérimentale avec des titres
affectant les poulets. Les oiseaux atteints présentent, élevés d’une souche hautement virulente chez les

Fig. 9.9 Canari (Serinus canarius) atteint par du virus MN Fig. 9.10 Canari (Serinus canarius) atteint du virus MNV
virulent (MNV) et présentant de l’abattement et des plumes et présentant des signes nerveux.
ébouriffées en phase aiguë de la maladie.
124 C. Terregino et I. Capua

poulets, les canaris (Serinus canarius) se sont mon- 9.8 Lésions macroscopiques
trés résistants à la maladie clinique (Terregino et al.
2004). Les signes cliniques, s’ils sont présents, peu- De même que pour les signes cliniques, les lésions
vent inclure une prostration (Fig. 9.9) ainsi que des macroscopiques et les organes atteints des oiseaux
signes nerveux (incoordination, torticolis, allonge- infectés par le virus MN dépendent du pathotype du
ment sur le dos) précédant la mort (Fig. 9.10). virus en cause, de l’hôte et de tous autres facteurs

Fig. 9.11 Pétéchies autour des conduits de la zone glandu-

laire du proventricule. (Avec l’aimable autorisation de A. H.
Zahdeh J.)

Fig. 9.14 Poulet de chair, infecté naturellement par du virus

MNV et présentant une hypertrophie de la rate et une mar-
brure provoquée par la nécrose. (Avec l’aimable autorisation
de Corrie Brown.)

Fig. 9.12 Pintade, infectée naturellement par du virus MNV

et présentant une pancréatite et des lésions hémorragiques
nécrotiques au niveau de l’intestin.

Fig. 9.15 Poulet, infecté naturellement par du virus MNV

Fig. 9.13 Faisan, infecté naturellement par du virus MNV et présentant des lésions hémorragiques au niveau des amyg-
et présentant une pancréatite et une duodénite. dales cæcales, visibles à travers la paroi de la séreuse.
9 Caractéristiques cliniques et anathomopathologiques de l’infection causée par le virus de la maladie de Newcastle... 125

Fig. 9.16 Poulet, infecté naturellement par du virus MNV et Fig. 9.17 Poulet, infecté naturellement par du virus MNV et
présentant des lésions hémorragiques nécrotiques au niveau présentant des lésions hémorragiques nécrotiques au niveau
du tissu lymphatique intestinal. du tissu lymphatique intestinal. (Avec l’aimable autorisation
de Zenon Minta.)

Fig. 9.18 Poulet, infecté expérimentalement par du virus MNV Fig. 9.19 Pintade, infectée expérimentalement par du virus
et présentant des lésions hémorragiques nécrotiques au niveau MNV et présentant des lésions hémorragiques nécrotiques
du tissu lymphatique intestinal et visibles à travers de la séreuse du tissu lymphatique intestinal, visibles à travers la paroi
intestinale. (Avec l’aimable autorisation de Zenon Minta.) intestinale.

déterminant la gravité de la maladie. Aucune lésion vent présentes sur la muqueuse du proventricule, à
pathognomonique n’est associée à aucune variante proximité de la base des papilles, et sont concen-
particulière de la maladie. Les lésions macro- trées autour des orices postérieurs et antérieurs.
scopiques peuvent également être inexistantes. La rate, les plaques de Peyer, les amygdales
Suite à une atteinte par le virus MN virulent, les cæcales et d’autres formations lymphoïdes (Fig.
cadavres d’oiseaux agonisants sont généralement 9.14) situées principalement au niveau de la paroi
d’aspect évreux et déshydraté. Dans les formes intestinale, sont considérablement atteintes, d’où
aiguës de l’infection causée par ces virus, des le terme viscérotrope attribué à cette forme de MN
hémorragies diffuses peuvent être les seules lésions (Figs 9.15-9.17). Ces zones deviennent progressive-
manifestes. Les lésions hémorragiques associées à ment œdémateuses, hémorragiques, nécrotiques et
une infection par du virus MN virulent se situent ulcéreuses. Chez les poulets morts de MNVV, les
souvent sur l’intestin, majoritairement au niveau de zones lymphoïdes peuvent parfois être observées
la muqueuse du proventricule (Fig. 9.11), du cæcum sans ouverture des intestins (Figs 9.18-9.20).
et de l’intestin grêle. Des foyers nécrotiques sont Les ovaires peuvent devenir œdémateux, hémor-
parfois observés sur le pancréas (Figs 9.12, 9.13). ragiques ou dégénérescents. Chez les pondeuses,
Des pétéchies et de petites ecchymoses sont sou- on observe fréquemment une péritonite avec ponte
126 C. Terregino et I. Capua

Fig. 9.20 Poule pondeuse, infectée naturellement par du Fig. 9.21 Poule pondeuse infectée par la MN et présentant
virus MNV et présentant des lésions hémorragiques nécro- une péritonite avec ponte abdominale. (Avec l’aimable auto-
tiques du tissu lymphatique intestinal, visibles à travers la risation de Desiree Jansson.)
paroi intestinale.

Fig. 9.22 Faisan, infecté naturellement par du virus MNV et Fig. 9.23 Pintade, infectée naturellement par du virus MNV et
présentant des hémorragies au niveau du larynx. présentant une pneumonie bilatérale accompagnée d’hémorragies.

abdominale (Fig. 9.21) causée par la MNVV ; les 9.9 Directives pour la visite
poules convalescentes pondent généralement des des élevages
œufs rugueux et malformés.
Les lésions macroscopiques ne sont générale- Lors de l’investigation des foyers suspects, il est
ment pas présentes au niveau du système nerveux essentiel de recueillir le détail des antécédents cli-
central des oiseaux infectés par le virus MN, indé- niques et des observations effectuées sur le terrain.
pendamment du pathotype et de l’espèce. Si la mala- Les informations doivent inclure l’apparition et le
die se manifeste au niveau des voies respiratoires, type des signes cliniques, la mortalité et la mor-
les modications pathologiques macroscopiques bidité, l’âge et l’espèce des oiseaux, ainsi que les
consistent principalement en une hémorragie de procédures de gestion comprenant l’historique de la
la muqueuse et une congestion importante de la vaccination (voir aussi 6.4.2 et Annexe 2).
trachée et des poumons (Figs 9.22, 9.23). L’aéro-
sacculite peut être observée, même après infection
par des souches de faible virulence, et favorise une
infection bactérienne secondaire accompagnée d’un
épaississement des sacs aériens et d’exsudats catar-
rhaux et caséeux.
9 Caractéristiques cliniques et anathomopathologiques de l’infection causée par le virus de la maladie de Newcastle... 127

9.9.1 Résumé des principaux signes Dans les cas d’infection naturelle, les souches
cliniques associés à l’infection mésogènes du virus MN provoquent généralement
par la MN des maladies respiratoires. Chez les oiseaux adultes,
on peut observer une chute marquée de la produc-
La période d’incubation de la MN suite à une exposition tion d’œufs qui se prolonge parfois pendant plu-
naturelle, varie de 2 à 15 jours (5-6 jours en moyenne). sieurs semaines. Les signes nerveux sont rares. La
La vitesse à laquelle les signes apparaissent, s’il en mortalité chez les volailles est généralement faible,
existe, dépend du virus en cause, de l’espèce hôte, de sauf chez les oiseaux très jeunes et sensibles. Mais
son âge et de son statut immunitaire, de l’infection par elle peut être considérablement affectée par des
d’autres organismes, des conditions environnementales, conditions aggravantes.
des types d’exploitations avicoles, du mode d’exposi- Les virus lentogènes n’entraînent généralement
tion et de la dose. Les signes cliniques observés sur le pas de maladie chez les oiseaux adultes. Chez les
terrain sont variables et reètent la virulence et le tro- oiseaux jeunes et pleinement sensibles, des pro-
pisme du virus impliqué, ainsi que l’espèce de l’hôte, blèmes respiratoires graves et souvent mortels sur-
son âge et son statut immunitaire (McFerran et McCrac- viennent à la suite d’une infection par les souches
ken 1988). Chez les oiseaux non vaccinés et infectés par La Sota de plus forte pathogénicité, en particulier
des virus extrêmement virulents, la MN est suspectée chez les oiseaux co-infectés par d’autres microor-
dans tout élevage dans lequel des morts soudaines ou ganismes. La vaccination ou la contamination de
une mortalité élevée apparaissent à la suite d’une pros- poulets de chair sur le point d’être abattus peuvent
tration, d’un manque d’appétit, de signes respiratoires entraîner une colisepticémie ou une aéro-sacculite
ou entériques et d’une chute drastique de la production aboutissant à la saisie.
d’œufs. Malgré l’absence de tout autre signe clinique, la Chez d’autres hôtes, les signes cliniques peuvent
maladie peut apparaître subitement et la mortalité peut différer largement de ceux observés chez les poulets.
être élevée. Dans les foyers survenus chez les poulets Puisque les manifestations cliniques de cette mala-
infectés par un virus de pathotype vélogène viscéro- die sont très variables et qu’aucun signe ne peut être
trope (MNVV), les signes cliniques débutent souvent considéré comme pathognomonique, le diagnostic
par une apathie, une augmentation de la cadence res- absolu dépend de l’isolement et de l’identication
piratoire et une faiblesse et se terminent par la prostra- du virus causal.
tion et la mort. Lors de la panzootie provoquée par ce
type de virus de 1970-1973, la maladie fut caractérisée
par des signes respiratoires sévères dans des pays tels 9.10 Diagnostic différentiel
que la Grande-Bretagne (Allan et al. 1978) et l’Irlande
du Nord (McFerran et McCracken 1988). Ces signes Aucun des signes cliniques ni des lésions décrites
étaient cependant absents dans d’autres pays. Ce type ci-dessus ne sont spéciques de la MN. Tout dia-
de MNVV peut provoquer un œdème péri-oculaire et gnostic clinique sur le terrain doit donc obligatoi-
de la tête. Une diarrhée verte est souvent observée chez rement être conrmé en laboratoire. Les signes
les oiseaux qui ne meurent pas en début d’infection ; des cliniques et l’évolution de la MNVV peuvent res-
tremblements musculaires, un torticolis, une paralysie sembler fortement à ceux d’un grand nombre de
des pattes et des ailes et de l’opisthotonos peuvent être maladies aviaires :
observés avant la mort. Le taux de létalité atteint souvent • Inuenza aviaire (hautement pathogène, IAHP)
les 100 % dans les lots de poulets pleinement sensibles. • Choléra des volailles
La forme vélogène neurotrope de la MN (MNVN) • Laryngotrachéite (forme aiguë)
a été principalement rapportée aux États-Unis. Chez • Variole aviaire (forme diphtérique)
les poulets, elle est caractérisée par l’apparition sou- • Ornithose (psittacose ou chlamydiophylose)
daine d’une maladie respiratoire sévère suivie de (psittacidés et pigeons)
signes nerveux apparaissant un ou deux jours plus • Bronchite infectieuse
tard. La production d’œufs chute de façon drastique • Maladie de Pacheco du perroquet (psittacidés)
mais la diarrhée est généralement absente. La morbi- • Infections de certains psittacidés par les para-
dité peut atteindre les 100 %. Chez les lots atteints, le myxovirus aviaires de types 3 et 5
taux de létalité est généralement beaucoup plus faible, • Bursite infectieuse (maladie de Gumboro) (souches
bien que la mortalité puisse atteindre les 50 % chez très virulentes)
les oiseaux adultes et les 90 % chez les jeunes poulets. • Salmonellose (pigeons)
128 C. Terregino et I. Capua

• Autres infections septicémiques (Escherichia coli, Gerlach H (1994) Viruses. In: Avian Medicine: prin-
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 Méthode conventionnelle de diagnostic
de l’infection par le virus de la maladie
de Newcastle
10
Calogero Terregino et llaria Capua

10.1 Isolement du virus sur œufs la formation de syncytiums. Il s’agit de grandes cel-
de poule embryonnés lules plurinucléées résultant de la fusion de plusieurs
cellules. Dans les cellules d’embryon de poussin, la
L’isolement du virus s’effectue selon le protocole éta- formation de plages de lyse a lieu uniquement pour les
bli par l’Organisation mondiale pour la santé animale virus vélogènes et mésogènes ; sauf lorsque le milieu
(OIE) et selon les normes européennes (OIE, 2008 ; de culture est additionné d’ions Mg2+, de diéthylami-
UE, 92/66). Il peut être réalisé sur œufs de poule noéthyl-dextran (DEAE) ou de trypsine.
embryonnés ou sur culture cellulaire. La procédure Certaines souches de paramyxovirus de type 1
d’isolement viral sur œufs de poule embryonnés est (PP-MV-1) du pigeon sont difciles à isoler sur œufs
identique à celle décrite pour l’inuenza aviaire (IA), de poule embryonnés, mais se développent bien sur
au chapitre 7. HEP. Par conséquent, en cas de suspicion de conta-
• Un échantillon produisant un résultat positif lors mination de l’échantillon par le virus PPMV-1, il
du test d’hémagglutination rapide doit faire l’ob- faut tenter d’isoler le virus sur les deux substrats.
jet de tests supplémentaires incluant le titrage de Le titre viral obtenu sur culture cellulaire est
l’activité hémagglutinante (HA). Cette procédure généralement très bas. Il est donc nécessaire d’ef-
permet de conrmer et d’évaluer l’HA : condi- fectuer un passage des isolats sur œufs de poule
tions nécessaires à l’identication de l’HA lors embryonnés avant de caractériser le virus.
du test d’inhibition de l’hémagglutination (IHA). Une description détaillée du test d’hémaggluti-
Si un laboratoire n’est pas en mesure d’effectuer le nation sur boîtes de Pétri (test d’hémagglutination
test IHA, le liquide allantoïque hémagglutinant doit rapide) est donnée au chapitre 7, page 79.
être expédié à un laboratoire national ou internatio-
nal de référence an de conrmer le diagnostic.
10.3 Caractérisation du virus
de la maladie de Newcastle
10.2 Cultures cellulaires par des méthodes sérologiques

Les souches de virus de la maladie de Newcastle On découvre souvent des isolats de virus de la maladie
(ND) peuvent se multiplier dans une large gamme de de Newcastle dans les échantillons soumis aux labora-
cultures cellulaires d’origine aviaire ou non aviaire. toires de virologie aviaire. Ces isolats comportent des
Les cultures cellulaires les plus largement utilisées virus virulents responsables de maladies sur le terrain et
incluent : les hépatocytes d’embryons de poulet des virus non virulents utilisés comme vaccins vivants
(HEP), les broblastes d’embryons de poulet (FEP), ou naturellement présents chez les oiseaux. Il est donc
les cellules rénales de singe vervet d’Afrique (Vero) et essentiel que les laboratoires d’analyse diagnostique
les cellules de réticulum d’embryon de poulet (CER). soient équipés pour identier les isolats de ND et les
La croissance virale entraîne généralement des alté- différencier des autres agents hémagglutinants. Les
rations du tapis cellulaire. Ce phénomène est connu liquides allantoïques présentant une activité hémagglu-
sous le nom d’effet cytopathique (ECP). Du fait de tinante doivent faire l’objet d’un test IHA. L’activité
certaines propriétés du virus ND, la multiplication hémagglutinante virale des virus cultivés sur œufs
virale provoque une perturbation du tapis cellulaire par de poule peut provenir d’un des neuf sérotypes de

129
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
130 C. Terregino et l. Capua

paramyxovirus aviaires ou d’un des 16 sous-types 10.4.3 Évaluation de la pathogénicité

d’hémagglutinine d’inuenza de type A connus pour par les méthodes conventionnelles
infecter les oiseaux. L’identité du virus peut être conr-
mée par un test IHA réalisé à l’aide d’antisérums poly- [Link] Classification basée sur les signes cliniques
clonaux spéciques. Si l’isolat et l’antisérum sont homo-
logues, l’activité hémagglutinante du virus est inhibée. Cinq groupes de souches d’APMV-1 ont été diffé-
Cependant, l’interprétation des résultats doit être effec- renciés en fonction des signes cliniques observés
tuée avec précaution puisque des réactions croisées peu- chez les poulets exempts d’agents pathogènes spé-
vent se produire entre virus appartenant à des sérotypes ciques (EOPS) infectés expérimentalement (Beard
différents. Par exemple, lors de tests IHA réalisés à l’aide et Hanson, 1984).
d’antisérums polyclonaux, on rapporte que le virus ND Les souches virulentes provoquant une morta-
(APMV-1) a démontré un certain degré de réactivité lité élevée accompagnée de lésions hémorragiques
croisée avec plusieurs autres sérotypes de paramyxovi- du tube digestif sont dites vélogènes viscérotropes
rus aviaires, notamment des isolats d’APMV-3 prove- (VVND), alors que les souches responsables d’une
nant de psittacidés. Le risque d’effectuer un mauvais dia- mortalité élevée accompagnée de signes nerveux
gnostic peut être éliminé par l’utilisation d’un éventail de et respiratoires sont dites vélogènes neurotropes
sérums et d’antigènes de référence. (NVND). Les souches mésogènes se caractérisent
La conrmation du diagnostic de la ND est basée par le fait qu’elles provoquent des signes respira-
sur la caractérisation par le test IHA réalisé à l’aide toires et nerveux chez les animaux infectés, mais
de sérums de sous-types de paramyxovirus aviaires avec une mortalité généralement faible. Les souches
de référence tel que décrit au chapitre 7. lentogènes provoquent, typiquement, une infection
des voies respiratoires bénigne ou inapparente, alors
que les souches avirulentes à tropisme intestinal
10.4 Tests sérologiques destinés entraînent une infection intestinale inapparente.
à être utilisés pour la détection
d’anticorps spécifiques du virus
de la maladie de Newcastle [Link] Délai moyen de l’effet létal et formation
des plages de lyse
10.4.1 Introduction
Une estimation de la virulence basée sur l’effet létal
La détection d’anticorps spéciques du virus ND est un variable des virus sur les embryons de poulet a été
test de routine des laboratoires de virologie aviaire. En initialement décrite par Hanson et Brandly (1955).
général, les tests sérologiques sont réalisés an d’éva- Le délai moyen de l’effet létal est basé sur l’expé-
luer la réponse immune à l’administration d’un vac- rience selon laquelle les virus virulents tuent plus
cin ou de détecter une séroconversion survenue après rapidement les embryons que ceux ayant une viru-
infection naturelle. Cette dernière peut être vériée par lence plus faible. Les souches vélogènes tuent les
la détection d’anticorps chez des oiseaux naïfs (non vac- embryons en moins de 60 heures, les souches méso-
cinés) ou par l’augmentation du titre d’anticorps (d’au gènes en 60 à 90 heures et les souches lentogènes en
moins quatre fois) chez des oiseaux vaccinés. plus de 90 heures (Alexander 1988). Actuellement,
L’analyse quantitative la plus couramment utilisée la détermination du délai moyen de l’effet létal n’est
est le test IHA réalisé selon la même procédure que pas considérée comme étant un test able de carac-
celle décrite pour l’IA sauf qu’ici l’antigène de réfé- térisation des isolats de virus ND associés aux épi-
rence contient des virus APMV-1. Le test IHA est éga- zooties. Elle ne gure pas dans la directive 92/66/
lement considéré comme étant la technique de réfé- CEE.
rence pour la validation de tout autre test sérologique. La capacité de l’APMV-1 à former des plages de
lyse peut être recherchée sur des cellules primaires de
FEP ou sur des cultures de cellules pulmonaires ou
10.4.2 Test d’inhibition rénales. La taille, la morphologie et la couleur de la
de l’hémagglutination (IHA) plage de lyse sont liées au degré de virulence. Pour
les souches lentogènes, l’ajout du DEAE, des ions
Pour une description détaillée, voir le chapitre 7 magnésium ou de la trypsine est nécessaire à la for-
(test IHA de l’IA) mation de plages de lyse.
10 Méthode conventionnelle de diagnostic de l’infection par le virus de la maladie de Newcastle 131

[Link] Indices de pathogénicité par voie isotonique stérile (sans addition d’antibiotiques).
intracérébrale 2. Injecter 0,05 mL de virus dilué par voie intra-
cérébrale chez chacun des poussins d’un jour
Le test le plus sensible et le plus largement utilisé (c’est-à-dire 24 à 40 heures après l’éclosion).
pour mesurer la virulence est l’index de pathogéni- Les poussins doivent avoir éclos à partir d’œufs
cité par voie intracérébrale (IPIC) chez les poulets provenant d’un groupe de volailles EOPS.
d’un jour. 3. Les oiseaux sont examinés à intervalles de 24 h
pendant 8 jours.
4. À chaque observation, chaque oiseau est noté :
Procédure 0 = normal, 1 = malade, 2 = mort.
5. L’index est calculé comme indiqué dans
1. Diluer le liquide allantoïque infecté fraîchement l’exemple suivant. Une méthode simple d’enre-
récolté (activité hémagglutinante de titre > 24) à gistrement des résultats et de calcul des indices
une concentration de 1/10 dans une solution saline est indiquée dans le tableau 10.1.

Tableau 10.1 Détermination de l’index de pathogénicité intracérébrale (IPIC)

Nombre de jours après inoculation
Signes cliniques Nombre total de points
Nombre de poulets présentant des signes spéciques
1 2 3 4 5 6 7 8
Normal 10 4 2 0 0 0 0 0 16 3 0 = 0
Malade 0 6* 5 6 2 0 0 0 19 3 1 = 19
Mort 0 0 3 4 8 10 10 10 45 3 2 = 90
TOTAL = 109/80
IPIC = 1,36

10 oiseaux observés pendant 80 jours = 80 observations.

Index = note moyenne par oiseau et par observation = 109/80 = 1,36.
Tout APMV-1 obtenant une valeur de 0,7 ou plus lors d’un test IPIC est considéré comme étant un virus ND virulent.
L’IPIC est la note moyenne par oiseau et par observation sur une période de 8 jours. Les isolats les plus virulents ont un IPIC proche de 2,0. Les
virus lentogènes et asymptomatiques ont des valeurs comprises entre 0,0 à 0,6.

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 Diagnostic moléculaire du virus
de la maladie de Newcastle 11
Giovanni Cattoli et Isabella Monne

11.1 Introduction 11.2 Détection et typage de l’APMV-1

par RT-PCR en point final
Au cours de la dernière décennie, de nombreux proto- et analyse par restriction
coles ont été publiés concernant la détection par RT- enzymatique
PCR du paramyxovirus aviaire de type 1 (APMV-1).
Une revue technique décrivant les protocoles conven- 11.2.1 Protocole 1
tionnels de RT-PCR en point nal a été présentée il y
a quelques années (Aldous et al., 2001). Plus récem- Ce protocole de RT-PCR en une étape a été modi-
ment, des protocoles de PCR en temps réel (rPCR) é à l’IZSVe et repose sur la série d’amorces décrite
ont été publiés, utilisant des sondes hydrolytiques, par Creelan et al. (2002). Dans ce protocole, l’ampli-
SybrGreen ou des amorces LUX (Wise et al. 2004 ; cation des fragments d’acide nucléique spécique
Pham et al. 2005 ; Antal et al. 2007). Ce chapitre pré- de l’APMV-1 est suivie d’une digestion enzymatique
sente les protocoles utilisés par l’IZSVe. (analyse par restriction enzymatique, ARE) à l’aide de
Pour des informations détaillées concernant le BglI, permettant la détection et le typage des souches
type d’échantillon destiné aux analyses, la prépara- selon leur degré de virulence. L’article original compare
tion de l’échantillon et l’extraction de l’ARN, voir ce protocole à l’isolement viral et fait état d’une sensi-
la partie précédente traitant de l’inuenza aviaire. bilité relative de 73,44 % dans le cas des échantillons
cliniques ; sensibilité pouvant s’élever jusqu’à 91,30 %
au cas par cas (Creelan et al. 2002).
Du fait de la petite taille de l’amplicon, il est
recommandé de visualiser les résultats de RT-PCR
sur gel SDS-PAGE coloré à l’argent ou sur gel
d’agarose à 2-3 %.

133
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
134 G. Cattoli et I. Monne

RT-PCR en une étape (thermocycleur AB 9700) (RT-PCR Superscript en une étape avec Taq Platinum ;
Invitrogen, # 10928-042 ou -034)

Cible : Gène F
Échantillon : 5 L d’ARN dans un volume réactionnel total de de 45 L

Amorces
Directe NDV-F 4829 : 5’-GGTGAGTCTATCCGGARGATACAAG-3’
Inverse NDV-R 5031: 5’-TCATTGGTTGCRGCAATGCTCT-3’

Protocole

Réactifa Concentration nale Réaction 1 x (L)

Eau exempte de RNase / 16
Tampon PCR 2 x (MgSO4 2,4 mM; dNTP 1,6 mM) 1X 25
Amorce NDVF 4829 0,2 M 1,0
Amorce NDVF 5031 0,2 M 1,0
Mélange d’enzymes (RT et Taq) / 1
Volume réactionnel total 45
Vortexer le mélange pendant quelques secondes.
Répartir des parties aliquotes de 45 L dans des tubes PCR de 0,2 mL.
Ajouter l’ARN 5
Volume nal : 50
a
Concentration de la solution mère

Conditions du processus cyclique

95 °C 95 °C 72 °C 72 °C
45 °C 2 min 15 s 48 °C 30 s 7 min 4 °C
30 min 30 s
40 cycles

Détection : Gel SDS-PAGE à 7 % coloré à l’argent ou gel d’agarose à 2 %.

Fragment amplié attendu : 202 pb.

Analyse par restriction enzymatique (ARE)

Purier l’ADNc produit à l’aide d’un kit commercial en suivant les instructions du fabricant (Kit High Pure de Roche,
pour la purication des produits de PCR).
Procéder à la digestion du produit de la PCR (5 L dans un volume nal de 50 L) à l’aide de 10 U de BglI (Roche,
Allemagne; # 621641) et du tampon approprié (Tampon H de Roche), à 37 °C et pendant 2 heures 30.
Visualiser les résultats après électrophorèse sur gel.
Résultats attendus
Motif de restriction de l’APMV-1 lentogène : 2 bandes d’environ 135 et 67 pb.
Motif de restriction de l’APMV-1 mésogène et vélogène : 1 bande d’environ 202 pb (c’est-à-dire pas de digestion).
11 Diagnostic moléculaire du virus de la maladie de Newcastle 135

11.3 Détection et typage de l’APMV-1 pour conrmer la présence d’APMV-1 dans le liquide
par RT-PCR en point final allantoïdien. L’utilisation directe de ces protocoles sur
les échantillons de diagnostic n’a jamais été totalement
Les protocoles suivants (2 et 3) sont utilisés à l’IZSVe évaluée. Les protocoles 2 et 3 font intervenir différentes
pour le génotypage et le pathotypage des isolats séries d’amorces. Ces protocoles réunis permettent
d’APMV-1. Ils associent l’amplication par RT-PCR l’amplication des souches représentatives de toutes les
et le séquençage génétique et peuvent aussi être utilisés lignées génétiques d’APMV-1 décrites jusqu’ici.

11.3.1 Protocole 2

RT-PCR NOH en une étape (thermocycleur AB 9700) (Kit RT-PCR en une étape ; Qiagen) pour la détection
de l’ARN APMV-1 dans le liquide allantoïdien d’œufs de volaille embryonnés

Amorces
Directe NOH-For 5’ TACACCTCATCCCAGACAGG 3’
Inverse NOH-Rev 5’ AGTCGGAGGATGTTGGCAGC 3’

Protocole

Réactifa Concentration nale Réaction 1 3 (L)

Eau exempte de RNase / 26,8

Tampon PCR 53 13 10

Mélange de dNTP 10 mM 0,2 mM 1

Amorce NOH-For 100 M 1 M 0,5

Amorce NOH-Rev 100 M 1 M 0,5

Inhibiteur de RNase 40 U/L 8U 0,2

Mélange enzymatique pour RT-PCR en une étape 1

Volume réactionnel total 40

ARN 10

Volume nal : 50
a
Concentration de la solution mère

Conditions du processus cyclique

94 °C 94 °C 68 °C 68 °C
50 °C 15 min 30 s 55 °C 1 min 7 min 4 °C
30 min 1 min
35 cycles

Détection : Gel SDS-PAGE à 7 % coloré à l’argent ou gel d’agarose à 2 %.

Fragment amplié attendu : environ 300 pb
136 G. Cattoli et I. Monne

11.3.2 Protocole 3

RT-PCR H en une étape (thermocycleur AB 9700) (kit principal de PCR pour ARN, GeneAmp Gold, Applied Biosystems
# 4308207) pour la détection d’ARN APMV-1 dans le liquide allantoïdien d’œufs de volaille embryonnés

Amorces
Directe H-For 5’ ATGCCCAAAGACAAAGAGCAA 3’
Inverse H-Rev 5’ TACTGCTGTCGCTACACCTAA 3’
Pré-RT : 10 L d’ARN à 60 °C pendant 10 min

Protocole

Réactifa Concentration nale Réaction 1 3 (L)

Eau exempte de RNase / 17,9

Tampon PCR 53 13 10

MgCl2 25 mM 1,25 mM 2,5

Mélange de dNTP 10 mM 0,8 mM 4

Amorce NDH-for 12,5 M 0,25 M 1

Amorce NDH-H-rev 12,5 M 0,25 M 1

DTT 100 mM 5 mM 2,5

enzyme RT 50 U/L 15 U/50 L 0,3

Inhibiteur de RNase 20 U/L 10 U/50 L 0,5

AmpliTaq Gold 5 U/L 1,5 U/50 L 0,3

Volume réactionnel total 40

ARN 10

Volume nal : 50
a
Concentration de la solution mère

Conditions du processus cyclique

95 °C 94 °C 72 °C 72 °C
42 °C 10 min 45 s 58 °C 30 sec 10 min 4 °C

30 sec
60 min
35 cycles

Détection : Gel SDS-PAGE à 7 % coloré à l’argent ou gel d’agarose à 2 %.

Fragment amplié attendu : environ 300 pb
11 Diagnostic moléculaire du virus de la maladie de Newcastle 137

11.4 Détection de l’APMV-1

par RT-PCR qualitative
en temps réel, en une étape

11.4.1 Protocole 4

RT-PCR en temps réel en une étape (kit QuantiTect Multiplex RT-PCR 2X, # 204643) pour la détection d’ARN
APMV-1 dans les échantillons cliniques

Cible : Gène matrice

Échantillon : ARN 5 L dans un volume réactionnel de 20 L

Amorces et sonde (Wise et al. 2004)

APMV1 F 5’-AGT GAT GTG CTC GGA CCT TC-3’
APMV1 R 5’-CCT GAG GAG AGG CAT TTG CTA-3’
Sonde APMV1 5’-[FAM] TTC TCT AGC AGT GGG ACA GCC TGC [TAMRA]

Protocole
Réactifa Concentration nale Réaction 13(L)
Eau exempte de RNase / 4,9
Amorce APMV IF 10 M 400 nM 1
Amorce APMV 1R 10 M 400 nM 1
2× Mélange mère pour RT-PCR 13 12,5
Sonde FAM APMV1 10 M 160 nM 0,4
Mélange enzymatique 0,2
Volume réactionnel total 20
ARN 5
Volume nal 25
a
Concentration de la solution mère

Conditions du processus cyclique

95 °C 94 °C

50 °C 15 min 45 s 60 °C
20 min 45 s
40 cycles
138 G. Cattoli et I. Monne

Références myxovirus serotype 1 from eld cases using one-step

reverse transcriptase-polymerase chain reaction. Avian
Antal M, Farkas T, Germán P et al. (2007) Real-time reverse Pathol 31(5):493-499
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Newcastle disease virus using light upon extension tion and differentiation of Newcastle disease virus by
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Aldous EW, Alexander DJ (2001) Detection and differen- 150(12):2429-2438
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 Règles générales de décontamination
après une épizootie d’influenza aviaire 12
ou de maladie de Newcastle

Maria Serena Beato et Paola De Benedictis

12.1 Introduction entre les propriétaires des exploitations et le per-

sonnel impliqué dans les procédures. Les facteurs
La mise en application rapide de mesures de biosé- naturels tels que le temps, la déshydratation, la cha-
curité strictes représente la première étape de pré- leur et la lumière, favorisent la décontamination. La
vention et de contrôle de l’introduction des virus de plupart des désinfectants ont une efcacité réduite
l’inuenza aviaire (IA) ou de la maladie de New- en présence de matières grasses et de matière orga-
castle (MN). Les deux composantes de la biosécu- nique. Un nettoyage préliminaire est donc obliga-
rité sont : la bioexclusion et la biocontention. La toire avant toute désinfection, an de réaliser une
bioexclusion englobe les mesures visant à exclure décontamination chimique efcace.
tout agent infectieux des locaux contaminés. Elle
nécessite la prévention des contacts directs et indi-
rects avec les volailles, les animaux infectés ou les 12.2 Choix du désinfectant
matières contaminées. La biocontention regroupe
les mesures visant à contenir le virus au sein des Lors de la mise en place d’un programme de désin-
locaux contaminés, là où le premier diagnostic a été fection, de nombreux facteurs doivent être pris en
obtenu. Lors du processus de biocontention, il est compte an d’atteindre l’objectif de décontami-
nécessaire de décontaminer la ferme infectée (EFSA nation de la zone infectée et de limiter, en même
2005). La propagation secondaire de l’IA et de la temps, la propagation de l’infection aux élevages
MN s’effectue principalement par le biais d’activi- non infectés. La connaissance des caractéristiques
tés humaines telles que les déplacements des per- des agents infectieux joue un rôle clé dans le choix
sonnels, des véhicules, des équipements et d’autres du désinfectant. Les virus de l’IA et de la MN se mul-
matériels contaminés. De nouveaux foyers peuvent tiplient et sont excrétés à des concentrations élevées
apparaître à la suite du repeuplement en oiseaux, par leurs espèces hôtes, et persistent dans l’environ-
dans les établissements n’ayant pas été correcte- nement (Beard et Hanson 1984; De Benedictis et al.
ment désinfectés. Par conséquent, l’infection per- 2007). Néanmoins, selon la classication de Noll
sistera dans la population aviaire si la décontami- et Youngner (1959), leur résistance aux désinfectants
nation des locaux, des chaussures, des vêtements, courants est relativement faible. Les virus de l’IA
des paniers, des équipements fermiers et des autres et de la MN sont tous deux des virus enveloppés,
matériels n’est pas effectuée correctement. Les pré- de taille moyenne et à ARN simple brin (sb).
judices causés à l’industrie avicole et la menace Ils font partie des virus de la catégorie A (Noll et
pour la santé publique ne seront donc pas écartés. Youngner 1959).
Le nettoyage et la désinfection doivent donc être Cependant, la planication d’un programme de
considérés comme des composantes essentielles désinfection doit aussi tenir compte d’autres fac-
des programmes de maîtrise de l’IA et de la MN. teurs, notamment les propriétés des désinfectants,
La décontamination est la combinaison des pro- les facteurs externes inuençant l’activité des désin-
cessus physique et chimique permettant de tuer ou fectants et les caractéristiques des locaux faisant
d’éliminer les microorganismes pathogènes. Elle est l’objet de la décontamination. Le choix du désin-
essentielle à l’éradication de la maladie. La décon- fectant approprié repose sur son efcacité prouvée
tamination fait intervenir une étroite collaboration envers les virus de l’IA et de la MN.

139
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
140 M. Serena Beato et P. De Benedictis

L’évaluation doit également inclure la « durabilité » coût élevé pour une désinfection à grande échelle.
du désinfectant sous certaines conditions (notamment Le formaldéhyde est encore utilisé pour la décon-
le pH et la température pour une efcacité optimale, la tamination de l’air. De nombreux paramètres doivent
stabilité en présence de matières organiques ou d’eau cependant être évalués an d’obtenir une décontamina-
dure, le temps de contact et la sécurité du personnel). tion complète et efcace. Ces paramètres comprennent
Les produits doivent être utilisés à une concentration la concentration du gaz, la température, l’humidité, le
dont l’efcacité contre l’agent sélectionné est prouvée. temps de contact et l’uniformité de la répartition (voir
La plupart des désinfectants nécessitent un temps de annexe A pour les détails pratiques de l’utilisation du
contact d’au moins 30 min, en fonction des conditions formaldéhyde).
environnementales. La toxicité de certains produits Pour atteindre une efcacité optimale du proces-
chimiques réduit l’éventail de choix. Les composés à sus de décontamination, les autres facteurs externes
toxicité élevée doivent être évités. Les composés de devant être pris en considération sont la teneur en
faible toxicité peuvent être utilisés sous contrôle. Il est calcium de l’eau utilisée pour la préparation de la
particulièrement important que les membres du per- solution désinfectante et la température ambiante.
sonnel soient formés aux procédures de désinfection, Tous deux inuent sur l’efcacité du désinfectant.
an de parvenir à des résultats optimaux et d’éviter des Les désinfectants sont généralement plus efcaces à
conséquences néfastes pour les opérateurs, les équi- des températures élevées et atteignent une efcacité
pements et l’environnement. La corrosivité peut être optimale au-delà de 20 °C (par exemple, la gamme
réduite par dilution du composé, tout en tenant compte de température optimale pour l’activité du formal-
de la concentration minimale nécessaire au maintien déhyde se situe entre 24 °C et 38 °C) (Samberg
d’une activité viricide. Dans la plupart des cas, les et Meroz 1995). Certains produits efcaces contre
principaux facteurs limitants sont le coût et la disponi- l’IA ont été testés en association avec des composés
bilité du produit désinfectant au niveau local. antigel avec conservation de leur activité (Davison et
Les agents neutralisants les plus efcaces contre al. 1999). L’efcacité de certains désinfectants peut
les virus de la catégorie A, dont le virus de l’IA et diminuer au cours de l’hiver ou lorsque la température
de la MN, sont les détergents, les alcalis, les agents
oxydants et les aldéhydes (Ausvetplan 2007). L’uti-
lisation de savons et de détergents n’est recom- Tableau 12.1 Choix de désinfectants/produits chimiques et
mandée que lors des procédures de nettoyage qui procédures utilisées pour l’inuenza aviaire et la maladie de
précèdent la décontamination proprement dite. Les Newcastle (modié selon Ausvetplan 2007)
alcalis sont des décontaminants chimiques idéaux
Élément destiné à Désinfectant/produit chimique/
pour les stabulations animales, les cours, les drains, être désinfecté procédure
les fosses septiques et les zones de recueil des eaux
usées. L’hydroxyde de sodium, la soude caustique Oiseau vivant Abattre humainement
et le carbonate de sodium utilisé pour le lavage Carcasses Enfouir, brûler ou envoyer à l’équar-
rissage
sont des produits d’utilisation courante peu coû-
Habitation pour ani- Savons et détergents, agents oxydants,
teux, et exerçant une action de saponication sur maux/équipement alcalis
les matières grasses et organiques. En revanche, Alentours N/A
les agents oxydants ne sont pas recommandés pour Humains Savons et détergents, acide citrique
les procédures de décontamination. L’efcacité Eau
de la javel domestique (hypochlorite de sodium) - Réservoirs Si possible, les évacuer dans les pâturages
et de l’hypochlorite en poudre diminuent considé- - Digues Les évacuer dans les pâturages, si cela est
rablement en présence de matière organique. Ces faisable. Autrement N/A.
composés sont également chimiquement instables Équipement électrique Formaldéhyde
et se décomposent rapidement à des températures Nourriture Enfouir, brûler
supérieures à 15 °C. Les produits commerciaux sont Efuent, fumier Enfouir ou brûler, appliquer les alcalis ou
très efcaces, bien que coûteux, et doivent être uti- les acides
Habitations humaines Savons et détergents, agents oxydants
lisés selon les instructions du fabricant. Parmi les Appareils, véhicules Savons et détergents, alcalis
aldéhydes, le glutaraldéhyde est efcace, stable et Vêtements Savons et détergents, agents oxydants,
partiellement actif en présence de matière organique, alcalis
bien que légèrement corrosif pour les métaux. Mal- Avions Savons et détergents, agents oxydants
gré ses points positifs, le glutaraldéhyde présente un
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 141

Tableau 12.2 Produits chimiques disponibles pour les procédures de désinfection et recommandations principales concer-
nant leur utilisation (modié à partir de De Benedictis et al. 2007). Les produits recommandés sont surlignés en gras
Produit Concentration Mode Temps de contact Usage Restrictions Autres
chimique recommandée d’action recommandé recommandé informations
Savons et Pouvoir 10 min Au cours Utilisé éga-
détergents surfactant envers les du netoyage lement avec
composés lipidiques des désin-
fectants
Alcalis Dénaturation L’activité aug-
protéique mente à tempéra-
ture élevée ; non
efcace à tempéra-
ture ambiante
Hydroxyde 2-5 % pour 10 min Sols et Ne pas utiliser en Ne pas laisser
de sodium (soude les vêtements vêtements présence d’alumi- en contact
caustique) 10 % à 60 °C nium et d’alliages avec les tissus
pour les sols dérivés organiques

Carbonate 10 % 30 min En présence Thermolabile ; sen-

de sodium de concentra- sible à la lumière
tions élevées
de matières
organiques
Hydroxyde 3% Murs, sols
de calcium
Acides Inhibition des réac-
tions enzymatiques ;
dénaturation des pro-
téines et des acides
nucléiques

Acide chlorhydrique 2-5 % 10 min Sols Ne pas utiliser pour

(acide inorganique) la désinfection des
métaux
Acide citrique 0,2 % 30 min Vêtements
(acide organique) et corps
Composés Dénaturation des Corrosif ; inhibé Peu coûteux
chlorés protéines et par les matières et non toxique
oxydation organiques
et un pH basique
Hypochlorite 2-3 % 10-30 min Sols, vêtements
de calcium
Hypochlorite 2-3% 10-30 min Équipement
de sodium (javel
domestique)
Agents oxydants Activité dénaturante Efcacité diminuée en
sur les lipides présence de composés
et l’ADN organiques ; corrosif

Peroxyde 3-6 % Rincer après

d’hydrogène usage

Aldéhydes Alkylation des groupe- Efcacité diminuée en

ments amino et sulphy- présence de composés
dryles des protéines et organiques ; corrosif
de l’azote des purines

(suite)
142 M. Serena Beato et P. De Benedictis

Tableau 12.2 (suite)

Produit Concentration Mode d’action Temps de contact Usage Restrictions Autres
chimique recommandée recommandé recommandé informations
Formol 8% 10-30 min Gaz toxique ; Efcace en pré-
instable sence de propy-
lène et de
glycérol
Glutaraldéhyde 1-2 % 10-30 min pH 7,5-8,5 : Irritant pour les
légèrement cor- yeux, le nez et
rosif envers les la gorge ; rincer
métaux ; ne pas après usage
utiliser sur du
plastique ou du
caoutchouc
Formaldéhyde 40 % 15-24 h
Composés Inactivation du Irritation causée Efcace en pré-
phénolés système enzy- par l’activité sence de matière
matique et perte résiduelle : rin- organique ; peu
des métabolites cer après usage coûteux
à travers la paroi
cellulaire
Acide crésolique 2% Sols Coût élevé
Phénols de synthèse 2% 10 min Sols

Cristaux de phénol 0,4-0,2 % 12-18 h

Composés d’ammo- Actif envers les Usage Ne pas utiliser Un nettoyage

nium quaternaire groupements personnel avec de l’eau dure, méticuleux des
-NH4+ > 32 F° ; efcace surfaces est
en présence de recommandé
composés antigel avant l’usage

Alcools Dénaturent les Vêtements et Ne pas utiliser Inammable

protéines en pré- équipements avec du et volatile
sence de H2O plastique ou
du caoutchouc
Éthanol 70 % 5-15 min Associé à Utilisé
d’autres également en
composés dans association avec
les gels désin- d’autres molé-
fectants pour les cules ou en tant
mains que solvant dans
les solutions
désinfectantes

ambiante est basse. Tout produit destiné à être uti- 12.3 Procédures de décontamination
lisé dans de telles conditions doit donc impérative-
ment conserver son efcacité à basse température Une évaluation correcte des zones contaminées et
ou maintenir son activité en association avec un une connaissance approfondie des caractéristiques
produit antigel. de l’agent infectieux sont des conditions nécessaires
Les tableaux 12.1 et 12.2 présentent un sommaire à l’obtention d’une décontamination efcace des
des désinfectants à utiliser lors des procédures de exploitations. La disponibilité d’équipements, de
décontamination. désinfectants et de personnels appropriés pour mener
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 143

à bien ces tâches est également indispensable. En Au cours des procédures de désinfection totale,
guise de mesure préliminaire de bonne pratique, tous l’objectif devrait être l’inactivation de toutes les
les extracteurs d’air des bâtiments concernés doivent particules infectieuses. An d’empêcher tout
être éteints en cas d’apparition d’un foyer dans un contact avec les volailles non infectées, les équi-
élevage intensif de volaille. Cette opération est de pements portables (plateformes, mangeoires, rou-
la plus haute importance, an d’éviter la dissémina- leaux à œufs, tapis roulants et collecteurs d’œufs)
tion incontrôlée de l’agent infectieux par les aérosols doivent être nettoyés puis désinfectés à l’intérieur
(Ausvetplan 2007). du bâtiment. Les tuyauteries doivent être lavées à
Toute stratégie de décontamination comporte : l’eau sous haute pression puis toutes les tuyauteries
• l’évaluation de l’exploitation ; doivent être remplies d’une solution aqueuse de
• la désinfection préliminaire ; désinfectant, pendant au moins 48 h. Elles doivent
• le nettoyage initial ; ensuite être rincées à l’aide d’un jet d’eau supplé-
• la désinfection totale suivie d’inspections y compris mentaire. Les tuyauteries démontables doivent être
la désinfection du personnel quittant les zones conta- nettoyées individuellement à l’aide de produits net-
minées, ainsi que des zones et des appareillages toyants recueillis directement dans des récipients de
infectés. Une attention particulière doit être portée connement. Pour la décontamination des tuyaux en
aux zones à haut risque de contamination, telles que fer, il est recommandé d’appliquer une température
les efuents animaux et la nourriture pour animaux, élevée et, si les normes de sécurité le permettent, de
qui doit être détruite. les traiter à la amme.
Le nettoyage et la désinfection des locaux contami- L’efcacité de la décontamination est évaluée par
nés doivent être effectués de manière systématique, de une inspection approfondie. Les aspects importants
l’arrière vers l’avant et du haut vers le bas de la ferme. qu’il est nécessaire de vérier sont les suivants :
La méthode toit-mur-sol doit être respectée dans chaque • élimination totale de tout matériel en bois contaminé
bâtiment. Une fois la désinfection terminée, le bâtiment ne se prêtant pas au nettoyage et à la désinfection ;
doit être condamné à l’aide d’un ruban de signalisation • pas de matière organique laissée à l’arrière des
an d’éviter la recontamination de la zone décontami- appareils ou des installations ;
née (De Benedictis et al. 2007 ; Ausvetplan 2007). • pas d’encroûtement visible sur aucune des sur-
La désinfection préliminaire doit être entreprise faces exposées ;
immédiatement après conrmation de la maladie. Elle • destruction de toute nourriture contaminée ;
diminuera ainsi la quantité et la répartition de l’agent • nettoyage efcace et désinfection de tous les sites
infectieux au cours du tri et de l’élimination. Cette extrêmement contaminés (sites de tri et d’élimi-
désinfection préliminaire doit être effectuée dans toute nation) ;
zone contaminée, en portant une attention particulière • évacuation de tout liquide désinfecté dans les
aux sites de tri et d’élimination. En particulier, le site drains ou dans les fosses sceptiques ;
de tri doit être constamment désinfecté à chaque pause • conditions de vide sanitaire, et panneaux d’aver-
au cours de la journée (Ausvetplan 2007). tissements maintenus, en particulier au niveau
Une procédure de nettoyage doit être entreprise après des entrées et des sorties.
l’abattage et l’élimination, an d’éliminer tout fumier, La deuxième désinfection est un renouvel-
saleté, détritus et objet contaminé ne pouvant être désin- lement de la première et peut être commencée
fectés, notamment le matériel isolant, le bois, la nour- environ 14 jours après avoir complété la première
riture contaminée et la litière. L’utilisation d’eau et de désinfection. L’inspection nale est effectuée de
désinfectant doit être évitée à ce stade, an de diminuer la même manière que pour la première inspec-
le volume et le poids des matières destinées à être élimi- tion. La main-d’œuvre ne doit être évacuée des
nées (nettoyage à sec). Après l’élimination, toutes les sur- locaux qu’au cas où l’inspection donne des résul-
faces doivent être grattées, frottées, puis aspergées d’eau tats positifs et qu’il n’y a aucun doute quant à
à faible pression et de détergent, an de supprimer toute son efcacité et à son exhaustivité. S’il subsiste
contamination visible. Les carrelages doivent être brisés le moindre degré d’incertitude, la procédure doit
et immergés dans du désinfectant (nettoyage en phase être renouvelée. L’efcacité de la procédure de
humide). L’activité viricide de la plupart des désinfectants désinfection peut être vériée par l’introduction
est partiellement ou totalement inhibée par la matière d’animaux sentinelles ou le prélèvement d’écou-
organique. Un nettoyage approfondi constitue donc une villonnages dans l’environnement, en vue de ten-
étape initiale essentielle pour une désinfection efcace. tatives d’isolement viral.
144 M. Serena Beato et P. De Benedictis

12.4 Décontamination individuelle et placées dans du désinfectant. Les sous-vêtements

doivent aussi être placés dans du désinfectant, en par-
Au cours d’un foyer d’IA ou de MN, les hommes agis- ticulier si l’on utilise des blouses en coton. Dans ce cas,
sent comme des transporteurs mécaniques et dissémi- il faut également procéder au nettoyage de l’intégralité
nent le virus. Il est donc nécessaire que tous les membres du corps. Les bottes doivent être récurées, en particulier
du personnel participant aux procédures de décontami- les semelles. Le personnel quittant le SDI doit traverser
nation changent de vêtements, utilisent des chaussures les différentes zones, procéder au traitement des bottes,
et des blouses jetables avant d’entrer dans l’élevage et puis les enlever et porter des chaussures de ville. Le per-
prennent une douche en quittant les locaux contaminés. sonnel est encouragé à poursuivre une deuxième phase
Le travail dans des locaux en contact ou contaminés de nettoyage, une fois rentré chez lui. Il est obligatoire
entraîne inévitablement une contamination individuelle d’éviter les contacts directs ou indirects avec d’autres
importante, en particulier lors des inspections physiques animaux sensibles, d’autres lieux ou d’autres exploita-
des animaux vivants, sur les sites de tri et d’élimina- tions avicoles, pendant au moins 3 jours. Les blouses
tion des carcasses et lors du ramassage du fumier, de la désinfectées doivent être placées dans un sac en plas-
litière et des détritus. Un site de décontamination indi- tique. L’extérieur du sac doit être désinfecté et le sac
viduelle (SDI) doit être installé à proximité de la sortie rangé à la limite externe de la zone, en vue du ramas-
d’un local contaminé (LI) et être déplacé vers l’inté- sage. Les objets éliminés doivent être autoclavés ou
rieur de ce local, si cela s’avère nécessaire. Le SDI doit traités par la blanchisserie d’un hôpital.
être placé à l’extrémité de la zone dénie comme étant Sur les exploitations où l’IA ou la MN sont suspec-
contaminée, an d’éviter une contamination secondaire tées, les visiteurs doivent aussi être considérés comme
des personnes quittant le SDI. Le SDI doit être facile à étant contaminés. Ils doivent rester de préférence dans
désinfecter et posséder une surface imperméable ; autre- la zone suspectée, jusqu’à la conrmation du foyer et
ment, la partie sol peut être couverte d’un revêtement le début des procédures de décontamination. Au cas
en plastique de grande taille. Avant le début de toute contraire, des désinfectants domestiques d’usage cou-
procédure, un désinfectant efcace doit être appliqué, rant doivent être utilisés an de minimiser le risque
généralement par pulvérisation. An d’éviter la reconta- de transmission de la maladie. Les informations sui-
mination des zones propres, il est essentiel d’utiliser une vantes doivent alors être enregistrées et les conseils sui-
eau propre et de disposer d’un bon système d’évacua- vants doivent être donnés :
tion. Si l’on ne dispose pas d’un système d’évacuation – nom et adresse des personnes concernées ;
adéquat, une fosse peut être utilisée comme alternative, – évaluer le degré d’exposition et de contact avec
an de s’assurer qu’aucun efuent ne s’écoule au-delà l’agent suspecté de la maladie ;
du site de décontamination. Les procédures de décon- – conseiller un changement de vêtements, si cela est
tamination individuelle doivent être suivies à la lettre possible ;
par l’ensemble du personnel quittant les LI. De l’eau – recommander de mettre les vêtements suspects – eu
savonneuse tiède doit être disponible à l’entrée du SDI, égard à leur possible contamination – dans un sac en
pour le lavage des cheveux, du visage et de la peau. Le plastique, en vue d’un traitement approprié ;
pH de la solution aqueuse peut être modié par addition – à défaut de désinfectants approuvés, les produits
de carbonate de sodium ou d’acide citrique, an d’aug- chimiques domestiques efcaces sont les suivants :
menter son action antivirale. Tous les objets contaminés • soude domestique destinée au lavage (10 volumes
doivent être stockés dans des sacs à ordures en plastique dans 100 volumes d’eau chaude) ;
épais. Les sacs en plastique sont désinfectés par pul- • savon et eau chaude pour le nettoyage à la brosse ;
vérisation de leurs surfaces externes. Cette procédure • javel domestique concentrée (1 volume dans
permet d’éviter une contamination plus importante du 3 volumes d’eau, correspondant à 2-3 % de chlore
personnel quittant les LI et allant brûler ou enfouir les disponible). Ceci n’est pas recommandé pour la
déchets ou nettoyer et désinfecter les objets non jetables. décontamination de la peau.
Si elles sont disponibles, les blouses jetables sont pré-
férées aux vêtements. Les blouses en plastique doivent
d’abord être lavées sous faible pression an d’éliminer 12.5 Décontamination des véhicules
les matières grossières. Un soin particulier doit être et des voitures
porté au nettoyage de l’arrière, du dessous du col, de
la fermeture éclair et des poches. Les blouses en coton Tous les véhicules entrant dans les LI, ainsi que leurs
et les blouses en plastiques pulvérisées sont enlevées chauffeurs, sont porteurs d’un risque de dissémination
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 145

de la maladie. Aucun véhicule ne doit quitter le LI et le foyer de èvre aphteuse survenu en 2001 au
avant d’avoir été décontaminé. Du reste, tous les R-U (Berglez 2003 ; Agence pour l’environnement
véhicules ayant été en contact avec les agents infec- du R-U, 2001). Les lecteurs doivent tenir compte du
tieux avant l’apparition du foyer doivent être retracés fait que toutes ces informations doivent être mises en
an d’éviter une infection secondaire ou une pro- application de manière exible, car l’élimination des
pagation incontrôlée de l’infection. Une station de carcasses fait partie d’un plan de gestion des cas d’ur-
lavage de voitures est idéale pour la décontamination gence basé sur des options d’élimination spéciques.
des véhicules. Elle présente l’avantage de faciliter le Les décideurs doivent être au courant des diverses
lavage du châssis des véhicules et permet ainsi le net- technologies d’élimination, comprendre leur mode
toyage de la partie la plus contaminée du véhicule. opératoire et être conscients des équipements néces-
Tout tapis en caoutchouc doit être enlevé et net- saires, des coûts, de l’impact sur l’environnement et
toyé au désinfectant. Le tableau de bord, le volant, des détails logistiques concernant chaque techno-
le frein à main, le levier de vitesse et les sièges doi- logie. Cette expertise est obtenue par la formation
vent être essuyés à l’aide d’un désinfectant appro- d’une équipe d’experts ad hoc.
prié. Le contenu du coffre doit être enlevé et essuyé Le principal objectif de l’élimination des car-
à l’aide d’un désinfectant approprié, l’intérieur du casses et des produits animaux est de limiter la
coffre doit être essuyé au désinfectant. Les roues, propagation de la maladie. Dans cette optique, l’éli-
les passages de roue et le châssis de la voiture doi- mination des carcasses doit être considérée comme
vent être aspergés de désinfectant. Plutôt que de une composante essentielle des programmes de
laver à grande eau, il est préférable de nettoyer en maîtrise et d’éradication des maladies animales. Le
utilisant du désinfectant ou du savon et de l’eau, maintien des normes de biosécurité et la diminution
tout en brossant pour déloger la saleté incrustée et des risques de propagation de la maladie nécessi-
les matières organiques. tent une connaissance de l’épidémiologie de l’agent
Tous les débris solides doivent être enlevés du infectieux ; cette connaissance inuencera le choix
véhicule. Les véhicules de transports d’animaux des méthodes d’élimination. Indépendamment de
sont ensuite immergés dans du désinfectant à l’aide la méthode choisie, l’élimination rapide et la répar-
d’un détergent, puis décapés jusqu’au métal ou au tition des déchets selon leur potentiel d’infectivité
bois nus. Les roues extérieures doubles et les roues sont d’une importance capitale.
de secours doivent être enlevées pour permettre Les méthodes utilisées pour l’élimination des
une décontamination efcace des moyeux ainsi animaux et produits animaux, ainsi que le choix des
que l’inspection des supports des roues de secours. sites d’élimination, doivent être fondés sur les prin-
Toutes les matières fécales et litière animales doi- cipes ci-dessous. Un processus décisionnel intégrant
vent être enlevées. Toute matière organique doit être ces principes doit être entrepris avant l’adoption
considérée comme contaminée puis désinfectée et d’un plan d’action particulier (Ausvetplan 2007) :
brûlée ou enterrée. Tous les appareils ou installa- • prévention de la propagation de la maladie ;
tions doivent être démontés an de s’assurer que les • rapidité ;
matières contaminées ont été éliminées. Toutes les • rentabilité ;
surfaces doivent être nettoyées, puis désinfectées. • exigences des législations locales ;
Les roues, les passages de roue, la carrosserie et le • sécurité de la communauté ou de l’opérateur ;
châssis doivent être débarrassés des détritus puis • conditions environnementales locales et disponi-
désinfectés. La cabine du chauffeur et les couchettes bilité des ressources.
doivent également être désinfectées. La désignation d’une équipe d’experts peut être
envisagée pour analyser la situation sur le terrain
et an de guider le processus décisionnel. Ce pro-
12.6 Élimination des carcasses cessus produira des recommandations permettant la
mise en œuvre de la meilleure solution applicable
Cette partie du chapitre décrit brièvement puis résume au niveau local.
les principales méthodes d’élimination des carcasses Après l’élimination des carcasses, les facteurs à long
d’animaux. Une bibliographie intéressante et spécia- terme doivent être envisagés et planiés, notamment
lisée est disponible, basée sur l’expérience acquise la maintenance, la surveillance et la réhabilitation des
sur le terrain lors de la gestion de foyers tels que le sites d’élimination. Les carcasses peuvent être enter-
foyer d’IA survenu en 1984 en Virginie (États-Unis) rées, incinérées, compostées ou partir à l’équarrissage.
146 M. Serena Beato et P. De Benedictis

12.6.1 Ensevelissement des carcasses. Vers la n du foyer, les tranchées

furent normalisées à une largeur de 20 pieds (6 m),
Il existe trois techniques d’ensevelissement : (1) une profondeur de 10 pieds (3 m) et une longueur
l’ensevelissement en tranchées, (2) l’enfouissement permettant de loger les carcasses. Ceci correspon-
et (3) les sites d’ensevelissement en masse. dait à environ 20 pieds cube pour 800 livres (envi-
ron 363 kg) de carcasses de volailles.

[Link] L’ensevelissement en tranchées

[Link] Les sites d’enfouissement
Cette démarche comprend l’excavation d’une tran-
chée, la disposition des carcasses à l’intérieur de Les sites d’enfouissement ont été largement utilisés
celle-ci et l’utilisation du matériel excavé pour les en tant que moyen d’élimination des carcasses, dans
recouvrir. Ce procédé est largement utilisé car il le cadre de nombreux efforts d’éradication de la
nécessite peu d’expertise. Il est relativement peu maladie, notamment dans les foyers d’IA survenus
coûteux puisque la plupart des équipements néces- en 1984 et 2002 en Virginie (Berglez 2003) et les
saires sont aisément disponibles. L’ensevelissement foyers de MN apparus en 2002 en Californie du Sud
en tranchée est généralement adopté dans les fermes (Riverside County Waste Management Department
ou sur le terrain, pour les mortalités quotidiennes. 2003). Les avantages de cette méthode incluent :
Il est probablement plus discret que les autres • la double utilité des sites d’enfouissement, qui peu-
méthodes telles que l’incinération à ciel ouvert. Les vent être autorisés à accepter les déchets animaux ;
estimations du coût interne de l’ensevelissement en • les installations présentes sur les lieux ;
tranchée peuvent être très différentes en situation • la capacité importante ;
d’urgence. Lorsque cette méthode d’élimination est • l’existence antérieure des sites et leur disponibi-
choisie, il est nécessaire de déterminer si le site est lité immédiate ;
adapté à l’ensevelissement. Le choix du site, et par • le fait que des mesures de protection de l’environne-
conséquent son utilisation à des ns d’ensevelisse- ment aient déjà été sélectionnées et mises en place.
ment, dépend des propriétés du sol, de la topogra- Les inconvénients sont les suivants :
phie, des propriétés hydrologiques, de la proximité • ces sites peuvent ne pas être situés à proximité de
des plans d’eau et des zones publiques, des chaus- la source de déchets dont on veut disposer. Les vec-
sées, des lignes municipales et privées ainsi que de teurs de la maladie risquent alors de se propager lors
l’accessibilité. Les inconvénients de cette méthode du transport des carcasses (ce problème est commun
incluent la contamination potentielle de l’environ- à toutes les méthodes d’élimination hors site) ;
nement, en particulier celle de l’eau. Les régions où • l’engagement à entretenir le site doit être pris sur le
la nappe phréatique est profonde et où le sol est rela- long terme, donc coûteux sur une période prolongée ;
tivement imperméable conviennent à l’élimination • le processus ne génère pas de sous-produit utilisable ;
par ensevelissement en tranchées. Cette méthode • les sous-produits primaires résultant de la décompo-
constitue un moyen « d’oublier » les carcasses sition des déchets enfouis sont le lixiviat et les gaz.
(NABC 2004) pendant qu’elles se décomposent, Le lixiviat est déni comme étant un « liquide
mais elle ne garantit pas l’élimination de l’agent ayant ltré ou ayant été produit à partir des déchets
infectieux. En effet, il a été démontré que le résidu solides, et contenant des matières solubles en suspen-
se trouvant dans un site d’ensevelissement peut sion ou miscibles, extraites de ces déchets » (US EPA
persister pendant plusieurs années (NABC 2004) 1995). La quantité de lixiviat produite dépend de la
de telle sorte que l’élimination nale des carcasses quantité de liquide initialement contenue dans les
demeure un processus à long terme. déchets (lixiviat primaire) et du volume des précipi-
L’utilisation de l’ensevelissement en tranchées tations qui pénètrent le site d’enfouissement à travers
pour l’élimination des carcasses a été adoptée lors la bâche ou qui tombent directement sur les déchets
du foyer apparu en 1984 en Virginie, aux États-Unis (lixiviat secondaire) (US EPA 1995). La composition
(Mixston 2003). 5 700 tonnes de carcasses (soit du lixiviat dépend du stade de décomposition (phase
5 170 953 kg) furent alors éliminées. Le coût a été acétique vs phase méthanogène). Si le lixiviat n’est
évalué à 25 dollars par tonne (Berglez 2003). L’en- pas correctement géré, il peut s’échapper du site
sevelissement sur le terrain fut la première méthode d’enfouissement et entraîner la pollution de l’envi-
utilisée et sélectionnée pour l’élimination de 85 % ronnement. Les gaz provenant de l’enfouissement
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 147

sont généralement composés de 50 % de méthane rôle clé dans le foyer de èvre aphteuse survenu en
et de 50 % de dioxyde de carbone et proviennent 2001, au Royaume-Uni. C’est de cet épisode que fut
de la décomposition anaérobie de la matière orga- tirée la majeure partie de l’information concernant
nique enfouie. S’ils sont laissés tels quels, les gaz cette méthode. Comme le montre l’expérience du
enfouis peuvent se décharger dans l’atmosphère ou Royaume-Uni, il est essentiel d’effectuer une évalua-
migrer sous terre. Des systèmes de contrôle actif ont tion du site avant de commencer son développement,
été employés, utilisant des puits ou des tranchées de an de minimiser les difcultés opérationnelles. La
récupération de gaz ainsi que des pompes à vide pour surface totale de terrain nécessaire dépend du volume
le contrôle de la migration des gaz enfouis. des carcasses et de l’espace requis pour les opérations.
Les sites d’enfouissement modernes de type D L’avantage principal de l’ensevelissement en masse
sont conçus pour empêcher les fuites de lixiviat en est la possibilité de se débarrasser d’un grand nombre
dehors du site. Les points clés de ces sites d’en- de carcasses. Cependant, l’expérience du Royaume-
fouissement sont le revêtement intérieur en matière Uni a provoqué des réactions négatives de la part du
composite, les systèmes de contention du lixiviat et public envers cette méthode. Parmi les inconvénients
les systèmes de récupération des gaz. de l’ensevelissement en masse, les principaux enjeux
Durant le foyer d’IA survenu en 1984 en Virginie, sont les coûts élevés à long terme de la surveillance
environ 15 % des carcasses de volailles furent éliminées et de la gestion des installations.
dans des sites d’enfouissement (Berglez 2003). Le site
d’enfouissement utilisé à ce moment-là était un dépo-
toir non règlementé et posait un problème de contami- [Link] Autres remarques
nation potentielle des eaux souterraines et de surface.
Ces préoccupations écologiques n’eurent pour seul effet Pour toutes les techniques d’enfouissement décrites,
qu’un usage restreint du site. Les sites d’enfouissement la situation géographique des sites doit être enregis-
commerciaux jouèrent un rôle plus important dans le trée de manière précise. Le choix du site doit tenir
foyer de 2002, en Virginie. 16 900 tonnes de carcasses compte des considérations suivantes : accès au site,
furent éliminées lors de ce foyer, dont 85 % dans des environnement (nappe phréatique, proximité des
sites d’enfouissement (Berglez 2003). Le transport des municipalités, etc.) et construction (stabilité du sol,
déchets se révéla être le principal obstacle. nécessité de clôtures et de rebords, etc.) (Ausvetplan
En octobre 2002, un foyer de MN était conrmé 2007). De plus, une inspection régulière du site est
dans un troupeau de basse-cour du sud de la Cali- recommandée, dans une optique de prévention des
fornie et se répandit à d’autres élevages, principa- problèmes et an de restituer le site dans son état
lement des lots de basse-cour. Environ 3 160 000 initial. Une sélection appropriée du site inuencera
oiseaux furent évacués de 2 148 locaux, au cours de le temps de décomposition des carcasses d’animaux
l’éradication. La principale méthode utilisée pour enfouies, puisque ce temps dépend de la tempéra-
l’élimination des carcasses était les sites d’enfouis- ture, de l’humidité, de la profondeur d’ensevelisse-
sement. Le coût fut estimé à environ 40 $ par tonne ment ainsi que du type de sol et de son drainage.
(Hickman 2003). Au cours de ce foyer, le départe- L’impact de l’ensevelissement des volailles sur l’envi-
ment de gestion des déchets du comté de Riverside ronnement a été mal étudié et doit faire l’objet d’études
avait mis au point une vidéo de formation sur la plus poussées (Freedman & Fleming 2003). L’impact
façon correcte de manipuler les déchets contami- principal de l’ensevelissement en masse sur l’environne-
nés ; elle était destinée aux opérateurs travaillant sur ment est associé au risque de contamination potentielle
les sites d’enfouissement (Riverside County Waste des eaux souterraines par les produits chimiques prove-
Management Division 2003). nant des carcasses en décomposition. Deux rapports se
référant aux techniques d’ensevelissement des oiseaux
ont fourni des preuves de ces éventualités. Glanville
[Link] Ensevelissement en masse (1993, 2000) a évalué la quantité et le type de contami-
nants libérés à partir de deux puits peu profonds conte-
Les sites d’ensevelissement en masse peuvent trai- nant 6 200 livres de carcasses de dindes. Des taux
ter un grand nombre de carcasses. élevés d’ammoniac, de particules dissoutes totales,
Ces sites intègrent des systèmes de collecte, de demande biochimique en oxygène (DBO) et
de traitement et d’élimination du lixiviat et des de chlorure furent observés dans le puits de sur-
gaz. Les sites d’ensevelissement en masse eurent un veillance le plus proche du site d’ensevelissement.
148 M. Serena Beato et P. De Benedictis

Ritter et Chirnside (1995, 1990) ont examiné l’im- fours crématoires et les incinérateurs de centrales
pact des fosses d’élimination d’oiseaux morts sur la électriques (NABC 2004).
qualité des eaux souterraines. Sur une période de sur- Par opposition à l’incinération à ciel ouvert, l’uti-
veillance de 3 ans, certaines fosses avaient affecté la lisation d’incinérateurs xes permet une élimination
qualité des eaux souterraines et l’azote posait davan- hautement contrôlée et connée. Les incinérateurs
tage de problème que la contamination bactérienne. xes sont généralement alimentés au diesel, au gaz
naturel ou au propane. De nombreux incinérateurs
sont équipés de brûleurs post-combustion, qui brû-
12.6.2 Incinération lent totalement les gaz hydrocarbonés. Comparée à
l’incinération à ciel ouvert, la cendre produite est
De manière générale, l’incinération a joué un rôle considérée sans danger et peut être rejetée sur les
important dans l’élimination des carcasses. Cepen- sites d’enfouissement (Ahlvers 2003). Les inciné-
dant, la conscience croissante des problèmes de santé rateurs xes conviennent mieux à l’élimination de
publique et les progrès technologiques ont entraîné petites quantités de matières. Leur manque de mobi-
une diminution de son utilisation. Il existe trois types lité les rend moins pratiques (Ausvet-plan 2007).
de techniques d’incinération : (1) l’incinération en
plein air, (2) l’incinération en installation xe et (3)
l’incinération à rideau d’air (NABC 2004). [Link] Incinération à rideau d’air

L’incinération à rideau d’air est une technologie

[Link] Incinération à ciel ouvert relativement nouvelle pour l’élimination des car-
casses. Cette technologie fait intervenir un ventila-
Dans de nombreux pays, l’incinération des carcasses à teur soufant une masse d’air à travers un collecteur
ciel ouvert, y compris sur des amas de combustibles tels et générant ainsi un milieu turbulent dans lequel l’in-
que les bûchers, a été remplacée par d’autres méthodes cinération est considérablement accélérée, jusqu’à
d’élimination. Le volume de cendre produite peut être six fois plus vite qu’une incinération à ciel ouvert
énorme (NAO 2002) et comporte un risque potentiel (NABC 2004 ; Ford 1994). Les ventilateurs propul-
de contamination des eaux souterraines et du sol par les sent de l’air à haute vitesse dans une boîte en métal
hydrocarbures servant de combustible (Crane 1997). réfractaire ou dans une fosse d’incinération. Les
L’incinération à ciel ouvert n’est pas autorisée dans matériaux requis pour le système à rideau d’air sont
tous les pays ou régions. Dans la plupart des cas, il faut le bois (notamment des palettes, selon un rapport
obtenir l'autorisation des autorités locales. En situation bois/carcasse variant entre : 1:2 et 2:1), du carbu-
d’urgence déclarée pour l’élimination des carcasses rant pour le feu et un ventilateur à rideau d’air (Ford
d’animaux, il pourrait être possible de passer outre la 2003). Les installations à rideau d’air peuvent être
politique locale (Ellis 2001). L’incinération à ciel ouvert de tailles variables et être construites en tant qu’uni-
est la plus longue des trois méthodes d’incinération. La tés mobiles. Elles présentent d’autres avantages tels
durée du processus dépend de l’espèce animale brûlée. que le fait d’être conçues pour atteindre des tem-
Selon Berglez (2003), plus le pourcentage de graisse ani- pératures très élevées entraînant une combustion
male est important, plus la carcasse brûlera efcacement. extrêmement efcace, qui fournit une meilleure
L’incinération à ciel ouvert entraîne une sensibili- maîtrise du feu et une économie de carburant plus
sation importante du public, engendrant souvent une importante que celles obtenues avec les bûchers
image négative de la gestion d’un foyer. Au moment (Ausvetplan 2007). Cependant, elles nécessitent
de la sélection du site, il est essentiel de communi- une surveillance active au cours de l’opération ainsi
quer d’abord avec les communautés locales à pro- qu’un site approprié pour la construction de la fosse.
pos des projets d’incinération à ciel ouvert (Wid-
drington FMD Liaison Committee).
[Link] Autres remarques

[Link] Incinérateurs à installations fixes L’expérience a montré que certains inconvénients peu-
vent être observés lors de l’incinération, tels que le
Ce sont les petits incinérateurs utilisés dans les fermes, fonctionnement au cours d’inversions atmosphériques
les petites et grandes installations d’incinération, les (quotidiennes ou liées à un front climatique) ; il en
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 149

a résulté une fumée et une odeur persistantes ainsi peut être utilisé comme base de compostage. En
qu’une probabilité élevée que les équipements pren- règle générale, la proportion est dénie selon le
nent feu et que surviennent d’autres défaillances. Des rapport carbone sur azote (C/N). Une proportion de
sources d’appoint d’équipements de réserve doivent 1:1 des substrats carbonés par rapport aux déchets
être répertoriées et une surveillance étroite de l’air est animaux a été proposée pour des matières ayant un
nécessaire an de garantir la sécurité des habitants de rapport C/N élevé (tel que la sciure de bois), 2:1
la région (Flory et al. 2006). Toutes les techniques pour des matières ayant un rapport C/N moyen (tel
décrites présentent un risque d’incendie et produisent que la litière) et 4 :1 pour des matières ayant un rap-
des cendres. port C/N faible (comme la paille) (NABC 2004). Le
tableau 12.3 résume les conditions recommandées
pour un compostage actif.
12.6.3 Compostage Des agents d’étoffement sont également utili-
sés lors du processus de compostage car ils four-
Le compostage est un processus naturel, au cours nissent des nutriments au système et maintiennent
duquel les microorganismes décomposent la matière une bonne aération du tas de compost (porosité de
biologique en présence d’oxygène et la transforment 25-35 %), tout en prévenant le tassement. La pro-
en produit stable et sans risque (Ausvetplan 2007 ; portion proposée de l’agent d’étoffement par rap-
NABC 2004 ; Mukhtar et al. 2004). Il a été démontré port aux carcasses devrait conduire à une densité
que le compostage aérobie est une technologie d’élimi- brute ne dépassant pas 600 kg/m3.
nation de grande valeur. Le compostage des carcasses Bien que les critères de sélection d’un site varient
présente de nombreux avantages, allant d’un impact selon les législations locales, certaines caractéris-
réduit sur l’environnement à la génération d’un sous- tiques doivent toujours être prises en compte. Un
produit de valeur et à la destruction des pathogènes. site de compostage doit se situer dans une région
Le processus de compostage comporte deux étapes. bien drainée, au moins 90 cm au-dessus du niveau
Au cours de la première phase, la température aug- de la nappe phréatique et à au moins 90 m des res-
mente, les tissus mous se décomposent et les os sources en eau. Le site doit également contenir une
entrent en décomposition. Cette phase peut durer pente adéquate (1-3 %) permettant un drainage cor-
de 3 semaines à 3 mois (Haug 1993). Pendant la rect. Le ruissellement provenant des installations de
deuxième phase, il y a décomposition des matières compostage doit donc être recueilli et dirigé loin des
restantes, principalement des os. Le composte se installations de production (NABC 2004).
transforme en une terre noire (humus), contenant
principalement des bactéries non pathogènes et des
nutriments nécessaires aux végétaux. Cette phase [Link] Compostage par andains et en fosse
dure environ un mois. La n de la deuxième phase est
caractérisée par une température interne de 25-30 °C. Ces deux techniques de compostage ont des direc-
Cette phase nécessite un transfert du tas de compo- tives communes, malgré le fait que des principes de
stage de la fosse primaire vers une fosse secondaire. gestion différents puissent être requis.
Au cours du compostage des carcasses d’ani- Le compostage par andains (Fig. 12.1) doit être
maux, les microorganismes transforment le corps placé au point le plus haut sur le site identié. Un
de l’animal mort et les substrats carbonés en un revêtement en plastique recouvrant la base de l’an-
mélange stable de biomasse bactérienne et d’acides dain est nécessaire à la protection contre l’humidité.
organiques (Keener et al. 2000). Les systèmes de Ce revêtement doit ensuite être complètement recou-
compostage de carcasses nécessitent et dépendent vert de matières destinées au co-compostage (telles
de la disponibilité des matières carbonées. Les que la sciure de bois ou la paille) ; jusqu’à une épais-
sources de carbone peuvent inclure les litières des seur de 30 cm pour les carcasses de petite taille. Une
volailles, le fumier, la paille provenant des champs couche d’agent d’étoffement (litière) est alors placée
de céréales et d’autres sous-produits tels que les par-dessus, an d’absorber l’humidité provenant des
coquilles de cacahuètes. Plusieurs ratios de matières carcasses et de maintenir une porosité adéquate. Pour
carbonées et de déchets animaux sont recommandés les carcasses de petite taille, l’agent d’étoffement doit
dans la bibliographie. Le plan Ausvetplan (2007) avoir une épaisseur de 0,5 pied (15 cm) (NABC 2004).
recommande une proportion de 3 pour 1 (w/w). Une couche de carcasses doit ensuite être placée au-
Selon la NABC (2004), un mélange de 50/50 (w/w) dessus de la couche d’agent d’étoffement. Pour les
150 M. Serena Beato et P. De Benedictis

carcasses de petite taille, la première couche d’ani- Le processus de compostage en fosse comporte
maux peut être recouverte de matières destinées au deux étapes : la première consiste essentiellement
co-compostage, puis d’une deuxième couche de car- à disposer une base de litière (40–50 cm) dans la
casses. Après le processus de disposition en couches, fosse, 2 jours avant d’y mettre les carcasses, an
tout l’andain doit être recouvert d’une couche épaisse qu’elle soit préchauffée. Avant d’introduire les
de matière agissant comme ltre biologique (sources carcasses, il faut enlever 15 cm de litière préchauf-
de carbone/agents d’étoffement) Pour cette méthode fée puis placer les carcasses sur la litière restante.
de construction, les dimensions approximatives de Ceci permettra l’absorption des uides, empêchant
l’andain ni sont les suivantes (pour les carcasses ainsi les fuites. Les carcasses sont ensuite complète-
de petite taille) : largeur du fond : 3,6 m, largeur du ment recouvertes par la litière restante préchauffée.
haut : 1,5 m, hauteur : 1,8 m. Ensuite, les carcasses sont disposées en couches, en
Le compostage en fosse convient parfaitement à l’éli- plaçant une couche épaisse de matière servant de
mination des carcasses de petite taille. La capacité requise source de carbone entre les couches de carcasses.
pour la fosse dépendra du type de matière utilisée pour Une couche nale de sciure de bois (60 cm) doit être
le co-compostage. Une fosse d’environ 10 m3 est néces- placée par dessus. La deuxième phase du proces-
saire pour 1 000 kg de carcasses. Les fosses peuvent être sus consiste à déplacer le tas dans une fosse secon-
construites à partir de n’importe quel matériau, tel que daire et à le recouvrir d’un minimum de matière de
le bois ou le béton. Un moyen simple et économique de co-compostage. La matière est humidiée an de
construire une fosse consiste à utiliser de grandes bottes permettre au tas de se réchauffer an d’obtenir un
rondes, placées bout à bout an de former une structure produit nal acceptable.
à trois côtés (composteurs à bottes). Les fosses peuvent La réussite du compostage dépend de facteurs
être recouvertes ou non d’une dalle, bien que ceci puisse déterminants : le temps, la porosité, l’aération et
s’avérer efcace dans les régions pluvieuses, réduisant surtout la température. Bien que les températures
alors le ruissellement potentiel provenant du tas. Si les élevées favorisent une décomposition rapide et une
parois de la fosse sont en béton, l’épaisseur recomman- élimination efcace des pathogènes, des tempéra-
dée est de 15 cm. La hauteur doit se situer entre 1,5 et tures excessivement élevées peuvent inactiver les
1,8 m et la largeur ne doit pas dépasser 2,4 m. enzymes recherchées. Le temps nécessaire à l’achè-
L’avant de la fosse est conçu pour permettre un char- vement du processus de compostage dépend de
gement facile des carcasses, assurant ainsi que les car- nombreux facteurs. En général, le temps de compo-
casses ne dépassent pas une hauteur d’environ 1,5 m. stage est plus court dans les climats chauds que dans

6 FT MAX

10 - 12 INCHES
Fig. 12.1 Coupe tranversale du compostage des carcasses dans un andain (Carr et al. 1998). Si la paille est utilisée, en placer
une couche de 3-4 pouces par-dessus la sciure de bois ou la litière. La quantité de sciure de bois peut être diminuée à 4-6
pouces. (Avec l’aimable autorisation d’Amelio Meini.)
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 151

Tableau 12.3 Taux de mortalité des volailles et poids de calcul (adapté de l’OSUE, 2000)a
Espèce de volaille et stade moyen Poids individuel en kg Taux de perte de Durée de vie du Poids de calcul en kg (lb)d
(lb)a volailles (%)c troupeau (jours)
Poulet de chair 1,8-3,6 (4-8) 4,5-5 42-49 Jusqu’à 3,6 (jusqu’à 8)
Poules pondeuses 2,0 (4,5) 14 440 2,0 (4,5)
Poules reproductrices 1,8-3,6 (4-8) 10-12 440 3,6 (8)
Dindes femelles 6,8-11,4 (15-25) 6-8 95-120 11,4 (25)
Dindes mâles 11,4-19,1 (25-42) 12 112-140 15,9 (35)
Dindes destinées à remplacer les
6,8 ; 0-13,6 (15; 0-30) 5-6 210 9,1 (20)
reproductrices
Dindes reproductrices 12,7-13,6 (28-30) 5-6 180 13,6 (30)
Dindes, mâles reproducteurs 31,8-36,4 (70-80) 30 180 34,1 (75)
a
Origine NABC (2004).
b
Poids moyen utilisé pour le calcul de la mortalité annuelle en livres.
c
Pour les animaux adultes, le pourcentage de perte correspond à un taux annuel sur le nombre moyen de têtes par élevage.
d
Poids de calcul utilisé pour calculer les durées des cycles de compostage.

les climats plus froids. La taille de l’animal inue Table 12.4 Conditions recommandées pour le compostage
également sur le temps requis. actif (Rynk 1992)
Pour des carcasses de petite taille telles que les Rapport carbone sur azote (C/N)b 20:1-40:1
volailles, le temps approximatif au bout duquel les tas Teneur en eau 65 %
sont transférés de la phase primaire à la phase secon- Concentration en oxygènec >5%
daire est de 7-10 jours (NABC 2004). Murphy et Carr Taille des particules (diamètre en pouces) 0,5-2
(1991) ont observé que le compostage des carcasses de Porosité du tas > 40 % d
poulets de chair nécessitait deux périodes consécutives 474-711 kg/m3
Densité brute
de 7 jours pour que les carcasses soient réduites à des (800-1200 lb/yd3)
résidus osseux. L’annexe C comporte une description pH 5,5-9
du calcul des paramètres corrects pour une installation Température (°F) 110-150
de compostage efcace pour les volailles. Murphy et
Carr (1991) et Keener et Elwell (2000) ont développé a
Bien que ces recommandations concernent le compostage
un modèle basé sur une formule mathématique pour le actif, les conditions situées en dehors de ces fourchettes
calcul des volumes de compostage. Les tableaux 12.3 et peuvent aussi bien produire la réussite des résultats.
12.4 présentent le poids de calcul utilisé pour calculer b
Base de poids (w:w) Des rapports C/N > 30 minimisent les
les durées des cycles de compostage pour les volailles. odeurs potentielles.
c
Une probabilité croissante d’odeurs importantes survient à
une concentration en oxygène d’environ 3 % ou moins. Le
[Link] Autres remarques maintien des conditions d’oxydation est la clé de la mini-
misation des odeurs.
Les leçons tirées des foyers d’IA de 2002 aux États- d
Selon les matériaux spéciques, la taille du tas et/ou les
Unis suggèrent que les facteurs importants pour la conditions météorologiques.
réussite du compostage en interne sont une implica-
tion active des exploitations avicoles dans la gestion
du processus, la formation d’une équipe d’experts, méthodes d’élimination. Les principaux inconvé-
la disponibilité de matières carbonées et de litière, nients de cette méthode incluent la nécessité d’une
l’identication des sources de carbone et d’eau et gestion à long terme et le risque que comporte le
l’identication rapide des équipes d’intervention transport des matières carbonées en dehors du site,
formées et équipées pour le compostage des trou- avec un risque potentiel de propagation secondaire
peaux dans les 24 h qui suivent la conrmation de l’agent infectieux par les véhicules de trans-
de l’infection par un virus IA ou MN (Flory et al. port. Dans certaines conditions atmosphériques,
2006). L’expérience des États-Unis a montré que une odeur déplaisante peut persister pendant des
le compostage en interne est préférable aux autres périodes prolongées.
152 M. Serena Beato et P. De Benedictis

12.6.4 Équarrissage La méthode plus récente de « l’équarrissage à sec »

utilise la chaleur générée par la condensation de la
L’équarrissage est le nom donné au processus qui vapeur. Cette chaleur est appliquée à des vannes agi-
consiste à faire cuire et à stériliser les déchets non tatrices an d’obtenir une distribution uniforme de la
comestibles. Ce processus a été plus précisément déni chaleur. Ceci permet de réduire le temps nécessaire à
comme étant la séparation des matières grasses des tis- la cuisson des carcasses. La chaleur indirecte appliquée
sus animaux par application de chaleur, an d’éliminer à ce système permet de convertir l’humidité contenue
l’eau, de stériliser les produits nis et de produire de dans les carcasses en vapeur. Au cours de ce processus,
la farine de viande et d’os (FVO) à partir d’animaux la production de farine de viande est plus importante
morts ou de déchets associés aux opérations d’abattage que celle obtenue par équarrissage humide.
(Kamur 1989). L’appellation technique de la farine de Les deux systèmes, humide et sec, peuvent être
viande produite à partir de l’équarrissage des déchets convertis en système en lot, comportant plusieurs unités
de volailles est : farine de sous-produits avicoles et de de cuisson (généralement 2 à 5). La plupart des tech-
plumes hydrolysées (PBHFM), ou plus simplement niques d’équarrissage utilisent un cuiseur en continu,
farine de viande. La farine de viande contient 60 % de de telle sorte que toutes les étapes d’équarrissage sont
protéines et 20-22 % de matières grasses. effectuées simultanément et l’une à la suite de l’autre
L’équarrissage nécessite des températures élevées (EPAA 2002). Le système nécessite peu ou pas d’inter-
et de la pression, pour convertir les carcasses ani- vention manuelle. Les produits nis sont générés à un
males en produits économiques sans risques, nutri- rythme constant en utilisant de la vapeur indirecte.
tifs et de valeur (UK-DEFRA 2000). L’équarrissage Le temps requis pour le processus d’équarrissage
permet de convertir les carcasses animales en trois dépend surtout de la température et de la pression de
principaux produits nis : la farine de carcasses, les l’air. L’augmentation de ces deux paramètres dimi-
matières grasses liquéées et l’eau. Les principaux nue automatiquement le temps d’équarrissage. La
procédés d’équarrissage des carcasses comprennent la pression de l’air inue sur la qualité des produits
réduction de la taille, la cuisson et la séparation des sortants. Les avantages et les inconvénients des pro-
matières grasses, de l’eau et des matières protéiques. cessus d’équarrissage sont énumérés par Flory et al.
Les processus d’équarrissage peuvent être classés en (2006).
« comestibles » et « non comestibles » (NACB 2004). Avantages :
Lors de l’équarrissage comestible, les sous-produits • L’industrie avicole possède quelques-unes des usines
des carcasses sont réduits en petits morceaux et désin- d’équarrissage, ce qui lui procure une meilleure maî-
tégrés par cuisson, produisant de l’humidité et du trise du processus d’élimination.
suif ou de la graisse comestibles. L’équarrissage non • La gestion à long terme n’est pas nécessaire.
comestible convertit les matières protéiques, grasses et • Pas d’impact sur l’environnement.
kératinisées en suif, farine de carcasse (utilisée dans • Le produit ni est utilisable (marché incertain).
la nourriture pour bétail, le savon et la production • S’il n’existe pas de marché pour le produit, les protéines
d’acides gras) et engrais. Les matières premières sont équarries peuvent être transportées vers un site d’en-
déshydratées et cuites ; la graisse et les protéines sont fouissement dans le respect de la biosécurité.
ensuite séparées. Les deux processus d’équarrissage Inconvénients :
diffèrent pour ce qui est des matières premières et des • Les usines d’équarrissage sont souvent situées
produits nis. Il existe plusieurs systèmes d’équarris- à proximité des entreprises avicoles. Toutes les
sage, dont deux sont résumés plus bas. sources possibles de transmission de la maladie
« L’équarrissage humide » fait intervenir l’ajout doivent donc être identiées et maîtrisées.
d’humidité aux matières premières au cours du pro- • La capacité de l’usine pourrait ne pas convenir.
cessus de cuisson. Bien que cette méthode produise • En raison de l’amélioration des exigences en
du suif de bonne qualité, elle est moins fréquem- matière de biosécurité, il pourrait être nécessaire
ment utilisée en raison de sa consommation élevée de consacrer une usine uniquement à l’équarris-
en énergie et des effets défavorables sur la qualité de sage des carcasses atteintes d’IA, pendant toute
la graisse (Ockerman et Hansen 2000). Il a été rap- la durée du foyer. Ceci pourrait ne pas s’avérer
porté que l’eau accumulée dans ce système nécessite économiquement faisable pour un foyer limité.
de l’énergie supplémentaire an de s’évaporer. Il en • Les intégrateurs ne pouvant pas procéder
résulte des matières résiduelles appelées « liqueur à l’équarrissage seraient à la merci d’une compa-
collante » (Romans et al. 2001). gnie d’équarrissage privée.
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 153

• Les coûts de l’équarrissage sont incertains et peu- permanganate de potassium (16 g/m3). Il s’ensuit une
vent augmenter de façon drastique lors d’un foyer. réaction vive, produisant de la chaleur et une ébullition.
Les aspects suivants doivent être pris en compte Cette réaction présente un danger potentiel pour un opé-
an de déterminer si l’équarrissage est bien la rateur inexpérimenté. Les locaux doivent être préparés à
méthode la plus appropriée pour l’élimination des l’avance, an que l’opérateur puisse mélanger les ingré-
oiseaux contaminés par le virus de l’IA : dients et quitter rapidement les lieux. Il doit porter des
• Des discussions doivent être organisées entre les vêtements de protection et un masque respiratoire recou-
compagnies d’équarrissage et l’industrie avicole, vrant complètement le visage. Le formaldéhyde étant
avant la survenue d’un foyer. un gaz très toxique, il doit être entièrement retenu dans
• La plupart des installations d’équarrissage sont pri- l’espace traité puis neutralisé de manière efcace avant
vées (c’est-à-dire qu’elles n’appartiennent pas à l’in- l’exposition, par réaction avec de l’ammonium gazeux
dustrie avicole) et ne sont pas autorisées à accepter du obtenu en chauffant du carbonate d’ammonium. Les
matériel contaminé par le virus de l’IA ou de la MN. masques respiratoires et les équipements spéciaux sont
indispensables à la maitrise du formaldéhyde résiduel.

Annexe A : Détails pratiques

pour la décontamination Annexe B : Techniques de destruction
au formaldéhyde sans cruauté des animaux

Le formaldéhyde ne peut être utilisé sans risque que La méthode d’abattage choisie doit être celle qui
dans certains environnements et entre les mains d’opé- garantit un volume d’abattage élevé, quelles que soient
rateurs expérimentés. Une décontamination efcace les conditions météorologiques. Tous les oiseaux devant
au formaldéhyde nécessite la combinaison propice de être tués dans le cadre du contrôle de maladies, doivent
paramètres tels que la concentration gazeuse, la tem- être manipulés avec le même soin et le même souci de
pérature, l’humidité relative et le temps de contact. La leur bien-être que s’il s’agissait d’oiseaux destinés à la
plupart des protocoles recommandent des concentra- consommation. L’abattage effectué à des ns de contrôle
tions de 2-10 g/m3 de formaldéhyde et une humidité de maladies ainsi que la vaccination, doivent être exé-
relative de 70-90 %, à une température de 20 °C et cutés uniquement par des personnes correctement for-
sur des intervalles de 15-24 h. Les ventilateurs élec- mées. Les formations doivent être dispensées lorsqu’il
triques devraient favoriser une dispersion homogène n’y a pas de foyer de maladies, de telle sorte que des
du gaz au sein de l’espace clos, là où ils sont présents. personnes efcaces et bien formées soient disponibles
Bien qu’une humidité relative élevée soit nécessaire à à l’apparition d’un foyer. Les ressources doivent être
une activité optimale, l’eau ne doit pas être présente mises à disposition pour la création d’un groupe de faci-
sous forme liquide car elle entraînerait la dissolution litateurs formés au tri en urgence de grandes quantités
du gaz et diminuerait sa concentration dans la phase d’oiseaux. Il est conseillé de faire participer les commu-
gazeuse. Il est donc difcile de dénir les conditions nautés fermières locales, en dehors des périodes de crise,
d’humidité relatives requises, en dehors des conditions à l’élaboration de plans destinés à chaque exploitation
de laboratoire contrôlées. Une température contrôlée de ou type d’exploitation. De cette façon, dans l’éventua-
manière uniforme est également essentielle pour une lité d’un foyer de maladie telle que l’IA, le processus
décontamination efcace. Si la température des parois d’abattage sera optimal et comportera un minimum de
du conteneur ou des murs du bâtiment chute au cours de souffrance pour les animaux. La taille, la structure et la
la décontamination, le formaldéhyde se polymérisera sur physiologie des oiseaux sont très variables. De nom-
ces parois et formera un précipité de paraformaldéhyde breuses espèces nécessitent une manipulation experte
pulvérulent, qui réduit l’efcacité de l’opération et pose au cours de l’euthanasie. Il est donc recommandé de
des problèmes de toxicité résiduelle. De telles conditions procéder au préalable à une planication et une consul-
se produisent vraisemblablement dans les bâtiments tation méticuleuses. S’il existe un risque de propagation
ou les véhicules des fermes, lors des décontaminations du virus aux oiseaux sauvages ou captifs, le bien-être de
effectuées la nuit. ces oiseaux doit être sauvegardé.
La fumigation doit être effectuée à la n du proto- Le gazage au dioxyde de carbone (CO2) ou
cole de désinfection, an d’optimiser l’effet viricide du l’overdose de barbituriques sont généralement les
formaldéhyde. La production du gaz peut être obtenue méthodes privilégiées pour l’euthanasie. Pour les
par addition d’une solution de formol (20 mL/m3) à du petits nombres d’oiseaux (notamment les oiseaux
154 M. Serena Beato et P. De Benedictis

d’agrément et les pigeons), la méthode privilégiée pistolet à projectile captif est autorisée, à condition
peut être la dislocation du cou (à l’aide de forceps que la mort de chaque animal puisse être conrmée.
ou à mains nues) ou l’injection de barbituriques. • Les oiseaux individuels peuvent être injectés avec
L’euthanasie des casoars, des émeus, des autruches, des barbituriques ; cette méthode ne peut cependant
des brols et des autres oiseaux rares ou difciles, requiert pas être pratiquée pour les nombres importants d’oi-
l’assistance d’un expert. Pour les grands oiseaux, les seaux. Pour ce qui est des volailles de moins d’une
options préférées sont l’injection létale (pour les oiseaux semaine, les poussins peuvent être jetés dans un
captifs) et les armes à feu (pour les oiseaux vivant en macérateur qui les tue instantanément.
plein air). Les embryons se développant dans des œufs Certaines méthodes ne sont pas autorisées, notam-
fécondés peuvent être tués par refroidissement à + 4 °C, ment mettre les oiseaux dans des sacs en plastique et
pendant 4 h. Pour les nombres importants d’oiseaux des les brûler ou les gazer au cyanure d’hydrogène, au
unités avicoles commerciales, la méthode privilégiée monoxyde de carbone impur ou à des concentrations
est le gazage au CO2. Les oiseaux peuvent être attrapés élevées en CO2. Il n’est pas non plus autorisé de gazer
par des équipes de 10-15 travailleurs (de préférence des des bâtiments entiers sans délimitation appropriée de
équipes de ramassage expérimentées). Les poussins la zone occupée par le gaz, ni d’injecter tout produit
sont attrapés facilement sous les lampes de chauffage. chimique à l’exception des barbituriques.
Ils sont ensuite transportés dans des poubelles en plas-
tique, jusqu’aux bennes à ordure pour le gazage au CO2.
Les poulets de chair peuvent être conduits vers la zone Annexe C : Paramètres de calcul
de ramassage, ou ils seront attrapés puis placés directe- pour une installation
ment dans les bennes. de compostage efficace
Les oiseaux de volière sont plus difciles à attra- des volailles
per et la progression sera plus lente. Les bennes doi-
vent être remplies jusqu’à un certain niveau (entre 70 La formule proposée par Murphy et Carr (1991) est
et 90 %), an que la couche restante de CO2 puisse basée sur le concept selon lequel la capacité des sys-
tuer efcacement la dernière couche d’oiseaux et que tèmes de fosse pour le compostage des volailles dépend
le camion ne soit pas surchargé. La benne est ensuite du poids vivant théorique de l’élevage. Les auteurs
scellée et transportée au site d’élimination. Une atten- décrivent un modèle selon lequel la capacité maximum
tion particulière doit être portée à la vérication qu’au- de volailles mortes, pour la première phase de compo-
cun oiseau n’est encore vivant lors de l’évacuation stage, est estimée en se basant sur l’âge et le poids mar-
dans la fosse d’ensevelissement. chand des oiseaux (voir exemple 1 ci-après) :
Les méthodes suivantes d’abattage des volailles Capacité quotidienne de compostage = poids
pour la maîtrise de l’IA sont recommandées par le vivant théorique de l’élevage/400
comité Santé et bien-être animal de l’Autorité euro- Poids vivant théorique de l’élevage = capacité de
péenne de sécurité des aliments (EFSA). l’élevage 3 poids marchand
• Les oiseaux sont placés dans des conteneurs adap- Keener et Elwell (2000) ont développé des modèles
tés, y compris les zones bien réglementées d’un basés sur les résultats d’expériences menées sur un sys-
bâtiment ; ces conteneurs contiennent des mélanges tème de fosse de compostage pour volailles (poulets
appropriés de gaz inertes, par exemple de l’argon de chair). Ils ont attribué un coefcient volumétrique
mélangé à un maximum de 2 % d’oxygène. spécique de 0,0125 m3/kg de mortalité/cycle de crois-
• Les oiseaux sont placés dans un conteneur appro- sance (0,20 pieds3/livre mortalité/cycle de croissance)
prié rempli de 4-6 % de monoxyde de carbone pur, pour le calcul des volumes primaire, secondaire et de
pour une durée d’au moins 6 minutes. Des mesures stockage (V1, V2, et V3, respectivement). Comme
de protections appropriées doivent être mises en cela a été évoqué précédemment, les temps de compo-
place pour les opérateurs humains. stage des phases primaire, secondaire et de stockage
• À l’exception des canards et des oies pour lesquels (T1, T2 et T3, respectivement) sont inuencés par
le CO2 ne doit pas être utilisé, les oiseaux ne doivent divers facteurs internes au tas de compostage et ne
pas être exposés à plus de 30 % de CO2 mélangé sont pas égaux les uns aux autres. En se basant sur les
à du gaz inerte tel que l’azote ou l’argon et à 2 % informations précédentes, les auteurs ont proposé les
d’oxygène au plus. modèles suivants pour le calcul du temps et du volume
• L’utilisation d’appareil d’insensibilisation électrique de compostage nécessaires pour les phases primaire,
portatif, de matériel d’abattage de volailles ou de secondaire et de stockage :
12 Règles générales de décontamination après une épizootie d’influenza aviaire ou de maladie de Newcastle 155

T1 = (7,42) (W1) 0,5 10, jours (5) V1 (0,0125) • Surface totale = 7 pieds 3 32 pieds = 214 pieds2
(PQM) (T1), m3 (19,26 m2).
T2 = (1/3) (T1) 10, jours (7) V2 (0,0125) (PQM) • Surface de chaque fosse primaire = 214 pieds2/6 =
(T2), m3 35 pieds2 (3,21 m2).
T3 30, jours (9) V3 V2 ou V3 (0,0125) (PQM)
(T3), m3
W1 étant le poids moyen de mortalité en kg et Exemple 2 : Exemple de calcul du compostage
PQM étant la perte quotidienne moyenne ou le taux en fosse des carcasses de volailles
de mortalité en kg/jour.
L’exemple suivant est basé sur la méthode de
Murphy et Carr (2000).
Exemple 1 : Calcul du compostage en fosse
des carcasses de volailles Information disponible

L’exemple suivant est basé sur la méthode de Exploitation avicole ayant un poids marchand
Murphy et Carr (1991). moyen de 1,36 kg (3 livres) et une PQM de 13,6 kg/
jour (30 livres/jour), où les carcasses sont destinées
Information disponible au compostage en fosse.
Tl = (7,42) (W1) 0,5 10, jours V1 (0,0125)
• Exploitation avicole de 100 000 oiseaux de poids ( (PQM) (T1), m3
marchand égal à 4,5 livres (2,02 kg), dans laquelle T2 = (1/3) (T1) 10, jours V2 0,0125) (PQM)
les carcasses sont destinées au compostage en fosse. (T2), m3
• 0,45 kg (1 livre) de matière de compostage néces- T3 30, jours V3 > V2 V3 (0,0125) (PQM) (T3), m3
site un volume d’environ 0,027 m3 (1 pied3). Relation entre volume, largeur et longueur de la
• Capacité quotidienne de compostage = poids fosse, avec une profondeur ou une hauteur constante
vivant théorique de l’élevage/400. de 1,5 m (5 pieds).
• Poids vivant théorique de l’élevage = capacité de
l’élevage 3 poids marchand. Temps et volume de compostage pour les phases
primaire, secondaire et de stockage
Capacité quotidienne de compostage
L’information requise à partir des équations ci-dessus
La capacité quotidienne de compostage = 100 000 est la suivante :
(oiseaux) 3 4,5 (livres/oiseaux)/400 (jours) = 1 125 T1 = (7,42) (1,36) 0,5 10 jours, T2 (1/3) (T1)
livres/jour (506,25 kg/jour) ou environ 1 125 pieds3/jour 10 jours et T3 30 jours,
V1 (0,0125) ( 13,6) (10) = 1,70 m3, V2 0,0125)
Nombre de fosses proposés et dimensions (13,6) (10) = 1,70 m3 et
V3 3 V2 (recommandé comme paramètre de
En se basant sur les données expérimentales de calcul) = 3 (1,70) = 5,10 m3.
Murphy et Carr (1991), les dimensions les plus
appropriées pour une fosse sont une longueur de Nombre de fosses nécessaires et dimensions associées
7 pieds, une largeur de 5 pieds et une hauteur de
5 pieds. Par conséquent : Le volume de la fosse le plus proche de la valeur
• N (nombre de fosses de traitement primaire) = calculée de 1,7 m3 est de 2,26 m3 (80 pieds3), soit
(capacité de compostage)/ (L 3 W 3 H d’une une mini-fosse de dimensions 1,22 m 3 1,22 m 3
fosse primaire). 1,52 m (4 pieds 3 4 pieds 3 5 pieds).
• N = (1,125 pied3/jour)/ (7 pieds 3 5 pieds 3 5 pieds) Il faut, par conséquent, deux fosses primaires
= 6 fosses de traitement primaire/jour. ayant chacune une surface de 1,22 m 3 1,22 m =
• Les six fosses peuvent être disposées dans n’im- 1,5 m2 (16 pieds2) ou un total de 3 m2 (32 pieds2), et
porte quelle conguration répondant aux besoins une fosse secondaire de 1,50 m2 (16 pieds2).
d’une situation particulière. La surface de stockage du produit ni est :
• Longueur totale = (1,125 pieds3)/ (7 pieds 3 5 pieds) 5,10 m3/ 1,5 m = 3,36 m2.
= 32 pieds (9,64 m).
156 M. Serena Beato et P. De Benedictis

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Ockerman HW, Hansen CL (2000) Rendering: Animal US EPA. 40 CFR Part 258 - Criteria for municipal solid
by-product processing and utilization. Washington, waste landlls
DC: CRC Press LLC US EPA. Ofce of Solid Waste and Emergency Res-
Osue (2000) Ohio’s livestock and poultry mortality com- ponse. (1995). Decision-makers’ guide to solid waste
posting manual. Columbus, Ohio, USA: The Ohio State management (Vol. 2). Washington
University Extension, available at [Link] UKDEFRA United Kingdom Department for Environ-
ohio-state .edu/ ocamm/Keener-Maine%20Morta- ment Food and Rural Affairs (2000). The BSE Inquiry:
lity%20Paper%[Link] The Report. Vol. 13: Industry Processes and Controls.
Ritter WF, Chirnside AE (1990) Dead bird disposal and Ch. 6: Rendering. Annex B: Manufacturing process of
ground-water quality. Proceedings of the 6th Interna- rendering. Retrieved June 10, 2003, from [Link]
tional Symposium on Agricultural and Food Proces- [Link]/report/volume13/[Link]
sing Wastes, Chicago, Illinois, pp 414-423 Widdrington FMD, Liaison Committee. Submission to
Ritter WF, Chirnside AE (1995) Impact of dead bird dis- Northumberland FMD Inquiry
 Sites Internet

Organisations
Organisation mondiale de la santé animale (OIE) • Remise à jour concernant l’inuenza aviaire
[Link] hautement pathogène chez les animaux
• [Link]/downld/AVIAN%20
INFLUENZA/A_AI-[Link]
• Inuenza aviaire
• [Link]/eng/info ev/en AI avianin[Link]

Organisation des Nations unies pour l’alimentation • Préparation à l’inuenza aviaire hautement
et l’agriculture (FAO) pathogène
[Link] • [Link]/docs/eims/upload//200354/HPAI
manual [Link]
• EMPRES (Système de prévention d’urgence
pour les ravageurs et les maladies transfrontières
des animaux et des plantes)
• [Link]/ag/againfo/programmes/en/
empres/[Link]
• Inuenza aviaire
• [Link]/avianu/en/[Link]

Organisation mondiale de la santé (OMS) • Inuenza aviaire

• [Link]/csr/disease/avian_inuenza/en/[Link]

Centre de prévention des maladies (CDC) • Grippe pandémique

[Link] • [Link][Link]

Comité Santé et bien-être animal de la • Inuenza aviaire

communauté européenne • [Link]/food/animal/diseases/controlmea-
[Link] sures/avian/index [Link]
• 2004/402/EC: Décision de la commission du
26 avril 2004 portant approbation des plans de
contingence destinés à la maîtrise de l’in-
uenza aviaire et de la maladie de Newcastle
[Link]/LexUriServ/LexUriServ.
do?uri=CEL EX:32004D0402:EN:NOT

159
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
160 Sites Internet

Centre européen de prévention et de contrôle • Inuenza aviaire

des maladies (ECDC)
[Link] [Link]/Health_topics/Avian_Inuenza/
Avian_In[Link]

Centre de recherche et de politique concernant • Inuenza aviaire

les maladies infectieuses [Link]
[Link] inuenza/avianu/[Link]

Autorité européenne de sécurité des aliments • Inuenza aviaire et aliments

(EFSA) [Link]
[Link] locale-1178620753812 AvianAndFoodFAOs.
htm

Grippe en chine et Centre d’information • [Link]

sur la grippe (FIC)

Réseaux
Réseaux d’expertise de l’OIE et de la FAO [Link]
concernant l’inuenza animale

FAO – CIRAD - Wetlands international [Link]

FluTrop-Recherche sur l’inuenza aviaire [Link]

dans les pays tropicaux

Réseau mondial de surveillance de l’inuenza [Link]

aviaire

Bases de données génétiques

Ressources ayant trait au virus de l’inuenza [Link]

Initiative mondiale de partage des données [Link]

concernant l’inuenza (GISAID)

Services de notification de courriel

Avian inuenza Intelink Digest [Link]

ProMed-mail [Link]
 Annexe
Check list pour la visite de locaux suspects 1
Manuela Dalla Pozza

Kit du vétérinaire officiel (VO) Kit du vétérinaire de laboratoire (VO)

1. Formulaire d’enquête épidémiologique a. 1 récipient thermique

2. Équipement nécessaire pour la visite clinique et b. 4 paires de forceps
protocoles d’échantillonnage : c. 2 paires de ciseaux chirurgicaux
a. 2 combinaisons jetables d. 1 couteau
b. 5 paires de pédisacs jetables e. ruban adhésif
c. 2 paires de gants en caoutchouc et 5 paires f. étiquettes
de gants en latex g. 100 seringues de 2,5 mL avec aiguilles
d. coiffes et masques faciaux jetables h. écouvillons stériles
e. lunettes de protection i. 50 tubes à essais contenant du milieu de trans-
f. serviettes en papier port viral
g. 5 récipients étanches j. 10 récipients étanches
h. 5 sacs en plastique étanches et imperméables k. 2 combinaisons jetables
i. torche électrique l. 5 paires de pédisacs jetables
j. solution désinfectante m. 5 paires de gants en latex
k. 2 stylos et un bloc-note n. coiffes et masques faciaux jetables
l. 100 seringues de 2,5 mL avec aiguilles o. lunettes de protection
m. 100 petits sacs en plastique mince p. 10 sacs poubelle noirs
n. 2 paires de ciseaux chirurgicaux q. 50 élastiques
o. 2 paires de forceps r. solution désinfectante en brumisateur
p. ruban adhésif s. récipient en carton
q. 2 feutres
r. 1 récipient thermique
s. 5 blocs réfrigérants congelés
Au moins deux de ces kits doivent être prêts et
disponibles à tout moment, dans les quartiers
généraux du VO.

161
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 Annexe
Formulaire d’enquête épidémiologique 2
sur les foyers d'influenza aviaire
et de maladie de Newcastle
Giuseppe Dalla Pozza

Date ......../......../........
Dr ............................................................................................ Numéro de téléphone ..................................
Numéro d’enregistrement de suspicion ................/Numéro d’enregistrement de conrmation .....................
Nom de l’exploitation ....................................................................................................................................
Adresse .. .........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ......................................................................................................................................
Province/État/Pays .................................................. Numéro de téléphone ...................................................
Code de l’élevage ou numéro d’identication
Propriétaire ........................................................ .............................................................................................
Compagnie ........................................................ .............................................................................................
Adresse du propriétaire ......................................................Numéro de téléphone ........................................
Information fournie par .........................................................................................................
Vétérinaire de l’élevage Dr ........................................................................... Présent NON o OUI o

COUVOIR D’ORIGINE
Couvoir de l’exploitation NON o OUI o

Exploitation ........................................................................Adresse .............................................................

CAP/Zip/code postal .......................................................... Province/État/Pays ...........................................
Code
Numéro de téléphone .......................................................... Fax ...................................................................

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164 Annexe 2

Informations concernant l’élevage

Type d’établissement o Élevage commercial intensif (locaux intérieurs/environnement contrôlé)
o Élevage commercial extensif (accès aux installations extérieures/
environnement naturel)
o Éleveur/commerçant indépendant
o Rural/basse-cour

Catégorie/chaîne de production Pondeuses d’œufs de consommation o

Type de production :
Grands-parentaux/reproducteurs primaires o
Reproducteurs parentaux o
Poulettes élevage d’ o
Pondeuses o
Conguration entrant-sortant OUI o NON o
Volailles de chair o
Type de production :
Grands-parentaux/reproducteurs primaires o
Reproducteurs parentaux (lière chair) o
Poulettes élevage d’ o
Catégorie chair (poulet de chair) o
 Espèces et nombre d’oiseaux présents lors de la mise en œuvre des mesures de restriction

Date de mise No. d’oiseaux vivants

Type de production en place No. d’oiseaux au moment de la mise Poids moyen No. d’oiseaux No. d’oiseaux
(restockage, restockés en œuvre des mesures des oiseaux malades morts
placement) de restriction

Femelle Mâle Femelle Mâle Femelle Mâle

Poulet de chair

Poulet reproducteur
(lière chair)
(tous âges)
Poule pondeuse
Dinde de chair
Dinde reproductrice
(tous âges)
Pintade reproductrice
(tous âges)
Pintade de chair

Canard de chair
Canard reproducteur
(tous âges)
Pigeon
2 Formulaire d’enquête épidémiologique sur les foyers d'influenza aviaire et de maladie de Newcastle

Faisan
Oie
Caille
Autres espèces (spécier)
Autres espèces (spécier)
165
166 Annexe 2

Système d’élevage
Abris NON o OUI o N° .......................
Tunnels NON o OUI o N° .......................

Fournisseur d’aliment pour animaux :

Aliment traité à la chaleur NON o OUI o
Pâtée NON o OUI o
Si oui, origine de la pâtée : .............................................................................................................................

Stockage de la nourriture :
Boîte o Sac o Monticule libre o

Type de système de ventilation :

Statique ..........................................................................................................................................................
Dynamique .....................................................................................................................................................
Articielle ......................................................................................................................................................

Système d’élevage en plein air NON o OUI o m2.......................................

Filets anti-oiseaux NON o OUI o

Possibilité de contact avec des oiseaux sauvages :

NON o OUI o Espèce ................................
............................................
............................................

Opérations de débecquage : ate D .........../...........

.........../
Réalisé par : Membres de la famille o Personnel employé o Personnel externe o Autre o .............
Remarques ......................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................

Autres oiseaux présents sur le site (captifs ou vivant en plein air)

NON o OUI o Espèce ................................
.........................................
...
.........................................
...

Présence d’étangs
ou de lacs : NON o OUI o
Autres réservoirs d’eau NON o OUI o (spécier) ...........................

Alimentation en eau :
Canalisations NON o OUI o
Puits peu profond NON o OUI o
Puits profond NON o OUI o
Système d’ensemble de lacs (nom) : .......................................
Stockage de l’eau :
À l’extérieur NON o OUI o
À l’intérieur NON o OUI o
Couvert NON o OUI o

Présence de porcs NON o OUI o N° .......................................

Autres animaux NON o OUI o (spécier) ...........................
Remarques ......................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................
2 Formulaire d’enquête épidémiologique sur les foyers d'influenza aviaire et de maladie de Newcastle 167

1. Topographie de l’établissement

Un plan des locaux contaminés doit indiquer clairement les unités de production, les animaux logés dans
ces unités et les principales voies d’accès à ces locaux.
168 Annexe 2

Données relatives à l’introduction et à la propagation de l’infection :

les informations nécessaires aux points 1-3 ci-dessous doivent être recueillies
pour tous les déplacements d’animaux ou de personnes et doivent être répétées
pour chaque évènement à risque potentiel.

1. Déplacements d’oiseaux

a) Introduction d’oiseaux à partir d’autres établissements/couvoirs/élevages NON o OUI o

(à partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques)
Date ......../......../........ N° ......................... Espèces ............................................... Ferme o Couvoir o
Nom de l’exploitation................................................................... Code
Adresse ..........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................. Province/État/Pays ........................................................
Plaque d’immatriculation du véhicule ..................................................

b) Introduction d’oiseaux en provenance d’expositions/marchés/foires NON o OUI o

(À partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques)
Date ......../......../........ N° ......................... Espèces .......................................................................................
Origine : Foire o Marché o Exposition o
CAP/Zip/code postal ............................................... Province/État/Pays ......................................................

c) Sortie d’oiseaux/œufs en direction d’autres établissements/couvoirs/abattoirs NON o OUI o

(À partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques ainsi que la date à laquelle l’élevage
a été mis sous restriction)
Date ......../......../........ N° ......................... Espèces .......................................................................................
Destination : Autre élevage o Couvoir o Abattoir o Autre .................................
Nom de l’exploitation................................................................... Code
Adresse ..........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................. Province/État/Pays ........................................................

d) Sortie d’oiseaux/œufs en direction d’autres foires/marchés/expositions NON o OUI o

(À partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques ainsi que la date à laquelle l’élevage
a été mis sous restriction)
Date ......../......../........ N° ......................... Espèces .......................................................................................
Destination : Foire o Marché o Exposition o Autre ..............................
Adresse ..........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................. Province/État/Pays ........................................................
2 Formulaire d’enquête épidémiologique sur les foyers d'influenza aviaire et de maladie de Newcastle 169

2. Déplacements de personnes : modes d’introduction ou de propagation possibles

de l’infection

(À partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques ainsi que la date à laquelle l’élevage
a été mis sous restriction)
NON o OUI o
Date ......../......../........ Nom de famille et prénom ..........................................................................................
o Vétérinaire o Technicien
o Équipe de vaccination o Personne effectuant le débecquage
o Autre éleveur o Commerçant
o Autre (spécier) .........................................................................................................................................
Adresse ...........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................... Province/État/Pays ......................................................
.................................................................................. Numéro de téléphone ..................................................
Élevage visité précédemment : Nom .............................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................... Province/État/Pays ......................................................
Date ......../........
......../

3. Déplacement de mammifères (influenza aviaire uniquement)

Introduction de mammifères en provenance de fermes/marchés/expositions NON o OUI o

(À partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques)
Date ......../......../........ N° ......................... Espèces ..................... Foire o Marché o Exposition o
Nom de l’exploitation...................................................................................................................................
Code
Adresse ............................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................... Province/État/Pays ......................................................
Plaque d’immatriculation du véhicule de transport d’animaux ......................................................................

Déplacement de mammifères vers d’autres destinations (fermes/abattoirs) NON o OUI o

(À partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques ainsi que la date à laquelle la ferme a
été mise sous restriction)

Date ......../......../........ N° ......................... Espèces .......................................................................................

Ferme o Abattoir o Autre ......................................................................................................
Nom de l’exploitation...................................................................
Code
CAP/Zip/code postal ............................................... Province/État/Pays ......................................................
Plaque d’immatriculation du véhicule de transport d’animaux .....................................................................
 Déplacements de véhicules :
170

(A) Transport d’animaux, (B) Transport d’aliments pour animaux (C) Transport d’œufs, (D) Ramassage d’animaux morts, (E) Carburant/Gaz, (Autre) Spécier
(À partir de 21 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques ainsi que la date à laquelle l’élevage a été mis sous restriction)

Véhicule Plaque d’immatri- Transporteur

Nom de Numéro de Plaque culation du Numéro de
Date d’entrée (A/B/C/D/E/ l’exploitation téléphone/Fax d’immatri- véhicule (nom de Chauffeur téléphone
autre) culation du (remorque) l’exploitation)
véhicule
(tracteur)
Annexe 2
2 Formulaire d’enquête épidémiologique sur les foyers d'influenza aviaire et de maladie de Newcastle 171

a) Contacts indirects avec d’autres établissements avicoles NON o OUI o

(Utilisation conjointe d’équipement, de véhicules, d’aliment pour animaux et de personnel, 21 jours avant
l’apparition des premiers signes cliniques ainsi que la date à laquelle l’élevage a été mis sous restriction)
Date du contact ......../......../........
Nom de l’exploitation................................................................... Code
Adresse ..........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................. Province/État/Pays ........................................................
Espèce élevée ........................................................ Numéro ..........................................................................
o Véhicule mis en commun o Aliment mis en commun
o Équipement mis en commun o Personnel commun
o Récupération/recyclage de la litière o Autre (spécier) ....................................................................

b) Autres élevages appartenant au même propriétaire NON o OUI o

Nom de l'élevage ou de l’exploitation.................................................. Code
Adresse ..........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................. Province/État/Pays ........................................................
Espèce élevée ........................................................ Numéro ..........................................................................
Vide o Plein o

c) Élevages avicoles situés à proximité du foyer NON o OUI o

Nom de l'élevage ou de l’exploitation.................................................. Code
Adresse ..........................................................................................................................................................
CAP/Zip/code postal ............................................. Province/État/Pays ........................................................
Distance en mètres .........................................................................................................................................
Vide o Plein o
172 Annexe 2

Données anamnestiques

Mortalité hebdomadaire
NB : données concernant les taux de mortalité enregistrés à partir de 6 semaines avant l’apparition des
premiers signes cliniques

Dates
À partir du Jusqu’au Nombre d’animaux morts

NB : Le registre des mortalités hebdomadaires de l’élevage doit être accessible et signé par l’éleveur et le
vétérinaire ofciel.

Remarques : ...................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................

Date d’apparition des signes cliniques de l’inuenza a viaire ......../......../........

Signes cliniques observés par l’éleveur : ........................................................................................................

.........................................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................

Nombre d’oiseaux Nombre d’oiseaux morts

Nombre total d’oiseaux malades (au moment de (au moment de la mise Nombre d’oiseaux
(morts ou vivants) la mise en œuvre des en œuvre des mesures de éliminés
mesures de restriction) restriction)

NB : cette information doit faire référence aux données recueillies au moment où la ferme a été mise sous
restriction ; la mortalité et la morbidité étant uniquement liées à la suspicion d’inuenza aviaire.
2 Formulaire d’enquête épidémiologique sur les foyers d'influenza aviaire et de maladie de Newcastle 173

Programme de vaccination

Vaccination des oiseaux NON o OUI o

Date de la vaccination Type de vaccina Nom commercial Voie d’administration

a
Vivant ou inactivé

Personnel vaccinant :
Membres de la famille o Employés o Personnel externe o Autre o .............................
Remarques ......................................................................................................................................................

Administration de médicaments
Durant les 15 derniers jours : NON o OUI o (spécier) .....................................

Fin Type Nom Voie

1er jour d’administration de médicament commercial d’administration

Personnel ayant administré le médicament :

Membres de la famille o Employés o Personnel externe o Autre o .............................
Remarques ......................................................................................................................................................
174 Annexe 2

Observations cliniques et macroscopiques : formulaire d’enregistrement

Formulaire d’observation clinique (à remplir pour chaque espèce atteinte)

ESPÈCE ..........................................................................................................................................................
Poids
– cible OUI o NON o
– inférieur OUI o NON o
– supérieur OUI o NON o

Consommation d’aliment pour animaux :

Augmentée o Diminuée o

Consommation d’eau :
Augmentée o Diminuée o

Abattement o
Signes respiratoires : bénins o
sévères o
Baisse ou arrêt de la production d’œufs o
Œdème, cyanose ou hémorragies cutanées o
Diarrhée o
Signes rveuxne o
Mort ubite s o
Individuelle o
Massive o
Autre ...............................................................................................................................................................

Aspect du lot
Taux de mortalité ...............% Le jour précédent..............% La semaine précédente...............%
Mort individuelle subite o Mortalité massive soudaine o ...................%
Diminution de la consommation d’aliment pour animaux o ..........% Diminution de la consommation d’eau o
Diminution de la masse corporelle o ........................%
Plumes ébouriffées o Entassement o Anorexie o Abattement o Soif o

Production d’œufs
Baisse ..............................% Arrêt o
Modication de la couleur o
Modication de la qualité o
Date d’apparition ............................... Durée ...................................................

Signes respiratoires :
Toux o Œdème de la tête/du cou o Essoufement o Conjonctivite o
Éternuement o Cris modifiés o Râles o Sinusite o
Écoulement nasal o Tremblement de la tête o

Signes digestifs :
Diarrhée – hémorragie o – blanche o – mousseuse o
– vert o – malodorante o
2 Formulaire d’enquête épidémiologique sur les foyers d'influenza aviaire et de maladie de Newcastle 175

Signes nerveux
Tremblements o Ataxie o Parésie o
Mouvements circulaires o Cécité o Incoordination o
Décubitus o Paralysie o Torticolis o

Troubles locomoteurs
Ailes tombantes o Démarche normale a o
Détails : ..........................................................................................................................................................

Troubles vasculaires/cutanés
Œdème o (indiquer où) ..................................... Cyanose o ........................................................
Hémorragies o ............................................................ Pâleur o ..........................................................

Autres :
MALADIE SUSPECTÉE : o Maladie de Newcastle o Inuenza aviaire

Formulaire d’observation macroscopique (à remplir pour chaque espèce atteinte)

Rhinite et sinusite o
Trachéite catarrhale o
hémorragique o
Aéro-sacculite o
Pneumonie o
Entérite catarrhale o
hémorragique o
Pancréatite o
Hémorragies épicarde o
endocarde o
proventricule o
follicules ovariens o
rein o
foie o
proventricule o
amygdale cæcale o
Plaques de Peyer o
muscles o
Nécrose rein o
foie o
pancréas o
rate o
État général bon o
en dessous de la moyenne o
mauvais o
Autre ...............................................................................................................................................................
Remarques ......................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................
.........................................................................................................................................................................
Signature
...........................................................................
176

Vérication :
• Registre des mortalités quotidiennes
• Registre des productions d’œufs
• Registre des consommations d’aliment pour animaux
• Données concernant le gain de poids moyen
• Informations concernant la consommation d’eau
• Enregistrement des déplacements à l’intérieur et à l’extérieur de l’élevage
 Annexe 3
Procédures de biosécurité 3
William G. Dundon

Introduction • Plus un foyer d’IA est contrôlé de façon rapide et

efcace dans un lot contaminé, plus le risque de
L’inuenza aviaire (IA) est une maladie des oiseaux propagation au personnel est faible.
hautement contagieuse. Les virus de l’IA ne se • Il est indispensable que le personnel soit au cou-
transmettent pas facilement à l’homme, malgré leurs rant et adopte les précautions de biosécurité per-
similarités avec les virus grippaux humains. Cepen- mettant de réduire le risque d’une propagation
dant, ils ont été transmis à l’homme de manière spo- plus importante du virus, de leur propre conta-
radique et dans des circonstances spéciques : mination et de celle des autres.
• contact direct avec des oiseaux malades ou morts ; • Le personnel doit être informé du fait qu’il est
• contact avec des surfaces contaminées par des interdit de fumer et de manger sur les lieux de
substances excrétées (fèces) et/ou des sécrétions travail et qu’il faut éviter de se toucher le nez, la
provenant d’oiseaux contaminés ; bouche et les yeux lorsque les mains sont poten-
• contact des muqueuses orale, oculaire ou nasale tiellement contaminées.
avec des aérosols contaminés ; • Après une opération de dépeuplement/éradica-
• consommation de viande crue ou de sang d’oi- tion, tous les équipements de protection utilisés
seaux contaminés. par le personnel doivent être convenablement
Par conséquent, les problèmes de biosécurité du per- éliminés ou correctement nettoyés et désinfectés.
sonnel en contact avec le virus relèvent de la plus haute
importance. Le personnel courant un risque d’exposition
au virus peut être classé en deux catégories. La première Équipement de protection personnelle
regroupe les personnes impliquées dans la maîtrise des
foyers et l’éradication de l’IA et dont les tâches com- Le personnel à risque d’infection ou se trouvant
prennent le tri des oiseaux contaminés, l’élimination des en contact direct avec des oiseaux potentiellement
carcasses et le nettoyage et la désinfection des locaux. infectés, doit porter les équipements de protection
La deuxième catégorie inclut le personnel travaillant en personnelle suivants :
laboratoire et impliqué dans la réception et le traitement • blouses protectrices jetables à manches longues
de prélèvements et d’échantillons contaminés, contenant et tablier imperméable ;
le virus. Les précautions recommandées pour la biosécu- • coiffes/charlottes jetables ;
rité des deux catégories sont énumérées ci-dessous. • bottes en caoutchouc ou en polyuréthane lavables
et désinfectables ou pédisacs jetables ;
• gants en caoutchouc lavables et désinfectables ;
Catégorie 1 : personnel sur le terrain gants jetables en nitrile (latex synthétique).
Des gants en coton peuvent être portés à l’inté-
rieur pour éviter l’irritation des mains du fait de
Recommandations l’usage prolongé de gants synthétiques. Les gants
doivent être immédiatement remplacés s’ils pré-
• Le nombre de personnes impliquées dans les sentent des signes d’usure et de détérioration. Les
opérations de dépeuplement/éradication doit être gants doivent être enlevés avec précaution et sans
maintenu à un minimum. toucher les surfaces contaminées ;

177
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
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178 Annexe 3

• un masque facial protecteur jetable FFP2D (ou hotte de sécurité biologique de classe II, dans le res-
un masque équivalent) s’ajustant correctement pect des pratiques de biosécurité standard de niveau 2
sur le visage ; (BSL-2). Des tests commerciaux de détection d’anti-
• une visière protégeant des éclaboussures prove- gènes destinés à tester l’inuenza peuvent également
nant de matériel contaminé ; être réalisés sous niveau 2. Les échantillons peuvent
• des lunettes de protection. également être emballés et expédiés aux laboratoires
Après utilisation, il faut enlever l’équipement et se de diagnostic, en vue d’analyses plus approfondies
laver et se désinfecter les mains dans l’ordre suivant : dans des laboratoires BSL 2.
1.G ants Les virus de l’IAHP doivent être manipulés en condi-
2.B louses tions de laboratoire sous un niveau de biosécurité 3+
3. Lavage et désinfection des mains (BSL3+). Les manipulations impliquant la croissance
4. Lunettes de protection de l’agent pathogène doivent donc être effectuées en
5. Visière et masque facial laboratoire BSL 3+ et dans le respect des pratiques opé-
6. Lavage et désinfection des mains ratoires BSL 3+. Celles-ci incluent une entrée par un
Dans les étapes 3 et 6, le personnel doit se laver SAS à double porte dont l’accès est contrôlé, un ves-
les mains avec du savon et de l’eau pendant au moins tiaire et une douche, l’usage de respirateurs, la décon-
15-20 secondes, après avoir enlevé les équipements tamination de tous les déchets et une douche prise par
de protection personnelle. l’ensemble du personnel (voir ci-dessous).
NB : lorsque les laboratoires ne sont pas
conformes aux conditions de connement BSL 2, les
Considérations de santé échantillons provenant de cas suspects ou conrmés
d’IAHP doivent être envoyés à des laboratoires de
• Lorsque cela est possible, le personnel non vac- référence correctement équipés en vue d’analyses
ciné doit être vacciné contre le virus de la grippe plus approfondies.
saisonnière en cours, an de réduire la possibilité Une liste des directives devant être prises en consi-
de double infection et de réassortiment entre les dération dans les laboratoires BSL 2 et 3 est présentée
virus humain et aviaire. ci-dessous. Ces directives sont adaptées à partir du
• Pendant toute la durée du contact direct avec les Biosafety in Microbiological and Biomedical Labo-
volailles contaminées ou leurs sécrétions, le per- ratories, 5e édition, Fév 2007 ([Link]
sonnel doit recevoir quotidiennement un médica- OD/ohs/biosfty/bmbl5/[Link]).
ment antiviral approprié et pendant les 5-7 jours
suivant le dernier jour d’exposition potentielle au
virus. Directives concernant le travail en laboratoires
• Le personnel doit être prévenu de surveiller sa de sécurité biologique de niveau 2
santé et de signaler tout signe clinique incluant
la èvre, les difcultés respiratoires et/ou la • Le niveau 2 de biosécurité se rapporte aux mani-
conjonctivite, pendant 1 semaine suivant l’expo- pulations d’agents présentant un risque potentiel
sition potentielle au virus. modéré pour le personnel et l’environnement.
• Le personnel de laboratoire doit avoir une forma-
tion spécique pour la manipulation des agents
Catégorie 2 : personnel de laboratoire pathogènes.
• L’accès au laboratoire doit être limité lorsque des
• La sécurité du laboratoire est la responsabilité manipulations y sont effectuées.
de tous les directeurs et employés de laboratoire. • Les objets tranchants contaminés doivent être
Les travailleurs individuels sont responsables de manipulés avec une extrême précaution, y compris
leur propre sécurité et de celle de leurs collègues. les aiguilles et les seringues, les lames, les pipettes,
• Les bonnes pratiques de laboratoire sont indis- les tubes capillaires et les scalpels. La verrerie
pensables à la sécurité et dépendent du risque brisée ne doit pas être manipulée directement
associé au matériel infectieux manipulé. avec les mains, mais doit être éliminée mécani-
Les échantillons cliniques d’origine animale pro- quement à l’aide d’une brosse et d’une pelle à
venant de cas suspects d’inuenza aviaire hautement poussière, de pinces ou de forceps. Les récipients
pathogène (IAHP) peuvent être testés par PCR sous contenant des aiguilles contaminées, des équipe-
3 Procédures de biosécurité 179

ments tranchants et de la verrerie brisée doivent • Les équipements contaminés doivent être décon-
être décontaminés avant d’être jetés. taminés en conséquence, avant d’être envoyés
• Les procédures au cours desquelles des aérosols ou pour réparation ou maintenance ou avant d’être
éclaboussures infectieux risquent d’être générés, conditionnés pour le transport.
doivent être réalisées sous hotte de sécurité biolo- • Les renversements et accidents entraînant une
gique et en minimisant leur formation. exposition ouverte aux matériels infectieux doivent
• Le personnel doit se laver les mains après avoir immédiatement être signalés au directeur du labo-
manipulé du matériel viable, après avoir enlevé ratoire. L’évaluation médicale, le suivi et le traite-
les gants et avant de quitter le laboratoire. ment sont fournis en cas de nécessité et consignés
• Il est interdit de manger, de boire, de fumer, de par écrit.
manipuler des verres de contact et d’utiliser des • L’utilisation de hottes de sécurité biologique de
produits cosmétiques sur les lieux de travail. classe II correctement entretenues est préférable
• Le pipetage à la bouche doit être particulièrement dans les cas suivants :
proscrit. – procédures comportant un risque de production
• Les surfaces de travail doivent être décontami- d’aérosols infectieux ou d’éclaboussures, centri-
nées après le travail et immédiatement après tout fugation, broyage, mixage, agitation ou mélange
renversement ou éclaboussure de matériel viable. vigoureux, désintégration aux ultrasons, ouver-
Des désinfectants efcaces doivent être utilisés ture de récipients contenant du matériel infec-
contre les agents concernés. tieux et dont les pressions internes peuvent être
• Toutes les cultures, les solutions mères et autres différentes de la pression ambiante, et récolte de
déchets règlementés doivent être décontaminés tissus contaminés, à partir de tissus animaux ou
avant d’être éliminés par une méthode de décon- d’œufs de poule embryonnés ;
tamination autorisée, telle que l’autoclavage. Les – utilisation de concentrations élevées ou de
matériels destinés à être décontaminés hors du volumes importants d’agents infectieux. De tels
laboratoire doivent être placés dans un récipient matériels peuvent être centrifugés au laboratoire
résistant et étanche, qui sera fermé pour transport s’il l’on utilise des têtes de rotor scellées ou des
hors du laboratoire. coupelles de sécurité pour centrifugeuse et à condi-
• Un écriteau indiquant le risque biologique doit être tion que ces têtes ou ces coupelles soient ouvertes
afché à l’entrée du laboratoire lorsque des agents uniquement sous hotte de sécurité biologique.
étiologiques y sont utilisés. Les informations • Il est nécessaire d’utiliser des équipements de
appropriées doivent inclure les agents utilisés, le protection du visage (lunettes, masques, écran
niveau de biosécurité, les immunisations requises, facial ou autre protection anti-éclaboussure) pour
le nom et le numéro de téléphone de l’enquêteur, la manipulation d’agent infectieux en dehors de
tout équipement de protection personnelle devant la hotte de sécurité biologique,
être porté au laboratoire et toute procédure requise • Les blouses de laboratoires, les chasubles, les
pour quitter le laboratoire. sarraus ou les uniformes conçus pour un usage
• Un manuel de biosécurité spécique au labora- en laboratoire, doivent être portés au sein du
toire doit être préparé par le directeur du labora- laboratoire. Ces vêtements de protection doivent
toire. Le personnel doit être informé des risques être enlevés et laissés au laboratoire avant de se
particuliers et doit lire et suivre les instructions rendre dans des zones n’appartenant pas au labo-
concernant les pratiques et les procédures. ratoire. Tous les vêtements de protection doivent
• Le directeur du laboratoire doit s’assurer que le être éliminés à l’intérieur du laboratoire, ou blan-
personnel du laboratoire reçoive une formation chis par l’institution.
appropriée concernant les risques potentiels asso- • Il faut porter des gants s’il y a possibilité que
ciés au travail concerné ainsi que les précautions les mains entrent en contact avec du matériel
nécessaires à la prévention des expositions. potentiellement infectieux et des surfaces ou des
• Les cultures, les tissus, les échantillons de uides équipements contaminés. Il peut être nécessaire
corporels ou les déchets potentiellement infec- de porter deux paires de gants. Les gants doivent
tieux doivent être placés dans un récipient doté être jetés lorsqu’ils sont contaminés et enlevés
d’un couvercle anti-fuites lors de la collecte, des après la manipulation de matériels infectieux ou
manipulations, du traitement, du stockage, du si l’intégrité du gant est compromise. Les gants
transport et de l’expédition. jetables ne doivent être ni lavés, ni réutilisés. Les
180 Annexe 3

surfaces « propres » (claviers, téléphones) ne doi- du personnel portant des vêtements et des équipe-
vent pas être touchées par des mains gantées. Il est ments de protection personnelle appropriés.
nécessaire de se laver les mains après avoir enlevé • L’air extrait du laboratoire doit être évacué vers
les gants. l’extérieur à travers des ltres Haute efcacité
pour les particules aériennes (HEPA).
• Un système de chauffage, ventilation et climati-
Agencement d’un laboratoire de sécurité biologique sation (CVC) maintenant une pression négative
de niveau 2 dans le laboratoire doit être présent. Des alarmes
sonores doivent être installées an d'avertir le
• Pour le lavage des mains, chaque laboratoire doit personnel en cas de défaillance du système CVC
être équipé d’un évier « mains libres » ou à fonc- ou d'écart par rapport aux paramètres d'origine.
tionnement automatique. • L’accès au laboratoire doit être limité lorsque des
• Le laboratoire doit être conçu pour un nettoyage facile. manipulations sont en cours.
• Les paillasses doivent être imperméables à l’eau • Le personnel doit se laver les mains après avoir
et résistantes à la fois à la chaleur modérée et aux manipulé du matériel infectieux, après avoir
solutions utilisées pour la décontamination des enlevé les gants et en quittant le laboratoire.
plans de travail et des équipements. • Il est interdit de manger, de boire, de fumer, de
• Les espaces situés entre les paillasses, les hottes manipuler des verres de contact et d’utiliser des
et les équipements doivent être accessibles au net- produits cosmétiques dans le laboratoire. Les
toyage. Les chaises et autres meubles du labora- personnes portant des verres de contact au labo-
toire doivent être couverts d’une matière autre que ratoire doivent également porter des lunettes de
le tissu et qui puisse être facilement décontaminée. protection ou un écran facial.
• Les hottes de sécurité biologique doivent être instal- • Le pipetage à la bouche doit être strictement interdit.
lées de telle sorte que les uctuations de l’alimenta- • Les objets tranchants contaminés doivent être
tion en air de la pièce et celles de l’extracteur d’air manipulés avec une extrême précaution, y
n’entraînent pas un fonctionnement des hottes de compris les aiguilles et les seringues, les lames,
sécurité biologique hors des paramètres de conne- les pipettes, les tubes capillaires et les scalpels.
ment. Les hottes de sécurité biologique doivent être La verrerie brisée ne doit pas être manipulée
situées loin des portes et des fenêtres, an de main- directement avec les mains, mais doit être éli-
tenir les paramètres de ux d’air des hottes pour le minée mécaniquement à l’aide d’une brosse et
connement. d’une pelle à poussière, de pinces ou de forceps.
• La station de lavage des yeux doit être facile d’accès. Les récipients contenant des aiguilles contami-
• L’éclairage doit convenir à toutes les activités nées, des équipements tranchants et de la verre-
et éviter les réexions et les éblouissements qui rie brisée doivent être décontaminés avant d’être
pourraient gêner la vue. jetés. Le matériel en plastique doit être remplacé,
• Si le laboratoire a des fenêtres s’ouvrant sur l’exté- autant que possible, par du matériel en verre.
rieur, celles-ci doivent être munies de moustiquaires. • Toutes les procédures doivent être effectuées avec
soin an de minimiser la production d’aérosols.
• Les plans de travail doivent être décontaminés
Directives pour le travail en laboratoires immédiatement après tout renversement de maté-
de sécurité biologique de niveau 3 riel contaminé et à la n de la journée de travail.
• Toutes les cultures, les solutions mères et autres
Le niveau 3 de sécurité biologique est applicable déchets règlementés doivent être décontaminés
lorsqu’il y a manipulation d’agents pouvant provo- avant d’être éliminés par une méthode de décon-
quer une maladie grave ou potentiellement mortelle tamination autorisée, telle que l’autoclavage. Les
en cas d’exposition par inhalation. Le personnel déchets infectieux provenant des laboratoires de
de laboratoire doit avoir reçu une formation spéci- sécurité biologique de niveau 3 doivent être décon-
que pour la manipulation des agents pathogènes et taminés avant d’être enlevés et éliminés hors site.
potentiellement mortels. • Lorsque du matériel infectieux ou des animaux
• Toutes les procédures impliquant la manipulation contaminés sont présents dans le laboratoire,
de matériels infectieux doivent être effectuées à un panneau d’avertissement portant le symbole
l’intérieur de hottes de sécurité biologique ou par universel de risque biologique doit être installé
3 Procédures de biosécurité 181

sur toutes les portes d’accès des laboratoires et être fournis et consignés par écrits.
des salles contenant des animaux. Le panneau • Le personnel doit porter des vêtements de protection
d’avertissement contre le risque biologique doit lorsqu’il se trouve dans le laboratoire. Ces vêtements
comporter l’identication de l’agent pathogène, incluent les robes à face rigide ou kimono, les
le nom et le numéro de téléphone du directeur blouses stériles ou les sarraus. Les vêtements de
du laboratoire ou des autres personnels respon- protection ne doivent pas être portés en dehors du
sables et indiquer toute exigence spécique pour laboratoire. Les vêtements réutilisables doivent être
l’entrée dans ce laboratoire, notamment la néces- décontaminés avant d’être blanchis.
sité d’immunisations, de respirateurs ou d’autres • Les gants doivent être portés pour la manipulation
mesures de protection personnelle. de matériels infectieux, d’animaux contaminés et
• Le directeur du laboratoire doit préparer un d’équipement contaminé. Il est recommandé de
manuel de biosécurité spécique au laboratoire. changer souvent de gants et de se laver les mains
Le personnel doit être informé des risques par- lors de ces changements. Les gants jetables ne
ticuliers et doit lire et suivre les instructions doivent pas être réutilisés.
concernant les pratiques et les procédures. • Toutes les manipulations de matériels infectieux,
• Le personnel du laboratoire et le personnel assis- les analyses post-mortem d’animaux contaminés,
tant doivent recevoir une formation appropriée les récoltes de tissus ou de uides à partir d’ani-
sur les risques potentiels associés au travail maux contaminés ou d’œufs de poule embryonnés,
concerné, ainsi que les précautions nécessaires etc. doivent être effectués sous hotte de sécurité bio-
pour prévenir les expositions. logique de classe II ou III.
• Le directeur du laboratoire doit s’assurer qu’avant
de travailler avec des microorganismes à un niveau
3 de sécurité biologique, tout le personnel démontre Agencement d’un laboratoire de sécurité biologique
une maîtrise des pratiques et techniques microbiolo- niveau 3
giques standard ainsi que des pratiques et fonctionne-
ments propres au laboratoire lui-même. • L’accès au laboratoire doit être restreint. L’en-
• Toutes les manipulations ouvertes impliquant des trée au laboratoire à partir des corridors d’accès
matériels infectieux doivent être effectuées sous doit se faire à travers un ensemble de deux portes
hotte de sécurité biologique. Le travail en récipients rabattantes. Les portes doivent être verouillables.
ouverts ne doit pas être effectué sur paillasse. • Chaque pièce du laboratoire doit contenir un
• Les équipements de laboratoire et les plans de travail évier « mains libres » ou à fonctionnement auto-
doivent être régulièrement décontaminés à l’aide matique pour le lavage des mains. L’évier doit se
d’un désinfectant efcace après avoir travaillé avec situer à proximité de la porte de sortie.
du matériel infectieux et en particulier après des • Dans les zones où sont manipulés des agents de
renversements, des éclaboussures et d’autres conta- sécurité biologique de niveau 3, les faces internes
minations par des matériels infectieux. des murs, des sols et des plafonds doivent être
• Les équipements contaminés doivent donc être conçues pour un nettoyage et une décontamina-
décontaminés avant d’être enlevés de l’installa- tion faciles. Les joints doivent être scellés. Les
tion pour réparation, maintenance ou emballage murs, les plafonds et les sols doivent être lisses,
en vue du transport. imperméables aux liquides et résistants aux pro-
• Les cultures, les tissus, les échantillons de uides duits chimiques et aux désinfectants utilisés nor-
corporels ou les déchets doivent être placés dans malement en laboratoire.
un conteneur anti-fuites durant la collecte, le trai- • Toutes les fenêtres du laboratoire doivent être
tement, le stockage, le transport et l’expédition. fermées et scellées.
• Tous les déchets potentiellement contaminés (gants, • Un mode de décontamination de tous les déchets
blouses) provenant des laboratoires, doivent être de laboratoire doit être disponible dans l’instal-
décontaminés avant d’être jetés ou réutilisés. lation et doit être utilisé de préférence au sein du
• Les renversements et accidents entraînant une laboratoire (notamment autoclave, désinfection
exposition ouverte ou potentielle aux matériels chimique ou incinération).
infectieux, doivent être immédiatement signalés • Un système produisant un ux d’air directionnel
au directeur du laboratoire. Une évaluation médi- doit être utilisé. Un tel système attire de l’air dans
cale, un suivi et un traitement appropriés doivent le laboratoire, des zones « propres » vers les zones
182

« contaminées ». L’air extrait ne doit être circulé Décontamination des plans de travail
vers aucune autre zone du bâtiment. L’air extrait
vers l’extérieur doit être dispersé loin des zones • La concentration du désinfectant de laboratoire
occupées et les admissions d’air doivent être l- d’usage courant doit être de 1 g/L de chlore
trées à l’aide de ltres HEPA. (0,1 %), par exemple de la javel domestique
• Les centrifugeuses à ux continu ou les autres diluée au 1/50e.
équipements susceptibles de produire des aéro- • La concentration d’un désinfectant de laboratoire
sols doivent être maintenus à l’intérieur de dispo- plus puissant doit être de 5 g/L de chlore (0,5 %),
sitifs qui extraient l’air à travers des ltres HEPA, par exemple de la javel domestique diluée au
avant de le laisser passer dans le laboratoire. 1/10e. Ce désinfectant doit être utilisé pour les
• Une station de lavage des yeux doit être aisément éclaboussures comportant un risque biologique
disponible à l’intérieur du laboratoire. ou contenant de grandes quantités de matière
• L’éclairage doit convenir à toutes les activités organique.
et éviter les réexions et les éblouissements qui • Les solutions de javel doivent être préparées sur
pourraient gêner la vue. place, avec un temps de contact d’au moins 10 min.
 Annexe
Réactifs de laboratoire 4
William G. Dundon

Solution de tampon phosphate (PBS) Réactifs destinés au test d’inhibition

de la neuraminidase (IN)
Pour 1 litre
l. Mélanger: Fétuine standard
– 0,2 g KH2PO4 Pour 1 litre
– 2,9 g Na2HPO4 + 2H2O : 1. Ajouter de l’eau distillée à 48 g de fétuine,
– 0,2 g KCl jusqu’à 1 000 mL.
– 8 g NaCl 2. Diluer cette solution au ½ dans du PBS (pH 5,9)
2. Ajuster le pH à 7,2-7,4 en utilisant du HCl. contenant 6 mM de CaCl2.6 H2O, avant usage.
3. Ajouter de l’eau distillée jusqu’à 1 000 mL.
4. Autoclaver à 121 °C pendant 20 min.
5. La solution peut être conservée à + 4 °C pendant 0,025 M de périodate de sodium
un maximum d’1 an. dans 0,125 N d’acide sulfurique

Pour 500 mL
Solution de tampon phosphate (PBS) + 1. Ajouter 2,67 g de périodate de sodium à 500 mL
Albumine bovine (0,05 %) d’une solution de H2SO4 à 0,125 N.
2. Bienm élanger.
1. Ajouter 0,25 g d’albumine bovine pour 500 mL
de PBS.
2. La solution peut être conservée à +4 °C pendant 2 % (w/v) d’arsenite de sodium
un maximum d’une semaine. dans du HCl à 0,5 N

Pour 100 mL
PBS + Antibiotiques 1. Ajouter 2 g d’arsenite de sodium (NaAsO2)
à 100 mL d’une solution de HCl 0,5 N.
Ajouter au PBS : 2. Bienm élanger.
– 10 000 UI de pénicilline/mL
– 10 mg de streptomycine/mL
– 5 000 UI de nystatine/mL 0,1M d’acide thiobarbiturique (ATB)
– 250 g de sulfate de gentamycine /mL
1 litre
1. Ajouter 7,2 g d’ATB à 400 mL d’eau distillée.
2. Ajuster à pH 9,0 en utilisant du NaOH.
3. Ajouter de l’eau distillée jusqu’à 1 000 mL.

183
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
184 Annexe 4

5 % (v/v) 10N de butanol HCI Gels d’agarose

1. Ajouter 5 mL d’acide hydrochlorique concentré

à 100 mL de butane-1-ol.
Tampon pour gel TAE 103 (utiliser 1 3)
2. Bienm élanger. 1 litre
– 484 g base Trizma
Solution d’ALSEVER – 11,4 mL d’acide acétique glacé
– 20 mL EDTA 0,5M (pH8)
– 20,5 g glucose 1. Ajouter de l’eau distillée jusqu’à 1 000 mL.
– 8 g C6H5Na3O7 (citrate de sodium) 2. Autoclaver à 121 °C pendant 20 min.
– 0,55 g C6H8O7 (acide citrique) 3. La solution peut être conservée à 4 °C pendant
– 4,2 g NaCl un maximum d’1 an.

1. Ajouter de l’eau distillée jusqu’à 1 000 mL.

2. Stériliser à l’aide de ltres de 0,45 m. Tampon de charge TAE 103 (utiliser 13)
3. La solution peut être conservée à +4° pendant un
10 mML de solution
maximum de 6 mois.
– 1 mL TAE 10 3
– 6 mL glycérol (100 %)
– 1 mL bleu de bromophénol et xylène cyanol
(0,5 % p/v)
1. Mélanger les constituants et ajouter de l’eau dis-
tillée jusqu’à 10 mL.
2. Le tampon peut être conservé à + 4 °C pendant
un maximum d’1 an.
 Annexe
Directives pour l’expédition des échantillons 5
de virus d’influenza aviaire et de la maladie
de Newcastle aux laboratoires de référence de l’OIE
William G. Dundon

Une liste des dix laboratoires de référence de l’Orga- Tel : (81.11) 706.52.07 Fax : (81.11) 706.52.73
nisation mondiale de la santé animale (OIE), pour l’in- Email : kida@[Link]
uenza aviaire et la maladie de Newcastle, ainsi que
leurs coordonnées, sont fournies ci-dessous. Les échan- Dr Janice Pedersen
tillons diagnostiques (virus isolés, échantillons cliniques National Veterinary Services Laboratories
et écouvillons) peuvent être expédiés à n’importe P.O. Box 844, Ames, IA 50010
lequel de ces laboratoires, dans le respect des direc- États-Unis d’Amérique
tives énumérées ci-dessous. Tel : (1.515) 663.75.51 Fax : (1.515) 663.73.48
NB : Les laboratoires de référence doivent être Email : [Link]@[Link]
contactés avant l’expédition des échantillons, an
de fournir les documents nécessaires à l’importation Dr John Pasick
et d’accélérer le processus de dédouanement. Canadian Food Inspection Agency, National Centre
for Foreign Animal Disease
Dr Ian Brown 1015 Arlington Street, Winnipeg, Manitoba R3E
VLA Weybridge 3M4
New Haw, Addlestone, Surrey KT15 3NB Canada
Royaume-Uni Tel : (1.204) 789.20.13 Fax : (1.204) 789.20.38
Tel : (44.1932) 34.11.11 Fax : (44.1932) 34.70.46 Email : jpasick@[Link]
Email : [Link]@[Link]
Dr Paul W. Selleck (to be replaced)
Dr Ilaria Capua CSIRO, Australian Animal Health Laboratory
Istituto Zooprolattico Sperimentale delle Venezie, (AAHL)
Laboratorio di Virologia 5 Portarlington Road, Private Bag 24, Geelong 3220,
Viale dell’Università, 10, 35020 Legnaro, Padova Victoria
Italie Australie
Tel : (39.049) 808.43.69 Fax : (39.049) 808.43.60 Tel : (61.3) [Link] Fax : (61.3) [Link]
Email : icapua@[Link] Email : [Link]@[Link]

Dr Timm C. Harder
Federal Research Centre for Virus Diseases of Animals Types d’échantillons
(BFAV), Institute of Diagnostic Virology Boddenblick
5a, 17493 Greifswald - Insel Riems, Allemagne Les échantillons soumis aux laboratoires de référence
Tel : (49.383) 51.71.96 Fax : (49.383) 51.72.75 de l’OIE peuvent être des isolats de virus ou des échan-
Email : [Link]@[Link] tillons cliniques tels que les tissus, les écouvillons, le
sérum ou le sang, recueillis à partir d’oiseaux conta-
Dr Hiroshi Kida minés ou suspectés d’être contaminés par le virus de
Graduate School of Veterinary Medicine, Hokkaido l’inuenza aviaire ou de la maladie de Newcastle.
University, Department of Disease Control Kita-18, L’emballage des échantillons et leur expédition par
Nishi-9, Kita-ku, Sapporo 060-0818, Japon avion vers des laboratoires externes sont complexes

185
Coordonné par I. Capua et D.J. Alexander, Inuenza aviaire et maladie de Newcastle
ISBN : 9782287993367 © Springer-Verlag Paris 2013
186 Annexe 5

et sont soumis à des règlementations nationales et et aux instructions P620 (PI602) ayant trait à l’em-
internationales. ballage, tel qu’il est décrit ci-dessous. L’emballage
Le transport aérien des échantillons contenant ou doit être composé de :
suspectés de contenir l’agent de l’inuenza aviaire ou 1. Réceptacle primaire : réceptacle étiqueté,
de la maladie de Newcastle, doivent se conformer aux primaire, étanche et anti-fuites, contenant
directives de l’édition actuelle de la réglementation de l’échantillon. Ce réceptacle doit être enve-
l’IATA concernant les articles dangereux (Directives loppé dans suf samment de matériel absor-
pour l’expédition de substances infectieuses, 2007). bant permettant l’absorption de la totalité des
liquides en cas de casse.
2. Réceptacle secondaire : second réceptacle,
Catégories d’expédition d’échantillons durable, étanche et anti-fuites, pouvant contenir
par avion et protéger le réceptacle primaire. Plusieurs
réceptacles primaires emballés peuvent être
• La catégorie A fait référence aux substances placés dans un même réceptacle secondaire.
infectieuses capables de causer des invalidités Les réceptacles primaires multiples doivent être
permanentes ou des maladies mortelles ou met- rembourrés à l’aide d’une quantité sufsante de
tant en danger la vie de personnes ou d’animaux matériel absorbant additionnel.
en bonne santé. Le virus de l’inuenza hautement 3. Emballage externe rigide : Le réceptacle secon-
pathogène (IAHP) appartient à cette catégorie, daire est placé dans un emballage externe des-
s’il est expédié en tant que « cultures seules ». tiné à l’expédition. Au cours du transfert, cet
Les cultures d’IAHP (c’est-à-dire les isolats de emballage protège le réceptacle secondaire
virus) doivent donc être transportées sous la caté- ainsi que son contenu, contre les intempéries
gorie A et doivent comporter le numéro UN 2814 telles que les dommages physiques ou causés
(substance infectieuse affectant les humains et les par l’eau. Cet emballage doit porter l’étiquette
animaux). Les « cultures seules » de paramyxo- de spécication des Nations unies UN 2814
virus aviaire de type 1 (c’est-à-dire les virus vélo- (pour l’inuenza aviaire) ou UN 2900 (pour le
gènes de la maladie de Newcastle) font également virus de la maladie de Newcastle).
partie de la catégorie A et doivent comporter le L’étiquette de l’emballage externe destiné à l’ex-
numéro UN 2900 (substance infectieuse affectant pédition de substances infectieuses doit inclure les
les humains et les animaux). éléments suivants :
• La catégorie B fait référence à toute autre subs- a. L’étiquette internationale de la substance infectieuse.
tance infectieuse ne faisant pas partie de la catégo- b. L’étiquette de l’adresse comportant :
rie A. En ce qui concerne l’expédition des échan- • le nom, l’adresse et le numéro de téléphone du
tillons animaux dans lesquels la présence du virus destinataire ;
IAHP est suspectée ou conrmée, le sang et les • le nom, l’adresse et le numéro de téléphone de l’expéditeur ;
autres échantillons animaux (tissus, écouvillons, • l’appellation des Nations unies pour l’expédition
fèces) dans lesquels la présence du virus IAHP est (par exemple Substance infectieuse affectant les
connue ou suspectée peuvent être transportés en humains et/ou les animaux) suivie du nom scien-
tant qu’« échantillons diagnostiques » (UN 3373) et tique (par exemple, virus de l’inuenza aviaire,
sont inclus dans la catégorie B. De la même façon, virus de la maladie de Newcastle) ;
les échantillons animaux dans lesquels la présence • le numéro des Nations unies (par exemple,
du virus de la maladie de Newcastle est suspec- UN2814 ou UN2900).
tée ou conrmée, peuvent être transportés en tant NB : Si l’emballage externe est placé dans un surem-
qu’« échantillons diagnostiques » (UN 3373). ballage (c’est-à-dire un conteneur en polystyrène avec de
NB : Chaque compagnie aérienne peut avoir ses la glace carbonique), les deux emballages doivent porter
propres politiques, parfois plus strictes que celles les informations citées et le suremballage doit porter une
publiées par l’IATA. étiquette où gure la mention « Les emballages internes
• Exigences concernant l’emballage : Système sont conformes aux spécications prescrites ».
d’emballage triple destiné à la catégorie A : les
substances infectieuses de catégorie A peuvent • Documents nécessaires à l’expédition : Catégorie A
être transportées uniquement dans des emballages • Déclaration de l’expéditeur concernant les pro-
conformes aux spécications 6.2 des Nations unies duits dangereux.
5 Directives pour l’expédition des échantillons de virus d’influenza aviaire et de la maladie de Newcastle aux laboratoires de référence de l’OIE 187

• Une liste détaillée comportant l’adresse du des- être placés dans un même réceptacle secondaire.
tinataire, le nombre de paquets, les contenus Les réceptacles primaires multiples doivent être
détaillés, le poids et la valeur. rembourrés à l’aide d’une quantité sufsante de
• Une facture de la compagnie d’aviation (si l’ex- matériel absorbant additionnel.
pédition se fait par avion). 3. Emballage externe rigide : Le réceptacle secon-
• Un permis et/ou une déclaration d’importation daire est placé dans un emballage externe des-
et/ou d’exportation, si nécessaire. tiné à l’expédition. Cet emballage le protège
NB : En ce qui concerne les permis d’importa- ainsi que son contenu, contre les intempéries
tion, veuillez contacter le laboratoire de référence telles que les dommages physiques ou causés
de l’OIE. Pour les permis d’exportation, veuillez par l’eau, au cours du transport. Cet emballage
suivre les directives de votre pays. doit porter les spéci cations d’emballage des
NB : Si l’emballage externe contient des récep- Nations unies UN3373.
tacles de plus de 50 mL, deux étiquettes d’orienta- NB : Lors du transport aérien, aucun réceptacle ne
tion portant une èche indiquant le « haut », doivent doit dépasser 1 L. Le volume expédié ne doit égale-
être placées sur des faces opposées de l’emballage. ment pas dépasser 4 L ou 4 kg.
NB : Les formulaires de données concernant
les échantillons, les lettres et les autres types d’in- • Documents nécessaires à l’expédition : Catégorie B
formation permettant d’identier ou de décrire La déclaration de l’expéditeur concernant les
l’échantillon et également d’identier l’expéditeur produits dangereux n’est pas nécessaire pour les
et le destinataire, doivent être collés sur l’extérieur substances infectieuses de la catégorie B. Les docu-
du second réceptacle. ments suivants sont exigés :
NB : La quantité maximum nette de substances • Une liste détaillée comportant l’adresse du des-
infectieuses que peut contenir un emballage est de tinataire, le nombre de paquets, les contenus
50 mL ou 50 g, si le transport se fait par avion de détaillés, le poids et la valeur.
ligne, et de 4 L ou 4 kg s’il s’agit d’un avion cargo. • Une facture de la compagnie d’aviation (si l’ex-
NB : Les transporteurs internationaux interdisent pédition se fait par avion).
strictement le transport de substances infectieuses à • Un permis et/ou une déclaration d’importation
bord et dans les bagages à main. et/ou d’exportation, si nécessaire.
NB : En ce qui concerne les permis d’importa-
• Exigences concernant l’emballage : Catégorie B tion, veuillez contacter le laboratoire de référence
– Système d’emballage triple : Les substances de l’OIE. Pour les permis d’exportation, veuillez
infectieuses de catégorie B peuvent être transpor- suivre les directives de votre pays.
tées uniquement dans des emballages conformes
aux spécications des Nations unies et aux instruc-
tions P650, tel qu’il est décrit ci-dessous. L’em- Références
ballage doit être de bonne qualité et sufsamment
résistant pour soutenir les chocs et les chargements Pour plus d’informations concernant l’expédition d’agents
faisant normalement partie du transport. L’embal- infectieux, veuillez consulter les sites suivants :
lage doit être construit et fermé de façon à prévenir [Link]
toute perte de contenu pouvant être occasionnée [Link]/csr/emc97_3.pdf
par des vibrations ou des variations de tempéra- [Link]/csr/resources/publications/biosafety/WHO_C
ture, d’humidité ou de pression, dans des condi- DS_EPR_2007_2/en/[Link]
tions normales de transport. [Link]
1. Réceptacle primaire : Réceptacle étiqueté, pri- s_e.html
maire, étanche et anti-fuites, contenant l’échan-
tillon. Ce réceptacle doit être enveloppé dans
sufsamment de matériel absorbant pour l’ab-
sorption de la totalité des liquides en cas de casse.
2. Réceptacle secondaire : Second réceptacle
durable, étanche et anti-fuites, pouvant contenir
et protéger le(s) réceptacle(s) primaire(s). Plu-
sieurs réceptacles primaires emballés peuvent
188 Annexe 5

Diagramme de classication des échantillons d’inuenza aviaire et de maladie de Newcastle

ÉCHANTILLONS

Sait-on que l'échantillon ne contient pas de virus infectieux?

Le présent virus est-il non pathogène pour les hommes et les animaux?

Le virus a-t-il été inactivé de telle sorte qu’il ne pose plus de risque envers les hommes et les animaux?

Non
Oui

L’échantillon appartient-il
Non soumis aux exigences à la catégorie A?
liées au transport de
produits dangereux

Non

Oui

S’agit-il d’un échantillon pour lequel il existe seulement une faible possibilité
de présence de pathogènes?

Non Oui

Influenza aviaire
Soumis aux dispositions UN 2814
Catégorie B Maladie de Newcastle
d’«exemption» pour
UN 3373 UN 2900
les échantillons animaux
5 Directives pour l’expédition des échantillons de virus d’influenza aviaire et de la maladie de Newcastle aux laboratoires de référence de l’OIE 189

Tableau récapitulatif des directives

Type d’échantillon Température Milieu anti- Code des Nations unies pour Code des Nations unies pour la
d’expédition biotiquea l’inuenza aviaire maladie de Newcastle
Virus isolé Glace carbonique Non Substance infectieuse UN 2814 Substance infectieuse UN 2900
Organe (grand)b Glace carbonique Non Échantillon diagnostic UN 3373 Échantillon diagnostic UN 3373
Organe (petit)c Glace carbonique Oui Échantillon diagnostic UN 3373 Échantillon diagnostic UN 3373
Fècesc Glace carbonique Oui Échantillon diagnostic UN 3373 Échantillon diagnostic UN 3373
Écouvillonnaged Glace carbonique Oui Échantillon diagnostic UN 3373 Échantillon diagnostic UN 3373
Sang/sérum 4° C Non Échantillon diagnostic UN 3373 Échantillon diagnostic UN 3373
a
Milieu antibiotique : 10 000 unités de pénicilline/mL, 10 mg de streptomycine/mL, 0,25 mg de gentamycine/mL, 5 000 unités de
mycostatine/mL. Lorsque l’on prépare le milieu, il est impératif de vérier le pH après l’ajout des antibiotiques et de le réajuster à
pH 7,0-7,4 avant l’usage.
b
Trachée, poumons, duodénum, amygdales cæcales, tissu cérébral, foie, rate et autres organes manifestement atteints provenant
d’oiseaux morts récemment.
c
Les échantillons fécaux et les petits morceaux d’organes doivent être homogénéisés dans du milieu antibiotiquea an d’obtenir une
suspension de 10–20 % (p/v).
Les suspensions doivent être laissées à température ambiante pendant environ 2 h (ou à 4 °C pendant des périodes plus longues)
puis clariées par centrifugation (par exemple 1 000 g pendant 10 min).
d
Les écouvillons doivent être placés dans sufsamment de solution antibiotique pour permettre leur immersion totale.
 Index

A Culture cellulaire 129

Acide sialique 5 Cygne 6, 11, 122
Amplicons 103, 110
Analyse enzymatique 133, 134 D
Analyse par restriction enzymatique 133, 134 Décontamination/ Désinfectation 139-145, 147, 149,
Anticorps 2, 6, 14, 22, 33, 47, 87, 89, ,91, 119, 130 151-153, 155, 178-181
APMV-1 21, 22, 24, 119, 122, 123, 130, 133-137 – formaldéhyde 153
ARN Délai moyen de l’effet létale 130
– concentration 95 Désinfection/ désinfectant 40, 41, 139-144, 161, 181
– extraction 94, 100, 101, 133 Destruction des animaux 153, 156
– purication 95 Détection et analyse d’amplicon 103, 110
Autruche 5, 10, 22, 27, 51, 57, 66, 92, 122, 128, 154 Diagnostic différentiel 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65,
67, 69, 71, 73-76, 77, 119
B Dinde 2, 5-10, 15-19, 23, 27, 29, 51-55, 57, 58, 69,
Barrière d’espèce 5 75, 77, 119, 120
Biosécurité 41, 177 - 180, 187 Directive pour la visite de l’exploitation/ Directive
Bursite infectieuse (maladie de Gumboro) 127 pour la visite de l’élevage 74, 126
– laryngotrachéite 76 Distribution/ Distribuer/ Répartition/ Expédier 8, 26,
140, 143, 152, 178
C
Caille japonaise 58, 69 E
Canard 2, 5, 9-12, 15 - 19, 22, 58, 69, 77, 122, 128, Écouvillonnage trachéal et oropharyngé 48
154 Éducation 14
Carcasse/ Cadavre d’oiseau 26, 40, 45, 50, 125, 140, Électrophorèse en gel 93, 99, 100, 103, 107, 110, 112,
145-156 134
Cellule de numération 90 ELISA 87, 89
Cheval 7, 16 Enfouissement/ Ensevelissement 40, 146-148, 154,
Chien 8 156
Choléra aviaire aigu 77 Enquête épidémiologique 39
Classication de virus Entérite virale du canard (peste du canard) 77
– dissémination du virus ( PVS) 39 Enzyme de type trypsine/ Enzyme semblable à la
– introduction de virus (PVI) 39 trypsin 4, 24
Clivage 2, 4, 17-19, 24, 28, 33, 110, 112 Épidémiologie 1, 6, 8, 14, 21, 22, 32, 38, 145
Code terrestre 34, Équarrissage 40, 152, 157,
Compartiment 32, 34 Équipement de protection individuelle 74
Compostage 149 - 151, 154-157 Éthanol 95, 106
Compostage par andain 149 Étiologie 1, 21
Cormoran 23, 27, 29 Évacuation de carcasse/ Élimination de carcasse 40,
Creuset 6 145, 148
192 Index

Examen clinique 38, 75 – isolement 79

– signes cliniques 2, 5-7, 10, 14, 22, 32-34, 38, 39, – isolement viral 79
45, 51, 55, 57-62, 66, 67, 69, 75-76, 86, 119-123, protocole 79
126, 127, 130, 131, 168-172 test HA 82
Examen post-mortem 41, 42-45, 46, 48, 74, 181 – notication 10, 14, 31-33, 38
– symptômes 26 – pathologie 8, 51
F – protocole
Félin 7 H5 110
Formation de plage 129, 130 H7 112
Frottis cloacaux/ Écouvillonnage/ Écouvillon protocole IZSVe 95
cloacaux 25, 45, 49, 79, 101 temps réel 116
Frottis/ écouvillonnage/ écouvillon 25, 45, 48, 49, 75, – signe clinique 2, 5-8, 10, 14
79, 94, 101, 109, 118, 143, 161, 185, 186, 189 – test sérologique 87
Furine 4, 18 – virus 1, 5, 11, 13, 51, 79, 82, 84, 85, 89, 110, 112
caractérisation 34, 82, 93, 129, 130
G type A 1, 84, 87, 93, 107, 114
(GR) Globule rouge 82, 89, 90, 91 – visite de l’exploitation 38, 51, 74
Gel d’agarose 103-113, 134-136 Inuenza aviaire à déclaration obligatoire 32, 33
Gel de polyacrylamide - SDS (SDS- PAGE) 105, Introduction primaire/ Introduction initiale 8, 25
108-113, 133, 135, 136 Isolement de virus/ Isolement viral 41, 45, 50, 79-81,
Gibier à plume/ Oiseau de gibier 92, 122 101, 129, 133, 143
Globicéphale 7, 16 Isolement du virus sur œuf de poule embryonné 129

H L
Hémagglutinine 4 Lésion macroscopique 53, 56-59, 65, 66, 69, 73, 75,
Hôte 4, 5, 6, 12, 14, 15, 18, 22, 24, 32, 34, 75, 119, 77
124, 127, 139
M
I Maladie de Gumboro 77, 121, 127
Immuno-diffusion en gélose (IDG) 87 Maladie de Newcastle
Inactivation de la RNase 95 – anathomopathologique 119
Incinération 40, 148, 156, 181 – caractériser, caractérisation 24, 34, 129, 130
Indice de pathogénicité intracérébrale 24, 131 – caractéristique clinique 119
Indice de pathogénicité par voie intraveineuse 33, 86 – diagnostic différentiel 119, 127
Inuenza aviaire (IA) – diagnostic moléculaire 22, 133
– caractérisation 7, 15, 34, 82, 93 – directive pour l’expédition 185
– de faible pathogénicité 8, 32, 47, 51, 52 – écologie 21
– diagnostic conventionnel 79 – épidémiologie 21, 22, 32, 38, 145
– diagnostic moléculaire 22, – épizootie/ foyer 21-23, 26, 37, 139, 144
– directive pour l’expédition 185 – évaluation virale de la pathogenicité 130
– épidémiologie 1, 6, 8 – formulaire d’enquête épidémiologique 39, 163
– épizootie ou foyer 1-5, 7-11, 14, 37, 139, 145 – méthode conventionnelle 129
– inuenza aviaire faiblement pathogène 2-10, 33, – méthode conventionnelle 130
51-58, 75, 110, 112, 115, 117 – méthode sérologique 129
– inuenza aviaire H5 1-16, 33, 51, 93, 110, 115, – notication 31 - 33, 38,
116 – signes cliniques 22, 26, 32, 33, 38, 39, 119-127
– inuenza aviaire H7 1, 4, 6, 8, 33, 51, 85, 93, – test sérologique 21, 130
112, 117 – virus 26-28, 34, 127-131, 133, 135, 137, 138,
– inuenza aviaire hautement pathogène 1-12, 33, 185-186, 189
50, 51, 58-76, 81, 86, 93, 110, 112, 115-116, 178, – visite de l’exploitation/ la visite de l’élevage 38,
186 119, 126
diagnostic différentiel 51, 75, 76 Mammifère marin 7
Index 193

Marché d’oiseau 9 – limite 99

Méthode spectrophométrique/ spectrophomètre 84, – organisation d’un laboratoire 117
87, 90 – préparation du mélange 101
Microhématocrite 90 – réaction en chaîne 98
Mustélidé 7 – temps réel 99
Réaction d’amplication en chaîne par polymérase
O 93, 97, 178
Œuf de poule embryonné/ Œuf embryonné 79, 81, Réassortiment 6, 7, 12, 14, 18, 19, 178
129, 179, 181 Réservoir de gène 5, 17
Oie 2, 5, 10, 11, 58, 69, 122, 154 Restriction 14
Oiseau aquatique sauvage 51, 73 RT - PCR en point nal 103, 107, 110, 112, 133, 135
Oiseau de compagnie 23, 28, 33, 123, 128 RT - PCR en une étape 93, 107, 133-136
Oiseau de volière 5, 11, 23, 154 RT - PCR en deux étapes 93, 112
Oiseau sauvage 4-8, 10, 16-18, 21-23, 25, 33, 34, 75, RT - PCR en temps réel 93, 99-103, 115, 116
87, 115, 117, 128, 166
Organisation mondiale de la santé animale (OIE) 10, S
11, 24, 26, 31-34, 39, 79, 93, 115, 129, 159, 160, Saccharide 5, 6, 12
185-187 Sang 45, 47, 72, 74, 76, 82, 84, 89, 94, 101, 177, 185,
Orthomyxoviridé 1 186, 189
Sécurité/ Sans risque 75, 84, 140, 143, 145, 149, 153,
P 160, 178-180
Pathogénicité/ Pathogène 2, 8, 24, 32, 33, 47, 51, 52, Séquence du site de clivage 2
76, 86, 123, 128, 130, 131 Sérologie 87
Pathotype 25, 76, 110, 112, 120, 121, 124, 126, 127 Spectre d’hôte/ Gamme d’hôte/ diversité des hôtes 5,
PCR après transcription inverse (RT - PCR) 22, 32
– PCR après transcription inverse (RT - PCR) 22, Suspicion/ suspecté 22, 37-39, 77, 163, 172
93, 98, 99, 107, 110-112, 114-117, 133-137
– protocole en point nale 107, 110, 112, 133, 135 T
– protocole one-step 110, 111, 135 Test d’hémagglutination sur microplaque (test de
Peste aviaire 1, 16, 18, 19 micro-neutralisation) 82
Phoque 7, 16, 17, 19 Test d’hémagglutination rapide 81, 129
Pigeon 3, 22, 23, 27, 123, 127, 154 – sérum de poulet 89-92
Pintade 3, 57, 67, 92, 124 – test d’inhibition 22, 83
Porc 6, 12, 16, 17, 19, 166 – test sur boîte de Pétri 82, 129
Potentiel de zoonose 31 Test d’inhibition de la neuraminidase (IN) 1, 84, 85,
Poulet 2, 4, 5, 7, 9, 14-29, 33, 34, 51, 55, 61, 62, 69, 88, 183
75, 77, 86, 89, 92, 119, 120, 122,123, 125-127, Transmission 5-8, 17-19, 25, 32, 61, 144, 152
130, 131 Type d’échantillon 185
Précipitation à l’éthanol 95
Précipitation au chlorure de lithium 95 U
Prélèvement 45 Un site d’infection/ local contaminé 26, 38, 143, 167
Préparation de suspension de GR 89 Unité de désinfection 38
Propagation/ répandre/ disséminer 1, 3, 6-11, 15,
22-32, 34-39, 62, 74, 99, 123, 139, 144-146, 151, V
153, 168, 169, 177 Vaccin 3, 10, 14, 33, 34, 51, 119, 128, 130, 131
Protéase 4, 24 Véhicule 10, 38, 39, 123, 139, 140, 144, 151, 153,
Protocole d’ambion 95 170, 171
Protocole IZSVe 95, 107, 115, 117, 133, 135 Vétérinaire de laboratoire 161
Vétérinaire ofciel (VO) 38, 161, 172
R Virulence 2, 4, 17, 18, 21-25, 28, 29, 34, 77, 86, 93,
Réaction d’amplication en chaîne par polymérase 121, 126, 127, 130, 133
– composante 96 Virulence viral 24
194 Index

Visite de l’exploitation/ visite de l’élevage 38, 51, 74, 110, 115, 117, 119, 127-128, 131, 139, 143, 144,
119, 126 146, 149, 151-157, 171, 178
Vison 7, 15, 17 – exploitation/ élevage 74, 127, 144, 155, 171
Volaille domestique/ oiseau de basse-cour 5, 9, 22,
74 Z
Volaille/ avicole 1, 2, 4-12, 14, 15, 17, 18, 21-23, Zoonose 26
25-28, 32, 33, 37, 39, 41, 47, 51, 58, 61, 74-77,